कन्या भ्रूण हत्या का सबसे प्रमुख दुष्परिणाम लिंगानुपात में होने वाला अंतर है। 2011 की जनगणना के अनुसार भारत का लिंगानुपात हजार पुरुषों पर 943 महिलाएं हैं। जिसके कारण विभिन्न प्रकार की असामाजिक स्थितियाँ उत्पन्न होने लगती है।