Istnieją ścisłe przepisy dotyczące przechowywania obornika końskiego, których należy przestrzegać. Ponieważ materiał ten śmierdzi, emituje substancje odpadowe i wycieka z obornika w miarę dojrzewania, może zanieczyścić przepuszczalne podłoże i wody gruntowe. Dlatego zaleca się kompostowanie obornika końskiego, przechowywanie go w stajni lub wywożenie go na składowisko. W celu zatrzymania cennych substancji, obornik układa się warstwami, aby wyprzeć nadmiar powietrza. Jeśli obornik jest przechowywany w pojemniku na obornik stały, musi on być nieprzepuszczalny i mieć pojemność wystarczającą na pół roku produkcji obornika.