「パーティション」と「パーテーション」の違いはなく、どちらも英単語の「partition」をカタカナ読みしたものです。
英単語の綴りのとおり読む場合、近いのは「パーティション（partition）」となりますが、一般的にオフィスの間仕切りについては「パーテーション」と発音されることが多く、特に「パーティション」という用語については、IT関係の専門用語として使用されることが多いため、当サイトではオフィスの間仕切りとして「パーテーション」という表現を中心に使用させていただいております。