Это возможно, но только при условии, что вы заранее выделили детские доли в рамках оформления документов на квартиру. При банкротстве с малолетними детьми к делу неизбежно подключается орган опеки и попечительства, задача которого — отстаивать интересы детей.
Материнский капитал не участвует в возмещении кредиторских требований — это деньги детей. При реализации ипотеки он будет возвращен ПФР. Обязательно подробно проконсультируйтесь с банкротным юристом: он расскажет, как правильно все оформить.