Мінімізація ризиків при використанні системи електронного документообігу включає заходи безпеки, такі як резервне копіювання даних, застосування механізмів автентифікації та авторизації, шифрування даних, регулярне технічне обслуговування та навчання користувачів. Важливо визначити політику зберігання та архівування документів з урахуванням вимог законодавства. Аудит IT системи та впровадження кращих практик забезпечать постійне управління ризиками та підтримку безпеки системи електронного документообігу.