Hyönteiskarkotteiden toimintamekanismeja ei täysin tunneta. Tämänhetkisen tutkimustiedon perusteella karkotteina käytetyt kemikaalit voivat vaikuttaa monilla eri tavoin hyönteisten hajureseptoreihin. Häiriöt hajureseptoreissa puolestaan vaikuttavat hajureseptorineuroneihin, joka johtaa häiriöihin hyönteisten käytöksessä.