Η ορθοσκόπηση, η σιγμοειδοσκόπηση και η κολονοσκόπηση είναι ακατάλληλες γιατί ελέγχουν ένα μεγάλο μέρος του παχέος εντέρου όπου δεν εμφανίζονται κονδυλώματα και HPV βλάβες. Επίσης οι ενδοεπιθηλιακές βλάβες του πρωκτού είναι συνήθως μικρές, μαλακές και έχουν το χρώμα του φυσιολογικού βλεννογόνου. Κατά συνέπεια δεν είναι αναγνωρίσιμες με τις παραπάνω εξετάσεις, συμπεριλαμβανομένης και της απλής πρωκτοσκόπησης. Οι HPV βλάβες αναπτύσσονται στα πρώτα 5-7 εκατοστά του πρωκτού και του κατωτέρου ορθού. Θεωρείται διεθνώς πλέον ότι η καταλληλότερη εξέταση για τη διάγνωση και θεραπεία των HPV βλαβών είναι η πρωκτοσκόπηση υψηλής ευκρίνειας, η οποία πρέπει να διενεργείται από εξειδικευμένο χειρουργό-πρωκτολόγο. Κατά τη διάρκεια αυτής της εξέτασης χρωματίζεται ο βλεννογόνος του πρωκτού με ειδικά διαλύματα οξικού οξέος και Lugol. Στη συνέχεια αναγνωρίζονται τα κονδυλώματα και όλες οι HPV αλλοιώσεις με τη βοήθεια μικροσκοπίου και ισχυρής δέσμης φωτός. Εάν υπάρχουν ύποπτες βλάβες στον πρωκτό λαμβάνονται βιοψίες και εάν αυτές αναδείξουν προκαρκινική βλάβη, η πρωκτοσκόπηση υψηλής ευκρίνειας επαναλαμβάνεται για να γίνει η αφαίρεση ή ο καυτηριασμός των βλαβών αυτών.