Die Hochburg für Müller-Thurgau ist Deutschland. Allerdings hat sich die mit der Rebsorte bestockte Fläche in den letzten 25 Jahren halbiert. Dennoch entfallen heute immer noch fast elf Prozent der hiesigen Wein-Anbaufläche auf Müller-Thurgau. Überdurchschnittlich stark vertreten ist die Sorte in Rheinhessen, Baden und Franken. Außerhalb Deutschlands gibt es nennenswerte Anteile beispielsweise noch in Österreich, Ungarn und Tschechien. Der Trend für die Sorte ist aber überall rückläufig.