استفاده از کود حیوانی برای درخت و گیاه به خصوص از نوع کود گاوی، سبب می شود که جمعیت میکروبی و فعالیت های میکروبی بیشتر شود از سوی دیگر موقعیت زیست توده میکروبی یعنی قارچ ها و باکتری ها تغییر می کند و نتیجه کار تنفس دو الی سه برابری خاک است.