人源核酸比例只能反映该样本中人源核酸的相对情况：人源核酸比例较高的原因除了样本中人源核酸含量高以外，还有可能是由于微生物核酸含量过低；人源核酸比例较低的原因也有人源核酸含量较低和微生物核酸含量较高两种可能。另外，在高人源比例的样本中，人源核酸比例到了平台期，不会再随着人源核酸含量的增而增加。因此测序数据中人源核酸比例不能体现样本中的人源核酸含量。