Đơn vị kê khai thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp không được hiểu là sẽ tính thuế thu nhập doanh nghiệp theo phương pháp trực tiếp. Doanh nghiệp là đối tượng kê khai thuế giá trị gia tăng theo phương pháp trực tiếp muốn tính thuế thu nhập doanh nghiệp theo phương pháp trực tiếp, nộp thuế TNDN theo tỷ lệ % trên doanh thu cần đáp ứng được quy định về đối tượng (tại Điều 3 Thông tư 78/2014/TT-BTC) và có công văn chấp thuận từ cơ quan thuế quản lý.