Faktura zaliczkowa daje prawo do odliczenia VAT, a więc można ją ująć bezpośrednio w rejestrze zakupu VAT. Księgowania dokonuje się pod datą otrzymania faktury. Dokument ten nie jest jednak podstawą do dokonania zapisów w podatkowej księdze przychodów i rozchodów. Po otrzymaniu faktury końcowej przy realizacji zamówienia, należy dokonać wpisu do KPiR w dacie jej wystawienia. Pozostała część podatku VAT będzie mogła zostać ujęta w rejestrze VAT zakupu w dacie otrzymania faktury końcowej.