Za pomocą indywidualnego konta podatkowego można uregulować tylko VAT i podatki od dochodów z różnych źródeł. Nie uda się w ten sposób zapłacić: akcyzy – np. z tytułu obrotu artykułami alkoholowymi, tytoniowymi i paliwowymi,
podatku od nieruchomości, zarówno od obiektów mieszkalnych, jak komercyjnych,
podatku od czynności cywilnoprawnych (PCC) – np. od zakupu mieszkania czy samochodu,
podatków i opłat lokalnych,
opłat koncesyjnych,
mandatów, opłat sądowych i podobnych,
podatku dochodowego rozliczanego na podstawie karty podatkowej,
podatku VAT w imporcie.