Quản lý cửa hàng trong Captain Pawsome yêu cầu người chơi triển khai chiến lược kinh doanh chắc chắn. Từ việc lựa chọn cá để mua và bán, đến việc phân phối nguồn lực cho việc nâng cấp cửa hàng. Chính sách quản trị tài chính và nâng cấp cửa hàng một cách thông minh sẽ khiến lợi nhuận tăng trưởng trong hành trình khám phá biển khơi.