Tháng Tám và Tháng Bảy là những tháng ấm áp nhất tại Flensburg với nhiệt độ trung bình vào khoảng 17°C. Tháng Hai và Tháng Một là 2 tháng lạnh nhất trong năm với nhiệt độ trung bình khoảng 3°C. Tháng Mười và Tháng Tám là những tháng mưa nhiều nhất.