多くの農産物(植物)は、土のある圃場で栽培されます。土の中の微生物が有機物を分解し、植物はそれを吸収して育つからです。しかし一部の野菜は、土の上ではなく、工場のような施設で人工的に育てることもできます。化学的な養液と機械的な照明で栽培するのです。このような栽培方法を一般的に水耕栽培と呼びます。最近では、レタスなどの葉物野菜を水耕で大規模生産する「植物工場」が増えています。このほか土を使わない栽培方法としては、ワサビのれき耕栽培、シイタケの菌床・ほだ木栽培、スプラウト類があります。このような土を使わない栽培方法は、基本的に有機認証の対象になりません。なぜなら、土を使わない農法は、「自然循環機能を活用する」という有機農業の定義にそぐわないからです。ただし、キノコ類（原木栽培・菌床栽培）とスプラウト類は例外で、キノコ類は農林産物に由来する生産力を、スプラウト類は種子に由来する生産力を発揮することを基本として、有機認証の対象となっています。細かいことはさておき、有機農業の基本は『土づくり』。認証の審査において、土を中心とした自然循環機能をどのように活用しているかは、重要なポイントです。