Hunaja on kuumentamaton elävä ravinto, joten siinä saattaa ilmetä Clostridium botulinum -bakteerin itiöitä. Itiöitä kasvaa yleisesti maaperästä tai vesistöjen pohjalietteessä, joten niitä tavataan satunnaisesti esim. kuumentamattomissa kaloissa, yrteissä, juureksissa, hedelmissä, marjoissa ja hunajassa. Imeväisikäisten ruuansulatusjärjestelmä ja suolisto ovat vielä kehittymättömiä, joten itiöiden joutuminen suolistoon voi aiheuttaa sairastumisen botulismiin. Yli vuoden ikäisten lasten ja aikuisten suolisto on kehittynyt sietämään itiöitä. Itiöt eivät myöskään kulkeudu äidinmaidon mukana imeväisille, joten raskaana oleva ja imettävä äiti voi käyttää hunajaa. Botulismiin sairastuminen hunajaa nautittuaan on kuitenkin hyvin epätodennäköistä. Eviran mukaan Clostridium botulinum -bakteerin aiheuttamat ruokamyrkytykset ovat erittäin harvinaisia.