Помимо преимуществ, когнитивно-поведенческая терапия имеет и некоторые ограничения. Данные упражнения работают только на когнитивном и поведенческом уровнях и бесполезны при работе с бессознательными конфликтами. На успех большое влияние оказывает дисциплинированность и мотивация человека. Интровертам, для которых характерен глубокий самоанализ, упражнения КПТ не подходят.