W celu zwiększenia bezpieczeństwa, Ekosystem Huobi wykorzystuje architekturę rozproszoną i system ochrony przed atakami DDoS. Ponadto 98% waluty jest przechowywanych w multisig cold wallet. Giełda wykorzystuje również system kontroli ryzyka o nazwie „Don't Be Evil”, zapewniając bezpieczeństwo kont i aktywów użytkowników.
Od 2018 roku platforma korzysta z systemu ochrony aktywów o nazwie Security Reservation Mechanism. Równolegle Huobi uruchomił również w styczniu tego roku Fundusz Ochrony Inwestorów. Dzięki tym środkom posiadacze HT są ubezpieczeni od strat finansowych, które mogą powstać w wyniku nieuczciwych działań lub innego ryzyka związanego z handlem i wymianą kryptowalut.