Milieu Centraal wordt voor een groot deel gefinancierd door de ministeries van Binnenlandse Zaken en Koninkrijksrelaties (BZK), Infrastructuur en Waterstaat (IenW) en Economische Zaken en Klimaat (EZK). De overheid heeft geen zeggenschap over de inhoud van de adviezen van Milieu Centraal. Daarnaast ontvangt de onafhankelijke stichting inkomsten uit samenwerkingen met bedrijven en branchepartijen. Samenwerking met bedrijven is altijd op basis van het leveren van onafhankelijke content en validatie van content, geen promotie.