いいえ、無効にはなりません。TweakBoxアプリは、Appleの規則に違反していないため、保証を無効にすることはありません。ただし、TweakBoxに含まれるCydiaツイークの一つをダウンロードすると、お手持ちの保証は無効になってしまいます。何らかの理由でデバイスをAppleストアに持ち込む必要がある場合は、最初にツイークを削除するだけで大丈夫です。