Повышение безопасности Hyper-V реализуется встроенными средствами данной системы виртуализации. Прежде всего это резервное копирование, шифрование данных на виртуальных дисках, безопасная загрузка и экранирование виртуальных машин, помогающие защититься от вредоносных приложений и доступа третьих лиц к данным. Кроме того, существуют сторонние решения других вендоров, которые также способны повысить безопасность облака на Hyper-V.