Как и любая операция, селективная дорсальная ризотомия может иметь побочные эффекты. Они бывают нечасто, это единичные случаи. Это может быть паралич ног, мочевого пузыря, потеря чувствительности конечности, инфицирование операционной раны, менингит и утечка спинномозговой жидкости. Это грозные осложнения, но встречаются они крайне редко.