Latar belakang berdirinya LPS adalah krisis moneter yang melanda Indonesia pada tahun 1998. Saat itu, krisis moneter menyebabkan likuidasi 16 bank dan kepercayaan masyarakat terhadap mekanisme perbankan turun.
Menurut Pasal 37B Undang-Undang Nomor 10 Tahun 1998 tentang Perbankan, setiap bank wajib menjaminkan dana warga yang disimpan pada bank yang bersangkutan. Untuk menjamin simpanan warga di bank, dibentuklah LPS.