Bien que le kéfir soit bénéfique pour la plupart des gens, il peut y avoir des contre-indications. Par exemple, les personnes souffrant de troubles digestifs peuvent être sensibles aux probiotiques du kéfir. Il est recommandé de consulter un médecin avant d'en consommer. Le kéfir contient également des quantités variables d'alcool en fonction du temps de fermentation et de la méthode de préparation. Bien que la quantité d'alcool soit faible, si vous êtes enceinte, allaitez ou devez conduire, nous vous conseillons d'éviter d'en boire. Enfin, certaines personnes peuvent être allergiques au lactose ou à la caséine, qui sont des composants du lait utilisés pour faire du kéfir. Optez pour une version à base de lait végétal si nécessaire.