دانشکده ها دانشگاه پزشکی هایدلبرگ شامل  دانشکده علوم رفتاری و علوم تجربی فرهنگی ، دانشکده علوم زیستی ، دانشکده شیمی و علوم زمین ، دانشکده حقوق ، دانشکده ریاضیات و علوم کامپیوتر ، دانشکده پزشکی ، دانشکده پزشکی در مانهایم ، دانشکده زبانهای مدرن ، دانشکده فلسفه و تاریخ ، دانشکده فیزیک و نجوم ، دانشکده الهیات و دانشکده اقتصاد و علوم اجتماعی می باشد.