Los fármacos, en general, pueden suponer un problema añadido para la histaminosis. Algunos, como los opioides pueden inducir directamente la liberación de histamina, otros muchos tienen un metabolismo que consume o bloquea las vías de la Histamina-N-metiltransferasa y de la diaminooxidasa, por lo que dificultan el catabolismo de la histamina y favorecen su acumulación en los tejidos (muchos fármacos antiinflamatorios, antidepresivos, antihipertensivos...). Algunos fármacos afectan a la funcionalidad del tubo digestivo, como antiácidos e inhibidores de la bomba de protones (omeprazol...) interfiriendo en la digestión enzimática o en la absorción, con lo que ello conlleva para la histaminosis. Muchos fármacos afectan directamente a la microbiota, condicionan el metabolismo hepático, afectan al metabolismo lipídico, a la distribución del agua, etc.