En potentiell nackdel med vissa typer av yoghurt är tillsatt socker och fett, vilket kan göra produkten mindre hälsosam. Dessutom kan vissa människor vara intoleranta mot laktos och måste vara försiktiga med att konsumera yoghurt baserat på komjölk. Det finns dock alternativ som är baserade på växtbaserade mjölkalternativ för de med intoleranser.