Les problèmes qui peuvent surgir dans le cadre d'une coparentalité ont trait à l'organisation du quotidien : résidence de l'enfant, calendrier de visites chez chacun des coparents, répartition des frais, valeurs inculquées, etc. Comme dans le cadre d'un couple, des conflits et des désaccords peuvent surgir qui peuvent parfois être difficile à résoudre puisque les parents n'ont rien en commun mis à part leur enfant.
D'autre part, si l'un des coparents commence une relation sentimentale avec un partenaire et finit par avoir des enfants avec cette personne, l'enfant pourrait se sentir différent par rapport à ses demi-frères et demi-sœurs.