JWT kullanan uygulamalarda CSRF saldırılarına karşı koruma, token'ın nasıl saklandığına bağlıdır. Eğer JWT çerezlerde saklanıyorsa, uygulamalar CSRF'ye karşı savunmasız olabilir. Bunun yerine JWT'nin Authorization header üzerinden gönderilmesi önerilir çünkü bu yöntem tarayıcının otomatik olarak çerezleri gönderme işlemine dayanmaz.