Yapı kayıt belgesi, belge talebi esnasında başvuru sahibinin gerçeğe aykırı beyanda bulunduğunun anlaşılması halinde iptal edilir. Söz gelimi, başvur sahibinin ilgili taşınmazın büyüklüğüne ilişkin bilgileri eksik bildirmesi, belgenin iptaline sebebiyet veren durumlardan birisidir.