Działanie mikrofali nie polega na bezpośrednim podgrzewaniu umieszczonego w jej wnętrzu jedzenia. Za to odpowiadają cząsteczki polarne (głównie wody, ale też tłuszczu i cukru), które znajdują się w żywności. Są one wprawiane w drgania rotacyjne, które są na tyle intensywne, że z czasem ich temperatura stopniowo się zwiększa. Zjawisko to wykorzystuje fale elektromagnetyczne, które są generowane przez magnetron. To część budowy mikrofali, która pobiera energię z gniazdka, a następnie zamienia ją na fale i poprzez przewodnik falowy wprowadza do komory, gdzie znajduje się potrawa. Odbijają się one od ścian komory i przenikają do jedzenia. Im większa jest moc mikrofalówki, tym więcej energii pobiera magnetron, a tym samym cząsteczki szybciej wibrują.