Le radici di moringa possono avere delle controindicazioni e questo perché contengono la spirochina, una sostanza che può andare a interferire con la trasmissione nervosa. ​ Oltre a ciò, alle radici di moringa sono attribuite anche delle proprietà abortive, per questo devono essere evitate, insieme ai loro derivati, dalle donne in gravidanza. ​ In ultimo, non va dimenticato che come ogni altro alimento anche la moringa deve essere consumata nelle dosi consigliate e questo perché un sovra-dosaggio può causare effetti indesiderati come vomito, nausea e vertigini.