Лечение фундального гастрита основано на устранении причин, которые его вызвали, и симптоматической терапии. Лекарственное лечение может включать противовоспалительные препараты, антибиотики для лечения инфекции Helicobacter pylori, препараты, уменьшающие кислотность желудка, пробиотики и др.