Главное отличие манипуляций в области исследования. Аноскопия предназначена для осмотра толстой кишки на глубину 8-10 см. Колоноскопию назначают для обследования всего толстого кишечника, а иногда и нижней части тонкого. Аноскопия не требует подготовки, проводится быстро и доставляет минимальный дискомфорт. При колоноскопии требуется очистка кишечника и применяется наркоз из-за интенсивности болевых ощущений.