CCleaner Professional har flere funksjoner som du ikke kan bruke med gratisversjonen. Disse gir grundigere rens og inkluderer ekstra verktøy, som automatisk programvareoppdateringer, fjerning av annonsesporere og mer. Det er mulig å kjøpe hele pakken med CCleaner-produkter, som inkluderer programmer for defragmentering og filgjenoppretting.