Chlamydioza może powodować różne objawy ze strony układu moczowo-płciowego. U mężczyzn objawia się często wyciekiem z cewki moczowej, bólem i pieczeniem podczas oddawaniu moczu. U kobiet może być przyczyną plamienia lub krwawienia śródcyklicznego, bólów podbrzusza, częstszego oddawanie moczu. W wielu przypadkach chlamydioza przebiega bezobjawowo, przez co wiele osób pozostaje nieświadomych zakażenia i zaraża kolejne osoby – partnerów seksualnych. Istnieje też ryzyko przeniesienia zakażenia na dziecko w trakcie porodu. Wiarygodnym potwierdzeniem zakażenia chlamydią jest test wykonywany metodą PCR – jego czułość i swoistość wynosi ponad 99%.