完治後又は封鎖解除後に申請してください。新型インフルエンザに限らず、災害、疾病、事故等本人に責のない事情のため在留期間を経過した場合は、在留期限の経過のみを理由として退去強制手続を執ることなく、申請を受理することとしていますので、申請できる状態になった後、速やかに最寄の地方出入国在留管理局等に御相談下さい。