قره کلیسا دو حیاط شرقی و غربی و ۴۷ اتاق دارد که به راهبان، طلبه‌ها، محققان و نویسندگان، نگهبانان کلیسا و کتابخانه آن تعلق داشته است. علاوه بر آن زیرزمین کوچکی نیز در زیر اتاق‌ها قرار دارد و فضاهای کوچکی نظیر ناهارخوری، آشپزخانه، آسیاب، عصارخانه، دخمه‌ای برای نگهداری غذا و فضاهای دیگری در حیاط جانبی غربی است.