La mesoterapia apenas tiene efectos secundarios. Después de la aplicación, el paciente puede notar una ligera hinchazón que desaparecerá pasadas unas horas. Por otro lado pueden aparecer hematomas provocados por el propio pinchazo. No obstante, es necesario aclarar que el compuesto que se aplica es inocuo y que en todo caso se realiza un estudio previo para asegurar que el paciente es apto para el tratamiento.