Spinalonga a été construite au 16e siècle par les Vénitiens. Elle a servi de fort militaire pendant de nombreuses années. Au 19e siècle, l'île a été transformée en léproserie. Les lépreux ont vécu sur l'île pendant plus de 50 ans. En 1957, la léproserie a été fermée et les lépreux ont été transférés dans d'autres hôpitaux. Aujourd'hui, Spinalonga est une île touristique populaire.