El MRR se diferencia en tres elementos: su alcance (los planes nacionales no tienen asignación regional), es un programa basado en el rendimiento (los desembolsos que haga Europa están vinculados al logro de hitos y objetivos, no a los gastos incurridos), y en las auditorías y controles, al ser los Estados miembros los encargados de asegurar medidas concretas para prevenir, detectar y corregir conflictos de intereses, corrupción y fraude, y evitar la doble financiación, al usar los fondos.