Wylesianie ma poważne konsekwencje dla różnorodności biologicznej. Lasy są domem dla niezliczonych gatunków, z których wiele ma charakter endemiczny i nie występuje nigdzie indziej na Ziemi. Kiedy lasy są niszczone, gatunki te tracą swoje siedliska i są zagrożone wyginięciem. Wylesianie zakłóca skomplikowane relacje ekologiczne, wpływając nie tylko na rośliny i zwierzęta, ale także mikroorganizmy. Utrata różnorodności biologicznej zmniejsza odporność ekosystemu i może mieć kaskadowe skutki dla całego ekosystemu.