La extirpación de un quiste ganglionar es un procedimiento menor, por lo que las complicaciones son raras y rara vez graves. Sin embargo, un pequeño número de personas experimentan rigidez y dolor permanentes después de la operación. Si la operación se realiza con anestesia general, también existe un riesgo muy pequeño de que se produzcan complicaciones en el corazón y los pulmones.