Είναι πολύ σαφές ότι ο καρκίνος πρωκτού οφείλεται σε ένα ποσοστό 90% στην μόλυνση από τον ιό HPV, ειδικά στους καρκινογόνους τύπους 16 και 18. Υπάρχουν ορισμένες πολύ σαφείς ομάδες υψηλού κινδύνου για καρκίνου πρωκτού, αυτές σχετίζονται με αυξημένη μόλυνση από τον ιό HPV (ειδικότερα με τους επικίνδυνους υπότυπους του) και με το μειωμένο ανοσοποιητικό.