Les oméga 3, de part leur structure, sont des acides gras instables très sensibles à l’oxydation. C’est pour cette raison qu’il est conseillé de les conserver au froid, à l’abri de la lumière, et de les consommer bien avant la date limite de consommation. En sortie de laboratoire, un bon supplément d’oméga 3 doit avoir un indice d’oxydation total inférieur à 26. Au-delà, l’huile est considérée comme toxique. L’indice d’oxydation, ou TotOx, permet de mesurer le degré de fraîcheur d’une huile. Il se calcule selon deux valeurs : l’indice de peroxydes (PV) et l’indice d’anisidine (AV), qui mesurent la quantité de produits qui se forment à mesure qu’une huile s’abîme et s’oxyde.
L’indice TotOx le plus bas en sortie de laboratoire se situe aujourd’hui autour de 5, comme c’est le cas pour les oméga 3 du label Epax, qui garantit fraîcheur mais aussi stabilité, pureté et une plus haute concentration en EPA et DHA. La plupart des huiles produites par Epax ont un indice TotOx compris entre 2,5 et 5, en plus d’être garanties sans métaux lourds ni résidus pétroliers, et certifiées "Friends of the Sea". Des extraits de tocophérols ou de plantes antioxydantes peuvent être ajoutés à l’huile pour garantir une stabilité plus durable dans le temps.