GINNやFGINNが黒箱ニューラルネットワークよりも優れているという主張に反論する観点も存在します。例えば、「解釈可能性」という側面から考えると、黒箱ニューラルネットワークは一般的に理解し難くブラックボックスであると言われていますが、GINNやFGINNでも完全な透明性を提供するわけではありません。また、「学習効率」や「計算コスト」の面でも議論が可能です。さらに、「異常検知」や「時系列分析」以外の他のアプリケーション領域で比較した場合も異なる結果が得られる可能性があります。