Le Betta persephone réside naturellement dans une eau acide.
L'espèce évolue à faible profondeur dans les zones à forte présence de végétaux (plantes aquatiques et palustres, matières organiques en décomposition, branches...).
En période sèche, Il arrive que le Betta persephone se retrouve isolé dans des marais et des petits trous d'eau peu oxygénés. Sa faculté à piper de l'air à la surface lui permet de résister jusqu'à la saison suivante.
Le sol est généralement constitué d'humus.