Pour reconnaître des arbres phylogénétiques identiques, il est essentiel de se concentrer sur les caractères communs partagés par les taxons ou les espèces. L'ordre des lettres peut varier, mais ce qui importe, c'est le nombre de caractères communs et la position des ancêtres communs. Tant que les nœuds ne sont pas modifiés, les lettres correspondant aux espèces peuvent être déplacées ou inversées sans changer l'histoire évolutive.