In den Häfen stehen Müllcontainer zur Entsorgung von Hausmüll und Glas bereit. Die Entsorgungsgebühr wird mit der Liegeplatzgebühr zusammen abgerechnet. Abwasser aus der Toilette wird an Bord in einem Fäkalientank aufgefangen und muss in regelmäßigen Abständen an Abpumpstationen entsorgt werden. Dafür stehen in Häfen fest installierte Pumpen bereit. Der dortige Abpumpschlauch wird an den Stutzen am Fäkalientank angebracht. Je nach Hafen werden die Pumpen durch den Hafenmeister oder durch die Besatzung bedient. Üblich ist ein Euro Gebühr für 50 Liter. Fäkalientanks sind üblich ab 200 Liter und fassen bis zu 800 Liter. Wichtig: Füllstandanzeige des Fäkalien- und Abwassertanks im Auge behalten! Wobei man zugeben muss, dass diese Anzeige sehr häufig nicht korrekt funktioniert. Je nach Fassungsvermögen, Besatzung und Nutzungsverhalten der sanitäten Anlagen also auch den gesunden Menschenverstand gebrauchen. Leider werden Spül- und Duschwasser (Grauwasser) bei vielen Hausbooten immer noch direkt in die Gewässer eingeleitet. Es gibt Initiativen dies zu verbieten, denn im Gegensatz zur Toilettennutzung beinhalten diese Abwässer ja schließlich auch Chemikalien. Es sollte also auf jeden Fall auf abbaubare Reinigungsmittel und einen sparsamen Gebrauch geachtet werden.