Да, металл ржавеет. Но дополнительное покрытие цинком увеличивает сопротивление к ржавчине. Качественный профнастил ржавеет, только если вместе с верхним полимерным покрытием повреждён ещё и слой цинка, а мелкие царапины ему не страшны.