由于多种因素，创建自然科学分类法可能具有挑战性。其中一项挑战是仍有大量物种有待发现和分类。此外，确定适当的分类标准和处理物种内的变异可能会带来困难。分类学家还面临着保持一致性和跟上科学知识进步的挑战。