Транспортные расходы будут считаться прямыми при доставке товаров до склада покупателя, если они не включены в цену приобретения (Письмо Минфина РФ от 17.08.2012 № 03-03-06/1/420). Во всех остальных случаях — это косвенные расходы. Так что можете регулировать условиями договора купли-продажи.