はい、妊娠糖尿病で入院した場合でも高額療養費制度は適用されます。この制度により、1ヵ月の医療費が一定の自己負担限度額を超えた場合、その超えた分が払い戻されます。所得に応じた自己負担限度額は異なるため、事前に確認しておくことをお勧めします。