Как правило, интести-бактериофаг хорошо переносится пациентами и не вызывает серьезных побочных эффектов. В редких случаях могут возникать аллергические реакции или нарушения пищеварения (тошнота, диарея). В случае появления нежелательных эффектов необходимо обратиться к врачу для коррекции дозировки или назначения подходящей замены.