Taka sytuacja wywołuje szereg nieprzyjemnych następstw, dlatego warto zrozumieć, dlaczego tak się dzieje i jak wygląda mechanizm działania organizmu alergika.
Komórki układu odpornościowego obecne są w całym organizmie m.in. w jamie ustnej, żołądku oraz dalszych odcinkach przewodu pokarmowego. Ich rola jest nie do przecenienia, ponieważ bronią organizm przed substancjami obcymi i drobnoustrojami pochodzącymi z zewnątrz, takimi jak: wirusy, bakterie czy grzyby. Komórki te u alergików działają jednak nieprawidłowo i jest to sedno całego problemu: komórki układu odpornościowego nie reagują adekwatnie na białka mleka krowiego. Starają się je niepotrzebnie eliminować, traktując je jak intruza przeznaczonego do zlikwidowania.
Tu jednak nie kończy się reakcja nadgorliwego układu odpornościowego na alergen. Dolegliwości mogą obejmować również skórę, powodując swędzącą wysypkę, łuszczenie się skóry lub jej atopowe zapalenie. W związku z powyższym należy zadbać o skuteczne postępowanie w zdiagnozowanej alergii na białka mleka krowiego, a jeśli lekarz tak zadecyduje korzystać ze specjalistycznych mieszanek zastępujących białka mleka krowiego.
Reakcja na białko mleka krowiego może mieć różny przebieg. Dolegliwości mogą objawiać się m.in. kaszlem, sapką czy trudnościami z oddychaniem. Źródłem innych problemów może być sam układ pokarmowy. Wiąże się z tym wiele objawów powodujących dyskomfort: ulewanie, kolka, wzdęcia czy biegunka. Część z nich występuje u najmłodszych dzieci, inne są wspólne dla wszystkich maluchów. To, co je łączy, to wspomniany dyskomfort: dzieci z bólami brzucha mogą być płaczliwe i rozdrażnione.
Z powodu tak zróżnicowanych dolegliwości konieczna jest możliwie szybka konsultacja z lekarzem, który po zdiagnozowaniu alergii na białka mleka krowiego u dziecka karmionego piersią zaleci dietę eliminacyjną u mamy. W przypadku karmienia mlekiem modyfikowanym podejmie  decyzję o zastąpieniu go odpowiednimi mieszankami (hydrolizat znacznego stopnia lub mieszanka aminokwasowa).