Setiap obat tentu memiliki efek samping yang mungkin terjadi, tak terkecuali obat pengencer darah. Diantaranya adalah sebagai berikut:
Urine yang berwarna merah atau pink
Mudah memar
Feses terlihat seperti ampas kopi atau berdarah
Munculnya area kehitaman pada jari tangan, tangan, jari kaki, atau kaki