Αν η σύφιλη δεν θεραπευτεί, μπορεί να προκαλέσει σοβαρές βλάβες σε όλο το σώμα. Η σύφιλη αυξάνει επίσης τον κίνδυνο μόλυνσης με τον ιό HIV, ενώ απειλεί τις γυναίκες με σοβαρά προβλήματα κατά τη διάρκεια της κύησης. Η θεραπεία μπορεί να προλάβει μελλοντικές βλάβες, αλλά δεν μπορεί να διορθώσει ή να αναστρέψει βλάβες που έχουν ήδη προκληθεί.
Μικρά εξογκώματα ή ογκίδια. Αυτά τα εξογκώματα μπορεί να αναπτυχθούν στο δέρμα, τα οστά, το ήπαρ ή οποιοδήποτε άλλο όργανο του σώματος στα τελικά στάδια της νόσου. Τα ογκίδια αυτά εξαφανίζονται μετά από θεραπεία με αντιβιοτικά.
Νευρολογικά προβλήματα. Η σύφιλη μπορεί να προκαλέσει μία σειρά από προβλήματα στο νευρικό σύστημα, όπως εγκεφαλικό, μηνιγγίτιδα, κώφωση, διαταραχές στην όραση και άνοια.
Καρδιαγγειακά προβλήματα. Μπορεί να προκληθεί ανεύρυσμα και φλεγμονή στην αορτή (τη μεγαλύτερη αρτηρία του σώματος), καθώς και σε άλλα αιμοφόρα αγγεία. Η σύφιλη μπορεί επίσης να επιφέρει βλάβες στις βαλβίδες της καρδιάς.
Μόλυνση HIV. Έχει υπολογιστεί ότι οι ενήλικες με σεξουαλικά μεταδιδόμενη σύφιλη ή άλλα έλκη στα γεννητικά όργανα έχουν 2 έως 5 φορές περισσότερες πιθανότητες να προσβληθούν με τον ιό HIV. Μία πληγή της σύφιλης αιμορραγεί εύκολα, παρέχοντας έτσι μία οδό στον ιό HIV για να εισέλθει στην κυκλοφορία του αίματος κατά τη διάρκεια της σεξουαλικής επαφής.
Επιπλοκές στην κύηση και τον τοκετό. Αν μία γυναίκα είναι έγκυος, τότε μπορεί να μεταδώσει τη σύφιλη στο αγέννητο μωρό της. Η συγγενής σύφιλη αυξάνει δραματικά τον κίνδυνο αποβολής, θνησιγένειας και θανάτου του νεογνού μέσα στις πρώτες μέρες της ζωής του.