Tak, jako że Skrill jest e-portfelem, jego działalność może być opłacalna tylko w momencie, gdy pobiera prowizje za wpłaty i wypłaty. Użytkownik ma jednak tą przewagę przy korzystaniu ze Skrill nad innymi metodami płatności, że może pozwolić sobie na zachowanie anonimowości. To skutecznie zmniejsza wadę, jaką są prowizje.