変形労働時間制は時間外労働の割増賃金の対象にはなりませんが、深夜手当の対象になります。変形労働時間制とは、閑散期、繁忙期などの時期によって業務時間が異なる仕事で導入されている制度です。たとえば、繁忙期には10時間勤務、閑散期には5時間勤務といった仕事がこれにあたるでしょう。この変形労働時間制の範囲内であれば、企業は労働者に残業代を払う必要がありません。しかし、深夜の業務がある場合には、深夜手当として1.25倍の賃金を支払う必要があります。