Обычно, в организации долговременному хранению подлежат порядка 30% электронных документов. Остальные 70% могут храниться за пределами специализированной архивной системы. Таким образом образуются два хранилища: оперативное и архивное.
Преимуществом раздельного оперативного и архивного (долговременного) хранения электронных документов является:
направленность архивной системы на обеспечение сохранности юридической силы документов на период хранения, то есть создание надежной доверенной среды хранения;
возможность выдачи электронных документов для предъявления по месту требования;
контролируемый доступ авторизованных пользователей к электронным документам с сохранением запросов и истории просмотра электронных документов;
подготовка электронных документов к передаче в государственный архив (при необходимости).
В настоящее время оперативные СЭД не имеют функционала, в полной мере обеспечивающего вопросы долговременного хранения электронных документов, с чем и связаны риски потери юридической силы электронного документа в процессе его долговременного хранения. Потерявшие юридическую силу документы невозможно предоставить суду и контрольно-надзорным органам. Для борьбы с подобными рисками используются электронные архивы. Поэтому оперативные и архивные системы должны работать вместе.