Magento ondersteunt een breed scala aan betalingsgateways om te voldoen aan de behoeften van verschillende online winkels wereldwijd. Het platform is flexibel en kan worden geïntegreerd met veel populaire betalingsgateways, waaronder: PayPal Braintree Authorize.Net Stripe WorldPay Klarna CyberSource Amazon Pay  Pay Daarnaast kunnen ontwikkelaars door middel van maatwerk of het gebruik van extensies andere betalingsgateways integreren die niet standaard worden ondersteund. Het is dus mogelijk om vrijwel elke betalingsgateway te implementeren, zolang er een compatibele API of extensie beschikbaar is.