احتمالاً مهم‌ترین تفاوت بین این دو کنترل‌پنل، متن‌باز یا Open-Source بودن aaPanel است. قابلیتی که cPanel از آن بهره نمی‌برد. همچنین، از آنجایی که cPanel ایران را در لیست تحریم‌هایش قرار داده، مجبور به استفاده از نسخه کرکی آن هستیم. مشکلی که درباره aaPanel وجود ندارد و امکان استفاده از نسخه اورجینال فراهم است.