כאמור, בדיקת PET CT היא בדיקה שיש בה סיכונים, ואנשים שנחשפים לבדיקה זו מספר רב של פעמים ובאופן קבוע נמצאים בקבוצת סיכון להיווצרות גידולים בעתיד. עם זאת, בחשיפה חד-פעמית ואפילו יותר מכך אך במרחק של שנים בין פעם לפעם – הסיכון בה נחשב נמוך מאוד.