まず、代表権とは法人を代表して、対外的に物事を行う権利です。代表権をもつには、登記をすることが必要になります。
代表権の制限は、特定非営利活動促進法第１６条に規定されています。内容を要約すると、「NPO法人の業務については、理事全員が代表すること。ただし、定款をもって、その代表権を制限することができる。」となっています。
つまり、本来ならば理事全員が代表権をもっていますが、任意の理事だけ（理事長、副理事長など）に代表権をもたせる形態をとってもよい、ということです。