水雷射牙齦療程期間會施打局部麻醉，患者並不會感到疼痛或是不適，非常怕痛的患者也可以嘗試，療程結束後醫師會塗上保護藥劑，大約15-20分鐘可以正常吃東西。後續牙齦傷口會有小小的結痂，大約一個禮拜左右會全部自動脫落，患者盡量不要用舌頭或是手去撥弄，另外刷牙的時候也要暫時避開牙齦的位置。