「by order」と「in order」の意味は違います。「by order」は通常、裁判所などの権威ある機関が指示や命令を出す場合のように、法的な意味で使われます。
例: The stores were closed during the pandemic by government order.（パンデミックの間、店は政府の命令で閉鎖された。）
例: A curfew was enacted by court order.（裁判所の命令で門限が制定された。）
「in order」は、順序立てて（順番に）配置されていることを意味するので、この文脈では最も適切です。多数のものが順番に並べられていることを示したい場合は、「in order」を使いましょう。
例: These books are categorized in alphabetical order.（これらの本はアルファベット順に分類されています。）
例: These books go by number order.（これらの本は番号順に並んでいる。）