Hasta ahora no existen genes que produzcan depresión, pero sí variaciones o polimorfismos en los genes que pueden aumentar el riesgo de depresión. Los genes pueden predisponer a las personas a un TDM de diversas formas a saber: Ayudan al control del metabolismo de los neurotransmisores y sus receptores. Influyen sobre tipos particulares de neuronas y sus conexiones. Influyen sobre la transmisión de señales intracelulares y la velocidad en que pueden actuar en respuesta a estresores ambientales.El más estudiado es el gen transportador de serotonina. Este gen es de interés porque contiene un polimorfismo que da lugar a dos diferentes alelos (largo y corto). Las personas generalmente tienen 2 copias de cada gen en sus ADN; pudiendo ser homozigotas para el alelo largo, para el corto o heterozigotas (ambos alelos). El alelo corto disminuye la síntesis del transportador de serotonina. Se supone que esto reduce la velocidad conque las neuronas de serotonina se pueden adaptar a cambios en su estimulación.La persona sana con el alelo corto tiene una activación exagerada de la amígdala cerebral cuando es expuesta a la evocación de un estímulo estresante y su estado de ánimo puede empeorar con la depleción de triptófano. El estrés interactúa con la constitución genética del individuo e influencia en la aparición. Esto no es una condición absoluta a tal punto que se considera pequeña la influencia de los genes en el riesgo de un TDM. El terreno de la genética en los trastornos del estado de ánimo es un territorio que empieza a ser explorado.