El malware puede haber llegado a un sitio web por diferentes vías: Al instalar algún plugin, módulo o complemento «pirata» que estuviera infectado. Mediante inyecciones de código a través de formularios y peticiones a la base de datos. A través de inyecciones de código o ataques a archivos vulnerables o sensibles del sitio web. Si un sitio web se encuentra en una servidor donde haya alguna página web infectada, el malware puede propagarse hasta llegar a ella. Estos son algunos de las primeras vulnerabilidades que se comprueban al realizar una limpieza de malware.