はい、この文では同じ意味です！ただし「whenever」は一回限りの出来事にも使われますので、全てにおいて置き換えが可能というわけではありません。文脈にもよるということですね。
例：Whenever you want to leave, let me know. （帰りたいときはいつでも言ってください。）=> 一回限りの出来事
例：Whenever you wanted to leave, you'd always let me know.
= Every time you wanted to leave, you'd always let me know. （帰りたい時はいつでも私に知らせてくださいね。）
例：Whenever you come home, we'll get ice cream. （あなたが来るときはいつでも、アイスクリームを食べよう。）