Можливі ускладнення екскреторної урографії найчастіше пов’язані із введенням контрастної речовини. Це алергічні реакції на йодовмісний контраст, короткочасне відчуття жару, нудота, блювання, незвичайний присмак у роті, постін’єкційна гематома. Також контрастна речовина, що містить йод, може тимчасово погіршити функцію нирок. Тому, перед обстеженням треба здати аналіз на рівень креатиніну в крові. Це дає змогу проконтролювати зміни функції нирок.