In der thermischen Abfallverwertung fallen sowohl fossile als auch biogene Emissionen an. Durch die Abscheidung und Speicherung des biogenen Anteils der Emissionen bieten sie daher die Möglichkeit, zur CO2-Senke zu werden.
Im Rahmen der Zertifizierung von dauerhaft entferntem CO2 (Carbon Removals Certification Framework) ist eine Unterscheidung in fossiles und biogenes CO2 essenziell. Der biogene Anteil im abgeschiedenen CO2 von thermischen Abfallverwertungsanlagen sollte bei dauerhafter Speicherung als Negativemission angerechnet werden.
Die Kreislauffunktion von Müllverbrennungsanlagen mit Carbon Capture muss berücksichtigt werden. Wenn abgeschiedenes CO2 zur Produktion von synthetischen Kunststoffen genutzt wird, und dieses wieder in der thermischen Abfallbehandlung mit Carbon Capture landet, wird (fossiles) CO2 zirkulär genutzt und trägt somit zur Kreislaufwirtschaft bei. Dies muss sich auch in der Treibhausgasbilanz niederschlagen und nicht als Emission gewertet werden und somit sollten auch keine Emissionszertifikate dafür zu entrichten sein (wenn Müllverbrennungsanlagen in das ETS-System aufgenommen werden).