Met behulp van een vijverpomp wordt het water de filterbak ingepompt. Daar legt het water vervolgens een weg af die door één of meerdere kamers gaat. In elke kamer zijn materialen aanwezig die zorgen voor de filtering van het water. In eerste instantie blijft alleen het grove afval achter. Maar naarmate het water door steeds kleine gaatjes wordt gestuwd, blijft ook steeds kleiner vuil achter. Als het water het vijverfilter verlaat, is het kraakhelder.
In de vijverfilter ontstaat een bacterieleven dat mede verantwoordelijk is voor de kwaliteit van het water. Zij moeten uiteindelijk zorgen voor de afbraak van het vuil en meststoffen. Dit draagt uiteindelijk bij aan een beter en helderder vijverwater.