Sistoskopi işlemi yapılmadan önce üretraya yani dış idrar kanalına anestezik madde verilmektedir. Beş ila on dakika sonrası da yapılacak işlem gerçekleştirilir. Böylece işlem sırasında ağrının hissedilmesinin önüne geçilmiş olur. Ayrıca doktorun sistoskopiyi yapma nedenine göre de verilecek olan anesteziyi bölgesel ya da genel anestezi ile yapma tercihi de olabilmektedir. Doktor hangisini uygun görürse görsün sistoskopi yapılınca herhangi bir ağrı hissedilmemektedir.