日本で有機畜産が育たない最大の理由はエサの問題です。ウシ・ブタ・トリの区別なく、日本の畜産は輸入エサに頼っているのが現状で、遺伝子組み換え由来のエサは入ってきても、オーガニックの飼料が輸入されているという話はほとんど聞いたことがありません。ならば、日本でオーガニックの飼料を栽培すればいいのではないか？耕作放棄地は、全国にたくさんあるのだから、そこでオーガニックのエサを栽培すればいい――誰もがそう考えると思うのですが、人手不足でそれもなかなか進まない。2011年度から始まった戸別所得補償制度でも、飼料イネの栽培などを奨励していますが、実際は輸入飼料の方が安価であり、なかなか買い手が付かないと聞きます。なお2017年からは、農産物等で同等性のある国で認証を受けた有機飼料も、有機JAS畜産物の餌として使用することが可能になりましたが、有機畜産物の認証事業者の数は少ないままとなっています