Het pakket van e-Boekhouden biedt de mogelijkheid om te koppelen met alle banken. Het bedrijf heeft een automatische bankkoppeling met ABN-Amro, Bunq, ING, Knab, Rabobank, SNS, Triodos, ASN en Regiobank. Voor andere banken is het mogelijk om de afschriften van de bank te exporteren en vervolgens in het pakket te importeren. Het is dus altijd mogelijk om banktransacties in te laden in het pakket van e-Boekhouden.