Дело в том, что когда вы сортируете запросы по частоте, вы видите сквозную сортировку запросов без учета того, в какой группе они находятся. Но когда сортировка сохраняется, порядок групп не меняется, то есть запросы остаются в своих группах, но сортируются по выбранным параметрам внутри них. Единственный способ отсортировать все запросы в проекте и сохранить их порядок — это переместить все запросы в одну группу.