資格自体は同じです。大学の鍼灸科では、専門学校で行われる授業内容に加えて、一般教養の科目等が卒業に必要な単位に含まれます。さらに、大学では研究が加わります。早く鍼灸師として生活しようと思っているのであれば、3年間で資格が取れる専門学校はその点有利です。