התוכנית ללימודי תואר שני במערכות תבוניות באפקה היא יחידה מסוגה בארץ ואושרה על ידי המועצה להשכלה גבוהה. היא מקנה ידע אקדמי ומעשי כאחד, ומציעה התנסות בשימוש בבינה מלאכותית ובלמידת מכונה ועיסוק בסוגיות ובמקרי בוחן מהתעשיה כך שמעבר לידע תיאורטי, הסטודנטים צוברים גם ידע מעשי משמעותי באחד התחומים המבוקשים ביותר כיום.
במסגרת עבודת הגמר הסטודנטים מבצעים מחקר תיאורטי או יישומי עצמאי הקשור להיבט אחד או יותר במערכות תבונית.