Les niveaux définis dans le protocole GES servent à répartir les émissions à comptabiliser dans différentes catégories. Le niveau 1 couvre les émissions directes d’une organisation donnée, le niveau 2 comprend les émissions indirectes provenant des énergies achetées (par exemple, les émissions provenant de la production d’électricité achetée). Le niveau 3 comprend toutes les autres émissions indirectes (par exemple, les émissions liées à la fabrication de produits ou de services, mais aussi les déplacements professionnels).