Во-первых, в процессе работы двигателя в нем накапливаются продукты неполного сгорания топлива, попросту говоря сажа. Чем ниже качество топлива и выше его расход, чем хуже условия работы двигателя, тем ее больше.
Во-вторых, даже самое лучшее моторное масло не может на 100% выдерживать высокие температуры в двигателе и частично окисляется и разлагается. Продукты окисления - это темные, смолистые вещества. Качественное масло, благодаря наличию в нем эффективных присадок (т.н. моюще-диспергирующих) удерживает и продукты разложения/окисления и сажу в объеме, сохраняет чистыми внутренние поверхности двигателя, защищая их от отложений, лака, нагара и прочих загрязнений до момента очередной замены масла.
Этим и объясняется темный цвет масла. Таким образом, масло в двигателе должно темнеть и это показатель того, что оно эффективно работает.