Zabieg biopsji trwa zwykle nie dłużej niż 5-15 minut. Jeśli zachodzi taka potrzeba, biopsję przeprowadza się w znieczuleniu miejscowym. Igła wprowadzana jest pod kontrolą USG w obszar podejrzanych zmian, a następnie pobierany jest materiał. W przypadku biopsji gruboigłowej konieczne jest wykonanie niewielkiego nacięcia skóry, przez które wprowadzana jest igła z niewielką nakładką. Po pobraniu materiału komórkowego cytologicznego lub materiału tkankowego igła jest wyciągana, a miejsce wkłucia zostaje zabezpieczone opatrunkiem. Cięcie skóry w biopsji gruboigłowej zaopatruje się szwami lub stosuje się steril stripy.