CAIX在正常生理過程中可能參與調節酸鹼平衡和細胞代謝，因此長期抑制CAIX可能會導致一系列副作用。例如，抑制CAIX可能會影響腎臟的功能，因為腎臟在維持體內酸鹼平衡中扮演重要角色。此外，CAIX的抑制可能會影響其他依賴於碳酸酐酶的生理過程，導致代謝紊亂或其他生理功能的異常。因此，在開發針對CAIX的共價抑制劑時，必須仔細考量其潛在的副作用，並進行充分的臨床評估，以確保患者的安全。