法庭語言學面臨著許多挑戰，例如語言分析的主體性、需要多個語言領域的專業知識、相關語言數據的獲取有限以及語言證據可能被法律專業人員誤解或誤解等。此外，該領域可能會在法庭上面臨可受理性的挑戰，要求法醫語言學家有效地傳達其方法的可靠性和有效性。