Về cơ bản, hợp tác xã sẽ có nghĩa vụ nộp thuế đối với nhà nước tương tự như mô hình doanh nghiệp. Các loại thuế hợp tác xã phải nộp bao gồm: lệ phí môn bài, thuế TNDN, thuế GTGT, thuế TNCN và 1 số các loại thuế khác tùy vào từng hoạt động, ngành nghề của hợp tác xã.
Chậm nhất ngày 15/01 mỗi năm, hợp tác xã phải gửi báo cáo về tình hình hoạt động của năm trước liền kề.