Existen diferentes tipos de miso dependiendo de los ingredientes empleados y del tiempo de fermentación de la pasta. Principalmente destacan 3:
1. El miso blanco o shiro miso, de color blanco, sabor dulce y poco tiempo de fermentación. Es de los más consumidos ya que su sabor es más sutil, se suele elaborar con soja y arroz o sólo con arroz.
2. El miso rojo o aka miso fermenta durante un año por lo menos. Su color es rojizo debido al mayor tiempo sometido a fermentación, su sabor más intenso y se suele elaborar con soja y arroz.
3. Por último, el hatcho miso, se elabora exclusivamente con soja, no se añaden cereales. Su color es mucho más oscuro, tirando prácticamente al negro. El sabor es intenso, sin matices dulces y la textura más densa.
Otros tipos de miso incluyen el miso amarillo o el marrón, y actualmente se pueden también elaborar pastas de miso con otros cereales o legumbres como los garbanzos.