Wśród konsekwencji nieleczonej chlamydiozy można wymienić: zapalenie cewki moczowej, zapalenie najądrzy i zespół Reitera u mężczyzn, zapalenie szyjki macicy u kobiet oraz niepłodność u obu płci. Ze względu na ryzyko wystąpienia różnych powikłań okołoporodowych, jak i zarażenia noworodka chlamydiozą, kobietom planującym ciążę zaleca się wykonanie testu na chlamydiozę.