Triệu chứng thường nghèo nàn, không điển hình. Ở trẻ nhẹ cân, non tháng thường nhầm lẫn với bệnh cảnh không nhiễm trùng ở trẻ sơ sinh. Vì vậy cần hỏi bệnh nhân về tiền sử gia đình và sản khoa để phát hiện thêm.
Triệu chứng toàn thân: sốt, nhiệt độ dao động hoặc hạ nhiệt độ, rối loạn thân nhiệt. Da tái, nổi vân tím, tưới máu da kém, có thể rải rác xuất hiện các nốt xuất huyết ở dưới da, đôi khi có phù cứng bì. Hội chứng nhiễm trùng nhiễm độc: vẻ mặt hốc hác, môi khô, sụt cân.
Trẻ mắc nhiễm khuẩn sơ sinh có triệu chứng sốt
Thần kinh: giảm vận động, li bì, có khi lại kích thích, trương lực cơ giảm. Bệnh nhân có thể co cứng, co giật,  nếu bị viêm màng não thì đôi khi thóp phồng.
Hô hấp: co rút lồng ngực, rối loạn nhịp thở, thở rên, phổi ran ẩm 2 bên nếu có viêm phổi.
Tím tái do bị thiếu oxy.
Tiêu hóa: kém ăn, có thể nôn trớ, bỏ bú, bụng chướng, tiêu chảy, dịch dạ dày ứ đọng, gan, lách to.
Tiết niệu: trẻ có thể thiểu niệu, vô niệu hoặc đái máu.
Những biểu hiện có ổ nhiễm trùng: mụn mủ da, rốn sưng tấy đỏ, có mùi hôi hoặc mủ, viêm hoại tử da lan tỏa.