ความเสี่ยงที่พบใน Affiliate Marketing รวมถึงการเลือกพันธมิตรหรือสินค้าที่ไม่เหมาะสม ซึ่งอาจทำให้เสียเวลาและไม่เกิดผลลัพธ์ นอกจากนี้การที่ผู้บริโภคไม่ไว้ใจในลิงก์พันธมิตรก็เป็นอีกหนึ่งความเสี่ยงที่ต้องคำนึงถึง