IKEv2, al igual que IKEv1, opera en dos fases. Durante la Fase 1, los dispositivos se identifican y negocian entre sí para acordar la configuración común que usarán. La Fase 2 es cuando determinan cómo encriptar y autenticar el tráfico. IKEv2 usa una secuencia más corta, de cuatro mensajes, para ofrecer un flujo de intercambio más simple; esto permite lograr una conexión de VPN más rápida.