Sim! Mas isso precisa ser alinhado entre patrão e empregado.
No universo CLT, já existem vários parâmetros pré-definidos. A hora extra é um deles, mas vale apenas para cargos abaixo de gerência.
No regime PJ, nenhuma lei interfere nas regras. E elas podem ser definidas exatamente como for acordado entre as partes.
Veja mais detalhes no post: https://www.contratopj.com.br/hora-extra-e-profissionais-pj/