مدفوع پس از اتمام ماده آماده سازی روده می تواند به عنوان یک راهنما عمل کند. مدفوع باید شفاف، زرد، سبک و مایع باشد.  وجود ذرات تیره یا مدفوع ضخیم قهوه ای یا سیاه به این معنی است که شما برای کولونوسکوپی آماده نیستید.