Najczęstsze awarie skrzyni biegów w samochodzie są zazwyczaj związane ze zużyciem sprzęgła, skrzyni biegów lub układu napędowego. Jedną z nich jest nieprawidłowe korzystanie z systemu przekładni. Inne czynniki, które wpływają na kondycję skrzyni biegów, to zużycie części do skrzyni biegów, takich jak łożyska, podkładki, uszczelki i uszczelnienia. Nieodpowiednie płyny przekładniowe lub ich niska jakość mogą powodować trudności w operowaniu skrzynią biegów, co w dłuższym okresie czasu prowadzi do jej uszkodzenia. W niektórych przypadkach awarie skrzyni biegów mogą być też spowodowane wadą fabryczną lub niewłaściwym montażem poszczególnych części skrzyni.