Довольно высоки, поскольку бактерии-возбудители способны долго сохраняться в организме в виде спор. Как только организм ослабляется и создаются комфортные условия, они тут же активизируются и заново запускают развитие псевдомембранозного колита. Сами по себе споры устойчивы ко многим медикаментам (и антибиотикам тоже), поэтому их невозможно уничтожить.