หลักการของเลเซอร์ขนคือ การใช้เลเซอร์เข้าไปทำลายรากขน ที่มีสเต็มเซลล์ขนอยู่ โดยใช้เลเซอร์ที่ในช่วงคลื่นที่จับกับเมลานินได้ดี ยิงพลังงานไปยังเมลานินในเส้นขนดูดซับ จากนั้นจึงคายพลังงานต่อให้บริเวณรากขน
โดยที่หลักการการยิงเลเซอร์ขน ขนด้านบนไม่จำเป็นต้องไหม้หรือหลุดออก เพราะ เนื่องจากหากขนด้านบนได้หายไปแต่รากขนยังไม่ถูกทำลาย ขนเส้นใหม่ก็ยังขึ้นได้อยู่ดี
สำหรับหลักการนี้ หากพลังงานมากพอและใช้เลเซอร์ถูกประเภท ขนจะสามารถหายไปถาวรได้ แต่จะหายไปถาวรบางส่วนประมาณ 20% ต่อการยิง 1 ครั้ง เพราะเลเซอร์ขนจะทำลายได้เฉพาะในระยะ Anagen ซึ่งมีประมาณ 20% (แต่มองไม่เห็นด้วยตาเปล่า โดยปกติจึงต้องยิงให้ทั่วบริเวณที่ต้องการกำจัดขน)  หลังจากนั้นต้องรอประมาณ 1 เดือน เพื่อให้รากขนบริเวณอื่นเจริญเติบโตเปลี่ยนมาเป็นระยะ Anagen แล้วทำการยิงซ้ำ ก็จะสามารถทำลายได้ครั้งละ 20% ต่อไปเรื่อยๆ