Thời điểm ấm nhất trong năm tại Owatonna thường rơi vào Tháng Bảy và Tháng Sáu với nhiệt độ trung bình 20°C. Tháng Một và Tháng Hai là 2 tháng mát mẻ nhất trong năm với nhiệt độ trung bình khoảng -6°C. Thời điểm mưa nhiều nhất thường rơi vào Tháng Tám và Tháng Bảy.