בדיקה רפואית מקיפה וסדרה של בדיקות נוספות עלולות להידרש בכדי לאבחן מחלת קרוהן או דלקת כיבית של המעי.
הרופא עשוי לבצע סדרת בדיקות בחלק העליון של מערכת העיכול העליונה כדי לבדוק את המעי הדק. לצורך בדיקה זו שותה המטופל בריום, תמיסה אבקתית סמיכה** המצפה את קירות המעי הדק, לפני שמבוצעים צילומי רנטגן.
הרופא עשוי גם לבצע בדיקה חזותית של המעי באמצעות סיגמואידוסקופיה או קולונוסקופיה.
הרופא עשוי גם לבצע ביופסיה, הכרוכה בלקיחת דגימת רקמה מקירות המעי כדי לבדוק אותה במיקרוסקופ.