R امکانات برنامه نویسی شی گرا قوی تر از SPSS دارد در حالی که رابط کاربری گرافیکی SPSS با استفاده از زبان جاوا نوشته شده است. این عمدتا برای تجزیه و تحلیل تعاملی و آماری استفاده می شود. … از سوی دیگر ، درختان تصمیم گیری در IBM SPSS بهتر از R هستند زیرا R بسیاری از الگوریتم های درخت را ارائه نمی دهد.