Zdiagnozowanie krztuśca w fazie nieżytowej i zastosowanie antybiotyku (np. azytromycyny) w fazie nieżytowej jest najskuteczniejszą metodą leczenia. Pomoc choremu polega też na łagodzeniu objawów poprzez podawanie leków łagodzących kaszel, wietrzenie pomieszczeń i nawilżanie powietrza.