Meskipun amandel adalah bagian dari sistem kekebalan tubuh, pengangkatan amandel tidak berdampak signifikan terhadap fungsi kekebalan tubuh secara keseluruhan. Tubuh memiliki banyak mekanisme lain untuk melawan infeksi, dan kebanyakan orang tidak mengalami peningkatan risiko penyakit setelah operasi amandel. Faktanya, bagi penderita infeksi amandel kronis, pengangkatan amandel sebenarnya dapat mengurangi penyakit secara keseluruhan.