Проверка срока нахождения в стране должна производиться при любом пересечении границы, в т.ч. и при авиаперелете. Однако наличие самих пунктов проверки на внутренних границах ЕС не гарантировано в 100% случаев, тогда и проверки быть не может. Однако рано или поздно территорию Шенгенской зоны придется покинуть, тогда контроля не избежать.