Da Histamin in vielen Bereichen des Körpers eine wichtige Rolle spielt, können die Beschwerden bei einer Intoleranz recht unterschiedlich ausfallen. Kurze Zeit nach dem Verzehr histaminhaltiger Lebensmittel treten häufig Reaktionen wie Rötungen, Juckreiz und Schwellungen auf Schleimhäuten und der Haut auf.
Auch Kopfschmerzen und Schwindel können sich recht schnell einstellen. Mit einigen Stunden Verzögerung leiden einige Betroffene beispielsweise unter Bauchkrämpfen, Blähungen oder Durchfall.