For å bruke et boblevaffeljern, starter man med å forvarme jernet. Når det er varmt, heller man røren inn i jernet, lukker det, og lar røren steke til den er gylden og sprø. For at røren skal fordeles jevnt i boblene kan det være lurt å snu jernet etter en kort periode.
Det er viktig å følge produsentens instruksjoner for både temperaturinnstillinger og steketid, da dette kan variere mellom ulike modeller. Etter steking fjernes vaffelen forsiktig fra jernet og kan formes mens den fortsatt er varm, ofte rullet til en kjegleform for å fylles med ulike toppings.