Isso depende de vários fatores, mas não do regime de trabalho ser CLT ou PJ. Uma coisa não tem nada a ver com a outra.
Detalhes específicos da função, natureza do trabalho, empresa, cultura, chefe, departamento, reuniões, rotinas da área, entre outras coisas, podem fazer qualquer profissional ter que cumprir horários.
Independente dessas coisas, mesmo os chefes e empresas que contratam como PJ esperam que seus funcionários cumpram regularmente sua jornada de trabalho completa em todos os dias da semana.
Regras e cultura da empresa dizem mais sobre o horário de trabalho do que o regime de contratação.