Фамилия Зимоненко произошла от еврейского мужского имени Шимон (Семён по-русски). Окончание -енко обозначает принадлежность. Соответственно, Зимоненко переводится как сын Шимона. Шимон в Торе был сыном Яакова и родоначальником одного из двенадцати колен Израиля.
Читайте также: Фамилии, образованные от имени отца или матери, Колена Израиля