Несмотря на свою красочность и беззаботность, Splatoon таит в себе мрачный лор: Игра повествует о войне между двумя расами: инклингами и октолингами. Причина конфликта уходит корнями в экологическую катастрофу, уничтожившую человечество. Мир Splatoon — это постапокалиптическая Земля, где вода стала токсичной, а территория разделена на две зоны.