Las VISA permiten recibir pagos y las MasterCard no. Para la mayoría de consumidores esto es irrelevante, pero si manejas dinero online en webs que permiten depositar y retirar dinero, una VISA te ofrece más flexibilidad. Si tienes MasterCard tampoco desesperes. Cualquier página web seria te permitirá retirar dinero mediante transferencia bancaria.
Por lo demás, en la práctica hay poca diferencia porque ambas son ampliamente aceptadas en todo el mundo. Si nos ponemos puristas, VISA es más aceptada que MasterCard a día de hoy.
Condiciones como comisiones, intereses, etc. dependen de la entidad financiera con la que contrates la tarjeta, no de VISA ni MasterCard.