Les fans déplorent que l'anime Shippuden ait considérablement traîné en longueur. Cela s'explique par le fait que la série était devenue assez avancée dans l'intrigue, au point de dépasser le manga. Pour donner au matériel source le temps de progresser, la série s'est souvent plongée dans des épisodes et des arcs de remplissage.