شهریه دانشگاه استنفورد به دلیل وضعیت آن به عنوان یک موسسه خصوصی نخبه پرور نسبتا بالا است. در حال حاضر ، میانگین شهریه این دانشگاه ۵۳.۵۲۹ دلار در سال است. میانگین شهریه کالج های چهار ساله خصوصی که توسط هیئت مدیره کالج گزارش شده است ، ۳۲۴۱۰ دلار بوده که در مقایسه با هزینه تحصیل در سایر کالج های ایالت متحده آمریکا، دانشگاه استانفورد حدودا ۲۰۰۰۰ دلار بیشتر است.
با وجود شهریه های بالا، استنفورد سیاست هایی را در راستای کمک مالی به دانشجویان دارد. در گام اول این دانشگاه در پروسه پذیرش دانشجویان اصلا توانایی مالی و پرداخت شهریه را به عنوان ملاک اخذ پذیرش آنان در نظر نمیگیرد. بنابراین اخذ پذیرش تنها با ملاک هایی نظیر سطح علمی بالا و سابقه پژوهشی دانشجو ارزیابی شده و عادلانه خواهد بود.