Do przygotowania naturalnego jogurtu potrzebne jest mleko oraz szczepy bakterii lub jogurt naturalny z żywymi kulturami bakterii. Składniki należy wymieszać i przelać mieszankę do pojemnika (lub kilku mniejszych pojemników) jogurtownicy. Na koniec wystarczy uruchomić urządzenie i odczekać około 6-12 godzin. W tym czasie następuje powolna fermentacja oraz zagęszczenie jogurtu.