「if it makes you feel better」や「if it'll make you feel better」はよく聞く定番の言い回しです。「then yes」はこれらの言い回しの後に言うことができますが、必ず言うわけではありません。これらは、時には似たようなことが自分にもあったことを共有して、誰かを慰めようとするときに使われます。
例: If it makes you feel better, I had an embarrassing moment last week too.（これで気が楽になるといいんだけど、私も先週恥ずかしい出来事があったの）
例: I will buy you ice cream, if it'll make you feel better.（アイスクリームを買ってあげるよ、もしそれで気分がよくなるなら）