اکثر عوارض جانبی این دارو خفیف هستند و گاهی با ادامه درمان بهبود پیدا می‌کنند. شایع‌ترین عارضه جانبی کلونیدین خشکی دهان است که در حدود ۴۰ درصد از بیمار رخ می‌دهد؛ خواب آلودگی حدود ۳۳ درصد؛ سرگیجه حدود ۱۶ درصد و یبوست در حدود ۱۰ درصد از بیماران گزارش شده است.