واکنش زنجیره پلیمراز (RCR) روشی برای تکثیر تعداد زیادی مولکول DNA از نمونه کم DNA یا RNA است. انجام این روش به دو دسته پرایمر (جلو و معکوس) برای شروع همانندسازی نیاز دارد. نرم افزار ژن رانر بر اساس توالی هدف تمام پرایمرهای مناسب را طراحی می‌کند. برای استفاده از این امکان نرم‌افزار از کلید میانبر Ctrl + Shift + P یا مسیر Analysise > Nucleic Acid > PCR primers استفاده کنید.