ישנם כמה חסרונות בעבודה מול מערכת רישוי זמין המקשרת אותך עם גורמים ממשלתיים. לדוגמא:
ההסתמכות על תקינותה של המערכת הממוחשבת יכולה "לטרפד" היתרים מסוימים שכן עולם הבניה צריך לפעול כמו שעון והרבה פעמים העניין לא פשוט כשהמערכת נופלת או חווה בעיה וגורמת למבקש ההיתר לדחות את תוכניותיו.
בעלי מקצוע מבוגרים מתקשים במיוחד עם המערכת הממוחשבת, שכן הם מגיעים מדור אחר שלא מהוקצע דיו במערכות הללו.
קושי בהעלאת קבצים גדולים למערכת הוא המשוחה הראשונה שהייתה למערכת כשעלתה לראשונה.
מגבלות טכניות ברשויות המקומיות והשרתים שלהן עלול גם הוא להביא לעיכובים ובעיות רבות.
בעלי מקצוע רבים מתלוננים כי הרשויות המקומיות מנצלות את היות המערכת ממוחשבת כדי להימנע מדיבור פיזי עם מבקשי ההיתרים ודחיית האישורים לרגע האחרון.