La mise en œuvre d'un processus de la PHL implique des changements qu’il s’agit de gérer. Davantage d'informations concernant les tâches de planification sont générées plus tôt dans le processus. Les procédures standard seront modifiées et la coopération entre les différents départements sera repensée. L’automatisation d'une étape de fabrication jusque-là manuelle implique un changement radical de l'ordre d’assemblage, de la planification des processus et des capacités, des étapes de fabrication, etc.
Ces changements permettent dans tous les cas un agencement plus efficace des processus et une meilleure utilisation des données. La première étape consiste à établir un processus stable offrant un potentiel intéressant de réduction des coûts et des délais. On s’appuiera dans un second temps sur cette base pour aborder la continuité avec la conception, avec la fabrication de dispositifs d'une part et avec la production et la documentation des processus d’autre part, pour exploiter d’autres bénéfices potentiels.
Tous ces changements de technologie et de processus devront être compris par les collaborateurs, la formation et le renforcement des compétences sont donc indispensables.