در زمانی که جراحی مجدد ریشه و عصب‌کشی صورت می‌گیرد، نمی‌توان از جراحی اندودنتیک استفاده نمود زیرا که این جراحی به عنوان یک درمان ثانویه، سلامت دندان را تضمین نمی‌کند. در برخی موارد نیز شرایط بدنی بیمار، اجازه انجام عمل جراحی را به دندانپزشک نمی‌دهد و همچنین اگر موضع جراحی، حاوی رگ‌ها و عصب‌های حیاتی باشد، جراحی توصیه نمی‌شود.