まずは、娘さんの風に対してのおびえが、5月に起こった激しい雷雨や強風（竜巻の被害）がきっかけだと理解できて、よかったと思います。娘さんは、自分の気持ちをしっかりお母さんに伝えていますね。これは、お母さんを信頼し、自分が感じている恐怖を言葉で伝えられることの証です。3歳6ヶ月で、「何が怖いからどうしてほしい」と伝えられるとは、しっかりしたお子さんだと思います。
娘さんが「窓を閉めて！」と言ったら、閉めてあげてください。そのときに、「また？」「まったくもう！」「いつになったら、風が気にならなくなるんだろうね」などと否定的なことを言わないでください。今はまだ風への恐怖が強いかもしれませんが、娘さんの恐怖を理解し、要望に応じてあげることです。「お母さんは私の恐怖をしっかり受け止めてくれる」と心から実感できれば、安心感が生まれ、そのうちに窓を開けても大丈夫になるでしょう。