Ozon tedavisi esnasında ozon gazının solunmasına bağlı olarak göz yollarında ve solunum yollarında bir tahriş söz konusu olabilir. Bazı ozon tedavilerinin prosedürlerinde rahatsızlık, kramp ve gaz çıkarma ihtiyacı hissedilebilmektedir. Bu yan etkiler geçici olmaktadır. Uzman doktorlar tarafından yapılan ozon tedavisinde hiçbir yan etki olmamaktadır.