La Subcuenca Mission Creek ha sido administrada por las agencias de agua locales por muchos años. En el 2003, se promulgó el Acuerdo de Reabastecimiento de Agua Subterránea Mission Creek (por Mission Creek Groundwater Replenishment Agreement) entre el Distrito del Agua del Valle de Coachella (por Coachella Valley Water District, CVWD) y la Agencia del Agua del Desierto (por Desert Water Agency, DWA). El Comité de Gestión de la Subcuenca Mission Creek, que consiste de CVWD, DWA y el Distrito del Agua del Desierto (por Mission Springs Water District, MSWD) se formó como resultado del subsiguiente Acuerdo Resolutorio del 2004. El día de hoy el Comité de Gestión continúa gestionando activamente la subcuenca.
Ambos DWA y CVWD tienen contratos de agua importada, y dirigen un programa de reabastecimiento de agua para ayudar a financiar la recarga de agua subterránea dentro de la Subcuenca Mission Creek. MSWD, y otros grandes abastecedores de agua privados pagan un “Cobro de evalúo por reabastecimiento” por cada acre-pie de agua subterránea bombeada.