Під час колоноскопії не обов'язково використовується наркоз. При обережному проведенні процедури досвідченим лікарем-ендоскопістом виражені хворобливі відчуття відсутні. Тільки в деяких випадках (при утворенні спайок і після хірургічних втручань) дослідження супроводжується болями за відсутності наркозу. В інших ситуаціях медикаментозний сон застосовується переважно для зниження психологічного дискомфорту.