שפכים תעשייתיים יכולים להכיל מגוון רחב של מזהמים, כולל מתכות כבדות, תרכובות אורגניות, שמנים, גריז, חומצות, אלקליות, כימיקלים רעילים, מוצקים מרחפים ופתוגנים. המזהמים הספציפיים הקיימים תלויים בתעשייה ובתהליכים המעורבים.