Los microorganismos pueden clasificarse como acelulares (priones y virus), procariotas (bacterias y arqueas) o eucariotas (algas, protozoos, hongos). Según su forma de vida, pueden ser de vida libre o asociados a un hospedador. Según su tipo de relación con el ser humano u otros organismos (o el impacto que causan) se consideran patógenos, beneficiosos, o neutros.