Rò hậu môn có thể được chữa khỏi nếu có phương pháp can thiệp phù hợp và chăm sóc đúng cách. Tuy nhiên tùy thuộc vào từng tình huống cụ thể, rò hậu môn vẫn có nguy cơ tái phát nhất là với những trường hợp rò hậu môn phức tạp, phương pháp điều trị chưa phù hợp, chăm sóc chưa đúng cách hay không tuân thủ điều trị:1 6 7
Phẫu thuật cắt mở đường rò: nguy cơ tái phát 0-18%, tần suất rối loạn đi tiêu 3-7%.
Cột seton (dây thun): nguy cơ tái phát 0-18%, tần suất rối loạn đi tiêu 0-17%.
Chuyển vạt niêm mạc trực tràng: nguy cơ tái phát 1-17%, tần suất rối loạn đi tiêu 6-8%.