Da Mediation ein recht flexibler Prozess ist, ist es schwer, die genaue Form, die dieser Prozess annehmen wird, dogmatisch zu beschreiben. Dennoch kann gesagt werden, dass die meisten Mediationsverfahren eine erste Kontaktaufnahme zwischen den Parteien und dem Mediator umfassen, bei der der Zeitplan sowie der Ort der Mediation erörtert werden und festgestellt wird, ob vorab Bedarf an einem Austausch von Dokumenten besteht. Die Parteien unterzeichnen dann eine Mediationsvereinbarung und senden diese so bald wie möglich an den Mediator. In den meisten Fällen wird die Mediation in den Räumlichkeiten des EUIPO in Alicante abgehalten und die Parteien kommen entweder allein oder in Begleitung ihrer Rechtsvertreter.
Die Mediation dauert normalerweise einen Tag und umfasst abwechselnd gemeinsame Sitzungen (d. h. Sitzungen, bei denen der Mediator und die Parteien zusammen im Raum anwesend sind) und Einzelsitzungen (d. h. Sitzungen, bei denen der Mediator die Parteien jeweils getrennt und allein trifft). Ziel der gemeinsamen Sitzung ist es, eine Liste der zu lösenden Fragen auszuarbeiten, während in den Einzelsitzungen diese Fragen näher erörtert werden und versucht wird, mögliche Lösungen und Kompromisse zu erarbeiten. Alle Informationen, die dem Mediator bei den Einzelsitzungen zur Verfügung gestellt werden, sind vertraulicher Art und dürfen der anderen Partei nicht ohne vorherige ausdrückliche Genehmigung mitgeteilt werden.
Die Verfahren werden in der Regel im Rahmen weiterer gemeinsamer Sitzungen und mit der Ausarbeitung einer Streitbeilegungsvereinbarung abgeschlossen. Der Fall geht dann zurück an die Beschwerdekammer, der der Fall ursprünglich zugewiesen wurde; diese trifft eine förmliche Entscheidung und stellt den Abschluss des Beschwerdeverfahrens fest.