進行試管嬰兒療程除了上述的針劑引起不適、卵巢過度刺激症候群、多胞胎妊娠、子宮外孕等副作用與併發症外，試管嬰兒過程中的取卵手術也可能會有出血、感染等風險，另外在植入手術後也有機率發生骨盆腔感染或出血。對於這些可能發生的狀況，可以藉由選擇專業的人工生殖醫學中心和經驗豐富的專科醫師，來降低試管嬰兒療程中可能遇到的風險。