Konfliktas ir skirtumas tarp civilizacijos ir laukinystės, tvarka ir chaosas, nekaltumo praradimas, žalojantis valdžios poveikis ir žmogaus prigimtyje slypintis blogis yra viena iš pagrindinių „Musių valdovo“ temų. Mokiniai gali analizuoti šias temas atlikdami praeities ir dabarties civilizacijų ir kai kurių civilizacijų atsiradimo ir žlugimo tyrimus.