L'un des principaux défis est d'engager tous les élèves, surtout ceux qui ne sont pas naturellement intéressés par les oiseaux ou la science. Il faut aussi tenir compte des variations météorologiques qui peuvent affecter la régularité des observations. Par ailleurs, il est important d’assurer la sécurité des élèves lorsqu'ils se trouvent à l'extérieur et de respecter les règles liées à l'observation de la faune. Enfin, il faut être prêt à traiter avec patience le manque initial de compétences en identification ou en collecte de données chez les élèves débutants.