Hoewel er altijd een risico op malware bestaat in elk bestand, worden ISO-bestanden over het algemeen als veilig beschouwd. Dit komt feitelijk doordat de ISO-bestanden zeer groot zijn en malware gemakkelijker kan worden ingevoegd in kleinere, uitvoerbare bestanden. Het is altijd aan te raden om uw ISO-bestanden te scannen met antivirussoftware voordat u deze gebruikt.