自営業の収入の審査では、一般的に3期分の申告所得で判断されます。もし3期中で赤字がある場合、住宅ローンの審査が不利になるケースが多いです。
フラット35の審査対象は直近1期分のため、2期・3期前の赤字の場合、フラット35の利用も検討しましょう。
詳細は「赤字申告だと不可？どのくらいの年収があれば安心？」をご覧ください。