Пеня представляет собой сумму, подлежащую уплате за просрочку перечисления налога или неполную его уплату. Исчисляют пени со дня, следующего за днем, который установлен крайним для уплаты налога, и по день оплаты недоимки включительно. При этом сумма пеней, начисленных на недоимку, не может превышать размер этой недоимки.
Рассчитать сумму пеней вам  поможет наш калькулятор.
Платежное поручение заполняйте по общим правилам в зависимости от того, как вы уплачиваете пени: добровольно, по требованию инспекции или по акту налоговой проверки.
В любом из этих случаев в платежке в поле 104 укажите КБК:
для УСН «Доходы минус расзоды» - 182 1 05 01021 01 2100 110;
для УСН «Доходы» - 182 1 05 01011 01 2100 110.
Подробнее о КБК для уплаты пеней по УСН, чтайте здесь.