نرم‌افزارهای مختلفی مانند EndNote، Mendeley، Zotero و RefWorks برای مدیریت منابع علمی مورد استفاده قرار می‌گیرند. هرکدام ویژگی‌های خاصی دارند، اما EndNote و Mendeley به دلیل امکانات پیشرفته، محبوبیت بیشتری در میان دانشجویان و پژوهشگران دارند.