「better」は主に形容詞で、形容詞として使われた場合、原則的にはhaveの前には置くことはできません。しかし、ここでのbetterは助動詞で「you had better」、「you better」の一部です。この表現は誰かが何かを必ずしなければならないと表す時に使う表現です。
例：You better pay your rent or else you'll get evicted from the apartment.（家賃を払った方がいいよ、じゃないとアパートから追い出されるよ。）
例：You better apologize to her.（彼女に謝った方がいいよ。）