Eficientizare sau haos – Principalul avantaj al sistemului e-Factura va fi ușurarea procesului de emitere – recepție a facturilor prin automatizare. Operatorii economici vor câștiga timp prin sistemele automatizate de emitere și recepție a facturilor, dacă își vor pune la punct sistemul informatic. Nu va mai trebui să tipărească și să livreze facturile fiscale în varianta tipărită, și vor putea să importe facturile primite automat în programele de contabilitate reducând semnificativ volumul de lucru. De exemplu, operatorii economici care gestionează stocuri de marfă vor putea introduce NIR-urile automat în programele de gestiune, evitând erorile umane și procesele repetitive. Bineînțeles condiția principală este ca sistemul să funcționeze bine, în caz contrar se va obține exact opusul, adică un haos fiscal. Lupta împotriva evaziunii fiscale și potențialul pericol asupra drepturilor și libertăților noastre – Se elimină posibilitatea utilizării facturilor false sau duplicat. Practic, fiecare tranzacție este înregistrată în mod unic, ceea ce constituie un avantaj indiscutabil. Evazioniștii nu vor fi afectați în mod direct deoarece aceștia nu emit facturi, așa că nu au ce încărca în sistem. Probabil se țintește la identificarea acestora în mod indirect, urmărind lanțul de aprovizionare sau modul de cheltuire a banilor. Ministerul Finanțelor Publice și implicit și cei de la ANAF vor avea o vizibilitate totală asupra bunurilor și serviciilor din economie, acest lucru putând fi și un dezavantaj major asupra drepturilor și libertăților noastre individuale dacă nu se oferă niște garanții reale asupra modului de utilizare și transmitere a datelor. Practic, prin acest sistem se va crea cea mai importantă bază de date din țara noastră la care foarte mulți vor dori acces. Divulgarea sau folosirea datelor în mod necorespunzător poate avea efecte grave asupra pieței libere din țara noastră. Costuri – Pentru companiile medii și mari se vor diminua costurile prin implementarea sistemului e-Factura (hârtie/toner/depozitare), în schimb pentru multe companii mici, PFA-uri, cabinete individuale se vor adăuga niște costuri suplimentare (licența program facturare / semnătură electronică / servicii informatice) Mediu – Impact favorabil asupra mediului prin eliminarea facturilor în format fizic.