Une arborescence est une organisation hiérarchique de mots-clés ou concepts, dont la représentation rappelle un arbre et ses branches. Les relations sémantiques entre les concepts sont donc d’abord de dépendance descendante/ascendante et s'enrichissent d'associations entre des concepts de branches différentes.
Une collection est un regroupement qui permet de créer des ensembles cohérents de concepts n’appartenant pas nécessairement à une même branche. N’affichant pas de structure hiérarchique, elle liste les concepts sous forme alphabétique.  Elle peut être assimilée à un tag qui marque un concept et permet de constituer un ensemble virtuel.
Dans Pactols, la collection et l'arborescence sont bien deux choses différentes. Les concepts de têtes dans la hiérarchie et les collections ne s’écrivent pas de la même façon : en capitale pour les collections, en caractères normaux pour les têtes de hiérarchie.