انجام سی تی اسکن مغز هیچ نوع دردی را برای فرد به همراه نخواهد داشت ولی ممکن است بعضی از افراد چون به صورت طولانی مدت در یک جای ثابت قرار می گیرند کمی احساس ناراحتی داشته باشند. همچنین هستند افرادی که از قرارگیری در فضای تنگ ترس دارند از همین رو پزشک برای اینکه سی تی اسکن را به راحتی انجام دهد دارویی را به بیمار تجویز می کند.