Bij Pharmamarket kan je via Bancontact, Visa/Mastercard, iDeal of bankoverschrijving betalen. Nadat je je bestelling hebt geplaatst kun je kiezen voor de betaalmethode van jouw voorkeur. Het enige wat je dan nog hoeft te doen, is je gegevens invoeren en je betaling afronden. Je kunt zelfs met je mobiele telefoon betalen, zonder het gebruik van een kaartlezer.