کلر معمولاً بین ۳۰ دقیقه تا ۱ ساعت پس از تزریق به آب فعال می‌شود و میکروارگانیسم‌ها را از بین می‌برد. البته زمان دقیق ممکن است بسته به دما، pH آب و میزان آلودگی متغیر باشد. برای اطمینان از ضدعفونی کامل، باید زمان کافی به کلر داده شود تا عمل کند.