علت اختلال دو قطبی به صورت کامل مشخص نشده است اما نقش عوامل ژنتیک بسیار پر رنگ می باشد. در واقع اختلال در ژن ها باعث اختلال در کارکرد و عدم تعادل هورمونی در مغز و در نتیجه نوسان خلق و بی ثباتی می شود.