Sivilisaation ja julmuuden välinen ristiriita ja ero, järjestys ja kaaos, viattomuuden menetys, auktoriteetin turmeltava vaikutus ja ihmisluonnon taustalla oleva paha ovat keskeisiä teemoja "Kärpästen herrassa". Opiskelijat voivat analysoida näitä teemoja tekemällä tutkimusta menneistä ja nykyisistä sivilisaatioista sekä siitä, miten jotkut sivilisaatiot syntyivät ja murenivat.