Une pompe submersible est conçue pour être complètement immergée dans l'eau, généralement placée à l'intérieur de l'aquarium. Il est compact et facile à installer, assurant une circulation efficace de l'eau. D'autre part, une pompe externe est située à l'extérieur du réservoir, reliée par un tube. Les pompes externes sont généralement plus puissantes et conviennent aux installations d'aquarium plus grandes.