De meest populaire besturing voor een mini pc is Windows. Er zijn nog meer besturingen beschikbaar als Linux, Android en de besturing van Apple. De meeste mensen zijn Windows gewend. Dit is dan ook een besturingssysteem welke van origine ontwikkeld is voor computers. De nieuwste Windows versies zijn dan ook enorm uitgebreid. Zo heeft Windows 10 een eigen beveiligingssoftware en is het geheel in te stellen naar uw wens. Als u een makkelijke besturing wilt, kies dan voor Android. U bent dit mogelijk al gewend van smartphones en tablets. Deze mini pc’s zijn doorgaans minder sterk en uitgebreid als de Windows variant, maar wel erg makkelijk te bedienen.