Os termos são frequentemente usados de forma intercambiável, mas não significam a mesma coisa. A Deep Web é uma parte da Internet que não aparece nos mecanismos de busca convencionais: basicamente, inclui páginas da Web não indexadas, como páginas escondidas atrás de acessos pagos, registros médicos e contas de e-mail. A Dark Web é uma parte da Deep Web que é intencionalmente oculta e totalmente criptografada (ela só pode ser acessada através do navegador Tor).
Para resumir, a Deep Web é a Internet que os mecanismos de pesquisa não podem acessar. A Dark Web é um conteúdo online criptografado que mecanismos de pesquisa comuns como o Google não indexam (para acessá-la, você precisa de um software específico, como o navegador Tor).