Stacks nutzt die Sicherheit der Bitcoin-Blockchain, indem es den Proof-of-Transfer-Konsensmechanismus verwendet. Dieser Mechanismus baut auf der etablierten Sicherheit von Bitcoin auf und bietet somit eine hohe Sicherheit für das Stacks-Netzwerk. Im Vergleich zu anderen Kryptowährungen ist Stacks sicherer als einige kleinere, weniger etablierte Projekte, aber möglicherweise nicht so sicher wie Bitcoin oder große Proof-of-Stake-Plattformen, die über eine ausreichende Dezentralisierung und Verteilung verfügen.