סמכותה של ועדת ערר המכון הרפואי לבחון את המלצות המכון הרפואי ולהוות ערכאה עליונה עבור האזרח שרישיונו נפסל. לוועדה סמכות לשנות ואף לבטל את החלטת הוועדה הרפואית הראשונה במכון וכן בסמכותה להשיב את התיק של באזרח הנבדק לדיון נוסף בפני הוועדה הרפואית במידה ועולות טענות או מסמכים רפואיים אשר מצדיקים בחינה מחודשת.