Sau đây là hai thách thức thường gặp khi sử dụng mô phỏng Monte Carlo:
Mô phỏng Monte Carlo phụ thuộc rất nhiều vào các giá trị đầu vào và hàm phân phối. Nếu trong quá trình chọn hàm phân phối xác suất và đầu vào xảy ra sai sót, phương pháp này có thể cho ra kết quả không chính xác.
Phương pháp này có thể sẽ cần khả năng điện toán vượt ngưỡng để tiến hành các thử nghiệm Monte Carlo. Hoàn tất điện toán trên một máy tính đơn lẻ với phương pháp Monte Carlo có thể sẽ mất vài giờ hoặc vài ngày.