Istnieje kilka przyczyn, które determinują ataki kolkowe. Z kolką borykają się dzieci, które między innymi miały niską wagę urodzeniową, nie tolerują laktozy, mają niedobór laktazy, występują u nich zaburzenia żołądkowo-jelitowe wynikające często z alergii pokarmowych. Kolka pojawia się również, gdy noworodek w trakcie ssania piersi lub butelki połyka dużą ilość powietrza. Dolegliwość może być efektem nadmiaru gazów oraz wzdęć, refluksu żołądkowo-przełykowego czy nieprawidłowej wrażliwości centralnego układu nerwowego. Warto być świadomym, że kolka to również wynik powikłań występujących podczas porodu, a nawet czynnego palenia papierosów przez matkę w trakcie ciąży oraz po jej rozwiązaniu bądź biernego wdychania dymu tytoniowego. Jednak za najczęstszą przyczynę kolki uważa się niedojrzałość przewodu pokarmowego, który nie potrafi sobie poradzić ze spożywanym pokarmem.