La acreditación institucional es un proceso de evaluación externa que evalúa la totalidad las funciones institucionales. La acreditación institucional certifica el cumplimiento del proyecto de la institución y la existencia, aplicación y resultados de mecanismos eficaces de autorregulación y de aseguramiento de la calidad, al interior de las mismas. De acuerdo a la normativa, la acreditación es un proceso obligatorio para todas las instituciones de educación superior. La Comisión Nacional de Acreditación (CNA) es un organismo público, autónomo, encargado de acreditar la calidad de las instituciones. La Universidad SEK se encuentra acreditada por la Comisión Nacional de Acreditación por 3 años, desde agosto del 2021 hasta agosto del 2024. Durante 2023 se desarrolló el proceso de autoevaluación institucional para presentarse a la reacreditación en el segundo semestre de 2024. Esta nueva perspectiva de evaluación representa una mayor exigencia de calidad a todas las instituciones de educación superior. Es por ello que la acreditación refleja el resultado de lo que cada persona de la comunidad universitaria aporta a la Universidad SEK.