Nie można traktować błonnika jako panaceum na wszystkie dolegliwości. Należy pamiętać, że wysokie spożycie błonnika może utrudniać wchłanianie wapnia, magnezu czy żelaza. Dlatego u osób z niedokrwistością czy osteoporozą udział błonnika w diecie powinien być zmniejszony.
Dodatkowo w niektórych chorobach układu pokarmowego również może być problematyczny. Mowa tutaj o stanach zapalnych żołądka, trzustki, dróg żółciowych czy jelit.
Należy pamiętać, że jeśli chcemy zwiększać jego udział w diecie to powinniśmy robić to stopniowo. Jeśli nasza dieta do tej pory nie zawierała dużo błonnik, a nagle z dnia na dzień przejdziemy na dietę wegańską czy wegetariańską to możemy napotkać kłopoty ze strony układu pokarmowego.