İş rotasyonunun dezavantajları ve riskleri arasında çalışanın uzmanlaşma ve derinlemesine bilgi birikimi eksikliği, sürekli adaptasyon gerektiren bir çalışma ortamı, iş tatminsizliği ve motivasyon kaybı yer alabilir. Ayrıca, yanlış pozisyon atamaları veya rotasyonun yanlış uygulanması durumunda olumsuz sonuçlar ortaya çıkabilir.