Valkosipuli voi aiheuttaa joillekin ihmisille hankalia vatsavaivoja. Sipuleissa on imeytymättömiä, fermentoituvia hiilihydraatteja, jotka käyvät paksusuolessa ja voivat aiheuttaa ilmavaivoja, turvotusta ja ripulia. Ruoka-aineen voi pyrkiä korvaamaan jollakin muulla ruoka-aineella esimerkiksi valkosipuliöljyllä.