Причина синдрома Калмана генетическая, с участием разных генов. Поэтому лечения как такового не существует. Лечение заключается в экзогенном введении организму гормонов, необходимых для правильного пубертатного развития. У женщин вводят эстрогены, а у мужчин тестостерон, в обоих случаях они будут поддерживаться неопределенно долго.
Кроме того, если наступает время, когда пациент хочет иметь детей, гипоталамо-гипофизарная гонадная ось должна быть активирована с помощью лекарств. ГНРГ или ФСГ и ЛГ можно вводить для активации яичников и яичек.