A pesar de que generan menos humos y residuos que las chimeneas de leña, las que funcionan mediante biocombustibles como el pellet también se deben deshollinar de manera periódica. El procedimiento es muy similar, se puede hacer el trabajo mediante un erizo deshollinador específico para este tipo de chimeneas, mediante procedimientos químicos o empleando los llamados pellets deshollinadores.