はい、動詞「covered」は前置詞「in」と「with」の両方で句動詞を作ることができます。ですので、通常は「covered in」でも「covered with」でも構いません。少しニュアンスが異なることもありますが、全体の意味には影響ありません。
「covered in」「covered with」の例文を見てみましょう。
例: The dog is covered in mud.（犬は泥まみれになっている。）
例: The sky is covered with clouds.（空は雲で覆われている。）