Chaque compte bancaire N26 bénéficie d'une protection des dépôts : le régime d'indemnisation des banques allemandes garantit jusqu'à 100 000 euros.
Le N26 propose également un programme de "Bug Bounty". Il s'agit de récompenses en espèces destinées à encourager les chercheurs en sécurité à traquer les erreurs ou les vulnérabilités.
L'application elle-même est dotée d'une procédure de sécurité à trois niveaux qui protège votre compte et vos transactions. Votre compte ne peut être couplé qu'à un seul smartphone à la fois, vous devez vous connecter à votre compte à l'aide de votre mot de passe ou de votre empreinte digitale, et vous devez vérifier toutes les transactions en ligne et hors ligne à l'aide de votre code PIN.