Pada paruh kedua abad ke-17, pulau Nusa Penida pasti ditaklukkan oleh ekspedisi Dinasti Gelgel. Raja terakhir Nusa Penida, Dalem Bungkut, tewas dalam pertempuran.
Nusa Penida kemudian menjadi bagian dari istana Klungkung, salah satu dari sembilan kerajaan di Bali. Setelah integrasi Bali ke Hindia Belanda pada tahun 1908 yang kemudian menjadi Indonesia kemudian, Nusa Penida tetap melekat pada Kabupaten Klungkung.