L’hypotrophie mammaire peut avoir diverses causes. Elle apparaît, en général, dès la puberté (elle est dans ce cas congénitale).. La perte de poids importante peut aussi induire une fonte du volume mammaire, et créer une hypotrophie mammaire. Les grossesses et l’allaitement peuvent également conduire à une diminution importante du volume des seins. Parfois, avec l’âge et le vieillissement, le sein perd spontanément de son volume. Dans ce cas, l’hypotrophie mammaire s’accompagne parfois d’une ptôse, c’est-à-dire d’un aspect tombant du sein. Les malformations comme le  syndrome de Poland ou les seins tubéreux , d’origine génétiques, peuvent aussi être à l’origine d’une insfuffisance de développement au niveau du sein. L’hypotrophie mammaire engendre beaucoup de complexes chez les femmes qui en souffrent.