לאחר הפעלת התיק, במידה ומסלול ההטבה מאפשר זאת ובהתאם לכללים לעניין תשלום מקדמות ושיעורן, הרשות תעביר מקדמה על חשבון המענק המאושר. לאחר מכן תשלומי המענק יועברו כנגד דיווח כספי תקופתי, בהתאם לתקופת הביצוע המאושרת. במידה וניתנה מקדמה, היא תקוזז לאורך תקופת הביצוע. תשלומי המענק יועברו עד 90% מסך המענק המאושר עד תום התקופה ויתרת המענק תועבר לאחר ההתחשבנות הסופית בתיק, למעט במסלולי הטבה בהם מוגדר אחרת.