突如出現した“巨人”の群れを逃れ、人類が“壁”の中で暮らす時代。母親を巨人に殺された少年エレンは戦いを決意し、幼なじみのミカサとともに兵団への入隊を志願する。厳しい訓練を経て認められたものの、彼らの前にはさらなる試練が待ち受けていた……。