Aby zdiagnozować SIBO należy udać się do gastrologa/ gastroenterologa, który po przeprowadzeniu dokładnego wywiadu zleca wykonanie testu oddechowego. Najlepiej wykonać test wodorowo-metanowy, gdyż wodorowy może nie być miarodajny/ wiarygodny, jeśli występuje u Ciebie przerost metanu. Następnie należy skonsultować wynik badania z lekarzem prowadzącym, który ustali dalsze etapy i sposób leczenia.