Ebenfalls im Rahmen der Blutuntersuchung erfolgt die molekulargenetische Analyse und zielt vor allem auf den Nachweis einer JAK2-Mutation ab. Bei mehr als 95 Prozent der PV-Betroffenen fallen entsprechende Tests positiv aus. Der Nachweis der JAK2-Mutation sagt zunächst nichts darüber aus, um welche Myeloproliferative Erkrankung es sich handelt, da sie sowohl bei der ET als auch bei der PV und der präPMF bzw. PMF auftreten kann. Da nicht alle Erkrankten die Mutation tragen, schließt ein negatives Testergebnis eine MPN nicht sicher aus.