Over het algemeen is acupunctuur in het oor een veilige behandelmethode die weinig risico’s met zich meebrengt. De zeldzame bijwerkingen zijn afhankelijk van het type instrument dat wordt gebruikt om de oorschelp te stimuleren. Zo wordt oor-acupunctuur niet aanbevolen bij mensen met verwondingen of schaafwonden in (de buurt van) de oorschelpen. Die kunnen namelijk leiden tot infecties. Mensen met bloedingsstoornissen of mensen die bloedverdunners slikken lopen een verhoogd risico op bloedingen. Daarnaast zijn behandelingen via micro-elektrische ontladingen, cryotherapie of laseren niet aan te bevelen aan: zwangere vrouwen; dragers van pacemakers; mensen die lijden aan epileptische aanvallen.