Las tarifas actuales de PayPal Pagos Pro son del 2,9% + 0,30 dólares por transacción para las transacciones en EE.UU. Para las transacciones internacionales, son del 4,4% + una tarifa fija. La tarifa fija varía según la ubicación, al igual que las tarifas de transacción estándar anteriores. Hay una estructura de tarifas diferente para las transacciones de la terminal virtual.