Fakturę zaliczkową od dealera księgują tylko czynni podatnicy podatku VAT, ponieważ faktura zaliczkowa powoduje skutek jedynie na gruncie podatku VAT. Nievatowcy zaliczki nie księgują.
Aby zaksięgować fakturę zaliczkową należy ją wprowadzić poprzez zakładkę: EWIDENCJE >>powinni jedynie przechowywać taką fakturę w dokumentacji firmowej REJESTR VAT ZAKUPÓW >> DODAJ WPIS. Wartość netto tego wpisu zależna będzie od sposobu użytkowania samochodu w firmie. Przy użytkowaniu TYLKO W DZIAŁALNOŚCI należy wprowadzić całą wartość netto z faktury zaliczkowej. Przy użytku mieszanym konieczne będzie wprowadzenie 50% wartości netto zaliczki w polu Wartość netto. Dzięki temu zostanie odliczona tylko wartość 50% VAT z faktury. Datą księgowania do VAT będzie dzień otrzymania faktury zaliczkowej.
W momencie przekazania auta dealer powinien przekazać również fakturę korygującą do faktury zaliczkowej ze względu na to, że wpłacone środki są wydawane leasingodawcy w celu zaliczenia ich na poczet opłaty wstępnej. Fakturę korygującą należy zaksięgować tożsamo jak zaliczkową, z tą różnicą, że wartość netto faktury należy poprzedzić znakiem minus. Datą księgowania będzie dzień wystawienia faktury korygującej.