نحوه پخت غذا در این دو دستگاه با هم متفاوت است. آون توستر با کمک حرارت المنت‌ها غذا را طبخ می‌کند اما عمل پخت در مایکروویو با اشعه‌های الکترومغناطیسی انجام می‌شود. آون توستر در برشته‌کردن و کبابری‌کردن مواد غذایی بهتر عمل می‌کند، اما مایکروویو رطوبت بیشتری در غذا نگه می‌دارد. همچنین قیمت مایکروویو از آون توستر بیشتر و مصرف انرژی آن کمتر است.