Κατά τη διάρκεια μιας ακρορριζεκτομής (η πιο κοινή μικροχειρουργική ενδοδοντική θεραπεία), ανοίγεται ο ιστός των ούλων κοντά στο δόντι για να αποκαλυφθεί το υποκείμενο οστό και ο μολυσμένος ιστός αφαιρείται. Το άκρο της ρίζας αφαιρείται επίσης και μπορεί να τοποθετηθεί ένα υλικό έμφραξης για να σφραγιστεί ανάστροφα ο ριζικός σωλήνας.   Τα τοπικά αναισθητικά κάνουν τη διαδικασία άνετη και οι περισσότεροι ασθενείς επιστρέφουν στις κανονικές τους δραστηριότητες την επόμενη μέρα. Επίσης θα χρειαστεί να τοποθετηθούν ράμματα στα ούλα για να επισπευσθεί η σωστή επούλωση του υποκείμενου ιστού. Σε λίγους μήνες, το οστό θα επουλωθεί πλήρως γύρω από το άκρο της ρίζας.