はい、意味合いが少し変わります。「surprisingly」は、何かが予想外であることを意味します。「stunningly」は、非常に魅力的な、美しい方法でという意味です。アフリカの歴史は「stunningly deep」というのは、複雑なディテールや情報に満ちた、美しく豊かな文化だという意味です。これを「surprisingly」に変えると、アフリカの文化は予想外に複雑なディテールや情報で満たされているという意味になってしまいます。
例: She is surprisingly good at tennis.（彼女は驚くほどテニスが上手い。）
例: She was stunningly dressed for the ball.（彼女は舞踏会のために見事な装いをしていた。 ）
例: We are surprisingly on time today.（今日は意外にも時間通りに着きました。）
例: The photo stunningly reflects light.（写真は見事に光を写し出している。）