Uno de los principales métodos para diagnosticar la celiaquía es a través de un exhaustivo examen clínico y mediante una analítica de sangre, que incluya los marcadores serológicos de la enfermedad celíaca (anticuerpos antigliadina, antiendomisio y antitransglutaminasa tisular). Asimismo, para asegurarse del diagnóstico es necesario realizar una biopsia intestinal, es decir, realizando una extracción del tejido del intestino superior para comprobar si hay daños o no.