HPV aşısı güvenlidir ve ciddi yan etkileri yoktur.
Dünya çapında yaklaşık 300 milyon HPV aşısı uygulanmıştır. 10 yıldan fazla bir süredir HPV aşısının ciddi veya kalıcı hiçbir yan etkisi bulunmadı.
Aşıdan sonra küçük yan etkiler yaşayabilirsiniz. Enjeksiyon bölgesi biraz ağrıyabilir ve üst kolunuzda kas ağrısı hissedebilirsiniz. Bazı çocuklarda karın ağrısı, mide bulantısı, yorgunluk, baş ağrısı veya ateş görülür. Bu etkiler bir ila üç gün sonra kaybolur.