自家醸造症候群の診断において、腸内細菌検査以外に有用な検査としては、血液中のアルコール濃度の測定、肝機能検査、CTスキャン、精神科医によるアルコール乱用の否定、および専門家による症状の詳細な評価が挙げられます。また、アルコール摂取の否定が信頼できる場合、自家醸造症候群を疑う際には、患者の食事療法や薬物治療歴、合併症なども考慮する必要があります。