Os pacientes muitas vezes experimentam efeitos colaterais menores associados ao tratamento com células-tronco, e alguns desses efeitos colaterais são, na verdade, um sinal do funcionamento das células-tronco. Um paciente pode experimentar sintomas menores, como dores de cabeça ou náuseas, nas horas após o tratamento. Nas primeiras 48 horas, os pacientes também podem experimentar sintomas de condição agravada, nos quais os sintomas atuais podem se agravar e parecer pior do que antes. Este é um sinal de que as células-tronco encontraram o alvo. Os sintomas geralmente desaparecem entre um ou dois dias após o início.