Een organisatie heeft of zelf een managementsysteem opgezet of aan de hand van bijvoorbeeld een norm, zoals ISO 14001/ISO 45001 of NTA 8620. Deze normen hebben allemaal een volledige systeemopbouw, waarin ze de Plan-Do-Check-Act in hebben opgenomen. Deze PDCA-cyclus is om te waarborgen dat organisaties alle facetten meenemen in hun bedrijfsvoering. Het is belangrijk dat dit ook terugkomt wanneer een bedrijf een eigen managementsysteem heeft opgebouwd.
Bij een systeemaudit wordt een managementsysteem op de hoofdelementen gecontroleerd en kijkt de auditor of de organisatie de PDCA-cyclus toepast over de hele organisatie. Tijdens de interne audit worden alle verplichte documentatie erbij gepakt en getoetst aan de norm of aan de eisen van de organisatie. Verplichte documentatie kunnen documenten zijn die een norm verplicht, maar ook documentatie de organisatie zelf verplicht stelt. Daarnaast gaat de auditor ook gesprekken aan met de medewerkers van de organisatie om na te gaan of men ook doet wat er gezegd wordt conform de documentatie.
Bij een proces-audit wordt er ook gekeken naar de PDCA-cyclus, alleen gebeurt het nu op procesniveau. Dit houdt in dat er nu bijvoorbeeld gekeken wordt naar het procesverloop op een specifieke afdeling of er worden aansluitende processen gepakt over verschillende afdelingen heen om te kijken hoe verschillende afdelingen met elkaar in het proces omgaan. De insteek van een procesaudit kan verschillen, dit is afhankelijk van de scope die van te voren met de opdrachtverstrekker wordt afgesproken.
Het is goed om als organisatie na te denken over wat voor type audit er uitgevoerd moet worden en waar de organisatie baat bij heeft. Daarnaast verschilt het ook bij het type verplichting die een organisatie heeft: vaak is het zo dat wanneer een bedrijf gecertificeerd is, het zich moet houden aan een auditprogramma en alle onderdelen minimaal eenmaal per drie jaar ge-audit moet worden.