В лечении эндометриоза используются консервативные (гормонотерапия) и оперативные методы лечения – удаление очагов эндометриоза с помощью лапароскопии или открытой операции. При радикальном хирургическом лечении производится удаление яичников и матки – подобная операция показана в случаях, если заболевание прогрессирует, при больших размерах кист яичников, а также при неэффективности консервативной терапии. В комплексной терапии используются препараты, улучшающие микроциркуляцию, иммуномодуляторы, витамины, анальгетики (обезболивающие средства). При бесплодии, если оно вызвано эндометриозом, можно воспользоваться ЭКО – этот метод позволяет отобрать для оплодотворения качественные яйцеклетки из пораженного эндометриозом яичника (при размерах «шоколадных» кист до 4 - 4,5 см) и сохранить возможность женщины стать мамой за счет витрификации (заморозки) яйцеклеток, перед проведением радикального хирургического лечения.