Проведення аноскопії пов'язане з певним дискомфортом, враховуючи делікатність ділянки процедури. Але сучасне ендоскопічне обладнання та методики дозволяють виконувати обстеження безпечно та безболісно завдяки застосуванню місцевої анестезії та аналгетиків.