Najczęstszymi problemami atakującymi begonie doniczkowe są choroby grzybowe, takie jak mączniak prawdziwy czy szara pleśń, oraz szkodniki, w tym mszyce i wełnowce. Aby sobie z nimi radzić, należy zapewnić odpowiednie warunki uprawy, takie jak właściwa wilgotność, przepuszczalne podłoże i dobre nasłonecznienie. Regularne inspekcje roślin i usuwanie zainfekowanych części, a także stosowanie odpowiednich środków fungicydowych lub insektycydowych, mogą pomóc w ochronie begonii przed chorobami i szkodnikami.