Robotické čističe okien je možné ovládať štandardne tlačidlom, avšak pri väčšine produktov na trhu je možné využiť aj diaľkové ovládanie, ktoré býva súčasťou balenia a môže v niektorých prípadoch fungovať aj na diaľku 15 metrov. Niektoré zariadenia je možné navyše ovládať aj pomocou chytrého telefónu cez Bluetooth. Aplikáciu je možné jednoducho a zadarmo stiahnuť na App store alebo Google Play. Tento variant je pre mnoho (predovšetkým mladších) užívateľov tým najvhodnejším.