De belangrijkste bijwerkingen zijn misselijkheid, diarree en verminderde/veranderde eetlust. Bij hogere Mitotaan spiegels kunnen patiënten last krijgen van duizeligheid en verminderde concentratie. Daarnaast is een belangrijke bijwerking het uitvallen van de bijnierfunctie ook van de gezonde bijnier. U heeft dan een primaire bijnierschorsinsufficiëntie (ziekte van Addison) en u moet daarvoor worden behandeld.