Indofood narażony jest na szereg zagrożeń, w tym ryzyko związane z bezpieczeństwem żywności, cenami surowców i towarów, konkurencją, globalnym ociepleniem i zmianą klimatu. Zarząd firmy jest jednak w pełni świadomy ryzyka i wdrożył niezbędne systemy w celu ograniczenia ryzyka do akceptowalnego poziomu.