そうですね、ここでは「onto」を「into」に置き換えることはできると思います。どちらも誰かや何かの相対的な位置を表す前置詞です。「into」は、誰かや何かが何かに囲まれているような動きや行動を表現するときに使われます。
例: She went into the store.（彼女は店の中に入っていった）
例: Please put the cups back into the cupboard.（コップを食器棚に戻してください）
「onto」は何かの表面上の場所に移動することを意味します。
例: She went onto the boat.（彼女は船の上に行きました）
例: We went onto the bridge to get to the island.（私たちは島に行くために橋の上に行きました）
電車の中で囲まれているので、「into」でも通用するかもしれません。ただし、「onto the train」と言う方が一般的です。
すでにご存知かもしれませんが、英文法は状況に応じて使い分けることができます。この状況では「into」を「onto」に置き換えることができても、すべての状況でできるというわけではありません。例えば、ボートに乗ることに関しては、「onto」を「into」に置き換えることはできません。「we went into the boat」とはならず、「we went onto the boat」となります。車でも同じです。「we went onto the car」ではなく「we went into the car」と言います。