تخمیر، اساس فرآوری سرکه است. در طی تخمیر الکلی، مخمرها از شکر موجود در آب سیب برای تولید اتانول استفاده می‌کنند که یک فرآیند بی‌هوازی برای تبدیل سیب به سرکه است. ویژگی‌های نهایی سرکه، بسته به فرآیندهای تخمیر میکروارگانیسم‌ها و تکنیک‌های فرآوری انتخاب شده تغییر می‌کند.