I sistemi operativi Linux e Windows si distinguono principalmente in termini di progettazione. Linux è open source e di libero utilizzo e non prevede quindi nessun tipo di contributo finanziario. Windows è invece un sistema proprietario sviluppato da Microsoft, appartenente al suo ecosistema e venduto sotto licenza. L'hosting Web Linux è utilizzato soprattutto per il suo lato open source, il tipo di design e le numerose possibilità di personalizzazione offerte ed è ideale per la maggior parte dei progetti, dai siti Web alle infrastrutture aziendali complesse. Per motivi di compatibilità o per permettere ai propri team di lavorare in un ambiente più familiare, l'hosting Windows potrebbe però essere l’opzione più adeguata. La scelta dipende quindi dal progetto che si intende realizzare.