結論、滞在許可証申請中は、トラブルを防ぐためにポーランド国内に留まることをおすすめします。
ポーランド政府ポータル、ポーランドの移民弁護士、ポーランド（ウッチ）国境警備隊から「滞在許可証を申請中の場合は、シェンゲン域内へ旅行をせず、滞在許可証を受け取るまでポーランドに留まる必要がある」と回答が出ています。