​De Digitale Binnenhof Academy wordt bestuurd door een Kernteam waar vertegenwoordigers van alle initiatiefnemers in zitten. Zij nemen alle belangrijke besluiten van de Academy, zoals welke activiteiten georganiseerd worden en wie welke vragen op gaat pakken. Voor de organisatie van concrete sessies of communicatie worden per keer subwerkgroepen in het leven geroepen die zich met de uitvoering bezighouden.