Como cualquier otro instrumento de ayuda y fomento de la I+D+i, aun siendo una gran oportunidad para muchas empresas que generan conocimiento, tiene sus inconvenientes, destacando, sobre todo: Lo complejo de la ley y de sus posteriores modificaciones que hacen compleja su aplicación. El existir relativa poca jurisprudencia al respecto, dado el no elevado uso que han hecho las empresas. El tener que contar con un equipo de especialistas multidisciplinares, expertos en proyectos y actividades de I+D+i, en propiedad intelectual, en derecho mercantil y en fiscalidad empresarial, ya que es necesario: Identificar la elegibilidad de los intangibles. Catalogar los activos y fundamentar dicha catalogación Calcular los costes de generación del intangible. La determinación de los precios de transferencia de la cesión, sobre todo en el caso de vinculación empresarial entre cedente o cesionario. Realizar un estudio jurídico‐mercantil, para estudiar los contratos de cesión- Inseguridad jurídica, no existe certificación acreditada por ENAC. En cuanto a la Inseguridad Jurídica en su aplicación, solo tenemos la opción de solicitar a la Administración Tributaria un acuerdo previo de valoración y calificación de los activos cedidos como pertenecientes a alguna de las categorías aptas para su aplicación. En cuanto al informe previo de calificación, se puede solicitar siempre con carácter previo a la realización de las operaciones, de forma que se cataloguen los activos como pertenecientes a alguna de las categorías a que se refiere el régimen de la “Patent Box”, así como de valoración en relación con los ingresos procedentes de la cesión de aquellos y de los gastos asociados, así como de las rentas generadas en la transmisión. Dicha solicitud se acompañará de una propuesta de valoración, que se fundamentará en el valor de mercado. Quizás se eche en falta la no existencia de una certificación de la aplicación de Patent Box, por tercera parte, independiente de Hacienda y que por ley vincule a esta, como ocurre en el caso de los Informes Motivados Vinculantes, IMVs, relativos a las Deducciones Fiscales a la I+D+i.  Las certificaciones actuales de Patent Box, no vinculantes, de todo el proceso o de alguna de sus partes, normalmente por expertos en las diversas áreas asociadas al Patent Box, pueden ofrecer una amplia seguridad en su aplicación, aunque la sociedad cedente siempre puede ser requerida y la información aportada cuestionada por la Agencia Tributaria.