Tüm ameliyatlarda belli ölçülerde riskler vardır. Ameliyat öncesi bu riskler hakkında bilgi sahibi olunması önemlidir. Damak yarığı ameliyatında yaşanabilecek riskler şu şekilde sıralanabilir;
Kanama
Enfeksiyon
Solunum problemleri
Dikişlerin açılması
Fistül oluşumu Anesteziye bağlı gelişen riskler
Alerji olarak sıralanabilir