La sécurité est une limitation notable du protocole Modbus TCP/IP. Il ne prend pas en charge le cryptage des données ou l'authentification de l'utilisateur dans sa forme standard, ce qui le rend vulnérable à l'interception des données et à l'accès non autorisé. Cependant, la sécurité peut être mise en œuvre en employant des mesures supplémentaires telles que les VPN, les pare-feu et les configurations de réseau sécurisées.