Mezgit balığı ortalama boyutlarda bir balık olduğundan, temizlenmesi pek zahmetli değildir. Temizleme işlemine önce sırtında bulunan yüzgeçleri ayırarak başlanır. Daha sonra balığın boyun kısmından karnın altına ve ordan da kuyruğuna kadar kesik açılır. Bu işlemden sonra iç kısım temizlenip leke kalmayana kadar yıkanır. Son olarak pişirilecek yönteme göre dilimlere ayrılır daha sonra bir süzgece alınarak suyunu çekmesi beklenir.