Cómo has podido ver, tienen una estructura y funcionalidad parecida, y por ello siguen habiendo diferencias clave entre MySQL y MariaDB.
MariaDB es de código abierto (open-source), y  MySQL tiene algunos módulos de código cerrado. MariaDB da más rendimiento, es más rápido y más ligero gracias a sus 12 motores de almacenamiento y a sus más de 200.000 conexiones.
MySQL da la capacidad de agrupación de hilos en la Enterprise Edition para 100.000 conexiones, con estabilidad y rendimiento muy bueno en el sistema. Pero  el soporte no está disponible en la Community Edition e MySQL
MariaDB es capaz de soportar más de 200.000 conexiones y es vital para las plataformas de comercio electrónico,
MySQL ha introducido los objetos sys schema para un mantenimiento de la base de datos mejorado, y soporta el enmascaramiento de datos y las columnas dinámicas.
MariaDB soporta características como las columnas invisibles y las vistas de la base de datos, y cuando hablamso de motores de bases de datos, MariaDB ofrece más opciones que MySQL.