Hygienisk bruk av brystpumpen er svært viktig. De fleste delene av en brystpumpe kan kokes, for eksempel komplett sterilisering før pumpen brukes for første gang. De fleste moderne pumper kan demonteres, og med en elektrisk brystpumpe kan det meste bortsett fra motor og slange vaskes i oppvaskmaskin. Ellers er det håndvask som gjeld