與其他專科一樣，香港私營診所的耳鼻喉科檢查及療程收費不一，會因診所位置、設施，以及患者的狀況和所需治療而異。到私營診所的耳鼻喉科就診的收費從港幣600到1,600元不等。
對於符合資格的香港身分證持有人，首次到公立耳鼻喉專科診所就診的收費為港幣135元，其後每次收費為港幣80元；而藥物費用為每樣15元。對於不符合資格的人，作為門診病人就診費用為每次港幣1,190元。