اگر بخواهیم جواب کوتاهی بدهیم، هاست ویندوزی مجهز به سیستم عامل ویندوز و هاست لینوکسی، مجهز به سیستم عامل لینوکس است. پس فرق اصلی در سیستم عامل است. اما در جزئیات هم، کنترل پنل هاست، پایگاه داده، زبان برنامه‌نویسی و وب سروری که هاست ویندوز و لینوکس پشتیبانی می‌کنند متفاوت است.