Als gevolg van de snelle hersteltijd van een wenkbrauwtransplantatie en de snelle vooruitgang van de technologie, worden geen nadelige bijwerkingen met betrekking tot wenkbrauwtransplantatie waargenomen. Over het algemeen is het kiezen van gekwalificeerde specialisten voor goede resultaten een effectieve stap om bijwerkingen te voorkomen. Er moet echter worden opgemerkt dat wenkbrauwtransplantatie een eenvoudige chirurgische ingreep is, daarom kunnen sommige complicaties optreden. Kleinschalige littekens, kortstondige bloedingen en korsten die kunnen optreden als gevolg van wonden zijn enkele van deze. De ergste bijwerking is dat de wenkbrauwharen in verschillende richtingen groeien als de wenkbrauwtransplantatie niet goed wordt uitgevoerd.