Nel caso della replica fisica ottimizzata, l'ETF detiene un campione dei titoli presenti nell'indice sottostante. Con l’ausilio di strumenti analitici e procedure di ottimizzazione matematica si definisce un sottoinsieme dei costituenti dell'indice in grado di ottenere un rendimento simile a quello dei titoli originali rappresentati nell'indice. Il metodo della replica fisica ottimizzata consente di aumentare la liquidità e ridurre al minimo il tracking error.
Il metodo della replica fisica ottimizzata è particolarmente adatto per gli indici molto ampi. L'indice MSCI World comprende ad esempio circa 1.600 titoli di diversi mercati, aree geografiche e zone valutarie, pertanto la replica fisica completa dell'indice comporterebbe elevati costi di transazione. Alcuni di questi titoli non sono molto liquidi o hanno un impatto minimo sulla performance dell'indice a causa della loro bassa ponderazione: escludendo tali titoli è possibile ridurre i costi di transazione. Prestito titoli
Alcuni ETF a replica fisica effettuano operazioni di prestito titoli per generare rendimenti aggiuntivi e ridurre i costi netti per gli investitori, prestando i propri titoli dietro pagamento di una commissione. Le operazioni di prestito titoli degli UBS ETF presentano una sovracollateralizzazione non inferiore al 105%.