La elección del material de la flauta de pan dependerá del intérprete. En este sentido, cada flauta tendrá un matiz diferente en su sonido dependiendo de la materia prima elegida. También podría estar sujeta su elección al tipo de mantenimiento y a su ligereza. Mientras que el plástico es fácil de limpiar y no se afecta por la humedad, la madera requiere un trato más delicado y mantenimiento especial, para evitar que se fracture su estructura.