El águila harpía se enfrenta a diversas amenazas, incluyendo la pérdida de hábitat debido a la deforestación, la caza furtiva y la captura ilegal para el comercio de aves exóticas. Aunque está protegida por la ley en muchos países, sigue siendo vulnerable a la extinción en algunas áreas debido a la continua destrucción de los bosques tropicales.