在宅勤務により、全く出勤をしないのであれば原則として支払う必要はないと考えます。そもそも、交通費の支払いは、法律上の義務ではなく、会社が、労働者に対し、労働契約により交通費の支払いを約していることにより支払う義務が生じているものです。出勤のために交通費を全く必要としない場合に、交通費の支払いをするのは、当事者の合理的意思に反します。もっとも、就業規則などの文言は、一律に交通費を支給するように規定されていることがほとんどですので、在宅勤務などを想定して、就業規則等を改定しておいた方がよいでしょう。