Przyczyny śródmiąższowego zapalenia płuc to: leki, palenie tytoniu, płeć męska, wykonywanie pracy mającej związek z rolnictwem, hodowlą ptactwa, obróbką kamienia, refluks żołądkowo-przełykowy, przewlekłe zakażenia wirusowe, np. wirusem Epsteina-Barra.