Perbezaan utama antara usaha SEO standard dan usaha SEO eCommerce ialah penekanan pada penyelidikan kata kunci. Penyelidikan kata kunci untuk tapak web eCommerce mesti ditumpukan pada istilah komersial atau "beli". Ini bermakna kata kunci mesti dikaitkan dengan produk atau perkhidmatan yang tersedia untuk pembelian di tapak web. Sebaliknya, penyelidikan kata kunci SEO standard boleh ditumpukan pada kata kunci maklumat atau navigasi serta kata kunci niat pembelian. Akibatnya, kempen SEO eCommerce biasanya akan mempunyai fokus dan pendekatan yang berbeza daripada kempen SEO standard. Strategi pembinaan pautan juga akan mempunyai perbezaan yang berbeza.