Gdy szalotki wyschną, oczyść je z ziemi i zanieczyszczeń. Jeśli gniazda trzymają się razem, pozostaw je w spokoju, ale jeśli się rozpadają, podziel szalotki na mniejsze kępy lub na osobne cebulki. Zanim pojawią się pierwsze przymrozki, przenieś szalotki do chłodnego, suchego miejsca, takiego jak spiżarnia lub strych. Wytnij uszkodzone kawałki, a następnie zawieś je w kępach pod sufitem lub umieść w koszu lub pudełku. Dobrze przechowywane szalotki nie więdną nawet późną wiosną, a jeśli sadzonki zostaną wysuszone, przetrwają do 2 lat.