Через патентную систему налогообложения нельзя осуществлять ряд видов деятельности, которые требуют специальных лицензий или разрешений, например, производство и продажа наркотических средств, оружия и боеприпасов, добыча нефти и др. Также неприменима патентная система для деятельности, связанной с персональными данными, банковскими услугами и телекоммуникационными услугами.