Serwer Linux jest podobnie jak serwer Windows systemem operacyjnym, na którym instalowane są programy, z tym, że serwery Linux można znacząco konfigurować, aby odpowiadały przeznaczonym dla nich zastosowaniom. Serwery Linux dla ChmuryZZP zostały zoptymalizowane pod kątem bezpieczeństwa i wydajności operacyjnej. Na serwerach Linux instalowana jest aplikacja Nextcloud oraz, przy wyborze VPN, również Pritunl VPN.