Как и лучевая терапия фотонами (обычная радиотерапия), протонная терапия чаще всего применяется как часть междисциплинарного протокола лечения, который включает хирургию и химиотерапию. Например, при саркомах протонная терапия применяется до операции (неоадъювантная терапия), особенно при больших опухолях с целью их уменьшения. А также после операции (адъювантная терапия) для уничтожения оставшихся опухолевых клеток в организме. В некоторых случаях возможно однократное облучение опухоли (радиохирургия) вместо хирургического вмешательства. Например, если операцию в связи с противопоказаниями или труднодоступным расположением опухоли выполнить невозможно.
С учетом того, что протонная терапия практически не вызывает побочных эффектов, ее часто проводят одновременно с химиотерапией. Такая возможность есть и в данном протонном центре. Пациенты получают химиотерапию на базе онкологического центра Университетской клиники в Эссене, в который входит и WPE.