農業部食農教育平台說明，由於雞蛋的氣室位在鈍端，因此存放時需將鈍端朝上，避免氣室中的空氣向上擠壓，使得氣室越來越大。
同時若要冷藏保存也避免存放於冰箱門旁的蛋架上，該處容易因開關冰箱門而產生溫差，影響雞蛋品質。洗選蛋的保存期限為洗選包裝日期，而非製造日期，約可保存14天至30天。
中興大學動物科學系助理教授王建鎧指出，為避免洗選蛋遭致病微生物入侵，洗選後從運輸、儲存到消費者端都必須全面冷藏保存，讓洗選蛋維持穩定低溫，減少微生物因溫度變化入侵的機會，也抑制可能的微生物生長速度。
為對洗選蛋進行溯源管理，自2022年起，農業部也要求所有洗選蛋皆需逐顆噴印編碼、包裝日期及生產方式代號，避免蛋品混摻，消費者也可透過相關平台查詢。台灣科技媒體中心說明，因非洗選蛋仍留有保護層，在保存期限上比需冷藏的更長，可直接放置於陰涼處常溫保存。
若需放置於冰箱冷藏保存更長時間，由於蛋殼上仍存在髒污，在存放上需多加注意，避免與其他食材交叉汙染，可用乾布簡單擦拭，但不要進行清洗。農業部解釋，清洗過程可能導致雞蛋破裂或是破壞保護層，使得雞蛋遭受汙染，因此建議民眾買回後直接保存，只需在料理前簡單清洗、避免蛋液碰到蛋殼、不吃未全熟的雞蛋便可避免感染沙門氏菌。