نگهداری باغ‌بام بسیار مهم است و گاهی یکی از مهم‌ترین موانع ایجاد آن‌ها محسوب می‌شود. حتما قبل از طراحی باغ‌بام به برنامه نگهداری آن فکر کنید، زیرا همه باغ‌های سقف نیاز به نگهداری دارند. کلیه ساختمان‌های تجاری با باغ‌بام ملزم به بررسی حداقل دوبار در سال هستند. تعمیر و نگهداری باغ‌بام و تعداد آن در سال به نوع روف‌گاردن بستگی دارد.