K dnešnému dňu neboli hlásené žiadne významné vedľajšie účinky spojené s používaním Biotrohna. Je však možné zažiť hojivé krízy alebo Herxheimerove reakcie počas procesu detoxikácie alebo boja s infekciou. Tieto reakcie sa môžu prejaviť ako horúčka, príznaky podobné chrípke, bolesť hlavy, bolesť svalov alebo kĺbov, bolesť hrdla, malátnosť, potenie, zimnica, nevoľnosť, vyrážka, opuchnuté uzliny, nízka horúčka, opuch, hnačka alebo zápcha, búšenie srdca, slabé zvýšenie krvného tlaku, kožné príznaky, vytekajúci hnis alebo iné príznaky, ako je pohoda alebo šťastie. Tieto reakcie naznačujú, že toxíny, parazity, plesne, vírusy, baktérie alebo iné patogény sa eliminujú rýchlejšie, ako to telo dokáže zvládnuť samo. Hlavným problémom Herxheimerovej reakcie je to, že ľudia často ukončia liečbu, ktorá reakciu spôsobila. Nie je však dôvod na obavy. Odporúča sa prerušiť liečbu na 1-2 dni a po zotavení organizmu pokračovať v programoch, ktoré spôsobili hojivú krízu, až kým príznaky nezmiznú.