Odprtokodni sistemi so bolj ranljivi zaradi večje dostopnosti kode, ki jo lahko pregledajo tudi napadalci in iščejo morebitne varnostne luknje. Poleg tega je lahko razvijanje in spreminjanje odprtokodnih sistemov odvisno od številnih razvijalcev, ki morda niso vedno usklajeni glede varnostnih praks in standardov. Zaradi odprte narave lahko tudi posamezni uporabniki ali razvijalci izvajajo spremembe v sistemu, ki lahko povzročijo varnostne težave. V zaprtokodnih sistemih je običajno manj dostopne kode, kar otežuje napadalcem, da najdejo varnostne luknje in jih izkoristijo. Poleg tega se v zaprtokodnih sistemih pogosto izvajajo varnostne preiskave in teste, da bi ugotovili morebitne težave in jih odpravili, kar lahko zmanjša tveganje za napade.