Фонды относятся к такому виду некоммерческих организаций, которые могут быть ликвидированы только в судебном порядке. При этом ликвидация возможна как в добровольном порядке, так и принудительном. То есть инициатором ликвидации могут выступить государственные органы (при грубом нарушении Фондом законодательства) либо учредители Фонда / уполномоченные органы управления (когда уставные цели достигнуты или их невозможно достичь). Заявление подается в суд общей юрисдикции по месту нахождения Фонда.