Киста и грануляционное образование имеют множество отличий, к которым относят разные: структуры; размеры; клинические симптомы; диагностические признаки; изменения в окружающих тканях. Структурно опухоль представляет собой плотное образование из грануляционной ткани, а киста – замкнутая полость, размеры которой составляют не менее 0,5-1 см, что крупнее оппонента. Гранулематозное воспаление чаще сопровождается болевым синдромом и нагноением, что легко выявить при субъективном осмотре. Киста у корня приводит к патологической подвижности зубной единицы. Окружающая слизистая у кистозного образования обычно не изменена, в случае разрастания грануляционной ткани они гиперемирована и отечна.