Да. Начните с нескольких страниц, оцените результаты и продолжите перенос в удобном для вас темпе.
Если вы переводите сайт с HTTP на HTTPS по частям и пока не хотите индексировать новые URL, рекомендуем использовать вместо переадресации атрибут rel=canonical, поскольку протестировать страницы с переадресацией вы не сможете.