Bamboo offre il branching e il merging automatici per sistemi di controllo versione distribuiti (distributed version control system, DVCS) come Git e Mercurial, nonché il branching di piani push-button per sistemi di controllo versione tradizionali (version control system, VCS), come Subversion, Perforce e CVS. Gli sviluppatori possono quindi integrare le modifiche facilmente e rapidamente, a prescindere dal branch contenente il nuovo codice, in totale sicurezza.