Se trata de líneas muy similares las diferencias principales entre una y otra son el importe de la inversión y los sectores de actividad subvencionables.
En cuanto a los sectores o actividades subvencionables, los Incentivos Autonómicos son menos restrictivos porque subvencionan un amplio abanico de actividades económicas y sectores, mientras que los Incentivos Regionales tienen unas líneas de actividad más concretas.
En  cuanto al importe, para inversiones de más de 1.200.000 euros en sectores que sean subvencionables en la línea de incentivos regionales es OBLIGATORIA su tramitación a través de dicha línea.
El tiempo de gestión de los Incentivos Autonómicos normalmente es mucho menor al de los Incentivos Regionales. Por el contario la intensidad de la ayuda suele ser mayor en los incentivos autonómicos.