Damit Bio-Fleisch so genannt werden darf, muss es nicht nur von Bio-Tieren, sondern auch aus Bio-zertifizierten Schlachthöfen stammen. Weil der Anteil der Bio-Schlachttierhaltung in Deutschland sehr gering ist (unter fünf Prozent 2018; Quelle: BÖLW-Branchenreport 2020), können sich nur wenige reine Bio-Schlachthöfe wirtschaftlich halten. Deshalb werden die meisten Bio-Tiere in Betrieben geschlachtet, die sowohl konventionell als auch ökologisch arbeiten. Die Bio-Schlachtung muss dann in getrennten Arbeitsgängen oder an einem definierten Wochentag stattfinden.
Die Bio-Landwirtinnen und -Landwirte achten auf möglichst kurze Transportzeiten zum Schlachthof. Denn Stress wirkt sich nicht nur ungünstig auf die Fleischqualität aus, sondern entspricht auch nicht dem Selbstverständnis von Bio-Tierhaltung. Verbände wie Naturland, Bioland und Demeter empfehlen Transporte von maximal vier Stunden bzw. 200 Kilometern. Während des Transportes müssen die Tiere genügend Platz haben, um sich problemlos hinlegen und aufstehen zu können. Die Tiere sind nach ihrer Ankunft im Schlachthof sofort zu entladen. Den kurzen, geraden Weg zur Schlachtstätte legen sie in kleinen Gruppen und auf trittsicheren Böden zurück. Dabei werden sie behutsam, gewaltfrei und ruhig getrieben.