Заборонений до вживання людям з пухлинними процесами у гіпофізі, із недостатністю в роботі серця, нирок та печінки.
Варто зважати, що Мотиліум небезпечно вживати під час кровотеч у шлунку чи кишківнику.
Не призначають при несприйнятливості організмом одного зі складників препарату.