De part leur migration pour la reproduction, les botias clowns fréquentent une grande diversité de milieux, généralement en rivières. Celles-ci connaissent des variations importantes tout au long de l'année, aussi bien en termes de débit et de profondeur qu'au niveau des paramètres d'eau (T°, pH).
Les individus plus âgés vivent dans les zones plus profondes, les jeunes restant dans des cours d'eau de moindre importance.
La végétation est normalement dense et épaisse, les eaux marécageuses étant bordées par les forêts tropicales. Le substrat est principalement composé d'humus (détritus végétaux divers) et de feuilles, avec présence de racines et troncs submergés. L'eau est couleur thé, assez acide.