A BQ.1 é uma subvariante da ômicron e possui mutações na proteína spike (K444T e N460K), á localizada na superfície do coronavírus (SARS-CoV-2). Esta proteína está associada com a capacidade do vírus de infectar as células humanas e com o reconhecimento do vírus pelo sistema imunológico humano.
Já a subvariante BQ.1.1 possui uma mutação adicional, também na proteína spike (R346T). Por decorrer dessas mutações, essas variantes possuem uma vantagem de escape imunológico quando comparado com variantes anteriores. Ou seja, essas mutações influenciam o reconhecimento e a neutralização do vírus pelo sistema imunológico.