عفونت باکتریایی یا ویروسی (آنفولانزای معده) می تواند روده ها را تحریک کرده و منجر به التهاب شود. نتیجه آن افزایش مخاط در مدفوع نوزاد است.
علائم دیگر که می تواند نشان دهنده عفونت باشد شامل تب و تحریک پذیری است. نوزادان مبتلا به عفونت ممکن است مدفوع سبز نیز داشته باشند. حتی ممکن است مقداری خون در موارد تحریک شدید وجود داشته باشد. در عفونت باکتریایی، اغلب خون همراه با مخاط در مدفوع وجود دارد.