Avant de le vider complètement par sa cannelle, on prend soin de récupérer délicatement la mère à l'aide d'une écumoire. Le vinaigre peut être versé dans des bouteilles. Elle se place bien à plat dans un autre contenant opaque, où elle sera conservée jusqu'au moment de son réemploi. En vue d'un nouveau remplissage de son vinaigrier en bois de chêne, le procédé de nettoyage consiste à le rincer à l'eau. Cette étape permet aux dépôts de se détacher de la paroi et de se diluer.