若巧克力囊腫在4公分以下，多以吃藥的方式進行治療；若大於4公分加上劇烈疼痛的狀況下，則可能需考慮手術進行巧克力囊腫治療，以免造成卵巢囊腫扭轉、巧克力囊腫破裂，進階影響到其他器官如腸胃道、泌尿道等功能，嚴重時會導致惡性病變的可能。