Pode ser difícil adequar a forma correta da coleta do exame de urina ao manejo do animal, entretanto, improvisos não são bem vindos, uma vez que muitos podem interferir na qualidade dos resultados, como por exemplo, coletar urina do chão, por mais que afirmem que o chão está limpo, nele há sujidades que contaminam a urina e podem ser confundidas com elementos do sedimento urinário.
A micção espontânea é o método mais utilizado, mas deve-se tomar cuidado por haver a necessidade de desprezar o primeiro jato de urina, além de realizar uma assepsia adequada do aparelho genital externo. A amostra deve ser acondicionada em um frasco apropriado e limpo, geralmente a melhor opção é o fornecido pelo próprio laboratório a ser realizado o exame. Outra forma de coleta é por sonda ou punção que consistem em uma menor contaminação da amostra.
A urina deve ser enviada imediatamente ao laboratório em embalagem térmica contendo gelo, caso o médico veterinário tenha a intenção de dosar a bilirrubina, o material também deve vir protegido da luz.
No caso de cultura de urina, esta deve ser colhida em frasco estéril. O ideal é que, neste caso, ela seja colhida na clínica veterinária ou no laboratório veterinário.