Η νόσος Lyme προκαλείται από το βακτήριο Borrelia burgdorferi και πιο σπάνια από το Borrelia mayonii. Το B. burgdorferi μεταδίδεται στον άνθρωπο μέσω τσιμπήματος από κρότωνα των ελαφιών. Τα βακτήρια αυτά εισέρχονται στο αίμα και μπορούν να ανιχνευτούν στα σωματικά υγρά του ασθενούς. Παρ' όλα αυτά, δεν υπάρχει μέχρι σήμερα καμία ένδειξη που να υποστηρίζει ότι η νόσος είναι δυνατόν να μεταδοθεί από άνθρωπο σε άνθρωπο μέσω επαφής ή μέσω της τροφής.
Συγκεκριμένα, δεν φαίνεται να μεταδίδεται μέσω βήχα, φταρνίσματος ή φιλιού, αλλά ούτε και μέσω σεξουαλικής επαφής ή μετάγγισης αίματος. Τέλος, σύμφωνα με το Κέντρο Πρόληψης και Ελέγχου Νοσημάτων, η νόσος δεν μεταδίδεται ούτε από την μητέρα στο νεογνό μέσω του θηλασμού.
Οι κρότωνες που μεταδίδουν την νόσο μπορούν να τσιμπήσουν κάποιον σε οποιοδήποτε μέρος του σώματος, αλλά προτιμούν περιοχές που είναι δύσκολο να τους εντοπίσει κάποιος, όπως οι μασχάλες, το τριχωτό της κεφαλής ή η βουβωνική χώρα. Κατόπιν, θα πρέπει να παραμείνουν προσδεδεμένοι πάνω στο σώμα για τουλάχιστον 36 ώρες προκειμένου να μεταδώσουν το παθογόνο βακτήριο.
Οι περισσότεροι άνθρωποι που κολλούν την νόσο Lyme, φαίνεται να έχουν δαγκωθεί από ανώριμους κρότωνες, που ονομάζονται νύμφες και είναι πολύ μικροί, με αποτέλεσμα να εντοπίζονται πιο δύσκολα. Οι νύμφες εμφανίζονται κυρίως την άνοιξη και το καλοκαίρι. Οι ενήλικοι κρότωνες μπορούν, επίσης, να μεταδώσουν την νόσο, αλλά είναι πιο σπάνιο, καθώς είναι εύκολα ορατοί και συνήθως αφαιρούνται από το άτομο, πριν προλάβουν να το μολύνουν.