'זיהום משני' הוא מושג מוכר בקרב חולי צליאק. הכוונה היא לזיהום שנוצר כתוצאה מהכנת מזון בסביבה שאינה נקיה מגלוטן. במקרה כזה גם אם מדובר בהכנת מנה ללא גלוטן, צליאקי לא יוכל לאכול ממנה. לדוגמה: חיתוך סלט על קרש חיתוך שחתכו עליו לחם, טיגון צ'יפס בשמן שבו טוגנו שניצלים והכנת טוסט ללא גלוטן בטוסטר רגיל