On retrouve le plus souvent Halichoeres chrysus à une profondeur comprise entre 7 et 70 mètres. Cependant, il est rare que ce labre jaune soit observé à des profondeurs inférieures à 20 mètres.
Le sol est généralement constitué de rochers. Ces poissons sont attirés par les zones récifales, les zones sableuses et les gravats. Ils préfèrent néanmoins les zones corailleuses isolées du sable et les fonds sableux. Ils sont généralement retrouvés en petits groupes.