ניתן להגיש ערעור על החלטת וועדת ערר של המכון הרפואי לבית המשפט המחוזי, אך הערכאה השיפוטית לא תקל ראש ובד"כ לא נוהגת לבקר החלטות שהתקבלו על ידי וועדות רפואיות קודמות. חשוב לומר כי ערעור לבית המשפט מתקבל רק בשאלה משפטית ולא בשאלה רפואית.