常見的副作用是子宮内膜變薄，這在未來移植時可能會對胚胎著床有一定影響。因此，在使用克羅米酚時一定要用超聲實時監測子宮内膜厚度。如果內膜厚度變薄，我們應當避免使用此方案。在有些案例中，額外補充陰道雌二醇可以恢復子宮内膜的厚度。選擇另一種卵泡刺激藥物或許可以緩解此副作用。經常發生在服用低剂量克羅米酚的女性身上的是，並沒有多個卵子生長，子宫内膜卻变薄。 在这种情况下，促排後的情况反而比自然月经周期更糟：不但没有促排出任何额外的卵子，而且使子宫内膜变薄。未接受超聲監測的患者可能不知道這種副作用， 因此每位認真負責的生育專家都會在克羅米酚週期中進行經陰道超聲檢查，並記錄卵泡發育的數量和子宮內膜厚度。克羅米酚常見的副作用包括潮熱、頭痛、視力模糊、情緒波動，還可引起宮頸粘液的變化。克羅米芬直接作用於垂體腺，也影響許多具有雌激素受體的組織。相比之下，Gonal-F 等可注射促性腺激素藥物則主要針對卵巢起作用。因此，許多患者會在克羅米酚週期中註意到他們身體的變化，好在這些都不是長期副作用，也沒有長期的影響。儘管有卵巢癌方面的擔憂，但並沒有確鑿證據表明合理使用克羅米酚會增加卵巢癌風險。極少數情況下，患者會出現卵巢過度刺激綜合症 (OHSS)，這是一種嚴重的副作用，需要立即就醫。通常，這些患者有偏高的 AMH水平。另一個副作用是治療數週後可能會出現卵巢囊腫！通常我們在患者開始另一治療週期，或在骨盆疼痛的情況下發現囊腫，原因是克羅米芬可能會在女性體內數周保持活躍。卵巢可能會因持續受到刺激而增加囊腫發生的概率。