Le Planiloricaria cryptodon réside naturellement dans une eau légèrement acide.
L'espèce affectionne particulièrement les eaux claires à courant fort et les rapides. Il évolue dans les zones d'algues et de végétation.
Le sol est généralement constitué de sable, de galets et de rochers.
Les Planiloricaria cryptodon sont principalement retrouvés dans les grandes rivières. De nombreux voyages n'ont pas permis d'en retrouver dans des rivières plus étroites. La plupart des Planiloricaria cryptodon retrouvés dans le commerce sont capturés à proximité d'Iquitos.