Из-за больших различий между национальными патентными законодательствами единый охранный документ в PCT отсутствует, и вся процедура прохождения международной заявки с момента ее подачи и до принятия решения об охраноспособности заявленного изобретения разделена на 2 этапа: международный и национальный. На международной фазе по каждой заявке проводится международный патентный поиск, осуществляется ее публикация, и, по желанию заявителя, может быть проведена международная предварительная экспертиза. На национальной фазе в каждом государстве, на территории которого заявитель заинтересован в охране, в соответствии с нормами национального патентного законодательства данного государства выносится решение о соответствии заявленного изобретения установленным критериям охраноспособности, и, в случае положительного результата, выдается охранный документ.