Alors que les avantages thérapeutiques de Ciloxan sont vastes et indéniables, le domaine des produits pharmaceutiques nous familiarise inévitablement avec la notion de résultats indésirables potentiels. Les effets indésirables signalés comprennent, sans toutefois s'y limiter, une légère irritation oculaire, une kératite ponctuée superficielle transitoire et des occurrences extrêmement rares de réactions allergiques plus graves.