De configuratie van joysticks is in principe heel eenvoudig. In het geval van draadloos model is het voldoende om een Bluetooth-verbinding tot stand te brengen. Je kunt de joystick daarna direct gebruiken. Voor de joysticks die via een kabel zijn aangesloten, volstaat het om de USB-kabel op de overeenkomstige poort aan te sluiten.
Sommige bedieningselementen kunnen echter compatibiliteitsproblemen veroorzaken. Dat geldt vooral voor joysticks die speciaal voor het gebruik met een computer gemaakt zijn. Het kan dan zijn dat je een installatieprogramma gebruikt dat bijvoorbeeld op een CD staat. Als dit niet het geval is, is het mogelijk dat je enkele stuurprogramma’s moet downloaden om de joystick te kunnen gebruiken.