La microbiota de un recién nacido está relacionada directamente con la de la madre y con el tipo de parto (vaginal o por cesárea). El asentamiento inicial de bacterias en el intestino se ve favorecido por el pH gástrico y por una menor secreción de bilis. Después, el desarrollo de unas u otras especies de bacterias está ligada al régimen alimenticio del niño.
Durante los primeros meses de vida, en los que el niño solo toma leche, se promueve el establecimiento de lactobacilos y bifidobacterias, los primeros integrantes de nuestra microbiota. La adición paulatina de purés de fruta, carne, yema de huevo y pescado va favoreciendo la aparición de distintas especies bacterianas.
A los 3-4 años de edad se alcanzan ya las proporciones y riqueza de especies bacterianas de la edad adulta, aunque durante toda la vida esta composición se ve muy influida por otra alimentación, medicación u otros factores. Estos microorganismos que residen en nosotros se encuentran en un equilibrio, de manera que cada uno ejerce una función complementaria a la de los demás.