Пойти в Управление по вопросам миграции и сказать, что пребывание в России просрочено, объяснить суть проблемы. За незначительное нарушение сроков (до 90 дней) вам выпишут штраф. Его нужно оплатить и показать квитанцию при выезде из России вместе с миграционной картой.