市販ペットボトル専用の卓上ウォーターサーバーは、飲料水の衛生面を考えると、おすすめできません。
きちんと手入れを行わないと、雑菌が繁殖するリスクがあります。
市販ペットボトル専用サーバーを使うのであれば、内部の洗浄を行い、衛生的に使いましょう。
市販ペットボトル専用ウォーターサーバーのToffy（トフィー）と SOUYI（ソウイ）では、取扱説明書に重曹を使ったサーバー内部タンクの洗浄方法が記載されています。
洗浄方法の手順を簡単に説明すると、2Lぐらいの重曹水を作り、タンクに注ぎ、30分〜24時間放置→水抜き→すすぎのため水道水を注ぐ→水抜き、です。
少々、手間がかかります。
ウォーターサーバーの場合は、サーバー内部の衛生管理はメーカー側が行うので、自分でサーバー内部の洗浄を行う必要がなく、その点、楽です。
サーバー本体に自動クリーニング機能が搭載されていたり、2年に1回定期メンテナンス（サーバー交換）を行ったりして、衛生的に保たれています。