W zależności od lokalizacji ognisk choroby, pierwszymi objawami endometriozy mogą być np.: ból w obrębie miednicy, zaburzenia menstruacji, bolesne oddawanie moczu, zaburzenia motoryki jelit, ból w jamie otrzewnej. Z biegiem czasu, w miarę rozwoju choroby, może nastąpić nasilenie objawów. Ponieważ są one najczęściej bardzo intensywne, leczenie farmakologiczne endometriozy polega przede wszystkim na zmniejszeniu dolegliwości bólowych.