Atšķirībā no parastajām blīvēšanas metodēm, kas bieži vien veido redzamu aizsargslāni, nanozīmogošana darbojas molekulārā līmenī. Nanodaļiņas iekļūst virsmas porās un veido ķīmisku savienojumu, kas rada gandrīz neredzamu un izturīgu aizsargslāni. Šī tehnoloģija padara virsmu ūdens un netīrumu necaurlaidīgu, nemainot tās izskatu vai sajūtu.