Die Wahl der Kurse ist eine wichtige Entscheidung für die Schullaufbahn am Abendgymnasium Prenzlauer Berg. Bereits im 2. Semester der E-Phase ist die verbindliche Kurswahl zu treffen. Eine Beratung mit den Fachlehrern in bezug auf die Fächerwahl ist sehr zu empfehlen. Nachträgliche Änderungen der Kurswahl sind in vielerlei Hinsicht problematisch. So ist die Änderung eines Leistungsfaches nach Beginn der Kursphase nur möglich, wenn die Kursphase erneut begonnen wird.