「in」と「from」の両方とも「federal funding」と一緒に使うことができます。「in federal funding」の方が一般的な表現なので、話し手は「in」を選んだのではないでしょうか。一方で、「from」を使う場合は、「from federal funds」の方が一般的な表現になります。しかし、「in」でも「from」でもどちらでも構いません。
例: They received $1 million in federal funding.（彼らは連邦資金から100万ドルを受け取った。）
例: They received $1 million from federal funds.（彼らは連邦資金から100万ドルを受け取った。）