La principale différence entre les deux est la taille des plaques de cuisson. On considère souvent que le croque-monsieur a un format « tranche de pain de mie » alors que le panini est plutôt comme une demi-baguette. Du coup, il est souvent possible de faire chauffer un croque-monsieur dans une presse à panini alors que l’inverse est rarement possible. De même, on ne peut cuire ni de la viande ni du poisson sur des plaques pour croque-monsieur.