Ultrason tedavisi genel olarak güvenli bir yöntemdir. Ancak bazı durumlarda kullanımı sakıncalı olabilir. Açık yaralar üzerine, hamilelere ve kalp pili olanlara uygulanmaz. Kanser, enfeksiyon, kanama bozukluğu gibi durumlarda da kullanılmaz. Büyüme çağındaki çocuklarda kemiklerin büyüme kıkırdağını içeren alanlarda kullanılmamalıdır. Duyu bozukluğu olan kişilerde (şeker hastalığına bağlı nöropati, sinir yaralanması vb) dikkatli kullanılmalıdır.