Um microscópio estereoscópico é diferente de um microscópio composto porque um microscópio estereoscópico usa dois caminhos ópticos em vez de apenas um. As duas oculares em um microscópio estereoscópico transferem uma imagem da amostra dada de dois ângulos diferentes, resultando em uma visão tridimensional e permitindo que você perceba a profundidade e as dimensões de espécimes grossos, como óvulos ou embriões.
Um microscópio estereoscópico é usado para aplicações de baixa ampliação, permitindo a observação 3D de alta qualidade de objetos que normalmente são visíveis a olho nu. Em aplicações de microscópio estereoscópico de ciências biológicas, isso pode envolver a observação de insetos ou plantas. Além disso, é muitas vezes referido como um microscópio de dissecação, devido à sua utilidade no trabalho de dissecção biológica.