در بعضی شرایط، بوی بد دهان می تواند به خاطر مشکلات معده باشد. مشکلاتی نظیر: همراه بودن بوی بد دهان با مشکلات گوارشی، سوزش سر دل، نفخ، حالت تهوع و یا شکم درد. همچنین پس از خوردن نوشیدنی های که کافئین بالایی دارند، اگر بوی دهان بدتر شود، نشان از تحریک معده و افزایش اسید معده است.