Вы можете использовать оба вида документооборота. Это удобно, если есть контрагенты, которые не используют ЭДО.
Чаще всего бумажные документы тоже переносят в электронный формат – так меньше вероятности их утраты, отсканированные документы легко будет найти по поиску в системе.