При інфекційному ендокардиті уражається переважно аортальний (28-45%), мітральний (5-36%) або обидва клапани серця (до 35%). Захворювання може заторкнути також штучні (протезовані) клапани. У чоловіків найчастіше уражається аортальний клапан, а у жінок – мітральний.