Parce que TOR permet d'accéder au Darknet, certaines plateformes et boutiques en ligne refusent l'accès à leurs services par le biais de ce réseau. Par ailleurs, le logiciel TOR étant de type Open Source donc accessible à tous, des failles existent, permettant par exemple aux pirates informatiques de bloquer un utilisateur. Par ailleurs, les cybercriminels peuvent dérober les adresses IP masquées en incluant un malware dans du contenu Web. Pour naviguer sur le réseau TOR tout en évitant le vol d'identité, il est recommandé de désactiver JavaScript. À noter également que les mineurs de crypto-monnaie ont été victimes de cryptojacking même sur le réseau TOR.