Zonisamide kan verschillende nadelige effecten hebben, waaronder een daling van de eetlust, braken, diarree, evenwichtsproblemen tijdens het lopen (wat ataxie wordt genoemd) en slaperigheid (overmatige slaperigheid).
In sommige studies zijn deze effecten waargenomen bij ongeveer 50% van de katten, terwijl in andere studies de percentages lager bleken te zijn.