Do aplikacji mObywatel można logować się hasłem ustawionym podczas rejestracji lub zmienić sposób logowania na biometrię i PIN. Natomiast, jeśli chcemy skorzystać z mObywatela w przeglądarce do wyboru mamy kilka sposobów logowania: profil zaufany, aplikacja mObywatel (poprzez zeskanowanie kodu QR), e-dowód, bankowość elektroniczna.