Hoewel E2E encryptie sterke beveiliging biedt, zijn er ook risico’s. Bijvoorbeeld, als een gebruiker zijn of haar toegangssleutel verliest, kan het bericht permanent verloren gaan en zijn encryptie niet meer te herstellen. Daarnaast kunnen kwaadwillenden gebruikmaken van sociale manipulatie om toegang te krijgen tot versleutelde communicatie.