歯を抜いた直後から傷にお口の中に存在している細菌が、傷に侵入します。侵入した細菌が繁殖すると、熱が出たり痛みが出たりという、いわゆる炎症反応が起こります。人により症状は異なりますが、抗生剤を処置後に服用しておくことで細菌の繁殖を防ぐことができ、炎症反応経度で済みます。このように術後の症状悪化させない予防的な意味合いがありますので、処方された場合は服用されると心配がないと思います。