एमडी कार्यक्रम के लिए शुल्क चुने गए संस्थानों और विशेषज्ञता के आधार पर भिन्न होता है। सरकारी कॉलेज किफायती फीस लेते हैं तो वहीं प्राइवेट कॉलेज मोटी फीस वसूलते हैं। कार्डियोलॉजी कार्यक्रम में एमडी के लिए औसत शुल्क 42,000 रुपये से 1,200,000 रुपये प्रति वर्ष हो सकता है।