از نقاط ضعف رشته ریاضی فیزیک می‌توان به اشباع برخی رشته‌های مهندسی، کم توجهی برخی صنایع به مهندسان و دروس پیچیده و دشوار اشاره کرد. البته دشواری دروس برای علاقمندان به این رشته نقطه‌ی ضعف به حساب نمی‌آید.