הטיפול משתנה בהתאם לסוג הבעיה / מחלה ורמת החומרה שלה. באופן כללי הטיפול הפריודונטי פועל בשלבים הבאים: אבחון ראשוני הכולל בדיקת חניכיים וצילום סטטוס, הסקת מסקנות ובניית תכנית טיפול אשר יכולה לכלול הנחיות על שמירת היגיינת הפה או מתן טיפול במרפאה במקרה של מחלת חניכיים מתקדמת הכולל הקצעת שורשים (גרידת חניכיים) להסרת האבנית וסילוק הרובד החיידקי ולאחר מכן תתבצע ביקורת, במידה וחל שיפור המטופל ימשיך לטיפול ביתי ואצל שיננית אחת למספר חודשים. במקרה של אי הצלחת הטיפול יינתן טיפול כירורגי, כגון: ניתוחי חניכיים, השתלת שיניים והרמת סינוס.