Когда лечение не проводится, поликистоз яичников прогрессирует. Из-за повышенного уровня эстрогенов растет вероятность развития гиперплазии эндометрия, рака эндометрия, онкологических заболеваний яичников и молочных желез. Также гормональный дисбаланс и нарушение функций яичников часто приводят к бесплодию. Если наступает беременность, может повышаться риск выкидыша и преждевременных родов.
Рост уровня эстрогенов, ЛГ, андрогенов, фолликулостимулирующего гормона, тиреотропного гормона и пролактина может отрицательно повлиять на состояние других органов и систем. Нарушения жирового обмена приводят к ожирению, дислипидемии, атеросклерозу, скачкам давления и развитию гипертонической болезни. Могут возникать заболевания сердечнососудистой системы — ИБС, тромбофлебит, инсульт, тромбоэмболия. Также возрастает риск развития сахарного диабета 2 типа.