Poziom kortyzolu nadmiernie wzrasta na skutek przewlekłego stresu. W takim przypadku również mogą pojawiać się zaburzenia ze strony jelit: zmiana motoryki, przepuszczalności, składu mikroflory. Przewlekły nadmiar kortyzolu w organizmie może predysponować do wrzodów żołądka i chorób jelit.