ختنه نیز مثل هر جراحی دیگر می‌تواند باعث ایجاد درد شود. اما استفاده از داروهای مسکن و داروی بی‌حسی می‌تواند ناراحتی را کاهش دهد. این داروها هم در حین عمل و هم بعد از آن می‌توانند به کاهش درد کمک کنند.