Zalety i wady terapii radonowej są czasem przedmiotem kontrowersji. Faktem jest, że w przypadku terapii radonem obowiązują te same zasady, co w przypadku innych zastosowań medycznych wykorzystujących promieniowanie zjonizowane (np. rentgenowskie): Nie można całkowicie wykluczyć długotrwałych skutków ubocznych, w tym nieco zwiększonego ryzyka rozwoju raka płuc. Jednak narażenie na promieniowanie podczas leczenia radonem jest bardzo niskie. Ponadto pacjenci są narażeni na promieniowanie tylko przez bardzo krótki czas. Ostatecznie jest to kwestia rozważenia korzyści i ryzyka. W żadnym wypadku nie należy przeprowadzać terapii radonowej jako "zabiegu spa", ale tylko wtedy, gdy istnieje korzyść medyczna.