Si bien la proteína en polvo es generalmente segura para la mayoría de las personas, algunas pueden experimentar efectos secundarios como problemas digestivos, especialmente con la proteína de suero. La intolerancia a la lactosa, las alergias a fuentes de proteínas específicas y la ingesta excesiva de proteínas pueden provocar hinchazón, gases o tensión renal. La elección de proteínas en polvo de alta calidad y fácilmente digeribles puede minimizar estos efectos.