สสส. สนับสนุนทุนให้แก่ภาคีรายใหม่ในสัดส่วนที่เพิ่มขึ้นทุกปี อาทิ ใน พ.ศ.๒๕๕๘ สัดส่วนภาคีผู้รับทุนรายใหม่เท่ากับ ร้อยละ ๘๔ ซึ่งมากกว่ารายเดิมถึง ๗ เท่า เพื่อขยายการทำงานให้ครอบคลุมพื้นที่ และประเด็นที่เกี่ยวข้อง อย่างไรก็ตามการทำงานของ สสส. เน้นให้เกิดผลลัพธ์การดำเนินงานตามตัวชี้วัดที่กำหนดไว้ตามพันธกิจของกองทุนสนับสนุนการสร้างเสริมสุขภาพ การสนับสนุนการดำเนินงานของภาคีเครือข่ายกลุ่มเดิมที่มีภารกิจในด้านต่างๆ ที่เกี่ยวข้อง ทั้งหน่วยงานภาครัฐ กระทรวง ที่มีบทบาทหน้าที่ตรง หน่วยงานภาคเอกชน มูลนิธิ ตลอดจนเครือข่ายภาคประชาชนที่มีความเข้มแข็งในการดำเนินงานและเป็นผู้ที่สั่งสมประสบการณ์ในแต่ละประเด็นมายาวนาน จึงเป็นเรื่องจำเป็นในการร่วมมือทำงานสร้างเสริมสุขภาพกับภาคีบางกลุ่ม แต่ในช่วง พ.ศ.๒๕๕๑-๒๕๕๘ พบว่า ทุกปี สสส. สนับสนุนการทำงานให้กับหน่วยงานภาครัฐซึ่งมีสัดส่วนเป็นอันดับหนึ่งของภาคีรายใหม่
การที่ สสส. ทำงานกับหน่วยงานภาครัฐมากที่สุด เนื่องจาก สสส. มีหน้าที่เป็นตัวเร่ง สาน เสริม และลดช่องว่างในการทำงานตามแผนยุทธศาสตรฯ์ ที่สอดคล้องกับบทบาทของ สสส. โดยไม่ซ้ำซ้อนกับงบประมาณปกติ ซึ่งหน่วยงานภาครัฐที่รับทุน สสส. นั้น มีทั้งที่เป็นกระทรวง กรม โรงเรียน สถาบันการศึกษา หน่วยงานสาธารณสุข โรงพยาบาล สถานีอนามัย องค์การบริหารส่วนจังหวัด องค์การบริหารส่วนตำบล เทศบาล ฯลฯ ส่วนมูลนิธิ มีทั้งที่เป็นองค์กรการกุศล มูลนิธิไม่แสวงกำไร องค์กรสาธารณประโยชน์ (NGO) องค์กรชุมชน องค์กรชาวบ้าน ที่ทำงานลงไปสู่ชุมชน และประชาชนเช่นเดียวกับภาครัฐ
[caption id="attachment_306026" align="alignnone" width="950"] ที่มา : รายงานประจำปี เรื่อง การกระจายทุนโครงการใหม่ตามลักษณะการดำเนินงานขององค์กร[/caption]