Najczęstsze choroby teriera szkockiego to napadowy wzrost napięcia mięśni (scottie cramp), osteopatia czaszkowo-żuchwowa, zwichnięcie soczewki, atopia, nużyca, guz komórek tucznych, choroba von Willebranda, kamica cystynowa, głuchota wrodzona, dystocja.