Probiyotikler genellikle sağlıklı bakterilerdir ancak nadiren de olsa bazı yan etkileri görülebilmektedir. Ancak görülen bu yan etkiler genellikle ilk kullanıma bağlı olarak ortaya çıkarlar ve kısa bir süre içerisinde kendiliğinden kaybolurlar. İlk kez kullanan bazı kişilerde şişkinlik, gaz ve ishal problemlerine yol açabilmektedir. Bunun yanında nadiren de olsa ciltte kaşınmalara ve tahrişe sebep olabilmektedir. Soya, gluten, laktoz ve süt alerjisi olan kişiler de probiyotik ürün kullanırken dikkat etmeli ve doktor tavsiyesinde kullanmalıdırlar.