Zoom-møter krypteres med 256-bits TLS-kryptering, og presentasjoner som deles har 256-bits ende-til-ende-kryptering (AES). Programmet har også flere sikkerhetsfunksjoner for å forhindre at uautoriserte brukere kommer seg inn på et møte. Dette inkluderer passord, venterom og muligheten til å låse et møte når det har startet.