افراد غالباً سؤال می‌کنند که آیا میکروپیگمنتیشن درد دارد یا خیر. یادآوری این نکته حائز اهمیت است که درد یک تجربه فردی است که از فردی به فرد دیگر متفاوت است ، بنابراین برخی از افراد آن را بیش از دیگران احساس می‌کنند.
برای انجام هر چه سریع تر این روش بدون درد ، یک کرم بی حس کننده موضعی (لیدوکائین) روی سطح پوست اعمال می‌شود. در این مرحله روند بی حسی آغاز می‌شود. پزشکان همچنین از بی حسی ثانویه روی ناحیه استفاده می‌کنند که باعث بی حسی بیشتر می‌شود. این ژل سریع عمل می‌کند که درد و تورم را تسکین می‌بخشد و در صورت وجود خونریزی به همراه داشته باشد. برخی از خانم‌ها در طی یک دوره زمانی که پریود می‌شوند ، درد بیشتری را تجربه می‌کنند. این درد همچنین می‌تواند زمانی رخ دهد که افراد به خصوص خسته یا تحت فشار زیادی باشند.