Основным отличием является среда в которой осуществляется запуск и работа системы. Linux VPS — полностью изолированная программная среда и позволяет самостоятельно управлять настройками ядра ОС, то есть пользователь получает собственный экземпляр программного ядра операционной системы.  При выборе Контейнера, пользователь совместно использует общие ресурсы ядра, а запуск системы осуществляется на основе контейнеров. Container VPS часто применяется в процессе разработки ПО, так как система контейнеризации дает возможность приложениям работать в той же операционной среде, в которой велась их разработка.