כשאת מחפשת איזו בדיקת NIPT הכי מומלצת, כדאי לדעת שגם הבדיקה הטובה ביותר אינה מחליפה במלואה בדיקת מי שפיר. בדיקת NIPT לא בודקת את כל הפגמים הנדירים, אך היא מאפשרת לזהות תסמונות שכיחות ברמת דיוק גבוהה, כשתסמונת דאון מזוהה ברמת דיוק גבוהה במיוחד. היא אינה פולשנית, אינה מצריכה מנוחה ואין בה סיכון להפלה, ולכן נשים רבות בוחרות לבצע אותה במקום או לפני דיקור מי השפיר.