Choroba Hashimoto często prowadzi do niedoczynności tarczycy, objawiającej się zmęczeniem, przyrostem masy ciała i nietolerancją na zimno. Nadczynność tarczycy z kolei powoduje objawy takie jak przyspieszony rytm serca, utrata masy ciała, drżenie rąk i nietolerancja na ciepło.