Ambos são formatos usados no Excel. O primeiro, conhecido como XLS, foi usado em versões mais antigas, lançadas antes de 2007. Assim como os demais formatos compatíveis com essas edições do Windows, XLS é uma extensão de salvamento binário, pouco adequada para a integração com outros softwares.
Já o XLSX é a versão moderna, baseada na estrutura xml que compacta arquivos de maneira automatizada para ocuparem menos espaço no disco. Ela integra-se perfeitamente com os outros programas. O PDF Guru pode passar PDF para Excel em ambos os formatos.