Возможно, но не рекомендуется. Для корректной работы есть минимум обязательных данных, которые должен содержать файл шаблона, а это: текстовые данные объявлений, ссылки объявлений и названия групп объявлений. Но всё же лучше использовать свежий экспорт шаблона Яндекс Директ и делать изменения уже после работы сервиса.