Durasi waktu yang paling lama untuk melakukan proses karantina tumbuhan adalah empat belas hari. Akan tetapi itu semua tetap tergantung pada jenis komoditas yang akan menjalani karantina. Selain itu durasi karantina juga tergantung pada jenis metode pengujian yang akan diterapkan. Faktor penentu durasi karantina lainnya adalah ketentuan resiko penyebaran penyakit, kuman atau berbagai organisme pengganggu lainnya.