Per crittografare i documenti PDF, accedere alle impostazioni di protezione dei file di PDF Extra e impostare una password personalizzata, quindi scegliere il tipo di cifratura da utilizzare: RC4 a 128 bit, AES a 128 bit o AES a 256 bit. Per una maggiore sicurezza, è possibile anche selezionare il segno di spunta per la crittografia dei metadati PDF, quindi è sufficiente condividere il file come allegato e-mail normale o zippato.