Izbira pravilne velikosti čistilne naprave je zelo pomembna. Prevelika ali premajhna naprava sta namreč lahko neučinkoviti. Velikost je odvisna od števila oseb v gospodinjstvu in količine ter obremenjenosti odpadnih vod. Primerna velikost za za objekt s štiričlanskim gospodinjstvom, ki ne opravlja nobene pridobitne dejavnosti, je 4PE.