La prognosi a seguito di un intervento al colesteatoma è estremamente favorevole se effettuato precocemente. Nella maggior parte dei casi è possibile rimuovere del tutto il tumore senza complicanze e la capacità uditiva migliora nettamente subito dopo l’intervento. Alcuni pazienti possono manifestare infezioni recidivanti e una nuova formazione del colesteatoma. In questi casi è necessario intervenire di nuovo chirurgicamente.