En del vattenflaskor som exempelvis aluminiumflaskor går att sätta i diskmaskinen för rengöring. Det finns även en del plastflaskor som även dem går att tvätta i diskmaskin. Om du är osäker på om din vattenflaska tål diskmaskin är det säkrast att tvätta den för hand med diskmedel och en flaskborste eller diskborste.