Для ведения учета запасов предприятия на множестве складов предусмотрены следующие возможности: раздельный учет запасов — собственных товаров, материалов, продукции, а также товаров, принятых и переданных на комиссию, и материалов, принятых и переданных в переработку; учет произвольных характеристик номенклатуры (цвет, размер и т. д.), а также партий запасов; учет в разрезе ячеек мест хранения (зоны, стеллажи, полки и т. п.); перемещение запасов (между местами хранения, выдача в эксплуатацию и возврат из эксплуатации, списание на внутренние нужды); резервирование запасов (учет запасов и затрат в разрезе заказов покупателей); использование ордерной схемы учета запасов (приходные складские ордера, расходные складские ордера); печать этикеток и ценников. Поддерживаются функции инвентаризации запасов и отражения результатов инвентаризации — оприходование и списание запасов. «1С:Управление компанией для Балтии» обеспечивает поддержку процесса управления запасами предприятия. Поступление товарно-материальных запасов на предприятие может отражаться по различным схемам: поступление за плату от контрагента, приобретение подотчетным лицом, прием на реализацию от комиссионера, получение давальческого сырья и материалов в переработку. Поддерживается функция регистрации поступления дополнительных расходов на приобретение товарно-материальных запасов.