Lagos heeft een busstation. Er is een zeer frequente busverbinding door de plaats en naar de stranden. Er rijdt vrij regelmatig een bus via Espiche, Burgau, Budens, Slaema, Figueria, Villa de Bispo en Sagres naar Kaap São Vidente. Ook is er een regelmatige busverbinding via Saleme naar Sagres. Er rijdt af en toe een bus naar Lissabon en naar Faro via onder andere Portimão en Albufeira.
Lagos heeft een regelmatige treinverbinding met Portimão en met Faro. Er rijdt minder frequent een trein naar Lissabon en naar Vila Real de Santo Antonio (Spaanse grens). Er rijdt van maart tot oktober regelmatig een toeristentreintje door de plaats.
Je kunt gebruikmaken van een taxi, deze brengt je naar Portimão, Praia de Luz of de luchthaven van Faro.
In de zomermaanden vaart er regelmatig een kleine boot vanaf de haven naar het Da Meia-strand.Tip: Spreek vooraf een prijs af of vraag de chauffeur de meter aan te zetten. Er geldt een weekend- en nachttoeslag van 20%.