Подача негаторного иска может быть связана со значительными рисками. Во-первых, суд может не принять иск, если не будет достаточно обоснованных доказательств нарушения прав. Во-вторых, сторона, подавшая иск, может выплатить неустойки и юридические расходы другой стороне, если суд признает ее действия неправомерными и негативными. Кроме того, подача негаторного иска может вызвать нарушение деловой репутации предпринимателя и другие факторы, которые могут повлиять на дальнейшую деятельность.