Microgynon tiene una eficacia superior al 99% si se toma correctamente, pero la omisión de pastillas, los vómitos, la diarrea y la toma de otros medicamentos pueden reducir su eficacia. Véase más abajo. Microgynon 30 no le protegerá contra las infecciones de transmisión sexual; para ello deberá seguir utilizando preservativos.