I farmaci comunemente prescritti possono portare a una carenza di vitamine B. Per esempio, gli inibitori della pompa protonica, che sono farmaci che abbassano l'acido dello stomaco, possono diminuire l'assorbimento di B12, mentre la metformina, un popolare farmaco per il diabete, può diminuire i livelli sia di B12 che di folato. La pillola anticoncezionale può anche impoverire diverse vitamine del gruppo B, tra cui B6, B12, folato e riboflavina.