معمولا سرطان مقعد به سایر نقاط بدن منتقل نمی شود، ولی در اگر به سایر نقاط بدن متاستاز کند روند درمانی آن کمی سخت می شود. متاستاز سرطان مقعد معمولا بستر در کبد یا ریه ها اتفاق می افتد.