Het spreekt voor zich dat een aquarium, en bijgevolg ook alle benodigdheden en accessoires heel wat onderhoud vraagt. Zo is het belangrijk om de aquariumpomp regelmatig schoon te maken en van tijd tot tijd te vervangen. Wanneer je dat precies doet is afhankelijk van de grootte van het aquarium en de hoeveelheid planten, decoratie, ornamenten en vissen er in leven.
Een groot aquarium dat bestaat uit verschillende vissoorten en waterplanten dient regelmatig schoongemaakt te worden. Algemeen kunnen we stellen dat de pomp bij voorkeur 2 tot 3 maandelijks wordt schoongemaakt. De meeste aquariumpompen kunnen, bij correct onderhoud, makkelijk een jaartje of 2 meegaan alvorens deze te vervangen.