Los músculos peroneos tienen un recorrido parecido: ambos se originan en el peroné (exactamente en la tuberosidad y en la cabeza del peroné), y ambos discurren lateralmente por la pierna. Sin embargo difieren uno del otro en al menos 2 aspectos:
Uno es más superficial que el otro, es decir, el peroneo largo se encuentr por encima del peroneo corto.
El tendón del peroneo largo, luego de su recorrido por la parte externa de la pierna pasa por la parte posterior del maléolo externo del tobillo y cruza oblicuamente la planta del pie para insertarse en el primer cuneiforme y el primer metatarsiano. El tendón del peroneo corto tiene el mismo recorrido, sólo que al pasar el maléolo externo del tobillo no cruza la planta, sino que continúa la misma línea para insertarse en la base del 5to metatarsiano.