واکسن HPV انواع HPV را هدف قرار می‌دهد که معمولاً باعث سرطان دهانه رحم می‌شوند و می‌توانند باعث برخی سرطان‌های مهبل، واژن، مقعد و دهانه حلق شوند. همچنین از انواع HPV که بیشتر زگیل‌های تناسلی را ایجاد می‌کنند محافظت می‌کند. واکسن HPV در پیشگیری از انواع HPV هدفمند و همچنین شایع‌ترین مشکلات سلامتی ناشی از آن‌ها بسیار موثر است. این واکسن در پیشگیری از بیماری مربوط به HPV در زنان جوانی که قبلاً در معرض یک یا چند نوع HPV قرار گرفته‌اند، تاثیر کمتری دارد. به این دلیل که واکسن، قبل از اینکه فرد در معرض HPV قرار گیرد از ان  جلوگیری می‌کند. واکسن HPV عفونت‌های HPV موجود یا بیماری‌های مرتبط با HPV را درمان نمی‌کند.