Медицине еще не известны способы лечения ВПЧ, которые могли бы полностью излечить человека от вируса. Лечение, на данном этапе, направлено на повышение иммунитета (чтобы минимизировать визуальные проявления) и на устранение последствий действия вируса (бородавки, папилломы и другие клеточные изменения). Для устранения последствий, чаще всего, используют: хирургическое удаление, электрокоагуляцию, криодеструкцию, лазерную коагуляцию и радиохирургию. Лечением ВПЧ у мужчин занимается уролог (при появлении ВПЧ-признаков на половых органах) и дерматовенеролог.