Цистоуретроскопія протипоказана пацієнтам з важкими формами коагулопатії (патології згортання крові), підвищеною температурою та інфекційними захворюваннями сечовивідних шляхів. За підтвердження наявності інфекцій, які можуть спровокувати сепсис, проводиться лікування відповідних хвороб, а потім виконується цистоуретроскопія.