Contre les bactéries, on aura plutôt recours aux antibiotiques. Les antibiotiques, lorsqu'ils sont prescrits, doivent être pris durant toute la durée du traitement, et ce, même si l'état du patient s'améliore. L'usage inapproprié des antibiotiques est à l'origine de l'émergence de bactéries résistantes aux traitements.