در حال حاضر کارمزد یا هزینه معامله در نوبیتکس از ۰.۳۵ تا ۰.۲ درصد بر حسب حجم معاملات کاربر در سی روز گذشته محاسبه می‌شود. به دلیل عدم وجود قانون در زمینه تبادل ارزهای دیجیتال در ایران، در حال حاضر هیچ‌گونه هزینه اضافی اعم از مالیات و … متوجه کاربران این برنامه نخواهد بود.