На странице Товары нажмите на флажок того регионального сайта, на котором хотите поменять стоимость. Вы попадете на страницу массового редактирования объявлений для этого сайта. Исправьте стоимость товаров в колонке Цена. Изменения будут применены только для выбранного сайта, а на остальных сайтах стоимость останется прежней.