در شرایط عادی، سپتیک تانک نباید بوی بدی منتشر کند. اگر بوی نامطبوعی از سپتیک تانک خارج شود، ممکن است نشانه‌ای از اختلال در عملکرد باشد، مانند تجمع بیش از حد مواد جامد یا وجود مشکلی در سیستم تهویه. در این موارد، بازرسی و تعمیر توسط یک متخصص توصیه می‌شود.