یکی از مهم‌ترین دلایلی که باعث می‌شود شناسایی روت کیت‌ها سخت یا گاهی غیر ممکن شود تغییر مستمر مکانیزم‌های حفاظتی این گونه مخرب است. به همین دلیل است که بیشتر ضدویروس‌ها قادر به شناسایی روت کیت‌ها نیستند یا تنها هنگامی قادر به حذف آن‌ها هستند که اطلاعات کاملی از آن‌ها در دسترس باشد.
در حالت کلی ضدویروس‌ها و بدافزارها با ردیابی الگوهای رفتاری بدافزارها، امضا بدافزارها یا هرگونه مورد مشکوکی به سرعت فایل یا پردازه مخرب را به عنوان یک عامل مشکوک شناسایی کرده، آن‌را قرنطینه کرده و نسخه‌ای از فایل مشکوک را برای آزمایشگاه ضدویروسی ارسال می‌کنند. بیشتر بدافزارها به این شکل شناسایی می‌شوند، زیرا عملکردی در سطح لایه کاربری دارند و درست در همان نقطه‌ای کار می‌کنند که ضدویروس‌ها در آن متمرکز هستند.
اما بیشتر روت کیت‌ها برای ورود به لایه‌های پایین‌تر سیستم‌عامل‌ها نوشته می‌شوند و با توجه به این‌که شرکت‌هایی مثل مایکروسافت سیستم‌عامل‌هایی با کدهای بسته‌ دارند و به تولید‌کنندگان ضدویروس‌ها اجازه دسترسی به این کدها را نمی‌دهند، در نتیجه ورود به بخش‌های محافظت شده سیستم‌عامل برای ضدویروس‌ها کار سختی است و مکانیزم‌های حفاظتی ویندوز مانع دسترسی ضدویروس‌ها به این بخش‌ها می‌شوند.
پس چرا روت کیت‌ها می‌توانند به این بخش ورود پیدا کنند؟ زیرا هکرها سعی می‌کنند از آسیب‌پذیری‌های روزصفر یا ضعف‌های امنیتی مستتر در مولفه‌های سخت‌افزاری برای ورود به این بخش استفاده کنند. به همین دلیل است که هنگامی که آسیب‌پذیری‌هایی در برخی از پردازنده‌های سیستم‌عامل اینتل شناسایی شد، این شرکت به سرعت وصله‌هایی برای آن‌ها ارایه کرد و در نهایت اعلام کرد ترمیم برخی از آسیب‌پذیری‌ها امکان‌پذیر نیست. البته همه روت کیت‌ها نمی‌توانند به این سطح از کرنل سیستم‌عامل وارد شوند، زیرا برنامه‌نویسی آن‌ها هزینه‌بر، زمان‌بر و خاص‌منظوره است و برای حمله به سازمان‌های بزرگ یا اقدام بر علیه دولت‌ها ساخته می‌شوند.