腸内細菌プロファイルに基づいた患者層別化を行う際の課題にはいくつかの点が挙げられます。まず、患者個々の腸内細菌叢の特性を正確に把握するための標準化された方法やツールの確立が必要です。さらに、患者の腸内細菌プロファイルと治療効果との関連性を明確にするためには、大規模かつ長期的な研究が必要とされます。また、腸内細菌プロファイルに基づいた治療法の個別化には、患者の遺伝子や生活習慣などの他の要因も考慮する必要があります。