Zencefil tarla şartlarında birçok hastalıkla karşı karşıya kalıyor. Zencefilin en önemli hastalıkları arasında fusarium solgunluğu, kök çürüklüğü sayılıyor. Ancak henüz ülkemizde zencefil yaygın olarak yetiştirilmediği ve hastalıklar istilacı düzeye gelmediği için tarlada yetiştiricilik hala mümkün olabiliyor. Buna ek olarak, yumuşak çürüklük, yaprak lekesi hastalıkları bitkiye zarar veriyor.