از جمله مهمترین معایب شاخص رضایت مشتری می‌توان به موارد زیر اشاره کرد:
1. شاخص رضایت مشتری در صنعت‌های مختلف اعداد مختلفی دارد و نمی‌‌توان به‌طور قطع اعلام کرد که فلان عدد برای انتخاب شاخص رضایت مشتری مناسب است.
2. نتیجه شاخص رضایت مشتری معمولا بیانگر احساسات کوتاه مدت مشتری‌ها است و پاسخ به این سوال معمولا بر اساس آخرین تماس شما با مشتری است.
3. رضایت مشتری یک مفهوم نسبی است و برای افراد مختلف تعاریف مختلفی از رضایت مشتری وجود دارد.
4. مشتری‌های که احساسات خنثی ندارند، مایل به پر کردن نظر سنجی نیستند و انحراف زیادی در نتایج بدست آمده ایجاد می‌کنند.