Ubikinoni on yleensä turvallinen useimmille ihmisille, mutta sillä voi olla joitakin haittavaikutuksia, erityisesti suurina annoksina otettuna. Nämä voivat sisältää ruoansulatuskanavan oireita, kuten pahoinvointia, ripulia ja vatsakipuja, sekä allergisia reaktioita. Ubikinoni voi myös vaikuttaa joidenkin lääkkeiden toimintaan, mukaan lukien verenohennuslääkkeet ja jotkut kemoterapialääkkeet. Ennen ubikinonin tai minkä tahansa lisäravinteen käytön aloittamista on tärkeää keskustella siitä terveydenhuollon ammattilaisen kanssa.