Para limpiar un pozo artesiano se debe presentar una solicitud ante la autoridad administrativa correspondiente, en este caso la confederación hidrográfica de la que se dependa. Así lo establece la Ley de Aguas.
Cuando se trata de pozos negros, la limpieza la debe realizar una empresa especializada que cuente con las autorizaciones pertinentes para realizar el trabajo y también vehículos adecuados para el traslado de los residuos a una planta de tratamiento específica.