Het ISO bestaat uit verschillende organen. De Algemene Vergadering (AV), bestaande uit de lidorganisaties van het ISO, is het hoogste orgaan van het ISO. In vergaderingen met de AV legt het bestuur haar beleid voor en vraagt daar de lidorganisaties om instemming met het gekozen pad.
Daarnaast kent het ISO ook een Raad van Toezicht, die houdt toezicht op de continuïteit van de organisatie. Op het pand aan de Bemuurde Weerd werkt het bestuur nauw samen met veertien (beleids)medewerkers. Ook het Landelijk Studenten Rechtsbureau, dat studenten voorziet van (gratis) juridisch advies, houdt kantoor in het pand van het ISO.