Esta diferencia teórica se debe al diferente tipo de unidad que usa el sistema operativo y el fabricante de la memoria. En concreto, si una unidad tiene 4 GB de espacio, según el fabricante, tendrás 4.000 MB en su interior, pero no los 4.096 que sería esperable que tuviera si usamos los GB de 1.024 MB que tiene como referencia el sistema operativo.
Adicionalmente, no todo el espacio es espacio útil como tal, sino que parte del mismo se reserva para reemplazar los sectores del pendrive que se deterioran con el uso, así como para almacenar el firmware y los controladores del mismo.