Le système de filtration biologique d'une piscine écologique repose sur une combinaison de techniques naturelles. Tout d'abord, l'eau est filtrée à travers une zone de baignade peu profonde, appelée zone de régénération, où des plantes aquatiques spécifiques agissent comme des filtres naturels en absorbant les nutriments indésirables. Ensuite, l'eau passe par un lit de gravier ou de sable où des bactéries bénéfiques se développent et décomposent les contaminants organiques. Finalement, l'eau filtrée est renvoyée dans la zone de baignade, maintenant ainsi un cycle d'eau purifié de façon naturelle.