Les protéines en poudre vegan, bien qu'obtenues à partir de légumineuses et de céréales, ne disposent plus des vertus de l'aliment d'origine. Les protéines sont séparées des fibres, des glucides, des lipides, ainsi que des vitamines et des minéraux. Prendre de la protéine en poudre végétale n'a donc aucun bénéfice nutritionnel autre que sa concentration en acides aminés.
Toutefois, une protéine végétale se digère beaucoup mieux qu'une protéine laitière. Sans lactose, elle fait oublier les désagréments digestifs tels que les ballonnements et les flatulences, que l'on rencontre fréquemment avec la whey ou la caséine non délactosées.
Aussi, la protéine végétale est naturellement moins riche en graisse et cholestérol que les protéines de lait, bien que la plupart des isolats de whey ne contiennent pratiquement plus aucune trace de graisse.