Como no pueden ser todo ventajas, los fertilizantes de origen orgánico también tienen sus inconvenientes con respecto a los minerales, como su mayor coste, su asimilación más lenta, o el hecho de que el líquido es mucho más denso y oscuro y esto puede ser peor tanto para dosificarlo como para mantener el cultivo limpio, porque es fácil derramar parte del producto mientras se utiliza.