Para subir archivos, simplemente navega a la carpeta remota donde deseas alojarlos y arrastra los archivos desde tu explorador a Filezilla. El programa se encargará del resto.
Es importante mencionar que la ventana izquierda de Filezilla es tu explorador de archivos local, por lo que también puedes arrastrar archivos desde allí hacia la ventana derecha de Filezilla. El proceso es igualmente efectivo.