1605 में, पेचिश के बाद हुई एक बीमारी ने अकबर का जीवन समाप्त कर दिया। सिकंदरा, आगरा में, उनकी कब्र एक मकबरे में स्थित है। उनका शासनकाल 49 वर्षों तक चला। उसके स्थान पर उसका पुत्र जहाँगीर गद्दी पर बैठा।