Hoài sơn là dược liệu lành tính nhưng nếu dùng sai cách sẽ ảnh hưởng xấu đến sức khỏe. Vì thế, bạn nên lưu ý những điều sau khi sử dụng vị thuốc này: Hoài sơn có cơ chế hoạt động giống như một dạng estrogen nhẹ. Nếu bạn đang sử dụng các loại thuốc có nguồn gốc từ hormon như: corticoid, thuốc tránh thai,… thì cần cân nhắc trước khi sử dụng. Những người bị u xơ tử cung, u nang buồng trứng,… cần thận trọng trong việc sử dụng vị thuốc này. Tốt nhất người bệnh nên tham khảo ý kiến bác sĩ/ thầy thuốc trước khi dùng. Dùng kiện tỳ chỉ tả nên sao vàng, cần bổ âm nên dùng Hoài sơn sống. Người có thấp nhiệt, thực tà không nên dùng vị thuốc này. Trong quá trình sử dụng, nếu có dấu hiệu bất thường trên cơ thể bạn nên đến gặp bác sĩ hoặc thầy thuốc ngay.