Um die Sicherheit der Videokonferenzen und ihrer Teilnehmer zu gewährleisten, hat Jitsi nach eigenen Angaben einige Maßnahmen ergriffen: Die einzelnen Räume existieren nur so lange, wie die auch zugehörige Videokonferenz stattfindet. Wenn der letzte Teilnehmer die Konferenz verlässt, wird der Raum endgültig geschlossen. Auch eine Ende-zu-Ende-Verschlüsselung ist möglich, wenn der verwendete Browser die Möglichkeit dazu bietet. Chats werden nach dem Ende der Videokonferenz automatisch gelöscht.