Да, ФНС может присвоить статус налогового резидента принудительно, если сможет довести что иностранная компания управляется из РФ (место управление находится в России). Особое внимание в подобных вопросах, фискальная служба уделяет во время анализа деятельности филиалов и обособленных подразделений иностранных компаний.