ככלל, הסמכות העניינית בנושאי משמורת ילדים נתונה לבית המשפט לענייני משפחה. עם זאת, ישנם מקרים בהם הסמכות עוברת לבית הדין הרבני. זה קורה כאשר הוגשה תביעת גירושין לבית הדין הרבני לפני שהוגשה בקשה לבית המשפט לענייני משפחה. במקרה כזה, נושא משמורת הילדים נחשב ככרוך בתביעת הגירושין, ולכן הסמכות העניינית תהיה נתונה לבית הדין הרבני.