Als je vaak stollingsfactor hebt gekregen, kan je lichaam daarop reageren. Je afweersysteem maakt dan antistoffen aan tegen Factor VIII (8) en, minder vaak, tegen Factor IX (9). Deze antistoffen worden ook wel remmers genoemd.
Soms kun je zowel met hemofilie A als B een ernstige allergische reactie krijgen na toediening van stollingsfactor. Bij recombinante producten komt dit niet zo vaak voor.