Vid begynnande tecken på Wernickes encefalopati är det viktigt att snabbt få behandling i form av injektioner med stora mängder vitamin B1, då kan symtomen försvinna helt eller delvis. Att sluta dricka alkohol är också en mycket viktig åtgärd.
När tillståndet övergått i Korsakoffs sjukdom finns ingen bra behandling, och symtomen finns oftast kvar resten av livet.
Även personer som är i riskzonen för att utveckla Wernicke-Korsakoffs syndrom får behandling med tillskott av B-vitaminer.