यह ज्यादातर प्राकृतिक हत्यारा कोशिकाओं और फागोसाइट्स ("खाने वाली कोशिकाओं") जैसी प्रतिरक्षा कोशिकाओं का उपयोग करके लड़ती है। जन्मजात प्रतिरक्षा प्रणाली का मुख्य काम हानिकारक पदार्थों और कीटाणुओं से लड़ना है जो शरीर में प्रवेश करते हैं, उदाहरण के लिए त्वचा या पाचन तंत्र के माध्यम से।