Non esiste una causa specifica di stomatite del gatto. La medicina veterinaria ritiene che sia una risposta eccessiva alle componenti virali e batteriche orali.
Negli anni sono emerse molte associazioni tra la stomatite felina e diverse patologie presenti nei gatti soggetti a questa infezione del cavo orale:
virus dell’Herpes;
calicivirus;
insufficienza renale;
leucemia felina (FELV);
virus dell'immunodeficienza felina (FIV);
anche intolleranze alimentari.