Nguyên nhân sinh ra đất nhiễm phèn là do nước biển dâng cao gây ngập đất. Trong nước biển lại chứa muối sunfat. Khi dâng ngập đất sẽ hòa trộn với trầm tích chứa các chất hữu cơ và oxit sắt trong đất. Đất phèn khi khô lại sẽ rất cứng và trở nên nứt nẻ. Các vi sinh vật hoạt động trong đất nhiễm phèn sẽ kém đi nhiều bởi đất rất chua.