हालांकि अब तक बनी फिल्में और धारावाहिक में तो जोधा अकबर की कहानी को सच बताया गया है लेकिन कुछ इतिहासकारों के अनुसार जोधा बाई को अकबर के पुत्र जहांगीर की पत्नी बताया गया है। कुछ इतिहासकार का मानना है कि अकबर को एक अच्छा सम्राट दिखाने के लिए जोधा अकबर की प्रेम कहानी को काल्पनिक रूप से बनाया गया है।