Isso dependerá de suas necessidades. Uma fechadura de embutir é utilizada no miolo da porta como uma fechadura tradicional, necessitando de um profissional para instalação por conta das adaptações necessárias para embuti-la.    Já a fechadura de sobrepor possui sistema de travamento semelhante a uma fechadura tradicional elétrica. Isso possibilita que sua instalação seja facilitada e possa ser realizada pelo próprio usuário. Na questão da segurança, elas são equivalentes. O que vai ajudar a definir, mesmo, é o estilo da sua porta de entrada.