Да. Могут. Дело в том, что «Корзина» для хранения удаленных файлов использует пространство жесткого диска, а не какой-то изолированный участок памяти. Соответственно, файлы, находящиеся в «Корзине», могут взаимодействовать с другими компонентами операционной системы без особых проблем. Поэтому настоятельно рекомендуется использовать антивирус.