מזג האוויר במדגסקר מתחלק לפי אזורים. במזרח ובצפון מזג האוויר הוא טרופי – גשום וחם רוב ימות השנה, באזורים הפנימיים יבש וחם. בדרום ובדרום-מערב האקלים יחסית ממוזג – חם וגשום בעונה הגשומה, נעים ויבש בעונה היבשה.