הוראות הפיקוד העליון הן פקודות כלליות, העוסקות במבנה צה"ל, בארגון הצבא, במשטר והמשמעת הצבאיים ועוד. הפקודות ניתנות על ידי הרמטכ"ל ובאישורו של שר הביטחון.