La gestion de la mémoire dans le JACE 9000 diffère de celle du JACE 8000. Le système d'exploitation, l'application Niagara et le système de fichiers du JACE 9000 sont embarqués sur les 8 Go de mémoire EMMC, tandis que dans le JACE 8000, ces éléments sont stockés sur la carte SD de 4 Go. La carte micro-SD de 8 Go du JACE 9000 est désormais exclusivement dédiée à la sauvegarde automatique du système, stockant des sauvegardes incrémentielles jusqu'à saturation. Cette sauvegarde quotidienne englobe l'intégralité du système, de l'OS à l'application Niagara. Tout comme pour le JACE 8000, la licence et l'HOST ID restent associés à la carte micro-SD du JACE 9000, qui offre maintenant une capacité mémoire doublée par rapport à son prédécesseur (8 Go pour le JACE 9000 contre 4 Go pour le JACE 8000).