استفاده نادرست و بی‌رویه از کودهای شوک می‌تواند منجر به آلودگی محیط زیست. به ویژه آب‌های زیرزمینی و سطحی. شود. این کودها باید با دقت و به مقدار مناسب استفاده شوند تا جلوی آلودگی محیط زیست گرفته شود.