Koszt transportu, mimo że został wskazany jako odrębna pozycja na fakturze będzie zwiększał podstawę opodatkowania wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów (WNT). Zgodnie z przepisami obowiązującymi od stycznia 2014 roku podstawę opodatkowania w przypadku WNT zwiększa się w oparciu o art. 29a ust. 1 i 6 ustawy o VAT. Co do zasady, podstawą opodatkowania jest wszystko, co stanowi zapłatę, którą dostawca otrzymał lub ma otrzymać z tytułu sprzedaży od nabywcy. W szczególności do podstawę opodatkowania WNT należy wliczyć: podatki, cła, opłaty i inne należności o podobnym charakterze, z wyjątkiem kwoty podatku, koszty dodatkowe, takie jak prowizje, koszty opakowania, transportu i ubezpieczenia, pobierane przez dokonującego dostawy lub usługodawcę od nabywcy lub usługobiorcy.