ペイディの利用にかかる手数料は、支払い方法によって異なります。コンビニ払いでは一律356円（税込）、銀行振込では金融機関の振込手数料がかかります。一方、口座振替の場合は手数料が無料です。利用者は、手数料を考慮して支払い方法を選択することができます。