L’esame non è doloroso, ma può causare particolari fastidi a causa del senso di soffocamento e la presenza del sondino nella gola può creare dei conati di vomito o senso di nausea nel corso dell'esame. Per questo motivo è opportuna una sedazione. La sedazione cosciente, al contrario della sedazione profonda che richiede l'anestesia generale, induce una condizione di intenso rilassamento. Grazie a questa pratica, il paziente non è completamente addormentato e rimane semi-cosciente durante tutto l'intervento, ma perde la percezione del tempo e non prova alcun dolore.