Kluczowe etapy przeprowadzenia audytu środowiskowego obejmują planowanie i określenie zakresu audytu, gromadzenie i analizę danych, przeprowadzanie kontroli na miejscu, ocenę zgodności z przepisami, identyfikację ryzyk i szans środowiskowych, opracowanie rekomendacji oraz przygotowanie kompleksowego raportu z audytu.