Entschließen sich die Vertragsparteien von einem Bauvertrag nach BGB abzuweichen, kommen die kompletten Regelungen der VOB zur Anwendung. Dies bedeutet, dass der Besteller das strenge Vergaberecht der VOB beachten muss und bestimmte Standards einhalten sollte. Da dies im Widerspruch zu dem steht, was ein Bauherr eigentlich will, sind die Regelungen der VOB bei dem Abschluss eines Bauvertrages eher hinderlich als fördernd. Zudem müssen die beiden Vertragsparteien beachten, dass ein Bauvertrag nach BGB rechtlichen Charakter hat. Ein Bauvertrag nach VOB kommt über den Status von AGBs (Allgemeinen Geschäftsbedingungen) nicht hinaus.
Aus diesen Gründen bietet der BGB-Bauvertrag einem privaten Bauherrn mehr Vorteile.