Natuurbegraven is gebonden aan wettelijke voorschriften over de bescherming van bodem en grondwater, zogenaamde milieuhygiënische voorwaarden. Hiermee is de bescherming van de bodem en het grondwater tegen verontreiniging wettelijk geborgd. Ook is wettelijk bepaald dat natuurbegraven in drinkwaterbescherminsggebieden niet mogelijk is.
Er zijn diverse onderzoeken uitgevoerd naar de effecten van natuurbegraven op de milieukwaliteit op en in de omgeving van de natuurbegraafplaats, o.a. door Alterra (tegenwoordig Wageningen Environmental Research). In 2017 concluderen ze dat natuurbegraven geen blijvend negatieve invloed heeft op de vegetatie, niet in de onderzochte bossen en niet in graslanden.
**Alterra 2013: Haas, de, W. en E.A. de Vries, 2013. Natuurbegraafplaatsen in Nederland; Landelijke inventarisatie 2013. Wageningen, Alterra Wageningen UR (University & Research Centre)
**Alterra 2017: Vries, B. de, W. Wamelink, W. de Haas, J. Frissel, M. van Adrichem, 2017. Effecten van natuurbegraven op de vegetatie op Natuurbegraafplaats Heidepol; Natuurbegraven in praktijk. Wageningen, Wageningen Environmental Reasearch