源泉徴収ありの特定口座で取引した場合の利益と損失は、証券会社が損益通算し、トータルの利益に対する税金の計算・源泉徴収・納税まで行います。この一連の手続きは各特定口座内で完結しているため、複数の口座間で自動的に損益通算されることはありません。
例えば、A社の特定口座で損失が出て、B社の特定口座で利益が出ている場合、B社の利益とA社の損失を損益通算するためには、自身で確定申告を行う必要があります。