Selv om det er gratis å sette opp en Skrill-konto og de aller fleste spillsider ikke tar betalt for Skrill-innskudd eller -uttak, kan Skrill pålegge gebyrer når du finansierer kontoen din eller tar ut penger fra den. Det påløper også gebyrer for bruk av Skrill 1-Tap på online bettingsider.