Η φορολογία ενός ηλεκτρονικού καταστήματος δε διαφέρει σημαντικά από τη φορολόγηση ενός παραδοσιακού καταστήματος. Εμφανίζει όμως ορισμένες «σημαντικές» ιδιαιτερότητες γι αυτό και είναι απαραίτητη η καθοδήγηση από τον λογιστή σας. Οι ιδιαιτερότητες αυτές αφορούν κυρίως την επιλογή της κατάλληλης επιχειρηματικής δομής, ζητήματα φορολογικής κατοικίας και μόνιμης εγκατάστασης, σωστή λογιστική παρακολούθηση, πληρωμές που υπάγονται σε παρακράτηση κ.α