سیستم HACCP برای اولین بار از سوی شرکت PILLBURY ناسا و آزمایشگاههای ارتش آمریکا برای حفاظت مواد غذایی فضانوردان مورد استفاده قرار گرفت. این سیستم و اصول اجرایی آن توسط کمیته غذایی CODEX که وظیفه اجرا استانداردهای مواد غذایی اعلامی بوسیله دو سازمان FAO و WHO را بر عهده دارد، تشریح گردید.
در سال 1996 به دنبال شیوع بیماری ناشی از میکرب ECDI157 در کشور اسکاتلند ، آقای Penington در گزارش خود توصیه نمود که به منظور حصول اطمینان از سالم بودن غذاها اصول HACCP در صنایع غذایی اجرا شود.