Bezpośrednio przed badaniem należy założyć również ołowiany fartuch ochronny. Tomografię zębów wykonuje się w pozycji stojącej lub siedzącej. Na czas badania głowa pacjenta zostaje unieruchomiona przez specjalne uchwyty. Aparat emitujący promieniowanie wykonuje obrót 360 stopni, pozwalając dzięki temu na zebranie dużej ilości danych. Komputer, przy udziale algorytmów, analizuje wyniki, tworząc trójwymiarowy obraz badanego obszaru.