Untuk Balancer, keamanan adalah prioritas utama dan itulah sebabnya protokol ini telah diaudit penuh tiga kali oleh Trail of Bits, ConsenSys, dan OpenZeppelin. Tidak ada kunci admin atau pintu belakang, oleh karena itu, membuatnya tidak perlu rasa percaya, dan kolam-kolam balancer tidak dapat ditingkatkan. Balancer tidak mendukung token yang tidak sesuai dengan standar [ERC-20](https://coinmarketcap.com/alexandria/glossary/erc-20), meskipun mereka mungkin digunakan di beberapa kolam.
Token yang disimpan di kolam Balancer tidak dikontrol oleh Balancer, tetapi merupakan smart contract. Namun demikian, itu tidak menghilangkan risiko yang melekat pada smart contract. 'Configurable Rights Pool' (CRP) memastikan bahwa token yang diketahui bermasalah dilarang digunakan di kolam-kolam. Ini lebih lanjut memastikan bahwa semua token lain berinteraksi dengan aman dengan protokol