Да, мы предоставляем API, который позволяет внедрить работу с ЭЦП в любые информационные системы. Обратите внимание на обзорную статью Построение систем юридически значимого ЭДО, а так же на статью Взаимодействие с внешними контрагентами. Документация по API открыта и доступна всем желающим.