کیست شکلاتی معمولا بدون خطر است و اگر علائم آزار دهنده نداشته باشد یا سبب ناباروری نشود، نیازی به درمان یا جراحی ندارد. از بین کیست‌های شکلاتی تنها یک درصد احتمال سرطانی بودن آنها وجود دارد. اگر پزشک متخصص مشکوک به سرطانی بودن آن شود، باید توسط سوزن بیوپسی نمونه برداری کند تا مطمئن شود. اگر غده سرطانی باشد، باید با عمل جراحی آن را خارج کرد. البته همان طور که گفته شد احتمال بسیار کمی برای سرطانی بودن آن وجود دارد.