Náklady na železničnú nákladnú dopravu závisia od viacerých faktorov vrátane vzdialenosti, ktorú treba prekonať, typu a množstva prepravovaného tovaru a typu požadovanej služby. Vo všeobecnosti je nákladná železničná doprava nákladovo výhodnejšia ako iné druhy dopravy, napríklad cestná alebo letecká doprava.