Đông trùng hạ thảo tươi giữ được nguyên vẹn giá trị dinh dưỡng nhưng dễ tồn tại nhiều trứng của các loại ấu trùng và bào tử nấm khác, hơn nữa chúng có hạn sử dụng ngắn (dưới 1 tháng) nên cần bảo quản ở nhiệt độ thấp. Còn đông trùng hạ thảo khô thì đã được sơ chế nên dễ bảo quản và sử dụng được trong thời gian dài, hàm lượng dinh dưỡng đạt được sẽ khoảng từ 95-99% tùy công nghệ chế biến.