Hiện nay bệnh viện Quận 2 bao gồm có các khoa dưới đây:
Khoa khám bệnh.
Khoa Răng - Hàm - Mặt.
Khoa vật lý trị liệu - Phục hồi chức năng.
Khoa Ngoại Thần kinh.
Khoa Tim mạch.
Khoa Tai - Mũi - Họng.
Khoa Sản phụ khoa- Nam khoa.
Khoa Chẩn đoán hình ảnh.