Wie bei jedem Edelstein, sollte auch der Zirkon regelmäßig gereinigt werden. Am besten wäscht man ihn mit warmem Wasser und einem milden Reinigungsmittel. Es ist auch ratsam, den Zirkon von Zeit zu Zeit zu entladen, indem man ihn für einige Stunden in einer Schale aus Reis oder Quarz legt.