مهمترین حادثه سیاسی دوران جوانی امام خمینی کودتای سوم اسفند 1299 و روی کار آمدن رضا شاه بود. این رویداد با هجوم بی وقفه به نهاد روحانیت همراه بود و باعث شد که روحانیون نیز در صدد حفظ کیان حوزه علمیه برآیند. امام خمینی نیز در راستای تقویت مرجعیت شیعه به حمایت از آیت الله عبدالکریم حائری پرداختند و به قم مهاجرت کردند.