Fauna Morza Bałtyckiego to mieszanka gatunków morskich oraz słodkowodnych. Wśród ryb morskich znajdują się dorsz, śledź, morszczuk, ciernik, turbot, gładzica, ciernia, a wśród słodkowodnych m.in.: okonie, szczupaki, sielawy i płocie. Są też ryby rzadko spotykane, takie jak lisica, tasza, iglicznia, wężynka. Spośród ptaków można spotkać tu m.in. kormorany, nurzyki oraz kaczki.
Z roślin żyjących w Bałtyku można wymienić rdestnice, zielenice, brunatnice czy krasnorosty. Gatunki ssaków, które na Bałtyku są zagrożone wyginięciem to morświny, wydry morskie oraz foki szare.
Dno Bałtyku kryje także wiele wraków statków, w tym tych starych z XVIII wieku, obu wojen światowych oraz promów pasażerskich z lat 90. i 2000. Z obawy o zanieczyszczenie Bałtyku w 1974 roku przyjęto specjalną konwencję przez siedem ówczesnych krajów nadbałtyckich, a weszła ona w życie 3 maja 1980 roku. Zmiany polityczne, zmiany w prawie ochrony środowiska oraz morza spowodowały podpisanie nowej konwencji o ochronie środowiska Morza Bałtyckiego w 1992 roku. Ustawa weszła w życie 17 stycznia 2000 roku. Wciąż trwają prace nad nowymi rozwiązaniami, które pomogą zwalczyć zanieczyszczenia związane z działalnością militarną na Bałtyku w czasie wojny.