Hubungan KBKI dengan kode HS mempunyai hubungan yang sangat dekat, struktur pengelompokan barang-barang yang ada di KBKI disusun mendekati struktur pada HS code, sebagai contoh subkelas KBKI dalam seksi 0-4 merupakan pengelompokan dan penyusunan kembali dari penggolongan-penggolongan lengkap yang ada pada HS.