המשקעים הם חלקיקי פרי שעברו, בתהליך ההפקה של השמן בבית הבד, מהזית אל השמן. מכיוון שהם כבדים יותר מהשמן הם שוקעים ומצטברים בתחתית המיכל. המשקעים הם חומר אורגני המהווה בסיס לשגשוג של בקטריות ועובשים המקלקלים את השמן בטווח הארוך. בשל כך, עדיף לצרוך שמן זית שעבר סינון של המשקעים. שמן זית מסונן הוא בעל חיי מדף ארוכים יותר.