Хотя ферментативная обработка предлагает множество преимуществ, существуют определенные ограничения и проблемы, которые следует учитывать. Ферменты могут быть чувствительны к условиям окружающей среды, что требует тщательного контроля таких факторов, как температура и pH. Высокая стоимость производства и очистки ферментов также может стать проблемой, особенно для крупномасштабного промышленного применения. Кроме того, некоторые реакции могут иметь низкую скорость конверсии или требовать многостадийных ферментативных процессов, что может ограничивать эффективность.