Kestävästi tuotettua bioenergiaa pidetään hiilineutraalina, koska sitä poltettaessa ilmaan vapautuu saman verran hiilidioksidia kuin biomassa on kasvaessaan sitonut. Hiilidioksidi siis kiertää ilmakehän ja biomassan, kuten puiden, välillä. Biomassan nollapäästöisyys ei ole Helenin oma käytäntö, vaan YK:n ilmastosopimuksessa yhteisesti ja maailmanlaajuisesti sovittu asia. Biomassan nollapäästöisyys energiantuotannossa perustuu EU-tasolta tulevaan lainsäädäntöön, muun muassa päästökauppalakiin ja uusiutuvan energian direktiiviin. Euroopan laajuisen päästökaupan ideana on, että teollisuuden käytössä olevien päästöoikeuksien määrä on rajattu ja oikeudet vähenevät ajan myötä ilmastotavoitteiden mukaisesti. Lainsäädännön mukaan kestävä biomassa siis katsotaan päästökaupassa päästöttömäksi. Päästökaupan piirissä olevien laitosten päästöjen laskentaa valvoo Energiavirasto. Biomassan hiilidioksidipäästöjä ei kuitenkaan jätetä huomioimatta kokonaispäästöjä laskettaessa. Ne lasketaan mukaan muun muassa Pariisin ilmastosopimuksen seurannassa ja maiden päästötaseessa. Selkeyden vuoksi biomassan kaikki päästöt lasketaan niin sanotulla LULUCF-sektorilla, eli maankäyttö, maankäytön muutokset ja metsätalous -sektorilla. Käytännössä kun puu metsässä kaatuu, se merkitään tilastoissa päästöksi kokonaisuudessaan riippumatta siitä, miten ja millä sektorilla puu ja sen eri osat käytetään. Biomassan käyttö siis vaikuttaa Suomen nettopäästöihin, mutta kaksinkertaisen laskennan välttämiseksi metsäbiomassan päästöt lasketaan maankäyttösektorilla, ei energiasektorilla.