目前市面上的販售的瑪卡來源於瑪卡的根，然而瑪卡根會呈現不同顏色，瑪卡顏色可能出現紅色、紫色、黑色、黃色等等。 每種顏色的瑪卡根都有相同的功效特色，只是會根據顏色的不同有強弱之區別。以最常見的黃色瑪卡為例，雖不像其他顏色稀有，但營養素的種類卻涵蓋較豐富。 然而，大多數人認為瑪卡顏色越深越好，但這不完全正確。每種顏色的瑪卡應多元攝取，可以黃瑪卡、紅瑪卡、黑瑪卡、紫瑪卡按比例混合，才能達到截長補短，均衡攝取營養成分的效果與目的。