因照胃鏡而刺穿消化系統的的風險低於 1 / 9,000 ；但如食道內出現收縮或擴張情況，相關風險變會增至約 1 / 500；如照胃鏡過程中需要進行充氣，以充分曝露胃壁，刺穿風險將增至 1 / 50。若不幸發生刺穿情況，患者便需要透過進行手術來修復穿孔