Na GC existe uma coluna por onde passa a amostra na fase vaporizada carregada junto com o fluxo de gases contínuos como gás inerte ou não reativo. Os componentes da amostra passam pela coluna (enclausurada em um forno com temperatura controlada) em taxas diferentes chamadas de fase estacionária. Como o produto químico sai da coluna, ele é detectado e identificado eletronicamente.