מלכודות נפוצות בתכנון ניסוי שתלמידים צריכים להימנע מהם כוללים אי שליטה במשתנים, שימוש בדגימות מוטות, הסתמכות על ראיות אנקדוטיות ואי מדידת משתנים תלויים במדויק. התלמידים צריכים גם להיות מודעים לשיקולים אתיים בעת עריכת ניסויים, כגון קבלת הסכמה מדעת והגנה על פרטיותם של נושאי מחקר.