כאשר מדובר במקרים של פגיעה באיברים פנימיים במהלך הניתוח, הנזק מתגלה פעמים רבות רק באיחור רב, ועצם הגילוי המאוחר מביא להידרדרות המצב ולנזק לטווח ארוך בדרגות חומרה שונות. בנוסף על כך, אחד הנזקים הקשים ביותר הנגרמים עקב רשלנות רפואית במהלך ניתוח ולאחריו הם זיהומים. הזיהום פוגע בגוף שמערכת החיסון שלו גם כך כבר מוחלשת עקב הניתוח, ועלול לגרום נזק, לעתים בלתי הפיך, לאיברים שונים ואף למוות.