Самостоятельные уровни защиты выставить конечно можно, но то, как качественно это сделают профессионалы, несравнимо. Если все же, вы решили сами позаботиться о безопасности вашего сервера, то обратите внимание на сервисы, блокирующие ip, и установите модули Apache.