Generalmente, los prebióticos se conocen como el 'combustible' de las bacterias buenas. Las bacterias beneficiosas del intestino, predominantemente del colon (intestino grueso) descomponen o 'fermentan' los prebióticos. Esta fermentación provoca la producción de ácidos grasos de cadena corta, que tienen efectos positivos sobre la salud intestinal:
Las células intestinales utilizan los ácidos grasos de cadena corta, especialmente el butirato, como fuente de energía. Esto permite que las células intestinales crezcan y se multipliquen, lo cual expande la superficie del revestimiento interno del colon y ayuda a maximizar la absorción de nutrientes a través de la pared intestinal.