محققان نمی‌دانند که بیماری کرون چرا و چگونه ایجاد می‌شود. ممکن است این بیماری از یک واکنش خودایمنی که در آن سیستم ایمنی به اشتباه به سلول‌های سالم حمله می‌کند، ناشی شود.