Syy, miksi osa hunajista on juoksevaa ja osa kiteytyy, johtuu siitä, että mehiläiset keräävät mettä eri kasvilajeista. Jokaisen kasvilajin tuottama mesi on koostumukseltaan erilaista ja siksi niistä kerätty mesi valmistuu mehiläisten käsittelyssä erilaiseksi hunajaksi. Käytännössä meden sokerikoostumus määrittää hunajan värin, juoksevuuden ja maun. Kahden pääsokerin – glukoosin eli rypälesokerin ja fruktoosin eli hedelmäsokerin – suhde medessä määrittää sen, pysyykö hunaja pitkään juoksevana vai alkaako se kiteytyä pian. Suomalaiset hunajat ovat pääosin nopeasti kiteytyviä eli kiinteitä, joskus jopa kovia ja melko rakeisia. Kiteytyminen on hunajalle luonnollista ja se johtuu suomalaisen hunajan korkeasta glukoosi- eli rypälesokerimäärästä. Vapaasti kiteytyessään hunajaan syntyy kiteitä, jotka saattavat olla hyvinkin isoja. Kiteet ovat tiivistynyttä rypälesokeria, joita jotkut erehtyvät luulemaan hunajaan lisätyksi sokeriksi. Hunajaan ei koskaan saa lisätä mitään, eikä esimerkiksi sokerin lisääminen olisi teknisesti mahdollista, koska hunaja itsessään sisältää enemmän sokeria kuin kylläinen sokeriliuos. Jos hunaja on kerätty esim. maitohorsmasta, se säilyy pitkään juoksevana. Syynä on maitohorsman meden korkea fruktoosipitoisuus. Tällaista hunajaa pyrimme pullottamaan ja sitä löytyy kaupoista tuotenimellä Suomalainen suodatettu hunaja 350 g. Tämäkään hunaja ei säily ikuisesti juoksevassa muodossa, vaan sekin kiteytyy ennen pitkään. Joskus kiteytyminen saattaa synnyttää hunajaan todella suuria kiteitä, mistä tietää, että se on aito luonnontuote! Hunajan saa takaisin juoksevaan muotoon lämmittämällä sitä hiljalleen lämpimässä vesihauteessa. Kiteytymiseen ei vaikuta se, onko purkki tai pullo avattu. Kiteytymiseen sen sijaan vaikuttaa säilytyslämpötila. Viileässä (optimikiteytymislämpötila +14 °C) säilytetty hunaja kiteytyy nopeammin kuin huoneenlämmössä ollut. Jääkaappi sen sijaan on liian kostea paikka hunajan säilytykseen.