דיקור מי שפיר היא בדיקה פולשנית, ולכן - גם אם נחשבת בטוחה יחסית, היא אינה חופשיה מסיכון. הסיכון לסיבוך - מהתכווצויות רחם, ירידת מים, זיהום והפלה - מוערך כ 1 ל-400 עד 1 ל-1000 מקרים. הסיכון נמוך יותר כשהבדיקה מבוצעת תוך הקפדה על הכללים, ע"י רופא מומחה עם ניסיון רב בביצוע הבדיקה.
בדיקת מי שפיר פרטית, מאפשרת לנבדקת לבחור ברופא שיבצע את הבדיקה (רופא מומחה ועתיר ניסיון) ולקבל בדיקה בזמינות גבוהה ומתאימה, שלא ניתן לקבל בקלות במסגרת ציבורית.  לפני כל בדיקה פולשנית יש חשש מסוים, ובמקרה של מי שפיר - נוסף לזה גם אי הודאות מי יבצע את הבדיקה (רופא מומחה עם ניסיון רב או רופא צעיר שמתחיל בביצוע הבדיקות בביה"ח הציבורי) יכולת לשלוט במועד הבדיקה שיהיה נוח לבני הזוג, וקשר לרופא שילווה אותם גם אחרי הבדיקה.