Скрипт должен быть на каждой странице. При этом код генерируется для сайта только один раз, а потом копируется.
На практике Пиксель Фейсбук на сайт можно добавить один раз в шапку перед закрывающим тегом . Некоторые вебмастеры и программисты рекомендуют вписывать не в шапку, а в само тело страницы (вставлять перед закрывающим тегом между тегами и ). Так исключается вероятность ошибок.