Zgodnie z dokumentem „Wytyczne w zakresie kosztów kwalifikowanych” podatek od towarów i usług (VAT) jest kosztem kwalifikowanym tylko wówczas, gdy jest on faktycznie i ostatecznie ponoszony przez Beneficjenta, a Beneficjent nie ma prawnej możliwości odliczenia podatku naliczonego od podatku należnego w jakiejkolwiek części, zgodnie z przepisami ustawy o podatku od towarów i usług. Podatek VAT, który można odliczyć, nie może być uznany za kwalifikowany, nawet jeżeli nie został faktycznie odzyskany przez Beneficjenta.