فرآیند ارزیابی شرکت­‌های متقاضی شامل مراحل زیر است: . شرکت متقاضی در سامانه ارزیابی شرکت­ها و موسسات دانش‌بنیان (http://www.reg.daneshbonyan.ir)   ثبت‌نام می‌نماید  دبیرخانه کارگروه پس از بررسی اولیه اسناد و مدارک شرکت، آن را به کارگزار جهت ارزیابی ارجاع می‌­دهد. کارگزار پس از ارزیابی شرکت متقاضی، اطلاعات خود را در سامانه مربوط به دبیرخانه کارگروه بارگذاری می‌نماید. دبیرخانه پس از بررسی فرآیند ارزیابی و صحت اطلاعات و همچنین تطبیق با آیین‌نامه، نتیجه را به کارگروه ارزیابی و تشخیص صلاحیت شرکت­ها و موسسات دانش‌بنیان ارائه می‌نماید. پس از بررسی پرونده شرکت در کارگروه، نتیجه ارزیابی به دبیرخانه اعلام می­گردد.  نهایتا نتیجه بررسی دانش‌بنیان بودن شرکت متقاضی، در کارتابل شرکت قسمت «آرشیو» منعکس می­گردد.