Τα στομαχικά έλκη προκαλούνται σχεδόν πάντα εξαιτίας:
Μιας λοίμωξης από το βακτήριο Helicobacter pylori
Μακροχρόνιας χρήσης μη στεροειδών αντιφλεγμονωδών φαρμάκων, όπως η ασπιρίνη, η ιβουπροφαίνη ή η ναπροξένη
Σπάνια, μία πάθηση γνωστή ως σύνδρομο Zollinger-Ellison μπορεί να προκαλέσει στομαχικά και εντερικά έλκη, αυξάνοντας την παραγωγή οξέος από το σώμα. Το εν λόγω σύνδρομο θεωρείται ότι προκαλεί λιγότερο από το 1% όλων των πεπτικών ελκών.