In aller Regel sind die Nebenwirkungen von Betahistin nicht schwerwiegend. Vor allem kommt es zu Magen-Darm-Beschwerden, Hautreaktionen mit Juckreiz und Rötung sowie Kopfschmerzen. Auch Herzklopfen, Hitzewallungen oder Benommenheit zählen zu typischen Nebenwirkungen von Betahistin.