هر نوع عمل جراحی از جمله عمل دیسک کمر دارای خطرات احتمالی می‌باشد. ماهیت عمل دیسک کمر باعث می‌شود که خطرات ناشی از این روش جراحی در مقایسه با سایر روش‌های جراحی افزایش پیدا کند. عمل دیسک کمر در اطراف قسمت‌های حساس در ستون فقرات و طناب نخاعی انجام می‌شود. خطرات ناشی از بروز مشکلات در زمان عمل دیسک کمر شامل فلج یا عفونت نخاعی می‌باشند.