BASEは月額使用料が無料で利用できますが、注文ごとに決済手数料が発生します。一方Shopifyは月額料金がかかりますが、Shopifyが提供するオンライン決済システム「Shopify payment」を利用すれば「取引手数料」「入金手数料」が無料で利用可能です。