Eine Allergie wird als solche bezeichnet, wenn das Immunsystem des Pferdes auf bestimmte Bestandteile des Futters oder Stoffe aus der Umgebung reagiert. Bei einer Unverträglichkeit hingegen verträgt das Pferd bestimmte Inhaltsstoffe des Futters nicht, woran der Stoffwechsel beteiligt ist und das Immunsystem keine Rolle spielt. Zudem zeigt sich eine Allergie durch die direkte Abwehrreaktion sofort. Die Symptomatik einer Intoleranz erfolgt meist verzögert, da der Körper zunächst die Stoffe verarbeiten muss.