Le transport joue un rôle dans l'analyse du cycle de vie, mais il est aussi repris dans le système de bonus-malus, qui peut attribuer des points bonus selon l’origine de chaque ingrédient du produit alimentaire.
En fonction du type de produit, le transport influence le résultat final du score à concurrence de 5 à 30 %. L’agriculture, l’élevage et la transformation ont généralement un impact plus important. Un produit qui vient de loin n’obtient donc pas nécessairement un moins bon Éco-score que sa variante locale.