GABA supplementen staan niet als gevaarlijk bekend, maar zoals bij alle supplementen kan ook bij een GABA supplement in uitzonderlijke gevallen bijwerkingen optreden. Enkele GABA bijwerkingen (die verder ongevaarlijk zijn) betreffen lichte maagklachten, hoofdpijn, slaperigheid en zwakkere spieren. Wat wél gevaarlijk is, is natuurlijk onder invloed van GABA gaan autorijden, aangezien een GABA supplement mensen slaperig kan maken.
Het is ook niet duidelijk of GABA een wisselwerking heeft met medicijnen of andere supplementen. Als je een GABA supplement kopen wilt, overweeg dan met je huisarts te spreken. Zorg ervoor dat je hem vertelt over alle medicijnen die je op recept of vrij verkrijgbaar gebruikt, inclusief kruiden en andere supplementen. Zij kunnen je een beter idee geven van mogelijke interacties waarop je moet letten tijdens het gebruik van GABA.