Wynajem nieruchomości pozostaje opodatkowany. W efekcie należy z niego rozliczyć się przed właściwym dla podatnika urzędzie skarbowym. Podatnik nie składa w takim przypadku deklaracji PIT do urzędów skarbowych właściwych miejscowo ze względu na położenie nieruchomości, lecz rozlicza najem łącznie z pozostałymi swoimi przychodami, według właściwości ogólnej organu podatkowego. Oznacza to, że wszelkie postępowania w stosunku do wynajmu nieruchomości prowadzi urząd skarbowy właściwy ze względu na miejsce pobytu podatnika, jeśli nie posiada on miejsca zamieszkania (a jeśli ma miejsce zamieszkania - to organem tym jest urząd właściwy ze względu na miejsce zamieszkania).
Organ skarbowy może jednak przekazać wykonywanie czynności zarówno urzędnikom innych urzędów skarbowych, jak i jednostkom inspekcji skarbowej. W efekcie kontrolę podejmować może urzędnik z miejsca położenia nieruchomości.
Kontrola odbywa się na podstawie weryfikacji danych o najmie. W efekcie najczęstszymi informacjami są donosy lokatorów oraz sąsiadów oraz informacje z ogłoszeniami najmu z internetu, prasy, forów internetowych itp.
Kontrolujący ma prawo na podstawie upoważnienia m.in. do:
wstępu na grunt oraz do budynków, lokali lub innych pomieszczeń kontrolowanego, żądania udostępniania akt, ksiąg i wszelkiego rodzaju dokumentów związanych z przedmiotem kontroli oraz do sporządzania z nich odpisów, kopii, wyciągów, notatek, wydruków i udokumentowanego pobierania danych w formie elektronicznej;
zbierania innych niezbędnych materiałów w zakresie objętym kontrolą;
zabezpieczania zebranych dowodów;
przesłuchiwania świadków, kontrolowanego oraz innych osób.
Podatnik prowadzący najem prywatnie nie musi natomiast przekazywać rejestru najmu (ewidencji najmu). Taka ewidencja nie jest obowiązkowa i przekazana może zostać wyłącznie celem ułatwienia kontrolującemu prowadzenie czynności.