Bên cạnh những ưu điểm trên, giếng trời còn tồn tại một số nhược điểm như: gây khuếch đại âm thanh trong nhà, khó thoát nước, giảm tuổi thọ các đồ vật trong gia đình hay tăng hiểm họa cho không gian sinh hoạt,...