Ten aanzien van het directiesalaris houdt de Nierstichting zich aan de Code voor Goed Bestuur voor Goede Doelen, opgesteld door de brancheorganisatie Vereniging Fondsenwervende Instellingen (VFI) onder leiding van Herman Wijffels. Naast spelregels voor goed bestuur bevat deze code een Adviesregeling Beloning Directeuren van Goede Doelen. Het brutosalaris van de directeur van de Nierstichting (€129.999 op jaarbasis) valt ruim binnen de norm van deze Adviesregeling Beloning Directeuren van Goede Doelen. De directeur ontvangt geen dertiende maand of andere bonusregeling.De dagelijkse leiding is in handen van de algemeen directeur. Dit betekent dat de Nierstichting een eenhoofdig bestuur heeft. De algemeen directeur is eindverantwoordelijk en legt verantwoording af aan de Raad van Toezicht. Deze raad beoordeelt het functioneren van de algemeen directeur en stelt het salaris vast.