Skiathos serveres av en rekke flyselskaper, inkludert Egeerhavsflyselskaper, Ryanair, EasyJet og Norwegian Air. Egean Airlines tilbyr flest flyreiser til Skiathos, med direktefly fra Athen og Thessaloniki. Ryanair driver fly fra en rekke europeiske byer, inkludert London, Manchester og Milano. EasyJet tilbyr flyreiser fra London og Manchester, mens Norwegian Air driver fly fra Stockholm og Oslo.