Das größte Problem ist der geringe Wirkungsgrad, also die Ineffizienz. Kritiker von E-Fuels sagen, der grüne Sprit sei in der Herstellung Energieverschwendung und daher nicht "grün" genug. Die Menge an Strom, mit der E-Fuels für 100 Kilometer Reichweite hergestellt werden, würde ein batterieelektrisches Auto 700 Kilometer weit fahren lassen. Der Wirkungsgrad von E-Fuels liegt laut Autoexperte Ferdinand Dudenhöffer somit bei etwa 15 Prozent, der von E-Autos bei rund 80 Prozent.