Flixbus permite clienților să își anuleze rezervarea fie înainte de plecare, fie după ce biletul nu mai este utilizat, dar rezervarea nu poate fi modificată sau anulată la bordul autobuzului. Anularea este disponibilă pe site-ul internet al magazinului sau prin intermediul agențiilor de turism și al punctelor de vânzare ale magazinului cu până la 15 minute înainte de ora de plecare programată.