Aby rektoskopia mogła być przeprowadzona bańka odbytnicy powinna być pusta. Konieczne jest oddanie stolca w dniu badania. Można wspomóc się czopkiem glicerynowym dostępnym w aptece bez recepty. W wyjątkowych sytuacjach można wykonać lewatywę z gotowych preparatów. Aby ułatwić oddanie pełnego stolca na 2 dni przed badaniem należy unikać owoców pestkowych, pieczywa z ziarnami, maku, siemienia lnianego, a także produktów mogących barwić stolec np. kawa, borówki i przede wszystkim buraki.