La progestérone est utilisée en traitement médical pour réguler les cycles menstruels, traiter l'infertilité due à une insuffisance lutéale, prévenir les fausses couches récurrentes, et dans la thérapie hormonale substitutive chez les femmes ménopausées. Elle est également utilisée pour traiter certaines formes de cancer de l'utérus et préparer l'endomètre à l'implantation lors de la fécondation in vitro.