När kontaktpunkten behandlar ett klagomål börjar den med att göra en första bedömning av om ärendet ska utredas ytterligare. I riktlinjerna fastställs kriterier för när ett klagomål ska utredas ytterligare. Det som ska kontrolleras är bland annat vilka de berörda parterna är och deras intresse i saken, om ärendet är väsentligt och underbyggt och om det tycks finnas ett samband mellan företagets verksamhet och ärendet i det enskilda fallet. Om kriterierna inte uppfylls beslutar kontaktpunkten att klagomålet inte ska behandlas närmare och offentliggör ett motiverat beslut om detta. Om kriterierna uppfylls behandlar kontaktpunkten klagomålet närmare. En närmare behandling innebär således inte i sig att ett företag har brutit mot riktlinjerna, utan att kriterierna för en närmare behandling uppfylls.
Kontaktpunkten inleder den närmare behandlingen med att erbjuda parterna förlikning. Om parterna kan enas avslutar kontaktpunkten förlikningen med att offentliggöra resultatet av förlikningen på arbets- och näringsministeriets webbplats. Om däremot den ena eller båda parterna inte går med på förlikning kan kontaktpunkten undersöka innehållet i klagomålet närmare. För den närmare behandlingen kan kontaktpunkten begära ytterligare utredningar av parterna och vid behov även av andra sakkunniga. Kontaktpunkten avslutar behandlingen med att offentliggöra ett slutligt utlåtande på ministeriets webbplats. Utlåtandet kan innehålla rekommendationer. Kontaktpunkten kan också ta ställning till om det företag som varit föremål för klagomålet har följt riktlinjerna. I Finland gör kontaktpunkten detta.
Vid behandlingen av klagomålet beaktar kontaktpunkten behovet av att skydda företagshemligheter och andra uppgifter som ska hemlighållas.
Efter att ha behandlat klagomålet lämnar kontaktpunkten en rapport till OECD om klagomålet och dess resultat.