Tuotteesta riippuen sijoitusobligaatioista voidaan periä merkintäpalkkio, joka on yleensä prosentti nimellisarvosta. Tämän lisäksi sijoitusobligaation merkintähintaan sisältyy strukturointikustannus, josta katetaan tuotteen kehittämiseen, myyntiin, selvittämiseen, säilytykseen ja jälkimarkkinapalveluun liittyvät kustannukset. Strukturointikustannuksen sisältyminen merkintähintaan tarkoittaa, ettei sitä vähennetä eräpäivänä maksettavasta tuotosta tai eräpäivänä maksettavasta nimellispääomasta. Strukturointikustannus vaihtelee sijoitusobligaatioissa, ja se on ilmoitettu kunkin tuotteen markkinointimateriaalissa. S-Sijoitusobligaatioiden säilytys S-Pankissa on ilmaista.