CCleaner Professional odblokowuje zakres funkcji, które nie są dostępne w darmowej wersji programu. Obejmuje to bardziej dogłębne czyszczenie zawartości komputera, a także dodatkowe narzędzia, takie jak automatyczne aktualizacje oprogramowania, usuwanie modułów śledzących reklam i inne. Istnieje też opcja zakupu całego pakietu produktów z rodziny CCleaner, w tym narzędzia do defragmentacji dysku i programu do przywracania plików.