Het meest opvallende verschil tussen een gekwalificeerde en een geavanceerde elektronische handtekening (zoals gedefinieerd in de eIDAS-verordening) wordt duidelijk in geval van juridische geschillen of wanneer een partij de geldigheid van een elektronische handtekening betwist.
Het gekwalificeerde niveau wordt in alle EU-lidstaten wettelijk erkend en geaccepteerd. Het is de enige elektronische handtekening die juridisch gelijk is aan een handgeschreven handtekening. Dit betekent dat de rechter in geval van een geschil de gekwalificeerde elektronische handtekening gelijk zal stellen aan een handgeschreven handtekening. Bovendien wordt de geldigheid ervan aangenomen en wordt het beginsel van de omgekeerde bewijslast toegepast. Dit houdt in dat de partij die de handtekening betwist, zal moeten bewijzen dat de gekwalificeerde elektronische handtekening ongeldig is.
Als het echter een geavanceerde elektronische handtekening betreft, dan zal de partij die de geldigheid ervan claimt aan de rechter moeten bewijzen dat de geavanceerde elektronische handtekening wel degelijk geldig is.