किडनी स्टोन बनने का कोई एक कारण नहीं है। कई कारण और रिस्क फैक्टर हैं जो गुर्दे की पथरी को जन्म देते हैं।
जब मूत्र में क्रिस्टल बनाने वाले पदार्थों (कैल्शियम, आक्सलेट और यूरिक एसिड) की अधिकता हो जाती है, तो मूत्र का तरल पतला हो सकता है। इसके साथ मूत्र में ऐसे पदार्थों की कमी होने लगती है जो क्रिस्टल को आपस में चिपकने से रोकते हैं। नतीजन, क्रिस्टल आपस में चिपकने लगते हैं और गुर्दे की पथरी का जन्म होता है।