扁桃腺癌的成因主要是與日常不良生活習慣有關，例如經常吸煙或飲酒。另外，與異性進行口交，男性亦有機會透過對方下體，感染人類乳頭瘤病毒（HPV），繼而增加感染扁桃腺癌的風險。