درمان بیماری کرون بسته به اینکه چه چیزی باعث ایجاد علائم شده و این علائم تا چه حد شدید می‌باشند، در افراد مختلف متفاوت است. در کودکان، هدف از درمان، افزایش زمان بین تشدید علائم، حفظ دوره‌ی بهبودی و مدیریت هر گونه عوارض بیماری کرون در طول زمان است. پززشک شما ممکن است یک یا چند مورد از این درمان‌ها را برای بیماری کرون توصیه کند:
آنتی بیوتیک‌ها: آنتی بیوتیک‌ها می‌توانند از عفونت پیشگیری کرده و آن را درمان کنند. عفونت‌های شدید می‌توانند منجر به آبسه یا فیستول شوند.
داروهای ضد اسهال: داروهای تجویزی مانند لوپرامید می‌توانند اسهال شدید را متوقف کنند.
بیولوژیک ها: این داروها شامل آنتی بادی‌های مونوکلونال برای سرکوب پاسخ ایمنی هستند.
استراحت روده: برای اینکه روده‌های شما فرصتی برای بهبودی داشته باشند، ممکن است پزشکتان توصیه کند برای چند روز یا بیشتر بدون غذا یا نوشیدنی بمانید. برای دریافت تغذیه مورد نیاز، ممکن است تغذیه داخل وریدی (تزریقی) دریافت کنید. در این مدت فقط مایعات تجویز شده بنوشید یا لوله تغذیه داشته باشید.
کورتیکواستروئیدها: کورتیزون، پردنیزون و سایر کورتیکواستروئیدها، التهاب ناشی از بیماری خودایمنی را کاهش می‌دهند.
تعدیل کننده‌های ایمنی: این داروها با سرکوب سیستم ایمنی بیش فعال، التهاب را آرام می‌کنند. این داروها شامل آزاتیوپرین و سیکلوسپورین هستند.
جراحی: جراحی بیماری کرون را درمان نمی کند، اما می‌تواند عوارض آن را درمان نماید. ممکن است برای اصلاح سوراخ‌های روده، انسداد یا خونریزی نیاز به جراحی داشته باشید.
رژیم غذایی: غذا باعث ایجاد بیماری کرون نمی شود، اما می‌تواند باعث عود بیماری شود. بنابراین بیماران کرون باید رژیم غذایی خاصی را رعایت نمایند. البته رژیم غذایی بسته به نوع و شدت بیماری در افراد مختلف متفاوت است. برخی از افراد به رژیم غذایی با فیبر و پروتئین بالا نیاز دارند. برای دیگران، وجود باقیمانده‌ی مواد غذایی از غذاهای حاوی فیبر بالا مانند میوه‌ها و سبزیجات در روده ممکن است دستگاه گوارش را تحریک کند. در این صورت ممکن است لازم باشد تا از یک رژیم غذایی با پسماند کم استفاده کنید.
درمان‌های طبیعی زیر نیز برای بیماران مبتلا به کرون مفید تلقی می‌شوند: استفاده از پروبیوتیک ها، پری بیوتیک ها، روغن ماهی، مکمل ها، آلوئه ورا و طب سوزنی.