Ewentualne skutki uboczne ozonowania mogą obejmować podrażnienia dróg oddechowych, dlatego zaleca się opuszczenie pomieszczenia podczas zabiegu i przez kilka godzin po jego zakończeniu. Inne możliwe skutki uboczne to suchość oczu, kaszel, ból głowy i nudności. Długotrwałe narażenie na ozon może prowadzić do problemów zdrowotnych na stałe.