Om het te selecteren, kiest u AVR ISP I/O of AVR ISP API in het menu Opties - Setup en de parallelle checkbox. U kunt rechtstreeks verbinding maken met het doelsysteem (ISP) via de 10-pins connector, of u kunt een PonyProg-adapterkaart voor AVR, AT89S, SPI eeproms, microwire eeproms aansluiten en externe voeding naar het apparaat voeren.