Non tutti i rootkit funzionano allo stesso modo. Ma molti rootkit modificheranno i file nel kernel del sistema operativo, un programma nel cuore del computer che controlla tutti gli altri componenti, per occultare la loro presenza nel caso di un'ispezione standard del sistema. Ad esempio, un rootkit può disabilitare la capacità del computer di registrare eventi, in modo che non rimanga traccia dell'attacco.