寄附金受領証明書がなければ確定申告できませんので、自治体へ問い合わせして再発行してもらいましょう。
ワンストップ特例制度を利用する時は寄附金受領証明書の提出は不要になりますが、後に何らかの理由で確定申告が必要になってしまう可能性もありますので、再発行して保管しておくことをおすすめします。
その他、再発行に関することや自治体への問い合わせ方法についてはこちらの記事をご覧ください。