Usualmente, lo más adecuado es usar agua tibia o ligeramente caliente. El agua, por sí sola, ha probado ser muy efectiva en estudios clínicos. Sin embargo, algunos usuarios refieren preferir el uso de enjuague bucal o Clorhexidina con el irrigador, lo cual no tendría ningún efecto contra producente.
De hecho, puede agregarse un poco de enjuague bucal en el agua que será utilizada con el irrigador, esto con la finalidad de aportar un sabor refrescante y agradable a la misma, sin dejar de representar una limpieza efectiva.
En estos casos, al terminar debes lavar el irrigador con abundante agua corriente. Asimismo, es importante mencionar que no deben utilizarse aceites esenciales, como el aceite de árbol de té, ya que estos causarían daños en el dispositivo.