De studentgegevens worden te allen tijde door zowel Studiekeuze123 als het onderzoeksbureau dat de NSE uitvoert vertrouwelijk behandeld. In het contract dat deelnemende onderwijsinstellingen tekenen, staat opgenomen dat de instelling alle gegevens vertrouwelijk behandelt. De gegevens mogen alleen worden gebruikt door de medewerkers die verantwoordelijk zijn voor de uitvoering van dit onderzoek. Dit betekent ook dat studentgegevens nooit worden verstrekt aan derden. De resultaten van het onderzoek worden nooit herleidbaar naar een betreffende student als persoon gepresenteerd. Rapportages voortkomend uit dit onderzoek zijn altijd anoniem.