در معده پس از ورود غذای حاوی پروتئین، شیره معده ترشح می‌شود. شیره معده حاوی اسید معده و آنزیم‌های گوارشی است. یکی از آنزیم‌های گوارشی موجود در شیره معده برای گوارش پروتئین، آنزیم پپسین است که می‌تواند پروتئین‌ها را به پپتیدهای کوچکتر تجزیه کند. آنزیم پپسین به شکل غیرفعال پپسینوژن توسط سلول‌های اصلی معده ترشح می‌شود و پس از قرار گرفتن در اسید معده به شکل فعال پپسین تبدیل می‌شود.