La punción folicular es una cirugía sencilla y con un riesgo muy bajo de complicaciones.
Los riesgos más graves serían la lesión de los órganos pélvicos (intestino, vejiga…), hemorragias o infecciones. Estas complicaciones son muy infrecuentes, ya que la punción se hace guiada por ecografía, de forma que el ginecólogo puede controlar hacia donde se dirige.
Otros efectos secundarios menos graves pueden ser mareos y vómitos tras la anestesia o molestias abdominales los primeros días tras la punción.