Ein Periodenkalender kann Zyklusstörungen, also Veränderungen des Menstruationszyklus, ebenfalls leichter aufdecken. Als Zyklusstörungen gelten dabei zu lange oder zu kurze Menstruationszyklen oder Veränderungen in der Blutung.
In manchen Fällen kann dies durch verschiedene Erkrankungen wie z.B. Endometriose oder das PCO-Syndrom verursacht werden.