Det översta lagret av huden – epidermis – består av keratinocyter, celler som hela tiden fjällas av. De flesta aterom bildas när dessa celler istället rör sig djupare in i huden och förökar sig. Cellerna bildar cystans väggar, och utsöndrar keratin in i hålrummet, en tjockflytande gul substans. Ibland bildas cystor på grund av irritation eller skada på huden. Till exempel kan ett aterom uppstå som reaktion på en stickskada. Oftast finns det dock ingen uppenbar förklaring.