Republika Hrvatska se, zajedno sa Republikom Slovenijom, potpisom Međudržavnog ugovora te prihvaćanjem svih međunarodnih konvencija, direktiva i sl. obvezala razgraditi NE Krško i zbrinuti istrošeno nuklearno gorivo i radioaktivni otpad nastao radom i razgradnjom elektrane. Međudržavni ugovor između dviju država potpisan je u prosincu 2001. godine, a potvrđen u Hrvatskom saboru u srpnju 2002. godine. Svaka od država potpisnica dužna je temeljem Međudržavnog ugovora zbrinuti polovicu pogonskog i dekomisijskog otpada iz Nuklearne elektrane Krško. Potpisnice su također dužne zajednički izrađivati i redovito revidirati Program razgradnje NE Krško i Program odlaganja RAO-a i ING-a iz NE Krško.