Różnica pomiędzy rowerem treningowym magnetycznym a mechanicznym wynika przede wszystkim z rodzaju zastosowanego mechanizmu oporowego. W przypadku rowerów magnetycznych opór generowany jest przez pole magnetyczne, które reguluje się za pomocą mechanicznego pokrętła, tym samym zbliżając i oddalając magnesy do znajdującego się w rowerze koła zamachowego.
W przypadku rowerów z mechanizmem mechanicznym opór generowany jest poprzez tarcie jednego z elementów o koło zamachowe.
W przełożeniu na praktyczną część użytkowania poszczególnych typów rowerów, urządzenie z mechanizmem oporowym mechanicznym jest tańsze i prostsze w budowie, a generowany opór nie jest tak duży, jak w przypadku mechanizmów magnetycznych. Największym mankamentem rowerów stacjonarnych mechanicznych jest ich głośność. Hałas, jaki generują podczas treningu, może być uciążliwy nie tylko dla osoby ćwiczącej, ale również dla pozostałych lokatorów.
Rowery magnetyczne natomiast są nieco droższe, natomiast siła i płynność generowanego oporu jest znacznie większa. Ponadto, są dużo cichsze, co jest istotnym czynnikiem, jeśli chodzi o trening wykonywany w domu.