Основное отличие заключается в принципах диагностического исследования. Для получения изображения при КТ используются рентгеновские лучи, а при МРТ — постоянно пульсирующее магнитное поле. Поэтому компьютерная томография наиболее информативна для исследования костных структур, а магнитно-резонансная томография — для изучения аномалий мягких тканей.