При аутоиммунном гастрите риск развития рака желудка считается ниже, чем при мультифокальной атрофии (вовлекающей слизистую оболочку антрального отдела и тела), которая возникает в результате длительной инфекции H. pylori. В свою очередь, при аутоиммунном гастрите повышен риск нейроэндокринных опухолей («карциноиды» I типа).