Als er daadwerkelijk een beschermde diersoort is vastgesteld in het aanvullende ecologische onderzoek dienen er mitigerende maatregelen te worden genomen gericht op die specifieke diersoort. Dit zijn acties die worden genomen om de negatieve impact van de sloop te verminderen. Je kan hierbij denken aan het ophangen van nestkasten of het uitvoeren van de werkzaamheden buiten het broedseizoen van vogels. De kosten voor deze mitigerende maatregelen zijn voor rekening van de initiatiefnemer.