Pulire un ventilatore a torre è un'operazione leggermente più complicata rispetto alla pulizia di un ventilatore tradizionale, perché non tutti i modelli a torre possono essere smontati. Nel caso in cui è possibile, quindi, basta smontare il corpo principale del cilindro, oppure solo le griglie, e il gruppo motore-cilindro rotante in modo da rimuovere la polvere depositata. Se il ventilatore non può essere smontato, invece, allora bisogna armarsi di pazienza e adoperare un aspirapolvere potente per cercare di rimuovere quanta più polvere possibile dalle griglie e dalle prese d'aria, e poi completare il lavoro usando dei panni leggermente inumiditi in acqua tiepida.