כמו שכבר אמרנו, מוצרי הפרוביוטיקה יחסית בטוחים לשימוש.  יחד עם זאת, כמו כל תוסף גם למוצרי הפרוביוטיקה יכולות להיות תופעות לוואי כמו אי נוחות בבטן, כאבי ראש, שילשולים, עצירות – זה בעיקר נובע משינוי איזון החיידקים בגוף. מחקר אחד הראה שאחרי 1-3 שבועות המצב משתפר – יחד עם זאת, במידה ואת חווה תופעות לוואי, מומלץ להפסיק עם התוסף ולהתייעץ עם הרופא האישי שלך. לא מומלץ לצרוך אף תוסף במידה ואת לוקחת תרופות (זה תקף לכל תוסף).