APA được áp dụng trên nguyên tắc cơ quan thuế và người nộp thuế hoặc cơ quan thuế Việt Nam và cơ quan thuế đối tác và người nộp thuế cùng hợp tác, trao đổi, đàm phán về việc áp dụng các quy định pháp luật về thực hiện nghĩa vụ thuế thu nhập doanh nghiệp đối với các giao dịch liên kết thuộc phạm vi APA phù hợp với các nguyên tắc giao dịch độc lập và nguyên tắc bản chất hoạt động, giao dịch quyết định nghĩa vụ thuế.