I due termini vengono spesso utilizzati in modo interscambiabile, ma non sono la stessa cosa. Il deep web è una zona di Internet che non viene visualizzata sui motori di ricerca convenzionali — Sostanzialmente, è costituito da pagine web non indicizzate, ad esempio pagine nascoste dietro paywall, cartelle cliniche e account di posta elettronica. Il dark web è una parte del deep web che è intenzionalmente nascosta e totalmente codificata (è possibile accedervi solo tramite il browser Tor).
In sintesi, il deep web è un Internet a cui i motori di ricerca non possono accedere. Il dark web è contenuto online codificato che i normali motori di ricerca come Google non indicizzano (per accedervi è necessario un software specifico, come il browser Tor).