カフェインも母乳中に分泌されますが、母乳中のカフェイン濃度は低く一般的に飲む量では赤ちゃんにはほとんど影響はないといわれています。ただ1日20杯などの大量に飲むと、赤ちゃんもカフェインの影響で落ち着かなくなったという報告もあります。
ご質問のママのように美味しいコーヒーを1日1～2杯飲んで心身共にリフレッシュできるのならかまわないでしょう。