natgillin/translations-raw huggingface dataset:
Spolehlivé identifikace čistých kultur, u kterých je podezření, že se jedná o C. m. subsp. sepedonicus, se dosáhne pomocí testů
Reliable identification of pure presumptive C. m. subsp. sepedonicus cultures is achieved using the tests described in section 9.
Schéma pro zjištění a identifikaci Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus ve vzorcích bezpříznakových rostlin bramboru
Scheme for detection and identification of Clavibacter michiganensis ssp. sepedonicus in samples of asymptomatic potato plants
Vzorek částí stonku (1)
sample of stem segments (1)
selektivní izolace (4)/IF test (5)/PCR test (6)/FISH test (7)
selective isolation (4)/IF test (5)/PCR test (6)/FISH test (7)
nepovinný pomocný test: biotest (8)
optional auxiliary test: bioassay (8)
Kolonie s typickou morfologií (4) po izolaci
colonies with typical morphology (4) after isolation
Všechny provedené testynegativní
all tests done negative
IDENTIFIKAČNÍ TESTY (10)
IDENTIFICATION TESTS (10)
TEST PATOGENITY (11)
PATHOGENICITY TEST (11)
Doporučené velikosti vzorků – viz oddíl 3.2.
See section 3.2 for recommended sample sizes.
Metody extrakce a koncentrace patogenu jsou popsány v oddílu 3.2.
Pathogen extraction and concentration methods are described in section 3.2.
Pokud je tento test negativní, je vzorek považován za negativní.
When this test is negative the sample is considered to be negative.
V případě, že je tento test pozitivní, je pro ověření prvního pozitivního výsledku nezbytné provedení druhého nebo více screeningových testů založených na různých biologických principech.
In case this test is positive a second or more screening tests based on different biological principles are required to verify the first positive result.
Selektivní izolační test a typická morfologie kolonie jsou popsány v oddílu 8.
The selective isolation test and typical colony morphology are described in section 8.
IF test je popsán v oddílu 4.
The IF test is described in section 4.
PCR testy jsou popsány v oddílu 6.
PCR tests are described in section 6.
FISH test je popsán v oddílu 5.
The FISH test is described in section 5.
Biotest je popsán v oddílu 7.
The bioassay is described in section 7.
Pokud jsou výsledky scrreningových testů pozitivní, ale izolační testy jsou negativní, opakujte izolační testy a v případě potřeby proveďte test dalších vzorků.
If positive results are obtained in screening tests, but the isolation tests are negative, then repeat the isolation tests and, if necessary, test additional samples.
VIZUÁLNÍ VYŠETŘENÍ NA PŘÍTOMNOST PŘÍZNAKŮ KROUŽKOVITOSTI
VISUAL EXAMINATION FOR RING ROT SYMPTOMS
Rostliny bramboru
Potato plants
V evropských klimatických podmínkách se příznaky na poli zjistí jen zřídkakdy a často pak až na konci sezóny.
Under European climatic conditions symptoms are rarely found in the field and often only at the end of the season.
Kromě toho jsou příznaky skryté nebo se zamění s příznaky jiných chorob, stáří nebo mechanických poškození.
Moreover the symptoms are frequently masked or confused by/with other diseases, senescence or mechanical damages.
Proto mohou být příznaky při kontrole na poli snadno přehlédnuty.
Therefore it may be easy to miss symptoms in field inspections.
Příznaky vadnutí jsou velmi odlišné od příznaků hnědé hniloby; vadnutí je obvykle pomalé a zpočátku omezené na okraje listů.
Wilting symptoms are very different from those of brown rot; wilting is usually slow and initially limited to the leaf margins.
Mladé infikované listy často i přes infekci nadále rostou, i když růst v infikovaných místech je omezený.
Young infected leaves often continue to expand although, less so in the infected zones.
Tím vznikají neobvykle tvarované listy.
This creates odd shaped leaves.
Listy postižené ucpáním vodivých pletiv na spodní části stonku často mají chlorotické, žluté až oranžové mezižeberní partie.
Leaves affected by blocking of the vascular tissues further down the stem often develop chlorotic, yellow to orange, intercostal areas.
Infikované děložní lístky, listy a dokonce stonky mohou eventuálně odumřít.
Infected leaflets, leaves and even stems may eventually die.
Často jsou listy a hlízy pouze menší.
Often leaves and tubers are simply reduced in size.
Příležitostně jsou rostliny zakrnělé.
Occasionally plants are stunted.
Barevné snímky řady příznaků naleznete na internetové stránce http://forum.europa.eu.int/Public/irc/sanco/Home/main.
Coloured pictures of a range of symptoms can be found on the web site http://forum.europa.eu.int/Public/irc/sanco/Home/main
Hlízy bramboru
Potato tubers
Nejranějšími příznaky jsou slabá sklovitost nebo průsvitnost pletiva bez měknutí v okolí cévního systému, zejména blízko pupku.
The earliest symptoms are a slight glassiness or translucence of the tissue without softening around the vascular system, particularly near the heel end.
Prstenec svazků cévních na pupkovém konci hlízy může mít nepatrně tmavší zbarvení než obvykle.
The vascular ring at the heel end may be slightly darker in colour than normal.
Prvním dobře identifikovaným příznakem je žlutavé zabarvení prstence cévních svazků a stav, kdy při jemném zmáčknutí hlízy vystupují z cév sloupky sýrové hmoty.
The first readily identifiable symptom is one whereby the vascular ring has a yellowish coloration and when the tuber is gently squeezed, pillars of cheese-like material emerge from the vessels.
Tento exsudát obsahuje miliony bakterií.
This exudation contains millions of bacteria.
Vodivá pletiva mohou zhnědnout a příznaky na hlízách jsou v tomto stádiu podobné příznakům hnědé hniloby způsobené Ralstonia solanacearum.
Browning of the vascular tissue may develop and tuber symptoms at this stage are similar to those of brown rot caused by Ralstonia solanacearum.
Zpočátku mohou být tyto příznaky omezeny na jednu část prstence, nemusí se vyskytovat jen blízko pupkové části a mohou se postupně šířit na celý prstenec.
At first, these symptoms may be restricted to one part of the ring, not necessarily close to the heel end and may gradually extend to the whole ring.
S postupem infekce dochází k destrukci vodivých pletiv: vnější korová část se může oddělit od vnitřní korové části.
As the infection progresses, destruction of the vascular tissue occurs; the outer cortex may become separated from the inner cortex.
V pokročilých stadiích infekce se objevují na povrchu hlízy praskliny, často s červenohnědými okraji.
In advanced stages of infection, cracks appear on the surface of the tuber, which are often reddish-brown at their margins.
V poslední době se v Evropě objevilo několik případů, kdy střední kůra hnije s prstencem svazků cévních, čímž dochází k druhotnému poškození s vznikem vnitřních dutin a nekrózy.
Recently in Europe several cases have occurred where the central cortex rots at the same time as the vascular ring resulting in secondary invasion with internal hollowing and necrosis.
Druhotná houbová nebo bakteriální infekce může příznaky maskovat a může být obtížné, ne-li nemožné, rozlišit pokročilé příznaky kroužkovitosti od jiných hnilob bramboru.
Secondary fungal or bacterial invasion may mask the symptoms and it may be difficult, if not impossible, to distinguish advanced ring rot symptoms from other tuber rots.
Možné jsou i atypické příznaky.
Atypical symptoms may be possible.
PŘÍPRAVA VZORKŮ
SAMPLE PREPARATION
Standardní velikost vzorku je 200 hlíz na 1 test.
The standard sample size is 200 tubers per test.
Intenzivnější vzorkování vyžaduje více testů na vzorcích této velikosti.
More intensive sampling requires more tests on samples of this size.
Větší množství hlíz ve vzorku vede k zpomalení nebo složitějšímu výkladu výsledků.
Larger numbers of tubers in the sample will lead to inhibition or difficult interpretation of the results.
Postup však lze vhodně použít i pro vzorky s méně než 200 hlízami, pokud je k dispozici menší množství hlíz.
However, the procedure can be conveniently applied for samples with less than 200 tubers where fewer tubers are available.
Validace všech níže uvedených zjišťovacích metod je založená na testování vzorků o velikosti 200 hlíz.
Validation of all detection methods described below is based on testing of samples of 200 tubers.
Níže popsaný bramborový extrakt lze použít také pro zjištění původce hnědé hniloby, Ralstonia solanacearum.
The potato extract described below can also be used for detection of the potato brown rot bacterium, Ralstonia solanacearum.
Nepovinné ošetření před přípravou vzorku:
Optional pre-treatment in advance to sample preparation:
Omyjte hlízy.
Wash the tubers.
Použijte vhodné dezinfekční prostředky (s obsahem chlóru, jestliže má být proveden PCR test, pro odstranění možné patogenní DNA) a mycí prostředky mezi každým vzorkem.
Use appropriate disinfectants (chlorine compounds when PCR-test is to be used in order to remove eventual pathogen DNA) and detergents between each sample.
Nechte hlízy oschnout na vzduchu.
Air dry the tubers.
Tento postup mytí je obzvlášť užitečný (není však vyžadován) pro vzorky v případě, že je ve vzorku příliš zeminy a jestliže se má provádět PCR test nebo přímá izolace.
This washing procedure is particularly useful (but not required) for samples with excess soil and if a PCR-test or direct isolation procedure is to be performed.
Pomocí čistého a dezinfikovaného skalpelu nebo nože na zeleninu odstraňte slupku na pupkovém konci každé hlízy.
Remove with a clean and disinfected scalpel or vegetable knife the skin at the heel end of each tuber so that the vascular tissue becomes visible.
Opatrně vyřízněte malé výkrojky vodivého pletiva z pupkové části a množství pletiva nezahrnující cévní svazky omezte na minimum (viz internetovou stránku http://forum.europa.eu.int/Public/irc/sanco/Home/main).
Carefully cut out a small core of vascular tissue at the heel end and keep the amount of non-vascular tissue to a minimum (see web site: http://forum.europa.eu.int/Public/irc/sanco/Home/main)
Všechny hlízy s podezřelými příznaky bakteriální kroužkovitosti dejte stranou a testujte odděleně.
Set aside any tubers with suspected ring rot symptoms and test separately.
Pokud jsou při vyříznutí výkrojku z pupkového konce zjištěny příznaky podezření z kroužkovitosti, mělo by se provést vizuální vyšetření této hlízy po naříznutí hlízy na pupkovém konci.
If during removal of the heel end core suspect symptoms of ring rot are observed, the tuber should be visually inspected after cutting near the heel end.
Všechny naříznuté hlízy s podezřelými příznaky by měly korkovatět po dobu 2 dnů při pokojové teplotě a měly by být uchovávány v karanténě (při v 4–10 °C) až do ukončení všech testů.
Any cut tuber with suspected symptoms should be suberised at room temperature for two days and stored under quarantine (at 4 to 10 °C) until all tests have been completed.
Všechny hlízy ve vzorku (včetně hlíz s podezřelými příznaky) by měly být uchovány podle přílohy II.
All tubers in the sample (including those with suspicious symptoms) should be kept according to Annex II.
Shromážděte výkrojky z pupkové části do nepoužitých nádob na jedno použití, které jsou uzavíratelné a/nebo utěsnitelné (v případě, že jsou nádoby znovu používány, musí být důkladně vyčištěny a dezinfikovány prostředky s obsahem chlóru).
Collect the heel end cores in unused disposable containers which can be closed and/or sealed (in case containers are reused they should be thoroughly cleaned and disinfected using chlorine compounds). Preferably, the heel end cores should be processed immediately.
Nejlépe je zpracovat výkrojky z pupkového konce okamžitě, pokud to není možné, uchovávejte je v nádobě bez přidání pufru, v chladu po dobu maximálně 72 hodin nebo při pokojové teplotě maximálně 24 hodin.
If this is not possible, store them in the container, without addition of buffer, refrigerated for not longer than 72 hours or for not longer than 24 hours at room temperature.
Schnutí a suberizace výkrojků a růst saprofytů v průběhu skladování může bránit zjištění přítomnosti bakterie způsobující kroužkovitost.
Drying and suberisation of cores, and growth of saprophytes during storage may hinder detection of the ring rot bacterium.
Zpracujte výkrojky z pupkového konce jedním z následujících postupů:
Process the heel end cores by one of the following procedures: either,
buďto zalijte výkrojky dostatečným množstvím (přibližně 40 ml) extrakčního pufru (dodatek 3) a třepejte v rotační třepačce (50–100 ot/min) po dobu 4 hodin při teplotě nižší než 24 °C nebo po dobu 16–24 hodin chlazené,
cover the cores with sufficient volume (approximately 40 ml) of extraction buffer (Appendix 3) and agitate on a rotary shaker (50 to 100 rpm) for four hours below 24 °C or for 16 to 24 hours refrigerated,
homogenizujte výkrojky s dostatečným množstvím (přibližně 40 ml) extrakčního pufru (dodatek 3), buď v mixéru (např. Waring nebo Ultra Thurax) nebo rozdrcením v utěsněném jednorázovém maceračním sáčku (např. silný polyethylenový sáček Stomacher nebo Bioreba, 150 mm × 250 mm; sterilovaný zářením) za použití gumového tloučku nebo vhodného mlecího zařízení (např. Homex).
homogenise the cores with sufficient volume (approximately 40 ml) of extraction buffer (Appendix 3), either in a blender (e.g. Waring or Ultra Thurax) or by crushing in a sealed disposable maceration bag (e.g. Stomacher or Bioreba strong guage polythene, 150 mm × 250 mm; radiation sterilised) using a rubber mallet or suitable grinding apparatus (e.g. Homex).
Při homogenizaci vzorků za použití mixéru existuje vysoké nebezpečí křížové kontaminace vzorků.
The risk of cross-contamination of samples is high when samples are homogenized using a blender.
Učiňte bezpečnostní opatření pro zamezení vzniku aerosolu nebo rozlití během extrakce.
Take precautions to avoid aerosol generation or spillage during the extraction process.
Zajistěte, aby pro každý vzorek bylo použito čerstvě sterilizované ostří (nože) a nádoby.
Ensure that freshly sterilised blender blades and vessels are used for each sample.
Pokud má být použit PCR test, zamezte přenosu DNA na nádoby nebo mlecí zařízení.
If the PCR test is to be used, avoid carry-over of DNA on containers or grinding apparatus.
Pokud má být použit PCR test, doporučuje se drcení v sáčcích na jedno použití a použití zkumavky na jedno použití.
Crushing in disposable bags and use of disposable tubes is recommended where PCR is to be used.
Dekantujte supernatant.
Decant the supernatant.
Pokud je nadměrně zakalený, pročistěte jej buď pomalým odstředěním (při maximálně 180 g po dobu 10 minut při teplotě mezi 4–10 °C) nebo vakuovou filtrací (40–100 µm), filtr omyjte přídavkem (10 ml) extrakčního pufru (dodatek 3).
If excessively cloudy, clarify either by slow speed centrifugation (at not more than 180 g for 10 minutes at a temperature between 4 to 10 °C) or by vacuum filtration (40 to 100 µm), washing the filter with additional (10 ml) extraction buffer (Appendix 3).
Zahustěte bakteriální frakci odstřeďováním při 7000 g po dobu 15 minut (nebo 10000 g po dobu 10 minut) při teplotě mezi 4–10 °C a odstraňte supernatant, aniž by se rozvířila peleta.
Concentrate the bacterial fraction by centrifugation at 7000 g for 15 minutes (or 10000 g for 10 minutes) at a temperature between 4 to 10 °C and discard the supernatant without disturbing the pellet.
Resuspendujte peletu v 1,5 ml peletového pufru (dodatek 3).
Resuspend the pellet in 1,5 ml pellet buffer (Appendix 3).
Použijte 500 µl pro test na C. m. subsp. sepedonicus, 500 µl pro Ralstonia solanacearum a 500 µl pro referenční účely.
Use 500 µl to test for C. m. subsp. sepedonicus, 500 µl for Ralstonia solanacearum and 500 µl for reference purposes.
Přidejte sterilní glycerol na konečnou koncentraci 10–25 % (v/v) k 500 µl referenční poměrné části a ke zbývající části vzorku, promíchejte vířením a uložte při teplotě –16 až –24 °C (týdny) nebo při teplotě -68 až –86 ° C (měsíce).
Add sterile glycerol to final concentration of 10 to 25 % (v/v) to the 500 µl of the reference aliquot and to the remaining test aliquot, vortex and store at –16 to –24 °C (weeks) or at 68 to –86 °C (months).
Extrakty uchovávejte během testování při teplotě 4–10 °C.
Preserve the test aliquots at 4 to 10 °C during testing.
Opakované zmrazení a rozmrazení se nedoporučuje.
Repeated freezing and thawing is not advisable.
Pokud je nutný transport extraktu, zajistěte přepravu v chladícím boxu do 24 až 48 hodin.
If transport of the extract is required, ensure delivery in a cool box within 24 to 48 hours.
Je nezbytně nutné, aby se se všemi pozitivními kontrolami a vzorky C. m. subsp. sepedonicus zacházelo odděleně, aby se předešlo kontaminaci.
It is imperative that all C. m. subsp. sepedonicus positive controls and samples are treated separately to avoid contamination.
To platí i pro sklíčka na IF testy a všechny testy.
This applies to IF slides and to all tests.
Pro zjištění latentních populací C. m. subsp. sepedonicus se doporučuje kontrola kombinovaných vzorků.
For detection of latent C. m. subsp. sepedonicus populations it is advised to test composite samples.
Postup je vhodný pro kombinované vzorky až 200 částí stonků.
The procedure can be conveniently applied for composite samples of up to 200 stem parts.
(Pokud se provádí podrobné průzkumy, měly by být založeny na statisticky reprezentativním vzorku rostlinné populace, která je předmětem vyšetřování.)
(Where surveys are performed they should be based on a statistically representative sample of the plant population under investigation.)
Pomocí čistého dezinfikovaného nože nebo zahradnických nůžek odstraňte část o velikosti 1–2 cm ze spodní strany každého stonku přímo nad povrchem země.
With a clean disinfected knife or pruning shears, remove a 1 to 2 cm segment from the base of each stem, just above the soil level.
Části stonků krátce dezinfikujte etanolem 70 % a okamžitě osušte savým papírem.
Disinfect stem segments briefly with ethanol 70 % and immediately blot dry on tissue paper.
Shromažďujte části stonků v uzavření sterilní nádobě podle následujících postupů vzorkování:
Collect stem segments in a closed sterile container according to the following sampling procedures:
Zpracujte části stonků jedním z následujících postupů:
Process the stem segments by one of the following procedures: either,
buďto zalijte části dostatečným množstvím (přibližně 40 ml) extrakčního pufru (dodatek 3) a třepejte v rotační třepačce (50–100 ot/min) po dobu 4 hodin při teplotě nižší než 24 °C nebo po dobu 16–24 hodin chlazené,
cover the segments with sufficient volume (approximately 40 ml) of extraction buffer (Appendix 3) and agitate on a rotary shaker (50 to 100 rpm) for four hours below 24 °C or for 16 to 24 hours refrigerated,
okamžitě zpracujte rozdrcením částí v pevném maceračním sáčku (např. Stomacher nebo Bioreba) s přiměřeným množstvím extrakčního pufru (dodatek 3) za použití gumového tloučku nebo vhodného mlecího zařízení (např. Homex).
process immediately. By crushing the segments in a strong maceration bag (e.g. Stomacher or Bioreba) with an appropriate volume of extraction buffer (Appendix 3) using a rubber mallet or appropriate grinding apparatus (e.g. Homex).
Pokud to není možné, skladujte části stonků v chladu maximálně 72 hodin nebo maximálně 24 hodin při pokojové teplotě.
If this is not possible, store the stem segments refrigerated for not longer than 72 hours or for not longer than 24 hours at room temperature.
Po usazení, které má trvat 15 minut, dekantujte supernatant.
Decant the supernatant after settling for 15 minutes.
Další purifikace extraktu nebo koncentrace bakteriální frakce obvykle není nutná, ale lze ji dosáhnout filtrací a/nebo odstředěním podle popisu v oddílu 3.1.4–3.1.6.
Further clarification of the extract or concentration of the bacterial fraction are not usually required but may be achieved by filtration and/or centrifugation as described in section 3.1.4 to 3.1.6.
Rozdělte čistý nebo koncentrovaný vzorkový extrakt na 2 stejné části.
Divide the neat or concentrated sample extract into 2 equal parts.
Jednu polovinu udržujte během testování při teplotě 4–10 °C a druhou polovinu skladujte s 10–25 % (v/v) sterilního glycerolu při teplotě –16 až –24 °C (týdny) nebo při teplotě –68 až –86 °C (měsíce), pokud je nutné další testování.
Maintain one half at 4 to 10 °C during testing and store the other half with 10 to 25 % (v/v) sterile glycerol at –16 to –24 °C (weeks) or at –68 to –86 °C (months) in case further testing is required.
Doporučuje se použít IF test jako hlavní screeningový test, protože byla prokázána jeho schopnost dosáhnout požadovaných prahů.
The use of the IF test as the principal screening test is recommended because of its proven robustness to achieve the required thresholds.
Použije-li se jako hlavní vyšetřovací test IF test a jeho výsledek je pozitivní, musí být jako druhý vyšetřovací test proveden test PCR nebo FISH.
When the IF test is used as the principal screening test and the IF reading is positive, the PCR or FISH test must be performed as a second screening test.
Jestliže se test IF použije jako druhý screeningový test a jeho výsledek je pozitivní, je pro dokončení analýzy nutné další testování podle postupového diagramu.
When the IF test is used as the second screening test and the IF reading is positive, further testing according to the flow scheme is required to complete the analysis.
Pokud je IF test používán jako hlavní vyšetřovací test, používejte vždy polyklonální protilátku.
Always use a polyclonal antibody, when the IF test is used as the principal screening test.
V případě pozitivního výsledku IF testu s polyklonální protilátkou může být další vyšetření vzorku s monoklonální protilátkou přesnější, ale méně citlivé.
In case of a positive IF reading with a polyclonal antibody further screening of the sample with a monoclonal antibody may provide more specificity but can be less sensitive.
Používejte protilátky proti referenčnímu kmeni C. m. subsp. sepedonicus.
Use antibodies to a reference strain of C. m. subsp. sepedonicus.
Doporučuje se určovat titr pro každou novou řadu protilátek.
It is recommended that the titre is determined for each new batch of antibodies.
Titr je stanoven jako nejvyšší ředění, při kterém dochází k optimální reakci při testování suspenze obsahující 105 až 106 buněk na 1 ml homologického kmene C. m. subsp. sepedonicus a při použití vhodného konjugátu fluorescenčního isothiokyanatanu (FITC) podle doporučení výrobce.
The titre is defined as the highest dilution at which optimum reaction occurs when testing a suspension containing 105 to 106 cells per ml of the homologous strain of C. m. subsp. sepedonicus and using an appropriate fluorescein isothiocyanate (FITC) conjugate according to the manufacturer's recommendations.
Nezpracované polyklonální nebo monoklonální protilátky by měly mít IF titr alespoň 1:2000.
The crude polyclonal or monoclonal antibodies should have an IF titre of at least 1:2000.
Během testu by se měly protilátky používat v pracovním ředění (WD) v blízkosti titru nebo na titru.
During testing, the antibodies should be used at a working dilution(s) (WD) close to or at the titre.
Používejte validované protilátky (viz internetovou stránku http://forum.europa.eu.int/Public/irc/sanco/Home/main).
Use validated antibodies (see web site http://forum.europa.eu.int/Public/irc/sanco/Home/main).
Test by měl být prováděn na čerstvě připravených vzorkových extraktech.
The test should be performed on freshly-prepared sample extracts.
V případě potřeby může být úspěšně proveden na extraktech skladovaných při –68 až –86 °C v glycerolu.
If necessary, it can be successfully performed on extracts stored at –68 to –86 °C under glycerol.
Glycerol lze ze vzorku odstranit přidáním 1 ml peletového pufru (dodatek 4), opětovným odstředěním po dobu 15 minut při 7000 g a resuspenzí ve stejném množství peletového pufru.
Glycerol can be removed from the sample by addition of 1 ml pellet buffer (Appendix 4), re-centrifugation for 15 minutes at 7000 g and resuspension in an equal volume of pellet buffer.
To často není nutné, zejména pokud jsou sklíčka se vzorky fixována plamenem (viz 2.2).
This is often not necessary, especially if slides samples are fixed to the slides by flaming (see 2.2).