Benexol b12 kullananlar faydalarının yanında yan etkilerini de araştırmaktadır. Benexol ilacı yan etkileri görüldüğü takdirde en yakın sağlık kuruluşuna başvurmanız gerekmektedir. Yan etkileri aşağıdaki gibidir.
Baş ağrısı ve baş dönmesi,
Uykulu hal veya uykuya eğilim,
Duyusal bozukluklar,
Ciltte oluşan kızarık ve şişlikler,
İdrar kokusunda gariplik,
Bulantı, ishal, hazımsızlık ve karın ağrısı gibi şikayetler görülebilir.