その通りです！これは気温のことではありません。「We're cool」とは「we're okay. There is no misunderstanding between us. （私たちは大丈夫。お互いの意見に相違はないよ。）」という意味です。
例：They were past lovers, but they've moved on, and everything is cool between them. （彼らは過去に付き合っていたが、お互いに気持ちの整理がついていて、二人の間にわだかまりは無い。）
例：We are not cool these days. I found out that she was lying to me for the past 3 weeks. （最近私たちはあまり意思疎通ができていない。彼女がこの3週間、私に嘘をついていたことが分かったからだ。）