Причиной возникновения стоматитов могут являться различные факторы — те, которые воздействуют непосредственно на слизистую оболочку рта (местное воздействие), а также заболевания организма — болезни желудочно-кишечного тракта, сердечно-сосудистой системы, ослабление иммунной защиты, аллергические реакции, нарушения обмена веществ и многие другие.