U kunt zelf niks doen aan een waterhoofd. Een behandeling van een waterhoofd bestaat uit het verminderen van het vocht in de hersenen zodat hersenbeschadiging wordt voorkomen. Zodra een waterhoofd niet wordt behandeld, is de kans dat de persoon met het waterhoofd overlijdt namelijk aanzienlijk groot.
Afhankelijk van de oorzaak van het waterhoofd wordt er een passende behandeling gekozen. Als het waterhoofd namelijk wordt veroorzaakt door een tumor, moet de tumor worden verwijderd. Als het gangetje wat hersenvocht afvoer is vernauwd, is er een operatie nodig om dit gangetje te verwijderen. Er wordt een drain aangelegd om hersenvocht af te kunnen voeren. Deze drain brengt het vocht naar het hart of de buikholte en het lichaam doet verder alles zelf. Ook is het mogelijk dat de drain het vocht afvoert naar een plek buiten het lichaam. De drain werkt vrijwel altijd perfect, maar er kunnen problemen ontstaan als de drain niet meer goed werkt. Dit kan bijvoorbeeld gebeuren wanneer een kind in de puberteit raakt en veel gaat groeien.
Een waterhoofd is in vrijwel ieder geval te behandelen, maar helaas niet te voorkomen. Soms is het niet nodig om in te grijpen omdat het al vanzelf herstelt, doordat er minder vocht wordt aangemaakt of omdat de vochtafvoer verbetert. Afhankelijk van het stadium waarin het waterhoofd zich bevindt, is er aanvullend onderzoek nodig. Dit wordt vaak gedaan door een kinderarts, neuroloog of neuropediater.