紅麴在發酵的過程中，如果發酵技術或保存不得當，會產生橘黴素(citrinin)，研究指出，橘黴素對動物及人體的肝及腎會有危害，甚至有致畸性毒性，因此要慎選橘黴素未檢出的紅麴產品。