Kościół Ewangelicko-Reformowany w Polsce funkcjonuje w demokratyczny sposób. Najwyższym organem decydującym o sprawach religijnych i administracyjnych Kościoła jest Synod składający się z kadencyjnych świeckich oraz duchownych. Organem wykonawczym Synodu jest Konsystorz składający się z pięciu osób. Z kolei na szczeblu lokalnym (parafialnym) organem decyzyjnym jest Ogólne Zgromadzenie Zboru. Tworzą je wszyscy członkowie parafii, a jego organem wykonawczym jest Kolegium Kościelne.