Amazon Kendra crittografa i tuoi dati in transito e inattivi. Sono disponibili tre opzioni per le chiavi di crittografia per i dati a riposo: chiave master KMS di proprietà AWS, KMS gestito da AWS nel proprio account oppure una chiave KMS gestita dal cliente. Per i dati in transito, Amazon Kendra utilizza il protocollo HTTPS per comunicare con l'applicazione client. Le chiamate API per accedere ad Amazon Kendra attraverso la rete utilizzano il protocollo Transport Layer Security (TLS) che deve essere supportato dal client.