疾病預防和控制是水產養殖育種策略的重要組成部分。嚴格的生物安全措施、定期健康檢查和疫苗接種計劃等做法可以幫助最大限度地降低疾病爆發的風險。抗病性遺傳選擇也可以納入育種計劃，降低養殖群體對常見病原體的易感性。