System operacyjny smartwatcha powinien być kompatybilny z systemem smartfona, z którym zostanie sparowany. Część modeli umożliwia bezproblemowe połączenie zarówno z telefonami z systemem Android, jak i iOS. To przede wszystkim smartwatche pracujące na Androidzie albo Tizenie. Są jednak i takie zegarki, które nawiążą współpracę tylko z konkretnym smartfonem. Mowa przede wszystkim o urządzeniach marki Apple , które połączą się wyłącznie z iPhone’ami.