Разницы в учёте нет. Если цена доставки входит в стоимость ГП или товара, все затраты будут собираться на 41 счёте и списываться в дебет счёта 90. Если цена доставки выделена, то затраты по доставке ГП или товара отразятся на 44 счёте и спишутся в дебет счёта 90.