Alapvető különbség, hogy a PPC egy kattintás alapú hirdetési rendszer, mely alkalmazása során, minden egyes felhasználói kattintás után fizet a hirdető. Minél népszerűbb egy kifejezés vagy kulcsszó, annál nagyobb a veseny és annál drágább a kattintásonkénti ára egy kulcsszónak. A kampányok felállítása gyors és azonnali eredményre, kampányindításra lehet számítani az alkalmazása során.
A SEO egy hoszútávú stratégia, mert az optimalizálási folymatok hónapokig is elterthatnak, így az eredmények is később lesznek. A PPC-vel szemben viszont az organikus kattintásokért nem kell fizetni és általánosságba véve a konverziós arányai az organikus találatoknak magasabb. A Google egyre erőteljesebben tereli a felhasználókat a fizetett hirdetések felé, ezért az organikus megjelenéseket egyre jobban szorítja a háttérbe, ennek ellenére hosszútávon a keresőoptimalizálás és a fizetett hirdetések párhuzamos használata javasolt.