Căn cứ Điều 19 Nghị định 37/2015/NĐ-CP quy định thanh toán hợp đồng xây dựng như sau: Việc thanh toán hợp đồng xây dựng phải phù hợp với loại hợp đồng, giá hợp đồng và các điều kiện trong hợp đồng mà các bên đã ký kết. Khi thanh toán theo các thỏa thuận trong hợp đồng các bên không phải ký phụ lục hợp đồng, trừ trường hợp bổ sung công việc chưa có trong hợp đồng. Các bên thỏa thuận trong hợp đồng về số lần thanh toán, giai đoạn thanh toán, thời điểm thanh toán, thời hạn thanh toán, hồ sơ thanh toán và điều kiện thanh toán. Bên giao thầu phải thanh toán đầy đủ (100%) giá trị của từng lần thanh toán cho bên nhận thầu sau khi đã giảm trừ tiền tạm ứng, tiền bảo hành công trình theo thỏa thuận trong hợp đồng, trừ trường hợp các bên có thỏa thuận khác. Như vậy, theo thông tin bạn cung cấp thì công ty có thỏa thuận về việc thanh toán hợp đồng xây dựng thành 03 giai đoạn. Do đó, khi thanh toán sẽ thực hiện theo hợp đồng xây dựng đã thỏa thuận mà không phải ký thêm phụ lục hợp đồng.