古くより日本は「瑞穂の国」として稲作を営み、実りの秋になると感謝の心を込めて、田から刈り取ったままの稲穂を神さまにお供えして豊作を感謝してきました。これに始まる呼称が「初穂料」です。
又、神前にお供えする玉串（榊の枝に紙垂をつけたもの）にちなんだ呼称が「玉串料」であり、昇殿して祈願を受ける際に玉串奉奠を行う料金を指す、いわば祝詞料を指すと考えられます。
したがって、どちらを使ってもその人の自由ではありますが、社頭でお神札やお守りを受けるだけの時には「初穂料」、慰霊祭などの霊祭や神葬祭の弔事の際には「玉串料」と使い分けるとよいでしょう。