Odróżnienie SIBO od IBS (zespół jelita drażliwego) może być bardzo trudne, ponieważ oba te stany powoduje podobne lub takie same objawy. SIBO można zweryfikować klinicznie i leczyć, chociaż IBS również jest do zdiagnozowania, ale objawów nie można wyjaśnić klinicznie. Dlatego też pacjenci z SIBO często są badani na obecność innych podobnych schorzeń (np. nietolerancji laktozy). W zależności do potrzeb chory będzie leczony na te inne choroby, dzięki czemu istnieje duża szansa wyleczenia i wyeliminowania objawów.