Mientras que el Clenbutrol no tiene efectos secundarios graves para el cuerpo, los del Clenbuterol son muy peligrosos para la salud. Estos efectos empiezan por dolores de cabeza, náuseas, taquicardia, dolor en el pecho, que puede derivar en ictus, infartos o taquicardias, boca seca y mareos.
También se pueden sufrir calambres, temblores fuertes, aumento de la transpiración, hipertensión, espasmos musculares que pueden llegar a ser dolorosos y problemas de sueño e insomnio, ya que al aumentar la tasa metabólica estimula el organismo y evita el desarrollo normal de los ciclos del sueño.
Todos estos efectos se deben principalmente a que, debido a su efecto termogénico, el Clenbuterol agota las reservas de potasio y taurina del cuerpo, que juegan un papel en la contracción muscular, la función cardíaca y la regulación del sueño.
En grandes dosis afecta también al hígado, causando toxicidad hepática. A los riñones y puede causar también atrofia testicular.