Eigenlijk heeft de NHG maar een nadeel. Bij het afsluiten van een hypotheek moet je eenmalig een bedrag betalen (de waarborgsom). De hoogte van dit bedrag bedraagt in 2021 0,7% van de hoofdsom van de hypotheek.
Voorbeeld. Stel je hypotheek is €200.000,= dan is de waarborgsom €1400,=. Dit bedrag is overigens eenmalig volledig aftrekbaar voor de inkomstenbelasting.