Сделать это можно с помощью панели управления. Зайдите в «Файл менеджер» и в строке «Текущая папка/файл» нажмите на имя домена. Перейдите в папку «/subdomains/имя_поддомена/httpdocs». Там вы увидите каталог нужного поддомена и сможете загрузить необходимые файлы.