Die Implantation eines Hirnstammimplantats bei Kindern macht eine Operation im Kopf am Gehirn erforderlich. Eine solche OP wird als sehr sicher eingestuft. Dennoch ist es möglich, dass bei einer ABI-Implantation bei Kindern auch Hirnnerven, wie beispielsweise der Gesichtsnerv, beschädigt werden. Darüber hinaus können theoretisch auch Komplikationen am Kleinhirn und Hirnstamm auftreten.