از مشکلات رایج نرم افزاری که برای لپ تاپ های MSI بوجود می آید شامل مواردی همچون: ریستارت شدن سیستم، هنگ کردن، کند شدن دستگاه، خاموشی های مکرر، ناپدید شدن برخی از آیکون ها از صفحه دسکتاپ، عدم عملکرد صحیح کیبورد، باز شدن آدرس های ناشناس در مرورگر و مواردی از این قبیل می باشد. مشکلات نرم افزاری اغلب بخاطر فعال نبودن ویندوز، ویروسی شدن، نصب برنامه های مخرب، نصب بیش از حد برنامه ها و… ایجاد می شود، این مشکلات نه تنها در لپ تاپ های ام اس آی بلکه در تمامی لپ ها ایجاد شده که به آسانی برطرف می شود