Mesurant moins de 2 cm, Hippocampus japapigu est l'un des plus petits hippocampes, et même poissons, au monde. Il est de couleur jaunâtre à brun avec un motif d’écailles. Il possède des petites excroissances rougeâtres qui rappellent parfois la forme d'un corail.
Décrit en 2018, la caractéristique principale le séparant des autres espèces est sa crête dorsale surélevée.