داستان سریال سیتادل جاسوسان نخبه ای که برای سیتادل، یک سازمان جاسوسی که به هیچ کشوری وفاداری ندارد ، را روایت می کند. داستان این سریال خطوط داستانی متفاوتی دارد این دو مامور خبره پس از حادثه ای حافظه خود را از دست داده و در مورد زندگی قبلی خود با مشکلاتی روبرو می شود.