У Вас специальность - лечебное дело. По Приказу 707н, этой специальности соответствует должность - врач-участковый. Чтобы работать по узкой специальности после прохождения ординатуры, Вам нужно будет заключать дополнительное соглашение, в противном случае отказ работать по полученной специальности будет являться нарушением договора на целевую подготовку в ВУЗе.
Целевое дается с учетом потребности в кадрах, поэтому специальность прописана в договоре.Сейчас они могут Вас трудоустроить по специальности Лечебное дело. Более узкая специальность в договоре не указана.
Для Вас единственный выход, помимо работы на позиции участкового, это дополнительное соглашение о получении узкой специальности и работы уже на соответствующей должности в гос.учреждении.