سیگموئیدوسکوپی به عنوان یک روش کمی ایمن‌تر در نظر گرفته می‌شود. هر دو روش، زمانی که توسط یک متخصص ماهر در زمینه گوارش انجام می‌شوند، بسیار ایمن هستند. اما نکته‌ای که قابل توجه است، این است که سیگموئیدوسکوپی دارای کمترین ناوبری در دستگاه آندوسکوپی است. به همین دلیل، خطر وقوع آسیب به روده بزرگ یا دیواره رکتوم در این روش کاهش می‌یابد.