هزینه مشاوره زوج درمانی با توجه به زمان اختصاص داده شده برای هر جلسه و تعداد جلسات مورد نیاز متفاوت است که این موارد با تشخیص مشاور زوج درمانگر و با توجه به مشکل زوجین و شرایط آنها تعیین می گردد. تعرفه مشاوره زوج درمانی به صورت سالیانه توسط سازمان نظام روان شناسی و اداره بهزیستی تعیین می گردد که این تعرفه به مدرک تحصیلی مشاور نیز بستگی دارد.