В соответствии с приказом Росприроднадзора, ГЭЭ должна быть завершена в течение 2 месяцев, по требованию заказчика срок может быть продлен еще на 1 месяц. Назначается экспертная комиссия, она разрабатывает план проведения экспертизы. Члены комиссии исследуют предоставленные материалы и оценивают безопасность проекта строительства с точки зрения негативного воздействия на окружающую среду. По результатам проверки экспертная комиссия подготавливает сводное заключение.
Заказчик проведения экспертизы может участвовать в заседаниях комиссии. Его представители могут предоставлять пояснения по проекту, рассказывать о характере деятельности будущего предприятия.
В заключении должно быть представлено подробное обоснование, подтверждающее соответствие или несоответствие хозяйственной деятельности предприятия экологическим требованиям. Подготовленное экспертной комиссией заключение должно быть утверждено приказом Росприроднадзора – после этого экспертиза будет считаться завершенной.