Puede detener chkdsk en la etapa 4. En la cuarta etapa, la herramienta chkdsk sólo lee datos del disco. Sólo escribe en el disco cuando encuentra un sector defectuoso. Debería ser seguro detenerlo en esta etapa. Las posibilidades de que realmente tengas un bloque defectuoso y que chkdsk lo esté reparando cuando lo detienes son muy pequeñas.