Wśród przeciwwskazań do rezonansu magnetycznego można wymienić: metalowe elementy w ciele (przyciąganie), rozrusznik serca, neurostymulatory (pole magnetyczne emitowane przez rezonans może zakłócać działanie urządzeń) oraz implanty ślimakowe (starszej generacji). W większości przypadków, przy braku innych przeciwwskazań, pacjenci mogą wówcza skorzystać z badania tomografii komputerowej.