По факту надо вскрывать внешнее покрытие и формировать его заново. И, как в любой другой кровле, тут правильно интегрировать новый элемент в кровельный пирог, чтобы не было протечек!
Аэраторы и проходки можно ставить, не снимая внешний слой кровли, прямо на гонт.