Häufiger und in sehr viel höheren Dosierungen wird Botulinum zur Behandlung neurologischer oder muskulärer Störungen mit Muskelverkrampfungen eingesetzt. Als wirkungsvoll hat es sich in den letzten Jahren in der Behandlung des übermäßigen Schwitzens (Hyperhidrose) und bei einigen Patienten mit Spannungskopfschmerz und Migräne erwiesen.