La comparaison des protocoles avec les agonistes et les antagonistes de la GnRH et leur relation par rapport à l'impact sur la réceptivité de l'endomètre restent controversées. Cependant, certaines recherches ont montré que les agonistes et les antagonistes de la GnRH réduiraient légèrement la réceptivité de l'endomètre par rapport aux cycles naturels.
En revanche, d’autres recherches ont suggéré que les protocoles avec des antagonistes avaient un impact important sur l’expression de gènes liés à la réceptivité de l’endomètre humain, ainsi que sur le fait que les agonistes retardaient ce processus.