Kalsiyum folinatın yaygın görülen yan etkileri bulantı, kusma, ishal ve bunlara bağlı su kaybıdır. Ağız içi ve dudak çevresi yaraları da kalsiyum folinat kullanımı sonucu ortaya çıkabilir. Seyrek şekilde ateş, depresyon, uykusuzluk ve mide bağırsak sorunları da görülebilir. Eğer kişide el, ayak ve yüzde şişme ve kızarlıklık görülüyorsa, dudak ve boğazda şişlik varsa ve kişi uykuya meyilliyse bunlar şiddetli alerjik reaksiyon belirtileridir. Bu belirtilerin varlığı durumunda vakit kaybetmeden en yakın sağlık kuruluşuna başvurulması gerekir.