Inom industrin görs muddringen av sedimenteringsbassängen vanligtvis i det skede då bassängen fylls. Risken är att halterna av skadliga ämnen ökar i det dränerade vattnet och de hamnar i miljön tillsammans med utloppsvattnet. Med hjälp av muddring avlägsnas fasta ämnen från vattnet, vattnet renas och mer sedimenteringsutrymme ges i poolen.