Kuukuppi tulee puhdistaa vähintään kerran päivässä, mutta suositeltavaa on puhdistaa se jokaisen käyttökerran jälkeen. Kuukupin puhdistaminen tapahtuu yleensä huuhtelemalla se lämpimällä vedellä ja miedolla saippualla tai keittämällä se vedessä.