Główna różnica polega na poziomie zaangażowania pracowników oraz wykorzystaniu technologii. Kompletacja manualna wymaga bezpośredniego udziału człowieka w procesie zbierania towarów, co może wprowadzać większe ryzyko błędów i jest zazwyczaj bardziej czasochłonne. Kompletacja automatyczna wykorzystuje zaawansowane technologie, takie jak roboty i systemy sortujące, które przyspieszają proces, minimalizują błędy i redukują potrzebę ciągłego nadzoru ludzkiego.