Aby utworzyć pliki MKV, potrzebujesz specjalistycznego oprogramowania umożliwiającego kodowanie multimediów do formatu MKV. Niektóre popularne opcje obejmują MakeMKV i HandBrake. Narzędzia te umożliwiają konwersję istniejących filmów lub zgrywanie zawartości z płyt DVD i Blu-ray do formatu MKV.