Energi- och utsläppseffekterna är en del av urvalskriterierna. Uppgifterna om mängden utsläpp som påverkar utsläppseffekterna ska motiveras, till exempel en livscykelanalys är en möjlig metod.
Om ett projekt omfattas av systemet för handel med utsläppsrätter, är projektet förenligt med principen om ingen betydande skada endast om dess växthusgasutsläpp ligger under riktmärkena för utsläppshandeln.
I projekt som gäller fjärrvärme, bioenergi samt elektrifiering och koldioxidsnålhet i industrins processer är utsläppsminskningarna en del av de särskilda villkoren för stödet.