Le principali sfide nella gestione delle zone territoriali omogenee includono l'equilibrio tra sviluppo economico e conservazione ambientale, l'integrazione delle politiche di sviluppo a livello locale e regionale, e la necessità di adattare le strategie di gestione alle rapide trasformazioni demografiche, economiche e climatiche. Queste sfide richiedono un costante aggiornamento delle strategie di pianificazione e una collaborazione tra diversi livelli di governo e il settore privato.