Ekilexis saab ala- ja ülaindekseid lisada nupu „Lisa märgendus“ alt. Üla- ja alaindekseid saab lisada kõigile tekstiväljadele, kuhu on võimalik ise infot kirjutada: termin, definitsioon, kasutusnäide, märkus.
1. Kõigepealt peaksite minema hiirega soovitud välja peale, millele indeksit lisada soovite (nt termin). Peaksite vajutama tekkinud sinisele muutmisnupule.
2. Seejärel peaksite valima (märgistama) selle osa, mida üla- või alakirja panna soovite.
3. Pärast seda peaksite vajutama rohelisele nupule kirjaga „Lisa märgendus“.
4. Avanevast menüüst peaksite olenevalt soovist valima kas üla- või alaindeksi.
5. Seejärel peaksite vajutama „Salvesta“.
Siis ilmub soovitud üla- või alaindeks kirjesse.