培養できないメタン生成アーキアの生理学的特性は、メタゲノム解析や代謝活性の測定、同位体トレーサー変換などの手法を使用して推定することができます。例えば、メタゲノムアセンブリによってアーキアのゲノム情報を取得し、そのゲノム中に存在するメタン生成経路や代謝経路を解析することで、その生理学的特性を推定することが可能です。また、代謝活性や同位体トレーサー変換を用いることで、アーキアがどのような代謝活動を行っているかや、どのような基質を利用しているかを推定することができます。