Este foarte important să se pună un diagnostic cert, nu numai de pneumopatie interstițială difuză, ci și cu exactitate despre care anume boală din acest grup mare este vorba. Cunoașterea diagnosticului cert este esențială atât pentru prescrierea tratamentului cât și pentru înțelegerea prognosticului pe termen lung. Pentru diagnostic sunt necesare investigații complexe (tomografie computerizată, bronhoscopie cu lavaj bronho-alveolar, probe funcționale complexe, analize de sânge speciale) și interpretarea lor de către o echipă de medici cu experiență în domeniu, în care rolul esențial îl are pneumologul. În multe cazuri, aceste investigații sunt suficiente pentru un diagnostic cert. În unele cazuri, totuși, diagnosticul rămâne incert chiar după aceste eforturi, caz în care poate să fie necesară o biopsie pulmonară chirurgicală. Această operație nu vindecă boala, ci doar contribuie la precizarea diagnosticului. Operația are scopul de a preleva un mic fragment din plămân care ulterior este pus la microscop pentru a identifica modificări caracteristice unei boli anume. Biopsia nu provoacă cancer. Este important ca anatomopatologul care citește biopsia să facă parte din echipa de medici cu experiență în PID, altfel biopsia este inutilă. Nici o operație nu este lipsită de riscuri, pacientul trebuie să discute cu medicul său despre riscuri și beneficii.