В разделе Банк и касса - Банковские выписки в документе Списание указать вид операции Выплаты самозанятым по реестру, прикрепить ранее созданный или создать Реестр выплат самозанятым.
Если выполнить команду Загрузить из файла - то будет возможно загрузить чек только в формате скана или фотографии, ссылку там разместить не получится.
Поэтому проваливаемся непосредственно в сам Реестр выплат самозанятым, и по выделенной красным ссылке Загрузить переходим в таблицу для ввода.
Больше ничего руками заполнять не нужно - при выполнении команды Загрузить чек или при нажатии иконки Перейти по ссылке данные чека загрузятся автоматически.