Ambos medicamentos son similares en cuanto a que bloquean encimas para reducir la inflamación y el dolor, y tienen la misma efectividad y eficacia. Sin embargo, se distinguen en el tipo de encima que inhiben: el naproxeno inhibe la encima ciclooxigenesa 1 (COX1), mientras que el ibuprofeno, por su parte, inhibe la ciclooxigenesa 2 (COX2).