Sklep Macaroni Tomato obsługuje płatności online (przedpłata) - za pośrednictwem systemów płatności elektronicznych DotPay.pl, PayU, PayPal lub szybkim przelewem elektronicznym: listę dostępnych banków można zobaczyć przy składaniu zamówienia lub za pobraniem dla wybranego metoda płatności, nie pobierają żadnych dodatkowych opłat. Zaksięgują płatność przelewem tradycyjnym (nawet 2-3 dni), podczas gdy weryfikacja płatności kartą kredytową lub przelewem ekspresowym zajmuje zwykle kilka minut.