התיירים שירצו ללון באזור המרכזי ביותר בונציה, קרוב למרבית האתרים המרכזיים, יעדיפו ללון במלונות באזור סן מרקו ובפרט במלונות ליד בזיליקת סן מרקו, מלונות ליד פאלאצו דוקאלה ומלונות ליד גשר ריאלטו (בחלק המזרחי). כדאי לקחת בחשבון שהלינה באזור זה תהיה יקרה מאוד. אפשר גם ללון במלונות באזור סן פולו, הלינה באזור זה קרובה לאזור סן מרקו המרכזי ומעט זולה יותר (אך עדיין יקרה יחסית).
אם תעדיפו לחסוך ולהתרחק מהמרכז, מלונות בסנטה קרוצ׳ה, מלונות באזור ג’ודקה ומלונות בקאנארג׳ו יכולים להתאים לכם. אם תרצו לחסוך עוד ולקבל אפשרות לינה ברמה גבוהה, כדאי לראות מלונות מסביב ללגונה (בעיקר באיים מוראנו ולידו).
למשפחות כדאי לקחת מלונות באזור קאנארג’ו (בעיקר בחלק המזרחי) או מלונות באזור דורסודורו, אזורים פרפריאליים ושקטים יותר ועבור משפחות שמטיילות עם רכב שכור מומלץ לקחת מלון מחוץ לונציה עצמה, לדוגמה ליד מסטרה או טרוויזו.
תיירים דתיים ושומרי מסורת לרוב יקחו מלונות באזור הגטו היהודי או מלונות באזור קאנארג’ו, בעיקר בחלק הצפוני סמוך לרובע היהודי בגלל המלונות הכשרים באזור והקרבה למסעדות כשרות.