El lúpulo es una planta que, en condiciones de buena ventilación y fertilización adecuada, es resistente y responde bien al ataque de enfermedades fúngicas, ácaros e insectos. Las principales enfermedades que pueden presentarse a lo largo del año son: Mildiú velloso, oídio, ácaros, pulgón, larvas de polilla, chinche asiática. para prevenir y contrarrestar estas adversidades, recomienda utilizar productos con residuo cero, naturales o permitidos en agricultura ecológica por su escasa o nula toxicidad. Los tratamientos preventivos, especialmente al final de la cosecha, son cruciales para el éxito del año siguiente.