En cuanto al sindrome de Waardenburg de tipo 3, llamado también síndrome de Klein-Waardenburg, es parecido a los primeros dos y provoca pérdida auditiva y cambios en la pigmentación.  Las personas con esta forma de síndrome de Waardenburg presentan una nariz ancha y un amplio espacio entre los ojos.  La característica que distingue el tipo 3 de los otros es un problema en los miembros superiores, que hace que las personas afectadas tengan los brazos o los hombros débiles o presenten malformaciones en las articulaciones.