建置系統低廉，節省開發系統所需時間及人力成本。
不同加值服務中心檔案格式不同，維護困難。
以人工 web 方式開立電子發票或批次上傳可被讀取的檔案，故無法系統整合，內部系統無法完整檢核，容易有資料遺漏錯誤情形。
將電子發票可被讀取的檔案先傳到加值服務中心，再由其透過 Turnkey 軟體加密後傳到電子發票整合服務平台，作業過程中可能會出現資安問題。
電子發票交易資訊先傳到加值服務中心，再由其代傳到電子發票整合服務平台，過程中無法即時確認上傳成功與否。
多個加值服務中心開立電子發票，很難控管未開立電子發票字軌號碼。
電子發票接收訊息無法傳遞給正確處理人。