Genau wie bei IaaS (Infrastructure as a Service) oder PaaS (Plattform as a Service) werden auch bei der Nutzung von SaaS-Anwendungen Gebühren fällig. Abhängig vom Anbieter und der Art der Anwendung kann das Zahlungsintervall zwischen jährlich, monatlich und quartalsweise variieren. Die Abrechnung von SaaS-Diensten kann anhand verschiedener Nutzungsparameter erfolgen, wie z. B. die Anzahl der durchgeführten Transaktionen, die Nutzeranzahl usw.