Einen GmbH-Geschäftsführer können einerseits Haftungen gegenüber Gläubigern der Gesellschaft und Behörden treffen, andererseits auch Haftungen gegenüber der Gesellschaft und den Gesellschaftern.
Die wichtigsten Haftungen gegenüber Dritten und Gläubigern treten auf
bei Verletzung der Verpflichtung zur rechtzeitigen Insolvenzanmeldung;
bei Zahlungen, die geleistet wurden, nachdem die Eröffnung einer Insolvenz hätte beantragt werden müssen;
bei falschen Angaben gegenüber dem Handelsregister, wie etwa falschen Angaben im Zuge einer Kapitalherabsetzung oder betreffend der Einforderung ausstehender Einlagen auf das Stammkapital.
Ferner können sich Haftungsfälle auch gegenüber Behörden ergeben, z. B. für nicht entrichtete Steuern, Abgaben oder Sozialversicherungsbeiträge. So haftet der GmbH-Geschäftsführer gegenüber dem Finanzamt für nicht gezahlte Steuern der GmbH persönlich, wenn die Steuern infolge vorsätzlicher oder grob fahrlässiger Verletzung der Geschäftsführerpflichten nicht abgeführt worden sind. Der GmbH-Geschäftsführer haftet auch für an die GmbH zurückgezahlte Steuern, wenn diese ohne rechtlichen Grund gezahlt worden sind (vgl. § 69 der Abgabenordnung).
Aber auch gegenüber der Gesellschaft und deren Gesellschaftern kann ein Geschäftsführer zur Haftung herangezogen werden; beispielsweise bei Verstößen gegen das GmbH-Gesetz oder gegen den Gesellschaftsvertrag. Ein Verstoß gegen das GmbH-Gesetz liegt z. B. dann vor, wenn bei Verlust der Hälfte des Stammkapitals nicht unverzüglich eine Gesellschafterversammlung einberufen wird.