Otocinclus vittatus reside en su medio natural en aguas ácidas.
La acidificación del agua proviene de la descomposición de la materia vegetal. Este fenómeno produce un cambio en el color del agua, esta tiende a volverse de un tono marrón. En algunas áreas particularmente ricas en materia orgánica, el agua se tiñe fuertemente de un color oscuro, que la caracteriza como agua negra.
Esta especie se desarrolla a poca profundidad en áreas con alta presencia de vegetación (plantas acuáticas y de marismas, materia orgánica en descomposición, ramas, etc.). Viven en grupos muy grandes en las esteras de la vegetación marginal que se encuentran en este tipo de biotopos. Donde encuentran alimento y numerosos escondites que les facilitan poder esconderse de sus depredadores.