Als de pizzasteen niet schoon en droog opgeborgen wordt, kan het voorkomen dat er schimmel ontstaat. Als je de volgende instructie volgt, verdwijnt de schimmel als sneeuw voor de zon.
Meng een scheutje azijn met ca. een theelepel zuiveringszout (baking soda) totdat het mengsel een pasta-achtige consistentie heeft bereikt. Smeer de schimmel in met deze pasta door middel van een borstel. Reinig de steen zoals je normaal zou doen met een vochtige doek. Laat de steen goed drogen. Eenmaal droog, plaats de steen dan in de oven of COBB en verwarm deze gedurende 20 minuten tot +-180'C. Schimmel is over het algemeen alleen bestand tegen temperaturen tot 60'C, dus die wordt daarmee gedood. Het gebruik van typische huishoudmiddelen zoals bleekmiddel en wasmiddel wordt afgeraden aangezien de pizzasteen poreus is en deze dergelijke chemicaliën kan absorberen.
Om te voorkomen dat de schimmel terugkomt is het belangrijk om de pizzasteen schoon en droog op te bergen. Is de pizzasteen nog iets vochtig, laat deze dan eerst aan de lucht drogen voordat je hem opbergt.