Niestety nieleczona chlamydioza może doprowadzić do wielu groźnych powikłań. Przykładowo, nieleczone zakażenie może spowodować rzeżączkę, stan zapalny macicy i jajowodów lub bezpłodność. U mężczyzn bakterie wywołujące chlamydiozę mogę dać początek zapaleniu gruczołu krokowego.