دستگاه کارتخوان سیار در کنار مزایای بسیاری که ارائه می دهد، معایبی نیز دارد. این معایب به شرح زیر می‌ باشد:
دستگاه‌ های تلفن همراه و پایانه‌ های فروش سیار می‌‌‌‌‌‌ توانند اهدافی جهت سرقت و هک توسط کلاهبرداران باشد.
دوام پایین باتری در دستگاه کارتخوان سیار از دیگر نقاط ضعف آنها به حساب می‌ آید.