Babak gugur Liga Champions AFC 2009
Note: while the bracket below shows the entire knockout stage, the draw for the round of 16 matches was determined at the time of the group draw, and kept teams from East and West Asia completely separate for that round.
Pengundian untuk babak Perempat final dan seterusnya diadakan secara terpisah, dan ditempatkan tidak ada pembatasan di mana tim bisa bertemu.
Undian untuk babak 16 besar dari Liga Champions AFC 2009 diadakan pada 7 Januari 2009, bersamaan dengan Pengundian untuk babak penyisihan grup.
Pengundian untuk perempat final dan babak gugur yang tersisa dilangsungkan di Kuala Lumpur, Malaysia pada 29 Juni 2009.
"Pohang Steelers menang aggregat 5–4."
"Nagoya Grampus menang aggregat 4–3."
"Umm-Salal menang aggregat 4–3."
"Al-Ittihad menang aggregat 5–1."
"Al-Ittihad menang aggregat 8–3."
"Pohang menang aggregat 4–1."