תהליך קבלת הלוואה מקרן נס מתחיל במילוי טופס מקוון (אונליין) באתר של הסוכנות היהודית, הטופס מהווה שאלון מקדמי לצורך קבלת אישור להלוואה. לאחר קבלת האישור המקדמי להלוואה לעסק מקרן נס, היזם או בעל העסק מופנה ליועץ עסקי המאושר על ידי הקרן כדי להכין תוכנית עסקית. לאחר הגשת התוכנית העסקית עם כל המסמכים הנלווים הנדרשים, מקבלים זימון לוועדת האשראי של הקרן שתפקידה להחליט האם לאשר את ההלוואה ובאילו תנאים.