De nos jours, le génome de quelques espèces végétales, c’est-à-dire la liste des gènes les plus communs et leurs mutations, sont identifiés et localisés précisément par des marqueurs moléculaires, un segment d’ADN : c’est-à-dire une chaine identifiée de molécules sur un chromosome (porteur de l’information génétique). Pour ces espèces, beaucoup de caractères phénotypiques simples, comme la résistance à un pathotype d’une maladie peuvent être identifiés ainsi. Mais généralement la Valeur Agronomique, Technologique et Environnementale, VATE, d’une variété est un ensemble de fonctions physiologiques complexes que l’identification moléculaire ne peut prétendre seule identifier, compte tenu, entre autres, de l’interaction entre le génotype et le milieu agro climatique.
L’étude du génome est surtout un outil d'aide à la sélection, elle n'est pratiquement pas utilisée lors des tests officiels d'évaluation agronomique des variétés. Cependant, on commence à travailler actuellement sur l'utilisation de ces tests en complément des tests au champs, pour quelques caractères au déterminisme génétique simple, comme certaines résistances aux maladies.