Meskipun popularitas YoWhatsApp meningkat di kalangan pengguna Android, perlu diingat bahwa penggunaan aplikasi MOD seperti YoWhatsApp memiliki risiko keamanan yang perlu diwaspadai. Karena aplikasi ini dimodifikasi oleh pihak ketiga, tidak ada jaminan bahwa privasi dan keamanan pengguna akan terjaga. Meskipun belum ada keluhan mengenai privasi dan keamanan saat menggunakan aplikasi, hal ini tidak menjamin bahwa aplikasi tersebut aman untuk digunakan. Oleh karena itu, pengguna harus selalu waspada dan mempertimbangkan risiko saat menggunakan aplikasi MOD.