Les adeptes de l’hydrothérapie du côlon soutiennent que cette pratique a de nombreux bienfaits sur l’organisme, non seulement parce que l’élimination des toxines permettrait de renforcer le système immunitaire et d'apporter plus de vitalité, de "légèreté" à l'organisme, mais aussi parce que ces mêmes toxines seraient à l’origine de nombreux maux du quotidien : maux de tête, asthme, allergies, eczéma, psoriasis, douleurs menstruelles, maux intestinaux comme les inflammations ou les diverticules, etc. Toutefois, aucune étude clinique ne l’a pour le moment formellement prouvé.