La chlorella est généralement considérée comme bien tolérée. Il n'y a guère d'effets secondaires connus, mais des maux de tête ou des nausées peuvent parfois survenir au cours des premières semaines de prise. Les personnes qui prennent des anticoagulants doivent faire attention lorsqu'elles prennent de la chlorella, car la vitamine K peut contrer l'effet des anticoagulants. (Vitaminexpress).