Kot vsakršni proces zdravljenja, lahko ima tudi psihoterapija neželene učinke. Le-ti vključujejo neprijetne občutke, kot npr. žalost, jeza, frustracije, nemoč, začasno poslabšanje medsebojnih odnosov, ipd. V takšnih trenutkih je najbolj pomembno, da klient ne obupa in ne odstopi od terapij, saj so to le prehodne težave.