Det finns ingen behandling som botar endometrios, däremot kan den lindras. Efter klimakteriet då du slutat få mens brukar sjukdomen försvinna. Behandlingen anpassas efter symtomen och livssituationen, till exempel om det finns en önskan om att försöka bli gravid. Det är vanligt att behandlingen består av hormoner som gör att du slutar få mens samt läkemedel som lindrar smärta. I vissa fall kan endometrios behöva opereras bort.
Endometrios innebär ofta perioder av sjukskrivning, upprepade ingrepp, svårigheter att få barn och påföljande fertilitetsbehandlingar. För att hantera smärtproblem och andra följder kan psykoterapi vara till god hjälp.