Если банк корреспондент удержал комиссию, мы сами это отразим. Отдельную СПД на комиссию заполнять не нужно.
Чтобы снизить вероятность снятия комиссии, попросите контрагента при отправке платежа указать реквизиты нашего банка-корреспондента.