Kluczową rolę w Szkole w Chmurze odgrywają egzaminy klasyfikacyjne. Uczniowie mają obowiązek zdać egzamin pisemny i ustny z każdego przedmiotu, w którym się kształcą. Te egzaminy odbywają się w ustalonych terminach, a ich wyniki decydują o promocji do kolejnej klasy. Co istotne, maturzyści w Liceum w Chmurze mają większą swobodę w przygotowywaniu się do matury, gdyż większość przedmiotów kończy się egzaminami już w klasach I-III.