El material usado para la toma de muestras de secreciones traqueales para la detección de Mycoplasma hyopneumoniae, como espéculos y laringoscopios, debe desinfectarse entre cerdo y cerdo para evitar contaminaciones cruzadas. La lejía se sugiere como el desinfectante más efectivo para eliminar el material genético de la bacteria. Le sigue el peróxido de hidrógeno.