اگرچه انتقال پرونده ها از یک سیستم به سیستم دیگر بسیار ساده و آسان است، اما گاهی اوقات می تواند مشکلاتی را ایجاد کند. به عنوان مثال، ممکن است دو سیستم دارای پرونده های متفاوتی باشند. دو سیستم ممکن است روش های مختلفی برای نمایش متن و داده ها داشته باشند. دو سیستم ممکن است ساختار دایرکتوری متفاوتی داشته باشند. پروتکل FTP با ایجاد دو ارتباط بین میزبان بر این مشکلات غلبه می کند. یک اتصال برای انتقال داده و یک اتصال دیگر برای اتصال کنترل استفاده می شود.