वैसे तो शिलाजीत आम तौर पर सुरक्षित है, लेकिन कुछ लोगों को पाचन संबंधी समस्याओं जैसे हल्के साइड इफ़ेक्ट का अनुभव हो सकता है। इसे डॉक्टर की देखरेख में ही इस्तेमाल करना ज़रूरी है।