Transakcja WNT może zostać rozliczona nawet bez otrzymania faktury WNT, a przyczyną tego jest zasada, że to nabywca jest zobowiązany do uregulowania podatku należnego, który powstał podczas zakupu danego towaru.
Zgodnie z ustawą o VAT, brak faktury nie jest przeszkodą do opodatkowania transakcji oraz ujęcia jej w deklaracji VAT za miesiąc, w którym dana transakcja miała miejsce, nawet jeśli faktura nie została dostarczona do 15 dnia miesiąca. Brak faktury nie jest problemem, gdyż informacje te można zaczerpnąć chociażby ze złożonego zamówienia lub oferty, którą przedstawił sprzedawca, albo wynikającej z tej oferty, korespondencji.