Pyöräily kuormittaa pääsääntöisesti jalkojen suurimpia lihasryhmiä, eli reisiä ja pakaroita. Epäsuoraa rasitusta saavat myös pohkeet, käsivarret kauttaaltaan, olkapäät ja keskivartalon stabiloivat lihakset. Lajin aerobisen luonteen johdosta kuntopyöräily myös lisää perus- ja vauhtikestävyyttä sekä parantaa hengitys- ja verenkiertoelimistön toimintaa, aerobista energiantuottoa ja rasva-aineenvaihduntaa. Kuntopyöräilyllä voi siis kasvattaa lihasmassaa etenkin alaraajoissa, mutta se on omiaan rasvanpolton kiihdyttämisessä ja aerobisen kunnon kehittämisessä.