Причини коліту можуть бути різноманітними, включаючи інфекції (бактеріальні, вірусні, паразитарні), аутоімунні реакції (ульцеративний коліт), вплив медикаментів, стрес, харчові алергії та інші. Іноді точну причину встановити не вдається, тоді говорять про ідіопатичний коліт.