עקירת שיניים בכלל ועקירת שיניים כירורגית בפרט היא המוצא האחרון, והיא נעשית במקרים נדירים כשלא ניתן להוציא את השן בשלמותה. בין המקרים הללו, שן שסובלת מנזק נרחב עקב פציעה , שן שצמחה בזווית לא רגילה, שן שנמצאת מתחת לחניכיים, או כלואה בין שיניים אחרות, שן ששורשיה מעוקלים או ארוכים , שמקשים על עקירה רגילה.