Shopify er bedre når det gjelder sikkerhet. Årsaken til dette er at all infrastruktur håndteres av selve plattformen. Med WooCommerce må den ansvarlige for infrastruktur håndtere det meste av sikkerheten, inkludert ting som å oppdatere til den nyeste versjonen av plugins og temaer, holde systemene oppdatert, sikre gode passord, installere sikkerhets plugins og andre sikkerhetssystemer og annen god sikkerhetspraksis .