La diferencia entre motores fueraborda de cola corta y cola larga es la longitud del eje que va desde el motor hasta la hélice.
Los motores fueraborda de cola corta son usados generalmente en neumáticas, mientras que los motores fueraborda de cola larga son comunes en veleros y otro tipo de embarcaciones en las que el espejo de popa es bastante elevado.
Lo recomendado es que la aleta de la cola del motor, es decir, la parte más baja del motor, quede en línea con la parte más baja del casco.
Un motor fueraborda de cola larga podrá ser usado generalmente en cualquier tipo de embarcación, sin embargo, en las neumáticas la hélice quedará por debajo del casco, lo que es un inconveniente al acercarse en zonas de poca profundidad. En el caso de los motores fueraborda de cola corta, si la longitud del eje no es suficiente podemos encontrarnos que la hélice no llega a sumergirse lo suficiente para propulsar la embarcación.
Es importante pues verificar la longitud del espejo de popa dónde fijaremos el motor fueraborda hasta la línea de flotación, para elegir correctamente el motor y su eje.