قطارهای شرکت ریل ترابر سبا در محورهای مختلفی فعالیت دارند اما در تعدادی از مسیرهای مهم کشور پرترددتر هستند. مشهد، تهران، یزد، اهواز و اصفهان از جمله مسیرهای رفت و برگشتی پرتردد این قطارها هستند. قابل توجه است که این قطارها در مسیرهای بین راهی نیز ایستگاه دارند.