structurele annotatie - posities van open leesramen (ORF's) - posities van eiwit- en RNA-coderende genen - intron-exon structuur van genen - locatie van segmentale duplicaties - locatie van transponeerbare elementen functionele annotatie - alternatieve transcripten die door een gen worden geproduceerd - ziekten die geassocieerd worden met een gen - bindingsplaatsen voor transcriptiefactoren die genexpressie reguleren expressie evolutionaire annotatie - instandhouding/gelijkenis met niet-menselijke primaten, muis, zebravis - vergelijking met Neanderthaler-genoom