Daugkartiniai bioreaktoriai yra skirti ilgalaikiams procesams ir juos reikia išvalyti bei sterilizuoti tarp naudojimo būdų, o vienkartiniai bioreaktoriai pašalina šių procesų poreikį, todėl jie idealiai tinka projektams, kuriems reikalingas lankstumas ir mažesnė užteršimo rizika.