У 2-3% детей с ротавирусным гастроэнтеритом возникают неврологические осложнения. Судороги являются наиболее распространенным проявлением. Реже ротавирус может вызвать острую энцефалопатию или энцефалит. Встречаются также и летальные исходы — при тяжелом течении заболевания.