Jako pisarz science fiction debiutował w 1956 na łamach tygodnika „Dookoła Świata”. Laureat drugiej nagrody w konkursie literackim czasopisma „Młody Technik” za opowiadanie Prawo wyboru (1962),które otrzymało również wyróżnienie na Międzynarodowym Konkursie Fantastyki w Moskwie. Najczęściej publikował swoje opowiadania na łamach „Młodego Technika” oraz „Nurtu”.
Opowiadania Fiałkowskiego z lat 1956–1979 utrzymane były głównie w konwencji „cudownego wynalazku”. W późniejszej fazie twórczości następuje wyraźny przełom – nowsze utwory Fiałkowskiego poruszają tematykę poszukiwania prawdy i praw rządzących rzeczywistością, na przykład w podejmującej interpretację Nowego Testamentu powieści Adam, jeden z nas. Opowiadania Poprzez piąty wymiar, Szansa śmierci, Biohazard stały się podstawą widowisk i filmów telewizyjnych.
Utwory Fiałkowskiego były tłumaczone na język angielski, bułgarski, czeski, francuski, japoński, niemiecki, portugalski, rosyjski, rumuński, słowacki, szwedzki, węgierski, włoski.
Był członkiem Stowarzyszenia Pisarzy Polskich i członkiem założycielem Polskiego Towarzystwa Informatycznego.