Если ваш сотрудник имеет статус самозанятого, но работает на вашем предприятии по трудовому договору, то его статус здесь ни при чем. На него распространяются те же правила, что и на других работников. Фиксированную заработную плату меньше МРОТ за полностью отработанный месяц устанавливать нельзя.
Если же вы привлекли самозанятого по договору ГПХ, то речь идет не о заработной плате, а о вознаграждении по договору. Сумма не зависит от МРОТ.