「Funnel into」とは、じょうごを通るように中心部分を通過する、または移動する動作を表す句動詞です。ここでの「allowing some of the particles to funnel into the Earth's atmosphere」とは、じょうごを通るように粒子が大気圏を通過ことを表しているのですね。
例：The corrupt employee funnelled into public funds over the course of 20 years. （汚職職員は20年間にわたって公的資金を使い込んだ。）
例：The pipe funnels 20 feet deep into the ground. （このパイプは地面に20フィートの深さで通っている。）