O Apple Pay é extremadamente seguro, uma vez que utiliza a verificação Touch ID. Este software em particular faz a leitura da sua impressão digital, em vez de usar uma forma mais convencional de segurança, como por exemplo o uso de uma palavra-passe. Os dados de impressões digitais são armazenados de forma segura apenas no seu device e não nos servidores da Apple, portanto menos vulneráveis a serem descobertos na eventualidade de algum ataque informático.