कुछ कॉलेजों / विश्वविद्यालयों को प्राधिकरण द्वारा ब्लैकलिस्ट कर दिया गया है। इन कॉलेजों / विश्वविद्यालयों में पढ़ने वाले छात्र यूपी छात्रवृत्ति के लिए आवेदन नहीं कर सकते हैं। इन ब्लैक-लिस्टेड कॉलेजों में चौधरी बाबूलाल इंस्टीट्यूट ऑफ टेक्नोलॉजी एंड मैनेजमेंट, हाथरस, एक्सीलेंस कॉलेज ऑफ प्रोफेशनल स्टडीज, मेरठ और श्रीकृष्ण कॉलेज ऑफ इंजीनियरिंग एंड टेक्नोलॉजी, बागपत शामिल हैं।