Cơ cấu tổ chức ngân hàng Agribank gồm có:
Hội đồng thành viên: Gồm 11 thành viên, đứng đầu là Chủ tịch - Ông Trịnh Ngọc Khánh
Ban Điều hành: Gồm 10 thành viên, đứng đầu là Tổng Giám đốc - Ông Tiết Văn Thành
Ngoài ra, trong mô hình quản lý của ngân hàng Agribank còn có Ủy ban nhân sự, Ủy ban chính sách, Ủy ban đầu tư, Ủy ban Quản lý Rủi ro, Ban Thư ký, các khối công ty con,...