Les écosystèmes peuvent être classifiés en deux grandes catégories : les écosystèmes terrestres et les écosystèmes aquatiques. Les écosystèmes terrestres incluent les forêts, les déserts, les prairies, les montagnes et les zones polaires. Les écosystèmes aquatiques peuvent être subdivisés en écosystèmes marins (océans, mers, récifs coralliens, estuaires) et écosystèmes d'eau douce (lacs, rivières, zones humides). Il existe également des écosystèmes urbains, crées par les activités humaines.