VestaCP:n käytön aikana palvelimen turvallisuuden varmistamiseksi on suositeltavaa pitää ohjelmisto ajan tasalla, määrittää palomuuri suodattamaan liikennettä, käyttää vahvoja salasanoja, luoda säännöllisesti varmuuskopioita tiedoista ja seurata palvelimen toimintaa lokien avulla.