สสส. มีกระบวนการทำงานสอดคล้องตามหลักธรรมาภิบาลมาตลอดตั้งแต่ก่อตั้ง สสส.
ทั้งการเสนอโครงการ การกลั่นกรองทางวิชาการโดยผู้ทรงคุณวุฒิที่คณะกรรมการกองทุนสนับสนุนการสร้างเสริมสุขภาพ จัดทำและทบทวนบัญชีรายชื่อทุกปี (ปัจจุบันมีจำนวนกว่า ๑,๐๐๐ รายชื่อ) การอนุมัติการตรวจสอบและติดตามประเมินผล
คณะกรรมการประเมินผล สสส. นอกจากประเมินผลการดำเนินงานแล้ว ยังจัดให้มีการประเมินการบริหารจัดการที่ดีขององค์กร โดยได้ริเริ่มพัฒนาตัวชี้วัดด้านธรรมาภิบาลควบคู่ไปกับตัวชี้วัดด้านสมรรถนะและผลสัมฤทธิ์ของงานอย่างต่อเนื่องมาเป็นปีที่สี่ โดยอ้างอิงเกณฑ์องค์ประกอบจากหลักระเบียบสำนักนายกรัฐมนตรีว่าด้วยการบริหารกิจการบ้านเมืองและสังคมที่ดี พ.ศ.๒๕๔๒ ซึ่งได้กำหนดหลักธรรมาภิบาลไว้ว่ามีองค์ประกอบ ๖ ประการ ได้แก่ ๑) หลักนิติธรรม ๒) หลักคุณธรรม ๓) หลักความโปร่งใส ๔) หลักการมีส่วนร่วม ๕) หลักความรับผิดชอบ และ ๖) หลักความคุ้มค่า
ต่อมาในปีงบประมาณ พ.ศ.๒๕๕๙ ได้แบ่งการประเมินการบริหารจัดการที่ดีขององค์กรออกเป็น ๒ ส่วน คือ ๑) การประเมินผลการบริหารจัดการที่ดีตามหลักธรรมาภิบาลในกระบวนการที่สำคัญของ สสส. ๓ กระบวนการ ได้แก่ การวางแผนยุทธศาสตร์ การสนับสนุนทุน และการประเมินผล และ ๒) การประเมินผลการบริหารจัดการที่ดีตามหลักธรรมาภิบาลในด้านผลลัพธ์ ตามหลักธรรมาภิบาลทั้ง ๖ ประการ
โดยผลการประเมิน ในปีงบประมาณ พ.ศ.๒๕๕๙ ได้คะแนนเฉลี่ยที่ ๘.๗๘ คะแนนจากคะแนนเต็ม ๑๐ คะแนน โดยผลการประเมินในแต่ละด้านสามารถสรุปได้ ดังนี้
๑) การประเมินผลธรรมาภิบาลในกระบวนการสำคัญทั้ง ๓ กระบวนการ (การวางแผนยุทธศาสตร์การสนับสนุนทุน และการประเมินผล) ตามหลักธรรมาภิบาลทั้ง ๖ ข้อ โดยพิจารณาจากการดำเนินการตาม ๕ ขั้นตอนสำคัญ ได้แก่ การมีการกำหนดหลักการหรือแนวปฏิบัติตามหลักธรรมาภิบาล การสื่อสารหลักการ หรือแนวทางปฏิบัติแก่ผู้เกี่ยวข้อง การดำเนินการตามหลักการหรือแนวปฏิบัติที่กำหนดไว้ การติดตามการดำเนินงานตามหลักการหรือแนวปฏิบัตินั้นๆ และการรายงานผลการดำเนินงานตามหลักการหรือแนวปฏิบัตินั้นๆ โดยภาพรวมทั้ง ๓ กระบวนการ มีคะแนนเฉลี่ยเท่ากับ ๔.๗๐ จากคะแนนเต็ม ๕ คะแนน โดยเมื่อแยกพิจารณาเป็นหลักการธรรมาภิบาลแต่ละข้อ พบว่า หลักการป้องกันผลประโยชน์ทับซ้อนมีคะแนนมากที่สุด คือ ๔.๙๓ คะแนน ตามมาด้วยหลักนิติธรรม ๔.๘๔ คะแนน หลักความถูกต้องชอบธรรม ๔.๘๐ คะแนน หลักการแสดงความรับผิดชอบต่อผลงาน ๔.๗๔ คะแนน หลักความโปร่งใส ๔.๕๗ คะแนน และที่ได้คะแนนน้อยที่สุดคือ หลักการมีส่วนร่วม ๔.๕๔ คะแนน ตามลำดับ
๒) การประเมินผลธรรมาภิบาลด้านผลลัพธ์ตามหลักธรรมาภิบาลทั้ง ๖ ด้าน โดยรวมมีคะแนนเฉลี่ย
เท่ากับ ๔.๐๘ จากคะแนนเต็ม ๕ คะแนน โดยเมื่อแยกพิจารณาเป็นหลักการธรรมาภิบาลแต่ละข้อ พบว่าหลักการแสดงความรับผิดชอบต่อผลงานมีคะแนนมากที่สุดคือ ๔.๕๖ คะแนน ตามมาด้วยหลักความโปร่งใส ๔.๕๐ คะแนน หลักนิติธรรม ๔.๐๐ คะแนน หลักความถูกต้องชอบธรรม ๔.๐๐ คะแนน หลักการป้องกันผลประโยชน์ทับซ้อน ๓.๗๕ คะแนน และหลักการมีส่วนร่วม ๓.๖๖ คะแนน ตามลำดับ
[caption id="attachment_305942" align="alignnone" width="997"] ที่มา : คอก. ด้านการประเมินการบริหารจัดการที่ดี[/caption]