Erot MKV:n ja AVI:n välillä ovat koodausmuodot. Toinen MKV on avoin kontti. Toisaalta AVI-tiedosto on Microsoftin oma säilömuoto. Lisäksi AVI-tiedosto voi sisältää vain video- ja äänivirran. Sitä vastoin MKV voi säilyttää useita video- ja äänivirtoja samassa tiedostosäiliössä.