Para instalar certificados en el almacén de Java en lugar de en el del navegador los pasos a realizar son: Abrir el panel de configuración de Java. Para acceder vamos a Inicio->Panel de Control-> Programas->Java. Instalar el certificado en el almacén de Java. Una vez abierto el panel de control seleccionamos en la pestaña seguridad y pulsamos en 'Gestionar Certificados'. En la ventana de gestión de certificados seleccionamos Tipo de Certificado: 'Autenticación de cliente' (es muy importante seleccionar este tipo para que pueda ser utilizado). Importar el certificado digital (archivo en formato p12 o pfx).