「by design」というのはイディオムです。偶然ではなく、意図的に何かを行う時に使われます。類義語としては、「intentionally（故意に）」などがあります。
例：The motor is loud by design.（モーターは、意図して大きな音が出るようになっています。）
例：I think everything happened by design.（すべては、意図的に起こったと思います。）