Za powstawanie kłykcin kończystych odpowiada wirus brodawczaka ludzkiego – HPV. Do tej pory rozpoznano ponad 150 typów tego wirusa, różniących się od siebie sekwencją DNA. Każdy z nich jest przyporządkowany do jednej z pięciu grup: alfa, beta, gamma, Nu lub Mu. Większość wirusów HPV, zwłaszcza z grup gamma i beta, występuje w organizmach osób zdrowych i ujawnia się przy obniżonej odporności np. w postaci brodawek. Kłykciny kończyste i inne choroby przenoszone drogą płciową rozwijają się w wyniku zakażenia wirusami z grupy alfa, najczęściej HPV 6 i HPV 11. Są to tzw. wirusy wysokogenne, czyli takie, które zwiększają ryzyko zachorowania na niektóre rodzaje nowotworów, np. raka szyjki macicy. Uwaga! Kłykciny kończyste można pomylić z kłykcinami płaskimi, które są wywoływane przez krętka bladego, a nie wirusa HPV.