玻璃按摩棒的清潔相對簡單。使用溫水和中性清潔劑清洗按摩棒，然後使用乾淨的布或毛巾將其擦乾即可。若需要更徹底的消毒，可以使用專用的玩具清潔劑或用高濃度酒精擦拭。另外，由於玻璃材質能夠承受高溫，可以使用煮沸的方法來進行消毒，但需確保溫度漸變而非急劇改變，以防止玻璃破裂。