אינטגרציה משמעותה חיבור בין החלקים השונים בנפש האדם, וכן בין הרבדים שמרכיבים את חייו. אינטגרציה פסיכדלית היא תהליך ליווי ועיבוד נפשי, רגשי, רוחני וגופני של התנסויות עם חומרים פסיכדליים שנמשך מהרגע שאדם מחליט לשנות את תודעתו ועד שהעיסוק המנטלי, הרגשי והרוחני בתכנים שעלו בחוויה נפסק, תהליך שלעתים נמשך שנים רבות. אינטגרציה מתחילה עוד קודם להתנסות בפועל, על מנת לסייע למטופל לבחינת ההיבטים השונים שהובילו לגיבוש ההחלטה. הליווי המקצועי טרם נטילת חומרים משני-תודעה מאפשר תיאום ציפיות והתייחסות לחששות, וכן מזעור הפוטנציאל לחוויה טראומטית ומשברית. תהליך האינטגרציה בקליניקה יכול לתמוך בכל מי שהשתמשו בחומרים פסיכדליים, בין אם בעבר הקרוב והרחוק, וחשים כי ברצונם לעבד את התובנות והרשמים שנוצרו בהם, בסביבה מקצועית, לא-שיפוטית ומיודעת-טראומה. התנסות עם חומרים פסיכדליים יכולה לשנות באופן זמני את מבנה ה-׳אני׳, לעורר חלקים רדומים בנפש ולהציף תכנים תת-מודעים להכרה המודעת, מה שמאפשר, בין היתר, הורדה של מנגנוני הגנה, שינויים תפיסתיים ומפגש עם חוויות טראומטיות, כמו גם עירור תחושות של משמעות, התעלות, אחדות ואף חוויות של מפגש עם ישויות רוחניות.