למרות שקוניזציה נחשבת בדרך כלל לבטוחה, ישנם סיכונים, כולל זיהום, דימום מוגבר או שינויים בצוואר הרחם שעלולים להשפיע על הריונות עתידיים. הרופא ידון בסיכונים אלו לפני הפרוצדורה..  לעיתים נדירות יכולה להיווצר היחלשות בצוואר הרחם הגורמת לפגיעה בפריון.