Als de tinctuur van mirre onverdund gebruikt wordt, kan er een licht tijdelijk branderig gevoel op het slijmvlies van de mond ontstaan. De tinctuur kan ook de smaakzin aantasten. In zeldzame gevallen leidt het aanbrengen van mirre op de huid tot een lichte ontsteking.
Bij inname van grotere hoeveelheden mirrepreparaten kunnen diarree of darmkrampen optreden. In het algemeen wordt mirre echter beschouwd als een niet-irriterend en niet-toxisch middel.
Voorzichtigheid is geboden bij zwangere vrouwen en vrouwen die borstvoeding geven. Ze mogen geen mirre gebruiken omdat de geneeskrachtige plant een abortieve werking kan hebben. Als verschillende geneesmiddelen tegelijk worden ingenomen, kunnen wisselwerkingen optreden. Je moet daarom je arts om advies vragen voor je ze inneemt.