ビジネスサポートプランは自営業者や個人事業主が対象のローンですから、「自営業者だから審査が厳しい」ということはありません。
ただ、提出する収入証明書などの書類で明らかな赤字であるなど、「返済が難しいのではないか？」と審査担当者が感じる部分があれば、影響を与える可能性はあるでしょう。