生理後３日目の出血は、排卵出血が続いていたのかもしれませんね。このご質問からは妊娠反応がいつごろ陽性になったかは不明ですが、妊娠のごく初期は妊娠の確認が難しいこともあります。基礎体温は測定されていましたか？　ピルの内服後に出血が多量にある場合は、流産につながることもありますが、影響を受けずに胎児が発育しているのなら、まず大丈夫だと思います。