Никаких противоречий/накладок не возникает, можно отправить только 1. Согласно регламенту, обмен по каждому документу проводится отдельно.
Но нужно понимать, что чем крупнее контрагент/наша организация, тем выше шанс наличия соглашения о том, что документы принимаются только полным комплектом и в случае возникновения споров можно сослаться на это соглашение.