まず、何かに「covered in」されているというのは、そのものによって全体が覆われているという意味です。つまり、この「in scaffolding」は、建物が「scaffolding」（足場）に覆われているという意味になります。「scaffolding」は、建物の清掃や建造、修繕のために柱や板で組まれた仮設の構造体です。また、「[something] is covered in [something else]」という形式は、他の名詞でも使うことができます。
例: The cake is covered in icing.（ケーキはアイシングで覆われている。）
例: I fell in the garden outside, and now I'm covered in mud and dirt.（外の庭に落ちて、泥まみれになってしまった。）
例: They've covered the building in scaffolding for construction work.（建設作業のために、建物は足場で覆われた。）