Los filtros de agua Black Berkey de los sistemas de purificación Berkey son plenamente capaces de filtrar el agua de lluvia. No obstante, es preciso tomar algunas precauciones. Por ejemplo, asegúrese de que esta agua no está contaminada por algún contaminante específico que esté ausente de la lista de los resultados de los tests realizados por Berkey. Procure también minimizar el contacto del agua con posibles excrementos de animales (pájaros, ardillas, etc.) o productos químicos utilizados en el tejado. Antes de ser introducida en el purificador, el Agua, , debe ser prefiltrada para evitar que se sobrecargue con sólidos en suspensión, lo que provocaría una obstrucción más rápida de los filtros y requeriría una limpieza más frecuente. Algunos clientes han construido sistemas de filtrado de aguas pluviales compuestos por un proceso de recogida en varias etapas (hasta 5 para algunos sistemas) y equipados con varios elementos filtrantes Black Berkey (de 4 a 8). El agua se filtra en etapas sucesivas y se almacena en recipientes adecuados. Aunque los elementos Black Berkey sean purificadores de agua, es aconsejable, en este tipo de uso y si, por ejemplo, se sospecha una alta contaminación por E-Coli, añadir unas gotas de desinfectante a base de cloro (no perfumado) en la primera etapa de filtrado.
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