Un apéndice contiene información complementaria con el objetivo de que el lector entienda mejor tu investigación. Se trata de información no esencial para el argumento de tu trabajo. Incluiría, por ejemplo:
Transcripciones de entrevistas.
Cuestionarios.
Datos en bruto.
Descripciones detalladas del equipo utilizado.
Solo vale la pena incluir algo como apéndice si haces referencia a información incluida en este en algún momento del texto (por ejemplo, citando una transcripción de una entrevista). Si no es así, lo mejor es que lo elimines.