Server SQL cũng chứa đựng những lỗ hổng bảo mật như bất cứ ứng dụng khác của doanh nghiệp như xác thực yếu, thiết kế không an toàn, cấu hình sai và một số vấn đề khác. Năm 1998 SQL injection lần đầu tiên được báo cáo và cho đến nay nó vẫn là một kỹ thuật được kẻ xấu lợi dụng để thi hành các câu lệnh SQL bất hợp pháp.