Es gibt mehrere genetische Mutationen mit verschiedenen Arten der Vererbung, die zum Kallmann-Syndrom führen können:
Geschlechtsgebundene Vererbung: KAL1 (Xp22.32)
Autosomal dominante Vererbung: FGFR1 (8p12), FGF8 (10q25-q26), CHD7 (8q12.2) und SOX10 (22q13.1)
Autosomal rezessive Vererbung: PROKR2 (20p12.3) und PROK2 (3p21.1)
Abhängig von der Mutation und dem betroffenen Gen müssen Träger des Kallman-Syndroms ihre reproduktiven Möglichkeiten in Betracht ziehen, um eine Übertragung dieser Störung auf ein Kind zu verhindern.