Як і у будь-якого методу лікування, у фізіотерапії є протипоказання. Можна заподіяти шкоду безконтрольним застосуванням фізіотерапевтичних засобів або якщо використовувати їх неправильно і не за призначенням. Щоб підібрати правильний комплекс лікування, необхідно спочатку отримати консультацію фізіотерапевта.