De maximale bestandsgrootte die door het FAT32-bestandssysteem wordt ondersteund, is 4 gigabyte. Deze beperking betekent dat individuele bestanden niet groter mogen zijn dan 4 GB wanneer ze worden opgeslagen op een FAT32-geformatteerde schijf. Deze beperking van de bestandsgrootte is een opmerkelijk nadeel voor gebruikers van grote bestanden, zoals high-definition video's, schijfkopieën of grote software-installatiebestanden.