Wobenzym je všeobecne dobre tolerovaný a vedľajšie účinky sú zriedkavé. Niektorí pacienti však môžu mať alergické reakcie, ktoré sa prejavia kožným vyrážkami alebo tráviacimi ťažkosťami. Ak sa vyskytnú akékoľvek nežiaduce účinky, mali by ste sa obrátiť na svojho lekára.