Решение принимается внутри организации. Если в уставе или внутренних документах организации (например, приказах) не установлена необходимость применения МЧД, то использовать не надо. В случае с кадровым ЭДО, если со стороны работодателя документы подписывает его представитель, МЧД необходима.