سندرم خستگی مزمن (CFS) و فیبرومالژیا از جهات مختلفی به هم شبیه هستند. ممکن است کسی هم به فیبرومالژیا و هم به سندرم خستگی مزمن مبتلا باشد. درد و خستگی از علائم هر دو این بیماری‌ها، CFS و فیبرومالژیا است. اما علامت اصلی فیبرومالژیا درد است، و علامت اصلی سندرم خستگی مزمن خستگی شدیدی است که با خواب و استراحت بهتر نمی‌شود.