No todos los dolores de cabeza durante el sueño son iguales, sino que suelen clasificarse en alguno de los siguientes grupos, aunque también se pueden producir alternancias o combinaciones de varios de ellos en una misma persona:
Cefaleas tensionales. Son cefaleas con presión o de tipo opresivo (no pulsátil) leves a moderadas que afectan a toda la cabeza (dolor en ambos lados de la cabeza). Su diagnóstico y tratamiento es muy importante cuando las crisis se convierten en frecuentes.
Cefaleas por abuso de analgésicos. Este tipo de cefalea aparece cuando una cefalea previa no se ha tratado en el momento o el modo adecuado. El paciente ha consumido analgésicos de venta libre de manera continuada y se ha convertido en “dependiente” de estos fármacos. Aunque los analgésicos mejoran inicialmente el dolor de cabeza, finalmente pueden ser contraproducentes.
Cefaleas trigémino vasculares. Producen enrojecimiento ocular y lagrimeo e incluso caída de los párpados. En ocasiones, estos síntomas son más llamativos que el propio dolor de cabeza nocturno.
Como hemos comentado, la mayoría de dolores de cabeza que aparecen en la madrugada son la manifestación de un problema de estrés, ansiedad  o depresión, provocado por lo acontecido durante el día, como problemas en el trabajo o los estudios o conflictos personales o familiares continuos.
Solamente en casos excepcionales, el dolor de cabeza o migraña está provocado por enfermedades realmente graves o preocupantes como tumores cerebrales, accidentes cerebrovasculares, infecciones como la meningitis, apnea del sueño o hipoglucemia.