Apabila pengusaha telah dikukuhkan menjadi PKP, maka wajib untuknya memungut PPN dan Pajak Penjualan atas Barang Mewah (PPnBM) terutang untuk transaksi berkenaan dengan BKP atau JKP. Selain itu, PKP juga harus menyetorkan PPN terutang yang dikreditkan menggunakan surat setoran pajak (SSP). Ia juga punya kewajiban melaporkan koreksi fiskal perpajakan dalam Surat Pemberitahuan Masa (SPT Masa) PPN atau PPnBM, wajib menyetorkan PPN yang harus dibayar jika pajak keluaran lebih besar dari pajak masukan yang bisa dikreditkan, serta wajib menerbitkan faktur pajak atas setiap transaksi BKP atau JKP. Sedangkan, untuk Non-PKP tidak diperbolehkan memungut PPN atau menjalankan kewajiban dari PKP, seperti halnya melaporkan SPT Masa PPN dan menerbitkan faktur pajak. Kewajiban Non-PKP hanya membayar dan melaporkan PPh Final. Adapun bagi Non-PKP yang secara sengaja menerbitkan faktur pajak tetapi belum dikukuhkan sebagai PKP, maka diancam kurungan penjara minimal dua tahun dan paling lama enam tahun, serta denda minimal dua kali jumlah pajak yang tertera pada faktur pajak dan maksimal enam kali jumlah di dalam faktur pajak tersebut. Larangan tersebut berdasarkan UU Nomor 16 tahun 2009 Pasal 39A Tentang Ketentuan Umum dan Tata Cara Perpajakan. Adapun, aturan yang terbaru secara rinci dijelaskan dalam PMK 59/PMK.03/2022 sebagai perubahan atas PMK 231/PMK.03/2019 mengenai tata cara pendaftaran dan penghapusan NPWP, pencabutan, dan pengukuhan Pengusaha Kena Pajak serta pemotongan, penyetoran, dan pelaporan pajak bagi instansi pemerintah. Salah satu pokok pengaturan PMK ini ialah pengecualian pemotongan atau pemungutan pajak oleh instansi pemerintah untuk transaksi yang dilakukan menggunakan sistem informasi pengadaan pemerintah.