C言語による開発は大規模な開発が多いため、常駐エンジニアの方が募集はたくさんあります。そのため、C言語で確実に案件を取得したいのであれば、常駐エンジニアを目指す方が近道です。
企業に常駐すれば、高度なシステム開発や上流工程の経験、顧客とのコネクション構築など、さまざまなメリットがあります。また、年収の面では、経験年数や技術力が高ければフリーランスの方が稼げますが、常駐した方が安定的に収入を得られます。
経験を積んだ後により収入を増やしたいという考えがある場合に、フリーランスを選択すると良いでしょう。