D’un point de vue physique, elle se trouve au cœur du cerveau. C’est pour cela que l’on considère cette horloge biologique comme endogène. C’est-à-dire qui provient de l’organisme.  Plus précisément, elle se situe dans l’hypothalamus et comprend deux noyaux suprachiasmatiques. Chacun de ces noyaux contient environ 10 000 neurones dont l’activité électrique oscille sur 24h