Do podstawowych obowiązków naturopaty w przypadku prowadzenia gabinetu lekarskiego należy przede wszystkim rozmowa z pacjentem, analiza jego przypadku oraz zalecenie odpowiednich terapii lub środków naturalnych likwidujących przyczynę schorzenia. Wielu terapeutów naturalnych zajmuje się także wsparciem terapii medycznych. W przypadku prowadzenia własnej działalności bardzo często konieczna jest także obsługa kasy fiskalnej, sprzedaż oraz kontakt z klientem, a także np. komponowanie danych mieszanek ziołowych.