Водяне охолодження краще повітряного. Охолоджуюча рідина постійно циркулює по системі і вбирає в себе тепло, в результаті чого нагрів мінімізується. Але рідинне охолодження ставлять виключно на дизельні важкі агрегати. Обдув повітрям ефективний тільки в мотоблоках потужністю до 10 л.с., але потрібно повністю зупинити роботу для охолодження двигуна. Повітряне охолодження зустрічається майже на всіх мотоблоки, так як є універсальним способом охолодження.