Pri uporabi maikroračunalnika se pretežno uporablja operacijski sistem Raspbian, oziroma Raspberry Pi OS. Gre za operacijski sistem, ki je različica sistema Debian na temeljih Linux-a. Mogoča pa je uporaba tudi drugih operacijskih sistemov. Lahko se uporablja tudi Windows 1o IoT Core, RISC OS, Snappy Ubuntu Core, Ubuntu MATE. Le-te so na razpolago preko uradne spletne strani. Poleg teh pa mikroračunalnik obvlada tudi kakšne druge operacijske sisteme, takšne, ki temeljijo na Linux operacijskem sistemu in tudi takšne, ki ne.
Mikroračunalnik Raspberry Pi ima na spodnjem delu računalnika majhno režo za MicroSD kartico. Preko le-te lahko na mikroračunalnik namestite operacijski sistem.