El podado es realizado en el bonsái para lograr la altura, longitud y forma de la planta. Esto sirve para modificar la forma del bonsái a nuestra conveniencia, o en caso de alguna infección en alguna parte del bonsái, evitado así a que se propague a toda la planta.
La temporada más propicia que existe para hacer el podado de un bonsái es en el momento en el que su crecimiento se vea acelerado. Esta época se encuentra, generalmente, entre finales de la primavera y toda la temporada del verano. Ya que en estas épocas la mayoría de los bonsáis tienen una buena respuesta a la poda.
Existen tres tipos de podas: La del tronco, que funciona para corregir la dirección en la que el bonsái se desarrollará. La poda de las ramas primarias, y de las segundarias, que permiten la alteración de la longitud y forma del bonsái a los lados.
Las herramientas para la poda de los bonsáis deben estar afiladas para no causar cortes ni golpes innecesarios al bonsái. Los instrumentos concebidos para realizar el podado del bonsái como la podadora y la vaciadora, están diseñados para dejar un corte cóncavo en la rama, y de esta manera, al crecer la rama de nuevo, evitar los bultos en estas.
Algunos bonsáis poseen la característica de liberar líquidos que les sirve como sellador de heridas. A su vez, algunos de estos líquidos son perjudiciales para la piel humana, y pueden provocar reacciones negativas al ser humano y la tela de la ropa.