Ніфуроксазид та його метаболіти виводяться з калом. Швидкість виведення залежить від кількості прийнятого лікарського засобу та від моторики ШКТ. Загалом виведення препарату є повільним, він залишається у шлунково-кишковому тракті впродовж досить тривалого часу.