L'universo di Evangelion è complesso. Per questo motivo, le ricostruzioni di Evangelion devono essere considerate complementari alla serie anime. Si consiglia di guardarli dopo la serie per comprendere meglio i temi più profondi esplorati in Neon Genesis Evangelion. Secondo alcuni fan dell'anime (la teoria del loop di Neon Genesis Evangelion), la serie originale e le ricostruzioni sono in qualche modo collegate in una linea temporale che non è lineare, ma si ripete più volte con piccole differenze ogni volta. Anche i titoli delle ricostruzioni di Evangelion fanno riferimento a questo concetto di tempo: "Non si può rifare" e "Non si può avanzare".