Az alkalmazás adatbázis (application db) egy önálló szoftver adatbázisa, például egy webáruház, ERP, LMS, CMS stb. rendszeré. A Metabase-hez több alkalmazás adatbázis is kapcsolódhat, mely képes egy bizonyos szintre összesíteni azokat.
Ha a Metabase közvetlenül csatlakozik az alkalmazás adatbázishoz, biztonsági okokból ajánlott csak olvasható adatbázis hozzáférést biztosítani a Metabase számára.