Cơ cấu tổ chức của Trung tâm bao gồm: giám đốc, các phó giám đốc; các phòng chức năng, phòng chuyên môn, nghiệp vụ; lớp học; tổ sản xuất, kinh doanh, dịch vụ phục vụ hoạt động giáo dục, đào tạo (nếu có); hội đồng thi đua khen thưởng, hội đồng kỷ luật; hội đồng khoa học, hội đồng tư vấn (khi cần thiết)