O MDF-e é o documento utilizado em operações interestaduais e intermunicipais, com o dever de observar a legislação da UF onde a mercadoria será transportada e traz o agrupamento dos dados disponíveis no CT-e. Já o CT-e é utilizado para registrar as operações interestaduais e intermunicipais referentes ao transporte da carga, no caso, com a incidência do ICMS.