La PEC può essere utilizzata per inviare i documenti e sostituisce i mezzi tradizionali di corrispondenza certa quali la raccomandata A/R, il fax ed il corriere. La firma digitale, invece, rappresenta il mezzo elettronico di apposizione della propria firma ad un documento elettronico o ad una mail. In altre parole la firma digitale è il sostituto elettronico della firma autografa in calce ai documenti cartacei. La PEC è un mezzo di trasmissione che assicura che un messaggio arrivi a destinazione inalterato ed integro garantendo l'identità del mittente. Con la firma digitale il mittente appone il proprio autografo al contenuto della E-mail ed agli eventuali allegati ad ulteriore garanzia della propria identità. Chiaramente i 2 strumenti non sono in contrapposizione ma possono essere utilizzati insieme. Per il funzionamento della PEC non è necessario alcun device, mentre per l'utilizzo della firma digitale è necessario dotarsi di un lettore di smartcard o di un token USB tra i molti disponibili in commercio.