De Voorkeursbeslissing is onderbouwd met een (niet-verplichte) milieueffectrapportage (plan-MER). De plan-MER beschrijft de effecten van de onderzochte alternatieven voor het Nederlandse luchtruim. Naast milieueffecten is daarbij ook gekeken naar effecten op efficiëntie, capaciteit en veiligheid. De plan-MER is uitgevoerd door een onafhankelijk consortium van het Koninklijk Nederlands Lucht- en Ruimtevaartcentrum (NLR) en Royal HaskoningDHV.
Naar aanleiding van de zienswijzen en het advies van de Commissie m.e.r. is een aanvulling  op het plan-MER gemaakt. Deze wordt met de definitieve Voorkeursbeslissing gepubliceerd.