Cũng như tất cả các loại phẫu thuật khác, phẫu thuật rò hậu môn cũng có những biến chứng nhất định. Điều này tùy thuộc vào kinh nghiệm của phẫu thuật viên, tình trạng bệnh và chăm sóc sau mổ. Người bệnh sẽ được các bác sĩ điều trị tư vấn về các biến chứng này. Trong đó hai biến chứng cần được nhấn mạnh khi trong phẫu thuật rò hậu môn là nguy cơ tái phát và rối loạn đi tiêu.
Các biến chứng có thể có sau khi phẫu thuật rò hậu môn:1
Tái phát.
Rối loạn đi tiêu.
Bí tiểu.
Táo bón.
Chảy máu.
Nhiễm khuẩn.
Chậm lành vết thương.
Viêm hẹp hậu môn.