علت آن هنوز ناشناخته است اما ممکن است در ارتباط با سیستم عصبی باشد در این بیماران کولون بیش از حد به سیگنالهای عصبی مغزی و محیطی واکنش نشان می‌دهد و لذا معمولا آغازگر علایم این سندروم یک تنش هیجانی، اضطراب یا استرس است، گرچه استفاده از برخی از انواع غذا‌ها هم می‌تواند دخیل باشد.