لایه‌برداری شیمیایی را اگر یک پزشک با تجربه انجام دهد، عوارض جانبی کم است. بعضی از بیماران دچار عوارض جانبی می‌شوند:
قرمزی ماندگار که ممکن است ماهها طول بکشد.
تیره شدن پوست بطور موقت.
روشن تر شدن پوست (در لایه‌برداری متوسط و عمیق)
زخم (خیلی نادر است زمانی که لایه‌برداری توسط متخصص پوست انجام گیرد).