Każda platforma daje możliwości modyfikacji swojego sklepu. Sklepy SaaS-owe bardzo często mają ograniczone możliwości modyfikacji swojego sklepu lub każdy dodatkowy moduł dodatkowo kosztuje. W przypadku sklepów open source modyfikacje są możliwe w pełni i jest to tylko zależne od umiejętności osoby która te modyfikacje będzie mogła wykonać.