La qualité de l'eau de la nappe phréatique peut avoir un impact significatif sur le fonctionnement et l'efficacité de la PAC eau/eau. Une eau contenant des impuretés, comme des minéraux ou des bactéries, peut encrasser l'échangeur thermique et réduire l'efficacité de la pompe. Il est donc essentiel de faire analyser l'eau avant l'installation et d'entretenir régulièrement la pompe pour garantir son bon fonctionnement.