O kwalifikacji do przeprowadzenia zabiegu zawsze decyduje lekarz na podstawie wywiadu, a także badań dodatkowych, które obrazują stopień uszkodzenia nerwu i otaczających go struktur. Jednym z warunków kwalifikacyjnych jest brak efektów postępowania zachowawczego. Ze względu na wysokie bezpieczeństwo procedury, nie ma bezwzględnych przeciwwskazań do przeprowadzenia hydrodekompresji, oprócz indywidualnych czynników, jak zmiany skórne czy stany zapalne w miejscu iniekcyjnym, a także potwierdzone uczulenia na środki znieczulające.