Si eres autónomo y trabajas como empleado, tienes que elegir tu base de cotización según tus rendimientos netos.
Ten en cuenta, eso sí, que se trata de los rendimientos netos de tu actividad como autónomo. Por lo que no tienes que sumar lo que ganas por cuenta ajena.
Dicho esto: la cotización por contingencias comunes (el 28,3 % de tu base) es opcional, siempre y cuando cotices por estas como empleado (que es lo normal).
Por lo que solo tendrías que pagar el 2,9 % de tu base de cotización como cuota de autónomo.