免許の違反点数は「過去3年間」が合計されますが、無事故・無違反のドライバーには「優遇措置」が設けられています。この優遇措置こそ、交通違反の点数が「消える」仕組みです。
もし1年間、無事故・無違反・無処分なら、質問の「交通違反の3点」は累積加算されなくなり、事実上消えます。
また2年間、無事故・無違反・無処分のドライバーはさらに特例があり、違反点数が3点以下の軽微な違反であれば、違反をした日から3カ月以上無事故・無違反で過ごすと、違反点数は累積されません。つまり過去2年間に無事故・無違反・無処分のドライバーなら、3カ月以上無事故・無違反を続けることで「交通違反の3点」が消えます。