Да, каждая отправка оплачивается отдельно. При этом оплачивается доставка и в ППВА, и обратно, даже если фактически отправление будет иметь только одно направление. Надо понимать, что с досылкой документов нередко возникают проблемы, поэтому лучше изначально пересылать все необходимое и в хорошем качестве копий.