Это смотря что вам нужно — если хотите работать на корпорации, вас интересуют проекты, связанные с бизнес-логикой, интеграциями и мобильные разработки — выбирайте Java. Выбирая Пайтон, вы, скорее всего, погрузитесь в разработку e-commerce — онлайн-магазинов, сайтов для медиа. Java сложнее, Питон однотипнее, но и универсальнее (в этом он побеждает даже простой PHP). Что бы вы ни выбрали, обоим языкам практичнее обучаться онлайн, чем очно — университетов, дающих актуальные сильные знания по программированию пока мало. Но решать вам.