Наиболее сложными для проведения автороведческой экспертизы являются тексты, принадлежащие к официально-деловому и научному стилям речи. Для научного стиля свойственно использование специфической лексики, определённых синтаксических структур, некоторых особенностей изложения и представления материала, организации текста. Для официально-делового стиля характерна высокая степень унифицированности текста, использование стандартизированных синтаксических конструкций, лексических единиц и их сочетаний, употребление определённых клише. Все эти черты осложняют исследование текста в рамках автороведческой экспертизы, так как индивидуально-речевые особенности автора проявляются в таких текстах в минимальной степени.
Также сложности для автороведческой экспертизы представляет анализ текстов, подвергающихся редактированию и корректорской правке при их публикации. Это касается текстов художественных произведений, публицистических и некоторых других текстов.