निपाह वायरस का मुख्य भंडार या वाहक जानवर दक्षिण पूर्व एशिया में पाए जाने वाले फल चमगादड़ की एक प्रजाति है। फल चमगादड़ निपाह वायरस से बीमार नहीं पड़ते। हालाँकि, वे वायरस को सूअर जैसे अन्य जानवरों तक पहुंचा सकते हैं, जो बीमार हो सकते हैं। फिर ये जानवर लोगों तक वायरस पहुंचा सकते हैं।