一般的には、ダウン症の染色体異常の治療法はまだ確立されていません。ダウン症の赤ちゃんには心臓病などの合併症も多いので、おそらくその治療が可能だと言われたのではないでしょうか。
羊水穿刺による出生前検査はリスクも多少伴いますが、それほど痛い検査ではありません。ただし、検査時期は妊娠15～18週くらいですることが多いです。