پری‌بیوتیک‌ها غذاهای بسیار سالمی ‌‌هستند، اما اگر ترکیب مناسبی از باکتری‌ها را برای هضم آن‌ها نداشته باشید، می‌توانند ناراحتی‌های زیادی برای دستگاه گوارش ایجاد کنند؛ بخصوص اگر مشکلاتی مانند سندرم روده تحریک‌پذیر دارید، ممکن است با مصرف غذاهای پری بیوتیک علائم شما بدتر شود و ممکن است با نفخ، یبوست، اسهال و گاز مواجه شوید.
در این حالت می‌توانید از یک متخصص تغذیه کمک بگیرید. یک متخصص علائم شما را بررسی می‌کند و می‌فهمد کدام غذاها باعث ایجاد مشکل در شما می‌شوند. اگر با خوردن پری بیوتیک‌ها دچار مشکل می‌شوید، می‌توانید با یک پروبیوتیک با کیفیت بالا شروع کنید و به آرامی ‌‌پری بیوتیک‌ها را اضافه کنید. اگر رشد بیش از حد باکتری روده کوچک (SIBO) یا عدم تحمل FODMAP دارید، نباید پری بیوتیک مصرف کنید.