MCT-olja tolereras i allmänhet väl, men vissa personer kan uppleva matsmältningsbiverkningar som diarré eller orolig mage när de först börjar ta oljan. Dessa biverkningar försvinner vanligtvis när kroppen anpassar sig till tillskottet. För att undvika detta börjar man med låg dos och trappar försiktigt upp dosen efter vad magen klarar av.