El residente participa en la ejecución de su plan de estudios ya que, si bien el programa tiene unos sitios de prácticas definidos desde el principio, éste podrá solicitar un nuevo lugar para realizarlas (aprobados previamente por el MEN), cumpliendo con criterios de pertinencia para su nivel de formación y los propósitos planteados en cada uno de los cursos.
El Programa exige de la Universidad, de la Institución donde se realizan las prácticas y del mismo residente; la programación de horarios sin transgredir las normas ministeriales que se tienen establecidos para este fin.  Para el desarrollo de la flexibilidad académica, se establece que el 77,8% de los créditos son obligatorios y el 22,2%  son créditos flexibles. La forma de ver los créditos y en qué sitio de práctica realizarlos, son los que realmente hacen la flexibilidad del Programa.