Fistlar behandlas med operation, men det finns olika operationstekniker. De går antingen ut på att täppa igen eller helt öppna upp fisteln. Ibland behövs flera operationer, till exempel om fisteln är infekterad eller inflammerad. Då kan det först behövas en operation för att fisteln ska få chansen att läka, och senare en till operation för att täppa till den.
En lovande ny metod för att täppa igen en fistel, är att spruta in fettvävnad från den gena kroppen.
Normalt behövs ingen antibiotika men i vissa fall kan det vara nödvändigt, om infektionen sprids eller förvärras.