El tipo de coloboma más común es el coloboma del iris. Se trata de un agujero o defecto en el iris y se manifiesta como una segunda pupila o en forma de una especie de ranura negra que aparece en el borde de la pupila, confiriéndole una forma irregular. También puede presentarse como una fisura en el iris.
Además de en el iris, un coloboma puede tener lugar en otras partes del ojo, produciéndose malformaciones o irregularidades en las mismas:
Coloboma del cristalino.
Coloboma del párpado.
Coloboma macular.
Coloboma del nervio óptico.
Coloboma de la úvea.
Coloboma corio-retiniano.