Зайдите в ISPmanager под пользователем, которому принадлежит домен или имеющим право на работу с SSL-сертификатами (права можно назначить в разделе Пользователи - вкладка "Доступ")
2. В разделе WWW - "SSL-сертификаты" - справа вверху кнопка "Создать". Укажите "Тип сертификата" - “Существующий” и заполните все поля: