L’AFA distingue plusieurs types de contrôles. Les contrôles « globaux » couvrent les huit mesures et procédures de la loi Sapin II tandis que les contrôles « thématiques » portant sur une sélection de mesures comme la cartographie des risques de corruption, les procédures d’évaluation des tiers, ainsi que, systématiquement, l‘implication de l’instance dirigeante et l’organisation de la fonction conformité.