Cada versão tem 37 Pokémon exclusivos, incluindo monstrinhos comuns das quatro primeiras gerações até as criaturas lendárias e míticas, como os próprios Dialga e Palkia que estampam as artes dos jogos. Para completar a Pokédex da região de Sinnoh, é necessário ter alguém que transfira para você as criaturas da versão oposta a sua.