Le vairon basque possède des nageoires translucides, la dorsale se trouve sur le deuxième tiers du corps et assez haute. La caudale est peu échancrée.
De teinte globalement brune dorée peu éclatante, foncée sur le dos et jaunâtre sur le ventre, ponctuée de points noirs sur le dos. Ses flancs sont marqués d'une large bande sombre, scindée en une douzaine de barres verticales. Sous la gorge, il possède deux massifs reliés par une mince bande d'écailles.
Le corps est allongé, plus trapu que le vairon commun, la tête dissymétrique avec un nez busqué, la mâchoire supérieure dépassant légèrement de l’inférieure.