La cogenerazione, come ogni processo combustivo, prevede l’emissione in atmosfera di incombusti, NOx, SOx, particolato, polveri ed altri sottoprodotti che, seppur tenuti entro i limiti di legge, rappresentano inquinanti gassosi refrattari all’abbattimento nelle condizioni presenti al camino dei cogeneratori senza ricorrere a sistemi di rimozione termica o catalitica costosi ed energeticamente dispendiosi.
Di contro, l’upgrading del biogas a biometano non presenta affatto il problema negli stessi termini: in assenza di combustione, infatti, l’abbattimento degli inquinanti coincide con il processo di rimozione della CO2 e degli altri composti minori (NH3, H2S…), che avviene grazie a tecnologie di separazione e stoccaggio di maggiore efficacia (filtri a carboni attivi, filtri molecolari, adsorbitori PSA) funzionanti a basse temperature, i quali non producono sottoprodotti secondari e sono sostenibili dal punto di vista economico e ambientale; normalmente dai sistemi di purificazione possono comunque esserci minime perdite di metano.