Epidemiolodzy stoją przed różnymi wyzwaniami, w tym ograniczonymi zasobami, problemami etycznymi, stronniczością w gromadzeniu danych oraz koniecznością zrównoważenia terminowości i dokładności raportowania. Napotykają także trudności w badaniu rzadkich chorób, dokładnym pomiarze narażenia i radzeniu sobie z czynnikami zakłócającymi, które mogą mieć wpływ na wyniki badań.