Berbeda dengan Pulau Bidadari yang memiliki alam memukau pulau ini memiliki keunikan berupa konsep rumah adat yang eksotik, pulau ini memiliki banyak rumah adat khas Papua yang mengapung di atas laut. Rumah-rumah adat ini menjadi ciri utama keindahan Pulau Ayer yang wajib dikunjungi dan jadi destinasi andalan dalam paket wisata Pulau Seribu. Tak hanya menyajikan keunikan, Pulau Ayer juga telah dilengkapi dengan beberapa fasilitas lengkap bagi wisatawan. Saat berlibur wisatawan tak perlu bingung dalam mencari penginapan murah, toko cendera mata, hingga aktivitas olahraga. Kebersihan dan kenyamanan wisatawan di pulau ini juga tak perlu diragukan karena alamnya masih terjaga dengan asri.