土地の評価につきましては、様々な評価を下げることができる項目がありますので、実勢価格（取引価格等）よりも低くなる可能性がございます。土地の評価額が実勢価格よりも低くなっていることで税務署から指摘を受ける可能性は確かにございますが、評価を下げているポイントの根拠資料を申告書に添付することによって指摘を受ける可能性は低くなると考えられます。専門家に相談し、正しい評価額で申告されることをおすすめします。