Apolemichthys trimaculatus mesure entre 20 et 26 cm, le corps est coprimé latéralement.
Ce poisson est unicolore avec un corps majoritairement jaune.La bouche est de couleur bleue, les nageoires dorsale, pectorales et pelviennes sont jaunes. la nageoire anale est blanche et noire.
Comme tous les poissons ange, cette espèce possède une épine en bas des opercules branchiaux, ici de couleur bleutée.