از جمله علائم کمبود پروبیوتیک می‌توان به مشکلات نفخ، التهاب، اسهال، یبوست، اضافه وزن، افسردگی، اضطراب، عفونت‌های دستگاه ادراری، آلرژی غذایی، اگزما و آکنه اشاره کرد.