新舊版房地合一稅制度之間的主要區別在於，新版設置了多項例外條款，以避免高額稅負對於無辜者造成不必要的負擔。這些變化的目的是為了增進不動產市場的透明度與公平性，同時也防止不良投機及非法洗錢等活動的發生。