Los síntomas relacionados con cambios en la composición o funcionalidad de la microbiota dependerán de la zona del cuerpo donde se encuentre esta alteración (intestinal, vaginal, etc.) y del tipo de bacterias en desequilibrio.
A nivel gastrointestinal, los principales síntomas son:
Diarrea
Malestar estomacal
Náuseas
Estreñimiento
Hinchazón
El síntoma más comúnmente relacionado con una alteración de la microbiota es la diarrea asociada al uso de antibióticos, debida a que un uso prolongado de antibióticos puede eliminar muchos de los microorganismos que componen nuestra microbiota y propiciar un escenario en que pueden actuar bacterias potencialmente perjudiciales.