Pyykinpesukoneeseen kertyy ajanoloon lika-, kalkki- ja pesuainesakkaumia. Erityisesti matalia pesulämpötiloja käytettäessä vaatteet ja kone voivat alkaa haista tunkkaiselta. Pyykinpesukoneen puhdistuspesu kannattaa tehdä muutaman kerran vuodessa, sillä lika-, kalkki- ja pesuainekertymät saattavat pahimmillaan rikkoa pesukoneen. Puhdistuspesussa kannattaa käyttää 90 asteen ohjelmaa ja tehostaa sakkaumien irtoamista sitruunahappojauheella, jota saa apteekista. Korkeampien lämpötilojen pesuohjelmien käyttö auttaa osaltaan pitämään konetta puhtaana. Pyyhkeet, liinavaatteet ja lämpöä sietävät, ihoa vasten pidettävät vaatteet kannattaa pestä 60 asteen ohjelmalla.