Di Jogja, ada beberapa sekolah menengah pertama terkemuka. Salah satunya adalah SMP Stella Duce 2. Sekolah ini menawarkan pendidikan holistik dengan nilai-nilai Kristen.SMP Joannes Bosco juga populer. Sekolah ini memiliki fasilitas modern dan berprestasi di e-sports dan sastra. SMP Kanisius Gayam telah ada selama 59 tahun. Sekolah ini dikenal karena keunggulannya di kompetisi akademik dan olahraga.