Áno, hoci väčšina týchto účinkov sa dostaví pri dlhodobom a nadmernom užívaní. odporúča sa preto neužívať melatonín súvisle dlhšie ako 2 až 3 týždne a ani občasne dlhšie, ako 3 mesiace. Medzi časté vedľajšie účinky patria ospalosť, nevoľnosť a problémy s pamäťou.