O ciclo de Krebs é a segunda etapa da respiração celular. A primeira etapa dela é a glicólise, que ocorre no citosol. Na glicólise, formam-se duas moléculas de piruvato, que, em organismos eucariontes, entrarão no interior da mitocôndria para que a respiração continue. O ciclo de Krebs, em organismos eucariontes, ocorre na matriz mitocondrial.
A próxima etapa do processo de respiração celular, a fosforilação oxidativa, ocorre, em eucariontes, na membrana mitocondrial interna. O ciclo de Krebs, em organismos procariontes, acontece no citosol, enquanto a fosforilação oxidativa acontece na membrana plasmática.