با وجود مزایای چشمگیر و بالای پروتکل POP3 ، برخی معایب نیز در مورد این پروتکل موجود می باشد :
باز شدن الحاقیه ها : زمانیکه فایلی حاوی ویروس آپلود می شود، کارآیی به شدت کاهش می یابد
مشکلات javascript : از دیگر معایب مشکلات مربوط به javascript می باشد ، در صورتی در نرم افزار ایمیل این گزینه فعال باشد ، در کامپیوتر شما یک حفره امنیتی ایجاد شده است.
فلدرهای ایمیل آسیب دیده : فلدرهای ایمیل گاهی اوقات آسیب می بینند و محتوای آنها حذف می شود.
عدم وجود Privacy: از آنجایی که POP3 پیام ها را در سیستم لوکال ذخیره می کند، حریم شخصی شما به خطر می افتد چرا که شخص دیگری در صورتی که از کامپیوتر شما استفاده کند ، آنها را خواهد دید. حتی اگر کلاینت ایمیل دارای پسورد باشد ، فردی دیگری از راه های دیگر می تواند لاگین شده و ایمیل ها را بخواند.
داشتن پتانسیل برای آلوده شدن ایمیل ها : حتی اگر تمام ایمیل های شما بر روی لوکال قرار گرفته باشند ، می توانند توسط روش هایی آلوده به ویروس شوند. استفاده از یک آنتی ویروس قطعا مفید خواهد بود اما فقط در 60 درصد موارد مفید می باشد.
مصرف بالای منابع
دانلود کردن فایل های حجیم : دانلود فایل های حجیم با سایر ایمیل ها انجام می شود  که زمان زیادی را رزرو می کنند. دستگاه های موبایل و اتصالات dial up هنگام کار کردن با این پروتکل مشکلاتی را خواهند داشت.بنابراین POP3 نیاز به روزآوری و جلو رفتن با تکنولوژی های مدرن را دارد.