لت اصلی تلخ شدن پنیر، واکنش‌های بیولوژیکی است که در درون پنیر اتفاق می‌افتد. این واکنش‌ها  مستقیماً با نوع روش پختن و فرآوری پنیر، نوع محیطی که پنیر در آن ذخیره و نگهداری می‌شود، یا نوع باکتری‌ها و قارچ‌هایی که در آن رشد می‌کنند، مربوط می‌شود.