Як правило, кісти видаляють хірургічно за допомогою цистектомії (видалення кісти з резекцією верхівки кореня). Порожнина після видалення кісти заповнюється кістковим матеріалом з метою кісткової регенерації.
Гранульоми і кістогранульоми, що передують розвитку кісти і відрізняються меншим розміром, як правило, лікуються терапевтично у ендодонта під мікроскопом.