6-НДФЛ по обособленным структурам сдают отдельными расчетами по месту регистрации каждого подразделения компании. Если место нахождения головной организации и ее обособленных подразделений — территория одного муниципального образования либо если обособленные подразделения находятся на территории одного муниципального образования, то 6-НДФЛ представляют в налоговый орган по месту учета одного из этих обособленных подразделений, выбранному компанией  самостоятельно, или по месту нахождения головной организации. О выборе налогового органа необходимо заявить до начала налогового периода по специальной форме (абзац 7 п.2. ст.230 НК РФ).