Un audit se déroule en plusieurs étapes.
En général, il se déroule de cette manière : arrivée de l'auditeur et rencontre avec la personne responsable de l'audit au sein de l'entreprise, questionnements et examens d'évaluation des risques, des situations de travail, des politiques et des procédures de sécurité, questionnement aux salariés, rédaction d'une fiche de rapport d'audit, qui est soit rendue à l'issue, soit quelques jours plus tard en fonction de la complexité de l'audit.