Se você é MEI e tem dívidas pendentes que resultaram na restrição do seu CPF, sim, você tem o nome sujo. Isso pode afetar a sua capacidade de obter crédito pessoal e empresarial, mas não altera automaticamente o status do seu CNPJ, a menos que haja dívidas específicas ou irregularidades ligadas diretamente ao CNPJ do seu negócio.