Да, вы сможете их видеть. Вам даже не придется ничего восстанавливать, удаленные сообщения видны пользователям WaTracker по умолчанию: в чатах они обозначаются иконкой в виде корзины, а в полном виде список удаленных сообщений доступен в соответствующей вкладке вашего Личного кабинета.