معایب پراکسید هیدروژن شامل موارد زیر می باشد.یک اکسید کننده بسیار قوی است و می تواند با بسیاری از مواد شیمیایی واکنش دهد.در تماس با چشم ، می تواند موجب تحریک آن شود.پراکسید هیدروژن به آرامی به آب و اکسیژن تجزیه می شود.