У рамках діагностики у гастроентеролога можуть призначатися: УЗД органів черевної порожнини, ВЕГДС, МРТ, КТ, рентгенографія, фіброгастродуоденоскопія, загальний аналіз крові, біохімічний аналіз крові, аналізи крові на рівень ферментів, копрограма, аналіз калу на приховану кров, ПЛР-аналізи для визначення збудників інфекцій і т. д.