Margretes sønn, Olav IV, blir valgt til konge i Danmark og arvet Norge etter sin far. Men, Olav dør på mystisk vis i Skåne i 1387, og dermed er maktgrunnlaget for Margrete borte. Hun vet derimot råd og adopterer søsterdattersønnen Bogislav fra Pommern,  og gir han navnet Erik. Med list og forhandlinger klarer hun så å få Erik valgt og kronet til konge av hele Norden i Kalmar i 1397, og en unionsavtale ble opprettet.
Dermed forener Margrete de tre rikene Danmark, Norge og Sverige, for ettertiden kjent som Kalmarunionen.
Margrete er regjerende dronning i Kalmarunionen fra 1397 og frem til hun dør, om bord på sitt eget skip i Flensborg havn i 1412.
Ingen senere unionskonge har hatt like stor interesse for alle de tre rikene som Margrete.