U podłoża refluksu leży zwracanie kwaśnej treści z żołądka do przełyku. Dochodzi do tego, ponieważ obniżone jest napięcie zwieracza dolnego przełyku, który w naturalnych warunkach powinien funkcjonować jak wrota zamykające światło tego narządu po przejściu pokarmu do żołądka. Jeśli kwaśna treść z żołądka jest zarzucana do przełyku wielokrotnie, w błonie śluzowej tego ostatniego może rozwinąć się stan zapalny.