Boulengerochromis microlepis mesure autour de 70 cm. Cette espèce possède un corps allongé et profilé, lui permettant d'atteindre des vitesses élevées.
Les adultes affichent une couleur vert jaunâtre avec trois à quatre taches sur le côté latéral. En revanche, les juvéniles arborent une couleur cuivrée, ce qui améliore leur survie dans les zones de nurserie aux fonds sableux.