Samotný rozdiel vychádza už z označení daných čerpadiel. Povrchové čerpadlo musí pracovať na suchu, prípadný ponor do kvapaliny čerpadlo poškodí. Spravidla disponuje vysokým prietokom, no menšou sacou hĺbkou. Naopak, ponorné čerpadlo dokáže pracovať ponorené v hĺbke niekoľkých desiatok metrov. Maximálna sacia hĺbka sa tak zväčšuje, v tomto prípade však klesá využiteľný prietok. \r