میکروارگانیسم‌های مختلف از قبیل باکتری و ویروس می‌تواند باعث بروز مسمومیت غذایی شوند. مصرف آنتی بیوتیک در برابر ویروس اثر گذاری ندارد و تعداد زیادی از موارد مسمومیت غذایی، مصرف آنتی بیوتیک توصیه نخواهد شد. این داروها فقط در مواردی توصیه می‌شود علایم و نشانه‌های شما شدید یا دائمی باشد یا آنکه سیستم ایمنی بدن شما بسیار ضعیف باشد یا به دلایل دیگری در معرض خطر بروز عوارض جانبی قرار داشته باشید. این داروها در برخی موارد برای درمان اسهال مسافرتی نیز تجویز می‌شوند.