Embora a dieta cetogênica seja geralmente segura para a maioria das pessoas saudáveis, pode haver alguns efeitos colaterais iniciais (como diarréia ou constipação) enquanto seu corpo se adapta. Para evitar, o ideal é começar cortando os carboidratos aos poucos, à medida que adiciona mais gordura boa.
Pode ainda sobrecarregar a atividade renal, causar desequilíbrio hídrico, déficit de vitaminas e minerais e alterações na função tiroideia.