Volwassenen kunnen een poeptransplantatie of fecestransplantatie krijgen om de darmflora te beïnvloeden. Bij kinderen is dit nog geen behandeling, er is eerst meer onderzoek nodig.
Door gezonde darmflora in het maag-darmkanaal te brengen, wordt het eigen microbioom vervangen door een gezond microbioom. Dit kan een positieve invloed hebben op het immuunsysteem en de afweerreacties kunnen op een positieve manier veranderen, waardoor ontstekingsreacties afgeremd kunnen worden en de darmwand tot rust kan komen.
Bij zo’n transplantatie wordt de darm eerst schoongespoeld, zodat zo veel mogelijk eigen darmflora verdwenen is. Daarna wordt ontlasting van een gezonde persoon verdund in de dunne darm of in het colon ingebracht. De dunne darm kan bereikt worden door middel van een sonde (een dun buisje) of een endoscopie. De route loopt via de neus, slokdarm en maag naar het eerste deel van de dunne darm. Eenmaal in de dunne darm, volgt de ingebrachte ontlasting de route van het darmkanaal. Het colon kan via de anus worden bereikt met behulp van coloscopie of een klysma. Een fecestransplantatie is niet eenmalig, als het effect heeft dan moet de hele procedure meerdere keren worden herhaald om effect te blijven geven. Ook wordt gekeken naar andere mogelijkheden, zoals verpakken in een capsule, waardoor je het microbioom als pil in kunt nemen.