Reflü ilaçlarının işe yaramadığı durumlarda reflü ameliyatı sıkça karşılaşılan bir durumdur. İlaç işe yarasa bile bazı hastalar kısa yoldan ameliyatı tercih etmektedir. En yaygın reflü ameliyatı, Nişsen Fundoplikasyon’dur. Bu ameliyat sayesinde yemek borusunun altında yer alan kapak güçlendirilir. Bu ameliyat sırasında hastada mide fıtığı da varsa tedavi edilir.