Le japon étant le pays du Soleil-Levant, le rouge représente d'une part ce dernier, mais aussi la déesse du soleil Amaterasu Omikami. Le rouge est aussi le miroir de l'éthique shintoîste qui repose sur un coeur pur et juste. Comme pour la majorité des drapeaux, la pureté et l'intégrité sont représentées par le blanc.