La taille est le meilleur moyen de les différencier : les souris sont plus petites (7-11 cm) et moins robustes, leur queue légèrement poilue est plus courte et leurs oreilles sont tombantes. Les rats bruns et noirs sont deux fois plus grands (16-30 cm), leur queue est plus longue et leur nez est plus émoussé. Les excréments des souris sont petits (3-8 mm) tandis que ceux des rats mesurent 1 à 2 cm.