HPV اغلب در طی دو سال بدون هیچ درمانی از بین می‌رود و از نتایج آزمایش پاپ اسمیر پاک می‌شود. در حالی که این سناریو در اکثر موارد اتفاق می‌افتد، اما همیشه به همین شکل رخ نمی‌دهد. در برخی موارد از عفونت HPV، ویروس سال‌ها بعد در حالت خاموش باقی مانده و ظاهر می‌شود. در این موارد، عفونت‌ها هرگز برطرف نمی‌شوند و HPV برای مدت طولانی پایدار می‌ماند. بدن به ویژه در افرادی که دارای سیستم ایمنی ضعیف هستند، در پاسخ به ویروس دچار مشکل است. وقتی عفونت ادامه پیدا کند، احتمال عوارض جدی تر افزایش می‌یابد و منجر به بروز سرطان دهانه رحم، زگیل‌های تناسلی و سایر موارد می‌شود.