Er zijn twee veelgebruikte methoden om de motor van een boot te koelen: directe koeling en indirecte koeling. 1.) Bij directe koeling wordt buitenwater door de motor gepompt om deze te koelen. Dit systeem is eenvoudig en effectief, maar kan problemen veroorzaken als het water vervuild is of als er zout water wordt gebruikt. 2.) Bij indirecte koeling wordt er een warmtewisselaar gebruikt. In dit systeem wordt er koelvloeistof door de motor gepompt die vervolgens door de warmtewisselaar stroomt. Buitenwater wordt door de warmtewisselaar gepompt om de koelvloeistof af te koelen. Dit systeem is complexer, maar biedt betere bescherming tegen vervuild of zout water.