L'Aphanius fasciatus vit principalement dans les eaux saumâtres et salées (de 10 à 60g/l desel). On le retrouve particulièrement dans les lagunes côtières et dans les embouchures de rivières.
Il peut survivre aux conditions extrêmes du milieu lagunaire (anoxie nocturne, salinité de 80g/l, températures suypérieures à 35°C). Il se rencontre parfois dans des bassins enclavés comme les lacs Amers sur le canal de Suez ou le lac Biguglia en Corse.