Tal como todas as intervenções, a crioterapia tem efeitos secundários.
Por norma, estes estão relacionados com o procedimento ou com a eventual destruição de tecido saudável. Os efeitos secindários incluem dificuldade em urinar devido ao edema inicial da próstata, incontinência urinária - mais comum quando existiu uma terapêutica prévia - e dor no local onde foram inseridas as agulhas. Podem ainda surgir estenoses ("apertos") da uretra e disfunção eréctil, complicações que podem ocorrer igualmente com outros tratamentos deste tumor.
Ao recorrer a médicos especializados e experientes na técnica, minimiza a possibilidade de ocorrência de complicações.