文部科学省は、フリースクールや教育支援センターなどの学校外の施設で、相談や支援を受けている児童の努力を適切に評価し一定要件を満たす場合には、「出席扱い」にできるとしています。
そのため、フリースクールは不登校支援の1つとして文部科学省に認められていると言えます。
ただし、文部科学省は、 不登校児への支援を次のように示しています。
不登校児童生徒への支援は，「学校に登校する」という結果のみを目標にするのではなく，児童生徒が自らの進路を主体的に捉えて，社会的に自立することを目指す必要があること。また，児童生徒によっては，不登校の時期が休養や自分を見つめ直す等の積極的な意味を持つことがある一方で，学業の遅れや進路選択上の不利益や社会的自立へのリスクが存在することに留意すること。
引用元：文部科学省「不登校児童生徒への支援の在り方について（通知）」令和元年10月25日」
この通り文部科学省は、不登校のお子さんに対し通常クラスへの再登校を積極的に促しているわけではありません。
通常クラスへの復帰を目指すのであれば、再登校を目的とした支援をおこなう機関を利用しましょう。