Door het chloortransportprobleem bij Cystic Fibrosis wordt slijm in luchtwegen en darmen taaier en kunnen trilharen van de luchtwegen niet goed werken. Hierdoor kunnen slijm en bacteriën niet goed verwijderd worden uit de luchtwegen en kan er gemakkelijk een luchtwegontsteking ontstaan. Als dit vaker gebeurt verwijden de luchtwegen zich tot zogenaamde bronchiëctasieën.
Ook in het Keel Neus Oor (KNO) gebied is er meer kans op ontstekingen, vooral van de bijholten. Het taaie slijm in de darm kan leiden tot verstopping en vastlopen van ontlasting in (van) de darm. Mannen met Cystic Fibrosis zijn niet vruchtbaar, vrouwen met Cystic Fibrosis zijn meestal minder vruchtbaar. Veel Cystic Fybrosis patiënten hebben een alvleesklier die niet of onvoldoende werkt. Hierdoor wordt vet uit voedsel niet goed in het lichaam opgenomen. Met medicatie dat bestaat uit bepaalde enzymen wordt het vet wel uit het voedsel opgenomen. Er zijn in Nederland ongeveer 1650 Cystic Fibrosis patiënten.