労働基準法では、未払い分の賃金について、時効により3年（※1）で消滅すると規定しています。ここでいう「賃金」とは、労働の対償として支払われるものすべてをいいますので、残業代も含まれることになります。そのため、残業代も請求できるようになってから3年経過すれば、時効で消滅することになります。ただ、例外的に3年以上前の分について請求できる場合があります。たとえば、時効が更新（※2）された場合には、更新の時からさらに3年経たなければ時効にはかからないので、それ以上前の分でも請求できることになります。時効が更新したとされるのは、時効の期間が経過するよりも前に、労働者が裁判などで未払い残業代を請求した場合や、使用者が支払義務のあることを認めた場合などです。また、時効の期間を経過していても、使用者が時効を利用できない場合もあります。これは、時効の期間が過ぎたあとに使用者が支払義務を認めたような場合で、一度、支払義務を認めてしまうと、その後に「やはり時効だから支払わない」とは言えなくなるのです。
※1 2020年4月1日以降に支払日の到来した賃金請求権（残業代請求権）の消滅時効の時効期間は、3年です。ただし、2020年3月31日までに支払日の到来した賃金請求権（残業代請求権）については、消滅時効の時効期間は2年となりますが、すでに裁判上の請求を行っている場合には、時効の完成が猶予されますし（民法第147条1項）、すでに相手方が残業代請求権があることを承認していた場合には、時効が更新され、新たに消滅時効が進行することになります（民法第152条1項）。
※2 民法改正により、「中断」は「更新」という文言で規定されることになりました。