Наиболее распространенные осложнения после трансплантации костного мозга — бактериальные инфекции. Реже — вирусные и грибковые. Во избежание таких побочных эффектов израильские доктора  проводят антибактериальную терапию сразу после операции. Реабилитацию пациенты проходят в стерильных палатах.