Os nebulizadores ultra-sônicos podem desenvolver bactérias e mofo se não forem limpos adequadamente, o que é prejudicial à saúde. Normalmente, a limpeza de um nebulizador desse tipo funciona através de um enxágüe completo do tanque de água.
A limpeza depende muito do tipo e do material do nebulizador. Um nebulizador sem água não tem um tanque de água, mas aqui também o spray deve ser limpo regularmente.
Se você tem um nebulizador de alta qualidade, você deve usar vinagre de maçã e bicarbonato de sódio. Na maioria dos casos, entretanto, as instruções também lhe dirão como melhor limpar o pulverizador.