Η μόνη αντένδειξη είναι η αλλεργία. Αν εμφανιστούν δυσάρεστα συμπτώματα μετά τη λήψη πρόπολης (φαγούρα στο στόμα, εξανθήματα, ναυτία, διάρροια) σταματάμε τη λήψη της πρόπολης και συμβουλευόμαστε αλλεργιολόγο. Πιο συνηθισμένη είναι η εξ επαφής αλλεργία από πρόπολη στο δέρμα. Η πρόπολη δεν φαίνεται να αλληλεπιδρά αρνητικά με άλλα φάρμακα, (Π.χ. έχει αποδεδειχθεί πειραματικά ότι αυξάνει την αποτελεσματικότητα των αντιβιοτικών) ωστόσο είναι καλό να ενημερώνουμε το γιατρό μας ότι παίρνουμε πρόπολη γιατί ενημερώνεται και ο ίδιος για τα ευεργετικά αποτελέσματα της. Βοηθάμε έτσι να διαδοθεί η χρήση της και να γίνει ευρύτερα αποδεκτή!