Tietoturva on tärkeä seikka kaikissa CMS-järjestelmissä. Headless CMS -järjestelmät tarjoavat yleensä vankat tietoturvaominaisuudet, kuten tunnistautumisen, pääsynvalvonnan, salauksen ja tietosuojasäännösten noudattamisen. On erittäin tärkeää valita luotettava CMS-palveluntarjoaja, ottaa käyttöön parhaat tietoturvakäytännöt ja päivittää ja valvoa järjestelmää säännöllisesti.