CASU stosują wydajne systemy gospodarki odpadami, aby zminimalizować wpływ działalności akwakultury na środowisko. Odpady stałe są zwykle usuwane poprzez filtrację mechaniczną, natomiast odpady rozpuszczone (takie jak amoniak) są przekształcane w mniej szkodliwe substancje poprzez filtrację biologiczną. Niektóre CASU wykorzystują nawet produkty uboczne będące odpadami, takie jak przekształcanie odchodów rybnych w nawóz lub biogaz, co jeszcze bardziej zwiększa zrównoważony rozwój.