USG Doppler, tak samo jak inne badania USG, zazwyczaj nie wiążą się z powikłaniami. Natomiast niektóre czynniki mogą powodować błędny wynik badania. Wśród nich są: bliskie usytuowanie kości w badanym obszarze czy obecność gazów w jelitach. Dodatkowo osoby z otyłością, mające problem z siedzeniem bez ruchu lub cierpiące na nieregularne bicie serca, mogą mieć niedokładne wyniki badań.