除了因老化造成腸道菌相改變，現代人的精緻飲食習慣，也會讓我們難以補充足夠的膳食纖維或含益生菌的食物，進而造成原本腸道中的益生菌下降。此外，壓力與藥物等原因，也可能會造成腸道菌相改變。