הסיבה להבדלי המחירים בין המיקרוגל האינטגרלי למיקרוגלים רגילים מתחלקת לשניים- במחיר נלקחת בחשבון עלות ההתקנה של המיקרוגל, שהיא לרוב מעט מסובכת יותר מהתקנה של מיקרוגל רגיל, והפונקציות הרבות הקיימות במיקרוגל אינטגרלי שלא קיימות במיקרוגל רגיל.