El colchón Babykeeper está diseñado para posicionar el bebé sobre la tapa de color blanco. Los ensayos con bebé maniquí han demostrado que el uso de sábanas bajeras pueden reducir ostensiblemente la capacidad que tiene el colchón para ventilar el microclima que rodea al bebé. Es posible usar la funda a modo de sábana, por lo que es recomendable tener una funda de repuesto. El uso de fundas ajenas a Babykeeper no asegura la reducción de riesgos. El mecanismo de seguridad de Babykeeper se basa en su capacidad para intercambiar aire y no retener ni el CO2 ni el exceso de calor, por lo que usar láminas impermeables perjudica dicho intercambio. Si se observa una mancha o se percibe que ha habido un derrame, simplemente se puede lavar el núcleo y la funda. Para mantener las condiciones higiénicas del colchón se recomienda un lavado cada dos o tres días.
No se debe poner el núcleo directamente en contacto con el bebé ya que su estructura de poro abierto le confiere un acabado áspero para su piel.