できるだけ早い時期に、Ⅰ期初回の２回目の接種を完了してください。今なら予防接種の効果が大きく薄れることはないでしょうし、害はありません。Ⅰ期初回の２回目接種終了後は、６カ月以上（標準的にはおおむね1年）あけて、１回追加接種することを忘れないでください。
通常の接種スケジュールと異なってしまった場合、そのワクチンの種類や接種間隔のあき方などにより、必要となる対応が異なります。また、定期接種の対象となるかなどの課題も生じる場合があります。このご質問と同じような悩みを持っている方は多いと思います。早い時期にまずかかりつけの小児科医に相談してみてください。