W leczeniu niestrawności stosuje się różne grupy leków, w tym preparaty wzmagające wydzielanie żółci, inhibitory pompy protonowej (omeprazol, lanzoprazol), a także blokery receptorów histaminowych (ranitydyna, famotydyna). Zastosowanie mają również leki prokinetyczne (np. itopryd). Oprócz tego w leczeniu niestrawności skuteczne są suplementy z imbiru, karczocha, nasion kminu i mięty pieprzowej. Badania potwierdziły także skuteczność leku ziołowego — Iberogast.