System kadrowo-płacowy to serce PPK – muszą być w nim nanoszone wszelkie informacje dotyczące uczestnictwa zatrudnionych w programie. Dane te są przekazywane do instytucji finansowej w postaci pliku wyeksportowanego z systemu kadrowo-płacowego. Struktura pliku musi być zgodna z tzw. Standardem Rekomendowanym przez Grupę Projektową PPK – aktualizację oprogramowania zgodnie z wytycznymi przeprowadza dostawca oprogramowania. Większość dostawców dostosowała systemy do aktualnych wymogów. Nationale-Nederlanden uruchomiło bramkę testową PPK, w której można sprawdzić poprawność przesyłanych plików.