Existen muchas versiones de la fondue en la que se pueden utilizar quesos muy diversos y otro tipo de aderezos como especias o licores. Si quieres seguir la receta más tradicional, deberías usar mezclas de Gruyère y Vacherin Fribourgeois, con Gruyère y Emmentaler o Appenzeller. Se suelen mezclar desde 2 hasta 4 quesos diferentes, aderezarlos con otros condimentos o crear tus propias mezclas.