اولین چالش مدیریت منابع انسانی، تغییر کردن قوانین کار و بیمه است. این واحد سازمانی همچنین باید با سرعت بالای رشد کسب‌وکار خود هماهنگ شود. چرا که کسب‌وکارهای نوپا خیلی سریع رشد کرده و نیازهای تازه‌ای پیدا می‌کنند.از دیگر چالش‌های مدیریت منابع انسانی می‌توان به تعیین حقوق و مزایا، جذب برگ برنده‌ها و ایجاد انگیزه اشاره کرد.