Melatonin anses vara säkert för de flesta människor när det tas i rekommenderade doser och under en kort tidsperiod. Dock kan vissa personer uppleva milda biverkningar som huvudvärk, magbesvär, yrsel eller dämpad stämningsläge. Det är viktigt att undvika att ta melatonin om du är allergisk mot några av ingredienserna eller om du har någon kronisk sjukdom eller tar andra mediciner. Om du upplever några ovanliga eller allvarliga biverkningar bör du sluta använda melatonin och rådgöra med en läkare.