Düşünülenin aksine, aşırı hijyenik olmak bağırsak mikrobiyota çeşitliliğini olumsuz etkileyebilir. Özellikle bebeklik döneminde daha az çeşitlilikte mikropla karşılaşmış çocukların ilerleyen dönemde otoimmün hastalıklara ve alerjilere yatkınlığı daha fazladır. Bunun nedeni, bağırsak mikrobiyotasındaki çeşitlilik ile bağışıklık hücrelerinin şekillenmesiyle alakalıdır. Çeşitli mikroplar, farklı çeşitlilikte eğitilmiş bağışıklık hücreleri anlamına gelir (2).