Si la microbiota se encuentra dañana o no sana, nos encontramos más expuestos a la colonización intestinas por parte de organismos patógenos. Nos volvemos más susceptibles a diversas enfermedades debido a que nuestro sistema inmune estaría debilitado, lo que puede producir diarreas, intestino irritable, infecciones respiratorias, alergias con manifestaciones cutáneas, entre otros.