Biobrandstoffen worden gemaakt van hernieuwbare grondstoffen. De uitstoot bestaat voornamelijk uit koolstofdioxide die de hernieuwbare grondstoffen, zoals biomassa, via fotosynthese aan de atmosfeer onttrekken. Fossiele brandstoffen worden gemaakt van niet-hernieuwbare grondstoffen en stoten rechtstreeks koolstof uit in de atmosfeer. Daarom hebben biobrandstoffen een aanzienlijk kleinere koolstofvoetafdruk dan fossiele brandstoffen. De koolstofvoetafdruk van biodiesel (FAME) en ethanol is 60 tot 80% kleiner in vergelijking met fossiele brandstoffen. Bij gebruik van Neste MY Renewable Diesel is de voetafdruk zelfs tot 90% kleiner.