A kézfertőtlenítők használata nem helyettesíti a kézmosást - a WHO továbbra is a minél gyakoribb és minél alaposabb szappanos kézmosást tartja az egyik legfontosabb lépésnek a fertőzés elleni védekezésben, amire azonban gyakran nincs lehetőségünk.
Ezekben az esetekben (pl.: tömegközlekedési eszközön utazva) nyújtanak megoldást a kézfertőtlenítők.