Non sono solo i pellet a dover essere di qualità, lo stesso vale per il modo in cui è realizzato il magazzino pellet. Le pareti, il pavimento e il soffitto del magazzino devono essere perfettamente asciutti poiché, in caso contrario, i pellet di legno possono gonfiarsi e deteriorarsi. Pellet umidi possono provocare malfunzionamenti nel trasporto dal magazzino alla caldaia a pellet e anche durante la combustione. Se si dispone di un proprio magazzino pellet, deve avere un fondo inclinato liscio con una pendenza di almeno 45 gradi. Se il fondo inclinato non è previsto, la pendenza è troppo bassa o la superficie troppo ruvida, si forma un cuneo con i pellet. I pellet sovrastanti scivolano sopra quelli rimasti che fungono da filtro.