Als een termijnbetaling niet via Afterpay wordt gedaan, moeten gebruikers een laattijdige vergoeding. De kostenstructuur kan variëren, maar meestal wordt een eerste bedrag van $8 in rekening gebracht en als de betaling binnen zeven dagen nog steeds niet is verricht, wordt een extra bedrag van $8 in rekening gebracht. Met name zullen de kosten voor late betaling niet hoger zijn dan 25% van de oorspronkelijke waarde van de bestelling.