Для снятия подтверждения выплаты в зарплате по ведомости необходимо в документе "Ведомость на выплату" перейти по следующему пути:
Выплаты - НДФЛ - ссылка Подтверждение выплаты - Ещё - Отменить проведение.
После этого ведомость будет доступна к редактированию.