Не леченный конъюнктивит даёт осложнения на роговицу, веки. Постепенно поражение может достигнуть сосудистых структур глаза, привести к появлению рубцов. Отказ от лечения приводит к хроническому состоянию, когда коньюктивит возникает по несколько раз в году без причин. Невылеченный конъюнктивит может привести к язве роговице, а то и вовсе к потере глаза.