Tampoco hay una respuesta específica para esta pregunta, ya que son elementos que cumplen funciones completamente diferentes. Una jaula es un espacio para que el perro tenga su hogar y normalmente no la vas a mover de casa. En cambio, un transportín es un elemento más pequeño que tiene como finalidad movilizar al perro.
Sería una maldad dejar a tu perro encerrado en un transportín dentro de casa, porque no tendría absolutamente nada de libertad. Por otra parte, sería incómodo cargar con una jaula demasiado grande en la calle, por ejemplo, para ir al veterinario. En realidad no hay un producto mejor que otro, sino que se utilizan en momentos diferentes.