Essendo uno degli aeroporti più trafficati d'Europa, Madrid Barajas ha un gran numero di voli giornalieri. Questi voli sono effettuati da un gran numero di compagnie aeree e da un gran numero di destinazioni diverse.
Le linee più popolari (a seconda della destinazione del volo) sono: British Airways, Iberia, American Airlines, KLM, Air France, Norwegian, SAS, Finnair, Luthansa, Air Europa o compagnie aeree low-cost come RyanAir e Vueling.