PCR test võimaldab määrata ainult viiruse geneetilise materjali olemasolu, mitte selle nakatamisvõimet. Eluvõimelise viiruse olemasolu saab määrata vaid viiruse kasvatamisega rakukultuuris, kuid see on kõrge hinna ja ajamahukuse (kulub mitu nädalat) tõttu tavadiagnostikasse sobimatu.
SARS-CoV-2 PCR test ei võimalda täpset viiruse hulga määramist, kuid kaudselt saab viiruse hulka patsiendi proovimaterjalis hinnata Ct väärtuste kaudu.