شغل مهندس مجری ساختمان یک شغل پرچالش و پرمخاطره است که نیازمند داشتن تخصص، تجربه و شجاعت است. بین چالش های این شغل می‌توان به برخورد با شرایط پیچیده و متفاوت پروژه های ساختمانی، مدیریت منابع و زمان، کنترل کیفیت ساخت، مواجه شدن با مشکلات فنی و ساختاری در حین ساخت، ارتباط با مشتریان و پیمانکاران، مسئولیت قانونی و مسئولیت اجتماعی اشاره کرد. بنابراین، مهمترین چالش این شغل این است که مهندسان مجری باید توانایی مدیریت همه این عوامل را داشته باشند تا پروژه های ساختمانی با کیفیت و به موقع تحویل داده شوند.