مدت زمان مصرف نیتروفورانتوئین با توجه به نوع عفونت (درمان یا پیشگیری)، شدت عفونت و شرایط بیمار توسط پزشک تعیین می‌شود. به طور کلی، برای درمان عفونت‌های ادراری، پزشک معمولاً دوره ۵ تا ۷ روزه را تجویز می‌کند. در موارد پیشگیری، پزشک ممکن است مقدار کمی از نیتروفورانتوئین را به صورت روزانه برای چند ماه تجویز نماید.