Δεν υπάρχουν απόλυτες αντενδείξεις για τις Βαριατρικές επεμβάσεις. Ιδιαίτερη προσοχή θα πρέπει να δοθεί στις ακόλουθες περιπτώσεις: • Το Χειρουργείο θα πρέπει να αναβληθεί σε ασθενείς με αθεράπευτη Ψυχιατρική διάγνωση (Διπολική Διαταραχή, Σχιζοφρένεια) έως ότου παρέλθει η οξεία φάση, σταθεροποιηθούν και βρίσκονται υπό ψυχιατρική παρακολούθηση. • Κιρρωτικό ήπαρ με πυλαία υπέρταση, μπορεί να είναι αντένδειξη για Βαριατρική χειρουργική. • Γαστρεντερικά συμπτώματα όπως η δυσπεψία, μπορεί να είναι ένδειξη παρουσίας H. pylori και χρειάζεται θεραπεία. • Η ασταθής στεφανιαία νόσος • H μη ελεγχόμενη αποφρακτική υπνική άπνοια • Νοητική υστέρηση • Καρκίνος με πρόγνωση μικρότερη των 5 χρόνων   Στις περισσότερες περιπτώσεις, η προεγχειρητική διαχείριση οποιασδήποτε νοσηρότητας μπορεί να βοηθήσει για να αντιστραφεί ο υψηλού κινδύνου ασθενής σε αποδεκτού κινδύνου.