תוכנית ברקים מציעה למשתתפיה לימודי הנדסת מכונות. לתוכנית זו שני מסלולי לימוד: 1. מסלול "ברקים" הכולל לימודי תואר ראשון ושני בהנדסת מכונות בטכניון. 2. מסלול "ברקים וחומרים" הכולל תואר ראשון כפול בהנדסת מכונות והנדסת חומרים באוניברסיטת בן גוריון בבאר שבע. במהלך  הלימודים האקדמיים העתודאים יעברו טירונות וקורס קצינים, שהם תנאי הכרחי להמשך הלימודים בתוכנית. לאחר הלימודים הבוגרים יעברו שורה של ראיונות ומבדקים שלפיהם הבוגרים ישובצו לתפקידים בתחום ההנדסה במגוון יחידות מיוחדות בצה"ל. כמו בשאר המסלולים מלבד "צמרת", בוגרי התכונית ישרתו שנתיים ושמונה חודשים בשירות חובה בדרגת סגן ולאחר מכן שלוש שנים נוספות בקבע.