iTunesにFLACを取り込めない理由は、iTunesはFLACを直接サポートしていないからです。
iTunesniに取り込んだ楽曲は、Apple社が開発したオーディオコーデックである、AAC（Advanced Audio Coding）フォーマットに変換されます。
MP3などの汎用性の高い拡張子はAACに対応していますが、FLACは対応していません。そのため、FLACはiTunesに取り込めないのです。