Η εμφάνιση ενδομητρίωσης επηρεάζεται από τα οιστρογόνα. Τα οιστρογόνα αυξάνονται κατά τη διέγερση των ωοθηκών, αλλά η χρονική διάρκεια είναι πολύ μικρή για να προκαλέσει επανεμφάνιση ενδομητρίωσης. Η ενδομητρίωση πιθανότατα θα επανέλθει με την πάροδο του χρόνου ανεξάρτητα από τη θεραπεία εξωσωματικής γονιμοποίησης, εφόσον η ασθενής παράγει αρκετά υψηλά επίπεδα οιστρογόνων.