Papryki powinny być przechowywane w temperaturze pokojowej, aby zachować ich świeżość. Można je również przechowywać w lodówce, jeśli chcemy, aby dłużej zachowały świeżość. Czerwona papryka zachowa się nieco dłużej niż zielona i można ją przechowywać w lodówce nawet przez tydzień. Zielona papryka powinna być zjedzona w ciągu jednego do dwóch dni. Istnieją również sposoby na dłuższe zachowanie świeżości papryki poprzez jej zamrożenie lub wysuszenie.