フラット35では、ペアローンを利用することはできません。ただ、フラット35の場合、夫婦や親子での収入合算（※連帯債務型）に対応。
ペアローンでは、それぞれが住宅ローンを組むため、2人とも団信に加入できますが、住宅ローン返済期間中、片方に万一のことがあった場合、団信が適用され住宅ローン残高がゼロになるのは、片方が借りていた分のみ。もう片方の住宅ローン返済が継続する点には注意が必要です。また、出産や育児、休職などにより、どちらかの収入が減少した場合、住宅ローンの返済負担が大きくなる点も、ペアローンを利用する際に把握しておきたいリスクといえるでしょう。