Τα εκπαιδευτικά προγράμματα σχεδιάζονται από τους μουσειοπαιδαγωγούς του εκάστοτε Μουσείου-Πολιτιστικού Φορέα και προσαρμόζονται κατάλληλα για χρήση σε  ψηφιακό περιβάλλον με την καθοδήγηση της έμπειρης ομάδας της Museotek. Επιπροσθέτως δίνεται η δυνατότητα συνεργασίας με την ομάδα μουσειοπαιδαγωγών της Museotek προκειμένου να σχεδιαστεί από την αρχή ένα ολοκληρωμένο ψηφιακό εκπαιδευτικό πρόγραμμα που θα αξιοποιεί το υλικό και άυλο πολιτιστικό απόθεμα του εκάστοτε Μουσείου-Πολιτιστικού Φορέα.