Większość działań niepożądanych dotyczy tylko okresu leczenia chemicznego i ustępuje całkowicie po jego zakończeniu. Nudności, wymioty, wypadanie włosów będą tylko niemiłym wspomnieniem. Są jednak działania niepożądane, które mogą pozostawić trwały efekt, np. niektóre cytostatyki mogą doprowadzić do uszkodzenia mięśnia sercowego, chociaż zdarza się to rzadko i zwykle dopiero po zastosowaniu wysokich dawek. Inne leki mogą niekiedy doprowadzić do postępującego włóknienia płuc, kolejne do trwałego zmniejszenia płodności. Lekarz prowadzący chemioterapię zawsze rozważa wszystkie „za” i „przeciw” przed rozpoczęciem leczenia i przed podaniem każdego kolejnego cyklu.