किसी भी निवेश की तरह, ईटीएफ में भी जोखिम होता है। जोखिम का स्तर ईटीएफ के पास मौजूद विशिष्ट परिसंपत्तियों पर निर्भर करता है। उदाहरण के लिए, एक ईटीएफ जो व्यापक बाजार सूचकांक को ट्रैक करता है, उसे आम तौर पर उस ईटीएफ की तुलना में कम जोखिम वाला माना जाता है जो किसी विशिष्ट उद्योग या वस्तु को ट्रैक करता है। निवेश से पहले किसी भी ईटीएफ में अंतर्निहित परिसंपत्तियों को समझना महत्वपूर्ण है।