CloudFlare’ın sunduğu güvenlik sistemi, profesyonel siber saldırılara ve uzman hackerlara karşı tam bir koruma sağlayamayabiliyor. Ücretli paketler küçük işletmeler ve kişisel kullanıcılar için yüksek gelebiliyor. Destek paketleri için atılan e-postalar bazen bir saat sonra cevaplanabiliyor. Bu gecikmeden dolayı acil bir durumda müşteri kaybetmenize neden olabiliyor. CloudFlare DNS sağlayıcılarında yaşanan problemler yüzünden kimi zaman siteniz geçicide olsa kapanabiliyor. Kapalı kaldığı bu süre boyunca siteye erişememe riskiniz bulunuyor.