Umumnya, operasi varikokel tak berbahaya. Namun operasi ini juga tidak dapat menjanjikan keberhasilan 100%. Tetap ada komplikasi dan efek samping yang mungkin diderita oleh pasien. Efek samping yang dapat terjadi adalah rasa nyeri pada testis, pembengkakan, infeksi, atrofi testis, dan lain sebagainya.