DNSSECの移行プロセスの自動化や標準化に向けては、いくつかの技術的および運用的な課題が存在します。まず、技術的な課題としては、鍵のライフサイクル管理の複雑さが挙げられます。DNSSECでは、ゾーン署名鍵（ZSK）と鍵署名鍵（KSK）の2種類の鍵が存在し、それぞれ異なる管理プロセスが必要です。これにより、鍵のロールオーバーや移行の自動化が難しくなります。
次に、運用的な課題としては、運用者の専門知識の不足が挙げられます。DNSSECの運用には高度な技術的理解が必要であり、特に鍵の管理や移行に関するプロセスは複雑です。多くの運用者がこの分野において十分な経験を持っていないため、標準化されたプロセスを自動化することが難しい状況です。
さらに、DNSSECの移行プロセスにおけるエラーや警告の管理も課題です。標準規格から逸脱した場合の影響を評価し、適切な対策を講じるためには、運用者がリアルタイムで状況を把握し、迅速に対応できる体制が必要です。このような課題を克服するためには、教育やトレーニングの充実、運用ツールの改善、そしてコミュニティ全体での知識共有が重要です。