La banane est l'un des aliments les plus concentrés en prébiotiques (avec les asperges, les oignons, l'ail, etc.). Ces glucides fermentescibles sont utilisés pour nourrir et accélérer la croissance des probiotiques, les bactéries saines présentes dans notre flore intestinale. Les probiotiques aident à maintenir une santé intestinale saine, à renforcer le système immunitaire et à améliorer l'absorption des nutriments. Les bananes sont également l'un des rares fruits conseillés contre la diarrhée, en particulier chez les nourrissons. En effet, il aide à réguler la flore intestinale. Cependant, pour profiter pleinement de ses bienfaits, il faut acheter des bananes biologiques. Des résidus de pesticides se trouvent dans 57,4 pour cent des bananes non biologiques. Quelques études au Bangladesh ont montré que manger des bananes peut aider les enfants souffrant de diarrhée persistante. Un mélange de riz et de plantains cuits, ou de riz et de pectine, peut réduire la fréquence et le poids des selles, ainsi que la durée de la diarrhée chez les nouveau-nés dans certaines circonstances. Dans d'autres situations, la consommation de bananes non mûres (12 à 3 bananes par jour, selon l'âge des enfants) a accéléré la guérison des diarrhées aiguës et chroniques. Une autre étude menée au Venezuela a révélé qu'un repas composé d'une préparation à base de plantain cuit diminuait la quantité et le poids des selles, la durée de la diarrhée et encourageait la prise de poids par rapport à une préparation standard à base de yaourt. Les bananes non mûres contiennent également de l'amidon résistant, une forme de sucre qui, comme les fibres alimentaires, résiste à l'action des enzymes digestives et traverse le côlon intact. L'amidon non digéré est ensuite fermenté par la flore intestinale, qui le transforme en acides gras à chaîne courte (par exemple l'acide butyrique). Ceux-ci augmentent l'absorption des liquides et du sel dans le côlon, réduisant ainsi la perte d'eau dans les selles. Les acides gras à chaîne courte sont également considérés comme améliorant indirectement la perméabilité de l'intestin grêle, ce qui aide à soulager les symptômes de la diarrhée.