Mycteroperca bonaci évolue à des profondeurs allant de 1 à 250 m. Dans les Caraïbes, il est souvent présent à des profondeurs de 10 à 30 mètres, contrairement au golfe du Mexique, où on la rencontre normalement à des profondeurs supérieures à 30 mètres. Il n’est cependant pas impossible de retrouver cette espèce à d’autres profondeurs.
Cette espèce fréquente différents types de milieux au cours de sa vie. Les juvéniles sont euryhalins et résistent à des salinités variables. En conséquence de quoi, on les retrouvera en surface ou dans des zones peu profondes, au sein de patchs sablo-rocheux, d’herbiers marins, de mangroves, d’estuaires ou encore dans les gravats d’huîtres. Ce n’est qu’une fois mature qu’ils quitteront les eaux de surfaces, les 10 premiers mètres. Adulte, il préfèrera les fonds rocheux et les récifs coralliens, les tombants ou encore les épaves. Sédentaires, les adultes affectionnent les espaces riches biodiversité ainsi qu’en cavités, galeries et reliefs variés leur permettant de chasser, de se cacher et de dormir.
Au fur et à mesure que les individus vieillissent, ils se déplacent vers des eaux plus profondes, généralement vers des tombants, ou des récifs élevés à de forte profondeur. On retrouvera alors, associé à l’âge des individus, un gradient de profondeur.