O AWS Clean Rooms inclui computação criptográfica para Clean Rooms (C3R), que a opção de pré-criptografar dados usando uma ferramenta de criptografia do lado do cliente, um SDK ou uma interface de linha de comandos (CLI), que usa uma chave secreta compartilhada com os outros participantes de uma colaboração do AWS Clean Rooms. Isso criptografa os dados enquanto as consultas são executadas.