Voor een fonduepan zijn er veel soorten brandstof waaruit je kunt kiezen. Gel-brandstof, pasta-brandstof, kaarslichtjes, butaan en alcohol zijn enkele veelgebruikte brandstoffen voor deze potten. Je moet de instructies van de fabrikant volgen om te weten welke brandstof perfect is voor jouw model. Butaan is bijvoorbeeld het beste voor hete oliefondue, terwijl alcohol goed is voor chocoladefondue waarbij je een lage vlam nodig hebt.