Själva fotoskannern kräver ingen omfattande rengöring. Det finns dock några saker att tänka på innan de används. Skötseln och rengöringen av skannrar skiljer sig något åt. Med hjälp av några knep och hjälpmedel kan även själva mediet förberedas optimalt för skanning.
Multifunktionsskannrar och plattbäddsskannrar har en glasplatta som vissa. Den är i direkt kontakt med mediet och ska alltid vara fri från damm och smutspartiklar. Allt som finns mellan glasplattan och fotot eller dokumentet skannas också och förvränger skanningsresultatet.