Contemporaneamente all'operazione di registrazione di protocollo, deve avvenire la segnatura di protocollo, ossia l'apposizione, o l'associazione all'originale del documento, delle informazioni riguardanti il documento stesso.
La segnatura di protocollo consente di individuare ciascun documento in modo inequivocabile.
L'operazione di segnatura di protocollo è effettuata contemporaneamente all'operazione di registrazione di protocollo.