新品や未使用品でない限り、箱などの付属品は査定に影響しないケースがほとんどです。
しかし2wayタイプのバッグにおいて、ショルダーストラップがない、または付属のカデナがないなどは減額対象となります。
できるだけ揃えて査定に出すことをおすすめします。