Beim Joggen werden vor allem die Muskeln in der unteren Körperhälfte trainiert. Besonders die Fußmuskulatur und die Waden werden viel beansprucht, aber auch die Oberschenkelmuskulatur und die Gesäßmuskulatur. Auch die Bauchmuskeln und der die untere Rückenmuskulatur werden trainiert. Etwas weniger trainiert werden die Armmuskulatur und Schultermuskulatur, obwohl sie durch die schwingenden Arme ja an der Laufbewegung beteiligt sind. Es empfiehlt sich durch gezieltes Muskeltraining für Läufer und das sogenannte Stabitraining die Muskulatur zusätzlich zu trainieren, um Bänder und Gelenke zu entlasten.