ضایعاتی شدن موجودی در انبار: همیشه کالاهایی در انبارها به دلیل نقص فنی دستگاه‌ها و تجهیزات ساخت، تغییر شرایط آب و هوایی، گذشتن تاریخ انقضا کالاها، اهمال کاری کارگران انبار و ... غیر قابل استفاده می‌شوند. با وجود که این کالاها به ضایعات تبدیل شده‌اند و جزء موجودی واقعی محسوب نمی‌شوند، در موجودی سیستمی بخشی از موجودی انبار به حساب می‌آیند. سرقت یا گم شدن موجودی: در انبارهای شلوغ و پر رفت آمد که نظم و مقررات مشخصی هم حاکم نیست احتمال سرقت و یا گم شدن موجودی بسیار زیاد است. عدم ثبت ورود یا خروج کالا در انبار: یکی از دلایل اصلی وجود مغایرت در انبار، عدم ثبت ورود خروج کالا در انبار است. به خصوص در روش‌های انبارداری سنتی که همه عملیات‌های انبار به روش دستی ثبت می‌شود احتمال خطا و اشتباه در ثبت عملیات ورود و خروج بسیار زیاد است.