حقوق مدیر عامل به صورت توافقی بین متقاضی کار و هیئت مدیره سازمان تعیین می‌شود. مقدار حقوق به معیارهایی مثل شرح وظایف مدیرعامل، بزرگی سازمان، انتظارات هیئت مدیره و ساعات کاری بستگی دارد.
همچنین میزان حقوق این پوزیشن شغلی در تهران بیشتر از شهرهای دیگر است. به طور میانگین می‌توان گفت حداقل حقوق سال ۱۴۰۲ برای مدیر عامل در سازمان‌ها ۲۰ میلیون تومان است و در سازمان‌های بزرگ ممکن است به ۲۵۰ تا ۳۰۰ میلیون تومان هم برسد.
حقوق مدیر عامل در خارج از کشور هم وابسته به نوع شرکت، میزان گستردگی آن و مسئولیت‌های فرد فعال در این پوزیشن است. درآمد متوسط مدیر عامل‌ها در کشورهای مختلف ۱۴۰ هزار دلار در سال است و آن‌ها به صورت میانگین حدود ۱۱ هزار دلار در ماه دستمزد می‌گیرند؛ اما این رقم برای مدیران شرکت‌های بزرگ خیلی بیشتر است، آن‌ها به صورت میانگین ۱/۳ میلیون دلار در هر سال درآمد دارند و جزو پردرآمدترین اقشار جامعه محسوب می‌شوند.