「hole」は表面にあるくぼみのことで、「pit」よりも広い定義の言葉です。「pit」は地面に空いた「hole」を指し、一般的にはかなり大きな穴になります。ですので、地面に大きな穴が空いているような場合は、「pit」とも「hole」とも言うことができます。
例: There's a hole in my clothes.（服に穴が空いている。）
例: I found a pit full of scrap metal in the field next to our house!（家の隣に鉄屑がいっぱい詰まった穴があったよ！）
例: Dig a hole in the ground for the flowers to go in.（花を植える穴を掘って。）
例: We're digging a pit for the well to go in.（井戸を掘っています。）