Chi phí để sử dụng chứng chỉ SSL không hề nhỏ, cũng như chi phí để xây dựng cơ sở hạ tầng và xác nhận chứng chỉ không rẻ. Hiệu suất làm việc chậm hơn bởi tất cả các dữ liệu được truyền đi sẽ phải được mã hóa cho nên sẽ tiêu tốn nhiều tài nguyên hơn.