Bioveiligheid omvat voorkoming van blootstelling aan pathogenen, om te zorgen dat ziektes zich niet tussen dieren en mensen te verspreiden, via de vergisters. Nature Energy gaat voorzichtig om met bioveiligheid van de agrarische ondernemen waarmee ze zaken doet. Naast de handelingen die al in Denemarken worden uitgevoerd (zoals het wassen van de vrachtwagens na ieder bezoek), wordt er momenteel aan een bioveiligheidsprotocol gewerkt. Dit wordt gedaan met hulp van een gespecialiseerde veearts.