ההכשרה בתוכנית שחקים נערכת בקורס טרום צבאי במסגרת אזרחית, בה יגורו וישהו החניכים בתנאי פנימייה. לחילופין, ישנן הכשרות שנערכות בקורסים צבאיים בבסיסי הדרכה של צה''ל. חשוב לציין שאופי ההכשרה תלוי רבות במסלול וכמובן עשוי להשתנות משנה לשנה.ההכשרה בתוכנית חבצלות היא ארוכה ומורכבת יותר. במקביל ללימודי התואר הראשון, מתקיימת הכשרה צבאית בנושאי מודיעין שונים. השילוב בין ההכשרה האקדמית להכשרה הצבאית מבטיח רמת מוכנות גבוהה לשירות ארוך ומשמעותי בצה''ל. השלב הראשון של ההכשרה למסלול חבצלות הוא טירונות 03 בבסיס ניצנים או טירונות 02 במפרשית לבעלי פרופיל עורפי. עם סיום הטירונות מתחילים את לימודי השנה הראשונה של התואר ובסופה עוברים הכשרה לקצונה בבה''ד 1. בין שנת הלימודים השנייה לשלישית משתתפים החניכים בפרויקט מחקרי-מודיעיני מיוחד במסגרת יחידות שונות של אגף המודיעין. עם סיום התואר הראשון מתחילים החניכים את השירות הצבאי שלהם בדרגת סגן (שני ארונות).