Mikroenjeksiyon aşamaları tüp bebekle aynıdır. Aynı tüp bebek yönteminde olduğu gibi annenin yumurta hücreleri olgunlaştırıldıktan sonra toplanır. Babadan da sperm örnekleri alınır. Ayrışma bu noktada başlar. Tüp bebekte spermler yumurta hücrelerinin etrafına konularak kendiliğinden döllenmesi sağlanır. Ancak mikroenjeksiyonda sperm hücresi yumurtaya enjekte edilir ve direkt döllenme sağlanır. Kadın Hastalıkları ve Doğum Uzmanı Doç. Dr. Ulun Ulu tüm bu kolaylığa rağmen tabii ki aradan en sağlıklı spermin seçilmesi gerektiğini söylüyor. Buradan sonra gelişen tüm aşamalar tüp bebekte olduğu gibidir. Döllenme oluştuktan sonra rahme embriyo transferi yapılır ve gebeliğin devam etmesi beklenir.