در صورت عدم درمان فیستول مقعدی چه با لیزر، چه به روش سنتی باعث ایجاد عوارض متععد می شویم، مکرر دچار آبسه و دمل می‌شویم، مکرر باید تخلیه انجام شود مکرر چرک و خون ترشح می شود و در نهایت باعث ایجاد بیماری های بدتر در ناحیه مقعد می‌شود. پس بهتر است بگوییم فیستول یک بیماری است از عوارض بیماری آبسه و هرچه زودتر باید برای درمان آن اقدام نمود.