ＮＰＯ法人に限らず、基準期間（前々事業年度）の課税売上高が１，０００万円を超えた場合にはじめて消費税の納税義務者となります。税率は消費税４％（地方消費税１％と合わせた税率は５％）です。
ただし、土地の譲渡や貸付け、社会保険医療、介護保険サービス等は消費税の性格や特別の政策的配慮などから非課税となり、輸出取引は免税となっています。