腸病毒71型感染多以「手足口病」表現。病發時通常會先發燒、食慾不振、疲倦或喉嚨痛等症狀；發燒後1至2天，可能出現有疼痛感的水疱，初時呈細小紅點，之後形成潰瘍。另外，手部、足部與臀部亦會有帶有水泡的紅疹。
腸病毒71型會侵犯嬰幼兒的神經系統，0到5歲是高危險族群。感染併發重症主要有腦幹腦炎、心臟衰竭、肺水腫與肺出血等表現，這些嚴重病症於發病後7天內出現，平均為發病後3天左右。幼兒若有嗜睡、意識不清、活力不佳、手腳無力、持續嘔吐、肌躍型抽搐（無故驚嚇或突然間全身肌肉收縮）、呼吸急促或心跳加快等重症前兆病徵，請盡速就醫。