L'Isomalt est considéré comme un édulcorant à double tranchant en raison de ses effets secondaires potentiels. Bien qu'il soit utile pour réduire l'apport en sucre et en calories, il peut causer des problèmes digestifs, notamment des ballonnements, des flatulences et de la diarrhée, en particulier lorsqu'il est consommé en grandes quantités. C'est parce que l'Isomalt est un type de fibre soluble qui n'est pas complètement absorbé ou digéré par l'organisme, ce qui peut provoquer des troubles gastro-intestinaux chez certaines personnes.