「電話をください」と書かれていたなら電話をすべきですが、そうでない場合は、Eメールの返事はEメールで返すのが自然です。実務的な意味からも、いつでも読むことができ、連絡内容が文字として残るため、Eメールで連絡を取る採用担当者が増えています。
なお、Eメールでのやり取りが続く場合は、採用担当者からの連絡にすぐに返信できるように、少なくとも1日に1回は受信状況をチェックし、Eメールがきていたらすみやかに返信するようにしましょう。