「we were」の後には何も省略されていません。この文は一般的な文とは違った形にアレンジされています。この文をより一般的な定型文にするなら、「I worried a lot about whether or not we were leading people along to a decision that they may not have made otherwise, with our targeting practices」となります。話し手は「with our targeting practices」というフレーズを強調するために、これを文末ではなく文の途中に入れた可能性が高いです。