Gli estoni non appartengono etnicamente ai Balti, ma insieme ai sami e ai finlandesi alle popolazioni ugro-finniche. Tuttavia, l'Estonia è geograficamente considerata parte degli Stati baltici.
I gruppi tribali ugro-finnici si insediarono nel cuore dell'Estonia già nel 5° millennio a.C. Durante il 3° millennio a.C., i finlandesi del Mar Baltico, con specifiche regionali nella cultura e nella lingua, acquisirono un proprio profilo. Nel secondo millennio a.C. si svilupparono contatti tra i finlandesi del Mar Baltico a nord e i gruppi tribali baltici a sud. Nel corso del primo millennio a.C. si sviluppò il gruppo etnico estone. Dalla metà del primo millennio d.C., gli estoni sono stati in contatto con gli slavi orientali, in seguito principalmente con i russi.
Per il periodo più lungo della loro storia politica gli estoni sono stati dipendenti da altri Stati.
Durante il periodo del dominio zarista russo e sovietico, la comunità estone era sotto una forte pressione di acculturazione, che ha lasciato le sue tracce linguistiche nel cambiamento di lingua in russo tra alcuni gruppi della popolazione e nel bilinguismo della modernità.
L'estone è stato scritto fin dal XVII secolo. Le strette relazioni con i vicini culturalmente e linguisticamente legati, i finlandesi, hanno, soprattutto a partire dal XIX secolo, rafforzato l'autostima degli estoni e motivato la coltivazione dell'identità e della lingua estone.