Scheich Muhammad hat – laut Spiegel 2019 – mindestens 30 Kinder und sechs Ehefrauen, laut ORF 2021 jedoch 25 Kinder. Sein zweitältester Sohn, Hamdan bin Muhammad Al Maktum, wurde 2008 Erbprinz von Dubai und sein drittältester Sohn, Maktum, wurde 2008 zweiter stellvertretender Herrscher Dubais.