Til dags dato er det ikke rapportert noen signifikante bivirkninger forbundet med bruken av Biotrohn. Det er imidlertid mulig å oppleve helbredende kriser eller Herxheimer-reaksjoner under prosessen med avgiftning eller bekjempelse av en infeksjon. Disse reaksjonene kan manifestere seg som feber, influensalignende symptomer, hodepine, muskel- eller leddsmerter, sår hals, ubehag, svette, frysninger, kvalme, utslett, hovne kjertler, lavgradig feber, hevelse, diaré eller forstoppelse, hjertebank, lett økning i blodtrykk, hudsymptomer, sprutende puss eller andre symptomer, som velvære eller lykke. Disse reaksjonene indikerer at giftstoffer, parasitter, sopp, virus, bakterier eller andre patogener blir eliminert raskere enn kroppen kan håndtere på egen hånd. Den største vanskeligheten med Herxheimer-reaksjonen er at folk ofte stopper behandlingen som forårsaket reaksjonen. Det er imidlertid ingen grunn til å være skremt. Det anbefales å stoppe behandlingen i 1-2 dager og, etter at kroppen har kommet seg, fortsette med programmene som forårsaket helbredelseskrisen til symptomene forsvinner.