Одной из главных проблем при осуществлении муниципального контроля является нехватка квалифицированных специалистов и недостаток финансирования. В свою очередь, это может повлиять на эффективность контроля и нарушение правил проведения проверок. Также возможны случаи коррупции и незаконного влияния на работу контрольных органов.