Ctenochaetus truncatus est unicolore avec un corps majoritairement marron ponctué de points jaune pâle à blancs. Cette espèce doit sa dénomination à sa nageoire caudale tronquée chez les adultes.
Le corps est comprimé latéralement et de forme arrondie. L'œil est cerclé de jaune sur la parie supérieure. Les nageoires pectorales sont jaunes. Les nageoires dorsale, anale, caudale et pelviennes sont légèrement plus claires que le corps. Le scalpel, situé sur le pédoncule caudal, est de la couleur du corps.
Les juvéniles sont jaunes avec un liseré bleu sur les nageoires dorsale et anale.