Los pacientes con mutaciones en los genes MLH1, MSH2, MSH6, PMS2 y EPCAM (en promedio para todas las mutaciones) tienen una probabilidad de desarrollar un cáncer en el transcurso de su vida del 10% al 80% (dependiendo de la mutación genética que cause el síndrome) frente al 4% que presenta la población general. La prevalencia del cáncer colorrectal a lo largo de la vida es del 30 al 75%. Las mujeres que presentan alguna de estas mutaciones desarrollan un cáncer de endometrio con una tasa del 40-50%. El riesgo de cáncer de estómago, ovario, páncreas, urotelio, vías biliares o intestino delgado y glioblastomas también está ligeramente aumentado. También pueden aparecer adenomas de las glándulas sebáceas y queratoacantomas.