En théorie, presque toutes les plantes peuvent être cultivées en aquaponie ou en hydroponie, mais certaines plantes se développent mieux dans un système que dans l'autre. Les plantes à croissance rapide et à faible besoin en nutriments, comme la laitue et les herbes, se développent bien dans les deux systèmes. Les plantes à forte demande en nutriments, comme les tomates, peuvent nécessiter des ajustements et des suppléments dans un système aquaponique. Avant de vous lancer, il est donc important de bien vous renseigner sur les besoins spécifiques des plantes que vous souhaitez cultiver et d'adapter votre système en conséquence.