Generalmente los quistes aparecen como una respuesta anómala en el organismo bien sea hormonal como lo es el síndrome de ovario poliquístico, o por una malformación congénita como el quiste branquial.
También suele presentarse por un proceso infeccioso como el quiste sacro en el que el vello perfora la piel y se encarna, este quiste en su interior tiene pus. Por otra parte también existen quistes de causas idiopáticas como lo son los quistes ganglionares o quistes sinoviales que aparecen en una articulación o en un tendón.
Existen otros procesos quísticos llamados funcionales que son totalmente normales en el organismo de la mujer durante el período menstrual, su aparición significa que los ovarios están funcionando de forma correcta.