انجام پیوند استخوان فک ممکن است عوارضی داشته باشد که با عمل به توصیه‌های داندان‌پزشکتان قابل کنترل است. کبودی و تورم پس از عمل تا حدودی شایع است؛ همچنین درد و خونریزی در محل جراحی تا چند روز پس از عمل ممکن است ادامه پیدا کند. حساس‌شدن دندان‌ها به سرما و گرما نیز از جمله عوارض عمل پیوند استخوان است که برخی بیماران آن را تجربه می‌کنند و مدتی طول می‌کشد تا بهبود یابد.