Da die Kernarbeitszeit arbeitsvertraglich geregelt ist, verstößt man bei Nichteinhaltung gegen die definierte Anwesenheitspflicht. Im schlimmsten Fall können Arbeitgebende die Kündigung aussprechen. In der Regel wird davon aber nur im äußersten Fall Gebrauch gemacht. Bei flexiblen Arbeitszeitmodellen kommt es vor allem auf das Vertrauen zwischen Arbeitgebenden und -nehmenden an. Fällt ein Arzttermin oder ein anderer Termin im Kernarbeitszeitrahmen an, sollten Mitarbeitende ihre Führungskräfte vorab darüber informieren. Sonst kann die Kernarbeitszeitverletzung zu arbeitsrechtlichen Konsequenzen führen. Das Ausmaß der Konsequenz kommt dabei auf die Stärke des Verstoßes und auf die Häufigkeit an. Denkbar sind folgende Handlungen:
• Rüge oder mündliche Warnung: Wenn Beschäftigte zur Kernarbeitszeit nicht am Arbeitsplatz sind, können Führungskräfte diese mündlich rügen, um auf die bestehenden Regelungen aufmerksam zu machen.
• Schriftliche Abmahnung: Treten die Abwesenheiten häufiger auf, kann es sinnvoll sein, eine schriftliche Abmahnung auszuhändigen. Diese zielt darauf ab, eine Verhaltensänderung bei der/dem betroffenen Mitarbeiter*in hervorzurufen.
• Kündigung: Das Unternehmen kann die verhaltensbedingte Kündigung aussprechen, wenn die Mitarbeitenden keine Verhaltensänderungen zeigen und weiterhin gegen die Kernarbeitszeit verstoßen. Sollte es durch die Verstöße zudem zu Projektverzögerungen gekommen sein, können Unternehmen auf Schadensersatz klagen.