К сожалению, как правило новая дверь и коробка встает в другое место из-за размеров и правильности установки. В вашем случае изначально нужно было заделать старые дыры и на готовый пол ставить короб. Кроме латания дыр единственный вариант — это дверь меньшего размера по ширине.