به طور معمول برای درمان فتق دیافراگم در کودکان و نوزادان ابتدا به کمک دستگاه‌های اکسیژن رسانی، اکسیژن کافی برای بدن تامین شده و سپس کودک و یا نوزاد توسط جراحان اطفال برای جراحی رفع سوراخ دیافراگم آماده خواهند شد.