Le microbiote intestinal et ses métabolites peuvent réguler les conditions inflammatoires. De nombreuses études ont établi un lien entre le microbiote intestinal et les maladies inflammatoires, or l’inflammation est le terreau des déséquilibre hormonaux [9].   Les bactéries intestinales jouent un rôle important dans le métabolisme des œstrogènes, de fortes corrélations ont été trouvées entre les niveaux d'œstrogènes urinaires et la richesse du microbiome fécal [10].   Certaines études humaines ont indiqué à l’inverse que les fluctuations des œstrogènes peuvent affecter la composition du microbiome intestinal [11]. Il existe donc une relation à double sens entre le microbiote et les niveaux hormonaux.    Quelques études ont été réalisées indiquant la relation de cause à effet entre les hormones sexuelles et le microbiome. Une étude européenne a montré que les hommes en bonne santé présentaient une plus grande abondance de Bacteroides-Prevotella que les femmes, tandis que le microbiote des femmes ménopausées ne différait pas de celui des hommes [12]. Les résultats de cette étude indiquent que les œstrogènes et les hormones féminines jouent un rôle important dans la régulation de la composition du microbiome intestinal.