शरीर से जुड़ी 300 तरह की बीमारियों में से कोई एक बौनेपन का कारण होती है लेकिन इससे ग्रसित 70 प्रतिशत व्यक्तियों में बौनेपन की वजह पीयूष ग्रंथि द्वारा स्त्रावित ग्रोथ हार्मोन का न बनना होता है। दूसरा मुख्य कारण जिसे एकोण्ड्रोप्लेजिया कहते हैं इसमें शरीर के जोड़ों में असमानता व लचीलापन होता है।