ממצאים ארכיאולוגיים כמו גולגולות, שיניים, תלולי קבורה, אך גם מחקרים גנטיים מראים הבדלים משמעותיים בין ג'ומון ליאיוי או יפנים מודרניים, אך קווי דמיון בין ייאי וקוריאנים, ג'ומון ואינו ותושבי איי ריוקיו. ייאיוי וג'ומון התערבבו. אחוז הגנים של Yayoi פוחת מצפון קיושו לצפון ולדרום והוא הנמוך ביותר בקרב תושבי איי ריוקיו ובין האינו.
על פי תיאוריות נפוצות, האיניו נחשבים צאצאים של קבוצות מתרבות ג'ומון, שנדחקו צפונה על ידי היאיוי והתערבבו שם עם קבוצות אוכלוסיה סיביריות (ה- Niwchen). מחקרים גנטיים תומכים בתזה.
המוצא הגאוגרפי והאתני של העם היפני טרם הובהר במלואו. עלייתם של שבטים מונגוליים ומינורקיים ככל הנראה התרחשה מדרום או בשני נחלים מדרום ואחד מצפון, בתקופת האבן התיכונה. הממצאים הארכיאולוגיים האחרונים מוכיחים חיים פליאוליתיים כבר לפני 20,000 שנה. הג'ומון, שנמצא בערך בשנת 7000 לפני הספירה. לפני הספירה עד המאה השלישית לפני הספירה נחשבים לאוכלוסיית הילידים. כדייגים, ציידים ואספנים, הם חיו חיים עצמאיים שלא הושפעו מהשפעות ביישובים כפריים קטנים, שכנראה נקבעו מאוד על ידי האנימיזם. בערך 250 לפני הספירה תרבות Yayoi החלה להחליף את תרבות Jomon. זה גם הביא גידול אורז בשדה רטוב ליפן מדרום סין וקוריאה באותו זמן. אורח החיים היפני והסדר הממלכתי נוצרו באמצעות מיזוג של עבודות יד מאסיה היבשתית עם מנהגים ילידים קיימים.