Jeśli zapisujesz dane lokalnie, są one bezpieczne, ponieważ zapisywane są wyłącznie na Twoim komputerze. Nie istnieje żadna centralna baza, gdzie przechowywane są informacje o wszystkich użytkownikach fillup. Dodatkowo w programie możesz ustanowić hasło dostępu do aplikacji oraz zaszyfrować całą bazę danych i wypełnione druki, (jak to zrobić przeczytaj w Dokumentacji pomocy). Wszystkie dane podawane przez Ciebie przy korzystaniu z wersji on-line przesyłane są na serwery w szyfrowanym protokole HTTPS (SSL 128 bit), gwarantowanym przez renomowaną międzynarodową firmę GeoTrust, wykorzystywanym również przez banki podczas transakcji internetowych.
Dane możesz również przechowywać na bezpiecznym Dysku fillup https://www.fillup.pl/dysk-fillup-chmura/  Dysk fillup działa w oparciu o nowoczesną technologię Microsoft Azure, z której korzysta zarówno Ministerstwo Finansów, jak i najpotężniejsze światowe firmy czy instytucje, w tym Generali, Rolls-Royce, Real Madryt, Heineken, Unia Europejska czy Departament Obrony Stanów Zjednoczonych. .