Оздоровниці курорту приймають на лікування та реабілітацію людей із захворюваннями травної системи, зокрема, пов’язаними з підвищеною кислотністю, такими як гастрит, виразкова хвороба шлунка та дванадцятипалої кишки, дуоденіт, а також патологіями печінки та жовчовивідних шляхів (жовчнокам’яна хвороба, холецистит).
Санаторії Шаяна, крім того, спеціалізуються на лікуванні захворювань сечовидільної системи, насамперед сечокам’яної хвороби, органів дихання, опорно-рухового апарату, розладів нервової системи, цукрового діабету; тут також допомагають відновитися після оперативних втручань та травм.