برخی از عوارض و مشکلات ممکن در جریان IVF شامل عوارض جانبی داروها، عفونت، خونریزی، انتقال چند جنین باعث حاملگی چندگانه، خطر افزایش بارداری خارج از رحمی و مشکلات روانی است. هرچند که این عوارض نادر و در صورت رعایت مراقبت‌های پزشکی مناسب معمولاً کمی اتفاق می‌افتند.