Sebelum mengonsumsinya dengan olahan sup, hidangan, mie, tumis, atau salad, Anda perlu membersihkan jamur enoki terlebih dahulu. Anda tidak perlu mempersiapkan banyak hal saat mencucinya. Caranya, yaitu, pilih batang yang berubah warna dan berlendir, bilas dengan cepat di bawah air mengalir atau menyeka dengan kain lembap untuk membersihkan kotoran, kemudian potong batang kayu yang berada diujung jamur-jamur enoki tersebut.