在更大的宇宙學模擬中有效捕捉種子黑洞的動力學演化，需要結合高解析度的模擬技術與精確的物理模型。首先，使用如MAGICS-II這樣的模擬套件，可以在不同的階段進行多層次的模擬，從大尺度的星系合併到小尺度的黑洞動力學演化。這種分階段的模擬方法允許研究者在初期使用較低的質量解析度，隨著黑洞接近中心，逐步提高解析度，這樣可以更好地捕捉到黑洞的動力學行為。
其次，應用正規化的幾體整合器（如KETJU）來追蹤黑洞的運動，這樣可以在不使用重力軟化的情況下，精確計算黑洞之間的相互作用，從而提高模擬的準確性。此外，考慮到黑洞周圍的恆星和暗物質的影響，必須在模擬中納入這些成分的動力學，以便更全面地理解黑洞的下沉過程及其與環境的相互作用。