דאטה בייסים של MySQL אינם מוצפנים כדיפולט, אבל אפשר להחיל זאת על הנתונים שמאוחסנים בהם. MySQL Enterprise, שהנו שירות בתשלום, מגיע עם יכולות הצפנה מובנות. אופציות חינמיות קיימות גם כן, בין שמדובר באינטגרציה של קוד אופן סורס או בהוספת פונקציות הצפנה מותאמות אישית ל- CMS. במקרה שאתם מעוניינים להשתמש בהצפנה לצורך ישור קו עם רגולציות HIPAA, תמיד תתייעצו עם מומחה לאבטחת נתונים לפני כל דבר; הצפנת דאטה כפשוטה בכלל לא מתקרבת למה שנדרש.