При взаимодействии юрлиц с налоговыми органами и другими ведомствами применяется квалифицированная электронная подпись. В большинстве случаев применяется усиленная квалифицированная электронная подпись. Ещё бывает простая электронная подпись, неквалифицированная электронная подпись. Это подписи с меньшими степенями защиты, ими не получится подписывать отчётность ООО, подавать документы в госорганы, участвовать в госзакупках и тендерах и др. Простая электронная подпись может использоваться физлицом для получения госуслуг, а неквалифицированная — для подписания документов внутри организации. УКЭП выдаётся только Удостоверяющим центром ФНС и его «доверенными лицами». Программное обеспечение проходит сертификацию в ФСБ, структура сертификата также установлена приказом ФСБ России. УКЭП имеет самый расширенный функционал — применяется при сдаче отчётности в ФНС, обмене документами с другими государственными и муниципальными органами, подаче сведений на Федресурс, во внутреннем и внешнем ЭДО, для участия в госзакупках и тендерах, при работе с ККТ и др.