Раньше риск чаще всего связывали с заражением пациента инфекцией. Сейчас технологии очистки и подготовки донорских стволовых клеток настолько совершенны, что риск заражения практически сведен к нулю. Обычно клетки прекрасно приживаются, начинают самостоятельно размножаться в организме пациента и через несколько недель формируют полноценный костный мозг.