Anisocoor, of ongelijkheid in pupilgrootte, kan verschillende oorzaken hebben. Een van de meest ernstige oorzaken is een subarachnoïdale bloeding, waarbij bloedingen in de hersenen druk kunnen uitoefenen op de oogzenuwen. Andere oorzaken zijn hoofdtrauma, verhoogde intracraniële druk, of een zenuwbeschadiging. In sommige gevallen kan anisocoor ook veroorzaakt worden door medicatie of aangeboren afwijkingen.