この文脈では、「count」は「matters（重要である）」という意味です。したがって、話し手は「it's the thought that matters [is important].（大事なのは気持ちだよ。）」と言っているのですね。
例：Your vote still counts even if you cast an empty ballot. （白紙投票を入れたとしても、あなたの一票は有効です。）
例：This is your last shot. Make it count! （これが最後の一発だ。大事にしろよ！）