Bij CU heb je ontstekingen in je dikke darm. Bij de meeste kinderen komen ze in de hele dikke darm voor, van het coecum tot de anus, dat noemen we pancolitis. Dit is bij 70 % van de kinderen het geval. Bij volwassenen komen de ontstekingen juist voor in het laatste deel van de dikke darm (het rectum) en in het stuk dikke darm daarvoor (het colon descendens en een deel van het colon transversum).
Ook in andere organen en lichaamsdelen zoals de ogen of gewrichten kunnen ontstekingen voorkomen. Ook kun je last hebben van huidafwijkingen, zoals blauwrode bulten op je onderbenen en aften in je mond.