La différence évidente entre le stylo USB et le lecteur flash est leur application. Le stylo USB n'est généralement utilisé que comme un périphérique de stockage USB portable, tandis que le lecteur flash peut être appliqué à de nombreux endroits. Le stylo USB fait généralement référence à un lecteur qui peut être branché directement sur un port USB, tandis que le lecteur flash peut être accessible via une connexion USB directe, une connexion USB filaire ou un stockage interne dans un téléphone portable.