بخشی از فارغ التحصیلان در صورت داشتن شرایط، به استخدام سازمان های وزارت دفاع و پشتیبانی نیروهای مسلح و ستاد کل نیروهای مسلح در می آیند. اما بنا به شرایط ذکر شده در سایت دانشگاه استخدام دانشگاه مالک اشتر برای فارغ التحصیلان دکتری تضمینی نیست.