Malwarebytes propose deux versions de son logiciel : une version gratuite et une version premium.
La version gratuite de Malwarebytes offre une protection de base contre les logiciels malveillants. Elle vous permet d'effectuer des analyses de votre système, de détecter et de supprimer les menaces détectées. Cependant, elle ne propose pas de protection en temps réel ni de fonctionnalités avancées telles que la protection contre les ransomwares.
La version premium de Malwarebytes offre une protection avancée et donc plus complète. En plus des fonctionnalités de la version gratuite, elle propose une protection en temps réel, une analyse rapide des menaces, une protection contre les ransomwares, une protection contre les exploits de vulnérabilité et bien d'autres fonctionnalités.