Конечно "из"! Примеры: из суда, из налоговой, из школы, из бани... От мамы, от деда, от учителя, от президента... "Из" - из определённого места, "от" - от личности. Контекста не хватает. В целом в разных ситуациях возможно и так и эдак, но в деловой переписке более вероятен случай "от". Прежде всего. Министерство скорее всего здесь выступает как юридическое лицо, поэтому довод, что "от" бывает только от конкретного лица, в общем-то снимается.