Il n’est pas question ici d’opposer les deux types de modification corporelle que sont les traitements hormonaux et les actes chirurgicaux. Elles sont souvent complémentaires. Néanmoins, dans la plupart des cas, il y a parfois de rares exceptions, les personnes transgenres qui envisagent des modifications corporelles plus avancées via la chirurgie prennent au préalable un traitement hormonal substitutif. Nous l’avons vu au chapitre dédié aux hormones, un traitement hormonal pour une personne transgenre agit comme une puberté. Des modifications corporelles importantes ont lieu et elles arrivent à leur apogée après plusieurs années, entre deux et quatre ans. Il faut donc en tenir compte si l’on veut faire des opérations chirurgicales, notamment mammaires pour les personnes féminines. Se lancer dans une chirurgie alors que le corps est en pleine "puberté' n'est pas forcément la meilleur chose à faire. Autre point qu’il faut aborder, ce sont les effets de l’arrêt de la prise d’hormones avant une chirurgie. Beaucoup d’anesthésistes et chirurgiens le demandent pour éviter tout risque opératoire et/ou post-opératoire. Il y a en fait des conséquences importantes, surtout psychologiques qui sont dues à cet arrêt de traitement : déprime, hyperactivité notamment et selon le type d'hormones (œstrogènes ou testostérone). Il faut y faire attention car cela peut surprendre, surtout l’entourage (la personne concernée souvent ne s’en rend pas compte). Étant donné que l’arrêt du traitement peut être de plusieurs semaines, il est important de savoir qu’il y avoir un risque plus ou moins important de se voir confronté à ce genre de phénomène de « décompensation », c’est à dire avoir un comportement différent de celui que l‘on a habituellement.