ETIASの申請書類はすべて、次のデータベースと照合されます：ETIAS中央システム、シェンゲン情報システム（SIS）、出入国システム（EES）、ビザ情報システム（VIS）、ヨーロッパ指紋データベース、ユーロポールのデータ、インターポールのパスポート盗難・紛失管理データベース（SLTD）、TDAWNデータベース、およびETIASウォッチリスト。 申請書の中にこれらのデータベースに一致する箇所があった場合、ETIAS中央ユニットは手作業で申請書を処理し、申請者の身元に関する不明点を12時間以内に調査します。データベースとの一致内容がETIAS中央ユニットにより誤認であると判断された場合は自動処理が続行されますが、一致内容が正確なものであると確認された場合は申請書ファイルは適切なEU加盟国に転送されて処理が行われます。手作業で申請書の処理が行われた後は、適切なEU加盟国ETIAS国家ユニットが渡航認証を発行するか却下するかの判断を下します。