कुछ मामलों में टमाटर के बीज किडनी को नुकसान पहुंचा सकते है। ऐसे में किडनी स्टोन के जोखिमों को कम करने के लिए टमाटर के बीजों को निकालकर उसके सेवन की सलाह दी जाती है (25)।