Pour la première fois dans l’histoire de la saga, Assassin’s Creed Nexus laisse les fans prendre les commandes de trois héros emblématiques à des périodes historiques différentes. Il sera donc question d’Ezio Auditore en Italie au XVᵉ siècle, de Kassandra en Grèce au Vᵉ siècle avant Jésus-Christ et Connor Kenway au XVIIIᵉ siècle en Amérique.