Les quatre Commissions spécialisées jouent un rôle essentiel dans l'élaboration et la révision des normes internationales de l'OMSA. Elles travaillent en collaboration avec le réseau scientifique mondial de l'OMSA, sont responsables de la reconnaissance officielle du statut zoosanitaire, ont un rôle consultatif en matière d'épidémiologie, de prévention et de contrôle des maladies animales et pour divers autres aspects des programmes de travail scientifique de l'OMSA, traitent des problèmes scientifiques et techniques afférents aux sujets susmentionnés et sont responsables de l'évaluation des demandes, de la supervision des programmes de travail et de la gestion des réseaux de Laboratoires de référence et de Centres collaborateurs de l'OMSA. Chaque Commission spécialisée est constituée d'un Président, de deux vice-Présidents et de trois membres et tient officiellement des réunions au moins deux fois par an pour discuter et s'accorder sur une série de sujets figurant dans leurs programmes de travail respectifs.