Нарушение условий применения ЕСХН может иметь негативные последствия для индивидуального предпринимателя. В частности, в случае нарушения условий, ИП может быть исключен из реестра плательщиков ЕСХН и переведен на другой налоговый режим, например, на УСН или ОСНО. Также ИП может быть подвергнут финансовым санкциям, вплоть до штрафов и налоговых споров с налоговыми органами.