Het grootste verschil is dat paddenstoelen boven de grond groeien en truffels onder de grond. Beide zijn vruchtlichamen van het myceliumnetwerk wat zich onder de grond bevindt. Het myceliumnetwerk zijn schimmels die alle planten en bomen met elkaar verbindt. En waar de mensheid nu pas de grootsheid ervan ontdekt. Wat betreft de werking bevatten paddenstoelen over het algemeen meer psilocybine dan truffels. Doordat truffels onder de grond groeien, vallen ze niet onder paddenstoelen en zijn daarom legaal in Nederland.