بیماری‌هایی که تعادل هورمون‌های زنانه را از بین می‌برند یا روی اندام‌های تولید مثلی تاثیر می‌گذارند، می‌توانند چرخه قاعدگی را مختل کنند. از این بیماری‌ها می‌توان به اختلالات غده تیروئید، سندرم تخمدان پلی‌کیستیک و فیبروئید رحم اشاره کرد.