In fase iniziale il colesteatoma passa spesso inosservato e i primi sintomi sono analoghi a quelli di una comune otite media. I segni tipici sono dolore all’orecchio, pressione o otorrea, in cui dall’orecchio fuoriescono liquidi maleodoranti. I soggetti colpiti notano inoltre una riduzione della capacità uditiva dall’orecchio malato. Se il disturbo non viene trattato, possono insorgere danni uditivi e persino ipoacusia. In base ai casi, il disturbo è accompagnato anche da nistagmi, capogiro, nausea e vomito. A uno stadio avanzato possono essere coinvolti anche il nervo facciale, il cervello e le meningi. Si manifestano anche paresi facciali, febbre, torcicollo, forti emicranie, spasmi o svenimenti. Fortunatamente, tuttavia, un trattamento medico precoce può prevenire tali sintomi.