Dans l'histoire évolutive et la phylogénie des arbres, ce qui compte, ce n'est pas l'ordre des lettres, mais le nombre de caractères communs partagés par les taxons ou les espèces. Les embranchements représentent les ancêtres communs et les caractères sont des innovations hypothétiques. L'histoire évolutive est retracée en se concentrant sur les caractères communs et la position des ancêtres communs dans les arbres phylogénétiques.