اگر سایر روش‌های درمانی مؤثر واقع نشوند یا UC شدید باشد، تنها روش درمان كوليت اولسراتيو، برداشتن روده بزرگ (کولکتومی) یا روده بزرگ و راست روده (پروکتوکولکتومی) از طریق عمل جراحی است.