Tak, zazwyczaj etap 2 może być przeprowadzony w ramach audytu zintegrowanego. Jednak nie zawsze może to być praktyczne, ogólny zakres i czas trwania audytu będzie musiał zostać ustalony indywidualnie i prawdopodobnie zostanie wydłużony, aby dać czas na ocenę zgodności z innymi wymogami (np. Dyrektywami UE).
Aby wspólny audyt mógł się odbyć o zwykłej dacie, zaleca się zamówienie Etapu 1 miesiąc wcześniej niż zwykle. Audyt certyfikacyjny MDSAP, którego wynikiem jest negatywna rekomendacja, niekoniecznie zagraża innym certyfikacjom (chyba że niezgodność dotyczy również ogólnie innych wymagań).