Metatarsalgia primaria: la causa del dolor se debe a desencadenantes anatómicos (pie plano, pie cavo, metatarsos largos) que afectan la relación de los huesos metatarsianos con el resto del pie, conllevando al aumento de la tensión y sobrecarga en la zona metatarsal.
Metatarsalgia secundaria: es causada por enfermedades sistémicas como trastornos circulatorios arteriales o venosos, gota o reumatismo; o como consecuencia de trastornos en otras estructuras anatómicas lejanas a los metatarsos, que indirectamente alteran la biomecánica y la carga del antepié.
Algunos médicos hablan de un tercer tipo: metatarsalgia iatrogénica: la cual aparece como consecuencia de una mala intervención médica, que altera la biomecánica del pie y conduce al aumento del estrés y la presión sobre el antepié. Algunos ejemplos de estos son: una alineación inadecuada de un juanete o de un pie plano