Η πρόληψη είναι ζωτικής σημασίας στην παιδοδοντιατρική για την αποφυγή οδοντιατρικών ζητημάτων προτού προκύψουν. Οι τακτικές εξετάσεις, οι θεραπείες με φθόριο και η εκπαίδευση σχετικά με τη σωστή στοματική υγιεινή συμβάλλουν στη μακροπρόθεσμη στοματική υγεία.