محققان هنوز در تلاش برای تعیین علت هستند. این شرایط ممکن است با تغییرات بیولوژیکی که قبل از تولد اتفاق می‌افتند شروع شود.
اضطراب، استرس و ناراحتی عمومی مرتبط با آشفتگی جنسیتی ممکن است منجر به انگ اجتماعی شود. کودکان، نوجوانان و بزرگ‌سالان دچار ناسازگاری جنسیتی، اغلب با تبعیض و آزار کلامی مواجه می‌شوند و از هر ۴ نفر به ۱ نفر حمله فیزیکی می‌شود و از هر ۱۰ نفر ۱ نفر قربانی تجاوز جنسی می‌شود.