El hecho de que todos los componentes de los mini PC estén tan juntos provoca que haya una menor cantidad de espacio para la refrigeración y que, por tanto, los puntos calientes estén más próximos los unos de los otros y se retroalimenten entre sí. Además, algunos equipos carecen de refrigeración activa. Todo ello puede provocar que el equipo se caliente en exceso.
Lo anterior se compensa, en parte, porque son equipos que cuentan con menos componentes y están optimizados para requerir un menor consumo energético. En cualquier caso, la mayoría de los miniordenadores vienen con una mayor cantidad de rejillas de ventilación para asegurar la máxima refrigeración posible y evitar sobrecalentamientos.