Les dépenses de recherche retenues pour qualifier la JEI sont les suivantes:
les dépenses de personnel des chercheurs et techniciens de recherche qui sont directement et exclusivement affectés à ces opérations , y compris les rémunérations au profit des salariés auteurs d’une invention résultant d’opérations de recherche ;
les charges d'amortissement liées aux immobilisations, acquises ou créées à l’état neuf, utilisées dans les activités de R&D, y compris la production de prototypes ou d'installations pilotes ;
les autres charges d'exploitation conservées pour leur montant réel et non à taux fixe. Toutefois, à titre de simplification, les redevables peuvent retenir un montant égal à 75 % des dotations aux amortissements et 43 % des dépenses de personnel ;
les dépenses pour la réalisation d'opérations de recherche confiées à des organismes publics de recherche et d'enseignement supérieur. Ces dépenses ne sont pas retenues pour le double de leur montant, mais pour leur montant réel ;
les dépenses pour la réalisation d'opérations de recherche confiées à des organismes de recherche privés agréés par le ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation ;
les frais de dépôt, de maintenance et de défense de brevets ;
les dépenses de normalisation.