親権者について話がつかない場合、離婚訴訟において、父母のどちらを親権者に指定することが子どもの福祉にとってよいかという観点から決められます。双方の養育環境によりますが、3歳の女の子の場合、母親が親権者となり監護養育する方が子どもにとってよいと認められることが多いのが現実です。
また、妻が子どもを連れて別居してしまうと、親権者を父親とすることは非常に困難です。反対に、夫婦が別居し一定の期間父親が子どもを養育している場合には、父親が親権者と指定される可能性は高くなりますし、それまでの育児への関わり方、離婚後の養育環境によっては、父親が親権者に指定されることはないとまでは言えません。