Transaktionsgebühren bei Stacks hängen von der Komplexität der Smart Contracts und der aktuellen Netzwerkauslastung ab. Im Allgemeinen sind die Transaktionsgebühren bei Stacks tendenziell niedriger als bei Bitcoin oder Ethereum, insbesondere in Zeiten hoher Netzwerkauslastung. Dies liegt daran, dass Stacks eine separate Blockchain verwendet, die nicht die gleiche begrenzte Kapazität wie die Bitcoin- oder Ethereum-Blockchain hat.