در مواقعی که جراحی بدون لیزر و با تیغ و کوتر انجام می شود احتمال بی اختیاری مقعد و حتی بروز تنگی مقعد وجود دارد. از دیگر عوارض شایع جراحی فیستول مقعدی تحمل ترشحات خونی و چرکی و درد  و التهاب می باشد. توصیه می شود برای به حداقل رساندن عوارض جراحی فیستول مقعدی این جراحی را نزد یک متخصص جراحی و لیزر ماهر و با لیزر پرتوان دی اکسید کربن انجام دهید.