Koszty eksploatacyjne wiążą się z użytkowaniem i utrzymaniem wynajmowanej powierzchni. Ujmują one między innymi: konserwację budynku (i powierzchni przynależącej do magazynu), przeglądy techniczne, ubezpieczenie obiektu, podatek od nieruchomości, wywóz nieczystości, ochronę, obciążenia finansowe związane z dbaniem o zieleń wokół budynku, czy dodatkowe koszty sezonowe, jak choćby odśnieżanie dachu. Stawki za koszty eksploatacyjne naliczane są w formie zaliczki za każdy metr kwadratowy wynajmowanej powierzchni, niezależnie od jej rodzaju (deweloper operuje na jednej stawce, zarówno dla przestrzeni magazynowej, produkcyjnej jak i biurowej). Ich wysokość uzależniona jest od wielkości najmowanej przestrzeni.