結論から書くと、「非課税扱いの上限以内であれば交通費は含まれない」となります。交通費には非課税になる上限が定められていて、例えば電車やバスなど公共の交通機関であれば月額15万円以内です。上限を超える交通費は給与と同様に課税対象の所得となるので注意してください。
詳細：旅費交通費