Elk systeem voor identificatie bij inloggen kost geld. Echter, er is wel een kenmerkend verschil tussen DigiD en eHerkenning. De kosten voor DigiD worden door de overheid betaald met belastinginkomsten. Iedereen betaalt daar dus aan mee, ongeacht of je er gebruik van maakt of niet. De kosten voor Eherkenning worden niet betaald vanuit belastinginkomsten en worden daarom enkel doorbelast aan de ondernemers die daar gebruik van maken.