בתחילה, צריך המטופל להגיע אל המרפאה לצורך אבחון ראשוני לגבי מיקום ועומק הבעיה. במידה והוחלט על טיפול שורש, יש לנקז את המוגלה או להפחית את הנפיחות כדי להגיע אל עומק המקום הבעייתי בקלות. בשלב השני, נקבעת פגישה אליה מגיע המטופל וקודם כל, מקבל הרדמה או טשטוש – כאשר כל מקרה נבדק לגופו. כעת, מתחיל הטיפול עצמו עם קידוח והוצאת כל המוך מתוך השן, מאחר וכל חומר אורגני שנשאר בתוך השן עלול לגרום לדלקת חוזרת. לאחר הריקון יש למלא את השן בחומרי איטום ומעליהם לשים סתימה זמנית או קבועה, תלוי במצב.