サル痘は大半の場合は、自然に軽快し致死率が低いとされる病気です。一方で、子ども・妊婦は重症化しやすく死亡例も確認されています。
サル痘は、コンゴ盆地型と西アフリカ型の2つに分類されています。コンゴ盆地型は強毒である一方、西アフリカ型は毒性が弱いです。
致死率はこの2つの分類によっても異なり、コンゴ盆地型の致死率は約10％といわれていますが、西アフリカ型の死亡例は1％程度と報告されています。