Sekolah ini didirikan oleh kelompok aktifis, pendidik dan pekerja sosial yang mempunyai pengalaman menjadi santri dan kemudian bergabung dalam Yayasan Bumi Aswaja Yogyakarta. Mereka terdiri sejumlah dosen dari beberapa perguruan tinggi di Yogyakarta, seperti UGM, UIN dan UNY yang pernah belajar S3 di Amerika Serikat, Kanada, Australia, Selandia Baru, Eropa dan Timur Tengah. Mereka pulang ke Indonesia dan mempunyai komitmen untuk menghadirkan lembaga pendidikan yang mengintegrasikan pendidikan di negara maju dengan pendidikan pesantren. Konsep kurikulum Bumi Cendekia disusun bersama dengan melibatkan para kyai, akademisi, dan praktisi pendidikan yang berpengalaman di sekolah internasional dan alternatif seperti SMP Tumbuh, Sekolah Ciputra, Afkaruna Islamic School, dan Fasttrack Fun School. Daftar lengkap pengurus yayasan dan panitia persiapan sekolah bisa di lihat di laman Pengurus.