Come qualsiasi trattamento medico, la congelazione degli ovociti può causare alcuni effetti collaterali in alcune donne. Dopo la procedura del prelievo degli ovociti, le donne possono avvertire dolori addominali, sanguinamento vaginale o difficoltà a urinare.
Il fatto che la donna sia precedentemente in buona salute (non fumatrice, peso adeguato, ecc.) ridurrà le possibilità di sperimentare effetti collaterali. Tuttavia, i disturbi più frequenti riscontrati durante il trattamento sono quelli di origine psicologica (ansia, depressione, ecc.).