İshalin oluşma mekanizması sindirim sistemi içindeki karmaşık bir süreç sonucunda meydana gelir. Normalde sindirim sistemi besinleri parçalayarak besin maddelerini emer ve atık maddeleri dışarı atar. Bazı durumlarda bu süreç bozulabilir ve ishale yol açabilir. Sindirim sistemi yiyecek ve sıvıların ilerlemesi için peristaltik hareket adı verilen ritmik kas hareketleri kullanır. Bu hareketler normalde besinlerin sindirilip emilmesini sağlar. Fakat bazı durumlarda bağırsak motilitesi (kas hareketleri), normalden hızlı bir şekilde artabilir. Bu hızlı kas hareketleri, bağırsağın içeriğini hızla ilerletir ve sindirim sürecinin tamamlanmasına izin vermez, bu da sulu dışkıya neden olur.