Shopify Payments är Shopifys egna betaltjänst som numera fungerar utmärkt att använda för att ta betalt även på den svenska marknaden. Shopify Payments har en lägre transaktionsavgift än övriga betallösningar som är kompatibla med Shopify. Avgiften bestäms beroende på vilken Shopify-plan du använder. De dyrare planerna har lägre transaktionsavgifter. Shopify Payments möjliggör i princip Stripe i din checkout. Du kan med andra ord ta betalt med Visa, Mastercard och kreditkort i din webshop. Shopify Payment är även kompatibelt med Klarnas betaltjänster.