عوارض جانبی ماینوکسیدیل موضعی کم هستند و در واقع شاید بتوان لقب کم عارضه ترین داروی ریزش مو را به این دارو داد، برخی از این عوارض شامل تحریک یا خارش پوست می‌باشد. برخی عوارض بالقوه استفاده از ماینوکسیدیل مانند تقویت رشد موهای زائد در صورت و همچنین تغییر رنگ مو به زرد خصوصا موهای سفید و یا ایجاد سردرد در موارد نادری می‌تواند در استفاده طولانی‌مدت رخ دهد