Sınıfta laboratuvar kağıtlarını kullanmanın pek çok yararı olsa da, bazı olası sakıncaları da vardır. Örneğin, bazı çocuklar laboratuvar kağıtlarının yapısını çok kısıtlayıcı bulabilir ve deneyler için daha açık uçlu bir yaklaşımı tercih edebilir. Ek olarak, bazı deneyler yapılandırılmış bir makaleye uygun olmayabilir. Ancak öğretmenler, çeşitli deney seçenekleri sunarak ve açık uçlu keşif ve sorgulama için fırsatlar sunarak bu potansiyel sakıncaları azaltabilir.