自家醸造症候群の発症メカニズムは、発酵可能な微生物（特にサッカロミセス・セレビシエおよびカンジダ属、さらにはクレブシエラ・ニューモニエなどの細菌）の過剰増殖によって内因性アルコールが生成されることに起因します。健康な人口でも、アルコール中毒を引き起こす程度の内因性発酵が低レベルで起こります。自家醸造症候群の発症は、炭水化物豊富な食事と、アルコール代謝の効率が低いなどの遺伝的傾向、糖尿病、肝疾患、消化管運動障害、慢性炎症性腸疾患との関連があります。