Virtuelle Server stellen nicht nur IT-Laien vor eine Reihe von Herausforderungen. Dazu gehören etwa die Ressourcen und die Netzwerkkapazität, der Bedarf an neuen Fähigkeiten sowie die Tatsache, dass Virtualisierung nicht für alle Anwendungen geeignet ist. Die Server-Ressourcen: Ein Hostserver für virtuelle Server benötigt mehr Bandbreite und Server-Ressourcen als ein physischer Server. Ist das Netzwerk nicht dazu in der Lage, diese Zunahme des Datenverkehrs zu bewältigen, sind zahlreiche Updates nötig, bevor die virtuelle Serverumgebung eingerichtet werden kann. Der Bedarf an neuen Fähigkeiten: Je nachdem, wer für die Installation und Wartung des Systems zuständig ist, besteht die Herausforderung darin, qualifizierte Mitarbeiter zu finden, die dieser Aufgabe gewachsen sind. Ein virtueller Server kann als Open-Source-Lösung oder kommerzielle Lösung angeboten werden. Dabei erfordern gerade Open-Source-Lösungen spezielle Kenntnisse, die einen Einstieg in die Materie schwierig machen.