Chociaż Flux ma kilka zalet, należy wziąć pod uwagę kilka wyzwań. Implementowanie Fluxu wymaga nauki, zwłaszcza jeśli dopiero zaczynasz korzystać ze wzorca. Może również wprowadzić dodatkową złożoność do bazy kodu, ponieważ musisz skonfigurować różne komponenty Fluxa i zarządzać nimi. Ponadto Flux może nie być najlepszym rozwiązaniem dla małych lub prostych aplikacji, ponieważ koszty ogólne mogą przewyższać korzyści.