Soya yetiştiriciliğinde yabancı ot mücadelesi, kimyasal yollarla ve çapalama ile yürütülüyor. Ekim öncesi ve sonrasında uygulama yapılıyor. Bunun yanında, soyalar 25-30 cm olduğunda ara çapa makineleri ile işleme gerçekleştiriliyor. Bu sayede yabancı ot yetişmesi engelleniyor, topraktaki buharlaşma baloncukları kırılarak toprağın nemi korunuyor.