اگر شقاق مقعدی درمان اصولی و پزشکی شود خطرناک نیست. اما در مواقعی که عارضه دار می شود و عفونی می شود ممکن است مشکلات جدی برای بیمار ایجاد کند و درمان و ترمیم زخم شقاق به تاخیر بیافتد.