Não existe diferença. Tanto os cursos online quanto os cursos presenciais possuem a mesma validade. A Lei de Diretrizes e Bases da Educação é que garante tal situação. Dentre seus diversos pontos, é determinado as diretrizes relacionadas aos cursos a distância e prevê a existência desses cursos tanto para a educação básica como para a superior. Ou seja, por lei, podem existir cursos EAD cursos livres, de ensino técnico, graduação e também pós-graduação.
A lei ainda determina que os certificados desses cursos online tenham o mesmo valor que dos presenciais. Logo, os cursos à distância estão previstos na lei brasileira e a validade de seu documento deve ser aceita.