Здравницы курорта принимают на лечение и реабилитацию людей с заболеваниями пищеварительной системы, в частности, связанными с повышенной кислотностью, такими как гастрит, язвенная болезнь желудка и двенадцатиперстной кишки, дуоденит, а также патологиями печени и желчевыводящих путей (желчнокаменной болезнью, холециститом).
Санатории Шаяна, кроме того, специализируются на лечении заболеваний мочевыделительной системы, прежде всего мочекаменной болезни, органов дыхания, опорно-двигательного аппарата, расстройств нервной системы, сахарного диабета; здесь также помогают восстановиться после оперативных вмешательств и травм.