Het programma heeft als doel om over het geheel genomen de uitstoot van stikstof en CO2 van het luchtverkeer te verminderen. Het Plan-MER heeft de alternatieven getoetst op de gevolgen voor onder andere CO2 en stikstofdepositie. Ook is er een voortoets uitgevoerd waarin is bekeken of er een kans is op “significante negatieve effecten op de instandhoudingsdoelen van Natura-2000 gebieden” ten gevolge van stikstofdepositie met aantasting van de natuurlijke kenmerken van het beschermde natuurgebied tot gevolg.
Omdat de concrete uitwerking van de luchtruimherziening pas in de volgende fase plaatsvindt, zijn alleen de te verwachten globale effecten op emissies beschreven in de Voorkeursbeslissing en PlanMER.