قطعا اعتبار دانشگاه غیر انتفاعی به اندازه دانشگاه های دولتی نیست. اما به دلیل وابستگی دانشگاه غیرانتفاعی به وزارت علوم، اعتبار مدرک این دانشگاه به میزان اعتبارسنجی وزارت علوم وابسته است.