Spatial CUT&Tag combine la caractérisation des modèles de liaison des protéines à la chromatine à l'échelle du génome avec un codage à barres assisté par microfluidique pour conserver les informations spatiales de l'échantillon, suivi d'un séquençage à haut débit. Dans CUT&Tag (Cleavage Under Targets & Tagmentation), un anticorps dirigé contre une protéine d'intérêt guide une protéine de fusion transposase A et/ou G Tn5 vers une région génomique définie pour la fragmentation de la chromatine. Des amorces d'amplification et de séquençage sont attachées aux produits de transposition qui sont ensuite séquencés et cartographiés. Spatial CUT&Tag comprend deux étapes de marquage à l'aide d'un flux guidé par microcanaux avant le séquençage afin de conserver les informations de localisation in situ des fragments de chromatine. MERFISH (Multiplexed Error Robust Fluorescence In Situ Hybridization) utilise également des anticorps pour guider une protéine de fusion Tn5 hyperactive vers des marques épigénétiques. Cependant, les fragments d'ADN générés sont ensuite transcrits en ARN qui est ensuite détecté par fluorescence ou peut être séquencé.