クラミジアは、性交渉によって感染すると言われていますが、潜伏期間は1～3週と比較的長めです。
女性では、まず子宮頚部（入口）に感染し、子宮頚管炎を起こします。感染成立時には自覚症状に乏しく、気が付いたとしても、おりものや不正出血、腹痛くらいです。慢性持続性感染の形をとり、子宮頚部の分泌物から抗原が検出されることで、初めて感染が分かることも多いです。
男性の場合は、排尿が自然治癒につながります。そのため、感染していたとしても、検査時期によっては結果が陰性になることがあります。