Shopify erbjuder sin egen betalningsgateway som heter Payments, som också kan acceptera kreditkortsbetalningar. Den hanterar de flesta valutor i de flesta regioner och fungerar inom systemet. Om du inte vill använda den här metoden eller också vill erbjuda andra betalningsmetoder behöver du en betalningsbehandlare från tredje part. Dessa kan inkludera PayPal, Amazon Pay, Stripe och andra. De bultar på din onlinebutik och hanterar den ekonomiska sidan av sakerna åt dig. Shopify tar dock ut avgifter för att använda tredjeparts betalningsbehandlare.