La mise en place d'une stratégie d'entreprise comporte des risques, qu'il est nécessaire d'identifier et de gérer. Parmi ces risques, on trouve notamment le risque de mal appréhender les besoins du marché ou de sous-estimer la concurrence, ce qui peut conduire à une mauvaise allocation des ressources de l'entreprise. Il y a également le risque lié à l'implémentation de la stratégie, qui peut rencontrer des obstacles internes (résistance au changement, problèmes de coordination, etc.) ou externes (évolution du marché, nouvelles réglementations, etc.). Enfin, la stratégie d'entreprise peut échouer si elle n'est pas suffisamment flexible pour s'adapter aux changements de l'environnement.