Los tomates ecológicos tienen un mayor aporte de antioxidantes, vitamina C, K y potasio, principalmente por el tipo de abono utilizado. En el caso de los convencionales pueden haber sido cultivados utilizando pesticidas y fertilizantes. Además, los tomates orgánicos cuentan con un olor y sabor más intenso, una cuestión que se percibe especialmente en el caso de consumirlos en crudo. Los precios —más económicos en el caso de los convencionales— y la disponibilidad —todo el año frente a los meses de verano-principios de otoño— son otras de las diferencias entre estas dos formas de cultivar tomates.