مهم ترین تفاوت در نرم افزار تحت وب با نرم افزار ویندوزی در این است که آن ها به صورت آنلاین بوده و توسط مرورگر ها در سیستم های مختلف قابل دسترسی هستند که موجب یکپارچه اطلاعات در تمامی دستگاه ها و در دسترس بودن در همه جا می شود.