Il medico potrebbe suggerire l'utilizzo di probiotici in caso di sintomi di disbiosi o indebolimento del microbioma dovuto a patologie, condizioni quali lo stress o la modifica delle abitudini alimentari e altri trattamenti (per esempio, una cura antibiotica). È possibile, però, assumere integratori probiotici giornalmente per mantenere in salute il proprio apparato digestivo, soprattutto in caso di sensibilità intestinale, anche in assenza di condizioni specifiche.