Dal matrimonio con Marisa Di Martino, durato dal 1993 al 2003, nel 1997 è nata Alice. In seguito alla separazione, Amadeus ha cominciato una relazione con la ballerina Giovanna Civitillo, conosciuta sul set de L’Eredità. Il conduttore e la showgirl hanno un figlio, José Alberto, nato nel 2009.