बारहखड़ी का उपयोग जब हम स्वर के साथ करते हैं तो हमें ‘ऋ’ और ‘ॠ’, ये दोनों का प्रयोग स्वतंत्र रूप से किया जाता है। ‘ऋ’ और ‘ॠ’, दोनों ही बारहखड़ी के स्वर प्रारूप है। लेकिन जब हम व्यंजन के अक्षरों का बारहखड़ी में रूपांतर करते हैं तब हम इन दोनों स्वरों को किसी अन्य अक्षर के साथ उपयोग नहीं कर सकते। ‘ऋ’ और ‘ॠ’ मात्राओं को छोड़कर जितनी भी बारहखड़ी मात्राएं हैं,  उन सभी का प्रयोग अक्षर के ऊपर किया जाता है।