مزوتراپی مو برخلاف متدهای مشابه دارای درد چندان زیادی نیست و کمتر کسی وجود دارد که نتواند آن را تحمل کند. هر جلسه مزوتراپی مو حدود 10 الی 30 دقیقه طول خواهد کشید بنابراین شاید تحمل سوزن‌های موجود در تفنگ مزوتراپی مو دشوار باشد، به همین دلیل پزشکان می‌توانند قبل از شروع کار ناحیه تحت درمان را با استفاده از داروهای بی‌حسی موضعی سر آغشته کنند تا بیمار کمترین میزان ناراحتی را تجربه کند.