Het is heel belangrijk om in gedachten te houden dat de menstruatiecup geen voorbehoedsmiddel is. Het werkt als middel om het menstruatiebloed mee op te vangen, maar vertraagt de werking van sperma in de vagina niet. Bovendien biedt het geen bescherming tegen seksueel overdraagbare aandoeningen. Daarom moet je een menstruatiecup nooit als anticonceptie- of beschermingsmiddel gebruiken.
Bepaalde modellen kunnen echter wel tijdens de geslachtsgemeenschap gebruikt worden. Dit geldt voor het diafragma-model. Dit model is erg flexibel en zacht en steekt dieper in de vagina. De klokvormige bekers zijn meer naar buiten gericht, omdat ze in het onderste deel van de vagina worden ingebracht.