Netellerin käyttämisestä voi koitua lisäkuluja, varsinkin silloin jos haluaa siirtää varojaan Neteller tililtä omalle pankkitililleen. Tällöin jokaisesta nostosta lähtee pois 7,50 € nostokulu, joka on sama riippumatta noston koosta. Pieniä summia ei siis kannata nostella usein. Luottokortilla tallettamisesta Nettilompakko perii 1,9 % – 4,5 % suuruisia palvelumaksuja. Jos käyttäjä on hankkinut lisäksi Neteller Mastercard kortin, on kortissa aina 8 euron vuosimaksu. Muut kulut ovat pitkälle kuitenkin maksuttomia tämän jälkeen, varsinkin jos ei nosta käteistä Mastercard -kortilla usein.