O sistema único não fere a autonomia entre os poderes. O SIAFIC é um sistema único de registro dos atos e fatos da administração orçamentária, fiscal e de seguridade social de cada ente, e não um sistema único de gestão. O SIAFIC de cada ente deverá ter perfis de acesso, em que cada usuário tenha permissão para fazer alterações somente naqueles dados pertencentes aos seus órgãos.
O fato de a prefeitura e a Câmara Municipal utilizarem o mesmo sistema, não significa que a prefeitura terá poder sobre o gerenciamento das contas do poder legislativo e vice-versa. O sistema deverá obrigatoriamente prever perfis de acesso, com regras rígidas de controle, em que cada unidade gestora só consiga fazer alterações nas informações de sua responsabilidade.
Na União, o SIAFI é o sistema único para todos os órgãos dos poderes Executivo, Legislativo e Judiciário da União.