Skillnaden mellan en glutenfri kladdkaka och en vanlig kladdkaka ligger i mjölsorten som används. I en glutenfri kladdkaka används glutenfria mjölsorter som mandelmjöl, havremjöl eller bovetemjöl istället för vanligt vetemjöl. Detta gör kakan lämplig för personer med glutenintolerans eller glutenkänslighet.