Los efectos secundarios a largo plazo en los gatos parecen ser poco comunes, siempre que la budesonida se dosifique correctamente. Los efectos sistémicos comunes a los esteroides, como el aumento de la bebida, la micción, el apetito, el jadeo, la caída del cabello, etc., generalmente no se observan con la budesonida debido a su efecto de acción más local en el tracto digestivo y las bajas concentraciones sistémicas.
Es posible, especialmente si se usan dosis altas, ver efectos secundarios limitados al tracto digestivo, como vómitos con sangre o heces (aspecto de café molido y aspecto negro alquitranado respectivamente), debido a la erosión o ulceración del estómago y revestimiento intestinal.