Đảo Hòn Chùa nằm cách đất liền chừng 7 km, thuộc địa phận biển Long Thủy, xã An Phú, TP. Tuy Hòa, Phú Yên. Du khách sẽ mất khoảng 20 phút đi từ đất liền qua đảo.