کرایوتراپی نوعی روش کم تهاجم برای از بین بردن زگیل هاست و به همین دلیل اغلب باعث ایجاد عوارض جانبی نمی شود؛ با این حال گاهی ممکن است بیمار دچار عفونت شود و به تبع آن عوارضی چون تورم، تب، درد و ترشحات چرکی از محل زخم ها به وجود بیاید.