Да, будет. Данный тип вычета учитывает сумму, которую вы внесли на свой индивидуальный инвестиционный счет в течение календарного года. То, какие именно бумаги вы покупали, при этом значения не имеет.
Но в целом на ИИС вы можете торговать любыми видами активов, которые доступны для сделок в приложении Тинькофф Инвестиций и на сайте tinkoff.ru.