自然週期植入是依正常月經週期排卵，不需靠注射、服用藥物方式來刺激卵巢與子宮，可靠自身荷爾蒙打造適合胚胎著床的環境。若本身有多囊、肌瘤、輸卵管相關疾病等，導致經期紊亂則需透過用藥週期植入，如荷爾蒙週期、排卵藥週期（成熟卵泡1～2顆）、排卵針週期（2顆以上）等，不論是何種植入方式，皆需經由醫生諮詢討論才決定療程。