Los dispositivos Kindle utilizan un sistema operativo propietario desarrollado por Amazon. Este sistema operativo está diseñado especialmente para los dispositivos Kindle y ofrece una interfaz sencilla y fácil de usar para leer libros electrónicos y acceder a otras funciones, como la navegación por Internet, el correo electrónico y la reproducción de música.
Algunas versiones más antiguas de los dispositivos Kindle utilizan un sistema operativo basado en Linux, pero la mayoría de los dispositivos actuales utilizan un sistema operativo propio de Amazon. Aunque no es posible instalar aplicaciones de terceros en los dispositivos Kindle como ocurre en otros dispositivos móviles, sí es posible acceder a una amplia variedad de aplicaciones y servicios a través de la tienda de aplicaciones de Amazon.