水無月は「夏越祓（なごしのはらえ）」という行事に関連づいて、6月30日に食べられます。これは6月30日がちょうど一年の半分、いわば折り返し地点になることから半年間にたまった穢れなどを払い、残りの半年を無事終えられるよう祈る神事です。別名「水無月の祓い」とも呼ばれます。この神事は古くから行われており、当日には鳥居の下や境内にイネ科のチガヤという植物で大きな輪が作られます。「水無月の夏越の祓いをする人は、千歳の命のぶというなり」と唱えながら参拝者がこの輪をくぐると、夏の災厄から免れるとされているそうです。
また、穢れを払う方法があり、神社から配られる紙でできた人形（ひとがた）に氏名と年齢を書いて、体を撫で、神社に収めることで穢れを払えるとされています。