Plusieurs raisons peuvent entraîner l'échec d'une habilitation de sécurité au Canada. Il s'agit notamment de l'inéligibilité du demandeur à une habilitation de sécurité, de formulaires incomplets ou non signés, de l'absence de réponse à des demandes d'informations complémentaires, de l'absence à un entretien de contrôle de sécurité programmé et de l'incapacité à effectuer la vérification des antécédents requise. Si l'un de ces cas se présente, la demande d'enquête de sécurité sera clôturée.