BES’te birikim üzerinden yapılan kesintiler giriş aidatı, yönetim gider kesintisi ve fon toplam gider kesintisidir. Kesinti tutarları emeklilik planın ve fon türlerin özelinde değişiklik gösterir. Giriş aidatı ve yönetim gider kesintisi ilk 5 yıl içinde alınmaktadır. Sözleşmenin 6. yılından itibaren sonlanıncaya kadar fon toplam gider kesintisi her yıl ayrıca hesaplanır. Sözleşmeden cayma durumunda ise devlet katkısı kesintisi hesaplanır.