Odpady metaboliczne i fekalia z szamba mogą zawierać różne bakterie, które odpowiedzialne są za poważne choroby u ludzi. Do najczęściej występujących drobnoustrojów zaliczyć można na enterokoki (Enterococcus faecalis), a także bakterie fermentujące węglowodany (Bacteroides) oraz bakterie syntezujące kwas masłowy (Clostridium).