Istnieją dwa sposoby formatowania masowej pamięci USB – szybkie formatowanie i pełne formatowanie. Pierwsza z wymienionych metod umożliwia późniejsze przywrócenie plików, ponieważ nie są one nadpisywane. Skutkiem szybkiego formatowania jest usunięcie głównego folderu oraz tabeli systemu plików. Pełne formatowanie będzie znacznie wolniejsze, zwłaszcza w przypadku sporej wielkości pamięci. Umożliwia trwałe usunięcie plików poprzez nadpisanie każdego z sektorów.
Pendrive’a można sformatować w systemie FAT, FAT32, NTFS lub exFAT. FAT (File Allocation Table) to system określający rozmieszczenie katalogów, plików i wolnej przestrzeni. FAT32 to 32- bitowa odmiana systemu FAT. NTFS (New Technology File System) to system plików systemu Windows, a exFAT (Extended File Allocation Table) to system plików przeznaczony do nośników zewnętrznych.
Wybór powinien zostać uzależniony zwłaszcza od rozmiaru plików, pojemności pamięci, a także systemu operacyjnego na komputerze. Pendrive o pojemności do 32 GB można sformatować w systemie FAT32 lub FAT, podczas gdy większa pamięć wymaga wyboru opcji exFAT lub NTFS. System FAT32 sprawdzi się najlepiej, jeżeli użytkownik planuje korzystać z pendrive’a na komputerach z różnym systemem operacyjnym, np. Windows, Linux i Mac OS. NTFS jest domyślnym systemem danych w systemie Windows. W przypadku chęci zapisywania plików o wielkości powyżej 4 GB, wskazane jest formatowanie exFAT.
Proces formatowania pendrive’a można przeprowadzić po jego podłączeniu do portu USB. Należy otworzyć systemowe narzędzie dyskowe odpowiedzialne za formatowanie, wybrać system plików i zatwierdzić operację.