Pre skladovanie konského hnoja platia prísne predpisy, ktorými sa ľudia musia riadiť. Keďže tento materiál zapácha, vylučuje odpadové látky a počas zrenia z neho uniká hnojovka, mohol by kontaminovať priepustné podložie aj podzemné vody. Preto je vhodné konský hnoj zakompostovat, uložiť u stajní alebo ho odviezť na poľnej úložiska. Aby si uchoval cenné látky, vrství sa do výšky, čím sa vytesní prebytočný vzduch. Ak je uložený v pevnom hnojisku, musí byť nepriepustné a musí mať polročnú kapacitu produkcie hnoja.