Le choix du système d'exploitation dépend des objectifs du projet. Windows et Linux ont leurs propres avantages.
La particularité de Linux est son ouverture. Linux est gratuit (contrairement Windows, où vous devez payer des licences) et fonctionnel : de nombreuses applications et scripts populaires sont créés spécifiquement pour fonctionner avec Linux. En outre, Linux est souvent plus sûr car la plupart des attaques visent Windows.
Toutefois, Linux ne supporte pas certains Windows applications : ASP et ASP.NET, Microsoft Access, Microsoft Exchange, Microsoft SharePoint, Visual Basic, Remote Desktop et autres. Aussi un Windows VPS est plus facile à gérer