Ngoài việc dùng để xuất hóa đơn điện tử, chữ ký số còn có nhiều ứng dụng khác trong quản lý doanh nghiệp. Cụ thể như: khai báo thuế qua mạng, ký hóa đơn điện tử hợp lệ, kê khai BHXH điện tử,...