O Ministério Público é regulado pela Constituição Federal de 1988 e por leis específicas de cada ramo do MPU. Sua atuação também é fiscalizada pelo Conselho Nacional do Ministério Público (CNMP), órgão de controle externo responsável por garantir a autonomia funcional e administrativa do MPU, e zelar pelo cumprimento dos deveres funcionais dos membros do órgão.