Thời điểm ấm nhất trong năm tại Shakotan thường rơi vào Tháng Tám và Tháng Bảy với nhiệt độ trung bình 18°C. Tháng Một và Tháng Hai là 2 tháng mát mẻ nhất trong năm với nhiệt độ trung bình khoảng -1°C. Thời điểm mưa nhiều nhất thường rơi vào Tháng Chín và Tháng Bảy.