Vattendunkar bör rengöras regelbundet. Annars riskerar man att det bildas beläggning på insidan av dunken och den kan börja lukta unket. Enklast är att rengöra med speciellt utvecklat rengöringsmedel för vattentankar, rengöringstabletter. Tabletter motsvarande dunkens volym doseras i tanken innan den fylls upp med vatten. Låt verka över natten och töm sedan ut. Ingen eftersköljning behövs.