Clover a été créée pour les restaurants, tandis que Shopify a été conçue pour la vente au détail. Par conséquent, il manque à Clover un grand nombre de fonctionnalités nécessaires aux propriétaires de commerces de détail, telles que les SKU en nombre illimité, la synchronisation complète des stocks en ligne et hors ligne, ou encore le retrait en magasin et la livraison locale. La plateforme Shopify a été prévue pour la vente au détail et elle dispose des fonctionnalités nécessaires à ce type de commerce, en ligne et hors ligne.