Rau hữu cơ dễ hư hơn, hạn sử dụng ngắn hơn vì không chứa chất bảo quản. Tuy thời thời hạn sử dụng ngắn nhưng mà giá thành thì đắt hơn rau thông thường. Trong quá trình sản xuất thực phẩm hữu cơ có thể có vi khuẩn e-coli gây hại cho hệ tiêu hóa, đặc biệt là trẻ nhỏ và phụ nữ mang thai.