Estudios recientes han revelado una asociación de varias enfermedades autoinmunes, acentuando el papel determinante del microbioma en la homeostasis del sistema inmune. De hecho, la microbiota participa activamente en la educación del sistema inmunológico. Además, cabe destacar que la microbiota es la primera barrera contra los microorganismos patógenos, pudiendo producir moléculas contra ellos.