Способы защиты СКУД зависят от составляющих системы, в основном от контроллеров и терминалов доступа. Если используется автономный контроллер доступа, например, Z-5R, то необходимо обеспечить физическую защиту устройства от внешнего несанкционированного доступа и резервное электропитание. Для сетевых терминалов и контроллеров доступа необходимо также обеспечить сетевую защиту. Для защиты СКУД от доступа по поддельным карточкам необходимо использовать некопируемые или сложно-копируемые карты доступа. Защита считывания биометрических данных обеспечивается алгоритмами распознавания, заложенными в устройствах, например, терминалы с распознаванием лиц ZKTeco Speedface или Horus защищены с помощью антспуфинговых алгоритмов, которые исключают ложное распознавание с фотографии или с видео.