Οι Βιταμίνες του συμπλέγματος Β - άρα και η Β12 - θεωρούνται γενικά ασφαλείς. Ως υδατοδιαλυτές δεν αποθηκεύονται στον οργανισμό. Κρατάμε όσο χρειαζόμαστε και τα υπόλοιπα αποβάλλονται με τα ούρα. Οι πιο συχνές παρενέργεις είναι γαστρεντερικής φύσης πχ. διάρροια, εμετός. Υπερβολική δόση Β12 μπορεί να προκαλέσει ακμή και ερεθισμούς στο δέρμα.