Nell'ampio gruppo delle intolleranze alimentari si trovano anche le intolleranze metaboliche che in genere sono causate da carenza o assenza di enzimi impiegati nel metabolizzare alcuni aminoacidi. Di queste fa parte, per esempio, l'intolleranza al lattosio, zucchero contenuto nel latte, molto diffusa e che è causata da una carenza dell'enzima lattasi, necessario per digerire il lattosio. Si manifesta con disturbi gastrointestinali, tra cui gonfiore, dolori addominali e diarrea. Ce ne possono essere molte altre, ma le cause sono svariate e spesso per individuare gli alimenti sospetti occorrono test costosi e non sempre si arriva alla soluzione del problema. I test per le intolleranze di fatto sono ancora molto imprecisi e così può capitare che un soggetto risulti intollerante a molti o quasi tutti gli alimenti che preferisce. Per il centro specialistico a cui rivolgersi le consiglio di chiedere al suo medico di fiducia, escludendo i centri o i laboratori non convenzionati.