Điều tra chọn mẫu các doanh nghiệp nhằm thu thập thông tin chuyên sâu về tình hình hoạt động của doanh nghiệp, ứng dụng công nghệ thông tin, kinh tế số, ... và các hoạt động chuyên ngành của doanh nghiệp giúp ước lượng tổng thể để đánh giá hoạt động của doanh nghiệp. Chọn mẫu các doanh nghiệp dựa trên danh sách doanh nghiệp từ các nguồn thông tin dữ liệu hành chính và nguồn dữ liệu điều tra doanh nghiệp năm trước năm điều tra. Các doanh nghiệp được chọn mẫu căn cứ trên 03 tiêu chí: Loại hình doanh nghiệp, ngành kinh tế cấp 4 và doanh thu thuần. Phương pháp chọn mẫu chủ đích kết hợp với chọn mẫu ngẫu nhiên hệ thống. Tổng cục Thống kê chọn mẫu các đơn vị điều tra và hướng dẫn các Cục Thống tiến hành rà soát, thay mẫu và cập nhật đơn vị điều tra. Kết quả điều tra mẫu các doanh nghiệp được chọn sẽ được sử dụng để suy rộng kết quả cho tổng thể các doanh nghiệp, đảm bảo mức độ đại diện cho cấp tỉnh, thành phố theo ngành cấp 4.