האבחון של מחלת הקרטוקונוס נעשה על ידי שילוב של מספר בדיקות וירידה גוברת בחדות העיניים. עליה בצילינדר, מציאת רפלקס מוזר בצורת מספריים במהלך בדיקה של האופטומטריסט, מיפוי ממוחשב של הקרנית במיוחד מיפוי אחורי יאבחן את המחלה לפני הופעת הסימנים.