Căn cứ khoản 2 Điều 5 Quyết định 10/2016/QĐ-TTg quy định về xác nhận hoàn thành và từ chối thực hiện thủ tục biên phòng điện tử cảng biển như sau: "Điều 5. Xác nhận hoàn thành và từ chối thực hiện thủ tục biên phòng điện tử cảng biển 2. Biên phòng cửa khẩu cảng từ chối thực hiện thủ tục biên phòng điện tử vì các lý do: a) Quốc phòng, an ninh; b) Các lý do đặc biệt ảnh hưởng đến kinh tế - xã hội hoặc vì lý do đảm bảo an toàn hàng hải, phòng ngừa ô nhiễm môi trường; c) Tàu, thuyền có dấu hiệu rõ ràng vi phạm pháp luật; d) Người làm thủ tục khai báo thủ tục biên phòng điện tử không đầy đủ, không chính xác." Như vậy, biên phòng cửa khẩu cảng được từ chối thực hiện thủ tục biên phòng điện tử cảng biển vì những lý do nêu trên.