Salar de Uyuni heeft een rijke geschiedenis die teruggaat tot de precolumbiaanse tijd, waar het een belangrijke zoutbron was voor de lokale bevolking. In de 19e eeuw werd het verder verkend door Europeanen die op zoek waren naar mineralen. In 1993 werd het gebied aangewezen als beschermd natuurreservaat, wat bijdroeg aan het behoud en het toerisme.