Die Hypospadie kommt bei etwa einem von 300 neugeborenen Jungen vor. Eine familiäre Häufung ist bekannt, ca. 7% der Väter weisen ebenfalls eine Hypospadie auf. Die Ursache für die Entwicklung einer Hypospadie ist nicht geklärt. Obwohl genetische Faktoren diskutiert werden, ist ein genauer Vererbungsmodus nicht bekannt.