מרבית המקרים של פוליקוליטיס הם קלים וחולפים מעצמם או באמצעות טיפול, ואינם גורמים לסיבוכים משמעותיים. עם זאת, במקרים מסוימים עלולים להתרחש סיבוכים כגון:
הישנות - פוליקוליטיס כרוני, חוזר ונשנה במיוחד אם הגורם הבסיסי אינו מזוהה ומטופל. פוליקוליטיס כרוני יכול להוביל לצלקות או לנשירת שיער לצמיתות.
התפשטות זיהום - אם הזיהום מתפשט מעבר לזקיק השערה, הוא עלול לגרום לזיהום עור חיידקי שעלול להיות חמור. במקרים חמורים, הזיהום יכול להתפשט לזרם הדם ולגרום לאלח דם שעלול להיות מסכן חיים.
מורסות - פוליקוליטיס עמוקה או חמורה עלולה לגרום למורסות, שהן כיסי מוגלה שנוצרים מתחת לעור. מורסות יכולות להיות כואבות ועשויות לדרוש ניקוז.
היפרפיגמנטציה פוסט דלקתית - לאחר שהדלקת הנגרמת על ידי פוליקוליטיס חולפת, העור הפגוע עלול להפוך לכהה יותר מהעור שמסביב. הדבר מפריע בעיקר מבחינה קוסמטית.
צלקת קלואידית - במקרים נדירים, פוליקוליטיס עלולה להוביל לצלקת קלואידית, שהיא צלקת עבה ומורמת שנוצרת במקום הפציעה. צלקות קלואיד יכולות להיות מגרדות וכואבות, ועשויות לדרוש טיפול.