Należy wejść w edycję danego kontrahenta, klikając na jego nazwę na liście faktur LUB wejść w moduł ''CRM, projekty terminarz", a następnie w zakładkę "kontrahenci" - tam należy odnaleźć danego kontrahenta i edytować go (poprzez najechanie na daną pozycję kontrahenta ukazują się dodatkowe ikonki opcji, pierwszy "ołówek", oznacza edycję i na niego należy kliknąć, aby przejść dalej).
Następnie należy wybrać podzakładkę opcji -> "rozliczenia". W danej podzakładce należy zaznaczyć faktury, które mają zostać skompensowane (np. fakturę i korektę) i następnie klikamy opcję "skompensuj należności i zobowiązania". Należności z tych faktur zostaną wzajemnie skompensowane.