Bien que la zoothérapie soit généralement sûre, elle comporte certains risques à prendre en compte. Les allergies aux squames ou à la fourrure d’animaux peuvent être préoccupantes pour les personnes allergiques. De plus, les animaux peuvent transmettre des maladies, bien que ce risque soit minimisé grâce à des contrôles vétérinaires réguliers, des vaccinations et de bonnes pratiques d'hygiène.