Sí. Puedes empezar cambiando algunas páginas, probarlas y luego trasladar el resto al ritmo que prefieras.
Si estás migrando tu sitio de HTTP a HTTPS por partes y no quieres que se indexen las URLs que todavía estás probando, te recomendamos que no uses redirecciones, sino rel=canonical. Si utilizas redirecciones, no podrás probar las páginas redirigidas.