Tra il manga e l'anime sono presenti numerose differenze. Uno degli archi più importanti presenti nel manga e rimossi nell'anime è l'arco di Goldy Pond.
La rimozione dell'arco di Goldy Pond spazza via dall'Isola che non c'è una serie di personaggi come i Pouchers, Yugo e il suo amico Lucas.
Un'altra differenza riguarda il ritorno di Norman. Il ritorno di Norman nel manga è stato uno dei migliori colpi di scena della serie. Nell'anime, invece, tutto è stato affrettato. Il pubblico non ha avuto il tempo di sentire la mancanza di Norman e la sua apparizione è sembrata fin troppo conveniente. Norman è stato reintrodotto insieme a Emma e Ray troppo presto nell'anime, senza le dovute precauzioni.
Inoltre, la famiglia reale viene a malapena menzionata nella seconda stagione de L'isola che non c'è, mentre la sua presenza ha un ruolo fondamentale nel conflitto con Norman.