Αν η επέμβαση είτε με FUE είτε με STRIP εφαρμοστεί σωστά και με βάση τους διεθνείς ιατρικούς κανόνες τότε οι τυχόν παρενέργειες είναι αμελητέες. Η πιο συνηθισμένη επιπλοκή μετά την μεταμόσχευση μαλλιών είναι η εμφάνιση οιδήματος στο μέτωπο και τα βλέφαρα, χωρίς να είναι ανησυχητικό καθώς διαρκεί συνήθως το πολύ 1-2 μέρες και μπορεί να αντιμετωπιστεί. Σπανίως μπορεί να υπάρχει μικρή αιμορραγία στην δότρια περιοχή ή τοπική φλεγμονή, η λεγόμενη θυλακίτιδα. Τέτοιες καταστάσεις ο πλαστικός χειρουργός προσπαθεί να τις προλάβει και να τις αποτρέψει με σωστή επιλογή υποψηφίου και τεχνικής, με σωστή εφαρμογή της μεθόδου και με οδηγίες που πρέπει να δώσει στο άτομο μετά την επέμβαση. Αν δεν γίνει σωστά η εμφύτευση μαλλιών μπορεί να υπάρχει επίσης μόνιμη εμφανής ουλή καθώς και να μην είναι φυσικό το τελικό αποτέλεσμα.
H Hair Anaplasis, το εξειδικευμένο Κέντρο Μεταμόσχευσης Μαλλιών για πάνω από 20 χρόνια, εγγυάται ότι η μεταμόσχευση μαλλιών θα γίνει με τις καλύτερες δυνατές συνθήκες, από έμπειρο επιστημονικό προσωπικό και με στόχο ένα φυσικό αποτέλεσμα.