ドローンシステムのパフォーマンスに影響を与えずにセキュリティソリューションを実装する際の課題はいくつかあります。まず、暗号化技術やIDS（侵入検知システム）などの強力なセキュリティ対策は追加の計算コストとエネルギー消費量増加を引き起こす可能性があるため、パフォーマンス面で問題が発生します。また、GCS（地上管制局）側でIDS等の防御メカニズムを展開した場合、エンドツーエンド間遅延時間が増加し通信性能低下も考えられます。