اگرچه هدف هر دو این روش‌های زیبایی جوانسازی پوست است، اما در روش میکرونیدلینگ از مواد کوکتل یا تقویت‌کننده پوست استفاده نمی‌شوند. در واقع در این روش صرفا با وارد کردن سوزن به داخل پوست به کمک یک دستگاه مخصوص، سلول‌های پوست آسیب دیده و هنگام بازسازی مجبور به تولید پروتئین‌های ساختاری بیشتری می‌شوند.
بنابراین، می‌توان انتظار داشت که اثرگذاری روش مزوتراپی بیشتر بوده و حتی به درمان ریزش مو یا سلولیت کمک کند. اصولا هزینه میکرونیدلینگ کمتر از مزوتراپی است.