Trimethoprim ist im Allgemeinen nicht die erste Wahl bei der Behandlung von Blasenentzündungen, da die Resistenz gegen Trimethoprim nachweislich zunimmt. Daher werden bei Auftreten der ersten Symptome häufig andere Antibiotika wie MacroBID und Nitrofurantoin verschrieben.
Wenn diese nicht infrage kommen, kann zunächst Trimethoprim verschrieben werden. Dies kann z. B. der Fall sein, wenn eine bekannte Allergie gegen diese Medikamente besteht oder wenn sie zuvor verschrieben wurden und sich als unwirksam erwiesen haben.