Rafał Gikiewicz w trakcie swojej kariery grał w klubach Warmia Olsztyn, Stomil Olsztyn, Tempo 25 Olsztyn, DKS Dobre Miasto, Sokół Ostróda, Drwęca Nowe Miasto Lubawskie, Wigry Suwałki, Jagiellonia Białystok, Śląsk Wrocław, Eintracht Brunszwik, SC Freiburg, Union Berlin, FC Augsburg, MKE Ankaragucu i Widzewie Łódź.