L'employeur a plusieurs obligations vis-à-vis du CSE. Tout d'abord, il doit mettre en place le CSE dans les entreprises de 11 salariés et plus. Il doit également organiser des réunions périodiques avec le CSE, dont la fréquence varie en fonction de l'effectif de l'entreprise. Ces réunions peuvent être organisées grâce à des outils CSE adaptés ou de simples boites mails.
Par ailleurs, l'employeur est tenu d'informer et de consulter le CSE sur certains sujets relatifs à la gestion et à l'évolution de l'entreprise. Il doit aussi financer les institutions sociales du CSE, le montant de cette contribution étant fixé par accord d'entreprise ou, en l'absence d'accord, ne pouvant être inférieur au rapport existant pour l'année précédente.
Ce financement doit permettre l'acquisition des outils CSE nécessaires au bon fonctionnement de ce dernier.
Enfin, l'employeur est responsable des cotisations sociales à l’Urssaf sur les prestations allouées au CSE. Il doit donc être informé mensuellement par le CSE des sommes versées à ce titre.