جراحی آندومتریوز یکی از اصلی‌ترین راه‌های درمان این عارضه است که بر کیفیت و میزان تولید تخمک تاثیر منفی می‌گذارد. امکان بارداری و تخمک گذاری پس از این عمل وجود دارد اما درصد آن کاهش می‌یابد.