Le SVI, à l’instar d’autres systèmes automatisés, est confronté à plusieurs défis dans le monde réel. Le défi le plus évident des serveurs vocaux interactifs modernes est de parvenir à comprendre la multitude de langues et d'accents humains grâce à des capacités avancées de reconnaissance vocale. Les écarts dans les modèles de parole sont un combat permanent pour l'IA classique, mais heureusement, de nos jours, il existe de nombreux systèmes de SVI extrêmement compétents en matière de reconnaissance vocale. En effet, il n'y a rien de plus frustrant pour un client que d'être mal compris ou de devoir répéter une commande via un menu SVI robotisé.
L'inverse peut également être problématique : les messages vocaux informatisés peuvent être difficiles à comprendre pour les humains. C’est pourquoi les logiciels d’assistants vocaux informatiques bon marché sont à éviter, tout comme les économies sur les voix qui seront chargées d’enregistrer les présentations. Les clients n'appréciant généralement pas d'entendre une voix robotisée, mieux vaut privilégier un véritable enregistrement humain.
Les menus de SVI sont particulièrement utiles à une organisation qui reçoit un grand nombre d'appels quotidiens, mais ils doivent être aussi courts que possible pour éviter de faire perdre du temps aux clients ou de les noyer avec un trop grand nombre d'options. Des menus trop longs, associés à des files d'attente encore plus longues, sont des points de désagrément majeurs pour les clients qui font appel à une SVI.
Enfin, le serveur vocal interactif doit absolument être évité pour les appels sortants à froid ou pour les appels commerciaux en général.