Mikrodalga fırınların temizlik ve bakım işlemine başlamadan önce mutlaka elektrik ile olan bağlantısı kesilmelidir. Doğru temizleme işlemine başlamak için ilk olarak mikrodalga fırının döner başlığı çıkarılır. Sabunlu ya da deterjanlı su ile döner başlık temizlendikten sonra fırının içi nemli bir bez yardımı ile kolayca silinir. Mikrodalga fırınların verimli kullanımı için tavsiye edilen ideal temizlik yöntemi, her kullanımdan sonra, yemek kalıntılarını çok bekletmeden uygun şekilde temizlemektir.