درمان آندومتریوز به میزان بیماری، علائم شما و اینکه آیا شما می خواهید فرزند داشته باشید، بستگی دارد. آندومتریوز ممکن است با دارو، جراحی یا هر دو درمان شود. هنگامی که درد مشکل اصلی است، معمولاً ابتدا از دارو استفاده می شود.
داروهایی که برای درمان آندومتریوز استفاده می شود شامل تسکین دهنده درد مانند داروهای ضد التهابی غیر استروئیدی (NSAIDs) و داروهای هورمونی از جمله قرص های ضد بارداری، داروهای فقط پروژسترون و آگونیست های هورمون آزاد کننده گنادوتروپین است. داروهای هورمونی باعث کند شدن رشد بافت آندومتر می شوند و ممکن است مانع شکل گیری چسبندگی های جدید شوند. این داروها به طور معمول بافت آندومتریوز که در حال حاضر وجود دارد را از بین نمی‌برند.
بعد از عمل نیز، بیشتر خانم ها از درد رهایی می یابند. اما احتمال بازگشت درد وجود دارد. حدود 40 تا 80٪ از خانمها در طی 2 سال از عمل دوباره درد دارند. این ممکن است به دلیل آندومتریوز باشد که در زمان جراحی قابل مشاهده نبوده یا امکان برداشت آن وجود نداشته است. هرچه این بیماری شدیدتر باشد، احتمال بازگشت آن نیز بیشتر است. مصرف قرص های ضد بارداری یا داروهای دیگر بعد از عمل ممکن است به طولانی شدن دوره عاری از درد کمک کند.