VPSでStrapiをホストしているなら、スナップショットでサーバー全体をバックアップしておくのが一番簡単で安全です。
StrapiはデフォルトでSQLiteデータベースを使っているため、デフォルトのままであればSQLiteファイルをバックアップすればOKです。StrapiをPostgreSQL、MySQL/MariaDBでStrapiをセットアップしているのであれば、dumpコマンドなどでデータベース全体をバックアップすればOKです。
静的ファイルなどのバックアップは、Strapiを展開しているフォルダからバックアップをすることになります。