Um sistema de irrigação por gotejamento, diferente de outros métodos, é dimensionado baseando-se na qualidade da água disponível para irrigação, podendo utilizar diferentes fontes de água (rio, poços, reservatórios). Dessa forma, utilizam-se sistemas de tratamento da água antes que ela passe pelos tubos gotejadores.Sistemas de aeração, reservatório com decantação e filtragem são exemplos de processos realizados antes da irrigação para que se garanta a qualidade da água a ser utilizada. Além disso, os gotejadores também possuem um sistema de filtros que evitam os riscos de entupimento.Para complementar, é importante que seja feito um programa de manutenção preventiva, garantindo a limpeza dos tubos gotejadores com frequência.