Shakshuka wordt gekenmerkt door een rijke mix van specerijen, die samen zorgen voor de kenmerkende, warme en hartige smaak. Typische ingrediënten zijn komijn, die een aardse diepte toevoegt, en paprikapoeder, dat zowel zoet als gerookt kan zijn, en dat de saus een mooie kleur en smaak geeft. Korianderpoeder wordt vaak gebruikt voor een subtiele, citrusachtige noot, terwijl chilivlokken of cayennepeper een pittige kick toevoegen, afhankelijk van hoe pikant je het gerecht wilt maken. Soms wordt er ook kurkuma toegevoegd voor een vleugje warmte en een gouden tint, en natuurlijk zijn zout en peper essentieel om de smaken perfect in balans te brengen. Deze specerijen werken samen om shakshuka zijn onweerstaanbare smaakprofiel te geven.