Posebna kategorija maščob so trans maščobne kisline oz. trans maščobe. Te vsebujejo vsaj eno dvojno vez v trans konfiguraciji, medtem ko ima večina nenasičenih maščobnih kislin cis konfiguracijo.
Ločimo naravne trans maščobe, ki so prisotne v mesu in mleku prežvekovalcev kot posledica mikroorganizmov v njihovem prebavnem traktu, in industrijske trans maščobe, ki nastajajo s procesom hidrogenacije rastlinskih olj. Slednje imajo ugodne tehnološke lastnosti, zaradi česar so izjemno priljubljene v živilski industriji. Vendar pa imajo to negativno lastnost, da so zdravju škodljive. Njihov vnos je povezan s povišano koncentracijo holesterola v krvi, kar ima za posledico povečano tveganje za razvoj srčno-žilnih bolezni. V primerjavi z nasičenimi maščobnimi kislinami imajo bistveno večji vpliv na pojav ateroskleroze.