理論的にいうと、Cドライブを拡張（より大きい容量のドライブへの換装、ファイルとフォルダーの圧縮、システムの復元とハイバネーションの無効化など）はデータを削除していないため、システムドライブに影響がないはずです。しかし、予想外の問題を引き起こさないように、WinPEの環境でシステムドライブの拡張を行うことをお勧めします。