Lo smaltimento dei pannolini è molto importante. Non tutti lo sanno infatti, ma i pannolini vanno buttati nel contenitore dell'indifferenziato, oppure possono essere portati al centro di raccolta, dove esistono appositi contenitori per questo genere di rifiuti. È importante non gettare mai un pannolino in mezzo alla natura. Si tratta infatti di un rifiuto difficile da smaltire e saranno necessari anni affinché si decomponga.
Alcuni pannolini, quelli biodegradabili realizzati con sostanze naturali, possono essere buttati nell'organico.
La soluzione migliore però, nel rispetto dell'ambiente, sono i pannolini lavabili.