Налоговая служба может вынести отказ по заявлению и не зарегистрировать лицо в качестве предпринимателя. Это может быть связано с неполным комплектом документов, неверно заполненным заявлением, недостоверной информацией, предоставленной при подаче заявления. В любом случае гражданину откажут в постановке на учет как ИП, если выбран недопустимый вид деятельности, если судом установлен запрет для конкретного человека на осуществление деятельности как предпринимателя (например, по приговору суда на определенный срок и т. п.). Отказ в регистрации последует в случае, если гражданин был признан банкротом, либо менее года назад его статус ИП был прекращен судом. Повторная подача документов возможна, если гражданин исправит выявленные недостатки в заявлении или документах. Отказ в регистрации может быть обжалован в суд в случаях, когда гражданин не согласен с решением об отказе и считает его незаконным.