Los mayores desafíos de gestionar proyectos de I+D provienen de su inherente incertidumbre. A diferencia de los proyectos tradicionales con objetivos y entregables bien definidos, los proyectos de I+D a menudo implican exploración y descubrimiento. Esto hace difícil predecir los plazos, costos e incluso el resultado final. Además, los proyectos de I+D a menudo requieren flexibilidad y adaptación a medida que surgen nueva información o desafíos.