Разница заключается в том, что Аналитика предоставляет статистику о посещении и взаимодействии пользователя непосредственно НА сайте, а GSC -- в результатах выдачи поисковой системы, то есть ДО того, как пользователь перешел на сайт. Таким образом, оба сервиса дополняют друг друга и позволяют проанализировать полную картину взаимодействия -- начиная с поиска Google и заканчивая вашим сайтом.