Periode dengan suhu terpanas biasanya jatuh antara November dan Desember dengan suhu rata-rata 28°C, sementara periode terdingin antara Juni dan Juli dengan suhu rata-rata 26°C. Curah hujan terbesar di Atambua ada pada bulan Januari, Februari, Maret, dan Desember, dengan rata-rata per bulan 197 cm curah hujan.