そもそもJavaは、JVM（Java Virtual Machine）という仮想マシン上で動くプログラミング言語を指します。Javaは、JVMが入っていなければ動作しません。また、実際に動かすにはコンパイルも必要となります。一方、JavaScriptでは、基本的に通常のWebブラウザがあれば事足ります。
つまり、Javaはハードウェアに依存しないプログラムとして開発された一方で、JavaScriptはより利便性を重視して開発された言語といった違いがあるのです。