Valituskäsittelyssä yhteyselin tekee ensin alustavan arvion siitä, onko valituksessa aihetta tarkempaan käsittelyyn. Toimintaohjeissa on määritelty kriteerit, mitä valituksessa tulee olla, jotta se otetaan tarkempaan käsittelyyn. Näitä ovat muun muassa osapuolten identifiointi ja niiden edut kyseisessä asiassa, onko asia todellinen ja perusteltu sekä näyttääkö yrityksen toiminnan ja esiin nostetun asian välillä olevan yhteyttä. Jos kriteerit eivät täyty, yhteyselin tekee päätöksen olla ottamatta valitusta tarkempaan käsittelyyn ja julkaisee päätöksen perusteluineen. Jos kriteerit täyttyvät, yhteyselin ottaa valituksen tarkempaan käsittelyyn. Tarkempaan käsittelyyn ottaminen ei siis vielä tarkoita, että yritys oli rikkonut toimintaohjeita vaan, että kriteerit tarkempaan käsittelyyn ottamiselle täyttyvät.
Tarkemman käsittelyn aluksi yhteyselin tarjoaa osapuolille sovittelua. Jos osapuolet pääsevät sovittelussa yhteisymmärrykseen, yhteyselin julkaisee sovittelun päätteeksi sovittelun tuloksen työ- ja elinkeinoministeriön verkkosivuilla. Jos taas toinen osapuolista tai molemmat kieltäytyvät sovittelusta, yhteyselin voi tutkia valituksen sisällön tarkemmin. Tarkempaa käsittelyä varten yhteyselin voi pyytää lisäselvityksiä osapuolilta sekä tarpeen mukaan muilta asiantuntijoilta. Käsittelyn päätteeksi yhteyselin julkaisee ministeriön verkkosivuilla lopullisen lausunnon. Lausunto voi sisältää suosituksia. Yhteyselin voi myös ottaa kantaa siihen, onko valituksen kohteena ollut yritys noudattanut toimintaohjeita. Suomessa yhteyselin tekee näin.
Yhteyselin ottaa huomioon valituksen käsittelyssä tarpeen suojella liikesalaisuuksia ja muita salassa pidettäviä tietoja.
Yhteyselimen tekee valituskäsittelyn päätteeksi raportin OECD:lle valituksesta ja sen lopputuloksista.