भगवान श्री कृष्ण की मूर्ति गुरुवायुरप्पन मंदिर में स्थापित है, और इस मूर्ति की कई सारी खासियत है। भगवान श्री कृष्ण की चार हाथो वाली मूर्ति है और उसमे भगवान श्री कृष्ण के एक हाथ में शंख है भगवान श्री कृष्ण के दूसरे हाथ में सुदर्शन चक्र है और उनके तीसरे हाथ में सुंदर कमल पुष्प है और सबसे उत्तम उनके चौथे हाथ मे गदा धारण की हुए है।