Коли лікування не проводиться, полікістоз яєчників прогресує. Через підвищений рівень естрогенів зростає ймовірність розвитку гіперплазії ендометрію, раку ендометрію, онкологічних захворювань яєчників та молочних залоз. Також гормональний дисбаланс та порушення функцій яєчників часто призводять до безпліддя. Якщо настає вагітність, то може підвищуватися ризик викидня та передчасних пологів.
Зростання рівня естрогенів, ЛГ, андрогенів, фолікулостимулюючого гормону, тиреотропного гормону та пролактину може негативно впливати на стан інших органів та систем. Порушення жирового обміну призводять до ожиріння, дисліпідемії, атеросклерозу, стрибків тиску та розвитку гіпертонічної хвороби. Можуть виникати захворювання серцево-судинної системи — ІХС, тромбофлебіт, інсульт, тромбоемболія. Також зростає ризик розвитку цукрового діабету 2 типу.