La cotation Dewey, bien qu'utile, présente certaines limites. Une vision occidentale et anglo-saxonne du monde : ce qui peut parfois conduire à une représentation biaisée du savoir. Pas toujours intuitive pour les utilisateurs : en particulier ceux qui ne sont pas familiers avec le système. Manque de flexibilité : en raison de sa structure décimale rigide, il peut être difficile d'intégrer de nouveaux sujets ou disciplines qui ne s'insèrent pas naturellement dans les classes existantes. Complexité : la cotation Dewey peut être complexe à comprendre et à utiliser, en particulier pour les nouveaux utilisateurs ou ceux qui ne sont pas familiers avec le système. Subjectivité : la cotation Dewey peut être subjective, car elle dépend de l'interprétation de la personne qui assigne la cote. Deux bibliothèques peuvent attribuer des cotations différentes pour le même livre. Coût : l'utilisation de la cotation Dewey peut engendrer des coûts, notamment pour l'achat des tables de classification et la formation du personnel.