Souvent, en n'observant pas de spermatozoïdes dans l'éjaculat, on peut classer un échantillon séminal comme azoospermique quand il est en réalité cryptozoospermique. Cette distinction est importante, car un diagnostic erroné peut conduire le spécialiste à réaliser une biopsie testiculaire ou à aspirer l'épididyme pour obtenir du sperme sans que cela soit nécessaire.
Pour éviter les erreurs et diagnostiquer correctement la cryptozoospermie dans les cas où aucun spermatozoïde n'est observé, une centrifugation de l'échantillon est effectuée pour faciliter la recherche du sperme. Il est également conseillé de répéter le séminogramme après quelques jours.