En Speed Duel, chaque joueur début la partie avec 4000 Life Points au lieu de 8000 et 4 cartes en main au lieu de 5. Les decks de Speed Duel doivent contenir entre 20 et 30 cartes au lieu de 40 à 60. Les zones de jeu sont simplifiées avec seulement 3 zones Monstre et 3 zones Magie & Piège. La 2ème phase principale n'existe pas en Speed Duel. Enfin chaque joueur dispose en Speed Duel d'une carte compétence qui lui permet d'incarner un Duelliste légendaire de Yu-Gi-Oh! en plus de vous donner un ou des effets qui vous aident à mettre en place votre stratégie.