Hoewel kapok over het algemeen veel voordelen biedt, kent het materiaal natuurlijk ook enkele nadelen. Zo kan kapok door zijn luchtigheid niet voor iedereen ondersteunend genoeg zijn. Ook kan een kussen van kapok niet in de wasmachine. Dat laatste is op zich geen probleem, omdat kapok over een bacteriewerende werking beschikt en dus geen grondige reiniging nodig heeft.