Le défaut d’établissement du DUER rend passible l'employeur de sanctions civiles et pénales. C’est également le cas en cas de défaut de suivi du document unique.
Les sanctions prévues sont les suivantes :
au pénal, l'employeur encourt une amende prévue pour les contraventions de 5e classe (1 500 € au plus, portés à 3 000 € en cas de récidive pour une personne physique, 7 500 € portés à 15 000 € en cas de récidive pour une personne morale). Le manquement à cette obligation peut donner lieu au versement de dommages-intérêts, si les salariés en font la demande ;
au civil, le défaut de document unique peut également conduire l'entreprise à indemniser le salarié qui en fait la demande, à condition que ce dernier établisse un préjudice devant les juges.