برای استفاده از سرور مجازی، معمولاً سیستم عامل‌های لینوکس و ویندوز محبوب هستند. انتخاب بین این دو بستگی به نیازها و ترجیحات شما دارد.با توجه به نیازهای شما، اگر برنامه‌هایی که توسعه می‌دهید بر روی پلتفرم ویندوزی اجرا می‌شوند، پیشنهاد می‌شود از سیستم عامل ویندوز سرور استفاده کنید. در غیر اینصورت، سیستم عامل لینوکس مناسبتر خواهد بود.