Hay varias diferencias importantes entre MongoDB y RDBMS (sistema de gestión de bases de datos relacionales). Como ya se ha mencionado, los datos no se almacenan en tablas, sino en colecciones de documentos. Estos documentos sustituyen a las filas de RDBMS. Contienen campos de pares valor/clave, que a su vez sustituyen a las columnas. Además, la integridad de los datos no es una restricción en MongoDB. Los datos no necesitan ser "normalizados" antes de su uso como en un RDBMS. Esto es una ventaja real, ya que la restricción de normalización puede degradar el rendimiento a medida que la base de datos crece.