پس از تخلیه فیستول مقعدی و خشک کردن عفونت لازم است که بیمار ۳ تا ۴ مرتبه و هر بار به مدت ۲۰ دقیقه در لگن آب گرم حاوی چند قطره بتادین بنشیند تا محل چرک ضدعفونی شود.   این کار تا رفع کامل التهاب که حدود دو هفته است ادامه می یابد. اگر التهاب بعد از جراحی فیستول مقعدی شدید باشد، بر اساس نظر پزشک جراح، آنتی بیوتیک تزریقی یا خوراکی نیز برای بیمار تجویز می شود. در صورت وجود درد ناشی از برش، می توان از داروی مسکن استفاده کرد. معمولا التهاب پس از حدود یک هفته فروکش خواهد کرد. بهترن روش جهت تخلیه و خارج کردن آبسه و فیستول مقعدی استفاده از لیزر است زیرا لیزر به بافت سالم اطراف فیستول صدمه نمی زند و مسلما ناحیه برش داده شده با لیزر خیلی سریعتر بهبود پیدا می کند.