Maksatushakemuksella haetaan päätöksessä hyväksyttyä tukikelpoista avustusosuutta kuitteja vastaan hankkeen lopuksi. Eli, menot joita vastaan avustusta haetaan pitää ensiksi synnyttää maksatukseen hyväksyttävistä kuluista hyväksyttävänä ajanjaksona. Maksatushakemukseen ei pääsääntöisesti voi sisällyttää ennen haetun avustuksen hyväksymispäätöksen ajankohtaa muodostuneita kuluja, eikä maksatushakemukseen voi liittää hankkeeseen kuulumattomia kuluja. Budjetiltaan isoissa tai pitkäkestoisissa hankkeissa on rahoitusmuodosta riippuen mahdollista hakea avustusta välimaksatuksilla, eli toteuttaa maksatukset useammalla kuin yhdellä erällä hankkeen aikana. Maksatushakemuksen järjestelyistä sovitaan ennen hankkeen aloitusta.