Podejście do leczenia zaburzeń układu odpornościowego zależy od konkretnego schorzenia i jego nasilenia. Może obejmować leki hamujące lub modulujące odpowiedź immunologiczną (takie jak kortykosteroidy lub leki immunosupresyjne), terapię zastępczą immunoglobulinami, terapie celowane, odczulanie alergii lub w niektórych przypadkach przeszczep hematopoetycznych komórek macierzystych.