Magnesiumtillskott är vanligtvis säkra när de tas i rekommenderade doser, men vissa personer kan uppleva biverkningar. Magbesvär kan fås vid överdriven konsumtion och kan leda till diarré, illamående och kräkningar. Vissa former av magnesiumtillskott, särskilt magnesiumoxid, kan vara mer benägna att orsaka denna typ av problem.
Det är viktigt att veta att denna typ av problem vanligtvis noteras vid överdriven konsumtion av magnesiumtillskott och att de flesta personer inte upplever några biverkningar när de tar rekommenderade doser.