Shop Payに一度決済情報を登録すれば、初めて訪れるサイトでもShop Payを導入するサイトであれば決済情報などが呼び出され、入力の手間がなくスピーディに決済できるようになっています。配送先情報などを登録した覚えがないサイトで決済情報が入力されるのはそのためです。
データは暗号化され業界のセキュリティ基準（PSI DSS）を満たすサーバーに保管されており、顧客情報は注文が発生した際にのみストアと共有されるため安全性も問題ありません。