Việc sử dụng hóa đơn điện tử có nhiều ưu điểm nổi trội hơn so với hóa đơn giấy, điển hình như: Lập hóa đơn dễ dàng, nhanh chóng và hạn chế sai sót; Giảm chi phí hơn so với sử dụng hóa đơn giấy (in ấn, vận chuyển hóa đơn...); Lưu trữ dễ dàng, không lo mất, cháy, hỏng; Thuận tiện trong việc giao nhận hóa đơn điện tử và thanh toán trực tiếp qua mạng; Dễ dàng kiểm tra thông tin hóa đơn trên hệ thống cơ quan thuế. Tránh trường hợp sử dụng phải hóa đơn bất hợp pháp khi doanh nghiệp xuất hóa đơn không còn hoạt động hoặc bỏ trốn.