Nörolojik tutulum, FIP vakalarının yaklaşık %5-10'unda görülür. Araştırmalarda ülkemizde sokak kedilerinde görülme sıklığının daha yüksek olduğu görüldüğünden, bu durum bölgelere göre değişebilir. Başlangıç yaşı, diğer FIP formlarıyla paraleldir ve çoğu vaka 3 yaşın altındadır. Yeterli anti-viral ilaç kan-beyin bariyerini geçebilirse ve virüs ilaç direnci kazanmamışsa nörolojik FIP tedavi edilebilir. Nörolojik FIP'li kedileri iyileştirmede daha büyük başarı, nükleosid analoğu ve viral RNA transkripsiyon inhibitörü GS-441524 ile elde edildi. Söz konusu ilaçlar ülkemizde yasal değildir ve kullanılması tavsiye edilmez.