کولونوسکوپی یک روش بی خطر است. اما گاهی اوقات می تواند باعث خونریزی شدید، پارگی روده بزرگ، التهاب یا عفونت کیسه های روده بزرگ به نام دیورتیکولیت، درد شدید شکم و مشکلات در افراد مبتلا به بیماری قلبی یا عروقی شود.