Exakt vad som orsakar endometrios är inte klarlagt. Sannolikt är det ett samspel mellan olika faktorer där genetik, immunologi och miljö spelar in. En vanligt förekommande teori är att mensblod innehållande celler eller delar av livmoderslemhinna har flödat bakåt genom äggstockarna och in i buken istället för ut ur kroppen. Det kallas för retrograd menstruation. Studier har visat att du har större risk att få sjukdomen om du har en genetisk släkting som har endometrios.