Biaya mengurus SPP-IRT berbeda untuk setiap kategori usaha. Misalnya, untuk kategori lemak, minyak, dan emulsi minyak, biayanya adalah Rp 300 ribu untuk daftar baru, Rp 150 ribu untuk perubahan data, dan Rp 200 ribu untuk daftar ulang. Biaya tersebut dapat bervariasi tergantung pada jenis usaha yang dijalankan.