Czyszczenie pistoletu do malowania jest równie ważne, co jego prawidłowa obsługa. Urządzenie należy umyć każdorazowo po użyciu, aby nie zaschły w nim resztki farby, bo to może przyczynić się do jego awarii. Należy pamiętać, że tego typu sprzętów nie powinniśmy zanurzać w wodzie. Chcąc pozbyć się resztek farby, trzeba przede wszystkim starannie wypłukać zbiornik, w tym celu przydaje się rozpuszczalnik. Możemy też napełnić nim wiadro lub miskę, a następnie zanurzyć części odpowiadające za transport farby do dyszy. Nie należy czyścić tych elementów za pomocą ostrych przedmiotów, bezpieczniejszym rozwiązaniem jest wykorzystanie np. niepotrzebnej, miękkiej szczoteczki do zębów. Od czasu do czasu powinniśmy też wyczyścić filtr powietrza, można to zrobić pod bieżącą wodą.