Нет, не исчезнут! Ссылки, которые вы создаете, остаются в постах. Все ваши ссылки останутся активными, даже если вы деактивируете или удалите плагин. Другими словами, они похожи на ссылки, которые вы создаете вручную - они существуют, пока вы их не удалите.