Sí, la mayoría de los discos duros externos actuales ofrecen un sistema de seguridad que protege los archivos que tengas almacenados de personas ajenas que quieran robarlos. Esto es algo que puedes activar o desactivar en tu disco duro externo al momento de configurarlo por primera vez.
Por supuesto, debido a que hay muchos modelos de discos duros externos y cada uno tiene sus propias formas de configuración, lo mejor es que revises el manual de usuario o llames a la marca fabricante para pedir ayuda al respecto.