Thứ nhất, hộ kinh doanh không có tư cách pháp nhân và không có con dấu.
Thứ hai, hộ kinh doanh phải chịu trách nhiệm vô hạn bằng toàn bộ tài sản đối với mọi hoạt động kinh doanh. Đặc biệt, mỗi cá nhân chỉ được thành lập duy nhất một hộ kinh doanh cá thể.
Thứ ba, hộ kinh doanh không được hoàn thuế, không xuất được hóa đơn giá trị gia tăng bởi không được khai, tính thuế giá trị gia tăng theo phương phương pháp khấu trừ.
Thứ tư, ít tạo được lòng tin cho khách hàng và khó khăn trong việc huy động vốn bởi tính chất kinh doanh nhỏ lẻ
Thứ năm, ngoài những nhược điểm nêu trên, cá nhân hoặc thành viên hộ gia đình thành lập hộ kinh doanh còn có các hạn chế bởi quy định của pháp luật