Формирование врожденной водянки яичка связано с нарушениями развития плода во внутриутробном периоде. Патология возникает во время формирования и заращения (облитерации) вагинального отростка брюшины. У плода яичко закладывается и формируется в забрюшинной области. Затем мигрирует в мошонку через влагалищный отросток. К моменту рождения просвет отростка полностью закрывается. Однако примерно у 25% новорожденных нарушаются процессы закрытия, в результате чего отверстие сохраняет просвет. Через него в незначительных количествах проникает жидкость из брюшной полости. Жидкость накапливается, в результате чего формируется водянка яичка. Зачастую в течение первого года жизни ребенка происходит окончательная облитерация, благодаря чему патология проходит самостоятельно, без вмешательства врачей.