Een bekend effect van een Reiki-behandeling is tijdelijk verergeren van de klachten zoals dat ook voorkomt bij het gebruik van homeopathische middelen. Het is een teken, dat het lichaam Begonnen is aan het genezingsproces.
Het is ook mogelijk, dat eerder doorgemaakte ziekten opnieuw en in omgekeerde volgorde naar boven komen. Ook kunnen blokkerende, in het verleden gewortelde gebeurtenissen op het geestelijk vlak naar boven komen, waarna deze verwerkt en afgedaan kunnen worden.
Inmiddels wordt in de allopathische geneeskunde steeds vaker het effect van de geest en de ziel op ziektes onderkend. Reiki werkt duidelijk ook op dit gebied.