Certains défis courants dans le traitement du caillé comprennent une formation inappropriée du caillé, une texture incohérente, des saveurs indésirables, une humidité ou une sécheresse excessive et une consolidation insuffisante du caillé. Des facteurs tels qu'une température incorrecte, des fluctuations de pH, une agitation inadéquate ou des conditions de vieillissement incorrectes peuvent contribuer à ces problèmes.