احتمال انتقال بسیار کم است اما اگر حتی ویروس به بدن نوزاد منتقل شود، سیستم ایمنی نوزاد معمولا ویروس را از بدن پاک می‌کند. در برخی موارد بسیار معدود، نوزاد به دنیا آمده از مادر مبتلا به HPV، ممکن است مبتلا به زگیل در ناحیه ی گلو باشد. این وضعیت، عفونت پاپیلومای تنفسی نام دارد و باید به سرعت با جراحی لیزر درمان شود.