La différence réside dans la méthode de prélèvement de l'échantillon. Pour l'écouvillon nasal, le bâtonnet est inséré par le nez dans le nasopharynx. C'est là, au niveau de la paroi pharyngée postérieure, que l'échantillon est prélevé. Pour l'écouvillon de gorge, le bâtonnet-test est inséré par la bouche jusqu'à l'arrière de la luette, où le matériel sera prélevé. Pour la majorité, l'écouvillon de gorge est plus facile à tolérer.