مصرف کولین در دوران بارداری بسیار مهم است، زیرا کمبود آن ممکن است خطر نقص لوله عصبی در جنین و سایر عوارض بارداری، از جمله: پره اکلامپسی، شکاف لب، هیپوسپادیاس، نقایص قلبی، زایمان زودرس و وزن کم هنگام تولد را افزایش دهد.
در یک مطالعه پزشکی مشخص شد زنانی که در دوران بارداری به میزان بیشتری از این ریزمغذی مصرف کرده بودند، در مقایسه با زنانی که مصرف آن‌ها بسیار کم بود، 51 درصد کمتر در معرض خطر نقص لوله عصبی جنین قرار داشتند. همچنین، یک مطالعه مشاهده‌ای دیگر اذعان داشت که زنان باردار با کمترین میزان مصرف، بیش از دو برابر بیشتر احتمال دارد که نوزادانی با نقص لوله عصبی داشته باشند.