Sí, las herramientas de escaneo utilizadas en las utilidades de evaluación de vulnerabilidades sólo encontrarán algunas amenazas de red, ya que trabajan en la capa de aplicación del modelo OSI (Capa 7). Debido a esto, deberías utilizar una solución de detección de amenazas unificada que complemente tus utilidades de evaluación de vulnerabilidades.