زگیل‌های مقعدی به خصوص در دوره شدت خود، مسری هستند. لازم به ذکر است که ویروس HPV در صورت عدم ایجاد زگیل، باز هم مسری است. حتی اگر یک فرد تحت درمان زگیل مقعدی قرار داشته باشد، باز هم ویروس می‌تواند از او به سایر افراد منتقل شود. افرادی که دارای سیستم ایمنی ضعیفی هستند، از جمله افراد مبتلا به ویروس ایدز، بیشتر در معرض خطر این عفونت قرار دارند. بنابراین اگر این افراد در معرض ویروس قرار بگیرند، خطر ابتلای آنها به ویروس HPV بیشتر خواهد بود.