کولونوسکوپی برای تشخیص بیماری های مثل کولیت روده، هموروئید و شقاق و فیستول آنال مورد استفاده قرار می گیرد. علت هرگونه خونریزی و ترشح از ناحیه مقعد را هم می توان با این تست تشخیص داد.