در مورد عوض کردن خاک بونسای نیز باید بگوییم، خاک بونسای شما زمانی باید عوض شود که خاک آن ضعیف شده باشد.امروزه خاک مخصوص بونسای در بازار موجود است و به راحتی می‌توانید از آن استفاده کنید. این خاک‌ها شامل آکاداما (خرده سفال)، پومیس و سنگ گدازه هستند. بونسای اصولا زمانی که ریشه‌شان همه گلدان را پر کند زمان عوض کردن گلدان‌شان فرا رسیده است. بنابراین در چنین شرایطی باید گلدان آن بزرگ‌تر کرده و مقداری خاک مناسب نیز به آن اضافه کنید. فقط نکته‌ای که دراین باره باید به آن توجه کنید این است که، بهتر است گلدان بونسای را در وسط تابستان یعنی ماه مرداد عوض کنید.