Οι παιδίατροι ακολουθούν τα εθνικά προγράμματα εμβολιασμών που περιλαμβάνουν εμβόλια κατά ασθενειών όπως η ηπατίτιδα Β, ο ροταϊός, το DTaP (διφθερίτιδα, τέτανος και κοκκύτης), το Hib (αιμόφιλος της γρίπης τύπου b), ο πνευμονιόκοκκος, ο πολιοϊός, το MMR (ιλαρά, παρωτίτιδα και ερυθρά), η ανεμοβλογιά (ανεμοβλογιά) και η ηπατίτιδα Α. Το πρόγραμμα για αυτούς τους εμβολιασμούς ποικίλλει ανάλογα με τη χώρα και τις ατομικές ανάγκες υγείας. Οι παιδίατροι παρέχουν εξατομικευμένες συστάσεις με βάση την υγεία του παιδιού, τους κινδύνους έκθεσης και τυχόν ταξιδιωτικά σχέδια. Οι εμβολιασμοί αποτελούν κρίσιμο μέρος της προληπτικής υγειονομικής περίθαλψης, προσφέροντας προστασία από διάφορες δυνητικά σοβαρές ασθένειες.