L'aquaponie est généralement considérée comme plus respectueuse de l'environnement que l'hydroponie. En effet, l'aquaponie crée un écosystème symbiotique entre les plantes et les poissons, ce qui permet de réduire la consommation d'eau et la production de déchets. Les déjections des poissons fournissent des nutriments aux plantes, éliminant ainsi le besoin d'ajouter des engrais chimiques. Cependant, il est important de noter que l'impact environnemental dépend également de la manière dont chaque système est conçu et géré. Un système hydroponique bien conçu peut aussi être écologiquement responsable, en utilisant des nutriments organiques et en recyclant l'eau.