هلیکوباکتر پیلوری از طریق دهان وارد بدن می شود، از طریق دستگاه گوارش حرکت می کند و معده یا قسمت اول روده کوچک را آلوده می کند. این باکتری مارپیچی شکل از تاژک های دم مانند خود برای حرکت در اطراف و سوراخ کردن داخل مخاط معده استفاده می کند که باعث التهاب می شود.