Колоноскопія проводиться протягом 20-60 хвилин. Це залежить від передбачуваного діагнозу і цілей проведення процедури - тільки для візуального огляду поверхні слизової кишківника або з видаленням поліпів, взяттям фрагмента тканин для дослідження тощо.