Vuosaaren biolämpölaitoksessa savukaasujen puhdistus toteutetaan koko EU:n alueella sovellettavien suurten polttolaitosten BAT-päätelmien mukaisesti (BAT = Best Available Techniques). BAT-päätelmät määrittävät, että polttolaitoksessa syntyvien päästöjen vähennyksessä on käytettävä markkinoilla olevia parhaita mahdollisia savukaasujen puhdistusteknologioita. Vuosaaren biolämpölaitoksessa biomassaa poltetaan kiertoleiju- eli CFB-kattilassa, joka on laadultaan vaihtelevan biomassan polttoon parhaiten soveltuvia kattilateknologioita. Biomassalle soveltuvan kattilateknologian avulla minimoidaan primääripäästöjen syntyminen. Palamisilman syöttöä ja tulipesän lämpötilaa säädetään jatkuvasti automaatiojärjestelmän avulla, jotta voimme varmistua siitä, että palaminen tapahtuu aina optimaalisissa oloissa. Tällöin epätäydellisestä palamisesta johtuvien hään, hiilivetyjen, PAH-yhdisteiden sekä palamattomien (mustan hiilen) syntyminen voidaan minimoida. Palamisessa syntyvät pölypäästöt suodatetaan savukaasuista letkusuotimen avulla. Letkusuotimessa savukaasut johdetaan sopivalla nopeudella erittäin tiheiden suodatinkangasletkujen läpi, jolloin pöly jää kankaan toiselle puolelle ja puhdas kaasu menee läpi. Letkusuotimen jälkeen pölystä puhdistetut savukaasut johdetaan savukaasupesuriin, jossa savukaasusta otetaan lämpöä talteen kaukolämpöverkkoon sitä lauhduttamalla. Savukaasupesurissa savukaasusta liukenee veteen lämmön lisäksi sen viimeiset epäpuhtaudet. Pesurin jälkeen puhdistettu kaasu johdetaan savupiippuun, josta ulos tulee lähes päästötöntä savukaasua. Vuosaaren biolämpölaitoksen päästöjä valvotaan savupiippuun sijoitetuin jatkuvatoimisin mittauksin. Savukaasupesurissa syntyvä lauhde ja jätevesi otetaan kokonaisuudessaan hyötykäyttöön ja puhdistetaan biolämpölaitoksen omalla vedenkäsittelylaitoksella niin puhtaaksi, että vettä voidaan käyttää kaukolämpöverkon lisävetenä sekä kattilavetenä.