Да, если вы списываете баллы при покупке, на остаток суммы, оплаченной деньгами, также будет начислено 5% баллами.
Например:
Сумма покупки 5000 рублей.
Вы списываете 1000 рублей и оплачиваете 4000 рублей деньгами.
На 4000 рублей начисляется 5% баллами, т.е. 200 баллов.