ההצפנה משחקת תפקיד קריטי באבטחת השרת על ידי קידוד נתונים באופן שרק גורמים מורשים יכולים לגשת אליהם. הדבר עוזר להגן על נתונים מפני יירוט או גניבה על ידי משתמשים לא מורשים, הן במעבר ברשתות והן במצב מנוחה בשרתים. שימוש בפרוטוקולי הצפנה כגון SSL/TLS עבור תעבורת אינטרנט וטכנולוגיות כמו BitLocker או FileVault לאחסון נתונים עוזר להבטיח את הסודיות והשלמות של מידע רגיש.