Beberapa ahli berpendapat bahwa kasus ini merupakan pelanggaran HAM berat karena bukan hanya menghilangkan nyawa seorang manusia karena Munir saat itu mengadvokasi korban kejahatan HAM serta melakukan kritik terhadap pemerintah. Kematian beliau dianggap sebagai usaha pembungkaman serta perampasan hak untuk bersuara.