Bakteriell vaginos uppkommer när du får en obalans i den vaginala bakteriefloran. Obalansen ger en för låg surhetsgrad (pH) och gör att oönskade bakterier börjar dominera floran. Normalt domineras floran av mjölksyrabakterier (laktobaciller), men om andra bakterier tar över på bekostnad av laktobacillerna kan du få besvär i underlivet.
Risken för att få bakteriell vaginos ökar om du har flera olika sexpartners, därför är det bra  att använda kondom, femidom eller slicklapp med nya partners. Besvär som bakteriell vaginos och svamp i underlivet betraktas, trots det, inte som sexuellt överförbara sjukdomar.