Net als elk ander supplement kan het consumeren van te veel L-Glutamine bijwerkingen hebben. Gelukkig is het een voedingsderivaat dat het lichaam zelf produceert, dus een kleine toename kan niet veel kwaad, afgezien van wat kleine bijwerkingen. De reguliere dosering varieert afhankelijk van de reden van consumptie. De bijwerkingen zijn gehoorproblemen, pijn op de borst, keelpijn, griepsymptomen naast misselijkheid, overgeven en maagpijn. Let ook op zwelling in de handen of voeten, hoofdpijn, vermoeidheid, lichte huiduitslag of jeuk. Een droge mond en loopneus zijn ook iets waar sommige mensen last van kunnen hebben. De ernstigere effecten kunnen leveraandoeningen zijn, samen met moeite met denken of verwarring, manie, een mentale stoornis en in sommige gevallen epileptische aanvallen.