Istnieje wiele wad superaplikacji, a niektóre z nich obejmują obawy o prywatność, zależność od jednej platformy i ograniczone możliwości kontroli przez użytkownika. Dominacja superaplikacji może zdusić konkurencję w określonych sektorach. Mniejsze firmy oferujące niszowe usługi mogą potrzebować pomocy w konkurowaniu z wszechogarniającymi funkcjami superaplikacji.
Z powodu swojego zintegrowanego charakteru, ogromna ilość danych gromadzonych przez superaplikacje może budzić obawy. Użytkownicy mogą potrzebować więcej informacji na temat tego, w jaki sposób ich dane są wykorzystywane, udostępniane i zabezpieczane. Twórcy aplikacji będą również musieli być bardziej przejrzyści w kwestii rodzaju gromadzonych danych. Superaplikacje mogą ograniczać kontrolę użytkownika nad personalizacją i preferencjami udostępniania danych. Użytkownicy mogą mieć ograniczone opcje lub być zmuszani do akceptowania usług, których wcale nie chcą.