Головна відмінність маніпуляцій у галузі дослідження. Аноскопія призначена для огляду товстої кишки на глибину 8-10 см. Колоноскопію призначають для обстеження всього товстого кишечника, але іноді й нижньої частини тонкого. Аноскопія не вимагає підготовки, проводиться швидко та завдає мінімального дискомфорту. Під час колоноскопії потрібне очищення кишечника та застосовується наркоз через інтенсивність больових відчуттів.