Wanneer je de flessenwarmer wilt schoonmaken moet je deze eerst in ieder geval van de stroom afhalen. Daarna kan je alle losse onderdelen van de flessenwarmer afhalen en deze in de vaatwasser zetten. Voor de behuizing kan je het beste een vochtige doek gebruiken. Gebruik geen extreme schoonmaakmiddelen of schurende doeken.
Wanneer je vaak gebruik maakt van kraanwater zul je kalkafzettingen op de flessenwarmer gaan zien. Als je dit niet wilt kun je het beste gedistilleerd of gekookt water gebruiken om het apparaat schoon te maken.