Factor IX (9) kan ook na de geboorte worden bepaald, maar pas na drie maanden is het hoogste punt bereikt. Afhankelijk van de hoogte van Factor IX (9) bij familieleden die ook hemofilie B hebben kan er een diagnose voor de pasgeborene worden gesteld. Bij milde vormen van hemofilie B is dit moeilijk of nog niet mogelijk. Als het kind bloedingen heeft én Factor IX (9) is sterk verlaagd, dan is dat verdacht voor hemofilie B, maar na drie maanden kun je pas zeker weten of de waarde normaal is of verlaagd.