از آنجا که تتو کردن به شکستن سد پوست نیاز دارد، تتو کردن خطرات سلامتی از جمله عفونت و واکنش‌های آلرژیک را به همراه دارد. خال‌کوبی‌های مدرن با رعایت موارد بهداشتی جهانی در کار با وسایل یکبار مصرف و ضدعفونی تجهیزات بعد از هر بار استفاده خطرات را کاهش می‌دهد. از سال 2009 (در ایالات متحده) هیچ موردی از ویروس HIV ناشی از تتو کردن گزارش نشده است.
در خال‌کوبی‌های آماتور، مانند مواردی که در زندان‌ها انجام می‌شود، خطر ابتلا به عفونت زیاد است. عفونت‌هایی که از لحاظ نظری با استفاده از تجهیزات تتو یا جوهر آلوده قابل انتقال هستند شامل عفونت‌های سطحی پوست عفونت‌های قارچی، برخی از انواع هپاتیت، ویروس تبخال، HIV، کزاز و سل است.
جوهر‌های تتو از نظر بافت شناختی آسیبی به پوست وارد نمی‌کنند. با این حال، موارد واکنش آلرژیک به جوهرهای تتو، به ویژه رنگ‌های خاص، از نظر پزشکی مستند شده‌اند. این گاهی اوقات به دلیل وجود نیکل در یک رنگدانه جوهر است که باعث ایجاد حساسیت به فلز می‌شود. گاهی اوقات، هنگامی که یک رگ خونی در طی عمل خال‌کوبی سوراخ می‌شود، ممکن است یک کبودی یا هماتوم ظاهر شود. در عین حال، تعدادی از جوهرهای تتو ممکن است حاوی مواد خطرناک باشد و پیشنهادی توسط آژانس مواد شیمیایی اروپا (ECHA) ارائه شده است تا محدودیت مصرف عمدی یا حد غلظت تقریبا 4000 ماده موجود در جوهرهای تتو را محدود کنند.
هنرمندان تتوکار معمولاً برای جلوگیری از محو شدن خال‌کوبی و حفظ یکپارچگی پوست، محافظت در برابر آفتاب از پوست را توصیه می‌کنند تا تتو کردن در آینده آسان‌تر شود.