Поскольку мышечная система человека является единственной в организме, работающей под управлением сознания, методы кинезиологической терапии — это не только воздействие на мышцы, но и опосредовано на разные системы, регулирующие работу всего организма. При интенсивной работе мышц под воздействием рук специалиста генерируются морфиноподобные вещества, обладающие обезболивающим действием. На этом явлении в значительной степени основывается психотерапевтическая кинезиология, лечение непосредственно больного участка (позвоночника, сустава) и соответствующей нервной системы, связанной с этой патологией.