IKEv2, podobnie jak IKEv1, działa w dwóch fazach. Podczas fazy 1 urządzenia identyfikują się i negocjują ze sobą, aby uzgodnić wspólne ustawienia. Faza 2 polega na tym, że urządzenia te ustalają, jak szyfrować i uwierzytelniać ruch. Protokół IKEv2 wykorzystuje krótszą sekwencję czterech komunikatów, aby zapewnić prostszy przepływ wymiany, co przyspiesza połączenie VPN.