「made of」は、製造のプロセスで変化しない材料によって作られた物に対して使います。
例：Chairs are made of wood.（椅子は木でできています。）
この例では、木は木のままで変わっているわけではありません。
「made from」は、製造のプロセスで変化する材料を使って、何かが作られるときに使われます。
例：Paper is made from wood.（紙は木でできています。）
この例では木が紙へと変わっています。よってこの変化を示すために、このような場合は「made from」を使います。