Việc giải quyết tranh chấp thương mại bằng Tòa án được thực hiện theo thủ tục giải quyết vụ án dân sự nên bên thua kiện phải chịu án phí theo quy định của pháp luật. Cụ thể, tại Danh mục lệ phí, án phí Tòa án ban hành kèm theo Nghị quyết 326/2016/UBTVQH14, đối với tranh chấp có giá ngạch từ 60 triệu đồng trở xuống phải đóng mức án phí sơ thẩm là 3 triệu đồng. Nếu giá trị vụ tranh chấp trên 60 triệu đồng sẽ tính theo hướng dẫn tại Nghị Quyết.