Zencefil yetiştiriciliğinde en çok görülen zararlılar arasında yalancı gövde kurdu, rizom böcekleri, yaprak silindiri larvaları, beyaz noktacıklı ve siyah kanatlı kelebekler sayılabiliyor. Ayrıca depolama sırasında sigara  böceği adı verilen zararlının hedefi oluyor. Bu nedenle yetiştirme aşamasından depolanma sırasına kadar her an zencefillere özen göstermek, ilaçlamayı ve kültürel bakımı ihmal etmemek gerekiyor.