Mastodon มีการกระจายอำนาจ ถึงแม้ว่ารูปแบบการกระจายอำนาจนี้ จะไม่เหมือนในแบบบล็อกเชนก็ตาม กฎระเบียบบน Mastodon จะขึ้นอยู่กับเซิร์ฟเวอร์หรืออินสแตนซ์ต่างๆ ที่ถูกสร้างขึ้น ซึ่งหมายความว่า มันจะไม่มีอำนาจในการตัดสินใจใด ๆ จากส่วนกลาง