Operasyon yöneticilerinin karşılaştığı en yaygın zorluklardan bazıları, tüm tesis ekipmanlarının rutin denetimi ve bakımı, bozulan ekipmanın yeniden çalışır hale getirilmesi, bütçenin idare edilmesi, sahadaki her faaliyetin kayıtlarının belgelenmesi, sağlıklı bir çalışma ortamının sürdürülmesi ve daha fazlasıdır.