日本における特許取得手続
本項では日本における特許取得手続を説明する。以下本項では特に断りがない限り、条数は特許法（平成28年12月16日最終更新）のものを表すものとする。
日本において特許を取得する方法として、以下のものがある。以下で２，３は日本国外にも出願した/する予定の場合の出願方法で、４，５は実用新案若しくは意匠として一旦出願した後、考えを変えて特許出願に切り替える場合の出願方法である。実用新案の場合は、登録された後であっても６に記載したように特許出願に切り替えられる。なお、４，５を行った場合は実用新案・意匠の出願は取り下げたものと見なされるし（特28年四十六条４項）、６を行う場合は実用新案権の放棄が必要である（特28年四十六条の二１項）。
2の出願方法をパリルート若しくは（国際）優先権出願といい、このルートで最初に行った出願を優先権主張の基礎となる出願という。また3の出願方法をPCTルート若しくはPCT出願という。
後述するように、パリルートで国際優先権出願した場合は、発明の新規性が基礎となる出願を行ったときを基準に判断するなどの特典が与えられる。１で述べた最初から日本に特許出願する場合においても、出願するときに日本でそれ以前に行った出願を「基礎となる出願」として指定する事で、パリルートの場合に類似した特典が得られる。このような出願方法を国内優先権出願という。
また特許審査の過程で、発明の単一性が認められないなどの理由で元々出願していた「親出願」から「子出願」を分割する事があり、これを分割出願という。詳細については後述する。
日本において特許権の存続期間は特許出願の日から２０年なので（特28年六十七条）、六十七条でいう「出願の日」がいつだとみなされるのかが重要となる。前述した１～６の方法で日本に出願した場合の「出願の日」は以下のとおりである。
分割出願をした場合、子出願の出願日は親出願の出願日と同一になる（特28年四十四条２項）。
一方、特許の新規性の判断基準は特許出願時であると規定されているので（特28年二十九条）、１の国内優先の場合と２の場合とを除き、出願日と同一である。ただし新規性は日単位の基準ではなく時刻単位の基準なので、出願と同一日の早い時刻に公知となった場合も新規性を失う。１の国内優先の場合と２の場合とが例外となるのは、それぞれ特28年四十一条２項、パリ条約４条Bにこれらを例外とする旨の規定があるからで、これらの場合の新規性の判断基準は以下の時刻になる：
特許出願は書面主義を採用しており、発明品の現物を提出したり、口頭で出願したりする事はできない。
特許を受けるには、以下のものを特許庁長官に提出しなければならない（特28年三十六条１、２項）。
これらの書き方の詳細は特28年施行規則に定められている。
明細書には、次に掲げる事項を記載しなければならない（特28年三十六条３項）。
また文献公知発明で特許を受けようとするものが知っているものがあればその文献に関する情報の所在を「発明の詳細な説明」の箇所に記載しなければならない（特28年三十六条４項２号）。
特許請求の範囲は請求項に区分して書く（特許法三十六条５項）。審査は各請求項毎に行われ、出願が特許された場合には、認められた請求項に記載された範囲に対して特許権が及ぶ。
要約書は明細書の内容の把握の助けとするに過ぎず、特許発明の技術的範囲の確定には考慮できない（特28年七十条）。明細書、特許請求の範囲、及び図面に含まれる説明を日本語で記載したものの代わりに経済産業省令で定める外国語で記載したもの（外国語書面）と、要約書の代わりにそれを外国語で記載した書面（外国語要約書面）を願書に添付して出願する事もできる（特28年三十六条の二１項）。これを外国語書面出願という（同条２項）。
外国語書面出願の出願人は、その出願日から一年４ヶ月の期限Xに外国語書面及び外国語要約書面の日本語による翻訳文を、特許庁長官に提出しなければならない（特28年三十六条の二２項）。外国語書面ではなくこの翻訳文が、出願書類・要約書とみなされる（特28年三十六条の二８項）
上述の期間内に外国語書面及び外国語要約書面の翻訳文が提出されなかった場合は、特許庁長官は出願人にその旨を通知しなければならない（特28年三十六条の二３項）。この通知を受けた者は、経済産業省令で定める期限Yまでに、外国語書面及び外国語要約書面の翻訳文を特許庁長官に提出することができる（特28年三十六条の二４項）。期限Yまでに提出された翻訳文は、期限Xに特許庁長官に提出されたものとみなす（特28年三十六条の二７項）。期限Yが過ぎた後も外国語書面（図面を除く。）の翻訳文が提出されなかった場合は、その出願は期間Xの経過の時に取り下げられたものとみなす（特28年三十六条の二５項）。
期限Yまでに翻訳文が提出できなくとも、正当な理由があるときは、経済産業省令で定める期間内に限り翻訳文を特許庁長官に提出することができる（特28年三十六条の二６項）。この場合も、翻訳文は期限Xに特許庁長官に提出されたものとみなす（特28年三十六条の二７項）。
特許出願を行った当初は出願内容の秘密が担保されるが、出願から１年６ヶ月が経つと出願内容が公開する出願公開がある。
また特許庁における審査は、出願が法令で定めた形式に合致している事を確認するもの方式審査と、特許の中身を審査する実体審査（あるいは単に「審査」）とに分かれ、前者は出願後に自動的に審査が始まるのに対し、後者は審査請求という、実体審査の実施を請求する行為によって開始される。こうした審査の結果として、若しくは出願人の自発的な意思により、出願書類を補正する行為を手続の補正（特28年十七条）という。手続の補正は行える時期と種類が詳細に決まっている。
以上で概説した事項を次節以降で順に説明していく。
特許出願があると、出願書類に対して特許庁の側で以下の二種類の確認が行われる。１つ目は特28年十七条３項に規定されている、手続き上の不備の有無のチェック（詳細後述）であり、このチェックに引っかかった場合、特許庁長官は、相当の期間を指定して、手続の補正をすべきことを命ずる補正指令を出願人に対して出すことができる（特28年十七条３項）。
また提出すべき書類が欠けていたり、提出されていても不明瞭であったりする場合（詳細後述）、特許庁長官は、その書類を保管するよう命ずる補完指令を通知しなければならない（特28年三十八条の二２項、特28年第三十八条の四１項）。
ただし補正や補完ができないと判断された場合、特許庁長官はこれらの指令は送らずに、出願手続を却下する（特28年十八条の二１項）。その際却下する理由を通知し、相当の期間を指定して、弁明を記載した書面（弁明書）を提出する機会を与えなければならない（特28年三十八条の二２項）。
補正指令を出す事ができるのは、特28年十七条３項の一号から二号のいずれかに該当したときである。三号以外の手続の補正をするには、手続補正書を提出しなければならない（特28年十七条４項）。ただし外国語書面出願の出願人が、誤訳の訂正を目的として、前項の規定により明細書、特許請求の範囲又は図面について補正をする場合は、手続補正書ではなく誤訳訂正書を提出する（特28年十七条４項、特28年十七条の二２項、詳細後述）。
補完指令を出さねばならないのは、以下のいずれかに該当したときである。
三十八条の二の補完指令には手続補完書を、三十八条の四の補完指令には明細書等補完書を提出する。
特許出願を行った当初は出願内容の秘密が担保されるが、出願日から１年６ヶ月後経過すると出願内容が公開される（特28年六十四条１項）。公開方法は、特許公報に掲載されるというものである（特28年六十四条２項）。外国語書面出願の場合は、外国語のものも公開される（特28年六十四条２項１号）出願人が請求すれば、１年６ヶ月経過する前に公開することも可能である（特28年六十四条の二１項）。なお一度提出した公開請求は、取り下げることができない（特28年六十四条の二２項）。
必要書類が揃っていない場合は公開請求は却下される（第六十四条の二１項２、３号。外国語書面で出願した後その翻訳文を提出していない等）。また、出願内容が公序良俗に反すると特許庁長官が認めるときは、出願公開番号や発明者の氏名等の最低限の情報のみを公開し、明細書本文等は公開しない。さらに、請求があった若しくは１年６ヶ月後経過した事により、すでに特許公報に載ったことのある特許出願は、その後請求があるか若しくは１年６ヶ月後経過しても、再び特許公報に載せる事はない（特28年六十四条１項、同法六十四条の二１項１号）。
要約書の内容に不足があると判断された場合は、特許庁の側で書いた要約書が公開される（特28年六十四条３項）。なお、要約書は特許発明の技術的範囲の確定には考慮できないので（特28年七十条）、これにより出願人が有利・不利になる事はない。
なお、公開を１年６ヶ月後としたのは、優先権出願とそれ以外を平等に扱うため、優先権証明書の提出期間（１年4ヶ月）＋出願公開の準備期間（２ヶ月）として算出したものである。同様の早期公開制度を採用しる諸外国がいずれも１年６ヶ月である事も理由である。
公開は、出願が特許庁に係属している限り、審査を行うか否かによらず強制的に行われる。しかし公開前に出願の取下げ、放棄、却下、若しくは拒絶査定が確定したときは、すでに特許庁に係属していないので、公開されない。ただし、出願人の側から公開請求がなされた場合は、これらの場合でも必ず公開される。また、すでに特許掲載公報（後述）に載ったものを、改めて公開公報に載せる事はない（特28年六十四条１項柱書）。
また外国語でされた国際特許出願に関しても、翻訳文が提出された後、遅滞なく、国内公表している（特28年百八十四条の九）。
特許庁は出願公開に関する公報として以下の３種類の公報を発行している
なお、分割出願や変更出願がなされた場合、これらの公報の「出願日」の欄には分割出願又は変更出願をした日を、「原出願日」分割出願又は変更出願をした日を、「原出願日」には遡及日を掲載している。
これらの他に世界知的所有権機構(WIPO)の国際事務局(IB)が以下のものを発行している：
また特許庁は以下のものも発行している：
さらに特許庁は、以上のものの他に登録実用新案公報、意匠公報、公開商標公報、商標公報も発行している。
出願が公開された後、特許権の設定の登録前までの間、業としてその発明を実施した者に対して出願人は補償金の支払を請求できる（特28年六十五条１項）。補償金の支払を請求するには、事前に特許出願に係る発明の内容を記載した書面を提示して警告する必要がある（同項）。ただし請求相手が出願公開がされた特許出願に係る発明であること知った上で業としてその発明を実施していた場合は、警告は必要ない（同項）。なお、仮専用実施権者又は仮通常実施権者がその設定行為の範囲内で発明を実施する場合は、この者達に補償金の支払を請求できない（特28年六十五条３項）。また先使用権者や職務発明の場合の使用者等も補償金支払い義務を追わない。
請求権を行使するのは特許権の設定の登録後でなければならず（特28年六十五条２項）、時効は登録の日から３年である（特28年六十五条６項）。出願公開後に特許出願の放棄、取り下げ、却下、拒絶査定の確定、拒絶審決の確定等のときは、初めから生じなかつたものとみなす（特28年六十五条５項）。また、一度出願人が警告を出したとしても審査中に特許請求の範囲を補正した場合は、補正後に再度警告が必要になる。
請求権はあくまで特許登録前の実施に対するものなので、請求権の行使は特許登録後の特許権の行使を妨げない（特28年六十五条４項）。すなわち、保証金を支払うという事は特許登録までの期間に出願人からライセンスを受けていたのと同じ扱いであり、特許登録後のライセンス料は別扱いである。また保証金はライセンスと同じ扱いになる事から、保証金を支払っての登録前実施中に作った物を、特許登録後に販売しても問題ないはずである。
請求できる額は、その発明が特許発明である場合にその実施に対し受けるべき金銭の額に相当する（特28年六十五条１項）。請求方法は特許侵害の際の諸規定を準用する（特28年六十五条５項）。ただし請求には悪意または警告を要件としているので、特許侵害の場合の過失推定規定（特28年百三条）は準用されない。これは第三者が実施する際、特許広報の調査を義務付けていない事を意味する。
所定の期限Xまでに特許庁長官に審査請求をすれば、出願の審査が開始される（特28年四十八条の三１項）。審査請求は任意である為、出願人の意思により、あえて期限までに審査請求しない事も可能である。ただし、所定の手数料を納めさえすれば（特28年第百九十五条関係別表の九）、何人も審査請求が可能であるので（特28年四十八条の三１項）、出願人でも発明者でもない全くの第三者が審査を請求する可能性もある。なお、この場合であっても審査手続きを行うのは出願人である。また特許庁長官は、特許出願人でない者から出願審査の請求があつたときは、その旨を特許出願人に通知しなければならない（特28年四十八条の五２項）。一度行った審査請求は、取り下げることができない（特28年四十八条の三３項）。
審査請求を開始する為の所定の期限Xは、出願日から３年以内である（特28年四十八条の三１項）。ただし分割出願の子出願、実用新案登録や意匠登録からの変更出願、実用新案登録に基づく特許出願の場合、ここでいう「出願日」は遡及により原出願日になってしまう為、分割等を行った時点ですでに３年が過ぎている事もありうる。そこでこのような場合であっても（原出願日ではなく分割等を行った方の）出願日から三十日以内に限り、出願審査の請求をすることができる事が定められている（特28年四十八条の三２項）。
所定の期限Xまでに審査請求をしなかった場合は、出願は取り下げたものとみなされる（特28年四十八条の三４項）。ただし審査請求をしなかった場合であっても、正当な理由があれば、経済産業省令で定める期間内に限り、出願審査の請求をすることができる（特28年四十八条の三５項）。この場合の審査請求日は、前述の期限Xの満了する時であるとみなす（特28年四十八条の三６項）。
出願公開前に出願審査の請求があつたときは出願公開の際又はその後遅滞なく、出願公開後に出願審査の請求があつたときはその後遅滞なく、その旨を特許公報に掲載しなければならない（特28年四十八条の五１項）。
期限Xが来た段階で出願が取り下げられた旨が特許公報に載ってしまうので、これを見たものが出願が取り下げを信じてその出願発明を実施（若しくはその準備を）してしまう事が起こりうる。しかしこれと並行して、出願人が上述の期限延長を用いた場合、実際には取り下げにならず、その後特許が成立してしまった場合、こうした発明実施（準備）者は、所定の条件を満たせば、通常実施権が与えられる（審査請求期間徒過後で救済が認められるまでの間の実施による通常実施権、特28年四十八条の三８項）。
出願審査は、原則として審査請求が行われた順番で行われるが、優先審査制度や早期審査制度を利用する事で例外的に審査の時期を早める事ができる。
出願公開後に第三者が業として出願発明を実施している場合、その特許出願を優先的に審査するよう特許庁長官は指示できる（特28年四十八条の六）。
特許庁長官は、出願公開後に特許出願人でない者が業として特許出願に係る発明を実施していると認める場合において必要があるときは、審査官にその特許出願を他の特許出願に優先して審査させることができる。
出願公開後に第三者が業として出願発明を実施している場合、その特許出願を優先的に審査するよう特許庁長官は指示できる（特28年四十八条の六）。
出願公開になった発明を第三者が実施している場合、又は出願人からの警告を受けた場合、事情説明書の提出により、優先審査を行うのがこの制度の狙いである。
ただしこれはあくまで特許庁長官の裁量であるので、優先審査が許可されなくても不服申立てはできない。
以下のいずれかに該当する時は、出願人は早期審査制度を利用できる：
特許出願の実体審査は、特許庁長官が指定した審査官が行う（特28年四十七条）。審査官はもっぱら書面で審査を行うが、面接やテレビ面接で行うこともできる。なお、審査官には除斥規定があり、その詳細は審判官の除斥規定（特28年百三十九条）が準用されている（特28年四十八条）
既に述べたように、文献公知発明で特許を受けようとするものが知っているものがあれば、その文献を明細書に記述しなければならないが（特28年三十六条４項２号）、この要件が満たれていないと審査官が認めるときは、特許出願人に対し、その旨を通知（第48 条の7 の通知）し、相当の期間を指定して、意見書を提出する機会を与えることができる（特28年第四十八条の七）。拒絶理由が見つかった場合、拒絶の理由を通知する拒絶理由通知を審査官は特許出願人に対して送る（特28年五十条、十七条の二１項１号）。拒絶理由通知は最初の拒絶理由通知（特28年十七条の二１項１号）と最後の拒絶理由通知（特28年十七条の二１項３号）の二種類に分かれる。なお出願人にはじめて通知する拒絶理由を含むものは最初の拒絶理由であるので、出願人とのやり取り内容によっては「最初の拒絶理由通知」が複数届く場合もある。これは本来一回目に通知すべきであった拒絶理由を含んでいるという意味で「最初の拒絶理由通知」と呼ばれているのである。
拒絶理由通知を受け取ったら、出願人は拒絶理由に対する意見を表明した意見書（特28年五十条）と出願書類の内容を変更する手続補正書（特28年十七条４項）の両方若しくは一方のみを提出する事ができる。ただし手続補正書は提出できる時期が限定されており、しかも最初の拒絶理由通知の場合と最後の拒絶理由通知の場合で補正できる範囲が異なる（詳細は次節）。
審査官は意見書や手続補正書を読み、拒絶理由が全て解消したと判断した場合にはその出願に特許が与え（特許査定、特28年五十一条）、拒絶理由が解消しない事を結論づけた場合はこの出願を拒絶する（拒絶査定、特28年四十九条）。
出願手続をした者は、事件が特許庁に係属している場合に限り、出願書類を補正をすることができる（特28年十七条１項）。これは自発的に行うこともできるし、補正指令に対応する為に行う場合もある。ただし時期によって補正できる範囲は制約を受ける場合がある。
まだ特許査定を受けていない場合、以下の時期にのみ、明細書、特許請求の範囲、及び図面を補正できる（特28年十七条の二１項）：外国語書面出願における誤訳訂正の場合を除き、願書に最初に添付した明細書、特許請求の範囲又は図面に記載した事項の範囲を超えて補正する事はできない（特28年十七条の二３項）。
前述した三号、四号に該当するケースにおける補正においては、補正できる範囲は更に制限され、以下を目的とするものに限るられる（特28年十七条の二５項）。一号に該当し、しかも拒絶理由通知と併せて第50条の2の通知（後述）を受け取った場合も同様である（特28年十七条の二５項）。
特許請求の範囲の減縮の際には、請求項に記載された発明を特定するために必要な事項を限定し、補正前と補正後で当該請求項に記載される発明の産業上の利用分野及び解決しようとする課題が同一になるようにしなければならない（特28年十七条の二５項）。
拒絶理由通知を受け取った後の補正は、補正前の発明と補正後の発明が単一性要件（特28年三十七条）を満たさねばならない（特28年十七条の二４項。いわゆるシフト補正の禁止）。この場合、分割出願が求められる。
外国語書面出願の出願人は、外国語書面及び外国語要約書面について補正をすることができない（十七条２項）。外国語書面出願の出願人は、誤訳の訂正を目的として明細書、特許請求の範囲又は図面について補正できる（特28年十七条の二２項）。この際その理由を記載した誤訳訂正書を提出しなければならない（特28年十七条の二２項）。外国語書面出願の場合は、前述した「添付した明細書、特許請求の範囲又は図面」とは外国語書面の翻訳文に記載したものを指す（特28年十七条の二３項）。誤訳訂正書を提出した場合は訂正後の外国語書面の翻訳文の事である（特28年十七条の二３項）。特許出願が二以上の発明を包含していた場合、出願人は出願の一部を１つ以上の別の特許出願に分割できる（特28年四十四条１項柱書。パリ条約四条Ｇ⑴⑵にも同趣旨の規定がある）。これを出願の分割といい、分割元となる出願を親出願若しくは原出願、親出願から分割された出願を子出願若しくは分割出願という。
分割出願の出願人は原出願の出願人と同一でなければならない。また出願の分割をするには後述する時期的要件と実体的要件とを満たすときでなければならない。
分割出願は主に以下の目的で行われる：
時期的要件と実体的要件とが満たされていると審査官に判断されると、分割出願は、原出願のときに出願したものとみなされる（特28年四十四条２項）。よって特に分割出願の出願日は原出願の出願日（原出願日）であるとみなされる。これを出願日の遡及といい、遡及した出願日を遡及日という。
出願日が訴求するので、新規性、進歩性、先願は、遡及日を基準に判断される。しかし例外もあり、以下のものに関しては遡及しない（特28年四十四条４項、 特28年四十四条２項ただし書き）。
拡大先願の範囲（特28年二十九条の二、実用新案法第三条の二）
拡大先願で遡及しないのは、分割出願には原出願を補正する事により新たに付け加わった事項もある為である。
出願人の同一性や時期的要件が満たされない場合は出願自体が却下される。 出願人の同一性や時期的要件は満たされるものの、実体的要件は満たされない場合は出願日は訴求せず、分割出願は現実の出願時になされたものとする。
分割出願の場合はパリ条約による優先権主張やパリ条約の例による優先権主張の手続における必要書類の提出期限は「一年四月」から「最先の日から一年四月又は新たな特許出願の日から三月のいずれか遅い日まで」に伸びる（特28年四十四条３項）。
時期的要件は、分割が可能なのは以下のいずれかに当てはまる時に限られるというものである（特28年四十四条１項）：
ただし二号でいう「特許査定」には以下のものは含まれないものとする（特28年四十四条１項二号）： 
また二号の条件を満たしていたとしても、特許権の設定登録がなされた後は、特許出願が特許庁に係属しなくなるため、特許出願を分割することができない。
また三号では「最初に」と限定することで、拒絶査定不服審判で審決により差し戻された審査で再び拒絶査定がされた場合が除かれている。
特許料納付期限、拒絶査定不服審判の請求可能期間が延長された場合にはそれぞれ、二号における三十日、三号における三ヶ月を連動して延長させる（特28年四十四条５、６項）。
その責めに帰することができない理由により二号、三号の期間内に出願を分割できないときは、その理由がなくなった日から十四日（在外者にあつては、二月）以内で、しかも二号ないし三号に規定する期間の経過後六月以内であれば、出願を分割できる（特28年四十四条７項）。
分割する上での実体的要件は下記のとおりである。まず、特28年四十四条１項には、「出願の一部」とあるから、原出願の分割直前の明細書等に記載された発明の全部が分割出願の請求項に係る発明とされてはならない。
また子出願の明細書等に記載された事項は、親出願の出願当初の明細書等に記載された事項の範囲内でなければならず、同時に親出願の分割直前の明細書等に記載された事項の範囲内でなければならない。
出願を複数の出願A, B, …に分割し、そのうち１つの出願Aに対して拒絶理由が通知され、しかも他のものBに同一の拒絶理由があるときは、出願人にその旨が通知される（特28年五十条の２）。これを50条の2の通知という。
第50条の2の通知を受け取った場合は、最後の拒絶理由通知を受け取った場合と同様の制限が補正に対して課せられる（特28年十七条の二５項）。これは出願人による分割出願制度の濫用を抑止する目的で規定されている。
なお50条の2の通知に関する規定は、
また50条の2の通知に関する規定は、出願Bの審査請求前にBの出願人がその内容を知り得る状態になかった場合には適用されない（特28年五十条の２）。これは例えば、以下のような場合である