Ahora bien, como el microondas es un equipo que genera calor en zonas profundas, existen situaciones y patologías en las cuales no debe ser aplicado este tipo de diatermia. Sus contraindicaciones son las siguientes:
Aquel paciente que tenga marcapasos, DIU, implantes metálicos o dispositivos auditivos.
En procesos neoplásicos, infecciones y hemorragias, no debe administrarse ya que la frecuencia y la transmisión de ondas, pueden generar una dispersión de células nocivas, hacia otras zonas.
Embarazo.
Encima del cartílago de crecimiento, es decir no debe colocarse en los huesos largos de niños menores de 16 años.
Paciente que tiene alteraciones sensitivas, ya que no puede percibir si el dispositivo le está haciendo daño tisular.
Tampoco se puede colocar en zonas sensibles como los ojos, los órganos pélvicos y abdominales.
Otra contraindicación, son los pacientes que tengan tuberculosis, ya que se puede diseminar la infección respiratoria.