Brodawki łojotokowe powstają na skórze z bliżej nieokreślonych powodów. Jak dotąd zidentyfikowano tylko kilka najbardziej prawdopodobnych przyczyn. Wiadomo, że mogą pojawiać się na skutek predyspozycji genetycznych. Najbardziej narażone na tego typu problemy są ci, którzy mają w najbliższej rodzinie osoby z różnego rodzaju znamionami skórnymi. Ryzyko powstawania brodawek łojotokowych rośnie wraz z wiekiem. Zwykle zaczynają one wykwitać na skórze dopiero po 30. roku życia. Pojawiają się raczej w skupiskach aniżeli pojedynczo. Mogą towarzyszyć schorzeniom skórnym związanym z nadmiernym rogowaceniem naskórka i wzmożonym wydzielaniem sebum. Uwaga! Brodawki łojotokowe należy odróżnić od brodawek wirusowych. Te drugie, jak wskazuje sama nazwa, tworzą się na skutek zakażenia wirusem, np. HPV. Są to więc zmiany zaraźliwe.