Behandlingen av Crohns sykdom fokuserer på å lindre symptomer og kontrollere betennelse. Dette kan inkludere medisiner som immunsuppressive midler og kortikosteroider, samt bruk av biologiske legemidler som målretter spesifikke komponenter i immunsystemet. Livsstilsendringer som en balansert diett, stresshåndtering og regelmessig mosjon kan også være en viktig del av behandlingen.