SEPA-maksu ei ole aina ilmainen. Pankki voi periä maksun SEPA-maksusta, mutta maksu on usein edullisempi kuin tavallisen tilisiirron maksu. Esimerkiksi OP:n hinnaston mukaan SEPA-maksu maksaa 2,9 % siirrettävän summan määrästä ja lisäksi 2 euroa. Esimerkiksi jos siirrät 100 euroa, maksat SEPA-maksusta 2,90 euroa + 2 euroa = 4,90 euroa.