Do dezynfekcji zalanego domu można używać preparatów chemicznych, takich jak chloramina czy podchloryn sodu. Należy również zachować środki ostrożności, jak noszenie maseczki, rękawic oraz ochrony oczu, a pomieszczenia dokładnie wietrzyć. Alternatywne metody dezynfekcji to ozonowanie i użycie lamp bakteriobójczych UV-C.