عوارض لیزر فرکشنال کم است و عمدتا در مدت چند روز برطرف می شوند. تورم، التهاب و قرمزی از شایع ترین عوارض و سوزش صورت، حساسیت جزئی و خشکی صورت از دیگر عوارض احتمالی لیزردرمانی است. بروز عوارض جانبی به تفاوت جنس پوست و ویژگی های جسمی مختلف افراد بسیار وابسته است. با رعایت نکات مراقبت بعد از لیزر فرکشنال، این موارد جزئی نیز بعد از چند روز برطرف می شوند.