La principal confusión que existe sobre el horno microondas es la falsa creencia de que emite radiaciones ionizantes, como las utilizadas en los rayos X, por ejemplo, cuando en realidad no es así. Las radiaciones emitidas por el horno microondas son no ionizantes, un tipo de radiaciones que no tienen ningún efecto negativo sobre la salud. Además, la protección que ofrece en sí el microondas hace imposible la salida de ningún tipo de radiación. Este tipo de radiaciones no rompen los enlaces químicos de los alimentos, ni cambian la estructura molecular de los alimentos, con lo que podemos estar más que tranquilos cada vez que usemos este aparato tan útil como práctico. Pero es más, diversos estudios científicos avalan todo lo expuesto anteriormente. En el 2009 un estudio publicado por EROSKI Consumer con el título de Tratamiento de alimentos con microondas confirmaba que la naturaleza de las reacciones químicas que se producen es idéntica a la de los calentamientos convencionales. Otro estudio publicado por Cross y Fung en 1982 en la prestigiosa revista Critical reviews in food science and nutrition afirmaba que las diferencias entre el microondas y la cocción convencional son realmente mínimas.