海底部にヘドロがたまっている地域に起こる現象で、海底部から出る硫化水素と船底塗料に含まれる亜酸化銅が反応して硫化銅ができ、この作用により黒変します。ヘドロは、生活廃水の溜まりやすい都市の潮の流れのない・少ないところにたまりやすいので、ご質問の通り、地域によって起こることが多い現象といえます。 黒変してしまうと、その部分は船底塗料の防汚効果がなくなっていますので、船底塗料に亜酸化銅の含まれていない塗料（UNAGI Rainbow）を塗るのが一番いいでしょう。 あるいは、シンナー拭きして塗り替えるか、地域的に海域汚染がひどいようでしたら、塗り回数を増やすという方法もあります。