علت دقیق بروز التهاب روده در کودکان نیز همانند بزرگسالان، مشخص نیست. اما دانشمندان احتمال می‌دهند که ترکیبی از ناراحتی‌های جسمی و روانی، دلیل اصلی ایجاد اینگونه اختلال در کودکان باشد. سایر عللی که به صورت احتمالی مطرح است شامل موارد زیر می‌باشد: مشکلات مربوط به تبادل پیام بین مغز و روده‌ها     مشکلات حرکتی دستگاه گوارش حساسیت شدید ناراحتی‌های روانی گاستروانتریت (التهاب معده و روده) باکتریایی افزایش رشد باکتری‌های روده کوچک (SIBO) ژنتیک