برخی از مشکلاتی که ممکن است در ویدئو کنفرانس بروز کنند عبارتند از: قطعی ارتباط، کاهش کیفیت صدا و تصویر، از دست رفتن اطلاعات محرمانه، ناسازگاری تجهیزات و نرم‌افزار، عدم آموزش و فرهنگ سازی، نقض اصول اخلاقی و حرفه‌ای و … .