Czasem organizm chorego może przyzwyczaić się do antybiotyków zwykle stosowanych w leczeniu zapalenia dróg moczowych. Dzieje się tak u osób, które mają bardzo częste epizody choroby. Za każdym razem, infekcja przystosowuje się i staje się trudniejsza do zwalczenia. Nazywa się to infekcją oporną na antybiotyki. Z tego powodu lekarz może zaproponować alternatywne metody leczenia, które mogą obejmować leczenie dożylne.