اطلاعات جامعی در این مورد وجود ندارد چرا که در بعضی از مطالعات امکان نقص مادر زادی نوزاد 4 تا 5 درصد و در بعضی دیگر 3 درصد می باشد. در دیگر مطالعات نیز بیان شده نقص مادر زادی هیچ ارتباطی با این روش ندارد و به ویژگی های خود فرد مربوط می باشد. در حالت کلی امکان نقص مادرزادی جنین در این روش بسیار کم می باشد. ولی به منظور اطمینان  قبل از انجام IVF می توان با انجام آزمایشات ژنتیک از سالم بودم جنین مطمئن شد.