Цистоскопію складно повністю замінити, оскільки вона дозволяє зробити огляд внутрішньої поверхні сечового міхура та провести додаткові процедури, такі як видалення каміння або біопсія. Ультразвукове дослідження нирок і сечового міхура або МРТ може бути альтернативою цистоскопії, якщо з якихось причин вона неможлива.