Ponieważ zespół jelita drażliwego daje mało charakterystyczne objawy, można go łatwo pomylić z innymi dolegliwościami ze strony układu pokarmowego. Symptomy przy IBS przypominają te świadczące o infekcji przewodu pokarmowego (bakteryjnej, grzybiczej lub wirusowej), stanie zapalnym, a nawet niektórych chorobach nowotworowych.