Aby zarejestrować się w systemie e-TOLL, można to zrobić online za pośrednictwem strony e-TOLL.gov.pl. Po rejestracji konieczne jest przypisanie urządzenia (OBU lub ZSL) do samochodu. Można również dokonać rejestracji w Miejscu Obsługi Klienta lub skorzystać z dostawców kart flotowych. Inna opcja to użycie aplikacji e-TOLL.pl, która umożliwia rejestrację i zakup biletu autostradowego za pomocą telefonu komórkowego. Wszystkie metody wymagają podania danych osobowych i danych pojazdu.