La zonisamida puede tener varios efectos adversos, como disminución del apetito, vómitos, diarrea, problemas de equilibrio al caminar (lo que se denomina ataxia) y somnolencia (somnolencia excesiva).
En algunos estudios, estos efectos se han visto en aproximadamente el 50% de los gatos, mientras que en otros estudios se ha encontrado que los porcentajes son más bajos.