Jekyll jest mniej elastyczny niż nowsze frameworki, takie jak Next.js czy Gatsby.js, szczególnie jeśli chodzi o integrację dynamicznych funkcji i rozszerzeń. Jego statyczna natura i brak zaawansowanego systemu pluginów może stanowić wyzwanie przy bardziej skomplikowanych projektach, które wymagają dynamicznej aktualizacji danych lub interaktywności.