Penis protezi ameliyatının en önemli komplikasyonları enfeksiyon, mekanik arıza ve penis yaralanmalarıdır. Antibiyotik kaplı modern protezlerin kullanımı, ameliyat öncesi ve sonrası diyabet gibi sistemik hastalıkların kontrol altına alınması, yine ameliyat sonrası dönemde hijyen ve doktor önerilerine dikkat edilmesi ile protez enfeksiyonu görülme sıklığı oldukça azalmaktadır. Mekanik arıza şişirilebilir tip protezlerde izlenen nadir bir komplikasyon olup gelişmesi durumunda garantili protezler sayesinde ücretsiz değiştirilebilmektedir.