به طور معمول از ایجاد کیست بارتولن نمی توان جلوگیری کرد اما بهتر است رابطه جنسی ایمن تری داشته باشید به عنوان مثال بهتر است برای ایجاد هر نوع عفونتی از کاندوم استفاده کنید.