El agua oxigenada es activa contra una amplia gama de microorganismos, como las bacterias, la levadura, los hongos y las esporas. El agua oxigenada al 3 por ciento, que está disponible comercialmente, es un desinfectante estable y eficaz cuando se la utiliza en superficies inanimadas. Se la ha utilizado en concentraciones de entre el 3 y el 6 por ciento para desinfectar respiradores artificiales, telas y endoscopios. También está incluida en la lista de la Agencia de Protección Ambiental de antimicrobianos activos para su uso contra COVID-19.