את הערכת העלות של חנות אינטרנטית ניתן להעריך על פי מספר פרמטרים:
תוספים: כמות התוספים הרצוים בחנות האינטרנטית שלכם: מערכת סליקה, מערכת משלוחים, מערכת מלאי, מערכת תשלומים, ERP ועוד. ככל שיהיו יותר תוספים כך עלות ההקמה תגדל.
כמות מוצרים: היבט זה משפיע במיוחד על עלות וזמן  ההקמה של חנות אינטרנטית. כלומר, ככל שכמות המוצרים הרצוים להזנה בחנות גדולה יותר. כך עולה משך הקמת החנות אשר מצריכה הקמה של עמודי מוצר מפורטים וככל שזמן ההקמה עולה, ניחשתם נכון – כך גם העלות גודלת.
עיצוב: בכל הנוגע להיבט העיצוב, כיום ישנם שתי אפשרויות עיקריות בהן כל בעל חנות וירטואלית בתחילת דרכו בוחר. הראשונה היא שימוש בעיצוב קיים של תבניות אתר מוכנות. השנייה, ניסוח עיצוב חנות ייחודי. כך שאין זה סוד שהאפשרות השנייה תעלה לכם יותר. אך עם זאת, לקו עיצוב ייחודי ובלעדי יש רק יתרונות לכם וכמובן לחנות שלכם.
זכרו, לכל חנות וירטואלית יש מאפיינים מיוחדים בהתאם לעסק. ככל שהחנות תהיה מורכבת יותר מבחינת תהליכים, עיצוב, כמות מוצרים וכיוצא באלו – העלות תהיה גבוהה בהתאם. לכן, בהחלט כדאאי לשים לב עוד בשלבי התכנון שלכם, מה כדאי לאמץ לחנות בהתאם לצרכי קהל היעד והנישה שלכם.