單細胞轉錄組數據中的階層結構並不總是可靠，因為細胞的分化過程可能受到多種因素的影響，這些因素可能導致細胞類型之間的邊界模糊。因此，評估階層結構的準確性至關重要。首先，可以通過比較不同實驗條件下的數據來評估階層結構的穩定性，這可以通過重複實驗或使用不同的數據集來實現。其次，利用生物學知識來驗證階層結構的合理性，例如，檢查已知的細胞類型是否能夠在階層結構中正確地反映出來。此外，使用統計方法來評估階層結構的顯著性，例如，通過隨機化測試來檢查觀察到的結構是否顯著高於隨機分佈。最後，在模型中考慮階層結構的時候，可以設計靈活的模型架構，使其能夠適應不同的階層結構，並在訓練過程中動態調整，以提高模型的魯棒性和準確性。