Das Cholesterin in den HDL ist an sich nicht anders als das in LDL oder VLDL. Was dieses Cholesterin zum „guten Cholesterin“ macht, ist seine Zusammensetzung sowie  die Transportrichtung: HDL sammelt Cholesterin ein und bringt es zur  Leber. VLDL und LDL verteilen dagegen Fette und Cholesterin im Körper. LDL-Partikel können  sich außerdem an den Wänden der Blutgefäße festsetzen und so  die Entstehung von Arteriosklerose begünstigen. Dagegen können HDL-Partikel Cholesterin von den Blutgefäßwänden entfernen und damit Arteriosklerose verhindern oder sogar teilweise wieder rückgängig machen. Deshalb steigern erhöhte LDL-Spiegel das Arteriosklerose-Risiko, während hohe HDL-Spiegel eher ein Schutz vor Arteriosklerose sind.