Обычно решения об отказе в выдаче лицензии принимаются еще на стадии прохождения экспертизы документов, обосновывающих деятельность, когда экспертная организация выявляет несоответствия соискателя лицензионным требованиям, а также при проведении выездной проверки инспекторами территориального управления Ростехнадзора. Чаще всего причинами для отказа становятся искаженные или ложные сведения в документах, недостаточные меры по обеспечению радиационной безопасности, отсутствие сертифицированной системы менеджмента качества.