Για την κυκλοφορία επιβατηγών και οχηματαγωγών, υπάρχουν τρία σημαντικά λιμάνια μέσα και γύρω από το Ταλίν: το Old City Harbor, το Muuga Harbor και το Paldiski. Το λιμάνι του Paldiski δεν βρίσκεται ακριβώς στο Ταλίν, αλλά θα το συμπεριλάβουμε επειδή είναι στενά συνδεδεμένο.