اندوکاردیت حاد باکتریایی معمولاً توسط باکتری استافیلوکوکوس اورئوس ایجاد می‌شود و در برخی موارد، سویه‌های باکتریایی بروسلا و لیستریا نیز می‌توانند عامل این بیماری باشند. این نوع اندوکاردیت عفونی، به نسبت سایر اشکال، بیشتر بر دریچه‌های طبیعی قلب تأثیر می‌گذارد.