Eén van de voordelen van de beste automatische drinkfonteinen of drinkreservoirs is dat ze meestal één of meer filters bevatten. Het belangrijkste is het houtskool waterfilter. Het voorkomt mogelijke slechte geuren of smaken in het voedsel. Dit is belangrijk, want als je hond een onaangename geur in het water ruikt, kan hij stoppen met drinken.
Aan de andere kant zijn er filters die helpen om afval en ongewenste stoffen te verwijderen. Zo kan bijvoorbeeld stof of voedsel (vooral als het zich dicht bij de drinkwaterfontein bevindt) en andere elementen in het water vallen, waardoor het water verontreinigd wordt. En dat is natuurlijk niet de bedoeling. Dit soort filters helpen om het water altijd schoon te houden.