जब कोई एनल फिशर एक महीने से अधिक समय का हो जाता है और ठीक नहीं होता है तो उस एनल फिशर के उस फेज को क्रोनिक एनल फिशर कहते हैं। क्रोनिक एनल फिशर होने का कारण कब्ज या दस्त पर संयम न हो पाना है। इसके अलावा यदि एनल फिशर होने के बाद आप एक ही जगह पर ज्यादा देर तक बैठे रहते हैं तो इससे भी एनल फिशर हील नहीं होता है और यह क्रोहन रोग में परिवर्तित हो जाता है।