Стыки лотков обрабатывать чем-либо нет необходимости. Водоотводные лотки устроены по принципу "папа-мама", то есть имеют пазы и вставляются друг в друга, при этом получается непрерывная линия.
Но если все же вы считаете необходимым обработку швов, то сделать это можно обычным герметиком.