In generale, i test di intolleranza alimentare sono sicuri e non causano effetti collaterali gravi. Tuttavia, come con qualsiasi test medico, esiste il rischio di reazioni allergiche ai materiali utilizzati durante il test, come ad esempio gli aghi utilizzati per il prelievo di sangue. Inoltre, alcuni pazienti possono sperimentare sintomi di astinenza durante la dieta di eliminazione, come mal di testa o stanchezza.