Вы можете получить налоговый вычет только с тех сумм, которые уплачивали из собственных средств. Налоговый вычет на средства программ государственной поддержки не предусмотрен законодательством РФ.
Рассмотрим пример:
Стоимость квартиры = 3 млн рублей
Сумма полученной субсидии = 2 млн рублей
Сумма собственных средств при покупке квартиры = 1 млн рублей.
Таким образом вы можете получить вычет с 1 млн рублей.
1 млн рублей * 13% = 130 тысяч рублей –  сумма налога к возврату.
Обратите внимание, что в данном случае за покупателем остается право на получение налогового вычета в размере 130 тысяч рублей при следующей покупке недвижимости.