En 1989, el epidemiólogo David Strachan mostró que la disminución en la carga microbiana debida a la elevación de los estándares de higiene en los países desarrollados podría conducir a un incremento de las enfermedades autoinmunes.
Por tanto, la hipótesis de la higiene lo que sugiere es que el exceso de limpieza y la falta de exposición a determinadas especies bacterianas desde edades tempranas, impide el correcto desarrollo de mecanismos inmunoreguladores que precisan del contacto de nuestra microbiota con las bacterias de nuestro entorno. Esta podría ser la base de la creciente tendencia a la aparición de disfunciones del sistema inmunológico, como alergias.