कवक का वर्गीकरण मुख्यत: उनके जीवन चक्र के आधार पर होता है.  कवक में प्रजनन संरचनाओं की अकारिकी तथा बीजाणु बनने की विधि उनके वर्गीकरण के प्रमुख आधार हैं.  शरीर क्रिया विज्ञान तथा जैव रसायन दोनों ही कवक के वर्गीकरण में सहायता करते हैं.