Allegro zapewnia, że stosuje zaawansowane zabezpieczenia chroniące dane korzystających z usługi. Ponadto potwierdzenie transakcji z wykorzystaniem usługi Allegro Pay odbywa się na jeden z kilku sposobów, co sprawia, że niebezpieczeństwo wykonania operacji przez kogoś nieuprawnionego jest niewielkie.Z kolei ochronę przed nieuczciwością sprzedawcy zapewnia program Allegro Protect.