از زمانی که درمان زخم مقعدی آغاز می شود بین 2 تا 4 هفته زمان می برد تا درمان شود. اگر زخم مقعدی برای زمان طولانی مدتی بدون درمان باقی بماند درمان آن می تواند تا چند ماه طول بکشد.