Если в организации есть штатный юрист, оформлением юридических документов и судебными разбирательствами должен заниматься он. В обязанности бухгалтера это точно не входит. То, что юрист в отпуске, не имеет никакого значения: работодатель должен был предусмотреть отпуска и больничные, и взять еще хотя бы одного человека в юридический отдел.