IKEv2 opererer som IKEv1 i to faser. I fase 1 identifiserer og forhandler enhetene med hverandre for å bli enige om de felles innstillingene som skal brukes. Fase 2 er hvor de finner ut hvordan de skal kryptere og autentisere trafikken. IKEv2 bruker en kortere fire-meldings sekvens for å gi en enklere utvekslingsflyt, noe som resulterer i en raskere VPN-tikobling.