L'habitat du vairon basque se limite aux rivières et torrents du bassin de l'Adour et du nord de l'Espagne.
Le vairon basque vit dans les eaux courantes, il est présent dans les parties supérieures de cours d’eau (zones à truite) jusqu'aux embouchures. Il recherche les zones les plus oxygénées : sortie de radier, zone de courant, pied de chute d’eau, etc… Il vit principalement près du fond.