とくに問題ありません。金融機関の諸条件よりますが、一般的に年収や資産背景をもとに全体の借入額から算出し、ローンの可否が決まります。
多額の住宅ローンを組んでしまっていると収益不動産でローンを組む際に足枷になってしまうケースもありますが、住宅ローンがあるから融資NGといことはないと思って頂いても大丈夫です。