O projeto pode ser alterado pela empresa, através da plataforma eletrônica do CNPq, com inclusão, exclusão ou alteração de bolsas, para se adequar à nova realidade, desde que dentro do valor global contratado pelo projeto (que no Start-Up Brasil pode chegar a até R$ 200 mil). Será importante observar os prazos para essas mudanças, que levam pelo menos 30 dias para serem implementadas.