Процедура закрытия ИП как с долгами, так и без — идентичны. Отличие только в том, что все долги после закрытия ИП переходят на гражданина который больше не ведет свою деятельность. Получается, вы сначала регистрируете закрытие ИП, а уже после этого погашаете задолженность или подаете на банкротство физлица.