برای اطمینان از کارآمدی یک سیستم مدیریت ایمنی غذایی، باید به مراحل تشخیص نیازها و انتظارات مشتریان، برنامه‌ریزی سیستم مدیریت ایمنی غذایی، تعیین مسئولیت‌ها و وظایف و ارزیابی عملکرد و بهبود مداوم توجه کرد و از اجرای موثر این مراحل اطمینان حاصل کرد.