علاوه بر فواید ذکر شده، پروبیوتیک‌ها می‌توانند برای زنان فواید دیگری نیز داشته باشند. در واقع، آن‌ها در حفظ سلامت دستگاه تناسلی تاثیر بسزایی دارند. واژن مانند دستگاه روده یک اکوسیستم کاملاً متعادل است. سویه‌های غالب لاکتوباسیل به طور معمول آن را برای از بین بردن میکروارگانیسم‌های مضر اسیدی می‌کنند. اما این سیستم می‌تواند توسط برخی از عوامل از جمله آنتی بیوتیک‌ها، اسپرم کش‌ها و قرص‌های ضد بارداری از تعادل خارج شود. درمان پروبیوتیکی که تعادل میکرو فلورا را بازیابی می‌کند می‌تواند برای چنین مشکلات شایع دستگاه تناسلی زنان مانند واژینوز باکتریایی، عفونت مخمر و عفونت مجاری ادراری مفید باشد.