برای این که بازدهی پنبه افزایش یابد می بایست کود مناسب خاک و آب و هوای حاکم بر منطقه مورد استفاده قرار گیرد. استفاده از کودهای حیوانی یکی از بهترین روش برای افزایش کیفیت این محصول به شمار می رود. به عنوان مثال پنبه نسبت به شوری خاک حساس بوده و وجود نمک در خاک می تواند باعث افت کیفیت این محصول شود.