Selv om både Lyme sykdom og andre flåttbitt sykdommer forårsakes av flåttbitt, er det viktige forskjeller mellom dem. Lyme sykdom er forårsaket av bakterien Borrelia burgdorferi, mens andre sykdommer som babesiose og anaplasmose er forårsaket av parasitter og andre bakterier. Symptomene kan også variere, med Lyme sykdom kjennetegnet av et karakteristisk 'bullseye' utslett, mens andre sykdommer kan ha mer generelle symptomer som feber og tretthet. Behandlingen kan også variere avhengig av hvilken sykdom som er tilstede.