Mehrere Faktoren beeinflussen die Kosten, insbesondere wer das Audit durchführt und welche Aufwände daran gekoppelt sind. Je umfangreicher das Datenschutzaudit ausfällt, desto höher liegen die Kosten. Im Zusammenhang mit Datenschutzzertifizierungen kann es von Bedeutung sein, ob es sich um das erste Zertifizierungsaudit oder ein Überwachungsaudit handelt.