Il biogas ha emissioni dirette di carbonio simili a quelle del gas naturale. Nel caso del biogas, il carbonio viene conteggiato come biogenico, ma deve essere preso in considerazione anche nel Protocollo sui gas serra.
Il fatto che la conversione comporti una riduzione delle emissioni dipende dal settore a monte (produzione del gas, registrata nello Scope 3): Il biogas può essere prodotto da rifiuti o da biomassa residua. Questo biogas ha meno emissioni a monte rispetto al gas naturale. Se, invece, il biogas viene prodotto direttamente dalle piante, l’impronta a monte può essere grande.