एंडोस्कोपी आमतौर पर दर्दनाक नहीं होती है क्योंकि प्रक्रिया के दौरान मरीजों को आरामदायक बनाने के लिए उन्हें शामक या एनेस्थीसिया दिया जाता है। हालाँकि, कुछ रोगियों को बाद में हल्की असुविधा या गले में खराश का अनुभव हो सकता है।