Amonyum sülfatın bazı yan etkileri olabilir. Bu bileşiğe maruz kalma, solunum yolu, cilt ve göz tahrişine neden olabilir. Ayrıca, yutulduğunda veya içildiğinde gastroenterit, mide bulantısı ve kusma gibi sindirim sistemi sorunlarına neden olabilir. Amonyum sülfatın toksik olduğu bilinmemektedir, ancak yüksek konsantrasyonlarda zararlı olabilir. Bu nedenle, amonyum sülfata maruz kalma durumunda uygun güvenlik önlemlerinin alınması önemlidir.