順位計測ツールのGRCやRankTrackerは「現在の順位」を計測するツールです。それに対し、サーチコンソールは指定期間の「平均の順位」を計測するツールです。平均順位なので極端な値が含まれると大きく数字がブレるため、合致しないということになります。