Un desafío es garantizar que la implementación física refleje con precisión la lógica prevista definida durante la fase conceptual. Otro problema es equilibrar el equilibrio entre la eficiencia de las consultas y los requisitos de espacio de almacenamiento manteniendo al mismo tiempo la integridad de los datos. Además, los cambios realizados en un nivel pueden requerir ajustes en el otro nivel, lo que genera posibles problemas de compatibilidad.