On retrouve le plus souvent le gobiodon citron près des côtes jusqu'à 20m de profondeur.
C'est une espèce ayant une relation commensale avec les coraux du genre Acropora. Son biotope correspond donc à tous les récifs côtiers comprenant ces coraux branchu tels que le platier, les lagons, récifs barrières ainsi que les étages peu profonds des pentes récifales.