興櫃市場擁有與投資人熟悉的台股不一樣的交易制度：
・最低交易單位：1股
・無開盤價、收盤價，價格為證券商報價。
・交易方式：議價。
・無漲跌幅限制。
・採熔斷制度：當日個股成交均價與前一營業日成交均價價差50%以上，立即暫停個故交易至當日交易時間結束。
・交易手續費：上限0.5%，交易金額未滿新台幣50元，以50元計。
・證券交易稅稅率：0.3%，以賣出金額，由券商代徵。
・財務報告：每半年公布一次。