Metodę leczenia dobiera się przede wszystkim do stopnia zaawansowania endometriozy oraz umiejscowienia ognisk choroby. W lżejszych przypadkach wystarczająca jest farmakoterapia, natomiast przy bardziej zaawansowanych – leczenie chirurgiczne. Drugiej z metod nie stosujemy jednak, gdy priorytetem pacjentki jest zajście w ciążę.