Виктор, здравствуйте!
Если хранение происходит в прозрачной таре с доступом света (хотя бы периодическим), то это, практически точно, зеленые водоросли (и это совершенно нормально).
Микробиологический анализ их не показывает (если это не специальный анализ на водоросли, скорее всего, простое микроскопирование).
В Вашем случае, я думаю, можно не делать анализ, а просто принять меры по предотвращению развития водорослей.
В зависимости от целей хранения вам подойдут следующие способы:
1. Использовать тару из непрозрачного стекла или из прозрачного стекла, обернутого в  светонепроницаемую ткань.
2. Существенно снизить температуру хранения. Чем ближе к нулю - тем лучше.
3. Перед хранением профильтровать весь объем воды через мембранный фильтр с диаметром пор не более 45 мкм.
4. Добавить в воду окисляющий консервант, например, перекись водорода. К сожалению, точную концентрацию в Вашем случае лучше подобрать опытным путем. Для начала можно оттолкнуться от 1 мл 40% перекиси водорода на литр воды. При необходимости - увеличьте дозу.