Boraras naevus se distingue de la plupart de ses congénères par son pattern de tâches noires caractéristiques. Les deux espèces les plus proches sont B. maculatus par lequel il diffère par son nombre inférieur de rayons au niveau de la nageoire pelvienne, et B. micros qui ne possède pas de pigments rouges et noirs le long des bords des nageoires dorsales.
En outre, Boraras naevus ne possède pas de bande médio-latérale.