Come per qualsiasi intervento chirurgico, la polipectomia comporta dei rischi e delle possibili complicanze. Tra queste ci sono sanguinamento, perforazione dell'organo, infezione e reazioni allergiche all'anestesia. Tuttavia, i rischi sono generalmente bassi e il medico saprà valutare attentamente la situazione del paziente prima di decidere di eseguire l'intervento.