Eseista, dziennikarz, krytyk sztuki, francuski pisarz, główny przedstawiciel naturalizmu. Jego wszystkie dzieła (opera omnia) zostały umieszczone w index librorum prohibitorum.
Urodził się w rodzinie włoskiego inżyniera; wychowywał się i uczył w szkole średniej w Aix-en-Provence, razem ze sławnym później malarzem Paulem Cézanne’em. Od najmłodszych lat fascynował się literaturą romantyczną, przede wszystkim dramatami Wiktora Hugo. Po śmierci ojca sytuacja materialna jego rodziny dramatycznie się pogorszyła; Emil razem z matką przeniósł się do Paryża, gdzie imał się różnych zajęć i został wreszcie pracownikiem wydawnictwa Librairie Hachette.
Zachęcony do podjęcia pracy literackiej, próbował początkowo swoich sił w dramacie – napisał Teresę Raquin i Spadkobierców pana Rabourdin. Utwory te nie zyskały jednak uznania odbiorców, w pierwszym przypadku z powodu przejaskrawionej atmosfery grozy w duchu przebrzmiałego już gotycyzmu, w drugim – z powodu zbyt ostrej krytyki stosunków panujących w burżuazyjnej rodzinie.
Postanowił skupić się na tworzeniu powieści, które według jego zamysłu miały tworzyć jeden wielki cykl analizujący w sposób naukowy stosunki społeczne epoki II Cesarstwa. Tak powstał 20-tomowy cykl Rougon-Macquartowie. Historia naturalna i społeczna rodziny za Drugiego Cesarstwa opublikowany w latach 1871-1893. Przedstawia on rozległą panoramę francuskiego społeczeństwa i stanowi ważny dokument tamtych czasów. Cały cykl utrzymany był w duchu naturalizmu, którego podbudowę teoretyczną Zola przedstawił w studium Powieść eksperymentalna (Le roman expérimental, 1880). Mimo przedstawionych w tym studium założeń absolutnej obiektywności narratora i porzucenia romantycznego rozmachu w kreacji bohaterów i opisie miejsc, Zola zachował iście romantyczną wyobraźnię, która pozwalała mu kreślić fascynujące opisy najbardziej prozaicznych miejsc. Wnikliwe badania warunków życia robotników i chłopów oraz działalności Kościoła katolickiego we Francji wywołały u niego sympatie socjalistyczne i antyklerykalne.
Te ostatnie widać wyraźnie w drugim cyklu powieściowym Zoli, trylogii Trzy miasta, w której poddał druzgocącej krytyce skomercjalizowany kult cudów i objawień, skostniałe i zamknięte wobec wiernych struktury hierarchii kościelnej, a wreszcie nieczułość Kościoła na problemy społeczno-polityczne. W konsekwencji jego książki zostały umieszczone na Indeksie ksiąg zakazanych. Pisarz wytykał także obojętność rządów Francji i Europy wobec ludobójstwa Ormian po masakrach dokonanych w sułtańskiej Turcji w latach 1894-1896. W artykułach poświęconych sztuce bronił malarzy impresjonistów przed krytyką zwolenników akademizmu.
W 1898 zaangażował się w obronę francuskiego oficera niesłusznie oskarżonego o zdradę – Alfreda Dreyfusa, publikując na pierwszej stronie paryskiego dziennika „L’Aurore” artykuł J’Accuse…! (Oskarżam!). Miał on formę listu otwartego do prezydenta Félixa Faure i zawierał ostrą krytykę francuskiego rządu. Pisarz zarzucał władzom antysemityzm i niezgodne z prawem skazanie i uwięzienie Dreyfusa.
Zmarł w 1902 na skutek zatrucia tlenkiem węgla. Okoliczności jego śmierci do dziś budzą poważne wątpliwości. Choć oficjalnie uznano zgon pisarza za nieszczęśliwy wypadek (wadliwa konstrukcja piecyka),istniały poważne przesłanki, że mogło być to morderstwo na tle politycznym. Rząd Trzeciej Republiki nie zaangażował się jednak zbytnio w wyjaśnienie tej sprawy.
Jego twórczość wywarła znaczący wpływ na wielu powieściopisarzy XX wieku w Europie i w Stanach Zjednoczonych.