Η δεύτερη μέθοδος είναι η λεγόμενη μεταμόσχευση FUE και είναι ίσως αυτή που γίνεται περισσότερο όσον αφορά την μεταμόσχευση μαλλιών στην Ελλάδα, αφού είναι και πιο σύγχρονη από την FUSS. Σε αυτή τη μέθοδο ο γιατρός ξεκινά με το να ξυρίσει το πίσω μέρος του τριχωτού της κεφαλής του ασθενούς καθώς στο σημείο αυτό σπάνια έχουμε απώλεια μαλλιών και γενικά είναι οι πιο δυνατές και υγιείς τρίχες του τριχωτού της κεφαλής.
Στη συνέχεια ο γιατρός θα πάρει ένα – ένα τα μοσχεύματα από την ξυρισμένη περιοχή. Με κάθε αφαίρεση μοσχεύματος θα δημιουργείται ένα μικρό κόκκινο σημαδάκι, το οποίο όμως θα φύγει γρήγορα και όσο καιρό είναι εκεί θα καλύπτεται από τις άλλες τρίχες, οπότε και δεν θα είναι ορατό. Αφού λοιπόν ο γιατρός συλλέξει τα χιλιάδες μοσχεύματα που χρειάζονται για ένα φυσικό αποτέλεσμα, θα ξεκινήσει η φάση της εμφύτευσης.
Η εμφύτευση μαλλιών γίνεται με τον ίδιο τρόπο τόσο στη μέθοδο FUSS όσο και στη FUE, με άλλα λόγια, το μόνο στο οποίο διαφέρουν δραστικά οι δύο μέθοδοι είναι ο τρόπος συλλογής των μοσχευμάτων. Ο γιατρός τοποθετεί τα μοσχεύματα στο τριχωτό της κεφαλής είτε ράβοντας τα με μία ειδική και πολύ λεπτή βελόνα, είτε κάνοντας λεπτές τομές με ένα ειδικό νυστέρι.
Σε κάθε περίπτωση, πρόκειται για μία λεπτή επέμβαση που απαιτεί πολλή προσοχή και συγκέντρωση και σε πολλές περιπτώσεις γίνεται και με την βοήθεια του προσωπικού του ιατρείου. Εννοείται ότι ο ασθενής σε όλη τη διάρκεια της επέμβασης έχει δεχθεί τοπική αναισθησία, οπότε και δεν νιώθει καθόλου πόνο ή δυσφορία. Μία επέμβαση μεταμόσχευσης μαλλιών ασχέτως της μεθόδου που θα χρησιμοποιηθεί, μπορεί να διαρκέσει από 4 έως 8 ώρες λόγω της μεγάλης προσοχής και λεπτής δουλειάς που απαιτείται.