עבודתו של סוכן סמוי טומנת בחובה סכנות רבות, הן פיזיות והן נפשיות.  סוכנים פועלים תחת זהות בדויה בלב ליבו של עולם הפשע, תוך שהם נחשפים באופן יומיומי לסיכונים משמעותיים: סכנת חיים: סוכנים סמויים עלולים להיתפס על ידי גורמים פליליים, מה שעלול להוביל לאלימות, חטיפה ואף רצח. עליהם להיות ערניים בכל רגע נתון, לפעול בזהירות מרבית ולהיות מוכנים להתמודד עם מצבי חירום פתאומיים. פגיעה בזהות או חשיפת הזהות: חשיפת זהותם האמיתית עלולה להוביל לפגיעה קשה בהם ובבני משפחתם.  גורמים פליליים עלולים לנקום בהם, לסחוט אותם או לפגוע ביקיריהם. עליהם לשמור בסוד מוחלט את זהותם ותפקידם, תוך הימנעות מכל קשר עם חייהם האישיים הקודמים. פגיעה נפשית: עבודת סוכן סמוי מלווה בלחץ נפשי אדיר. עליהם להתמודד עם מצבי חירום, איומים מתמשכים, רגשות אשמה, בדידות וחוסר ודאות לגבי עתידם. ייתכן שיסבלו מהלם קרב, דיכאון, חרדות, קשיי הסתגלות לחיים האזרחיים לאחר סיום המשימה ואף פוסט טראומה. פגיעה באמון: בניית אמון עם גורמים פליליים מחייבת מהסוכנים לשקר, לרמות ולפעול בניגוד לערכיהם האישיים. ייתכן שיסבלו מקשיי מצפון, ירגישו נבגדים ויפקפקו בזהותם ובערכים שלהם. קשיים משפטיים: פעילותם של סוכנים סמויים עשויה לעורר שאלות משפטיות ואתיות מורכבות. ייתכן שיהיו חשופים לתביעות משפטיות מצד גורמים פליליים, ואף להאשמות פליליות כתוצאה מפעילותם.