زخم معده معمولاً توسط باکتری هلیکوباکتر پیلوری (H. pylori) یا داروهای ضد التهابی غیر استروئیدی (NSAIDs) ایجاد می شود. اینها می توانند دفاع معده را در برابر اسیدی که برای هضم غذا تولید می کند، از بین ببرند و به مخاط معده آسیب ببینند و زخم ایجاد شود.