این دانشگاه 10 دانشکده مختلف دارد، خود این دانشکده ها به بخش های مختلف تقسیم می شوند که هرکدام بنا به شرایط خود مدرک دانشگاهی اعطا می کنند. برخی از دانشکده های مطرح هاروارد عبارتند از: دانشکده پزشکی، دانشکده الهیات، دانشکده معماری، دانشکده حقوق، دانشکده هنر و علوم، دانشکده علوم و بهداشت و مدرسه جان اف کندی. علاوه بر این ها موسسه ای به نام رادکلیف هم برای مطالعات پیشرفته زیر نظر این دانشگاه مشغول به کار است.