Fumigacja palet jest najczęściej przeprowadzana na dwa sposoby – z pomocą obróbki cieplnej lub dezynfekcji gazowej. Pierwszy sposób polega na ogrzaniu palety do temperatury min. 50 stopni C przez okres 30 minut, dzięki czemu zostaje ona zdezynfekowana. Dezynfekcja gazowa polega na wprowadzeniu gazu do izolowanego pojemnika z paletą. Dawniej stosowano bromek metylu, jednak znowelizowane w 2010 roku przepisy ograniczyły stosowanie tego środka.