黒の組織はさまざまな犯罪行為を行う影の組織です。彼らは名探偵コナンの主な敵であり、メンバーはジンやウォッカなどのコードネームを使用しています。コナンの主な目的は、この組織を倒し、変身を元に戻す方法を見つけることです。