SMILES: Simplified Molecular Input Line Entry Systemの略で、化学構造を一行の文字列で表す表記方法です。
molファイル: 1化合物を1ファイル(.mol)で表現するファイル形式です。各原子の種類と座標、結合情報が含まれます。
SDF:複数化合物をまとめて1ファイルで表現するファイル形式です。molファイルを連結した形式になっており、各化合物に任意のプロパティ (溶解度や活性、レジストリNo.など) を設定できます。