Cara mengatasi hama dan penyakit yang menyerang tanaman di dalam green house adalah dengan mencegahnya sejak awal. Caranya adalah dengan memilih bibit tanaman yang sehat dan berkualitas, membersihkan green house dari sisa-sisa tanaman yang mati atau busuk, menjaga kebersihan alat-alat pendukung, mengatur sirkulasi udara yang baik, dll. Jika sudah terjadi serangan hama atau penyakit, maka bisa dilakukan pengendalian secara mekanis, biologis, atau kimia. Pengendalian secara mekanis adalah dengan membuang bagian tanaman yang terserang hama atau penyakit. Pengendalian secara biologis adalah dengan menggunakan musuh alami dari hama atau penyakit, seperti predator, parasitoid, atau patogen. Pengendalian secara kimia adalah dengan menggunakan pestisida yang sesuai dengan jenis hama atau penyakitnya.