Ad oggi, non sono stati segnalati effetti collaterali significativi associati all'uso del Biotrohn. Tuttavia, è possibile sperimentare crisi di guarigione o reazioni di Herxheimer durante il processo di disintossicazione o combattere un'infezione. Queste reazioni possono manifestarsi come febbre, sintomi simil-influenzali, mal di testa, dolori muscolari o articolari, mal di gola, malessere, sudorazione, brividi, nausea, eruzione cutanea, gonfiore delle ghiandole, febbricola, gonfiore, diarrea o costipazione, palpitazioni, lieve aumento della pressione sanguigna, sintomi cutanei, trasudazione di pus o altri sintomi, come benessere o felicità. Queste reazioni indicano che tossine, parassiti, funghi, virus, batteri o altri agenti patogeni vengono eliminati più velocemente di quanto il corpo possa gestire da solo. La principale difficoltà con la reazione di Herxheimer è che le persone spesso interrompono il trattamento che ha causato la reazione. Tuttavia, non c'è motivo di allarmarsi. Si consiglia di interrompere il trattamento per 1-2 giorni e, dopo che il corpo si è ripreso, continuare con i programmi che hanno causato la crisi di guarigione fino alla scomparsa dei sintomi.