Да, можно пользоваться iPod, находящимся в чехле. В большинстве чехлов есть вырезы для доступа к портам и кнопкам на iPod. Однако, при выборе чехла стоит убедиться, что он не мешает использованию iPod, а наоборот, защищает его и повышает комфорт использования.