Fumigacja kontenera to zwalczanie z pomocą substancji chemicznych szkodników. Zabieg jest niezbędny podczas transportu towarów między krajami – w niektórych przypadkach wymaga się nawet okazania świadectwa z przeprowadzonych zabiegów. Dzięki temu eliminuje się ryzyko przedostania się szkodników na dany obszar. Fumigacji poddaje się nawet żywność przewożoną kontenerami lub stosuje alternatywne metody.