La principal diferencia entre ambas pruebas es su capacidad de resolución. La resolución del cariotipo o análisis citogenético convencional es limitada y sólo permite detectar cambios en el número y/o en la estructura de los cromosomas de un tamaño superior a 5-10 millones de pares de bases (Mb). La resolución del array CGH o cariotipo molecular es mucho mayor, ya que permite detectar simultáneamente alteraciones (ganancias o pérdidas de fragmentos de ADN) muy pequeñas responsables de más de 300 síndromes genéticos asociados a retraso mental, autismo, cardiopatías y otras patologías, en su mayoría no detectables mediante el cariotipo convencional.