電車のみで他人が映らないようにするなど、周りに配慮した撮影であれば基本的に許可はいらないと言われています。
しかし、JR東日本やJR西日本などではロケを行いたい人に向けて申請手続きをお願いしていることもあり、撮影の内容によってはこの規則に沿って許可を取る必要があるかもしれません。
そのため、電車内で撮影する場合は、一度その運営会社に連絡して確認した方がいいでしょう。
もちろん、動画を商用利用をする場合は必ず確認を取るようにしてください。