Згідно з числами, які надає Міжнародний союз охорони природи, популяція китових акул за останні 75 років у Індійському та Тихому океанах скоротилася на 63%, а в Атлантичному — на третину. Тенденція до зменшення популяції триває, через це китові акули вважаються видом, якому загрожує зникнення.