「I thought breakfast is ready」は文法的に誤りです。「thought」が過去形なので、同じく過去形である「was」と合わせなければなりません。be動詞は同じ文中の動詞と時制を合わせる必要があり、このルールは絶対です。
例: I think breakfast is ready.（朝食の準備ができてるみたい。）
例: I thought breakfast was ready.（朝食の準備ができたと思った。）
例: I think breakfast will be ready.（朝食の準備ができるみたい。）