Het CLB is een partner in de leerlingenbegeleiding op school. De hulp van CLB is aanvullend op de zorg die de school zelf biedt aan leerlingen.
School en CLB maken afspraken over de leerlingenbegeleiding en maken hun aanbod bekend aan de leerlingen en hun ouders via verschillende kanalen (schoolbrochure, website, infoavond, …).
CLB-medewerkers werken onafhankelijk van de school maar kennen de school wel goed.
Als de interne zorg op school niet volstaat, bespreken de directie, de zorgcoördinator en  de CLB-anker zorgvragen van leerlingen, ouders en leerkrachten en maken ze afspraken over verdere stappen in de begeleiding.
School en CLB kunnen gegevens uitwisselen over leerlingen voor zover die voor de begeleiding op school noodzakelijk zijn. Het CLB mag enkel informatie uit het CLB-dossier doorgeven aan de school als de leerling (+12 jaar) of ouders (-12 jaar) hiermee instemmen.
De school heeft recht op begeleiding door het CLB. Het CLB kan bepaalde problemen in het beleid van de school signaleren of de school op de hoogte brengen van bepaalde behoeften van de leerlingen. De school heeft ook recht op ondersteuning bij problemen van individuele leerlingen of een groep leerlingen. Tegen deze signaalfunctie en consultatieve ondersteuning door het CLB kunnen de leerling of ouders zich niet verzetten.