W przypadku zapalenia cewki moczowej, leczenie polega na stosowaniu leków przeciwdrobnoustrojowych, głównie antybiotyków. Leczenie trzeba przeprowadzić do końca, a po jego zakończeniu ponownie wykonać badanie kontrolne, aby upewnić się, że kuracja była skuteczna. Natomiast chory pęcherz można leczyć zarówno domowymi sposobami, jak i za pomocą antybiotyków czy sulfonamidów o szerokim zakresie działania. Powikłania zapalenia cewki moczowej nie są zbyt częste. U mężczyzn czasami może dojść do zapalenia najądrza czy jądra. Rzadkim, ale realnym zagrożeniem po zapaleniu cewki moczowej sprowokowanym chlamydiami jest reaktywne zapalenie stawów, nazywane też zespołem Reitera. Z kolei w przypadku zapalenia pęcherza moczowego brak leczenia może doprowadzić do schorzenia przewlekłego i poważnych powikłań, nawet do zapalenia nerek.