Ennallistamisasetuksen toimeenpanosta aiheutuvien kustannusten kokonaismäärä hahmottuu tarkemmaksi toimeenpanon tarkemman suunnittelun myötä.
Komissio on arvioinut, että kustannukset voisivat Suomelle olla noin 930 miljoonaa euroa vuodessa, mikä olisi 0,39 prosenttia bruttokansantuotteestamme.
Noin puolet kustannuksista on arvioitu syntyvän sisävesien tilan parantamisesta, noin viidennes metsien tilan parantamisesta ja hieman alle viidennes turvemaiden ennallistamisesta. Kustannusrakenne johtuu siitä, että Suomessa on laajat sisävedet, ja erityisesti rannikkovetemme ovat huonossa kunnossa. Vesistöjen rehevöitymistä aiheuttavien ravinnepäästöjen hallintaa tarvitaan laaja-alaisesti maa- ja metsätaloudessa.
Komission arvion mukaan toimien hyödyt ovat moninkertaiset verrattuna kuluihin. Hyödyt lasketaan 10 miljardiksi.
Valtioneuvoston toukokuussa 2023 tekemän arvion mukaan komission esittämä alkuperäinen kustannusarvio on ylimitoitettu. Luonnonvarakeskus ja ympäristöministeriö ovat arvioineet luontotyyppien ennallistamisen kustannusten olevan selvästi, noin 20 prosenttia, matalampia.
Osa ennallistamisasetuksen kustannuksista syntyy toimista, jotka Suomi toteuttaa joka tapauksessa. Esimerkiksi kustannukset toimista sisävesien hyvän tilan saavuttamiseksi ovat noin 570 miljoonaa euroa vuosittain. Ennallistamisasetuksesta syntyy pienvesien (purot, lammet) kunnostustarvetta, jonka vuosikustannukset ovat noin 20 miljoonaa.
Luonto- ja lintudirektiivin täysimääräinen toimeenpano maaluontotyypeissä edellyttää noin 144 miljoonaa vuodessa. Lisäksi valtion mailla boreaalisen luonnonmetsän ennallistamisesta ja heikentymisen estämisestä arvioidaan syntyvän 22-46 miljoonan euron vuotuinen tuloutuksen väheneminen. Muiden luontotyyppien osalta ei aiheutudu valtion mailla yhtä merkittäviä käytön rajoituksia ja kustannuksia.
Lisäksi kustannuksia aiheutuu hallinnollisesta työstä sekä mahdollisesti yksityismailla vapaaehtoisesti toteutettavista ennallistamistoimista.
Kokonaisuutena ennallistamisasetuksen 4 ja 5 artiklojen ennallistamisvelvoitteiden toimeenpanon kustannukset ovat arviolta 756-782 miljoonaa euroa vuodessa, mistä 570 miljoonaa aiheutuu jo nyt vesipuitedirektiivin täytäntöönpanosta.
EU:n jäsenvaltiot päättävät itse asetuksen toimeenpanon keinoista. Valittavat keinot vaikuttavat ennallistamisen kustannuksiin ja kohdentumiseen. Kustannuksissa voidaan säästää merkittävästi, kun eri toimet tukevat toisiaan ja kun toimet ovat mahdollisimman kustannustehokkaita. Lisäksi ennallistamisasetuksen tavoitteet ovat pitkälti päällekkäisiä nykyisten velvoitteiden kanssa, joihin Suomi on jo kansainvälisesti ja EU:n tasolla sitoutunut.