El modelo estándar ha alcanzado varios logros experimentales que lo han ido asentando dentro de la física moderna. Uno de los hitos más recientes e importantes fue, justamente, la comprobación experimental de la existencia, hasta entonces teórica, del bosón de Higgs. Sin embargo, hoy en día sigue habiendo desafíos para la consolidación del modelo. Algunos de ellos son:
El modelo contiene 19 parámetros arbitrarios cuyos valores se eligen para que las predicciones se ajusten a los resultados experimentales; es decir, no son constantes físicas fundamentales.
No explica por qué no hay hadrones con carga fraccionaria, a pesar de que los quarks, que los constituyen, sí la tienen.
No determina cuál es el origen de las masas de los leptones y los quarks.
La violación de la simetría conocida como violación CP, que trata de explicar por qué en el universo conocido hay más materia que antimateria.
No explica la materia oscura, la energía oscura ni la gravedad.