Qubes gizlilik için en iyi distro'dur. Üst düzey bir Linux VPN'iyle Qubes'u daha da gizli ve güvenli bir hâle getirebilirsiniz. Bu işletim sistemi bütün uygulamaları birbirinden ayrı küplere (yani Qube'lere) dönüştürdüğünden bir küp içindeki phishing linkler, kötü amaçlı dosyalar ve malware'li dosyalar diğer küpleri veya sistemi etkilemeyecektir. Bu sayede, virüs başarılı olsa bile gerçek kimliğiniz sızmayacak ve gizli verilerinizi çalamayacaklardır. NSA muhbiri Edward Snowden bile anonim kalmak için kullandığı işletim sisteminin Qubes olduğunu söylemiştir. Bu da kaliteli bir VPN'le bir arada kullanılan Qubes'un Linux'ta güvende kalmanın en iyi yolu olduğunu kanıtlar nitelikte.