迄今为止，CFU 值一直是评估微生物质量的决定性参数。 不过甚至药典也批判这种方法的效力。
USP 称 CFU 值为估计值而非精确的数值，因为举例来说在饮用水中，只有现有病菌的 0.1% 到 1% 会算作 CFU。 一直以来人们认为，CFU 不应该被视为评估微生物质量的唯一标准。 依据欧洲药典， 适用的限值未经定量测定确定。 例如任意确定容许的 10 CFU/100ml 对于注射水是有效的。
人们看到： 即使药典也认识到了 CFU 传统计数的局限性。 因此，是时候使用面向未来的技术了，它们会为质检人员和微生物学家带来显著的好处。