Nawiązywanie współpracy turystycznej między regionami niesie za sobą szereg wyzwań dotyczących zarządzania całym przedsięwzięciem, takich jak np. stworzenie ciała decyzyjnego, ustalenie planu działań, koordynację projektów i konkretnych aktywności czy też raportowanie oraz rozliczanie podjętych działań.