Utilizarea principală a terapiei cu aerosoli este tratamentul tulburărilor respiratorii - boli pulmonare obstructive, cum ar fi:
- Boli pulmonare obstructive cronice (inclusiv bronșită și emfizem)
- Astmul
- Bronșiectazia
- Hipertensiune arterială pulmonară
- Fibroza chistică
- Boli pulmonare infecțioase
Odată cu apariția medicamentelor macromoleculare (molecule de masă mare), terapia cu aerosoli este în curs de investigare pentru utilizarea în multe boli sistemice care nu sunt neapărat respiratorii. Terapia prin inhalare poate fi o alternativă convenabilă la injecții pentru afecțiunile cronice și poate îmbunătăți confortul pacientului. Medicamentele macromoleculare, din cauza proprietăților lor biochimice, nu sunt potrivite pentru administrarea orală și necesită administrare parenterală (injecții în piele, mușchi sau vene). Progresele înregistrate în sistemele de administrare a aerosolilor cu ajutorul aparatelor aerosoli au permis o mai bună eficiență și precizie în administrarea medicamentelor direct în plămâni, unde acestea sunt absorbite rapid în fluxul sanguin. Terapia cu aerosoli este în prezent studiată pentru a fi utilizată în mai multe afecțiuni care nu sunt respiratorii, care includ: diabet, ameliorarea durerii (analgezie), tulburări tiroidiene, boli genetice.