Η αντιμετώπιση του συνδρόμου γίνεται με βάση τα συμπτώματα που εμφανίζει το κάθε παιδί. Όλα τα παιδιά χρειάζονται παρακολούθηση. Ορθοπεδικά συμπτώματα όπως η σκολίωση, η κύφωση και οι παραμορφώσεις των κάτω άκρων επηρεάζουν πολλά παιδιά με σύνδρομο Morquio και μπορεί να απαιτούν χειρουργική επέμβαση. Ένα φάρμακο έχει αναπτυχθεί για να βοηθήσει στη θεραπεία του Morquio, αλλά αυτή τη στιγμή δεν υπάρχει θεραπεία. Με βάση τα συμπτώματα του παιδιού σας, η ιατρική ομάδα αποφασίζει αν χρειάζεται χειρουργική θεραπεία ή πιο συντηρητικές μεθόδους .