Tháng Mười và Tháng Chín là những tháng ấm áp nhất tại Navegantes với nhiệt độ trung bình vào khoảng 24°C. Tháng Bảy và Tháng Sáu là 2 tháng lạnh nhất trong năm với nhiệt độ trung bình khoảng 20°C. Tháng Mười Hai và Tháng Mười Một là những tháng mưa nhiều nhất.