При помощи той же программы Key Collector можно оперативно проработать все минус-слова и удалить нецелевые запросы. Во вкладке «данные» выбираем «анализ группы».
Список ключевых фраз будет сформирован достаточно оперативно, потом остается только удалять ненужные слова.
Чтобы избежать удаления минус слов их можно вынести в отдельный список контекстных фраз.