Aunque técnicamente es posible hacerlo, en general no se recomienda. Los microondas tienden a calentar de forma desigual, calentando unas zonas más que otras, lo que provocará una descarboxilación poco homogénea.Además, la descarboxilación libera gases como dióxido de carbono y vapor de agua, que pueden acumularse y aumentar la presión dentro del recipiente usado para descarboxilar en el microondas, pudiendo causar una explosión. Aunque esto también es posible en un horno, los microondas suelen ser mucho más pequeños, lo que aumenta este riesgo.