이 경우에서의 count는 matter(중요하다)라는 의미를 가지고 있어요. 화자가 하는 말은 it's the thought that matters [is important].와 같은 뜻인 거죠.
예: Your vote still counts even if you cast an empty ballot. (백지 투표를 한다고 하더라도, 당신의 투표는 유효합니다.)
예: This is your last shot. Make it count! (마지막 기회야. 소중히 해!)