La balanitis ocasionada por bacterias se trata con antibióticos (orales o tópicos). Si se debe a un hongo como la cándida albicans, causa más frecuente de balanitis, se requerirá un tratamiento en forma de pomada antimicótica, como el ketoconazol,o el miconazol o antifúngicos vía oral, como el fluconazol.