Jeśli nie podjęto leczenia krztuśca za pomocą antybiotyków, to po tygodniu lub dwóch okresu nieżytowego przychodzi czas na następną fazę choroby, tj. charakterystyczne napady kaszlu. Mogą się one utrzymywać od 2 do 4 tygodni. Ustępowanie choroby trwa zazwyczaj kolejne 2 tygodnie – wówczas ataki są coraz rzadsze i łagodniejsze. U dorosłych i młodzieży przebieg choroby nie jest tak gwałtowny jak u dzieci, jednak uciążliwy kaszel może się u nich utrzymywać dłużej, nawet przez wiele tygodni.