تاکنون عوارض خاصی با مصرف مکمل‌های کلاژن گزارش نشده است. به جز اینکه مانند هر داروی دیگری در برخی موارد نادر ممکن است ترکیبات قرص مورد استفاده منجر به ایجاد عوارض گوارشی مانند حالت تهوع، نفخ و سوزش سردل شود.
البته افرادی که به منابع غذایی دریایی آلرژی دارند نیز لازم است از مصرف این مکمل‌ها خودداری کنند.