روده بیشترین میزان باکتری‌های مفید بدن را در خود جای داده است. بیشتر این باکتری‌ها در دسته باکتری‌های بی‌هوازی قرار می‌گیرند. باکتری‌های مفید روده به هضم بعضی از مواد غذایی و سنتز ویتامین K کمک می‌کنند. ۶۰٪ وزن خشک مدفوع از این باکتری‌ها تشکیل شده است.