Entrambi offrono gli stessi pulsanti e le stesse funzioni, ma sono pensati per scopi diversi. I Joy-Con permettono di giocare sia in modalità portatile, sia fissa; sia da soli, sia con un altro giocatore. Sono perfetti per i minigame, i party game (soprattutto se si gioca con i bambini) e tutti quei giochi che richiedano movimenti da parte del giocatore (pensate a Just Dance!).
Il Pro Controller è più adatto a chi è abituato ai gamepad di Xbox e PlayStation: è pensato per i giochi meno “casual” e i single player, come gli sparatutto e i giochi d’azione. Inoltre è molto più ergonomico da usare quando la console è collegata alla docking station.
Considerate infine le prestazioni della batteria: i Joy-Con si ricaricano in circa 4 ore e hanno un’autonomia di 20, mentre il Pro Controller richiede 6 ore di ricarica e dura fino a 40 ore.