電子マニフェストの料金の支払い方法には、次の３種類があります。業務の遂行がスムーズにいく支払い方法を選ぶといいでしょう。
自動引き落とし
口座振替通知書発行の翌月8日（金融機関休業日はその翌営業日）に、登録した口座から請求額が自動で引き落とされます。
指定口座振込
請求書発行日の翌月末までに、請求書に記載された振込先口座に振り込む方法です。（振込手数料は加入者負担）
料金支払代行者
料金支払代行者制度を利用した上で、本社など加入者が指定する料金支払代行者に、支店などの全ての加入者の利用料金が一括で請求される方法です。