Die fehlende Alignierbarkeit von Datensätzen kann erhebliche Auswirkungen auf die Genauigkeit von Downstream-Analysen haben. Wenn zwei Datensätze nicht alignierbar sind und dennoch zwanghaft ausgerichtet werden, kann dies zu Verzerrungen und Verlust von Informationen führen. Dies kann zu falschen Schlussfolgerungen und unzuverlässigen Ergebnissen in nachgelagerten Analysen führen. Beispielsweise können falsche Zuordnungen von Zelltypen oder künstlich erzeugte Zellcluster entstehen, die die Interpretation der Daten beeinträchtigen. Die fehlende Alignierbarkeit kann auch die Identifizierung von differentiell exprimierten Genen beeinträchtigen, da die Datenverzerrungen die Genexpression verfälschen können.