Na maioria das vezes, o uso de Sulfametoxazol + Trimetoprima é bastante tolerado. No entanto, em alguns casos, provoca alguns efeitos colaterais, como: Erupções cutâneas; Distúrbios gastrointestinais, como diarreias e náuseas; Hipoglicemia; Perda de apetite; Flatulências; Dores musculares e nas articulações. Apesar de menos comum, também podem surgir: Fraqueza; Palidez; Hematomas; Febre; Convulsão; Inchaços; Formigamento; Dores no peito e na cabeça; Confusão mental; Tontura; Falta de ar.