Okres spłaty pożyczki unijnej zależy od preferencji pożyczkobiorcy, ale też zasad ustanowionych przez pożyczkodawcę w odniesieniu do określonego typu zobowiązań. Inny jest bowiem maksymalny okres spłaty w przypadku pożyczek unijnych inwestycyjnych, a inny choćby w przypadku pożyczek obrotowych. Jest tak, ponieważ poszczególne rodzaje pożyczek mają inne cele i inne maksymalne kwoty. Przykładowo, pożyczki inwestycyjne udzielane są często na realizację bardzo dużych i kosztownych projektów, które mogą zwrócić się dopiero za pewien czas. Dlatego też udzielane są na duże kwoty i długi okres, co pozwala na obniżenie raty. W ich przypadku okres spłaty może wynieść nawet 10 lat. Z kolei jeśli chodzi o pożyczki unijne obrotowe, udzielane na mniejsze kwoty i na bieżące cele, okres spłaty z reguły jest krótszy i wynosi maksymalnie kilka lat.