Rafał Augustyniak w trakcie swojej kariery grał w klubach: MKS MOS Zduńska Wola, Pogoń Zduńska Wola, Widzew Łódź, Jagiellonia Białystok, Wigry Suwałki, Miedź Legnica, Ural Jekaterynburg i Legia Warszawa.