چند عارضه جانبی موقتی وجود دارد که باید هنگام استفاده از میکرونیدلینگ از آن آگاه باشید. این روش درمانی باعث تورم کوتاه مدت، قرمزی و پوسته پوسته شدن پوست می‌شود که می‌تواند چند روز ادامه داشته باشد. بیشتر افراد می‌توانند یک روز پس از درمان آرایش کنند. پوست بعد از درمان به آفتاب حساس خواهد بود، بنابراین استفاده از ضد آفتاب نیز توصیه می‌شود.
میکرونیدلینگ ممکن است آکنه‌های فعال را بدتر کند، بنابراین افرادی که آکنه‌های التهابی فعال یا تبخال دارند تا زمان پاک شدن ضایعات نباید با میکرونیدلینگ تحت درمان قرار گیرند. برای کسانی که سابقه تبخال دارند ممکن است یک هفته پس از درمان، یک داروی ضد ویروسی تجویز شود، زیرا این روش ممکن است باعث ایجاد سرماخوردگی جدید شود.