O Aeroporto Internacional de São Francisco (SFO) fica no condado de San Mateo, a cerca de 20 km ao sul do centro de São Francisco. Em termos de tráfego de passageiros, é o 7º aeroporto do país. Recebe em média 50 milhões de passageiros por ano. Todas as grandes companhias aéreas voam para o aeroporto de São Francisco de algumas das maiores cidades do mundo.