Według art. 22 ust. 13 ustawy o pdof podwyższone koszty uzyskania przychodów nie należą się pracownikowi, któremu pracodawca zwraca koszty dojazdu do pracy i nie odprowadza od nich zaliczki na podatek. Jeżeli zwrócone koszty są zaliczane do opodatkowanych przychodów, można zastosować podwyższone KUP. Ten przepis odnosi się także do art. 22 ust. 11 ustawy o pdof, który dotyczy uwzględniania faktycznie poniesionych kosztów na dojazdy do pracy w rocznym rozliczeniu podatku.