בשטחים חל משטר של כיבוש. זהו משטר צבאי, שבו המפקד הצבאי, אלוף פיקוד מרכז, הוא הסמכות העליונה. החוקים החלים בשטחים מורכבים מהחוקים שחלו בהם לפני הכיבוש, בתוספת שינויים שהכניסה בהם ישראל במשך השנים באמצעות צווים של המפקד הצבאי, ואשר אמורים להיות כפופים לדיני הכיבוש. דיני הכיבוש הם חלק מהמשפט ההומניטרי הבינלאומי העוסק בזכויות אדם בעת לחימה וסכסוך. הם נועדו להבטיח מצד אחד את קיומו של המשטר הצבאי הזמני, שאמון על החוק והסדר בשטח הכבוש; ומצד שני, את ההגנה על זכויות התושבים המקומיים הפלסטינים, המכונים "תושבים מוגנים". כמו כן, בהתאם לקביעת בית המשפט הבינלאומי לצדק, בשטחים חל גם המשפט הבינלאומי לזכויות האדם (שמתייחס לזכויות האדם של כל בני האדם, לאו דווקא בעת לחימה או כיבוש). לפי המשפט הבינלאומי למדינת ישראל יש חובה מיוחדת כלפי התושבים המקומיים בשטח הכבוש, והיא נושאת באחריות מיוחדת לספק להם הגנות, בין היתר, על חייהם, רכושם, כבודם, אורחות חייהם, אמונתם וזכויותיהם המשפחתיות.