Når månedens menstruasjon er over, kan du koke menskoppen for å rengjøre den. Den skal ikke koke i mer enn 3–4 minutter. Vær forsiktig så ikke vannet koker bort og koppen smelter. Det absolutt viktigste man må huske på ved håndteringen av menskoppen – for å minimere bakterievekst – er alltid å vaske hendene før du håndterer den.