اصلی‌ترین تفاوت اتانول و متانول در فرمول شیمیایی آن‌ها است که سایر خواص آن دو را تشکیل می‌دهد. متانول حاوی گروه متیل در ساختار و ترکیبات خود بوده، در حالی که اتانول دارای گروه اتیل در اسکلت ساختاری خود می‌باشد.