Viruset som ger TBE förekommer främst i södra och mellersta Sverige. Majoriteten av fallen kommer från regionerna Stockholm, Sörmland, Uppsala och Västra Götaland. Östersjökusten samt områdena runt Mälaren, Vänern och Vättern är särskilt drabbade. Men riskområdet är större än så, fläckvis spritt från region Skåne till Gävleborg och statistiken över rapporterade fall de senaste åren visar att TBE sprider sig successivt västerut och fler och fler fall anmäls från Värmland, Västmanland och Örebro.
Varje år insjuknar 200-300 personer i TBE. Ändå är risken att drabbas av TBE efter enstaka fästingbett relativt liten, även i riskområden. Däremot sett över längre tid är trenden att det insjuknar fler och fler för varje år, och att smittan gradvis breder ut sig utanför de kända riskområdena.