natgillin/translations-raw huggingface dataset:
Животински вид
These responses never satisfy assumptions for parametric analysis or models.
Отклик
Unless the data are not consistent with the requirements for these tests, the NOEC is determined by a step-down application of Williams' or the Jonckheere-Terpstra test.
CV между повторенията
OECD (2006) provides details on these procedures.
CV в рамките на повторението
For data not consistent with the requirements for a step-down trend test, Dunnett's test or the Tamhane-Dunnett (T3) test can be used, both of which have built-in adjustments for multiplicity.
Дъгова пъстърва
These tests assume normality and, in the case of Dunnett, variance homogeneity.
Pimephales promelas
Where those conditions are not satisfied, Dunn's non-parametric test can be used.
За почти всички статистически тестове, използвани за оценка на лабораторни токсикологични изследвания, представляващите интерес сравнения са на третирани групи спрямо контроли.
OECD (2006) contains details for all of these tests.
Поради това не е целесъобразно да се изисква ANOVA F-тест за значимост преди да се използват тестовете на Дънет или на Уйлямс, нито тест на Кръскал-Уолис за значимост, преди да се използва тест на Йонкхере-Терпстра, тест на Ман-Уитни или тест на Дън (Hochberg and Tamhane 1987, Hsu 1996, Dunnett 1955, 1964, Williams 1971, 1972, 1975, 1977, Robertson et al.
Figure 2 is giving an overview, how to find the test of choice.
1988, Jonckheere 1954, Dunn 1964).
Egg Hatch and Larval Survival
Тестът на Дънет има вградена настройка за множествени сравнения и използването на F-теста като референтен се отразява неблагоприятно на неговите неверни положителни и неверни отрицателни резултати.
The data are proportions of eggs that hatch or larvae that survive in individual replicates.
По подобен начин, тестовете на Уйлямс със стъпка назад и на Йонкхере-Терпстра, като се използва 0,05 ниво на значимост при всяка стъпка, запазват общо 5 % неверни положителни резултати и използването на F-теста или теста на Кръскал-Уолис като референтен се отразява неблагоприятно на този процент и на мощността на теста.
These proportions should be assessed for extra-binomial variance, which is common but not universal for such measurements.
На тестовете на Ман-Уитни и на Дън трябва да се направи корекция за множественост, като се препоръчва корекцията на Бонферони-Холм.
The flowchart in figure 3 is guidance for the test of choice; see text for detailed descriptions.
Задълбочено обсъждане за повечето от препоръките за тестване на хипотези и проверка на допусканията, на които се основават тези тестове, се съдържа в OECD (2006), който съдържа също и обширна библиография.
Two tests are commonly used.
Третиране на контролите при използване на разтворител
These are Tarone's C(α) test (Tarone, 1979) and chi-squared tests, each applied separately to every test concentration.
Ако се използва разтворител, следва да бъдат включени както контрола на вода за разреждане, така и контрола на разтворител.
If extra-binomial variance is found in even one test concentration, then methods that accommodate that should be used.
Двете контроли следва да се сравняват за всеки отклик и да се обединят за статистическия анализ, ако не се установи значима разлика между контролите.
Formula 1
В противен случай за определянето на NOEC или за оценката на ECx следва да се използва контролата на разтворител, а контролата на вода за разреждане не се използва.
Tarone's C (α) test (Tarone 1979)
Вж. ограничение в критериите за валидност (точка 7)
Where ̂ is the mean proportion for a given concentration, m is the number of replicate tanks, nj is the number of subjects in replicate j, and xj is the number of subjects in that replicate responding, e.g. not hatched or dead.
За дължина, тегло, дял на излюпени хайверни зърна или смъртност при ларви, или ларви с аномалии, и първи или последен ден на излюпване или изплуване следва да се използва T-тест или тест на Ман-Уитни за сравняване на контролата на вода за разреждане с контролата на разтворител, при 0,05 ниво на значимост, като се игнорират всички третирани групи.
This test is applied to each concentration separately.
Резултатите от тези тестове следва да се протоколират.
This test can be seen as an adjusted chi-squared test, but limited power simulations done by Tarone have shown it to be more powerful than a chi-squared test.
Размери (дължина и тегло)
Figure 3
Стойностите на дължината и теглото на отделната риба могат да са с нормално или log-нормално разпределение.
NOEC Flow Chart for Egg Hatch and Larval Mortality Yes Yes Yes No
Във всички случаи средните стойности от повторение като тенденция са с нормално разпределение по силата на централната гранична теорема и както е потвърдено от данни от над 100 изследвания, отнасящи се до влияние върху ранни стадии от жизнения цикъл за три сладководни вида.
Are data (*) consistent with a monotone concentration-response?
Като алтернатива, когато данните или базите данни за предходни периоди предполагат log-нормално разпределение за стойностите на дължината на отделната риба, могат да се изчислят логаритмите на средните стойности от повторение за отделната риба и след това данните за анализа могат да бъдат антилогаритмите на тези логаритми на средните стойности от повторение.
Step-down Rao-Scott Cochran-Armitage or Jonckheere test or, after arc-sin square-root transform, Williams test
Данните следва да бъдат оценени за съвместимост с нормалното разпределение и хомогенност на дисперсията.
Step-down Cochran-Armitage or Jonckheere test or, after arc-sin square-root transform, Williams test
За тази цел следва да се използват остатъците от ANOVA модел, с концентрацията като единствена независима променлива.
Dunnett test Dunn test or Mann-Whitney No
За визуално определяне могат да бъдат използвани диаграми на разсейване и хистограми или диаграми „стъбло с листа“.
Data normally distributed, homogenous after arc-sin square-root transform?
Като алтернатива може да се използва формален тест, като тестовете на Шапиро-Уилк или на Андерсън-Дарлинг.
C(α) or chi-squared Test for extra-binominal Variance significant?
Съгласуваността с хомогенност на дисперсията може да бъде оценена визуално чрез оглед на същата диаграма на разсейване, или формално с теста на Левин.
Data are replicate proportion.
Оценката за нормалност и хомогенност на дисперсията е необходима само за параметрични тестове (напр. на Уйлямс, Дънет).
Where there is no significant evidence of extra-binomial variance, the step-down Cochran-Armitage test can be used.
Следва да се обърне внимание на евентуални стойности, силно различаващи се от нормалните, и тяхното въздействие върху анализа.
This test ignores replicates, so where there is such evidence, the Rao-Scott adjustment to the Cochran-Armitage test (RSCA) takes replicates, replicate sizes, and extra-binomial variance into account and is recommended.
Могат да бъдат използвани тестът на Тюки за стойности, силно различаващи се от нормалните, и визуална инспекция на същите графики на остатъците, описани по-горе.
Alternative tests include the step-down Williams and Jonckheere-Terpstra tests and Dunnett's test as described for size measurements.
Следва да се припомни, че наблюденията представляват цели повторения, поради което изпускане на стойности, силно различаващи се от нормалните, следва да се извършва само след внимателно разглеждане.
These tests apply whether or not there is extra-binomial variance, but have somewhat lower power (Agresti 2002, Morgan 1992, Rao and Scott 1992, 1999, Fung et al.
Статистическите тестове, които се възползват от характеристиките на плана на опита и очакванията от биологична гледна точка, са трендовите тестове със стъпка назад, като тест на Уйлямс и тест на Йонкхере-Терпстра.
1994, 1996).
Тези тестове допускат монотонна концентрация-отклик и данните трябва да бъдат оценени за съвместимост с това допускане.
First or Last Day of Hatch or Swim-up
Това може да бъде направено визуално от диаграма на разсейване на средните от изпитване спрямо изпитваната концентрация.
The response is an integer, giving the test day on which the indicated observation is observed for a given replicate tank.
От полза ще е припокриването на тази диаграма на разсейване със сегментирана линейна диаграма, която свързва средните стойности на концентрацията, претеглени с размера на пробата от повторението.
The range of values is generally very limited and there are often high proportions of tied values, e.g. the same first day of hatch is observed in all control replicates and, perhaps in one or two low test concentrations.
Голямо отклонение на тази сегментирана линейна диаграма от монотонността сочи възможна необходимост от използване на тестове, различни от трендовите.
Parametric tests such as Williams and Dunnett are not appropriate for such data.
Като алтернатива могат да се използват формални тестове.
Unless there is evidence on serious non-monotonicity, the step-down Jonckheere-Terpstra test is very powerful for detecting effects of the test chemical.
Прост формален тест представлява да се изчислят линейните и квадратните контрасти на концентрационните средни.
Otherwise, Dunn's test can be used.
Ако квадратният контраст е значим, а линейният контраст не е значим, това е показател за възможен проблем, свързан с монотонността, който следва да бъде допълнително оценен от диаграми.
Larval Abnormalities
Когато нормалността и хомогенността на дисперсията може да представляват проблем, тези контрасти могат да бъдат построени от данни, трансформирани чрез подреждане по рангова скала.
The response is the count of larvae found to be abnormal in some way.
Може да се използват алтернативни процедури, като например теста на Бартоломю за монотонността, но те увеличават сложността.
This response is frequently of low incidence and has some of the same problems as first day of hatch, as well as sometimes exhibiting erratic in concentration-response.
Фигура 2
If the data at least roughly follow a monotone concentration shape, the step-down Jonckheere-Terpstra test is powerful for detecting effects.
Схема за NOEC — размери (дължина и тегло)
Series on Testing and Assessment, No. 54.
Трансформ. за стабилизация на дисп.?
Organisation for Economic Co-operation and Development, OECD, Paris..
Данните съответстват ли на монотонна концентрация-отклик?
STATISTICAL GUIDANCE FOR REGRESSION ESTIMATES
Нормализ. трансформ.?
The observations used to fit a model are replicate means (length and weight) or replicate proportions (egg hatch and larval mortality) (OECD 2006).
Тест на Тамхане-Дънет Тест на Дънет
Weighted regression using replicate sample size as weight is generally advised.
Трансформация до нормални, хомогенни?
Other weighting schemes are possible, such as weighting by predicted mean response or a combination of this and replicate sample size.
Уйлямс или Йонкхере стъп. назад
Weighting by reciprocal of within-concentration sample variance is not recommended (Bunke et al.
Ср. от повт. нормални, хомогенни?
1999, Seber and Wild, 2003, Motulsky and Christopoulos 2004, Huet et al.
Да Ср.
2003).
От повт. нормални?
Any transformation of responses prior to analysis should preserve the independence of the observations and ECx and its confidence bounds should be expressed in the original units of measurement, rather than in transformed units.
Еднакви дисперсии?
For example, a 20 % change in the logarithm of length is not equivalent to a 20 % change in length (Lyles et.al 2008, Draper and Smith 1999).
Ако % възд. при NOEC е голям или % възд.при LOEC е малък, опитай ECx
The flowchart in figure 4 gives an overview for ECx estimations.
Йонкхере стъпка назад
The details are described in the text below.
Тест на Дън или на Ман-Уитни
Figure 4
Пунктираните линии са за 1я и последния ден от излюпването или изплуването (*) или необичайни ларви
Flow chart for ECx Estimation of Replicate Mean Length, Weight, or Proportion of Egg Hatch or Larval Mortality, see text for more details Select a larget value of x or a different model
Тези отклици никога не удовлетворяват допусканията за параметрични анализи или модели
Is (a) predicted response at ECx within CI for control, or (b) predicted response within CI for predicted response at ECx or (c) CI for ECx too wide?
Освен ако данните не са съгласувани с допусканията за тези тестове, NOEC се определя чрез прилагане със стъпка назад на тест на Уйлямс или на тест на Йонкхере-Терпстра.
Compute 95 % CI for predicted response at control and at Ecx, Compute 95 % CI for ECx.
OECD (2006) дава подробна информация за тези процедури.
Compare models using AICc criteria or professional judgement and select best fit
За данните, които не са в съответствие с изискванията за трендов тест със стъпка назад, може да се използва тест на Дънет или тест на Тамхане-Дънет (T3), като и двата имат вградена корекция за множественост.
Assess goodness of fit of models: (a) visually, (b) compare predicted % effect to observed % effect, (c) compare control mean response to predicted mean response, (d) compare regression residual SS to pure error SS using F-test.
Тези тестове допускат нормалност, в случая с теста на Дънет — хомогенност на дисперсията.
Reject poorly fitting models.
Когато тези условия не са изпълнени, може да бъде използван непараметричният тест на Дън.
8 or more concentrations plus control 6 or 7 concentrations plus control 5 concentrations plus control
OECD (2006) съдържа подробна информация за всички тези тестове.
Report model, ECx and its CI If no model and acceptable x can be found, report NOEC No Yes
Фигура 2 дава обзор как да се избере тест.
If no indication of extra-binominal variance, probit model can be fit to proportion data Also fit Brain-Cousins Hormetic model
Излюпване на хайверните зърна и преживяване на ларвите
Also fit OECD 4 & 5, Hill, Michaelis-Menton or other 3-5 parm model
Данните са делът на излюпените хайверни зърна или на ларвите, които преживяват в отделните повторения.
For Bruce-Versteeg, simple exponential (OECD2), simple exponential w/shape parameter (OECD3) or other 2-3 parm model
Тези дялове трябва да бъдат оценени за дисперсия, по-голяма от очакваната при биномно разпределение, която се среща често, но не е универсална при такива измервания.
Considerations for Egg Hatch and Larval Mortality
Схемата във фигура 3 е насока за избор на тест; вж. текста за подробни описания.
For egg hatch and larval mortality, it is generally best to fit a decreasing model unless one is fitting a probit model as described below.
Обикновено се използват два теста.
That is, one should model the proportion of eggs that do not hatch or larvae that die.
Това са C(α)-тестът на Тарон (Tarone, 1979) и хи-квадрат тестовете, всеки от тях се прилага поотделно за всяка изпитвана концентрация.
The reason for this is that ECx refers to a concentration at which there is a change equal to x % of the control mean response.
Ако дори само в една изпитвана концентрация се установи дисперсия, по-голяма от очакваната при биномно разпределение, следва да се използват методи, които са съобразени с това.
If there are 5 % control eggs that fail to hatch and one models failure to hatch, then EC20 refers to a concentration at which there is a change equal to 20 % of the 5 % control failure to hatch, and that is a change of 0,2 × 0,05 = 0,01 or 1 percentage point to 6 % failure to hatch.
Формула 1
Such a small change cannot be estimated in any meaningful way from the data available and is not biologically important.
C(α)-тест на Тарон (Tarone, 1979)
Whereas if one models the proportion of eggs that hatch, the control proportion would be 95 % in this example and a 20 % reduction from the control mean would be a change of 0,95 × 0,2 = 0,18, so from 95 % hatch success to 77 % (= 95 – 18) hatching success and that effects concentration can be estimated and is presumably of greater interest.
където ̂ е средният дял за дадена концентрация, m е броят на съдовете с повторения, nj е броят на субектите в повторение j, а xj е броят на представляващите отклик субекти в това повторение, например неизлюпените или мъртвите.
This is not an issue with size measurements, though adverse effects on size generally mean a decrease in size.
Този тест се прилага поотделно за всяка изпитвана концентрация.
Models for Size (length or weight) and Egg Hatch Success or Larval Survival.
Този тест може да се разглежда като коригиран хи-квадрат тест, но ограниченото симулиране на мощността, извършено от Тарон, показа че той е с по-голяма мощност от тази на хи-квадрат теста.
Except for the Brain-Cousens hormetic model, all of these models are described and recommended in OECD (2006).
Фиг. 3
What are called OECD 2-5, are also discussed for ecotoxicity experiments in Slob (2002).
Схема за NOEC — излюпени хайверни зърна и смъртност при ларви
There are, of course, many other models that might be useful.
Данни нормално разпределени, хомогенни след трансформация „аркуссинус от корен квадратен“?
Bunke, et al.
Тест на Дън или на Ман-Уитни
lists numerous models not included here and references to other models are plentiful.
Тест на Кокрън-Армитидж с кор.
Those listed below are suggested as particularly appropriate in ecotoxicity experiments and widely used.
Рао-Скот или тест на Йонкере с стъп. назад, или тест на Уйлямс след трансформ.
With 5 test concentrations plus control
„arcsin от кв. корен“
Simple Exponential (OECD 2)
Тест на Кокрън-Армитидж или тест на Йонкхере със стъпка назад, или тест на Уйлямс след трансформация „arcsin от кв. корен“
Exponential with shape parameter (OECD 3)
Значими при C(α) или хи-квадрат тест за дисперсия > очакваната при биномно разпределение?
Simple Exponential with Lower Bound (OECD 4)
Да Да Да Не
With 6 or more test concentrations plus control
Дaнните (*) съответстват ли на монотонна концентрация-отклик?
Exponential with shape parameter and lower bound (OECD 5)
Тест на Дънет Не
Where there is visual evidence of hormesis (unlikely with egg hatch success or larval survival, but sometimes observed in size observations)
Данните представляват дял в повторение
Brain-Cousens Hormetic; Brain and Cousens (1989)
Когато няма значими доказателства за дисперсия, по-голяма от очакваната при биномно разпределение, може да се използва тестът на Кокрън-Армитидж със стъпка назад.
Alternative models for egg hatch failure and larval mortality
Този тест игнорира повторенията, поради което, когато съществуват такива доказателства, се препоръчва корекцията на Рао-Скот на теста на Кокрън-Армитидж (RSCA), която отчита повторенията, размерите при повторенията и дисперсията, по-голяма от очакваната при биномно разпределение.
Increasing models for these responses can be fit by probit (or logistic) models if there is no evidence of extra-binomial variance and control incidence is estimated in the model fit.
Алтернативни тестове са тестовете на Уйлямс със стъпка назад и на Йонкхере-Терпстра и тестът на Дънет, както е описан във връзка с измерването на размери.
This is not the preferred method, as it treats the individual, not the replicate, as the unit of analysis (Morgan 1992, O'Hara Hines and Lawless 1993, Collett 2002, 2003).
Тези тестове се прилагат независимо от това дали има или няма дисперсия, по-голяма от очакваната при биномно разпределение, но са с малко по-малка мощност (Agresti 2002, Morgan 1992, Rao and Scott 1992, 1999, Fung et al.
Goodness of fit of a single model
1994, 1996).
Visually compare observed and predicted percent decrease at each test concentration (Motulsky and Christopoulos 2004, Draper and Smith 1999).
Първи или последен ден на излюпване или изплуване
Compare regression error mean square against the pure error mean square using an F-test (Draper and Smith 1999).
Откликът е цяло число, даващо деня от изпитването, в който се наблюдава посоченото наблюдение за даден съд с повторение.
Check that every term in the model is significantly different from zero (i.e., determine whether all model terms are important), (Motulsky and Christopoulos 2004).
Диапазонът от стойности като цяло е доста ограничен и често има висок процент на свързани стойности, напр. еди и същ първи ден на излюпване се наблюдава във всички контролни повторения и, може би, в една или две ниски концентрации на изпитване.
Plots of residuals from regression vs. test concentration, possibly on a log(conc) scale.
Параметрични тестове, като тези на Уйлямс и на Дънет, не са подходящи за такива данни.
There should be no pattern to this plot; the points should be randomly scattered about a horizontal line at zero height.
Освен в случаите, когато има доказателства за сериозна немонотонност, тестът на Йонкхере-Терпстра със стъпка назад е с голяма мощност за откриване на въздействия на изпитвания химикал.
The data should be evaluated for normality and variance homogeneity in the same way as indicated in Appendix 5.
В противен случай може да бъде използван тест на Дън.
In addition, normality of the residuals about the regression model should be assessed using the same methods indicated in Appendix 5 for the residuals from ANOVA
Аномалии на ларви
Compare models
Откликът е броят на ларвите с някакви аномалии.
Use Akiake's AICc criteria.
Често този отклик е рядко срещан и има някои от същите проблеми като първия ден на излюпване, като също така понякога показва колебания концентрация-отклик.
Smaller AICc values denote better fits and if AICc(B)-AICc(A)≥10, the model A is almost certainly better than model B (Motulsky and Christopoulos (2004).
Ако данните поне приблизително следват монотонна концентрационна форма, тестът на Йонкхере-Терпстра със стъпка назад е мощен при откриване на въздействия.
Compare the two models visually by how well they meet the single model criteria above.
Series on Testing and Assessment, No.
The parsimony principal is advised, whereby the simplest model that fits the data reasonably well is used (Ratkowsky 1993, Lyles et.al 2008).
Organisation for Economic Co-operation and Development, OECD, Paris..
Quality of ECx estimate
СТАТИСТИЧЕСКИ НАСОКИ ЗА ОЦЕНКИ ОТ РЕГРЕСИЯ
The confidence interval (CI) for ECx should not be too wide.
Наблюденията, използвани за изглаждане на модел, са средните стойности от повторение (дължина и тегло) или дяловете в повторение ( излюпени хайверни зърна и смъртност при ларви) (OECD 2006).
Statistical judgment is needed in deciding how wide the confidence interval can be and ECx still be useful.
Обикновено се препоръчва използването на претеглена регресия с тегло размерът на извадката от повторението.
Simulations for regression models fit to egg hatching and size data show that about 75 % of confidence intervals for ECx (x = 10, 20 or 30) span no more than two test concentrations.
Възможни са други схеми за претегляне, като претегляне от прогнозна средна стойност на отклика, или комбинация от това и размера на извадката от повторението.
This provides a general guide for what is acceptable and a practical guide for what is achievable.
Претегляне чрез реципрочната стойност на дисперсията в извадката при определена концентрация не се препоръчва (Bunke et al.
Numerous authors assert the need to report confidence intervals for all model parameters and that wide confidence intervals for model parameters indicate unacceptable models (Ott and Longnecker 2008, Alvord and Rossio 1993, Motulsky and Christopoulos 2004, Lyles et al.
1999, Seber and Wild, 2003, Motulsky and Christopoulos 2004, Huet et al.
2008, Seber and Wild 2003, Bunke et al.
2003).
1999, Environment Canada 2005).
Всяка трансформация на отклиците преди анализа следва да запази независимостта на наблюденията и ECх и нейните доверителни граници следва да бъдат изразени в оригиналните мерни единици, а не в преобразувани единици.
The CI for ECx (or any other model parameter) should not contain zero (Motulsky and Christopoulos 2004).
Например, 20 % изменение в логаритъма на дължината не е еквивалентно на 20 % изменение в дължината (Lyles et al.
This is the regression equivalent the minimum significant difference that is often cited in hypothesis testing approaches (e.g. Wang et al 2000).
2008, Draper and Smith 1999).
It also corresponds to the confidence interval for the mean responses at the LOEC not contain the control mean.
Схемата във фигура 4 представя преглед на оценките на ECx.
One should wonder whether the parameter estimates are scientifically plausible.
Подробностите са описани в текста по-долу.
E.g. if the confidence interval for y0 is ± 20 %, no EC10 estimate is plausible.