「deal with it」とは、ある状況を受け入れる、コントロールするという意味です。前者は「accept it」に近い意味になります。後者の意味では、何らかの状況をコントロールしたり対処したりする必要がある際に使います。
例: We can't change anything now. Deal with it.（今は何も変えられない。受け入れるしかない。）
例: We gotta deal with it as soon as possible. Let's find a solution.（できだけ早く対処する必要がある。解決策を見つけよう。）