De naam is ontstaan door de wegval van de letter ‘d’ in het woord vledermuis. Het is een samenstelling van twee woorden, vleder en muis. Maar wat het deel vleder betekent weten we niet precies. Er zijn twee verhalen:
Sommige mensen denken dat het woord vleder komt van wat wij nu kennen ‘fladderen’. De naam zou dus letterlijk betekenen: ‘fladdermuis’.
Anderen denken dat vleder helemaal niet ‘fladderen’ betekent maar ‘vleugel’. Het zou dus letterlijk vleugelmuis (gevleugelde muis) betekenen.