تصفیه آب استخر بادی بسیار مهم است زیرا آب در این استخرها ممکن است با باکتری ها، ویروس ها، قارچ ها و سایر آلودگی ها آلوده شود. اگر آب استخر تصفیه نشود، می تواند باعث بیماری هایی مانند انواع عفونت های پوستی، اختلالات گوارشی، بیماری های تنفسی و آلرژیک شود.