विरुपाक्ष मंदिर में तीन गोपुरम है मंदिर के पूर्वी गोपुरम सबसे बड़ा और सुन्दर है। मंदिर में दूसरे दो गोपुरम है जो मंदिर के पूर्व में और मंदिर के भीतर के उत्तरी हिस्से में स्थित है। मंदिर का पूर्वी गोपुरम नौ मंजिला है और इसकी ऊंचाई करीबन 50 मीटर है।