Una de las principales contraindicaciones que tienen los comprimidos de valeriana es que estos no deben mezclarse con alcohol (ya que potencia el efecto de adormecimiento), ni otros medicamentos como sedantes, antiepilépticos o antidepresivos.
Tampoco es aconsejable ingerir estas cápsulas durante el embarazo y la lactancia, ya que se desconoce el efecto que pueda ocasionar a un feto, además que puede llegar a excretarse por medio de la leche materna. Por último, debemos mencionar, que esta clase de suplemento no se encuentra indicado para niños menores de 3 años, en formato de tabletas, infusiones o extractos líquidos; y en menores de 10 años en presentación de aceites.