Najczęstsze objawy nietolerancji pokarmowej obejmują dolegliwości żołądkowo-jelitowe takie jak wzdęcia, bóle brzucha, gaz, biegunka lub zaparcia, a także mogą wystąpić objawy skórne jak wysypka czy świąd. Nietolerancje mogą również prowadzić do zmęczenia, bólów głowy czy problemów z koncentracją. Rozpoznanie nietolerancji pokarmowych często wymaga prowadzenia dziennika żywieniowego i eliminacji podejrzanych pokarmów, a następnie obserwacji czy po ich ponownym wprowadzeniu do diety objawy powracają. W niektórych przypadkach pomocne mogą być również specjalistyczne testy diagnostyczne.