درد و تهوع در یک سوم افراد و بلافاصله بعد از قرارگیری بالون مشاهده می شود. با این حال، علائم بعد از گذشت چند روز از قرارگیری بالون برطرف خواهند شد. این علائم با مصرف دارو در منزل، کنترل می شوند. بعد از قرارگیری بالون معده به ندرت شاهد بروز عوارض جانبی جدی خواهیم بود. در صورت بروز تهوع، استفراغ و یا دردهای شکمی پزشک را باید در جریان قرار داد. خالی شدن بالون، یکی از عوارضی است که اگر اتفاقی بیفتد، می تواند سبب روز اختلال در سیستم گوارشی شده و منجر سبب بروز انسدادهایی شود که با جراحی و برداشت دستگاه برطرف خواهد شد. از دیگر عوارض بالون معده می توان به التهاب حاد پانکراس، زخم و یا ایجاد حفره در دیواره معده اشاره کرد، که در نهایت نیاز به جراحی خواهد بود.