Gumagawa ang PhilSys ng mga hakbang sa seguridad upang matiyak ang pagiging kumpidensyal at proteksyon ng data. Mahigpit nilang kinokolekta at iniimbak ang mga kinakailangang impormasyon lamang alinsunod sa batas. Walang pampulitika, sosyo-ekonomiko, relihiyoso o kriminal na data ang nakolekta. Ginagamit ang tokenization upang palitan ang sensitibong data ng nakuhang data, na tinitiyak ang seguridad ng personal na data. Ang mga nagparehistro ay maaaring gumamit ng PhilID card number (PCN) o PSN alias, na sinamahan ng isang beses na PIN o biometric data para sa pagpapatunay. Ang PSN ay hindi naka-imbak sa mga pampubliko o pribadong database, ngunit ang mga organisasyong iyon ay maaaring mag-imbak ng ilang mga token upang i-verify ang pagiging natatangi ng mga may-ari o upang i-reconcile ang data sa ibang mga ahensya ayon sa kinakailangan ng batas.