Specifinių vaistų nuo autoimuninių ligų nėra. Dažniausiai pacientams tenka visapusiškai stiprinti savo sveikatą – sveikai maitintis, judėti, gydyti simptomus. Šių ligų išgydyti neįmanoma, bet galima palengvinti simptomus ir pagerinti gyvenimo kokybę. Autoimuninės ligos tam tikrais atvejais gali būti gydomos vaistais, kurie slopina imuninę sistemą. Taip mėginama padėti atakos pažeistiems organams. Jeigu pavyktų išsiaiškinti sudėtingus imunologinius ir molekulinius autoimuninių ligų mechanizmus, galbūt genų terapija galėtų būti metodas, teikiantis vilčių išgydyti tokius ligonius.