Wskaźnik BMI ma kilka ograniczeń. Przede wszystkim nie różnicuje między masą mięśni a masą tłuszczu, co oznacza, że osoby z dużą masą mięśniową mogą być nieprawidłowo klasyfikowane jako otyłe. Ponadto BMI nie bierze pod uwagę innych istotnych aspektów zdrowia, takich jak dieta, poziom aktywności fizycznej czy obecność przewlekłych chorób. Z tego powodu, mimo że BMI może służyć jako przybliżony wskaźnik stanu odżywienia, zaleca się korzystanie z dodatkowych metod oceny stanu zdrowia.