Rekonsiliasi adalah proses pencocokan data transaksi (Laporan) antara OTTOPAY dengan pihak – pihak terkait  berdasarkan bentuk dan mekanisme yang telah disepakati. MERCHANT sepakat bahwa pembayaran dan Laporan transaksi melalui OTTOPAY akan didasarkan pada data Transaksi Berhasil yang dimiliki oleh OTTOPAY, kecuali terdapat kesepakatan lain. Apabila terdapat ketidakcocokan data, maka MERCHANT wajib melakukan koordinasi lanjutan dengan OTTOPAY dan selanjutnya OTTOPAY akan melakukan proses investigasi . OTTOPAY akan menyampaikan hasil investigasi kepada MERCHANT sesuai dengan kesepakatan layanan standar (SLA) yang berlaku. Dalam hal  tidak tercapai kesepakatan tentang data rekonsiliasi antara OTTOPAY dengan MERCHANT, maka data rekonsiliasi yang akan di jadikan dasar adalah data milik OTTOPAY. Penggantian kerugian akibat kegagalan sistem atau pembayaran selisih hanya dapat dilaksanakan berdasarkan Berita Acara Rekonsiliasi yang sah.