एजाज खान पर रेप के आरोप भी लग चुके हैं। एजाज खान की गर्लफ्रेंड निधि कश्यप ने उनके खिलाफ पुलिस में एफआईआर दर्ज करवाई दी थी। निधि कश्यप ने एजाज खान पर जबरन रेप करने के गंभीर आरोप लगाए थे। बाद में एजाज खान ने कहा था कि निध‍ि कश्‍यप पर रिलेशनशिप उनकी जिंदगी की सबसे बड़ी भूल थी।