Cualquier ajuste de materiales orgánicos en el suelo antes de establecer un programa de nutrición para la alfalfa aportará una buena porción de nutrientes en las siguientes temporadas que será preciso tener en cuenta (puede haber limitaciones, por lo que deben seguirse las recomendaciones locales en cuanto a dosis de aplicación). Además, hay fertilizantes minerales procedentes de sales naturales en bruto que pueden utilizarse en los sistemas de agricultura ecológica. El fertilizante Polysulphate es una excelente opción, con resultados probados en producción ecológica de alfalfa convencional, y está homologado como insumo para agricultura ecológica en España y Europa por la mayoría de las agencias de certificación.