میکروبیوم را می‌توان به عنوان یک جامعه متنوع از ارگانیسم‌ها، مانند جنگل در نظر گرفت که برای حفظ سلامت اکوسیستمی به نام بدن با هم کار می‌کنند. این جامعه ترکیبی از موارد زیر است:
باکتری‌ها
قارچ‌ها (از جمله مخمرها)
ویروس‌ها
تک یاخته‌ها