Probiyotiklerin ne zaman tüketileceği konusu oldukça merak edilmektedir. Uzmanların belirttiğine göre aç karnına tüketilen probiyotik maddelerin, dost bakterileri de öldürebileceği düşünülmektedir. Bu sebeple probiyotiklerin tok karnına tüketilmesi tavsiye edilmektedir. Yemeklerden ve ara öğünlerden sonra tüketilen probiyotiklerin vücutta daha etkin görevler aldığı kanıtlanmıştır.