De grunnleggende funksjonene i CCleaner er enkle, og alle kan kjøre skann uavhengig av teknisk bakgrunn. Programmet har imidlertid noen mer avanserte funksjoner, som Registry Cleaner, som kan skade datamaskinen din hvis du ikke bruker den riktig. Før handlinger kan utføres med denne, dukker det derfor opp et vindu med en advarsel. Du må sørge for at du vet hva du gjør før du bruker disse avanserte funksjonene.