Καθώς η θεραπεία βασίζεται στον υπέρηχο, δεν έχει σοβαρές παρενέργειες. Κατά τη διάρκεια της θεραπευτικής συνεδρίας μπορεί κανείς να αισθανθεί ενόχληση ή πόνο στο σημείο του όζου όπου συγκεντρώνεται ο υπέρηχος. Υπάρχει περίπτωση να δημιουργηθεί ερύθημα (κοκκινάδα) στο δέρμα στο σημείο της θεραπείας, που είναι παροδικό. Σε σπάνιες περιπτώσεις μπορεί να υπάρξει βραχνάδα μετά τη θεραπεία, που είναι επίσης παροδική. Οι κλινικές μελέτες έχουν δείξει πως όλες οι παρενέργειες είναι παροδικές και ήπιας μορφής, και πως ο θεραπευτικός υπέρηχος για την αντιμετώπιση των όζων θυρεοειδή είναι απολύτως ασφαλής.