برخی از مزایای سامانه جامع تجارت الکترونیک برای سازمان‌ها و نهادهای دولتی به شرح زیر است:
تخصیص مؤثر و کارآمد منابع دولتی
اصلاح و بهینه‌سازی در منابع درآمد دولتی
سامانە جامع تجارت ایرانیان همچنین برای بخش خصوصی نیز مزایای مختلفی به دنبال دارد:
کاهش هزینه‌ها به‌واسطه کاهش زمان انجام امور
تسهیل و تسریع در انجام امور مربوط به اظهار و ترخیص کالا از گمرک