Phí giao dịch của sàn giao dịch Bittrex cũng là vấn đề được nhiều người tranh cãi. Ở sàn Bittrex, họ thu tất cả các lệnh giao dịch dù mua hay bán dù bạn đặt chờ hay mua bán luôn thì khi khớp lệnh cũng mất 0.25%.. Đây là mức phí khá cao so với các sàn giao dịch khác. Ngoài ra, khi bạn sao kê tài khoản tại Mỹ thì phải chịu một khoản phí là 10$ + thêm 1 đô tương ứng mỗi trang để vận chuyển. Đối với quốc gia khác ngoài Mỹ phải chịu thêm phí bổ xung