De största utmaningarna vid implementering av automatiserade lagerplockningssystem är att säkerställa arbetskraftsanpassning och att lyckas integrera de nya systemen med befintliga, ofta föråldrade, processer och teknologier. Det krävs noggrann planering, utbildning av personal och ibland omstrukturering av arbetsflöden för att integrera de nya systemen på ett effektivt sätt.