La intolerancia al gluten ocurre por una reacción de hipersensibilidad en el tubo digestivo. El gluten es una proteína que se encuentra en el trigo, la cebada y el centeno. La intolerancia ocurre porque esta proteína se infiltra a las capas profundas del tubo digestivo y estimula a las células blancas de defensa del cuerpo. El organismo piensa que se trata de un invasor y comienza una reacción alérgica.