En las personas, se descubrió que la cisaprida causaba cierto tipo de trastorno del ritmo cardíaco, o arritmia, llamado prolongación del intervalo QT, por lo que se eliminó como medicamento comercialmente disponible. De lo contrario, se encontró que sus efectos secundarios, incluso en las personas, eran bastante mínimos.
Este efecto de arritmia no se ha documentado en pacientes veterinarios, y dado que parece ser muy beneficioso para los gatos con megacolon y algunos casos de estreñimiento, todavía se puede recetar a través de una farmacia de compuestos veterinarios.