利子所得・売却損益・償還差益ともに、一律20.315%（所得税15.315%※、住民税5%）の申告分離課税が適用され、上場株式等の配当等及び譲渡損益との損益通算ができます。また、いわゆる「マル優」、「特別マル優」等の税金優遇制度があります（外貨建て債には適用ありません）。
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※2013年1月から2037年12月末まで、所得税15％に復興特別所得税0.315％が付加されます。
※将来税制改正が行われた場合、これに従うこととなります。