Es gibt Bereiche der RNA-Ketten (z.B. bei tRNA und rRNA), die durch Faltung und intramolekulare Wasserstoffbrücken zwischen den Basen einen Doppelstrang ausbilden können. Diese Bereiche sind oft kurz und durch Fehlpaarung der Basen sehr instabil. Die mRNA bildet keinen Doppelhelix aus, da das für ihre Funktion als Überträger der genetischen Information hinderlich wäre.