JavaとPHPどちらが良いかは、一概にいえません。どちらも将来性が高く、また用途が異なるからです。
Webアプリケーション開発、特にサーバーサイドの開発をメインに行いたいのであれば、PHPがおすすめです。80%近くのシェアを誇り、学習のしやすさ、開発のしやすさの面からでも優れています。
Javaはサーバーサイドの開発だけでなく、スマートフォンアプリの開発などその他の用途でも扱える汎用性の高いプログラミング言語です。そのため、Webアプリケーション開発以外の開発業務を行いたいのであれば、Javaがおすすめです。