Помимо описанного традиционного метода дуоденального зондирования, в последние годы широко используется 5-фракционный (многомоментный) метод дуоденального зондирования. Он позволяет изучить время выделения отдельных фракций с учетом количества поступающей желчи, темпа ее выделения и последующего тщательного качественного анализа каждой фракции.
Для более точной характеристики состояния системы желчевыделения используют хроматический фракционный метод дуоденального зондирования, за 14-15 мин до проведения которого пациент принимает внутрь краситель - метиленовый синий в желатиновой капсуле. Препарат окрашивает желчь в желчном пузыре в сине-зеленый цвет, что дает возможность более точно дифференцировать пузырную желчь от других.