Як правило, Мутафлор добре переноситься, а якісь небажані ефекти розвиваються вкрай нечасто. Тим не менш, в інструкції вказані такі можливі побічні ефекти, як:
здуття живота, дискомфорт і бурчання у животі, пронос;
алергічні реакції у вигляді свербіння, висипань, почервоніння та лущення шкіри;
головний біль.
Важливо: проблеми зі шлунково-кишковим трактом належать до тимчасових явищ і зазвичай припиняються після корекції дози препарату.