Sau khi doanh nghiệp gửi tờ khai đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử theo Nghị định 123 và được CQT chấp nhận, doanh nghiệp phải thực hiện hủy hóa đơn còn tồn theo quy định cũ (ngừng sử dụng hóa đơn điện tử đã đăng ký phát hành theo các quy định trước đây hoặc tiêu hủy hóa đơn giấy đã phát hành nhưng chưa sử dụng)