Как и любая медицинская процедура, эндоскопия сопряжена с некоторыми рисками, хотя они, как правило, встречаются редко. Возможные осложнения включают кровотечение, инфекцию, перфорацию обследуемого органа, побочные реакции на анестезию и редко повреждение окружающих структур. Однако эти риски сводятся к минимуму благодаря навыкам и опыту медицинской бригады, выполняющей процедуру.