El transporte de embriones se hace en bombonas adaptadas para el transporte y siempre en nitrógeno líquido para mantener la temperatura a -196°C. Sin embargo, sacarlos del banco de embriones para meterlos en la bombona especial para el transporte y volverlos a sacar de ésta para meterlos en el nuevo banco en la clínica de destino, conlleva ciertos riesgos. El trasvase puede generar estrés embrionario y hacer que éstos pierdan calidad o que no sobrevivan a la descongelación posterior. Asimismo, en el traslado podrían alterarse las condiciones de temperatura y comprometer la viabilidad de los embriones.