MySQL-databaser är inte krypterade som standard, men de data som finns i dem kan krypteras. MySQL Enterprise, en betaltjänst, har inbyggda krypteringsfunktioner. Gratisalternativ finns också, vare sig det är genom att integrera öppen källkod eller genom att lägga till anpassade krypteringsfunktioner till din CMS. Om du vill använda kryptering som följer HIPAA:s bestämmelser, ska du alltid rådgöra med en datasäkerhetsspecialist först – att bara kryptera databasen räcker inte.