EFVは動物実験（カニクイザル）で胎児／新生児20匹のうち3匹で奇形を認めたとする報告があります。また、ヒトにおいても新生児の神経管欠損が報告されており、妊娠を希望する女性や妊娠の可能性のある女性には、使用しないことが望ましいとされています。
[海外の抗HIV薬治療下妊娠症例登録制度において、本剤を妊娠中に服用した妊婦から生まれた新生児に脊髄髄膜瘤等の神経管欠損が報告されている。また、動物実験（カニクイザル）において、胎児／新生児20匹のうち3匹で奇形が認められた。妊娠したサルにエファビレンツ60mg／kg／day（ヒトに600mg／日を投与したときと同様の血漿中薬物濃度を示す用量）を投与した。1胎児において無脳及び片眼の無眼球症が認められた。別の胎児では小眼球症が認められ、第3の胎児では口蓋裂が認められた。（ストックリン添付文書より抜粋）］