Senza dubbio è il maggior valore nutrizionale a rendere migliori gli alimenti bio rispetto agli alimenti "completamente naturali". Numerosi studi dimostrano che i prodotti biologici siano di grande qualità, e contengano nutrienti essenziali come vitamine, minerali, amminoacidi essenziali e acidi grassi. Tecnicamente, questo dipende dalla mancanza di pesticidi. Queste costanze chimiche influenzano il modo in cui gli alimenti vegetali creano i nutrienti naturalmente contenuti in essi. I pesticidi possono interagire con le molecole che costituiscono la base per la sintesi di questi nutrienti. Ovviamente non tutte le sostanze nutritive vengono eliminate. Sfortunatamente però, molte di quelle che rimangono sono costituite da strutture chimiche leggermente diverse, che possono avere un impatto sul valore nutritivo dell'organismo. Lo stesso si può dire per gli animali da allevamento, come il bestiame o il pollo, che vengono alimentati con prodotti commerciali o che assumono antibiotici, stimolatori di crescita e ingrassatori. Queste sostanze chimiche interferiscono anche sulla struttura molecolare dei nutrienti che dovrebbero essere sintetizzati naturalmente dal pollo o dal bestiame. I cambiamenti che si verificano a livello molecolare possono essere facilmente tradotti in nutrienti di qualità inferiore o presentarsi in concentrazioni inferiori. Un semplice progetto scientifico della scuola media, di fatto, ha fornito l'input per l'uso di ingredienti biologici in molte applicazioni alimentari. Dei moscerini della frutta sono stati posizionati su due set di alimenti: uno biologico, mentre l'altro set conteneva cibo normale. Dopo alcune settimane, i moscerini della frutta nel gruppo biologico erano più sani e grandi, rispetto a quelli dell'altro gruppo. Questo semplice esperimento ha dimostrato che gli organismi che si nutrivano di ingredienti biologici avevano maggiori probabilità di crescere più sani. Sebbene non abbia senso paragonare noi stessi o persino i nostri cani a dei moscerini, i risultati di questo esperimento sono troppo importanti per essere trascurati.