遺産分割協議書には、法律上定められた様式はありません。
したがって、遺産分割協議書は、預貯金ごとや不動産ごとに複数作成してもかまいません。遺産分割協議がまとまった財産ごとに作成してもOKです。
例えば、銀行に遺産分割協議書を提出する際に、被相続人の所有していた不動産を知られたくなければ、預貯金のみの遺産分割をまとめた遺産分割協議書を提出してもかまいません。