Риск малигнизации доброкачественных гигантоклеточных опухолей составляет не более 2%. Вероятность подобного сценария повышается на фоне неоднократных рецидивов, а также после предшествующего облучения (как правило, через 5 лет после воздействия радиации). Иногда еще на этапе первичной диагностики опухоли выявляются признаки злокачественного роста.