Złożony jest sam wybór mieszanek, który powinien być dokonywany pod okiem lekarza. To on – na podstawie dotychczasowej diety malucha – wybierze odpowiednią mieszankę, biorąc pod uwagę to, czy objawy alergii ustępują po wprowadzeniu mieszanki opartej na hydrolizowanych białkach mleka krowiego, czy nie. Jeśli nie, w przypadku ciężkich objawów alergii, być może koniczne będzie zaordynowanie mieszanki aminokwasowej. W niezłożonych łagodnych lub umiarkowanych objawach alergii na białka mleka krowiego lekarz sięga się po mieszankę o wysokim stopniu hydrolizy, w której łańcuchy białkowe są pocięte na krótkie fragmenty, co znacznie zmniejsza ryzyko reakcji alergicznej. Kiedy mieszanka ta nie jest wystarczająca, lekarz zamieni ją na mieszankę aminokwasową, przy której ryzyko reakcji alergicznej praktycznie nie występuje – dlatego można zalecić ją niezależnie od stopnia złożoności konkretnego przypadku.