Citrullin anses generellt vara säkert för de flesta människor när det tas i rekommenderade doser. Några personer kan dock uppleva milda biverkningar som mag-tarmbesvär, inklusive illamående, diarré eller magkramper, särskilt vid högre doser. Dessa symptom är oftast tillfälliga och kan minska genom att justera dosen. Personer med lågt blodtryck eller som tar mediciner för hjärtsjukdomar bör vara försiktiga, eftersom citrullin kan sänka blodtrycket ytterligare. Det är alltid rekommenderat att rådfråga en läkare innan du börjar med citrullintillskott, särskilt om du har underliggande hälsotillstånd eller tar andra mediciner.