Bodrum Akvaryum Koyu'ndaki suyun derinliği değişkenlik gösterir, ancak genellikle kıyı şeridine yakın birkaç metreden daha uzağa gittiğinizde birkaç metreye kadar değişir. Kesin derinlik, koy içindeki belirli konuma bağlı olabilir.