Hlboký spánok môže byť škodlivý, ak je príliš dlhý. Dlhší spánok môže spôsobiť mierne tráviace problémy alebo viesť k zvýšeniu hladiny cukru v krvi. Dlhé a hlboké spanie môže mať škodlivé účinky aj na ľudí s problémami so spánkom. Tí, ktorí trpia spánkovým apnoe, môžu v hlbokom spánku lapať po dychu. Môže tiež spôsobiť, že sa budú budiť počas celej noci, čím sa ich spánok ešte zhorší.