Seler korzeniowy najlepiej rośnie na glebach ciężkich i gliniastych, które mają wysoką zawartość próchnicy. Jednak gleby zbyt ciężkie mogą stwarzać problemy podczas zbioru selera. Najlepszym rozwiązaniem jest wybieranie gleb o dobrej zasobności próchnicy, które nie są zbyt ciężkie. Ponadto, seler preferuje stanowiska po roślinach niebędących żywicielami nicieni, które są głównym zagrożeniem dla tej rośliny. Dlatego ważne jest także planowanie płodozmianu, aby uniknąć uprawy selera po innych roślinach z tej samej rodziny.