On retrouve le plus souvent le cernier à proximité des pentes continentales profondes, des îles océaniques et des monts sous-marins, à des profondeurs allant de 40 à 600 mètres, parfois 1000 mètres, où la température varie de 6 à 16 °C. Les juvéniles pélagiques s'associent souvent aux objets flottants avant de descendre vers des habitats démersaux plus profonds à mesure qu'ils mûrissent. Les adultes occupent principalement des environnements rocheux et des épaves, recherchant des cavités et des structures complexes pour se protéger et se nourrir.