Reiki is niet hetzelfde als wat er meestal onder magnetiseren wordt verstaan.
Ten eerste; er zijn magnetiseurs, die negatieve energie bij mensen weghalen, afstrijken. Dit kan heel waardevol zijn bij een genezingsproces. Het gevaar bestaat echter, dat de magnetiseur met deze energie blijft zitten. Dat kan bij Reiki niet gebeuren Door de initiaties is de Reiki gever beschermd tegen het overnemen van negatieve energie van de ontvanger tijdens de behandeling.
Ten tweede; bij magnetiseren is het ook mogelijk, dat de behandelde persoon weliswaar de negatieve energie kwijt is, maar dat er niet positiefs voor in de plaats komt.Ook dat werkt bij Reiki anders. Met Reiki behandeling krijgt de ontvanger energie en het is aan de ontvanger wat hij of zij daarmee doet. Ten derde; er zijn ook magnetiseurs, die werken met energie overdracht. Als zij hun eigen energie weggeven lopen zij het risico, dat ze uitgeput raken. Met Reiki geef je energie door, dus je eigen voorraad blijft op peil.