همان طور که پیش تر نیز مطرح شد FPGA را تجهیزاتی ما بین میکروکنترلر ها و مدار الکترونیکی در نظر می گیرند. حال آن که تفاوت میکروکنترلر ها و FPGA چیست؟ همان گونه که مستحضر هستید میکروکنترلر ها توانایی اجرای چند برنامه را به صورت همزمان را ندارند و از این نظر FPGA ها به عنوان قطعات اولویت می باشند. به عبارتی دیگر قطعات FPGA توانایی اجرای چندین برنامه را به طور همزمان و موازی دارند. یکی دیگر از مواردی که تفاوت میکروکنترلر و fpga را نشان می دهد سرعت بالا و قابل توجه آن ها در اجرای عملیات های متنوع می باشد.