Der Geschmack des Apfelmuses hängt unter anderem stark von der Apfelsorte ab. Sorten, die sich besonders gut für Apfelmus eignen, sind zum Beispiel Boskoop, Braeburn, Cox Orange und Berlepsch.
Dabei handelt es sich um säuerliche Äpfel, deren Fruchtfleisch beim Einkochen gut zerfällt.