Tous les producteurs, transformateurs et commerçants de produits bio sont contrôlés au moins une fois par année sur place pour vérifier le respect des directives. L'organisme de certification doit réaliser un contrôle supplémentaire auprès d'au minimum 10 % des entreprises. Au moins 10 % des contrôles doivent ne pas être annoncés. L'organisme de certification doit en outre prélever des échantillons pour analyses de résidus dans au minimum 5 % des entreprises.