תופעות הלוואי לניתוח הסרת קעקוע הן: כאב מקומי, נפיחות, הפרשה, תחושת מתח בעור, שינויים בתחושת העור. סיבוכים משמעותיים יותר: דימום, זיהום, פעירת שולי החתך, צלקת מעובה מאד.