Οι γαστρεντερολόγοι, για να κάνουν διάγνωση μιας πεπτικής πάθησης, αρχικά εξετάζουν το ιατρικό ιστορικό του ασθενή τους, το οικογενειακό ιστορικό του και τα συμπτώματά του και ακολούθως στρέφονται σε μια σειρά από διαγνωστικές διαδικασίες, όπως:  Εξετάσεις αίματος: Αναζήτηση ενζύμων που υποδηλώνουν πεπτικά προβλήματα. Κολονοσκόπηση: Εισαγωγή ενός εύκαμπτου σωλήνα από τον πρωκτό, για έλεγχο του εσωτερικού του παχέος εντέρου, για αναζήτηση σημαδιών καρκίνου. Ενδοσκόπηση: Εισαγωγή ενός λεπτού ευκάμπτου σωλήνα από το στόμα, προς τον οισοφάγο, στο στομάχι και το δωδεκαδάκτυλο, για εσωτερικό έλεγχο μερών του πεπτικού συστήματος.  Άλλες διαγνωστικές εξετάσεις στις οποίες στρέφονται οι γαστρεντερολόγοι είναι οι ακόλουθες:  Ακτινογραφία στην περιοχή της κοιλιάς  Υπέρηχος στην περιοχή της κοιλιάς Βάριο κλύσμα Εξέταση γαστρικής κένωσης Σιγμοειδοσκόπηση Μελέτη μανομετρίας υψηλής ευκρίνειας Ανορθική μανομετρία Διερευνητική λαπαροσκόπηση Τεστ αναπνοής υδρογόνου Ενδοσκοπικό υπερηχογράφημα (EUS) Ενδοσκόπηση με κάψουλα Αξονική τομογραφία (CT) για έλεγχο της κοιλιάς, του παγκρέατος, του ήπατος ή των χοληφόρων οδών Βιοψία ήπατος Ενδοσκοπική ανάδρομη χολαγγειοπαγκρεατογραφία (ERCP)