Shopify on parempi turvallisuuden kannalta. Syynä tähän on se, että koko infrastruktuuri on itse alustan hallinnassa. WooCommercen avulla infrastruktuurista vastaavan henkilön on hoidettava suurin osa turvallisuudesta, mukaan lukien päivitykset uusimpaan laajennusten ja teemojen versioon, järjestelmien päivittäminen, hyvien salasanojen varmistaminen, tietoturvalaajennusten ja muiden turvajärjestelmien asentaminen sekä muut hyvät turvallisuuskäytännöt .