Nie, pri správnom fungovaní a nastavení nevznikajú v rekuperačnej jednotke na prívode vzduchu žiadne baktérie, pretože sa nejedná o klimatizačné zariadenie.
Vstupný vzduch je filtrovaný a suchý a vo výmenníku sa ešte zohrieva – nedochádza preto ku kondenzácii. Znehodnotený vzduch je odvádzaný von a je oddelený od privádzaného čerstvého vzduchu.