La micorriza (mykes = hongo, rhiza = raíz) es una asociación (simbiosis) entre los hongos y las raíces de las plantas. La mayoría de los árboles de bonsai viven en simbiosis con varios hongos micorrízicos (ectomicorriza, endomicorriza, micorriza VAM). Esta simbiosis es vital para muchas especies de bonsài.
El hongo micorrízico proporciona al bonsái nutrientes y agua mejor y refuerza su resistencia contra los hongos destructores de la madera. A cambio, el árbol proporciona azúcar a los hongos.
La micorriza se desarrolla automáticamente después de trasplantar un bonsái a un suelo mineral para bonsáis comoAkadama, Kanuma o Kiryu. Este proceso se puede acelerar significativamente mediante la mezcla. Esto puede reducir el estrés del trasplante. La micorriza también puede ayudar a cultivar árboles de jardín y calle.