Inhalator należy czyścić po każdym użyciu - tylko w ten sposób możemy mieć pewność, że urządzenie nie zawiera pozostałości po lekach czy roztworach, a także jest wolne od zabrudzeń. Poszczególne elementy nebulizatora, poza przewodem powietrznym, można myć pod bieżącą ciepłą wodą, wykorzystując do tego detergent. Wszystkie części inhalatora, z wyłączeniem przewodu powietrznego, można także dezynfekować przy użyciu środków dezynfekujących. Ostatnią metodą na oczyszczenie urządzenia pozostaje para wodna, choć metoda ta najczęściej jest stosowana w placówkach medycznych i pozostaje zazwyczaj poza zasięgiem osób prywatnych.