Participantes do Mais Médicos que se graduaram com apoio do FIES receberão indenização diferenciada, pagas em 4 parcelas, de acordo com o tempo de permanência e índice de vulnerabilidade do município alocado. Assim, nesses casos, os médicos receberão 80% do total recebido em bolsa-formação, desde que complete 48 no programa em área de vulnerabilidade ou de 40% do montante recebido se a atuação for nas demais áreas.