早発卵巣不全の検査項目は血中下垂体ゴナドトロピン測定・血中エストラジオール測定・超音波による胞状卵胞数の測定などが一般的です。また、補助的な検査項目として問診による無月経機関の把握などもあります。
そのほか、実施している施設は多くないものの「抗ミュラー菅ホルモン測定」という排卵能力を測る検査項目もあります。ただし同検査は保険適用ができないため、相当の費用負担があるのが難点です。