上記の通り、ザガーロはAGAによる薄毛に対して高い効果を期待することのできる治療薬です。しかし、多くの方が使用するにあたって、体への悪影響に不安を抱いているでしょう。まず、数値で考えるとザガーロを服用することによってDHT値は下がります。DHTが薄毛症状の悪化に関与していることからDHT値の低下は薄毛の改善においてポジティブな効果であると考えられるでしょう。
この他には5αリダクターゼの働きが阻害されることによって、勃起不全（ED）やリビドー減退（性欲減退）、精液量減少といった性機能障害といった副作用が引き起こされるケースも報告されています。これは5αリダクターゼは頭部以外にも前立腺や陰茎にも存在しており、勃起などの性機能に関わる働きをしているためです。国際共同第Ⅱ/Ⅲ相試験（2010～2012）によると、ザガーロの服用による副作用の発現率は17.1％となっています。そして、その大部分が性機能障害でした。
とはいえ、試験中止に至るような重大な副作用は認められておらず、正しい容量・用法を守れば安全に使用することのできる治療薬といえるでしょう。また、性機能障害の副作用が出たとしても、ザガーロには併用禁忌薬がないことからED治療薬を使用することで対策は可能です。
上記の通り、ザガーロによって引き起こされる副作用の多くは性機能障害ですが、発現率1％未満の割合で、蕁麻疹やアレルギー反応、発疹、頭痛、抑うつ気分、乳房障害、腹部不快感などが発生したという報告もあります。また、重篤な副作用としては肝機能障害や黄疸などが引き起こされたというケースもあります。これらの発現頻度は不明で、非常に稀なケースですが、重篤な副作用についてはASTやALT、ビリルビンの上昇を伴うことから、血液検査によってチェックすることができます。専門クリニックで処方を受ければ、万が一副作用が発生した場合もすぐに相談し、対処することができます。なので、個人輸入などに頼るのではなく、専門の医師の処方の上で使用することが推奨されます。