कामाख्या मंदिर में योनि पूजा इसीलिए की जाती है ताकि नारी की शक्ति और साधना में मदद, संतान प्राप्ति, और पारंपरिक कथा के आधीन यहाँ खास विशेष रूप से पूजा की जाती है।