Tous les CE ou CSE doivent tenir une comptabilité et établir des comptes annuels. Les obligations comptables sont néanmoins différentes selon leur taille. Par exemple, seuls les CE ou CSE dont les ressources annuelles n’excèdent pas 153 000 € par an peuvent tenir une comptabilité ultra-simplifiée. Comptabilité simplifiée et de droit commun s’appliquent ensuite en fonction du respect de seuils par les CE ou CSE. Toutes les obligations sont précisées dans le décret du 27 mars 2015 relatif à la transparence des comptes des comités d’entreprise.