肉毒桿菌BOTOX較常見的副作用只是暫時性，而且只限於注射的局部位置出現。一般來說，的副作用包括：輕微疼痛、瘀青(可以化妝品遮蓋)及頭痛等。直至目前為止，根據臨床研究與調查，並沒有發現因注射肉毒桿菌BOTOX而產生永久性副作用的個案。肉毒桿菌BOTOX在美國的臨床經驗已長達十幾年，在台灣也有10年的時間，期間並無發現任何有長期性副作用的個案。