În lipsa tratamentului, endocardita produce complicații letale. Afecțiunea favorizează ruperea formațiunilor dezvoltate. Acestea sunt trimise în circulație, ceea ce poate duce la obturarea unor artere. Astfel, prin blocarea fluxului sangvin, poate surveni infarctul de miocard, accidentul vascular cerebral sau afectarea unor organe.