Частоту проведення МРТ головного мозку визначає лікар. При багатьох захворюваннях (пухлина мозку, інсульт, дисциркуляторна енцефалопатія) дослідження проводять кожні півроку або щорічно, іноді — рідше. При активно зростаючих новоутвореннях у головному мозку може бути рекомендовано виконання МРТ кожні 3-6 місяців.