デフォルトでMP4形式で保存します。MKV形式で保存したい場合は、ダウンロード前に右上の「三」＞「設定」＞「プリファレンス」＞「プリファレンス・セッティング」＞「ビデオフォーマット」で行います。
※バージョンによっては項目の名前は少々異なります。