Mentre questo guerriero farmaceutico offre il tanto necessario sollievo, Cipro non è privo di potenziali effetti collaterali. Questi possono includere complicazioni rare ma gravi come la rottura del tendine, effetti sul sistema nervoso centrale come convulsioni, fototossicità, reazioni avverse rare ma pericolose per la vita che coinvolgono fegato e reni e anomalie ematologiche.