Пилоростеноз может быть как врожденным, так и приобретенным. В первом случае заболевание возникает вследствие генетических нарушений и диагностируется на первом месяце жизни. У взрослых пилоростеноз чаще всего провоцируется хронической язвой желудка. Реже болезнь возникает на фоне прободной язвы, хронического гастрита, раковой опухоли, химического ожога.