どちらも使用されますが、「A comes with B」よりも「with A comes B」の方がフォーマルな会話でよく使用されます。「With A comes B」は、文の構造と平行してバランスを取るのに役立ち、より洗練された複雑な文法パターンです。
例：With power comes great responsibility.（権力には大きな責任が伴う。）
例：Power comes with great responsibility.（権力には大きな責任が伴う。）