Kuten kaikissa laitteissa, myös älytermostaateissa on omat ongelmakohtansa. Ensinnäkin ne maksavat ostohetkellä varsin paljon, vaikkakin tarjolla on myös erilaisia budjettimalleja. Lisäksi se, miten nopeasti älytermostaatti maksaa itsensä takaisin, riippuu tilasta sekä lämmitystarpeesta. Erityisesti ammattilaiselta hankittu asennus kun saattaa nostaa aloituskuluja selvästi.