Vous l'aurez compris, la truite réside dans différents types de biotope en fonction de sa lignée.
Dans un premier temps, les juvéniles vivent dans l'aval des cours d'eau, dans des eaux peu profondes à fort courant, où ils rencontrent peu d'espèces concurrentes. Ils y restent entre 1 et 3 ans, en France, jusqu'à 7 ans dans des latitudes plus élevées. Après cette période, les truites adultes occupent trois biotopes caractéristiques :
- Les truite de rivière adultes résident dans les cours d'eau rapides. Lorsqu'elles sont en chasse, elles se rencontrent généralement dans des remous et dans le courant, souvent derrière une grosse pierre, d'où elles attendent le passage des proies. Après ces périodes, elles se reposent dans des zones plus profondes ou ombragées, avec des courants lents. Les truites de rivière corses occupent également d'autres niches écologiques, profitant de l'absence de compétiteurs.
- Les truites de lac poursuivent leur croissance en lac à plus grande profondeur.
- Après s'être reproduites en eau douce, les truites de mer rejoignent progressivement les littoraux. Peu d'informations existent au sujet de la niche occupée une fois retournée en mer.