Kesan sampingan daripada pengambilan omega 3 ialah sakit perut, cirit-birit dan loya. Pengambilan yang mencukupi bagi Omega-3 ialah hanya 1.6g untuk lelaki dan sebanyak 1.1g untuk wanita. Pengambilan Omega-3 yang berlebihan telah terbukti akan meningkatkan risiko pendarahan. Suplemen Omega 3 diperbuat daripada sumber makanan harian yang biasa menyebabkan alahan, seperti ikan, kekacang dan sebagainya. Jadi, mereka yang mempunyai alahan harus memeriksa senarai bahan dalam suplemen dahulu sebelum membuat pembelian mana-mana produk.