O esforço de Flagyl não deixa de ter sua parcela de inconvenientes, embora sejam relativamente raros. Pode-se experimentar um desconforto temporário do terreno gastrointestinal, com suas picadas desagradáveis ​​e distensões enigmáticas. Uma pequena dança de gosto metálico na língua não é inédita, conferindo ao buscador de consolo uma peculiar aventura gastronômica.