В інструкції описані такі протипоказання до прийому чорноплідної горобини:
виразка шлунку або дванадцятипалої кишки;
гастрит з підвищеною кислотністю;
низький артеріальний тиск;
схильність до утворення тромбів.
Також чорноплідну горобину не призначають за підвищеної чутливості до її плодів.