Do leków, których nie należy łączyć z hydroksyzyną, zalicza się m.in. amiodaron, chinidyna, haloperydol, erytromycyna, lewofloksacyna, pentamidyna czy metadon. Trzeba też pamiętać, że hydroksyzyna może wpływać na wyniki niektórych badań, w tym testów alergologicznych oraz próby prowokacyjnej z metacholiną.