どちらもあらかじめ部材を規格化・標準化し、工場で生産した部材を現場で組み立てるところに大きな違いはありません。ただし、設計の自由度における違いが大きく異なります。プレハブ建築は、寸法や部材などほとんどが決められており、一定品質の面では優れていますが、デザイン性や耐久性において劣ります。一方でシステム建築は、個別の建物ごとの一定の約束事に従って設計と製作を進めていく本格的な建築物です。コンピュータの高度な処理能力・構造設計により、断熱や遮音に優れており、天井走行クレーン設置なども可能です。システム建築は、プレハブ建築に柔軟性をプラスした品質の高い建築工法となります。