上記の考え方で概ね問題ないかと思います。
『地上権価格』の目安に関しては借地権割合を基にすることになりますが、住宅地で所有権相場の6～7割、商業地で8～9割程度が一般的であると思います。また、ご相談者様のおっしゃるとおり、借地権よりも強い権利のため、価格算出には考慮する必要があります。
但し、考慮の仕方については、『商業地なのか住宅地なのか？』『地代が近隣相場と比較して、高いのか安いのか？』『契約内容から考慮する内容（更新料など）があるのか否か？』などにより異なってきます。
※路線価の借地権割合は相続税を算出する際の数値であり、あくまでも『目安』としてお考えください。