تسویه قراردادهای مشتقه با گواهی سپرده کالا این محدودیت را دارد که تنها قراردادهایی را می‌توان با این روش تسویه کرد که دارایی پایه در این قراردادها دارای گواهی سپرده کالایی باشد.