יונים למשל עלולות להטיל את צואתן במים או חלילה לטבוע בהם. חיידקים המצויים במאגרים באופן טבעי, וחדירת מזהמים הנישאים באוויר. כל אלו ועוד, עלולים לפגוע במידת האיכות של המים.