Да, списание бонусов не исключает нового начисления. Из суммы чека вычитается сумма, оплаченная бонусами, а на сумму, оплаченную денежными средствами, проводится новое начисление.
Например, сумма покупки 2000 рублей, 400 оплачена бонусами, а на 1600 рублей начисляется 3% - это 48 бонусов (при стартовом уровне начисления 3%).