要从细胞培养液或细胞培养裂解物中分离靶蛋白和其他分子，可采用过滤步骤，其中细胞、细胞碎片和较大的颗粒被 0.2 µm 或 0.45 µm 孔径的膜截留，而目标分子、宿主细胞蛋白 (HCP) 和其他小细胞产物通过膜，进入到滤液中。为减少膜污染和过滤器堵塞，建议采用预过滤步骤。可使用玻璃纤维素预过滤器进行预过滤，结合更多孔的微孔过滤器实现两步式过滤。同样，助滤剂（例如制药级硅藻土）可直接用于细胞培养液中，在 0.2 µm 膜层上形成预过滤基质层，防止堵塞。