子宮頸がん予防ワクチンは、遺伝子組み換えによって人工的に合成したウイルス様粒子を抗原とするワクチンです。病原体を弱毒化、無毒化したタイプのワクチンとは違い、DNAを含まないので、感染力もありません。
したがって、妊娠に気づかず接種したとしても、胎児に影響はありません。ただし、妊娠が判明した以上、2回目のワクチンは中止した方がいいでしょう。