Egyes betegségek esetében omega-3-hiányt feltételezhetünk, és a betegség lefolyása enyhíthető az omega-3 zsírsavak bevitelével. Általánosságban elmondható, hogy a nyugati étrend többnyire omega-3-hiánnyal jár. A közvetlen jeleket nem igazán vesszük észre, mert ezek gyakran már a mindennapi élet részei, és az emberek megtanultak együtt élni velük (alvászavarok, koncentrációhiány, emésztési problémák stb.). Emellett számos autoimmun betegséget okozhat az omega-3 zsírsavak hiánya, még ha korábban nem is észleltünk semmilyen változást a szervezetben.