Odzyskanie danych z pendrive’a może być konieczne w sytuacji przypadkowego usunięcia plików, awarii nośnika pamięci czy jego zainfekowania wirusem. Można spróbować przywrócić utracone dane za pomocą służącego do tego oprogramowania. Po przeskanowaniu pendrive’a ukaże się lista plików, które będzie można odzyskać. Jeżeli jednak utracie danych towarzyszy uszkodzenie komórek pamięci, przywrócenie plików może okazać się niemożliwe.