仕入税額控除できなくなる消費税の負担について、特に決まりはありません。
どんな負担割合であっても、売り手の免税事業者と、買い手の課税事業者で、合意がとれれば問題ありません。
ただ、力関係で一方的に免税事業者側に負担を押し付けることは、独占禁止法上問題となるおそれがあり、避けたほうが良いでしょう。