این دو سیستم شباهت زیادی به هم دارند و عملکرد آن‌ها شبیه به یکدیگر است. یونیت هیتر توان حرارتی بیشتری نسبت به فن کویل دارد و برای محیط‌هلی بزرگ‌تر مانند سالن‌های بزرگ و سوله‌ها مناسب‌تر است. همچنین یونیت هیتر قدرت پرتاب باد بالاتری دارد. از فن کویل هم برای سرمایش و هم برای گرمایش استفاده می‌شود اما یونیت هیتر بیشتر برای گرمایش به کار می‌رود.