Sim, este exame tem várias contra-indicações, nomeadamente para doentes que tenham alguns tipos de pace-makers, desfibrilhadores, alguns implantes ou corpos metálicos.
Os doentes com claustrofobia podem não conseguir fazer este exame (embora os novos aparelhos apresentem uma configuração que tenta ultrapassar este problema). Alguns doentes podem ter de ser sedados para realizar uma RMN, se a mesma for imprescindível.
Caso o doente tenha alguma destas condições, deve informar a equipa médica antes de fazer o exame.