Основними протипоказаннями до застосування очних мазей є серйозні офтальмологічні захворювання (глаукома, трахома), порушення цілісності оболонок ока, підвищена чутливість до компонентів препарату, період вагітності та годування груддю. Повний список обмежень наведено в інструкції кожного конкретного препарату. У деяких випадках навіть за відсутності протипоказань та чи інша мазь може стати сприятливим середовищем для розвитку інфекції та інших небажаних наслідків. Щоб унеможливити ризики, необхідно отримати схвалення окуліста.