Гастроскопия во сне осуществляется под легким наркозом, который устраняет чувства страха и нервозности и прочие негативные ощущения от процедуры. Осложнения от седации возникают крайне редко. Намного реже используется общая анестезия, при которой пациент погружается в глубокий сон. При этом используется искусственная вентиляция легких. Эта процедура считается опасной и может проводиться по неотложным показаниям – например, при прободной язве желудка.