評価制度の変更は、昇降給に関する変更を含む場合には、就業規則の記載事項の変更にあたります。就業規則を変更するときは、労働組合がある場合は労働組合、労働組合がない場合は社員の代表者の意見を聞かなくてはならないことが労働基準法で定められています。
この定めに則って、あなたの会社の労働組合や社員の代表者の意見を聞いたうえでの変更で、変更後の就業規則を労働基準監督署に届出しておけば、年収の増減にかかわらず労働基準法上の法律違反とは言えません。
ただ、会社は必ずしも労働組合や社員の代表者の意見に従う必要はないため、社員の反対を押し切って、制度変更の際に給与の切り下げが行われることもあります。その切り下げ内容が合理性に欠ける場合には、労使の合意なく会社が一方的に変更することは許されないとする判例（民事裁判）もあります。ですから、一般的には、賃金カット等に関する不利益変更は、労働者個別の同意が必要とされています。
また、評価制度により個人の成績で給与が下がる場合には、その評価制度自体が、公平性や透明性を担保されているか、予め成績によってどの程度賃金が下がるかを周知されているかなど、様々な点を裁判所は見ていくこととなります。