Пробіотики Ентерожерміна не заборонені для застосування при алергії. Однак слід пам'ятати, що іноді (особливо у дітей) можуть розвиватися реакції гіперчутливості на саму Ентерожерміну. Симптоми таких реакцій схожі на алергічні – вони проявляються у вигляді висипки на шкірі, кропив'янки, ангіоневротичному набряку.
У разі розвитку подібних симптомів від застосування пробіотика доведеться відмовитись.