Як і будь-яке оперативне втручання, синус-ліфтинг може ускладнитися деякими станами, наприклад: реакція відторгнення кістково-пластичного матеріалу, запалення, перфорація нижньої стінки гайморової пазухи. Найчастіше дані побічні реакції виникають через індивідуальні реактивні особливості організму або супутні захворювання.