As principais ideias de Mikhail Bakunin, e que servem como o ponto de partida para o seu pensamento, são norteadas por concepções filosóficas de liberdade, dialética e ideologia. Toda a teoria de Bakunin está baseada no conceito de liberdade, que está presente em toda a sua obra. Argumentando contra os filósofos do liberalismo, Bakunin nega que o indivíduo venha à sociedade livre desde o momento de seu nascimento, e só depois tornando-se oprimido pela sociedade com o passar do tempo.
Bakunin pensa que desde sua existência mais primitiva, o ser humano é escravo da natureza, de sua animalidade, e só vai alcançar a humanidade superando essas algemas. A superação pode ser alcançada pelo uso de sua razão, a capacidade de pensar e refletir no mundo abstrato da lógica. Sendo assim, é uma das suas principais ideias a tese de que a liberdade não é o ponto de partida dos indivíduos humanos, mas o seu destino. E esse destino de emancipação só poderá ser alcançado por meio da revolta contra as condições que escravizam os seres humanos.
É por isso que, segundo Bakunin, a liberdade individual só pode existir dentro da liberdade coletiva. Só é possível considerar-se livre na presença ou em relação a outras pessoas livres que se reconhecem mutuamente como livres. Desse modo, a liberdade implica necessariamente igualdade, o que torna evidente o vínculo entre a liberdade e o socialismo. Na visão de Bakunin, nunca existiria a liberdade plena sob o capitalismo, a tutela do Estado ou qualquer outro tipo de dominação. E a igualdade econômica, desenvolvida por meio do socialismo, seria uma condição prévia para o desenvolvimento da liberdade.
Outra visão filosófica que serve de fundamento para as ideias de Bakunin é a sua concepção de dialética. É na dialética que Bakunin situa as bases de uma transformação revolucionária. Diferente da dialética tradicional, que é representada pelos elementos tese, antítese e síntese, Bakunin propôs uma dialética com somente dois elementos, um positivo e outro negativo. O resultado do conflito seria sempre a criação de um novo positivo, sem relação com o antigo. Para Bakunin não haveria síntese ou conciliação possível. Somente pela negação radical que se formaria uma afirmação.
A dialética de Bakunin reforça a ideia de que a destruição não é meramente negativa, mas pode ser um impulso para a criação. Bakunin, diferentemente de Hegel e Marx, enfatizou a espontaneidade e a imediatez da ação revolucionária. Sua dialética é radical no sentido de que busca a abolição imediata de todas as formas de autoridade e opressão, sem a necessidade de um período de transição ou de um Estado proletário. Bakunin criticava Marx por sua abordagem considerada autoritária e por sua confiança em um Estado socialista para mediar a transição para o comunismo. Essa crítica segue a concepção de liberdade adotada por Bakunin, a liberdade que não pode ser adiada ou mediada, mas que deve ser realizada imediatamente através da destruição direta das instituições opressoras.
Tendo essas concepções filosóficas de liberdade e dialética, Bakunin passa para a leitura da realidade nas sociedades capitalistas. Segundo ele, todo um sistema político e ideológico sustenta esse sistema de exploração econômica. A função dos sistemas político e ideológico seria a de consagrar e proteger as práticas da exploração capitalista. O Estado, na leitura de Bakunin, é o instrumento político mais poderoso do capitalismo e de sua classe social privilegiada, a burguesia, que estabelece sobre o povo uma dominação econômica que, além de sustentar o capitalismo, aliena o povo da política.
Negando qualquer forma de etapismo, Bakunin rejeitava a ideia de um desenvolvimento histórico linear ou previsível, um determinismo histórico que inevitavelmente levaria ao comunismo. Para ele, a história era feita pelas ações e vontades dos indivíduos e coletivos, e não por leis históricas imutáveis. Bakunin não acreditava, portanto, como outros socialistas, na obrigatoriedade de desenvolvimento das forças produtivas para se alcançar o socialismo. Ele pensava que, tanto nas sociedades mais quanto nas menos desenvolvidas, os despossuídos deveriam imediatamente começar uma luta pela liberdade.
Para o seu projeto de transformação, Bakunin desenvolveu uma teoria da revolução, que se construiria a partir de uma relação dialética com o povo, e também uma estratégia de luta para superar a sociedade capitalista, estatista e religiosa e ingressar na sociedade socialista, federalista e antiteísta.
A fim de alcançar a revolução social que leva ao socialismo, Bakunin enfatizava a necessidade de envolver a ação direta dos trabalhadores, que deveriam formar associações livres e autogestionárias. Ele acreditava que a revolução deveria ser espontânea e emanar diretamente do povo, sem a intermediação de um partido ou vanguarda. Bakunin propunha um modelo federalista de organização, em que as comunidades locais e associações operárias organizariam a sociedade de baixo para cima, através de uma rede de federações livres e autônomas, sem uma autoridade centralizada.
Ele também era um forte proponente do internacionalismo, acreditando que a revolução deveria ser uma luta global dos trabalhadores contra a opressão, não limitada por fronteiras nacionais. Essas ideias formam a base da teoria anarquista de Bakunin, que se concentra na abolição de todas as formas de autoridade e na promoção da liberdade individual e coletiva através da revolução social e da reorganização da sociedade em bases federativas e autogestionárias.