In principe moet je een konijnenkooi binnen vaker schoonmaken dan een hok of kooi dat buiten staat. Geuren verspreiden zich sneller binnenshuis en blijven langer hangen. De grootte van de kooi speelt ook een rol. Hoe kleiner de konijnenkooi, hoe vaker je hem moet schoonmaken. Als er meerdere dieren in de kooi zitten, neemt de noodzaak van schoonmaken toe. Het is het beste om de uitwerpselen dagelijks te verwijderen. Konijnen richten meestal een hoekje in als toilet. Je moet ook dagelijks de voerbak en de drinkbak controleren en indien nodig schoonmaken. Het eigenlijke schoonmaken met een volledige vervanging van de bodembedekking kan ongeveer wekelijks gebeuren.