Die Geschichte der Chrischona-Gemeinden in der Schweiz begann 1869, als zwei am Theologischen Seminar Chrischona ausgebildete jüngere Männer in den Kantonen Thurgau und Graubünden kleine Gemeinschaften aufbauten. Im Thurgau entstand unter Markus Hauser als Pastor die erste Chrischona Kapelle. Am 10. August 1873 konnte sie eingeweiht werden. Von da an breitete sich die Arbeit in der ganzen Deutschschweiz sowie später in der Westschweiz aus.
Die Chrischona-Gemeinden verstanden sich zuerst als Gemeinschaften innerhalb der Landeskirche und in Ergänzung zu ihr. Seit den dreissiger Jahren des letzten Jahrhunderts hat sich die Struktur immer mehr in Richtung einer Freikirche verändert. Heute hat Chrischona ihren anerkannten Platz als Freikirche in der Schweiz eingenommen. Auf lokaler und nationaler Ebene arbeitet sie mit den verschiedensten Denominationen zusammen und ist Mitglied der Schweizerischen Evangelischen Allianz (SEA). Heute hat Chrischona Schweiz ungefähr 7500 Mitglieder und jeden Sonntag versammeln sich ca. 13'000 Menschen in den Gemeinderäumen der rund 100 Chrischona-Gemeinden zu Gottesdiensten.