כן, הכספים בבנק וואן זירו מוגנים באותה מידה כמו בכל בנק אחר בישראל. הבנק מפוקח על ידי בנק ישראל ומבוטח על ידי תאגיד הביטוח לפיקדונות בנקאיים. בנוסף, הבנק משתמש במערכות אבטחה מתקדמות להגנה על המידע והכספים של הלקוחות.