Aunque sí es verdad que comparten algunas etapas del proceso, hay diferencias clave entre Yoga Nidra y meditación. En el primero estás estirado y el objetivo es entrar en un estado profundo de sueño consciente. Es fluctuar entre el inconsciente y el consciente. En la meditación estás sentado y totalmente lúcido mientras con concentración consciente permites a los pensamientos que vengan y se vayan.
Otra diferencia es que el Yoga Nidra es mucho más estructurado en su guía.