Цей метод тотального протезування беззубої щелепи має кілька істотних недоліків:
Базальні імпланти вживлюються в глибокі шари кістки, значно ушкоджуючи їх.
Болі і набряк тримаються набагато довше.
Клінічна практика показує високий відсоток випадків відторгнення базальних імплантатів. Після чого в місці їх встановлення спостерігається сильна резорбція кісткової тканини.
Базальні імплантати не прилягають щільно до пародонту, через що виглядають неприродно.