Bệnh tay chân miệng thường sẽ không để lại các biến chứng nguy hiểm nếu phát hiện và điều trị kịp thời. Tuy nhiên, một số trường hợp phát hiện trễ, bệnh tiến triển nặng có thể gây ra một số biến chứng như: bại liệt, tê liệt hoặc viêm não,...