Het belangrijkste verschil is de methode van sterilisatie: de magnetron sterilisator gebruikt hitte om flessen en accessoires te steriliseren, terwijl de elektrische sterilisator stoom gebruikt om dit werk te doen. De magnetron sterilisator maakt gebruik van krachtige microgolven om intense hitte te genereren die 99% van de schadelijke bacteriën doodt. De elektrische sterilisator produceert daarentegen stoom uit kokend water en doodt hiermee de bacteriën in babyflessen.
Het tweede verschil tussen deze twee producten zit in het ontwerp. De magnetron fles sterilisator heeft een “basis” waarin moeders babyflessen en accessoires plaatsen. Vervolgens plaatsen zij een deksel op de basis en sluiten deze aan op een stroombron. Zodra de magnetron sterilisator is aangesloten, hoef je slechts op een knop te drukken en enkele minuten te wachten terwijl het apparaat zijn werk doet. Na deze periode kan je alle voorwerpen uit de basis van het apparaat halen en de stekker uit het stopcontact halen. Een elektrische flessensterilisator daarentegen bestaat uit een eenheid waarin men zuigflessen en andere accessoires kunt plaatsen. Dit apparaat wordt bovenop een ketel met kokend water geplaatst. Moeders kunnen dan alle items uit deze unit halen wanneer ze klaar zijn voor gebruik.
Een ander verschil tussen deze twee producten is hun grootte. Een magnetron sterilisator is kleiner dan een elektrische sterilisator.