Några potentiella nackdelar med kompostering är den tid det kan ta att producera färdig kompost och att vissa material kan vara svåra att bryta ned. Det är också viktigt att ha rätt kunskap och förståelse för att uppnå en balanserad kompost, så att den inte blir för sur eller för alkalisk. Trots detta överväger fördelarna vanligtvis nackdelarna, särskilt för miljömedvetna trädgårdsmästare.