Acredita-se que a doença de Crohn pode ser resultado da interação de diversos fatores. Entre eles, destacam-se:
Fatores genéticos: algumas pessoas podem ter uma predisposição genética para a doença, ou seja, possuem uma composição genética que aumenta suas chances de desenvolvê-la.
Fatores ambientais: acredita-se que algo no ambiente pode desencadear uma resposta imunológica anormal em indivíduos geneticamente predispostos. No entanto, ainda não foi identificado qual é esse gatilho ambiental específico.
Alterações imunológicas: o gatilho ambiental pode desencadear uma resposta do sistema imunológico, levando-o a atacar o tecido gastrointestinal.