Tanto la funda como el núcleo son fáciles de limpiar y de secado rápido, por lo que es muy sencillo mantener el entorno de descanso del bebé en las mejores condiciones higiénicas. Al ser fácilmente lavable permite poder cambiarlo de ambiente sin riesgo de proliferación de bacterias.
Pese a que se ha avanzado mucho en el tratamiento de materiales con agentes fungicidas, antibacterias y antiacaros, la opción del equipo de investigadores que ha desarrollado Babykeeper ha sido eliminar agentes químicos no deseables en el producto y en sus componentes. De esta forma se ha conseguido el certificado OEKOTEX clase 1 que asegura que no hay toxicidad para los rangos de sensibilidad del bebé. Como medida de protección biológica, sus materiales son 100% lavables con un secado en tiempo récord. Un lavado supera con creces la salubridad que ofrece cualquier tratamiento químico aplicado a los productos de consumo. La mayoría de colchones del mercado o no se pueden lavar o sólo se puede lavar la funda con tiempos de secado extremadamente largos. Un núcleo antiguo o reutilizado que no se puede lavar acumula ácaros y otros organismos y se ha establecido por los expertos como factor de riesgo de muerte súbita. Además, Babykeeper se envasa al vacío para evitar contaminantes potenciales durante el almacenamiento y la distribución llegando a punto de utilización en las mejores condiciones.