הסיבוך הנפוץ ביותר הוא חסימת המעי. חסימה מתרחשת מכיוון שהמחלה נוטה לעבות את קירות המעי בנפיחות וברקמה צלקתית, דבר המצר את המעבר.
מחלת קרוהן עלולה גם לגרום לפצעים, או כיבים, החופרים את דרכם דרך האזור הנגוע אל תוך רקמות סמוכות, כגון שלפוחית השתן, הנרתיק או העור.
סיבוכים תזונתיים נפוצים במחלת קרוהן. החסרים להלו עלולים להיגרם על ידי תזונה לא מספקת, אובדן חלבון במעי, או ספיגה חלשה, המכונה גם ספיגה לקויה.