GNU/Linux n’est pas invulnérable aux virus, néanmoins plusieurs facteurs en font un système mieux protégé que Windows face aux virus :
Par défaut, les utilisateurs sous Linux n’ont pas les droits administrateurs. Ils doivent s’élever (su/sudo) et introduire leurs mots de passe pour modifier le système.
Les fichiers exécutables doivent être manuellement spécifiés comme tel, ainsi il n’est pas possible de faire passer un .EXE pour .JPG.
L’installation de nouveaux programmes passe par un dépôt central propre à la distribution, où chaque programme est testé avant d’être déployé.