برای انجام کرایوتراپی در ابتدا پزشک محل زگیل را ضدعفونی می‌کند و سپس با یک تیغ تیز جراحی، قسمت برآمده ی زگیل را برش می‌دهد. سپس نیتروژن مایع روی زگیل اعمال می‌شود تا بافت زگیل را منجمد کند.