L'hyperhomocystéinémie, soit un excès d’homocystéine, est un trouble associé aux anomalies du tube neural et aux malformations cardiaques congénitales, qui sont dues à un mauvais développement du tube neural ou du cœur [6]. La choline pourrait jouer un rôle dans la diminution des anomalies du tube neural en diminuant les niveaux d’homocystéine. Il faut donc avoir des apports optimaux en choline avant même la grossesse (et pas qu’en vitamine B9), car les anomalies du tube neural se développent dans le premier mois de grossesse.   Dans une étude d’observation sur des femmes ayant eu des enfants atteints d’anomalies du tube neural, en comparaison à des femmes dont les enfants n’en ont pas eu, ils ont remarqué une diminution des risques de grossesse affectée par une anomalie du tube neural pour des apports périconceptionnels plus élevés en choline (correspondant aux apports satisfaisants) pour toutes les anomalies du tube neural ainsi que pour le spina-bifida et l'anencéphalie. Pour des quantités en choline supérieures ou égales aux apports recommandés, on observe une réduction du risque pour les anomalies du tube neural de 51% (en comparaison à des apports inférieurs à 300 mg)[7].   Des concentrations élevées d'homocystéine chez la mère sont un facteur de risque pour plusieurs événements indésirables de la grossesse, notamment la prééclampsie, la prématurité et le très faible poids de naissance [8]. Or la choline permet de diminuer les taux d’homocystéine.