De juiste manier en frequentie van schoonmaken van je menstruatiecups is erg belangrijk om infecties en andere nare dingen te voorkomen. Als je het cupje voor de allereerste keer gaat gebruiken, dan moet je deze even een paar minuten in kokend water laten dobberen. Zo weet je zeker dat er geen resten, hoe klein dan ook, van de verpakking aanzitten. Wanneer je menstruatieperiode achter de rug is en jet het cupje niet meer draagt, kook ‘m dan ook uit. Tijdens je menstruatie hoef je het cupje niet elke keer uit te koken. Je kunt dan volstaan met het cupje na het legen goed af te spoelen met koud water. Wanneer je het niet fris genoeg vind om alleen af te spoelen met koud water, dan kun je ook gebruikmaken van speciale reinigingsgels of doekjes om de cups te cleanen.