Malmö má veľmi príjemnú klímu spomedzi všetkých škandinávskych krajín. Najteplejším mesiacom je júl s priemernou teplotou 17 °C, ktorá avšak cez deň môže prekročiť aj 25 °C. Naopak, najchladnejším mesiacom je január s priemernou teplotou okolo 0 °C. Najviac prší v júni, ktorý v priemere zaznamenáva okolo 60 mm zrážok, čo nie je výrazne veľa.
Počas leta je v meste veľké množstvo turistov. Ak preferujete menej zaplnené ulice, ideálnym časom na návštevu bude pre vás máj, jún alebo september.