La propoli è generalmente considerata un rimedio sicuro alle dosi indicate. Le controindicazioni all'abuso della propoli che sono state riportate in letteratura sono legate al solvente (soluzione idroalcolica) che può provocare secchezza e irritazioni orali. Mentre per quanto riguarda la propoli senza alcool non sono riportati particolari eventi di abuso ma si consiglia fortemente di evitare di eccedere con la dose.