Systemisk JIA drabbar 10 procent av de som får JIA, och innebär att sjukdomen drabbar andra organ än lederna. Systemisk JIA ger förutom ledinflammation hög feber och hudutslag. Det kan också ge förstorad lever och mjälte, hjärtsäcks- och lungssäcksinflammation, svullna lymfkörtlar och muskelsmärta.