Podstawową różnicą między tymi dwoma formatami jest ich kompatybilność. MP3 jest uznawany za format uniwersalny, podczas gdy M4R został stworzony głównie dla dzwonków iPhone'a. To powiedziawszy, pliki M4R są często krótsze, ponieważ służą do dzwonków, podczas gdy pliki MP3 są zwykle używane do zapisywania dłuższych utworów.