برای کربوکسی تراپی هیچ عارضه‌ی طولانی مدتی گزارش نشده است، تنها ممکن است در مواردی کمی قرمزی در محل تزریق‌ها دیده شود که ۱ یا ۳ روز پس از درمان از بین می‌رود. در موارد نادرتر کبودی در محل تزریق گزارش شده است که نهایتا تا ۵ روز پس از درمان بهبود کامل می‌یابد. هنگام عمل کربوکسی‌ تراپی نیز اگر تزریق‌ها سطحی باشند بی‌حسی نیازی نیست، بنابراین ممکن است دردی شبیه به خارش یا سوزش‌های جزئی در اثر تزریق احساس شود. اما در صورت نیاز به بی‌حسی موضعی در تزریق‌های عمیق‌تر همین میزان درد و سوزش نیز احساس نخواهد شد.