披衣菌治療的目的只是要預防輸卵管的沾黏或是阻塞，若輸卵管沒問題還是可以正常受孕的；不過若是女性長期感染披衣菌且沒有妥善治療，可能會造成輸卵管堵塞，進而導致不孕，男性也可能因副睪發炎引起不孕。