Pitkävaikutteisesta melatoniinista melatoniini vapautuu hitaammin, minkä takia sen vaikutus alkaa lyhytvaikutteista hitaammin, mutta se myös kestää kauemmin. Lyhytvaikutteisen melatoniinivalmisteen melatoniini vapautuu heti, joten se vaikuttaa nopeammin.