Pour éviter tout endommagement des prélèvements lors de leur transport, certaines précautions doivent être prises. Des cartouches pour système pneumatique et des emballages secondaires appropriés permettent d’acheminer les prélèvements en toute sécurité et sans les endommager. Il est essentiel de disposer d'un emballage et d’un marquage appropriés pour assurer une identification rapide et correcte.
De même, il convient que les moyens de transport soient eux-mêmes régulièrement entretenus et nettoyés, afin de garantir un fonctionnement et une sécurité sans faille. A cette fin, des mesures régulières sur le parcours des tubes contribuent à repérer de manière précoce toute perturbation. Ces points sont cruciaux pour les hôpitaux, car les tubes peuvent très vite être endommagés dans le cadre de travaux d’extension ou de rénovation de bâtiments, avec pour risque de provoquer des vibrations élevées au niveau des cartouches.