Hankekirjanpitoon tulee viedä ne hankkeesta aiheutuneet kustannukset, jotka raportoidaan tosiasiallisina kustannuksina. Esimerkiksi henkilöstön palkkakustannukset viedään hankkeen kirjanpitoon vain, kun ne korvataan tosiasiallisina kustannuksina. Vastaavasti 7%:n ja 1%:n kustannusmallilla korvattavissa hankkeissa kirjanpitoon merkitään tosiasiallisina kustannuksina korvattavat kustannukset. Operatiivisen tuen osalta hankkeen kirjanpitoon merkitään kaikki   operatiivisella tuella korvattavat kustannukset.
Prosenttimääräisinä korvattavia välillisiä kustannuksia ei viedä hankkeen kirjanpitoon.
Organisaation muuhun kirjanpitoon kaikki kustannukset tulee kirjata kirjanpitolain mukaisesti.