膝に重心を持っていく座り方をしてしまうと、痛くなります。
ですが「バランスチェアで膝が痛くなるっていうのはホント？」のところに書いた通り、膝ではなくておしりの方に体重をかけるように座るのが正しい座り方。
膝ではなくおしり、を意識すると良いですよ。