Esistono diversi sistemi di trasporto dell'idrogeno molecolare. Può essere trasportato con carri bombolai quando stoccato in bombole, oppure tramite condutture dedicate (potenzialmente anche in forma liquida, ma al momento i costi sono molto elevati).
In alternativa al trasporto molecolare dell’idrogeno, un’opzione più efficiente è rappresentata dalla produzione distribuita di idrogeno per elettrolisi direttamente vicino a dove serve. Infatti, è preferibile trasportare l’energia elettrica prodotta da fonte rinnovabile tramite la rete elettrica e alimentare così un elettrolizzatore per la produzione di idrogeno in sito dove necessario.