Hidroponik menggunakan campuran yang dikenal sebagai AB Mix, dimana terkadang kita tidak tahu komposisi produksi nya dan termasuk pupuk kimia, sehingga hasil panen tidak dapat dikatakan organik. Akuaponik mengolah kotoran ikan menggunakan bakteri agar menjadi nitrit yang sangat dibutuhkan tanaman sehingga dapat tumbuh secara alami.