Dvojstupňové overenie je voliteľná funkcia pre tých, ktorí chcú sprísniť zabezpečenie svojho účtu WhatsApp. Ide v podstate o dodatočné bezpečnostné opatrenie, ktoré od používateľa vyžaduje vytvorenie a potvrdenie jedinečného kódu PIN potrebného na prístup k účtu. Kód PIN, ktorý dostanete pri procese dvojfázového overovania, sa líši od 6-miestneho registračného čísla, ktoré vám spoločnosť WhatsApp poskytne prostredníctvom SMS.