自社の社員が助成金申請を行うことに法律上の問題はありません。ただし助成金申請はとても複雑で労力を要する業務。申請に慣れている社員がいない場合は専門家である社労士に依頼するのが得策といえるでしょう。また代行を依頼する際は必ず代行者が社労士の資格を持っていることを確認しましょう。社労士の資格を持っていない人が代行するのは法律で禁じられています。