Pour une colonne de 3-mL, le débit est normalement de 3-5 mL/min. Pour une colonne de 6 ml, le débit est normalement de 6 à 10 ml/min. Si la colonne est de type échangeur d'ions, le débit est normalement plus faible. Pour une colonne en phase inverse, le débit doit être réglé à l'extrémité supérieure.