Kinderen met Downsyndroom kunnen te maken krijgen met diverse afwijkingen in het afweersysteem. Deze kunnen leiden tot stoornissen als een verhoogde vatbaarheid voor infecties (vooral van de luchtwegen), een verminderde reactie op vaccinaties en auto-immuunziekten. Als een kind regelmatig last heeft van infecties, is onderzoek naar afwijkingen in de afweer nodig.