Развитие амблиопии объясняется нарушением сложного процесса взаимодействия нейронов друг с другом. Такие функциональные расстройства могут начинаться от уровня сенсорных клеток сетчатки и заканчиваться в затылочной коре (высшем центре регуляции зрительной функции).