V ustni votlini se nahaja druga največja mikroflora v našem telesu. Sestavljena je iz mikroflore žrela, ust, nosu in ušes. Mikroflora ust ima pomembno vlogo pri ohranjanju zdravja posameznika. Njeno neravnovesje lahko vodi do različnih težav.
Podobno kot mikrofloro črevesja naseljujejo mikrofloro ust različne koristne (dobre) bakterije. Različni dejavniki vplivajo na ravnovesje mikroflore ust. Določeni lahko povzročijo njeno neravnovesje, kar pomeni, da pride do neravnovesja med koristnimi (dobrimi) in nekoristnimi (slabimi) bakterijami. To lahko vodi do vdora različnih vsiljivcev v naše telo.