Dentro de la región del Valle de Coachella, la Subcuenca Mission Creek está limitada por tres fallas asociadas con el sistema de la falla de San Andrés. Estas fallas separan la Subcuenca Mission Creek de las adyacentes subcuencas de Desert Hot Springs y de Indio, también la subárea Garnet Hill de la Subcuenca de Indio. El borde de las fallas delimita el sudeste de la Subcuenca Mission Creek. Cordilleras limitan el área de la subcuenca completamente por un lado y parcialmente por un segundo lado, lo que conduce a el reabastecimiento de agua subterránea por la escorrentía del agua de las cordilleras.