Le phosphate naturel n'est pas toujours un engrais approprié. Comme la majeure partie reste insoluble, il peut être difficile pour les racines d'absorber la quantité maximale de phosphore. Outre son encombrement, il est relativement plus lent que les engrais chimiques synthétiques à action rapide. La sur-fertilisation par le phosphate naturel est également un problème courant qui peut entraîner une chlorose foliaire et détruire les micro-organismes bénéfiques dans le sol.