В терминальном сервере используется одна ОС и один комплект предустановленного прикладного ПО, с которым работает множество различных пользователей. При технологии виртуализации рабочих столов каждый пользователь получает на удаленном сервере отдельную виртуальную машину, на которой установлена собственная ОС и комплект необходимого ПО. В первом случае пользователь не может устанавливать или деинсталлировать приложения, во втором это возможно, если администратор предоставит ему соответствующие права.