Zgodnie z art. 127 k.p.a. od decyzji Dyrektora Generalnego KOWR stronie służy odwołanie do Ministra Rolnictwa i Rozwoju Wsi. Odwołanie powinno być wniesione za pośrednictwem organu pierwszej instancji w terminie 14dni od dnia doręczenia decyzji. Otrzymanie niesatysfakcjonującej decyzji organu drugiej instancji uprawnia stronę do wejścia na drogę sądowoadministracyjną poprzez złożenie skargi do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego, a następnie skargi kasacyjnej do Naczelnego Sądu Administracyjnego.