Có hai cách chính để cấu hình Hibernate: sử dụng XML và annotation (chú thích) do Java cung cấp.
Trong những phiên bản Hibernate trước Hibernate 4.0, cách duy nhất để cấu hình cho Hibernate framework là sử dụng XML. Còn cách cấu hình với chú thích dựa trên Java chỉ có sẵn trong các phiên bản 4.0 trở lên.