Minecraft-tiedosto ei sisällä viruksia tai haittaohjelmia. Minecraftiin on kuitenkin saatavilla käyttäjien luomaa sisältöä, kuten skinejä ja modeja, joilla voi parantaa pelikokemusta. Nämä tiedostot saattavat sisältää haittaohjelmia. Tämän vuoksi on suositeltavaa tarkistaa tiedostot virustentorjuntaohjelmalla ennen niiden lataamista tietokoneelle.