Po podaniu doustnym szybko wchłania się z jelita cienkiego, stężenie maksymalne we krwi uzyskiwane jest po około 1–2 godzinach. Pokarm nie wpływa na dostępność biologiczną omeprazolu. Po podaniu pojedynczej dawki zmniejszenie wydzielania kwasu żołądkowego utrzymuje się przez całą dobę.