Eurooppa-neuvostolle valittiin marraskuussa 2009 ensimmäinen pysyvä puheenjohtaja, Herman van Rompuy. Puheenjohtajaa nimitetään mediassa joskus virheellisesti Euroopan unionin presidentiksi. Joulukuusta 2019 lähtien puheenjohtajana toimii Belgian entinen pääministeri Charles Michel.