Pomijając koszt stworzenia sklepu do opłat stałych musimy doliczyć serwer i domenę w przypadku platform Open Source. Dodatkowymi kosztami mogą być dodatkowe moduły i cykliczne aktualizowanie systemu. Trzeba również się liczyć z dodatkowymi kosztami programistycznym jeżeli chcemy dorobić nowe funkcjonalności lub przebudować stronę internetową.
Systemy storn internetowych SaaS mają zazwyczaj stałą opłatę miesięczną w zależności od wyboru funkcjonalności i wielkości pakietu. Serwer w przypadku platform SaaS jest bardzo często w cenie opłacanego abonamentu. Należy się też liczyć z dodatkowymi opłatami jeżeli chcemy coś na sklepie internetowym zmienić. Wiele firm oferujące gotowe rozwiązania SaaS zarabiają na tego typu rozwiązaniach specjalnie obniżając próg wejścia za stworzenie nowego sklepu internetowego.