Allgemein formuliert lässt sich mit einem Massenspektrometer die Masse im Verhältnis zur Ladung analysieren. Ursprünglich wurde folglich die Masse der einzelnen Atome im Periodensystem bestimmt. Inzwischen dient sie der Strukturaufklärung sowie in Physik der Nachprüfung von Isotopenzusammensetzungen. In der Biologie können damit Proteine und ihre Metabolismen nachverfolgt werden.