特に位相差光学系があれば、染色しなくても明視野光学系で細胞は通常見える。しかし、染色は細胞を見やすくし、明視野光学系では不可能な生理学的状態を明らかにすることができます。オリスアッセイでは染色法の選択に制限はなく、必要に応じて複数の染色法を同時に使用することができます。 面積閉鎖による遊走／浸潤の定量には、検出器のシグナルを最大にするため、TRITC-ファロイジンなどの蛍光細胞質染色を推奨する。 細胞数をカウントして遊走／浸潤を定量化するには、DAPI のような核染色を推奨する。染色を核に限定することで、細胞質染色よりも撮影対象が小さくなり、個々の細胞間の分離がよくなるため、より正確な計数が可能になる。 オリスアッセイで播種する前に細胞をプレラベリン グすることも考えられる。しかしながら、染色によっては遊走や浸潤に影響を与え、実験的アーチファクトを引き起こす可能性がある。