外洋まで操縦できる１級小型船舶操縦士、海岸から５海里（約９㎞）と東京湾などの平水区域が操縦できる２級小型船舶操縦士の２種類があります。
水上オートバイは専用の特殊小型船舶操縦士が必要で、合計3種類となります。