Sim, neste caso, tem direito a uma indemnização. A companhia aérea operadora é sempre responsável por quaisquer atrasos, mesmo quando os bilhetes de avião não foram comprados diretamente com ela.
No entanto, se o seu agente de viagens decidir fazer uma nova reserva noutro voo, mas o voo original tiver sido operado a horas, não tem direito a receber uma indemnização, porque, nesse caso, a companhia aérea não pode ser responsabilizada pelo atraso sofrido.