لایه برداری پوست به روش میکرودرم موارد منع استفاده‌ی نادری دارد و معمولا همه‌ی افراد در سنین مختلف می‌توانند از آن بهره‌مند شوند. اما در عین حال میکرودرم برای برخی مشکلات پوستی مانند پسوریازیس ممکن است مشکلاتی ایجاد کند. زگیل یا طبخال در صورت نیز باید پیش از میکرودرم درمان شود. همچنین افرادی که کمتر از ۲ماه قبل در صورت جراحی داشته‌اند یا در حال رادیوتراپی گردن هستند از لایه برداری پوست با دستگاه میکرودرم منع می‌شوند.