Принцип работы эхолота основан на ультразвуковой эхолокации – анализе отраженного ультразвукового импульса. Отражение ультразвука возникает на границе сред с разной плотностью, поэтому всегда определяется линия дна, причем эхолот может определять по параметрам отраженного сигнала плотность дна - твердое оно или илистое. Наличие рыбы определяется по отражению сигнала от плавательного пузыря рыбы, ведь там тоже возникает граница сред с разной плотностью – тела рыбы, состоящего по большей части из воды и воздуха в плавательном пузыре. Отраженный сигнал из толщи воды с высокой точностью интерпретируется эхолотом как наличие рыбы.