Läpimurtovalmennukseen osallistuminen on lähtökohtaisesti valtionavustukseen oikeuttava kustannus. Työpajoista aiheutuvina kustannuksina hankkeen kirjanpitoon voidaan kirjata esimerkiksi kokoustilat ja -tarjoilut, sekä työpajoista aiheutuvat matka- ja majoituskulut hankkeeseen osallistuvien hyvinvointialueiden ja osatoteuttajien henkilöstön osalta. Läpimurtovalmennuksen henkilöstökustannuksina hyväksytään hankkeeseen palkatun henkilöstön palkkamenot sivukuluineen. Siltä osin kuin työpajoihin osallistuu hankkeeseen osallistuvien hyvinvointialueiden muuta kuin hankkeeseen palkattua henkilöstöä, työpanos voidaan kirjata hankkeelle työpanoksen siirtona. Työpajojen välillä tapahtuvasta työskentelystä hankkeen kirjanpitoon voidaan merkitä työpanoksen siirtona vain kehittämistyön osuus, joka ei sisälly työntekijän perustyöhön.