Il nome si deve alla mitologia greca. Pan era figlio del dio Ermes e della ninfa Driope, anche se secondo altre fonti era ritenuto essere figlio di Zeus e Callisto. Fatto sta che un giorno vide una ninfa e se ne innamorò. Questa lo rifiutò e spaventata dal suo aspetto fuggi. Pan la inseguì.
La ninfa pregò suo padre di trasformarla affinché potesse nascondersi dal suo spasimante. Giusto in quel momento stava passando per un canneto e quindi  fu trasformata proprio in una canna. Pan assistette alla trasformazione ma non riuscì a distinguere la sua amata tra le altre canne così ne recise una e la tagliò in tanti pezzi, legandoli l’uno all'altro con dello spago. Da quel giorno nacque lo strumento secondo la mitologia greca ed è per questo che si chiama flauto di pan.