Операція з видалення верхівки кореня ураженого зуба займає часу не більше, ніж лікування карієсу. Однак навіть нескладна операція може мати свої ускладнення: рецидив кісти при недостатньому видаленні її капсули, перфорація дна верхньощелепних пазух; рухливість зуба при незначній довжині кореня.