Если вы хотите узнать разницу между ними в деталях, мы можем точно написать об этом книгу. Но коротко, 70% серверов базируются на Linux из-за его безопасности, стабильности и низкого потребления аппаратных ресурсов. Windows – отличный выбор, если у вас есть проекты, созданные на ASP.NET, или вам нужно настроить IIS или вам нужно иметь удаленный виртуальный рабочий стол для рабочих целей через RDP. Для всех других проектов используйте Linux, такие как Debian, CentOS, Ubuntu и т.д.