موارد منع مصرف مغناطیس درمانی، عبارت‌اند از:
- استفاده از ضربان‌سازها یا دفیبریلاتور خودکار داخلی
- بارداری
- وجود بدخیمی ها
- عفونت‌های حاد / سل فعال
- اختلالات غدد درون ریز
- خون‌ریزی‌ها