توجه به این نکته مهم است که هیالورونیداز عوارض جانبی دارد که باید از آن آگاه باشید. شایع‌ترین عارضه جانبی این آنزیم تورم و کبودی است که معمولاً چند روز پس از درمان برطرف می‌شود. اگرچه بروز آلرژی در ناحیه تزریق بسیار نادر است اما می‌تواند شدید باشد و بیمار را دچار خطر آنافیلاکسی کند. این اتفاق معمولاً در افرادی که به نیش زنبور عسل حساسیت دارند شایع‌تر است.
مشکل‌ترین بخش استفاده از هیالورونیداز تخمین مقدار دوز موردنیاز برای تجزیه کردن فیلر است. در بعضی موارد، به میزان کافی استفاده نمی‌شود، در صورتی که در برخی موارد دیگر بیشتر از مقدار مورد نیاز تزریق می‌شود. برای اضافه کردن فیلر بیشتر یا استفاده از هیالورونیداز بیشتر ممکن است به جلسه دوم یا سوم نیاز داشته باشید.