As MPEs enquadradas segundo os critérios da Lei Geral nº 123/2006, podem optar pelo Regime Especial Unificado de Arrecadação de Tributos e Contribuições devidos pelas Microempresas e Empresas de Pequeno Porte - Simples Nacional.
O Simples prevê a redução da carga de impostos e simplificação dos processos de cálculo e recolhimento. As alíquotas dos impostos variam de acordo com o faturamento dos últimos 12 meses e o ramo de atividade.
Há atividades exercidas por MPEs que impedem a adoção do regime simplificado, por exemplo: factoring, transporte de passageiros intermunicipal e interestudual, geração de energia, importação ou fabricação de automóveis, produção de cigarros, refrigerantes e águas saborizadas, entre outras. Neste caso as Mpes devem adotar os regimes de tributação do lucro real ou presumido.