i-MedRAG와 같은 반복적인 후속 질문을 활용하는 기술은 여러 장점을 가지고 있지만, 몇 가지 한계점도 존재한다. 첫째, 비용 문제이다. 후속 질문을 반복적으로 생성하고, 각 질문에 대해 관련 문서를 검색하는 과정은 시간과 자원을 소모하게 된다. 특히, 생성되는 질문의 수가 많아질수록 비용이 선형적으로 증가하게 된다. 둘째, 하이퍼파라미터 선택의 어려움이다. i-MedRAG의 성능은 반복 횟수와 각 반복에서 생성되는 질문 수와 같은 하이퍼파라미터에 크게 의존한다. 이러한 하이퍼파라미터는 의료 질문의 복잡성에 따라 최적의 값이 달라질 수 있으며, 이를 찾는 과정은 비효율적일 수 있다. 마지막으로, 정보의 정확성 문제도 있다. 반복적인 질문을 통해 수집된 정보가 항상 정확하거나 신뢰할 수 있는 것은 아니며, 잘못된 정보가 포함될 경우 잘못된 결론에 이를 수 있다.