Для ПЛР на хламідії береться сеча або мазок з урогенітального каналу. Перш ніж здавати біоматеріал на дослідження в лабораторію, треба не мочитися не менше ніж дві години до аналізу. Щоб уникнути хибнопозитивного результату, не рекомендується здавати ПЛР під час критичних днів. Мазок береться в жінок до менструації або через два дні після закінчення.