Чаще всего причина в поражении подземной части вредителями или грибковыми заболеваниями. Нужно выяснить причину и использовать подходящий препарат для обработки. Еще один вариант – повышенная влажность грунта, из-за чего головки чеснока вначале покрываются плесенью, а потом загнивают.