No arquivo Ip UniPHY xxx_addr_cmd_pads.v, encontre a declaração local de USE_ADDR_CMD_CPS_FOR_MEM_BK e altere-a de falsa para verdadeira.
Recompile o projeto.
A recomendação para o tempo ideal é colocar os dois pinos do par diferencial do clock de memória em um grupo de DQ, mas em versões futuras do software Quartus II, um ajuste bem-sucedido também deve ser alcançado quando apenas um dos pinos estiver no grupo DQ.