El Departamento de Recursos Naturales y Ambientales, bajo su Negociado de Investigación y Conservación de Hábitats y Biodiversidad, tiene proyectos para realizar investigaciones científicas sobre especies y hábitats utilizados por la pesca comercial y recreativa en Puerto Rico.  Los datos recopilados por estos proyectos se compilan en estadísticas necesarias para evaluar, gestionar y regular la sostenibilidad y la salud de las especies y sus ecosistemas. La División de Investigación y Manejo Pesquero Comercial tiene tres de los proyectos sobre la investigación de especies marinas y su medio ambiente.  Uno de ellos, el "Programa de Monitoreo y Evaluación del Área Sudeste" o SEAMAP, es un programa estatal/federal/universitario para la recolección, gestión y difusión de datos e información independientes de la pesca en el sureste de los Estados Unidos (datos de artes, especies y hábitat).  Para aclarar, independiente de la pesca significa que los investigadores realizan directamente la recolección de datos de especies y la investigación del hábitat directamente del océano.  Además, el "Programa de Estadísticas Pesqueras Comerciales" analiza datos dependientes de la pesca, lo que significa que se toman muestras de las especies del producto de diferentes pescadores comerciales que utilizan diferentes artes de pesca.  Otro proyecto es "Aspectos de la biología reproductiva de varias especies de peces recreativas importantes en Puerto Rico".  Aquí se investigan todas las muestras de peces disponibles de cualquier fuente para dilucidar el crecimiento y las etapas reproductivas de cada espécimen muestreado.