برای ساختن درخت مرکل، ابتدا هر تراکنش را با یک تابع هش تبدیل به خروجی هش می‌کنیم. سپس دو به دو مقادیر هش را با هم ترکیب کرده و دوباره با تابع هش تبدیل می‌کنیم. این کار را تا زمانی که فقط یک مقدار هش باقی بماند، ادامه می‌دهیم. این مقدار هش نهایی را ریشه درخت مرکل می‌گویند.