Tanto la regulación europea como la nacional incorporan estrictos criterios de sostenibilidad para los ecocombustibles, que incluyen la prohibición de emplear materias primas que supongan riesgo de deforestación o que se cultiven en tierras con altas reservas de carbono. El cumplimiento de estos criterios debe ser verificado por entidades independientes. Además, para la producción de ecocombustibles se va a emplear como  materia prima un volumen creciente de residuos de todo tipo (agrícolas, forestales, industriales, plásticos, ..), que no compiten con las materias primas para uso humano o animal.