考えられる原因として、携帯決済（NTT docomoのd払い、auのauかんたん決済、SoftBankのソフトバンクまとめて支払いおよびY!mobileのワイモバイルまとめて支払い）を使っているか、同一商品を複数購入している場合があげられます。携帯決済だとクーポンが適用されません。
また、同一商品を複数購入した場合は、1個分にしかクーポンが適用されません。同一商品すべてにクーポンを適用させるには、少々面倒ではありますが、1個ずつ注文確定（購入）していく必要があります。