Die Funktionsweise von goKapsel unterscheidet sich nicht von anderen Online-Rezept-Anbietern. Patienten werden Schritt für Schritt durch den Bestellprozess geführt. Hierfür muss zunächst ein Fragebogen ausgefüllt werden, den Online-Ärzte im Anschluss auswerten. Auf Basis des Fragebogens werden dem Kunden verschiedene Behandlungsmöglichkeiten aufgezeigt und bei der Wahl geholfen. Bei Eignung für eine Behandlung erfolgt die Ausstellung eines Rezepts und im Anschluss der Versand des Medikaments in einer diskreten Verpackung.