Amazon DocumentDB, VPC'nin sıkı ağ ve yetkilendirme sınırlarını kullanır. Amazon DocumentDB yönetim API'leri için kimlik doğrulama ve yetkilendirme; IAM kullanıcıları, roller ve politikalar tarafından sağlanır. Bir Amazon DocumentDB veri tabanında kimlik doğrulama, MongoDB için varsayılan kimlik doğrulama mekanizması olan Salted Challenge Response Authentication Mechanism (SCRAM) ile standart MongoDB araçları ve sürücüleri aracılığıyla yapılır.