Vandaag de dag bestaan er tientallen bestandsformaten. Het meest populaire format is ePub. Dit type bestand kun je uitlezen vanaf meerdere soorten en merken e-reader. PDF is een ander veelgebruikt en veelzijdig bestandsformaat.
Boeken en e-books waarvan de auteursrechten inmiddels verstreken zijn, hebben vaak een html-bestandsformaat. Doc komt niet vaak voor, dit is het bestandsformaat van het beroemde Microsoft Word. RTF is een verrijkte tekst bestandsformaat. Mobi is het native formaat van de Kindle e-reader. Platte tekst in de meest eenvoudige vorm is meestal van het formaat TXT.