A fotografia macro apresenta alguns desafios que exigem paciência, prática e habilidade do fotógrafo. Alguns desses desafios são: a dificuldade de focar em objetos muito pequenos e próximos; a perda de luz ao usar lentes macro ou tubos de extensão; a redução da profundidade de campo ao ampliar o assunto; o movimento do assunto ou do fotógrafo, que pode causar borrões ou perda de foco; e a necessidade de ajustar a exposição, o balanço de branco e o ISO de acordo com as condições de iluminação.