La diferencia entre Faunia y el Zoo de Madrid es que Faunia es un parque temático de la naturaleza que recrea diferentes ecosistemas y permite al visitante interactuar con algunos animales, mientras que el Zoo de Madrid es un zoológico más tradicional donde los animales están en recintos separados por jaulas o fosos. El Zoo de Madrid tiene más variedad y cantidad de animales que Faunia, incluyendo especies populares como tigres, elefantes, delfines o pandas, pero Faunia tiene especies más raras como manatíes, gallitos de roca, leones marinos de Steller o pingüinos de Adelia. El precio de la entrada es similar en ambos parques, aunque el Zoo de Madrid es algo más económico que Faunia. Ambos parques tienen actividades y espectáculos para los visitantes.