In sommige gevallen lukt de stamcel- of beenmergtransplantatie niet. Een van de belangrijkste complicaties is een Graft-versus-Host disease oftewel het donor beenmerg valt de patiënt aan. Dit heet ook wel transplantatieziekte. Als de Graft-versus-Host disease snel ontstaat (binnen 100 dagen na transplantatie) heet het een acute Graft-versus-Host disease; als het langzaam ontstaat (>100 dagen na transplantatie) heet het een chronische Graft-versus-Host disease. Een andere complicatie die zich voor kan doen is afstoting. Dan stoot het lichaam van de ontvanger het transplantaat af. Dit is dus net andersom als bij Graft-versus-Host disease.
Over het algemeen geldt dat hoe beter de conditie van je lichaam en je organen is, hoe beter de transplantatie aan zal slaan.