El tratamiento varía, dependiendo del paciente y sus reacciones específicas. A menudo, los bebés que han reaccionado a las fórmulas lácteas y de soya recibirán una fórmula hipoalergénica o elemental. Algunos niños amamantan bien. Otros niños que tienen menos factores desencadenantes pueden evitar estrictamente los alimentos ofensivos. Los nuevos alimentos generalmente se introducen muy lentamente, un alimento a la vez, durante un período prolongado de tiempo por alimento. Algunos médicos recomiendan probar un solo alimento por hasta tres semanas antes de introducir otro. Debido a que es una condición rara pero grave, en caso de una emergencia, es vital obtener el tratamiento correcto. Algunos médicos proporcionan a sus pacientes una carta que contiene una breve descripción de FPIES y su tratamiento adecuado. En caso de una reacción, esta carta se puede llevar a la sala de emergencias con el niño.