Việc tính phí sẽ được áp dụng theo biểu phí chuyển tiền của ngân hàng trước đó. Ngân hàng nào lâu nay miễn phí chuyển tiền thì vẫn miễn phí, ngân hàng nào lâu nay tính phí thì vẫn tính phí bình thường. VietQR chỉ làm cho việc chuyển tiền của khách hàng được đơn giản hơn thôi.