Przewlekła, nieleczona lub źle leczona grzybica pochwy może prowadzić m.in. do zakażenia kanału szyjki macicy i jajowodów; jeśli grzyby przedostaną się dalej, atakują przydatki. W najcięższych przypadkach grzybica pochwy grozi zakażeniem innych narządów wewnętrznych albo może skończyć się bezpłodnością.