Во первых – SEO продвижение – комплексный и достаточно долгий процесс, в отличие от PPC (pay per click) рекламы, которая работает моментально. Во вторых- структуру будущего сайта, как корпоративного, так и интернет-магазина лучше выстраивать , когда семантическое ядро сайта уже готово (набор ключевых запросов по тематике вашего сайта), так структура вашего сайта изначально будет SEO-оптимизирована под запросы клиентов, и не нужны будут болезненные перестроения категорий и страниц в будущем. При этом SEO – это долгоиграющая история, например если вы прекратили платить за рекламу – поток клиентов прекратился, SEO будет работать на ваш сайт пока он работает!