Zaqatala konumundaki en sıcak aylar, genellikle 21 °C ortalama sıcaklıkla Temmuz ve Ağustos aylarıdır. Ocak ve Şubat, ortalama sıcaklığın 0 °C olduğu en serin aylardır. Mayıs ve Nisan, yağış miktarının en yüksek olduğu aylardır.