natgillin/translations-raw huggingface dataset:
Dále, kolonie R. solanacearum mohou mít atypickou morfologii, jestliže Petriho misky jsou přeplněny nebo jsou rovněž přítomny antagonistické bakterie.
Furthermore, colonies of R. solanacearum may show atypical morphology if plates are overcrowded or antagonistic bacteria are also present.
Je-li podezření na konkurenci nebo inhibici, měl by být vzorek otestován znovu pomocí jiného testu.
Where effects of competition or antagonism are suspected, the sample should be re-tested using a different test.
Při použití čerstvě připravených extraktů ze vzorků lze očekávat, že citlivost detekce touto metodou bude velmi vysoká.
Highest sensitivity of detection by this method can be expected when using freshly prepared sample extracts.
Metoda je však použitelná i pro extrakty, které byly uchovány v glycerolu při teplotě od –68 do –86 °C.
However, the method is also applicable for use with extracts which have been stored under glycerol at –68 to –86 °C.
Pozitivní kontroly připravte jako desetinné ředění ze suspenze 106 cfu/ml virulentního kmene biovaru 2 R. solanacearum (např. NCPPB 4156 = PD 2762 = CFBP 3857).
As positive controls, prepare decimal dilutions from a suspension of 106 cfu per ml of a virulent biovar 2 strain of R. solanacearum (e.g. NCPPB 4156 = PD 2762 = CFBP 3857).
Abyste se vyhnuli možné kontaminaci, připravte pozitivní kontrolní vzorky zcela odděleně od vzorků k testování.
To avoid any possibility of contamination, prepare positive controls totally separately from samples to be tested.
U každé nově připravené šarže selektivní živné půdy by měla být před jejím použitím k rutinnímu testování vzorků nejdříve otestována její vhodnost pro kultivaci patogenu.
For each newly prepared batch of a selective medium its suitability for growth of the pathogen should be tested before it is used to test routine samples.
Test kontrolního materiálu proveďte týmž způsobem jako test vzorku(ů).
Test control material in an identical manner as the sample(s).
Proveďte vhodnou techniku ředění s cílem zajistit, aby všechny populace saprofytických bakterií, byly vyloučeny.
Perform an appropriate dilution plating technique aiming to ensure that any background saprophytic colony-forming populations are diluted out.
Naneste 50–100 µl extraktu vzorku na 1 misku pro každé ředění.
Spread 50 - 100 µl per plate of sample extract and each dilution.
Nechte misky inkubovat při teplotě 28 °C.
Incubate plates at 28 °C.
Po 48 hodinách zkontrolujte jejich stav a pak provádějte kontrolu denně po 6 dní.
Read plates after 48 hours and daily thereafter up to six days.
Typické kolonie R. solanacearum na živné půdě SMSA jsou mléčně bílé, ploché, nepravidelné a fluidní a po 3 dnech inkubace se rozvine růžově až krvavě červené zbarvení ve středu s vnitřními pruhy nebo spirálami (viz internetová stránka http://forum.europa.eu.int/Public/irc/sanco/Home/main).
Typical R. solanacearum colonies on SMSA medium are milky white, flat, irregular and fluidal and after three days incubation develop pink to blood-red coloration in the centre with internal streaking or whorling. (see website http://forum.europa.eu.int/Public/irc/sanco/Home/main).
Pozn.: Někdy se na tomto médiu tvoří atypické kolonie R. solanacearum.
Note: Atypical colonies of R. solanacearum sometimes form on this medium.
Mohou být malé, kruhové, zcela červené a nefluidní nebo jen částečně fluidní, a proto obtížně rozeznatelné od saprofytických bakterií tvořících kolonie.
These may be small, round, entirely red in colour and non-fluidal or only partially fluidal and therefore difficult to distinguish from saprophytic colony-forming bacteria.
Předpokládané kolonie R. solanacearum rozetřete nebo očkujte metodou zřeďování na universální živnou půdu, abyste získali izolované kolonie (viz dodatek 2).
Purify presumptive R. solanacearum colonies after streaking or dilution plating onto a general nutrient medium to obtain isolated colonies (see Appendix 2).
Uchovávejte kultury krátkodobě ve sterilní vodě (pH 6–8, bez chlóru) při pokojové teplotě v temnu nebo dlouhodobě ve vhodném ochranném médiu při teplotě –68 až –86 °C nebo lyofilizované.
Store cultures short-term in sterile water (pH 6 to 8, chlorine free) at room temperature in the dark, or long term in a suitable cryoprotectant medium at –68 to –86 °C or lyophilised.
Proveďte identifikaci podezřelých kultur (viz oddíl VI.B) a test patogenity (viz oddíl VI.C).
Identify presumptive cultures (see Section VI.B.) and perform a pathogenicity test (see Section VI.
Interpretace výsledků testu očkováním na selektivní média.
Interpretation of selective plating test results
Test očkování na selektivní média je negativní, jestliže po 6 dnech nejsou zpozorovány žádné bakterie nebo nejsou nalezeny žádné podezřelé kolonie typické pro R. solanacearum, za předpokladu, že nedošlo k inhibici jinými bakteriemi a v kontrolních vzorcích jsou nalezeny typické kolonie R. solanacearum.
The selective plating test is negative if no bacterial colonies are observed after six days or if no presumptive colonies typical of R. solanacearum are found, provided that no inhibition is suspected due to competition or antagonism by other bacteria and that typical R. solanacearum colonies are found in the positive controls.
Test očkování na selektivní média je pozitivní, jestliže jsou izolovány podezřelé kolonie R. solanacearum.
The selective plating test is positive if presumptive R. solanacearum colonies are isolated.
Použijte validované médium pro obohacení, např. modifikovaný bujón Wilbrink (viz dodatek 2).
Use a validated enrichment medium such as modified Wilbrink broth (see Appendix 2).
Tento postup lze použít pro selektivní zvětšení populací R. solanacearum v extraktech ze vzorků a zvýšení citlivosti detekce.
This procedure can be used to selectively increase R. solanacearum populations in sample extracts and increase sensitivity of detection.
Tímto způsobem dojde i ke zředění potenciálních inhibitorů PCR testu(1:100).
The procedure also effectively dilutes inhibitors of the PCR reaction (1:100).
Je však třeba poznamenat, že obohacení R. solanacearum může být neúspěšné z důvodů konkurence nebo antagonismu saprofytických organismů, které bývají často současně také obohaceny.
It should be noted, however, that enrichment of R. solanacearum can fail due to competition or antagonism by saprophytic organisms which are often simultaneously enriched.
Z tohoto důvodu může být izolace organismu R. solanacearum z obohacené kultury obtížná.
For this reason, isolation of R.solanacearum from enriched broth cultures may be difficult.
Kromě toho, protože může dojít k rozvoji populací sérologicky příbuzných saprofytů, se pro test ELISA doporučuje použít místo polyklonálních protilátek specifické monoklonální protilátky.
In addition, since populations of serologically related saprophytes can be increased, the use of specific monoclonal antibodies rather than polyclonal antibodies is recommended where the ELISA test is to be used.
U obohacovacího testu PCR přeneste 100 µl extraktu ze vzorku do 10 ml obohaceného bujónu (dodatek 2), který si předem připravte do sterilních zkumavek nebo baněk.
For enrichment-PCR, transfer 100 µl of sample extract into 10 ml of enrichment broth (Appendix 2) previously aliquoted into DNA-free tubes or flasks.
U obohacovacího testu ELISA může být použit větší podíl extraktu ze vzorku do bujónu (např. 100 µl v 1,0 ml obohacené živné půdy).
For enrichment-ELISA, higher proportions of sample extract to broth can be used (e.g. 100 µl in 1,0 ml of enrichment broth).
Nechte inkubovat 72 hodin při teplotě 27 až 30 °C v třepané nebo statické kultuře s uvolněnými uzávěry, které umožní provzdušňování.
Incubate for 72 hours at 27 to 30 °C in shaking culture or static culture with caps loosely- fitted to permit aeration.
Před zahájením testů ELISA nebo PCR dobře promíchejte.
Mix well before using in ELISA or PCR tests.
S obohaceným bujónem zacházejte týmž způsobem jako se vzorky ve výše uvedených testech.
Treat enriched broth in an identical manner as the sample(s) in the above tests.
Pozn.: Očekává-li se inhibice obohacení R. solanacearum z důvodu vysoké koncentrace konkurenčních saprofytických bakterií, lze docílit lepších výsledků obohacením extraktů ze vzorků před jakýmkoli odstřeďováním nebo jinými postupy zvyšování koncentrace.
Note: If inhibition of enrichment of R. solanacearum is anticipated, due to high populations of certain competing saprophytic bacteria, enrichment of sample extracts before any centrifugation or other concentration steps may give better results.
Test IF
IF Test
Použití testu IF jako hlavního screeningového testu se doporučuje kvůli dokázané spolehlivosti v dosažení požadovaných prahů.
The use of the IF test as the principal screening test is recommended because of its proven robustness to achieve the required thresholds.
Použije-li se test IF jako hlavní a výsledek IF testu je pozitivní, musí být jako druhý screeningový test použit test izolace, PCR nebo FISH.
When the IF test is used as the principal screening test and the IF reading is positive, the Isolation, PCR or FISH test must be performed as a second screening test.
Jestliže je test IF použit jako druhý screeningový test a je pozitivní, je nutné provést další testování podle postupového diagramu, aby byla analýza úplná.
When the IF test is used as the second screening test and the IF reading is positive, further testing according to the flow scheme is required to complete the analysis.
Pozn.: Použijte validovaný zdroj protilátek R. solanacearum (viz internetová stránka http://forum.europa.eu.int/Public/irc/sanco/Home/main).
Note: Use a validated source of antibodies to R. solanacearum (see web site http://forum.europa.eu.int/Public/irc/sanco/Home/main).
Doporučuje se určit titr pro každou novou šarži protilátek.
It is recommended that the titre is determined for each new batch of antibodies.
Titr je definován jako nejvyšší ředění, při kterém dojde k optimální reakci při testování suspenze obsahující 105 až 106 buněk/ml homologického kmene R. solanacearum a použitím vhodného konjugátu fluorescenčního isothiokyanatanu (FITC) podle doporučení výrobce.
The titre is defined as the highest dilution at which optimum reaction occurs when testing a suspension containing 105 to 106 cells per ml of the homologous strain of R. solanacearum and using an appropriate fluorescein isothiocyanate (FITC) conjugate according to the manufacturer’s recommendations.
Validovaná polyklonální antiséra mají všechna titr IF nejméně 1:2000.
Validated polyclonal antisera all had an IF titre of at least 1:2000.
Během testování by měly být použity protilátky v pracovních ředěních blízkých nebo stejných jako titr.
During testing, the antibodies should be used at a working dilution(s) close to or at the titre.
Test by měl být proveden na čerstvě připravených extraktech ze vzorků.
The test should be performed on freshly-prepared sample extracts.
Jestliže je to nutné, může být úspěšně proveden na vzorcích uchovaných při teplotě –68 až –86 °C v glycerolu.
If necessary, it can be successfully performed on extracts stored at –68 to –86 °C under glycerol.
Glycerol může být ze vzorku odstraněn přidáním 1 ml pufru (dodatek 4), 15minutovým odstřeďováním při 7000 g a resuspenzí ve stejném množství peletového pufru.
Glycerol can be removed from the sample by addition of 1 ml pellet buffer (Appendix 4), re-centrifugation for 15 minutes at 7000 g and re-suspension in an equal volume of pellet buffer.
Často to není potřeba, zvláště pokud jsou vzorky fixovány na sklíčka plamenem.
This is often not necessary, especially if samples are fixed to the slides by flaming.
Připravte oddělená pozitivní kontrolní sklíčka s homologickým kmenem nebo jiným referenčním kmenem R. solanacearum suspendovaném v bramborovém extraktu, jak je uvedeno v dodatku 3 B, a nepovinně v pufru.
Prepare separate positive control slides of the homologous strain or any other reference strain of R. solanacearum, suspended in potato extract, as specified in Appendix 3 B, and optionally in buffer.
Pletivo infikované přirozenou cestou (uchovávané lyofilizací nebo zmrazením při teplotě –16 až –24 °C) by se mělo podle možností použít jako paralelní kontrola na stejném podložním sklíčku.
Naturally infected tissue (maintained by lyophilisation or freezing at –16 to –24 °C) should be used where possible as a similar control on the same slide.
Jako negativní kontroly použijte alikvotní díly extraktů ze vzorků, které byly předtím testovány s negativním výsledkem.
As negative controls, aliquots of sample extract which previously tested negative for R. solanacearum can be used.
Standardizované materiály k pozitivní a negativní kontrole, které lze použít pro tento test, jsou uvedeny v dodatku 3.
Standardised positive and negative control materials available for use with this test are listed in Appendix 3.
Použijte mikroskopická sklíčka s více okénky, pokud možno s 10 okénky s průměrem nejméně 6 mm.
Use multiwell microscope slides with preferably 10 windows of at least 6 mm diameter.
Připravte sklíčka k testování jedním z následujících postupů:
Prepare the test slides by one of the following procedures:
Pro pelety s relativně nízkým množstvím sedimentu škrobu:
For pellets with relatively little starch sediment:
Napipetujte odměřené standardní množství (15 µl je vhodné pro průměr okénka 6 mm – u většího okénka je množství větší v příslušném poměru) resuspendované bramborové pelety v ředění 1/100 do prvního okénka.
Pipette a measured standard volume (15 µl is appropriate for 6 mm window diameter – scale up volume for larger windows) of a 1/100 dilution of the resuspended potato pellet onto the first window.
Následně napipetujte stejné množství nezředěné pelety (1/1) do zbývajících okének v řadě. Druhá řada může být použita jako duplikát nebo pro druhý vzorek, jak ukazuje obr.
Subsequently pipette a similar volume of undiluted pellet (1/1) onto the remaining windows on the row.
Připravte desetinná ředění (1/10, 1/100) resuspendované pelety v peletovém pufru.
Prepare decimal dilutions (1/10, 1/100) of the resuspended pellet in pellet buffer.
Napipetujte odměřené standardní množství (15 µl je vhodné pro průměr okénka 6 mm – u většího okénka je množství větší v příslušném poměru) resuspendované pelety pro každé ředění do řady okének. Druhá řada může být použita jako rezervní nebo pro druhý vzorek, jak ukazuje obr.
Pipette a measured standard volume (15 µl is appropriate for 6 mm window diameter – scale up volume for larger windows) of the resuspended pellet and each dilution on a row of windows.
Vysušte kapičky při okolní teplotě nebo zahřátím na teplotu 40 až 45 °C.
Dry the droplets at ambient temperature or by warming to temperatures of 40 to 45 °C.
Fixujte bakteriální buňky na sklíčko buď zahřátím (15 minut při teplotě 60 °C), plamenem, 95 % etanolem nebo podle konkrétních instrukcí od dodavatele protilátek.
Fix the bacterial cells to the slide either by heating (15 minutes at 60 °C), flaming, with 95 % ethanol or according to specific instructions from the suppliers of the antibodies.
Pokud je potřeba, fixovaná sklíčka je možné skladovat ve zmrazeném stavu v suchém boxu po nezbytně krátkou dobu (maximálně 3 měsíce) před dalším testováním.
If necessary, fixed slides may then be stored frozen in a desiccated box for as little time as necessary (up to a maximum of three months) prior to further testing.
Postup IF
IF procedure
Podle přípravy sklíčka na test v odst. 5.1.i): Připravte sadu dvojnásobných zředění.
According to test slide preparation in 5.1(i):
První jamka by měla mít 1/2 titru (T/2), ostatní 1/4 titru (T/4), 1/2 titru (T/2), titr (T) a dvojnásobek titru (2T).
Prepare a set of twofold dilutions The first well should have 1/2 of the titre (T/2), the others 1/4 of the titre (T/4), 1/2 of the titre (T/2), the titre (T) and twice the titre (2T).
Podle přípravy sklíčka na test v odst. 5.1.ii):
According to test slide preparation in 5.1(ii):
Připravte pracovní ředění (PŘ) protilátek v pufru IF.
Prepare the working dilution (WD) of the antibody in IF buffer.
Příprava sklíčka na test podle odst. 5.1.i) a 5.3.i)
Preparation of the test slide according to 5.1(i) and 5.3(i)
(T = titr)
(T = titre) T/2 T/4
Duplikát vzorku 1 nebo vzorek 2 6 7 8 9 10
Figure 2.
Obrázek 2.
Preparation of the test slide according to 5.1(ii) and 5.3(ii). Working dilution of antiserum/antibody
1/100 prázdný prázdný  Desetinné ředění resuspendované pelety
Sample 1
1 2 3 4 5 Duplikát vzorku 1 nebo vzorek 2
Duplicate of sample 1 or sample 2
Uspořádejte podložní sklíčka na navlhčený savý papír.
Arrange the slides on moist tissue paper.
Umyjte ponořením po dobu 5 minut v pufru IF Tween (dodatek 4) a následně v pufru IF.
Wash by submerging for five minutes in IF buffer-Tween (Appendix 4) and subsequently in IF buffer.
Opláchněte a umyjte jako předtím (5.3.3).
Rinse and wash as before (5.3.3).
Napipetujte 5–10 µl 0,1M fosfátového pufru s glycerolem (dodatek 4) nebo komerční krycí tekutiny do každého okénka a přiložte krycí sklíčko.
Pipette 5 - 10 µl of 0,1M phosphate-buffered glycerol (Appendix 4) or a commercially antifading mountant on each window and apply a coverslip.
Vyhodnocení IF testu
Reading the IF test:
Prohlížejte testovací sklíčka epifluorescenčním mikroskopem s filtry vhodnými pro excitaci FITC pod olejovou nebo vodní imersí při zvětšení 500× až 1000×.
Examine test slides on an epifluorescence microscope with filters suitable for excitation of FITC, under oil or water immersion at a magnification of 500-1000.
Pokud je barevnost odchylná, musí být test IF opakován (odst. VI.A.5).
The IF test (Section VI.A.5.) must be repeated if the staining is aberrant.
Pozorujte jasně fluoreskující buňky s charakteristickou morfologií R. solanacearum v testovacích okéncích sklíčka (viz internetová stránka http://forum.europa.eu.int/Public/irc/sanco/Home/main).
Observe for bright fluorescing cells with characteristic morphology of R. solanacearum in the test windows of the test slides (see website http://forum.europa.eu.int/Public/irc/sanco/Home/main).
Intenzita fluorescence musí být při porovnání s pozitivním kontrolním kmenem ve stejném ředění protilátky stejná nebo lepší.
The fluorescence intensity must be equivalent to the positive control strain at the same antibody dilution.
Při podezření na jakoukoli kontaminaci musí být test opakován.
If any contamination is suspected the test must be repeated.
V peletách z pupkové části bramboru a částí stonku se mohou vyskytnout doprovodné populace fluoreskujících buněk s atypickou morfologií a křížově reagující saprofytické bakterie s velikostí a morfologií podobnou R. solanacearum.
Background populations of fluorescing cells with atypical morphology and cross reacting saprophytic bacteria with size and morphology similar to R. solanacearum are likely to occur in potato heel end core and stem segment pellets.
Uvažujte pouze fluoreskující buňky s typickou velikostí a morfologií v titru nebo pracovním ředění protilátek podle 5.3.
Consider only fluorescing cells with typical size and morphology at the titre or working dilution of the antibodies as in 5.3.
Interpretace výsledků testu IF:
Interpretation of the IF reading:
Při zjištění jasně fluoreskujících buněk s typickou morfologií odhadněte průměrný počet typických buněk v 1 mikroskopovém poli a vypočítejte počet typických buněk na 1 ml resuspendované pelety (dodatek 5).
If bright fluorescing cells with characteristic morphology are found, estimate the average number of typical cells per microscope field and calculate the number of typical cells per ml of resuspended pellet (Appendix 5).
Vzorek je považován za potenciálně infikovaný a je povinné další testování.
The sample is considered potentially contaminated and further testing is required.
Výsledek IF testu je negativní pro vzorky, které obsahují méně než 5 × 103 buněk na 1 ml resuspendované pelety a vzorek se považuje za negativní.
The IF reading is negative for samples with less than 5 × 103 cells per ml of resuspended pellet and the sample is considered negative.
Testy PCR
PCR tests
Použije-li se test PCR jako hlavní screeningový test a výsledek je pozitivní, musí být povinně proveden druhý screeningový test, a sice izolace nebo IF.
When the PCR test is used as the principal screening test and found to be positive, isolation or IF must be performed as a second compulsory screening test.
Jestliže je PCR použita jako druhý screeningový test a je pozitivní, je nutné provést další testování podle postupového diagramu, aby byla analýza úplná.
When PCR is used as the second screening test and found to be positive, further testing according to the flow scheme is required to complete the diagnosis.
Pozn.: Předběžné testování touto metodou by mělo umožnit reprodukovatelné zjištění 103 až 104 buněk R. solanacearum na 1 ml přidaný do vzorků extraktů, které byly předtím testovány jako negativní.
Note: Preliminary testing with this method should permit reproducible detection of 103 to 104 cells of R. solanacearum per ml added to sample extracts which previously tested negative.
Dosažení maximální citlivosti a přesnosti ve všech laboratořích může vyžadovat optimalizační pokusy.
Optimisation experiments may be required to achieve maximum levels of sensitivity and specificity in all laboratories.
Použijte schválená činidla a protokoly PCR (viz dodatek 6).
Use validated PCR reagents and protocols (see Appendix 6).
Pokud možno, vyberte metodu s interní kontrolou.
Preferably select a method with an internal control.
Test PCR by měl být prováděn zkušenými laboranty v laboratořích specializovaných na molekulární biologii, aby se minimalizovala možnost kontaminace cílovou DNA.
The PCR test should be performed by experienced technicians, in dedicated molecular biology laboratories, in order to minimise the possibility of contamination with target DNA.
S negativními kontrolami (v průběhu extrakce DNA a PCR) by se mělo vždy zacházet jako s konečnými vzorky, aby bylo jasné, jestli došlo k přenosu DNA.
Negative controls (for DNA extraction and PCR procedures) should always be handled as final samples in the procedure, to make evident whether any carry over of DNA has occurred.
PCR test by měl zahrnovat následující negativní kontroly:
The following negative controls should be included in the PCR test:
extraktu ze vzorku, který byl předtím testován na R. solanacearum s negativním výsledkem,
Sample extract that previously tested negative for R. solanacearum,
kontroly pufru používaného pro extrakci bakterií a DNA ze vzorku,
Buffer controls used for extracting the bacterium and the DNA from the sample,
alikvotní části resuspendovaných pelet, do kterých byla přidána R. solanacearum (přípravu viz dodatek 3 B);
Aliquots of resuspended pellets to which R. solanacearum has been added (preparation see Appendix 3 B).
suspenze 106 buněk na 1 ml R. solanacearum ve vodě z virulentního izolátu (např. NCPPB 4156 = PD 2762 = CFBP 3857; viz dodatek 3 B);
A suspension of 106 cells per ml of R. solanacearum in water from a virulent isolate (e.g. NCPPB 4156 = PD 2762 = CFBP 3857; see Appendix 3 B).
pokud možno, při PCR použijte také DNA extrahovanou z pozitivních kontrolních vzorků.
If possible use also DNA extracted from positive control samples in the PCR test.
Abyste zabránili případné kontaminaci, připravujte pozitivní kontroly v odděleném prostředí než vzorky, které budou testovány.
To avoid potential contamination prepare positive controls in a separate environment from samples to be tested.
V případě použití PCR testu je potřeba připravit extrakty z umytých brambor.
It could therefore, in certain cases, be advisible to prepare extracts from washed potatoes if PCR protocols are to be used.
Standardizované materiály k pozitivní a negativní kontrole, které lze použít pro tento test, jsou uvedeny v dodatku 3.
Standardized positive and negative control material available for use with this test are listed in Appendix 3).
Používejte výše popsané pozitivní a negativní kontrolní vzorky (viz dodatek 3).
Use positive and negative control samples as described above (see Appendix 3).