iPhoneのアプリストア「App Store」の運営元であるAppleが、アプリ内課金を行う場合15〜30%の手数料を支払うことをアプリを提供する企業に対して義務付けているからです。YouTube Musicは30%の手数料をAppleに支払っていて、その手数料をYouTube Musicの月額料金に上乗せしています。そのためApp StoreからYouTube Musicをインストールしてアプリ内で有料プランに登録すると外部サイトで登録するより料金が高くなってしまいます。