Die Follikelpunktion ist eine einfache Operation mit einem sehr geringen Komplikationsrisiko.
Die schwerwiegendsten Risiken wären Verletzungen der Beckenorgane (Darm, Blase...), Blutungen oder Infektionen. Diese Komplikationen sind sehr selten, da die Punktion mit Ultraschall gesteuert wird, so dass der Gynäkologe kontrollieren kann, wo die Punktion hingeht.
Andere weniger schwerwiegende Nebenwirkungen können Schwindel und Erbrechen nach der Narkose oder Bauchbeschwerden in den ersten Tagen nach der Punktion sein.