La principal diferencia entre la respuesta inmunitaria específica e inespecífica, como su propio nombre indica, es la especificidad. Mientras que la respuesta inmunitaria innata o inespecífica defiende al organismo contra patógenos y antígenos en general, la respuesta inmunitaria adaptativa o específica reconoce patógenos o antígenos específicos y trabaja para combatirlos de forma específica.