ヘテムルには自動バックアップ機能があり、特別な設定をしなくてもWebサーバー、メールサーバーは7日間前、DBサーバーは14日前のデータをシステムが自動保存しています。
バックアップ機能は自動作成の場合は無償提供で、その代わりバックアップからの復旧は1データあたり5,500円の手数料がかかります。
一方で、月額課金のバックアップオプションに加入すると、自分のタイミングでいつでも何回でもデータの取得・復元が可能になります。バックアップオプションの場合は、保存されるバックアップは7世代までです。