Il Nattō è fatto con semi di soia, tipicamente soia nattō. Sono preferibili chicchi più piccoli, poiché il processo di fermentazione potrà raggiungere più facilmente il centro del chicco. I fagioli sono lavati e messi a bagno in acqua per 12-20 ore per idratarli e aumentarne le dimensioni. Successivamente, i semi di soia sono cotti a vapore per 6 ore, anche se è possibile utilizzare una pentola a pressione per ridurre il tempo. I fagioli cotti vengono poi mescolati con il batterio Bacillus subtilis , noto come nattō-kin in giapponese. Da questo momento in poi bisogna fare attenzione a tenere gli ingredienti lontani da impurità e altri batteri. La miscela è fatta fermentare a 40 ° C (104 ° F) per un massimo di 24 ore. Successivamente, il nattō viene raffreddato, quindi invecchiato in frigorifero fino a una settimana per consentire lo sviluppo della consistenza filante. Il nattō prodotto in serie è venduto in piccoli contenitori di polistirolo. Una confezione tipica contiene due, tre o occasionalmente quattro contenitori, ciascuno da 40 a 50 g. L'odore del nattō proviene dal diacetile e dalle pirazine , ma se viene lasciato fermentare troppo a lungo, è rilasciata ammoniaca. La fermentazione del Nattō sviluppa acido glutammico , motivo per cui ha l'inafferrabile sapore "salato" di umami .