Niektórzy specjaliści zalecają przyjmowanie probiotyku na czczo, gdyż niższy poziom kwasu żołądkowego na pusty żołądek może zwiększyć szanse probiotyków na przetrwanie i dotarcie do jelit. Badania wykazały jednak, że są bardziej efektywne jest podawanie probiotyków razem z mlekiem lub owsianką.