E-ticaret mağazalarının fiziksel mağazalardan ayrılmasını sağlayan bazı farklılıkları ve zorlukları vardır. Bu farklılık ve zorluklar şu şekilde sıralanabilir:
E-ticaret mağazaları, fiziksel olarak hizmet vermediklerinden kira ve elektrik gibi masraflar yaratmazlar. Ürünler, sadece depolama amaçlı bir alanda tutulur ve sipariş üzerine bu alandan kargo firmasına verilir.
E-ticaret mağazalarının zorluklarında birisi ise müşterilerin satın alacakları ürünle etkileşime geçememeleridir. E-ticaret sisteminde müşteri, satın almak istediği ürünün sadece fotoğrafını ve ölçülerini görebilir. Fiziksel mağazalarda müşteri ürünü isterse deneyebilir ve buna göre karar verebilir.