Des lignes régulières de ferries au départ et à destination du Pirée et de Rafina (à l’est de l’Attique) desservent Myconos, mais également à partir d’autres îles grecques, dont les Cyclades (Santorin, Ios, Paros, Naxos, Tinos, etc.), des îles du Dodécanèse (comme Rhodes et Kos) et de la Crète. Les ferries à grande vitesse atteignent Santorin en seulement 2h30 alors que les bateaux conventionnels mettent entre 5 et 6 heures. Myconos comprend deux ports, l’ancien et le nouveau à environ 1,5 km de distance. La plupart des ferries venant du Pirée arrivent au nouveau port (Tourlos). L’ancien port, le plus proche de la ville principale (Chora) accueille des bateaux de plus petites dimensions.