Les problèmes courants des logiciels antivirus sont les faux positifs, la lenteur des analyses et l'incompatibilité avec d'autres programmes. Les faux positifs se produisent lorsqu'un programme antivirus identifie à tort un fichier ou un programme inoffensif comme étant malveillant, bloquant ainsi son accès au système. Les analyses lentes peuvent entraîner une baisse sensible des performances en raison du temps nécessaire à l'antivirus pour effectuer son analyse. En outre, les logiciels antivirus peuvent être incompatibles avec d'autres programmes, ce qui peut entraîner un blocage du système ou un mauvais fonctionnement. Il est important de s'assurer qu'un programme antivirus particulier est compatible avec le système d'exploitation et les autres programmes installés avant de le télécharger et de l'installer. Enfin, certains logiciels antivirus peuvent contenir des bloatwares ou des fonctions supplémentaires qui ne sont pas nécessaires pour le bon fonctionnement du système.