Il peut arriver que des produits bio présentent des traces de résidus de pesticides ou de polluants de l'environnement indésirables, car nous ne produisons pas sur une île. Le Bourgeon garantit une production sans pesticides de synthèse ni engrais chimiques et il fait analyser sur échantillonnage les résidus dans les produits par un organisme de contrôle indépendant. La majorité des résidus ne proviennent pas d'une utilisation frauduleuse mais d'une contamination involontaire ou de la pollution de l'environnement. Dans la plupart des cas de résidus, la responsabilité incombe donc à la production conventionnelle qui utilise ces produits ou les a utilisés par le passé.