У разі виявлення бактерії в організмі людини гастроентеролог підбирає курс терапії для ерадикації (знищення) хелікобактер. У разі хелікобактер лікарі зазвичай призначають два різні антибіотики для запобігання розвитку стійкості бактерії до антибактеріального препарату. Схема лікування хелікобактер включає: інгібітори протонної помпи. Призначаються для зупинки вироблення кислоти в шлунку; противиразкові засоби. Застосовуються для захисту наявних виразок шлунку від шлункового соку; блокатори гістаміну (Н-2). Препарати блокують речовину гістамін, яка в організмі відповідає за вироблення кислоти. «Вбити» хелікобактер пілорі допоможе гастроентеролог за допомогою складання комплексного курсу терапії. Тривалість курсу лікування хелікобактер пілорі варіюється залежно від підібраних препаратів (зазвичай не перевищує двох-трьох тижнів). Через місяць після завершення лікування необхідно повторно здати тест на хелікобактер для оцінки ефективності курсу терапії.