排便時に泣く赤ちゃんはたくさんいますが、排尿時に泣く赤ちゃんのお話は、あまり聞いたことがありません。尿が出るときに、痛みがあるのかもしれません。小児科で、ペニスの状態を含めて診察していただくことをお勧めします。