マルプーがかかりやすい病気には以下のようなものがあります。
◯膝蓋骨脱臼（パテラ）
膝のお皿が外れて脱臼してしまう病気。先天性の場合もありますが、スリップや転倒が原因の後天的なパテラは、飼い主の工夫次第で防ぐことができます。骨格が華奢なマルプーに過度のジャンプや高いところからの落下は厳禁です。
◯皮膚疾患
マルチーズはアレルギーによる皮膚の炎症やアトピー性皮膚炎が多く、トイプードルは皮脂による皮膚トラブルが多い犬です。マルプーはこれらの性質を受け継ぐ可能性が高く、注意が必要。被毛のお手入れをしないと通気性が悪くなり、皮膚疾患の原因になります。
◯外耳炎
マルプーは垂れ耳のため、耳の中の蒸れに注意が必要。外耳炎は耳の穴から鼓膜までに炎症が起きた状態です。耳や首のあたりをやたらと掻く、耳から変なにおいがする、頭をやたらと振るなどの動作が見られたら、外耳炎のサインです。
◯流涙症
被毛が伸び続けるマルプーは目のトラブルに注意が必要です。流涙症は毛の刺激などで涙が過剰に流れ出ている状態。小柄なマルプーの鼻涙管は細く、ちょっとしたことで詰まります。涙が流れ続けると目の周囲が茶色く染まるため、定期的に顔の毛をカットする必要があります。