Хотя при проведении бухгалтерской экспертизы бухгалтер-эксперт затрагивает различные экономические стороны деятельности предприятия, некоторые вопросы лежат вне сферы его компетенции. Так, в ходе бухгалтерской экспертизы может быть указано на несоответствие каких-либо действий законодательству, однако вопрос о виновности или невиновности решает только суд. Соответствий действий менеджера законодательству по вопросам, не требующим специальных бухгалтерских знаний, определяется без назначения бухгалтерской экспертизы. Если эксперт получит вопросы, выходящие за пределы его специальных знаний, или для которых современный уровень науки не предлагает ответов, или неполные или недостаточные материалы для бухгалтерской экспертизы, то он составит и направит заказчику экспертизы мотивированное сообщение  о невозможности выдать экспертное заключение.
Важно отметить, что, согласно УПК, эксперт-бухгалтер не имеет права без ведома следователя общаться с участниками уголовного процесса на темы, связанные с проведением экспертизы, и самостоятельно собирать материалы для бухгалтерской экспертизы. Если ему требуется поговорить с проходящими по делу, то он обращается к следователю, который и организует допрос в интересах бухгалтерской экспертизы.