Op Windows 11 SE kunnen slechts beperkt apps worden geïnstalleerd. De instellingen die een eindgebruiker kan beheren, zijn eveneens beperkt. Dit is zo ontworpen op basis van feedback van docenten, die een eenvoudige, afleidingsvrije omgeving willen voor hun leerlingen, en IT-beheerders, die willen dat apparaten het hele jaar door gemakkelijk te beheren zijn en goed presteren. De installatie van apps, geavanceerde functies en wijzigingen in de instellingen worden beheerd door IT-beheerders in plaats van eindgebruikers voor deze gespecialiseerde versie van Windows 11.