既存のファウンデーションモデルがシーケンスと構造の整合化に失敗した主な理由は、RNAの二次構造とシーケンス間の複雑な関係を十分に考慮していないためです。具体的には、RNAの折りたたみパターンは多様であり、同一のシーケンスが異なる二次構造を形成する可能性があるため、シーケンスから構造を予測することが困難です。また、従来のモデルは主にシーケンスの特徴抽出に焦点を当てており、構造情報を効果的に利用することができませんでした。このため、シーケンスと構造の双方向の情報フローを実現することができず、RNA設計や機能予測において大きな制約が生じていました。OmniGenomeのように、構造を考慮したモデルが登場することで、この問題が解決されつつあります。