На відміну від фолікулярної, ендометріоїдна кіста не є функціональною. Вона утворюється при ендометріозі яєчника і має виражені клінічні прояви. УЗД органів малого таза дозволяє виявити характерний неоднорідний вміст кісти, визначити її розміри та форму, полегшуючи постановку діагнозу.