Một số thách thức lớn nhất mà các doanh nghiệp thương mại điện tử phải đối mặt bao gồm cạnh tranh, lo ngại về bảo mật, thay đổi hành vi của người tiêu dùng và các vấn đề hậu cần liên quan đến vận chuyển và thực hiện.