Несмотря на долгое отсутствие, мобилизованный все равно остается вашим работником. Исключать его из табеля нельзя. Пока его нет на работе, указывайте в бумажном табеле или в документе, который ведете в 1С ЗУП, значение «ПТД», «ПД» или ваше собственное.