Τα κονδυλώματα προκαλούνται από τη λοίμωξη με τον ιό HPV. Ο ίδιος ιός μπορεί να προκαλέσει και καρκίνο στον πρωκτό. Βέβαια οι τύποι του ιού που προκαλούν καρκίνο (υψηλού κινδύνου) είναι συνήθως διαφορετικοί από αυτούς που προκαλούν τα κονδυλώματα (χαμηλού κινδύνου). Εντούτοις κατά τη διάρκεια μίας σεξουαλικής επαφής μπορεί να γίνει ταυτόχρονη μετάδοση πολλών τύπων του ιού (χαμηλού και υψηλού κινδύνου). Για αυτό το λόγο όσοι εμφανίζουν κονδυλώματα στον πρωκτό έχουν αυξημένες πιθανότητες να αναπτύξουν καρκίνο πρωκτού και πρέπει να ελέγχονται ανά τακτά χρονικά διαστήματα με Test Pap Πρωκτού, Δακτυλική εξέταση του πρωκτού και Πρωκτοσκόπηση Υψηλής Ευκρίνειας.