עם קבלת המסמכים המבוקרים, תתואם ביקורת רו"ח מטעם הרשות.
דו"ח הביקורת החשבונאית מועבר לבודק/ת המקצועי/ת בצירוף הדו"ח הטכני המסכם, לקבלת חוות דעת על ביצוע המו"פ בתוכנית. על בסיס חוות הדעת המקצועית והחשבונאית מבוצעת התחשבנות סופית מפורטת על ידי מחלקת הביקורת ברשות החדשנות.
תהליך ההתחשבנות הסופית, משמעותו קבלת יתרת המענק בפועל (עד 10% מסך התקציב המאושר) והוא אורך כ-3 חודשים מיום הגשת המסמכים ועד להעברת התשלום בגין ההתחשבנות הסופית (במידה שישנו).