Kök hücre aşısı genellikle güvenli bir tedavi yöntemidir, ancak bazı kişilerde hafif yan etkiler görülebilir. Bunlar arasında enjeksiyon bölgesinde hafif kızarıklık, şişlik veya hassasiyet bulunabilir. Nadiren, enfeksiyon veya alerjik reaksiyonlar da görülebilir.