Las ventajas y desventajas de la terapia con radón son a veces objeto de controversia. El hecho es que a la terapia con radón se le aplica lo mismo que a otras aplicaciones médicas con radiaciones ionizadas (por ejemplo, los rayos X): no se pueden descartar por completo efectos secundarios a largo plazo, incluido un riesgo mínimamente mayor de desarrollar cáncer de pulmón. Sin embargo, la exposición a la radiación es muy baja durante un tratamiento de radonterapia. Además, los pacientes sólo están expuestos a ella durante muy poco tiempo. En última instancia, se trata de sopesar los beneficios y los riesgos. En cualquier caso, los tratamientos de radón no deben realizarse como un "tratamiento de bienestar", sino sólo si existe un beneficio médico.