Er zijn een aantal mogelijke keto dieet bijwerkingen om rekening mee te houden. Je kunt je tijdens het keto dieet vermoeid of slapjes voelen, ook tijdens het sporten. Je lichaam moet namelijk nog wennen aan de nieuwe manier van vet verbranden. Ook kan je een slechte adem hebben wanneer je lichaam in ketose raakt en de keto griep kan optreden. Daarbij ben je misselijk, rillerig en heb je hoofdpijn. Je kunt verder snel geïrriteerd of prikkelbaar zijn en problemen krijgen met je spijsvetering. Dat komt doordat je lichaam minder vezels binnenkrijgt dan voorheen. Dit is slechts van tijdelijke aard.