Anche se il miele di Manuka è sicuro per le persone sane (30), se consumato in grandi quantità può causare un aumento di peso a causa del suo alto contenuto di zucchero. In termini di controindicazioni, il miele di Manuka dovrebbe essere evitato, come altri tipi di miele, nelle seguenti situazioni:
Neonati sotto i 12 mesi, a causa del rischio di botulismo.
Diabetici.
Individui allergici al miele, al veleno delle api o al polline.