از عوارض رژیم کتوژنیک می توان به یبوست، قند خون پایین، سوء هاضمه، سنگ کلیه و افزایش اسید بدن اشاره نمود. همچنین در برخی افراد آنفلوآنزا کتو، سر درد، ضعف و خستگی، بوی بد دهان و افزایش تحریک پذیری مشاهده می گردد.