Estończycy nie należą etnicznie do Baltów, ale razem z Lapończykami i Finami do ludów ugrofińskich. Niemniej jednak Estonia jest geograficznie uważana za część państw bałtyckich.
Już w piątym tysiącleciu plemienne grupy ugrofińskie osiedliły się w sercu Estonii. W trzecim tysiącleciu p.n.e. ukształtował się profil Finów Morza Bałtyckiego o regionalnej specyfice kulturowej i językowej. W drugim tysiącleciu p.n.e. rozwinęły się kontakty pomiędzy bałtyckimi Finami na północy a bałtyckimi grupami plemiennymi na południu. W ciągu pierwszego tysiąclecia p.n.e. rozwinęła się estońska grupa etniczna. Od połowy I tysiąclecia n.e. Estończycy mają kontakt ze Słowianami Wschodnimi, później głównie z Rosjanami.
Przez najdłuższy czas w swojej historii politycznej Estończycy byli zależni od innych państw.
W okresie carskiej władzy rosyjskiej i sowieckiej społeczność estońska znajdowała się pod silną presją akulturacyjną, która pozostawiła ślady językowe w zmianie języka na rosyjski wśród niektórych grup ludności oraz w dwujęzyczności nowoczesności.
Język estoński pisany jest od XVII wieku. Bliskie relacje z kulturowo i językowo spokrewnionymi sąsiadami, Finami, szczególnie od XIX wieku, wzmocniły samoocenę Estończyków i zmotywowały do kultywowania estońskiej tożsamości i języka.