عوامل مختلفی می تواند باعث کپک زدن رب گوجه خانگی شود که رایج ترین آن را می توان آبکی بودن رب گوجه خانگی و عدم غلظت کافی رب گوجه دانست. استفاده از قاشق و ظرف کثیف، مخلوط شدن دانه های گوجه در رب گوجه، نگهداری در ظروف پلاستیکی نامناسب و هوای گرم و باز ماندن در ظرف رب نیز از دیگر دلایل کپک زدن رب گوجه خانگی هستند. البته باید توجه داشته باشید که رب گوجه خانگی نگهدارنده خاصی ندارد و ماندگاری آن از رب گوجه آماده و صنعتی کمتر است.