Magnio L-Treonatas paprastai yra gerai toleruojamas, tačiau kai kuriems asmenims gali pasireikšti lengvas šalutinis poveikis, pvz., virškinimo sutrikimas ar alerginės reakcijos. Norint įvertinti toleranciją medžiagai/produktui, rekomenduojama pradėti nuo mažesnės dozės.