Rechtstreeks naar Flores vliegen gaat niet, maar dit is makkelijk op te lossen door te vliegen naar São Miguel. Vanaf hier kun je een ‘binnenlandse’ vlucht te pakken. Je landt in de hoofdstad Santa Cruz das Flores. Hier ligt het enige vliegveld van het eiland. Aeroporto das Flores heeft één startbaan van 1 kilometer lang, vanaf hier kan je ook gemakkelijk een vlucht pakken om één van de andere eilanden van de Azoren te bekijken. Eilandhoppen is dan ook goed mogelijk tussen de eilanden. Voornamelijk in de zomermaanden varen er ook verschillende veerdiensten. De ferry naar buureiland Corvo gaat het hele jaar. Een ferry vanaf het vaste land naar de Azoren bestaat (nog) niet. Het is dan ook niet mogelijk om zelf met de auto de oversteek te maken naar deze eilandengroep.