「clean out」とは「clean」する方法の1つです！これは何かの内部を清掃するという意味で、古いものを捨てたり、整理整頓するということになります。
例: I cleaned out the fridge today since we're going grocery shopping.（食料の買い出しに行くので、今日は冷蔵庫を整理しました。）
例: I'm cleaning out the hamster cage today.（今日はハムスターのケージを掃除してます。）