اگرچه جراحی برداشتن رحم (هیسترکتومی) و تخمدان (اوفورکتومی)، موثرترین روش‌های درمان آندومتریوز هستند اما پزشکان معمولا ترجیح می‌دهند برای حفظ قدرت باروری خانم‌ها بیشتر روی برداشتن دقیق تمام بافت ‎های اندومتریوز تمرکز کنند. زیرا برداشتن تخمدان‌ها منجر به کمبود هورمون‌های تولید شده توسط آنها و یائسگی می‌شود.