Cara mencatat selisih kas dalam akuntansi tergantung pada jenis selisih kas yang terjadi. Jika terjadi cash overage, maka perusahaan harus menambahkan jumlah selisih kas ke saldo akuntansi, dan mencatatnya sebagai pendapatan lain-lain. Jika terjadi cash shortage, maka perusahaan harus mengurangi jumlah selisih kas dari saldo akuntansi, dan mencatatnya sebagai beban lain-lain. Selisih kas juga harus direkonsiliasi dengan saldo bank setiap bulannya, untuk memastikan tidak ada perbedaan yang signifikan antara kedua sumber informasi tersebut.