Bağırsak florası "ikinci beyin" olarak adlandırılmaktadır ve glutamin bağırsakların duvarının onarımımını destekler. Glutamin, bağışıklık hücreleri tarafından bağırsak bariyerini iyileştirebilir ve bağırsak mikrobiyotasını dengeleyebilir. Benzer şekilde Glutamin-glutamat oranındaki artış, ruh halini ve zihinsel fonksiyonları iyileştirebilen uyarıcı aktiviteyi destekler.