Die Leitsymptome der Endometriose sind: langandauernde, krampfartige Unterbauchschmerzen während der Menstruation (Dysmenorrhö), zu starke und zu lang andauernde Menstruationen (Menorrhagie), Schmerzen während des Geschlechtsverkehrs (Dyspareunie), erschwertes, schmerzhaftes Wasserlassen (Dysurie), Schmerzen beim Stuhlgang (Dyschezie), unerfüllter Kinderwunsch, zyklische, azyklische und chronische Unterbauchschmerzen. Weitere Symptome können sein: Müdigkeit, Erschöpfung, Hashimoto-Thyreoditis, abdominelle Schmerzen, Durchfall, Verstopfung (Symptome des Reizdarmsyndroms), Übelkeit, Erbrechen, Rückenschmerzen, die in die Beine ausstrahlen, schmerzbedingte Ohnmachtsanfälle oder Schmerzen bei der gynäkologischen Untersuchung. Auch das häufigere Auftreten von Allergien und anderen Autoimmunerkrankungen wird im Zusammenhang mit Endometriose beschrieben, genauso wie eine erhöhte Infektanfälligkeit während der Menstruation.  Wichtig ist zu erwähnen, dass der Schweregrad der Symptome nicht direkt damit zusammenhängt, welchen Schweregrad die Endometriose hat. Das heißt, Betroffene mit einem ausgeprägtem Grad der Endometriose können so gut wie keine Beschwerden haben, und Betroffene mit wenigen Herden können unter ausgeprägten Symptomen leiden. Endometriose und ihre Symptome können sehr individuell auftreten und werden stets auch von bestehenden Begleiterkrankungen geprägt.