Якщо є підтверджена алергія на коров'ячий білок і продукти з коров'ячого молока, Біфідумбактерин теж може викликати алергічну реакцію. Найчастіше алергії такого роду спостерігаються у немовлят. Також слід приймати препарат з обережністю при недостатності лактази.