Pentru tratamentul sclerozei multiple, în special a unora dintre tipurile acesteia, transplantul de celule stem hematopoietice (HSCT) este uneori folosit ca terapie în mai multe etape, urmărind să distrugă sistemul imunitar al pacientului și apoi să-l restabilizeze folosind celule stem hematopoietice izolate din măduvă osoasă donată sau a pacientului. O astfel de terapie permite revigorarea sistemului imunitar al pacientului, astfel încât acesta să nu mai atace propria mielină.
Spre deosebire de tratamentul care utilizează celule stem hematopoietice în asociere cu chimioterapia, utilizarea numai a celulelor stem mezenchimale oferă un efect mai blând. În timp ce HSCT poate fi mai eficient în unele cazuri, are, de asemenea, un număr mare de efecte secundare asociate cu riscuri grave pentru sănătate, inclusiv boala grefă contra gazdă (GVHD), boala citomegalovirusului (CMV), endotelita și alte consecințe nedorite.
Spre deosebire de cele de mai sus, utilizarea numai a celulelor stem mezenchimale fără a include terapia imunosupresoare în protocolul de tratament este cea mai blândă opțiune pentru tratarea SM folosind produse celulare. În acest caz, pacientul primește injecții intravenoase și locale de celule fără a afecta sistemul imunitar. MSC-urile nu sunt legate de riscul de respingere și nu provoacă dezvoltarea de reacții adverse, deși la fel ca HSCT, având suficientă eficacitate pentru a îmbunătăți starea în SM pentru majoritatea pacienților.