Het fermentatieproces kan worden gestart door micro-organismen toe te voegen, maar bij sommige producten vindt fermentatie ook vanzelf plaats. Door een warme en vochtige omgeving groeien bacteriën, gisten of schimmels automatisch. Hierdoor worden enzymen en vitamines geproduceerd en stoffen in het voedingsmiddel omgezet. Denk bijvoorbeeld aan het afbreken van suikers of melkzuurbacteriën die koolhydraten omzetten in melkzuur.