良い質問ですね。「to be in the best shape」と「to be in the best condition」は同じ意味で、どちらも同じように使われます。
例：My car is not in the best shape, it's 15 years old. （私の車は15年前のもので、ベストな状態ではない。）
例：I drank way too much last night, so I'm not in the best condition today. （昨晩は飲みすぎたので、今日はあまり調子が良くない。）