Los eosinófilos también son una de las células efectoras en la HANA y pueden verse elevados en sangre. Tienen un papel clásico en la alergia y en las reacciones a parásitos, pero están también implicados en la amplificación de la respuesta inmune crónica que afecta a mucosas. El cuadro más característico es el de la esofagitis eosinofílica, que en muchas ocasiones está relacionado con respuestas alimentarias de este tipo. Los niveles de EPX en heces pueden ser también un reflejo de este proceso, al igual que otros marcadores que se movilizan de manera general e inespecífica en las respuestas inflamatorias, como la calprotectina.
De cualquier forma, la implicación de los eosinófilos sólo se observa en determinados pacientes con una cronicidad y un deterioro mucoso importante, y muchas veces con la peculiaridad de asociarse a patología alérgica o autoinmune en el mismo paciente.