Zasadnicza klasyfikacja ze względu na pochodzenie substancji zakłada podział na środki naturalne, zbliżone do naturalnych oraz sztuczne (syntetyczne). Ogólny podział ze względu na funkcje substancji chemicznych w przemyśle spożywczym wyróżnia z kolei substancje konserwujące, barwniki, środki smakowo-zapachowe oraz substancje zmieniające teksturę produktów.