Um eine Endokarditis zu diagnostizieren, sollte der verursachende Erreger im Blut nachgewiesen werden. Dazu werden mehrere Blutkulturen vor Beginn einer Antibiotikatherapie entnommen und bebrütet, in der Hoffnung, einen Erreger nachweisen zu können. Allgemeine Entzündungszeichen, wie eine erhöhte Blutsenkungsgeschwindigkeit und ein erhöhtes CRP, und eine Verminderung der roten Blutkörperchen (Anämie) lassen sich nachweisen.