Kinderen met Downsyndroom kunnen te maken krijgen met een aantal aangeboren afwijkingen aan het maag-darmkanaal. Ze worden meestal pas ontdekt als ze klachten geven. Van alle aangeboren afwijkingen komt de afsluiting of vernauwing van de twaalfvingerige darm (duodenumatresie of duodenumstenose) het meest voor. Dan volgt de ziekte van Hirschsprung en daarna de slokdarmafsluiting (oesofagusatresie). De anusafsluiting (anusatresie) komt zeer zelden voor. Andere niet aangeboren aandoeningen zoals coeliakie kunnen in de loop der tijd ontstaan. Verder kunnen problemen met voeding en overgewicht extra aandacht vragen. Het zelfde geldt voor ontlastingproblemen.