Tác dụng phụ của thuốc Đông Y xảy ra do nhiều nguyên nhân khác nhau, trong đó có các yếu tố chính sau đây: Sai sót trong bào chế thuốc:  Sai sót trong bảo quản dược liệu: Tác dụng phụ của thuốc Đông Y  Thuốc không rõ nguồn gốc, xuất xứ Thuốc Đông Y pha trộn tân dược Bốc thuốc không đúng Người dùng tự bốc thuốc Sử dụng thuốc kéo dài Tồn dư thuốc trừ sâu, kim loại nặng trong dược liệu Dùng thuốc quá liều Sai sót trong cách sử dụng thuốc