十三價疫苗有效預防侵入性肺炎球菌病及肺炎球菌引致的非侵入性肺炎。另一方面，臨床研究顯示二十三 價疫苗可預防侵入性肺炎球菌病，但對於預防肺炎球菌引致的非侵入性肺炎的效能未如理想。不過，值得注意的是，二十三 價肺炎球菌多醣疫苗包含更多種血清型，理論上提供了額外的保護。