Varastohyllyjen huoltaminen ja puhdistaminen on tärkeää niiden käyttöiän pidentämiseksi ja turvallisuuden takaamiseksi. Huoltoon kuuluu muun muassa säännöllinen tarkastaminen ja tarvittavien korjaustoimenpiteiden tekeminen. Puhdistus puolestaan auttaa estämään pölyn ja lian kerääntymistä hyllyjen pinnoille. Yleensä varastohyllyjen puhdistus voidaan hoitaa imuroimalla tai pyyhkimällä hyllyjen pinnat kostealla liinalla. Tarvittaessa voidaan käyttää myös mietoa pesuainetta ja vettä. Huolto- ja puhdistustoimenpiteet kannattaa tehdä säännöllisesti, esimerkiksi kerran vuodessa tai tarpeen mukaan.