Per effettuare una diagnosi di candida intestinale è fondamentale rivolgersi al proprio medico di fiducia che raccoglierà tutte le informazioni necessarie per ricostruire la storia clinica del paziente ed escludere altre patologie.
I test che generalmente sono utilizzati per rilevare la presenza della candida intestinale sono invece: coprocoltura, che consiste nella raccolta di materiale fecale, e colonscopia e gastroscopia, di gran lunga più invasive.