Für Immunkompetente Menschen ist die Infektion mit dem JC-Virus nicht gefährlich. Man geht davon aus, dass über 70% der Bevölkerung mit dem JC-Virus infiziert ist. Für immunsuppremierte Menschen, insbesondere wenn die T-Zell-Abwehr gestört ist, stellt die Infektion mit dem JC-Virus eine Gefahr dar: sowohl durch Krankheiten, wie AIDS aber auch therapiebedingte Immunsuppression zum Beispiel im Rahmen von der Behandlung der Multiplen Sklerose oder vor Stammzelltransplantation.