מערכת המשפט הצבאית מתנהלת באופן שונה במעט מהמערכת האזרחית. הגוף החוקר את הנאשמים אינו המשטרה הכחולה אלא מצ"ח (משטרה צבאית חוקרת), התיקים אינם מתנהלים בבתי המשפט האזרחיים אלא בבתי הדין הצבאיים, והדיון נערך הן בהתאם לדינים הפליליים הכלליים (החלים בבתי המשפט "באזרחות") והן בהתאם לחוק השיפוט הצבאי. לכל ההבדלים הללו השפעה מהותית על התנהלות המשפט כולו.