IDOMENEO wird durch den Innovationsausschuss des Gemeinsamen Bundesausschusses (G-BA) mit insgesamt ca. 3,567 Mio. Euro gefördert (01VSF16008). Da nicht alle Kosten durch diese Förderung gedeckt werden können, erfolgt eine Ko-Finanzierung durch den Stifterverband für die Deutsche Wissenschaft e.V. (CORONA-Stiftung, S199/10061/2015).
Etwa 900.000 Euro werden dabei für die Entwicklung der datenschutzkonformen und datensicheren Registerplattform (GermanVasc) verwendet. Der dauerhafte Weiterbetrieb der GermanVasc-Registerplattform über die IDOMENEO-Studiendauer hinaus (nach März 2020) erfolgt durch Mittel der Arbeitsgruppe GermanVasc (www.germanvasc.de).