Já as menores contaminações do dosador, do barril de extrusão ou do pistão de ensaio poderão causar significativos desvios na medição de Melt Flow Index. As contaminações alteram por ex. as características de deslizamento do polímero na parede do barril de ensaio e do dosador,diminuem a fenda entre o pistão de ensaio e o barril de ensaio ou diminuem a seção transversal da furação no dosador. Na maioria das vezes, as contaminações são formadas por resíduos do polímero testado anteriormente, o qual adere à rugosidade da parede, em que sua degradação provavelmente continuará até surgir uma camada fuliginosa. A situação é especialmente crítica quando é feita a medição consecutiva de diferentes polímeros e isso é acompanhado por uma variação da temperatura de ensaio. Também sedimentos de produtos de limpeza poderão tornar-se problemáticos. Por esse motivo, a limpeza do barril de ensaio é costumeiramente feita com o auxílio de um pano de algodão limpo e não encerado. Em casos persistentes poderá ser necessária a limpeza com o auxílio de uma escova de latão ou também a cauterização dos componentes críticos.