Cela peut se produire si vous créez des produits sans catégories alors que vos modules boutiques n'affichent que des catégories de produits.
Dans vos modules boutiques sont affichés les produits des catégories affichées par le module boutique. La catégorie "Tous" dans un module boutique n'affichant que certaines catégories affichera uniquement tous les produits des catégories sélectionnées (par exemple dans un module affichant les catégories cat1 et cat2, l'onglet tous n'affichera pas un produit se trouvant dans cat3 ou se trouvant dans aucune catégorie).  Ainsi, les produits n'appartenant à aucune catégorie ne seront pas affichées dans un tel module.
Pour corriger le problème, créez sur une page temporaire un nouveau module boutique sur lequel vous n'afficherait pas de catégories. Tous les produits de votre boutique seront donc affichés dont ceux n'ayant pas de catégories.
Vous y aurez ainsi accès et pourrez mettre à jour leurs catégories pour qu'ils s'affichent dans vos catégories déjà existantes.