通達により、労働時間の計算は原則として「１分単位」で行うこととされており、15分単位の労働時間の切り捨ては賃金全額払いの原則（労基法24条）に違反します。就業規則や雇用契約書で15分未満切り捨てと定めていても、労働基準法が優先されるので無効です。
例外的に「１か月における時間外労働、休日労働、深夜労働の時間」について「30分未満の端数を切り捨て、30分以上１時間未満の時間を１時間に切り上げる」ことが通達で認められているだけですので、毎日の残業について15分未満を切り捨てることは違法となります。会社に是正を求めても改善されない場合は、弁護士に相談してください。