加入先の証券会社が破綻した場合でも積み立ててきた資産（元本+運用損益）は保護されています。iDeCoで積み立てている資産の管理と保全は、加入している証券会社（運営管理機関）ではなく、国民年金基金連合会がその役割を果たしています。実際の資産管理事務は、信託銀行が担いますが、積み立てている資産は、信託銀行の財産とは区別して管理されています。なお、定期預金や保険商品のいわゆる元本確保型商品を提供している銀行や保険会社が破綻してしまった場合は、預金保険(ペイオフ)制度や保険契約者保護機構制度に準じて、一部保護されないこともあります。