דיסלקציה פונולוגית פוגעת ביכולת של רכישת שפה ובשימוש של השפה לאור קשיים קוגניטיביים. חלק מהקשיים הנלווים לדיסלקציה מסוג זה הם למשל קושי בעיבוד נכון של שני צלילים במסגרת זמן מסוים,  קושי בקריאה, קושי בהבנת המסרים ובהבנה כיצד מילים צריכות להישמע.