کیست ساده کلیه بعید است که منجر به عوارض جدی شود اما در برخی موارد، کیست  های پیچیده تر می توانند به عوارض جدی مانند کاهش عملکرد کلیه، عفونت، یا انسداد مجاری ادراری منجر شوند. این موارد نیاز به پیگیری و درمان مناسب دارند.