A Neteller használatához némi díj kapcsolódik, de ezek általában meglehetősen ésszerűek. Például a számlára történő befizetésnek is van egy kis díja, de a kereskedőknek történő fizetésnek vagy a más Neteller-ügyfeleknek történő átutalásnak nincs díja. Valutaváltási díjak is felmerülhetnek, ha nem a saját pénznemében fizet.