مانند هر روش پزشکی، لیزر هموروئید نیز می‌تواند عوارض جانبی داشته باشد. عوارض جانبی رایج لیزر هموروئید شامل درد، خونریزی و ناراحتی است. عوارض جانبی جدی‌تر، مانند عفونت و بی‌اختیاری، نادر است.