Mặc dù mang lại nhiều lợi ích, SWOT vẫn tồn tại một số hạn chế như: Kỹ thuật SWOT có thể đơn giản và dễ kiểm soát nhưng vẫn cần phải tập trung nhiều vào nghiên cứu và phân tích chuyên sâu để có được một bức tranh toàn cảnh. Kết quả phân tích chưa chuyên sâu, cần phải kết hợp với số liệu chính xác thì dự án mới có thể thành công Dữ liệu đầu vào cho phân tích SWOT cũng có thể thay đổi nhanh chóng và phải thường xuyên phân tích lại