Sí, es posible. Para ello debes conectar un controlador nativo a tu PC mediante un puerto USB o vía Bluetooth mientras estés en la pantalla de inicio. Automáticamente debería llegarte una notificación en la esquina inferior derecha, si lo hacer con un control de otra consola es posible que requieras un software adicional que lo reconozca Bluestacks, tal es el caso del control de Xbox, por ejemplo.