MBR 磁盘仅支持四个分区表条目。 对于四多个分区，需要一个称为扩展分区的辅助结构。 然后，扩展分区可以细分为一个或多个逻辑磁盘。
Windows基于报告的几何图形在柱面边界上创建 MBR 磁盘分区和逻辑驱动器，尽管此信息不再与硬件 (磁盘驱动程序或 RAID 控制器设备的物理特征) 。 从 Windows Vista 和 Windows Server 2008 开始，当硬件在真实缓存或物理对齐方面提供更好的提示时，会选择更多逻辑边界。 由于此分区信息存储在驱动器本身上，因此操作系统不依赖于对齐方式。
MBR 分区规则很复杂，并且指定得非常差。 例如，柱面对齐是否意味着每个分区的长度必须至少为一个柱面？ MBR 分区由一个双字节字段标识，并且需要协调以避免冲突。 IBM 最初提供了这种协调，但现在没有分区标识符的单一权威列表。
另一种常见做法是使用分区扇区或"隐藏"扇区通过未记录的进程来保存特定信息，导致难以调试的问题。 过去，供应商特定的实现和工具已发布给公众，这给支持提供了困难。