De flesta nätmäklare tar ut en förvaltningsavgift på fonder. Avgiften baseras på värdet av ditt sparande. Det finns dock fonder utan förvaltningsavgift, exempelvis Avanza Zero. Utöver en eventuell förvaltningsavgift tillkommer även fondskatt som måste betalas till Skatteverket för ISK- och AF-konton.