Les trains Léman Express ne sont pas accompagnés systématiquement par des agents de contrôle.
Ces derniers circulent sur l’ensemble du réseau et peuvent effectuer des opérations à l’embarquement, à bord ou à la descente des trains, selon les pratiques en vigueur en France et en Suisse.
Avant de monter dans le train, les voyageurs doivent avoir un titre de transport valide et respecter les conditions d'utilisation de leur billet (date, classe, réduction...). Le non-respect de ces règles constitue des infractions et expose le voyageur à une amende.