Da der Morbus Crohn an verschiedenen Stellen des Magen-Darmtrakts auftreten kann, hängt die Lokalisation der Schmerzen häufig auch von der Lokalisation der Entzündung ab. Eine Stelle an der der Morbus Crohn besonders häufig auftritt ist die Region in der der Dünndarm (Ileum) in den Dickdarm (Coecum = erster Teil des Dickdarms) mündet. Diese Region wird als Ileocoecalregion bezeichnet und liegt im rechten Unterbauch.