Лиман Шаганы расположен на юго-западе Белгород-Днестровского района Одесской области, рядом с селом Приморское (бывшие Шаганы) и курортной зоной Рассейка. Вместе с лиманами Алибей и Бурнас входит в группу Тузловских соленых лиманов и в состав одноименного национального парка.