Behandeling voor gastro-intestinale infectie omvat het nemen van antibiotica en het handhaven van hydratatie. Veel voorkomende antibiotica die worden gebruikt voor de behandeling van gastro-intestinale infecties zijn penicillines, cefalosporines, antifolaat / sulfa-combinaties, nitroimidazol, penem, glycopeptide en monobactam-antibiotica.