Серед протипоказань виділяють:
підвищену індивідуальну чутливість до дексмедетомідину або допоміжних речовин препарату Дексдор;
атріовентрикулярну блокаду II-III ст., за відсутності штучного водія ритму;
неконтрольовану артеріальну гіпотензію;
гостру цереброваскулярну патологію.
Препарат не застосовують дітям до 18 років через обмеженість даних стосовно його дії, а також жінкам в період вагітності, якщо лікування дексмедетомідином не є життєво необхідним. Жінкам, що годують грудьми, під час застосування препарату грудне вигодовування необхідно припинити.