Primeiramente, a insatisfação com a centralização política do governo imperial foi um dos principais fatores. As províncias do Nordeste sentiam-se marginalizadas politica e economicamente em relação ao centro do poder, no Rio de Janeiro.
Além disso, as questões econômicas desempenharam um papel importante. A região Nordeste, tradicionalmente voltada para a produção de açúcar, enfrentava uma crise econômica decorrente da queda da produção e da concorrência com outros países produtores de açúcar. Isso gerou um clima de insatisfação entre os proprietários de terra e a população em geral.
Por fim, questões políticas e ideológicas também contribuíram para a eclosão do movimento. Muitos líderes da Confederação do Equador eram influenciados pelas ideias liberais e republicanas que circulavam na época, defendendo princípios como a descentralização do poder e a autonomia das províncias.