Hiç evlenmedi, ancak çeşitli asistanları da dahil olmak üzere diğer entelektüeller ve sanatçılarla yakın ilişkiler geliştirmesine rağmen, yalnız öldüğü tahmin ediliyor. Öğrencisi ve hayat arkadaşı olarak tanımlanan asistanı Francesco Melzi ile özel bir ilişki geliştirdi. Melzi, sanatçının el yazmalarını, bilimsel ve sanatsal eserlerini miras almaya devam etti. Ve ölümünden sonra da Vinci’nin mülkünün yöneticisi oldu.