Независимо от количества счетов, предприниматель ведет деятельность по основной системе налогообложения. Книга доходов и расходов формируется из всех поступлений и расходов по этому направлению бизнеса. В случае дополнительного вида деятельности ИП с использованием спец режима(например Патент), ИП обязан вести раздельный учет по Патентной системе налогообложения и по УСН. Соответственно две книги доходов и расходов. Декларация УСН всегда одна и включает доходы или доходы и расходы только УСН. По Патенту отчетность отсутствует.