Als acupunctuur wordt toegepast door een dierenarts met een gedegen acupunctuur opleiding (IVAS gecertificeerd) is het een zeer veilige manier van behandelen. Bijwerkingen van acupunctuur zijn zeer zeldzaam maar kunnen wel voorkomen. Meestal zijn deze bijwerkingen tijdelijk en niet blijvend. Zo kan het lijken alsof de klachten in eerste instantie erger worden gedurende de eerste 1-3 dagen na de behandeling. Sommige dieren zijn de eerste dag na een behandeling moe. Deze effecten geven aan dat er daadwerkelijk wat gebeurt in het lichaam en meestal worden deze bijwerkingen opgevolgd door een verbetering in de situatie. Acupunctuur kan met de meeste conventionele en alternatieve therapieën gecombineerd worden.