Desde el principio se sospechaba que el virus había pasado de algún animal presente en un mercado mayorista de mariscos, aves de corral, serpientes, murciélagos y otros animales de granja, de la ciudad china de Wuhan (capital de la provincia Hubei), donde se inició el brote, a un ser humano. Un estudio publicado el 22 de enero en Journal of Medical Virology señala que el posible reservorio y su fuente de contagio original podrían ser las serpientes –específicamente el krait chino y la cobra china–.
Los investigadores analizaron y compararon las secuencias genéticas del 2019-nCoV y otros coronavirus conocidos; esto reveló que el nuevo coronavirus se asemeja más a dos ejemplos de coronavirus SARS de China, lo que en principio sugería que, al igual que el SARS-CoV y el MERS-CoV, los murciélagos podrían ser el huésped original del 2019-nCoV, pero cuando realizaron un análisis bioinformático más detallado de su secuencia de ADN comprobaron que en este caso podría tener su origen en las serpientes.
La posibilidad de que el pangolín pudiera ser uno de los animales intermediarios que propiciaran su expansión y que se descartó inicialmente, parece haber vuelto a cobrar fuerza. Otra hipótesis reciente, pero que se debe seguir estudiando, es que este virus hubiera evolucionado en el intestino de perros callejeros que comieron carne de murciélago infectada, y que allí se volvió más agresivo y capaz de infectar a los humanos.