Ввиду того, что в городе находится один из крупнейших в Украине морских портов, а также работает ряд промышленных предприятий, возникает очевидный вопрос о состоянии экологии на курорте. В действительности, вся «производственная» часть сосредоточена на берегу Сухого лимана в северо-восточном районе, тогда как жилые и курортные объекты компактно расположены на побережье.
Кроме того, Черноморск — очень зеленый город, здесь огромное количество насаждений, которые частично нивелируют потенциальный вред от работы портовых сооружений и промпредприятий. А главный муниципальный пляж ежегодно, начиная с 2012 года, получает международную награду «Голубой флаг», которая присуждается пляжным зонам с образцовой чистотой воды и прибрежной территории, по чему также можно судить об экологической обстановке на курорте.
Словом, назвать ее идеальной, как, например, на других курортах, расположенных на значительном расстоянии от больших городов, индустриальных предприятий, крупных автомагистралей и железной дороги, нельзя, но и считать плохой было бы несправедливо.