Ізопропіловий спирт, як і етиловий, широко використовується в медицині у випадках, коли необхідно підсушити або продезінфікувати шкіру. При цьому значною відмінністю ізопропілового спирту від етилового є здатність першого краще проникати крізь мембрани клітин та надавати знезаражуючої дії.
Для внутрішнього вживання ізопропіловий спирт непридатний, оскільки має неприємний різкий запах, а у великих дозах (більше 50 мл) є токсичним та отруйним, аж до летального результату.