Microdosing psychedelics kunnen ook nadelige effecten hebben. Zo zijn er truffels bijwerkingen bekend zoals vermoeidheid, lichte misselijkheid, meer irritatie en transpiratie en zelfs lichte hallucinaties. Zulke microdosing effecten zijn echter zeldzaam. Mocht je ze toch opmerken, dan wordt geadviseerd met het microdosing traject te stoppen.