HPV enfeksiyonu yüksek riskli kanser tipinin varlığında yemek borusu kanserine neden olabilmektedir. Her HPV enfeksiyonu olan hastada yemek borusu kanseri olacağı gibi kesin bir kanı yoktur. Hatta HPV çoğu hastada 2 yıl içerisinde vücuttan tamamen atılmaktadır. Ancak bazı hastalarda, özellikle HPV 16 ve HPV 18 gibi yüksek kanser riski taşıyan türleri bulunuyor ise nadiren de olsa yemek borusu bölgesinde kanserleşmeye neden olabilmektedir. Yemek borusunu tutarak, bulunduğu bölgedeki hücrelerde yapısal değişikliğe neden olan HPV, ileri yaş, cinsiyet, alkol ve sigara kullanımı gibi risk faktörleri de var ise daha kolay kanserleşmeye neden olmaktadır. Son yıllarda yapılan araştırmalarda özellikle Güney Afrika ve Asya ülkelerinde yemek borusu kanserine yakalanan her 3 hastadan birinde HPV enfeksiyonunun varlığı gözlenmiştir. Bu nedenle HPV’nin özofagus kanseri ihtimalini arttırabileceği söylenebilmektedir.