Тестирование части сети не имеет смысла, так как уязвимости, которые могут присутствовать в сегментах, не подверженных тестированию, могут привести к компрометации всей сети. Источниками угроз также может быть некорректная настройка сетевого оборудования между центром и филиалами.
Поэтому если все узлы находятся в единой сети и домене, то и тестироваться они должны как единая сеть и домен.