Atliekant NIPT tyrimą, galite sužinoti vaisiaus lytį. Laukiantis vieno vaisiaus, NIPT tyrimu nustatoma, gims mergaitė ar berniukas.  Laukiantis dvynių, tyrimu nustatomas lytinės chromosomos faktas (X arba Y chromosoma). Nustačius X chromosomą, patvirtinama, kad abiejų dvynių lytis yra moteriška,o  nustačius Y chromosomą, – kad bent vieno vaisiaus lytis yra vyriška. Atliekant NIPT tyrimą, tėvai turi teisę pasirinkti nesužinoti vaisiaus lyties.