چالش‌های رایج در مدیریت خط تولید شامل مشکلات مربوط به تأمین و مدیریت مواد اولیه، نیاز به نگهداری و تعمیرات منظم تجهیزات، مشکلات مرتبط با نیروی کار و آموزش کارکنان، و نیاز به تطابق با استانداردهای کیفی و ایمنی است. همچنین، تغییرات در تقاضای بازار و مشکلات لجستیکی نیز می‌تواند بر عملکرد خط تولید تأثیر بگذارد.