Faktura zaliczkowa jest "z góry" zapłacona, dlatego też nie pojawia się na niej numer konta bankowego, aby uniknąć ewentualnego dublowania opłat za daną transakcję. W tej sytuacji klient najpierw otrzymuje fakturę pro formę, na której jest wyszczególniony rachunek bankowy w danych sprzedawcy (jeżeli jest oznaczona metoda zapłaty PRZELEW i w systemie użytkownik posiada dodany numer rachunku bankowego). Na jej podstawie klient dokonuje wpłaty zaliczki, a faktura zaliczkowa jest już wyłącznie dokumentem księgowym odnotowującym otrzymanie zaliczki, natomiast nie generuje kolejnego zobowiązania do zapłaty.