Da Stielwarzen harmlos sind, müssen diese in der Regel nicht entfernt werden. Normalerweise liegen kosmetische Gründe vor, warum Betroffene sie loswerden möchten. Die Entfernung erfolgt beispielsweise über einen kleinen operativen Eingriff oder Vereisen. Die Kosten hierfür müssen vom Patienten meist selbst getragen werden.