Betta albimarginata réside naturellement dans une eau acide. Il colonise des marais de tourbière jusqu'à des petits cours d'eau de 1 à 2 mètres de large, peu profond, à faible courant.  L'acidification de l'eau provient de la décomposition des végétaux. Ce phénomène modifie la couleur de l'eau qui a tendance à se brunir. Dans certaines zones particulièrement riches en matières organiques, l'eau devient tellement teintée qu'on la caractérise d'eau noire.
L'espèce évolue à faible profondeur, à l'abri des branches et des racines, sous le couvert des feuilles, où proche des zones de rives sous le couvert des végétaux. Le sol est généralement constitué d'humus, de débris végétaux, de branches.