Vissa överföringar via PayPal innebär en kostnad för dig som användare. Vilka avgifter som tas ut kan dock variera, dels eftersom PayPal tar ut en kostnad för vissa transaktioner, men också för att till exempel ett PayPal casino kan ta ut en avgift för en del överföringar. Ofta gäller att insättningar på ett casino med PayPal är kostnadsfria, medan en avgift kan tillkomma för uttaget. Från PayPals sida är det som regel överföringar till bankkonton eller andra betaltjänster som brukar innebära en kostnad.