Обычно во время проведения магнитно-резонансной томографии пациент сохраняет лежачее положение. Существуют аппараты, позволяющие проводить МРТ стоя или сидя — томографы открытого типа. Исследование в вертикальном режиме является более удобным для некоторых пациентов. Также изменение положения тела увеличивает диагностическую точность обследования в некоторых случаях. Например, подъем больного в ходе процедуры дает врачу возможность обнаружить грыжу межпозвоночного диска или нестабильность позвоночного столба на фоне смещения костей под воздействием силы тяжести.
Выполнять МРТ головного мозга стоя нет необходимости, поскольку стандартный метод визуализации достаточно информативен.