Sama seperti gangguan pada tubuh lainnya, kista payudara juga dapat menimbulkan rasa sakit, terutama nyeri di area payudara sehingga akan terasa tidak nyaman.
Terlebih ketika saat menstruasi yang mana hormon sedang dalam fase yang sangat aktif, kista yang berbentuk benjolan tersebut akan menimbulkan rasa nyeri berlebih dan tidak jarang keluar cairan dari puting yang mengganggu.