有些益生菌的廠商會標示自家產品有經過特殊「包埋技術」，能夠耐胃酸、耐膽鹼、耐熱，讓益生菌不易被這些消化液破壞。然而，並不是所有的菌株都必須經由包埋來保護。此外，有包埋製程的益生菌，配方與成分相對來說也較複雜，常見的包埋原料如：澱粉、多醣、麥芽糊精、藻酸鹽、明膠等，對於孕婦及嬰幼兒來說，就必須在穩定性及添加物兩者間作平衡。