「How come」と「why」は実のところ非常に似ており、同じことを意味します。これらは使用するのに結構置き換え可能です。しかし、この2つの違いは、「how come」は口語英語の質問としてよりくだけたものだと考えられていることです。どちらを使用しても全く問題なく、英語のネイティブスピーカーによって理解されるでしょう。