Bien que très rare, il est possible de subir un événement anaphylactique mortel lors d'une immunothérapie sous-cutanée (environ 1 cas sur 2,5 millions). Les effets indésirables peuvent varier en fonction des extraits allergéniques utilisés et des schémas d'immunothérapie. Des recherches supplémentaires sont nécessaires pour évaluer de manière adéquate les risques par rapport à d'autres formes d'immunothérapie.