Projektując protokół eksperymentalny, należy wziąć pod uwagę cel badania, dostępne zasoby, względy etyczne i potencjalne ograniczenia. Jasno zdefiniuj zmienne, kontrole i warunki eksperymentalne. Upewnij się, że protokół jest szczegółowy i powtarzalny i obejmuje wszystkie niezbędne kroki, odczynniki i sprzęt. Zapoznaj się z odpowiednią literaturą i ekspertami w tej dziedzinie, aby zoptymalizować projekt i zminimalizować potencjalne błędy systematyczne lub czynniki zakłócające.