WooCommerce, Shopify’a kıyasla daha fazla esneklik ve özelleştirme imkanı sunar. WooCommerce, WordPress ile entegre çalışır ve açık kaynaklı olması sayesinde daha fazla kontrol sağlar. Ayrıca WooCommerce ücretsizdir ve geniş bir eklenti ve tema yelpazesine sahiptir.