हालाँकि कृत्रिम अंगों के उत्पादन के क्षेत्र ने महत्वपूर्ण प्रगति की है, फिर भी अभी भी कई चुनौतियाँ हैं जिन पर काबू पाना बाकी है। इनमें से कुछ में पूर्ण अंग कार्यक्षमता प्राप्त करना, दीर्घकालिक व्यवहार्यता सुनिश्चित करना और जटिल संवहनी नेटवर्क को एकीकृत करना शामिल है। इसके अतिरिक्त, उत्पादन की लागत, नियामक बाधाएँ और नैतिक विचार भी व्यापक कार्यान्वयन के लिए चुनौतियाँ पैदा करते हैं।