خوشه بندی سلسله مراتبی، همانطور که از نام آن پیداست، الگوریتمی است که سلسله مراتبی از خوشه ها را ایجاد می کند. این الگوریتم با تمام داده های اختصاص داده شده به خوشه شروع می شود. سپس دو خوشه که نزدیکترین خوشه ها به هم هستند، در یک خوشه ادغام می شوند.