Normalmente es un procedimiento muy bien tolerado, los efectos secundarios más importantes son los primeros 3 a 5 días posteriores a la colocación donde el estómago lucha por deshacerse del balón provocando síntomas como náuseas, dolor cólico, calambres o retortijones y en algunas ocasiones vómito. Este tipo de balón gástrico ingerible tiene una tasa muy baja de intolerancia comparado con otros tipos de balones gástricos que se colocan por endoscopia (1-3% vs 14% respectivamente).