いい質問ですね。「lie in」は句動詞で、何かの中に存在する、あるいは見出されるという意味です。この場合、「difference」を「vowel sounds」に見出すことができるという意味になります。
例: His skill lies in his ability to work under pressure.（彼の技量は、プレッシャーの中で仕事をする能力にある。）
例: The play's interest lies in the questions it raises power and politics.（その劇の面白さは、権力と政治への問いを提起するところにあります。）