Главная монастырская церковь Сурб Аствацацин (Св. Богородицы) построена в 1281 году. В XII—XIII веках к церкви был пристроен притвор. Монастырь Агарцин принадлежал к числу обителей Армении, разрушенных и разоренных в период нашествий турок-сельджуков во второй половине XI столетия. Со второй половины XII в., когда в северной Армении возродилась политическая жизнь армянских феодалов под эгидой грузинских Багратидов, разоренная страна стала быстро восстанавливаться. В первую очередь занимались монастырями.