هیچ راه مطمئنی برای پیشگیری از سرطان مقعد وجود ندارد، اما واکسینه شدن علیه HPV و اجتناب از سیگار خطر ابتلا به آن را کاهش می‌دهد. واکسن HPV معمولا برای نوجوانان توصیه می‌شود.