Нет, не накажет. Главное — оформить это корректно. По правилам за мобилизованным сохраняется его рабочее место. Об этом работодатель пишет в приказе о приостановке. Но на период его отсутствия вы сможете привлечь временного сотрудника.
Когда будете проводить приостановку в 1С ЗУП, проставьте флажок «Освободить ставки на период приостановления». Тогда система позволит принять нового сотрудника на время мобилизации основного работника, включить его в табель и учесть в начислениях зарплаты.