胃镜检查不需要全身麻醉，医生一般会在咽喉后部喷上局部麻醉剂，并为您注射镇静剂。体质较弱的长者、小童或青少年、习惯饮酒或服用安眠药的人士，以及要求在完全没有感知的情况下进行检查的人士，或会需要接受监测麻醉（MAC）。
内窥镜是一条装有光纤的幼细软管，医生会把内窥镜小心地从您的口腔后部一直探至食道。检查期间，医生或会注入空气，方便检查清楚。若没有发现特别异常状况，整个过程一般只需5至10分钟便可完成。