企業へのメール返信には、使うべきではありません。そもそも、了解しましたは正しい敬語ではないため、目上の方に使うと失礼にあたります。就活では、「分かりました」「承知いたしました」など、正しい敬語を使うことが大切です。正しいビジネス敬語は「その敬語間違ってない？正しいビジネスメールのマナーとは」にて詳しく解説しているので、ぜひ参考にしてください。