ככל שחייל זוכה בהליך בבית הדין הצבאי, לא יתנהל נגדו משפט פלילי בגין אותה העבירה. אולם במקרים מסוימים ניתן יהיה להגיש כנגד החייל תביעה אזרחית לפיצויים. פסק הדין הצבאי, אם כן, מגביל את היכולת להעמיד את החייל לדין פלילי אך לא מגן מפני תביעות אזרחיות.