Veel kinderen met CF hebben buikpijn. Het kan meerdere oorzaken hebben; zowel veroorzaakt door de darmen als wel door andere organen zoals de longen (buikpijn als uiting van longontsteking), alvleesklier (pancreatitis) of bijvoorbeeld galblaas (galstenen). Darmklachten zijn bij kinderen met CF meestal toe te schrijven aan verstopping van de darmen.
Bij slechte voedselvertering, vanwege de gestoorde uitscheiding van zouten en water, kunnen de darmen verstopt raken. Deze verstopping treedt vaak op in het laatste deel van de dunne darm en het eerste stuk van de dikke darm. Ongeveer een op de vijf volwassenen krijgt er last van. Bij kinderen komt het minder vaak voor. Een verstopping kan hevige, in golven optredende buikkrampen veroorzaken.