درد بعد از لیزر فیستول مقعدی بسیار کمتر از دیگر روش های جراحی و درمان فیستول می باشد. زیرا لیزر به عروق و اعصاب بریده شده آسیب نمی رساند. لیزر فیستول مقعدی خاصیت ترمیم کنندگی نیز دارد و همین امر موجب کاهش چشمگیر درد و خونریزی می شود. لیزر فیستول مقعدی بدون بیهوشی و سرپایی بدون احساس درد انجام می شود. بروز بیماری های عفونی و عود فیستول مقعدی بعد از لیزر فیستول نزدیک به صفر است. لیزر مانند کوتر باعث سوختگی و نکروز بافت نمی شود و به اسفنکتر مقعد آسیب نمی زند بنابراین بعد از لیزر فیستول بی اختیاری مدفوع را تجربه نخواهید کرد.