Per 5 naudojimo metus termiškai modifikuota mediena yra veikiama atmosferos poveikio, o natūrali drėgmė yra perpus mažesnė nei neapdorotos medienos. Dėl natūralių atmosferos sąlygų ant termiškai modifikuotos medienos paviršiaus gali augti pelėsiai. Šis reiškinys atsiranda su visomis medžiagomis, veikiančiomis natūraliomis atmosferos sąlygomis. Pelėsiai gali atsirasti ant neapdorotų paviršių dėl ore esančių bakterijų arba lietaus pernešto purvo. Tačiau tai pastebima tik ant paviršiaus ir gali būti pašalinta šluostant arba nubraukiant. Optimalios termiškai modifikuotos medienos apsauginės dangos sistemos apima: aliejinį gruntą ir viršutinį sluoksnį arba alkidinį viršutinį sluoksnį tirpiklio pagrindu arba akrilo viršutinį sluoksnį vandens pagrindu.