Niemowlęta nie mają enzymów niezbędnych do trawienia HMO, dlatego jedynie ok. 1-2% HMO jest wchłaniane w jelicie cienkim i dociera do krążenia systemowego. Zatem większość HMO dociera w niezmienionej postaci do dolnego odcinka jelita grubego, gdzie ulega w pewnym stopniu procesowi fermentacji przez korzystną mikrobiotę jelitową i bezpośrednio lub pośrednio wspiera odporność dziecka.