場合によります！一般的には違います。ですが、この「waters」は小川や川、海を指しています。レストランで水を頼むときに「[number] + waters」と言うのも一般的です。
例: Two waters please, with ice.
= Two glasses of water please, with ice.（グラスに水を2杯、氷入りでお願いします。）
例: The waters are cold at this time of the day. It's better to go fishing later.（この時間帯は水が冷たいです。釣りに行くのは後の方が良いですよ。 ）