Monet tutkimukset osoittavat, että keisarileikkauksella syntyneet vauvat tarvitsevat enemmän aikaa kolonisoidakseen suolistossa tiettyjä bakteerikantoja, joita pidetään terveydelle hyödyllisinä; hyvät bakteerit, joita meillä kaikilla on suolistossa ja jotka edistävät tervettä suolistoflooraa. Tämän seurauksena tämä voi vaikuttaa immuunijärjestelmän kehittymiseen, sillä keisarinleikkauksella syntyneillä lapsilla on suurempi riski sairastua ekseemaan ja tiettyihin ruoka-aineallergioihin. Kohdussa sikiön suolisto on steriili, mutta heti vauvan syntymän jälkeen bakteerit alkavat kolonisoitua suolistoon. Bakteereilla syntymästä ja äidin ihosta imetyksen aikana on tärkeä tehtävä suolistoflooran rakentamisessa, mutta myös muut ympäristötekijät ovat tärkeitä. Keisarileikkauksella lapsi joutuu kosketuksiin harvempien bakteerien kanssa. Imetys on paras suoja pienelle lapselle, sillä rintamaito sisältää aineita, jotka auttavat luomaan tervettä suolistoflooraa.