ووکامرس از رمزگذاری قوی و به‌روزرسانی‌های مکرر برای ایمن‌سازی تراکنش‌های آنلاین استفاده می‌کند. این افزونه با مقررات عمومی حفاظت از داده‌های اتحادیه اروپا (GDPR) و استانداردهای امنیت داده‌های صنعت کارت پرداخت (PCI DSS) مطابقت دارد و یک تجربه خرید ایمن برای کاربران و قابلیت اطمینان برای صاحبان فروشگاه را تضمین می‌کند.