Situado en una cuenca tectónica al sur de Guadalajara, el lago de Chapala es el mayor de México. El lago y otros humedales de la cuenca del Río Lerma son lugares importantes para aves acuáticas migratorias, raras y endémicas (que no se encuentran en ningún otro lugar), y el lago forma parte de un patrón regional de especies de peces endémicas.