La directive comptable, reprise par le dernier règlement ANC, pose une présomption selon laquelle le fonds commercial a une durée d’utilisation illimitée et n’est donc pas amortissable. Il fait l’objet d’une provision pour dépréciation en cas de perte de valeur. Un test de dépréciation doit en principe être conduit une fois par an, même en l’absence d’indice de perte de valeur. Cette présomption peut cependant être renversée lorsqu’il existe objectivement une limite prévisible à l’exploitation du fonds commercial acquis. Dans ce cas, il est amorti comptablement sur sa durée d'utilisation prévisible, ou sur 10 ans si cette durée ne peut pas être déterminée de manière fiable.
Par simplification, les petites entreprises peuvent choisir d’amortir les fonds commerciaux acquis sur une durée forfaitaire de 10 ans, sans avoir à rechercher si sa durée de vie est limitée. L’application de cette mesure dispense de la réalisation d’un test de dépréciation annuel.
L’administration fiscale ne reconnaît pas le caractère déductible des amortissements du fonds commercial, à moins que ce dernier ait une durée de vie objectivement limitée dans le temps. L’article 23 de la loi de finances pour 2022 a instauré un dispositif temporaire de déduction des amortissements comptabilisés relatifs aux fonds commerciaux (et non les fonds de commerce) acquis entre le 1er janvier 2022 et le 31 décembre 2025.