呼び出し木上のチェックポイントと時間ステップ上のチェックポイントを統合的に扱うためには、両者の特性を理解し、相互作用を考慮する必要があります。呼び出し木上のチェックポイントは、関数呼び出しの各ノードでのメモリ使用量と再計算のトレードオフを最適化することを目的としています。一方、時間ステップ上のチェックポイント（例えば、バイノミアルチェックポイント）は、時間的な進行に伴う状態の保存を効率的に行うための手法です。
これらを統合するためには、まず、全体のメモリ予算を設定し、その中でどの程度のメモリを呼び出し木のチェックポイントに割り当て、どの程度を時間ステップのチェックポイントに割り当てるかを決定します。プロファイリングツールを用いて、各チェックポイントのコストと利益を評価し、どのチェックポイントを有効にするかを選択する際に、両者の影響を考慮することが重要です。具体的には、時間ステップのチェックポイントが使用するメモリ量と、呼び出し木のチェックポイントを無効にした場合の性能向上を比較し、最適なバランスを見つけることが求められます。