黄色ブドウ球菌は牛、豚等の家畜、鳥類のみに限らず、私たちの体にも生息しています。健常な人間の鼻腔、咽頭、腸管、また傷口等に生息しており、黄色ブドウ球菌の保菌率は、平成２３年に食品安全委員会が作成したファクトシートでは約40%とされています（食品安全委員会ファクトシート ブドウ球菌食中毒）。顕微鏡で見ると、ぶどうの房のように連なった球菌（ぶどう球菌）の一種で、食品の上でも増殖しますが、その際に産生する毒素（エンテロトキシン）が食中毒の原因となります。産生された毒素は耐熱性が高く、食品の上で一旦産生されると通常の加熱では分解されません。また、黄色ブドウ球菌は比較的高い食塩濃度でも増殖し、毒素を産生するため、例えば塩にぎりや自家製の漬物などでも注意が必要です。