Bij colon hydrotherapie ligt de cliënt op zijn zij op een comfortabele therapietafel. De therapeut brengt zachtjes de canule in en een zachte, vrijwel onvoelbare stroom van warm gefilterd water stroomt met lichte druk de dikke darm in om deze te reinigen. De therapeut bewaakt de waterdruk om een ​​ontspannen en rustige ervaring te garanderen. Maak je niet druk, geurtjes zijn er niet, vanwege het volledig gesloten systeem.
Terwijl het water zachtjes de darm instroomt, masseert de therapeut zachtjes de buikwand, zodat het water de gehele dikke darm vult en overal de aangekoekte resten kan losweken. Zodra de druk voor de cliënt te hoog wordt, stopt de therapeut de toevoer van water, vaak stromen dan de eerste ‘brokken’ ontlasting al de darm uit door de transparante buis van het colon hydrotherapie apparaat.
Een behandeling kan zo’n drie kwartier tot anderhalf uur duren. Aan het eind van de behandeling is de meeste ontlasting er wel uit, maar geeft de therapeut je na het verwijderen van de canule groen licht om het laatste water en ontlasting op het toilet eruit te werken.