Не варто боятись відторгнення трансплантованих донорських стовбурових клітин. МСК не викликають імунної відповіді навіть у випадку трансплантації донорських клітин, оскільки не несуть на поверхні молекул гістосумісності II класу, які є основним фактором відторгнення. Донорські МСК були схвалені для лікування реакції «трансплантат проти господаря» в Канаді та Новій Зеландії.