Los estonios no pertenecen étnicamente a los bálticos, pero junto con los samis y los finlandeses a los pueblos finougrios. No obstante, geográficamente se considera que Estonia forma parte de los Estados Bálticos.
Los grupos tribales finougrios se establecieron en el corazón de Estonia ya en el quinto milenio a.C. Durante el tercer milenio a.C., los finlandeses del Mar Báltico, con sus características regionales específicas en cuanto a cultura e idioma, adquirieron su propio perfil. En el segundo milenio a.C. se desarrollaron los contactos entre los finlandeses del mar Báltico en el norte y los grupos tribales bálticos en el sur. En el curso del primer milenio antes de Cristo, el grupo étnico estonio se desarrolló. Desde mediados del primer milenio d.C., los estonios han estado en contacto con los eslavos orientales, más tarde principalmente con los rusos.
Durante el tiempo más largo de su historia política, los estonios fueron dependientes de otros estados.
Durante el período de gobierno zarista ruso y soviético, la comunidad estonia estuvo sometida a una fuerte presión de aculturación, que ha dejado sus huellas lingüísticas en el cambio de la lengua al ruso entre ciertos grupos de la población y en el bilingüismo de la modernidad.
El estonio se ha escrito desde el siglo XVII. Las estrechas relaciones con los vecinos cultural y lingüísticamente relacionados, los finlandeses, han fortalecido, especialmente desde el siglo XIX, la autoestima de los estonios y han motivado el cultivo de la identidad y la lengua estoniana.