Według statystyk, od 60 do 80% infekcji jest bezobjawowych lub skąpoobjawowych. Wirus Zika jest jednak szczególnie groźny dla kobiet w ciąży – może prowadzić do poronień lub poważnych wad wrodzonych u dziecka, takich jak m.in. małogłowie. Są też prowadzone badania, które wykazują związek między wirusem a schorzeniem układu nerwowego (Zespół Guillain-Barré).