フレックスタイム制であっても、36協定は適用され、法定時間外労働や法定休日労働に上限が設定されます。ただし、フレックスタイム制は、自分の意思により始業・終業の時刻を自由に決定する勤務ですから、36協定で1日あたりの延長時間を決める必要はありません。