ザガーロの副作用としてもっとも多く報告されているのが性機能障害です。国際共同第Ⅱ/Ⅲ相弛緩においても、報告されている副作用の大部分が性機能障害となっています。具体的な症状としては勃起不全（ED）やリビドー減退（性欲減退）、精液量減少などが挙げられます。ザガーロの有効成分であるデュタステリドは、酵素の5αリダクターゼの働きを阻害する効果が認められています。これは、AGA治療において重要な薬理作用ではありますが、これが性機能障害を引き起こすと考えられています。5αリダクターゼは頭部のみでなく、前立腺や陰茎にも存在しており、勃起などの性機能に関わる働きをしているためです。その働きがザガーロによって阻害されることから、性機能障害が引き起こされてしまいます。
また、ザガーロの副作用として女性化乳房、乳房肥大も挙げられます。これはその名の通り、女性のように胸が大きくなってしまうという症状です。男性の体内にも一定の女性ホルモンが存在しますが、その分解が遅れるため、ホルモンバランスが崩れ、体に影響を及ぼしてしまうことが原因と考えられています。肥大化以外にも、乳頭痛や乳房不快感といった症状も報告されていますが、いずれも発現率は低く、稀な副作用であるといえます。
この他に、性機能に関する副作用として起こりうるものとして、精巣痛なども挙げられますが、発現頻度は高くはありません。