Beberapa penyakit umum pada Kijang Super termasuk putaran atas mesin yang lemah, kurangnya fitur pengamanan, bantingan mobil yang keras, keausan banyak komponen, dan fitur peredaman kabin yang kurang memadai. Penting untuk melakukan perawatan rutin dan pemeliharaan agar dapat mengatasi atau mencegah munculnya masalah-masalah ini.