違いは以下です。
・飲む育毛剤⇨ 医薬品（薄毛の治療・予防）
・サプリ⇨ 食品（栄養のサポート）
飲む育毛剤は'治療'を目的としており、サプリは髪に栄養を与えるための'サポート'が目的です。
どちらが良いと比較するのではなく、治療しながら髪に栄養補給してあげられると、薄毛治療がスムーズに進みやすいものと覚えておきましょう。