L’étymologie du mot hippopotame renvoie au latin impérial hippopotamus, lui-même issu du grec ancien hippopotamos.
Ce dernier est décomposable en hippos, signifiant « cheval », comme dans les mots hippique et hippodrome, et de potamos, qui signifie « fleuve », et que l’on retrouve dans l’adjectif potamotoque, un terme rassemblant tous les poissons qui vivent en mer, mais se reproduisent en eau douce.