Devido aos resíduos gerados nos procedimentos e aos inúmeros microrganismos presentes no ambiente odontológico, os materiais descartáveis devem ser depositados em lixo infectante, utilizando lixeira com pedal e sacos para lixo hospitalar. Já materiais perfurocortantes, como agulhas e bisturis, devem ser depositados em coletor de perfuro cortantes próprio para esse tipo de descarte.