Pour déterminer lequel des arbres phylogénétiques est le plus parcimonieux, on compte le nombre d'hypothèses évolutives nécessaires dans chaque arbre. L'arbre le plus parcimonieux est celui qui fait le moins d'hypothèses, c'est-à-dire qui économise le plus d'hypothèses évolutives tout en retraçant de manière plausible l'histoire évolutive des espèces.