Printre obiectivele specifice al Centrului de securitate al UE, trebuie menționate următoarele:
Prin intermediul Centrului de securitate al UE se va asigura schimbul securizat de informații acționabile (prin intermediul canalului securizat SIENA) cu toate agențiile de ocrotire a normelor de drept din spațiul UE.
Republica Moldova prin intermediul Centrului / HUB-ului va direcționa procesul de actualizare a strategiilor Consiliului și Comisiilor Europene în domeniul afacerilor interne;
Facilitarea procesului de aderare la Uniunea Europeană a Republicii Moldova;
Accesul la modele europene de investigare și documentare.
Extinderea competențelor de investigare și documentare, astfel descurajând formarea de grupuri criminale organizate transfrontaliere.
Includerea practicienilor moldoveni în rețelele de specialiști europeni astfel, HUB-ul contribuie la creșterea motivării personalului prin recunoașterea capacităților și aptitudinilor profesionale;
Includerea perspectivei regionale oferită de Moldova ecosistemului de securitate European, contribuie la actualizarea documentelor programatice de nivel înalt ale UE în domeniul securității;
Sporirea nivelului de securitate al UE dat fiind faptul că securitatea Europei depinde în mare măsură de capacitatea de rezistență a Republicii Moldova.