Maitohappobakteereja suositellaan ottamaan antibioottikuurin aikana, sillä antibiootit tappavat suoliston sekä hyviä että huonoja bakteereja, ja maitohappobakteerit paikkaavat hyvien bakteerien puutetta. Maitohappobakteerien syömistä kannattaa jatkaa myös antibioottikuurin jälkeen mikrobikannan tasapainon palautumisen tukemiseksi.
Lisäksi maitohappobakteerivalmisteita on hyvä syödä suolistoon vaikuttavien sairauksien, kuten vatsa- ja oksennustaudin aikana sekä ulkomaanmatkoja edeltävinä päivinä, ja sen aikana. Myös muutokset elintavoissa ja stressi vaikuttavat suolistoon, joten maitohappobakteerivalmisteista voi näissäkin tapauksissa olla hyötyä.