出産予定日の2カ月前に担当医が交代するようでしたら、ちょうど里帰り出産と同じようなタイミングでの交代になるだろうと思います。妊娠後期の大事な時期から新しい医師に診てもらえますし、同じ施設であればカルテも共通ですから、さほど心配なさることはないと思います。どうしても不安でしたら、そのお気持ちを現在の担当医、あるいは看護師に伝えれば、今後は異動しない先生に交替してもらえると思います。
また、施設にもよりますが、外来の担当医と分娩の担当医が必ずしも同じ医師とは限らないことが多いので、希望が通るようであれば、各担当医の確認をしておくとよいと思います。