وجه تسمیه کویر کاراکال به گربه‌سانی به نام کاراکال برمی‌گردد. این گربه‌سان که در زبان فارسی به نام‌های سیاه‌گوش و منگوله‌گوش نیز شناخته می‌شود، از قدیم‌الایام در این منطقه زندگی می‌کرده است. نام کاراکال برگرفته از واژه‌ای ترکی به معنی گوش سیاه است و به گوش‌های سیاه و نوک‌تیز این گربه‌سان اشاره دارد.