Есть два распространенных варианта использования FTP-бэкапа:
1. Для Серверов без забот
В панели Plesk 12 вашего Сервера без забот или тарифа Супер Сайт вы можете легко настроить регулярное автоматическое резервное копирование нужных данных по FTP-протоколу.
2. Для тарифов Root server без панели Plesk 12
Вы можете использовать собственные скрипты для автоматизации процесса, либо выполнять резервное копирование вручную, по своему усмотрению.