Les additifs avec un numéro E ne sont pas forcément artificiels et malsains. Il existe aussi des additifs naturels qui portent un numéro E comme p. ex. la pectine de pomme (E 440), le dioxyde de carbone (E 290), l'agar-agar (E 406) ou la cire de carnauba (E 903). Aussi bien dans la transformation artisanale que dans la transformation industrielle, le recours aux additifs a pour but d'obtenir une certaine qualité, consistance ou durée de conservation pour un produit: p. ex. la gélification d'une masse de fruits à l'aide d'un sucre gélifiant ou de pectines. Pour les produits Bourgeon, le principe général est d'utiliser aussi peu d'additifs que possible. Les additifs doivent en outre être d'origine naturelle et si possible provenir de production biologique. Les additifs ne sont pas autorisés de manière générale dans la transformation des produits Bourgeon mais uniquement en fonction de chaque produit. S'il est possible d'obtenir un produit de bonne qualité sans utiliser un additif précis, Bio Suisse n'autorisera pas l'utilisation de l'additif pour la fabrication du produit. L'enrichissement en vitamines et l'ajout de colorants ou d'arômes sont intégralement interdits pour les produits Bourgeon (indépendamment du fait qu'ils soient de synthèse chimique ou naturels). La transformation chimique, les rayonnements, les traitements aux micro-ondes et les additifs fabriqués à l'aide de l'ingénierie génétique sont également interdits.