Ein GPG-Schlüsselpaar besteht aus einem öffentlichen und einem privaten Schlüssel, während ein Zertifikat in der Regel nur einen öffentlichen Schlüssel enthält. Ein GPG-Schlüsselpaar wird normalerweise von einem Benutzer erstellt, während ein Zertifikat von einer Zertifizierungsstelle (CA) ausgestellt wird. GPG-Schlüsselpaare sind in der Regel einfacher zu erstellen und zu verwalten, erfordern aber eine sorgfältige Verwahrung des privaten Schlüssels, um eine Kompromittierung zu vermeiden. Zertifikate bieten in der Regel eine höhere Sicherheit, da sie von einer vertrauenswürdigen CA ausgestellt werden, erfordern jedoch in der Regel eine Gebühr und zusätzliche Schritte zur Validierung der Identität des Antragstellers.