De subsidie kan niet door een samenwerkingsverband zelf worden aangevraagd. Wel kan het bevoegd gezag van één van de deelnemende scholen subsidie aanvragen. De andere po scholen kunnen dan, met ten minste nog 1 vo school, het doorstroomprogramma uitvoeren. Bij de subsidieaanvraag moet de rol en expertise van de deelnemende scholen aan het doorstroomprogramma duidelijk worden omschreven.