Причиною вродженого загину матки може бути спадковість або дефект генів, які відповідають за розвиток матки у внутрішньоутробному періоді та ранньому дитинстві. Вроджений загин матки здебільшого не становить небезпеки, і лише в особливо складних випадках потрібна гінекологічна операція.