В своей работе ГКУ «ГЦЖС» руководствуется Постановлением Правительства Москвы от 04.06.2002 № 411-ПП «Порядок возмещения через Городской центр жилищных субсидий выпадающих доходов жилищных и иных организаций от предоставления льгот по оплате жилищных, коммунальных услуг и услуг связи». Учредителем Городского центра жилищных субсидий является Департамент жилищно-коммунального хозяйства города Москвы на основании постановления Правительства Москвы от 07.03.2017 г. № 81-ПП. Открытие ГКУ состоялось в соответствии с Распоряжением Премьера Правительства Москвы от 30.03.1994 N 557-РП «О создании Городского центра жилищных субсидий».