従来は、請求書に消費税が記載されていなくても、帳簿にそのやむを得ない理由および相手方の住所または所在地を記載することで、仕入税額控除が可能でした。
もし、今まで、消費税を控除して申告していた場合には、今後は控除できなくなりますので、対応が必要になります。
【参考】国税庁：No.6496 仕入税額控除をするための帳簿及び請求書等の保存