При будь-якій формі остеомієліту обов'язково призначають антибіотики. Вибір препарату залежить від мікроорганізмів, виявлених при бактеріологічному посіві. Найчастіше етіотропне лікування проводиться проти стафілококів і стрептококів. У кожному випадку тільки ортопед-травматолог вирішує, який антибіотик при остеомієліті найефективніший і який шлях введення препарату є найдоцільнішим.