Il est coprésidé par le Préfet de région et le Président du Conseil régional. Il est composé de représentants de la Commission européenne et des administrations centrales concernées (Aménagement du territoire, Intérieur, Emploi, Agriculture en tant que membres associés) du Président du Conseil économique et social régional, des Présidents des chambres régionales consulaires, du Trésorier payeur général de région, (ou de son représentant). Le comité de suivi se réunit au moins une fois par an pour suivre l’évolution de la mise en œuvre des crédits. Il donne son accord sur le complément de programmation avant que celui-ci soit transmis à la commission européenne. Il approuve toute modification aux programmes ou aux compléments de programmation.