菜花需由由泌尿科醫師對於病灶的特徵及病人的病史了解而診斷疾病，甚至有時病人接受病理切片以達到診斷之確認。
治療方式有很多種，醫師會根據病人感染HPV病毒的位置、數量、發病時間多久、病人年齡和身體健康情況，選擇以下最適合的方法給予治療。
外用藥物治療
電燒治療
手術切除
雷射治療
液態氮冷凍治療