Hittills har inga signifikanta biverkningar associerade med användningen av Biotrohn rapporterats. Det är dock möjligt att uppleva läkande kriser eller Herxheimer-reaktioner under processen för avgiftning eller bekämpning av en infektion. Dessa reaktioner kan visa sig som feber, influensaliknande symtom, huvudvärk, muskel- eller ledvärk, ont i halsen, sjukdomskänsla, svettning, frossa, illamående, utslag, svullna körtlar, låggradig feber, svullnad, diarré eller förstoppning, hjärtklappning, lätt förhöjt blodtryck, hudsymtom, sippande var eller andra symtom, såsom välbefinnande eller lycka. Dessa reaktioner indikerar att gifter, parasiter, svampar, virus, bakterier eller andra patogener elimineras snabbare än vad kroppen kan hantera på egen hand. Den största svårigheten med Herxheimer-reaktionen är att människor ofta avbryter behandlingen som orsakade reaktionen. Det finns dock ingen anledning att vara orolig. Det rekommenderas att avbryta behandlingen i 1-2 dagar och, efter att kroppen har återhämtat sig, fortsätta med de program som orsakade läkningskrisen tills symtomen försvinner.