Różnią się sposobem odczytywania ruchu. Myszka laserowa wykorzystuje laser, z kolei myszka optyczna korzysta z diody LED. Myszki laserowe charakteryzują się zazwyczaj większą precyzją i czułością, ale są wrażliwe na niedoskonałości powierzchni. Sensory optyczne oferują z kolei większą rozdzielczość (DPI) oraz niższą cenę.