De momento, no se puede prevenir el síndrome de Goldenhar, ya que tampoco se conocen bien sus causas. En cualquier caso, es importante que durante el embarazo se sigan las buenas prácticas generales y las instrucciones de nuestro médico. Si hay antecedentes familiares de síndrome de Goldenhar, las pruebas genéticas y las asesorías pueden ayudar a conocer la probabilidad de que se nos manifieste este trastorno.