法人税は、法人の所得＝利益＝もうけに対して課税される税金です。しかし、宗教活動は、一般の企業活動と違い、営利を目的に行われるものではありません。そのため、所得税の対象にはならないのです。例えば、お賽銭は寄付の一種とされ、所得にはなりません。
一方で、宗教法人が所有する土地を駐車場にして、料金を取った場合はどうでしょうか？　こちらは宗教活動とは無関係の「駐車場業」とみなされ、しっかり所得税が課税されるのです。
課税・非課税の判断は、収益事業か・そうではない宗教活動なのかがポイントになります。