ペニシリン系、セフェム系の抗生物質であれば、まず問題ないと考えます。逆に抗生剤を使用していなければ流産していたかもしれません。
妊娠中でも薬を使わなくてはいけないときもありますが、医師が選んだものを使用する限り、まず問題ないでしょう。