Puedes cargar archivos a tu VPS Linux utilizando un gestor de archivos tipo Filezilla, como en un hosting tradicional a través del protocolo SFTP (SSH). Para ello, necesitas en el gestor la siguiente configuración:
IP del servidor
Nombre de usuario y contraseña
Protocolo: SFTP (SSH)
Puerto: 22
Es necesario que la política de firewall tenga el puerto 22 abierto. En todos los servidores Linux viene abierto por defecto, pero si estás utilizando una política de firewall personalizada, asegúrate de tener el puerto abierto.