این نرم افزار ها محیطی کاملا ایزوله را برای اجرای برنامه ها فراهم می آورد امکان ویروسی شدن بسیار کم است. ولی در صورتی که خود برنامه کانتینر و ماشین مجازی بر پایه نفوذ و ویروس و یا تروجان نوشته شده باشد این مورد دور از انتظار نمی باشد. لازم به ذکر است یکی از مهمترین و سخت ترین ویروس هایی که در تمام سیستم عامل ها قابلیت اجرا و نفوذ دارند توسط این برنامه ها اجرا می شوند.