Flixbus pune la dispoziția clienților mai multe opțiuni de plată, dar în funcție de locul de rezervare, deoarece clientul poate plăti atunci când face rezervarea online folosind PayPal și, de asemenea, carduri de credit precum Visa, MasterCard și Amex, în plus față de iDeal, Postfinance, Carte Bleue, Dotpay, Google Pay și Apple Pay. În cazul rezervărilor prin intermediul agențiilor de turism sau al punctelor de vânzare, plata poate fi efectuată în numerar sau prin oricare dintre metodele anterioare, cu condiția ca punctele de vânzare sau agențiile de turism să le pună la dispoziție. La rezervarea unui bilet la bordul autobuzului, plata se face în numerar.