При нарушении правил ведения учета уголовных дел могут быть применены дисциплинарные, административные и уголовные санкции в зависимости от характера нарушения. Например, за неправомерную долговременную задержку возбуждения уголовного дела может быть применена дисциплинарная ответственность, а за фальсификацию материалов дела — уголовная ответственность.