राष्ट्रीय और अंतर्राष्ट्रीय पदकों के साथ-साथ मल्लेश्वरी को 1994 में अर्जुन पुरस्कार, 1999 में राजीव गांधी खेल रत्न और 1999 में पद्म श्री से भी सम्मानित किया गया।