任何手術都會有風險和後遺症，植髮手術也不例外。除了一般手術出現的後遺症，例如疼痛、出血、腫脹之外，手術之後保養不當的話，植髮或取髮位置有可能受到細菌感染而出現毛囊炎。對付毛囊炎，醫生會處方藥水或藥膏供病人治療。
此外，植髮手術不一定能成功，如果植髮的地方沒有生出毛髮，代表這次植髮失敗。此時醫生會分析失敗原因，以及評估病人能否再次植髮。如果認定可以二次植髮，醫生會再次做手術，為免重蹈覆轍，病人應該按照醫生只是做頭皮護理。