NIPTの対象疾患は検査施設によって多少異なりますが、この3種のトリソミーはどこの施設でも必ず検査を行っています。 染色体異常をもって生まれてくる赤ちゃんのうち、「ダウン症（21トリソミー）」「18トリソミー」「13トリソミー」の3つのトリソミーがおよそ7割を占めています。 他の染色体のトリソミーも胎児の段階ではおこっていますが、この3種のトリソミーは他の染色体異常と比べて生まれることができる確率が比較的高いためどこの施設でも基本の対象疾患とされています。