La pureté de l'eau requise pour l'AAS dépend de la technique utilisée. De l'eau de type I est requise pour le GFAAS, en raison de la très grande sensibilité de cette méthode. L'eau de type II est généralement considérée comme suffisante pour le FAAS, où les limites de détection se situent généralement entre ppm et ppb.