Knapp ein Dutzend unterschiedliche Bakterien können Parodontitis verursachen. Doch nicht alle sind gleichermaßen pathogen. Vor allem Tannerella forsythensis, Porphyromonas und Treponema denticola gelten als Markerkeime für Parodontitis. Auch Infektionen mit Campylobacter rectus, Fusobacterium nucleatum, Prevotella intermedia und Peptostreptococcus micros haben häufig einen Krankheitswert.