این روش درمانی در سه مرحله زگیل ها را از بین می برد. مرحله اول: سرما درمانی به این معنی نیست که با انتقال سرما زگیل ها از بین میروند. گرما در دمای منفی 196 درجه منجر به جوشیدن نیتروژن مایع می شود و  گرمای حاصل از آن زگیل های را از بین می برد. به عبارت دیگر نیروژن مایع با دمای منفی 196 درجه وقتی با بدن تماس پیدا  میکند گرمای بدن باعث جوشیدن نیتروژن مایع می شود و زگیل ها از بین  می روند. مرحله دوم: پس ازعبور از مرحه اول,زگیل ها منجمد می شوند و در این حالت نیتروژن به  عمق بافت زگیل میرسد و میتواند سلولها رو بطور کامل از بین ببرد. یعنی این سرما درمانی به زگیل ها بافت کریستالی می دهد و دیواره سلولی را تخریب می کند,در واقع نابودی سلولهای زگیل در مرحله دوم اتفاق می افتد. مرحله سوم: در این مرحله بعد از مرگ سلولی التهاب ایجاد می شود که این التهاب باعث از بین رفتن بافت می شود. بعد از اینکه التهاب ایجاد شد بافتهایز.یل های تناسلی شروع به ریزش میکند  و قسمتهای ویروسی از بین می روند.