Evet, tek oyuncu modunda Star Trek Fleet Command oynayabilirsiniz. Aslında, Star Trek Fleet Command kendi hızınızda keyfini çıkarmanız içindir, bu nedenle hikayenin çoğunu ve PVE modlarını tek başınıza oynayabilirsiniz. PVP'de elbette diğer oyuncularla birlikte oynuyorsunuz.