Sur un microscope droit, la source de lumière et le condenseur sont situés sous la platine et, par conséquent, l’échantillon. La lumière passe à travers l’échantillon par le dessous. L’échantillon peut alors être observé du dessus par l’oculaire.
Sur un microscope inversé, la gravité fait que les cellules tombent naturellement dans le fond et adhère à la lamelle couvre-objet, alors que lors de l’utilisation d’un microscope droit pour des applications de biologie cellulaire, les échantillons doivent serrés entre une lamelle couvre-objet et une lame pour pouvoir correctement les observer et les analyser depuis le dessus du microscope.