A differenza del diesel, il biodiesel produce meno emissioni di carbonio (monossido e biossido) e particolato, oltre a non produrre zolfo. Inoltre è biodegradabile e non tossico. Presenta però alcuni problemi relativi alla produzione, che se su vasta scala devono essere rivisti per non aumentare la fame nel mondo in quanto necessita di colture intensive adeguate.