ניתוח אף סגור מתבצע בדרך של חיתוך החלקים הפנימיים של הנחיר אשר אינם נראים כלפי חוץ וניהול כל שלבי הניתוח (שיוף, הסרת סחוסים וכו') דרך הנחיר עצמו. בסיום הניתוח תופרים את החתכים וסוגרים את האף בחזרה.