L'univers d'Evangelion est complexe. Pour cette raison, les reconstructions d'Evangelion doivent être considérées comme un complément à la série animée. Il est conseillé de les regarder après la série afin de mieux comprendre les sujets les plus profonds explorés dans Neon Genesis Evangelion. Selon certains fans de l'anime (i.e. la théorie de la boucle de Neon Genesis Evangelion), la série originale et les reconstructions sont d'une certaine manière connectées dans une ligne temporelle qui n'est pas linéaire mais qui se répète encore et encore avec seulement de petites différences à chaque fois. Les titres des reconstructions d'Evangelion font également référence à ce concept de temps : "On ne peut pas refaire" et "On ne peut pas avancer".