Kalkulator wyceny przedsiębiorstwa, mimo swojej użyteczności, posiada pewne ograniczenia. Przede wszystkim, bazuje on na uproszczonych modelach i algorytmach, które mogą nie uwzględniać wszystkich unikalnych aspektów i złożoności danego biznesu. Dane wprowadzane do kalkulatora są często ogólnikowe i mogą nie odzwierciedlać specyficznych warunków rynkowych czy indywidualnych cech przedsiębiorstwa. Ponadto, kalkulatory online nie mogą zastąpić profesjonalnej analizy przeprowadzanej przez doświadczonego doradcę inwestycyjnego, który bierze pod uwagę szeroki zakres czynników ekonomicznych i strategicznych. Kalkulatory te mogą również nie być w pełni aktualne z najnowszymi zmianami w prawie, trendach rynkowych czy warunkach gospodarczych. Z tego powodu, wycena uzyskana za pomocą kalkulatora online powinna być traktowana jako wstępna ocena, a nie jako dokładne i kompleksowe narzędzie do podejmowania kluczowych decyzji biznesowych.