לתהליכי החקיקה הישירה והעמקת הסיפוח יש השלכות דרמטיות על זכויות האדם של הפלסטינים בשטחים. 1. ערעור כל עקרונות היסוד של דיני הכיבוש, שישראל התחייבה להם: חקיקה ישירה של הכנסת על השטחים עומדת בסתירה לחובות המפקד הצבאי, מערערת את שלושת היסודות המהותיים של דיני הכיבוש, ומעמיקה את הפגיעה בזכויות האדם של פלסטינים. א. עקרון הזמניות: המשפט הבינלאומי ההומניטרי קובע שכיבוש הוא במהותו מצב זמני, לא קבוע. הקמת ההתנחלויות ערערה עקרון זה, וכעת החקיקה הישירה מעמיקה זאת. המשמעות היא שהכנסת והממשלה, שאינן מייצגות את התושבים הפלסטינים, שמות את עצמן בנעלי הריבון והמחוקק בשטחים, ובנוסף מכריזות כי מדובר בריבונות קבועה. ב. שמירה על הדין הקיים: סעיף 43 לתקנות האג קובע שהמצב החוקי שהיה קיים לפני הכיבוש ממשיך להתקיים, ושלמפקד הצבאי מותר לשנותו רק אם הדבר הכרחי לטובת האוכלוסייה המקומית או לצורך צבאי מובהק. במהלך השנים הוציא הצבא אלפי צווים ותקנות, שכבר שינו את המשפט ואת המציאות בשטחים. כעת חברי הכנסת רוצים לשנות את החוק בעצמם, בלי כל מחויבות לכבד את החוק הקיים, ותוך התעלמות מהמגבלות שקובע הדין ההומניטרי הבינלאומי. ג. סוגית הריבונות: במצב של כיבוש, המפקד הצבאי הוא השליט הזמני ("חליף הריבון"), והוא פועל כרשות מחוקקת, מבצעת ושופטת. מוטלת עליו החובה לשמור על זכויות התושבים המקומיים מכוח דיני הכיבוש. בהיותו חליף הריבון, בידי הצבא הסמכות החוקית הבלעדית בשטחים, לרבות בענייני תכנון ובנייה, שליטה וניהול של קרקעות ופיתוח פיזי. בפועל, החלטות משמעותיות הנוגעות לניהול השטחים מתקבלות גם על ידי הדרג המדיני והבירוקרטיה האזרחית בישראל – תהליך שמעמיק עם החקיקה הישירה של הכנסת (למשל בחוק ההסדרה). המשמעות היא שהאינטרסים הלאומיים-טריטוריאליים הישראלים – ביטחון המתנחלים והרחבת ההתנחלויות – הם שמעצבים את המדיניות בשטחים, ואילו חובות המפקד הצבאי על פי המשפט הבינלאומי לשמור על האינטרסים והזכויות של האוכלוסייה הפלסטינית כחליף הריבון נדחקות הצידה. 2. המשך ביסוס והעמקת המציאות של שתי מערכות חוק לפי לאום: בשטחים פועלות באותו שטח עצמו שתי מערכות חוק שונות לחלוטין – אחת לאזרחים ישראלים והשנייה לתושבים הפלסטינים. התוצאה היא אפליה ממוסדת של תושבים על בסיס לאום. על אף שבשטחים חל משטר צבאי, על האזרחים הישראלים בשטחים חל הדין הישראלי (כמעט במלואו), על כל הזכויות שהוא מקנה, לרבות חוקי היסוד. לעומתם, הפלסטינים כפופים לחוק הצבאי, שככלל מחמיר הרבה יותר, ונשפטים לפי חוק זה גם בעברות ביטחוניות וגם בעברות פלילות רגילות (למשל, פלסטיני יישפט לפי הדין הצבאי בבית משפט צבאי גם אם יעבור עבירת תנועה או יגנוב חלב מהמכולת). קידום החקיקה הישירה לא נעשה במטרה להחיל ריבונות וסיפוח שירחיבו רשמית את גבולות מדינת ישראל ויחילו את החוק הישראלי ברחבי הגדה המערבית, כפי שנעשה בירושלים המזרחית. זאת מכיוון שישראל לא מתכוונת להעניק לפלסטינים מעמד וזכות הצבעה כפי שמחייבת ריבונות, או להעניק שירותי חינוך, בריאות ורווחה שוויוניים ברחבי "המדינה האחת" שבין הירדן לים. מטרת התהליכים היא למסד משטר אפליה כפול של סיפוח וכיבוש, שבמסגרתו – מחד, חקיקה של הכנסת תרחיב את ההתנחלויות ותחזק את הזיקה שלהן למדינת ישראל הריבונית, ומאידך, משטר הכיבוש הצבאי ימשיך לחול על האוכלוסייה הפלסטינית כאילו דבר לא השתנה. יוזמי החקיקה אף קושרים כתרים של שוויון, דמוקרטיה וזכויות אדם כמטרת העל של חקיקה זאת – כל עוד ערכים אלה מתייחסים לישראלים בלבד.