I vantaggi e gli svantaggi della radonterapia sono talvolta oggetto di dibattiti controversi. Il fatto è che per la radonterapia vale lo stesso discorso fatto per altre applicazioni mediche con radiazioni ionizzate (ad esempio, i raggi X): non si possono escludere completamente gli effetti collaterali a lungo termine, tra cui un rischio minimamente più elevato di sviluppare il cancro ai polmoni. Tuttavia, l'esposizione alle radiazioni durante la radonterapia è molto bassa. Inoltre, i pazienti sono esposti solo per un periodo di tempo molto breve. In definitiva, si tratta di soppesare i benefici e i rischi. In ogni caso, i trattamenti con il radon non dovrebbero essere effettuati come "trattamento di benessere", ma solo se vi è un beneficio medico.