El objetivo de las piscinas naturales es mantener el agua de baño limpia sin utilizar productos químicos. Para ello se crea un pequeño ecosistema autosuficiente que actúa como un sistema de depuración natural, a base de plantas, arena, grava y, en algunas ocasiones, incluso peces.
En este tipo de piscina suelen diferenciarse dos zonas: aquella destinada al baño y aquella enfocada a la regeneración del agua. Sin embargo, también es habitual que se decida incorporar la zona de depuración del agua dentro del vaso destinado al disfrute de los propietarios (con esto las instalaciones adquieren una estética más natural).
Para que el agua fluya mejor, suelen incorporarse distintos elementos, como bombas de impulsión y skimmers, aunque lo más importante es acertar con las plantas adecuadas.