Las aftas pueden clasificarse -y de hecho se clasifican- de la siguiente forma:
Aftas menores: son el tipo de aftas más frecuente. Su tamaño es habitualmente pequeño, y su curación se materializa en apenas 1 o 2 semanas, sin dejar ningún tipo de cicatriz.
Aftas mayores: es un tipo de aftas algo menos frecuente, pero de una dimensión más grande y profunda. Causan bastante dolor, y pueden necesitar hasta 6 semanas para su curación, dejando cicatrices.
Aftas herpetiformes: son un tipo de aftas poco frecuente, y que sufren -sobre todo- personas de avanzada edad. Es reseñable el hecho de que no se producen a causa de infección del virus del herpes. Son del tamaño de la cabeza de un alfiler, pueden surgir en grupo para posteriormente forman una gran úlcera, y se curan en 1 o 2 semanas, sin ocasionar cicatriz.