はい。絶対に出すべきです！自己申告書を出すことで、逆にマイナスになることはありません。学校に行けていない期間に、ダラダラしてしまっていたお子さんでも、高校入学後はちゃんと登校する意思を伝えることで、長欠を理由にした不利益な扱いがなされなくなります。自己申告書は出すこと自体に意味があります。どのような理由で不登校になってしまったとしても、高校に行きたいという意思があるのであれば、絶対に自己申告書は提出してください。