Las células madre que se usan para el trasplante autólogo deben estar relativamente libres de células cancerosas. A veces, para eliminar las células cancerosas, las células recolectadas se tratan también en un proceso de purgación antes de ser trasplantadas.  Este proceso puede eliminar algunas de las células cancerosas que se encuentran entre las células recolectadas y minimiza la probabilidad de que regrese el cáncer. Ya que la purgación puede dañar algunas células madre sanas, se obtienen más células del paciente antes del trasplante para tener una cantidad suficiente de células madre sanas después de la purgación.