Η λειτουργία του rTMS στηρίζεται στη χρήση μαγνητικού πεδίου το οποίο μπορεί να προκαλέσει θέρμανση ή μετακίνηση μεταλλικών αντικειμένων κοντά στο πηνίο. Ως εκ τούτου ασθενείς με μη αφαιρούμενα μαγνητικὠς ευαίσθητα μέταλλα ή μεταλλικές συσκευές που έχουν εμφυτευτεί στο κεφάλι ή σε μέρος του σώματος κοντά στο πηνίο δεν θα πρέπει να λάβουν θεραπεία με rTMS.  Για παράδειγμα ασθενείς με κοχλιακά εμφυτεύματα, διεγέρτες εγκεφάλου, στεντ ή δετήρες ανευρύσματος, θραύσματα σφαιρών, εμφυτευμένα ηλεκτρόδια κ.α. ΔΕΝ πρέπει να χρησιμοποιήσουν τη μέθοδο rTMS. Σημείωση: Τα τυπικά συμπληρώματα οδοντικού αμαλγάματος (σφραγίσματα) δεν επηρεάζονται από το μαγνητικό πεδίο και είναι αποδεκτά σε ασθενείς.