Hoewel vaak wordt beweerd dat houten instrumenten beter zijn dan plastic instrumenten, hangt dit af van het merk en het model in kwestie. In het algemeen heeft een houten blokfluit niet zo'n doordringende klank als een plastic blokfluit. Het vergt echter meer zorg, omdat het vaak moet worden geolied en na elk gebruik moet worden schoongemaakt. Hij is gevoelig voor vocht, en als daar niet goed voor wordt gezorgd, kan dat leiden tot aantasting van de blokfluit en tot splijten van de kast. Een plastic blokfluit is afwasbaar (perfect voor jonge kinderen!) en behoeft niet steeds dezelfde zorg. Ze zijn duurzamer, bestand tegen vochtschade en meestal goedkoper. Het hangt echter wel af van de blokfluit zelf en de speler in kwestie.