NEFT और RTGS के बीच एक महत्वपूर्ण अंतर यह है कि NEFT हस्तांतरण बैचों में संसाधित होते हैं, RTGS हस्तांतरण व्यक्तिगत रूप से और वास्तविक समय में संसाधित होते हैं। इसका मतलब है कि आरटीजीएस लेनदेन एनईएफटी लेनदेन से तेज हैं। इन दोनों सेवाओं के बीच एक और अंतर न्यूनतम राशि है जिसे स्थानांतरित किया जा सकता है। NEFT के लिए, भारतीय रिजर्व बैंक (आरबीआई) द्वारा निर्दिष्ट कोई न्यूनतम राशि नहीं है, जबकि आरटीजीएस का उपयोग करके हस्तांतरित की जा सकने वाली न्यूनतम राशि ₹2 लाख (या अन्य मुद्राओं में इसके समतुल्य) है।