Googleのガイドラインでは、あまり頻繁に変更するべきではない、とされています。 ファビコンはサイトを表すロゴのような働きでもあるので、サイト名やロゴを変更する頻度に合わせる程度で、通常一度設定したらそうそう変更するべきではありません（変更してもほとんどメリットが得られないはずです）。