予防接種は受けた方がよいと思います。（ただし、新型コロナウイルスの予防接種が小児に接種可能となった場合に受けた方がいいかは、現時点ではなんとも言えません2021年1月現在）
現在接種可能な予防接種で、副反応により重度の症状が出てしまう確率はかなり低いのに対し、予防接種せずにその病気にかかってしまい重症化したり後遺症が残ったりしてしまう確率はそれよりははるかに高いです。その確率を比べると、予防接種を受けた方がよいでしょう。
現在接種可能な乳幼児が受けるべき予防接種というのは、世界的にも安全性が高いものが使用されていますが、ワクチンとそれを接種する子どもの体質との相性もあります。確率の話ではなく、大切なお子さん自身に副反応がでないかどうかが心配という親の気持ちもわかります。その心配な気持ちをしっかりわかってくれる小児科医と相談しながら決めていくとよいでしょう。
また、過去にワクチンでアレルギーや体調不良などが現れた場合は、予防接種前に医師に伝えるようにしましょう。