شاپرک وظیفه کارآمد نگه داشتن این شبکه را بر عهده دارد، از طرفی باید ارتباط موثری با اعضای اصلی این شبکه یعنی بانک‌ها و شرکت‌های ارائه‌دهنده خدمات پرداخت برقرار کند و از طرف دیگر منافع و رضایت مشتریان نهایی یعنی دارندگان و پذیرندگان کارت را مد نظر قرار دهد.
در نخستین گام ایجاد زیرساخت فنی، تعامل با بانک‌ها و ایجاد تشکلی بین اعضا برای شروع در نظر گرفته شد. این مرحله را می‌توان مرحله آماده‌سازی نامید. در این مرحله اعضا توانستند تا حد زیادی ضرورت ایجاد این تشکل و اعمال تغییرات را درک کنند و حداقل‌های مورد نیاز را به دست آورند و وارد دشوارترین مرحله کار یعنی عبور از مدل قبلی به مدل جدید شوند. در این مرحله حداکثر تلاش شده تا استفاده‌کنندگان نهایی کمترین تغییرات را احساس کرده و مانند گذشته از ابزارها استفاده کنند.
قدم بعدی پس از اینکه سطح خدمات در سطح قابل قبولی حالت متعادل به دست آورد، برنامه‌ریزی برای رسیدن به سطح مورد نیاز از نظر امنیت است. در این مرحله سازوکارهای نظارتی استقرار یافته و همزمان به کمک اعضا برنامه‌ریزی برای آینده نظام پرداخت صورت می‌گیرد.
ایجاد خدمات جدید و افزایش کیفیت خدمات قابل ارائه در شبکه در مرحله بعدی مورد توجه قرار می‌گیرد. در این مرحله بیشتر توجه به بازار، نیازهای مشتریان و تحقیق در مورد راه‌حل‌های متداول و توسعه مناسب‌ترین راهکارها در این حوزه است. در همین مرحله اولین نتایج این تغییرات به ثمر خواهد رسید و با استفاده از اطلاعات جمع‌آوری‌شده و به کمک ابزارهای نوین داده‌کاوی و تحلیل اطلاعات، امکان ارائه خدمات جدید و شناسایی نیازهای آتی در بازار پرداخت به وجود می‌آید.
همان‌طور که در بخش قبلی نیز اشاره شد، برای انجام تراکنش‌ها به صورت برخط به کمک سوئیچ شاپرک زیرساخت شبکه فراهم شده است و داخل شبکه‌ای امن این تراکنش‌ها از پایانه فروش و سوئیچ شرکت ارائه‌دهنده خدمات پرداخت به سوئیچ شاپرک و از آنجا به سمت سوئیچ بانک صادرکننده روانه می‌شود. تا این مرحله تراکنش برخط انجام شده که نتیجه آن کسر مبلغ تراکنش از حساب دارنده کارت یا درج در صورتحساب دارنده کارت اعتباری است. در مرحله بعدی که نقش سامانه‌های ملی تسویه پررنگ می‌شود، مبالغ به صورت یکجا و در فواصل زمانی که طبق قرارداد شرکت ارائه‌دهنده خدمات پرداخت با پذیرنده مشخص شده است، محاسبه و به حساب پذیرنده واریز می‌شود. نتیجه این عملیات به بدهکار یا بستانکار شدن بانک‌ها نسبت به یکدیگر منجر خواهد شد (بانک‌های صادرکننده و بانک‌هایی که حساب پذیرندگان در آنها تعریف شده‌اند)، در گام بعدی تسویه بین بانکی طبق روال‌های تعیین‌شده برای این کار انجام می‌گیرد.
سامانه‌هایی همچون پایا، پاشا، ساتنا مهم‌ترین قسمت‌هایی هستند که وظیفه انجام این کار را بر عهده دارند. در کنار این سامانه‌ها، سامانه‌هایی نیز برای حصول اطمینان از انجام صحیح عملیات در نظر گرفته شده که سامانه رفع مغایرت از آن جمله است.