במקרים מסוימים מדובר במבנה אנטומי שבו עצמות הפנים והרקמה אכן בנויים בצורה שקועה יותר מתח לעיניים. מעבר לכך, באופן טבעי כחלק מתהליך ההזדקנות, נוצר אובדן של רקמות שומן בפנים והעור הופך מקומט או רפוי. אזור שקעי העיניים הוא אזור עשיר בכלי דם ולכן לעיתים נוצרות גם כהויות בולטות עקב השתקפות כלי הדם דרך העור הדק.