「mess with someone」とは暴力や怒りを伴って誰かを苦しめる、あるいは冗談を言って相手をからかうという意味です。
例：If you mess with Joey, I'll find you and report you. （ジョーイに危害を加えたら、あなたを見つけて通報します。）
例：I'm just messing with you. Don't take the joke so seriously. （からかっているだけだよ。冗談を真に受けるなよ。）