Den exakta orsaken till PCOS är inte känd. Flera faktorer kan ha betydelse för att utveckla syndromet, och ärftlighet och övervikt tycks spela in. Det finns också forskning som tyder på att det finns en rubbning i de system som reglerar blodsockret, vilket kan öka produktionen av manligt könshormon, som i sin tur stör ägglossningen.