La cire présente également plusieurs inconvénients :
Durabilité - La cire est utilisée depuis longtemps comme surface de protection imperméable. Cependant, les alternatives modernes sont désormais moins chères à fabriquer et offrent une protection plus dure et plus durable.
Suie - Lorsqu'elle est brûlée, la cire produit un fin résidu de suie. Dans certains cas, notamment pour les cires d'origine fossile, ce résidu peut libérer de petites quantités de toxines chimiques.
Aptitude au moulage d'objets de grande taille - Bien qu'elle soit encore couramment utilisée, la faible intégrité structurelle du matériau signifie que le moulage à la cire perdue ne convient pas à la production d'objets volumineux.
Sources non renouvelables - Les cires dérivées de matières premières non renouvelables telles que le charbon, le pétrole brut ou le gaz naturel représentent la plus grande partie de toutes les utilisations mondiales de cire. Les alternatives comme la cire de soja et la cire d'abeille sont généralement meilleures pour l'environnement, mais elles ont tendance à être plus chères et leur production à l'échelle industrielle doit se faire de manière durable.