Esistono diversi protocolli VPN, ma ciò non dovrebbe interessare più di tanto una persona che decide di scaricare un provider VPN: questo perché se la VPN sarà ottima, lo saranno anche i suoi protocolli per la protezione dati. Il principale protocollo utilizzato per la criptazione dei dati che viaggiano su una rete privata virtuale è AES 256 seguito da Open VPN. Entrambi garantiscono un ottimo grado di protezione.