CBT מתבצע באמצעות פרוטוקול מוגדר מראש. המפגשים הראשונים מוקדשים להיכרות, להבנת הקושי אותו חווה המטופל ולבניית התכנית לטיפול. המפגשים שלאחר מכן יוקדשו לבחינת נושאים נקודתיים, אשר עולים בקנה אחד עם השלב בו נמצא המטופל, כאשר לכל מפגש מטרות משלו ומשימות תרגול הנגזרות ממנו. בין המפגשים המטופל מבצע את המשימות ומתרגל את הכלים החדשים שנרכשו במפגשים הטיפוליים ומביא את חוויות ההתנסות המעשית הזו אל חדר הטיפול.