در دانشگاه چارلز ، بورس تحصیلی دکترا از 416 تا 990 یورو متغیر است ، مبلغ مشخص توسط رئیس دانشکده پس از مصوبه سنای دانشگاهی تعیین می شود ؛ علاوه بر این ، استاد راهنما ممکن است به دانشجوی دکترا در دانشگاه چارلز 30000 یورو اضافی را به عنوان هزینه یک بار برای دستاوردهای عالی تحصیلی ارائه دهد.