Her ne kadar nadir görülse de bazı kişilerde böğürtlen alerjisi olabilir. Alerjik reaksiyonlar genellikle böğürtlen tüketildikten kısa bir süre sonra ortaya çıkar. Böğürtlen alerjisinin belirtileri arasında ciltte kızarıklık, kaşıntı, dudaklarda veya boğazda şişme, mide bulantısı ve nefes almada zorluk yer alabilir. Eğer bu belirtilerden herhangi biri gözlemlenirse, böğürtlen tüketimine son verilmeli ve bir doktora başvurulmalıdır. Ayrıca, alerjiden şüpheleniliyorsa böğürtlen tüketmeden önce bir alerji testi yapılması önerilir.