Complicazioni ed effetti collaterali di questa operazione sono molto pochi. Poiché le anatomie umane differiscono l'una dall'altra, le complicazioni sono rare. Queste possono essere: necrosi nell'area di trapianto o nell'area donatrice, i follicoli trapiantati che non tengono sul cuoio capelluto, l'allergia ai farmaci anestetici