Sinh tố cần được bảo quản trong chai, hộp kín khí trong tủ lạnh 24 đến 48 giờ. Các loại sinh tố có chứa sữa có thời gian bảo quản ngắn hơn, thường chỉ trong 1 ngày. Để bảo quản món sinh tố lâu hơn, bạn có thể cho thêm chanh hoặc trái cây có tính acid, vì tính acid cao làm giảm hoạt động của enzyme và làm chậm quá trình oxy hóa sinh tố.
Sinh tố cũng có thể được bảo quản đông lạnh lên đến 3 tháng. Khi trữ đông sinh tố, hãy đổ sinh tố cách miệng chai 5 - 7 cm để ngăn sinh tố nở ra khi bị đông lạnh và làm vỡ chai.