Beslenmemizde proteine yüksek oranlarda yer vermek Üre, Kreatinin ve BUN gibi değerlerde artışa neden olabilir ve bu beslenme yönteminin uzun süre devam etmesi böbrek taşı oluşumu veya kronik böbrek hastalığı riskini arttırabilir. Ketojenik diyet ile beslenmede proteinler normal beslenmeye oranla daha fazla dursa da proteinin gramajı ve alınan kalori hesaplanmaktadır. Yapılan bir araştırma diyetin, kan üre azotu (BUN) seviyelerinde küçük ama kayda değer bir artış dışında böbreklerde bir değişiklik göstermediği ve ketojenik diyetin böbrek fonksiyonunu etkilemediğini vurguladı.