O tipo de sistema de arquivos afeta a capacidade de recuperar dados de partições excluídas: Estrutura de dados e metadados: Cada sistema de arquivos tem sua própria estrutura de dados e metadados exclusivos usados para organizar e armazenar informações no disco. Suporte para ferramentas de recuperação: alguns sistemas de arquivos têm suporte limitado para ferramentas de recuperação e software de recuperação de dados. Nível de fragmentação e fragmentação de dados: O nível de fragmentação do sistema de arquivos pode afetar a possibilidade de recuperação completa dos dados. Suporte ao sistema de arquivos por software: Muitos programas de recuperação de dados são especializados no suporte a sistemas de arquivos específicos.