SRYが同定した性別特異的なマーカーは、男性個体の配列から選択される特定のk-mer（k-サブシーケンス）で構成されています。SRYは、まず、男性個体のシーケンスから得られたk-merセットを使用して、最初のピーク（ハイブリッドピーク）に位置する半分の深さのk-merを選択します。次に、女性集団に含まれるX連鎖k-merを除去し、男性集団の少なくとも1人に出現するk-merを選択します。これにより、男性特異的なk-mer（MSK）が残ります。さらに、SRYは、X染色体由来のk-merやヘテロ接合性から起こるオートソームのk-merを識別し、男性特異的なk-merを選択します。これらの手法によって、SRYは性別限定染色体の長いリードを効果的にソートし、性別特異的なマーカーを同定します。