ピロリ菌陽性の場合は除菌治療を行います。胃酸の分泌を抑える制酸薬を1種類と抗菌薬2種類の合計3つの薬を7日間続けて飲む治療です。約8週間たってから、ピロリ菌が除菌できたかを検査します。
1回目で除菌できなかった場合は、抗菌薬のうち1種類を変更して再度除菌治療を行います。