במידה והחור העמיק והדלקת נכנסת כבר לשכבה הפנימית ביותר, מוך השן, מתחילה הבעיה האמיתית. זוהי השכבה הפנימית ביותר שמגיעה כבר לשורשי השיניים המחוברים לעצם האלבאולרית. במידה ושכבה זו מזדהמת, הזיהום יכול לעבור בקלות אל העצם ולגרום לבעיות קשות בלסת ובעצמות מסביב. מסיבה זו, בטיפול שורש קודחים פנימה אל שכבת מוך השן, שוטפים ומנקים את הזיהום והדלקת וסותמים את החלל שנוצר באמצעות חומרי איטום ייחודיים. ניקוז הזיהום והדלקת ובניית השן מחדש באופן פנימי, הם הטיפול המכונה: "טיפול שורש".