Marketing afiliacyjny to skuteczna i opłacalna metoda pozyskiwania transakcji w sklepie internetowym, jednak jak każda inna forma reklamy sklepu internetowego, wymaga dokładnej analizy oraz odpowiedniego wdrożenia. Bardzo często okazuje się, że po wdrożeniu afiliacji, średni koszt pozyskania transakcji w sklepie internetowym drastycznie wzrasta. Główną przyczyną tego stanu rzeczy są nakładające się na siebie kampanie, kierowane do tych samych użytkowników. Chcąc pozyskiwać zamówienia za pomocą afiliacji, powinniśmy dostosować pozostałe działania prowadzone przez sklep, aby uniknąć nadmiernego wzrostu kosztu pozyskania transakcji.