Η μαγνητική τομογραφία προσφέρει την καλύτερη δυνατή απεικόνιση του νευρικού συστήματος αλλά και όλων των συμπαγών «μαλακών» ιστών, όπως είναι οι μύες, οι σύνδεσμοι, οι μεσοσπονδύλιοι δίσκοι κλπ. Άρα, είναι άριστο διαγνωστικό μέσο. Ωστόσο, πρέπει να γίνεται μόνο με την συμβουλή του ιατρού, γιατί είναι μια ακριβή εξέταση και δεν πρέπει να γίνεται κατάχρησή της. Είναι μια ανώδυνη εξέταση, αλλά απαιτεί να μείνουμε ακίνητοι για κάποια λεπτά. Μερικοί άνθρωποι βρίσκουν το θόρυβο του μαγνήτη ενοχλητικό. Επίσης άτομα με κλειστοφοβία, μπορεί να δυσκολευτούν να κάνουν μαγνητική, ιδίως εγκεφάλου και αυχένα, γιατί η απόσταση του μηχανήματος από το πρόσωπο του ασθενούς είναι μικρή και δεν υπάρχει ευχέρεια κινήσεων. Όταν ένας ασθενής δυσκολεύεται πολύ με την κλειστοφοβία, μπορούμε να χορηγήσουμε κατάλληλη φαρμακευτική αγωγή, ώστε να γίνει απρόσκοπτα η εξέταση. Είναι πολύ σημαντικό να τονίσουμε ότι η μαγνητική τομογραφία, σε αντίθεση με την αξονική τομογραφία ή τις ακτινογραφίες, δεν εκπέμπει ακτινοβολία στον ασθενή, οπότε μπορεί να γίνει ακόμη και σε εγκύους χωρίς κίνδυνο.