از سال 2008 ورژن 3 پایتون عرضه شد که تغییرات به گونه‌ای بود که با ورژن 2 ناسازگار بود. اگرچه شاید منابع و کتابخانه‌ها برای ورژن 2 بیشتر موجود باشد، اما باتوجه به اینکه پشتیبانی از این ورژن تا نسخه 2.7 ادامه پیدا کرد و در سال 2020 متوقف شد، پیشنهاد می‌شود برای برنامه نویسی Python از ورژن 3 استفاده کنید. فقط برای پروژه‌هایی که از قبل با پایتون 2 نوشته شده است، از ورژن 2 استفاده کنید.