Марса Алам, как и другие курорты Египта, подвержен влиянию ветров. Ветреные дни здесь бывают на протяжении всего года, но в определенные месяцы ветер может доставлять отдыхающим некоторый дискомфорт. С декабря по конец февраля здесь часты сильные холодные ветра со шквалистыми порывами. Начиная с первых дней марта и до конца апреля периодически налетает хамсин, приносящий жаркий воздух из пустыни. Иногда его сопровождают песчаные бури.