水いぼといぼは、違います。どちらも子供に多い皮膚病で、ウイルス感染の点は似ています。いぼはヒト乳頭腫ウイルス（HPV）の感染でできますが、水いぼは伝染性軟属腫ウイルスと言う全く別のウイルスが原因です。水いぼは表面がツルツルして、みずみずしい光沢のある直径1～5mm程度の小さな皮膚の盛り上がりで、てっぺんが少し凹んでいます。いぼは表面のがさついた硬い盛り上がりが多いです。
また、いぼは手のひらや足の裏を含む手足にできることが多いですが、水いぼは身体にできることが多いです。