Aus letzterem Umstand ergibt sich ein Problem. Aus technischen Gründen (Dateisystem) und um unnötige Schreib-Lösch-Zyklen (Program-Erase Cycle oder P/E) zu vermeiden, die die Lebensdauer ähnlich Ladezyklen in einem Akku limitieren, werden beim Löschen einer Datei die Daten nicht sofort gelöscht, sondern die betreffenden Pages als gelöscht oder "invalide" markiert. Der Controller in der Speicherkarte wird zuallererst noch freie Blöcke und Pages beschreiben.
Erst dann wird aufgeräumt, die Garbage Collection oder GC, zu Deutsch: Müllsammlung. Hierzu wird aus mehreren Blöcken mit validen und invaliden Zellen der noch wichtige (valide) Inhalt gelesen und in einen neuen Block geschrieben. Die nun freigewordenen Blöcke werden gelöscht (Erase) und können mit neuen Daten beschrieben werden (Program).
Veranschaulichung der Garbage Collection. Blau = mit Daten belegte Pages, Grün = freie Pages, Rot = gelöschte Pages [Bildquelle: ProGrade Digital, Refresh Pro Whitepaper V1.2]
Genau diese Garbage Collection kostet jedoch Leistung: Während aufgeräumt wird, kann nicht parallel geschrieben werden. Zwar dauert die Unterbrechung oft nur Sekundenbruchteile und fällt so beim Fotografieren eher selten auf, bei Videoaufnahmen mit konstantem Datenansturm kann es im schlimmsten Fall jedoch zum Aufnahmeabbruch kommen – auch wenn Video-Geschwindigkeitsklassen mit Anforderungen an die Minimalgeschwindigkeit dies bei Markenmodellen in aller Regel erfolgreich verhindern.