مهمترین مخاطرات بر اساس ایزو 22000 عبارتند از: \r • بیولوژیکی، \r شیمیایی \r • فیزیکی. \rکه بیشترین نگرانی برای مدیران خدمات غذایی و بازرسان بهداشت و ممیزان استاندارد های غذایی بوجود می آورند. نمونه هایی از مخاطرات بیولوژیکی عبارتند از: باکتری ها، ویروس ها، انگل ها، کپک ها، مخمرها و سموم ایجاد کننده بیماری.