Trots fördelarna finns det också vissa nackdelar med att resa med Flyg Dubai. Vissa flygalternativ kan vara mindre flexibla när det gäller att ändra bokningar eller återbetalningar. Vissa ekonomiklassalternativ kan ha begränsade bekvämligheter, vilket kan påverka komforten under resan. Dessutom kan kvaliteten på service ombord variera beroende på flygalternativet och ruttens popularitet.