تفاوت اول آن که همان طور که در توضیح وب اپلیکیشن‌ها نیز گفتیم، این برنامه‌ها برای بارگذاری و استفاده نیاز به اینترنت یا یک شبکه محلی دارند و بدون اتصال به وب شما نمی‌توانید از آن استفاده کنید. البته برخی از وب اپلیکیشن‌ها نیز قابلیت استفاده به صورت آفلاین را دارند.
تفاوت دیگر در سرعت استفاده از نرم افزار است. معمولا سرعت نرم افزارهای معمولی در مقایسه با وب اپ‌ها بیشتر است.
تفاوت سوم در به روز رسانی و آپدیت شدن نرم افزار است. همان طور که می‌دانید هر چند وقت یک بار نسخه جدید نرم افزارها و اپلیکیشن‌های آفلاین به بازار ارائه شده و شما باید آن را نصب و بارگذاری کنید.