شکاف لب و شکاف کام به دلیل ترکیبی از ژن ها و سایر عوامل ایجاد می شود،بنابراین هم جنبه ارثی دارد و از سوی دیگر عواملی مثل  سیگار کشیدن مادر در دوران حاملگی و یا در معرض اشعه  ایکس بودن و یا مصرف الکل در این دوران می تواند باعث شکاف لب و کام شود. مصرف دارو در دوران بارداری می تواند باعث شکاف لب و کام شود.