Les entreprises agricoles et agro-alimentaires qui produisent des denrées Bourgeon sont contrôlées au moins une fois par année. Les contrôles, sérieux et complets, sont effectués par des organismes de contrôle spécialement accrédités par la Confédération pour les contrôles bio. Si toutes les prescriptions de Bio Suisse sont respectées, l'entreprise est certifiée par un organisme de certification neutre et lui aussi spécialement accrédité par la Confédération. Producteurs agricoles, entreprises agroalimentaires et commerciales sont à la même enseigne: pour utiliser ce label tant convoité, il faut avoir un contrat Bourgeon avec Bio Suisse, être dûment contrôlé, puis certifié, et enfin recevoir de Bio Suisse l'attestation Bourgeon.