Здравствуйте. По Вашему вопросу можем сообщить следующее.
Согласно п. 36 ст. 217 НК РФ не подлежат налогообложению (освобождаются от налогообложения) налогом на доходы физических лиц суммы выплат на приобретение и (или) строительство жилого помещения, предоставленные за счет средств федерального бюджета, бюджетов субъектов Российской Федерации и местных бюджетов.
Следовательно, полученная Вами из того или иного бюджета субсидия не облагается НДФЛ.
Однако согласно п. 5 ст. 220 НК РФ имущественные налоговые вычеты (вычеты на приобретение жилья) не предоставляются в части расходов налогоплательщика на новое строительство либо приобретение на территории Российской Федерации жилого дома, квартиры, комнаты или доли (долей) в них, покрываемых за счет средств работодателей или иных лиц, средств материнского (семейного) капитала, направляемых на обеспечение реализации дополнительных мер государственной поддержки семей, имеющих детей, за счет выплат, предоставленных из средств бюджетов бюджетной системы Российской Федерации.
Иными словами, налогоплательщик не вправе воспользоваться имущественными налоговыми вычетами в части расходов на строительство (приобретение) жилья, осуществленных за счет средств работодателей или иных лиц, средств материнского (семейного) капитала, а также средств, предоставленных из бюджетов бюджетной системы РФ.
В связи с этим налоговые органы разъясняли, что в случае приобретения имущества с привлечением бюджетных средств или средств материнского капитала вычет можно заявить, но только в сумме израсходованных собственных средств (Письма Минфина России от 14.03.2013 N 03-04-05/5-229, от 03.07.2012 N 03-04-05/3-828 (п. 2), от 26.03.2012 N 03-04-08/7-59 (доведено до сведения налоговых органов Письмом ФНС России от 05.04.2012 N ЕД-4-3/5716@), от 16.12.2011 N 03-04-05/5-1056, от 05.10.2010 N 03-04-05/9-593, от 03.02.2010 N 03-04-05/7-30, УФНС России по г. Москве от 24.12.2008 N 18-14/4/120477).
Если же жилье приобретено исключительно на средства субсидии, полученной из бюджета бюджетной системы РФ, то у налогоплательщика нет права на налоговый вычет, что подтверждается Письмом Минфина РФ от 21.02.2008 N 03-04-05-01/45 и Письмом Минфина России от 05.04.2012 N 03-04-05/7-452.
Таким образом, имущественный налоговый вычет в сумме расходов на приобретение квартиры, произведенных за счет средств субсидии, не может быть предоставлен.