Havs- och vattenmyndigheten förordar att undantag i form av mindre strängt krav tillämpas i samband med hamnanläggningar och att det görs enhetligt mellan vattendistrikten. Mindre strängt krav sätts på statusnivå, men skälen för undantaget behöver beskrivas utifrån den för undantagssättningen aktuella kvalitetsfaktorn alternativt parametern. Tillämpning av kraftigt modifierade vatten (KMV) förutsätter att vattenförekomsten på väsentligt sätt har ändrat sin fysiska karaktär. Vattenförekomster med större hamnanläggningar har en väsentligt förändrad karaktär men det är för det mesta inte den enda orsaken till att god ekologisk status inte kan nås. Ofta förekommer även andra faktorer som gör det svårt att nå god ekologisk status, exempelvis problem med övergödning. För närvarande är det svårt att utifrån biologisk data bedöma vilka problem som har störst betydelse för att god ekologisk status i vattenförekomster som hyser hamnanläggningar inte är nådd. Om möjligheten att förklara en vattenförekomst som KMV tillämpas i vattenförekomster med hamnanläggningar behövs en mycket komplex redovisning av miljökvalitetsnormen God ekologisk potential. Dessutom är det troligt att vissa av de åtgärder som bedöms som rimliga i syfte att förbättra det hydromorfologiska tillståndet skulle kunna vara negativa för att uppnå god status avseende, till exempel miljögifter. Både avseende KMV och mindre strängt krav ska alla rimliga åtgärder identifieras vilket i praktiken bör ge samma resultat när åtgärder för att uppnå miljökvalitetsnormer är genomförda. Havs- och vattenmyndigheten bedömer emellertid att det blir tydligare om KMV tillämpas när huvudorsaken till att god status inte kan nås är fysisk påverkan och att mindre strängt krav tillämpas när orsaken är en kombination av olika typer av påverkan samt om det är svårt att fastställa att det är fysisk påverkan som är den huvudsakliga orsaken.