Jovanotti ha una relazione con Francesca Valiani dal 1994, da cui è nata Teresa Lucia, il 13 dicembre 1998. La coppia si è successivamente sposata il 6 settembre 2008 nella Chiesa di Santa Maria Nuova di Cortona. Nel gennaio del 2021 la figlia di Jovanotti, con grande coraggio, ha confessato su Instagram di aver sconfitto un tumore.