یکی از مهم‎ترین ابزارها برای تعیین میزان درآمد مشمول مالیات واحدهای تجاری مختلف، اظهارنامه مالیاتی تسلیم شده توسط مودیان می‎باشد. پس از اینکه اظهارنامه توسط سازمان امور مالیاتی کشور دریافت شد، به منظور اجرای ماده ۹۷ ق م م، پرونده واحد تجاری مربوطه توسط کارشناسان ارشد یا ممیزان مالیاتی مورد بررسی و رسیدگی بیشتر قرار می گیرد. مراحل رسیدگی به پرونده مالیاتی مودیان به صورت مختصر به شرح زیر می باشد: