Voor het inwendige onderzoek doe je je broek en onderbroek uit. Je neemt plaats op de behandelbank in rugligging voor het vaginaal onderzoek en in zijligging voor het anaal onderzoek. Er ligt een handdoek onder je billen en eentje over je bekken heen. Meestal lig je met je knieën uit elkaar op een kussenrolletje. Terwijl je je uitkleed en op de tafel plaats neemt, wast de therapeut haar handen, legt ze gel klaar en doet ze haar onderzoekshandschoenen aan. Alvorens te starten met het inwendige onderzoek, controleert de therapeut altijd je houding en ademhaling. Indien nodig starten we met het oefenen van een rustige ademhaling zodat je goed kan ontspannen. Pas als dit lukt gaan we verder met het onderzoek. Vervolgens brengt de therapeut, wanneer je er klaar voor bent, 1 vinger in de vagina of anus naar binnen om de bekkenbodem te onderzoeken. Indien er pijnklachten zijn, of wanneer de bekkenbodem heel veel spanning heeft, kan het zijn dat een inwendig onderzoek niet meteen lukt. In dat geval gaan we nooit forceren. We werken stap voor stap toen naar ontspanning totdat het onderzoek wel mogelijk is. Meestal loopt het onderzoek meteen door in een behandeling. Het kan bijvoorbeeld zijn dat we gaan oefenen op het bewust ontspannen of aanspannen van de bekkenbodemspieren. Na het onderzoek krijg je doekjes om de gel af te vegen en mag je je weer aankleden.