Bien que le chauffage au sol alimenté par une PAC offre de nombreux avantages, il est aussi important de considérer certains inconvénients potentiels. Le coût initial d'installation peut être élevé et tout changement ou réparation du système nécessite d'accéder au plancher, ce qui peut être coûteux et contraignant. Par ailleurs, l'unité extérieure d'une PAC peut être relativement bruyante et engendrer des nuisances pour le voisinage.