Het belangrijkste verschil tussen de twee formaten is hun compatibiliteit. MP3 wordt erkend als een veelzijdig formaat, terwijl M4R voornamelijk is gemaakt voor iPhone-beltonen. Dat gezegd hebbende, zijn M4R-bestanden vaak korter omdat ze worden gebruikt voor beltonen, terwijl MP3-bestanden doorgaans worden gebruikt om langere nummers op te slaan.