La resina de intercambio iónico es susceptible a la contaminación biológica por bacterias o algas. Dicha contaminación afecta notablemente la capacidad de intercambio de la resina y el consumo de regenerante. Cuando esto ocurre, generalmente la raíz del problema es el agua de alimentación a la columna de intercambio iónico. Cuando hay indicios de contaminación biológica, es importante considerar medidas preventivas, como la instalación de un equipo de desinfección con luz ultravioleta a la entrada del equipo.
Si ya se tiene una columna contaminada, se puede realizar una sanitización al sistema completo. Sin embargo, es de suma importancia tener claro que la resina de intercambio iónico es altamente susceptible a agentes oxidantes como el peróxido de hidrógeno u otros agentes utilizados para la desinfección de líneas, filtros de arena u otros.
A continuación, se describen dos procedimientos para la sanitización: