Несмотря на относительную простоту диагностики этого заболевания и наличие современных технологий лечения и пломбирования зубных каналов, осложнения все же полностью исключить не получается:
Недостаточная или недобросовестная антисептическая обработка корневого канала перед пломбированием может быть причиной повторного инфицирования — со всеми вытекающими послеждствиями.
В случае опухоли десны после лечения кариеса или пульпита при проведении пломбирования каналов  зуба специалист иногда может повредить внутренние ткани десны, не до конца освободить каналы пораженного зуба от возможных очагов инфекции. В этом случае последующее пломбирование может привести к осложнениям.
В случае возникновения проблем не следует прибегать к самодеятельности, в том числе — и с применением множественных рекомендаций  по  полосканиям и иным народным лекарственным средствам. Полноценно проблему  подобных осложнений способен решить только профессионал-стоматолог.