除了基因敲除，還有多種干擾實驗可以用於輔助網絡推斷，例如基因過表達、RNA干擾（RNAi）、小分子抑制劑的使用以及CRISPR干擾技術。這些方法可以通過改變特定基因的表達水平或功能，來觀察其對整體系統行為的影響，從而提供有關基因間相互作用的額外信息。
在參考擬合框架中，這些干擾實驗的數據可以通過修改參考動力學模型來整合。例如，對於基因過表達，可以調整參考過程中的相互作用矩陣，以反映基因的增強效應。對於RNA干擾，則可以在模型中引入相應的抑制項，來模擬基因表達的降低。這樣的整合不僅能夠提高網絡推斷的準確性，還能夠幫助識別關鍵的調控元件和潛在的治療靶點。
此外，這些干擾實驗的結果可以用於優化參考擬合的正則化項，通過引入額外的約束條件來提高模型的穩定性和可解釋性。這樣的策略將使得參考擬合方法在面對複雜的生物系統時，能夠更有效地利用多種干擾數據，從而增強網絡推斷的能力。