При заходе в файл менеждер(панель управления Cpanel - Диспетчер файлов) или же при соединении с FTP-сервером пользователь оказывается в каталоге в котором находятся следующие папки:
public_html - корневая папка для размещения html-файлов, php-скриптов, картинок и всего прочего, что будет доступно на вашем сайте
cgi-bin - каталог для размещения скриптов (например на языке perl). Через веб-доступ скрипты из этой папки будут доступны по адресу вида http://www.ваш_домен.ru/cgi-bin/имя_скрипта
www - ярлык папки public_html
tmp - каталог для временных файлов, которые создает веб-сервер. В частности, для файлов загруженных через функцию php-upload