Las causas exactas de la endometriosis no están completamente comprendidas, pero se cree que pueden ser el resultado de una combinación de factores genéticos, hormonales e inmunológicos. La menstruación retrógrada, donde el flujo menstrual retrocede a través de las trompas de Falopio hacia la cavidad pélvica, es una de las teorías más aceptadas sobre su origen.