Trong thực tiễn, khi Giấy chứng nhận bị người khác chiếm giữ thì một số trường hợp khởi kiện tại Tòa án yêu cầu đòi lại Giấy chứng nhận. Mặc dù có những quan điểm khác nhau về việc có thụ lý giải quyết hay không do Bộ luật Tố tụng dân sự năm 2015 không quy định tranh chấp yêu cầu đòi lại Giấy chứng nhận là tranh chấp thuộc thẩm quyền giải quyết của Tòa án, nhưng việc giải quyết những trường hợp này hiện nay theo hướng dẫn tại Công văn số 141/TANDTC-KHXX ngày 21/9/2011 về việc thẩm quyền giải quyết các yêu cầu trả lại giấy chứng nhận quyền sở hữu tài sản.