Leczenie grzybicznego zapalenia zatok polega na usunięciu mas grzybiczych i stosowaniu leków przeciwgrzybiczych. W przypadku przewlekłego zapalenia zatok może być konieczne leczenie zabiegowe, takie jak endoskopowe usunięcie grzybni i polipów z zatok. W celu uniknięcia grzybicznego zapalenia zatok zaleca się dbanie o zdrowie ogólnoustrojowe, prawidłową higienę jamy ustnej i profilaktykę czynników ryzyka.