त्यांच्या दोन वर्षांच्या कार्यकाळात संघर्ष आणि अशांतता होती. मोरारजी देसाई यांच्या हुकूमशाही वैशिष्ट्यांमुळे त्यांच्या लवकर पतनातही हातभार लागला. त्यांच्या युतीमध्ये आणि भारतीय राजकारण्यांमध्ये त्यांना तुच्छ लेखले गेले. मोरारजी देसाई यांना विधानसभेत बहुमत मिळवण्यात अपयश आल्याने जुलै १९७९ मध्ये राजीनामा द्यावा लागला.