El Cóndor está en peligro de extinción por la pérdida de hábitat y envenenamiento. La principal causa de muerte es la ingesta de animales intoxicados o envenenados utilizados como cebo por cazadores y ganaderos. Los ganaderos utilizan carroña envenenada para combatir el ataque de animales salvajes en contra del ganado, como el caso de zorros, pumas y perros silvestres. Fue declarado en peligro de extinción y protegido por la Ley Nacional Nº 22.421 (1981) de Conservación de la Fauna Silvestre. También existe un plan que promueve medidas contra el uso ilegal de cebos tóxicos en el país (Estrategia Nacional contra el Uso de Cebos Tóxicos) implementado por el Ministerio de Ambiente y Desarrollo Sostenible junto con la Fundación Bioandina.