Hierboven lieten we je zien welke verschillende soorten microscopen we op de markt kunnen vinden. Het belangrijkste onderscheid dat gewoonlijk wordt gemaakt, is echter het onderscheid tussen digitale en stereoscopische microscopen. Een digitale microscoop kun je met je computer verbinden, zodat je het beeld vast kun leggen.
Met een stereoscopische microscoop daarentegen, is het mogelijk om het monster driedimensionaal te observeren. Ze zijn vaak uitgerust met twee oculairs en het beeld van het monster dat elke oculair bereikt, is anders, zodat wanneer ze worden gecombineerd, je een 3D-effect krijgt. Afhankelijk van je behoeften, kun je op basis van deze kennis een keuze maken tussen digitale en stereoscopische microscopen.