Le acque reflue prodotte in determinate industrie possono contenere una serie di sottoprodotti che non dovrebbero entrare nell'approvvigionamento idrico naturale. Di conseguenza, molte di queste industrie hanno il proprio impianto di trattamento delle acque reflue interno, in modo che il trattamento possa essere personalizzato specificamente in base ai contaminanti prodotti dal rispettivo processo. Ciò consente di rispettare tutti i regolamenti specifici per l'industria. Questi trattamenti possono includere la rimozione di materiali tossici, acidi e alcali, il trattamento della salamoia e la rimozione di vari solidi. In alcuni stabilimenti, le acque reflue possono essere sottoposte a un processo di trattamento completo per essere poi reimmesse nell'ambiente. In altri, possono essere trattate solo parzialmente, per essere poi inviate all'impianto di trattamento delle acque reflue comunale. Sebbene il settore e i prodotti da rimuovere varino e possano essere necessari ulteriori passaggi, il processo generale rimane in gran parte lo stesso: filtrazione seguita da aerazione. Come in un impianto di trattamento delle acque reflue comunale, per fornire il flusso d'aria alla vasca di aerazione si utilizzano soffianti o compressori. Tuttavia, poiché le acque reflue possono contenere sostanze chimiche diverse e potenzialmente dannose, per la soffiante o il compressore i requisiti possono essere differenti, ad esempio per quanto riguarda la resistenza alla corrosione.