耗散性動力學可以通過引入額外的能量輸入來擴展單分子自動機的計算能力，這樣可以使其在非平衡狀態下運行，從而提高其對複雜時間模式的識別能力。具體而言，通過施加外部驅動力（如機械拉伸或壓縮），可以改變分子的能量景觀，使其能夠探索更多的元穩定狀態。這種設計可以促進分子在不同的時間尺度上進行狀態轉換，從而使其能夠記住和處理更長時間的信號序列。
此外，耗散性動力學還可以通過調整折疊和展開的動力學參數來優化分子的反應性。例如，通過設計具有不同折疊速率的單元，可以使分子在特定的時間範圍內更快地響應外部信號，從而提高其對複雜時間模式的識別能力。這樣的設計不僅能夠增強單分子自動機的計算能力，還能使其在面對多變的環境信號時，展現出更高的適應性和靈活性。