نحوه تنظیم ترموستات فن کویل با توجه به نوع دستگاه که می تواند آنالوگ یا دیجیتال باشد، متغیر است. برای این منظور کافی است دمای مورد نظر را بر روی ترموستات تنظیم کرده و دستگاه به صورت خودکار، دمای محیط را به شرایط درخواستی شما خواهد رساند.