افرادی که به گلوتن حساسیت دارند، باید از مصرف مکمل‌های جوانه گندم که حاوی گلوتن است، اجتناب کنند. همچنین، کسانی که رژیم غذایی کم‌کربوهیدرات دارند نیز باید مراقب سهم جوانه گندم خود باشند، زیرا یک فنجان از آن حاوی تقریبا 60 گرم کربوهیدرات است. روغن جوانه گندم سرشار از تری‌گلیسیرید است وافراد مبتلابه بیماری قلبی باید میزان مصرف خود را کنترل کنند، زیرا سطوح بالای تری‌گلیسیرید با اثرات نامطلوب سلامتی مرتبط است. عصاره جوانه گندم نیز در برخی افراد عوارض جانبی خفیفی مانند اسهال، حالت تهوع، نفخ و سرگیجه ایجاد می‌کند.