Hankkeelle voi valtionavustuspäätöksen mukaan kohdentaa hallinnointikustannuksia. Hallinnointikustannukset voivat olla hankkeelle kohdennettuja yleiskustannuksia, joina hyväksytään taloushallinnon, henkilöstöhallinnon sekä muut vastaavat hankkeen käyttämien tukipalveluiden kustannukset. Hallinnointikustannukset tulee osoittaa kohdentamisperusteet (jakoperusteet) sisältävällä laskelmalla. Hankkeen yleiskustannuksiksi ei hyväksytä hanketta hallinnoivan organisaation luottamustoimielimien tai johdon kustannuksia, ellei luottamustoimielin toimi esimerkiksi hankkeen ohjausryhmänä. Hankkeelle kohdennettavat yleiskustannukset eivät saa sisältää laskennallisia kuluja eivätkä muita valtionavustuspäätöksessä valtioavustukseen oikeuttamattomiksi ilmoitettuja kuluja.