Существуют специфические угрозы безопасности, характерные только для виртуальных сред. Они касаются особенностей обмена информацией между серверами в пределах одной виртуальной машины, сложностями контроля над приложениями, распределенными на уровне виртуальных машин, а также возможности несанкционированного доступа, взлома и внедрения вредоносного ПО. Комплексная защита включает контроль доступа к виртуальным средам, настройку брандмауэра, систем предотвращения вторжения в виртуальную среду, шифрование для хранилищ информации и использование защищенных проколов передачи данных.