Tutte le parti della pompa che entrano in contatto con il latte materno devono essere pulite dopo ogni utilizzo. L'eccezione è il tubo e l'alloggiamento del tiralatte.
Anche il tiralatte dovrebbe essere disinfettato una volta al giorno. Per farlo, copri tutte le parti con acqua in una pentola e falle bollire per qualche minuto.