いいえ、住宅ローン控除との重複適用はできません。どちらか一方を選択する必要があります。一般的に、売却利益が大きい場合は3000万円特別控除を、小さい場合は住宅ローン控除を選択するのが有利ですが、個々の状況によって最適な選択は異なります。専門家に相談して、自分のケースではどちらが有利かを確認することをおすすめします。