Vruchtensap is over het algemeen zuur en zuur kan schadelijk zijn voor de 35624 bacteriestam. Geadviseerd wordt om Alflorex in te nemen met water, melk of met minder zure dranken, zoals bijvoorbeeld soja-, amandel- of rijstmelk. Alflorex kan echter wel worden ingenomen als onderdeel van een maaltijd waarvan vruchtensap deel uitmaakt, omdat het eten dan bijdraagt aan de bescherming van de Alflorex bacteriestam.