電子マニフェストの料金は、事業者ごとに加入単位のルールや利用料金が定められています。
排出事業者の場合、マニフェストの年間登録件数に応じてA料金、B料金、C料金の３つの料金区分があります。年間登録件数2,401件以上の登録者向けがＡ料金、2,400件以下の登録者向けがＢ料金、団体加入者向けがC料金となっています。
処分業者の場合、処分報告機能に2次登録機能も加えて利用するときはマニフェストの年間登録件数に応じてA料金、B料金を選択します。利用区分の目安となる年間登録件数はＡ料金が1,381件以上、Ｂ料金が1,380件以下です。