ام آر اس مغز مانند ام آر آی مغز یک روش بسیار ایمن است. زیرا هیچ خطر سلامتی شناخته‌شده‌ای در ارتباط با تماس با میدان مغناطیسی یا امواج رادیویی وجود ندارد.