Siswa mendaftar dengan membawa Kartu Keluarga Sejahtera (KKS) milik orangtua ke lembaga pendidikan terdekat (dinas pendidikan atau departemen agama setempat untuk MTs/MA) atau lebih mudahnya bisa juga melapor ke sekolah tempat siswa tersebut sekolah.
Jika tidak memiliki Kartu KKS, orangtuanya dapat meminta Surat Keterangan Tidak Mampu (SKTM) dari RT/RW dan Kelurahan/Desa terlebih dahulu agar dapat melengkapi syarat pendaftaran (sebaiknya dari kelurahan/desa langsung saja).
Sekolah akan mendata dan mengusulkan pendaftar KIP ke Dinas Pendidikan/Kementerian Agama kabupaten/kota setempat.
Dinas pendidikan atau Kementerian Agama kabupaten/kota mengirim data/rekapitulasi pengajuan calon penerima KIP ke Kemendikbud/Kemenag.
Nantinya, sekolah akan mendaftarkan calon peserta KIP ke aplikasi Data Pokok Pendidikan (Dapodik). Sekolah yang berada dalam naungan Kemendikbud wajib memasukan data calon penerima KIP dalam dapodik.
Kemendikbud/Kemenag akan mengirimkan KIP kepada calon penerima KIP yang lolos seleksi