Het CLB heeft als opdracht om leerlingen te begeleiden in hun functioneren op school en in de maatschappij. Dat kan informatie, advies, diagnostiek of begeleiding zijn op de volgende domeinen:
-  Leren en studeren: als het leren op school niet wil vlotten.
-  Onderwijsloopbaan: als je op zoek bent naar informatie over studierichtingen of scholen en als kiezen moeilijk is.
-  Preventieve gezondheidszorg: als je vragen hebt over je lichamelijke ontwikkeling, gezonde leefgewoonten of gezondheidsproblemen.
-  Psychisch en sociaal functioneren: als je je niet goed in je vel voelt.
Als dat nodig is, zoekt de CLB-medewerker naar gepaste schoolexterne hulp. Voor intensieve vormen van begeleiding binnen de integrale jeugdhulp kan het CLB een aanvraagdossier opstellen.
Het CLB heeft een bijzondere opdracht voor leerlingen met specifieke onderwijsbehoeften. De CLB-medewerkers brengen in overleg met leerling, ouders en school de wenselijke aanpassingen in kaart. Ze kunnen onder bepaalde voorwaarden een gemotiveerd verslag opstellen dat recht geeft op ondersteuning vanuit het buitengewoon onderwijs of een verslag om buitengewoon onderwijs of een individueel aangepast curriculum in het gewoon onderwijs te volgen.
Om tijdig bepaalde gezondheids- of ontwikkelingsproblemen op te sporen, organiseert het CLB in bepaalde leerjaren een systematisch contactmoment (vroegere medisch onderzoek). In het basisonderwijs is dat het geval voor de leerlingen van de eerste kleuterklas, het eerste leerjaar, het vierde leerjaar en het zesde leerjaar. Deelname aan deze systematische contactmomenten is verplicht.
Leerlingen kunnen bij het CLB gratis bepaalde inentingen krijgen. Het CLB geeft ook advies bij besmettelijke ziekten.
In de loop van het schooljaar krijgen de betrokken leerlingen en ouders concrete informatie over de systematische contacten en het aanbod van inentingen.