O termo "microbiota" refere-se ao conjunto de microrganismos (como bactérias, fungos, vírus e arqueias) que vivem em um determinado ambiente, como o intestino, pele, boca ou vagina. Esses microrganismos formam comunidades complexas e desempenham papéis importantes na saúde e no funcionamento do organismo hospedeiro.  Por outro lado, o termo "microbioma" refere-se ao conjunto completo de genes presentes na microbiota. O microbioma engloba o material genético dos microrganismos que compõem a microbiota. Esses genes podem influenciar a função dos organismos hospedeiros e têm um papel significativo em vários processos fisiológicos.