海扶刀是無創治療，治療創傷小，幾乎不損傷病灶以外的其它組織和器官，故患者在治療過程中不會有劇烈的疼痛。但由於超聲波具有穿透性，體內某些組織，如骨骼、神經和瘢痕組織，對超聲波敏感，所以部分患者有一些反應，主要有骶尾部疼痛、下腹部疼痛、及皮膚燙等：極少數患者可能有放射痛，如下肢疼痛、肛門墜脹、陰部刺痛等，一般可忍受。
海扶刀作為無創治療，術中無需麻醉，只需要少量鎮靜鎮痛的藥物即可，這些藥物使用後患者仍然處於清醒狀態，且藥物代謝快，能幫助患者耐受，讓治療更加舒適。藥物用量少，幾乎無副作用。如術中有不適也可及時向醫生傳達。