در صورتی که کیست‌مویی در ناحیه مقعد ایجاد شود به آن کیست‌مویی مقعدی می گوییم. این نوع کیست معمولا شایع نیست و کیست‌مویی پایین کمر که بالاتر از مقعد و در ناحیه ساکروم قرار دارد گاها به اشتباه و توسط بیماران به عنوان کیست‌مویی مقعدی مطرح می شود.