הבוטוקס מוזרק לאזורים ייעודיים הקשורים למיגרנות (מצח, צידי הראש, מעל הצוואר, אחורי הקרקפת) ומעכב את שחרור הגורם שמשפיע על מערכות הכאב שמייצרות מיגרנה. השרירים משותקים ולכן ההקלה על הכאב היא מיידית.