Nguyên nhân chính gây ra mụn nội tiết là do nội tiết trong cơ thể thay đổi, hay do sự mất cân bằng nội tiết tố một cách quá mức gây rối loạn. Khi đó da sẽ sản sinh ra nhiều dầu thừa và bã nhờn, kết hợp với các tác nhân bụi bẩn, tế bào chết… khiến lỗ chân lông bị bít tắc gây mụn, viêm sưng lỗ chân lông.