Les pathogénésies décrivent les réactions possibles de l'organisme humain ou animal aux remèdes homéopathiques. Elles servent de base de travail à la prescription et l'élaboration des médicaments homéopathiques.
Les pathogénésies sont décrites dans les répertoires de médicaments homéopathiques et résument la plupart du temps des expériences suite à des intoxications, expérimentations et de la pratique auprès des patients. Il existe aussi des médicaments sans vaste base d'expérimentation, mais qui ont largement fait leurs preuves dans la pratique pour des domaines d'application précis. Danc ce cas, on parle d'application éprouvée de médicaments homéopathiques