Het Ministerie van VWS geeft een GDP vergunning of certificaat enkel af aan juridische eigenarenaren/houders van geneesmiddelen (fabrikanten en  groothandelaren). Een vervoerder kan dus geen vergunning aanvragen, tenzij deze ook eigenaar/houder is. Als in de transportsector wordt gesproken over een GDP certificaat/vergunning, dan wordt veelal bedoeld dat het personeel GDP is gecertificeerd en/of dat de bedrijfsvoering is geaudit op GDP door een onafhankelijke instantie.