Menos del 1% de las especies identificadas en la microbiota oral están implicadas en el desarrollo de caries y periodontitis. Un desequilibrio en las poblaciones microbianas normales de la cavidad oral puede favorecer el sobrecrecimiento de este pequeño grupo de microorganismos acidúricos y acidogénicos con potencial patogénico. En la patogénesis de la caries están implicados los siguientes agentes microbianos: Streptococcus mutans, Lactobacillus spp. y Actinomyces spp. De estos microorganismos Streptococcus mutans es el de mayor potencial cariogénico. La patogénesis de la periodontitis se debe a otros microorganismos clasificados en dos complejos, según el grado de patogenicidad. El complejo rojo incluye tres de las bacterias periodontales más patógenas: Tannerella forsythia, Treponema denticola y Porphyromonas gingivalis. El segundo grupo de especies patógenas periodontales se conoce como complejo naranja y está integrado por Prevotella intermedia, Fusobacterium nucleatum y Parvimonas micra. Otro microorganismo con gran potencial periodontopatogénico es Aggregatibacter actinomycetemcomitans, que actúa como un agente inmunosupresor del sistema de defensa periodontal del hospedador y la homeostasis del hueso alveolar.