آیفون 16 از فناوری‌های امنیتی پیشرفته‌ای مانند Face ID برای شناسایی چهره و قفل کردن دستگاه استفاده می‌کند. همچنین، اطلاعات کاربران با رمزنگاری قوی محافظت می‌شود و قابلیت‌های امنیتی نرم‌افزاری مانند Secure Enclave برای نگهداری داده‌های حساس در این گوشی به کار رفته است. علاوه بر این، کاربران می‌توانند از قابلیت‌های امنیتی دیگر مانند Find My iPhone برای ردیابی دستگاه گم‌شده استفاده کنند.