Залежно від типу кісти існує ризик малігнізації. Функціональні кісти розсмоктуються самостійно протягом декількох циклів, тому мають практично нульовий шанс перерости в рак. Ризик малігнізації зберігається при розвитку нефункціональних кіст - ендометріоїдної та муцизної. За відсутності належної терапії та низки супутніх факторів такі види кіст можуть перероджуватися в злоякісну пухлину яєчника в 10-15% випадків.