อาการข้างเคียงที่อาจพบหลังการฉีดวัคซีน HPV ได้แก่ ปวด บวม คัน ไข้ ปวดศีรษะ คลื่นไส้ อาเจียน แต่อาการเหล่านี้จะหายไปเอง โดยผลข้างเคียงจะมีน้อยมากเมื่อเปรียบเทียบกับประโยชน์ในการป้องกันโรค