遅刻扱いは可能ですが、即座に賃金控除ができるわけではありません。フレックスタイム制では、労使協定などで清算期間（対象期間）中の所定労働時間を定めますが、最終的にこの所定労働時間をクリアすれば問題ないというのが原則的な考え方です。 まず、労働者に委ねられたフレキシブルタイムについては、遅刻・早退という概念はありません。対してコアタイムは、会社が定めた時間帯であるため、遅刻・早退に対する何らかの措置が発生します。 コアタイムに「遅刻した・早退した」としても、清算期間トータルで所定労働時間をリカバリする可能性が高いので、即「所定労働時間不足による賃金控除」はできないことになります。 ただし、「懲罰的な意味での賃金控除」は可能で、この場合はあらかじめ就業規則に「コアタイムに遅刻または早退した場合に減給処分とする」旨の文言を盛り込む必要があります。 また、ペナルティとしての減給処分ではなく、「コアタイムに遅刻・早退の無かった者については、精勤手当を支給する」などインセンティブを与えてモチベーションアップを図る方法も有効でしょう。