Разница в степени сжатия: MP3 подвергается довольно сильному кодированию, вследствие чего теряются некоторые звуковые аспекты, и общая картина звучания становится немного уже. Сжатие FLAC позволяет сохранить полноценное звучание композиции, однако итоговый вес оказывается во много раз больше, чем у MP3.