Η χρήση αντιβιοτικών προκαλείδυσλειτουργία στη φυσιολογικήμικροβιακή χλωρίδα με τηνυπερανάπτυξη δυνητικά παθογόνων καιτοξικών μικροοργανισμών, οδηγώντας σεταχεία μείωση του ταξινομικούπλούτου, της ομοιομορφίας και τηςποικιλομορφίας. Πράγματι, μετατοπίζειτη σύνθεση του εντερικούμικροβιώματος προς μια κατάστασηαυξημένης ποσότητας παθογόνωνβακτηρίων μειώνοντας περαιτέρω τουςπληθυσμούς των ωφέλιμωνμπιφιντοβακτηρίων. Η χρήσηαντιβιοτικών κατά τις πρώτες ημέρεςτης ζωής καθυστερεί τον αποικισμό τωνμπιφιντοβακτηρίων στο έντερο. Μιασυχνή ανεπιθύμητη ενέργεια τηςθεραπείας - και ταυτόχρονα αρκετάσυχνή επιπλοκή - με αντιβιοτικά, είναιη ανάπτυξη διάρροιας σχετιζόμενης μεαντιβιοτικά.