Gjennom det progressive sammenbruddet av lov og orden, fremveksten av brutalitet og vold, og tapet av sivilisasjon blant en gruppe gutter som blir forlatt på en øde øy, skildrer «Fluenes Herre» et dystopisk samfunn. Guttene som må klare seg selv uten noen regler blir underlagt denne verden for å overleve.