HPV testinde en çok merak edilen konuların başında testin nasıl uygulandığı gelir. HPV testinde kan testi ya da cerrahi işlem uygulanmaz. HPV testi tıpkı Pap smear testinde olduğu gibi vajina içerisinden alınan sürüntü örneği üzerinden incelenir. Bu nedenle isteğe göre HPV testi ve Pap smear testi aynı anda uygulanabilir. HPV testinde sürüntü ince uzun ve ucunda pamuk bulunan çubuk yardımı ile alınır. İnce ve uzun çubuğun ucundaki pamuk, vajina içerisindeki sıvıya sürülerek çıkarılır. Oldukça kısa süren bu işlem sırasında hasta acı ya da ağrı hissetmez. Pamuğa alınan sürüntü örneği çıkarıldıktan sonra kabın içerisine konur ve incelenmesi için laboratuvara gönderilir.