تفاوت اصلی بین مزوتراپی و جراحی زیبایی معمولی این است که مزوتراپی یک روش غیرجراحی است که نیاز به برش و عمل جراحی ندارد. همچنین، زمان بهبودی در مزوتراپی کوتاه‌تر است و معمولاً مزایای کمتری از نظر اندازه و شدت دارد. از طرف دیگر، جراحی زیبایی معمولاً نیاز به برش و جراحی دقیق‌تر دارد و نتایج آن دائمی‌تر و چشم‌گیرتر هستند.