- ايجاد جداشدگي بين کارگاه زيرزميني با تجهيزات و تاسيسات روزميني و در نتيجه ايجاد محدوديت‌هاي دسترسي در روش تاپ دان
- کندي عمليات حفاري در تراز زير سقف‌ها بدليل جبهه‌هاي کاري محدود براي عملکرد ماشين‌آلات و در نتيجه افزايش هزينه‌هاي خاکبرداري و انتقال خاک
- لزوم افزايش عمق و ابعاد ستون‌هاي مياني به منظور تامين باربري لازم در زمان ساخت و در نتيجه افزايش هزينه‌هاي اجرايي در اين بخش
- احتمال ايجاد انحراف بيش از حد مجاز در ديوارهاي محيطي و ستون‌ها در حين اجرا از سطح زمين
- نياز به برخي ماشين‌آلات خاص حفاري به منظور اجراي ديوارهاي محيطي و ستون‌هاي مياني از سطح زمين در روش تاپ دان
- لزوم مداوم سيستم تهويه مناسب در طول مدت ساخت به منظور کنترل گازهاي سمي توليد شده توسط ماشين‌آلات و گرد و غبار حاصل از عمليات گودبرداري در ترازهاي سقف
- نياز مداوم به سيستم‌هاي روشنايي در تمام مدت اجراي عمليات در شيفت‌هاي روز و شب
- لزوم پيش‌بيني تمهيدات لازم به منظور امکان بالا کشيدن ماشين‌آلات حفاري از طريق بازشوهاي تعبيه شده در سقف طبقات