Kreetalla vallitsee Välimeren ilmasto eli kesät ovat kuumia ja kuivia, talvet leutoja ja sateisia.
Kesäkausi on pidempi kuin muualla Kreikassa saaren eteläisen sijainnin vuoksi. Turistikausi alkaakin jo huhtikuussa jatkuen aina lokakuuhun loppuun saakka.
Keväisin ja syksyisin lämpötilat ovat maltillisia esimerkiksi luontomatkailijalle. Syksyisin kannattaa varautua kuitenkin sadekuuroihin ja viileneviin öihin. Vilkkain sesonki ajoittuu heinä-elokuulle, vaikka tuolloin lämpötila voi kohota jopa + 40 asteeseen.
Kreetalla voi matkailla ympäri vuoden. Talvisin kuitenkin palveluita on tarjolla vähemmän kuin kesällä. Talvisin korkealla vuoristossa sataa usein lunta, vaikka lämpötila muutoin liikkuu 15–20 asteen välillä.