כאשר נשקלת האפשרות להליך זה, חשוב להבין גם את הסיכונים הכרוכים בקבלת תרומת ביצית. עבור תורמות, הסיכונים העיקריים כוללים תסמונת גירוי יתר שחלתי (OHSS), המתרחשת כאשר השחלות מגיבות בחוזקה מדי לתרופות הפוריות, וגורמת לנפיחות וכאב. קיים גם סיכון קל לזיהום, דימום, או פציעה במהלך תהליך שאיבת הביציות. סיכונים לטווח ארוך עדיין נחקרים, אך המחקר הנוכחי מצביע על כך שסיבוכים חמורים הם נדירים. עבור מקבלות תרומת ביצית סיכונים עיקריים עלולים להיות הריונות מרובי עוברים, העלולים להוביל ללידה מוקדמת וסיבוכים אחרים, ואפשרות לתגובה אלרגית לתרופות פוריות. קיים גם סיכון להעברת מחלות זיהומיות אם הסינון של התורמת אינו יסודי, אם כי זה נדיר בשל פרוטוקולים רפואיים קפדניים.