Die Ursachen für den Rückgang der Pfifferlingsvorkommen konnten noch nicht vollständig aufgedeckt werden. Einen entscheidenden Einfluss hat das massive Sammeln der Pilzsucher. Wenn selbst kleinste Exemplare mitgenommen werden und das Pilzgeflecht achtlos herausgerissen wird, entwickelt sich kein Nachwuchs. Die in den vergangenen Jahren häufig gewordene extreme Hitze und Trockenheit im Sommer führen dazu, dass ursprüngliche Fundorte den Feuchtigkeitsbedarf des Pfifferlings nicht mehr gerecht werden.