Sinbiyotikler, inflamatuvar bağırsak hastalığı üzerinde de etkilidir. Bağırsak iltihabını azaltan sinbiyotikler, inflamatuvar bağırsak hastalığında görülen semptomları hafifletebilir. Sinbiyotikler ayrıca seyahat ishalini önlemeye ve laktoz intoleransı semptomlarını azaltmaya da yardımcı olur.