MySQL veri tabanları varsayılan olarak şifrelenmiş olmasa da, içerdikleri veriler şifrelenebilir. Ücretli bir hizmet olan MySQL Enterprise, yerleşik şifreleme özelliği ile gelir. Açık kaynak kodu entegre etmek veya CMS’inize özel şifreleme işlevleri eklemek gibi amaçlar için ücretsiz seçenekler de mevcuttur. HIPAA düzenlemelerine uymak için şifreleme kullanmak istiyorsanız, her zaman öncelikle veri güvenliği uzmanına danışın. Veri tabanını şifrelemek bunun için yeterli olmayacaktır.