לטיפול שורש יש מוניטין כטיפול כאב, אך זה לא מדויק. בטכניקות מודרניות תוך שימוש בטשטוש או הרדמה, לרוב לא מדובר בטיפול “מציק” יותר מאשר בסתימה רגילה. במהלך ההליך, הרדמה מקומית פועלת על השן ועל האזור שמסביב. אי נוחות מסוימת או כאב קל לאחר הטיפול נחשבים לנורמליים. חשוב להרגיע ולומר כי אי הנוחות לרוב שוככת בתוך זמן קצר.