La compagnie FlixBus opère depuis et vers des gares routières facilement accessibles. Par exemple, à Paris, elle dessert des arrêts à Bercy Seine, à la gare routière du Terminal 3 de l’aéroport Roissy-Charles De Gaulle, ou encore à Massy-Palaiseau et à Disneyland Paris. A Lille, les bus partent ou arrivent à la gare de Lille Europe, à Lyon les bus desservent la gare routière de Lyon Perrache et l'aéroport Saint-Exupéry. A Rennes, la gare routière est proche de la gare SNCF et à Marseille, la gare routière est à Saint Charles.