Büyük böbrek taşlarının hızlı ve güvenli bir şekilde yüksek başarı oranı ile temizlenmesine olanak sağlayan PNL ameliyatının en önemli dezavantajını böbrek içerisine yapılan delme işlemi nedeniyle oluşabilecek kanama ve komşu organ yaralanma riski oluşturmaktadır. Bu riskleri en aza indirmenin yolu ameliyat öncesi doğru hazırlık yapılması, tam donanımlı bir ekipmana sahip olunması ve cerrahın bu ameliyat konusunda yeterli tecrübeye sahip olmasından geçmektedir.