زنان مبتلا به بیماری کرون به احتمال زیاد یک بارداری طبیعی و یک نوزاد سالم خواهند داشت؛ اما بعضی از داروها می‌توانند به جنین آسیب بزنند. اگر قصد بارداری دارید یا به طور ناخواسته باردار شده‌اید، خودسرانه مصرف داروهای خود را قطع نکرده و با پزشک مشورت کنید. شعله‌ور شدن بیماری در زمان بارداری احتمال سقط جنین، زایمان زودرس و تولد نوزاد کم وزن را افزایش می‌دهد.