De beoordeling van de alternatieven (in het plan-MER) levert informatie over de effecten van de verschillende bouwstenen. Het plan-MER zet op een rij hoe de onderzochte alternatieven scoren op de verschillende thema’s en toetsingscriteria. Dat is beslisinformatie voor de bewindspersonen van het programma Luchtruimherziening, namelijk de minister van IenW en de staatssecretaris van Defensie.
Met de kennis van de effecten van de onderzochte alternatieven is een Voorkeursalternatief samengesteld dat het meest tegemoetkomt aan de doelen van de luchtruimherziening. Ook de effecten van het Voorkeursalternatief zijn in het plan-MER opgenomen. Om tot een keuze te komen, zijn de effecten voor de verschillende thema’s en toetsingscriteria beoordeeld en tegen elkaar afgewogen. De Voorkeursbeslissing licht de onderbouwing van de keuze toe.