کولونوسکپی به خودی خود خطرناک نیست و روش بسیار مناسبی برای تشخیص فوری بسیاری از سرطان های روده می باشد. اما اگر بیمار شرایط انجام این عمل را نداشته باشد می تواند به بافت روده بیمار آسیب وارد شود. برای مثال کولونوسکپی برای افراد بالای 75 سال خطرناک است و بهتر است انجام نشود.