Abiejų negalavimų simptomai yra labai panašūs, o gydymas tas pats, t. y. dieta be gliuteno. Celiakija ir gliuteno netoleravimas turi skirtumų. Celiakija yra autoimuninė liga. Turintiems polinkį sirgti celiakija asmenims gliutenas sukelia antikūnų prieš plonojo žarnyno gleivinę gamybą. Dėl to žarnyne vyksta uždegimas, nyksta žarnų gaureliai ir sutrinka žarnyno funkcija, blogėja maisto medžiagų ir vitaminų pasisavinimas.  Celiakijai nustatyti atliekami kraujo tyrimai prieš specifinius antikūnus. Taip pat galima atlikti genetinio polinkio celiakijai tyrimą. Jei tyrimų rezultatai teigiami, diagnozei patvirtinti gali būti skiriama plonojo žarnyno biopsija. Gliuteno netoleravimas – neigiama organizmo reakcija į gliuteną nedalyvaujant antikūnams: šiuo atveju nėra pažeidžiamas plonasis žarnynas, todėl atliekant jo biopsiją bei įprastus kraujo tyrimus celiakijai nustatyti rezultatai būna neigiami.  Specifinių tyrimų gliuteno netoleravimui nustatyti kol kas nėra. Vienintelis būdas tai padaryti – keletą savaičių laikytis dietos be gliuteno ir stebėti, ar yra pagerėjimas. Daugelis pasijunta ženkliai geriau jau po 2–3 savaičių nevartodami maisto produktų, turinčių gliuteno.