Учет уплаченного водного налога должен вестись в соответствии с действующим законодательством и налоговым кодексом Российской Федерации. Налогоплательщик обязан вести учет всех расходов и доходов, связанных с использованием водных ресурсов, предоставлять налоговые декларации и своевременно уплачивать налоги.