Los virus son una de las causas principales de las llagas en la boca. También pueden deberse a una reacción inmunológica frente a las bacterias bucales. La estomatitis aftosa recurrente es el nombre que se le da a la patología en la que se producen llagas bucales recurrentes, pero no se sabe qué la causa. Los traumatismos por golpes, por morderse el interrior de las mejillas o los labios pueden propiciar el desarrollo de aftas, así como los roces causados por la ortodoncia.