Melatoniini ei sovi raskaana oleville, imettäville tai raskautta suunnitteleville. Tämä johtuu siitä, ettei sen vaikutuksia näiden aikana ole tutkittu. Melatoniini ei myöskään auta perussairaudesta tai vuorotyöstä johtuviin unihäiriöihin, ja alkoholi sekä tupakointi heikentävät sen vaikutuksia.