某些行業產生的廢水可能含有大量不得排入自然水源的副產物。因此，此類行業多數擁有專門的內部廢水處理廠，可根據製程所產生的污染物針對性打造廢水處理。這樣才能遵守相應行業特定的法規。處理可包括去除有毒物質、酸鹼、處理鹽水以及各種固體。 在部分設施裡，廢水可能經過完整的處理製程，再回歸大自然。在其他情況下，廢水可能僅經過部分處理，然後送往市政廢水處理廠。 儘管行業和需要去除的物質各不相同，還可能需要額外步驟，但整體製程大致相同：過濾後進行曝氣。與市政廢水處理廠類似，使用鼓風機或壓縮機為曝氣池提供氣流。不過，由於廢水可能含有不同的潛在有害化學物質，因此對鼓風機或壓縮機的要求也各不相同，例如防腐蝕性。