Έχουν ταυτοποιηθεί πάνω από 150 τύποι του ιού HPV. Αυτά χωρίζονται σε δύο κατηγορίες:
Τους τύπους χαμηλού κινδύνου (Low risk). Η λοίμωξη με αυτούς τους τύπους συνήθως προκαλεί τα κονδυλώματα και τις χαμηλόβαθμες ενδοεπιθηλιακές βλάβες του πρωκτού (Low-Grade Squamous Intraepithelial Lesions – LSIL). Αυτές οι βλάβες θεωρείται ότι δεν εξελίσσονται σε κακοήθεια, αλλά με την πάροδο του χρόνου μπορούν να εξελιχθούν σε υψηλόβαθμες βλάβες.
Τους τύπους υψηλού κινδύνου (high risk), η λοίμωξη με τους οποίους μπορεί να οδηγήσει στην ανάπτυξη υψηλόβαθμων ενδοεπιθηλιακών βλαβών ή δυσπλασιών στον πρωκτό (High-Grade Squamous Intraepithelial Lesions – HSIL). Αυτές οι βλάβες θεωρούνται προκαρκινικές και εάν αφεθούν χωρίς θεραπεία, υπάρχει η πιθανότητα (10-15%) να εξελιχθούν σε πλακώδη καρκίνο του πρωκτού (Squamous Cell Carcinoma – SCC) μέσα σε 3-5 χρόνια.