Ettersom allergivaksinasjon inneholder det som kroppen er allergisk mot, finnes en naturlig risiko for ulike typer av allergiske reaksjoner. De vanligste er kløe og rødhet på injeksjonsstedet eller i munnen ved tablettbasert behandling. Mindre vanlig er irritasjon i øyne, nesetetthet eller astmabesvær. I sjeldne tilfeller kan det oppstå alvorlige systemiske reaksjoner. Derfor skal du alltid vente på legekontoret i 30 minutter etter en sprøyte. Dersom du bruker tablettene, skal den første tabletten tas på legekontoret. Deretter kan tablettene tas uten overvåkning hjemme.