W niektórych przypadkach ustawa o CIT nie ma zastosowania. Dzieję się tak m.in. w przypadku: Przychodów pochodzących z działalności rolniczej (wyjątek stanowi sytuacja, gdy źródłem dochodu jest tzw. specjalna produkcja rolna)
Przychodów uzyskanych w wyniku działalności żeglugowej (armatorzy), która jest opodatkowana podatkiem tonażowym
Przychodów pochodzących z gospodarki leśnej (w rozumieniu ustawy o lasach)
Przychodów wynikających z czynności niemogących być przedmiotem prawnie skutecznej umowy