「except」とは、not including（含まない）、excluding（除く）、unless（でない限り）の意味があります。よって「Except that」（〜である事を除いては）は、ある事が真実ではない可能性や理由を述べる時に使用されます。ここではexceptとApolloの間にthatが省略されています。
例：He seems like a really nice man, except that he isn't very nice when he is upset. （動揺しているときはあまりいい人ではないという事を除いて、彼はとてもいい人のようです。）
例：I really want to go this weekend, except that I have to work that day. （本当に今週末行きたいんだ。その日は仕事をしなければならないという事を除けばね。）