W stomatologii zdjęcia cefalometryczne wykorzystywane są głównie w leczeniu ortodontycznym. Służy diagnostyce wad zgryzu, planowaniu ich leczenia, jak i kontrolowaniu jego przebiegu oraz uzyskanych efektów. Dzięki zdjęciu cefalometrycznemu określić można wzajemne stosunki pomiędzy czaszką, szczęką i żuchwą oraz ocenić kierunek wzrostu twarzy i zmian powstałych podczas leczenia. Badanie wykorzystywane jest też w diagnostyce stomatologiczno-laryngologicznej w celu oceny szerokości górnych dróg oddechowych. Stosuje się je coraz powszechniej w protetyce i chirurgii rekonstrukcyjnej.