Na het heraanleggen van de oevers van de Deûle, begon Ghent Dredging de tweede fase van het werk, namelijk het verdiepen en verbreden van de vaarweg om het kanaal bevaarbaar te maken voor schepen tot 3.000 ton.
In eerste instantie werd alleen het pand van Comines gebaggerd. Dit strekt zich uit van aan de Belgische grens in Warneton tot aan de sluis van Quesnoy-sur-Deûle. Het gebaggerde slib werd opgeslagen op de stortplaats van Quesnoy-sur-Deûle. Toen dit laatste tot 100% van zijn capaciteit was gevuld, heeft Ghent Dredging dit slibstort definitief afgedekt met kleigrond.  Daarnaast werd er ook verder gebaggerd en werd het slib afgevoerd naar het stort van Saint-Omer.