Een babyfles moet goed schoongemaakt worden. Het immuun systeem van de baby is nog in ontwikkeling, zodat een goede hygiëne van belangrijk is. Vooral tijdens de eerste levensmaand is het een goed idee om flessen van hittebestendig materiaal te kiezen, bestand tegen de hoge temperaturen van de sterilisator. Glas is een uitstekende optie.
Tegenwoordig bestaan er twee manieren om te steriliseren: de warme of koude (chemische methode). In het eerste geval kun je de fles steriliseren in kokend water, of middels een sterilisator die water omzet in stoom. In het tweede geval wordt de fles ondergedompeld in een vloeistof waaraan bepaalde ontsmettende middelen toegevoegd zijn.