Oba audyty przeprowadzane są, aby osiągnąć zupełnie odrębne cele. Audyt SEO strony internetowej skupia się na jej przygotowaniu do pozycjonowania, lub samo-pozycjonowania się strony www. Tym samym podczas audytu SEO skupiamy się na kwestiach związanych z optymalizacją, treścią i danymi zawartymi na stronie internetowej. Audyt bezpieczeństwa natomiast uwzględnia aspekty takie jak: wersję oprogramowania i dodatków na stronie www, zastosowane zabezpieczenia, konta użytkowników i ich bezpieczeństwo, bezpieczeństwo serwera, podatność na ewentualne ataki. Zatem podczas zamawiania audytu warto określić elementy które będą poddane analizie, ponieważ możliwe jest przeprowadzenie audytu SEO i bezpieczeństwa jednocześnie.