Les CASU utilisent des systèmes efficaces de gestion des déchets pour minimiser l’impact environnemental des opérations aquacoles. Les déchets solides sont généralement éliminés par filtration mécanique, tandis que les déchets dissous (tels que l'ammoniac) sont convertis en substances moins nocives par filtration biologique. Certaines CASU utilisent même des sous-produits de déchets, tels que la conversion des déchets de poisson en engrais ou en biogaz, améliorant encore davantage la durabilité.