Een boekhoudprogramma automatiseert veel. Zo ook het uitrekenen van de omzetbelasting (btw). Hiermee kan de ondernemer zelf de btw aangifte doen. De inkomstenbelasting is een stuk ingewikkelder. Een boekhoudprogramma kan wel makkelijk een winst- en verliesrekening en balans opstellen, maar houdt niet automatisch rekening met aftrekposten en fiscale voordelen. Het kan slim zijn om hier een boekhouder naar te laten kijken.