Tantangan sistem produksi fleksibel adalah memerlukan investasi awal yang besar untuk membeli mesin fleksibel, sistem kontrol komputer, sistem informasi, dan sistem desain. Selain itu, sistem produksi fleksibel juga memerlukan tenaga kerja yang memiliki keterampilan dan pengetahuan yang tinggi untuk beradaptasi dengan perubahan produk dan proses produksi. Selanjutnya, sistem produksi fleksibel juga harus mampu mengatasi ketidakpastian permintaan dan persaingan pasar.