В типичных случаях форматирования, файлы удаляются с диска, а диск проверяется на наличие поврежденных секторов. Полное форматирование будет полезно для диагностики ошибок записи.
При быстром форматировании удаляются только файлы, а поиск не осуществляется. Поэтому используйте быстрый вариант, если у вас нет времени на проверку ошибок флешки.