Niepowodzenia leczenia kanałowego często wynikają z budowy zęba, szczególnie z jego korzeni. Skomplikowana struktura korzeni i rozbudowany system kanałów korzeniowych mogą uniemożliwić pełne i skuteczne przeprowadzenie leczenia. Czasami nawet po prawidłowo wykonanym leczeniu kanałowym, powikłania mogą wystąpić z powodu obniżonej odporności organizmu pacjenta lub ogólnoustrojowych infekcji.