Несмотря на преимущества, использование эквайринговых услуг также может иметь некоторые недостатки. Во-первых, бизнесам приходится платить комиссионные сборы за каждую транзакцию, что может повлиять на их прибыльность. Кроме того, некоторые эквайринговые провайдеры могут иметь ограничения по типу бизнеса или географическому расположению, что может создать неудобства для определенных компаний. Также стоит отметить, что в случае технических сбоев или проблем с обработкой платежей, это может негативно сказаться на репутации бизнеса и уровне доверия клиентов.