В одной базе можно вести несколько организаций с однотипным учётом. Но надо понимать, что законной является работа с программой сотрудников той организации, которая заключила договор. Если сотрудники одной организации (например, головной) ведут учёт в интересах остальных — это допустимо. Если в программе работают сотрудники разных организаций — тогда с каждой должен быть заключен отдельный договор. Тогда вопросов не возникнет ни у правообладателя, ни у контролирующих органов.
Исключение — это когда в интересах арендаторов работу с программой выполняет третья организация по согласованию с нами и зарегистрированная для проведения таких работ.