EU-förordningen medger möjlighet till några få undantag med hänsyn till sådana omständigheter. Anläggningar som ägnar sig åt bevarande ex-situ, forskning eller medicinska tillämpningar av arter på EU-förteckningen kommer att kunna ansöka om tillstånd i sin medlemsstat. Listade arter som är hotade någon annanstans kan hållas inom ramen för program för bevarande ex-situ. Det går också att få tillstånd för andra användningsområden, men bara i exceptionella fall om det är av särskilt allmänintresse och socialt eller ekonomiskt motiverat. I alla tillämpliga fall ska hållandet av arten vara begränsad till slutna anläggningar.