Cena tomografii komputerowej jest uzależniona od wielu czynników, przede wszystkim zaś od rodzaju badanego obszaru ciała. Zwykle jest to od 200 zł za tomografię zatok do aż 600 zł za tomografię jamy brzusznej i miednicy. Dokładny koszt badania jest uzależniony także od miasta, w którym mieści się dana placówka oraz renomy kliniki. Tomografia z użyciem nowoczesnego sprzętu z pewnością będzie nieco droższa od badania wykonywanego urządzeniem poprzedniej generacji czy niższej klasy.