Aunque el objetivo es la limpieza y caracterización de residuos, la propia actividad también puede suponer por sí misma un factor alterador para el medio, especialmente en ecosistemas costeros. Se puede llegar a alterar la estructura de las dunas por pisoteo, o dejar la playa desprovista de cualquier depósito de materia orgánica, lugares donde se asientan tanto la flora como la fauna territorial característica. Por lo tanto, debemos tener unos pequeños consejos para reducir nuestro impacto:
No recoger ni alterar los restos orgánicos.
Evitar ruidos innecesarios.
Evitar lugares y periodos de nidificación de especies.
En el caso de limpieza de playas, ocupar y transitar lo menos posible el sistema dunar.