Para resolver este problema, mude o endereço para 0xcf00 do IP pr.  Se você recompilar a revisão base, essa alteração de endereço também deve ser refletida no arquivo a seguir linux64/driver/hw_pcie_constants.h alterando o valor de ACL_PRCONTROLLER_OFFSET para 0xcf00.
Este problema foi corrigido a partir do software Quartus Prime versão 17.1.