Dependendo do tipo e da evolução da doença periodontal, pode ser necessária intervenção cirúrgica. Para remoção da carga bacteriana presente abaixo do nível da gengiva pode ser necessária uma cirurgia de retalho, em que a gengiva é levantada para a limpeza total da zona e depois suturada de volta ao seu lugar. Quando já houve perda de tecido ósseo e fibroso, em determinadas condições poderá ser realizado um enxerto ósseo ou gengival, com a intenção de recuperar/regenerar os tecidos perdidos.