Nhược điểm bao gồm chi phí ban đầu lớn cũng như chi phí bản quyền liên tục. Theo định nghĩa, nhượng quyền thương mại có các khoản phí liên tục phải được trả cho bên nhượng quyền dưới hình thức phần trăm doanh thu hoặc doanh thu. Tỷ lệ phần trăm này có thể dao động trong khoảng từ 4,6% đến 12,5%, tùy thuộc vào ngành.