Didžiausias arbitražo fondų trūkumas - jų nepatikimumas. Kaip jau minėta, arbitražo fondai nėra itin pelningi stabiliose rinkose. Fondas faktiškai gali tapti obligacijų fondu, nors ir laikinai, jei nėra pakankamai prieinamų sėkmingų arbitražinių sandorių.