どちらのワクチンも子宮頚癌を起こす頻度の高いヒトパピローマウイルス(HPV)16と18に対する効果があります。
4価はこれに加え比較的治療に抵抗性の性感染症である尖圭コンジローマを生ずるHPV6と11に対する効果が追加されています。しかし、子宮頚癌に対する効果の持続性は2価のほうが優れているとされており、より長い期間の予防効果が期待されています。子宮頚癌だけを考えれば2価の方が、尖圭コンジローマも考えれば4価のほうが良いかもしれません。日本のシェアでは３対７くらいで４価の方が接種されています。どちらにしても100%の予防効果はなく、20歳をすぎたら子宮頚癌健診を受けることが大切です。