Пацієнтам, які страждають на алергію, дозволена вакцинація від інфекцій, внесених до календаря щеплень. Але перед цим необхідно досягти контролю над алергопатологією, зокрема за допомогою проведення терапії. Тобто в середині курсу АСІТ робити щеплення небажано. Краще вакцинуватися через 2–4 тижні після останнього сеансу або в такий самий термін перед наступним курсом. Рішення ухвалюється індивідуально терапевтом або педіатром з обов'язковою консультацією у лікаря алерголога-імунолога.