La limpieza es uno de las cosas más importantes a tener en cuenta. Si tu yogurtera no esta completamente limpia el yogur puede terminar en la basura en vez de en tu boca. Lo mejor para limpiarla es utilizar un trapo con agua caliente. No es necesario emplear jabón. Si se abusa de su uso se puede quedar en las paredes entorpeciendo la elaboración del yogur. Las tarrinas de cristal se pueden meter en el lavavajillas. De igual manera si se observan restos de jabón es necesario aclararlos antes.