Główną wadą CRM jest to, że zwykle nie jest darmowy. Niektórzy dostawcy oferują bezpłatne plany, ale jeśli chcesz uzyskać pełną funkcjonalność, musisz przejść na plan płatny. Podczas gdy firmy mogą korzystać z arkuszy kalkulacyjnych lub rozwiązań na zamówienie, CRM kosztuje regularną opłatę abonamentową, co może być kosztowne dla małej firmy. Jednak często warto zainwestować, aby wyglądać bardziej profesjonalnie.  Oprócz tego, niektóre firmy mogą wymagać bardziej specyficznej usługi, której nie oferują CRM, co oznacza, że ​​jeśli to możliwe, konieczne może być stworzenie spersonalizowanego CRM. Personel będzie również musiał zostać przeszkolony w zakresie korzystania z CRM, co może dodatkowo obciążyć niektóre działy.