Al estar a tan bajas temperaturas, el nitrógeno líquido puede causar rápidamente quemaduras por frío o incluso congelación de miembros. Es recomendado el uso de indumentaria aislante, así como guantes y gafas de seguridad. Siempre que se trabaje con nitrógeno líquido se debe procurar una adecuada ventilación o un equipo de respiración autónoma.
El nitrógeno es inoloro e incoloro. Una fuga de nitrógeno líquido puede evaporarse hasta acumular una masa de gas imperceptible que desplace el aire de un recinto, ocasionando peligro de asfixia para humanos y otros seres vivos. Se recomienda la revisión periódica de la presión de los contenedores y el resto de sistemas asociados a su utilización.