La moussaka se congela muy bien, durará hasta 3 meses y se puede congelar antes o después de hornearla. Para congelarla sin hornear monta la moussaka en una fuente apta para congelador y para horno, cúbrela con film transparente directamente sobre la superficie para protegerla de la quemadura del congelador y luego, envuelve con una capa de papel de aluminio. Para congelarla horneada, deja enfriar a temperatura ambiente, cubre con papel de aluminio y congela.