Τα ένζυμα είναι φυσικές πρωτεΐνες που επιταχύνουν τις χημικές αντιδράσεις στα απόβλητα. Στους βόθρους, τα ένζυμα βοηθούν στη διάσπαση των συσσωρευμένων οργανικών υλικών όπως τα λίπη, τα έλαια και σάκχαρα καθιστώντας τα ευκολότερα στην απορρόφηση και την απομάκρυνση.