Koken in de magnetron is over het algemeen veilig. Er zijn echter een aantal dingen waar je rekening mee moet houden. Zorg ervoor dat je voedsel in een magnetronbestendige container kookt. Gebruik geen metalen verpakkingen of bakjes. Beperk de tijd die je voedsel in de magnetron doorbrengt. En laat voedsel altijd even staan voordat je het opeet, zodat je niet je mond brandt.