در بررسی پپتید چیست اولین پرسشی که به ذهن می‌رسد این است که چه تفاوتی بین پلی‌پپتید و پروتئین وجود دارد. پلی‌پپتید و پروتئین هر دو درشت‌مولکول‌های زیستی هستند که از کنار هم قرار آمینواسیدها به وجود می‌آیند. تفاوت اصلی این دو پلیمر در وزن مولکولی و تعداد زنجیره آن‌ها است.