Эндоскопия обычно безболезненна, поскольку пациенту вводят анестезию или седативные препараты, чтобы минимизировать дискомфорт. Однако некоторые люди могут испытывать легкий дискомфорт или ощущение давления при введении эндоскопа. После процедуры у пациентов может возникнуть боль в горле или вздутие живота, но эти симптомы обычно быстро проходят.