Tháng Mười Hai và Tháng Mười Một là những tháng ấm áp nhất tại San Pedro de Atacama với nhiệt độ trung bình vào khoảng 17°C. Tháng Bảy và Tháng Sáu là 2 tháng lạnh nhất trong năm với nhiệt độ trung bình khoảng 10°C. Tháng Hai và Tháng Một là những tháng mưa nhiều nhất.