Периодонтит после лечения, безусловно, представляет собой микробиологическую проблему, потому что инфекция присутствует практически во всех случаях, связанных с этим состоянием, даже в зубах с явно адекватным лечением корневых каналов. Инфекция обычно локализуется в системе корневых каналов , но в некоторых случаях она может распространяться на ткани окружающие зуб . Стойкая инфекция вызывается бактериями, присутствовавшими во время первой обработки при лечении пульпита, которые не были успешно устранены.
Инфекция является основной причиной стойкого периодонтита после неправильного лечения каналов зуба. Но инфекция вызывается и бактериями, которых не было в канале до лечения, но которые проникли после завершения лечения, т. е. негерметичное пломбирование каналов и ненадлежащая коронка (которая часто заменяется обычной пломбой) , так же могут послужить рецидиву болезни. Доказано, что на результат лечения негативно влияют бактерии, сохраняющиеся в корневых каналах во время заполнения. Это указывает на то, что остаточные бактерии могут выживать в обработанных каналах в течение многих лет и вызывать или поддерживать воспаление ткани.