Las desventajas de contratar a un agente de aduana pueden ser varias como el costo adicional de sus servicios puede ser un factor a considerar, especialmente para pequeñas empresas con recursos limitados. Además, depender de un tercero para gestionar los trámites aduaneros puede generar una cierta pérdida de control sobre el proceso, lo que podría ser un inconveniente para empresas que prefieren manejar internamente todos los aspectos de su operación.