痔瘻の手術は主に2種類あり、ひとつは切開開放法と呼ばれる手法です。膿のトンネルにそって切開し、外側の皮膚や皮下軟部組織をすべて切除してから肉芽を盛る形で肛門を整えます。痔瘻の原因である肛門内のくぼみごとトンネルを取り去ってしまえるため、確実で比較的難しくない手術です。ただし痔瘻の深さやトンネルの通っているルートによっては切除範囲が大きくなり、肛門機能や見た目などに不備の出る場合もあります。
もうひとつの手法は括約筋温存手術と呼ばれ、痔瘻のトンネルが通る肛門括約筋を削らないように行う手術です。トンネル部分をくりぬいて行うため比較的難しく入院が必須になりますが、肛門機能障害などが残りにくくなります。また上記以外の手法にシートン法と呼ばれるものがあります。痔瘻のトンネルにゴムひもを通して徐々にトンネルのみを切開・開放していく方法です。肛門の変形は少なく済みますが、治療時間が長くかかります。