افلوکساسین برای درمان عفونت های باکتریایی خاص در بسیاری از قسمت های مختلف بدن استفاده می شود. افلوکساسین ممکن است علائم سیفلیس را بپوشاند یا به تاخیر بیاندازد. در برابر عفونت های سیفلیس موثر نیست.