לא יודעים באמת מה גורם להיפוטוניה, אולם לרוב מחלקים את הגורמים להיפוטוניה ממקור מוחי, להיפוטוניה שנובעת מפגיעה בעצב המוטורי (ברמת חוט השידרה ולא ברמה המוחית ולכן מבדילים זאת). יש היפוטוניות כתוצאה מפגיעה בעצב הפריפרי (שיוצא מעמוד השידרה) ויש היפוטוניות כתוצאה מגורמים שקשורים במעבר האותות בין העצב לשריר וגם כתוצאה מגורמים שקשורים בשריר עצמו. כל הגורמים הללו יכולים להתבטא כהיפוטוניה.
ורדי: "חלק מההיפוטוניה היא גנטית. לעיתים אני חשה ילד כזה ביום יומיים אחרי הלידה. גם תנועתיות נמוכה של הילד ברחם עלולה להיות סימן ראשון להיפוטוניה."
לרוב היפוטוניה אינה הגורם היחיד, נילוות אליה למשל חולשת שרירים ואו גמישות יתר. חולשת שרירים אינה זהה להיפוטוניה. חולשה נובעת מזה שהשריר לא יכול לייצר כוח. גמישות יתר גם היא מלווה פעמים רבות היפוטוניה ומשמעותה שטווח התנועה של הגידים והמפרקים גדול מהרגיל. זה מהווה לעיתים גורם נוסף לקושי באיכות התפקודים המוטוריים.
ד"ר לייטנר: "אני אומרת להורים שזה הבדל בין יד ברזל ליד פלסטלינה. אם היד היא מפלסטלינה צריך להפעיל הרבה לחץ כדי ליצור קו. היפוטוניה עם גמישות יתר מחייבת להפעיל כוח גדול כדי להוציא תוצרים מתנועת הגוף.