Tiap obat tentunya mempunyai efek samping, dan itu pasti tertulis pada tiap kemasan. Efek samping menggunakan obat aborsi cytotec misoprostol dan sejenisnya yaitu: Mual-mual, diare, nyeri, demam hingga menggigil. Efek tersebut tidaklah berbahaya untuk kesehatan anda, karena aborsi menggunakan obat merupakan cara paling aman karena tidak ada efek jangka panjang.