مرحله بعدی ضد عفونی کردن محیط مرغداری، تمیز کردن با استفاده از آب و ماده شوینده است. برای نفوذ موثر در مواد آلی از آب گرم و نه سرد استفاده کنید و از شوینده های ملایم استفاده کنید. می‌توانید این کار را در سه مرحله انجام دهید: خیساندن، شستشو و آبکشی. ابتدا با استفاده از اسپری کم فشار، هر منطقه ای را که بسیار آلوده است خیس کنید. این کار را تا زمانی انجام دهید که هرگونه کود و خاک تجمع یافته نرم شده و به راحتی حذف شود. در مرحله بعد، تمام سطوح مرغداری، از جمله مناطقی که خاک در آن جمع شده است را بشویید.