برای ثبت شرکت دانش بنیان باید ابتدا شرکت خود را در سازمان ثبت اسناد و املاک کشور، به عنوان یک مؤسسه تعاونی یا شرکت حقوقی خصوصی ثبت کنید. سپس با ثبت نام در سامانه دانش بنیان فرم درخواست ارزیابی را تکمیل کنید. در انتها با دریافت تأییدیه صلاحیت از کارگروه ارزیابی و تشخیص شرکت ها و مؤسسات دانش بنیان از تسهیلات و مزایای صندوق نوآوری  شکوفایی بهره مند شوید.