Si un embryon s'implante dans la trompe de Fallope (ce qui constitue 95% des GEU), le traitement peut être soit médical par injection de méthotrexate soit chirurgical par incision voire ablation de la trompe.
Une recherche de 2013 de l'Inserm (Institut national de la santé et de la recherche médicale) a montré que le nombre de grossesses obtenues par les patientes dans les deux ans suivant la GEU n'était pas significativement différent entre celles qui avaient reçu un traitement médical est celles qui avaient reçu un traitement chirurgical conservateur, consistant à inciser la trompe pour en retirer l'embryon sans procéder à son ablation. Par ailleurs, une chirurgie radicale ne diminue pas les chances d'avoir par la suite une grossesse naturelle.
Cependant, dans le cas de précédents de grossesse extra-utérine, les grossesses suivantes devront faire l'attention d'une surveillance particulière.