Voor het schoonmaken van de vijzels wordt aangeraden dit met de hand schoon te wrijven. Je kunt hierbij heet water gebruiken in combinatie met een thee- of vaatdoek. Om geuren uit de vijzel te halen worden ook wel eens droge rijstkorrels vermalen die geuren opnemen. Het wordt niet aangeraden om afwasmiddelen te gebruiken of de vijzel in de vaatwasmachine te doen omdat dit aanslag en geuren kan achterlaten.