Хотя пробиотики являются одними из самых безопасных пищевых добавок, в некоторых ситуациях их использование не рекомендуется. Это относится к пациентам с ослабленным иммунитетом, пациентам с иммуносупрессией, госпитализированным пациентам с острым панкреатитом, пациентам с желудочно-кишечными кровотечениями, пациентам с постоянными центральными венозными катетерами, детям с синдромом короткой кишки или пациентам с обширными открытыми ранами после обширных хирургических вмешательств.