Sjukdomen finns beskriven sedan 1950-talet och har många namn. Ett namn som ofta används är myalgisk encefalopati, ME. Myalgi är en medicinsk term för muskelsmärta, och encefalomyelit betyder inflammation i hjärna och ryggmärg. Namnet har kritiserats eftersom forskare inte kunnat påvisa att det faktiskt rör sig om en inflammation i hjärna eller ryggmärg.
Andra namn på sjukdomen är kronisk trötthet eller kroniskt trötthetssyndrom, som på engelska heter Chronic Fatigue Syndrom och förkortas CFS. Att använda ett begrepp som bara utgår från tröttheten anses också missvisande eftersom sjukdomen har fler symtom än så. Sjukdomen benämns även med båda förkortningarna – ME/CFS.
Ett annat nyare namn som föreslagits är SEID som står för systemic exertional intolerance disease, ett namn som tydligare fokuserar på den oförmåga att hantera ansträngning eller belastning som sjukdomen ger. Systemisk är en sjukdom som påverkar kroppen som helhet, exertional intolerance betyder ansträngningsintolerans och disease betyder sjukdom.