Sí. Tu empresa no puede despedirte por motivo de tu baja ni como consecuencia de ésta, so pena de incurrir en un despido nulo o al menos improcedente, puesto que la ley protege a los trabajadores y prima sus derechos fundamentales. En este caso, la Salud.
Podría despedirte si tu baja médica resulta ser fraudulenta y tu empresa lo acredita fehacientemente, en cuyo caso estaremos ante un despido disciplinario y por tanto, procedente.
En todo caso puede despedirte por otros motivos (objetivos o disciplinarios), aun estando de baja, siempre que estos se correspondan con los especificados por la ley y en las circunstancias recogidas por ésta.
Si no lo hiciera así tu despido podría considerarse igualmente improcedente.