Värmebehandling av mat kan alltid leda till förlust av vissa näringsämnen – oavsett hur det värms. Precis som med andra tillagningsmetoder kan mikrovågsugnen orsaka en viss nedbrytning av näringsämnen, särskilt vattenlösliga vitaminer som C-vitamin och B-vitaminer. Men eftersom uppvärmningstiden är kortare i mikrovågsugnen jämfört med till exempel spisen eller ugnen, är näringsförlusten ofta mindre jämfört med andra metoder.