届いたメールが「ご応募ありがとうございました。書類選考を進めて参ります」といった内容の場合、特に返信する必要はありません。ただ、礼儀正しく対応してマイナスになることはありませんので、もしより丁寧な印象を残したい場合は「応募確認のご連絡ありがとうございます。書類選考の結果をお待ちしております」といった内容の返信をしてもよいでしょう。