אפילו עם תופעות לוואי קלות יותר, למסטרון יש מספר תופעות לוואי, במיוחד אם משתמשים בה בכמות מוגזמת. אפשר להבחין באקנה, נשירת שיער ואפילו נטייה לפתח סרטן.