Virustorjuntaohjelmat eivät tepsi kaikkiin viruksiin koska viruksia on satoja tuhansia erilaisia. Lisäksi virustorjuntaohjelmistojen virustietokannat eivät ole aina ajan tasalla ja viruksilla on olemassa tekniikoita sekä tapoja mihin virustorjuntaohjelmat eivät pysty antamaan suojausta.