Το σύνδρομο Aicardi εμφανίζεται κυρίως σε γυναίκες, καθώς και σε αγόρια με σύνδρομο Klinefelter, μία πάθηση στην οποία ένα αρσενικό άτομο έχει ένα επιπλέον Χ χρωμόσωμα. Για αυτούς τους λόγους, οι ερευνητές θεωρούν πως η διαταραχή προκαλείται από ανωμαλία στο Χ χρωμόσωμα.
Τα φυσιολογικά άτομα έχουν 46 χρωμοσώματα σε κάθε κύτταρο. Τα δύο από τα 46 χρωμοσώματα είναι τα φυλετικά χρωμοσώματα, γνωστά ως Χ και Υ. αυτά βοηθούν στον καθορισμό των χαρακτηριστικών του φύλου. Τα θηλυκά άτομα έχουν δύο Χ χρωμοσώματα, ενώ τα αρσενικά ένα Χ και ένα Υ χρωμόσωμα.
Κατά τη διάρκεια της φυσιολογικής ανάπτυξης ενός εμβρύου, θα πρέπει να υπάρχει μόνο ένα ενεργό Χ χρωμόσωμα σε κάθε κύτταρο. Αυτό σημαίνει ότι το ένα εκ των δύο Χ χρωμοσωμάτων σε ένα θηλυκό έμβρυο τυχαία απενεργοποιείται κατά τη διάρκεια της ανάπτυξης των κυττάρων. Στην περίπτωση του συνδρόμου Aicardi, οι ερευνητές πιστεύουν ότι η απενεργοποίηση του Χ χρωμοσώματος δεν γίνεται τυχαία. Ως αποτέλεσμα, το ένα Χ χρωμόσωμα (δηλαδή το Χ χρωμόσωμα πατρικής ή μητρικής προέλευσης) είναι ενεργό σε περισσότερα από τα μισά κύτταρα του σώματος.
Οι ερευνητές δεν έχουν καθορίσει ποιο γονίδιο προκαλεί αυτή τη μη τυχαία απενεργοποίηση του Χ χρωμοσώματος, επομένως η αιτία της διαταραχής δεν είναι γνωστή. Η έλλειψη πληροφοριών καθιστά δύσκολο τον καθορισμό των προδιαθεσικών παραγόντων για το σύνδρομο Aicardi.