Die Ursprünge von Corniglia gehen in die römische Zeit zurück. Der Name entstammt der Familie Gens Cornelia, der das Anwesen gehörte und einen renommierten Wein herstellte. Bei den Ausgrabungen wurden in Pompeji Amphoren mit der Aufschrift Cornelia gefunden.
Im Jahr 1211 wurde Corniglia dokumentarisch erwähnt. Das Dorf gehörte bis dahin zum Orden der Fieschi und ging später an die Seerepublik Genua über. Unter der Herrschaft Genuas wurde die Festung und die Stadtmauer errichtet, die vor Piraten und Ungläubigen schützen sollte. An einigen Stellen im höchsten Teil von Corniglia sind noch Reste der Festung sichtbar.