Vroeger was het Rijksregister Rechtspersonen bevoegd om aan alle rechtspersonen een nationaal nummer toe te kennen van 9 cijfers, beginnend met 2, 3, 4, of 9. Indien de onderneming btw-plichtig was, werd het nationaal nummer het ‘btw-nummer’ en werd er BE voor geplaatst. Voor eenmanszaken, en verenigingen was het de btw-administratie die de 9-cijferige nummers toekende, beginnend met 5, 6, 7. Deze nummers waren automatisch ‘btw-nummers’.
Daarnaast bestond er ook nog het handelsregisternummer voor de ‘handels’ ondernemingen. Dit was een apart register bij het ministerie van Economische zaken. Gelinkt aan een nationaal- of btw-nummer vormde deze twee nummers de unieke ID’s voor een onderneming.
Sinds 2003 werd het handelsregister afgeschaft en is de Kruispuntbank van Ondernemingen (KBO) bevoegd om aan elke entiteit een ondernemingsnummer toe te kennen. Hierdoor hadden het Rijksregister noch de btw-administratie geen bevoegdheid meer.
Voor bedrijven die al een btw-nummer hadden, was er een eenvoudige oplossing: hun btw-nummer kreeg een 10de cijfer, namelijk een 0, dat vóór de originele 9 cijfers werd geplaatst. Dit nummer werd meteen hun ondernemingsnummer. In de toekomst wordt het eerste cijfer waarschijnlijk een ‘1’. Bedrijven opgericht na 1 juli 2013 kregen van bij de start een ondernemingsnummer bestaande uit 10 cijfers. Als een onderneming onderwerpen is aan btw wordt het ondernemingsnummer tegelijkertijd het btw-nummer. De overgangsperiode duurde tot 1 januari 2005, sindsdien hebben alle Belgische ondernemingen één ondernemingsnummer van 10 cijfers.