Tal como hemos explicado en el punto anterior, la prueba médica de la colposcopia consta de dos fases, la exploración (o colposcopia en sí) y la biopsia, que consiste en la toma de muestras de tejido que el ginecólogo considere relevante analizar. No en todas las colposcopias se realizan biopsias, sino que esta es una decisión que depende del juicio clínico del ginecólogo en el momento de la exploración. La biopsia vaginal produce algo de dolor, por lo que el ginecólogo previamente puede administrar al paciente de algún tipo de anestésico para evitarlo o minimizarlo al máximo.