内科的な治療だけでは十分な効果が得られない場合や、重大な合併症（狭窄、膿瘍、瘻孔など）が起こっている場合などに手術（外科的治療）が適応となります。
術後に一時的に症状は改善しますが、手術を行ってもクローン病を根治させることはできず、手術を受けられた後も再発・再燃して、さらに再手術が必要になる時もあります。そのため術後の再発をチェックするための検査と術後の治療が再手術を防ぐためにとても大切です。