Có nhiều khó khăn khác nhau phải đối mặt trong khi tạo truy xuất nguồn gốc giữa các yêu cầu. Chúng bao gồm: Chi phí – Vì toàn bộ quy trình truy xuất nguồn gốc chủ yếu là thủ công và ít tự động hơn nên cần có các công cụ và kỹ thuật chuyên dụng. Điều này làm cho truy xuất nguồn gốc đầy đủ khá tốn kém. Sự hài lòng bị trì hoãn – Một số loại trái cây cần có thời gian để chín. Truy xuất nguồn gốc đầy đủ là một trong những quá trình như vậy. Lợi ích thực sự của nó đến muộn trong chu kỳ phát triển. Tốn thời gian – Rất nhiều tài liệu, công cụ, v.v khác nhau được sử dụng để truy xuất nguồn gốc đầy đủ. Thông tin đầy đủ được cung cấp cho mỗi và mọi bên liên quan. Do đó, toàn bộ thủ tục này có thể hơi tốn thời gian.