Las transferencias de embriones congelados pueden hacerse tanto en un ciclo natural como en uno sustituido. En el caso del ciclo natural, se aprovechan las hormonas naturales del ciclo menstrual de la paciente y se controla mediante ecografías la evolución del folículo y del endometrio, sin administrar ninguna medicación. Una vez ha ocurrido la ovulación (liberación del óvulo maduro), se inicia un tratamiento con progesterona.
En los ciclos sustituidos, se administran estrógenos para preparar el endometrio, ya sea en forma de parches o de pastillas. Cuando se observa mediante ecografía que el endometrio está preparado, se administra progesterona.
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Se hará de una forma u otra dependiendo de las características de cada paciente: si tiene ciclo menstrual, resultados de los ciclos previos... Además, también puede haber variaciones en estas pautas de tratamiento que hemos comentado, como administrar análogos de la GnRH, por ejemplo.