自立支援を利用する上での主なデメリットは、特定の医療機関でしかその補助を受けることができない点です。さらに、病院を転院する際には手続きが必要であり、手続きを行わない限り、新しい医療機関で自立支援医療を利用することができないというデメリットがあります。