Nội soi đại tràng là một thủ thuật an toàn, tỷ lệ xuất hiện biến chứng là cực kỳ thấp (chỉ khoảng 1/1,000 ca). Những biến chứng có thể xảy ra khi nội soi đại tràng bao gồm: thủng đại tràng, biến chứng tim mạch, xuất huyết, trướng hơi nặng, nhiễm khuẩn huyết.