Bijwerkingen van het innemen van aminozuren zijn zeldzaam. Het is echter mogelijk dat er wisselwerkingen met medicijnen optreden; sommige aminozuren kunnen het effect van medicijnen versterken of neutraliseren. Je moet dus altijd de bijsluiter lezen.
Als je te veel essentiële aminozuren via de voeding binnenkrijgt, is dat geen slechte zaak. Bij het innemen van EAA supplementen moet je echter altijd goed op de gebruiksaanwijzing letten.