Як і променева терапія фотонами (звичайна радіотерапія), протонна терапія найчастіше застосовується як частина міждисциплінарного протоколу лікування, який включає хірургію та хіміотерапію. Наприклад, при саркомах протонна терапія застосовується до операції (неоад’ювантна терапія), особливо при великих пухлинах з метою їхнього зменшення. А також після операції (ад’ювантна терапія) для знищення пухлинних клітин, що залишилися в організмі. У деяких випадках можливе одноразове опромінення пухлини (радіохірургія) замість хірургічного втручання. Наприклад, якщо операцію через протипоказання або важкодоступне розташування пухлини виконати неможливо.
Враховуючи те, що протонна терапія практично не викликає побічних ефектів, її часто проводять одночасно з хіміотерапією. Така можливість є і в цьому протонному центрі. Пацієнти отримують хіміотерапію на базі онкологічного центру Університетської клініки в Ессені, до якого входить і WPE.