Digibyte fonctionne à partir de trois couches : la couche application, la couche de sécurité et la couche réseau. La première regroupe toutes les applications décentralisées de la plateforme. La deuxième a pour rôle de traiter et d’enregistrer toutes les informations ayant rapport à la blockchain. La dernière, elle est le socle de Digibyte. On y trouve les nœuds informatiques de la communauté.