Современные модели цифровых микроскопов подключаются к ПК, смартфону или другому устройству через порт USB. Перед подключением необходимо установить на ПК или другое подключаемое мобильное устройство, рекомендованное производителем микроскопа программное обеспечение. В некоторых моделях цифровых микроскопов с целью удешевления отсутствует окуляр и вывод изображения осуществляется только на мобильное устройство. Производится целый ряд цифровых микроскопов с беспроводным подключением посредством Wi-Fi.