نگهداری منظم از آب شیرین‌کن صنعتی بسیار مهم است و شامل تمیز کردن غشاها، تعویض قطعات مصرفی، بررسی پمپ‌ها و اتصالات و همچنین استفاده از مواد شیمیایی برای جلوگیری از رسوب‌گذاری یا رشد میکروارگانیسم‌ها است. عدم انجام نگهداری منظم می‌تواند به کاهش بهره‌وری و افزایش هزینه‌های عملیاتی منجر شود.