Oxidierende Biozide sind biologisch unbedenklich, da sie nur eine geringe Depotwirkung haben. Bei ihrem Einsatz kann es jedoch zu Produktzehrung kommen und aufgrund ihres Oxidationspotenzials ist eine höhere Korrosion möglich. Im Gegensatz dazu haben nichtoxidierende (toxische) Biozide eine längere Depotwirkung (auch im Abwasser) und es bestehen daher strengere Anforderungen an die Einleitung. Zudem kann es zu Resistenzen der Mikroorganismen kommen. (Um Resistenzen vorzubeugen ist der Wirkstoff bei nichtoxidierenden Bioziden quartalsweise zu wechseln.) Für manche Stoffe gibt es Hinweise auf eine cancerogene (krebserzeugend) Wirkung.