Гастроскопія уві сні здійснюється під легким наркозом, який усуває почуття страху та нервозності та інші негативні відчуття від процедури. Ускладнення від седації виникають дуже рідко. Набагато рідше використовується загальна анестезія, коли пацієнт занурюється в глибокий сон. У цьому використовується штучна вентиляція легких. Ця процедура вважається небезпечною і може проводитися за невідкладними показаннями – наприклад, при прободній виразці шлунка.