مقاصد پروازهای داخلی فرودگاه بین‌المللی یزد به شهرهای مشهد، تهران، کیش، اهواز، بندرعباس و دیگر شهرهای ایران می‌باشد.
مقاصد پروازهای خارجی فرودگاه شامل: نجف، جده، بغداد، مدینه، دمشق و عتبات عالیات می‌باشند.