Ze względu na funkcję magazyn cross docking różni się od standardowego m.in. wielkością i organizacją przestrzeni. Budynki cross dockingowe mają zazwyczaj 6 m wysokości, czyli są niższe od tradycyjnych magazynów o całe 4 m. Ze względu na skrócony czas przechowywania towarów posiadają niewielką ilość regałów, szaf czy innego sprzętu przeznaczonego do składowania produktów. Czasami producenci całkowicie rezygnują z takiej infrastruktury (cross docking gotowych palet).
Nietypowy jest też kształt magazynów cross dockowych. Buduje się je najczęściej na planie prostokąta lub litery „L” (czasami „H” lub „C”). Taki układ przyspiesza przeładunek kompletacyjny. Dzięki temu pracownicy pokonują krótsze trasy pomiędzy dokami i bramami. Z kolei pojazdy, np. wózki widłowe, zużywają mniej paliwa, co przekłada się na redukcję kosztów.