Kırkayaklar, insanlar gibi burun delikleri ve ciğerlerle değil, spiracles yoluyla nefes alırlar. Spiracles, bir veya iki kas tarafından kontrol edilen küçük dış solunum açıklıklarıdır. Kırkayaklar, havayı iç keselere çekmek için bu açıklıkları kullanır. Hava daha sonra gazı (oksijeni) vücuttaki tüm hücrelere, dokulara ve organlara taşıyan trakeaya dağıtılır. Kırkayaklar nefes almak için oksijen kullandıkları için su altında uzun süre yaşayamazlar.İnsanlar gibi, sistemleri de suyu işleyemez ve sonunda boğulurlar.