La principale différence entre les deux est le niveau de propriété de la société mère sur les actions. Dans les filiales, l'entité commerciale mère a un contrôle majoritaire sur les actions de la filiale. Dans certains cas, la société mère d'une filiale peut même avoir le contrôle de toutes les actions de la filiale. D'autre part, une société affiliée détient une part mineure des actions contrôlées par une société mère. La société affiliée reste l'entité qui contrôle la majorité de ses actions.