В районный или городской суд по месту нахождения организации, либо по месту регистрации индивидуального предпринимателя. Если вы были трудоустроены в филиале компании, то вы вправе обратиться в районный или городской суд как по месту регистрации филиала, так и по месту регистрации головного офиса.