La spirulina è un alimento sicuro, tuttavia ci sono dei casi in cui il suo consumo è sconsigliato. Innanzitutto, quest’alga è sconsigliata alla persone che soffrono di problemi alla tiroide, in particolare di ipertiroidismo, o ai soggetti affetti da malattie auto-immuni. Controindicazioni esistono anche per chi è colpito da gotta e calcoli renali e per le donne in gravidanza o in allattamento. Altro aspetto importante da considerare è che la spirulina può essere esposta a contaminazioni (soprattutto microcistine), per questo è fondamentale scegliere un prodotto sicuro e controllato, visto che altrimenti si potrebbe incorrere in effetti collaterali come debolezza, nausea e problemi al cuore. In ultimo, non va dimenticato che la spirulina va sempre presa nelle dosi consigliate, poiché un sovra-dosaggio può provocare nausea, vomito e febbre.