Les contre-indications de la mélisse sont les suivantes : elle ne doit pas être consommée par des femmes enceintes ou allaitantes, ni par des personnes qui prennent déjà un traitement à base d'antidépresseurs. Elle peut également provoquer une somnolence et il est donc conseillé de ne pas conduire après sa prise. Déconseillé en cas de troubles de la thyroïde.