ניתן לעבור טיפול שורש במהלך ההריון, אלא אם כן רופא השיניים יחליט שאין בעיה דחופה ואפשר לדחות את הטיפול עד אחרי הלידה. אם הטיפול מתבצע בזמן ההריון חשוב להתייעץ עם רופא השיניים לגבי החשיפה לקרני רנטגן, לנקוט באמצעי זהירות מתאימים להריון, ולוודא שחומרי ההרדמה המקומית שהרופא משתמש בהם מתאימים לאשה הרה (כמו אפינפרין למשל) כמו גם החומרים הנוספים שמשתמשים בהם לניקוי ולמילוי השן. אם יש צורך באנטיביוטיקה לפני או אחרי הטיפול ניתן להתאים גם אותם לרווחת המטופלת.