Muita gente confunde a Aquaponia com a hidroponia ou até mesmo sua relação com a produção orgânica certificada. Mas existem diferenças importantes entre os métodos de cultivo / certificação. De maneira resumida e bastante simplificada, eles se diferem em 4 aspectos básicos: meio em que são cultivadas, uso da água, utilização de agrotóxicos e pela principal forma de obtenção de nutrientes.  Tanto a Aquaponia quanto a Hidroponia utilizam a água como meio de cultivo, enquanto a produção Orgânica necessariamente precisa ser feita no solo (terra). A principal diferença está na forma de obtenção dos nutrientes para os vegetais, hortaliças e demais culturas. Enquanto a Aquaponia reaproveita a água dos tanques dos peixes, rica em compostos orgânicos e minerais, para fornecer tais nutrientes, a Hidroponia e a produção Orgânica geralmente precisam adicionar ao meio fertilizantes minerais advindos de fontes externas. Especificamente na Hidroponia, podem ainda ser utilizados defensivos químicos (agrotóxicos) para o controle/combate a pragas e doenças.    Vale ressaltar, porém, que essas definições mudam de tempos em tempos, e estão diretamente ligadas à legislação vigente no país. Aqui no Brasil, por exemplo, o MAPA entende que para terem o selo de orgânicos, os alimentos devem ser cultivados em solo (terra), enquanto nos EUA, produções em meio aquoso podem ser reconhecidas como orgânicas, mudando todo o entendimento dos conceitos.