باقلوا را می‌توان تا دوهفته در ظرف شیشه‌ای دربسته در دمای اتاق یا در یخچال نگهداری کرد. اشکالی ندارد اگر باقلوا را بعد از چند روز به یخچال منتقل کنید اما نگه‌داشتن آن در دمای اتاق، بافت ترد آن را بهتر حفظ می‌کند.