Tùy từng trường hợp cụ thể mà đơn vị có được khấu trừ thuế GTGT hay không: Nếu doanh nghiệp chưa mua bảo hiểm và chưa được bồi thường thì được khấu trừ thuế GTGT; Nếu doanh nghiệp mua bảo hiểm và được bồi thường theo giá đã bao gồm thuế GTGT thì không được khấu trừ thuế GTGT; Ngoài ra, để được bồi thường, doanh nghiệp cần chuẩn bị đầy đủ hồ sơ, tài liệu chứng minh các trường hợp tổn thất không được bồi thường để được khấu trừ thuế GTGT.