Aena explota todos los aeropuertos de interés público de España, así como la navegación aérea en algunos privados y algunas bases aéreas en régimen mixto con Fuerzas Armadas de España. Además, caben destacar el Helipuerto de Ceuta y el Helipuerto de Algeciras, los únicos helipuertos de la red. En total, gestiona directamente 46 aeropuertos y 2 helipuertos en España, y participa directa e indirectamente en la gestión de otros 15 aeropuertos en Europa y América.