La mise en œuvre de la protection des lanceurs d'alerte doit se faire en conformité avec le RGPD. Des défis se posent en ce qui concerne le traitement des données à caractère personnel, la garantie des droits des personnes concernées et l'assurance de la sécurité des données. Une analyse d'impact relative à la protection des données (AIPD) peut s'avérer nécessaire. L'équilibre entre la transparence et la confidentialité constitue un défi particulier.