L'épigénétique a été découverte par Conrad Waddington en 1942 alors qu'il étudiait la génétique des mouches drosophiles à l'université de Cambridge, mais ses travaux n'ont été largement acceptés que bien plus tard au XXe siècle, lorsque les techniques de biologie moléculaire sont devenues disponibles, permettant aux scientifiques d'explorer ce concept de plus près.