Najważniejsze informacje dotyczące czyszczenia irygatora znajdują się w instrukcji urządzenia, z którą warto się zapoznać przed jego pierwszym użyciem. Należy stosować się do zaleceń producenta, gdyż użycie niewłaściwych środków może uszkodzić produkt. Po zakończonym procesie irygacji należy wylać resztki wody ze zbiornika i dokładnie osuszyć przyrząd.  Większość producentów zaleca również odkamienianie raz w miesiącu, które zapewni długie i bezawaryjne działanie irygatora. W tym celu należy stosować specjalnie przeznaczone do tego preparaty, które znajdziemy w specjalistycznych sklepach. Substancje działają również dezynfekująco. Dzięki temu zyskujemy pewność, że nasze urządzenie pozbawione będzie szkodliwych dla zdrowia grzybów, wirusów i bakterii.