Płatności telefonem oraz błyskawiczne metody autoryzacji transakcji mogą budzić obawy o bezpieczeństwo takich transakcji. Większość z nas przyzwyczajona jest do autoryzowania operacji 4-cyfrowym kodem PIN. Usługa Apple Pay zaprojektowana jest w sposób uwzględniający zarówno bezpieczeństwo samych transakcji, jak i ochronę danych osobowych.