サブディレクトリのデメリットとしては、技術的なデメリットが多いと言えます。
例えば、
多言語対応する場合に、サブディレクトリを利用しなければならない
（例：example.com/us/）
メインのドメインで開発したウェブサイトの場合、サブディレクトリでWordPressなどのCMS設定が困難になる
以上のデメリットが考えられます。