Хотя по сравнению с химиотерапией, иммунотерапия имеет гораздо меньше побочных эффектов, они все же могут быть. Они зависят от того, какой вид иммунотерапии использован. Побочные эффекты могут возникнуть из-за чрезмерной стимуляции иммунной системы. Так, возможны незначительные симптомы (например, тошнота, лихорадка, кожные высыпания). Но в некоторых редких случаях могут возникнуть аутоиммунные расстройства (например, диабет I типа или артрит).