Доза опромінення при КТ більша, ніж при звичайному рентгені. А дитячий організм чутливіший до іонізуючого випромінювання, ніж дорослий. Тому дитяча комп'ютерна томографія призначається у критичних випадках, коли користь отриманої інформації перевищує ризики від обстеження та діагностику не можна провести менш ризикованим методом. Результати когортного ретроспективного дослідження, яке було опубліковано в онлайн-версії журналу «Lancet», показують, що дитина, яка отримала дозу опромінення близько 50 мГр, має надалі в 3 рази вищий ризик розвитку лейкозу, а у тих дітей, хто отримав дозу близько 60 мГр, — майже в 3 рази вищий ризик виникнення онкології головного мозку.