Margex eies av et selskap registrert på Seychellene, men detaljene om de spesifikke eierne er ikke offentlig tilgjengelige. Selskapet er kjent for å fokusere på å tilby en anonym handelsopplevelse og har derfor ikke offentliggjort mye informasjon om eierstrukturen. Dette er vanlig prosedyre på kryptomarkedet, som sentrerer seg rundt anonymitet og desentralisering.