De typiska lokalt tillverkade ostarna är Comté, Morbier, Emmentaler, Mont-d'or, Gex Blue, Vacherin du Haut-Doub och Cancoillotte. I Jura görs också de små röda ostarna "La vache qui rit" med den skrattande kon. Mjölk och ost står för 70 % av livsmedelsindustrins omsättning.