زمانی که روند درمانی تیروئید چشمی به تاخیر بیفتد، عوارضی را برای فرد به همراه خواهد داشت. بروز این عوارض در افراد سیگاری، سالمند، دیابتی به نسبت سایر فراد بسیار بیشتر است. از جمله عوارض ناشی از این بیماری به شرح زیر می باشد: - آسیب دیدگی قرنیه - دوبینی - ایجاد ظاهری نامناسب در چشم - آسیب دیدگی عصب چشم علاوه بر تمامی موارد گفته شده روش های درمانی نیز عوارضی را به همراه دارد که شامل دوبینی، از دست دادن بینایی و عوارض ناشی از دارو می باشد.