По умолчанию все письма от ФНС направляются по адресу последнего взаимодействия (т.е. в ту конфигурацию, из которой отправлен последний отчет). Для того, чтобы документы от налогового органа приходили только в «1С: Бухгалтерия предприятия», нужно из данной конфигурации сформировать и отправить «Уведомление о получателе документов». Для этого необходимо зайти на вкладку «Уведомления» сервиса «1С:Отчетность» («Отчеты»-«Регламентированные отчеты»-«Уведомления»), нажать кнопку «Сформировать» и выбрать «Уведомление о получателе документов». (Рис. 1)
Рис. 1
В открывшейся форме нужно выбрать организацию и налоговый орган, если организация взаимодействует с несколькими ФНС, уведомление формируется и отправляется в каждую из них. (Рис. 2)
Рис. 2
Обратите внимание, при смене руководителя (представителя) организации, уведомление придется формировать вновь.