El paradigma de la neurodiversidad ha generado controversia, particularmente en la comunidad autista. Los defensores de la neurodiversidad, muchos de los cuales tienen autismo de alto funcionamiento o una diferencia similar, argumentan que el modelo médico tradicional deshumaniza a las personas con diferencias neurológicas y las despoja de la capacidad de determinar sus propios intereses. Sin embargo, el desacuerdo ha sido expresado particularmente por padres de niños con autismo de bajo funcionamiento o severo, así como condiciones relacionadas. Los padres sienten que sus hijos sufren la marginación y que sus necesidades no son escuchadas.