Środki bezalkoholowe są równie skuteczne jak te na bazie alkoholu. Na rynku istnieją preparaty przeznaczone do różnego rodzaju powierzchni, również takich, które mogą odbarwiać się w kontakcie z alkoholem. Zaliczamy do nich niektóre powierzchnie wykonane z gumy, silikonu, PVC, skóry, skóry syntetycznej, metalu czy szkła akrylowego. Preparaty do dezynfekcji niezawierające alkoholu bazują najczęściej na chlorze bądź wodorotlenku wodoru.