Il ciclo naturale consiste nello sviluppo follicolare senza stimolazione ovarica e nella programmazione della puntura. Ci sono alcune cliniche che optano per questo metodo nelle donne con una bassa risposta perché, anche se si sviluppa solo un follicolo nell'ovaio, di solito si ottiene un embrione di buona qualità e la preparazione endometriale è migliore. Ha lo svantaggio dell'alta probabilità di cancellazione a causa dell'ovulazione spontanea.