Microsatelliet is een repeat van 2 nucleotiden. Dit zorgt voor een highly polymorphic sequence variants die je ook kan gebruiken in linkage als marker. Sommige kunnen voor ziektes zorgen. De sequentie is zo polymorphic dat tijdens replicatie er slippage ontstaat, dit is dat er een soort loop komt van een (aantal) repeat(s) die er tussen uitgedrukt wordt als het ware. Hierdoor lijkt het alsof het volgende stuk nog niet gesequenced is en wordt dit gedaan. Als het molecuul dan weer wordt recht getrokken is er dus een repeat