Mụn đầu đen cũng giống như các loại mụn trứng cá khác được hình thành từ các nang lông bị tắc nghẽn trên da do vi khuẩn, bụi bẩn, tế bào chết, các sản phẩm trang điểm làm cho lượng dầu sản sinh ra không thể thoát ra khỏi bề mặt da. Tuy nhiên, khi tiếp xúc trực tiếp với không khí, đầu mụn bị oxy hóa và chuyển dần sang màu đen đặc trưng.