Hoewel L-tryptofaan over het algemeen als veilig wordt beschouwd, kunnen bijwerkingen optreden zoals maagklachten, hoofdpijn en duizeligheid. Ook kunnen L-tryptofaan-supplementen interageren met andere medicijnen die de serotoninespiegel beïnvloeden. Overleg daarom altijd met een arts voordat je L-tryptofaan-supplementen gebruikt.