Οι πιθανοί κίνδυνοι σχετίζονται με ενδεχόμενες (αν και σπάνιες) δυσλειτουργίες της αντλίας. Πιθανή δυσλειτουργία του συστήματος μπορεί να οδηγήσει σε υπογλυκαιμία ή υπεργλυκαιμία, ή και ακόμη (πολύ σπάνια) σε διαβητική κετοοξέωση (πολύ ψηλή τιμή σακχάρου που απαιτεί νοσηλεία στο νοσοκομείο). Οι αντλίες διαθέτουν συστήματα συναγερμού που ανιχνεύουν τέτοιες καταστάσεις και ειδοποιούν τον χρήστη. Η συχνότερη δυσλειτουργία αφορά στην απόφραξη των καθετήρων που συνεπάγεται διακοπή της ροής ινσουλίνης και υπεργλυκαιμία. Στην περίπτωση αυτή χρειάζεται άμεση αντικατάσταση του καθετήρα.