Если квартира была приобретена в браке по программе военной ипотеки, это ваша совместно нажитая собственность. Значит, жена как совладелица вправе жить и быть прописанной в этой квартире. Ситуация вряд ли устроит вас обоих, поэтому вам стоит договориться о комфортном варианте раздела имущества.