Lorsqu'un animal est fiévreux et que le vétérinaire prescrit un traitement à base d'antibiotiques, les paysans bio peuvent l'administrer. Actuellement, de nombreux paysans bio traitent leurs animaux en ayant recours à la médecine complémentaire, p. ex. aux médicaments homéopathiques, ce qui permet d'éviter bon nombre de traitements à base d'antibiotiques. Les systèmes d'élevage extensifs et la robustesse des animaux font que l'agriculture biologique doit administrer moins d'antibiotiques. L'utilisation d'antibiotiques à titre prophylactique et l'administration d'hormones sont en outre interdites de manière générale.