Ciężko określić jednoznaczny i dokładny cennik pozycjonowania sklepu, ponieważ wpływ ma na to wiele czynników m.in. rodzaj branży i platformy, konkurencja, zakres działań itp. Poza tym każdy sklep e-commerce ma inną strukturę tzw. architekturę informacji, co ma duży wpływ na cenę. Jak najczęściej okazuje się, pozycjonowanie sklepu internetowego jest droższe od pozycjonowania strony i lokalnego pozycjonowania. Znowu patrząc na inne działania marketingowe, pozycjonowanie to relatywnie niski koszt, który w dłuższej perspektywie daje zwrot z inwestycji i przynosi zysk.