電子帳簿保存法は、すべての事業者に関係する法律であるため、電子帳簿保存法に基づいた方法で保存すべきデータを保存していないことや、真実性・可視性の確保に関する措置を講じていないことが税務調査で発覚した場合、以下の罰則が考えられます。
青色申告の承認の取り消し
経費の否認と追徴課税
100万円以下の過料
詳しくは、「電子帳簿保存法違反の罰則」の章をご覧ください。