A Substance 3D Stagernek közvetlen kapcsolata van számos Adobe-alkalmazással, megkönnyítve az alkalmazások közötti munkavégzést. Jelenleg a Substance 3D Painter, a Substance 3D Sampler, a Substance 3D Designer és az Adobe Aero alkalmazás van összekapcsolva egymással. Néhánynak közülük vannak külső alkalmazásokhoz (például az Unreal Engine-hez) használható beépülő moduljai.