Precis som med alla produkter kan hälsokost ha biverkningar, även om de är ovanliga. Biverkningar kan bero på den specifika produkten och dess ingredienser, och kan inkludera allergiska reaktioner, magbesvär, huvudvärk och illamående. Vissa hälsokostprodukter kan också interagera med mediciner, så det är viktigt att rådfråga en läkare eller apotekare innan man tar någon ny hälsokostprodukt, särskilt om man har ett hälsotillstånd eller tar mediciner regelbundet.