Rahojen palautus menee Paytrailin kautta, jos tuote on maksettu jollakin Paytrailin maksutavalla. Kauppiaan tulee ottaa Paytrailista raportti ja kirjanpitäjä sen avulla kirjaa palautukset. Palautus Paytrailin kauppiaspaneelista tapahtuu etsimällä oikea maksutapahtuma ja kun klikkaa sitä, niin avautuu näkymä, johon voi syöttää summan, mikä palautetaan. Kohtaan voi laittaa joko osan summasta tai koko summan. Suurimmassa osassa tapauksia rahat palautuu suoraan, mutta joihinkin pankkeihin tarvitaan tilinumeron antaminen sähköpostin kautta. Tämän siis hoitaa Paytrail itse eli kauppiaan ei tarvitse tehdä mitään.
B2B Walleyn palautuksissa tehdään palautus Paytrailin kauppiaspaneelista.
Tärkää huomio: Paytraili “tilillä” tulee olla rahaa, jotta palautus voidaan tehdä. Usein asiakkaan ostokset on jo tilitetty kauppiaalle, joten jos saldo on 0, niin Paytrailissa on kohta, mistä sinne voi lisätä saldoa.