Många fakturahanteringssystem erbjuder också möjlighet att matcha fakturor mot avtal. Det är särskilt fördelaktigt för återkommande eller s.k. periodiska fakturor, där samma tjänst eller vara faktureras månadsvis till ett visst avtalat belopp. Förutsatt att beloppet överensstämmer med ett redan attesterat avtal, kan dessa fakturor godkännas av systemet och skickas för betalning - helt utan manuell handpåläggning.