- Thí điểm tại Thành phố Hồ Chí Minh và một số tỉnh như Đà Nẵng, Bắc Ninh thì Ban Quản lý ATTP là nơi tiếp nhận và cấp chứng nhận cơ sở đủ điều kiện ATTP.
- Tại các địa phương khác thì tùy vào đối tượng hoạt động sản xuất, kinh doanh thực phẩm sẽ được phân quyền đến các đơn vị quản lý khác nhau.