Под местной химиотерапией подразумевается применение цитостатических препаратов в виде мазей либо аппликаций. В Израиле в лечении рака влагалища местная химиотерапия используется только при неинвазивных формах заболевания. В частности, на область поражения наносят 5-фоторурациловую мазь.