پس از اتمام ساخت اسکلت یا همان استراکچر کانکس، عایق بندی با استفاده از فوم پلی اورتان صورت می گیرد. مواد مخصوص به داخل درزها تزریق شده تا راه ورود گرد و غبار، سرما و گرما و حشرات مسدود گردد. همچنین از این فوم ها بر روی ورق های گالوانیزه و در زیر پنل ها نیز نصب می گردد تا کانکس در برابر رطوبت، گرما و سرما، صدا و حرارت تا حد زیادی عایق شود. عایق سازی برای کل بدنه و تمام بخش های کانکس مانند کف، دیوارها و سقف انجام می شود.
همچنین ورق هایی که با عنوان ساندویچ پنل شناخته می شوند سه لایه بوده که دو لایه فلز و یک لایه فوم عایق دارند. این پنل ها نیز تا حد زیادی در عایق بندی کانکس موثر می باشند.