Les femmes souffrant de dysfonctionnement ovulatoire sont des candidates idéales pour un traitement au clomifène. Il s'agit de femmes qui ont des règles irrégulières. Certaines femmes n'ont pas de menstruations pendant des mois. La plupart de ces femmes souffrent du syndrome des ovaires polykystiques (SOPK). Les taux de réussite sont les plus élevés lorsqu'ils sont utilisés pour rétablir l'ovulation chez les patientes atteintes du SOPK. Lorsqu'il est appliqué correctement, c'est un médicament avantageux contre l'infertilité qui est simple, peu coûteux et efficace. Toutefois, le létrozole a récemment remplacé le clomifène comme médicament de première intention pour les patientes atteintes du syndrome des ovaires polykystiques, en raison d'un taux accru de naissances vivantes.