כדי לחשב את עלות מחזור המשכנתא יש לברר אצל הגורם ממנו נלקחה ההלוואה אילו עמלות עליכם לשלם, ביניהן: עמלה מדד ממוצע (אם בהלוואה קיים מסלול עם ריבית צמודה למדד), עמלת אי הודעת מוקדמת (במידה ולא הודעתם לבנק 10 ימים מראש על המחזור), עמלה תפעולית, עמלת היוון ועמלת הפרשי שער למסלולים שצמודים למט"ח, עמלת פתיחת תיק למשכנתא חדשה ועוד.