La décontamination et la désinfection, bien que complémentaires, visent des objectifs légèrement différents. La décontamination consiste à éliminer les agents pathogènes et les contaminants d'une zone ou d'une surface. Elle peut inclure le nettoyage physique ainsi que l'utilisation de produits chimiques pour réduire à un niveau sûr les micro-organismes présents. La décontamination vise à prévenir la propagation de maladies et à créer un environnement propre.
La désinfection, quant à elle, est un processus plus spécifique qui cible les micro-organismes pathogènes. Elle implique l'utilisation de désinfectants chimiques pour tuer ou inactiver les germes et les virus sur les surfaces et dans l'air. La désinfection est souvent réalisée après un nettoyage général pour éliminer tout risque résiduel d'infection.