مجاری فیستول باید درمان شوند، زیرا به خودی خود بهبود نمی یابند. اگر برای مدت طولانی درمان نشود، خطر ابتلا به سرطان در مجرای فیستول وجود دارد. درمان اکثر فیستول ها ساده است. یا می توان مسیر یا فیستول را باز کرد یا مجرای داخل آن را به طور کامل جدا کرد.