Chlorophyll a und b unterscheiden sich in ihrer Struktur und ihrem Vorkommen. Ein Rest am Chlorophyll b hat zwei andere Atome als Chlorophyll a. Die unterschiedlichen Reste führen auch zu leicht veränderten Absorptionsspektren: Chlorophyll a nutzt vor allem violettes und rotes Licht, während Chlorophyll b vor allem blaues und orangenes Licht nutzt. Chlorophyll a findet man außerdem in allen Photosynthese-betreibenden Eukaryoten, Chlorophyll b nur in Landpflanzen und Grünalgen.