علت اختلال بیش فعالی در کودکان عمدتاَ منشا ژنتیکی دارد و میزان ارثی بودن آن حدود 75 درصد است. اصولاَ احتمال بروز آن در دوقلوها خیلی بیشتراست.همچنین در خواهر و برادرها نیز بیشتر از سایرین است. همچنین عوامل مغزی و آسیب به سیستم عصبی کودک و نقص در تکامل سیستم اعصاب نیز می­ تواند از علل بیماری باشد. کودکان مبتلا احتمالاً در قسمت­هایی از مغز که مسئول توجه، تمرکز و تنظیم فعالیت ­های حرکتی است دچار نقائص جزئی هستند.