MRI स्कॅन करण्याचे जास्त काही साईड इफेक्टस नाहीत. मात्र तपासणी करत असताना आपला संपर्क हा मॅग्नेटिक फिल्ड सोबत आल्याने थोड्याफार प्रमाणात डोकेदुखी आणि अंगदुखी होऊ शकते.