Melakukan inseminasi buatan (IUI) ini sebenarnya minim risiko namun meski begitu terdapat beberapa risiko bagi sebagian wanita diantaranya risiko hamil kembar, sindrom hiperstimulasi ovarium, dan infeksi.
Inseminasi intrauterin adalah proses yang sederhana dan dianggap sebagai salah satu metode yang paling tidak invasif. Efek samping yang terkait dengan prosesnya juga sangat minim. Sebagian besar efek samping pengobatan IUI biasanya mereda seiring waktu atau hilang setelah penghentian obat kesuburan.