FlixBus erbjuder olika betalningsmetoder beroende på var du köper din biljett. På deras webbplats eller i appen kan du använda kort (VISA/MasterCard/Maestro/Amex/Diners Club/JCB/Discover), PayPal, Google Pay (för Android-appen) och Apple Pay (för iOS-appen). Vid biljettköp i butiker och hos återförsäljare kan du betala både med kort och kontant. Hos busschauffören accepteras endast kort eller Apple Pay, och vid köp på bussen betalar du alltid fullpris. Observera att vissa betalningsmetoder kan ha transaktionsavgifter.