Una de las posibles consecuencias de la reproducción asistida es la posibilidad de tener un embarazo múltiple. Sin embargo, esto es cada vez menos habitual puesto que los tratamientos de fertilidad están perfectamente controlados y se suele optar por la transferencia de un único embrión para evitar un embarazo múltiple.
Otra de las posibles consecuencias de la reproducción asistida y, especialmente de la FIV, es el desarrollo del síndrome de hiperestimulación ovárica. Esto significa que los ovarios responden de manera exagerada a la medicación hormonal administrada durante la fase de estimulación.