L'iPad Pro est vendu avec un certain nombre d'applications gratuites et déjà installées. Il s'agit notamment de Pages (pour le traitement de texte), Numbers (pour les calculs complexes), Keynote (qui vous permet de créer des présentations et des documents visuels), iMovie (destinée à la création de films), GarageBand (pour composer vos morceaux) et iTunes U (qui facilite votre travail si vous utilisez votre iPad Pro pour donner des cours). S'ajoutent l'Apple Store, Remote (qui vous permet de contrôler les applications Musique, ITunes et Apple TV à distance lorsque vous êtes chez vous), Mémo musical (qui détecte ce que vous fredonnez pour vous proposer un accompagnement musical), Clips (pour créer de courtes vidéos facilement), Swift Playgrounds (pour apprendre à coder) ou encore Raccourcis.