Certains des défis auxquels le programmeur CNC est confronté incluent un outillage inapproprié, surtout s’il n’est pas conçu pour faire ce qu’il voulait qu’il fasse, ou s’il ne comprend pas bien l’utilité de la pièce affectant du même coup le résultat de la programmation. Un autre défi concerne les problèmes de qualité que certaines entreprises pourraient avoir en ce qui concerne les spécifications et les normes.