تفاوت اصلی بین پلاسما پن و پلاسماجت در نحوه تولید پلاسما و شدت آن است. پلاسماجت معمولا برای درمان‌های عمیق‌تر و موثرتر مورد استفاده قرار می‌گیرد و پلاسما پن برای درمان‌های سطحی‌تر و مناطق حساس‌تر مناسب است.