操縦できるボートの大きさと航行区域に違いがあります。二級船舶免許の操縦できるボートは総トン数20トン未満、航行区域は海岸から5海里以内であるのに対し、湖川小出力限定船舶免許の操縦できるボートの大きさは総トン数5トン未満、航行区域は湖・川・指定区域のみです。