В рамках каждого исследования эксперт применяет те методы, которые эффективны для решения стоящих перед ним задач. Например, для изучения принципов работы ПО применяют реверс-инжиниринг, вредоносных программ – метод эмуляции. Часто используют в рамках таких экспертиз криптографические, форензические методы.