В основе работы септика лежит процесс разложения (sepsis – гниение), септического сбраживания микроорганизмами анаэробного типа. Происходит разложение отходов на простейшие элементы. Обычная схема использует 3 резервуара, которые соединяются трубами. В первой ёмкости отстаивается жидкость от взвешенных веществ. Нерастворимые остатки (взвешенные вещества) перерабатываются микроорганизмами, которые живут и внутри септика, потребляют выделяемый в процессе расщепления кислород, а органические вещества выполняют роль питательной среды.
На втором этапе происходит более глубокая очистка.
В третьей ёмкости происходит окончательное отстаивание и осветление воды и отведение в специальную фильтрационную траншею.