La liofilización se realiza en máquinas especiales y consta de tres fases:
Congelar la sustancia sometiéndola a bajas temperaturas (entre -50o C y -80o C) de forma muy rápida para que el tamaño de los cristales de hielo sea pequeño y no provoquen rupturas celulares.
Hacer vacío evaporando el agua congelada sin pasar previamente por el estado líquido. Esto es concretamente lo que se conoce como sublimación.
Aplicar calor al producto congelado para que se condense y se convierta de nuevo en sólido y seco.