Η θεραπεία είναι φαρμακευτική και θα πρέπει να χορηγείται ακόμα και σε ασθενείς με υποκλινικό υποθυρεοειδισμό εφ’ όσον αρχίζουν να έχουν συμπτώματα. Χορηγείται λεβοθυροξίνη ανάλογα με το σωματικό βάρος του ατόμου και παρακολουθούνται οι τιμές της TSH δια βίου.