اولتراسوندتراپی نبایستی در افراد دارای کاهش میزان رفلکس واکنش استفاده شود. همچنین از به کار بردن این روش در قسمت‌هایی از بدن با کاهش قابل توجه حساسیت به درد یا حرارت بایستی خودداری شود.
افراد باردار با احتمال قرارگیری جنین در معرض انرژی اولتراسوند نباید از این روش درمانی استفاده کنند. جنین در طول دوره اندام‌زایی در سه ماه اول بارداری در معرض حرارت بیش از حد ناشی از اولتراسوندتراپی قرار دارد.اولتراسوندتراپی نبایستی در ناحیه چشم مورد استفاده قرار گیرد چرا که عدسی چشم دارای قابلیت دفع حرارت محدود و ضریب جذب نسبتاً بالایی می‌باشد. همچنین اولتراسوند نباید در هر قسمت از بدن که دارای کاهش قابل توجه جریان خون می‌باشد استفاده شود مگر با استفاده از مقادیر کم انرژی اولتراسوند که احتمال بهبود زخم وجود دارد.