Atliekant viršutinės virškinamojo trakto dalies endoskopinį tyrimą (ezofagogastroduodenoskopiją) galima pasiekti tik pradinę plonosios žarnos dalį. Tuo tarpų bakterijų perteklius gali būti ir pradinėje, ir vidurinėje, ir galinėje plonosios žarnos dalyje. Moksliniais tikslais buvo atliekami plonosios žarnos „sulčių“ pasėliai, paimti endoskopinio tyrimo metu, tačiau kasdieninėje praktikoje tai netaikoma, nes labai brangu, ilgai trunka ir yra didelė tyrimų paklaida.
SIBO kvėpavimo testo metu bakterijų perteklius gali būti nustatomas ir pradinėje, ir vidurinėje, ir galinėje plonosios žarnos dalyje.