Η μετάδοση του HPV στον πρωκτό γίνεται κυρίως με την πρωκτική σεξουαλική επαφή. Υπάρχουν όμως και άλλοι τρόποι μόλυνσης όπως η χρήση σεξουαλικών βοηθημάτων και η πολύ στενή επαφή δέρματος με δέρμα κατά τη διάρκεια της σεξουαλικής πράξης (π.χ. τα χάδια και η περιγεννητική-περιπρωκτική επαφή). Επίσης η μετάδοση του ιού στον πρωκτό μπορεί να γίνει και στο ίδιο το άτομο από τα γεννητικά όργανα με το σκούπισμα, το ξύσιμο, το τρίψιμο και το ξύρισμα. Επομένως δεν είναι απαραίτητο να υπάρξει πλήρης πρωκτική διείσδυση για να μολυνθεί ο πρωκτός από τον HPV. Αυτό αποδεικνύεται και από την ύπαρξη περιπρωκτικών αλλά ενδοπρωκτικών κονδυλωμάτων σε straight άντρες και σε γυναίκες που δεν είχαν ποτέ πρωκτική επαφή.