Les systèmes aéroponiques minimisent le risque de maladies des racines en gardant les racines exposées à l'air, ce qui inhibe la croissance d'agents pathogènes nocifs. De plus, l’absence de sol en aéroponie élimine la possibilité de maladies transmises par le sol. En maintenant un environnement propre et stérile, en surveillant régulièrement la solution nutritive et en assurant une ventilation adéquate, le risque de maladies des racines peut être encore réduit.