太田母斑の色の原因は、一般的なシミと同じメラニン色素です。シミと違って紫外線などの外的刺激が原因で現れるのではなく、生後１年ごろから思春期にかけて皮膚の下の層である「真皮」にメラニン色素を作る細胞が過剰に増殖します。その結果メラニン色素が皮膚に沈着してアザとなるのが太田母斑です。メラニン色素を作る細胞が過剰に増殖する原因は解明されていませんが、最初は小さな点だけだったのが少しずつ広がり、最終的に太田母斑となります。