ความคลาดเคลื่อนในการตรวจสอบตัวตนของเครื่องสแกนลายนิ้วมือ มักมีระดับความแม่นยำสูง แต่อย่างไรก็ตามมีความคลาดเคลื่อนของเครื่องสแกนลายนิ้วมือเล็กน้อย เช่น ในกรณีของลายนิ้วมือที่มีรอยแผล คราบสกปรก หรือมีความชื้น แต่เครื่องสแกนลายนิ้วมือมักมีระบบปรับปรุงเพื่อลดความคลาดเคลื่อนนี้ให้เกิดขึ้นในระดับต่ำที่สุด