כן, ישנם סיכונים הקשורים לשימוש במקלט מס. לדוגמה, המקלט עשוי להיחשב בלתי חוקי או פוגעני על ידי מס הכנסה, וכתוצאה מכך קנסות או קנסות. בנוסף, ייתכן שההשקעה הבסיסית לא תעבוד כמו שצריך, וכתוצאה מכך אובדן ההון המושקע.