Food and Drug Administration (FDA) ostrzega, że leki z grupy IPP mogą powodować niedobór magnezu i B12, osteoporozę, infekcje Clostridium difficile oraz zaburzenie flory bakteryjnej jelit. Ludzie starsi ze względu na wiek i choroby współistniejące są szczególnie narażeni na efekty uboczne tych leków.