קישורים פנימיים הם קישורים בין עמודי האתר שלנו לבין עצמם. למעשה, כל קישור באחד התפריטים שלנו הוא קישור פנימי, אבל כשמדברים על הנושא בדרך כלל מדגישים את החשיבות של יצירת קישור פנימי מתוך טקסט או תמונה בעמוד אחד לעמוד שני.
קישורים פנימיים גורמים לגולשים שלנו להישאר יותר זמן באתר ולכן מגדילים את מספר הפניות ("המרות") אלינו ואת משך השהייה הכולל באתר. מבחינת גוגל, הם מעידים על החשיבות של העמודים השונים. לדוגמה, יכול להיות שיש לנו עמוד שאין לו קישור ישיר מאחד התפריטים, אבל אם נקשר אליו מעמוד ראשי או משני, למעשה נרמוז לגוגל שהוא חשוב וגם יש לו קשר לעמוד שמקשר אליו.
בעזרת קישורים פנימיים אפשר גם לגרום לעמודים פנימיים יותר להופיע במקום גבוה בתוצאות מבלי לקשר אליהם ישירות. זאת מכיוון שעמוד שיש בו קישורים פנימיים משפיע לטובה על הדירוגים של העמודים שהוא מקשר אליהם (עד גבול מסוים).