Bio Suisse encourage l'élevage de vaches avec cornes. Les cornes sont importantes pour le comportement social, la hiérarchisation et les soins corporels. Mais en même temps de nombreux agriculteurs et agricultrices bio écornent leurs veaux pour éviter des blessures entre les bêtes et aux personnes qui s'en occupent. Les animaux avec cornes ont besoin de plus de place, les étables doivent donc être plus grandes, ce qui pour des raisons financières ou d'espace n'est pas réalisable dans toutes les fermes. Concernant la question «avec ou sans», les agriculteurs Bourgeon défendent différents points de vue et, dans une Fédération avec démocratie de base comme l'est Bio Suisse, une interdiction autour de cette question controversée ne pourrait être introduite que si la majorité le décide. En collaboration avec l'Institut de recherche de l'agriculture biologique (FiBL), Bio Suisse est désireuse d'augmenter le nombre de troupeaux avec cornes dans les fermes Bourgeon. Concernant la qualité du lait bio, aucune méthode scientifique n'a permis de prouver que l'écornage a une influence sur le goût ou les composants du lait. Ils dépendent beaucoup plus du système d'élevage, de l'affouragement et des procédés de transformation. À ce niveau, les prescriptions en vigueur sont très sévères. Ainsi les vaches ne reçoivent que très peu voire pas de concentrés et la pasteurisation haute du lait est strictement interdite pour le Bourgeon.