مشخص نیست چرا برخی مردان دچار ملانوسیس آلت می شوند. این لکه ها صرفا تجمع ملانین یا رنگ دانه های دیگر نظیر هیموسیدرین و لیپوفیوسکین پوست است. یک تحقیق نشان می دهد که نژاد و ژنتیک می تواند در بالا رفتن خطر این عارضه تاثیر گذار باشد.