Para contabilizar o SIFIDE, deverão ser reunidas as despesas relacionadas com as atividades de Investigação e Desenvolvimento (I&D). Estas incluem os custos com pessoal envolvido em I&D, aquisição de ativos fixos tangíveis (exceto terrenos e edifícios), e contratação de serviços externos para estas atividades. Estes custos são lançados nas contas normais de despesas operacionais, sendo depois declarados no âmbito de uma candidatura SIFIDE, para obtenção do benefício fiscal.