Если говорить об уровне анонимизации, то они схожи — что МТПрото, что ВПН шифруют передаваемые данные и скрывают физический адрес, а также IP. Однако ВПН — это расширение, программа или приложение, через которое шифруют вообще весь трафик и получают доступ к заблокированным сайтам, социальным сетям и другим ресурсам. MTProto заточен только под мобильную версию телеграм.