Wdrożenie systemu ERP to wspólne przedsięwzięcie klienta i Comarch, które doprowadza do użytkowania systemu przez pracowników przedsiębiorstwa. Wdrożenie rozpoczyna się od szczegółowej analizy wymagań klienta w stosunku do systemu ERP. Na tej podstawie powstaje wizja rozwiązania. Te dwa etapu stanowią analizę przedwdrożeniową, która jest bardzo istotna dla dalszych prac. Określa bowiem zakres prac oraz szczegółowy harmonogram. Po akceptacji dokumentów analizy przedwdrożeniowej Comarch rozpoczyna konfigurację systemu, wykonuje wstępny import danych, dostosowuje system ERP do wymagań klienta. Na tak przygotowanej wersji wstępnej (testowej) systemu ERP prowadzone są szkolenia dla użytkowników. Po akceptacji przez klienta funkcjonalności wersji wstępnej następuje import danych docelowych i klient rozpoczyna pracę z systemem ERP rejestrując rzeczywiste zdarzenia gospodarcze. W pierwszym okresie użytkowania systemu ERP Comarch zapewnia asystę osobistą konsultantów. Natomiast w okresie stabilizacji systemu ERP klient ma zapewnione zdalne wsparcie (telefon, mail, dostęp zdalny do zasobów IT). Ten etap kończy wdrożenie, a klient a czasie bieżącej pracy korzysta ze wsparcia powdrożeniowego. Opisane etapy wdrożenia odpowiadają metodyce wdrożeń Waterfall. W szczególnych przypadkach Comarch prowadzi wdrożenia zgodnie z metodyką Agile lub Water-Scrum-Fall.