大規模な3D顕微鏡データの解析にはいくつかの課題が存在します。まず、データセットのサイズが非常に大きいため、計算リソースや処理時間が制約されることがあります。また、セルのセグメンテーションやトラッキングにおいて、セル間の重なりや動きの複雑さによる誤検出や誤追跡が問題となることがあります。さらに、3Dデータの解析においては、セルの形状や境界の特徴を正確に捉えることが難しい場合があります。さまざまなセルタイプや細胞の状態によっても解析の難易度が異なるため、データの多様性に対応することも課題となります。