製作克菲爾奶的方式是克菲爾和優格的主要差別之一。優格是使用冷凍的菌粉，克菲爾使用克菲爾活菌和全脂牛奶進行發酵。克菲爾活菌看起來像凝膠狀小珠，含有各種好菌和酵母菌。將菌種放入玻璃罐中，並倒入新鮮牛奶，蓋上蓋子，在室溫下放置至少 24 小時，菌種會將牛奶中的乳糖發酵成乳酸，並製造益生菌。 好好照顧菌種，可以無限次數製造克菲爾奶。 發酵最佳溫度為 22-25℃。在寒冷的冬天，菌種會發酵速度減緩。