保守性手術能保留原器官，開刀後子宮內膜異位症復發機率約落在10～30%之間。根除性手術透過器官切除，基本上復發機率極低，手術後給予低劑量的動情激素和黃體積素作為荷爾蒙補充療法即可，但選擇此手術日後就無法再自然懷孕。