S3 Depolama, verilerin güvenliği için çeşitli güvenlik özellikleri sunar. Örneğin, veriler otomatik olarak şifrelenir ve birden fazla bölgeye yedeklenir. Ayrıca, kimlik doğrulama, erişim kontrolü ve izleme gibi diğer güvenlik önlemleri de mevcuttur.