Chaetostoma microps mesure autour de 8 cm. La couleur de base de la tête va du gris clair au gris foncé, brun ou jaune doré, avec des taches distinctes, rondes à vermiculées, blanches, bleu clair ou jaunes.
Le corps est de gris clair à gris foncé, brun ou jaune doré, avec des taches distinctes, rondes à vermiculées, blanches, bleu clair ou jaunes. Ces taches sont limitées à la partie avant et supérieure du corps, tandis que le reste du corps est d'une couleur uniforme.
Les nageoires dorsales et pectorales sont uniformes ou irrégulièrement et indistinctement marbrées. Une tache noire distincte d'environ le diamètre de la narine est présente le long de la base antérieure de l'aileron dorsal, entre le deuxième rayon non ramifié et le premier rayon ramifié.