Trattkantarell kan lätt förväxlas med dess giftiga dubbelgångare, falsk trattkantarell (Hygrophoropsis aurantiaca), som har en mer orange färg och ibland tänjbara lameller. Det är även viktigt att inte förväxla den med giftiga arter som lömsk flugsvamp. Noggrann artbestämning är avgörande vid svampplockning.