Elke vorm van verbranding zorgt voor emissies. Pelletverwarmingen verbranden echter CO2-neutraal, aangezien er slechts zoveel CO2 vrijkomt als de boom tijdens het groeien heeft opgenomen en ook bij de natuurlijke verrotting zou worden afgegeven. De CO2-uitstoot is dus zeer gering. Bovendien blijven pelletverwarmingen nu al onder de grenswaarden voor fijnstof van de strengere nomeringen voor 2020. Verbrandingscontrole, automatische brandstoftoevoer en luchtregeling leiden (samen met de genormeerde, droge brandstof van natuurlijk hout zonder toegevoegde stoffen) ertoe dat pelletverwarmingen nu al zonder filter kunnen voldoen aan deze strenge criteria.