Keďže ide o prírodný a prirodzený produkt, väčšina ľudí znáša probiotiká dobre a bez nežiaducich vedľajších účinkov. Napriek tomu sa najmä v prvých dňoch užívania môžu vyskytnúť plynatosť, nadúvanie alebo mierne tráviace ťažkosti, ktoré však pretrvávajú len chvíľu, kým si telo na probiotiká zvykne. Je nevyhnutné poradiť sa s ľuďmi, ktorí majú oslabenú imunitu, ako sú pacienti s HIV/AIDS, príjemcovia transplantovaných orgánov alebo starší ľudia - obsiahnuté kultúry môžu v niektorých prípadoch napadnúť organizmus a spôsobiť zápal. Okrem toho nie všetky probiotiká môžu byť vhodné pre tehotné a dojčiace ženy alebo dojčatá, pre ktoré by sa mali probiotiká vyberať.