次のような原因が知られています。
①微生物の分解活動
河川中の微生物は、溶存酸素を使って水中の有機物を分解します。急に暖かくなったり、河川中に有機物が多く流入するなどすると、微生物による有機物の分解によって多くの溶存酸素が消費され、河川の溶存酸素が低下してしまうことがあります。
②低酸素の海水の遡上
雨などで川の底の水が混ぜ返され、エラに泥などが詰まって呼吸ができなくなり死んでしまう場合があります。
③潮が引いて取り残される
夏場は東京湾において貧酸素水塊が発生しやすいことから、感潮河川では、東京湾から低酸素の海水が遡上してくることで溶存酸素が低下してしまうことがあります。
＊感潮河川：　 流速や水位が潮の干満の影響を受けて変動する河川
＜「魚大量斃死時における河川感潮域のＤＯ環境特性」,二瓶ほか より＞