Keto diētai ir savi mīnusi. Keto diētu nedrīkst ievērot cilvēki, kuriem ir aknu vai nieru problēmas. Viens no keto diētas mīnusiem ir iespējamie kuņģa-zarnu trakta traucējumi, aizcietējumi, kas var rasties šķiedrvielu nepietiekamības gadījumā, kuras parasti uzņemam ar graudaugiem vai pākšaugiem.