Le cajon a un mode de fonctionnement relativement simple mais caractéristique : Lorsque tu frappes la plaque de bois, elle se met à vibrer, ce qui fait résonner les éléments métalliques du cajon. La chambre de résonance en forme de boîte et l'ouverture circulaire à l'arrière produisent un son de basse riche. Si tu le souhaites, le bourdonnement des éléments métalliques, comme le tapis de la caisse claire, peut être atténué à l'aide d'un morceau de mousse.
En frappant le bord supérieur de la boîte, un son de caisse claire plus élevé est produit, tandis que le son de basse est produit plus bas sur le couvercle. Comparé à d'autres instruments ressemblant à des tambours avec, par exemple, un revêtement en peau, le cajon a un son plutôt sec.
Le cajon est souvent utilisé dans la musique unplugged, en remplaçant la grosse caisse ou la caisse claire d'une batterie. Il est également utilisé dans la musique rock, pop et folk-rock.