بله، این توزیع با دو مسئله اصلی روبرو است که یکی مربوط به AUR است و دیگری مربوط به انتشار رولینگ.
نصب برنامه ها از AUR نیاز به تخصص و تجربه دارد که برای کاربران مبتدی کمی سخت است. همچنین، به روز شدن دائم Manjaro می تواند باعث به وجود آمدن مشکلات شخصی در زمینه کار کردن با نرم افزارها شود.