Η ενδοδοντική θεραπεία, όπως κάθε μικροχειρουργική ιατρική πράξη, μπορεί να έχει ως αποτέλεσμα την εμφάνιση, συνήθως ήπιας, μετεπεμβατικής συμπτωματολογίας.
Μετά το τέλος κάθε σταδίου και την πάροδο της αναισθησίας μπορεί να υπάρξει μικρή ενόχληση, που κυμαίνεται από ήπιο ή σπανιότερα έντονο πόνο και αντιμετωπίζεται με τη λήψη κοινών αναλγητικών ή αντιφλεγμονωδών φαρμάκων.
Οι ενοχλήσεις είναι συνήθως συχνότερες μετά το στάδιο της τελικής έμφραξης των ριζικών σωλήνων και υποχωρούν μετά το πρώτο 48ωρο.
Αν το δόντι εξακολουθεί να είναι επώδυνο μετά την πάροδο  10-15 ημερών επιβάλλεται η επανεξέταση της περίπτωσης.