سطح ناراحتی ناشی از اوزون تراپی، بستگی به ناحیه تحت درمان دارد. مثلا تزریقات به مفصل معمولا ناراحتی کمتری ایجاد می‌کنند و بدون درد هستند. تزریقات به تاندون‌ها و کپسول‌های مفصل ناراحت کننده‌تر هستند.
معمولا تا چند روز پس از تزریق درد ملایمی وجود دارد. در مواردی که تعداد تزریقات زیاد است، پزشک یک بلوک منطقه‌ای عصبی را برای کاهش درد در طول تزریق و پس از آن انجام خواهد داد.