Les biocarburants sont produits à partir de matières premières renouvelables. Leurs émissions sont principalement constituées de dioxyde de carbone que les matières premières renouvelables, comme la biomasse, captent de l'atmosphère par photosynthèse. Les carburants fossiles sont fabriqués à partir de ressources non renouvelables et dès lors, libèrent du carbone directement dans l'atmosphère. C'est pourquoi les biocarburants ont une empreinte carbone nettement inférieure à celle des carburants fossiles. Ainsi le biodiesel (EMAG ou FAME) et l'éthanol ont une empreinte carbone de 60 à 80 % inférieure à celle des carburants fossiles. Tandis que le Neste MY Renewable Diesel a une empreinte jusqu'à 90 % inférieure.