Hoewel EPDM veel voordelen heeft, zijn er ook enkele EPDM dakbedekking nadelen. De initiële kosten zijn vaak hoger dan bij sommige materialen. Installatie vereist specifieke expertise. EPDM kan reageren op bepaalde chemicaliën, en sommige aspecten, zoals scherpe voorwerpen, kunnen de duurzaamheid beïnvloeden.