Las zonas centro y sur de nuestro país presentan características por las  que han sido catalogadas como uno de los puntos calientes o hotspots mundiales para la protección de la biodiversidad. Sin embargo, la minería del cobre en Chile ha dejado una huella significativa en la biodiversidad de la región. Ha resultado en la pérdida de hábitats naturales y la fragmentación del paisaje, lo cual pone en riesgo a especies con categoría de conservación de orígenes tanto nativas como endémicas (sólo se encuentran en este lugar).
La actividad minera afecta las zonas de refugio, alimentación y reproducción de las especies, debido a la fragmentación y pérdida de hábitat, se genera contaminación acústica que podría alterar la conductas, perturbando los patrones naturales y desplazando a las especies nativas.  La contaminación del aire y del agua derivada de estas actividades también contribuye a la reducción de las poblaciones de flora y fauna locales. El tránsito de camiones puede llevar a atropellamientos y disturbios en la fauna.
Algunas especies son particularmente vulnerables a cualquier modificación o disturbios en su hábitat. Un ejemplo de esto es el felino Gato Andino, que para establecer su nicho ecológico necesita de grandes roqueríos como farellones, con escasa vegetación, cerca de algún cuerpo de agua como riachuelos o vegas, condiciones coincidentes con las que necesita la minería para realizar sus actividades.
Lamentablemente, estudios señalan que las tasas actuales de extinción a nivel mundial son de 100 a 1000 veces superiores a las que ocurrirían naturalmente sin la intervención de la actividad humana. A su vez, el cambio climático agrava esta situación, intensificando los impactos que la biodiversidad enfrenta debido a las alteraciones globales de temperatura.