Метаболические нарушения, которые сопутствуют этому синдрому, со временем приводят к функциональному расстройству органов и систем. Без адекватной коррекции подобные функциональные нарушения способны трансформироваться в органические заболевания. У пациентов, страдающих гнилостной диспепсией, повышен уровень тревожности и частота депрессии.