Over het algemeen is een wortelkanaalbehandeling succesvol. Maar zoals bij alle ingrepen kunnen er tijdens de behandeling complicaties optreden.
Er kan een vijl of een ander instrument in een kanaal afbreken.
Er kan spoelvloeistof worden doorgeperst.
Soms zijn kanalen niet te vinden of niet toegankelijk.
Een kies kan zo verzwakt zijn dat een kanaalbehandeling niet meer mogelijk is.
Een deel van de kies kan afbreken.
De wortel kan breken of al gebroken zijn.
Er kan onbedoeld een opening vanuit het kanaal naar het omliggende weefsel ontstaan.