Los efectos secundarios más comunes de la soja son los trastornos digestivos, como el estreñimiento y la diarrea. La soja puede alterar la función de la tiroides en personas con deficiencia de yodo. Las pruebas actuales indican que es seguro para las mujeres que han tenido cáncer de mama o que tienen riesgo de padecerlo consumir alimentos de soja.