Да, счета-фактуры по необлагаемым операциям оформляют, но налог в них не выделяют. В графах 7 и 8 делают пометку «Без налога (НДС)». Такие счета-фактуры тоже регистрируют в книге продаж. Выписку из неё придётся сдавать в налоговую. А вот на полученные авансы выписывать счета-фактуры не надо.