労働契約を締結したのが先か後かという部分での判断になり、後から締結した会社が割増賃金を支払うのが義務だと考えられています。
ただし、先に労働契約を締結していた会社側も、法定労働時間を超える可能性を知りながら副業を許可することになるので、その点では先に契約を結んでいた会社も割増賃金の支払義務が生じます。