Qualsiasi organismo vivente verrebbe seriamente danneggiato dai raggi UV provenienti dal Sole se una buona parte della radiazione non fosse filtrata dall'atmosfera terrestre. lo stesso discorso vale per le radiazioni emesse dalle lampade UV-C.Per quanto riguarda il corpo umano o animale, un'irradiazione continuativa di occhi e pelle potrebbe provocare scottature e congiuntiviti anche di grave entità. Il loro funzionamento germicida consiste nell'attaccare il DNA dei microorganismi, danneggiando il loro apparato riproduttivo ed impedendone la replicazione. Per questo è importante verificare che prima di attivare la lampada germicida a raggi UV-C gli ambienti siano liberi da persone, animali e piante e che nessuno possa accedere ai locali prima della fine della disinfestazione.
Relativamente ai materiali, invece, a differenza di raggi X o Gamma i raggi UVC non possono penetrare i corpi solidi. Per eliminare microrganismi con i raggi UV-C è dunque necessario che questi si trovino sulla superficie di un oggetto o che siano trasportati dall’aria. Sebbene materiali quali il normale vetro di una finestra, il policarbonato e altri materiali trasparenti consentano di vedere attraverso di loro la luce delle lampade UV-C, bloccano il passaggio della lunghezza d'onda delle lampade UV-C annullando totalmente il loro effetto germicida. Per quanto riguarda i materiali in plastica i raggi UV-C hanno un effetto simile ai raggi solari diretti (anche se i raggi UV-C non trasmettono calore) con il conseguente ingiallimento dei materiali esposti per troppo tempo, specialmente se di colore bianco.