La fin du moyen-âge et le début de l'époque moderne se révélèrent une période difficile et tourmentée en Europe (schismes, pestes, Guerre de Cent ans, guerres de religion…), et la ferveur des monastères diminua. De plus, la charge abbatiale était devenue un bénéfice doté de revenus : en vertu de la pratique désignée par le terme de « commende », les Abbayes avaient des abbés qui n’étaient plus des moines, mais des séculiers, touchant le revenu sans exercer la charge. On devine au prix de quel détriment pour l’observance régulière. C’est alors que des monastères réformés se regroupèrent en congrégations (en Italie celle de Sainte-Justine, en Allemagne celle de Bursfeld, en Espagne celle de Valladolid). En France, la congrégation de Saint-Maur (les « mauristes »), fondée en 1618 à Paris, ramena la régularité, l’austérité et la sainteté de vie dans la plupart des monastères du pays. Pour prévenir la décadence, ces moines renforcèrent la formation intellectuelle. Quelques-uns d'entre-eux – notamment Dom Mabillon – formèrent même un petit groupe érudit à Saint-Germain des Prés à Paris. On leur doit en particulier de remarquables éditions des Pères de l’Église, d'où une réputation de science et de travail appliqué. Qui ne connaît l'expression : « un travail de bénédictin » !