外部から誤ったリクエストがあった場合、404エラーページを表示させるのは正常な対応なので、検索順位には影響しません。
むしろ存在しないURLにアクセスがあった場合、404を返さない方が問題です。
ただし、内部リンクや外部への発リンクで発生した404エラーは自社の管理不足であり、ユーザーのユーザビリティや信頼感を下げるので修正すべきでしょう。