سیستم های کروماتوگرافی لایه نازک – اسپکترومتر جرمی به دو دسته آنالیز جرمی مستقیم که با نمونه برداری مستقیم از سطح صفحه کروماتوگرافی لایه نازک در کمتر از یک دقیقه و انتقال به طیف سنج جرمی انجام می شود. آنالیز جرمی غیر مستقیم که در آن پس از مراحل تفکیک و جداسازی توسط کروماتوگرافی لایه نازک، نمونه از روی صفحه تراشیده، استخراج خالص سازی شده و در نهایت به دستگاه طیف سنج جرمی تزریق می شود.