MixEHR-SurGと深層ニューラルネットワーク（DNN）と比較した場合、MixEHR-SurGにはいくつか制限があります。まず第一に、「表現力」面ではDNNが優れています。DNNは非常に柔軟で非線形関係や複雑な相互作用効果をキャプチャする能力があります。一方でMixEHR-SurGは比較的シンプルなアプローチであり、「黒箱」と呼ばれるほど内部メカニズムや決定要因が透明ではありません。また、「スケーラビリティ」面でもDNNは大規模かつ多次元データセットに適しており、学習能力も高いです。しかしMixEHR-SurGはその点で限界があります。