मल्टीपल स्केलेरोसिस, ल्यूपस (सिस्टमिक ल्यूपस एरिथेमेटोसस) और रुमेटीइड गठिया जैसे ऑटोइम्यून रोगों में, प्रतिरक्षा प्रणाली अधिक सक्रिय होती है। ऐसे मामलों में नीम का सेवन लक्षणों को बढ़ा सकता है। इसलिए ऑटो-इम्यून बीमारियों की स्थिति में नीम से परहेज करें।