Có một sự khác biệt chính giữa cài đặt Cydia và cài đặt Emus4U. Cydia có khả năng khiến iPhone của bạn bị nhiễm phần mềm độc hại; Emus4U thì không thể nào. Khi bạn cài đặt Cydia, Apple có thể vô hiệu hoá bảo hành của bạn; nhưng khi cài đặt Emus4u thì không sao.