बोनसाई विकास के लिए बारिश अच्छी होती है। वर्षा जल पौधों के लिए नाइट्रोजन का अच्छा स्रोत है। यदि बहुत भारी बारिश होती है और कई दिनों तक लगातार बारिश होती है, तो बोनसाई को सुरक्षित स्थान पर रख दें, जहां उन्हें सीधे बारिश न मिले। बरसात के मौसम में जलजमाव पर नजर रखें। बरसात के मौसम में कीट-पतंगों के संक्रमण की संभावना रहती है, इस पर भी सावधानी से नजर रखनी होगी।