Главное негативное последствие удаления кисты слюнной железы – возможность ранения ветвей лицевого нерва, что чревато развитием паралича лицевых мимических мышц. При некачественно проведенной операции по удалению кисты слюнной железы она может появиться снова. При несвоевременном лечении кисты есть опасность присоединения инфекции и возникновения гнойного абсцесса, флегмоны.