Antes de la cocción es importante lavar 4 o 5 veces la quinoa con abundante agua fría para eliminar las saponinas. Dichas sustancias no son perjudiciales para la salud, pero le confieren un sabor amargo a esta semilla y pueden generar molestias digestivas. Además, el lavado quita impurezas que pueden estar mezcladas con las semillas.
La cocción de este pseudocereal es muy simple. Basta con añadir tres partes de agua por cada parte de quinoa en una olla o cacerola. Generalmente, la ración recomendada es de 50 gramos de quinoa (en crudo). Es recomendable cocinarla a fuego lento durante 15 a 20 minutos. Las semillas cocidas tienen una apariencia ligeramente translúcida.