敗血症の治療は「原因菌に対する根本治療」と「血圧低下とそれに伴う臓器障害を防ぐ治療」を並行して行います。
1. 原因菌に対する根本治療
根本治療として、速やかに病原菌を特定して適した抗菌薬の投与を行います。また、感染により臓器に障害がある場合は、外科的に切除を行います。
2. 血圧低下とそれに伴う臓器障害を防ぐ治療
血圧低下や臓器障害を防ぐ治療として、血圧と血液中の酸素濃度を維持するため、酸素投与や大量の輸液による初期治療を行います。
血圧を上昇させる薬（カテコーラミン）を投与する場合もあります。
必要に応じて人工呼吸器や血液浄化治療などによって全身管理を行います。
また、敗血症の治療としては血小板輸血や新鮮血漿の投与、ガンマグロブリンなどの抗炎症作用がある製剤の投与も行われる場合があります。
その他、必要に応じて人工呼吸器や人口透析などによって全身管理を行います。
このように、敗血症は生命を脅かす組織障害や臓器障害を来す疾患ですので、集中治療室での全身管理と治療が必要です。