Η Αμοργός έχει δύο λιμάνια: Τα Κατάπολα και την Αιγιάλη. Τα Κατάπολα είναι το βασικό λιμάνι της Χώρας, καθώς απέχει σχεδόν πέντε χιλιόμετρα. Η Αιγιάλη, βρίσκεται στην άλλη πλευρά του νησιού, και οι μετακινήσεις προς τη Χώρα και τις περισσότερες παραλίες είναι λίγο πιο δύσκολες. Ωστόσο, αποτελεί από μόνη της τουριστικό θέρετρο, καθώς μπορεί ο επισκέπτης να βρει τα πάντα εκεί. Από ταβέρνες και μπαράκια, μέχρι afterclub!