Nieleczona chlamydioza może prowadzić do wielu powikłań, niektórych bardzo groźnych. 1. Zachorowanie na chlamydiozę zwiększa ryzyko choroby na inne dolegliwości weneryczne, np. rzeżączkę czy HIV. 2. Chlamydioza może prowadzić do infekcji w okolicy jajowodów lub macicy. Wówczas u pacjentek występuje wysoka temperatura oraz dolegliwości bólowe. Tego rodzaju powikłanie może wymagać hospitalizacji i wdrożenia antybiotyku (dożylnie). Stan zapalny toczący się w macicy i jajowodach może prowadzić do ich dysfunkcji. 3. U mężczyzn chlamydioza może prowadzić do stanu zapalnego najądrza, który charakteryzuje się opuchlizną krocza, dolegliwościami bólowymi oraz wysoką temperaturą. Ponadto bakterie wywołujące chlamydiozę mogą również dawać początek zapaleniu gruczołu krokowego. 4. Zakażenie chlamydiozą może podczas porodu przejść na dziecko, tym samym powodując u niego np. zapalenie płuc. 5. Nawet jeżeli choroba nie daje żadnych objawów, może po cichu powodować blizny oraz niedrożność jajowodów i tym samym niepłodność. 6. U pacjentów z chlamydiozą istnieje ryzyko zapalenia stawów.