واتس اپ وب چند محدودیت دارد که عبارتند از: 1) برخلاف واتساپ موبایل، امکان ارسال لوکیشن در واتساپ وب وجود ندارد. 2) امکان تغییر تنظیمات دانلود فایل ها وجود ندارد و تمام عکس ها و فیلم های ارسال شده به صورت خودکار دانلود می شوند. 3) امکان استفاده هم زمان چند واتساپ در یک مرورگر وجود ندارد و هر مرورگر در حالت عادی تنها اجازه یک لاگین به واتس اپ وب را می دهد. 4) امکان گذاشتن Status با رابط وب وجود ندارد.