شایع‌ترین عوارض جانبی ملاتونین خواب آلودگی در طول روز، سرگیجه و سردرد هستند. ازجمله عوارض با شیوع کمتر می‌توان به درد شکم، استرس خفیف، بی قراری، سردرگمی و احساس افسردگی اشاره کرد.