ご確認いただいているとおり、金額は税込み・税抜きどちらでも問題ありません。税務調査では帳簿の確認を基本とし、帳簿に関連する書類や取引情報の確認を行っていくことが想定されることから、基本的には帳簿の処理方法（税込経理/税抜経理）に合わせることが良いかと存じます。また、ファイル名に金額を入力する際に、税込み・税抜きどちらの方が入力しやすいかで定めていただくことも有効かと存じます。