El hidrógeno verde también presenta desventajas, entre las que destacan:
Gran gasto energético: para la producción del hidrógeno verde se requiere grandes cantidades de energía.
Se necesita de gran seguridad para manipularlo: el hidrógeno es un elemento muy volátil e inflamable, por lo que para evitar posibles fugas y explosiones, se requieren unos protocolos de seguridad elevados.