Caffeine có trong cà phê cũng có thể gây khó chịu đường tiêu hóa bằng cách tăng sản xuất axit dạ dày (axit clohydric), ở mức thích hợp giúp cơ thể tiêu hóa thức ăn. Khi bạn uống cà phê lúc đói, điều này có thể làm tăng thêm axit trong cơ thể bạn. Ngay cả cà phê đã khử caffein cũng có thể kích thích sản xuất axit, khi bụng đói, có thể gây hại cho niêm mạc dạ dày nếu uống thường xuyên. Điều này có thể dẫn đến chứng khó tiêu suốt cả ngày, Hội chứng ruột kích thích (IBS), ợ chua và loét dạ dày.