En el síndrome de intestino irritable, conocido comúnmente como colon irritable, se ha evidenciado que existe una alteración en la composición de la microbiota intestinal y, por tanto, en sus funciones y en su comunicación con nuestro organismo.
Numerosos estudios dan soporte a la existencia de alteraciones en la microbiota intestinal de estos pacientes. Datos recientes sugieren que estos presentarían menor diversidad de especies, con mayor abundancia de bacterias proinflamatorias comparado con la población sana, y que estas alteraciones se correlacionan con la gravedad de la patología.