Nee, hypospadie komt vaak spontaan voor, er is dan geen oorzaak voor te vinden. Soms is er een erfelijke aanleg waardoor binnen een familie hypospadie vaker voorkomt.
Maar, soms is er een hormonale oorzaak, zoals een gebrek aan testosteron of ongevoeligheid voor testosteron. Dan bestaat de hypospadie door een variatie die wel past bij DSD.