Los métodos utilizados en el análisis microbiológico de alimentos varían dependiendo del microorganismo a detectar y del tipo de alimento. Entre los más comunes se encuentran el recuento en placa, la técnica del número más probable (NMP) y métodos moleculares como la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) y la secuenciación de nueva generación (NGS).