Il rimborso può essere erogato in 2 diverse modalità e sarà il titolare dell'azienda, o un suo delegato, a scegliere quale adottare quando si avvia la pratica:
La prima – più semplice, più rapida e maggiormente utilizzata – è quella della compensazione in F24. In parole povere, l’importo del rimborso di cui si fa istanza (es. 2.000€) viene considerato alla stregua di un credito nei confronti dello Stato e può essere "scalato" dai pagamenti periodici mensili (INAIL, IRPEF, INPS etc.) utilizzando il codice tributo 6740.
La seconda modalità invece prevede un bonifico bancario direttamente sul conto corrente aziendale. Ciò significa che, scegliendo questa modalità, la Tesoreria di Stato provvederà ad effettuare un vero e proprio bonifico bancario sul conto corrente aziendale, pari all’entità del rimborso.
È tuttavia il metodo meno utilizzato per via dei lunghi tempi di attesa (dai 4 ai 12 mesi); è necessario infatti attendere che la sede centrale di Roma provveda a stanziare i fondi prima di ricevere il bonifico.