Les instructions personnalisées sont des blocs matériels ajoutés par l'utilisateur qui accroissent les capacités de l'unité logique arithmétique (ALU) d'un processeur. Les processeurs Nios II prennent pleinement en charge les instructions personnalisées, ce qui vous permet de régler précisément le matériel de votre système pour atteindre vos objectifs de performance. Vous pouvez créer jusqu'à 256 instructions personnalisées par cœur de processeur Nios II se trouvant dans le système. Comme avec les instructions Nios II natives, la logique d'instruction personnalisée peut prendre des valeurs de deux registres sources maximum et écrire en option un résultat dans un registre de destination.