מכיוון שמפקיד עצמאי אינו נהנה מתוספת הפקדות מעסיק כמו עובד שכיר, מדינת ישראל בחרה להעניק לעצמאים הטבות מס ייחודיות על מנת לעודד אותם להפקיד לקרן פנסיה.בעיקרן, הטבות המס מתייחסות לניכוי וזיכוי מהפקדה, כך שעצמאי אשר יבחר להפקיד לקרן פנסיה יהנה מהפחתה בגובה מס הכנסה שיידרש לשלם בסוף השנה.