Да, влияет. Даже исправный кондиционер может увеличить расход топлива на 1 л на 100 км. Если кондиционер заправлен не до конца, это влияет на работу компрессора, что, в свою очередь увеличивает нагрузку на двигатель. Если двигатель работает в повышенном режиме, он расходует больше топлива. Поэтому экономия на дозаправке кондиционера обязательно покроется и в несколько раз перекроется расходом топлива.