Miód lipowy jest generalnie dobrze tolerowany przez większość osób i rzadko powoduje reakcje alergiczne. Jednak istnieje zawsze ryzyko, że osoby uczulone na pyłki roślin, w tym pyłki lipy, mogą również wykazywać reakcję alergiczną na miód lipowy. Uczulenie na miód lipowy może wiązać się takimi objawami jak pokrzywka, świąd, obrzęk warg, języka lub gardła, trudności w oddychaniu, a w najcięższych przypadkach może wystąpić wstrząs anafilaktyczny. Dlatego zawsze warto być świadomym swoich indywidualnych reakcji i zasięgnąć porady lekarza w przypadku wątpliwości związanych z alergiami.