Lorsqu'un échantillon aqueux est chargé ou que des solvants aqueux sont utilisés, le solvant de collecte peut avoir des difficultés à interagir correctement avec la colonne. De plus, l'eau de la colonne peut se retrouver dans la fraction collectée et affecter l'évaporation ultérieure. La colonne SPE peut être séchée par purge d'azote ou d'air. Le débit du gaz ne doit pas être trop élevé, sinon certains composés ciblés peuvent être perdus. Il peut être contrôlé entre 300 et 500 ml/min.