پنیرهای مختلف با استفاده از شیر گاو، بز، گوسفند، بوفالو و یا حتی ترکیبی از این‌ها تهیه می‌شوند و این از مهم‌ترین تفاوت‌های میان پنیرها است. با این حال می‌توان به فاکتورهای دیگری مانند کشور یا منطقه سازنده، مدت‌زمان عمل آمدن پنیر، بافت، طعم و روش تهیه آن هم اشاره کرد.