Comme toute société, la SCI doit répondre à des obligations comptables. L'article 1856 du Code Civil stipule que le gérant de la SCI doit rendre des comptes au moins une fois par an aux associés. Recourir à un expert-comptable permet ainsi que la comptabilité de la SCI soit bien tenue. Pour la SCI dont l'ensemble des associés relève du régime des revenus fonciers : la comptabilité est tenue conformément à ce qui est édicté dans les statuts : donc soit selon les règles de la comptabilité commerciale soit sur la base des recettes et des dépenses de l'année. Pour la SCI qui relève de l'impôt sur les sociétés ou qui a un associé professionnel : la comptabilité est tenue selon les règles commerciales, le calcul de revenu sera donc conforme aux règles des BIC.