新生児ではHSV-1とHSV-2は約2：1でみられます。一般的にHSV-2に感染する原因は、母体の産道感染です。
新生児のHSV-1は、口唇ヘルペスや指先に水疱ができるヘルペス性ひょうそからも感染するため、新生児に触れる際は注意が必要です。
小児の場合は、ヘルペスウイルスへの初めて感染での発症が多くみられます。新生児～小児ではヘルペスウイルスが血管を介して全身に広がり、細菌やウイルスなどが侵入しないように脳を守っている血液脳関門を通過して脳に達します。