Estos métodos suponen un riesgo mínimo para el embrión. Con cualquier procedimiento de laboratorio puede haber técnicamente algunos pequeños riesgos. Por ejemplo, puede haber un pequeño riesgo debido a la adición de colorante fluorescente a la muestra de esperma como parte del procedimiento de microclasificación. Sin embargo, con el importante método de las pruebas genéticas de preimplantación del embrión, cualquier defecto se encontrará antes de la preimplantación.No se ha demostrado el riesgo de defectos de nacimiento con ninguno de los procedimientos relacionados con la selección de sexo. De hecho, debido a las pruebas genéticas de los embriones, la posibilidad de un defecto de nacimiento es menor con la FIV que con la concepción natural.