Ohjelman indikaattoreiden avulla seurataan, täyttyvätkö ohjelmalle asetetut tavoitteet. Suomi on sopinut tavoitteet ja niiden indikaattorit EU:n kanssa. Jokaiselle ohjelman investoinnille on asetettu oma tavoite ja indikaattori. Tavoitteiden täyttyminen on sidoksissa ohjelman rahoitukseen.