Ауруханада 2 бөлімше бар: ағзалар мен биологиялық тіндерді трансплантациялау орталығы және сүйек кемігін трансплантациялау орталығы.
Органдарды трансплантациялау орталығында тәжірибелі хирургтар тобы жүрек, бауыр, бүйрек және қасаң қабықтың трансплантациясын жасайды. Йедитепе трансплантация орталығы елдегі ең жақсы ағзалардың өмір сүру көрсеткіштерінің біріне ие.
Бауыр трансплантациясы Орталығы Бауыр трансплантациясы бойынша жалпы еуропалық деректер базасында тіркелген. Бауыр трансплантациясының сәттілігі 80% құрайды. Йедитепеде олар Түркияда алғаш рет жүрек трансплантациясын, өз сүйек тіндерінен пателла имплантациясын жасады.
Сүйек кемігін трансплантациялау орталығы ересектер мен балаларға арналған трансплантацияның барлық түрін жасайды. Процедура мыналарды қамтиды: диагностика, дің жасушаларын таңдау, трансплантациялау, қалпына келтіру.
БМТ-дан кейінгі емделуші бөлмелері ауаны қауіпсіз зарарсыздандыру үшін сүзгілермен жабдықталған. Бұл инфекциялық асқынуларды жояды.
Орталық жансақтау бөлімімен және донорлық сүйек кемігін қабылдамаған жағдайда заманауи реанимациямен қамтамасыз етілген.