Dezynfekcja powierzchni szpitalnych podlega pewnym procedurom oraz wymaga zastosowania specjalnie przeznaczonych do tego celu środków. Oto przykładowe zasady dezynfekcji powierzchni szpitalnych (każda jednostka ma swoje procedury):
prace należy wykonywać w sposób zaplanowany, zgodnie z harmonogramem,
szczególnej i w wielu wypadkach wielokrotnej dezynfekcji podlegają strefy, z którymi bezpośrednio kontaktuje się personel medyczny,
przed przystąpieniem do dezynfekcji trzeba usunąć wszystkie odpady oraz zabrudzone przedmioty,
w pierwszej kolejności dezynfekowane są sale pacjentów, a dopiero w drugiej — sanitariaty,
do dezynfekcji powierzchni szpitalnych stosuje się środki dezynfekcyjne o potwierdzonym badaniami działaniu, wynika to z większego ryzyka ekspozycji na patogeny.