Besonders bei schmalen Karaffen kann es bei der Reinigung zu Schwierigkeiten kommen. Vor allem weil nicht jede Karaffe für die Spülmaschine geeignet ist. Bei Karaffen mit einem Deckel, kann man versuchen die Karaffe zu reinigen, indem man Wasser und Spülmittel in die Karaffe einfüllt und schüttelt.
Dies funktioniert aber auch nur bedingt und kann vor allem bei Getränken, die nicht einfach zu entfernen sind zu unbefriedigenden Ergebnissen führen.
Eine Möglichkeit, die auf jeden Fall zu guten Ergebnissen bei der Reinigung führt ist die Verwendung von speziellen Reinigungsbürsten, die bei manchen Karaffen sogar direkt mitgeliefert werden. Dabei ist die Reinigungsbürste so flexibel, dass sie sich auf die bestimmte Form der Karaffe anpassen und so auch problemlos reinigen kann.