एफ़टीपी डिफ़ॉल्ट रूप से सुरक्षित नहीं है, इसलिए संवेदनशील डेटा स्थानांतरित करने के लिए इसकी सलाह नहीं दी जाती है। इसके बजाय, एफ़टीपी के अतिरिक्त एन्क्रिप्शन सॉफ़्टवेयर के सुरक्षित संस्करणों का उपयोग करना चाहिए।