اولین علامت فیستول مقعدی قرمزی و التهاب است. به طوری که ناحیه مقعد مثل یک لامپ داغ دردناک و متورم می شود. همچنین در هنگام نشستن بیمار احساس درد بیشتری دارد و نشستن برای او سخت می شود. همچنین با حرکات روده و سرفه نیز بیمار دردی را در ناحیه مقعد احساس می کند. زمانی که فیستول سر باز می کند ترشح چرک، خون و مدفوع از ناحیه مقعد را شاهد هستیم.