La cera presenta anche diversi inconvenienti:
Durabilità – La cera è usata da molto tempo come superficie impermeabile protettiva. Tuttavia, le alternative moderne sono ormai più economiche da produrre, offrendo una protezione più dura e più duratura.
Fuliggine – Se bruciata, la cera produce un sottile residuo fuligginoso. In alcuni casi, soprattutto nelle cere a base fossile, questo residuo può rilasciare piccole quantità di tossine chimiche.
Idoneità alla colata di oggetti di grandi dimensioni – Pur essendo ancora impiegato abitualmente, la scarsa integrità strutturale di questo materiale fa sì che la colata di cera persa non sia adatta alla produzione di oggetti grandi e voluminosi.
Fonti non rinnovabili – Le cere derivate da materie prime non rinnovabili come il carbone, il greggio o il gas naturale costituiscono la maggior parte delle cere usate a livello mondiale. Alternative come la cera di soia e la cera d'api sono in generali migliori per l'ambiente, ma tendono a essere più costose e la loro produzione su scala industriale deve essere effettuata in modo sostenibile.