Το σημαντικότερο μειονέκτημα της μεθόδου είναι ο λανθασμένος υπολογισμός του σφυροβραχιόνιου δείκτη λόγω τεχνικών λαθών που μπορεί να συμβούν κατά τη διάρκεια της δοκιμασίας. Στην περίπτωση που ο σφυροβραχιόνιος δείκτης είναι πάνω από 1,40 (όπως μπορεί να συμβεί στον σακχαρώδη διαβήτη και τη νεφρική ανεπάρκεια), οι αρτηρίες στους αστραγάλους μπορούν να θεωρηθούν ως “αφύσικα σκληρές”, συνήθως εξαιτίας παρουσίας ασβέστωσης. Το γεγονός αυτό δεν επιτρέπει την ακριβή εκτίμηση του σφυροβραχιόνιου δείκτη της προσβεβλημένης αρτηρίας. Στο 50% αυτών των περιπτώσεων υπάρχει αποφρακτική περιφερική αρτηριακή νόσος, η οποία χρήζει διερεύνησης με απεικονιστικές μεθόδους (π.χ. έγχρωμο υπερηχογράφημα/ τρίπλεξ αγγείων κάτω άκρων). Η παρουσία αρρυθμιών μπορεί να επηρεάσει τη μέτρηση του σφυροβραχιόνιου δείκτη.