JAASは、科学に関わるあらゆる人々がさまざまな垣根を越えて対話・協働する、誰にでも開かれた特定非営利活動法人（NPO法人）です。
一方、日本学術会議は日本の科学者を代表する国の機関で、日本学術振興会（JSPS）は文部科学省所管の独立行政法人、科学技術振興機構（JST）は国立研究開発法人です。日本の科学を元気にすること（科学の振興）を目指す点では共通しており、これらの組織の関係者がJAAS内にもおります。
科学者だけでなく、学生、教育関係者、研究支援者、開発者、技術者、技能者、弁理士、事業家、科学コミュニケーター、ジャーナリスト、科学技術行政に携わる人など、科学に関わるあらゆる人々で構成されるのがJAASの特徴です。