Wybór sposobu leczenia zależy od kilku czynników. Jej rodzaju, zaburzeń hemodynamicznych w układzie krążenia oraz stanu klinicznego pacjenta. Różnica w wyborze leczenia może dotyczyć tej samej wrodzonej wady serca. Zależy ono bowiem od istotnych objawów, które występują już w okresie noworodkowym lub niemowlęcym. Manifestują się później gorszym rozwojem fizycznym dziecka, nawracającymi infekcjami górnych dróg oddechowych, a w skrajnych przypadkach nawet niewydolnością serca. Może ona prowadzić do rozwoju nadciśnienia płucnego i śmierci pacjenta.