חניכיים נפוחות יכולות להיגרם על ידי מגוון גורמים, כגון: היגיינת פה לקויה, דלקות ומחלות חניכיים שונות, מצבים בריאותיים שונים המשפיעים על בריאות הפה, פצע או חתך בחניכיים וגורמים נוספים. יש לפנות לרופא שיניים כדי לשם אבחון וטיפול.