Może się okazać, że dla jednej aplikacji lepiej sprawdzi się Windows, a dla innej Linux. Dlatego przed wyborem systemu operacyjnego należy rozważyć konfigurację swojej aplikacji. Docker działa zarówno na Linuksie, jak i na Windowsie. Do obsługi Dockera zaleca się używanie Ubuntu, CentOS lub innych systemów operacyjnych tego typu. Ponadto, jak już wspomniano, serwer Windows jest świetny dla środowisk produkcyjnych, a Windows 10 może być wykorzystany do lokalnych testów.