Helaas is de oorzaak voor het ontstaan van aften onduidelijk. Vaak steken ze de kop op bij een verminderde lichamelijke weerstand, een slechte mondhygiëne, overgevoeligheid voor bepaalde voedingsmiddelen, hormonale veranderingen (zwangerschap) of stress. Ze kunnen ontstaan door het bijten op de tong of op de binnenkant van de wang, maar ook bij het eten van heet voedsel. Soms zijn aften het gevolg van een scherp randje aan een tand of kies of een slecht passend kunstgebit.