Las ZEPA son zonas especiales de protección de aves y forman parte de la Xarxa Natura 2000. Natura 2000 es una red europea de espacios naturales que tiene como objetivo hacer compatible la protección de las especies y los hábitats naturales y seminaturales con la actividad humana que se desarrolla, haciendo que se mantenga un buen estado de conservación de los hábitats y especies y evitar su deterioro.
Dentro del Sistema Segarra Garrigues hay ZEPA que protegen aves esteparias: Plans de Sió , Bellmunt-Almenara, Anglesola-Vilagrassa, Secans de Belianes-Preixana, Secans de Mas de Melons-Alfés y Secans de Segrià-Utxesa. En cambio las ZEPA de Valls de Sió-Llobregós y Granyena protegen otros tipos de aves.
Estos espacios afectan al proyecto Segarra-Garrigues ya que condicionan las áreas regables y la dotación de riego.
En general las ZEPA del Segarra-Garrigues no son ámbito regable, pero hay algunas que se pueden llegar a regar con una dotación de 3.500 m3/ha y año condicionado a una prueba piloto.  Cuando la ZEPA no protege aves esteparias se puede regar a 6.500 m3/ha y año con algún condicionante agronómico.