سرکه سیب ممکن است خواص ضد باکتریایی نیز داشته باشد. یک مطالعه نشان داد که سرکه سیب در کشتن اشریشیا کلی و استافیلوکوکوس اورئوس، که باکتری مسئول عفونت استاف است، موثر است.