Jeżeli podczas wprowadzania faktur zakupowych występują rozbieżności przy wyliczaniu podatku VAT to może to wynikać z odmiennego sposobu naliczania VAT.
Przykładowo program od kwoty 827,63 zł wylicza dla podatku 23% kwotę 190,36 zł, a według dokumentu zakupowego powinno być 190,35 zł. Sytuacja taka może wystąpić że względu na różnice zaokrągleń i ze względu na różne sposoby naliczania VAT. Systim domyślnie nalicza VAT od sumy netto dla danej stawki VAT, inny program mógł liczyć VAT od poszczególnych pozycji faktury, sumując je na dole faktury, w podsumowaniu.
Jeśli chcemy prawidłowo wprowadzić fakturę zakupową, tak samo jak wystawił ją kontrahent to po wpisaniu cen i ilości użyjmy okienka "naliczaj VAT łącznie dla sumy wierszy". Zaznaczając bądź odznaczając to okno program dokona innego przeliczenia kwot, jednym z dwóch dozwolonych ustawowo sposobów. Zanim to zrobimy upewnijmy się też, że fakturę w cenach brutto wprowadzamy w cenach brutto, zaś w cenach netto w cenach netto. Zaznaczając okienko "ceny brutto" będziemy mogli wybrać, czy wprowadzamy taką, czy taką fakturę.
Pomimo zaznaczenia okienek wciąż mogą pojawić się drobne rozbieżności na fakturach. Aby można było temu zaradzić, w fakturach zakupowych jest możliwość edycji kwot netto, vat i brutto w każdym wierszu faktury oraz w podsumowaniach stawek VAT.Wystarczy te pozycje w podsumowaniu zmienić na takie, jak wynikają z faktury. Pamiętajmy, że jakakolwiek kolejna zmiana kwot w wierszach spowoduje nadpisanie zmienionych kwot w podsumowaniu.