عملیات گمرکی شامل هزینه هایی هستند که مجموعا به آنها هزینه های گمرکی گفته می شود. هزینه های گمرکی شامل انبارداری، صفافی، باربری، تخلیه، تعرفه آزمایشگاه، بارگیری، بدرقه کالا، کارشناسی کالا، و غیره... هستند که از صاحب کالا دریافت می شود. همچنین مدت زمان ترخیص کالا به عوامل مختلفی مانند نوع کالای وارداتی، مجوزهای مورد نیاز، شرکت ترخیص کالا و ... بستگی دارد.