Rökgasreningen i Nordsjö biovärmeverk genomförs i enlighet med BAT-slutsatserna (BAT = Best Available Techniques) för stora förbränningsanläggningar. De här slutsatserna tillämpas i hela EU. Enligt BAT-slutsatserna ska bästa tillgängliga rökgasreningsteknik användas för att minska utsläppen från förbränningsanläggningar. I Nordsjö biovärmeverk förbränns biomassa i en cirkulerande fluidiserad bäddpanna (CFB-panna), som är en av de bästa pannteknikerna för förbränning av biomassa av varierande kvalitet. Med hjälp av pannteknik som lämpar sig för biomassa minimeras uppkomsten av primära utsläpp. Tillförseln av förbränningsluft och temperaturen i förbränningskammaren regleras kontinuerligt med hjälp av ett automationssystem för att vi ska kunna vara säkra på att förbränningen alltid sker i optimala förhållanden. Då kan uppkomsten av kolmonoxid, kolväten, PAH-föreningar och oförbrända partiklar (svart kol) som beror på ofullständig förbränning minimeras. De dammutsläpp som uppkommer vid förbränningen filtreras från rökgaserna med hjälp av ett slangfilter. I slangfiltret leds rökgaserna med lämplig hastighet genom slangar av extra tät filterduk, så att dammet fastnar på ena sidan av duken medan den rena gasen tränger igenom. Efter att rökgaserna renats från damm i slangfiltret leds de till en skrubber, där värmen i rökgaserna återvinns genom kondensering och leds till fjärrvärmenätet. I skrubbern överförs värmen till vattnet samtidigt som de sista orenheterna i rökgaserna tvättas bort. Efter skrubbningen leds den renade gasen till skorstenen, och ut ur skorstenen kommer så gott som utsläppsfri rökgas. Utsläppen från Nordsjö biovärmeverk övervakas genom kontinuerlig mätning i skorstenen. Kondensatet och avloppsvattnet som uppkommer i rökgasskrubbern tillvaratas i sin helhet och renas i biovärmeverkets egen vattenreningsanläggning, och efter det är vattnet så rent att det kan användas som tilläggsvatten i fjärrvärmenätet.