L'uso dell'omeprazolo in gravidanza è stato valutato in molti studi epidemiologici e non sono mai stati dimostrati effetti malformativi. Va però considerato che il 4% dei feti-neonati presenta delle malformazioni alla nascita e che meno dell'uno per cento di queste malformazioni sono correlate a farmaci o infezioni. Purtroppo le cause di malformazione sono spesso difficili da definire. È per questo che in gravidanza si consiglia di usare farmaci il meno possibile, meglio se solo quelli ritenuti davvero indispensabili.