زمان کار با جوش الکتروفیوژن ممکن است با محدودیت هایی مواجه شویم که این امر یک پدیده طبیعی است و همانطور که الکتروفیوژن دارای مزیت های بیشماری است از معایت و محدودیت هایی نیز برخوردار است. از جمله معایب اتصالات الکتروفیوژن می توان به هزینه بالا برای انجام دادن اتصالات لوله های ضخیم و عدم بازیافت قطعات لوله ها به دلیل وجود سیم پیچی اشاره کرد به همین خاطر باید هنگام جوش با دقت بالایی عمل کنیم.