Systemy CRM są projektowane z uwzględnieniem bezpieczeństwa danych, a dostawcy często stosują różne środki ochrony, takie jak szyfrowanie, zabezpieczenia przed atakami, kontrola dostępu czy regularne kopie zapasowe. Wybierając system CRM, warto jednak zwrócić uwagę na standardy bezpieczeństwa oferowane przez dostawcę i upewnić się, że spełniają one wymogi przepisów o ochronie danych, takich jak RODO. W przypadku systemów CRM w wersji SaaS kluczowe jest również sprawdzenie, jak dostawca zarządza danymi oraz czy stosuje procedury związane z przechowywaniem i przetwarzaniem danych zgodne z obowiązującymi regulacjami.