גסטרוסקופיה פרטית עשויה להציע מספר יתרונות על פני בית חולים ציבורי, כגון זמני המתנה קצרים יותר, זימון פגישות גמיש יותר וטיפול מותאם אישית יותר. זה גם עשוי להציע יותר נוחות ופרטיות במהלך ההליך ולאחריו. בנוסף, חלק מהמרפאות הפרטיות עשויות להציע כלי אבחון וטכנולוגיות מתקדמים שאינם זמינים בבתי חולים ציבוריים.