Le Cyprinodon elegans réside naturellement dans une eau plutôt basique. Il évolue à faible profondeur (moins de 2 mètres de profondeur) dans les zones à forte présence de végétaux (plantes aquatiques et palustres, matières organiques en décomposition, branches...).
Il vit dans des eaux bien oxygénés mais n'est pas inféodé à un biotope en particulier. On le rencontre aussi bien dans les zones calmes que dans des courants.