Não. Esse app que emula um GBA foi desenvolvido de forma que ele é legitimo para ser usado pois ele não hackea seu iOS e não viola nenhum protocolo de segurança no sistema iOS. Se você precisar retornar seu dispositivo para uma Loja Apple por algum motivo e você não tiver certeza, você pode facilmente deletar o app e instalá-lo novamente (dos passos acima) no futuro.