PayAnalytics är certifierad enligt ISO 27001:2013. Alla anslutningar sker via en säker länk (https) med höga kryptografiska krav (TLS 1.2). All lagrad data är krypterad. Säkerhetskopior lagras i 30 dagar och rensas automatiskt efter det. Stöd för tvåfaktorsautentisering (TOTP). Externa säkerhetsrevisioner utförs regelbundet.