Le régime de micro-entreprise relève du dispositif « franchise en base de TVA ». Sur les factures doit apparaître la mention "TVA non applicable, art. 293 B du CGI".  À l’inverse, il n’est pas possible de réduire la TVA des marchandises achetées. Les plafonds de CA de la  franchise en base de TVA dépendent de l’activité :
Commerce, hébergement : 85 800 € l'année civile précédente, ou 94 300 € l'année civile précédente (quand le chiffre d'affaires de l'année n-2 a été inférieur à 85 800 €).
Prestation de services, professions libérales : 34 400 € l'année civile précédente, ou 36 500 € l'année civile précédente (quand le chiffre d'affaires de l'année n-2 a été inférieur à 34 400 €).
Ces montants sont valables en 2020 en métropole, hors cas particuliers (avocats, auteurs et artistes interprètes).
Les micro-entreprises qui dépassent les seuils de chiffres d’affaires sont assujetties à la TVA à partir du premier euro de dépassement, mais peuvent continuer d’appliquer le régime de la micro-entreprise jusqu’à leurs seuils.
Il est aussi possible d’opter pour le régime réel d'imposition à la TVA en micro-entreprise. Cette option est conseillée si l’achat de marchandises représente une part importante de votre chiffre d’affaires.