Нет, ликвидировать ООО не надо. Регистрация компании в здании или помещении не является обременением – вы спокойно можете сдавать помещения в аренду ИП или любому юр. лицу. На договор аренды это также никак не повлияет.
Также отметим, что в одном здании может быть зарегистрировано множество компаний, это распространенная практика. В качестве примера можно привести любой бизнес-центр.
Если же вам просто нужно избавиться от чужого ООО зарегистрированного в вашем здании, которое находится там без оснований, то для этого достаточно подать в налоговую заявление по форме Р34002, чтобы выписать компанию.
P. S.
Если собираетесь предоставлять только юр адрес без фактической аренды, то озаботьтесь тем, чтобы у арендатора было подходящее нежилое помещение для проведения проверок из налоговой, иначе арендатору могут внести недостоверность сведений в ЕГРЮЛ о компании в случае налоговой проверки. Лучше озаботиться помещением для проверок – это облегчит как вашу работу, так и жизнь арендатора юр. адреса.