Za uspešno programiranje mikrokontrolerjev je pomembna dobra izbira razvojnega okolja. Ponavadi lahko izbiramo razvojna okolja v različnih programskih jezikih. Nekaj najbolj prepoznavnih in pogostih programerskih jezikov v sklopu programiranja mikrokontorlerjev sta jezika C in C++. C++ je ponavadi vpleten v proces programiranja mikrokontrolerjev, ki so zahtevnejši.
Ko izbiramo razvojno okolje za programiranje mikrokontrolerjev, lahko izbiramo med enostavnim in modularnim. Enostavna razvojna okolja so oblikovana bolj za začetnike, ki s tem področjem še niso tako dobro seznanjeni, medtem ko modularna razvojna okolja ponujajo vrsto možnosti za bolj izkušene posameznike.