A doença de Crohn provoca sintomas que variam em intensidade e geralmente se manifestam em crises intercaladas com períodos de remissão. Entre os sintomas provocados pela doença podemos citar a cólica abdominal, a diarreia, o sangramento retal e a febre. O paciente pode também apresentar perda de apetite e consequente perda de peso, obstruções intestinais, fístulas na região perianal e abscessos. Vale salientar que manifestações extraintestinais podem também estar presentes, como dores nas articulações e lesões na pele.