Rekomenduje się wyznaczenie lub stworzenie odpowiedniego miejsca zarówno do przechowywania, jak i rozładunku oraz załadunku pelletu. Ekologiczne biopaliwo, ze względu na swoje wysokie właściwości higroskopijne, wymaga właściwego zabezpieczenia przed wilgocią i zanieczyszczenia. Najlepiej sprawdzają się silosy lub magazyny.