Όσον αφορά την αιτιολογία της νόσου έχουν διατυπωθεί αρκετές θεωρίες. Έχουν επικρατήσει αυτές της: \r \r Παλίνδρομης εμμηνορυσίας \r Μετάπλασης του μεσοθηλίου του περιτοναίου \r Λεμφογενούς διασποράς \r Αιμοτογενούς διασποράς (που εξηγεί απομακρυσμένες ενδομητριωσικές εστίες όπως π.χ. τους πνεύμονες) και \r Διαταραχής της ανοσολογικής απόκρισης \r \r Πλέον τείνει να επικρατήσει η άποψη ότι συνδυασμός των ανωτέρω οδηγεί στην εμφάνιση της νόσου. Επίσης είναι πιθανή η γενετική προδιάθεση με πολυγονιδιακό χαρακτήρα.