Los compartimientos son fundamentales cuando se trata de elegir bolsos deportivos. Algunas marcas suelen tener separadores o bolsas internas, para que los objetos no se toquen entre sí. Esta característica es altamente apreciada a la hora de proteger comida o bebidas de equipo o ropa sucia.
Los bolsos deportivos para deportes específicos vienen con compartimentos diseñados para transportar objetos concretos. En el caso de los bolsos para deportes de raqueta, vienen con compartimentos adecuados a la forma de estas, para que encajen y queden totalmente protegidas ante golpes.
Otros bolsos menos específicos como los utilizados para el gimnasio o senderismo, suelen tener pequeños bolsillos en la parte interna, que sirven para guardar objetos de uso cotidiano como carteras, el teléfono móvil o las llaves. Finalmente, algo que comparten casi todos los bolsos deportivos es el compartimento para calzado y los bolsillos exteriores para la botella de agua.