Нет, уточнения подавать не надо. Такой платеж дойдет по назначению. Главное, чтобы был верно указан счет получателя и ИНН налогоплательщика. Этого достаточно для зачисления денег на ЕНС.
ФНС в своем телеграм-канале также подтвердила, что такие платежи дойдут, уточненки не нужны.