Una vez preparado el Agua de guayaba, es importante refrigerarla de inmediato. Se debe evitar dejarla a temperatura ambiente, especialmente en climas cálidos, porque su calidad podría deteriorarse rápidamente. Para su almacenamiento, se utiliza un recipiente hermético o una botella con cierre hermético y se conserva en el refrigerador a una temperatura de 4 grados centígrados o menos. Mantenerla en un entorno frío contribuirá a prevenir el crecimiento de bacterias y a mantener su frescura. En general, es seguro conservarla en el refrigerador por un período de hasta 3 días.