W zależności od charakteru stanowiska w zawodzie naturopaty występują niewielkie przeciwwskazania do wykonywania zawodu. W przypadku pracy z ludźmi są to zaburzenia psychiczne oraz emocjonalne. Podczas wykonywania pracy w sklepie, gdzie na duży wysiłek narażony jest kręgosłup ważne jest zdrowie fizyczne pleców oraz odcinka lędźwiowego. Niemniej ważna dla niektórych naturopatów jest także kondycja oczu, które przez pracę na komputerze lub częste czytanie są dodatkowo narażone na osłabienie.