捕获纯化是目标分子被层析填料特异性靶向并捕获，例如蛋白 A 配体与免疫球蛋白 G (IgG) 结合并被捕获。此时单位样品体积的结合/捕获容量是首要考虑因素。精细纯化步骤用于针对性地去除不需要的分子异构体和其他杂质，例如使用阳离子交换膜吸附剂去除所有带正电的杂质，而让带负电的靶标分子通过介质。