Autogen trening har mange fordeler, som å redusere stressnivået, senke blodtrykket, redusere symptomer på angst og forbedre søvnkvaliteten. Den er også ikke-invasiv og kan utføres når som helst og hvor som helst. Ulempene inkluderer at det kan ta tid å mestre teknikkene og oppnå resultater, samt at noen mennesker kan oppleve frustrasjon hvis de ikke får umiddelbare resultater. Det er viktig å være tålmodig og realistisk i forventningene når man praktiserer autogen trening.