استفاده از روش‌های بیولوژیک و مدیریت آفات و بیماری‌ها به‌جای استفاده از کشت شیمیایی می‌تواند به حفظ تعادل اکوسیستم و کاهش آلودگی محیط زیست کمک کند. استفاده از حشرات مفید و استفاده از قارچ‌ها و باکتری‌های مفید برای کنترل آفات و بیماری‌ها می‌تواند از استفاده اضافی از سموم شیمیایی جلوگیری کند. با مدیریت آفات و بیماری ها می‌تواند تاثیر کشت برنج بر محیط زیست را از تاثیر منفی به مثبت تبدیل کرد.