در سطح ایمنی زیستی 3 (BSL-3) کار با عواملی انجام می‌شود که ممکن است از طریق استنشاق یا تشکیل آئروسل باعث ایجاد بیماری شدید یا بالقوه کشنده برای پرسنل شوند و محیط را آلوده کنند. وظایفی که در آزمایشگاه‌های BSL-3 انجام می‌شود شامل عوامل بومی یا عجیب است که احتمال عفونت توسط ذرات معلق در هوا زیاد است و این بیماری ممکن است پیامدهای کشنده‌ای داشته باشد. تلقیح خودکار و بلعیدن، خطرات اولیه‌ برای پرسنلی هستند که در این سطح با این عوامل کار می‌کنند. کار در چنین آزمایشگاهی مستلزم پرسنل آزمایشگاهی با آموزش‌های خاص در زمینه برخورد با عوامل بیماری‌زا و بالقوه کشنده، همراه با دانشمندان ناظر در رسیدگی به عوامل عفونی و روش‌های مرتبط است.