Si hablamos de las principales como son WordPress, PrestaShop, Shopify o Wix, te diré con con todas ellas hemos obtenido muy buenos resultados para según qué tipo de web y sector.
WordPress: mi preferida para webs corporativas, blogs, incluso tiendas online.
PrestaShop: muy potente para E-commerce, pero con el inconveniente de que vas a necesitar siempre el apoyo de un buen desarrollador para conseguir una buena implementación SEO. No lo recomiendo si tienes una tienda pequeña.
Shopify: para un E-commerce sencillo es la que más me gusta. Llevamos tres años trabajando con clientes de USA este plataforma y cuenta con una buena estructura SEO.
Wix: aunque no lo recomiendo si aún no tienes una web. Hemos conseguido muy buenos resultados para algún cliente en sectores no muy competitivos.