喜願協會的資金來自個人、企業或社團組織的捐款。在社會大眾的愛心捐贈下，協會盡可能地減少貨品購置與服務需求方面的支出，節省每一筆開銷，謹慎地運用每一筆捐款，將大部分的款項運作於實現更多重症病童願望的圓夢基金。