Vad det kostar att använda tjänsten beror mycket på vilka alternativ du väljer när du sätter in pengar på ditt Netellerkonto och även uttag kan innebära vissa avgifter. Att registrera sig hos Neteller är kostnadsfritt. Däremot är det flera av transaktionsmetoderna som tar ut en avgift i samband med att du för över pengar till eller från ditt Neteller konto. Den aktuella kostnaden står alltid tydligt angiven hos Neteller.