הסדר טיעון הוא מנוגד לחזקת החפות שכן על פיו הנאשם מודה בסעיפי אישום מסוימים והוא נושא בעונש. על אף שנאשמים טוענים שאינם אשמים, הם "ממהרים" לחתום על הסדרי טיעון כדי להשיג וודאות בתיק, ולהקל בעונשם "הצפוי". בכך הם מוותרים על מאבקם להוכחת חפותם.