e-Taxには、いくつかの種類があります。
確定申告で利用するのは、「確定申告書等作成コーナー」と呼ばれるものですが、インボイス登録申請では、それとは別のe-Tax（WEB版）を利用します。
具体的な手順は、こちらをご覧ください。