医療費控除 は、確定申告の際に税務署へ申告書を提出します。医療費控除には、保険適用外の医療費等も含まれますが、高額療養費として支給を受けた金額は除かれます 。また、高額療養費以外にも給付を受けていれば、医療費から除かれる場合があります。
高額療養費 は、加入先の医療保険者（健康保険証を発行している機関）へ申請書を提出します。高額療養費の対象となるのは、保険適用となる医療費のみです。保険適用されない部分の医療費や食事療養費の自己負担額、差額ベッド代等の自費部分は対象とはなりません。