In energieadviezen worden van maatregelen op een natuurlijk moment meestal alleen de meerkosten geschat. In MJOP's wordt met de totale investeringskosten gewerkt. Kosten uit een energieadvies (en ook de CO2-tool) kunnen dus niet kosten uit een MJOP vervangen. De meerkosten van maatregelen op een natuurlijk moment komen bovenop de al geplande kosten in een MJOP.
Tip: Onderbouw in het MJOP  de 'dure' maatregelen voor de komende vier à vijf jaar met goede kostenschattingen. Kosten voor de langere termijn kunnen (voorlopig) grof geschat worden.