Как правило, большинство компаний пользуются мадридской системой и не работают с отдельными национальными заявками. Если компания регистрирует знак хотя бы на 3-4 страны, международная процедура будет дешевле, быстрее и проще нескольких национальных.
Однако бывают такие ситуации, когда использовать процедуру, предусмотренную Мадридским соглашением невыгодно или невозможно. Регистрация товарного знака по процедуре Мадридского соглашения может стать нерациональной тратой времени и денег в том случае, если нужна регистрация товарного знака за рубежом в одной-двух странах. В таком случае может получиться так, что национальные пошлины, если подавать заявку напрямую, в 2-3 раза меньше, чем пошлины ВОИС.
Также в мадридской системе все еще не участвуют некоторые крупные страны. Если среди нужных предпринимателю попадаются такие страны, то приходится подавать отдельно международную заявку на одни страны и отдельно несколько национальных заявок в эти особенные страны.