שתי סוגי המערכות הן יותר יעילות מגידולים קונבנציונלים, אולם לגידולים גיאופונים מספר יתרונות על פני הידרופוניים. המערכות הגיאופוניות יותר זולות ויעילות כלכלית, התחזוקה שלהן דורשת פחות ידע מקצועי וחיי המדף שלהם ארוכים יותר. כמו כן, מגוון הגידולים האפשרי הוא גדול יותר. מערכות גיאופוניות מחקות בצורה הטובה ביותר את הסביבה הטבעית של הצמח ובכך מאפשרות לחומרים המזינים להגיע אליו ביתר קלות ויעילות.