MISA tính phí gia hạn từ thời điểm Doanh nghiệp hết hạn bảo hành do khi Doanh nghiệp gia hạn phần mềm thì sẽ được sử dụng phiên bản mới nhất kế thừa tất cả mọi tính năng/tiện ích từ những phiên bản trước tới thời điểm gia hạn, chứ không chỉ được sử dụng phiên bản từ thời điểm đăng ký gia hạn. Đây cũng là cách tính phí phổ biến với các giải pháp phần mềm tương tự trong và ngoài nước.