Biaya layanan kanal pembayaran ShopeePay akan berbeda sesuai dengan produk yang dijual oleh merchant. Jika merchant menjual produk berbentuk fisik (pakaian, makanan, furniture, penyewaan kendaraan, dll), maka akan dikenakan biaya layanan ShopeePay standard. Namun jika merchant menjual produk berbentuk digital (kelas online, pulsa, voucher, dll), maka akan dikenakan biaya layanan ShopeePay (digital).