Mimo że wrotycz pospolity zawiera wiele korzystnych składników i ma szerokie zastosowanie, nie jest bezpieczny dla wszystkich. Ze względu na zawartość tujonu, który wykazuje silne działanie przeciwpasożytnicze, wrotyczu nie powinny stosować kobiety w ciąży, gdyż może on wykazywać właściwości poronne. Wrotyczu nie powinny też stosować osoby z chorobami wątroby i nerek, a także dzieci poniżej 12 roku życia. Przed rozpoczęciem stosowania wrotyczu, zawsze warto skonsultować się z lekarzem lub farmaceutą.