Mange studier viser at barn som fødes med keisersnitt behøver lengre tid på seg for å kolonisere tarmen med visse bakteriestammer som anses å være bra for helsen; de positive bakteriene vi alle har i tarmen og som bidrar til en sunn tarmflora. Som en konsekvens kan dette påvirke utviklingen av immunforsvaret siden man har sett at barn som er forløst med keisersnitt har større risiko for å utvikle eksem og visse matallergier. I magen er tarmene til fosteret sterile, men så fort barnet er født begynner tarmene å koloniseres med bakterier. Bakteriene fra forløsningen og fra mammaens hud ved ammingen har en viktig funksjon i oppbyggingen av tarmfloraen, men også andre miljøfaktorer påvirker. Ved en forløsning med keisersnitt kommer barnet i kontakt med færre bakterier. Amming er den beste beskyttelsen for det lille barnet, siden morsmelk inneholder stoffer som bidrar til å skape en sunn tarmflora.