Toisinaan asennuksen aikana tai vuosien saatossa salaojat ovat saatteen vähitellen tukkeutua erilaisesta maa-aineksesta, kuten savesta tai hiekasta. Tukkeutuneet salaojat kannattaa huuhdella ja avata mahdollisimman pian, sillä riski vapaan veden pinnan nousemiselle kasvaa. Monissa tapauksissa on nähty kellarikerroksessa vettä jopa satoja litroja. Huuhtelun avulla varmistetaan salaojajärjestelmän oikeaoppinen toimivuus sekä veden vapaa virtaus. Usein salaojien puhdistus tehdään runsaalla vedellä ja siihen tarkoitetulla huuhtelulaitteella. Huuhtelulaite voi säädellä painetta sopivaksi ja usein siinä oleva huuhteluletku on jopa kymmenien metrien pituinen.