A pesar de las propiedades favorables de la copa menstrual, también presenta ciertos inconvenientes o desventajas. Lo más frecuente son las dificultades iniciales relacionadas con su uso. Por ejemplo, problemas al extraer la copa de la vagina o colocarla incorrectamente con las consecuentes molestias que esto supone.
Además, es probable que se produzcan pérdidas de flujo en los primeros días. Esto se debe generalmente a una talla inadecuada de copa o a una colocación inadecuada. Finalmente, las copas transparentes pueden adquirir una coloración amarillenta con el tiempo, provocando una sensación de suciedad. Se puede evitar usando copas de colores.