Crohns sykdom kan påvirke forskjellige deler av fordøyelsessystemet, mens ulcerøs kolitt bare påvirker tykktarmen og endetarmen. Crohns sykdom kan også ha betennelse og skipsmønster med friske områder i mellom, mens ulcerøs kolitt forårsaker kontinuerlig betennelse. Irritabel tarmsyndrom er en funksjonell tarmlidelse uten betennelse eller fysiske endringer i tarmen, som kan etterligne noen av Crohns sykdom symptomer.