مدت زمان اخذ مجوز قرنطینه نباتی ممکن است متفاوت باشد. این مدت معمولاً بستگی به نوع کالا، کشور مقصد و مراجع مختص دارد. معمولاً این مدت ممکن است چند هفته تا ماه‌ها باشد.