Kolonoskopia polega na obejrzeniu jelita od środka. Badanie wykonuje się za pomocą miękkiej, giętkiej rurki (kolonoskop) wprowadzanej przez odbyt do oczyszczonego jelita grubego i przesuwanej do ujścia jelita cienkiego. Wprowadzanie aparatu i badanie są bezbolesne dla większości osób, może jednak powodować wzdęcie, uczucie parcia i ucisku. Badanie trwa zwykle 15-30 minut, ale warto przeznaczyć 1,5-2 godziny na wizytę w ośrodku badań profilaktycznych.