Visolie wordt over het algemeen als veilig beschouwd bij aanbevolen doses. Echter, net als elk supplement, kan visolie bijwerkingen hebben, vooral wanneer het in grote hoeveelheden wordt geconsumeerd. Deze kunnen omvatten: een opgeblazen gevoel, diarree, misselijkheid en oprispingen. Als de visolie niet goed wordt gezuiverd, kan het ook sporen van zware metalen en andere giftige stoffen bevatten. Het is daarom van belang om een zuiver product te kiezen dat getest is op de aanwezigheid van deze stoffen.