Ist die Entscheidung für eine Operation gefallen, wird zunächst eine Röntgenaufnahme angefertigt. Dann kann die Zahnentfernung in örtlicher Betäubung erfolgen. Vor allem, wenn alle vier Weisheitszähne während einer Sitzung entfernt werden sollen, kommt auch eine Vollnarkose infrage. Besonders ängstliche oder schmerzempfindliche Betroffene können die örtliche Betäubung mit einem Beruhigungsmittel ergänzen lassen. Erst einmal wird der Zahn gelockert. Oft muss etwas Knochen aus dem Kiefer gefräst werden, um den großen Zahn zu entfernen. Manchmal muss der Zahn für die vollständige Entfernung zerteilt werden.
Die Prozedur kann zu Einblutungen in das umliegende Gewebe führen, die als Hämatome im Gesichtsbereich sichtbar werden können, die aber nach einigen Tagen wieder verschwinden. Auch kann das Öffnen des Mundes kurzzeitig etwas eingeschränkt sein. An der Stelle, wo der Zahn entfernt wurde, ist der Kieferknochen bis zur vollständigen Heilung instabil. Daher kann es leichter zu einem Kieferbruch kommen. Liegt die Operationsstelle im Oberkiefer, können Zahnteile in die benachbarte Kieferhöhle gelangen.