Os principais desafios em matéria de segurança e privacidade dos megadados incluem a proteção dos dados contra violações, a garantia de conformidade com as leis de privacidade em evolução e a gestão segura da vasta escala de dados. À medida que as fontes de dados se diversificam e o volume de dados aumenta, a manutenção da sua integridade e confidencialidade torna-se mais complexa. Além disso, o desafio de equilibrar a acessibilidade dos dados com a proteção da privacidade é uma preocupação crítica para as organizações, particularmente no contexto do RGPD e de outros regulamentos de privacidade.