不動産を売却し、住宅ローンを借り入れて新たに住宅を購入する場合、住宅ローン控除は適用されるケースと適用されないケースがあります。
例えば、不動産売却の際に、「居住用財産の3,000万円の特別控除の特例」や「居住用財産の軽減税率の特例」等を利用した場合、これらの制度は住宅ローン控除との併用は不可のため、住宅ローン控除は利用できません。（※ちなみに、以前は要件を満たしていれば、「居住用財産の3,000万円の特別控除の特例」と住宅ローン控除は併用できましたが、税制改正により、令和2年4月1日以降、併用不可となっています。）こうした場合、不動産売却の際に利用できる特例と、住宅ローン控除とで節税効果を比較し、より節税効果の高い方を利用すると良いでしょう。
一方、不動産売却の際に特例を適用していない場合は、不動産を売却しても住宅ローン控除を利用することが可能です。