O Google AdSense é cheio de regras que não são tão transparentes para os usuários e isso pode causar algumas confusões. A plataforma do AdSense diz que são permitidos até 3 pop-ups em seu site ou blog. Então, por esta regra, as duas plataformas poderiam ser utilizadas juntas. Entretanto informa também que os afiliados devem fornecer as melhores experiências de publicidade para os visitantes, por isso anúncios automáticos(como pop-ups, pop-unders e vídeos com execução automática) não são bem vistos pela plataforma. Minha recomendação é que evite usar as duas plataformas juntas, mas fica a seu critério fazer o que acha melhor.