Το Βασικό Κληροδότημα (ή Λειτουργικό Βασικό Κληροδότημα) καθιερώθηκε το 1997 με σκοπό να παρέχει τους απαραίτητους πόρους για την κάλυψη των ετήσιων λειτουργικών εξόδων του Ινστιτούτου, όπως μέρος της μισθοδοσίας, έξοδα γραφείου, έξοδα δημοσίευσης του ενημερωτικού δελτίου, έξοδα σχετικά με τις διαλέξεις κτλ. Το κληροδότημα αποτελεί τη βασικότερη πηγή εισοδήματος που δημιουργήθηκε από το ΚΙΕ για την κάλυψη των γενικών εξόδων.