שיטת הטיפול הקרניו סקראלית מתאימה לכולם, וגם לילדים החל מגיל ינקות. ישנה עדיפות לטפל בתינוקות בשיטת הקרניו סקראל כדי לתקן את מנח הגולגולת ולייצב אותו בעדינות, לאחר הלידה שבה גולגולת התינוק מעוותת את צורתה כדי לאפשר את מעבר ראשו בתעלת הלידה של האם. הטיפול הקרניו סקראלי בילדים יכול לעזור למנוע בעיות התפתחותיות, כמו לשון קשורה ובעיות עתידיות כמו קשב וריכוז.