درخصوص جرائم مالیات تکلیفی، جرائم تأخیر در پرداخت مالیات حقوق، جریمه عدم ارائه لیست به سازمان، جرائم تأخیر در تأمین تعهدات مالیاتی، جریمه غیرقابل‌بخشودگی عدم تسلیم اظهارنامه عملکرد اشخاص حقیقی و اشخاص حقوقی هریک از این موارد به صورت مجزا مورد رسیدگی قرار می‌گیرد. به‌عبارتی اگر سازمان امور مالیاتی را به مثابه یک تنه درخت در نظر بگیریم، هریک از قوانین، مالیات‌های مستقیم، ارزش افزوده و پایانه های فروشگاهی و سامانه مودیان که در ادامه قوانین صورت معاملات فصلی و مکمل یا تسهیل‌گر قانون ارزش افزوده‌اند، به‌عنوان شاخه‌های این درخت تنومند تلقی می‌گردد.