Это зависит от вида судопроизводства, в рамках которого она назначается. В гражданском, арбитражном процессе, в рамках КоАП РФ экспертиза может проводиться в государственном учреждении (экспертно-криминалистические центры МВД, бюро СМЭ, ЦСЭ Минюста России и другие), в негосударственной экспертной организации либо конкретным экспертом. На деятельность лиц, которые не являются государственными экспертами, в этом случае будут распространяться положения Закона № 73-ФЗ, перечисленные в статье 41 этого нормативного акта.
В рамках уголовного судопроизводства проведение экспертизы может быть поручено негосударственной организации, только если её проведение в государственном учреждении невозможно. Экспертизы по уголовным делам вправе проводить автономные некоммерческие организации и другие НКО, у которых этот вид деятельности закреплён в уставе.