まず、労働者からの会社に対する未払い残業代の請求と、労基署の介入は別物です。 そのため、労働者から未払い残業代請求をされても労基署が介入しないこともありますし、労働者から未払い残業代の請求がなくても、労基署が介入することもあります。 労基署が介入するのは、労働者側が労基署に未払い残業代があるなどと相談した場合であり、会社としても労基署の介入などにより大ごとになる前に労働者と話し合いをして解決していくべきでしょう。