Несмотря на вышеописанные преимущества, переход на ЕНВД может не оказаться выгодным для всех бизнесов. Например, предприятия, имеющие высокие затраты на производство, могут столкнуться с трудностями при установлении фиксированного налога. Кроме того, ЕНВД не позволяет списывать НДС с закупок, что также является недостатком для некоторых видов деятельности.