転職理由は人それぞれです。あなたが本当に苦痛に感じているのであれば、通勤時間の長さを理由に転職しても構わないと思います。
ただし、転職活動で退職理由を聞かれた際は、伝え方に注意しましょう。単に「苦痛だったから」と伝えるのではなく、働き方や生活をどう変えたかったのかを伝えるべきです。「浮いた時間で資格の勉強をしたい」「家族との時間を増やしたい。それにより仕事の面にも好影響があるはず」など、前向きな理由であることをアピールすることが大切です。