La parte electrónica de NIO Zen tiene una protección de clave DES de 64 bits, implementada además con código variable de 16 bits y clave de usuario de 24 bits. Los códigos OTP se generan a través de la nube con un algoritmo propietario. La parte mecánica cumple con las más estrictas certificaciones de seguridad, como VDS-SKG***-1303-15.