男女の区別の診断もかなり精度が高くなってはいますが、やはり100％とは言い切れないので、ご質問のようなケースもまれにあるでしょう。
おそらく女の子でも大陰唇が大きかったり、陰核がちょっと大きかったりすると、エコー上で男の子のように見えたのかもしれません。