Morze Bałtyckie jest najsłabiej zasolonym morzem na świecie, dlatego mówi się, że jest morzem słonawym. Wynika to m.in. z dużych wpływów słodkiej wody z otaczającego terenu oraz płytkości samego morza. Szacuje się, że wpływy do Bałtyku stanowią w przybliżeniu 1/4 całkowitej objętości morza rocznie, ponieważ roczny wpływ wynosi około 500 km3. Do Bałtyku w sumie wpływa około 250 rzek, z czego największe to m.in. Wisła, Odra, Newa, Kemi oraz Niemen. Woda tuż przy dnie jest przy tym zawsze bardziej słona od wody powierzchniowej. Niskie zasolenie Morza Bałtyckiego ma związek z niskimi temperaturami oraz związanym z tym mniejszym tempem parowania wody. Średnie zasolenie wynosi ok. 7 PSU, co oznacza, że na litr wody przypada średnio zaledwie 7 g soli. W środkowej części Bałtyku nie przekracza natomiast 10 g soli/l. W Cieśninach Duńskich zasolenie Morza Bałtyckiego wynosi 20-30 g/l. Dla porównania średnie zasolenie wody morskiej na świecie wynosi około 39 g/l.