Sindrom prepustnega črevesja je v večini primerov ozdravljiv in ga je pomembno zdraviti. S tem lahko preprečite razvoj številnih bolezni, ki se razvijejo zaradi dlje časa zvišane prepustnosti črevesja. Enako zdravljenje zvišane prepustnosti črevesja lahko prinese bistveno zmanjšanje simptomov že prisotnih kroničnih bolezni.