این موزه بخش‌های مختلفی دارد که از مهم‌ترین آن‌ها می‌توان به فضای سبز، نگارخانه، سالن آمفی تئاتر و ۴۲ غرفه از اسناد و عکس‌های معرف نقش استان مرکزی در هشت سال دفاع مقدس اشاره کرد. کانال ارتباطی فکه و شلمچه و بخش یادمان شهدا نیز از دیگر بخش‌های مهم و دیدنی باغ موزه دفاع مقدس اراک شمرده می‌شوند.