De meest bekende micro-organismen die betrokken zijn bij fermenteren zijn gisten en lactobacillen. Gisten zijn eencellige organismen die suikers afbreken en alcohol en CO2 produceren. Lactobacillen zijn een groep van bacteriën die melkzuurbacteriën genoemd worden. Deze bacteriën zetten lactose om in melkzuur en zorgen voor de zure smaak van veel fermenteerbare producten.