PEPhubをデータ分析のためのソースとして拡張する際の課題にはいくつかの点が挙げられます。まず、既存のパイプラインエンジン（例：looper）を使用してPEPhubからサンプルテーブルを取得する機能を拡張する必要があります。他のパイプラインエンジン（例：Snakemake）にもこの機能を拡張する計画があります。さらに、PEPhubは実行中のパイプラインを監視するために直接ウェブインターフェースから更新を受け取る方法を探っています。現在、pipestatというソフトウェアを開発中であり、パイプラインが結果を報告する標準化されたメカニズムを提供することで、PEPhubと実行中のパイプラインをリンクする方法を検討しています。