एमोक्सीसिलिन के कुछ साइड इफेक्ट होते है जैसे फीवर, दस्त, जॉइंट पेन, त्वचा का पीला पड़ना, मत्तली और उल्टी, आक्षेप, भारी मासिक धर्म रक्तस्राव, आसान चोट और ब्लीडिंग, दाँत मलिनकिरण, स्वाद में बदलाव आदि।