Bệnh lỵ amip và lỵ trực khuẩn lây trực tiếp thông qua đường ăn uống, người mắc bệnh do tiếp xúc qua tay người bệnh hoặc thông qua thức ăn có chứa u nang. Côn trùng như ruồi, nhặng cũng là vật trung gian quan trong.