एंडोस्कोपी को आम तौर पर एक सुरक्षित प्रक्रिया माना जाता है, लेकिन किसी भी चिकित्सा प्रक्रिया की तरह, इसमें कुछ जोखिम होते हैं, जिनमें रक्तस्राव, संक्रमण, गैस्ट्रोइंटेस्टाइनल ट्रैक्ट का छिद्र, और एनेस्थीसिया या बेहोश करने की क्रिया के प्रति प्रतिक्रिया शामिल है।