مرگ مغزی با اغما (یا همان کما) دو تفاوت عمده دارد:
۱- تفاوت مرگ مغزی و اغما آن است که اغما به معنی کاهش اعمال مغز است، ولی مرگ مغزی، از کار افتادن کامل سلول های مغزی و فقدان برگشت ناپذیر مغز است.
۲- در کما ممکن است فرد برای مدت طولانی زنده بماند یا به اصطلاح زندگی نباتی پیدا کند. ولی در مرگ مغزی، قلب فرد حتما بعد از چند ساعت یا نهایتا چند روز متوقف خواهد شد.