قرص فلوکونازول برای درمان عفونت‌های قارچی از جمله برفک دهان، برفک واژن و حتی عفونت‌های مغزی نخاعی است. این دارو همچنین برای پیشگیری از عفونت قارچی در افرادی که سیستم ایمنی ضعیفی دارند، تجویز می‌شود.