קיימים ממזגי PDF מקוונים רבים שמאפשרים מיזוג מקוון של קובצי PDF. זה עשוי להיראות כפתרון מהיר וזול עבור משתמשים רבים שלא מודאגים ביחס לאבטחה של הקבצים שלהם או פשוט צריכים למזג קבצים יחד. כלי ה-PDF Combine של ה-PDF Extra פועל לא מקוון לחלוטין, והקבצים מאובטחים במכשיר המקומי. יתרון נוסף נוגע לאפשרות לארגן ולנהל את הדפים בקובץ החדש: למחוק ולהזיז דפים.