استفاده از کاندوم در رابطه جنسی دهانی و مقعدی بسیار مهم است. HPV از طریق تماس پوست به پوست منتقل می‌شود. از آنجایی که این ویروس می‌تواند نواحی را که توسط کاندوم پوشانده نشده‌اند آلوده کند، می‌توان اینگونه گفت که کاندوم به طور کامل از بدن در برابر HPV محافظت نخواهد کرد؛ اما می‌تواند در پیشگیری از ابتلا به زگیل تناسلی کمک کند.