Szibéria keleti részén kontinentális éghajlat uralkodik. A nyár forró és rövid, a tél hosszú és rendkívül fagyos. A tóban található hatalmas vízmennyiségnek köszönhetően azonban mérsékeltek az extrém hőségek és fagyok.
A Bajkált meredek hegyvidéki partvidék öleli körül, s ennek hatása (télen kb. 5 °C-kal melegebb, nyáron pedig 5 °C-kal hűvösebb az idő, mint például Irkutskban) megfigyelhető 10 kilométeres körzetben is.
A víz átlaghőmérséklete ennek ellenére egy közép-európai ember számára elég hideg. A nyári melegben ritkán emelkedik 12 °C fölé. A tél hamar érkezik, általában -15 °C az átlaghőmérséklet, a tó röpke két hét alatt teljesen befagyhat, akár egy méter vastag jégréteg is kialakulhat rajta.