Melatonin er generelt ansett som trygt for de fleste mennesker når det tas i anbefalte doser og for korte perioder. Imidlertid kan melatonin ha bivirkninger som hodepine, kvalme, døsighet og forstyrret hormonbalanse hos noen mennesker. Det er viktig å følge instruksjonene og rådføre seg med en helsepersonell før du begynner å ta melatonin som et tilskudd.