Główną zaletą korzystania z KSeF dla księgowych jest standardowy format danych - eliminacja konieczności konwersji i odczytywania faktur. Błyskawiczny proces importowania faktur.
Niemniej jednak, istnieje potrzeba ostrożności w przypadku, gdy klient przeoczy faktury. W takiej sytuacji księgowa powinna wstrzymać się żeby klient miał możliwość zaakceptowania faktur oraz udzielenia wskazówek dotyczących sposobu ich księgowania, uwzględniając różne działy, projekty itp. Następnie, po uzyskaniu takiej akceptacji, księgowa będzie mogła przystąpić do wczytania faktur.