Томас Мюллер был частью всех пяти титулов Бундеслиги Баварии и двух титулов Лиги Чемпионов клуба. Он также был назван лучшим игроком Лиги Чемпионов в 2013 году и пять раз был назван лучшим игроком Бундеслиги.