Ennallistamisasetusehdotuksen tavoitteena on parantaa luonnon tilaa laajasti eri ympäristöissä sekä suojelualueilla että niiden ulkopuolella. Ennallistaminen ei siis tarkoita pelkästään suojelua, vaan myös tapoja vahvistaa luontoarvoja. Ennallistettava alue voi säilyä talouskäytössä tai vaikkapa osana kaupunkiympäristöä.
Ennallistamisasetuksen yleinen tavoite olisi edistää luonnon monimuotoisuuden pitkäaikaista ja kestävää elpymistä maa- ja merialueilla. Ehdotuksessa asetetaan sitovia tavoitteita ja velvoitteita luonnon tilan parantamiseksi eri elinympäristöissä. Toimenpiteiden olisi katettava vähintään 20 % EU:n maa- ja merialueista vuoteen 2030 mennessä, ja vuoteen 2050 mennessä kaikki ennallistamisen tarpeessa olevat ekosysteemit. Ennallistamisasetus koskisi muun muassa soita, kosteikkoja, niittyjä, vesistöjä, metsiä, maatalousympäristöjä – ja myös kaupunkeja.
Asetuksessa ehdotetaan EU:n yhteisille luonnon monimuotoisuustavoitteille yhdenmukaista seurantaa. Lisäksi esitetään, että kukin jäsenmaa laatisi kansallisen ennallistamissuunnitelman.