テレワーク中で会社に在籍していないとしても、在籍確認は避けられません。
ただ、休業日ではないので、会社に出社した誰かしらが電話に出るはずです。
その際に「〇〇は在宅勤務をしておりますと答えてくれれば、在籍確認が完了します。