Podstawowe funkcje CCleaner są dość przystępne i każdy powinien poradzić sobie z przeprowadzeniem skanowania w programie, niezależnie od poziomu wiedzy technicznej. Program oferuje też zaawansowane funkcje, takie jak czyszczenie rejestru, które mogą spowodować poważne szkody na komputerze w przypadku ich nieprawidłowego użycia. Z tego powodu, przed wykonaniem takich czynności, program wyświetla okno ze stosownym ostrzeżeniem. Przed skorzystaniem z zaawansowanych funkcji programu, warto zorientować się w sytuacji i nabyć stosowną wiedzę.