האסטונים אינם שייכים מבחינה אתנית לבלטיות, אלא יחד עם הסמים והפינים לעמים הפינו-אוגריים. עם זאת, אסטוניה מסווגת גאוגרפית כחלק מהמדינות הבלטיות.
קבוצות שבטיות פינו-אוגריות התיישבו בלב הארץ האסטונית כבר באלף החמישים לפני הספירה. במהלך האלף השלישי לפני הספירה אוכלוסיית הים הבלטי צברה פרופיל משלה עם ספציפיות אזוריות בתרבות ושפה. באלף השני לפני הספירה המגעים בין אוכלוסיית הים הבלטי בצפון לקבוצות השבטיות הבלטיות בדרום התפתחו. במהלך האלף הראשון לפני הספירה הקבוצה האתנית התפתחה. מאז אמצע האלף הראשון לספירה, אסטונים היו בקשר עם הסלאבים המזרחיים, לימים במיוחד עם הרוסים.
במשך הזמן הארוך ביותר בתולדותיהם הפוליטיות, האסטונים היו תלויים במדינות אחרות.
בתקופת השלטון הצאר-רוסי והסובייטי הייתה הקהילה האסטונית בלחץ התנפחות עז, שהותיר את עקבות השפה שלה בשינוי לשפה לרוסית עם קבוצות אוכלוסיה מסוימות ובדו לשוניות של העידן המודרני.
אסטונית נכתבה מאז המאה ה -17. מערכות היחסים ההדוקות עם השכנים הקשורים לתרבות ולשונית, הפינים, חיזקו את ההערכה העצמית של האסטונים והניעה את טיפוח הזהות והשפה האסטונית, במיוחד מאז המאה ה -19.