可能です。JALの場合は予約完了後、往路の第一区間便出発時刻の20分前までに下記の各じゃらんパック予約の照会から、予約照会後、事前座席指定の操作が可能です。
JALの事前座席指定：「予約照会・変更・キャンセル」または「マイページ」
ANAの事前座席指定：「予約照会・変更・キャンセル」または「マイページ」