Celiakia to choroba autoimmunologiczna, przy której po spożyciu glutenu dochodzi do stanu zapalnego wyściółki jelita. Z kolei nietolerancja glutenu jest reakcją uczuleniową na gluten w formie natychmiastowej lub opóźnionej. Objawy w obu przypadkach są bardzo podobne, jednak przy nietolerancji nie obserwuje się zapalenia wyściółki jelita. Ponadto osoby chore na celiakię muszą ściśle przestrzegać diety bezglutenowej przez całe życie.