Lo primero que se debe hacer es lavar la quinoa varias veces, en algunos casos utilizando un tamiz. Al frotar las semillas unas con otras se busca quitar la capa de saponinas que recubren las semillas y que al cocinarse aportan un sabor amargo.
Luego del lavado, se ponen a hervir dos tazas de agua y cuando comience a hervir se vierte la cantidad de quinoa destinada a la cocción. Se tapa y se deja cocer a fuego medio, hasta que se haya absorbido toda el agua. Este proceso dura entre unos 15 a 20 minutos. En el caso de la quinoa instantánea, se puede hacer en el microondas por un tiempo estimado de 5 minutos.