У ЮKassa есть решение для 54-ФЗ под ключ, которое позволяет отправлять данные о каждой продаже в онлайн-кассу для формирования чеков и передачи их в налоговую. Если вы используете это решение, сервис выставления счетов предложит вам дополнительные поля для заполнения — нужно будет указать предмет расчёта и ставку НДС. В остальном процедура выставления счёта будет точно такой же, как без онлайн-кассы.