La mésothérapie présente certains risques et dangers qui doivent être pris en compte. Tout d'abord, il y a un risque potentiel d'infection au niveau des zones injectées avec la technique de micro-injections utilisée. De plus, des allergies peuvent se manifester suite à l'utilisation des produits injectés tels que les médicaments ou les substances naturelles. Il existe également un risque de création de cicatrices ou de lésions cutanées suite aux injections. Enfin, dans certaines circonstances, la mésothérapie peut entraîner des effets indésirables comme des douleurs persistantes ou une inflammation prolongée.