Нет. Когда Adblock Plus проверяет адрес на факт нахождения его в ваших фильтрах, расширение само выбирает лучший порядок, в котором фильтры будут тестированы. Большинство фильтров даже не будут замечены. Порядок фильтров в диалоге настроек присутствует лишь для вашего удобства, и он не влияет на производительность.