Chỉ số AFP tăng bất thường liên quan liên quan đến một số bệnh lý về gan mật, ung thư gan, ung thư tinh hoàn, ung thư buồng trứng, khối u tế bào mầm, các bất thường trong thai kỳ cũng như dị tật bẩm sinh của thai nhi.