استفاده از کراتین برای موها به طور کلی به عنوان یک ترکیب ایمن در نظر گرفته می‌شود، اما ممکن است در برخی موارد منجر به تأثیرات جانبی یا مشکلاتی شود. در زیر تأثیرات جانبی ممکن از استفاده از کراتین برای موها آورده شده است:
حساسیت پوستی: برخی افراد ممکن است به محصولات کراتین حساسیت داشته باشند و باعث تحریک پوست شوند. قبل از استفاده از محصولات کراتین، تست پوستی کوچکی روی یک قسمت کوچک از پوست انجام داده شده و واکنش ناخواسته بررسی شود.
آلرژی: در برخی موارد، ممکن است که افراد به بخش‌هایی از کراتین یا دیگر مواد موجود در محصولات حساسیت نشان دهند و واکنش‌های آلرژیک داشته باشند.
تغییر رنگ مو: بعضی از محصولات کراتین ممکن است تأثیری بر روی رنگ موها داشته باشند و باعث تغییر رنگ آنها شوند، به خصوص اگر موهای شما رنگ شده باشند.
شکستن موها: در صورت استفاده اشتباه از محصولات کراتین یا اعمال حرارت زیاد، موها ممکن است شکسته و آسیب ببینند.