Glavna razlika je v interakciji z uporabnikom.Spletna stran (ali spletna trgovina) je namenjena temu, da podaja informacije, kot so recimo besedilo, slike, videoposnetki … Kljub temu, da vsebuje različne filtre, iskalna okenca in vpise podatkov, ki naredijo izkušnjo bolj personalizirano, pa jo večina uporabnikov doživlja na isti način.Spletna aplikacija pa je zamišljena bolj kot program in je narejena tako, da jo uporabnik izkorišča za svoje naloge (urejanje dokumentov, upravljanje projektov, družabno mreženje, spletno nakupovanje ….). Aplikacije so bolj dinamične in zahtevajo vnos večjega števila podatkov, da potem opravijo določene funkcije ali izračune in vam dostavijo rešitev, ki je prilagojena samo za vas.
Primeri spletne aplikacije: Facebook, Amazon, AirBnb, Alibaba …