Contrairement à d'autres régimes, les obligations de l'auto-entrepreneur en matière de comptabilité sont assez simplifiées. Celui-ci n'est pas obligé d'établir un état des lieux financier annuel, mais simplement tenir un livre des recettes et un registre des achats. Pour remplir ces obligations comptables, le micro-entrepreneur aura deux choix. Il peut soit tout enregistrer sur un support en papier, soit utiliser un logiciel comptable spécifique. L'auto-entrepreneur a pour obligation de conserver tous les documents comptables tels que les factures ou autres justificatifs d'achat ou de vente. Avec le doublement des plafonds depuis le 1er janvier 2018, en cas de dépassement des seuils de 35200 et 91000, l'Auto-entrepreneur devra aussi déclarer et collecter la TVA.