Główne wyzwania związane z integracją big data w tradycyjnych metodach badań społecznych obejmują przede wszystkim zapewnienie prywatności i bezpieczeństwa danych, zarządzanie ogromnymi i zróżnicowanymi zbiorami danych, które mogą być nieustrukturyzowane oraz trudności w analizie i interpretacji danych ze względu na ich złożoność i wielowymiarowość. Dodatkowo, istnieje problem związany z reprezentatywnością i jakością danych big data, które mogą nie odzwierciedlać dokładnie całej populacji.