Tak, istnieją pewne przeciwwskazania do suplementacji omega-3. Osoby, które biorą leki przeciwzakrzepowe lub mają choroby związane z krwawieniem, powinny skonsultować suplementację omega-3 z lekarzem, ze względu na potencjalne efekty przeciwzakrzepowe tych kwasów. Także, niektóre osoby mogą doświadczać drobnych skutków ubocznych, takich jak niestrawność czy biegunka.