Jedynym skutecznym sposobem zapobiegania FAS jest odstawienie alkoholu na czas ciąży. Żadna ilość napojów procentowych nie jest bezpieczna. Zalecane jest również, aby alkoholu nie spożywały kobiety aktywne seksualnie, które nie stosują antykoncepcji. Zwykle mija od czterech do sześciu tygodni, zanim kobieta dowie się, że jest w ciąży. A już we wczesnym etapie płód szybko się rozwija. Jeśli kobieta, nie będąc świadomą odmiennego stanu, spożywała alkohol, nigdy nie jest za późno, aby go odstawiła. Rozwój mózgu płodu ma miejsce przez całą ciążę.