Aunque el agua es una fuente de energía renovable, esta tiene un gran impacto en la flora y fauna de los ríos. Las presas hidroeléctricas alteran los ecosistemas acuáticos y afectan a su vegetación y a los peces, pues interrumpen sus migraciones y les impiden llegar a sus lugares de desove habituales. Los embalses suelen alterar el flujo, la temperatura, las propiedades químicas y los sedimentos de los ríos.