Lightning端子には抵抗が内蔵されており、バッテリー給電時にケーブルを抜いてしばらく時間を置くとバッテリー側が自動休眠状態に入るという仕組みとなっております。
この仕組みは、バッテリー給電時にデバイス端末へ電力を際限なく流さないようにする保護回路になっております。
充電再開には当該本体とケーブルの抜き差しが必要となり、本挙動は想定内なります。
詳細をコチラの動画にてご紹介していますので、ご参照ください。