Главное отличие заключается в более лёгкой обработке поверхности, на которую был нанесен акриловый герметик. Швы можно окрашивать, а при необходимости провести локальное обновление для восстановления. На силиконовый герметик краска ложится плохо. После нанесения шов сложнее обработать – при необходимости замены участка повредится всё соединение.
Другое отличие затрагивает технические характеристики материала. За счет состава силиконовые герметики более эластичны акриловых и при полимеризации дают меньшую усадку. Также силиконовые составы лучше выдерживают атмосферные воздействия, не теряя свойств при сильных морозах или жаре.