Organizacje mogą napotkać kilka wyzwań podczas przeprowadzania identyfikacji klientów. Częstym wyzwaniem są trudności w weryfikacji autentyczności dokumentów tożsamości, szczególnie w przypadkach, gdy wykorzystywane są dokumenty fałszywe lub podrobione. Kolejnym wyzwaniem jest potrzeba zrównoważenia procesu identyfikacji klienta z zapewnieniem płynnej i bezproblemowej obsługi klienta. Ponadto organizacje muszą nadążać za zmieniającymi się przepisami i zapewniać możliwość dostosowania swoich systemów i procesów do zmieniających się wymagań.