Le nombre de trous, à part l’embouchure, dépend du type de flûte traversière. S’il s’agit d’un instrument traditionnel, il y a généralement 6 à 8 trous. Par contre une flûte traversière classique comporte 16 trous. Cela est valable aussi bien pour les modèles destinés aux débutants que ceux pour les professionnels.