Tratamentul este prescris în funcție de cauza endocarditei. Examenul clinic urmate de testele de diagnostic depistează cauza endocarditei. Investigatiile de laborator includ analiza markerilor inflamației și analiza microbiologică a sângelui pentru depistarea agenților patogeni din sânge. Examenul CT, RMN, ecografia cardiacă sunt investigații utile pentru diagnosticul endocarditei. Tratamentul endocarditei poate fi bazat pe antibiotice care au rolul de a distruge bacteriile cauzatoare de endocardită. Tratamentul chirurgical este folosit la aproximativ jumătate dintre pacienții cu endocardită, din cauza complicațiilor apărute. Chirurgia este folosită pentru o listă lungă de complicații apărute la nivelul inimii. Spre exemplu, aceasta este utilă pentru corectarea valvelor cardiace afectate. Tratamentul intervențional minim-invaziv poate fi folosit uneori în locul celui chirurgical, pentru corectarea sau înlocuirea valvelor cardiace. Metoda este ghidată radiologic și presupune accesarea inimii prin abord vascular (prin vasele de sânge), cu ajutorul cateterelor introduse în artere.