Ja, het is mogelijk om een vals-negatieve uitslag te krijgen bij een coeliakie-bloedtest. Hiervoor zijn twee belangrijke redenen. Patiënten met een tekort aan één type antilichaam, IgA, hebben weinig endomysiale antilichamen en antitweefseltransglutaminase antilichamen kunnen vals-negatieve testen laten zien. Ook mensen die geen gluten in hun dieet hebben opgenomen en langer dan een week een glutenvrij dieet hebben gevolgd, zullen een negatieve coeliakie-bloedtest laten zien.