Платить торговый сбор нужно в налоговую инспекцию по месту учета налогоплательщика в качестве плательщика сбора.
Встать на учет в качестве плательщика сбора надо:
в налоговую, на территории которой находится недвижимое имущество — объект торговли, облагаемый сбором;
в налоговую по месту учета — в остальных случаях.
Если на территории Москвы у вас есть несколько объектов торговли, которые относятся к разным налоговым, то встать на учет можно только в одну налоговую и платить сбор за все объекты тоже в одну налоговую. Здесь важно верно заполнить все реквизиты платежа.