Se necesita un software diferente para crear modelos. Suele haber una distinción entre el software de diseño y modelado 3D y el software de escaneado 3D. Algunos son gratuitos e ideales para los principiantes, mientras que otros son más sofisticados y costosos.
Los programas de modelado y diseño 3D más populares son Autodesc 123D, Thinker CAD, Fusion 360, Blender, Grab CAD, Free CAD, Sketch up, Open SCAD y Simplify 3D. Entre los programas más populares para cortar e imprimir en 3D se encuentran Cura, Repetier Host, Slic3r y Replicator G.