Bien que la fertirrigation offre de nombreux avantages, elle présente des risques et des défis potentiels à prendre en compte. Ceux-ci incluent le risque de colmatage des équipements d'irrigation en raison de la présence d'engrais non dissous, la nécessité d'un calibrage précis des taux d'injection, la possibilité de déséquilibres en nutriments s'ils ne sont pas correctement gérés et le potentiel de contamination de l'eau si des engrais excessifs sont appliqués. Un entretien adéquat du système, une surveillance régulière et une gestion minutieuse des nutriments peuvent aider à atténuer ces risques.