Для захисту від XSS необхідно ефективно фільтрувати або знезаражувати користувацьке введення і динамічний контент, що відображається на сторінках веб-додатків. Використання сучасних фреймворків, які автоматично застосовують ці заходи, а також суворе дотримання рекомендацій з безпеки дають змогу значно знизити ризик таких атак.