取引を継続できるかどうかは、両者の交渉によるものですので、一概に言及することはできません。
経過措置では一部の消費税を控除できますが、このような処理は今までにないものであり、そのために取引先の事務負担が増すことになります。
また、経過措置は一時的なものですので、将来的にどうするのか、取引先とよく話し合われることをお勧め致します。