Au cours de son histoire riche et mouvementée, Sarajevo a été gouvernée par trois empires : romain occidental, ottoman et austro-hongrois ; avant de faire partie du Royaume de Yougoslavie, puis de la capitale de l'État indépendant de Bosnie-Herzégovine. C'est à l'époque prospère de l'empire ottoman qu’une grande partie de la population locale s’est converti à l'islam. C'est également à cette époque que plusieurs de ses mosquées et autres monuments impressionnants ont été construits.
Sarajevo a la réputation d'être au centre des conflits. C’est à Sarajevo, près du Pont latin, que l’archiduc d’Autriche et son épouse, Sophie, ont été assassinés par un nationaliste serbe de Bosnie en 1914 - l'élément déclencheur de la Première Guerre Mondiale.
Sarajevo était également au coeur des guerres yougoslaves qui ont éclatées après la chute du communisme en raison des conflits entre les différents groupes ethniques : les Serbes, les Croates et les Bosniaques musulmans. Sarajevo a subi le siège le plus long de la guerre moderne, du 5 avril 1992 au 29 février 1996.