Jest wiele różnych podziałów szczepionek. Pierwszy z nich dotyczy liczby chorób, którym zapobiegają – preparaty monowalentne/poliwalentne chronią przed jedną chorobą, natomiast skojarzone przed wieloma (np. na odrę, świnkę i różyczkę). Drugi podział dotyczy aktywnego składnika szczepionki, tzw. antygenu. Przykładowo, inaktywowane zawierają zabite patogeny (wirusy, pasożyty czy bakterie) lub ich fragmenty, natomiast atenuowane – żywe, ale osłabione. Antygenem może też być informacja genetyczna (np. mRNA).