Para reducir los costes de mantenimiento y mejorar la calidad del aire interior, la mayoría de las unidades de fan coil están equipadas con un filtro de aire que se extrae fácilmente. Al realizar el mantenimiento regular del fan coil, vemos que las mejores unidades tienen un gran acceso a la bandeja de drenaje y al conjunto ventilador/motor. El filtro de aire suele ser bastante fácil de sustituir.