医師が整骨院への通院を認めているのであれば、保険会社が認めていなかったとしても、通院すると良いでしょう。なぜなら、整骨院に通院することによって痛み等の症状が緩和される等の効果があり，また，医師が認めていれば医学的に，そして法的にも通院の必要性が認められるとして，保険会社が認めなくとも最終的に治療費を負担させられる可能性があるからです。
後遺障害は、残らない方が今後の人生にとって良いので、そのために役立つのであれば、施術は受けておくのが望ましいと言えます。
どうしても保険会社が治療費を認めてくれない場合には、弁護士に相談して、整骨院の治療費を認めてもらえるように働きかける方法が考えられます。