Szintigrafien basieren wiederum auf einem eigenen Prinzip. Hier setzt man Radiopharmaka ein, also leicht radioaktive Isotope. Diese Stoffe werden in die Blutbahn injiziert und verteilen sich in Ihrem Körper. Durch die radioaktive Markierung geben die Stoffe eine leichte Gamma-Strahlung ab. Diese trifft in einer Gamma-Kamera auf Szintillationskristalle und löst kleine Lichtblitze aus. So kann man genau nachweisen, wann sich der Stoff wo im Körper aufhält.  Dies kann zum einen rein physikalische Veränderungen zeigen. Denn manches Gewebe, wie z. B. Entzündungen oder Tumore, nimmt vermehrt bestimmte Stoffe auf und leuchtet dann in der Szintigrafie auf. Zum anderen zeigt es, wie der Stoffwechsel des Körpers funktioniert und ob biochemische Vorgänge dort und so schnell stattfinden, wie sie sollten. So kann man z. B. mit markiertem Iod Über- und Unterfunktionen der Schilddrüse zeigen.