L’entreprise peut déduire son Crédit d’Impôt Innovation sur le montant de l’impôt (IS ou IR) dont elle est redevable. La déduction se fait au moment où l’entreprise paie le solde de l’impôt au titre de l’année au cours de laquelle les dépenses ont été effectuées. L’entreprise peut utiliser le montant de son crédit d’impôt pour le paiement de ses impôts durant les trois années qui suivent l’année au cours de laquelle elle a obtenu le crédit d’impôt. À l’issue de ces trois ans, si l’entreprise n’a pas utilisé la totalité de son crédit d’impôt, la partie restante lui est remboursée directement.
Si l’entreprise ne paie pas d’impôt ou si le montant de son Crédit d’impôt est supérieur à son impôt (IS ou IR) , l’entreprise peut demander de remboursement de sa créance.