ضدعفونی کننده ها را می توان براساس روش های فیزیکی و شیمیایی به دو دسته تقسیم کرد:
آنهایی که با واکنش شیمیایی عمل ضد عفونی کردن را انجام می دهند مانند کلر، ازن، برم و ید-آنهایی که به طور فیزیکی عمل می نمایند نظیر پرتودهی و فیلتراسیون