Filter air sumur kuning bekerja dengan menyaring air melalui media filtrasi khusus yang dapat mengoksidasi dan mengikat partikel-partikel besi dan mangan. Ketika air mengalir melalui media filtrasi, partikel-partikel besi dan mangan akan tertahan dan diikat oleh media tersebut. Air yang keluar dari filter akan memiliki warna yang lebih jernih dan bebas dari partikel kuning atau coklat. Beberapa filter air sumur kuning juga dilengkapi dengan media aktif tambahan untuk menghilangkan zat-zat pencemar lainnya yang menyebabkan warna kuning pada air.