アパートを法人化して、個人名義の土地、建物のうち、建物のみを法人名義に変えたいと考えています。
土地が個人名義、建物が法人名義になると、土地の固定資産税が上がるのでしょうか？
建物名義が法人になっても、土地の固定資産税はあがりません。
建物名義が土地名義人と異なることで、土地の固定資産税の住宅用の特例が適用しなくなってしまうのではないかというご質問かと思います。
住宅用地の特例とは、住宅用の建物が建っている場合、その土地の固定資産税評価額を200㎡まで1／6（都市計画税は1／3）にしてくれる措置です。
この特例は、住宅用の建物が建っていれば適用されます。
つまり、建物が住宅用であればよく、土地と建物の名義が異なっていても適用になります。
また、自分の自宅用でなくても、賃貸用（住宅）でも適用になります。
したがって、建物名義が法人になっても、土地の固定資産税はあがりません。