循環水に水道水を使用していれば発生しません。
防錆循環液を使用している場合はシステム内の空気抜きを完全に実施すれば発生しません。
参考までに、防錆循環液を使用し空気抜きが不完全の場合、液の循環が停止した状態を長時間続けたときに、床暖房で藻が発生した事例は聞いています。