به دلیل اینکه پس از انجام عمل بای پس معده رژیم غذایی فرد محدود می‌شود نیاز است که فرد برخی از ویتامین‌ها و مواد معدنی را به صورت مکمل‌های غذایی مخصوصی مصرف کند تا کمبود این مواد مغذی جبران شود. معمولا این مکمل‌های غذایی شامل آهن، کلسیم، انواع ویتامین‌ها و… می‌شود.