Alguns dos riscos associados à cirurgia de bypass gástrico incluem sangramento excessivo, infecção, reação adversa à anestesia, coágulos sanguíneos, problemas respiratórios, vazamentos no sistema gastrointestinal. Alguns dos riscos e complicações mais longos da cirurgia são obstrução intestinal, síndrome de dumping, cálculos biliares, hérnias, úlceras e vômitos.