Да, кроме подписей предназначенных для таможенного оформления и ЕГАИС. После копирования контейнер с подписью нельзя переименовывать. Чтобы он был виден в СКЗИ, он должен быть сохранен "в корень" носителя. В то же время, в целях обеспечения безопасности не рекомендуется копировать ЭП на незащищенные носители.