この文脈での「Work on」は「improve」（改善する）の意味です。
例：I've been working on myself lately, I'm eating healthy and exercising. （私は最近自己改善をしています。健康的な食事と運動をしています。）
例：She needs to work on coming to school on time, she's always late. （彼女は時間通りに学校に来るように改善する必要があります。彼女はいつも遅刻します。）