AppleWatchの仕様上、低電流にて充電が行われます。
その際、タイミング(ランダム)によりAppleWatch側が求める電力が限りなくゼロに近くなり、本体スイッチランプ、残量ランプ含め消灯します。
AppleWatch側が再度電力を求めたタイミングにて充電が再開されますため、
本動作は仕様想定内での動作となります。