Av säkerhetsskäl tillåter FlixBus inte transport av husdjur i deras bussar, förutom ledar- och assistanshundar. Ledar- och assistanshundar kan resa utan extra kostnad, men det är nödvändigt att anmäla dem via telefon till FlixBus kundtjänst senast 36 timmar före avresa. Andra husdjur är tyvärr inte tillåtna ombord.