Minden félév elején be kell iratkozni a Neptun-rendszeren keresztül. Beiratkozni csak akkor lehet, ha regisztrációs időszak van, és a rendszer csak azt a hallgatót engedi beiratkozni, akinek nincs lejárt határidejű tartozása. Az első beiratkozáskor személyes, papír-alapú beiratkozás is szükséges.
A beiratkozás után dönteni kell arról, hogy milyen tantárgyakat szeretnél teljesíteni az adott félévben, vagyis fel kell venni a tantárgyakat. A meghirdetett tárgyak évfolyamonkénti listája a wesley.hu oldalon a megfelelő képzés oldalán található meg.
A beiratkozásról és a tárgyfelvételről részletes leírás olvasható a Neptun-belépőfelületéről letölthető hallgatói útmutatóban.