یکی از موضوعات پرچالش سئو، همین هزینه‌های آن است. بسته به حوزه فعالیت کسب و کار، وضعیت رقبا، محتوای سایت، فعالیت‌های رقبا و کلمات کلیدی انتخاب شده این هزینه متفاوت است. هزینۀ سئو کردن یک سایت می‌تواند از یک تا دو میلیون تومان در ماه تا ماهیانه بیش از صد میلیون تومان باشد. مثلاً در حوزه گردشگری، کنکور، فروش بلیط و کلاً حوزه‌هایی که رقابت در آنها بسیار بالا است، معمولا هزینه بالایی برای تولید و توزیع محتوای با کیفیت و همینطور اجرای فرایندهای Off-Page یا بیرون از سایت مورد نیاز خواهد بود.