ก่อนจะเริ่มหัตถการปลูกผม FUE แพทย์จะฉีดยาชาเพื่อระงับความรู้สึกบริเวณที่ต้องทำหัตถการปลูกผม FUE ในระหว่างกระบวนการคนไข้จะไม่รู้สึกเจ็บ แต่แพทย์ก็จะคอยซักถามอาการเจ็บกับคนไข้อยู่เป็นระยะค่ะ หากมีอาการเจ็บสามารถแจ้งแพทย์เพื่อเพิ่มยาชาได้  หลังปลูกผม FUE คนไข้อาจพบอาการเจ็บเพียงเล็กน้อย จากการประเมินระดับความเจ็บกับคนไข้หลังปลูกผม FUE ด้วยคะแนนเต็ม 10 มักจะได้คะแนนประมาณ 2-3 คะแนนโดยเฉลี่ยเท่านั้น