قبل از انجام کولونوسکوپی، داروی آرام‌بخش تزریق می‌شود تا بیمار احساس راحتی بیشتری کند. در طول عمل ممکن است کمی ناراحتی احساس شود، اما درد شدیدی نخواهد بود.