売却代金でローンを一括返済できるならば、ローン残債があっても投資用のマンション売却は可能です。売却価格がローン残債に満たない場合は、差額を自己資金で補填する必要があります。
ローン残債と査定額を事前に把握してから、売却の判断をしましょう。詳しくはローンが残っている場合の不動産売却に関する記事をご残照ください。