9ヶ月のお子さんですと、離乳食は1日3回でしょうか？　まず、食事の量が少ないと、食物残渣量が少なくなるため、便が十分な量にならないことがあります。また、運動不足を心配されていますが、乳児は大人と違いますので、便秘の大きな原因にはならないでしょう。
意識して繊維質の多い食材を用意されているようですし、水分不足にならないような配慮もされていますね。この努力は、これからも継続して行ってください。また、腸の動きを刺激するために、お腹のマッサージも行ってください。
便秘が続くと便が溜まり、排便を促す腸の刺激の感度が鈍るため、ますます便秘が進んでしまいます。こうして、硬くなった便が排便時に肛門を傷つけることで、痛みが生じます。痛いと排便しようとしなくなるため、ますます便秘になり、悪循環になってしまいます。
したがって、便秘が続くようなら、小児科で便を軟らかくして排泄しやすくする緩下剤を、処方してもらうとよろしいかと思います。これを普段から服用して、軽く力むと楽に便が出る状態をつくることが大切です。