Si l’aéroponie offre de nombreux avantages, elle présente quelques défis à prendre en compte. Le coût d’installation initial d’un système aéroponique peut être plus élevé que celui des méthodes traditionnelles, bien que cela puisse être compensé par des rendements accrus et une meilleure efficacité des ressources. De plus, le maintien d'un environnement stérile, la surveillance des niveaux de nutriments et la prévention du colmatage des buses de brumisation nécessitent une attention et un entretien réguliers.