主要キャラクターは工藤新一 (別名江戸川コナン)、彼の幼なじみの毛利蘭、彼女の父親の毛利小五郎、阿笠博士です。灰原哀や黒の組織のメンバーなどのキャラクターも繰り返し登場します。