واکسن در جلوگیری از ابتلا به زگیل تناسلی زمانی موثر واقع می شود که: 1.عامل ایجاد زگیل از نوع HPV6,HPV11,HPV16 و یا HPV18 باشد. بالای صد نوع ویروس HPV وجود دارد که مییتواند منجر به زگیل تناسلی شود واکسن فقط روی تعداد محدودی از انواع ویروس HPV تاثیر دارد که در بخش های بالاتر ذکر شده است. 2.تزریق واکسن در سن مناسب انجام شود. بهترین زمان برای تزریق واکسن زیر 26 سالگی است. 3.دوره تزریق واکسن که شامل 3 دوز می باشد کامل انجام شود.