Koszty korzystania z wpłatomatu zwykle zależą od polityki prowadzonej przez bank. Najczęściej dla klienta, który używa urządzeń banku, w którym posiada konto, usługa jest bezpłatna. Z prowizją trzeba się liczyć przy wpłatach realizowanych za pośrednictwem urządzeń obcych. Opłaty za korzystanie z wpłatomatów zwykle wahają się w przedziale od 0,2% do 0,6% wartości wpłacanej kwoty.