Вибір того чи іншого методу діагностики – МРТ чи КТ – залежить від зони дослідження. Комп'ютерна томографія є більш інформативною для візуалізації кісткових структур (діагностики травм, переломів), виявлення каменів в органах сечовидільної системи, свіжих крововиливів, захворювань легень, серця, порожнистих органів черевної порожнини (шлунок, кишківник, жовчний міхур). Магнітно-резонансна томографія добре розпізнає патології м'яких тканин (м'язів, судин, хрящів, головного та спинного мозку), суглобів, органів малого тазу, щитоподібної та підшлункової залози. МРТ і КТ можуть доповнювати одна одну і використовуватися в комплексі, наприклад, при діагностиці пухлин.