Η ενδοσκοπική μυοτομή είναι μια πολύ νέα τεχνική για την αντιμετώπιση της αχαλασίας οισοφάγου. Γίνεται με τη χρήση ενός γαστροσκοπίου υπό γενική αναισθησία και επομένως δεν έχει χειρουργικές τομές. Μετά την είσοδο του γαστροσκοπίου από το στόμα στον οισοφάγο, δημιουργείται μια τρύπα στους δύο πρώτους χιτώνες του τοιχώματος του (βλεννογόνος, υποβλεννογόνιος) λίγο κάτω από τη μεσότητά του. Στη συνέχεια, δημιουργείται ένα τούνελ μεταξύ υποβλεννογονίου και μυικού χιτώνα, μέσα στο οποίο προωθείται το γαστροσκόπιο. Αφού προωθηθεί αρκετά, με ένα ειδικό εργαλείο γίνεται μυοτομή, η οποία επεκτείνεται προς τα κάτω. Μετά το τέλος της διαδικασίας, η αρχική τρύπα κλείνεται με ειδικά κλιπ. Όπως προαναφέρθηκε, η τεχνική είναι πολύ καινούρια, εφαρμόζεται σε ελάχιστα κέντρα στον κόσμο, οι ασθενείς που έχουν υποβληθεί σε αυτήν είναι πολύ λίγοι, επομένως δεν μπορούν να βγουν ασφαλή συμπεράσματα όσον αφορά την επάρκεια της μεθόδου, την διάρκεια των αποτελεσμάτων στο χρόνο, τις επιπλοκές, και την παλινδρόμηση μετά τη μυοτομή. Η λαπαροσκοπική μυοτομή παραμένει, προς το παρόν, η μέθοδος εκλογής για την αντιμετώπιση της αχαλασίας οισοφάγου.