De oorzaak van endometriose is onbekend. De meest geaccepteerde theorie is gericht op de zogenaamde retrograde menstruatie. Tijdens de menstruatie komt, behalve bloed, ook baarmoederslijmvlies (het endometrium) via de eileiders in de buikholte. Het endometrium blijft plakken aan het buikvlies en kan zich ontwikkelen tot endometriose. Het hormoon oestrogeen is cruciaal in dit proces.