मृदा अपरदन का प्रभाव उपजाऊ भूमि के नुकसान से कहीं आगे तक जाता है। इससे जलधाराओं और नदियों में प्रदूषण और अवसादन बढ़ गया है, जिससे ये जलमार्ग अवरुद्ध हो गए हैं और मछलियों और अन्य प्रजातियों में गिरावट आई है। और ख़राब भूमि भी अक्सर पानी को रोकने में कम सक्षम होती है, जिससे बाढ़ की स्थिति खराब हो सकती है।