Παρά την αξία της πρόπολης, αυτή μπορεί να σχετίζεται με συγκεκριμένες παρενέργειες. Αυτές είναι οι εξής:
Αλλεργία στο μέλι και στα μελισσοκομικά προϊόντα
Πιθανή αύξηση αιμορραγίας, λόγω τις ιδιότητας της πρόπολης να εμποδίζει την πηξη του αίματος.
Πιθανή επιδείνωση άσθματος
Πιθανές επιπλοκές κατά τη διάρκεια της εγκυμοσύνης και του θηλασμού.
Πιθανές επιπλοκές σε αλληλεπίδραση με κάποια φάρμακα, όπως είναι η προπρανολόλη και κάποια αντικαταθλιπτικά, όπως είναι τα SSRIs