Suodattimen puhtaus on ilmanvaihdon tarkoituksenmukaisen toiminnan kannalta tärkeä. Suodattimet on syytä vaihtaa 2-4 kertaa vuodessa riippuen asuinpaikasta. Erityisesti kevään ja syksyn jälkeen, kun pölyä ja hyönteisiä on ollut paljon ilmassa, on suodatin syytä puhdistaa tai vaihtaa. Varmasti oikeat mitoiltaan ja toiminnaltaan olevat suodattimet kannattaa hankkia suoraan valmistajalta. Ulkoilman suodatuksessa käytetään karkeaa suodatinta G4 (ulkoilmasuodatin) ja F7 (tuloilman suodatin) luokan suodattimella suodatetaan pienhiukkasia, jotka ovat silmille näkymättömiä. Poistoilmansuodatuksessa käytetään karkeaa suodatinta G4. Suodattimet lähtevät pois kevyesti vetämällä. Vain käyttämällä valmistajan alkuperäisiä suodattimia varmistat, että hengitysilma on puhdasta ja ilmanvaihtokone toimii kuten on suunniteltu. Suuressa osassa tarvikesuodattimia löytyy merkittäviä laatuongelmia niiden tiiviydessä ja suodatusominaisuuksissa. Tarvikesuodattimien läpi voi kulkeutua puhaltimeen pölyä, jolloin puhaltimen toiminta häiriintyy ja se saattaa vahingoittua. Vain käyttämällä alkuperäisiä suodattimia ilmanvaihtolaitteissa varmistat, että laitteesi toimii LVI-suunnitelmien ja määräysten mukaisesti. Laitteet on sertifioitu alkuperäisillä suodattimilla ja laitteen hyötysuhde- ja energiatehokkuuslupaukset koskevat vain laitteita, joissa käytetään alkuperäisiä suodattimia. Lisäksi joissakin laitteissa pitää paloturvallisuuden vuoksi käyttää ehdottomasti vain lämmönkestäviä suodattimia ainakin talvikaudella, jolloin lämpövastus on paljon päällä ja voi aiheuttaa suodattimien liimojen sulamisen ja pahimmillaan aiheuttaa tulipalon. Laadukkaat alkuperäissuodattimet tuovat myös kustannussäästöjä, sillä niiden vaihtoväli on pidempi kuin tarvikesuodattimien. Laitteeseen tarkoitetut suodattimet vähentävät ilmanvaihtokanaviston puhdistuksen tarvetta.