Shopify biedt zijn eigen betalingsgateway genaamd Payments, die ook creditcardbetalingen kan accepteren. Het verwerkt de meeste valuta's in de meeste regio's en werkt binnen het systeem. Als u deze methode niet wilt gebruiken of ook andere betalingsmethoden wilt aanbieden, heeft u een externe betalingsverwerker nodig. Deze kunnen PayPal, Amazon Pay, Stripe en andere omvatten. Ze zijn vastgeschroefd aan uw online winkel en zullen de financiële kant van de zaken voor u regelen. Shopify brengt wel kosten in rekening voor het gebruik van externe betalingsverwerkers.