Os sistemas operativos Linux e Windows distinguem-se principalmente pela sua conceção. Por um lado, o Linux é open source e de utilização livre, ou seja, não tem qualquer contrapartida financeira. Por outro, o Windows é um sistema proprietário desenvolvido pela Microsoft que se inscreve no seu ecossistema e é vendido sob licença. O alojamento web Linux é utilizado principalmente pelo seu lado open source, pela sua conceção e por todas as possibilidades de personalização daí decorrentes. É utilizado para a maioria dos projetos, de um site à infraestrutura complexa de uma empresa, por exemplo. Por razões de compatibilidade, ou para permitir que as suas equipas trabalhem num ambiente familiar, o alojamento Windows pode ser mais adequado. Tudo depende, portanto, do tipo de projeto que deseja realizar.