Polski historyk i publicysta.
Jest absolwentem Instytutu Historii Uniwersytetu Gdańskiego. W 1997 r. obronił pracę magisterską pod kierunkiem prof. Romana Wapińskiego na podstawie rozprawy Geneza opozycji lewicowo-liberalnej w PRL (1956–1968) (wyróżnienie rektora). W styczniu 2003 r. w Instytucie Historii Uniwersytetu Gdańskiego obronił pracę doktorską na podstawie rozprawy Tadeusz Katelbach (1897–1977). Biografia polityczna (promotor – prof. Roman Wapiński). W latach 2003–2006 był adiunktem w Instytucie Historii Uniwersytetu Gdańskiego. W okresie 2001–2006 był pracownikiem Oddziałowego Biura Edukacji Publicznej Instytutu Pamięci Narodowej w Gdańsku. Od lipca do listopada 2006 r. pracował w Biurze Udostępniania i Archiwizacji Dokumentów Instytutu Pamięci Narodowej w Warszawie. W lutym 2007 r. objął stanowisko Naczelnika w Oddziałowym Biurze Edukacji Publicznej Instytutu Pamięci Narodowej w Gdańsku, które pełnił do września 2008 r.
W pracy naukowej specjalizuje się w dziejach Ludowego Wojska Polskiego, komunistycznych tajnych służb, polskiej emigracji politycznej, Polonii amerykańskiej, oporu i ruchu antykomunistycznego w PRL. Prowadził badania naukowe w Anglii i Stanach Zjednoczonych. Był dwukrotnym stypendystą Polonia Aid Foundation Trust w Londynie (w 2000 i 2004 r.). W 2000 r. otrzymał grant Fundacji Kościuszkowskiej w Nowym Jorku. W latach 2005–2007 był stypendystą Free Speech Foundation w Chicago. W latach 2003–2005 był sekretarzem redakcji rocznika naukowego „Niepodległość” (w Warszawie). Od 1999 r. jest również członkiem Rady Porozumiewawczej Badań nad Polonią.
Jest autorem około 200 publikacji naukowych, popularnonaukowych i źródłowych. Opublikował wiele książek, m.in. Oczami bezpieki. Szkice i materiały z dziejów aparatu bezpieczeństwa PRL, Kraków 2004 (II nagroda w Konkursie Literackim im. Józefa Mackiewicza w 2005 r. oraz wyróżnienie w Konkursie Literackim im. Brutusa w 2005 r.),Tadeusz Katelbach (1897–1977). Biografia polityczna, Warszawa 2005 (Nagroda im. Jerzego Łojka w 2006 r.),SB a Lech Wałęsa. Przyczynek do biografii, Gdańsk–Kraków–Warszawa 2008 (wspólnie z P. Gontarczykiem; obu autorom redakcja „Gazety Polskiej” przyznała tytuł Człowieka Roku 2008),Sprawa Lecha Wałęsy, Poznań 2008 oraz Śladami bezpieki i partii. Studia. Źródła. Publicystyka, Łomianki 2009; Gdański Grudzień ’70, Gdańsk–Warszawa 2009, Anna Solidarność. Życie i działalność Anny Walentynowicz na tle epoki (1929–2010),Poznań 2010, Długie ramię Moskwy. Wywiad wojskowy Polski Ludowej 1943–1991 (wprowadzenie do syntezy),Poznań 2011, Atomowy szpieg. Ryszard Kukliński i wojna wywiadów, Poznań 2014, Lech Kaczyński. Biografia polityczna 1949–2005, Poznań 2012 (współautor) i Prezydent Lech Kaczyński (2005–2010),Warszawa 2016 (współautor).
W dniu 22 lipca 2006 r. minister obrony narodowej Radosław Sikorski powołał Sławomira Cenckiewicza na stanowisko przewodniczącego Komisji ds. Likwidacji Wojskowych Służb Informacyjnych. Funkcję tę pełnił do dnia 30 października 2006 r. W tym czasie pełnił też funkcję doradcy wiceministra obrony narodowej Antoniego Macierewicza – Pełnomocnika ds. organizacji Służby Kontrwywiadu Wojskowego. W dniu 5 stycznia 2016 r. minister obrony narodowej Antoni Macierewicz powołał S. Cenckiewicza na stanowisko dyrektora CAW i Pełnomocnika MON ds. Reformy Archiwów Państwowych. 4 czerwca 2016 r. Sławomir Cenckiewicz został dyrektorem Wojskowego Biura Historycznego im. gen. K. Sosnkowskiego. W 2007 r. prezydent Lech Kaczyński przyznał Sławomirowi Cenckiewiczowi Srebrny Krzyż Zasługi. Uchwałą Sejmu RP z dnia 23 czerwca 2016 r. powołany na członka Kolegium IPN.
Na pierwszym posiedzeniu 28 czerwca 2016 r. został wybrany na zastępcę przewodniczącego Kolegium IPN. W wyniku wyborów 27 czerwca 2017 r. został wiceprzewodniczącym Kolegium na drugą kadencję. W wyniku wyborów 26 czerwca 2018 r. został wiceprzewodniczącym Kolegium na trzecią kadencję.