Les différents vaccins contre le Covid-19 n'empruntent pas tous le même chemin depuis l'usine, en fonction de leurs caractéristiques et du public auxquels ils sont adressés.
Pfizer-BioNTech. Un premier flux (nommé "A") est destiné notamment aux Ehpad et au ministère des Armées. Les doses sont livrées directement depuis les usines dans les cinq plateformes de stockage de Santé publique France. Les pharmacies des Ehpad ou les officines référentes passent ensuite leurs commandes. Le second flux (nommé "B") alimente une centaine d'établissements de santé pivots (un par département environ) équipés de congélateurs fournis par l'Etat, nécessaires au stockage du vaccin de Pfizer-BioNTech. Ces doses permettent de réaliser des vaccinations sur place, mais également de livrer les centres de vaccination et les Ehpad hospitaliers.
Moderna. Les approvisionnements sont plus modestes et l'allocation des doses est cette fois réalisée au niveau régional (puis départemental par les Agences régionales de santé) avec, à chaque fois, entre deux et sept établissements de santé pivots. Le principe général est le même que pour le vaccin de Pfizer-BioNTech, avec une allocation proportionnelle à la population ciblée. Mais les doses du vaccin de Moderna ont également été utilisées de manière plus ponctuelle, afin de renforcer les capacités vaccinales des territoires où circulait fortement le virus.
AstraZeneca. Le schéma est plus classique, car les conditions de conservation de ce vaccin sont moins contraignantes. Les doses sont livrées à des grossistes-répartiteurs, puis à des milliers d'officines (pour une vaccination sur place ou chez le médecin) qui passent commande. Des doses ont également été livrées dans 107 établissements pour être distribuées dans les centres de vaccination, afin d'honorer les créneaux prioritaires pour les professionnels éligibles. Le vaccin de Janssen, filiale de Johnson & Johnson, va emprunter le même schéma.