Existen muy pocas contraindicaciones absolutas, entre las que podemos destacar enfermedades graves que influyan en el metabolismo del hueso, infecciones específicas, tumores malignos que afecten al hueso, o radioterapia en grandes dosis. Es importante decir que los implantes dentales no provocan rechazo en el organismo, comúnmente cuando se habla de rechazo se refiere a una no oseointegración del implante dental (se estima normal un nivel de fracasos del 2% a 5% de los implantes colocados). Cuando un implante dental no se oseointegra se puede volver a colocar otro para sustituirlo.