Oui, comme tous les animaux, les reptiles volants peuvent être la proie de prédateurs naturels. Les ptérosaures éteints avaient probablement des prédateurs tels que des dinosaures carnivores ou des reptiles marins. Les lézards volants modernes peuvent être chassés par des oiseaux de proie, des serpents ou des mammifères carnivores tels que les chats sauvages.