As abóboras Hokkaido podem ser guardadas durante várias semanas se forem armazenadas correctamente. No entanto, assim que é colhida, começa a perder nutrientes e sabor à medida que produz enzimas naturais que decompõem a carne. Para manter a abóbora Hokkaido fresca o máximo de tempo possível, deve ser armazenada num local fresco, escuro e com boa circulação de ar. Uma adega ou um armário na parte inferior do frigorífico são bons lugares, por exemplo. É importante que a abóbora Hokkaido não se molhe, caso contrário pode apodrecer rapidamente.