По отзывам о лечении болезни Уиппла в Израиле, в случае соблюдения всех рекомендаций специалистов вероятность возникновения рецидива крайне низкая. В частности, необходимо в обязательном порядке ежегодно проходить биопсию тонкой кишки. Известно, что узнать о повторном инфицировании слизистого эпителия тонкой кишки можно за несколько месяцев до проявления симптомов. При наличии заражения угрозу рецидива предотвращают посредством антибиотикотерапии.
Улучшению качества жизни в период ремиссии способствует заместительная витаминотерапия, а также прием комплекса минеральных препаратов. Помимо этого, симптомы мальабсорбции (расстройства всасываемости питательных веществ) можно минимизировать посредством приема ферментов.