年賀状として返信する場合は、挨拶文に以下のようなメッセージを入れるのがおすすめです。
「ご丁寧な年賀状をいただいておりましたが新年のご挨拶が遅れましたことをお詫びいたします」
「年末年始留守にしていたためご挨拶が遅れましたこと深くお詫び申し上げます」
こちらの記事内では、年賀状を返信する際の注意点、寒中見舞いとして送る場合の文例なども詳しくご説明しています。