I probiotici possono avere anche degli effetti collaterali, soprattutto se si hanno allergie o intolleranze di vario tipo. In generale sarebbe meglio evitare l'assunzione casuale di tali microrganismi e valutare sempre insieme al proprio medico di fiducia quali ceppi e quali dosi assumere. Solo un esperto del settore medico, infatti, può decidere quali siano i casi in cui è necessario adottare probiotici e quali invece potrebbero arrecare più danni che benefici.