DataKuratorから一括取り込みすることで、まとめて予測することが可能です。
DataKurator画面の左上メニューから、Load Chemicals >Load MOL Files をクリックし、MOLファイルを複数選択 (ShiftまたはCtrlを押しながら対象ファイルをクリック) して取り込んでください。
その後、通常通りエラーのチェックを行い、「Test Chemicals from DataKurator」を選択して予測を実行してください。