تغییر نگاه سازمان از ورودی محوری به خروجی محوری، افزایش قدرت پاسخگویی مدیران دستگاه‌های اجرایی در قبال عملکرد سازمان، افزایش کارایی و اثربخشی، شفاف‌تر شدن ارتباط مصرف منابع در قبال خروجی به دست آمده، پررنگ‌تر شدن نقش واحد بودجه، افزایش انگیزه مدیران و کارکنان برای ارائه خدمات و ... از جمله مزایای بودجه‌ریزی عملیاتی به شمار می‌رود.