Специалисты, выполняющие ПНР, часто допускают неправильную настройку оборудования, не всегда чётко соблюдают последовательность действий, совершают другие ошибки, в том числе связанные с недостаточной квалификацией и опытом. Сбои в процессе пусконаладки могут также возникать из-за форс-мажорных обстоятельств, например, отключения электроснабжения.