Le bilan carbone présente plusieurs limites : il ne prend en compte que les émissions de gaz à effet de serre directes de l'entreprise (scope 1) et les émissions indirectes liées à l'énergie (scope 2), mais ne prend pas en compte les émissions indirectes liées aux matières premières ou aux transports (scope 3). De plus, le bilan carbone ne tient pas compte des autres impacts environnementaux (pollution de l'air, de l'eau, etc.) ni des impacts sociaux ou économiques de l'entreprise.