MSM:n käyttö on turvallista. Haittavaikutuksia ilmenee lähinnä vain silloin, jos sitä käytetään liikaa ja yli valmisteessa olevan annostusohjeen. Mahdollisia oireita voivat olla unettomuus, päänsärky, vatsan turvotus, ripuli ja väsymys.