Torquemada se retiró al convento de Santo Tomás de Ávila 1496 a sus 76 años, aún con el título de Inquisidor general. Para ese entonces aún tenía fuerzas para convocar inquisidores y redactar instrucciones para el funcionamiento de la Inquisición. Fallecería en el convento en el año 1498, dejando el cargo de inquisidor general a Diego de Deza.