Os estónios não pertencem etnicamente aos bálticos, mas junto com os sami e os finlandeses aos povos fino-úgricos. No entanto, a Estónia é geograficamente considerada parte dos Estados Bálticos.
Grupos tribais fino-úgricos estabeleceram-se no coração da Estônia já no 5º milênio a.C. Durante o 3º milênio a.C., os finlandeses do Mar Báltico com especificidades regionais em cultura e língua ganharam seu próprio perfil. No segundo milénio a.C. desenvolveram-se contactos entre os finlandeses do Mar Báltico no norte e os grupos tribais do Báltico no sul. No decurso do 1º milénio a.C., desenvolveu-se a etnia estónia. Desde meados do primeiro milénio d.C., os estónios têm estado em contacto com os eslavos orientais, mais tarde principalmente com os russos.
Durante o período mais longo da sua história política, os estónios estiveram dependentes de outros estados.
Durante o período do czar russo e do domínio soviético, a comunidade estoniana esteve sob forte pressão de aculturação, o que deixou seus traços lingüísticos na mudança da língua para o russo entre certos grupos da população e no bilingüismo da modernidade.
O estoniano é escrito desde o século XVII. As estreitas relações com os vizinhos cultural e linguisticamente relacionados, os finlandeses, reforçaram, especialmente desde o século XIX, a auto-estima dos estonianos e motivaram o cultivo da identidade e da língua estonianas.