Невролог призначає МРТ головного мозку, коли є скарги на головний біль неясної етіології, запаморочення, судоми, а також при епілепсії та симптомах порушення функцій головного мозку (зокрема пам'яті). Тобто дослідження призначається за наявності підозр і для уточнення захворювань, які стосуються стану головного мозку.