Η ιγνυακή κύστη δεν προκαλεί μακροπρόθεσμη βλάβη, αλλά μπορεί να προκαλέσει δυσφορία και ενόχληση. Τα συμπτώματα μπορεί να υποχωρούν και να επανέρχονται. Σε κάποιες περιπτώσεις, η πάθηση μπορεί να βελτιωθεί με το πέρασμα του χρόνου ή μέσω κάποιας επέμβασης. Η μακροχρόνια αναπηρία που να οφείλεται σε ιγνυακή κύστη είναι σπάνιο φαινόμενο.