WebGIS biedt een aantal voordelen ten opzichte van traditionele desktop-gis-applicaties:. Gebruikers kunnen gegevens in realtime met elkaar delen. Dit maakt het bijwerken en onderhouden van geografische informatie eenvoudiger. De meeste WebGIS-toepassingen zijn toegankelijker en eenvoudiger in gebruik, waardoor ze ook te gebruiken zijn door collega's met minder voorkennis op het gebied van GIS.
WebGIS kent ondersteuningsmogelijkheden vanuit verschillende cloudgebaseerde diensten, waarmee je een grote reken- en opslagcapaciteit op afstand kunt benutten. Dit kan helpen bij het beheersbaar houden van zowel de complexiteit van de GIS-infrastructuur als de gemaakte kosten.