Da Vinci, Son Akşam Yemeği’ni resmetmeye başladığından beri kullandığı malzemeler nedeniyle bozulmaya başladı. Tablonun yer aldığı Santa Maria Manastırı’nın yemekhanesi de daha yüksek rutubet seviyelerine sahip ve sele eğilimli bir bölgede bulunuyor. Resim, mutfaktan gelen buhar da dahil olmak üzere farklı kaynaklardan gelen nemi emdi. Ayrıca ince bir dış duvara boyanmıştı ve boya duvardan dökülmeye başladı.