Je microbioom heeft voortdurend te maken met invloeden van binnenuit (zoals je aanleg) en van buitenaf (zoals je voeding, medicijngebruik, hygiëne). Dit speelt allemaal een rol bij de samenstelling van je microbioom.
Voeding: wat je eet en drinkt bepaalt de samenstelling van je microbioom, welke bacteriën er leven en hoeveel. Dat wordt dus beïnvloed door je voeding.
Medicijngebruik: ook medicijnen zoals antibiotica hebben invloed op de samenstelling van je microbioom. Antibiotica doden de bacteriën die een infectie veroorzaken, maar tegelijkertijd ook de bacteriën die juist nodig zijn voor een goede samenstelling en balans van je microbioom. Andere bacteriën en ziekteverwekkers zoals schimmels kunnen zich dan ongehinderd uitbreiden en problemen veroorzaken. Wat dan regelmatig voorkomt, is een schimmelinfectie in de mond of rond de anus. Door groei van schimmels in het maag-darmkanaal raakt je slijmvlieslaag of huid aangetast en ontstoken.
Omgeving en hygiëne: elke dag heb je te maken met micro-organismen (bacteriën, schimmels, virussen etc.) die in je omgeving voorkomen. Je omgeving bepaalt voor een deel aan welke micro-organismen je wordt blootgesteld. Leef je in een groot gezin of zijn er veel (huis)dieren om je heen, dan heb je te maken met heel veel verschillende micro-organismen. Hetzelfde geldt voor de crèche, opvang en school. Je immuunsysteem wordt door al die verschillende micro-organismen getraind en kan steeds beter bepalen welke micro-organismen schadelijk zijn en welke niet, en wanneer het tot een afweerreactie over moet gaan en wanneer niet. Je microbioom speelt dus een belangrijke rol bij de training en ontwikkeling van je immuunsysteem. Waar je woont bepaalt met welke micro-organismen je in aanraking komt. In Nederland komen andere micro-organismen voor dan in andere landen.
Aanleg: je erfelijke aanleg speelt ook een rol bij de werking van je immuunsysteem. De erfelijke informatie ligt opgeslagen in je genen. Elk gen heeft een eigen code, waarmee een eiwit aangemaakt kan worden. Dit bepaalt de opbouw en ontwikkeling van je lichaam, óók dat van je immuunsysteem, dat een rol speelt bij de ontwikkeling van je microbioom.