کدو حلوایی اغلب عوارض جانبی قابل توجهی ندارد و تقریبا همه افراد می‌توانند از آن استفاده کنند. اما در برخی موارد نادر ممکن است ابتلا به حساسیت وجود داشته باشد که معمولا با خارش چشم و بثورات پوستی نشان داده می‌شوند. اگر شک دارید که کدو حلوایی برای شما خوراکی مناسبی است یا خیر، قبل از اضافه کردن آن به رژیم غذایی خودتان حتما با پزشک مشورت کنید.