Polttopuut ovat luontaisesti mikrobipitoisia ja tästä syystä puut kannattaa kuivata hyvin ja säilyttää paikassa, jossa ne pääsevät tuulettumaan. Sisälle polttopuita ei kannata paloturvallisuus syystäkään tuoda sisälle enempää kuin kulloistakin polttokertaa vastaava määrä.
Polttopuut voivat aiheuttaa herkistyneille henkilöille oireilua, mutta kotia ne eivät varsinaisesti saastuta. Säännöllisellä siivouksella ja pintojen pyyhinnällä pinnoille polttopuista irronneet mikrobien itiöt saa poistettua. Myös puukoria tai puiden säilytykseen tarkoitettua laatikkoa on hyvä välillä puhdistaa ja esimerkiksi saunottaa.
Polttopuita ei saa koskaan säilyttää talon ulkoseinää vasten, asia on kielletty ihan jo pelastuslaissa (379/2011) § 9. Kyse on paloturvallisuudesta. Puiden säilyttäminen talon ulkoseinää vasten voi lisäksi aiheuttaa ulkovuoren vaurioitumista puista tarttuvan metsäsienen vuoksi.