La pulizia dei filtri di un condizionatore è un'operazione di manutenzione ordinaria che è possibile eseguire in autonomia. Per poter agire in sicurezza consigliamo, per prima cosa, di disattivare l'alimentazione elettrica della macchina.
Ai filtri solitamente si accede aprendo il portellone anteriore dell'unità interna (dipende dai modelli); una volta raggiunti, devono essere sfilati e portati in una posizione comoda per poter aspirare la polvere presente. Successivamente è possibile lavarli (se del tipo lavabile) con acqua corrente a bassa temperatura senza l'utilizzo di solventi. Per disinfettare la batteria occorrono igienizzanti specifici di tipo spray in grado di eliminare muffe, germi e batteri.
Per mantenere efficiente il condizionatore è necessario mantenere i filtri puliti in modo costante, sanificandoli ad ogni cambio stagione.