Aunque los objetivos de Lean y Six Sigma son los mismos, sus procesos y métodos difieren. Lean Sigma pretende eliminar el despilfarro identificando los procesos que ya no sirven al cliente y no añaden valor en ninguna parte de la cadena de suministro global. Six Sigma elimina el despilfarro identificando variaciones en los procesos y funcionalidades. Mientras que Six Sigma se centra en los procesos de un sistema jerárquico, Lean es excelente para las colaboraciones entre departamentos y los beneficios para la plantilla en su conjunto. Lean, derivado de Agile, se aplica a todas las áreas de una organización, mientras que Six Sigma no puede aplicarse a todas las áreas ni a todas las organizaciones. También hay una diferencia en el reparto de responsabilidades y la propiedad. Mientras que se crean equipos especiales que velan por el proceso de Seis Sigma, Lean Seis Sigma anima a cada miembro a asumir responsabilidades, haciéndose cargo así de la mejora.