Un logiciel de comptabilité en ligne est hébergé sur un serveur distant, tandis qu'un logiciel de comptabilité de bureau est installé sur un ordinateur local. Les logiciels de comptabilité en ligne offrent l'avantage d'un accès facile depuis n'importe où et la possibilité de travailler avec des données en temps réel, tandis que les logiciels de comptabilité de bureau offrent une plus grande sécurité et une utilisation possible sans connexion Internet.