Du kan komprimera vcf- eller gvcf-utdata med hjälp av ett valfritt argument för utdatakomprimering. Detta motsvarar körning -bgzip följt av -tabix vcf- eller gvcf-utdata för att skapa .gz (bgzip-utdata) och .tbi (tabix-utdata) filer. bgzip komprimerar vcf- eller gvcf-filen och tabix skapar ett index för den komprimerade filen. Argumentet är ett booleskt värde som är inställt på false som standard för vcf-utdata och till true som standard för gcvf-utdata. Om du vill använda på kommandoraden anger -bz eller --bgzip-output som true (kör bgzip och tabix) eller false. Om du vill använda det här argumentet i config.txt-filen lägger du till bgzip_output: true eller bgzip_output: false i filen.