Pour aborder les origines de cette discipline, il est nécessaire de distinguer les deux aspects suivants : le concept et l’enseignement.
Le concept trouve ces origines dans le vaste courant indo-européen de la médecine avec son apogée chez Hippocrate de Cos qui posera les fondements d’une médecine humaine observatrice des règles naturelles et de l’intelligence intrinsèque du vivant tout autant que des phénomènes humains, relations tribales, sociales et culturelles. Dans la première moitié du vingtième siècle,alors que la science médicale allopathique et rationnalisée s’établit en dogme académique, le Docteur Paul Carton va rénover la médecine hippocratique, posant les nouveaux piliers d’une pratique qui trouve aujourd’hui confirmation à travers les nouvelles connaissances en neuro-psycho-immunologie, en médecine épigénétique mais aussi dans les sciences physiques et sociales.
L’enseignement sous le nom de Naturothérapie, prend naissance en 1982 sous l’égide du Professeur Cornillot comme discipline inscrite au sein du diplôme universitaire de médecine naturelle (DUMENAT), discipline enseignée à la faculté de médecine, santé et biologie humaine de Bobigny, Université de paris XIII. Cet enseignement , proposé aux diplômés d’État dans les domaines des sciences de la vie, est aujourd’hui repris par l’ensemble de ces enseignants au sein de l’Institut de Naturothérapie (IDENAT).