חשוב להדגיש את ההבדל בין טיפול הדמיית שיער (מיקרופיגמנטציה) לבין קעקוע הוא עומק החדרת הפיגמנטים לעור הקרקפת. במיקרופיגמנטציה החדירה היא רק לאפידרמיס (השכבה העליונה של העור) בו בזמן שקעקוע מגיע לדרמיס (שכבה עמוקה בעור) ולכן הוא קבוע ולא ניתן להסרה. בקרקפת לא מומלץ לעשות קעקוע היות והמטופל עלול להמשיך להתקרח ואם לא ישאר שיער הקעקוע יראה על הקרקפת.
הבדל נוסף הוא כי הדמיית שיער נעשית על-ידי החדרת צבע בנקודות נקודות מה שנותן מראה של זיפי שיער, בעוד שהקעקוע צובע שטח מלא שלא נותן מראה טבעי בקרקפת.