Hiện chưa có nghiên cứu nào cho thấy loại viêm não Nhật Bản này có thể lây truyền từ người sang người. Do đó, nguyên nhân chính của bệnh là do muỗi, loài côn trùng truyền virut từ lợn sang người. Căn bệnh này có thể bị mắc bất cứ lúc nào, nhưng đặc biệt vào mùa hè khoảng tháng 5, 6 và 7 là thời điểm bùng phát dịch. Vì thời điểm này muỗi phát triển mạnh, chúng sẽ truyền mầm bệnh cho nhiều người.