La biochimie est utilisée principalement pour mesurer la teneur en certains éléments, recherchés ou au contraire indésirables dans le produit récolté.  Teneur en protéines, en huile, en sucre etc. qui donneront d'autant plus de valeur à une nouvelle variété qu'elles sont élevées.  Pour les lipides (huiles), on distingue également les différents composants : acides oléiques, linoléiques, alpha-linoléniques… A l'inverse, on peut aussi rechercher des substances indésirables, telles que vicine-convicine en fèveroles, antitrypsiques en pois, THC en chanvre, acide érucique et glucosinolates en colza… Des seuils d'exclusion permettent d'empêcher l'inscription de variétés trop riches en ces composés indésirables.