Το Αγκίστρι διαθέτει δύο φυσικά λιμάνια, ένα στην πρωτεύουσα του νησιού, το Μεγαλοχώρι, και ένα στην περιοχή Σκάλα. Όσοι επιθυμούν να ταξιδέψουν στο Αγκίστρι, μπορούν να μεταβούν στο νησί ακτοπλοϊκώς. Τα δρομολόγια πλοίων ξεκινούν από το λιμάνι του Πειραιά σε τακτά χρονικά διαστήματα. Τα ακτοπλοϊκά ταξίδια με συμβατικό πλοίο από Πειραιά έχουν προορισμό το λιμάνι της Σκάλας και η διαδρομή διαρκεί περίπου 1:30 ώρα. Δρομολόγια πραγματοποιούνται επίσης και με ιπτάμενο δελφίνι από Πειραιά προς το λιμάνι του Μεγαλοχωρίου με διάρκεια διαδρομής περίπου 55 λεπτά.
Εναλλακτικά, στο Αγκίστρι μπορείτε να μεταβείτε και από την Αίγινα, είτε με θαλάσσιο ταξί, είτε με το Agistri Express. Μπορείτε επίσης να χρησιμοποιήσετε το φέρρυ που κάνει τη διαδρομή Πειραιάς - Αίγινα - Αγκίστρι. Η Αίγινα συνδέεται και με τα δύο λιμάνια του Αγκιστρίου.