Las causas de estos problemas pueden ser muy diferentes dependiendo del problema en cuestión.
Algunas de ellas son congénitas y otras autoinmunes como la artritis; hiperlaxitud del tejido conectivo. A veces son adquiridas como traumatismos en la mandíbula, debido a un golpe o latigazo cervical en los accidentes de coche.
El bruxismo es otro de los factores de riesgo para padecer trastornos de la ATM, al tender constantemente a apretar o rechinar los dientes. Esto genera un trauma de baja intensidad, pero constante. No obstante, no se trata de algo decisivo, ya que muchas personas con bruxismo no desarrollan ningún trastorno de la articulación temporomandibular, es lo que llamamos paciente asintomático.
Las maloclusiones con resalte dental aumentado o prognatismos o mordidas cruzadas son uno de los factores esenciales para desarrollar bruxismo.
Otros expertos han apuntado a algún factor relacionado con problemas emocionales o psicológicos, como el estrés, que suele conducir al conocido como rechinamiento de los dientes o bruxismo.
Una vez se empiezan a notar los efectos del trastorno de ATM, una dieta deficiente o la falta de sueño pueden empeorar estos episodios.