厚生労働省の課題としては下記の2つが挙げられます。 （１）研究課題
保険や医療、労働分野に対して科学的根拠から正しい政策を導くために日々研究活動をおこなっています。現在進行している研究は、糖尿病予防、自殺対策、がん、エイズ予防、感覚器疾患、腎臓重病化予防の6つです。 （２）厚生労働省の統計不正問題
厚生労働省が実施している「毎月勤労統計」が、不適切な方法による誤ったデータだったことが２０１９年に発覚し、日本の先進国としての信頼を揺るがすだけでなく、国民から強い不信を招かねないとして政府は追及を進めています。