Kuigi 99.9% kordadest saab Tagatisfondiga tagatud raha tagasi, ei tähenda see päris jäägitut tagastamist. Siin on mõned hoiused, mis on välistatud:
Eesti või välisriigi krediidiandja, e-raha asutuse, makseasutuse, kindlustusandja, investeerimisfondi hoius.
Hoiused, mille omanikul on sissenõutavaid kohustusi krediidiasutuse ees. Kohustuse korral kasutatakse hoiuse summat esmalt kohustuste katmiseks.
Hoiused, mille puhul pole võimalik hoiuse omanikku selgeks teha.
Hoiused, mis on seotud rahapesuga.