Le trionyx mutique fréquente principalement les rivières et les fleuves. Elle est rarement présente dans les petits cours d'eau. Elle apprécie les zones à courant moyen ou fort, recouvertes de banc de sable. Parfois, elle réside dans des zones vaseuses ou boueuses, y compris dans quelques lacs. L'eau doit être de bonne qualité et bien oxygénée, de manière à ce qu'elle puisse survivre pendant l'hibernation. Les jeunes vivent en zone peu profonde.
Sur terre, elle réside principalement sur les bancs de sable pour prendre le soleil. Elle est parfois observée en chasse dans la végétation (lits de feuilles mortes, fonds vaseux...).