Lệ phí cấp giấy phép xây dựng đượcthực hiện theo quy định của Hội đồng nhân dân cấp tỉnh nơi chủ đầu tư xin giấy phép xây dựng. Cụ thể, lệ phí cấp giấy phép xây dựng công trình tôn giáo ở Hà Nội theo Nghị quyết 06/2020/NQ-HĐND ngày 07/7/2020 là 150.000 đồng/1 giấy phép.