タイムカード等で勤怠管理を実施していれば、使用後のシフト表を保管する義務はありません。
しかし、就業規則などで休暇の規定が月10日といった具合に、具体的にどこが休暇なのかわからない場合にはシフト表も保管しなければなりません。
その場合の保管期間は労働基準法では5年となります。