Khí hậu Phú Yên có hai mùa rõ rệt. Mùa mưa trong khoảng tháng 9-12. Do vậy, để thuận tiện nhất cho các chuyến tham quan, bạn nên tới đây vào mùa nắng từ tháng 1 đến tháng 8. Ngoài ra bạn cũng có thể thu xếp đến vào những dịp lễ hội