猫の肥満細胞腫の原因は、現時点でまだはっきりとはわかっていません。
欧米では遺伝的にシャム猫のように特定の品種では若い時から皮膚型肥満細胞腫の発生が認められることがあるため、品種や遺伝による要因もあるのではないかと考えられています。
他には、身体のあちこちに多発する肥満細胞腫・多発性皮膚型肥満細胞腫では猫エイズ（猫免疫不全ウイルスFIV）と関係があるのではないかと言われています。