تفاوت اصلی بین کود شیمیایی و کود آلی در مورد منشأ مواد استفاده شده برای تهیه آنها است. کود شیمیایی از ترکیبات شیمیایی تهیه می‌شود، در حالی که کود آلی از مواد طبیعی مانند کود حیوانی، کود گیاهی، کمپوست، خاک، بقایا و غیره به دست می‌آید. همچنین، کود آلی بیشتر باعث افزایش بافت خاک و بیودیورسیتی خاک می‌شود، در حالی که کود شیمیایی ممکن است باعث خشک شدن خاک و کاهش بافت خاک شود.