कार्बनिक प्रतिक्रिया की मौलिक अवधारणा सहसंयोजक बंधों के विखंडन पर आधारित है। एक सहसंयोजक बंधन दो तरह से विखंडन से गुजरता है:
• होमोलिटिक विखंडन - इसे होमोलिटिक विखंडन के रूप में भी जाना जाता है, जहां प्रत्येक परमाणु एक बंधन इलेक्ट्रॉनों को प्राप्त करता है।
• हेटेरोलाइटिक विखंडन - जब इस तरह के विखंडन में बंधन टूट जाता है, तो परमाणुओं में से एक दोनों बंधन इलेक्ट्रॉनों को प्राप्त कर लेता है।
विखंडन की प्रक्रिया प्रतिक्रिया बिचौलियों को जन्म देती है जो अल्पकालिक टुकड़े होते हैं। कुछ महत्वपूर्ण प्रतिक्रिया बिचौलियों में कार्बेनियन, कार्बेन, कार्बोनियम आयन और कार्बन-मुक्त कण हैं।