Najbardziej efektywną metodą usunięcia tłuszczaka jest zabieg chirurgiczny zakwalifikowany jako chirurgia jednego dnia. Wykonuje się go w bardzo krótkim czasie - około 20 minut, a pacjent może opuścić placówkę już po około 1-2 godzinach. Tylko chirurgia daje pewność, że tłuszczak został usunięty w całości.
Operacyjne usuwanie tłuszczaków jest niezbędne jeśli zmiany są bolesne, utrudniają poruszanie się lub jeśli do zmiany dostała się infekcja (np. wydziela się ropa).