A Coincheck biztonsága az első helyen áll, mind a tőzsde tevékenységei, mind a felhasználók vonatkozásában. Az összes kriptovagyont hűtőházban tárolják, minden felhasználót ellenőriznek és hitelesítenek, semmilyen tevékenységet nem végeznek azokban az országokban, ahol a hackelési próbálkozásoknak csak nyoma van, és a modern japán technológiák mindezt úgymond megbízhatóan védik kívülről.