稚エビは小さく、水槽内いたるところにいるため、クリーナーポンプで100％稚エビを吸い込まないことは至難の業です。
吸い込んでしまったら排出先のバケツから網で掬いましょう。
稚エビはろ過フィルターにも吸い込まれがちです。スポンジストレーナーを付けるなどの工夫で吸い込みを防止できます。