Muchas plataformas de comercio electrónico se integran con otros sistemas, como la planificación de recursos empresariales (ERP), el CRM o el software de gestión de inventarios. Muchas también admiten integraciones de terceros para diversos fines, como la automatización del correo electrónico, el marketing, la venta multicanal, la contabilidad y el servicio de atención al cliente. Algunas tienen mercados de complementos específicos que ofrecen cientos o miles de extensiones.