НИПС отличается от НИПТ Панорама методикой исследования. Этот тест основан на методе подсчёта: он анализирует суммарно все обнаруженные в образце крови фрагменты ДНК, не отличая материнские от плодных, что влияет на информативность анализа.
Кроме того, НИПС не выявляет у плода триплоидии, не показывает, являются ли близнецы однояйцевыми или разнояйцевыми, и неспособен определить пол каждого плода из двойни.
Также НИПС может проводиться только с 10 полных недель беременности, в то время как НИПТ Панорама доступен раньше — уже с 9 полных недель.