تا به حال دیده نشده که زگیل‌های تناسلی با درد و یا ناراحتی همراه باشند. اما گاهی ممکن است، در حین رابطه جنسی، فرد متوجه درد و یا خونریزی شود. گاهی هم امکان دارد با درد و یا سوزش همراه باشند.