Незважаючи на відсутність негативної дії на здорові тканини, для лікування Кібер-ножем є певні протипоказання:
розмір пухлини/метастазів більше 6 см;
занедбаний рак та множинні метастази;
тяжкий стан пацієнта, загострення тяжких хронічних захворювань;
психічні розлади, нестабільність хребта, що не дозволяє протягом 30-40 хвилин зберігати нерухомість під час сеансу опромінення;
виражений набряк головного мозку, зміщення структур мозку, гідроцефалія при пухлинах мозку;
печінкова недостатність при раку печінки.
Зазвичай, таких пацієнтів онкологи не направляють на лікування Кібер-ножем. А в центрах лікування Кібер-ножем ретельно відбирають кандидатів на стереотаксичну радіохірургічну операцію чи радіотерапію.