Migracja danych do Medfile jest procesem prostym i składa się z trzech głównych kroków: najpierw ustala się zakres importowanych danych indywidualnie z klientem, następnie klient musi wyeksportować bazę danych do pliku zabezpieczonego hasłem, a na końcu przekazuje pliki i hasła do Medfile, gdzie zostają one zaimportowane do programu.