Rau muống rất ít bị bệnh hại, tuy nhiên có một số loại sâu bệnh có thể gây hại cho rau muống mà bạn cần chú ý: Các loại sâu xanh, sâu tơ, sâu đục đọt, sâu ăn lá, sâu khoang và sâu ba ba, nếu phát hiện các loại sâu này thì bạn sử dụng một trong các loại thuốc để phun như Aztron, Biocin 16 WP, Dipel 6.4 WP,... Nên sử dụng luân phiên các thuốc trên để việc phòng trừ đạt hiệu quả cao. Rầy xám thường gây hại ở rau muống cạn, để phòng trừ bệnh thì bạn dùng thuốc Bassa 50ND, Cyperan 25EC... phun kỹ trên toàn bộ cây. Bệnh rỉ trắng thường xuất hiện trên rau muống nhiều nhất vào mùa mưa. Để phòng bệnh này thì bạn cần chú ý lên liếp cao cho rau để thoát đất nước tốt. Khi phát hiện bệnh thì sử dụng các loại thuốc như Score 250 EC, Sherpa 20EC, Regent 80WG, Dithane 80WP, Sumicidin 10EC, thuốc sinh học NPV để phun cho rau.