Omega-3屬於溫和的營養素，一般來說並沒有副作用。不過，若過度食用可能造成噁心、嘔吐、食慾不振等不適，因此《台灣衛福部》建議，每日額外補充的Omega-3應少於2000mg，才能避免副作用產生。