Nowy koronawirus pochodzi z Chin, a za jego źródło uważa się targ rybny w mieście Wuhan w prowincji Hubei. Tak, jak wiele koronawirusów, jest to wirus odzwierzęcy, jednak do tej pory nie potwierdzono z wszelką pewnością, od jakiego gatunku zwierząt pochodzi. Naukowcy wskazują na nietoperze z rodziny podkowcowatych, jednak w grupie podejrzanych przez jakiś czas znajdowały się także łuskowce. Na początku pandemii pojawiły się ponadto przypuszczenia, że do rozwoju epidemii przyczyniły się także bezdomne psy.