Der Begriff Desinfektion bezeichnet den Vorgang, bei dem der Zahnarzt Wunden oder Entzündungen vor Krankheitserregern schützt. Die Desinfektion ist eine hygienische Maßnahme gegen solche Erreger, im Mundraum vornehmlich Bakterien. Durch die Desinfektion können Krankheitserreger abgetötet, ihre Anzahl reduziert oder zumindest ihre Aktivität deaktiviert werden. Ziel der Desinfektion ist die Eindämmung einer Infektion oder deren Vermeidung. Die Desinfektion wirkt antiseptisch und kann je nach Einsatzgebiet und gewünschten Effekt aus verschiedenen Mitteln und Methoden ausgewählt werden. Denn es gibt verschiedene Möglichkeiten, in verschiedenen Einsatzbereiche antiseptische und damit desinfizierende Wirkung hervorzurufen. Es gilt dabei, von der Sterilisation zu unterscheiden, bei der vollständig entkeimt wird. Die Desinfektion dient nur der Keimreduktion, wenn auch in hoher Stückzahl von 10−5. Bei der Desinfektion muss der Zahnarzt auf Resistenzen, mögliche Hautirritationen und Nebenwirkungen achten. Ansonsten helfen ihm Desinfektionsmittel sehr bei der täglichen Arbeit in der Zahnarztpraxis, um die bakteriellen Belastungen im Mund gering zu halten.