Риск геморрагических осложнений после эндоскопии желудка увеличивается, если процедура включает в себя извлечение фрагмента слизистой для исследования в гистологической лаборатории. Это называется биопсией.
При лечебной эндоскопии желудка также возможно это осложнение, например при удалении полипов, рассечении дуоденального сосочка, расширении просвета пищевода или анастомоза при бужировании.