Theo Nghị Định 123 doanh nghiệp có thể cùng lúc sử dụng 1 hoặc nhiều loại hoá đơn điện tử vì vậy doanh nghiệp hoàn toàn có thể sử dụng song song 2 loại hình hoá đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền và hoá đơn điện tử GTGT như trước kia. Việc áp dụng song song thường được linh động sử dụng song song với trường hợp:
Trường hợp 1 : khách hàng lẻ không yêu cầu xuất hoá đơn hoặc nếu có yêu cầu xuất HĐ nhưng không yêu cầu nhập các thông tin của Khách hàng và thể hiện chữ ký số trên HDDT thì anh/chị có thể xuất HDDT khởi tạo từ MTT
Trường hợp 2 : Khách hàng là doanh nghiệp có yêu cầu anh chị xuất hoá đơn và thể hiện các trường thông tin như: MST, địa chỉ Công Ty và chữ ký số thể hiện trên hoá đơn thì anh/ chị bắt buộc phải xuất HDDT theo TT78 để đáp ứng các yêu cầu theo nghị định 123, thông tư 78.