Les aides fiscales accordées aux entreprises bénéficiant du statut JEI ne peuvent excéder le plafond des aides «de minimis» fixé par la Commission européenne qui est actuellement de 200 000 € sur 3 années consécutives et glissantes.
Ce plafond concerne les exonérations d'impôt sur le revenu, de la taxe professionnelle et de la taxe foncière. Les exonérations de charges sociales et le crédit d'impôt recherche ne sont pas concernés par ce plafond.