Bien que la majorité des polypes utérins sont bénins, il existe un risque, certes faible, de dégénérescence en cancer. En effet, certaines études ont évalué ce risque entre 1,5 et 5% selon l'âge et les facteurs de risques de la patiente. Les polypes peuvent parfois présenter de l'hyperplasie atypique de l'endomètre, une anomalie qui, non traitée, pourrait se transformer en cancer.
Il est donc fondamental de surveiller régulièrement les polypes utérins, même s'ils sont asymptomatiques. Lors de l'ablation d'un polype, celui-ci est systématiquement analysé pour ne pas méconnaître une hyperplasie ou un cancer de l'endomètre. Par ailleurs, le risque de cancer semble augmenter avec la taille du polype.