Спори з приводу преференційного режиму розглядаються митними органами в адміністративному (досудовому) порядку, а також адміністративними судами. Розгляд справи відбувається за місцезнаходженням митного органу, посадової особи, яка здійснювала розгляд спірного питання. Підпорядкованість таких справ визначена Митним кодексом України.