מחקר הסייברנטיקה מתמודד עם אתגרים כמו מורכבות, אינטרדיסציפלינריות והצורך בהתאמה מתמשכת להתקדמות הטכנולוגיה. ניתוח ומידול מערכות מורכבות, שילוב ידע מדיסציפלינות שונות ועמידה בקצב המהיר של ההתקדמות הטכנולוגית הם אתגרים מתמשכים בתחום.