Doanh nghiệp có thể lựa chọn nộp báo cáo sử dụng chứng từ khấu trừ thuế TNCN qua hệ thống thuế điện tử hoặc nộp bản cứng tại bộ phận một cửa cả Cục, chi cục thuế quản lý. Tuy nhiên, doanh nghiệp nên xác nhận lại xem cơ quan quản lý thuế trực tiếp của doanh nghiệp mình chấp nhận theo hình thức nào.