Net als bij traditionele tuinen kunnen plagen een probleem vormen in een verticale tuin. Om dit te voorkomen, is het belangrijk om de planten in de juiste omstandigheden te houden. Een vitale plant is beter bestand tegen ziekte en plagen. Door regelmatig te controleren op mogelijke problemen voorkom je dat het uit de hand loopt. Het gebruik van natuurlijke vijanden zoals aaltjes of lieveheersbeestjes maar ook insect werende middelen kunnen helpen problemen op te lossen.