Для любой анимации лучшим решением будет использование изображений одного размера, так вы сможете контролировать процесс самостоятельно и получите ожидаемый результат. Если у вас нет возможности привести все кадры к одному размеру самостоятельно, то скрипт на сервере поступит таким образом: каждому кадру будет установлен заданный размер так, чтобы не оставалось полей и после этого каждый кадр будет обрезан до указанной высоты и ширины. Таким образом потеряются края некоторых изображений (которые имеют разное соотношение сторон - высоту/ширину), но центр останется полностью.