Luftkonditionering kan vara bra för hälsan om det används på rätt sätt. Det kan filtrera bort föroreningar och allergener från luften, förbättra inomhusluftens kvalitet samt minska risken för andningsbesvär och andra hälsoproblem. Luftkonditionering kan dock vara skadligt om det inte underhålls ordentligt, eftersom det då kan uppstå tillväxt av mögel eller spridning av bakterier. Det är därför viktigt att systemet rengörs och underhålls regelbundet.