둘을 혼재해서 쓰는 경우가 있지만 정확히 말하자면 각각 다른 의미다. 딥 웹은 일반 검색 엔진에서는 표시되지 않는 인터넷으로 결제창, 의료 기록, 이메일 계정 뒤에 숨은 페이지 같은 색인이 없는 웹 페이지를 말한다. 다크 웹은 일종의 딥 웹으로 의도적으로 숨겨져 있거나 완전히 암호화 처리되어 있다(토르 브라우저를 통해서만 접속이 가능하다).
요약하자면 딥 웹은 검색 엔진으로 접속할 수 없는 인터넷이고 다크 웹은 구글 같은 일반 검색 엔진이 색인을 표시하지 않은 암호화된 온라인 콘텐츠다(다크 웹을 이용하려면 토르 브라우저 같은 특정 소프트웨어가 필요하다).