Na krátkodobé užívanie je melatonín bezpečný. To znamená menej ako 3 mesiace. Pri dlhodobom užívaní alebo príliš veľkej dávke sa však u niektorých ľudí môžu vyskytnúť vedľajšie problémy ako bolesť hlavy, závraty, nevoľnosť či únava počas dňa.