Przed przystąpieniem do zabiegu, musi zostać wykonane zdjęcie RTG, dzięki któremu możliwe jest ocenienie ilości i anatomii kanałów. Leczenie kanałowe rozpoczyna się od podania znieczulenia. Sam zabieg wykonywany jest z użyciem koferdamu, który minimalizuje ryzyko zakażenia drobnoustrojami kanałów jamy ustnej. Podczas zabiegu stomatolog oczyszcza i poszerza kanały korzeniowe, które w następnym kroku szczelnie wypełnia. Na ostatnim etapie leczenia kanałowego, pacjent ponownie ma wykonywane zdjęcie RTG, które pozwala lekarzowi na ocenę stanu wypełnienia kanałów.