Hệ vi sinh vật đường ruột có vai trò trong việc kiểm soát cân nặng. Thêm vào đó việc kết hợp bổ sung probiotic với các enzym tiêu hóa có thể giúp bảo vệ chống lại những thay đổi trong hệ vi sinh vật đường ruột do thức ăn hay tác dụng của thuốc. Probiotic có thể được tìm thấy trong các loại sữa chua, ví dụ như sữa chua Hy Lạp( đó là Lactobacillus acidophilus và Lactobacillus casei) có thể giúp tăng lượng vi khuẩn có lợi trong đường ruột. Trong khi đó các enzym tiêu hóa có thể tăng cường sức khỏe của hệ vi sinh vật đường ruột. Kết quả là việc tăng cường vi khuẩn có lợi trong đường ruột có thể làm giảm chỉ số khối cơ thể, khối lượng chất béo và trọng lượng cơ thể về lâu dài.