درمان سریع آبسه مغزی بسیار مهم است. بدون درمان، عوارض بسیار جدی از جمله مرگ ممکن است ایجاد شود. حتی با درمان، برخی از بیماران ممکن است مشکلات عصبی طولانی مدت، مانند ضعف یا مشکل در حرکت داشته باشند.