Termerna används ofta omväxlande, men de är inte samma sak. Den djupa webben är en del av internet som inte dyker upp på vanliga sökmotorer – i grund och botten inkluderar den oindexerade webbsidor, t.ex. sidor gömda bakom betalväggar, medicinska journaler och e-postkonton. Den mörka webben är en del av den djupa webben som är avsiktligt dold och helt krypterad (den kan endast nås via webbläsaren Tor).
Sammanfattningsvis är den djupa webben det internet som sökmotorer inte kan komma åt. Den mörka webben är krypterat innehåll som vanliga sökmotorer som Google inte indexerar (så för att komma åt det behöver du specifik programvara som webbläsaren Tor).