大手CROのほうが有利だと思います。経営的な面から見ると資金力の差が大きいと思います。
臨床開発のプロジェクトは常に計画通りに進むわけではなく、中止や延期になったりすることがしばしば発生します。その際に中小CROは資金的な余力がないため、資金繰りが苦しくなってしまいます。そのため、中小CROは経営的に苦しくなってしまうことが多いようです。
ただし、中小CROであっても外資系は資金的な余力が大きいため、経営面での影響はないようです。