ההבדל העיקרי זה שוועדת ביקורת אחראית בעיקר על השוטף: בדיקת תקינות של פעולות העמותה ומוסדותיה, מעקב אחר ביצוע החלטות האסיפה הכללית והוועד, ובדיקת ענייניה הכספיים של העמותה.
ואילו המבקר הפנימי אחראי על ביקורות בנושאים ספציפיים, בהתאם לתוכנית עבודה שנבנתה על סמך סקר סיכונים שערך בעמותה.