Con frecuencia estos términos se usan indistintamente, pero no son lo mismo. La web profunda es una parte de internet que no se muestra en los motores de búsqueda convencionales; básicamente, incluye páginas web sin indexar como páginas ocultas detrás de muros de pago, historias clínicas y cuentas de correo electrónico. La web oscura es una parte de la web profunda que se oculta de manera intencional y está totalmente encriptada (solo se puede acceder a ella a través del navegador Tor).
En síntesis, la web profunda es la parte de internet a la que los motores de búsqueda no tienen acceso. La web oscura es contenido encriptado que los motores de búsqueda convencionales como Google no indexan (para acceder, se necesita una aplicación específica como el navegador Tor).