آب سیستم های خنک کننده به منظور جلوگیری از تشکیل رسوب و خوردگی و همینطور جلوگیری از پدیده فولینگ که عامل فراهم آمدن محیطی مناسب برای رشد و تکثیر باکتری های خطرناک است تصفیه می شود.