השתלת עצם היא הליך כירורגי. כמו כל הליך כירורגי, תמיד קיים סיכון לסיבוכים, אך בהליך זה היתרונות עולים על הסיכון לסיבוכים.  אחד הסיכונים, הוא זיהום. הסיכון לזיהום פוחת שההליך נעשה בסביבה סטרילית אצל רופא מיומן ובעל ניסיון.