Pengolahan primer berfokus pada penghilangan kontaminan awal dalam air limbah melalui proses penyaringan, sedangkan pengolahan sekunder melibatkan penguraian materi organik kompleks menggunakan mikroorganisme. Pengolahan sekunder bertujuan untuk menghasilkan air limbah yang lebih bersih dan mengurangi tingkat materi organik yang terkandung di dalamnya.