No se ha informado de ningún efecto secundario de la quercetina y los estudios han recomendado que sea segura para el uso humano en una dosis específica de 500 mg durante doce semanas. Aunque para el uso a largo plazo los efectos son todavía desconocidos. Las madres embarazadas y lactantes también deben evitar el uso de la quercetina debido a la falta de disponibilidad de la investigación en este ámbito.