במצבים בהם קיימת דלקת עמוקה בשן, עלול טיפול בשיטה המסורתית לפעול לסילוק של חיידקים מהרקמה הרכות בלבד. במקרה זה עלולות להשאיר רקמות נגועות בעומק השן ולהתפתח לדלקת משמעותית לאחר ביצוע סתימה. כאשר משתמשים בלייזר, ניתן לחדור עם אלומת החום המרוכזת למקומות עמוקים בתוככי השן ולנטרל את כל החיידקים האחראים ליצירת דלקת בשן, באופן זה נמנעות דלקות חוזרות והטיפול הוא חד פעמי ואפקטיבי במיוחד.