عواملی مانند ورود مواد غیرقابل تجزیه (مانند پلاستیک، فلز و مواد شیمیایی)، عدم تخلیه منظم، وجود درز در مخزن یا زهکشی نامناسب می‌توانند عملکرد سپتیک تانک را مختل کنند. همچنین ورود بیش از حد آب به سیستم ممکن است باعث overflow یا خروج فاضلاب تصفیه نشده شود.