A principal diferença entre os dois formatos é a compatibilidade. O MP3 é reconhecido como um formato versátil, enquanto o M4R foi criado principalmente para toques de iPhone. Dito isso, os arquivos M4R costumam ser mais curtos porque são usados ​​para toques, enquanto os arquivos MP3 normalmente são usados ​​para salvar músicas mais longas.