Los efectos secundarios de la braquiterapia pueden incluir hinchazón, moretones, sangrado o dolor e incomodidad en el lugar donde se administró la radiación. La braquiterapia utilizada para los casos de cáncer ginecológico o cáncer de próstata puede provocar síntomas urinarios a corto plazo, como incontinencia o dolor al orinar. La braquiterapia para estos tipos de cáncer también puede causar diarrea, estreñimiento y sangrado rectal. En ocasiones, la braquiterapia de próstata puede causar disfunción eréctil.