Shopify possède d'excellentes fonctionnalités de référencement et de marketing. Votre site sera facilement trouvé sur tous les principaux moteurs de recherche, tels que Google, Bing et Yahoo, grâce aux outils intégrés d'optimisation des moteurs de recherche (SEO). Même si les paramètres de référencement sont automatiques, vous pouvez ajuster vos propres mots-clés cibles, URL et plus encore en accédant à chaque page de produit. Les URL sont également toutes optimisées pour le référencement. Shopify a travaillé avec Google pour vous fournir des fonds publicitaires pour un nouveau compte AdWords à l'occasion.