Nefron yapısı içindeki tüplerin tıkanması sonucu, şişen ve sıvı ile dolan böbrekte kistler meydana gelmektedir. Bu kistler, içlerinde üretilen sıvının artması ile zaman içinde büyümektedirler. Ayrıca yapılan epidemiyolojik çalışmalar yeterli sıvı almayanlarda böbrek kisti oluşma riskinin çok daha fazla olduğunu göstermektedir. Bu sebeple yetersiz sıvı tüketimini de böbrek kisti sebepleri arasında saymamız mümkündür. Tabi ki doğuştan gelen yapısal durumlar da böbrek kistine sebep olabilmektedir.