Si, usualmente es seguro borrar archivos duplicados. Puede que encuentre muchos duplicados debido a la reinstalación de programas o la generación de archivos de trabajo temporales. Puede haber algunos casos en los que los archivos con nombres iguales hayan sido creados de diferentes aplicaciones. Una estrategia segura es hacer un respaldo antes de remover los archivos duplicados en caso de que haya removido algún archivo que necesite.