Zelfs de kleinste hoeveelheid residu of onzuiverheden op de matrijs, in het extrusiekanaal of op de zuiger kunnen leiden tot aanzienlijke afwijkingen bij de meting van de melt flow index. Onzuiverheden hebben bijvoorbeeld een invloed op de glij-eigenschappen van het polymeer over de wand van het extrusiekanaal en de matrijs. Ze verkleinen de afstand tussen de zuiger en het extrusiekanaal of vernauwen de diameter van de boring in de matrijs. Ze ontstaan voornamelijk door overblijfselen van het vorige geteste polymeer, dat zich vasthecht door de ruwheid van de wand. Het degradeert daar steeds meer tot het een roetachtige laag vormt. De situatie wordt bijzonder kritiek wanneer verschillende polymeren na elkaar gemeten worden en de testtemperatuur wijzigt. Afzettingen van reinigingsmiddelen kunnen ook problemen veroorzaken. Daarom wordt het extrusiekanaal best gereinigd met een onbehandeld schoon katoenen doekje. Bij hardnekkige overblijfselen kan het nodig zijn de werktuigen te reinigen met een messing borstel of zelfs de belangrijkste onderdelen uit te branden.