Y染色体は通常、形質転換因子（TE）が豊富に存在しています。TEはゲノム内で移動する能力を持つDNA配列であり、ヒトゲノム配列の44〜66％を占めています。Y染色体はTE挿入物が多いため、Y染色体の存在がTE発現の増加と関連している可能性があります。TEはDNA二重鎖切断を引き起こし、ゲノム不安定性をもたらす可能性があります。また、TEの発現だけでなく、TEが他の遺伝子やタンパク質と相互作用することによって、免疫系を活性化し、炎症過程を促進し、がんの発生を促進する可能性があります。