MSME की कुछ मुख्य समस्याएं निम्नलिखित हैं: पूंजी की कमी: MSME सेक्टर के लिए पूंजी की कमी एक बड़ी समस्या है। उद्यमियों को उचित वित्तीय संसाधनों से वंचित होने के कारण, उन्हें नई तकनीकों और उन्नयन के लिए निवेश करने में कठिनाई होती है। तकनीकी नौकरियों की कमी: MSME के उद्यमियों को तकनीकी नौकरियों की कमी का सामना करना पड़ता है। उन्हें उच्च क्षमता और नवीनतम तकनीक का उपयोग करने वाले कर्मचारियों को प्राप्त करने में कठिनाई होती है। संचार की कमी: बड़ी निवेश कंपनियों की तुलना में, MSME उद्यमों के पास विस्तृत संचार संरचना नहीं होती है। इससे कारोबार के स्तर और नैतिकता पर असर पड़ता है। अधिकतम उपलब्धियों की कमी: MSME सेक्टर के उद्यमियों को अधिकतम उपलब्धियों की कमी का सामना करना पड़ता है। उन्हें अधिकतम उपलब्धियों से वंचित होने के कारण अपनी विपणन योजनाओं को विकसित करने में कठिनाई होती है।