Für Menschen, bei denen erstmalig eine Depression auftaucht, können bei Achtsamkeitsübungen, bei denen der Schwerpunkt auf das Beobachten der Gedanken und Gefühle liegen, kontraindiziert sein, da dann der Zustand als noch unerträglicher erlebt wird. Dagegen zeigen wissenschaftliche Studien, dass MBSR sehr sinnvoll zur Rückfall-Prävention bei Depression angewendet werden kann. Der Kurs ist nicht geeignet bei einer Psychose, bei Einnahme von Psychopharmaka oder bei Suizidalität.