Deniz tabanı sondaj ve araştırma faaliyetleri, deniz ekosistemi üzerinde olumsuz etkilere neden olabilir. Bu etkiler arasında deniz canlılarının yaşam alanlarının tahrip olması, göç yollarının kesilmesi ve deniz tabanının fiziksel olarak değişmesi sayılabilir. Bu nedenle, faaliyetler sırasında deniz ekosisteminin korunması için önlemler alınmalıdır.