Сразу после вскрытия заводской упаковки крупу лучше переложить в стеклянную или керамическую тару с хорошо закрывающейся крышкой либо в герметичный пакет. Киноа не любит сырость и солнечный свет: от влаги крупа быстро портится, а под воздействием света начинает горчить. Поэтому хранить зерновую культуру рекомендуется в плотно закрытой ёмкости в тёмном, сухом и прохладном месте. Если в помещении слишком жарко, лучше положить крупу в холодильник. Чтобы определить степень свежести продукта, достаточно понюхать его: испорченная крупа имеет затхлый, прогорклый запах, в то время как запах свежего киноа чем-то напоминает орех. При правильном хранении срок годности киноа составляет от 6 до 12 месяцев.