Comme ils ne peuvent pas présenter que des avantages, les engrais organiques ont aussi des inconvénients par rapport aux engrais minéraux, comme leur coût plus élevé, leur assimilation plus lente ou le fait que le liquide est beaucoup plus dense et plus foncé, ce qui peut nuire au dosage et à la propreté des cultures, car il est facile de renverser une partie du produit lors de l'utilisation.