残業許可制を導入するにあたっては、残業申請の申請期限を設定することは問題ありませんし、むしろ設定すべきでしょう。 あくまでも、原則として残業を認めないこと、残業する場合には、「事前に」その理由や残業時間を申請させて、その残業の要否を会社が判断すべきだからです。 ただし、「残業申請制」を導入すると必ず出てくる問題が、後日の残業申請はどうなるのかという問題です。会社は、原則、後日の残業申請を認めないとルール化することが多いと思いますが、突発的な業務対応のために残業する必要があった、ということがよく起こります。こうした場合には、原則として、会社側は残業を認め残業代を支払う必要が出てきてしまいます。 しかし、こういった後日の残業申請を許容していると、残業許可制が有名無実化してしまうため、再度ルール作りをしっかり行う必要があるでしょう。