L'échinacée est généralement déconseillé aux personnes immunodéprimées, aux personnes ayant des antécédents d'asthme ainsi qu'en cas d'allergie aux plantes de la famille des Astéracées.
Par ailleurs, dans certains cas rares, l'échinacée peut être la cause de nausées et de vomissement et être à l'origine d'une fièvre.