EEEの感染予防対策の費用対効果は、主に健康被害の軽減、医療費の削減、そして社会的コストの低減を基に評価されます。具体的には、蚊の駆除やワクチン接種、個人の防護策（虫除けスプレーの使用や長袖の着用など）にかかるコストと、EEEによる重篤な健康被害や死亡、長期的な神経障害に伴う医療費や労働力の喪失を比較します。予防策が効果的であれば、感染者数の減少により医療システムへの負担が軽減され、結果的に社会全体のコストが削減されることが期待されます。したがって、予防対策の実施は、長期的には経済的にも有益であると考えられます。