自家醸造症候群の長期的な予後と再発予防策に関する研究では、低炭水化物食事や抗真菌薬の投与、腸内細菌叢の調整、プロバイオティクスの補充、広範囲の抗生物質の回避などが重要な治療アプローチとして検討されています。また、糞便移植による治療の成功例も報告されています。再発予防策としては、微生物診断を行い、適切な治療を早期に開始することが重要であり、患者の症状や生活環境に合わせた個別のアプローチが求められています。