Do faktur Pro Forma nie powinno się dodawać płatności, ponieważ jeśli dodamy płatność również do faktury właściwej, to płatności by się zdublowały w programie (byłaby dodana płatność za Pro Formę, a druga za fakturę).
Po zapłaceniu Faktury Pro Forma należy wystawić z niej fakturę VAT i wpisać w w polu "zapłacono" kwotę zapłaconą. Jeśli termin płatności ustawiony zostanie na zero, to pole "zapłacono" samo ustawi się na całą kwotę faktury. Można oczywiście płatność dodać też później, poprzez ikonkę "dodaj płatność" przy danym dokumencie, w "opcjach".
Jeśli chcemy oznaczyć fakturę Pro Forma jako zapłaconą, możemy dokonać tego już na liście faktur. W tym wypadku należy oznaczyć okienko "zapłacona" tzw. "ptaszkiem", i następnie na dole strony (w dolnej części okna przeglądarki) kliknąć przycisk "zapisz". Wówczas faktura Pro Forma będzie pokazywała się jako zapłacona.