Al igual que la gran mayoría de técnicas de análisis, el DGP también tiene un pequeño porcentaje de error, por lo que podría dar lugar a falsos positivos y negativos.
Esto depende principalmente de la técnica empleada para el análisis genético. Por ejemplo, la técnica FISH sólo permite analizar un máximo de 12 cromosomas, mientras que con las últimas técnicas de secuenciación masiva se pueden analizar todos los cromosomas y se obtiene una fiabilidad del 96-98%.
Por otra parte, también hay que tener en cuenta el posible mosaicismo (dos tipos de líneas celulares diferentes) ocasionado por un error muy temprano en el desarrollo embrionario. Hoy en día, gracias a la biopsia de varias células en el blastocisto, es posible detectar este mosaicismo y disminuir la probabilidad de error del DGP.