Många studier visar att barn som förlöses med kejsarsnitt behöver längre tid på sig för att kolonisera tarmen med vissa bakteriestammar som anses vara bra för hälsan; de positiva bakterier vi alla har i tarmen och som bidrar till en hälsosam tarmflora.   I förlängningen kan detta påverka utvecklingen av immunförsvaret då man även sett att barn som förlösts med kejsarsnitt löper högre risk att utveckla eksem och vissa matallergier.   I magen är fostrets tarmar sterila men så snart barnet fötts börjar tarmarna koloniseras med bakterier.   Bakterier från förlossningen och från mammans hud vid amning har en viktig funktion i uppbyggnaden av tarmfloran, men även andra miljöfaktorer påverkar. Vid en förlossning med kejsarsnitt kommer barnet i kontakt med färre bakterier.  Amning är det lilla barnets bästa skydd då bröstmjölk innehåller ämnen som bidrar till att skapa en hälsosam tarmflora.