Cauza exactă a bolii Crohn rămâne necunoscută. Anterior, dieta și stresul erau suspectate, dar acum medicii știu că acești factori pot agrava, dar nu provoacă boala Crohn. O serie de factori, cum ar fi moștenirea genetică sau o problemă a sistemului imunitar, pot juca un rol în declanșarea acestei boli.