آبیاری کوکداما معمولا به دو روش صورت می‌گیرد روش خیس کردن با توجه به اندازه کوکدامای خود، یک ظرف مناسب انتخاب کرده و داخل آن را با آبی که به دمای محیط رسیده است پر کنید. می‌توانید از سینک هم استفاده کنید. کوکداما را در آب قرار دهید، طوری که بخش بالایی آن به سمت شما باشد. سپس توپ خزه را به پایین فشار دهید تا توسط آب احاطه شده و جذب آب را آغاز کند. عملیات خیس کردن را برای 10 الی 15 دقیقه یا تا زمانی که توپ خزه کاملا از آب اشباع شده بود، ادامه دهید. سپس کوکداما را از آب خارج کنید و به خوبی توپ خزه را تکان دهید تا آب‌های اضافی از آن خارج شوند. اجازه دهید کوکداما برای دقایقی در یک صافی بزرگ قرار بگیرد تا کمی خشک شود. پس از این مرحله، می‌توانید گیاه را به خانه اصلی خود باز گردانید. روش دوم مرطوب کردن بسیاری از انواع کوکداما، مرطوب شدن را به خیس شدن ترجیح می‌دهند. برای این کار، یک بطری مناسب انتخاب کرده و به کمک آن سطح و اطراف برگها را با آب اسپری کنید. این کار باید در صبح انجام شود، چون با نزدیک شدن به ظهر، نور خورشید قوی‌تر شده و ممکن است سبب سوختن برگهای گیاه شود.