営業部門或いは本社のみで登録証を発行することはできません。JFS-C規格は、適正製造規範（GMP）を適用できる組織への基準なので、GMPの基準に対する業務を実際に行っていない事業所のみで登録はできませんし、審査対象とはなりません。但し、検査対象となる工場の審査で、機能（例えば、品質管理、調達など）を本社機能として他の事業所で行われている場合、工場を認証取得するために本社の当該機能を審査する必要があります。