เช่นเดียวกับการรักษาผิวประเภทอื่น ๆ การทำเลเซอร์หลุมสิวมีความเสี่ยงบางประการ เช่น ผิวอาจเกิดรอยแดง หรืออาจมีอาการอักเสบหากไม่ได้รับการดูแลอย่างเหมาะสม แต่ถ้าปฏิบัติตามคำแนะนำของแพทย์ ผลข้างเคียงเหล่านี้มักจะหายไปในเวลาไม่นาน