درخت مرکل در فرآیند ماینینگ یا استخراج و فرآیند اعتبارسنجی کاربرد دارد. همچنین درخت مرکل علاوه بر شبکه بلاک چین، در حوزه‌های دیگر نیز کاربرد دارد. کاربردهای مرکل تری در حوزه غیر بلاک چینی شامل گیت، سیستم IPFS، تکثیر داده و گواهی‌های قابل تایید می شود.