No hay una opción mejor que otra. Los requerimientos de tu proyecto web marcarán la necesidad de uno u otro. Generalmente, si la aplicación PHP es WordPress, Prestashop o Joomla, el hosting más preferible será Linux, ya que es el entorno natural en el que han sido desarrolladas.
Un hosting Windows siempre será el elegido cuando hablemos de alojar aplicaciones desarrolladas en lenguajes de programación de Microsoft.