Endometrioziste tüp bebek tedavisi öncesi hidrosalpenks veya rahim içi problemler varsa tedavi edilmelidir. Yumurta toplama işlemi sırasında sterilizasyona dikkat edilmeli ve apse riski nedeniyle yumurta toplanırken çikolata kistlerine girilip bu kistler alınmamalı.