Le Nanochromis transvestitus réside naturellement dans une eau acide.
L'acidification de l'eau provient de la décomposition des végétaux. Ce phénomène modifie la couleur de l'eau qui a tendance à se brunir. Dans certaines zones particulièrement riches en matières organiques, l'eau devient tellement teintée qu'on la caractérise d'eau noire.
L'espèce évolue à faible profondeur dans les zones à forte présence de végétaux (plantes aquatiques et palustres, matières organiques en décomposition, branches...).
Le sol est généralement constitué de sable et d'humus.
Les poissons du genre Nanochromis se rencontrent à faible profondeur dans les zones palustres et dans les forêts immergées. Ce sont des prédateurs opportunistes qui rappellent le comportement des Cichlidae nains d'Amérique du sud comme les Apistogramma.