Лікування кісти яєчника залежить від її виду та розміру. Кісти невеликого розміру підлягають динамічному спостереженню. Медикаментозне лікування кіст полягає у застосуванні гормональних препаратів, за неефективності лікарської терапії гінеколог може призначити хірургічне видалення кісти.