Transportasi paling umum digunakan untuk ke Karimunjawa yaitu dari Semarang dan Jepara.Dari Pelabuhan Tanjung Emas, Semarang, kapal Pelni Kelimutu dan Lawit (sejenis kapal pesiar) berangkat setiap Jumat pukul 23.00wib dan tiba hari Sabtu pukul 06.00wib di Karimunjawa dan kembali dari Karimunjawa setiap Minggu siang pukul 13.00wib, lama penyebrangan 6-7 jam perjalanan.Dari Pelabuhan Pantai Kartini, Jepara terdapat Kapal Ferry Siginjai yang berangkat setiap dua hari sekali,lama penyebrangan kapal ekonomi ini +/- 4,5jam pelayaran dan Kapal Cepat Express Bahari dengan 2 jam perjalanan.perlu diperhatikan untuk jadwal kapal dari pelabuhan Jepara biasanya untuk masing-masing berbeda. Mengenai jadwal kapal anda bisa cek langsung disini. Tapi perlu diingat, Jadwal keberangkatan kapal akan berubah mengikuti perubahan cuaca. Jika anda membawa kendaraan sendiri baik itu mobil atau motor juga bisa dibawa ke Karimunjawa atau dititipkan di Pelabuhan Jepara.Jalur udara dapat ditempuh dari Bandara Ahmad Yani, Semarang menuju Bandar Udara Dewa Daru di Pulau Kemujan dengan pesawat sewa Wings Air. Waktu tempuh kurang lebih 30 menit. (sementara off sampai ada info kembali).