תביעות רשלנות רפואית מחלת וגנר מוגשות במקרים שבהם רופא משפחה לא דאג להפנות את המטופל/ת לבדיקות רלוונטיות ו/או לבירור אצל רופא מומחה. תביעות אלו עלולות להיות מוגשות גם כנגד רופאים בבתי חולים או רופאים פרטיים מומחים שלא דאגו לכך שתבוצע ביופסיה של דרכי הנשימה של המטופל, על מנת לאמת או לשלול את האבחנה למחלת וגנר. כך גם במקרה בו המחלה אובחנה בצורה שגויה כמחלה אחרת או לא אובחנה כלל מפאת חוסר מקצועיות בצד הרופאים שעמם בא החולה במגע, וכן באי מתן טיפול כנדרש לחולה.