Зростаючий дитячий організм дуже чутливий до іонізуючого випромінювання. Крім небажаних реакцій під час терапії, у дітей через 5-20 років після лікування може розвинутися вторинний, спричинений опроміненням, рак. Наукові дослідження показали, що при протонній радіотерапії ризик розвитку такого раку в 4-10 разів нижчий, ніж при фотонній променевій терапії. Тому при певних пухлинах та онкозахворюваннях, дитячі онкологи рекомендують пройти саме протонну терапію.