Cara mengajukan permohonan APA adalah dengan menyampaikan surat permohonan APA kepada Ditjen Pajak disertai dengan dokumen-dokumen pendukung, seperti laporan keuangan, analisis fungsional, analisis ekonomi, dan lain-lain. Permohonan APA dapat diajukan secara unilateral, bilateral, atau multilateral. Permohonan APA harus diajukan sebelum akhir tahun pajak pertama yang akan menjadi masa berlaku APA.