A diferencia de los demás alcoholes de azúcar, la mayor parte del eritritol se absorbe en el torrente sanguíneo antes de llegar al colon. Circula en la sangre por un tiempo, resistente a la digestión y metabolización en el organismo, hasta que finalmente se elimina sin cambios en la orina.
Alrededor del 90% del eritritol se expulsa de este modo. El 10% restante viaja sin ser digerido hasta el colon. Por esta razón, una ingesta muy alta de eritritol puede causar algunos efectos secundarios digestivos. A diferencia de la mayoría de los polioles, parece ser resistente a la fermentación de las bacterias del colon.