フォームや公式文書に記入する場合、「[fill it out in [pen, pencil, marker, etc.]」という表現がよく使用されます。 「with a pen」または「using a pen」と同じ意味ですが、inの方がフォーマルです。 フォームに記入するときに使用する筆記用具の種類を指定する必要がある場合は、「in [筆記用具の種類]」という表現を使用するのが一般的です。
例：Please fill out the form in pen. We don't allow pencil as answers can be erased and changed.（ペンでフォームに記入してください。回答が消えたり変更される可能性があるため、鉛筆は使用不可です。）
例：Fill in the blanks on this form in pencil.（このフォームの空白を鉛筆で埋めてください。）