Если ваши приложения глючат в Wayland, они могут не знать, что должны использовать протокол Wayland. Все зависит от того, какие API они используют для генерации окон. Некоторые приложения Qt будут глючить, если вы не добавите QT_QPA_PLATFORMTHEME="wayland;xcb" в файл «/etc/environment».
Если ваше приложение использует Electron, попробуйте запустить его с флагом --enable-features=UseOzonePlatform --ozone-platform=wayland в опциях запуска.
В браузерах на базе Chromium (Brave, Chrome, Opera, Microsoft Edge и т.д.) перейдите по адресу chrome://flags в строке URL и выберите Auto или Wayland в разделе «Предпочитаемая платформа Ozone.»