در برخی موارد، بوی بد دهان که حتی پس از مسواک زدن نیز ادامه می یابد، می تواند نشانه ای از مشکل جدی تری باشد. بیماری ها مانند برخی سرطان ها می توانند باعث بوی بد دهان و همچنین اختلالات متابولیک شوند. اسید معده بیش از حد ناشی از بیماری ریفلاکس معده (GERD) نیز می تواند مقصر باشد.