Сделать это можно на сайте, перейдя по ссылке https://passport.yandex.ru/profile. Зайдите в историю входа с устройства, выберите функцию "Выйти на всех устройствах". Так приложение отвяжет ваш профиль от карты банка, которая была прикреплена ранее. Через приложение можно зайти в меню "Способ оплаты", найти там банковские карты, выбрать необходимую карту в ручную и удалить её.