Сотрудники при наличии увольняются в связи с ликвидацией (в т.ч. декретники) — с уведомлением службы занятости. Это стандартная процедура, каких-то проверок или объяснений перед органами быть не должно, если вы не крупное социально значимое предприятие. Но выплатить отпускные и выходные пособия — обязанность работодателя!