Es muy importante que limpies el arenero periódicamente. Esta limpieza deber hacerse con más frecuencia cuando no utilizas arenas aglomerantes, ya que la orina puede crear charcos sobre la base. Para su correcta limpieza, hazlo cuando vayas a cambiar la arena y el recipiente esté vacío. Usa abundante agua y jabón.
Lo ideal es que no utilices productos químicos con aromas muy fuertes a la hora de limpiar el arenero, sin embargo, si el olor a orina no se quita, puedes usar cloro. Si el arenero tiene rasguños que cree pequeñas grietas, también procura limpiarlas muy bien, ya que pueden mantener muchas bacterias en su interior.