Στα τρόφιμα και τη γεωργία, η μικροβιολογία είναι ζωτικής σημασίας για τη διασφάλιση της ασφάλειας και της ποιότητας των τροφίμων. Οι μικροοργανισμοί μπορούν να προκαλέσουν αλλοίωση των τροφίμων και τροφιμογενείς ασθένειες, αλλά χρησιμοποιούνται επίσης σε διαδικασίες ζύμωσης για την παραγωγή τροφίμων όπως το γιαούρτι, το τυρί και το ψωμί. Στη γεωργία, η κατανόηση της μικροβιολογίας του εδάφους είναι ζωτικής σημασίας για την υγεία και την παραγωγικότητα των καλλιεργειών. Τα μικρόβια χρησιμοποιούνται στη βιοεξυγίανση, την καταπολέμηση των παρασίτων και τη βελτίωση της γονιμότητας του εδάφους. Η γνώση αυτή είναι ζωτικής σημασίας για τις βιώσιμες γεωργικές πρακτικές και την επισιτιστική ασφάλεια.