마스토돈은 단순한 제품이 아닌, 프로토콜 위에 구축된 제품이다. 즉, 동일한 프로토콜을 실행하는 모든 응용 프로그램이 마스토돈에 연결되어 상호 운용 가능한 사용자 경험을 제공할 수 있다. 이러한 앱들의 전체 우주는 페디버스라고 불리며, 연합을 뜻하는 페더레이션(Federation)이라는 단어에서 나왔다.