保育園に長時間預けていると、保育士さんとの関係も気になると思いますが、保育士は親御さんと一緒にお子さんを育てていくプロなので、お母さんの「ミルクを飲ませたくない」というお気持ちを正直に話していいと思います。お母さんが保育士に気持ちを伝えることで、保育士の考えや思いも分かると思いますし、お互いに理解しあいながら育児をしていくことはとても大事です。
お子さんの成長のためには何よりも大事なことは、親御さんと保育者の意識を共通にしておくことです。ミルクのことに関わらず何でも話し、一緒に考えて解決策を見つけ出すようにすると、きっとお子さんも快適な生活を過ごせると思います。