Fue una de las principales comisionistas de bolsa en Colombia (llegó a manejar cerca de la tercera parte de las operaciones bursátiles del país) hasta 2012, cuando la Superintendencia Financiera ordenó su liquidación, tras caer en quiebra por malas prácticas financieras. La firma comisionista protagonizó el mayor descalabro del mercado bursátil de este siglo en Colombia. Entre las prácticas aludidas estuvo su participación en una compra masiva de acciones de la textilera Fabricato para venta y recompra en días posteriores (repos). La maniobra, entre 2011 y 2012, creó una valorización presuntamente artificial de la empresa en el mercado con el fin de lograr liquidez. Fabricato hacía parte del Grupo Empresarial Antioqueño (GEA) y en 2009, cuando Interbolsa empezó a adquirir las acciones de Fabricato, el GEA todavía era accionista de esta última a través del Grupo Argos y de Suramericana. En ese momento, miembros del GEA se reunieron con los nuevos inversionistas de Interbolsa para pedir explicaciones sobre los movimientos de compra y venta de acciones, según relata Gloria Castaño en su libro Interbolsa. Al no ver aclaradas ciertas dudas, el conglomerado decidió salir de su participación y a diciembre de 2010 ya no eran accionistas. Meses después, Protección S.A., del GEA, invirtió dinero de los fondos de pensiones en Fabricato, participaciones que al 31 de agosto de 2011 valían $548 millones de pesos, según los datos entregados a Cuestión Pública por la Superintendencia Financiera mediante un recurso de insistencia. Al año siguiente, en 2012, tras un desplome en el precio de la acción de Fabricato, Interbolsa se tuvo que declarar ilíquida y posteriormente fue intervenida por la Superintendencia de Sociedades en enero de 2013 y liquidada en abril de 2016. Las víctimas (492 personas) del hecho reclamaron $254 mil millones. A parte de Protección S.A., con los ahorros pensionales de los cotizantes, otras tres AFP también realizaron inversiones en Interbolsa entre 2006 y 2013: Porvenir S.A., AFP Horizonte (en fondos de capital privado) e ING Pensiones y Cesantías. Al 30 de junio de 2012, las inversiones de las AFP en productos de Interbolsa valían $397 mil millones, de los cuales ING Pensiones y Cesantías tenía el 55% y AFP Horizonte cerca del 45%, pero en fondos de capital privado. ING Pensiones (fusionada en 2014 con Porvenir S.A.)  era uno de los principales accionistas de Interbolsa, con un 7% de participación, en noviembre de 2012, de acuerdo con Caracol Radio con cifras del Grupo Interbolsa.En octubre de 2013, la Contraloría General de la República estableció un detrimento patrimonial de $55 mil millones contra ING Pensiones y Cesantías por los recursos invertidos en Interbolsa, cuyo valor por acción fue de cero tras la liquidación de la empresa.