La prise de probiotiques est généralement bien tolérée chez les personnes en bonne santé. Elle peut toutefois provoquer des effets secondaires mineurs et peu fréquents tels que des gaz, des ballonnements, des troubles du transit ou parfois des nausées. Attention, il est fortement déconseillé de consommer des probiotiques en cas de valvulopathie, de dénutrition, d’immunosuppression, ou lorsqu’un acte dentaire est réalisé. Ces derniers doivent être manipulés avec précaution si une voie centrale est posée.