Lo zinco influenza l'autofagia legandosi ai promotori dell'autofagia e regolando la trascrizione dei geni coinvolti nell'autofagia.
Lo zinco è un cofattore per molti enzimi e proteine, compresi quelli necessari per l'autofagia. Quando i livelli di zinco sono bassi, l'attività di questi enzimi e proteine è minore, con conseguente diminuzione dell'autofagia. Al contrario, quando i livelli di zinco sono elevati, l'attività di questi enzimi e proteine aumenta, incrementando l'autofagia.