Nach dem Sterilisieren bleiben Babyfläschchen über Stunden hinweg steril, solange ihr den Deckel geschlossen lasst. Viele Hersteller versprechen eine vollständige Keimfreiheit für bis zu 24 Stunden bei einer Lagerung im Sterilisator. Beachtet jedoch, dass beim Entnehmen der Flaschen und bei weiterer Verwendung, wie beispielsweise beim Zusammenbauen oder Einfüllen von Flüssigkeiten, neue Keime auf die Flaschen gelangen können. Um eine maximale Sterilität zu gewährleisten, solltet ihr die Flaschen so schnell wie möglich nach dem Entnehmen des Sterilisators verwenden.