Ростехнадзором утверждены методики расчета размера оплаты за услуги по проведению ЭПБ. Стоимость определяется индивидуально для каждого заказчика по отдельно взятым объектам. Она складывается из трех составляющих: прямых и накладных расходов, плюс НДС. Расчет производится на дату проведения экспертных работ и согласования сметы. Расходы, в свою очередь, складываются из оплаты труда привлекаемых экспертов, услуг связи, транспортных услуг.
Приказом Ростехнадзора № 97 (от 14.02.2012) устанавливаются предельные размеры стоимости одной ЭПБ.
С 2021 года дополнительно при установлении стоимости проведения ЭПБ для зданий, сооружений и техустройств ориентируются на Методику, разработанную Комитетом ТПП РФ.