Достоверная диагностика анэмбрионии возможна при комбинированном подходе. Гинекологический осмотр может установить несоответствие размеров матки сроку беременности. Так матка при анэмбрионии всегда меньших размеров, чем требует предполагаемый срок. При ультразвуковом исследовании малого таза можно выявить отсутствие сердцебиения плода или плодное яйцо без эмбриона. Гормональное исследование крови подтвердит или опровергнет остановку прогрессивного роста цифр гормона беременности ХГЧ (хориогонического гонадотропина), характерного для нормальной беременности.