Το εντερικό μικροβίωμα δεν παραμένει σταθερό σε όλη τη διάρκεια της ζωής. Αρχίζει να διαμορφώνεται μέσα στη μήτρα και παίρνει τη βασική του υπόσταση κατά τον τοκετό (το είδος του τοκετού {φυσιολογικός – καισαρική} επηρεάζει την σύνθεση του εντερικού μικροβιώματος). Σημαντικό επίσης για τον καθορισμό του μικροβιώματος είναι κι ο θηλασμός. Το μικροβίωμα σταθεροποιείται στην ηλικία των 3- 4 ετών και παραμένει έτσι σε όλη τη ζωή, αποτελώντας την προσωπική ταυτότητα του καθενός σε φυσιολογικές συνθήκες, ενώ αλλάζει λίγο στους υπερήλικες.