La signature manuscrite numérisée et la signature électronique n'ont pas le même effet juridique. Si la première est l'équivalent d'une copie, la deuxième a la même valeur légale qu'une originale.
En outre, le document signé électroniquement ne peut subir de modifications. Son authenticité est également garantie, c'est-à-dire que l'identité du signataire est certaine.
Enfin, la signature électronique a un caractère irrévocable : l'auteur de la signature ne peut la nier, on parle de garantie de « non-répudiation ».
Suivant le règlement européen eIDAS n°910/2014 du 23 juillet 2014, entré en vigueur le 1er juillet 2016, trois types de signatures électroniques existent : la signature électronique simple (pour les factures et devis par exemple), la signature électronique avancée (pour les documents comme les contrats de travail) et la signature électronique qualifiée (pour les fichiers à haut risque juridique). Le niveau de signature dépend du certificat utilisé pour signer. Seul le certificat Qualifié est probant, il bénéficie donc d’une inversion de la charge de la preuve. Les niveaux Simple et Avancé, sont tout aussi reconnus juridiquement, mais sont eux de niveau probatoire. D’où l’importance de produire un fichier de preuve (piste d’audit) qui pourra potentiellement être présenté au juge.