Sebbene rsync sia uno strumento potente, ha alcune limitazioni. Prima di tutto, potrebbe non essere adatto per la sincronizzazione in tempo reale poiché funziona in modalità batch. Inoltre, non fornisce crittografia nativa, poiché gli utenti si affidano spesso a SSH per trasferimenti sicuri. Infine, rsync può essere complesso per i principianti, richiedendo una curva di apprendimento per padroneggiare le sue numerose opzioni.