محققان هنوز به طور دقیق نتوانسته‌اند علت بروز بیضه نزول نکرده را تشخیص دهند. فاکتورهای زیر می‌توانند در رشد و تکامل طبیعی بیضه‌ها اختلال ایجاد کنند:
آناتومی غیرعادی.اختلالات هورمونی.تاثیرات محیطی.