瑪卡的副作用並不常見，在2018的實驗中，受試者連吃20,000mg 瑪卡60天也未出現副作用，目前也沒有相關研究證據指出瑪卡有副作用。然而不少人擔心吃瑪卡禿頭，事實上，禿頭常見的原因為遺傳、荷爾蒙引起，但研究證實，瑪卡並不會影響到體內荷爾蒙，所以就不需要擔心吃瑪卡會引發雄性禿。