Systemy typu WCS („Warehouse Control System” – „system kontroli magazynu”) ma nieco węższy zakres funkcjonalności niż WMS i skupia się przede wszystkim na sterowaniu operacjami urządzeń. W efekcie jest to kluczowe rozwiązanie dla każdej firmy, która chce postawić na automatyzację działania magazynu. Z użyciem takiego oprogramowania można ponadto zbierać dane w czasie rzeczywistym, planować realizację różnych procesów i monitorować funkcjonowanie urządzeń.