Yleisesti ottaen N-asetyylikysteiinin käyttö on turvallista, mutta se voi kuitenkin aiheuttaa jonkinlaisia haittavaikutuksia. Näitä kuitenkin ilmenee pääosin vain silloin, jos tuotetta käytetään liikaa. Mahdolliset NAC haittavaikutukset ovat muun muassa vatsavaivat, väsymys, hikoilu, ihottuma, ripuli tai ummetus.