Shinkansen-lippujen hinnat vaihtelevat reitin, matkan pituuden ja junan tyypin mukaan. Esimerkiksi suosituimman reitin, Tokio-Osaka, hinta vaihtelee noin 14 000-20 000 japanin jenin (noin 110-160 euroa) välillä. Tarkat hinnat ja aikataulut löytyvät Japan Railways -yhtiön verkkosivuilta.