Les limites éthiques de la neuroéducation incluent le respect de la vie privée, le consentement éclairé et l'utilisation des données cérébrales. Il est crucial d'éviter la stigmatisation et la discrimination des élèves en fonction de leurs capacités neurologiques. De plus, l'équité dans l'accès aux technologies neuroéducatives doit être garantie pour ne pas accroître les inégalités.