अधिक मात्रा में अजवाइन का सेवन करने से अम्लता (Acidity), जलन का अहसास, मुंह के छालें, पेट में अल्सर, आंतरिक रक्तस्राव, नकसीर आदि की समस्या पैदा हो जाती है।