A hisztamin intolerancia tünetei egyénenként változók lehetnek. Gyakoriak a gyomor-bélrendszeri tünetek, a szív- és érrendszeri tünetek, a bőr-, nyálkahártya- és légúti tünetek, illetve az idegrendszeri és hormonrendszeri tünetek jelentkezése. Gyakori tünetek például a puffadás, a hasfájás, a bőrproblémák, a fejfájás vagy a menstruációs zavarok.