با توجه به اهمیت بسیار زیاد واحد‌های تولیدی و در راستای حمایت از واحد‌های مشغول در این صنف، معافیت‌ها و مشوق‌های زیادی در نظر گرفته شده‌اند. تخفیف در نرخ مالیاتی با افزایش درآمد نسبت به سال مالیاتی گذشته به ازای هر 10 درصد رشد درآمدی نسبت به سال گذشته، واحد تولیدی 1 درصد تخفیف در نرخ مالیاتی خود دریافت می‌کند. سقف استفاده از این تخفیف 5 درصد تخفیف از نرخ مالیاتی است. بخشش مالیات با در نظر گیری هزینه‌های پژوهشی اگر واحد تولیدی هزینه‌هایی برای پروژهش به دانشگاه‌ها و یا مراکز تحقیقاتی دارای پروانه پرداخت کند، به همین مقدار و تا سقف 10 درصد با رعایت شرایط لازمه، می‌تواند مشمول تخفیف مالیاتی شود. تخفیف 100 درصدی برای کالا‌های صادراتی تمام مالیات برای کالا‌های غیر نفتی که صادرات می‌شوند با نرخ صفر محاسبه شده و عملا معافیت کامل مالیاتی برای صادر کنندگان وجود دارد.(درصورتیکه تولید کننده محصول تولیدی خود را صادر نموده و به مشتری خارجی به فروش رساند) معافیت‌های مربوط به شرکت‌هایی که سهامشان در بازار‌های بورس قابل معامله است. شرکت‌ها با شرایط زیر به مقدار اعلام شده مشمول معافیت مالیاتی می‌شوند: کالاهای خود را در بازار بورس کالا به فروش می‌رسانند: 10% سهام آنها در بازار بورس اوراق بهادار قابل معامله است: 10% سهام آنها در بازار‌هایی غیر از بازار بورس قابل معامله است: 5% معافیت‌های مربوط به سود سپرده‌ها و سود اوراق مشارکت تمام سود و جوایز مربوط به اوراق مشارکت و همچنین سود‌هایی که از طریق حساب‌های در نزد بانک‌ها متوجه واحد‌های تولیدی می‌شود مشمول معافیت مالیاتی است. (سود سپرده بانکی برای اشخاص حقوقی مشمول مالیات می باشد) جایزه خوش حسابی پرداخت مالیات در صورتی که در 3 سال متوالی واحد تولیدی ترازنامه، حساب سود و زیان و دفاتر قانونی خود را صحت کامل ارسال کرده و این صحت توسط سازمان امور مالیاتی تایید شود، همچنین پرداخت مالیات آنها بدون مراجعه به شوری‌های حل اختلاف انجام شود، مشمول جایزه خوش حسابی خواهد شد. 5 درصد از مقدار اصل مالیات در این سه سال، از مالیات مشخص شده در سال چهارم منظور شده و از مالیات مودی کسر خواهد شد. معافیت شرکت‌های دانش‌بنیان شرکت‌های دانش بنیان نوع اول به مدت 15 سال معاف از پرداخت مالیات هستند. معافیت مربوط به شرکت‌های تولیدی در مناطق آزاد تجاری و صنعتی این معافیت برای مالیات بر درآمد و دارایی موضوع قانون مالیات‌های مستقیم در نظر گرفته شده است. واحد تولیدی که در این مناطق مشغول به فعالیت است به مدت 20 سال از پرداخت این مالیات‌ها معاف است. بخشش یا معافیت از پرداخت 80 درصد جرائم مالیاتی اگر واحد تولیدی در زمان مقرر تکالیف مالیاتی خودش را رعایت کرده باشد (از جمله ارائه اظهارنامه، صورت سود و زیان، ترازنامه و پرداخت مالیات بر اساس برگ تشخیص یا اظهارنامه و…)، در صورتی که مشمول جرائم مالیاتی شود، تا 80 درصد مشمول معافیت مالیاتی می‌شود.(البته بر اساس بخشنامه های صادره در هر دوره این بخشش متفاوت می باشد)