Es un organismo independiente, con personalidad jurídica y patrimonio propio. Según BOJA número 193, el Instituto Andaluz de Investigación y Formación Agraria, Pesquera, Alimentaria y de la Producción Ecológica pertenece a la Consejería de Agricultura, Pesca y Desarrollo Rural de la Junta de Andalucía junto a la Agencia de Gestión Agraria y Pesquera de Andalucía. El Instituto Andaluz de Investigación y Formación Agraria, Pesquera, Alimentaria y de la Producción Ecológica denominado IFAPA, argumenta su creación en la voluntad y actitud de dar respuesta y soluciones a las demandas de los sectores agrario, pesquero, acuícola y alimentario de Andalucía.