اساس تعیین قیمت تخلیه چاه، نرخ اعلامی اتحادیه است که سالانه اعلام می‌شود. اما درحالت کلی عوامل موثر بر قیمت تخلیه چاه عبارت‌اند از میزان حجم فاضلاب و قیمت ماشین تخلیه چاه و تجهیزاتی که برای تخلیه مورد استفاده قرار می‌گیرد.