L’hypospermie peut être causée par un dysfonctionnement du réflexe éjaculatoire ou par un défaut anatomique ou de fonctionnement des glandes et voies génitales. Ainsi, peuvent être responsables de ce trouble de l’éjaculation : Une éventuelle mutation du gène CFTR (Cystic Fibrosis Transmembrane Regulator) peut également être la cause d’une petite éjaculation. La mutation de ce gène est en cause dans l’apparition de la mucoviscidose, maladie génétique qui attaque principalement les poumons.