Pour justifier un arbre phylogénétique à partir d'une matrice taxons/caractères, on analyse les caractères présents ou absents chez les différentes espèces. On place les innovations proposées dans l'arbre en déterminant l'ordre d'apparition des caractères et des ancêtres communs. L'objectif est de choisir l'arbre le plus parcimonieux, c'est-à-dire celui qui fait le moins d'hypothèses évolutives pour retracer l'histoire évolutive.