בעבר, היו נוהגים ללמוד תורה בליל ברית יצחק כדי להביא שמירה רוחנית לתינוק חדש. ההנחה היתה שמכח הלימוד של התורה, הילד מוגן מנזקים ומזיקים. עם זאת, בימינו המנהג הוא לא להתעקש על לימוד תורה לאורך כל הלילה, אלא להקדיש זמן מסוים ללימוד תורה בערב שבו מתבצע סדר ברית יצחק.