Aby wybrać odpowiedni gatunek drzewa do bonsai, należy wziąć pod uwagę wiele czynników, w tym wielkość, kształt i wygląd drzewa, jego wymagania środowiskowe, a także jego odporność na choroby i szkodniki. Najbardziej popularne gatunki drzew do bonsai to: Ficus, Juniper, Japanese Maple, Chinese Elm i Azalea.