Beveiliging voor Coincheck staat in de eerste plaats, zowel in relatie tot de activiteiten van de beurs zelf, als in relatie tot gebruikers. Alle crypto-activa worden opgeslagen in koude opslag, elke gebruiker wordt gecontroleerd en geverifieerd, er worden geen activiteiten uitgevoerd in landen waar zelfs maar een zweem van hackpogingen is, en moderne Japanse technologieën beschermen dit alles op betrouwbare wijze van buitenaf, om zo te zeggen.