Πολλά βρέφη και μερικά μικρά παιδιά θα πρέπει να νοσηλευτούν για θεραπεία, παρακολούθηση και αναπνευστική υποστήριξη. Κάποια χρειάζονται ενδοφλέβια υγρά για την αντιμετώπιση της αφυδάτωσης, αν τα συμπτώματα καθιστούν το παιδί ανίκανο να πιει υγρά.
Από τη στιγμή που ο κοκκύτης είναι μία βακτηριακή λοίμωξη, τα αντιβιοτικά είναι το κύριο θεραπευτικό πλάνο. Τα αντιβιοτικά είναι περισσότερο αποτελεσματικά στα πρώιμα στάδια της νόσου. Μπορούν, όμως, να χρησιμοποιηθούν και σε πιο προχωρημένα στάδια της λοίμωξης για να αποτρέψουν τη μετάδοσή της σε άλλα άτομα.
Ενώ τα αντιβιοτικά αντιμετωπίζουν τη λοίμωξη, δεν αποτρέπουν ούτε αντιμετωπίζουν τον ίδιο το βήχα.
Ωστόσο, αντιβηχικά φάρμακα δεν συνιστώνται – δεν έχουν επίδραση στον βήχα του κοκκύτη και μπορεί να προκαλέσουν επιβλαβείς παρενέργειες σε βρέφη και μικρά παιδιά.
Οι περισσότεροι γιατροί προτείνουν τη χρήση υγραντήρα στο υπνοδωμάτιο του παιδιού, ώστε να διατηρεί την υγρασία σε φυσιολογικά επίπεδα και να το βοηθήσει στην ανακούφιση των συμπτωμάτων του κοκκύτη.