Μετά τη διαμόρφωση του πλαισίου συνεργασίας μεταξύ του Α.Ε.Ι., της επιχείρησης/ βιομηχανίας και του/της υποψήφιου/ας διδάκτορα, καθορίζονται οι ειδικότεροι όροι συνεργασίας τους με τη σύνταξη ενός πρωτοκόλλου συνεργασίας (υπάρχει σχετικό διαθέσιμο πρότυπο στην Πρόσκληση Υποβολής Αιτήσεων Παράρτημα VII).