A papíralapú számlák kezeléséhez hasonlóan zajlik az elektronikus számlák nyilvántartása és jóváhagyása is. Mivel a számla – nevéből adódóan – elektronikusan keletkezik, így nincs szükség digitalizálásra. Az e-számlák a hagyományos papír alapú bizonylattal egyenértékűek, hitelesítettek, illetve időbélyegzővel vannak ellátva.