En caso de ser detectado un caso de endometriosis severa con quistes de chocolate debe ser un ginecólogo especialista quién valore si llevar a cabo cirugía o no. Esta valoración depende del tamaño del quiste, la reserva ovárica o la capacidad de respuesta del ovario afecto. La FIV (fecundación in vitro) es un tratamiento apropiado para la esterilidad asociada a la endometriosis cuando otras técnicas han fracasado.