De hypofyseoperatie is een onderdeel van de behandeling. De verwijdering van het adenoom uit of bij de hypofyse gebeurt vrijwel altijd via de neus (transsfenoïdale operatie). De operatie wordt alleen uitgevoerd door neurochirurgen met veel ervaring.
Indien er sprake is van een ectopische Cushing is het doel van de behandeling om het weefsel dat de hormonen ACTH of CRH produceert te verwijderen met een buik- of borstoperatie, afhankelijk van de locatie van de gezwel.