Під час гіперпластичних процесів, що викликаються гормональним збоєм, гіпертрофовані тканини ендометрію відкидаються в належну фазу менструального циклу й повністю виводяться з матки разом із менструальною кровотечею. У разі ендометріозу клітини ендометрію залишаються в порожнині органу та можуть потрапляти за його межі. Надалі ендометріоз проявляється характерними циклічними змінами. Оскільки клітини, що залишилися, щомісяця розростаються під впливом гормонів і кровоточать.