Zespół jelita drażliwego zwykle nie prowadzi do poważniejszych konsekwencji zdrowotnych. Brak odpowiedniego postępowania może jednak skutkować pogłębieniem objawów i znacznym pogorszeniem komfortu życia. Ciągłe bóle brzucha i zaburzenia wypróżnienia utrudniają normalne funkcjonowanie, dlatego IBS wymaga trzymania zaleconej diety, a niekiedy też leczenia farmakologicznego.