En general, la patología puede volver a aparecer en la córnea nueva que ha sido trasplantada aunque la incidencia es diferente en cada tipo de distrofia. Por ejemplo, en la distrofia estromal reticular y en la granular, hay casos que la córnea trasplantada vuelve a tener depósitos anómalos llevando a la necesidad de realizar un segundo trasplante. En cambio en la distrofia estromal macular, es muy raro que esto suceda.