همان‌طور که قبلا در توضیحات مربوط به درمان بیماری کرون گفتیم، گاهی اوقات با توجه به شدت بیماری پزشک ممکن است به این نتیجه برسد که جراحی برای بیمار سودمند است. درمان جراحی باعث بهبود قطعی نمی‌شود و فقط برای رفع علائم بیمار انجام می‌شود و ممکن است بیماری مجدد عود کند.