ژنتیک عامل اصلی ابتلا نوزاد به این عارضه است اما مواردی مانند کمبود ویتامین (اسید فولیک)، چاقی مادر، استعمال دخانیات یا الکل در دوران بارداری و قرار گرفتن در معرض ویروس‌ها یا مواد شیمیایی در زمانی که کودک در رحم است می‌تواند در لب شکری شدن نوزاد مؤثر باشد.