法定休日に勤務する場合、その日の勤務は総労働時間に含まれず、休日手当を付加した割増賃金をその日の労働に対する賃金として支払う必要があります。 そのため、フレックスタイム制で就労する従業員についても、法定休日の勤務についてはフレックスタイム制の適用対象外といえます。