Nikaragua sa vyznačuje veľmi tropickým a vlhkým podnebím s vysokými teplotami a intenzívnymi zrážkami. Obdobie dažďov trvá od júna do novembra a podnebie sa výrazne mení v západo-východnom smere. Za zimné považujeme mesiace od mája do októbra, leto v Nikarague trvá od novembra do apríla.
V závislosti na prírodných podmienkach rozlišujeme až tri typy podnebia. Oblasť medzi jazerami Nikaragua a Managua a Tichým oceánom je veľmi suchá, má málo zrážok a teploty sa pohybujú od 27 °C do 32 °C v zimnom a od 35 °C do 40 °C v letnom období.
Centrálna a hornatá časť krajiny má chladnejšie a vlhkejšie podnebie, najmä na východe.