La complicación más frecuente de la cirugía del agujero macular es la formación de cataratas, por lo que se ha de informar sobre la probable necesidad de extracción de la catarata en un periodo de entre 1-2 años. Por este hecho, a partir de los 50 años se aconseja a los pacientes realizar una cirugía combinada de extracción de cataratas y del agujero macular, en el mismo procedimiento quirúrgico.
Existen otras complicaciones menos frecuentes y comparables con las que encontramos al realizar vitrectomía por otra causa, como son: formación de desgarros, desprendimiento de retina o infecciones intraoculares.