در مواردی که کیست باعث نازایی و اختلال عملکرد تولید مثل و تخمدان‌ها می‌شود، عمل جراحی کیست تخمدان می‌تواند تغییراتی را در قدرت باروری زنان ایجاد کند. اما کیست لزوما منجر به ناباروری نمی‌شود. در واقع بسیاری از کیست‌ها نظیر کیست عملکردی تخمدان نیاز به عمل ندارد و به دلیل درمان ساده با دارو و یا خود به خود، مشکلی در بارداری ایجاد نمی‌کند.