В принципе да, но результат скорее всего вас не устроит.
Корректор Линквица предназначен для закрытых ящиков. Он вычисляет исходную АЧХ такого ящика и рассчитывает коррекцию, равную разности частотных характеристик - той АЧХ, что мы хотим получить и той АЧХ, что есть в исходном состоянии. Если исходным будет сабвуфер с ФИ, то исходная АЧХ, которую вычислит программа, не будет соответствовать действительности, и АЧХ сабвуфера после коррекции будет неправильной.