Les gestes asymétriques de l'agent de tri entraînent des risques ergonomiques, d'où la nécessaire mise en place d'une rotation des postes de travail. En centre de tri des déchets, la manipulation de produits dangereux et de pièces en mouvement expose aussi à des risques. Le port obligatoire d'équipements de protection (appareils de protection respiratoire, gants, lunettes, etc.) fait partie des mesures préventives en vigueur. Certaines vaccinations sont aussi obligatoires pour prévenir d'éventuels dangers biologiques causés par des agents pathogènes.