Większość dostawców systemów CRM dba o bezpieczeństwo danych swoich klientów, stosując różne mechanizmy ochrony, takie jak szyfrowanie, autoryzację dostępu czy tworzenie kopii zapasowych. Jednakże, bezpieczeństwo danych zależy również od praktyk użytkowników. Ważne jest, aby regularnie aktualizować oprogramowanie, stosować silne hasła, szkolić pracowników z zakresu bezpieczeństwa i monitorować dostęp do systemu.