Las actividades o intervenciones dentro de un Santuario se pueden regular a través de distintas herramientas que desglosamos a continuación. Aquellas intervenciones o actividades de mediana o mayor magnitud, y el tipo de impacto que pueden generar, ambos listados en los Artículos 10 y 11 de la ley 19.300 de Bases Generales del Medio Ambiente, deberán ingresar al Sistema de Evaluación de Impacto Ambiental (SEIA) . La evaluación de impacto ambiental es la forma en que el Estado analiza los posibles efectos que un proyecto o actividad generará sobre el medio ambiente. En Chile hay dos formas de hacer esto: una opción es la Declaración de Impacto Ambiental (DIA) y la otra el Estudio de Impacto Ambiental (EIA). En el caso de actividades o proyectos de menor envergadura, que se quieran realizar dentro del Santuario, como por ejemplo, la construcción de un muelle o el uso de botes a motor, éstas se van a regir por la normativa establecida en el Plan de Manejo y su Zonificación, donde se detallará dónde se podrán construir muelles y de qué tipo, o en qué tramo del río se podrían usar botes a motor y dónde no. En cambio, si se quisiera instalar una piscicultura pequeña en una zona definida como de conservación o de uso turístico, deberá pedir autorización al Consejo Monumentos Nacionales, ya que podría alterar el estado natural del Santuario o no respetar la normativa indicada en el Plan de Manejo. Por otro lado, actividades como el kayak, rafting o pesca recreativa, que no alteren el estado natural del Santuario, se pueden realizar respetando el Plan de manejo y la normativa de la Zonificación. Si eventualmente hay propietarios que deseen sumar alguna parte de su predio al Santuario, por su valor ecológico y/o cultural, entonces deberá realizar sus actividades en base a lo que se especifique en el plan de manejo y su zonificación. En este sentido, el Plan de Manejo y la zonificación del Santuario, tal como se mencionó antes, son instrumentos fundamentales, que permiten establecer qué tipo de actividades se pueden realizar, cómo realizarlas y en qué lugares o dónde, considerando el legítimo derecho de los propietarios de hacer uso de sus terrenos, y a la vez, la necesidad de conservar los valores ambientales y culturales presentes en el Santuario.