קוצר נשימה אינו תרחיש נדיר עבור תינוקות במיוחד כאשר יש להם חריגות מולדות או קשיי לידה. מחלות ציאנוטיות מולדות כמו מום מחיצת פרוזדורים או מום מחיצה חדרית, או קשיי לידה כמו תשניק סביב הלידה הם הגורמים השכיחים ביותר לקוצר נשימה אצל תינוקות.