Надо понимать, что электронный документ - это оригинал. И если мы отправляем и электронную версию и бумажную - мы получаем 2 оригинала, причем разных.
Это может вызвать ряд сложностей, в том числе с налоговой. Поэтому общее правило: никогда не допускать дублирования документов. За исключением случаев, когда есть соглашение, в котором прописано, например, что на период с .. по .. документы будут дублироваться и правильными стоит считать указанный в соглашении формат.