A diferença óbvia entre o pen drive e o flash drive é sua aplicação. O pen drive geralmente é usado apenas como um dispositivo de armazenamento USB portátil, enquanto o flash drive pode ser aplicado em um número maior de dispositivos. Pen drive normalmente se refere a uma unidade que pode ser conectada diretamente a uma porta USB, enquanto a unidade flash pode ser acessada por meio de uma conexão USB direta, uma conexão USB com fio ou armazenada internamente em um telefone celular.