Podczas przyjmowania substancji czynnej organizm może zareagować wzdęciami. Mogą również wystąpić problemy trawienne, takie jak biegunka lub zaparcie. Może również powodować ból brzucha, który powoduje skurcze. Każdy, kto zażywa leki, powinien skonsultować się z lekarzem w sprawie możliwych interakcji. Dotyczy to szczególnie osób przyjmujących leki obniżające poziom cukru we krwi, ponieważ substancja czynna na nie wpływa. Ogólnie rzecz biorąc, berberyna ma dobrze tolerowane działanie, dlatego też skutki uboczne są raczej wyjątkami niż regułą. Należy jednak najpierw zacząć od niewielkich kwot dochodów, aby móc odpowiednio wcześnie zareagować na ewentualne nietolerancje. Jeśli wystąpią jakiekolwiek objawy, należy skonsultować się z lekarzem, aby móc omówić objawy przed dalszym samodzielnym przyjmowaniem leku. Substancja czynna może mieć jednak także działanie toksyczne, dlatego nie zaleca się jej stosowania kobietom w ciąży i karmiącym piersią, gdyż nie zostało dokładnie udowodnione, jaki wpływ może ona mieć na dziecko.