Las motobombas de aguas limpias son aptas para líquidos de uso doméstico, como los provenientes de piscinas o pozos cuyo nivel de impurezas es inferior a 5 mm. De lo contrario pueden obstruirse.
En cambio las de aguas sucias permiten filtrar y procesar partículas sólidas de mayor tamaño (más de 10 mm), como los residuos que vienen de inodoros, estanques, fosas sépticas, lodo e inundaciones.