Si bien tanto el análisis de nitrógeno como el análisis de aminoácidos se pueden realizar sin ningún tratamiento previo de la materia prima, la extracción de proteínas es un requisito previo antes de someter el material a análisis espectrofotométrico. También para la extracción de proteínas, los métodos disponibles son muchos. Los protocolos de extracción de proteínas más comunes se basan en la exposición del tejido a tampones débiles o agua, lo que provoca el colapso de las células con la posterior liberación de proteínas intracelulares como respuesta al shock hipotónico que surge. Esto es muy eficaz para tejidos que contienen células sin pared celular (células animales), pero no tan eficaz para células con pared celular (células vegetales). Esto último se debe a que las paredes celulares protegen a la célula contra el colapso. En este estudio se incluyeron tanto fuentes proteicas de origen animal como fuentes proteicas de origen vegetal para evaluar estas diferencias.