A szivacsok tisztítása egyszerű. Sokszor újra felhasználható. Cserére akkor szorul, amikor a szivacs anyaga már nem rugalmas, felkeményedett, töredezik.
Mivel a szivacs is tartalmaz baktériumokat, a legkörültekintőbb akkor vagy, ha tisztításkor a szivacsokat RO vízben, vagy az akvárium vizében mosod ki, és öblíted át. A nyomkodás hatására rengeteg baktériumot is kimosol, de így legalább van esélye annak, hogy marad a szivacsban. Ha ezt csapvízben teszed meg, a klór megöli a teljes állományt. Ha csak szivacsot használsz a szűrésre, SOHA ne mosd csapvízzel. Ha viszont többféle szűrőanyagot használsz, akkor sincs nagy probléma, ha csapvízben mosod ki, mert a nagyobb baktérium mennyiséged nem a szivacsban lesz. Viszont, ha a csapvízben mosod el, akkor utána áztasd be vízelőkészítős vízbe, hogy a klórt teljes mértékben semlegesítsed.