Som de flesta terapeutiska behandlingar kan thalassoterapi också resultera i kontraindikationer. För personer som lider av blodtrycksproblem, cancer, jodkänslighet, astma eller njurproblem är det viktigt att undvika denna form av terapi eftersom den inte gör något bra men förvärrar symtomen. Eftersom behandlingen bara sprider tillståndet till andra får patienter med smittsamma hudsjukdomar inte heller följa thalassoterapi. Slutligen, om du nyligen genomgick en operation, rekommenderas det strikt att inte följa denna terapiform eftersom det försenar din läkningsprocess oerhört. Kontakta alltid din läkare om möjliga kontraindikationer i förväg.