Na een haartransplantatie kunnen enkele ongewenste aandoeningen optreden. Zwellingen en bloedingen bijvoorbeeld. Bloedsomloopstoornissen en blauwe plekken rond de ogen zijn ook enkele van de bijwerkingen die kunnen worden ervaren. Het ervaren van gevoelloosheid in deze gebieden is ook een mogelijke bijwerking. Het ernstigste probleem dat na ongeschoren haartransplantatie wordt ondervonden, zijn echter de risico’s op infectie die kunnen worden gezien vanwege de lange haren.