Boulengerochromis microlepis préfère les eaux de surface près du rivage et les zones littorales du lac Tanganyika. Il se rencontre dans des habitats ouverts, tels que des eaux sablonneuses mais il est également observé près des zones rocheuses. Son comportement prédateur en fait l'un des principaux piscivores des zones sublittorales et littorales du lac.