Ważne jest, aby sklep na Shoperze miał przejrzystą strukturę z kategoriami i podkategoriami. Breadcrumbs, menu główne i stopka powinny ułatwiać nawigację użytkownikom. Linki wewnętrzne powinny być umieszczone w menu głównym, breadcrumbs i stopce, aby ułatwić użytkownikom dostęp do poszczególnych podstron.