Aby przechować domowe pesto alla genovese i zachować jego świeżość oraz aromat, najlepiej umieścić je w szczelnie zamkniętym słoiku i przechowywać w lodówce. Można również dodać na wierzch cienką warstwę oliwy z oliwek, co zapobiegnie utlenianiu się ziół. Jeśli chcesz przechować pesto na dłużej, możesz je zamrozić w małych porcjach, na przykład w foremkach do lodu, a po zastygnięciu przenieść kostki do zamkniętego pojemnika i trzymać w zamrażarce.