El partido toma su nombre de la palabra ‘Pehuajó’, un término de origen guaraní que significa “terreno pantanoso” o “estero profundo”. Su existencia ha tomado gran notoriedad a partir de la canción infantil creada por María Elena Walsh, en la que la tortuga de nombre Manuelita vivía allí. De hecho, es posible apreciar la presencia de una estatua de tortuga en homenaje.