Annostus vaihtelee, ja on helpointa noudattaa kunkin ravintolisän suosituksia, mutta ubikinonilla ei ole suoria tai vakavia sivuvaikutuksia, kun noudatat suositeltua annosta. Yleisimmin ravintolisiä otetaan noin 100 mg per annos, mutta on myös sellaisia ravintolisiä, joita otetaan jopa 300 mg per annos. On kuitenkin epäselvää, onko vahvempien annosten tarkoitus olla tehokkaampia, ja tähän vaikuttaa myös, kuinka paljon ubikinonia sinulla on elimistössäsi. Joka tapauksessa vahvempia annoksia voidaan ottaa harvemmin, jos sinun ei tarvitse ottaa suuria annoksia.