המום המוחי של ספטו אופטיק דיספלזיה הנו מום המורכב ממספר שינוים ואנומליות במוח העובר, את חלקן ניתן לאתר במסגרת סקירת מערכות, כמו למשל את החסר במבנה המוחי הנקרא ספטום פלוצידום הידוע גם בשם קאוום או CSP.
בחלק גדול מהמקרים חוסר זה מהווה את הנורה האדומה הראשונה לאחר סקירת מערכות אשר מביאה להפניה לסקירת מערכות מכוונת של מוח העובר ולעיתים לבדיקת MRI של מוח העובר.
בבדיקת MRI זו ניתן כבר להבחין ביתר הבעיות המאפיינות את המום המוחי, סקיזנצפליה אשר הנה שסע ברקמת המוח ואטרופיה של עצב הראיה. בכל מקרה של לידת תינוק עם מום מוחי מסוג ספטו אופטיק דיספלזיה יש לבחון את אופן ביצוע סקירת המערכות כדי להעריך אם לא היתה התרשלות בביצוע הסקירות אשר גרמה להחמצת אבחון המום המוחי בעובר עוד במהלך ההריון.