Все пояснения ИФНС нужно давать письменно. В дополнение можно прикрепить подтверждающие акты.
Следует зафиксировать факт передачи ответа в ИФНС. Например, можно скачать квитанцию оператора ЭДО, направить ответ почтой с уведомлением о вручении или попросить проставить на копии ответа штамп инспектора.
Если требование ИФНС было получено в рамках проверки налоговиков, то пояснения нужно передавать по утвержденным Приказами ФНС форматам.