De manera general, el ginkgo biloba es una planta confiable y segura, la que administrada en dosis adecuadas no representa riesgos para la salud. No obstante, no debe ser utilizada en niños menores de 12 años, tampoco debe ser ingerida por mujeres embarazadas, cuando se sospeche de la existencia de un embarazo o durante el periodo de lactancia.
Así mismo, no es recomendable la administración en personas con las siguientes condiciones médicas: hemorragia activa o riesgo elevado de hemorragia, pacientes que toman medicamentos para fluidificar la sangre y aquellos que padecen convulsiones o que han sufrido ataques epilépticos.