En el Centro Oncológico el 100% de las órdenes de tratamiento con medicamentos se realizan a través del sistema de Prescripción Electrónica Asistida (PEA). Una vez que el médico prescribe la orden, el farmacéutico la valida antes de su dispensación, lo cual permite efectuar las intervenciones farmacéuticas precisas para mejorar la calidad de la farmacoterapia.
La dispensación de medicamentos se hace diariamente en formato unidosis, es decir, se suministran aquellos medicamentos prescritos a cada paciente para un periodo de 24 horas. Este procedimiento aporta mayor seguridad en la dispensación, disminuyendo el número de errores y permitiendo un control óptimo y eficiente de los costes por unidades clínicas y por paciente.
Además, existe una dispensación por stock en planta. El servicio de Farmacia acuerda con los supervisores de las diferentes unidades las cantidades de las especialidades farmacéuticas que cubren las necesidades habituales de los pacientes a los que atiende, estableciendo depósitos de medicamentos controlados por  el personal de enfermería.