فلوروسکوپی یک روش ایمن و غیرتهاجمی است، اما مانند سایر روش‌های تصویربرداری با اشعه ایکس، می‌تواند خطر ابتلا به سرطان را افزایش دهد. هرچند میزان این خطر بسیار کم است و معمولاً فواید آن بیشتر از خطرات است.