Cách tốt nhất để bảo quản thạch củ năng là cất phần thạch củ năng sau khi áo bột (chưa luộc) vào túi hay hộp đậy kín vào ngăn đá tủ lạnh. Khi ăn bạn chỉ cần luộc như bình thường mà không cần rã đông. Đối với phần thạch đã luộc thì bạn chỉ nên dùng trong ngày vì bột năng dễ hỏng.