Symptomen van apenpokken zijn meestal koorts, hevige hoofdpijn, spierpijn, rugpijn, vermoeidheid, gezwollen lymfeklieren en huiduitslag of laesies. De uitslag begint meestal binnen één tot drie dagen na het begin van koorts. Die uitslag begint meestal in het gezicht en daarna verschijnt het over het hele lichaam, maar het heeft de neiging zich te concentreren op het gezicht, de handpalmen en de voetzolen. Deze uitslag begint met vlekken die overgaan in blaasjes. Na het indrogen van de blaasjes blijven korsten over die uiteindelijk na twee tot drie weken van de huid afvallen.