Скорее всего, на сайте неправильно установлен счетчик Яндекса. Обычная причина – отсутствие кода, обрамленного тегами «noscript» или отсутствие самих этих тегов.
Также невозможно определить источник перехода, если пользователь отключил обработку файлов cookie в своем браузере и зашел на сайт через анонимный прокси-сервер.