El Plan de Manejo es la hoja de ruta que permite al Administrador del Santuario conservar y proteger los valores ambientales y culturales por los cuales se creó el Santuario, compatibilizándolo con las actividades productivas que caracterizan el territorio. Todo Plan de Manejo va acompañado de la Zonificación del área protegida. La Zonificación detalla qué es lo que se puede hacer y lo que no se permite en cada una de las zonas, a través de acuerdos con los propietarios, si los hubiere dentro del Santuario, y otros actores que hacen uso del Santuario. Esta zonificación permite establecer diferentes tipos de áreas, considerando los aspectos ambientales como también los usos de la tierra y actividades existentes en el Santuario (ej. zonas de uso intensivo, de uso público, de conservación, de restauración, de manejo, etc.), y considerando también los planes reguladores vigentes y las leyes que regulan los Santuarios. El desarrollo tanto de un Plan de Manejo como de una Zonificación, se debe realizar de forma participativa, identificando entre otras cosas, los usos de la tierra y actividades que se realizan usualmente en el Santuario y su entorno, junto con los actores del territorio, como se realizó en el Plan de Manejo del SN Río Achibueno o en el del SNRío Cruces y Chorocamayo . Algunos planes de manejo pueden incluir Guías de Buenas Prácticas Ambientales asociadas a distintas actividades, como la agropecuaria, o forestal o turística, como por ejemplo, el Plan de Manejo del Río Achibueno, aportando indicaciones concretas para que estas actividades se realicen de manera compatible con los objetivos de conservación del Santuario.