Mivel a betegek érzéstelenítést kapnak, a gyökértömés semmivel sem fájdalmasabb, mint egy szokásos fogászati beavatkozás, például a tömés vagy a bölcsességfog eltávolítása. A gyökércsatorna azonban általában kissé fáj vagy zsibbad a beavatkozás után, és néhány napig enyhe kellemetlenséget is okozhat. Az eljárás után a páciens irritációt vagy fájdalmat érezhet az első 24-48 órában. Ez vény nélkül kapható fájdalomcsillapítókkal orvosolható.