「take a breath」は「breathe」に似た表現ですが、少し意味が違います。「take a breath」が一回の呼吸を意味する一方で、「breathe」は何度も呼吸をすることを暗に意味します。どちらも広く使われる言葉ですが、一度きりの呼吸について話すのではない限り、「breathe」と言う方が一般的でしょう。
例: Rest for a minute and breathe. Hopefully that will help you feel better.（1分間休んで息をついて。きっと気分がよくなるから。）
例: Take a breath and relax.（一度息をして、リラックスして。）