Это информационная система, в которой автоматизировали процессы ветеринарной сертификации. Сертификаты нужно оформлять на каждом этапе производства животноводческой продукции, начиная с момента выращивания животных, и заканчивая розничной продажей. Так государство отслеживает оборачиваемость и качество мяса и рыбы, молока и яиц, этапы ее перемещения по территории РФ, переход права собственности. С помощью системы «Меркурий» для ИП выстраивается целая цепочка электронных сертификатов, по которым смотрят историю происхождения продукции и этапы работы с ней.