Niet alle rootkits werken hetzelfde. Maar veel rootkits passen bestanden aan in de kernel – een programma in de kern van uw computer die alle andere onderdelen bestuurt – om hun aanwezigheid te verbergen voor standaardinspecties van het systeem. Een rootkit kan er bijvoorbeeld voor zorgen dat uw computer geen gebeurtenissen meer vastlegt, zodat er geen record van de aanval wordt bewaard.