Micorriza (mykes=funghi, rhiza=radice) è una collaborazione (simbiosi) tra i funghi e le radici delle piante. La maggior parte dei bonsai vive in simbiosi con diversi funghi micorrizici (Ectomicorriza, Endomicorriza, Micorriza VA). Per molte specie di bonsai tale simbiosi è essenziale per la sopravvivenza.
Il fungo micorriza fornisce al bonsai un migliore apporto di sostanze nutritive e di acqua e rafforza la sua resistenza ai funghi che distruggono il legno. In cambio, l'albero bonsai fornisce il fungo con lo zucchero.
La micorriza si sviluppa da sola dopo il rinvaso di un bonsai in un terriccio per bonsai minerale come Akadama, Kanuma o Kiryu. Mescolandosi con i funghi micorrize questo processo può essere notevolmente accelerato. Questo può ridurre lo stress da rinvaso. Micorriza può anche aiutare la crescita di alberi da giardino e da strada.