Sieć Zilliqa jest zabezpieczona za pomocą protokołu [Byzantine Fault Tolerance](https://coinmarketcap.com/alexandria/glossary/byzantine-fault-tolerance-bft) (lub "pBFT"), to protokół [konsensusu](https://coinmarketcap.com/alexandria/glossary/consensus) w którym najmniej dwie trzecie wszystkich węzłów musi zgodzić się, że zapis jest dokładny, aby można go było dodać do łańcucha bloków. Każdy odłamek (shard) łańcucha bloków Zilliqa opiera się na grupie węzłów, by potwierdzać podsekcję wszystkich transakcji, a gdy każdy odłamek osiągnie konsensus, druga grupa węzłów potwierdza zbiorcze wyniki odłamków i dodaje nowy blok do łańcucha.
Sieć wykorzystuje kryptografię krzywych eliptycznych, aby zabezpieczyć swój protokół konsensusu, umożliwia także stosowanie wielu podpisów. Oprócz protokołu konsensusu pBFT, który zabezpiecza zapisy transakcji, Zilliqa wykorzystuje również algorytm [proof-of-work](https://coinmarketcap.com/alexandria/article/proof-of-work-vs-proof-of-stake) do przypisywania tożsamości węzłów i generowania odłamków.
Zilliqa [opracowała](https://www.zilliqa.com/language) nowy język, Scilla, dla swoich [inteligentnych kontraktów](https://coinmarketcap.com/alexandria/glossary/smart-contract). Scilla, skrót od Smart Contract Intermediate-Level Language, jest językiem skoncentrowanym na bezpieczeństwie, który ma automatycznie identyfikować i eliminować luki w zabezpieczeniach na poziomie języka. Ma również za zadanie ułatwić formalną weryfikację bezpieczeństwa inteligentnych kontraktów za pomocą dowodów matematycznych.