CASE Ultraでは、アラートのフラグメントを独自形式で扱っています。そのため、見た目上アラートとハイライトされた構造が異なるように見える場合がありますが、正しく動作しておりますのでご安心ください。
例として、以下の画像をご覧ください。
見た目上異なる用に見えますが、アラートは「O(sp3)-C(sp2)-C(sp2)」として定義されており、テスト化合物のハイライトされた構造と一致しています。