Midilli'de bulunan bir başka güçlü kale olan Midilli Ortaçağ Kalesi, limana yakın bir tepenin üzerine inşa edilmiştir. Hakkında pek bir bilgi yoktur fakat kalenin inşasına Bizanslılar'ın başladığı tahmin edilmektedir. Kalenin konumundan dolayı korsanlara karşı adayı korumak için inşa edildiği anlaşılabilmektedir.