WP Optimize sẽ vô hiệu hóa một số tính năng nếu phát hiện các bảng InnoDB. Điều này là do InnoDB không hỗ trợ việc xoá các dòng không sử dụng và không cho phép sửa chữa các bảng. Tuy nhiên, bạn vẫn có thể sử dụng các tính năng khác của WP Optimize như nén hình ảnh, lưu trữ trang web vào bộ nhớ đệm, rút gọn và bất đồng bộ CSS và JavaScript.