Le cause più comuni di danneggiamento del file system sono l'arresto improprio, le procedure di avvio, i guasti hardware, l'attacco di virus o altri errori. Gli errori hardware potrebbero essere un settore danneggiato, un controller del disco danneggiato o un'interruzione di corrente.
Quando si verifica la corruzione del file system, è possibile eseguire lo strumento CHKDSK per controllare e riparare i settori danneggiati e il file system danneggiato.