Thông thường, khi dùng phân AGN thì không cần dùng thêm bất cứ loại phân bón nào khác, vì vi sinh trong AGN sẽ phân giải các loại phân có sẳn, còn dư thừa trong đất, giúp cho cây hấp thụ toàn bộ chất dinh dưởng. Tuy nhiên, sau 1 năm sử dụng AGN, nên bón thêm NPK (3 nguyên tố chính bổ xung cho cây là chất đạm, chất lân và kali).