Op 30 januari 1714 kregen Armeense kooplieden toestemming van de Amsterdamse burgermeester om het pakhuis (het gebouw waar de kerk nu is gevestigd) te veranderen in een kerk. Voordat het pakhuis veranderde in de kerk, werd het huis van de priester gebruikt als Armeense kerk. De kerk is sindsdien verbonden met de Armeense kerk in Etchmiadzin.
In 1749 werd de poort van de kerk, het hek van de trappen bij de ingang en het lam boven de kerkdeur gemaakt. De kosten werden betaald door de priester van de kerk, priester Johannes, uit zijn eigen zak. Boven de ingang staat een Armeense tekst, vertaald staat het volgende:
Ik, Johannes, Priester, zoon van Minas, geboren in de stad Amasia, vijftien jaar heb ik deze kerk, genaamd De Heilige Geest, bediend, heb op mijn eigen kosten deze voorpoort herbouwd, een marmeren lam hierboven gezet, de stenen opgang, en drie onder en drie boven liggende gemaakt, ter nagedachtenis van mijzelf, mijn overleden Vader en Moeder in het Armeense jaar 1198, dat is het jaar 1749.’
Arachiel di Paulo, een koopman afkomstig uit Julfa liet ook in 1749 de interieur van de Armeense kerk verfraaien. Ook hij deed dit op eigen kosten. Bij binnenkomst van de kerk is boven de deur ook een Armeense tekst weergeven. Vertaald staat er:
Deze deur werd vernieuwd in het jaar van de Verlosser 1749 samen met een verbreding en verhoging van de voorpoort en met een marmeren bekleding van de muur en met een zeer fraaie bloemendecoratie van het plafond. Door de inspanning van de Heer Arak’el de zoon van Paulus Ter-Arak’elene uit Julfa, ter nagedachtenis aan zichzelf en zijn vader Paulis en zijn nog levende moeder Valida.’
Tussen 1890 en 1989 is het gebouw gebruikt als een lagere Rooms-Katholieke St. Antonius School. In 1985 besloot de school te verhuizen en de Armenen toen der tijd pakten deze kans en kochten het pand terug. Aartsbisschop Nacachian wijdde dit in.
Ter eren van het bestaan van de kerk wordt er elk jaar een feestmaal gegeven, namelijk Matagh. Dit jaar valt dit op 25 november.