La billetera virtual ofrece varias opciones de ingreso de fondos sin cargos adicionales. Las transferencias bancarias y digitales son gratuitas y se acreditan instantáneamente, al igual que los ingresos en efectivo en locales Mercado Pago Express. Sin embargo, hay un cargo por depósitos en efectivo en Rapipago, Pago Fácil y Cobro Express, que varía según el monto y puede ser del 1,5% hasta $50000 MXN mensuales y del 3% después.