קו ההגנה שנאשמים בעבירות מע"מ נוקטים בו, הוא תלוי נסיבות. ישנם אנשים הטוענים שהם פעלו ללא כוונה פלילית, בשל אי הבנה אמיתית של חוקי המס או טעויות חשבונאיות. הוכחה שהפעולות היו לא מכוונות ולא זדוניות עלולה להוביל לזיכוי או לענישה קלה יותר. כמו כן, חיוני לנתבעים לשתף פעולה באופן מלא עם רשויות המס במהלך החקירות ולהפגין מאמץ בתום לב לתיקון כל הטעויות. סיוע מרואה חשבון מוסמך ואמין שיוכל להעיד על כוונותיו ומעשיו של הנתבע, יכול גם הוא לתמוך משמעותית בטענותיו. בכל מקרה הדרך הטובה ביותר להגן על עצמכם מפני אישומים בעבירות מע"מ הוא למנוע אותם מלכתחילה. חשוב לבעלי עסקים לקחת את חובות המע"מ שלהם ברצינות ולהבטיח שהם מנהלים רישומים מדויקים, מגישים דוחות בזמן, ופונים לייעוץ מקצועי כדי לעמוד בחוק במלואו. במקרים בהם קשיים כלכליים עלולים להפריע לעמידה בתשלומי המע"מ, חיוני לתקשר עם רשויות המס ולבקש הסדרים מתאימים כדי למנוע בעיות משפטיות.