Medan automatiserade lagersystem är mycket kapabla och flexibla, finns det begränsningar när det kommer till hantering av vissa produkter. Ovanligt formade, stora eller särskilt ömtåliga varor kan vara svåra för automatiserade system att hantera. I dessa fall kan det fortfarande vara nödvändigt att förlita sig på manuellt arbete för att säkerställa att varorna hanteras korrekt och tryggt.