Trong thiết kế hòn non bộ, màu sắc được coi là yếu tố quan trọng để tạo nên sự đẹp mắt và hấp dẫn. Tuy nhiên, không có màu sắc nào cố định được coi là tốt nhất, mà phải tùy thuộc vào phong cách và ý tưởng thiết kế của từng người. Nhiều người thường sử dụng màu trắng, đen, nâu và xanh lá cây để tạo ra sự cân bằng và hài hòa cho hòn non bộ. Tuy nhiên, màu sắc cũng có thể phụ thuộc vào môi trường xung quanh, ví dụ như chọn màu nâu đất nếu hòn non bộ được đặt giữa khu vườn rộng lớn hoặc chọn màu xanh dương nếu được đặt trong khuôn viên nhà ở ven biển.