Come altri sauropodi, in particolare il cugino Brontosauro, il dinosauro Brachiosaurus sarebbe stato abbastanza grande da respingere la maggior parte dei predatori: anche i più grandi carnivori dell'epoca, come Allosaurus, erano appena la metà della sua taglia. Se il Brachiosaurus avesse trovato delle minacce, la sua arma di difesa principale sarebbe stata la sua lunga coda, che avrebbe usato come una frusta, simile a quella del Brontosauro. Tuttavia, la sua coda era più corta rispetto agli altri sauropodi e avrebbe avuto una portata minore. Anche la loro pelle era resistente e simile al cuoio, anche se sarebbe stata comunque penetrabile dai denti affilati dei teropodi più piccoli.