大きな違いは、ココナッツオイルとMCTオイルに含まれる中鎖脂肪酸の割合。商品によっても異なりますが、ココナッツオイルが約60％程度（残りの40％ほどは長鎖脂肪酸）で、MCTオイルは100％です。
また、ココナッツオイルは揚げ物などの加熱調理ができますが、MCTオイルは加熱せずそのまま摂り入れるものです。