نحوه کار اسکنرهای دندانی بسته به اینکه از چه تکنولوژی‌ای استفاده می‌:ند متفاوت است. ولی نحوه‌ی کار مدرن‌ترین تکنولوژی اسکنر دندانی که نوع «داخل دهانی» است، بسیار ساده است. کافیست یکبار نرم‌افزار اختصاصی اسکنر دندانپزشکی مورد نظر نصب شود، سپس اسکنر به کامپیوتر متصل شود (به استفاده از کابل و یا حتی بی‌سیم!) و در نهایت هم با وارد کردن دستگاه به دهان بیمار تصاویر مورد نظر به دست آید.