Sopivan ultraäänipesurin valinta riippuu käyttötarkoituksesta, puhdistettavien esineiden koosta ja materiaalista sekä budjetista. Kotikäyttöön riittää usein kompakti malli, kun taas teollisuus- tai ammattikäytössä tarvitaan suurempaa kapasiteettia ja tehokkuutta.