Злокачественная тимома начальных стадий хорошо поддается хирургическому удалению и стереотаксической радиохирургии. После таких методов пятилетняя выживаемость пациентов составляет 80%. Самый неблагоприятный прогноз наблюдается у онкобольных с неоперабельными формами рака тимуса четвертой стадии.