O Protocolo de Pesquisa é o conjunto de documentos que são encaminhados ao CoEP visando sua análise e parecer. O conjunto de documentos contempla a descrição da pesquisa em seus aspectos fundamentais e as informações relativas ao participante da pesquisa, à qualificação dos pesquisadores e a todas as instâncias responsáveis;
Deve conter: Folha de Rosto, Projeto de Pesquisa, Termo de Anuência das instituições (proponentes e coparticipantes); cronograma; orçamento; TCLE/TALE(se aplicável). A CPq disponibiliza modelos.