Vaikka useimmat ihmiset sietävät heraproteiinia hyvin, jotkut saattavat kokea sivuvaikutuksia, erityisesti suurissa määrissä. Yleisimpiä sivuvaikutuksia ovat vatsavaivat, kaasut, turvotus ja päänsärky. Lisäksi laktoosi-intolerantit ihmiset saattavat reagoida heraproteiiniin, ellei kyseessä ole laktoositon versio, kuten heraproteiini-isolaatti.