Sim, mas se estiver a utilizar o Windows Server 2012 R2 ou mais tarde, só pode proteger os Serviços de Terminal utilizando o Remote Desktop Gateway (RD Gateway).
Alterações de segurança no Windows Server 2012 R2 alteraram a forma como o Azure Multi-Factor Authentication Server se conecta ao pacote de segurança da Autoridade de Segurança Local (LSA) no Windows Server 2012 e nas versões anteriores. Para versões de Serviços terminais no Windows Server 2012 ou mais cedo, pode proteger uma aplicação com autenticação do Windows. Se estiver a utilizar o Windows Server 2012 R2, precisa de RD Gateway.