Muzikos terapijos ištakos siekia antikos laikus, kuomet senovės graikijos fiziologai muziką pripažino kaip vieną iš terapinių priemonių, taikė ją sistemingai, iš anksto numatydami skirtingos muzikos poveikį asmens fizinei sveikatai ar psichinei būklei.
Žmonių supratimas, kaip muzika veikia žmogaus sveikatą, praėjo daugybę etapų, kol galiausiai buvo pradėti formuoti muzikos terapijos metodai, atliekami muzikos terapijos moksliniai tyrimai, įrodantys muzikos terapijos efektyvumą, o šiai dienai muzikos terapeuto profesija yra pripažinta ir Lietuvoje.