Si, les traitements contre les ravageurs et les maladies avec des produits naturels qui figurent dans la Liste des intrants du FiBL sont autorisés. Des nouveaux produits ne sont autorisés qu'après examen par les autorités, le FiBL et Bio Suisse. Ainsi l'extrait de quassia (bois amer), des solutions de savon mou ou de coco sont employés contre les guêpes, les pucerons et les acariens. En arboriculture, l'argile est utilisée en cas d'attaque de tavelure par exemple. Dans tous les cas, le paysan bio tente aussi d'éviter même ces traitements en favorisant l'équilibre naturel et les auxiliaires, en choisissant soigneusement les variétés cultivées, la rotation des cultures et le système de culture ou encore par des mesures mécaniques comme des filets de protection des cultures. Avec cette protection "douce" des plantes, le paysan bio évite des résidus de produits phytosanitaires chimiques dans les aliments, soulage l'environnement de substances artificielles et nocives et renforce la diversité biologique.