L-карнитин полностью безопасен. Добавление его в детские питательные смеси и заменители грудного молока тому подтверждение. После употребления соединения усиливается жажда. Но этот признак не страшен; он информирует о начале липолиза.
Вещество не вызывает побочных эффектов даже при превышении рекомендуемой суточной дозы в несколько десятков раз, так как все его излишки сразу выводятся из организма. При разовом приеме более 15000 мг левокарнитина возможно возникновение диареи, регулярном – появление рыбного запаха изо рта. После отмены препарата симптомы исчезают.