Theo kinh nghiệm của các thầy thuốc Đông y, chế biến củ mài thành vị thuốc hoài sơn cần phải trải qua một quá trình chế biến thuốc công phu. Sau khi đào hoài sơn về phải chế biến ngay trong vòng 3 ngày nếu không sẽ hỏng. Việc chế biến gồm có 3 giai đoạn:
Sấy diêm sinh lần thứ nhất: Sau khi gọt vỏ đem xông diêm sinh (110kg củ mài phải dùng 2kg diêm sinh). Trong lò sấy xếp hoài sơn thành hình cũi lợn để cho các củ đều hưởng được hơi diêm sinh. Sau khi sấy 2 ngày 2 đêm, cần ủ lại một đêm, rồi phơi nắng nhỏ hoặc sấy nhẹ cho khô. Đem ngâm nước lã 2 ngày 2 đêm rồi rửa sạch và phơi nắng cho khô. Sấy diêm sinh lần thứ hai: Lại xếp hoài sơn vào lò như lần trước rồi đốt diêm sinh trong 1 ngày 1 đêm (100kg củ mài phải dùng 1kg diêm sinh). Khi nào hoài sơn mềm như chuối là được. Nếu chưa mềm cần sấy diêm sinh lại. Sấy xong ủ trong vại, đậy vại bằng bao tải có nhúng nước. Đợi một ngày 1 đêm, đem ra sửa chữa củ mài cho đều đặn rồi đặt lên ván mà lăn. Lăn đến khi hai đầu củ mài lõm vào. Đem phơi nắng nhỏ hoặc sấy nhẹ cho hơi khô, sửa lại lần nữa cho miếng củ mài thật đẹp rồi lại lăn lần nữa cho nhẵn bóng và phơi thật khô. Nhúng nhanh vào nước lấy ra dùng giấy ráp đánh cho bóng. Sấy diêm sinh lần thứ ba: Cứ 100kg hoài sơn lần này chỉ dùng 200g diêm sinh. Sấy trong 1 ngày 1 đêm. Khi đóng gói cần phải phân loại ra nhiều hạng. Hạng nhất: 4 khúc hoài sơn nặng 0,500kg. Hạng hai phải 6 khúc. Hạng ba tám khúc, hạng bốn 10 khúc, hạng năm 12 khúc và hạng sáu 14 khúc nặng nửa kilôgam.