Son las comunidades microbianas que habitan naturalmente en el cuerpo de una persona sana. Pesa alrededor de 3 kilogramos, y se extiende desde el estómago hasta el intestino grueso. La microbiota cumple diversas funciones dentro del organismo, relacionándose íntimamente con el sistema inmune, con las defensas, digestión de nutrientes y producción de vitaminas. Una microbiota sana, es un intestino delagado sano, encargado de producir el 80% de las serotoninas, además de otras funciones vitales.