Chi phí vận chuyển hàng hóa bằng container lạnh thường cao hơn so với container khô. Điều này bởi vì container lạnh được trang bị thêm các thiết bị và công nghệ đặc biệt để giữ nhiệt độ ổn định bên trong container, và cần tiêu thụ nhiều năng lượng hơn để vận hành. Bên cạnh đó, việc đầu tư và bảo trì cho container lạnh cũng tốn kém hơn so với container khô. Tuy nhiên, chi phí vận chuyển hàng hóa bằng container lạnh còn phụ thuộc vào nhiều yếu tố khác như kích thước của container, khoảng cách vận chuyển, loại hàng hóa và yêu cầu bảo quản của sản phẩm. Do đó, để đưa ra quyết định chọn container lạnh hay container khô, người sử dụng cần phải cân nhắc kỹ các yếu tố trên và tính toán chi phí vận chuyển để đưa ra quyết định tối ưu nhất.