Comme avec tous les logiciels de partage de fichiers, il existe des risques de sécurité lors de l'utilisation de eMule. Il est important de se connecter uniquement à des serveurs fiables, d'utiliser un firewall et un antivirus à jour, et de ne pas télécharger des fichiers suspects ou protégés par des droits d'auteur. Il est ainsi préférable d'utiliser eMule avec un VPN pour renforcer la sécurité de votre connexion.