عوارض آنزیم بینی بیشتر به انتخاب پزشک بستگی دارد. بسیاری از گزارش‌های منفی دریافت شده ناشی از عدم تخصص کافی پزشک و یا استفاده از مواد تقلبی برای کاهش هزینه‌ها بوده است. برخی دیگر از عوارض آنزیم بینی به شرح زیر است : 1. کمی کبودی در ناحیه تحت درمان 2. ورم بینی بعد از تزریق آنزیم 3. جا به جایی آنزیم به مکانی دیگر 4. حالت تهوع 5. بروز حساسیت