Det finns olika behandlingsalternativ för kollagen kolit, inklusive antiinflammatoriska läkemedel, kostförändringar och i vissa fall kirurgiska ingrepp. Vissa patienter kan dock inte svara på vissa behandlingsalternativ, och återfall är möjliga. Mer forskning behövs för att förstå sjukdomen bättre och utveckla lämpligare behandlingar.