Mikroskop złożony przeznaczony jest do obserwacji cienkich, przezroczystych próbek w dużym powiększeniu. Wykorzystuje wiele soczewek, aby osiągnąć wysoką rozdzielczość i jest powszechnie stosowany w badaniach biologicznych i medycznych. Natomiast mikroskop stereoskopowy zapewnia trójwymiarowe (stereoskopowe) obrazy większych, nieprzezroczystych obiektów, dzięki czemu nadaje się do zadań takich jak sekcja, kontrola jakości lub inspekcja płytek drukowanych.