محبوب‌ترین بخش در بین همه قسمت‌های موزه باستان شناسی زیر آب بدروم، آکواریوم آن است. تقریبا همه کسانی که از این موزه بازدید می‌کنند، دیدن آکواریوم آن را در اولویت قرار می‌دهند.