Фамилия Маргалит произошла от ивритского слова маргалит, которое означает изумруд, драгоценный камень. Естъ также женское имя Маргалит. Скорее всего, эта фамилия - сефардская.
Читайте также: Сефардские фамилии, Сефардская традиция