Bitvavo neemt de veiligheid van zijn gebruikers serieus. Het slaat de cryptotegoeden op in multisignature wallets, waardoor meerdere handtekeningen nodig zijn om toegang te krijgen tot de tegoeden. Bitvavo maakt ook gebruik van tweefactorauthenticatie (2FA) om de accounts van gebruikers te beschermen tegen ongeoorloofde toegang. Daarnaast voert Bitvavo regelmatig penetratietests en audits uit om ervoor te zorgen dat de beveiligingssystemen up-to-date en effectief zijn.