V pripravi vode uporabljamo fizikalne, kemijske in biološke metode, samostojno ali v kombinaciji. Priprava je lahko celovita ali delna oziroma omejena le na dezinfekcijo. Verjetnost in posledice mikrobiološkega onesnaženja pitne vode narekujejo, da prednostno ukrepamo na tem področju oziroma zagotovimo, da je onesnaženje s stranskimi produkti razkuževanja na čim nižji ravni, ne da bi bil ogrožen učinek razkuževanja.