Çok küçük bir delikten gerçekleştirilen endoskopik bir ameliyat olsa da kanama, enfeksiyon ve komşu organ yaralanması gibi bazı riskler taşımaktadır. Bu riskleri en aza indirmenin çözümü ise tam donanımlı ekipmanlara sahip olunması, ameliyat öncesi doğru hazırlık yapılması ve cerrahın PNL konusunda yeterli tecrübeye sahip olmasından geçmektedir.