Vé máy bay Hà Nội Phú Quốc có giá từ 499.000 VNĐ/ chiều (chưa bao gồm thuế phí). Đường bay thẳng Hà Nội – Phú Quốc được 3 hãng hàng không Vietnam Airlines, Bamboo Airways và Vietjet Air khai thác. Thời gian bay trung bình của chặng bay là 02:05 phút.
Đường bay TPHCM – Phú Quốc được 3 hãng hàng không Vietnam Airlines, Vietjet Air và Jetstar Pacific khai thác. Giá vé máy bay đi Phú Quốc từ TPHCM chỉ từ 99.000/chiều chưa bao gồm thuế phí. Đây cũng là đường bay có giá vé rẻ nhất và tần suất bay cao nhất.