מערת הקרח בקרחונים נוצרות בקיץ, כאשר זרמי מים שנמסו חוצבים מסדרון שהופך למערה. כל המערות קרח טבעיות וצריך להבדיל בין אלה לבין מנהרת הקרח (מלאכותית) שנחצבה על ידי אדם בקרחון Vatnajokull.