Comme tous les médicaments, l'histidine doit être prise conformément à la notice d'emballage. L'apport quotidien ne doit pas être dépassé. Il est également recommandé de le prendre à jeun, avec du liquide. Les effets secondaires possibles de la prise d'histidine sont les suivants :
Baisse de la pression sanguine
Augmentation de la sécrétion d'acide gastrique
Peau qui démange et urticaire