Неправильне або несвоєчасне лікування стоматиту може викликати такі ускладнення:
попадання інфекції в ранки, і розвиток нагноєнь - абсцесів і флегмон щелепно-лицевої ділянки;
порушення роботи щелепного жувального апарату, з подальшими пробелми з боку шлунково-кишкового тракту;
погіршення психоемоційного стану.