Ein potenzieller Nachteil eines ATS kann die Gefahr sein, dass qualifizierte Kandidaten durch zu strikte Filterkriterien unbeabsichtigt übersehen werden, was zu einem Verlust an Talenten führen kann. Zudem kann die Einführung eines ATS ohne angemessene Schulung und Anpassung an die spezifischen Bedürfnisse des Unternehmens zu einer Herausforderung für das HR-Team werden.