Japán éghajlatát befolyásolják a monszunok. Az ország északi részén hideg, a közepén mérsékelt, a déli részén pedig szubtrópusi az éghajlat. Télen a hőmérséklet -9 °C és 16 °C között mozog, nyáron pedig 20–28 °C között. Nyáron nagy esőzések várhatóak, amelyek augusztusban monszunokká alakulnak.
Tokióban az évi csapadékmennyiség körülbelül 1 405 mm. A legcsapadékosabb hónap a május, 185 mm csapadékkal, a legszárazabb hónap pedig a január, 45 mm csapadékkal.