De modo geral, ambos os termos estão se referindo à um negócio que tem seu braço de vendas na internet, podemos dizer que:
Marketplace: é o local onde você encontra vários vendedores e marcas reunidos para comercializar seus produtos em um só site (ex: mercadolivre.com.br, amazon.com)
Loja virtual: é especializada em um só nicho e normalmente pertence a apenas uma marca tendo ou não uma variedade de produtos (ex: arezzo.com.br, nike.com.br).