L'intégration au sein d'une pépinière d'entreprise commence par un entretien préalable avec un dépôt du dossier de candidature de l'entrepreneur, suivie d'une étude du projet. Celui-ci sera exposé devant la commission en charge de l'admission qui analysera certains points dont la pertinence du projet, le business plan, la viabilité de l'entreprise, etc. La jeune start-up ne pourra rejoindre la structure qu'après la validation du comité technique et du comité d'agrément. Pour qu'un établissement puisse intégrer une pépinière d'entreprise, il faut qu'il ait moins de 2 ans d'existence. Pour les pépinières spécialisées ou innovantes, les critères d'admission sont plus élaborées. Lorsqu'une entreprise a été acceptée au sein de la pépinière, elle devra signer une convention pour une durée de 3 ans.