Isocoor wordt meestal gediagnosticeerd tijdens een lichamelijk onderzoek waarbij de pupillen worden gecontroleerd. Een arts kan een lichtbron gebruiken om te zien hoe de pupillen reageren. Als de pupillen gelijk reageren op licht en geen verschil in grootte vertonen, spreken we van isocoor. Bij afwijkingen wordt vaak verder onderzoek uitgevoerd, zoals een CT-scan of MRI.