Kenia leży w strefie klimatu równikowego monsunowego, charakteryzującego się wysokimi temperaturami i wilgocią. Występują tu dwie pory deszczowe – krótka od połowy października do połowy grudnia i długa od marca do maja. Najlepszym okresem na wizytę w kraju są miesiące od grudnia do marca. Lipiec i sierpień są natomiast najchłodniejsze.
W Mombasie średnie temperatury powietrza w dzień wynoszą 33 °C w styczniu, 32 °C w lutym, 33 °C w marcu, 31 °C w kwietniu, 29 °C w maju, 29 °C w czerwcu, 28 °C w lipcu i sierpniu, 29 °C we wrześniu, 30 °C w październiku, 31 °C w listopadzie i 32 °C w grudniu. W nocy jest średnio 8-10 °C chłodniej niż w ciągu dnia.
Temperatura wody jest relatywnie stała – 25 °C w lipcu i sierpniu i 27-28 °C w pozostałych miesiącach.Podobnie kształtują się temperatury na całym kenijskim wybrzeżu.W głębi kraju w ciągu dnia jest średnio o 7-8 °C chłodniej niż na wybrzeżu, a w nocy słupki rtęci pokazują od 12 do 16 °C.