Боярская думала была неэффективна. Людей туда набирали не по заслугам, а по знатности рода. Я бы выбирал людей в Боярскую думу (или новый совещательный орган) по личной выслуге.
Я бы отменил систему кормления, т. к. при ней был высокий уровень коррупции и превышения полномочий. В распределении "кормлений" не было порядка, эта система способствовала децентрализации государства.
В целом, я оставил бы приказы и комиссии. На тот момент исторического развития они были достаточно эффективными, они бы претерпели лишь незначительные изменения.