Net als elk ander voedingssupplement hebben ook de ginkgoliden hun nadelen. Enkele van de mogelijke bijwerkingen van het supplement zijn hoofdpijn, misselijkheid, allergische huid, spijsverteringsproblemen, spierzwakte en duizeligheid. Vaak kan het ook het stollingsmechanisme verstoren. Deze bijwerkingen treden echter alleen op als je je niet houdt aan de juiste dosering die door je arts is voorgeschreven of als je zonder overleg een hogere dosis inneemt.