Protein nabati kurang mudah dicerna dibandingkan protein hewani karena adanya serat dan antinutrien. Namun, metode seperti memasak, merendam, memfermentasi, dan menumbuhkan dapat meningkatkan daya cerna. Beberapa protein nabati, seperti protein kedelai dan kacang polong, sangat mudah dicerna dan sebanding dengan protein hewani.