Los Joy-Con son los mandos extraíbles ubicados a cada lado de la consola y que funcionan tanto juntos como separados, lo que permite jugar en solitario o en modo multijugador. Cuentan con un sistema de vibración esencial para disfrutar al máximo de la experiencia de juego y también con un sensor infrarrojo de movimiento que detecta movimientos, formas y distancias.
La consola incluye dos Joy-Con por defecto, pero se pueden conectar mandos adicionales, ya que se venden por separado. Por supuesto, también puedes pedirle a un amigo que te preste los suyos para jugar todos juntos.