Shopify propose sa propre passerelle de paiement appelée Payments, qui peut également accepter les paiements par carte de crédit. Il gère la plupart des devises dans la plupart des régions et fonctionne au sein du système. Si vous ne souhaitez pas utiliser cette méthode ou si vous souhaitez proposer d'autres méthodes de paiement, vous aurez besoin d'un processeur de paiement tiers. Ceux-ci peuvent inclure PayPal, Amazon Pay, Stripe et autres. Ils se fixent sur votre boutique en ligne et se chargeront de l'aspect financier pour vous. Shopify facture cependant des frais pour l'utilisation de processeurs de paiement tiers.