Najczęstsze choroby atakujące rośliny balkonowe to grzybowe, takie jak mączniak prawdziwy i szara pleśń, oraz wirusowe i bakteryjne, w tym zaraza bakteryjna i mozaiki wirusowe. Ponadto, rośliny balkonowe często są atakowane przez szkodniki, takie jak mszyce, przędziorki, czy wełnowce, które mogą również przyczyniać się do rozprzestrzeniania chorób.