Koderzy kliniczni często stają przed wyzwaniami związanymi ze złożonymi przypadkami medycznymi, niekompletną lub niejednoznaczną dokumentacją oraz ciągle zmieniającymi się wytycznymi dotyczącymi kodowania. Mogą napotkać rozbieżności między dostarczonymi informacjami a wymogami dotyczącymi kodowania, co będzie wymagało od nich zwrócenia się o wyjaśnienia do podmiotów świadczących opiekę zdrowotną. Częstym wyzwaniem jest także bycie na bieżąco z najnowszymi zmianami w kodowaniu i efektywne zarządzanie obciążeniem pracą. Ponadto utrzymanie dokładności i produktywności podczas pracy pod presją może być wyzwaniem dla koderów klinicznych.