La différence la plus notable entre les signatures électroniques qualifiées et avancées (telles que définies dans le règlement eIDAS) apparaît en cas de litige ou lorsqu'une partie conteste la validité d'une signature électronique.
Le niveau qualifié bénéficie d'une reconnaissance et d'une acceptation juridiques dans tous les États membres de l'UE. C'est le seul à avoir l'équivalent légal d'une signature manuscrite. Cela signifie qu'en cas de litige, le juge considérera la signature électronique qualifiée de la même manière qu'une signature manuscrite. En outre, sa validité est présumée et le principe de l'inversion de la charge de la preuve est appliqué. Ainsi, la partie contestant la signature devra prouver que la signature électronique qualifiée est invalide.
Si, en revanche, la signature électronique est avancée, la partie qui revendique sa validité devra prouver au tribunal que la signature électronique avancée est bien valable.