पैंटोप्राजोल टैबलेट के लंबे समय तक सेवन से एट्रोफिक गैस्ट्रिटिस (पेट की कोशिकाओं में सूजन), विटामिन बी 12 की कमी और हड्डियों का कमजोर होना या ऑस्टियोपोरोसिस (कैल्शियम, मैग्नीशियम और विटामिन डी की कमी) हो सकता है। आपका डॉक्टर दीर्घकालिक दुष्प्रभावों से निपटने के लिए कैल्शियम, विटामिन डी या हीमोग्लोबिन बढ़ाने वाली दवाएं लिख सकता है।