پس از مدتی کارکرد، کارایی سیستم اسمزمعکوس تقلیل می یابد. بایستی در فواصل زمانی مشخص، سیستم را تحت عملیات پاک سازی قرار داد.
برای این کار لازم است فرایند تصفیه متوقف شده و محلول پاک کننده نظیر آب خوراک بر روی غشاءها پمپ شود.