Medzi tie najčastejšie patria: faktory životného štýlu – obezita, fajčenie, ťažké kovy, elektromagnetické žiarenie, alkohol a drogy, časté saunovanie, tesná spodná bielizeň, strava s vysokým obsahom tukov, genetické príčiny (zmeny počtu alebo štruktúry chromozómov), onkologická liečba v minulosti, nezostúpené semenníky v detstve, operácie semenníkov alebo prietrží, úrazy semenníkov, opakované infekcie močového ústrojenstva, hormonálne zmeny, užívanie niektorých liekov (anabolické steroidy, testosterón) a chronické ochorenia (diabetes, ochorenia obličiek a pečene). Avšak práve v prípade mužskej neplodnosti je stále pomerne veľká skupina pacientov, kedy nevieme vysvetliť príčinu zhoršených parametrov spermiogramu. V takom prípade hovoríme o nevysvetliteľnej (idiopatickej) mužskej neplodnosti.