Die geologische Besonderheit der Scheidegger Wasserfälle liegt in den verschiedenen Gesteinsschichten, die hier aufgeschlossen sind. Die Gesteine der Oberen Süßwassermolasse (OSM) durchschneiden die Rhein-Jungmoränenregion und bestehen aus konglomeratischem Nagelfluh, Sand- und Mergelsteinen. Die Sand- und Mergelsteinlagen sind weniger verwitterungsresistent und wurden durch das Bachwasser ausgespült, wodurch am Fuß der Wasserfälle beeindruckende Gumpen entstanden. Die Nagelfluhbänke bilden die überhängenden Steilstufen der Wasserfälle.