Endokardit är ofta kopplat till blodförgiftning, då bakterier eller andra smittämnen kommit in i blodet. Bakterierna kan då nå hjärtat och få fäste, till exempel vid skadade hjärtklaffar.
De flesta som drabbas av endokardit är äldre och/eller har problem med hjärtat sedan tidigare. Det kan till exempel vara personer med hjärtklaffsproblem, medfödda hjärtfel eller personer som har opererat in konstgjorda hjärtklaffar eller pacemaker. En annan grupp som har högre risk för endokardit är personer som injicerar droger, eftersom bakterier från huden kan ta sig in i blodet i samband med injektionerna.
Reumatisk feber är en immunreaktion som kommer efter en halsinfektion med streptokocker. Reaktionen kan ge skador på många vävnader och organ, bland annat hjärtklaffarna. Sjukdomen är numera ovanlig i Sverige men förekommer i utvecklingsländer. Personer som haft reumatisk feber löper högre risk att få endokardit.
Bakterier kan också komma in i blodet vid tandingrepp, och därför är det vanligt att personer som har högre risk för endokardit får antibiotika i förebyggande syfte inför tandläkarbesök.