برای بررسی تراکنش در درخت مرکل، کافی است ریشه درخت و تعداد کمی از مقادیر هش را داشته باشیم. با استفاده از این اطلاعات، می‌توان با ترکیب و هش کردن این اطلاعات، به ریشه درخت برسید. اگر ریشه درخت با ریشه‌ای که در اختیار داشتید، یکی بود، پس تراکنش شما جزئی از درخت است.