Los retos más comunes durante la implementación de las herramientas de inteligencia de negocio incluyen asegurar la calidad y consistencia de los datos de las diversas fuentes, así como superar la resistencia al cambio de los empleados que pueden estar acostumbrados a los métodos tradicionales de presentación de informes.
Además, las organizaciones suelen enfrentarse a dificultades a la hora de seleccionar e implementar las tecnologías y herramientas de inteligencia de negocio adecuadas para satisfacer sus necesidades y objetivos de negocio específicos.