Hoewel MySQL-databases standaard niet zijn versleuteld, kunnen de data in de databases wel worden versleuteld. MySQL Enterprise, een betaalde service, biedt ingebouwde versleutelingsmogelijkheden. Er zijn ook gratis opties. Of dit nu is door het integreren van open source-code of door aangepaste versleutelingsfuncties aan je CMS toe te voegen. Als je versleuteling wilt gebruiken om te voldoen aan de HIPAA-voorschriften, raadpleeg dan altijd eerst een gegevensbeveiligingsspecialist – het simpelweg versleutelen van de database is lang niet genoeg.