از جمله معایب اتسی می‎توان به موارد زیر اشاره کرد:
•اشباع شدن کالاهای دست‌ساز و قدیمی در بازار آنلاین و وجود رقبای زیاد وجود کپی‌های زیاد که می تواند تهدیدی برای کسب و کار شما باشد.
•برندسازی محدود: به طور کلی همه چیز توسط این سایت استانداردسازی شده و ممکن است ظاهری ایجاد کند که بعضی از فروشندگان آن را دوست نداشته باشند.
•کنترل کامل اتسی بر روی فروشگاه شما: این سایت می‌تواند در صورت تمایل و با تصور نقض قوانین بدون هیچ اخطاری فروشگاه مورد نظر را تعطیل کند.
•ساختار این سایت بر مبنای قیمت‌گذاری پایین‎تر توسط رقبا است حتی اگر قیمت محصول شما پایین باشد باز هم کسانی هستند که سود کمتری مطالبه کنند.