Los beneficios de los microorganismos incluyen su papel como descomponedores de materia orgánica, reciclando el nitrógeno y el carbono del ambiente en formas utilizables para las plantas, la protección que proveen los microorganismos beneficiosos a su hospedador contra patógenos e infecciones y la digestión de nutrientes en el intestino; además de su uso en industrias como la alimenticia y médica.