Tháng Một và Tháng Hai là những tháng ấm áp nhất tại Encarnacion với nhiệt độ trung bình vào khoảng 28°C. Tháng Bảy và Tháng Sáu là 2 tháng lạnh nhất trong năm với nhiệt độ trung bình khoảng 18°C. Tháng Một và Tháng Mười là những tháng mưa nhiều nhất.