Antibiyotik kombinasyon tedavisi, bazı Babesiosis türleri için tercih edilen tedavi yöntemidir. Bunun dışında, imidokarb (Imizol) adı verilen daha eski bir tedavi sıklıkla kullanılır. Babesia tedavisi genellikle köpeğinizde hangi Babesia türünün bulunduğuna bağlıdır.
İnsanları enfekte eden başlıca  Babesia türleri olan Babesia microti için tercih edilen tedavi seçeneği olan klindamisin,  köpeklerde Babesia’ya  karşı da kullanılabilir. Veteriner hekiminiz sizinle herhangi bir alternatif ve yardımcı tedaviyi görüşecektir.