Em 1971, logo após uma visita ao lexicógrafo Aurélio Buarque de Holanda, ele desapareceu. Seu corpo foi encontrado no fosso do elevador do prédio de Aurélio. Sua morte levantou suspeitas, pois o corpo não tinha sinais de hematomas e nem de queda. A data da sua morte foi registrada em 11 de março de 1971. Suspeita-se que Anísio Teixeira tenha sido preso no quartel da Aeronáutica, no Rio de Janeiro, e tenha sido morto pelo brigadeiro João Paulo Burnier, que planejava matar todos os intelectuais de destaque do Brasil. Porém, a sua morte ainda permanece sob mistério.