Les plateformes MFT reposent sur une série de mesures de sécurité destinées à protéger les données ; protocoles sécurisés, chiffrement et authentification notamment. De plus, le contrôle d’accès est souvent prévu pour s’assurer que seuls les utilisateurs autorisés accèdent aux données. Puis, selon la plateforme, des fonctions supplémentaires sont disponibles, comme le suivi des audits, la surveillance et les alertes, ainsi que l’automatisation des flux de travail.