Mentre un IDS può rilevare una vasta gamma di minacce, non può proteggere la tua rete da tutto. Ad esempio, un IDS potrebbe non essere in grado di rilevare minacce avanzate persistenti (APT) che utilizzano tecniche sofisticate per evitare il rilevamento. Per una protezione completa, un IDS dovrebbe essere utilizzato in combinazione con altri strumenti di sicurezza, come firewall e sistemi di prevenzione delle intrusioni.