在留期間の更新申請中、入管があなたのパスポートを保管することはありません。在留期間の更新申請中でも、再入国許可（みなし再入国許可を含みます。）により出入国することができます。ただし、在留期間の更新申請後に再入国許可（みなし再入国許可を含みます。）により出国した場合は、在留期限から２か月を経過する日までに再入国して、在留期間の更新申請の処分を受ける必要があります。