Die Wurzelkanalbehandlung wird in einem oder in zwei Terminen durchgeführt. Der Zahnarzt bohrt ein kleines Loch in die Spitze des Zahns. Durch diese Öffnung kann er das tote oder absterbende Zahnmark mit einer Reihe feiner Feilen und anderen speziellen Instrumenten aus dem Wurzelkanal, möglichst bis zur Wurzelspitze, entfernen. Nachdem der Zahnnerv so komplett aus dem erkrankten Zahn entfernt wurde, wird der entstandene Hohlraum mit einer starken antibakteriellen Lösung getränkt, um sicherzustellen, dass alle Bakterien unwirksam werden.
Nach dieser antibakteriellen Spülung werden die Wurzelkanäle mit kleinen sterilen Papierröllchen getrocknet und anschließend mit einem weichen, gummiartigen Material gefüllt. Der letzte Schritt in der Behandlung des toten Zahns ist die Platzierung einer permanenten Restauration. Dies kann eine einfache Wurzelfüllung sein, häufiger ist jedoch eine Krone oder eine komplexe Restauration erforderlich. Ein wurzelbehandelter Zahn ist so vor erneuten Entzündungen geschützt. Die Wurzelbehandlung sollte absolut schmerzfrei sein, da in allen Stadien eine lokale Betäubung eingesetzt wird.