複雑なアーキテクチャ空間予測にサロゲートモデルを使用する際の潜在的な制限事項はいくつかあります。まず第一に、サロゲートモデルは元々訓練されたアーキテクチャセットから派生した情報しか利用できないため、新規および未知のアーキテクチャパターンに対応しづらい点が挙げられます。この制約からくる予測精度低下や汎用性不足は実世界問題解決能力に影響します。さらにサロゲートモデルでは複雑な相互作用や非直交関係も捉えることが難しく，多目的最適化問題では全体像把握及び妥当性確保面でも課題です。