Thymian ist eine sehr robuste Pflanze. Bei sachgemäßer Pflege und optimalem Standort sind Schädlingsbefall oder Krankheiten äußerst selten. Eine zu geringe Luftzirkulation in Verbindung mit hoher Luftfeuchtigkeit kann jedoch Pilzbefall und den Befall mit Weißen Fliegen hervorrufen. In dem Fall sollte ein Standortwechsel erfolgen.