بزرگترین مشکل در اجرای موفق CRO نداشتن استراتژی ثابت است. بدون فرآیندی حساب شده، کسب و کارها تاثیر فعالیت های CRO خود را بسیار کم می کنند. ، اغلب کسب و کارها به CRO اهمیت کمی می دهند چون CRO مستقیما در جذب کاربر به سایت دخیل نیست. اکثر شرکت ها حتی بودجه اختصاصی برای CRO ندارند! این بدین معناست که CRO اغلب یک فکر ثانویه است، درحالی که باید در مرکز توجه تیم های خوب بازاریابی باشد.سایر مشکلات عبارت اند از:کمبود بودجه: راه اندازی و استخدام تیم داخلی برای بهینه سازی نرخ تبدیل بسیار پرهزینه است. و نیازی به گفتن نیست که خود فرآیند استخدام بسیار وقت گیر هزینه بر است.کمبود افراد با تجربه و استعداد: فهمیدن اینکه چه چیزی باید آزمایش شود و تکرارهای بیشتر، نیازمند تحلیل دقیق آماری و تجربه است. متاسفانه در فضای کسب و کار ایران افراد کمی را داریم که به دنبال دانش CRO رفته اند و معدود افراد با تخصص و تجربه در کسب و کارهای بزرگ جذب شده اند.درک فرایند CRO چیزی فراتر از بررسی مطالعات موردی و انتخاب عناصر تصادفی برای تست و تغییر است.عوامل محرک: از آنجایی که این فرایند نسبتا جدید است، تمام بازاریاب ها ارزش حقیقی که آزمایش به ارمغان می آورد را درک نمی کنند و گاهی عوامل محرک می توانند مانع پیشرفت ما شوند.