Embora os benefícios terapêuticos do Ciloxan sejam vastos e inegáveis, o domínio dos produtos farmacêuticos inevitavelmente nos familiariza com a noção de possíveis resultados indesejados. As adversidades relatadas incluem, entre outras, irritação ocular leve, ceratite pontilhada superficial transitória e ocorrências extremamente raras de reações alérgicas mais graves.