När Combo Cleaner startas upp första gången gör den en grundlig genomsökning av din Mac för att bedöma utrymmet för tillgängligt diskutrymme och kollar maskinen för kända virus. När skanningen är klar visar appen resultaten i översiktsfönstret. Du kan dessutom valt någon av de olika funktionerna på vänstersidan i gränssnittet om du vill. För att åtgärda de rapporterade problemen behöver du bara klicka på lämplig knapp som säger ”Remove” eller ”Remove Selected Items” i intresseområdet. Med varje skanningsrapport kan du avmarkera de objekt som du vill behålla på datorn – se till att du gör det innan du rensar. Observera att funktionerna Antivirus, Privacy Scanner och Uninstaller är betalfunktioner. Antivirusmodulen har tre skanningsalternativ att välja mellan: Quick Scan (standard ett), Full Scan och Custom Scan. Quick-läget är tillräckligt exakt för att kunna användas som skydd i vardagen. Till utvecklarnas förtjänst är alla kontroller intuitiva och innehåller koncisa förklaringar av vad funktionerna gör.