Η γαστροοισοφαγική παλινδρόμηση προκαλείται όταν δε λειτουργεί σωστά ο κατώτερος οισοφαγικός σφιγκτήρας, ένας μικρός μυώδης δακτύλιος που ρυθμίζει τη δίοδο της τροφής από τον οισοφάγο στο στόμαχο. Αυτό έχει ως συνέπεια το περιεχόμενο του στομάχου, που έχει υψηλή περιεκτικότητα σε οξέα και αλκάλεα, να παλινδρομεί πίσω προς τον οισοφάγο.