یکی از چالش‌های اساسی در جستجوی موتورهای جستجو پیچیدگی دسته‌بندی محتوا است. باتوجه‌به حجم بزرگ اطلاعات موجود در وب، نیاز به دسته‌بندی و مرتب‌سازی به‌صورت هوشمندانه و مؤثر احساس می‌شود. چالش دیگر در جستجوی موتورهای جستجو برقراری تعادل بین دقت و سرعت است.