شایع‌ترین آفت برای این درخت سوسک‌های ژاپنی هستند. این حشرات می‌توانند ظاهر افرا ژاپنی را در عرض چند هفته از بین ببرند و برگ‌های آن را بجوند. علاوه‌بر سوسک‌های ژاپنی از دیگر آفات افرا ژاپنی می‌توان به شپشک و کنه‌ها اشاره کرد. این آفات ممکن است به این درخت در هر سنی حمله کنند، اما ترجیح می‌دهند به سراغ درخت‌های جوان‌تر بروند.