In der Regel genügt es, die Flockenquetsche regelmäßig trocken mit einem Borstenpinsel oder einer kleinen Bürste zu reinigen. So lassen sich Rückstände von den Walzen, den Abstreifblechen, der Schütte und dem Trichter entfernen. Die Reinigung kann bei täglichem Gebrauch einmal pro Woche erfolgen.
Bei elektrischen Flockenquetschen lässt sich das Quetschwerk außerdem entnehmen und kann so zusätzlich unter fließendem Wasser gereinigt werden. Allerdings sollte auch hier zuerst die Trockenreinigung erfolgen, damit die groben Rückstände nicht mit dem Wasser verkleben. Nach der Nassreinigung muss das Quetschwerk an der Luft trocknen, bevor es erneut verwendet werden kann.