Возбудитель болезни через слюну чаще всего передает клещ в первые минуты укуса. Так как укус клеща безболезненный, почти половина заболевших клещевым энцефалитов утверждает, что клеща даже не видели. Особенно опасны молодые клещи (нимфы). Они почти в четыре раза меньше взрослых клещей, потому заметить их на теле особенно сложно. Клещевым энцефалитом также можно заразиться, употребляя термически необработанные коровье, овечье, козье молоко или его продукты.