L'impact des PAC eau/eau sur la faune aquatique locale est généralement minimal. L'eau de la nappe phréatique est pompée et renvoyée dans le sol, sans altérer sa composition chimique. Cependant, il est important de veiller à ne pas perturber les habitats aquatiques lors du forage du puits. De plus, l'utilisation excessive de l'eau de la nappe phréatique peut affecter son niveau et, par conséquent, la faune aquatique.