Dans les fermes Bourgeon, il est interdit de lutter contre les plantes adventices, ou mauvaises herbes, avec des herbicides, même s'il s'agit de produits "naturels". Les adventices constituent un enrichissement de la biodiversité et c'est pourquoi elles sont en place. Quand elles représentent une concurrence pour les plantes cultivées, elles sont éliminées mécaniquement et avec une herse étrille ou une sarcleuse. Comme toujours en agriculture bio, la prévention joue un rôle particulièrement important afin d'éviter que trop de mauvaises herbes ne s'installent. Les mesures préventives les plus connues sont une proportion élevée de prairies temporaires dans la rotation, des variétés concurrentielles et ce qu'on appelle des faux-semis (une série de désherbages) avant de semer la culture.