Preverjanje v dveh korakih je neobvezna funkcija za tiste, ki želijo poostriti varnost svojega računa WhatsApp. Gre za dodaten varnostni ukrep, ki od uporabnika zahteva, da ustvari in potrdi edinstveno kodo PIN, ki je potrebna za dostop do računa. PIN, ki ga prejmete za postopek dvostopenjskega preverjanja, se razlikuje od šestmestne registracijske številke, ki vam jo WhatsApp posreduje prek sporočila SMS.