При ответе на вопрос важно понимать, является ли договор по своей сути абонентским договором по смыслу ст. 429.4 ГК РФ. Если является, то тогда медицинская организация может не возвращать пациенту денежные средства.
Плата по абонентскому договору может как устанавливаться в виде фиксированного платежа, в том числе периодического, так и заключаться в ином предоставлении (например, отгрузка товара), которое не зависит от объема запрошенного от другой стороны (исполнителя) исполнения. Несовершение абонентом действий по получению исполнения (ненаправление требования исполнителю, неиспользование предоставленной возможности непосредственного получения исполнения и т.д.) или направление требования исполнения в объеме меньшем, чем это предусмотрено абонентским договором не освобождает абонента от обязанности осуществлять платежи по абонентскому договору (п.п. 1 и 2 ст. 429.4 ГК РФ).
Кроме того, исходя из содержания вопроса, невозможность предоставления услуг пациенту была обусловлена его неявкой, а не отказом медицинской организации в их предоставлении. В случае невозможности исполнения обязательств, возникшей по вине заказчика, услуги подлежат оплате исполнителю в полном объеме (п. 2 ст. 781 ГК РФ). Таким образом, неявка пациента в медицинскую организацию в согласованную дату и время подпадает под  квалификацию невозможности исполнения обязательств, возникшей по вине заказчика (пациента).
Также следует обратить внимание на прецедентное определение Верховного Суда РФ от 09.02.2021 № 49-КГ20-27-К6 с аналогичной фабулой, в котором высшая судебная инстанция прямо указало на то, что при согласовании абонентской формы договора об оказании медицинских услуг и истечения срока его действия медицинская организация не обязана возвращать денежные средства пациенту.
Если же договор не является абонентским договором по смыслу статьи 429.4 ГК РФ, то медицинская организация может ссылаться на неявку пациента и истечение срока действия договора в качестве обоснования отказа в возврате денежных средств, однако в таком случае невозможно однозначно ответить, устоит ли данная позиция в суде при обращении пациента за защитой своих прав (судебная практика по данному вопросу неоднозначная даже после принятия вышеуказанного определения Верховного Суда РФ).