با توجه به این که لیزر CO2 فرکشنال باعث وارد شدن حرارت داخل پوست می‌شود، امکان دارد کمی قرمزی یا ورم در ناحیه تحت درمان ایجاد شود. در برخی از موارد نیز ممکن است مقداری درد یا دَلمه ایجاد شود.
-به ندرت امکان دارد عوارض زیر پس از لیزر فرکشنال ایجاد شوند:اریتماسرخ شدن پوست برای مدت طولانی -تیرگی پوست -عفونت