Dependiendo de la forma de la vinagrera y el tipo de vinagre, condimentos líquidos o salsas que se almacenen, puede ser más fácil o compleja la limpieza del recipiente. Es una tarea que la mayoría de las veces se puede realizar correctamente con agua y jabón. En caso de los aceites, se puede utilizar agua tibia con jabón.
Una ventaja de las vinagreras modernas es que viene con accesorios. La mayoría de ellas incorporan un cepillo diseñado para la limpieza de la vinagrera. Este cepillo debe mantenerse higiénico y en un lugar seco. Después de un tiempo de uso debe cambiarse. En caso de necesitar un cepillo para la limpieza puede adquirirse de forma individual.