МРТ та КТ хребта є взаємодоповнювальними, але не взаємовиключними дослідженнями. МРТ є найбільш інформативним способом діагностики хребта. Відповідно до світових критеріїв діагностики з приводу підгострого та хронічного болю, КТ хребта виконують за погодженням клініциста та лікаря-рентгенолога у третю чергу після класичного рентгену та МРТ. Серед найпоширеніших патологій, які вимагають саме МР-діагностики, а не КТ: грижа, остеохондроз, компресійні переломи хребта, остеопороз. Вибір методу діагностики залежить від клінічного завдання лікаря.