Korzystanie z SaaS wiąże się z powierzeniem danych zewnętrznemu dostawcy. Rodzi to obawy o bezpieczeństwo i prywatność. Dostawcy SaaS muszą wdrażać zaawansowane środki ochrony danych.Wyzwaniem może być zależność od dostawcy w zakresie dostępności i rozwoju. Integracja z istniejącymi systemami też bywa problematyczna.