אנקודרים אופטיים ומגנטיים נבדלים באופן שבו הם מזהים תנועה. אנקודר אופטי משתמש בקרן אור העוברת דרך חריצים על דיסק מסתובב בעוד שאנקודר מגנטי מזהה שינויים בשדה מגנטי שנוצר על ידי מגנט המותקן על הציר. הבדל זה מוביל אל יתרונות וחסרונות שונים. אנקודרים אופטיים מציעים דיוק ורזולוציה גבוהים במיוחד אך הם רגישים יותר לאבק וללכלוך. לעומת זאת אנקודרים מגנטיים עמידים יותר בתנאי סביבה קשים, אך הם בדרך כלל בעלי רזולוציה נמוכה יותר.