İş rotasyonu sürecinde çalışanlar çeşitli zorluklarla karşılaşabilir. Yeni işlerde adaptasyon süreci zaman alabilir ve çalışanlar kendilerini başlangıçta rahat hissetmeyebilirler. Ayrıca, yeni bir ekip veya çalışma ortamına uyum sağlamak da zorluklar doğurabilir. Bununla birlikte, bu zorluklar zamanla aşılabilir ve çalışanlar yeni işe uyum sağladıkça daha iyi performans gösterebilirler.