ほとんどの場合、どちらも同じような使い方ができます。ただし、「overall」には「すべてをひっくるめた」というニュアンスがあります。一方で「in general」は、「たいていの場合でそうだ」という意味になります。
例: In general, office workers spend a lot of time sitting in chairs.（たいていの場合、会社員は長時間椅子に座って過ごす。）
例: Overall, the project was successful.（全体として、プロジェクトは成功だった。）