Η χλαμυδιακή λοίμωξη χαρακτηρίζεται «σιωπηρή νόσος» (silent epidemic), επειδή σε μεγάλο ποσοστό ασθενών είναι ασυμπτωματική. Ιδιαίτερα στις γυναίκες η νόσος δεν εμφανίζει συμπτώματα στο 70-80% των περιπτώσεων και για το λόγο αυτό μπορεί να διαπιστωθεί πολύ καιρό μετά τη μόλυνση του ατόμου. Αρχικά, προκαλεί τραχηλίτιδα και στη συνέχεια μπορεί να επεκταθεί στις σάλπιγγες και τα άλλα γεννητικά όργανα. Τα συμπτώματα μπορεί να περιλαμβάνουν βλεννοπυώδεις κολπικές εκκρίσεις, ανώμαλη αιμορραγία της μήτρας ή αιμορραγία μετά την επαφή, κοιλιακό πόνο, πόνο κατά τη σεξουαλική επαφή (δυσπαρεύνια), πυρετό, πόνο κατά την ούρηση, συχνοουρία, τοπική ερυθρότητα, κνησμό ή οίδημα του κόλπου.
Στους άντρες, ποσοστό 50% δεν εμφανίζει καθόλου συμπτώματα, ενώ στο υπόλοιπο 50% εμφανίζονται συμπτώματα ουρηθρίτιδας (λοίμωξης της ουρήθρας), με συνηθέστερα τον πόνο ή το κάψιμο κατά την ούρηση, ασυνήθιστες εκκρίσεις από το πέος, πρησμένους ή μαλακούς όρχεις ή πυρετό. Αν το βακτήριο εξαπλωθεί στους όρχεις, προκαλεί επιδιδυμίτιδα, η οποία σπανίως μπορεί να προκαλέσει ακόμη και στειρότητα, αν δεν αντιμετωπιστεί εγκαίρως. Επίσης, τα χλαμύδια μπορούν να προκαλέσουν προστατίτιδα.