IXOPAY bietet eine Vielzahl von APIs für verschiedene Zwecke an. Die Transaktions-API von IXOPAY wird verwendet, um Zahlungen zur Verarbeitung einzureichen, Antworten von Dienstanbietern zu verarbeiten und Benutzern die Abfrage der Transaktionsdatenbank zu ermöglichen. Mit der Push-API können Transaktionen, welche nicht direkt von IXOPAY verarbeitet werden (z.B. Transaktionen, die über POS-Terminals durchgeführt werden), in IXOPAY gespeichert werden, so dass diese Transaktionen in IXOPAY analysiert und anschließend in Reports aufgenommen werden können. Darüber hinaus stehen weitere APIs zur Verfügung, um Reconciliation, Settlements sowie die Einrichtung und Integration von Händlern und vieles mehr zu handhaben.