A maior parte de diarreias em neonatos, (quase filhotes) é de origem bacteriana e muitas vezes ocorrem em 2 ou 3 dias após o nascimento do animal. Em ninhadas muito numerosas é comum acontecer a doença e a melhor maneira de tratá-la é com antibióticos injetáveis.
Existe também a suspeita do herpesvírus e o tratamento dessa é feito através do aumento da temperatura em 39 graus do animal, ninhadas que nascem no verão dificilmente terão o herpesvírus como forma de diarreia.
A verminose pode ser uma causa de diarreia quando o neonato está prestes a se tornar um filhote, a contaminação pode ser passada das mães via placenta ou no momento da amamentação. Para resolver esse problema recomenda-se a visita ao veterinário que poderá recomendar o uso de um antiparasitário. ​Bactérias como Escherichia coli ou Salmonella sp. Podem causar diarreia tanto em humanos quanto em animais.
​​Vírus podem causar diarreia, os mais comuns são o parvovírus e o vírus da cinomose o primeiro acometendo cães filhotes e o outro cães de qualquer idade. Parasitas como verminoses. Uma outra causa comum é o protozoário Giardia.