از شایع ترین و مهم ترین تفاوت میان افراز و تفکیک در خصوص مشاع و غیر مشاع بودن املاک می‌باشد. افراز فقط در مورد ملک مشاع کاربرد دارد ولی تفکیک هم در اموال مشاع و هم غیر مشاع، کاربرد قابل توجهی دارد‌.
۲. حالت اشاعه بعد از افراز از بین می‌رود، پس درنتیجه شراکت برهم میخورد. ولی بعد از تفکیک در املاک مشاع، حالت اشاعه همچنان جریان دارد.
۳. در تفکیک تعیین تکلیف نهایی در اداره ثبت و افراز در دادگاه صورت می‌گیرد.( مرجع درخواست افراز، هم در دادگاه و هم در اداره ثبت انجام می‌شود ولی در رابطه با تفکیک، تنها در اداره ثبت محل وقوع ملک می‌باشد.)
۴. اگر در بین مالکین مشاع، کودک و یا غایب مفقودالاثر یا به طور جامع، محجور وجود داشته باشد، افراز با حضور نمایندگان در  دادگاه انجام خواهد شد اما در تفکیک به این شکل نمی‌باشد.
۵. تفکیک تنها به تقسیم ملک منجر می‌شود ولی افراز علاوه بر تقسیم ملک، سهام مالکین مشاع را هم مشخص می‌کند و قطعات افراز شده به نسبت سهام مالکین مشاع به آن اختصاص می‌یابد.