Nếu bạn lựa chọn sử dụng Shopify, sẽ không phát sinh bất cứ loại phí giao dịch nào. Tuy nhiên, nếu bạn chọn cổng thanh toán bên ngoài, bạn sẽ phải thanh toán thêm 2%, 1% hoặc 0.5% phụ thuộc vào gói dịch vụ bạn chọn - Shopify cơ bản, Shopify, and Shopify Nâng cao. Gói dịch vụ của bạn càng cao thì chi phí bạn phải trả càng thấp.