ふるさと納税では、納税金額10万円から2,000円を差し引いた、98,000円に対して、所得税と住民税から控除されます。
住民税決定通知書に記載されている寄付金税額控除額は、このうち住民税の分だけですので、98,000円より低い金額となります。
また、住民税の特例控除額の上限は「住民税所得割額の20%」です。所得が少ない場合は、上限に達してしまい、控除できない可能性があります。