由於海象的變幻莫測，航程時間常有變化。一般來說台東蘭嶼航程約2個~2個半小時，回程若有經過綠島則再約多30~40分鐘（船公司時常異動船班有無經綠島，因此無法另外通知船班有無經綠島，若有需要可不定時查看船班時刻表確認），後壁湖蘭嶼航程約2個~2個半小時。依照綠島之星船公司的建議：請大約預留3個~3個半小時（例如搭乘15:00航班，請預訂18:30以後的交通工具）來規劃轉乘火車或飛機的時間，以免船班因有經綠島或天候因素影響而延誤後段搭乘之交通工具。