Si contratas un certificado SSL para tuempresa.com, el certificado SSL sólo protegerá ese dominio y su versión con www.tuempresa.com. El mismo no funcionará para tus otras páginas web con dominios diferentes. Si necesitas proteger varios sub-dominios (Ejemplo: tuempresa.com, app.tuempresa.com, blog.tuempresa.com, etc.) debes contratar un Certificado tipo Wildcard.