İspanya, El Salvador dahil olmak üzere civardaki pek çok ülkeyi 300 yıl boyunca işgal etmiştir. 1821 senesine kadar Guatemala’ya bağlı eyalet konumundaki ülke, burada İspanyol yönetimi sonra erdikten sonra 1823 senesinde bağımsızlığını kazanmış ve Orta Amerika Federasyonu içinde bulunan ülke haline gelmiştir.