Как правило, кисты удаляют хирургически с помощью цистэктомии (удаление кисты с резекцией верхушки корня). Полость после удаления кисты заполняются костным материалом с целью костной регенерации.
Гранулемы и кистогранулемы, предшествующие развитию кисты и отличающиеся меньшим размером, как правило, лечатся терапевтически у эндодонта под микроскопом.