Pseudocrenilabrus victoriae est un habitant typique des marais et de petits ruisseaux (Loiselle, 1982a; Seegers, 1990). Selon Seegers, ces poissons préfèrent les zones abritées par la végétation qui surplombent les berges. Il ne s'aventure pas en pleine eau et reste proche du fond. L'eau est douce, pauvre en minéraux dissous et légèrement acide à légèrement alcalin. Les co-habitants les plus communs sont «Barbus» apleurogramma, Aplocheilichthys bukobanus, Ctenopoma muriei et aussi quelques cichlidés du groupe Haplochromis.
Greenwood (1965) décrit l'écologie de cette espèce dans le lac Nabugabo : Il a été repéré dans les marais environnants, dans la végétation du lac et parmi les racines des arbres inondés à l'embouchure de la rivière Juma. L'espèce est  fréquente dans des zones abritées à végétation aquatique dense (Utricularia et Ceratophyllum).