De boekhouding van een bv is afhankelijk van de activiteiten van het bedrijf. hoe je het regelt mag je zelf bepalen maar een boekhoudprogramma is wel aan te raden.
Als je werkt als zzp’er bestaat de boekhouding slechts uit een normale winst- en verliesrekening. Verder moet je, je net als bij een eenmanszaak, jaarlijks een balans en jaarrekening opstellen zodat je  inkomstenbelastingaangifte kunt doen.
Je moet een jaarrekening deponeren. Grotere bv’s moeten meer info uit het jaarverslag delen. Een accountantsverklaring is meestal niet meer nodig. Je kunt het deponeren overlaten aan een boekhouder, maar mag dit ook zelf doen.