La JEI doit réaliser une activité de recherche éligible fiscalement. Les règles d’éligibilité sont les mêmes que pour le Crédit d’Impôt Recherche (CIR). De manière générale, les projets concernés sont :
Les projets de recherche fondamentale
Les projets de recherche appliquée
Les projets de développement expérimental
CIR, CII et JEI sont des dispositifs cumulables. Toutefois, une entreprise qui ne bénéficie que du CII ne peut pas bénéficier du statut JEI.