Zanieczyszczony filtr powietrza w rekuperatorze negatywnie wpływa na działanie całego syste-mu. Ogranicza i zaburza równomierność przepływu powietrza, generując potrzebę zwiększenia wydajności instalacji co wpływa na wzrost konsumpcji energii. Może także pogarszać zdolność rekuperacji do odzysku ciepła. Powietrze nie jest dostatecznie oczyszczane co powoduje zanie-czyszczeni instalacji wentylacyjnej oraz dostawanie się zanieczyszczeń do pomieszczeń - najczęściej objawia się to pojawiającym się zabrudzeniem wokół anemostatów nawiewnych.