روش رنگ‌آمیزی شفر فولتون (Schaeffer Fulton Stain) پرکاربردترین روش برای رنگ آمیزی آندوسپور است. این تکنیک برای اولین بار توسط آلیس بی شفر و مک دونالد فولتون در دهه 1930 توصیف شد. در این روش از رنگ سبز مالاکیت به عنوان لکه اصلی و سافرانین به عنوان ضد لکه استفاده می‌شود. هنگامی که یک اسمیر با حرارت ثابت با محلول آبی مالاکیت سبز (لکه اولیه) پر می‌شود و بخار می‌شود، گرما به لکه کمک می‌کند تا از طریق اسپور نفوذ کند. در این تکنیک، گرمایش به عنوان یک ماده مثر عمل می‌کند. هنگامی که اندوسپور لکه را جذب کرد، در برابر رنگ زدایی مقاوم است، اما سلول‌های رویشی به راحتی با آب رنگ می‌شوند (سلول‌های رویشی بی رنگ می مانند). هنگامی که با سافرانین رنگ آمیزی می‌شود، سلول‌های رویشی رنگ سافرانین را به خود می گیرند و برعکس اندوسپورهایی که سبز به نظر می‌رسند قرمز یا صورتی به نظر می‌رسند.