מים מינרליים  הם מים המופקים ממקור תת קרקעי. מקור המים של עין גדי מים מינרליים  הוא נביעה של מי תהום. מי תהום נוצרים כאשר גשמים מחלחלים דרך שכבות קרקע עד להגעתם לשכבה לא חדירה. במהלך החלחול המים סופחים אליהם מינרלים שהם חלק משכבות הקרקע שדרכה הם עוברים. ההרכב המינרלי של המים מהווה למעשה מעין "תעודת זהות" של המים, והוא קשור לאופי הדרך שאותה עברו המים מרגע ירידתם מהשמים כמשקעים, ועד צאתם החוצה דרך הנביעה. זמן השהיה של המים בבטן האדמה משתנה ממעיין למעיין, ועשוי להגיע לעשרות שנים.