副業がバレる原因になることはありますが、リスクは限定的です。
対処方法としては年末調整でiDeCoを申請した上、確定申告書の「所得から差し引かれる金額」の小規模企業共済等掛金控除に、iDeCoによる所得控除額を記入すれば副業はバレません。