フレックスタイム制の清算期間が１ヵ月を超える場合には、労働者と使用者の間で協定を締結しなければならず、会社が自由に定めることができるわけではありません。そして、清算期間が１ヵ月を超える場合には、労使協定の労働基準監督署への届出が義務付けられています。 したがって、清算期間を会社が自由に決めることはできないことになります。