Windows 11 SE är begränsat vad gäller de appar som kan installeras och de inställningar som en slutanvändare kan hantera. Det är avsiktligt, baserat på feedback från lärare, som vill ha en enkel, störningsfri miljö för sina elever och IT-administratörer, och som vill att enheter ska vara enkla att hantera och att de ska prestera bra under hela året. Programinstallation, avancerade funktioner och inställningsändringar styrs av IT-administratörer i stället för slutanvändare för den här specialversionen av Windows 11.