La certification biologique permet d'assurer la traçabilité complète des opérations et des produits utilisés par les entreprises.
En effet, des organismes de certification indépendants, tels Ecocert et Québec Vrai, mandatent des inspecteurs qui font des visites dans les entreprises. Sur place, ils vérifient les registres et installations, inspectent les champs, analysent les produits et valident les conditions d’élevage pour avoir l'assurance que tout est conforme aux normes bios en vigueur.
De cette façon, les consommateurs peuvent avoir des garanties fiables à l’effet qu’aucun pesticide, produit chimique de synthèse ou organisme génétiquement modifié (OGM) n’a été utilisé dans les cultures bios. Ils ont aussi l’assurance que les entreprises respectent des normes élevées en matière de bien-être animal.