ИМСИ иногда проводится перед ИКСИ. При ИМСИ сперматозоиды отбираются по морфологическим показателям с использованием микроскопа с сильным увеличением (400-600 раз). Показанием для ИМСИ являются серьезные нарушения качества сперматозоидов (низкие показатели подвижности и морфологии).