Bebek arabaları en fazla bakteri barındıran eşyalar arasındadır. Bebeklerin bağışıklık sistemi de yetişkinler kadar gelişmediğinden bebek arabalarında hijyeni sağlamak bebeklerin sağlığı için büyük önem taşır. Özellikle kumaşı çıkabilen bebek arabaları çamaşır makinesinde rahatlıkla yıkanabildiğinden temizliği daha pratiktir. Kumaşı dışında yıkanamayan kısımlar metal ve plastik aksamları nemli ve sabunlu bir bez yardımıyla silebilirsiniz. Bazı bebek arabalarının tente kısmı da yıkanabilir olduğundan o kısmı da dilerseniz bir hortum ile su tutup fırça yardımıyla temizleyebilirsiniz. Bebek arabasını kurutmak için güneşin altına koymak renginin solmasına neden olabilir. Bu nedenle direkt güneş ışığından sakınınız. Bebek arabasını kullanmadan önce tamamen kuruduğundan emin olmalısınız. Aksi takdirde tam olarak kurumadan kullanırsanız paslanma ve küflenmelere sebep olabilir.