I mycket stora mängder kan omega-3 vara skadligt. Det har en blodförtunnande effekt och kan ibland innehålla höga doser av vitamin A vilket är skadligt i för stora mängder. I normala doser så finns det inga direkta hälsorisker, men vissa upplever dålig andedräkt, orolig mage (framförallt i samband med träning), diarré och huvudvärk.