Щеплення від кліщового енцефаліту рекомендується робити дітям від одного року життя. Вакцинацію проводять взимку або навесні, до початку активної життєдіяльності кліщів. Для вироблення імунітету необхідно три щеплення. Ревакцинація проводиться через один-три та п'ять-12 місяців.