La microbilancia deve essere spenta durante la pulizia. La pulizia grossolana di campioni non tossici sulle parti interne del paravento della microbilancia può essere effettuata con una spazzola e dei fazzoletti. Per una pulizia approfondita della microbilancia, il vassoio di raccolta e il piatto di pesata possono essere facilmente smontati e, se necessario, puliti in un bagno d'acqua a ultrasuoni. Si possono usare anche detergenti e solventi adatti, come l'alcol al 70% o l'isopropanolo. L'acetone non deve essere utilizzato sulla microbilancia, nemmeno per le sostanze appiccicose, poiché può sciogliere le materie plastiche e attaccare le superfici adesive del paravento. Tenere l'acetone lontano dalle impugnature in plastica e dallo schermo del terminale della microbilancia. La pulizia è consigliata dopo ogni utilizzo della microbilancia.  Per pulire correttamente la microbilancia, fare sempre riferimento alle istruzioni di pulizia contenute nel manuale di riferimento.