Mobilne aplikacije uporabljajo piškotke na podoben način kot spletna mesta. Vendar delujejo nekoliko drugače. Večina mobilnih aplikacij uporablja tehnologije sledenja za analitiko, personalizacijo in oglaševanje. Ti lahko vključujejo mobilne identifikatorje, kot je Applov IDFA (Advertiser Identifier) ​​​​ali Googlov Android ID, ki opravljajo podobne funkcije kot piškotki.