Giá nội soi ruột non tùy thuộc vào phương pháp nội soi sử dụng, bác sĩ và  đơn vị y tế thực hiện mà chi phí cần chi trả cho phẫu thuật nội soi ruột non sẽ khác nhau. Tuy nhiên, theo khảo sát, chi phí nội soi ruột non trung bình dao động từ 14 đến 15 triệu đồng.