اکثر آنتی بیوتیک ها (کلیندامایسین، اریترومایسین ها و آنتی بیوتیک های طیف وسیع) می توانند باعث اسهال شوند. آنتی بیوتیک ها می توانند تعادل باکتری هایی که به طور معمول در روده ها یافت می شوند را تغییر دهند و به انواع خاصی از باکتری ها مانند C. difficile اجازه رشد دهند.