ETIASの制度には、申請者の個人データの公正且つ適切な処理を確実なものとするために必要なあらゆる安全策が含まれています。EU加盟国の法執行機関およびユーロポールは、厳しく制限された条件下でのみ、テロリストによる攻撃やその他の深刻な犯罪行為の防止と特定を目的に、ETIASの申請書ファイルに含まれる情報へのアクセスを許可されます。 ETIASのシステムに記録された個人データは、渡航認証の有効期間のみ、または認証の却下、取り消し、無効化などの決定が下された場合はその判断時から５年間にわたり保管されます。   さらに、Frontexの基本的権利に関する相談フォーラム（Consultative Forum on Fundamental Rights）の代表者、欧州データ保護監督官、欧州データ保護委員会、EU基本権庁、およびFrontexの基本権役員は、申請書類の処理が及ぼす影響や基本権に関するスクリーニングの規則の評価、そしてETIASスクリーニング理事会への助言の提供を実施する独立諮問機関であるETIAS基本権ガイダンス理事会に参加します。