В обычных обстоятельствах нет необходимости специально чистить пупок, достаточно ежедневного принятия душа или ванны. Дополнительная чистка пупка необходима тем, кто недавно сделал пирсинг, чтобы предотвратить попадание бактерий в ранку. Процедуру чистки можно провести с помощью ватной палочки, смоченной водой, перекисью водорода или маслом для обработки кожи новорожденных. Очищать пупок следует круговыми движениями, не надавливая на палочку слишком сильно.