הקרינה אליה נחשפים בבדיקת PET CT היא קרינת X, שידועה גם בתור קרינת רנטגן. זוהי קרינה שיש לה פוטנציאל נזק (בדרך כלל בטווח של יותר מעשר שנים לאחר ביצוע הבדיקה), ונמצא קשר בינה לבין היווצרות של גידולים מסוימים. לכן, לא מומלץ לבצע את הבדיקה באופן תכוף, אלא רק כאשר יש בה צורך וכשהחשד הקליני מצדיק את השימוש בה – שכן אז חשוב יותר לגלות את הגידול הקיים על פני הסיכון הקטן להיווצרות גידול בעתיד.