No todos los rootkits funcionan del mismo modo. Sin embargo, muchos de ellos modifican los archivos del kernel del sistema operativo (un programa que se encuentra en el núcleo de su equipo y que tiene control sobre todos los demás elementos) con el fin de ocultar su presencia a los sistemas de inspección estándar. Por ejemplo, un rootkit podría desactivar la capacidad de un equipo para registrar eventos, de modo que no quede ningún registro del ataque.