تفاوت اصلی نوع کاربرد آنهاست و با توجه به اینکه مخازن تک لایه از مواد پلی اتیلن بی رنگ تولید شده به نسبت ظاهر شفافی دارند به طوری که سطح مایع داخل مخزن قابل رویت است .مخازن سه لایه از سه لایه ( لایه اول سفیــد+ لایه دوم مشکی نفوذناپذیر در برابر نور و لایه سوم سفید تشکیل شده است که لایه مشکی به دلیل نفوذناپذیری ضد جلبک می باشد ) ولی مخـــازن سه لایه بدلیل داشتـن لایه های رنگی (مانع نفوذ نور خورشید به داخل مخزن می شود) در نتیجه آب در مخزن جلبک نمی زند.