Apple Pencil och Apple Pencil (2nd generation) skiljer sig på flera sätt. Den ursprungliga Apple Pencil använder en Lightning-kontakt för laddning och är kompatibel med utvalda iPad-modeller. Apple Pencil (2nd generation) har en USB-C-kontakt och kan laddas trådlöst genom att fästas magnetiskt på iPad Pro. Den har också förbättrad respons och möjlighet att byta verktyg med en dubbeltryckning.