Одним з найболючіших етапів процедури є проходження цистоскопа через уретру. Інтенсивність больового синдрому під час використання гнучкого цистоскопа нижча, ніж під час процедур з жорстким цистоскопом. Для зниження ризику виникнення болю та дискомфорту цистоуретроскопія проводиться під анестезією.