Un patógeno es un organismo que puede hacer que los animales, las personas y las plantas se enfermen. Pueden ser bacterias, virus, hongos o parásitos. Sin embargo, muchos de ellos son inofensivos, y por consiguiente, no se consideran patógenos. Por ejemplo, muchas de las bacterias no patogénicas forman parte de la flora intestinal de los animales y de los humanos y se conocen como bacterias comensales que contribuyen al funcionamiento normal de los intestinos.