Como con cualquier tratamiento médico, la terapia de reemplazo de testosterona conlleva ciertos riesgos. Algunos hombres pueden experimentar efectos secundarios como acné, hinchazón y sensibilidad en los senos, aumento del conteo de glóbulos rojos, disminución del tamaño de los testículos, cambios de humor e incluso ronquidos o apnea del sueño. También existe el riesgo, aunque bajo, de que la terapia de testosterona pueda estimular el crecimiento de un cáncer de próstata existente.