Создатели система ЕБС учли возможные трудности и опасности, поэтому не стали делать привязку данных к СНИЛС и паспортным данным. Для создания максимально надежных условий хранения информации была создана современная система шифрования, которая получила сертификат ФСБ и ФСТЭК. Передача данных осуществляется по защищенным каналам связи. Проверка изображений и голоса происходит по многочисленным критериям. Согласно заявлением Ростелекома, вероятность возникновения ошибки равна 1 на 10 000 000.
И хотя современная техника дает возможность подделать голос и внешность, система ЕБС используют дополнительные методы распознания личности. Так, например, система учитывает особенности мимики, выражение лица, под каким наклоном стоит веб-камера, голосовую интонацию и ряд других параметров, которые сложно подделать специалистам. В некоторых ситуациях может запрашиваться дополнительная информация, например, контрольное слово.
Чтобы максимально обезопасить персональную информацию, кроме биометрики рекомендуется использовать дополнительные способы защиты, например PIN-код, одноразовые пароли. Некоторые банки совместно с ЕСИА разрабатывают комбинированные варианты защиты персональной информации. В результате это помогает создать оптимальную защиту от злоумышленников.