La harina de centeno no está libre de gluten. Junto con el trigo y la cebada, el centeno es uno de los tres cereales con gluten. Contiene una proteína llamada secalinas, que es una forma de gluten. Sin embargo, cuando se usa para hornear, contiene mucho menos gluten que el trigo y la cebada. El gluten de centeno es mucho menos elástico y menos eficaz para atrapar burbujas durante el horneado que el de trigo, por lo que el pan de centeno es mucho menos aireado.