事業承継税制には、贈与税や相続税の納税猶予や免除を受けられるというメリットがありますが、反面、デメリットがまったくないわけではありません。
事業承継税制の適用を受けるデメリットは、認定が取り消された場合のリスクが存在することです。
贈与税の納税猶予が取り消された場合、相続税よりも税率が割高になってしまうケースが多い贈与税が納税義務が生じてしまい、こんなことなら事業承継税制の適用を受けずに素直に相続した方が税額が安く済んだということもありえます（相続時精算課税制度との併用がリスクヘッジとなりえます）。
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