リンクの否認ツールで品質の高いサイトからの被リンクを、スパムリンクとして送信する事でリンク元のウェブサイトの評価を下げるような使い方はできないようです。（実際はnofollow効果）
Googleはリンクの否認ツールで上がってくるリンク元のデータを全て見ているわけではないようですが、仮に今後精査したとしてもサイトの良し悪しを判断する方法は他にも多くある為、ネガティブSEOに悪用する事はできないとの事です。Googleは現時点ではリンク否認ツールで蓄積されたデータを他の評価に活用するという事はないと発言しています。