Biobrandstoffen worden geproduceerd uit hernieuwbare grondstoffen. Hun uitstoot bestaat voornamelijk uit koolstofdioxide, die de hernieuwbare grondstoffen, zoals biomassa, al eerder via fotosynthese zelf aan de atmosfeer hebben onttrokken. Fossiele brandstoffen worden gemaakt van niet-hernieuwbare grondstoffen en geven koolstof direct af aan de atmosfeer. Daarom hebben biobrandstoffen een aanzienlijk kleinere koolstofvoetafdruk in vergelijking met fossiele brandstoffen. De koolstofvoetafdruk van biodiesel en ethanol is 60% - 80% kleiner ten opzichte van  fossiele brandstoffen. Neste MY Renewable Diesel kan een voetafdruk creëren die zelfs tot wel 90% kleiner is.