Em pessoas com úlcera ou gastrite em atividade, não é recomendado o consumo do café por estimular a secreção ácida e a pepsina no estômago.
Outro problema em relação ao café diz respeito à absorção de ferro, pois ele atua reduzindo a absorção desse mineral, sendo uma situação preocupante, principalmente em pessoas que apresentam sua carência. Estudos relacionam, ainda, a cafeína como indutor da osteoporose.