مهم‌ترین خطری که می‌تواند یک فرد را تهدید کند، کمای میگزدم است. اگرچه این بیماری نادر است، اما تنها در افراد مبتلا به هاشیموتو اتفاق می‌افتد. از دیگر خطرات ناشی از بریج کم‌کاری تیروئید می‌توان به افسردگی اشاره کرد. این اختلال روانی می‌تواند زندگی فرد بیمار و اطرافیان آن را به شدت تحت‌تأثیر خود قرار دهد. دیگر خطرات این بیماری شامل موارد زیر است.
بیماری‌های قلبی و عروقی
گواتر
سقط جنین
زود باروری
کاهش میل جنسی
افزایش وزن
نامنظم شدن دوره قاعدگی در زنان
اختلال در نعوظ برای مردان