Nie jest również żadną tajemnicą, że rosnąca powierzchnia uprawy kukurydzy sprawia, że coraz więcej organizmów szkodliwych zagraża plantacjom kukurydzy.
Obok chwastów, z którymi corocznie walczymy, coraz ważniejsze są więc niektóre szkodniki i choroby. Zwłaszcza gdy kurczy się możliwość ich zwalczania w związku z wprowadzanymi ograniczeniami w stosowaniu środków ochrony roślin. Choroby i szkodniki mogą odpowiadać nawet za ubytek 20-30% plonu, a także przyczynić się do spadku jego jakości, nie zapominając o ryzyku obecności mykotoksyn wytwarzanych przez niektóre grzyby, głównie z rodzaju Fusarium.
Warto zatem wybierać do siewu odmiany nie tylko dobrze plonujące, ale i mniej podatne na choroby, np. głownię guzowatą, fuzariozę kolb czy też fuzariozę łodyg (pod kątem tych cech bada się odmiany na ziarno wpisywane do Krajowego Rejestru). Zróżnicowana podatność może być choćby związana z grubością ścian komórkowych, większym bądź mniejszym owoskowaniem tkanek zewnętrznych, ilością włosków, ale też choćby wczesnością. Czynniki te mogą także wpływać na zagrożenie ze strony szkodników, głównie omacnicy prosowianki, która jest brana pod uwagę przy rejestrowaniu odmian przez COBORU. Obok omacnicy część odmian może lepiej radzić sobie z ploniarką zbożówką, np. przez szybszy wzrost początkowy, czy też ze szkodnikami glebowymi, jeżeli posiadają cechę szybkiego rozwijania silnego systemu korzeniowego.