Cyprinodon elegans reside de forma natural en aguas relativamente básicas. Se encuentra en zonas poco profundas (menos de 2 metros de profundidad) en áreas con una alta presencia de vegetación (plantas acuáticas y palustres, materia orgánica en descomposición, ramas...).
Vive en aguas bien oxigenadas pero no está limitado a un biotopo en particular. Puede ser observado tanto en áreas tranquilas como en zona de corrientes.