بهترین و اثربخش‌ترین راه برای پیشگیری همه افراد از ابتلا به زگیل تناسلی، تزریق واکسن HPV است. این واکسن بهترین فرصت برای محافظت از زن، مرد و حتی جنین درون شکم مادر در برابر عفونت HPV و سبوی‌های مختلف آن است. تحقیقات مختلف اثربخشی واکسن‌های HPV را تایید کرده‌اند.