Kemenkeu merangkum sembilan keuntungan NLE. Pertama, tidak menghilangkan kewenangan, proses bisnis, dan sistem layanan yang sudah dimiliki masing-masing entitas yang memutuskan untuk terintegrasi atau berkolaborasi dengan NLE. Kedua, NLE menghubungkan secara komprehensif proses logistik dari hulu (kedatangan kapal) sampai ke hilir (warehouse/pabrik), baik proses ekspor dan impor. Proses integrasi ini dilakukan dengan cara menghubungkan output dari satu  sistem menjadi input bagi sistem lainnya. Ketiga, kolaborasi NLE memungkinkan diterapkannya single submission untuk layanan perizinan, dokumen ekspor/impor, dan dokumen pengangkutan (manifes). Single submission ini memungkinkan pihak terkait, misalnya agen pelayaran, menginput data sekali saja dan kemudian data tersebut langsung terdistribusi ke setiap K/L terkait. Keempat, kolaborasi NLE memungkinkan diterapkannya single billing untuk menunaikan kewajiban penerimaan negara yang meliputi, pembayaran pajak, bea masuk, dan penerimaan negara bukan pajak (PNBP). Kelima, memungkinkan diterapkannya single payment channel untuk pembayaran lainnya dengan mengkolaborasikan bank. Keenam, memungkinkan diterapkannya single risk management antar-K/L. Karena profil yang dimiliki satu K/L atas kliennya dapat dibagikan kepada K/L lain. Ketujuh, NLE dapat menjadi alat untuk memonitor janji layanan yang ditetapkan dalam masing-masing peraturan perundangan, sekaligus sebagai alat kontrol kepatuhan dalam implementasinya. Kedelapan, NLE dapat mendorong standardisasi layanan dan standar teknis lainnya seperti standar biaya, standar kelayakan (truck dan forklift), sertifikasi profesi (supir dan operator forklift). Kesembilan, ekosistem yang terkolaborasi sangat memudahkan proses bisnis importir, eksportir, dan pelaku logistik lainnya.