Om een goed beeld te krijgen van de bekkenbodem is een inwendig onderzoek noodzakelijk. De bekkenbodem is een spier die inwendig gelegen is en daarom ook alleen inwendig nagekeken kan worden. Tijdens het inwendig onderzoek wordt de spierfunctie nagekeken en worden eventuele pijnpunten in kaart gebracht. Daarnaast kan de bekkenfysiotherapeut ook nakijken of er een verzakking aanwezig is.