Pelbagai bentuk dan jenis hukuman boleh dikenakan ke atas anggota ATM yang terlibat dengan perjuangan ISIS bergantung pada jenis dan bentuk kesalahan yang dilakukan. Hukuman secara spesifik pula bergantung pada pertuduhan yang dikenakan oleh mahkamah. Sebagai panduan, beberapa kes terdahulu yang melibatkan anggota ATM yang telah dipertuduhkan dan dijatuhi hukuman oleh mahkamah adalah penjara dan kediaman terhad (buang daerah).
Apabila seseorang itu telah dijatuhi hukuman penjara, maka segala bentuk ‘privilege’ seperti ganjaran, pencen dan keistimewaan sebagai bekas anggota tentera akan luput dengan sendirinya. Keluarga dan anak-anak pula akan menanggung risiko kehilangan sumber mata pencarian dan kasih sayang dari seorang ketua keluarga. Malah kesan pemenjaraan juga akan mencetuskan konflik kekeluargaan sehingga berlaku perceraian dan anak-anak yang terbiar tanpa pendidikan yang sempurna.
Justeru, semua warga ATM perlu memikirkan implikasi terhadap perbuatan mereka yang melibatkan diri dengan aktiviti militan ini. Selain dari itu berikut adalah hukuman-hukuman lain yang boleh dikenakan:
Anggota boleh didakwa di Mahkamah Tentera.
Isteri dan ahli keluarga boleh didakwa di mahkamah sivil kerana membantu atau melindungi aktiviti keganasan (rujuk kes seorang isteri yang dijatuhi hukuman 6 bulan penjara kerana melindungi suaminya yang terlibat dengan perjuangan ISIS).
Pegawai atasan boleh didakwa di mahkamah sivil kerana melindungi orang melakukan perbuatan keganasan.
Ditamatkan perkhidmatan dengan keji.
Diberi teguran sebagai tindakan pentadbiran.