Hoewel spirulina beschouwd wordt als een superfood en de oorzaak zou zijn van vele positieve effecten, zijn er ook gevaren en bijwerkingen waarvan men zich bewust moet zijn voor men het inneemt.
De algen die spirulina bevatten kunnen bij het oogsten al verontreinigd zijn. Als de algen groeien in water dat zware metalen, bacteriën, schadelijke deeltjes of microcystines bevat, is er gevaar voor besmetting. Microcystines worden van nature door de algen geproduceerd als beschermingsmechanisme, maar vormen een risico voor de lever als ze in grote hoeveelheden worden geconsumeerd. Dit risico is kleiner bij gecontroleerde teelt.