目前已發展新技術，取出「健康人」腸道微菌叢再以灌腸、內視鏡或口服膠囊方式植入「病人」腸道系統，以恢復其腸道菌落平衡，達到治療效果，這就是最先進的腸道微菌叢植入治療 （Fecal Microbiota Transplantation，FMT）， 腸菌叢植入可望治療6大類疾病，並已通過特管辦法實施，就是導入「原屬於腸道」益生菌的概念。