อากาศที่ แม่ฮ่องสอน มักร้อนที่สุดในช่วงเมษายนและมีนาคม โดยมีอุณหภูมิเฉลี่ย 25°C มกราคมและกุมภาพันธ์เป็นเดือนที่หนาวที่สุด โดยมีอุณหภูมิเฉลี่ย 20°C สิงหาคมและกรกฎาคมเป็นเดือนที่ฝนตกเยอะที่สุด