Хотя альпийский улей имеет множество преимуществ, есть и некоторые недостатки, на которые следует обратить внимание. В альпийских ульях происходит не контролируемое самостоятельное строительство пчелами, что может привести к сдавливанию нижних сот. Быстрое развитие семьи может стать вызовом для пчеловода, хотя это не является недостатком в глазах многих. Также пересаживание пчелиных семей из обычных ульев в альпийские может сопровождаться некоторыми проблемами. Отсутствие готовых рамок для альпийских ульев и сложности с отводками также могут быть проблемами для пчеловодов.