اکثر بیماران آلوده به ویروس HPV هیچ علامتی ندارند. چنانچه عفونت HPV با علائم همراه باشد، این علائم آن‌قدر خفیف است که ممکن است بیمار حتی متوجه آلوده شدن به ویروس نشود. از جمله علائم عفونت HPV می‌توان به درد، خارش و خونریزی یا به وجود آمدن زگیل تناسلی مشخص اشاره کرد.
علائم احتمالاً دو تا سه ماه بعد از آلوده شدن به ویروس بروز می‌یابد. البته ممکن است علائم سه هفته تا چند سال بعد از عفونت نیز تجربه شود.
زگیل تناسلی مشخص فقط در دوران فعال بودن عفونت ایجاد می‌شود. البته زگیل تناسلی حتی اگر دیده نشود، هم می‌توان ویروس را پخش کند.