社員が特定できる状態での撮影の場合、その社員の肖像権やプライバシー権を侵害してしまうおそれがあります。 一般的に、肖像権とは自己の姿態等をみだりに撮影されたり公表されたりしない権利、プライバシー権とは私生活をみだりに公開されない権利と言われています。肖像権もプライバシー権も法律に明文規定があるわけではなく、いずれも裁判所が認めた権利です。
質問のケースの場合、社員の承諾なく動画を撮影したり、撮影した動画を公表、使用したりした場合、その社員から肖像権やプライバシー権を侵害したと法的責任を追及されるおそれがありますので、事前にその社員から承諾を得ておくべきと言えます。