PC版MT4/MT5とWebTraderの違いは拡張性です。WebTraderでは、自動売買（EA）とカスタムインジケーターの機能がありません。また、チャート設定等に関してもブラウザのキャッシュを使っているため、キャッシュの削除をすると初期化されてしまいます。したがって、基本的にはPC版MT4/MT5がおすすめです。