Δεδομένου οτι το ΣΗΔΕ-Φ διαθέτει υπηρεσίες ηλεκτρονικής πρωτοκόλλησης τόσο για τα εισερχόμενα όσο και για τα εξερχόμενα έγγραφα, ναι μπορεί το ΣΗΔΕ-Φ να χρησιμοποιηθεί για ηλεκτρονική πρωτοκόλληση εγγράφων.