Comme tous les régimes fiscaux, l'Impôt sur le Revenu pour l'EURL présente quelques inconvénients :
La gestion de la fiscalité personnelle et les cotisations sociales sont plus difficiles pour le gérant associé unique.
Avec ce régime, il est devenu impossible de se verser des dividendes.
L'adhésion à un centre de gestion agréé est obligatoire pour le gérant associé unique de l'EURL. Le non-respect de cette règle entraîne une majoration de 25 % du montant du profit imposable à l'IR.