יועצי משכנתא בדרך כלל גובה עמלה עבור שירותיהם. העמלה יכולה להיות בסך אחוז מסוים מהסכום של המשכנתא או בסך קבוע. העמלה צריכה להיות מוסדרת מראש עם היועץ.