اصلی ترین فرق سی پپ و اتو سی پپ در نحوه اعمال تنظیمات است. AutocPAP تنظیمات لازم را به صورت خودکار در هنگام خوابیدن شما اعمال می کند. بدین شکل فشار لازم در طول خواب تامین شده و تغییرات لازم و لحظه ای در آن صورت می گیرند. اما برای استفاده از CPAP باید تنظیمات ثابتی را به صورت دستی اعمال کنید.