При хроническом колите симптомы не всегда очевидны. Обычно они связаны с едой, физической активностью и эмоциональным стрессом, обострением других заболеваний. Характерны ноющие боли, диарея, вздутие и метеоризм. Между обострениями ощущения могут уменьшаться или исчезать. Чередование запоров с диареей также типично для хронического колита. Возможны потеря веса, развитие авитаминоза, снижение иммунитета, хотя эти последствия не неизбежны.