Die Prüfer haben sich bei Erscheinen unverzüglich auszuweisen. Der Beginn der Außenprüfung ist unter Angabe von Datum und Uhrzeit aktenkundig zu machen. Hintergrund ist, dass der Prüfungsbeginn den Ablauf der Festsetzungsfrist hemmt und zudem die Möglichkeit der Selbstanzeige zunichtemacht. Die Straffreiheit der Selbstanzeige tritt nämlich nicht ein, wenn ein Amtsträger der Finanzbehörde zur steuerlichen Prüfung erschienen ist.
Die Außenprüfung findet in der Regel während der üblichen Geschäfts- oder Arbeitszeit statt. Die Prüfer sind dabei berechtigt, Grundstücke und Betriebsräume zu betreten und zu besichtigen. Bei der Betriebsbesichtigung soll der Betriebsinhaber oder sein Beauftragter hinzugezogen werden. Wohnräume dürfen gegen den Willen des Inhabers grundsätzlich nicht betreten werden.
Ein zur Durchführung der Außenprüfung geeigneter Raum oder Arbeitsplatz sowie die erforderlichen Hilfsmittel sind unentgeltlich zur Verfügung zu stellen.
Der Steuerpflichtige hat bei der Feststellung der Sachverhalte, die für die Besteuerung erheblich sein können, mitzuwirken. Er hat insbesondere Auskünfte zu erteilen, Aufzeichnungen, Bücher, Geschäftspapiere und andere Urkunden zur Einsicht und Prüfung vorzulegen, die zum Verständnis der Aufzeichnungen erforderlichen Erläuterungen zu geben und die Finanzbehörde bei Ausübung ihrer Befugnisse nach § 147 Abs. 6 AO zu unterstützen.
Sind der Steuerpflichtige oder die von ihm benannten Personen nicht in der Lage, Auskünfte zu erteilen, oder sind die Auskünfte zur Klärung des Sachverhalts unzureichend oder versprechen Auskünfte des Steuerpflichtigen keinen Erfolg, so kann der Außenprüfer auch andere Betriebsangehörige um Auskunft ersuchen.
Der Steuerpflichtige ist während der Außenprüfung über die festgestellten Sachverhalte und die möglichen steuerlichen Auswirkungen zu unterrichten, wenn dadurch Zweck und Ablauf der Prüfung nicht beeinträchtigt werden.
Schließlich ist über das Ergebnis der Prüfung eine Schlussbesprechung abzuhalten, es sei denn, dass sich nach dem Ergebnis der Außenprüfung keine Änderung der Besteuerungsgrundlagen ergibt oder dass der Steuerpflichtige auf die Besprechung verzichtet. Bei der Schlussbesprechung sind insbesondere strittige Sachverhalte sowie die rechtliche Beurteilung der Prüfungsfeststellungen und ihre steuerlichen Auswirkungen zu erörtern.
Über das Ergebnis der Außenprüfung ergeht ein schriftlicher Bericht, der sogenannte Prüfungsbericht. Im Prüfungsbericht sind die für die Besteuerung erheblichen Prüfungsfeststellungen in tatsächlicher und rechtlicher Hinsicht sowie die Änderungen der Besteuerungsgrundlagen darzustellen. Führt die Außenprüfung zu keiner Änderung der Besteuerungsgrundlagen, so genügt es, wenn dies dem Steuerpflichtigen schriftlich mitgeteilt wird. Die Finanzbehörde hat dem Steuerpflichtigen auf Antrag den Prüfungsbericht vor seiner Auswertung zu übersenden und ihm sodann Gelegenheit zu geben, in angemessener Zeit dazu Stellung zu nehmen.