Le biogaz a des émissions directes de carbone similaires à celles du gaz naturel. Dans le cas du biogaz, le carbone est comptabilisé comme biogène, mais il doit également être pris en compte dans le protocole des gaz à effet de serre.
La question de savoir si la conversion entraîne une réduction des émissions dépend du secteur en amont (production du gaz, comptabilisée dans le Scope 3) : Le biogaz peut être produit à partir de déchets ou de biomasse résiduelle. Ce biogaz présente moins d’émissions en amont que le gaz naturel. En revanche, si le biogaz est produit directement à partir de plantes, l’empreinte en amont peut être importante.