A assinatura digital qualificada é um dos requisitos da faturação eletrónica, é uma funcionalidade que garante a autenticidade da assinatura, assegurando que foi realizada com a intenção de assinar o documento eletrónico. O procedimento é simples, através de um certificado digital qualificado, que tem de ser emitido por uma entidade credenciada para o efeito, é fornecida uma assinatura digital. Esta assinatura, devidamente autenticada, garante a legalidade da mesma e a integridade dos dados fornecidos na fatura ou outro documento emitido. Para além da assinatura digital, também é possível obter um selo eletrónico. Os dois mecanismos servem como assinatura, a diferença reside em que a assinatura digital contém informação de uma pessoa (por exemplo, o gerente da empresa), o selo eletrónico contém informação que identifica a empresa.