در پیاده‌سازی سیستم ضد عفونی کننده UV در تصفیه آب صنعتی، چند چالش ممکن است مطرح شود. به عنوان مثال، تنظیم مناسب دوز UV، بهبود توزیع آب در محفظه UV، مدیریت دما و pH آب، مدت زمان تماس آب با اشعه UV، و کنترل کیفیت لامپ‌های UV از جمله این چالش‌ها هستند. همچنین، حساسیت میکروارگانیسم‌ها به اشعه UV و تطابق فرآیند با خط مشی‌های بهداشتی نیز از موارد مهمی است که در اجرای موفقیت‌آمیز سیستم UV باید مد نظر قرار گیرد.