Lorsqu’à l’achèvement de cette phase expérimentale, une installation pilote fonctionne comme une unité normale de production, celle-ci ne peut plus être considérée comme se rapportant à la réalisation d'opérations de R&D, même si elle est encore qualifiée d’« installation pilote ». Il en va de même des installations pilotes, construites par exemple pour produire un nouveau produit ou valider un nouveau procédé de production, dont la conception ou l’exploitation ne soulève pas d’incertitude scientifique ou technique.
Dans l’hypothèse d’une utilisation des prototypes et des installations pilotes à la fois pour des activités de R&D et d’exploitation, ou d’une installation pilote résultant de modifications temporaires d’installations existantes, seules les opérations de R&D visant à lever des incertitudes techniques ou scientifiques sont éligibles.
Ainsi, il est important en particulier d’examiner attentivement la nature des installations pilotes ou prototypes très onéreux, tels qu’une tête de série d’un nouveau type de centrale nucléaire ou un nouveau modèle de brise-glace. Ces installations et ces prototypes peuvent en pratique être presque entièrement réalisés à l’aide de matériaux existants et de technologies connues et sont souvent construits pour servir simultanément à l’exécution de travaux de R&D et à la prestation du service principal auquel ils sont destinés (production d’électricité ou brisement de la glace). Leur construction ne peut alors être entièrement comprise dans les activités de R&D.
Dans l’exemple précité du nouveau modèle de brise-glace réalisé en quasi-totalité avec des matériaux existants, le projet ne répond pas dans sa globalité à la nécessité de lever une incertitude scientifique et/ou technique. Toutefois, l'adaptation d'un matériau ou d'une forme particulière aux efforts mécaniques mis en œuvre dans le cadre du fonctionnement d'un brise-glace peut représenter un projet de R&D éligible. Dans ce cas, les dépenses relatives à la mise en œuvre et à la caractérisation du matériau ou de la forme concerné relèvent de la R&D. Le suivi distinct des opérations réalisées par l'entreprise relatives à ces installations, se rapportant d’une part aux travaux de R&D et, d’autre part, aux autres travaux, permet de déterminer la fraction des opérations éligibles.