Filtre v rekuperačných jednotkách výrobcovia označujú rôznymi písmenami, často G, M, F. Filter typu G slúži na hrubšiu filtráciu vzduchu, zatiaľ čo M filter zachytáva aj jemnejší prach a peľ. Najjemnejšie dostupné filtre sú triedy F, ktoré účinne odstraňujú jemné nečistoty, peľ aj baktérie.