La mayoría de infecciones de código malicioso se detectan cuando el sitio web comienza a realizar comportamientos autónomos y extraños. Algunos de los principales síntomas de malware son: Se generan páginas o entradas con enlaces, publicidad, spam o formularios que solicitan información personal a los usuarios (phising). Al acceder al sitio web, se redirige a los usuarios a otro dominio o URL externa. Se muestran ventanas emergentes o popups con publicidad. Se generan usuarios con permisos de administrador que nadie reconoce. El servidor se muestra sobrecargado, incluso cuando no hay visitas. El navegador muestra un aviso de malware o phishing al intentar acceder al sitio web.