Υπάρχουν τακτικά δρομολόγια πλοίων από / προς τον Πειραιά και τη Ραφήνα (ανατολική Αττική) και πολλά άλλα ελληνικά νησιά, συμπεριλαμβανομένων των Κυκλάδων (Σαντορίνη, Ίος, Μήλος, Σύρος, Πάρος, Νάξος, Τήνος κ.λπ.), Δωδεκάνησα (συμπεριλαμβανομένων Ρόδου και Κω) και Κρήτη. Τα ταχύπλοα πλοία μπορούν να φτάσουν στη Σαντορίνη από τον Πειραιά σε 2,5 ώρες, ενώ τα συμβατικά πλοία φτάνουν σε 5-6 ώρες. Υπάρχουν δύο λιμάνια στη Μύκονο, το παλιό και το νέο λιμάνι, σε απόσταση περίπου 1,5 χιλιομέτρου. Τα περισσότερα πλοία από τον Πειραιά φτάνουν στο Νέο Λιμάνι (Τούρλος). Το παλιό λιμάνι, που είναι πιο κοντά στην πρωτεύουσα (Χώρα), εξυπηρετεί μικρότερα σκάφη.