Mag- tarmkanalen går från munnen hela vägen ner till ändtarmsöppningen. Längs vägen passeras matstrupen, magsäcken, tunntarmen, tjocktarmen och ändtarmen. Vid sidan av mag- tarmkanalen finns körtlar och organ som samarbetar med mag- tarmkanalen för att se till att matsmältningen fungerar.
Från matstrupen transporteras maten ner i magsäcken. I magsäcken stannar mat och dryck innan den transporteras vidare till tarmarna. Här knådas maten, blandas med den sura magsaften och bryts ner för att lättare kunna tas upp i tarmarna. I magsäckens sura miljö förstörs också bakterier som kommit med maten.
När magen gjort sitt jobb har maten omvandlats till en trögflytande vätska som förs vidare till den övre delen av tarmsystemet, den del som heter tolvfingertarmen (duodenum) där den blandas med ämnen som behövs för att bryta ner maten. När det finns mat i tolvfingertarmen reagerar gallblåsan genom att pytsa ut galla i tarmen via gallgångarna. Gallan behövs för att bryta ner fett. Bukspottskörteln ligger också i anslutning till tolvfingertarmen. Även den har gångar som går ihop med gallgången och mynnar ut i tolvfingertarmen. Därigenom kommer bukspott som bland annat innehåller enzymer, ämnen som behövs för att bryta ner maten, bikarbonat för att göra tarminnehållet mindre surt, och insulin som reglerar blodsockernivåerna i kroppen.
Tarmarna har mycket stor betydelse för hälsan. Inte bara de givna funktionerna att ta upp näring från maten och transportera bort de restprodukter som inte behövs. I tarmarna sitter också en stor del av både immunförsvaret och produktionen av serotonin, ett av nyckelämnena för vårt välmående. Tarmsystemet kallas ibland för vår andra hjärna, eftersom magen och tarmarna innehåller mer än 100 miljoner nervceller som kommunicerar med hjärnan och ryggmärgen. Det kallas för det enteriska nervsystemet, eller bukhjärnan. En viktig del av samspelet är de bakterier och mikroorganismer som finns i tarmen, det som kallas för tarmfloran. På senare tid har tarmflorans sammansättning fått stort fokus, eftersom forskning visat att den mat vi äter påverkar tarmfloran, som i sin tur påverkar vår hälsa. Tarmfloran har betydelse för en rad sjukdomar, till exempel IBS, depression och typ 2-diabetes.