Nấm Đông trùng hạ thảo được sử dụng đúng cách sẽ không gây tác dụng phụ hay tác hại nào đối với cơ thể. Tuy nhiên nếu dùng Đông trùng hạ thảo không đúng cách sẽ gây ra một số tác dụng phụ.