Fraksiyonel lazerler uygulama esnasında bölgeye ısı verdiği için her hastaya göre farklı seviyelerde acı hissi yaratabilir. Fraksiyonel lazer yaptıranlar arasında, acı eşiği yüksek hastalarda hiçbir acı hissi olmazken, düşük acı eşiğine sahip hastalarda ise dayanılabilir seviyede, oldukça hafif acı hissi yaratır. Anestezik jeller ve soğutucu cihazlarla seans esnasındaki rahatsızlık hissi azaltılmaktadır.