復發風險十分視乎患者的自身情況。例如部分個案病情已漸趨嚴重，治療效果有限，只能作紓援病徵之用，難以完全防止其他正常組織受癌細胞影響，那陰莖癌復發的機會相對較高。另一方面，如患者於康復後再度出現與陰莖癌相關的風險因素，包括繼續吸煙、再次感染HPV病毒或愛滋病等，也有機會引致陰莖癌復發，因此患者接受治療後，仍須時常保持良好衞生及護理。