Существует ряд противопоказаний для проведения УБОД: тяжелые формы сердечных патологий, печеночная недостаточность, острые формы гепатита, непереносимость антагонистов опиатов, беременность, грудное вскармливание, острый абстинентный синдром. Также возможны осложнения, связанные с выходом из состояния наркоза.