Desteklenen projelerde firmalar önce projeyle ilgili harcamaları yapar, daha sona ilgili belgeleri ve dokümanları TÜBİTAK’a sunar. Projenin dönemsel gerçekleşen AR-GE faaliyetlerini ve harcamalarını içeren AGY311 üzerinde yapılan değerlendirmelerden sonra firmaya destek ödemesi yapılır. Bir takvim yılı, altışar aylık iki döneme bölünmüştür.