Los filtros son uno de los elementos más importantes de los equipos de aire acondicionado, ya que son los que atrapan y retienen las partículas presentes en el aire. Los hay de distintos materiales y niveles de filtración. Existen diferentes estándares para valorar el nivel de filtración y la eficiencia, por ejemplo, en la clasificación MERV, cuando mayor sea el número marcado, más elevada será la filtración. En ese caso, los mejores son los que marcan un nivel de entre 11 y 16.
También son de gran eficiencia los filtros HEPA, capaces de capturar hasta el 97% de las partículas. Y, a parte de ello, cada marca ha desarrollado sus propios filtros con gran capacidad para reducir la exposición a alérgenos y microorganismos presentes en el aire.