Alergia jest często mylona z nietolerancją, która wywołuje podobne objawy. Warto jednak zaznaczyć, że są one wynikiem kompletnie innego mechanizmu. Alergia jest wynikiem nieprawidłowej reakcji obronnej układu odpornościowego na potencjalnie nieszkodliwe substancje. Natomiast nietolerancja oznacza, że organizm danej osoby nie toleruje konkretnej substancji (pokarmu lub składnika). Organizm człowieka nie jest więc w stanie jej wchłonąć lub strawić, ponieważ nie ma wystarczającej ilości potrzebnej do tego substancji lub też w ogóle jej nie posiada.