از معایب نداشتن کارت پایان خدمت می توان به مشکلاتی که در زمینه های مختلف پیش می آید اشاره کرد. موانعی که هنگام انجام امور اداری، بانکی، گمرکی، تسهیلات، مجوز و.. پیش می آید نمونه هایی از معایب نداشتن کارت پایان خدمت هستند.