No hay indicios científicos que demuestren que la levadura nutricional tenga contraindicaciones para la salud. Se trata de una cepa diferente de la levadura cándida que, al inactivarse durante el proceso de elaboración, el cuerpo la trata como cualquier otro alimento, aunque en casos de infecciones relacionadas con hongos, como la candidiasis, o sensibilidad a otros tipos de levaduras se recomienda evitarla.