Ogólna zasada działania bong z filtracją jest taka sama, jak w przypadku zwykłych bong. Różnią się one obecnością dodatkowej filtracji, która pomaga złapać większą ilość szkodliwych substancji z dymu. Aby używać bonga z filtracją, należy wypełnić dolną komorę wodą, umieścić tytoń w lufce, zapalić i wdychać dym przez ustnik.