בבישול ואפיה לחולי צליאק עדיף להימנע משימוש בכלים העשויים לצבור שאריות מזון כמו – קרש חיתוך, מערוך, כפות עץ, טוסטר קופץ וטוסטר משולשים וכדומה. כדי למנוע בלבול העשוי לגרום לזיהום משני, מוטב להקצות מקום נפרד במטבח לשמירת הכלים ללא גלוטן ולסמן את המקום בפתק, לידיעת ציבור המשתמשים במטבח. כמובן שגם בכלים כמו סירים, כפות סיליקון, קערות פיירקס ועוד, המשמשים לבישול ואפיה לכל בני המשפחה, חשוב להקפיד על רמת ניקיון גבוהה. גם של הידיים והציפורניים.