Использовать такие дополнительные виды начислений вместо "настоящего" оклада только из-за другого способа отражения в бухучете не совсем корректно, т.к. у видов начислений есть служебный реквизит "Категория начисления или оплаченного времени", который для "настоящего" оклада принимает значение "повременная оплата труда". У произвольно добавленных видов начислений он всегда заполняется как "Прочее". Значение этого реквизита учитывается в разных алгоритмах, когда нужно определить отработанное время, например, при расчете среднего заработка, формировании табеля и т.п. Поэтому неправильная настройка вида начисления будет приводить к некорректным результатам таких расчетов.
Если у сотрудника оплата по окладу отражается в бухучете иным способом, чем задано в самом виде начисления, то нужно в карточке этого сотрудника задать необходимый способ отражения по гиперссылке "Учет расходов".
В БП отработанное время может быть зафиксировано только по одному виду начисления - Оплата по окладу.
Это одно из ограничений зарплатной подсистемы в БП.