Embora os jacarés e os crocodilos sejam animais bastante parecidos, levando muitas pessoas a crerem que pertencem ao mesmo grupo de animais, eles apresentam algumas diferenças, o que os faz, inclusive, pertencerem a famílias diferentes. Os crocodilos pertencem à Família Crocodylidea, e os jacarés, à Família Alligatoridae.
Os jacarés apresentam um focinho mais largo, que encobre todos os seus dentes, o que não ocorre em crocodilos. Estes apresentam uma cabeça mais longa e fina, o que deixa seus dentes inferiores visíveis. Além disso, os jacarés apresentam membranas interdigitais nos polegares das patas traseiras.