Terwijl een ochtendrun je op veel manieren kan voorbereiden op succes, zijn er ook een paar nadelen aan een ochtendrun waar je rekening mee moet houden. Als eerste kan het nog donker zijn als je vroeg gaat joggen. Draag reflecterende gear, zodat automobilisten, fietsers en andere verkeersdeelnemers je kunnen zien.
Je lichaam is waarschijnlijk ook minder opgewarmd door activiteit gedurende de dag als je in de ochtend begint met hardlopen. Je bent wellicht hongerig als je voor het ontbijt gaat hardlopen. Daarbij kan een zware hardloop- of jogsessie leiden tot moeheid in de middag.