هزینه‌های اقامت در توکیو متفاوت است و به نوع هتل و موقعیت مکانی آن بستگی دارد. در کنار هتل‌های لوکس و گران‌قیمت، گزینه‌های مقرون به‌صرفه‌تری نیز وجود دارند.