Dans certains cas, il arrive que le sous-traitant soit payé directement par le maître d’ouvrage et non par l’entreprise donneur d’ordre. C’est ce que l’on appelle le paiement direct. Le sous-traitant facture le client final en TTC avec un  taux de TVA normal. L’entreprise preneur adresse ensuite au maître d’ouvrage une facture reprenant la totalité des travaux réalisés sur le chantier. Le prix de la prestation effectuée par le sous-traitant est déduit du montant total à payer. L’entreprise principale applique au montant total HT un taux de TVA réduit de 10 %, en application de l’article 279-0 bis du CGI ou de 5,5 % en application de l’article 278-0 bis A du CGI.