El clima es muy variado en esta caminata, debido al hecho de que se abre paso a través de terrenos muy diferentes a diferentes altitudes. El único lugar donde el clima es una preocupación seria es el Salkantay Pass y las áreas cercanas. Las temperaturas aquí, y en el cercano campamento de Soraypampa, pueden caer bajo cero. Los otros campamentos son mucho más cálidos, debido a su proximidad al bosque nuboso.