استفاده طولانی مدت از ماینوکسیدیل بر قلب و شریان‌ها تأثیر می‌گذارد و باعث می‌شود که آن‌ها به صورت طبیعی عمل نکنند. استفاده طولانی مدت از آن باعث آسیب به خون، عروق مغز، کلیه و قلب می‌شود که ممکن است باعث نارسایی کلیه، سکته مغزی یا نارسایی قلبی شود.