Daron Acemoğlu, 2005 yılında John Bates Clark Madalyası'nı kazanmıştır. Bu ödül, 40 yaşından küçük bir ekonomiste verilen en prestijli ödüllerden biridir. Ayrıca, Akademik Kariyer Başarı Ödülü ve Ekonomi ve İstatistikler Ulusal Akademisi üyeliği gibi önemli ödüller ve onurlar da kazanmıştır.