کودهای ارگانیک کودهایی طبیعی هستند که از باقی‎مانده گیاهان، فضولات حیوانات و سایر مواد طبیعی دیگر تشکیل می‌شوند. در حالی کودهای شیمیایی، مصنوعی هستند و به مواد معدنی و مواد شیمیایی مصنوعی وابسته هستند.
کودهای ارگانیک از کود گاوی، کمپوست زیستی و… تولید شده است. در حالی که کود شیمیایی از استخراج خاک و ریز مغذی‎ها تولید می‏شود.
کودهای ارگانیک از میکروارگانیسم‏ها برای آزادسازی مواد مغذی استفاده می‏کنند و خطر سمیت شیمیایی کمتری دارند. در صورتی‌که کودهای معدنی در مقادیر بیش از حد، خطر سمیت شیمیایی بالایی دارند.