De grundläggande funktionerna i CCleaner är lätta att förstå sig på. Vem som helst kan scanna sin dator utan att behöva teknisk kunskap. Det finns däremot ett antal avancerade funktioner, t.ex. Registry Cleaner, som riskerar att skada din dator om de inte används korrekt. Av den anledningen kommer ett varningsfönster dyka upp innan du genomför dessa åtgärder. Du bör känna dig säker på att du verkligen vet vad du gör innan du använder de avancerade funktionerna.