За умови своєчасного лікування інфекційного ендокардиту (медикаментозного або хірургічного) прогноз для життя сприятливий. Якщо пізно розпочата або неправильно підібрана лікарська терапія, смертність сягає 80%. Близько 30% операцій завершуються летальним результатом через неправильний або пізно встановлений діагноз.