どちらの方が良いということはありませんが、100株未満で保有する場合株主総会への参加はできません。
また100株以上保有していると受けられる株主優待の幅が広がることが多いです。
資金に余裕がある場合は100株から、株初心者で資金を抑えて投資したい方は、1株から優待を受けられる銘柄を選んで初めてみると良いでしょう。