Noen ganger er ikke rotfyllingsbehandling nok til å ta knekken på bakteriene og infeksjonen. I disse tilfellene kan en kirurgisk fjerning av rotspissen bli nødvendig for å kunne beholde tannen. Før et kirurgisk inngrep vil man i de fleste tilfeller forsøke om man kan bli kvitt betennelsen med en omgjøring av rotfyllingen. Å rotfylle en tann er normalt en smertefri behandling. Noen ganger kan det være vanskelig å bedøve tannen, spesielt når betennelsen er kraftig. Rotfyllingsspesialisten vil være ekstra oppmerksom på dette å gjøre sitt ytterste for at behandlingen skal være smertefri. Etter at tannen er ferdig rotfylt legges en midlertidig toppfylling i tannen. Den henvisende tannlegen vil derfor måtte lage en endelig fylling eller krone etter rotbehandlingen.