La réglementation bio interdit strictement l’utilisation de pesticides et d’engrais chimiques de synthèse. Les producteurs d’aliments bio ne peuvent toutefois pas éviter complètement les sources indirectes de pollution, mais ils prennent des moyens pour préserver leurs cultures. Ainsi, les producteurs sous régie biologique dont les cultures sont à proximité de champs non bio vont jusqu’à consacrer une part de leurs superficies (généralement de 8 mètres) pour créer des bandes tampons qui contribuent à diminuer les risques de contamination par les pesticides ou les OGM.
De plus, lors des contrôles annuels dans les entreprises, les contaminations accidentelles (résidus d’OGM, de pesticides…) qui peuvent atteindre des cultures biologiques sont évaluées par les inspecteurs. En cas de doute ou de risque identifié, les organismes habilités effectuent des prélèvements à des fins d’analyse. Au-delà d’un seuil de pollution chimique très faible ou de contamination transgénique décelable, les produits peuvent être déclassés et interdits de vente sous l’appellation biologique.