Produkcja biogazu z wykorzystaniem gnojowicy może przyczynić się do poprawy jakości gleby, ponieważ w procesie fermentacji wytwarzany jest poferment, który można wykorzystać jako naturalny nawóz. Ponadto, procesy związane z produkcją biogazu, takie jak pasteryzacja gnojowicy, mogą pomóc w eliminacji chorobotwórczych patogenów i szkodliwych substancji z gleby.