Podnebie Japonska je ovplyvňované monzúnmi. Sever územia má chladné, stred mierne a juh subtropické podnebie. Teploty v zime sa pohybujú medzi -9 °C až +16 °C, a v lete od +20 °C do +28 °C. V lete postihujú Japonsko silné dažde, ktoré v auguste prechádzajú až do monzúnov.
Priemerné množstvo zrážok za rok v okolí Tokia je 1 405 mm, najdaždivejší je máj so 185 mm a najsuchší je január iba s 45 mm zrážok.