Vi khuẩn nhuộm soi là nhuộm vi khuẩn từ bệnh phẩm, soi dưới kính hiển vi có độ phóng đại lớn. Từ đó quan sát hình thể, tính chất bắt màu, kích thước và cách sắp xếp; đánh giá các loại tế bào và mối quan hệ giữa vi khuẩn với tế bào này (vi khuẩn nằm trong hay ngoài tế bào) để định hướng loại vi khuẩn.