با وجود مزایای پیاده‌سازی فرایند مدیریت عملکرد در سازمان، موانعی نیز بر سر راه آن وجود دارد که باعث تردید مدیران می‌شود. از جمله این موانع می‌توان به آموزش، درگیری و چالش، نگرش، خطای انسانی، زمان و هزینه اشاره کرد.