Доза опромінення при КТ головного мозку велика, проте не становить небезпеку. Будь-яке КТ дослідження проводиться за направленням лікаря. Мінімальне променеве навантаження становить 2–4 мЗв, при допустимому в 10 мЗв на рік. До того ж сучасний мультиспіральний томограф дозволяє знизити дозування опромінення на 30 %. Однак у метода є низка протипоказань, перелік яких збільшується при КТ з контрастом.