Trong đa số trường hợp, rò hậu môn bắt nguồn từ nhiễm khuẩn vùng khe tuyến hậu môn trực tràng, đây là một bệnh lý lành tính do vi khuẩn gây ra, có thể điều trị khỏi với phẫu thuật. Một số tình huống rò hậu môn xuất phát từ những bệnh lý phức tạp hơn (Crohn, IBD, lao, HIV, giang mai, Chlamydia trachomatis,…) đòi hỏi quá trình theo dõi và điều trị kéo dài, kể cả sau phẫu thuật để có thể điều trị triệt để nguyên nhân gây bệnh. Nặng nề nhất, trong bối cảnh rò hậu môn thứ phát từ một bệnh lý ác tính (thường từ đường tiêu hóa), nếu phát hiện muộn và can thiệp chậm trễ sẽ có tiên lượng xấu và nguy cơ tử vong.
Nếu rò hậu môn không điều trị sẽ dẫn đến tình trạng hình thành ổ áp xe cạnh hậu môn tái diễn, lặp đi lặp lại nhiều lần, nặng nề hơn về lâu dài, có thể diễn tiến trở thành bệnh lý ác tính.4 Như vậy, rò hậu môn có thể có nguyên nhân từ bệnh lý ác tính và cũng có thể tiến triển thành bệnh lý ác tính nếu không tích cực điều trị.