Mieszkańcy okolicznych miejscowości turystycznych boją się znikania plaż i zamulenia wody w wyniku prac na mierzei. Eksperci z portalu naukadlaprzyrody.pl potwierdzają te obawy oraz dodają:
“Najbardziej poważne konsekwencje będzie miała budowa i utrzymywanie toru wodnego, czyli regularne pogłębianie płytkiego obszaru od ujścia przekopu do portu w Elblągu. Dno Zalewu pokryte jest bogatym w materiał organiczny lotnym mułem, który unosi się w wodzie po każdym wzburzeniu, więc wielokilometrowy kanał wodny będzie źródłem ciągłej chmury gęstych zawiesin, które mają bardzo negatywne skutki dla wszystkich organizmów filtrujących oraz młodocianych stadiów ryb – w tym najcenniejszych w rejonie tarlisk sandacza”.