Uno de los principales riesgos es que la lista de control no sea lo suficientemente exhaustiva como para identificar todos los posibles riesgos medioambientales. Además, si no se aplica correctamente, puede no ser eficaz para abordarlos y dar lugar a resultados y conclusiones inexactos.
Otro riesgo asociado a una lista de comprobación de auditoría medioambiental es que no se actualice con regularidad. A medida que cambien los reglamentos y normas medioambientales, la lista de comprobación deberá reflejar estos cambios.