میکروفیلتراسیون عمدتاً به عنوان یک مرحله پیش تصفیه در تولید آب آشامیدنی و آب صنعتی استفاده می شود. یک راهکار مناسب برای از بین بردن جامدات معلق، میکروارگانیسم های مضر (مانند باکتری ها، تک یاخته ها، جلبک ها، قارچ ها) و کیست ها به شمار می رود.