Le Tétra de Colombie réside naturellement dans des criques et marais, dans des eaux acides. Il à faible profondeur dans les zones à forte présence de végétaux (plantes aquatiques et palustres, matières organiques en décomposition, branches...).
L'acidification de l'eau provient de la décomposition des végétaux. Ce phénomène modifie la couleur de l'eau qui a tendance à se brunir. Dans certaines zones particulièrement riches en matières organiques, l'eau devient tellement teintée qu'on la caractérise d'eau noire.