زمان انجام لیزر فیستول مقعدی حدودا 30 دقیقه است و مثل یک چرت کوتاه می ماند. شما حتی آمپولی که متخصص بیهوشی برای بی حس کردن نیمه پایینی بدن شما استفاده می کند را حس نخواهید کرد زیرا قبل از تزریق بی حسی موضعی بر روی ناحیه مالیده می شود تا بیمار دچار استرس نشود. بعد از آن نیز متوجه اقدامات متخصص جراحی و لیزر خود نمی شوید. هر چند که کاملا آگاه و هوشیار هستید و می توانید با پزشک خود گپ بزنید! بعد از لیزر فیستول مقعدی نیز چند ساعت در کلینیک یا بیمارستان می مانید و در نهایت مرخص می شوید. از کلینیک تا منزل روی صندلی عقب دراز می کشید و تا روز بعد در منزل استراحت می کنید. به دلیل مسکن و بی حسی که برای شما تزریق شده است دردی احساس نخواهید کرد. مسکن های تجویز شده را سر وقت مصرف کنید که دچار درد و التهاب نشوید.