PDFツケメン大王OSX自体には制限はございません。 InDesignは9999ページが最大だったと記憶しておりますが、 実際には、貼り込むファイルの容量などによりページ数は最大ページ数 より下回ります。 またPDFツケメン大王OSXも含め、Macのメモリ容量などにより途中で フリーズや、思わぬ結果になる場合があります。
あくまでも作者の個人的な経験則ですので絶対ではありませんが、InDesignのページ数を500ページ程度に抑えるのが無難かと思われます。 これ以上になると、作業時間が大幅に伸びたり問題が起きやすくなるようです。