Bei der Aromatherapie müssen einige Kontraindikationen beachtet werden. So dürfen bestimmte ätherische Öle dürfen nicht in der Schwangerschaft oder bei Kindern angewendet werden. Einige Aromaöle können problematisch für Menschen mit Allergien, Asthma bronchiale, Epilepsie, erhöhtem oder zu niedrigen Blutdruck sein.
Da die meisten ätherischen Öle die Haut reizen, dürfen sie nur verdünnt auf die Haut aufgetragen werden. Außerdem ist zu beachten, dass einige Öle die Lichtempfindlichkeit der Haut erhöhen.