Per pulire e igienizzare la borsa termica si sconsiglia l’utilizzo di prodotti detergenti. Le borse termiche infatti solitamente non possono essere lavate in lavatrice né immerse in acqua. Proprio per questo motivo c’è il rischio che restino sulla superficie della borsa dei residui di detergente, potenzialmente dannosi. Meglio allora scegliere prodotti naturali, come ad esempio l’aceto o il bicarbonato di sodio.
Di semplice reperibilità ed economici, questi sono prodotti che devono essere miscelati con acqua e strofinati sulla superficie della borsa sia all’interno che all'estero. Con un panno umido si procede poi ad eliminare l’eccesso e si lascia la borsa frigo ad asciugare all’aria aperta.
È consigliabile pulire la borsa frigo dopo ogni utilizzo. Inoltre lasciarla di tanto in tanto all’aria aperta non può che farle bene, in modo da eliminare ogni possibile cattivo odore che potrebbe essersi venuto a creare.