Niektóre z wyzwań związanych z prowadzeniem HTA obejmują dostępność i jakość dowodów, złożoność technologii medycznych, potrzebę standaryzowanych metodologii, uwzględnienie różnych perspektyw i wartości, ograniczenia zasobów oraz szybkie tempo innowacji technologicznych. Sprostanie tym wyzwaniom wymaga współpracy, przejrzystości i ciągłego doskonalenia procesów HTA.