Il Certificato di Autenticazione, come il certificato di Sottoscrizione, è un certificato presente all’interno del dispositivo di firma (Smart Card o Business Key) e rilasciato dall’ente certificatore autorizzato. Il Certificato di Autenticazione consente di firmare messaggi di posta elettronica (garantendo l'identità del mittente) e di effettuare un''autenticazione forte' accedere a siti web (sostituendo user/password). Nel certificato compaiono altre informazioni tra cui il Certificatore che lo ha emesso o il periodo di tempo in cui il certificato può essere utilizzato. Il Certificato di Autenticazione al momento del rilascio, è associato ad un indirizzo di posta elettronica in modo univoco.