全頭脱毛症は難病指定に該当せず支給認定基準なども設定されていませんが、自己免疫疾患の中には難病指定されている病気もあります。
難病指定されている自己免疫疾患のなかには、円形脱毛症のように髪の毛が抜けたり減ったりする症状がみられる病気も報告されています。