フレックスタイム制のもとで有給を取得した場合、その１日分に相当する時間は清算期間の総労働時間に含めることとなります。 そしてフレックスタイム制のもとでの残業時間とは、清算期間内で総労働時間を超過した分を指しますので、ただちに残業代の発生がするというわけではありません。