Les boutons latéraux gris de NanoRep sont un moyen de distribuer manuellement des aliquotes. Un mouvement vers le bas du joystick distribue également une aliquote. De plus, NanoRep peut également distribuer des aliquotes automatiquement, à des intervalles définis par l’utilisateur jusqu’à 0,5 seconde. Avec cette option, appelée Auto Pace, il n’est pas nécessaire d’appuyer sur un bouton pour distribuer des aliquotes.