बैक्टीरियम एस्चेरिचिया कोलाई (Escherichia coli) यूरिनरी ट्रैक्ट इन्फेक्शन का मुख्य कारण है। यह कोलन में पाया जाता है। महिलाओं में, सेक्स के कारण यह बैक्टीरिया मूत्र मार्ग में आ सकता है और संक्रमण पैदा कर सकता है। इसके अलावा क्लैमाइडिया, माइकोप्लाज्मा और गोनोरिया जैसा अन्य बैक्टीरिया भी मूत्र पथ के संक्रमण का कारण बन सकते हैं।