Dentro de los sustratos naturales, diferenciamos los sustratos orgánicos y los inorgánicos. Los sustratos orgánicos proceden de materiales que, en algún momento, fueron materia viva (estiércol, turbas, madera, fibra de coco), mientras que los inorgánicos proceden de minerales o materiales inertes (perlita, sílice, arena, grava, tierra volcánica...).