Relata-se que, desde muito novo, ainda em São Paulo, estudando para ir para Coimbra, Bonifácio já se preocupava com assuntos sociais como a escravidão e a socialização de indígenas. Depois que foi para a Europa, voltou com conhecimentos avançados sobre Mineralogia, mas também versava sobre proteção das matas. Na época da Constituinte, defendeu o fim da escravidão, a reforma agrária, a preservação das matas e rios brasileiros e uma miscigenação “orquestrada”, destinada a apaziguar os ânimos das diferenças étnicas. Era, em suma, um conciliador, conselheiro da Corte.