I typiska doser verkar melatonin vara säkert för kortvarig användning (5-13 veckor). Biverkningar är både ovanliga och vanligtvis milda, inklusive sömnighet under dagtid, huvudvärk och illamående. I mycket sällsynta fall har allvarliga biverkningar till följd av melatonintillskott (ofta i mycket höga doser) rapporterats. Melatonin är inte beroendeframkallande.