Choroby dające podobne objawy do zespołu policystycznych jajników to głównie schorzenia, w których występują zaburzenia hormonalne. Należy wykluczyć takie choroby, jak:
zespół Cushinga,
akromegalia,
zaburzenia w pracy tarczycy (nadczynność, niedoczynność),
występowanie guzów, które wydzielają męskie hormony płciowe,
wrodzony przerost nadnerczy.