基本的にはなりません。大体の会社では「年次有給休暇」を使うなどして補填します。あるいは優しい会社であれば、インフルエンザで欠勤した日を「公休扱い」にしてくれる場合もあります。また、会社から休業を命じられた場合に限っては、休業手当が支給される場合があります。