覚える必要のある、2つのルールがあります。
1. 「whole」を使用することで、その存在が複数ではなく、単一であることが強調されるため、この場合のbe動詞は単数形になります。
例：The whole town was destroyed by the earthquake.（地震により、街全体が破壊されてしまいました。）
2. また「and」で区切られた2つの主語が、全体として同じ人または物を指す場合も、be動詞は単数形です。
例：Red beans and rice is my mom's favorite dish.（小豆とごはんは、私の母のお気に入りのメニューです。）
この文章では「the whole city」と「the whole country」は同じものと見なされるため、be動詞は「is」で正しいのです。