בעוד שמסלול שחקים פותח דלת לתפקידים טכנולוגיים ביחידות המודיעין השונות, מסלול חבצלות מהווה תוכנית מצוינות צבאית-אקדמית, בה הבוגרים משתלבים בתפקידים פיקודיים באמ"ן (כקצינים) ולומדים במקביל לתואר ראשון. הבדלים נוספים קיימים ברמת תנאי הקבלה, מבחני המיון, מהלך ההכשרה ושנות הקבע (6 שנות קבע בחבצלות).