На ранніх стадіях больові відчуття відсутні, однак у міру того, як глікозаміноглікановий шар слизової руйнується, знижується її захисна функція. Клітини епітелію злущуються і відкривається доступ до нервових закінчень. Контакт сечі з нервовими закінченнями викликає дискомфорт і болючі відчуття в ділянці сечового міхура: від легкого дискомфорту до гострого больового синдрому. Вони виникають не тільки в ділянці сечового міхура, а й унизу живота або у ділянці нирок.