La manutenzione dell’impianto di depurazione è fondamentale per il buon utilizzo del sistema stesso ed è obbligatorio a norma di legge. Deve essere effettuato solo da ditte specializzate in quanto la  membrana semi permeabile a base del sistema di osmosi inversa è tanto forte nel bloccare tutte le sostanze pericolose quanto delicata rispetto al cloro che è contenuto nell’acqua potabile. A lungo andare può ostruirsi a causa delle varie sostanze disciolte nell’acqua. Inoltre, per preservare il funzionamento del sistema di depurazione vanno periodicamente sostituiti i filtri che trattengono il cloro e i batteri.