Jeżeli operacja zatok usuwa przyczynę choroby (np. poprawa niekorzystnej anatomii zatok, usunięcie ciała obcego z zatoki itp.) to mamy duże szanse na trwałe wyleczenie (ok. 80 – 85%)
Jeżeli operacja zatok usuwa objaw chorobowy, a nie usuwa przyczyny (np. alergie, trudne warunki pracy,  inne choroby obniżające odporność) to pacjent po operacji musi pozostać pod kontrolą lekarza i stosować także inne leczenie, które może usunąć przyczynę choroby (np. leczenie alergii, zmiana warunków pracy, leczenie chorób współistniejących). W przeciwnym razie sama operacja najczęściej okazuje się nieskuteczna i dolegliwości zatokowe po jakimś czasie powracają.
Dlatego przed podjęciem decyzji o operacji trzeba dokładnie zbadać pacjenta i omówić z nim możliwości leczenia. Niezależnie od tego obecnie uważamy, że endoskopowa operacja zatok (FESS) należy do podstawowych i najbardziej skutecznych metod leczenia przewlekłych stanów zapalnych zatok.