初期食用腸胃益生菌，腸胃道會需要時間來適應新的菌叢生態，便便較為濕軟屬於正常的調節性反應，可以先減半用量，待腸胃較為適應再增加用量；若有較嚴重的拉稀情況，可能是寵物對特定的益生菌菌株過敏，但這是極少數情況。