Skillnaden mellan raffinerad ekologisk kokosolja och jungfru ekologisk kokosolja ligger främst i processen som de genomgår. Raffinerad ekologisk kokosolja har behandlats för att ta bort impurities, doften och smaken av kokos. Den har en neutral smak och högre rökpunkt, vilket gör den mer lämplig för matlagning vid höga temperaturer. Å andra sidan är jungfru ekologisk kokosolja gjord av färsk kokosmjölk och har en naturligt mild kokossmak och doft. Den är ofta ofiltrerad och anses vara av högre kvalitet än den raffinerade varianten.