Cách vận hành chính trong môi trường MySQL như sau:
MySQL tạo ra bảng để lưu trữ dữ liệu, định nghĩa sự liên quan giữa các bảng đó. Client sẽ gửi yêu cầu SQL bằng một lệnh đặc biệt trên MySQL. Ứng dụng trên server sẽ phản hồi thông tin và trả về kết quả trên máy client.