Obecnie istnieje wiele sposobów mierzenia zanieczyszczenia mikrobiologicznego wody, jednak w przypadku wody farmaceutycznej USP zaleca stosowanie określonych metod pomiaru. W przypadku uwalniania wody, tradycyjną i powszechnie stosowaną metodą jest metoda liczenia płytek; wiąże się ona jednak z ryzykiem popełnienia błędu, a na wyniki trzeba czekać nawet 5-7 dni. Metoda płytkowa wymaga również stworzenia kolonii bakterii na płytce, dlatego jednostka pomiarowa nazywana jest jednostką tworzącą kolonię (CFU), oznaczającą szacowaną liczbę bakterii obecnych w próbce. Innym sposobem pomiaru zanieczyszczenia mikrobiologicznego wody jest fluorescencja wzbudzana laserowo z wykorzystaniem analizatora do wykrywania drobnoustrojów. Analizatory te wykorzystują technikę laserową do pomiaru całkowitej liczby komórek obecnych w próbce wody. Systemy wykorzystujące ten typ technologii pozwalają na monitorowanie at-line zanieczyszczenia mikrobiologicznego wody farmaceutycznej w czasie rzeczywistym poprzez natychmiastową identyfikację komórek obecnych w próbce wody, zgłaszanych jako jednostki autofluorescencji (AFU).