Ennallistamisasetuksessa asetetaan tavoitteita metsäekosysteemien luonnon monimuotoisuuden parantamiseksi.
Ennallistamisasetuksen myötä jäsenvaltioiden tulee arvioida metsäekosysteemien tilaa indikaattorien avulla, jotka kertovat metsäekosysteemien luonnon monimuotoisuudesta. Ennallistamisasetukseen sisältyy jäsenvaltioille yksi yhteinen indikaattori (metsälinnut) ja sen lisäksi seitsemän vapaavalintaista, joista kukin jäsenmaa valitsee kuusi sen olosuhteisiin ja metsäluonnon tilan paranemisen arviointiin parhaiten soveltuvaa.
Ennallistamisasetus velvoittaa jäsenvaltiot saavuttamaan indikaattorien kehityksessä kasvavan suuntauksen ja tyydyttävän tason. Nämä tavoitteet koskevat kaikkia metsiä.
Tavoitteet ovat Suomen metsäluonnolle tärkeitä ja työtä näiden tavoitteiden saavuttamiseksi tehdään jo nykyisinkin esimerkiksi osana metsätalouden luonnonhoitoa. Ennallistamisasetuksen myötä tämänkaltaisille luonnonhoitohankkeille voisi olla tarjolla lisää julkista tukea ja kannustimia.
Lisäksi ennallistamisasetus koskee luontodirektiivin liitteen I metsäluontotyyppejä, joista neljä (boreaaliset luonnonmetsät, lehdot, harjumetsät sekä puustoiset suot) on pinta-alaltaan merkittäviä (so. pinta-alaltaan yli 100 000 ha). Näiden osalta Suomea velvoittavat luontodirektiivin säädökset jo nykyisellään. Toimia näiden kohteiden suojelemiseksi on tehty osana METSO- ja Helmi -ohjelmia sekä lakisääteisiä metsälakikohteita vaalimalla. Ennallistamisasetuksen täytäntöönpano todennäköisesti edellyttää, että sekä METSO- että Helmi-ohjelman toteuttaminen jatkuu entistä tehokkaammin myös tulevaisuudessa. Halukkuutta vapaaehtoiseen metsien suojeluun on ollut METSOssa hyvin.