Спеціалізація санаторно-курортних закладів залежить насамперед від лікувальних природних факторів, які вони використовують, наприклад, типу та властивостей мінеральної води.
Більшість санаторіїв та курортно-оздоровчих комплексів спеціалізуються на лікуванні та профілактиці захворювань:
шлунково-кишкового тракту;
печінки та жовчовивідних шляхів;
нирок та сечовивідних шляхів;
опорно-рухового апарату;
органи дихання;
шкіри;
ендокринної та нервової систем.
Вони також допомагають відновлюватися після перенесених хірургічних втручань, важких хвороб, гострих станів, включаючи інсульт та інфаркт міокарда, травм різного характеру та ін.