36協定の届け出は、労働基準監督署に届け出る必要があるため、届け出なしに36協定を更新することはできません。
ただし、毎年同じ内容のものを作成して、労働基準監督署へ届け出ることではなく、①更新の都度，労使の当事者が更新することについて異議がなかったことを証する書面（様式は任意です、更新の届出書に労使当事者双方が記名捺印するなど）や、②これまで作成していた36協定書（自動更新する旨の条項と監督署受理印のあるもの）、などを届け出ることに代えることもできます。