В большинстве случаев вам не нужен ключ -r. 7zip может сжимать подпапки даже без ключа -r.
Пример:
7z.exe a c:\\a.7z "C:\\Program Files"
сжимает “C:\\Program Files” полностью, включая все подпапки.
Если вам нужно сжать только файлы с определенным расширением, вы можете использовать ключ -r:
7z a -r c:\\a.zip c:\\dir\\*.txt
сжимает все .txt файлы из папки c:\\dir\\ и всех ее подпапок.