Dans les zones à forte salinité de l'eau, il faut choisir une PAC eau/eau conçue pour résister à la corrosion. La salinité peut également affecter la conductivité thermique de l'eau. De ce fait, il est donc nécessaire d'adapter la conception de la pompe à ces conditions. Un entretien régulier est également crucial pour éviter l'encrassement de l'échangeur thermique.