Ambos são procedimentos endoscópicos do trato gastrointestinal. O que muda é a via de entrada e os órgãos investigados. Na endoscopia digestiva alta, o aparelho é introduzido pela boca, passa pelo esôfago, estômago e chega, no máximo, até o duodeno (porção inicial do intestino delgado). Na colonoscopia, o equipamento é introduzido pelo ânus, passando pelo reto e cólon, chegando, no máximo, até o íleo terminal (porção final do intestino delgado).