Yoğurdun fazla tüketilmesi özellikle laktoz intoleransı olanlarda birtakım sindirim sorunlarına neden olabilir. Bu durumda şişkinlik, gaz ve ishal gibi belirtiler gözlenebilir. Yoğurdun kalsiyum içeriği yüksek olduğundan aşırı miktarda tüketildiğinde vücutta kalsiyum birikmesine ve buna bağlı olarak böbrek taşı oluşumuna yol açabilir. Ayrıca süt ve süt ürünleri alerjiye sebebiyet verebilen gıdalar arasında da yer alır.