Como se indica en la Guía técnica sobre exposición a Agentes Biológicos, la protección mínima recomendable para el personal sanitario que pueda estar expuesto a agentes biológicos es una mascarilla autofiltrante FFP2. Debe tenerse en cuenta que una parte del protocolo de actuación va encaminada a evitar la difusión del agente biológico interviniendo directamente sobre el foco de emisión (por ejemplo, mediante el uso de mascarillas quirúrgicas por parte de pacientes potencialmente afectados).
Cuando en el desarrollo de la actividad existan operaciones que puedan generar bioaerosoles en concentraciones elevadas, por ejemplo si se provoca la tos del paciente durante la broncoscopia, la intubación o la succión, se recomienda, al menos, el uso de mascarillas FFP3. Incluso puede darse el caso de que, en determinadas situaciones, podría no estar recomendado el uso de equipos filtrantes como los anteriormente mencionados.