رشته‌های کارشناسی در دانشگاه فنی خاورمیانه در پنج دانشکده مجزا و 107 رشته کارشناسی ارشد و 69 رشته دکترا هم در پنج بخش تحصیلات تکمیلی این دانشگاه ارائه می‌شوند.
دانشکده معماری ؛معماری، طراحی محصولات صنعتی و برنامه ریزی شهری و منطقه ای
دانشکده اقتصاد و علوم مدیریتی؛مدیریت بازرگانی، اقتصاد، روابط بین الملل، علوم سیاسی و مدیریت جامعه
دانشکده مهندسی؛مهندسی کامپیوتر، محیط، الکترونیک، صنایع غذایی، عمران، هوانوردی، زمین شناسی، معدن، ماشین آلات، فلزات و نفت و گاز
دانشکده علوم آموزشی؛علوم کامپیوتر، علوم آموزشی، علوم ابتدایی، آموزش زبان های خارجی، تربیت بدنی، معلم مقطع راهنمایی و علوم ریاضی
دانشکده علوم پایه ؛رشته های شیمی، بیولوژی، ریاضی، تاریخ، ژنتیک، فلسفه، فیزیک، جامعه شناسی، روانشناسی و آمار