Per quanto riguarda le cicatrici, la tecnica FUE è nota per lasciare cicatrici molto piccole e difficilmente visibili. Questo perché le unità follicolari vengono estratte individualmente utilizzando strumenti di piccole dimensioni, riducendo al minimo la necessità di incisioni più grandi. Le piccole incisioni guariscono generalmente bene e le cicatrici tendono a diventare meno evidenti col tempo.