Analogicznie do urzędów skarbowych, instytucje odpowiedzialne za prawidłowe rozliczenie tych środków mogą nas sprawdzać na każdym etapie realizacji projektu zarówno w trakcie, jak i już po zdaniu wszelkiej sprawozdawczości i zamknięciu całego programu. Zazwyczaj kontrole trwają do dwóch dni.
Nie jest to jakaś wydłużona forma kontroli. Z tym, że mogą być one prowadzone w różnoraki sposób, przybierając formę bezpośredniej kontroli na miejscu, u nas w przedsiębiorstwie, a także kontroli prowadzonej w sposób elektroniczny, może to także być kontrola krzyżowa. Jeżeli realizujemy jakieś zakupy u podmiotów trzecich, to taka instytucja ma też prawo do zgłoszenia się. Kontrola będzie wtedy w dwóch miejscach.