Endocarditis ontstaat doordat bacteriën via bijvoorbeeld een wondje aan de huid of ontstoken tandvlees in het bloed komen. Meestal worden die bacteriën door het lichaam direct onschadelijk gemaakt. Maar als ineens veel bacteriën binnen komen is er sprake van een “bloedvergiftiging”. De bacteriën kunnen dan via het bloed naar het hart gaan. Daar kunnen ze zich nestelen op de binnenbekleding van het hart, op de hartkleppen of op kunstmateriaal in het hart. De bacteriën veroorzaken dan een ontsteking waardoor de hartklep beschadigd raken en gaan lekken.
Iedereen kan endocarditis krijgen. Het risico op endocarditis is verhoogd bij mensen met mensen met een afwijkende hartklep. Bacteriën kunnen makkelijker aan afwijkende kleppen hechten. Mensen die eerder een endocarditis hebben doorgemaakt, met een kunstklep, een pacemaker of een aangeboren hartafwijking lopen meer risico.