اگرچه درمان مجدد کانال ریشه به عنوان یک روش ایمن در نظر گرفته می‌شود، خطرات و عوارض خاصی در ارتباط با این روش وجود دارد. برخی از این خطرات شامل آسیب به دندان و عفونت‌های مکرر است. بیماران می‌توانند با رعایت دستورالعمل‌های قبل و بعد از عمل، و با انتخاب یک متخصص اندودنتیکس مناسب این خطرات را به حداقل برسانند.