Come vedi, quindi il problema non è come distinguere past simple e past continuous: hanno forme molto diverse che li rendono facilmente identificabili. Il problema è – quando parli e scrivi in inglese – scegliere quello giusto rispetto al significato che vuoi veicolare.
Ci sono casi in cui decidere quale tempo scegliere è facile e chiaro, come nel primo dei nostri due esempi : She was reading when the phone rang. Ma ci sono altri casi in cui la scelta del tempo dipende dal punto di vista di chi parla.