Oui, il arrive qu’une supplémentation en glutamine entraîne divers troubles gastro-intestinaux légers (ballonnements, crampes abdominales, etc.). Ces réactions gastro-intestinales restent temporaires et disparaissent assez rapidement. La plupart du temps, la prise de glutamine ne provoque pas d'effets indésirables. Elle peut s’utiliser sans danger.