आईआईटी जेएएम आवेदन शुल्क का भुगतान केवल ऑनलाइन किया जा सकता है। आईआईटी जेएएम आवेदन शुल्क का भुगतान करने के लिए उम्मीदवारों के पास तीन विकल्प हैं: क्रेडिट कार्ड, डेबिट कार्ड और नेट बैंकिंग।