אם תרצו לפרוע את המשכנתא לפני תום תקופת ההלוואה, או להחליף מסלול הלוואה במהלכה (כלומר, למחזר את המשכנתא), תידרשו לשלם עמלות הנובעות מפירעון מוקדם של ההלוואה. העמלות המותרות לגבייה מוגדרות במסמך בשם "צו הבנקאות/עמלות פירעון מוקדם, בהוראות בנק ישראל". עמלת הפירעון המוקדם מורכבת ממרכיבים שונים, הנקבעים על פי מסלול ההלוואה: עמלת היוון, עמלת מדד ממוצע, עמלת אי הודעה, עמלה תפעולית, עמלת הלוואות מט"ח, עמלה תפעולית.