Najważniejszą wadą kotłów dwufunkcyjnych jest brak możliwości ich stosowania w domach, w których istnieje duże prawdopodobieństwo jednoczesnego pobierania ciepłej wody w dwóch lub więcej miejscach - na przykład w kabinie prysznicowej i w wannie. Piec gazowy dwufunkcyjny może też nie dać sobie rady w sytuacji, gdy odległość od kotła gazowego dwufunkcyjnego do punktu pobierania ciepłej wody użytkowej jest większa niż 8 - 10 metrów.