Δύο είναι τα επίπεδα των διαφορών: οι ποικιλίες του σταφυλιού και η προσθήκη μυρωδικών. Η Θεσσαλία, για παράδειγμα, φημίζεται για τις νότες τριαντάφυλλου στο τσίπουρό της, γιατί συχνά χρησιμοποιείται το Μοσχάτο Τυρνάβου ως πρώτη ύλη. Στην Ήπειρο το τσίπουρο είναι πιο «αυστηρό». Σε πολλά μέρη της Μακεδονίας, ο γλυκάνισος κυριαρχεί στο χαρακτήρα του τσίπουρου, ενώ στην Πελοπόννησο συναντάμε μεγάλο πλουραλισμό, εξαιτίας του πλήθους ποικιλιών αμπελιού και προσεγγίσεων παρασκευής.