כמו כל שימוש בקרינה מייננת, אישה בהיריון תופנה לצורך ביצוע בדיקת פט סיטי רק כאשר אין שום ברירה אחרת. עבור כמעט כל מצב, יעדיפו לבצע בהיריון בדיקה ללא קרינה מזיקה כמו MRI או US, אך במידת הצורך וכאשר יש חשד למצב מסכן חיים לאישה או לעובר – ניתן לבצע גם בדיקת PET CT. בכל מקרה, בכל מצב שבו צריך לבצע בדיקה זו, והמטופלת בהיריון או חושדת שהיא בהיריון – יש ליידע את הרופא המטפל באופן מיידי.