La diferencia entre ambos tipos de energía radica en cuanto pueden impactar sus procesos de generación en sus respectivos ecosistemas.
Las energías renovables son aquellas que proceden de recursos naturales que se regeneran continuamente, más rápido de lo que se pueden consumir. Si bien la gran mayoría no contaminan en su proceso de obtención, algunos de estos tipos de energía si suelen hacerlo, tal es el caso de la biomasa en la cual en algunos casos emplea residuos orgánicos en su proceso de producción que al quemarse pudieran generan gases como el CO2, contaminando el aire.
Por su parte las energías limpias producen un mínimo o nulo impacto ecológico en el medio ambiente, durante sus procesos de extracción y generación. Entre los tipos de energía limpia se encuentran la energía eólica, solar, geotérmica e hidroeléctrica.