Objawy kliniczne chłoniaka jelitowego przybierają najczęściej postać: przewlekłych wymiotów, biegunki, braku apetytu, przebiegających z utratą masy ciała, osłabieniem i powiększeniem obrysu powłok brzusznych. Czasem pojawia się świeża krew w kale, bolesne lub bezproduktywne parcia na kał.