راه قطعی برای پیشگیری از کیست بارتولن وجود ندارد. با این حال، اقدامات جنسی ایمن تر،  به ویژه استفاده از کاندوم و رعایت بهداشت آن ناحیه ممکن است به جلوگیری از عفونت کیست و تشکیل آبسه کمک کند.