Колоноскопия не принесёт вреда, если проводится высококвалифицированным врачом-эндоскопистом. Осложнения выявляются в редких случаях, если процедура была проведена неправильно или пациентом не были в полной мере соблюдены правила подготовки. После колоноскопии возможно ощущение дискомфорта, повышенное газообразование.