Numerosi comuni in Portogallo impongono una tassa di soggiorno. Alloggiando in uno di questi comuni dovrete quindi pagarla. La tassa di soggiorno viene addebitata per ogni notte trascorsa in hotel o altra struttura turistica. La tassa varia a seconda del comune, ma si tratta in generale di 1€ o 2€ a notte. Soggiornando ad esempio a Lisbona o a Porto dovrete aspettarvi che la tassa venga aggiunta alla vostra fattura finale. In queste città la tassa di soggiorno è di 2€ a notte fino a un massimo di 7 notti. La tassa di soggiorno non si applica ai minori di 13 anni o a chi viaggia per cure mediche.
Vila Nova de Gaia addebita 2€ a notte a persona in alta stagione (dal 1 aprile al 30 settembre) e 1€ a notte in bassa stagione (dal 1 ottobre al 31 marzo). Questa tassa viene applicata fino a un massimo di 7 notti e a tutte le persone dai 16 anni in su. Anche altri comuni com Óbidos, Cascais e Mafra addebitano una tassa di soggiorno, mentre altri, tra cui Braga, Fátima e Guimarães stanno valutando di farlo a breve.
Il ricavato proveniente dalla tassa di soggiorno viene impiegato per il finanziamento di progetti, attrezzature, infrastrutture e studi relativi al turismo. Alcuni comuni ritengono che questa tassa di soggiorno stia impattando in modo negativo il turismo; tra questi ad esempio, Aveiro, che ha applicato la tassa di soggiorno dal 2012 fino al 2014. La tassa è stata quindi rimossa proprio per l'effetto negativo avuto sul numero dei turisti locali.