Zotero is open source (FOSS) en is dus niet afhankelijk van een commerciële partij, wat wel het geval is bij Mendeley (Elsevier). Dit geeft Zotero een voet voor wat betreft betrouwbaarheid, en dat is terug te zien in populariteit online. Een nadeel van Zotero is helaas de verouderd ogende interface en het gebruiksgemak voor beginners is laat bij Zotero wel wat te wensen over.