Jednou z nevýhod kapsulových kávovarov je fakt, že používanie kapsúl nie je vôbec ekologické. Kapsuly sú plastové alebo vyrobené z viacerých materiálov, no usadenina v nich je organická. Likvidácia takéhoto odpadu je komplikovanejšia a pred vyhodením do triedeného odpadu by ste usadeninu mali odstrániť a vyhodiť do zmiešaného či organického odpadu. Cena šálky kávy je individuálna. Pripraviť si kvalitné espresso vás nestojí viac ako káva z kaviarne. V porovnaní s klasickou instantnou kávou, ktorú si uvaríte doma, ide už o drahšiu záležitosť. Samotné kapsuly sú takisto pravidelným výdavkom.