腸管穿孔が疑われる場合、以下のような検査が行われます。
レントゲン検査
CT検査
腸管穿孔が疑われる場合、レントゲン検査やCT検査といった画像検査を行うのが一般的です。レントゲン検査では胸部や腹部の撮影をします。これはフリーエアーを確認するためです。通常腹腔内には空気は存在しません。
しかし腸管穿孔が起こると、腸に空いた穴から腹腔内に空気が漏れ出すため、通常は存在しない箇所に空気が現れます。この空気がフリーエアーと呼ばれるもので、消化管穿孔全体では50〜75％の症例にみられ、大腸穿孔では約50％・小腸穿孔では約35％の症例にみられます。フリーエアーの有無が腸管穿孔を含む消化管穿孔の鑑別ポイントの一つとなるため、最初にレントゲン撮影が行われるのが一般的です。
基本的には立位にて撮影しますが、立つのが難しい場合には左を下にした左側臥位という姿勢で撮影を行います。レントゲン検査では鑑別がつかない場合にはCT検査（コンピューター断層撮影検査）にて腹部の撮影を行います。CT検査では体を輪切りにした映像を撮影できるので、腹部の各臓器をより詳しく調べることが可能です。
レントゲン検査では描出不可能だったフリーエアーを発見することも可能なので、フリーエアーの描出率が低い小腸や大腸の穿孔もより発見しやすくなります。穿孔部から内容物が漏れ出ている場合にはその場所の特定も可能なので、手術前にCT検査を行うことで穿孔箇所の特定にも役立ちます。