L'autocontrollo è la declinazione della responsabilità dell'operatore del settore alimentare di cui all'art. 3 del reg.178/2002 sopra citato. La realizzazione dell'autocontrollo, finalizzata alla minimizzazione del rischio (chimico, fisico e biologico) e, quindi, al livello più elevato di sicurezza alimentare, può avvenire secondo il metodo del sistema HACCP (Analisi dei pericoli e punti critici di controllo) che individua i pericoli e gli eventuali punti critici (CCP) nell'ambito dell'attività di un' impresa alimentare. Pertanto, l'HACCP è una delle metodiche che l'OSA può seguire per individuare un piano di autocontrollo tarato sulla propria realtà di impresa.
Tuttavia, essendo l'HACCP un metodo complesso e, a volte, sproporzionato rispetto alle attività più piccole, la Commissione europea ha messo a disposizione gli orientamenti già citati, contenuti nella Comunicazione della Commissione (2022/C 355/01) relativa all'attuazione dei sistemi di gestione per la sicurezza alimentare riguardanti le corrette prassi igieniche e le procedure basate sui principi del sistema HACCP, compresa l'agevolazione/la flessibilità in materia di attuazione in determinate imprese alimentari.
Inoltre, il Ministero della Salute, per facilitare gli operatori nell’osservanza degli obblighi normativi in materia di igiene, mette a disposizione sul proprio sito istituzionale dei manuali di corretta prassi operativa in materia di igiene e di applicazione dei principi del sistema HACCP da esso validati, in virtù di quanto disposto dal Reg. 852/2004.