Ces méthodes présentent un risque minimal pour l'embryon. Toute procédure de laboratoire peut techniquement comporter de petits risques. Par exemple, il peut y avoir un petit risque dû à l'ajout d'un colorant fluorescent à l'échantillon de sperme dans le cadre de la procédure de micro-tri. Toutefois, grâce à l'importante méthode du test génétique préimplantatoire de l'embryon, tout défaut sera détecté avant la préimplantation.Aucun risque avéré de malformation congénitale n'a été constaté dans le cadre des procédures de sélection du sexe. En fait, grâce aux tests génétiques sur les embryons, la possibilité d'une anomalie congénitale est plus faible avec la FIV qu'avec la conception naturelle.