Cấp quản lý thuế đối với các công ty FDI là cấp cục quản lý, tuy nhiên một số danh nghiệp đầu tư gián tiếp thì có thể chi cục do chưa đồng bộ. Các DN này cần làm thủ tục chuyển lên CQT cấp cục quản lý.