Koszty związane z wdrożeniem i utrzymaniem automatyzacji w e-commerce mogą być różne i zależą od skali przedsięwzięcia oraz wybranych narzędzi. Wprowadzenie automatyzacji wiąże się z kosztami zakupu i wdrożenia oprogramowania, szkolenia personelu oraz ewentualnego zatrudnienia specjalistów ds. technologii.