A pesar de que hayas hecho todos los trámites para Empadronarse en Madrid, esto no quiere decir que si cambias de ciudad tengas que seguir inscrito en el padrón de Madrid. Debes empadronarte en el padrón municipal de tu residencia, por lo tanto, si cambias de comunidad autónoma, tendrás que empadronarte de nuevo con el nuevo domicilio.