רישום הבטחונות למשכנתא כרוך בתשלומים שונים, כמו תשלום על אגרות טאבו (למשל: דמי אגרה להוצאת נסח, אימות נסח באמצעות האינטרנט, אגרת רישום משכנתא, אגרת רישום הערת אזהרה, אגרה לביטול הערת אזהרה) ואגרת רישום מישכון ברשם המשכונות. מרבית התשלומים האלה מפורסמים בלוח העמלות של הבנק, הם מתעדכנים מעת לעת, בהתאם להנחיות הרשויות הרלוונטיות.