Balti Börs on laias pildis siiski riskantne investeering, kuna see on alles arengu algfaasis. Turul puudub likviidsus, mis võib kaasa tuua suure hinnakõikumise. Lisaks on Balti börsil noteeritud ettevõtteid piiratud arv, mistõttu on investoritel vähem võimalusi aktsiate valikul. Teine risk, mis on seotud Balti börsile investeerimisega, on piirkonna poliitiline ebastabiilsus. Balti riigid asuvad strateegiliselt olulises piirkonnas ja on sageli Venemaa sõjalise agressiooni sihtmärgiks. Seetõttu ei pruugi nende riikide valitsused olla suutelised pakkuma.