Bakterien streptokocker är den bakterie som oftast orsakar halsfluss hos människor. Det är dock vanligast att halsflussen har orsakats av virus som sedan skapar en infektion i halsmandlarna. Man kan bli smittad av andra personer som bär på smittan genom närkontakt eller av luftburna droppar. Man kan även bli smittad av att exempelvis ta på smittade föremål.
Återkommande halsfluss är ett fenomen som är vanligt. Man får då tillbaka halsflussen inom en månad eftersom det finns kvar bakterier i halsmandlarna. Bakterier kan stanna kvar på föremål som tandborstar och liknande. Andra orsaker till att halsflussen kommer tillbaka kan vara att någon närstående har fått smittan utan att veta om det.