Bien que l’aquaponie présente de nombreux avantages, comme la durabilité, l'efficacité de l'eau et la production alimentaire tout au long de l'année, il y a aussi quelques inconvénients à prendre en compte :
Coût de démarrage élevé : La mise en place d'un système d'aquaponie peut être coûteuse. Il faut acheter des réservoirs pour les poissons, des lits de culture pour les plantes, des pompes, des systèmes de filtration et d'autres équipements. De plus, il peut être nécessaire de chauffer l'eau, ce qui peut augmenter les coûts énergétiques.
Complexité technique : L'aquaponie nécessite une compréhension de plusieurs disciplines, notamment la biologie, la chimie, la mécanique et l'électricité. Il faut surveiller et ajuster régulièrement les niveaux de pH, d'oxygène dissous, de température et de nutriments. Si quelque chose ne va pas, cela peut affecter à la fois les poissons et les plantes.
Dépendance à l'électricité : Les systèmes d'aquaponie dépendent de l'électricité pour faire fonctionner les pompes et les systèmes de filtration. En cas de panne de courant, le système peut rapidement devenir toxique pour les poissons.
Limitations sur les types de plantes et de poissons : Toutes les plantes et tous les poissons ne sont pas adaptés à l'aquaponie. Les plantes qui nécessitent des conditions de sol spécifiques ou des niveaux de nutriments élevés peuvent ne pas bien se porter. De même, certains poissons peuvent ne pas être adaptés à la vie en réservoir ou peuvent ne pas produire suffisamment de déchets pour nourrir les plantes.
Problèmes de maladies : Si une maladie se déclare chez les poissons ou les plantes, elle peut se propager rapidement dans tout le système. Il peut être difficile de traiter ces maladies sans nuire à l'autre partie du système.
Questions éthiques : Certaines personnes peuvent avoir des préoccupations éthiques concernant l'élevage de poissons en captivité, en particulier si les conditions ne sont pas optimales.