FASTA e FASTQ são formatos básicos e onipresentes para armazenar sequências de nucleotídeos e proteínas. O FASTA foi introduzido pela primeira vez no software FASTA, e o FASTQ foi originalmente desenvolvido no Wellcome Trust Sanger Institute. Manipulações comuns do arquivo FASTA/Q incluem conversão, pesquisa, filtragem, exclusão de duplicações, divisão, embaralhamento e amostragem de amostras.