Shippuden commence environ trois ans après que Naruto et ses collègues aient échoué à sauver et à délivrer Sasuke. Ils ont grandi, se sont entraînés dans leurs arts respectifs et connaissent maintenant bien la trahison et l'obscurité du monde ninja. Leurs perspectives mûries se reflètent dans les thèmes de la série elle-même, qui traitent généralement de conflits plus sombres et plus troublants.