Синонимами эти слова ( стопа и ступня) являются только в общелитературном языке. А вот в некоторых терминологических сочетаниях употребляется только слово Стопа. Например: плоская стопа, кости стопы, подъем стопы (в медицине), слово ступня в таких сочетаниях неупотребительно.