La fossa biologica presenta delle efficienze di rimozione degli inquinanti molto basse, che quindi non rientrano nei limiti per lo scarico in acque superficiali o su suolo previsti dalla normativa. Inoltre all’interno della fossa biologica si sviluppano dei fenomeni di putrescenza innescati dalle condizioni di anaerobiosi e anossia che portano alla formazione di biogas maleodoranti. Aspetto non di poco conto è rappresentato dalla necessità periodica, e molto frequente di pulizia e spurgo.