石灰化上皮腫は自分で取り除くことはできません。医療機関で摘出することが必要です。多くの場合、局所麻酔により摘出することができます。しかし、幼児の場合や腫瘍が大きい場合には、全身麻酔の適用となります。傷跡に関しては、目立たないように縫合することは可能です。
しかし、傷跡がケロイドになりやすい人は傷口が赤く盛り上がってしまうこともあります。その場合は、内服薬やステロイドの塗り薬などを用いて、ケロイドの治療をおこないます。