Rocky LinuxやUbuntuなどのLinux系のOSをインストールした状態でインスタンスを起動し、コマンドラインからDockerをインストールすれば使うことが出来ます。
WebARENA Indigoでは、Dockerが予めインストールされたイメージがないため、Dockerをインストール済みでサーバー作成することは出来ません。