Você controla quem pode acessar a Configuração do Aplicativo em um nível por loja. Use um repositório separado para cada ambiente que exija permissões diferentes. Essa abordagem fornece o melhor isolamento de segurança.
Se você não precisar de isolamento de segurança entre ambientes, poderá usar rótulos para diferenciar os valores de configuração. Usar rótulos para habilitar configurações diferentes para ambientes diferentes fornece um exemplo completo.