Die Vorgänge im Thermodesinfektor bestehen aus der Vorreinigung zur Entfernung von groben Verschmutzungen durch kaltes Wasser ohne Chemikalien, der Reinigung mit einem chemischen Reiniger, der Neutralisation mit einem geeigneten Neutralisationsmittel, einer Zwischenspülung, der Desinfektion mit feuchter Wärme und der abschließenden Trocknung.