Aというレイヤーに書いた図形を複写で範囲指定した場合、ほかのレイヤーに書いた図まで対象になるケースがあります。この場合は、コントロールバーの「属性選択」のなかにある「書込【レイヤー】のみ選択」を選びましょう。すると、その時点で書き込み可能となっているレイヤーのデータだけが複写され、不要な部分まで選択されることはありません。
また、Bというレイヤーに書いた図形を移動先のCというレイヤーに複写しても、Bにそのまま書き込まれてしまう状態に悩む人も多いです。
この場合は、コントロールバーの「作図属性」から「書込み【レイヤー】に作図」を選んで、複写したいレイヤーに切り替えてから複写すればコピーできるはずです。