Niektóre z obecnych wyzwań stojących przed inżynierią biomedyczną obejmują potrzebę opracowania dokładniejszych i wydajniejszych technik obrazowania medycznego, zapewnienia bezpieczeństwa i skuteczności wyrobów medycznych, uwzględnienia etycznych implikacji nowych technologii, takich jak inżynieria genetyczna, oraz wypełnienia luki między praktykami inżynieryjnymi i klinicznymi .