CRISPR-Cas9 को अक्सर इसकी सरलता, दक्षता और बहुमुखी प्रतिभा के लिए TALENs और जिंक-फिंगर न्यूक्लिएस जैसी अन्य जीन-संपादन तकनीकों की तुलना में पसंद किया जाता है। इसके उपयोग में आसानी ने इसे अनुसंधान में एक लोकप्रिय विकल्प बना दिया है।