مهمترین مسئله در حال حاضر دقیقا بحث سر این موضوع است که آیا زمان طولانی می‌‌‌شود از این رژیم بهره گرفت یا خیر. با توجه به این که در این رژیم سهم غذایی گوشت قرمز و چربی‌ها بالاست ممکن است در دراز مدت مشکلات خاص خود را ایجاد کند و یا سنگین باشد. شواهد خوبی درباره تاثیر رژیم غذایی کتوژنیک در کاهش وزن با مقایسه آن با رژیم کم چربی یا مدیترانه‌ای وجود دارد اما دیده شده است این تفاوت بین نتایج حاصل از هر دو رژیم غذایی به مروز زمان کمرنگ می‌شود.