किसी भी सर्जिकल प्रक्रिया की तरह, न्यूरोसर्जरी में संक्रमण, रक्तस्राव, तंत्रिका क्षति और एनेस्थीसिया के प्रति प्रतिकूल प्रतिक्रिया सहित जोखिम होते हैं। हालाँकि, सर्जिकल तकनीकों और प्रौद्योगिकी में प्रगति के साथ, न्यूरोसर्जरी से जुड़े जोखिम समय के साथ काफी कम हो गए हैं।