Причин может быть несколько:
расхождение в адресах продавца, указанных в госреестре товарных знаков и ЕГРЮЛ;
отсутствие в заявлении контактов для переписки прежнего и будущего владельца;
неуплата госпошлины или ее неверная сумма;
неправильное оформление договора (отсутствие нумерации страниц, подписей, печатей и т. д.);
заключение договора с физическим лицом (правообладателем может стать юрлицо или ИП, а с недавнего времени и физическое лицо);
наличие обременения на товарный знак (арест, залог).