Kauwen en Duiven zorgen voor de grootste problemen. Kauwen zijn sterk, eigenwijs en baldadig. Ze doen er alles aan om onder panelen te komen. Een professionele vogelwering die speciaal ontwikkeld is voor zonnepanelen is dan ook noodzakelijk. De takken die zij gebruiken kunnen wel 5 centimeter of meer in doorsnee zijn. Daarmee slepen ze langs de kwetsbare panelen, langs kabels en connectoren. Schade, kosten en eventueel gevaar voor brand en kortsluiting zijn voorgeprogrammeerd.
Duiven onder zonnepanelen zijn met name luidruchtig. Daarnaast zijn ze vooral actief op onprettige tijden.
Bij beiden is vervuiling en ontlasting problematisch. Zo verliezen de panelen rendement door de vervuiling en kunnen connectoren kortsluiten na lange blotstelling aan zure ontlasting.
Kraaien onder zonnepanelen en mussen onder zonnepanelen komen ook voor. Er zijn dus ook andere vogels actief onder zonnepanelen, maar Duiven en Kauwen zijn het meest voorkomend.