Een belangrijk verschil is de structuur van de moleculen. In sommige synthetische varianten wordt het synthetische cis isomeer van co enzym Q10 gebruikt, wat minder effectief kan zijn dan de natuurlijke vorm. Daarnaast maken sommige merken zoals Royal Green gebruik van gepatenteerde fabricagetechnologieën om co enzym Q10 uit natuurlijke bronnen te extraheren, wat kan bijdragen aan een betere biologische beschikbaarheid.