Leczenie zależy od diagnozy. Pieprzyki, które są podejrzane o zmiany nowotworowe, są zwykle chirurgicznie usuwane i poddawane biopsji. Kurzajki można leczyć za pomocą maści antywirusowych, zamrażania (krioterapia), elektrokauteryzacji lub laseroterapii. Wybór metody zależy od lokalizacji, wielkości oraz liczby zmian.