Dosya aktarımı söz konusu olduğunda en büyük endişelerden biri güvenliktir. Fakat bu protokol, veri aktarımı için şifreleme sağlamaz. Bu sebeple bu da onu gizlice dinlemeye karşı savunmasız hale getirir. Hassas bilgileri aktarmanın güvenli olmayan bir yöntemidir. Ancak, güvenli dosya aktarımı için şifreleme sağlayan SFTP (SSH Dosya Aktarım Protokolü) ve FTPS (SSL/TLS üzerinden) gibi güvenli alternatifler vardır.