تفاوت تست HPV و پاپ اسمیر در این است که تست پاپ اسمیر جهت جستجوی تغییرات سلولی (سلولهای سرطانی) دهانه رحم انجام می شود. در واقع تست پاپ اسمیر سلولهایی  را پیدا می کند که سرطانی هستن یا ممکن است در آینده سرطانی شوند. تست HPV ویروس را تشخیص می دهد نه تغییرات سلولی را. نمونه برداری در تست HPV و تست پاپ اسمیر هر دو به یک شکل انجام  می شود بنابراین خود شخص متوجه تفاوت این دو آزمایش نمی شود. جهت تشخیص به موقع و زود هنگام سلولهای سرطانی دهانه رحم معمولا تست HPV  و تست پاپ اسمیر را در زنان بالای 30 سال بطور همزمان انجام  می دهند.