Pri uporabi Matoma je treba upoštevati GDPR in sodbo Sodišča Evropskih skupnosti o piškotkih. Pomembno je, ali so samo tehnično bistveni (“brez privolitve”) ali drugi piškotki. To je odvisno tudi od nastavitev Matomo. Piškotki, ki tehnično niso potrebni, zahtevajo aktivno soglasje za njihovo uporabo . Uporabniki morajo biti obveščeni tudi o funkciji, trajanju delovanja in dostopu tretjih oseb.