Менять листинг можно только в случае, если изменились владельцы. Если в код программы внесены значительные изменения, то это уже не тот же самый экземпляр, который Роспатент взял на хранение. Поэтому новую версию или добавленные модули надо оформлять отдельно и получать новое свидетельство.