妻が別居を選択するには、よほどの事情があります。まずはその理由を推測し、自分に非はなかったかどうかを冷静に考える必要があります。
妻の悩みや不安を理解できたら、それらを取り除こうとする姿勢を見せることが重要です。連絡が取れている場合は、自分が反省していること、努力していることを伝えるのも良い方法でしょう。