はい、JavaScript（JS）で行ったrel=”canonical”もGoogleは処理を行ってくれます。
かなり昔はJavaScriptでcanonicalタグの処理は行えませんでしたが現在は処理が行えます。（Googleの回答である）「ジョン・ミュラー氏のツイート」「マーティンス・プリット氏のツイート」を確認しておきましょう。