EMLとMSGはどちらもメールメッセージを保存するファイル形式です。EMLは主にThunderbirdなどのメールクライアントで使用されるのに対し、MSGはOutlook専用の形式です。MSGはOutlookの情報をそのまま保存できますので、Outlookの機能をより活かすことができます。