Sim! Há a necessidade de fazer a Declaração Anual referente ao período que seu MEI ficou ativo. Nesse caso, ao entrar no Portal do Empreendedor para fazer a declaração, clique em 'Fazer Declaração Anual' e, após fazer login, clique em 'Situação Especial'. Informe a data que seu MEI foi encerrado e prossiga preenchendo a declaração.