תהליך הניקוי העמוק הוא תהליך מסודר בעל שלבים המתייחסים לכל חלק וחלק פנימי של המזגן. תחילה, יבצע בעל המקצוע פירוק של כל החלקים כאשר הוא מתחיל עם המאייד. הוא יתחיל את הניקוי בתעלת הניקוז והמניפה הפנימית. עליו לפרק גם את כל המכסים וכל חלק שמסתיר את החלקים הפנימיים על מנת להגיע אליהם ולנקות אותם בצורה יסודית.
בשלב השני, ישתמש בעל המקצוע בחומרי ניקוי ייעודיים ישירות אל פנים המזגן. חומרים אלה, יכולים להמיס שומנים ולכלוך קשה המצטברים בתוך החלקים הפנימיים עם הזמן והם אינם מזיקים לשאר החלקים הצמודים אליהם. לאחר מכן, ישטוף בצורה יסודית ומלאה (עם לחץ מים) את המזגן מבפנים ומבחוץ כדי להבטיח ניקיון אופטימלי. לבסוף, ירסס חומר חיטוי שיחסל את העובש והבקטריות שיש בפתחי האוויר ויסגור את המזגן.