Para excluir uma atividade secundária do CNPJ, é necessário acessar o Portal do Empreendedor e selecionar a opção "Baixa de atividade". Em seguida, é preciso informar o número do CNPJ e selecionar a atividade que deseja excluir. É importante lembrar que a exclusão da atividade secundária só pode ser feita se o empreendedor não estiver mais exercendo essa atividade.