Если изменился процент комиссии банка по эквайрингу, то нужно создать новый вид оплаты с измененным процентом и связать с новым договором эквайринга. В документах Операции по платежным картам выбирать этот вид оплаты, а в документе поступление на р/счет с видом Поступления по платежным картам - новый договор.