Depende. Se você pretende utilizar o benefício do programa Minha Casa Minha Vida e usar seu FGTS para dar de entrada, você não pode ter mais de um financiamento ativo em seu nome, seja na mesma cidade ou em locais diferentes.
Agora, se você deseja investir no mercado imobiliário, você pode comprar sua casa ou apartamento sim, mas desde que realize a aquisição deste imóvel à vista.