Η επίδραση της σκιάς στην απόδοση των φωτοβολταϊκών συστημάτων είναι ένα από τα μεγαλύτερα μειονεκτήματά τους. Κάθε σκιά πάνω από τα πάνελ μπορεί να μειώσει σημαντικά την παραγωγή ενέργειας, καθώς μπλοκάρει την εκτεθειμένη επιφάνεια στον ήλιο. Αυτό μπορεί να οφείλεται σε κτίρια, δέντρα, άλλα αντικείμενα ή ακόμα και σκιά από τα ίδια τα φωτοβολταϊκά πάνελ. Η σκιά μπορεί να είναι μόνιμη ή να μετακινείται ανάλογα με τη θέση του ήλιου. Είναι σημαντικό να λαμβάνεται υπόψη η επίδραση της σκιάς κατά τον σχεδιασμό και την εγκατάσταση των φωτοβολταϊκών συστημάτων για να αποφεύγονται απώλειες στην απόδοσή τους.