Οι παράγοντες που επηρεάζουν το εντερικό μικροβίωμα είναι:
Οι διατροφικές συνήθειες είναι από τους σημαντικότερους περιβαλλοντικούς παράγοντες, που διαμορφώνουν το μικροβίωμα:
Κατάχρηση αλκοόλ, κάπνισμα
Λήψη αντιβιοτικών
Τρόπος ζωής, φυσική δραστηριότητα
Άγχος
Παχυσαρκία