Es gibt ein paar Funktionen, die von sevDesk nicht abgedeckt werden – auch nicht über externe Add-Ons. Die Lohnbuchhaltung fehlt beispielsweise komplett und eine Betriebswirtschaftliche Auswertung lässt sich nicht automatisch erstellen. Manche Funktionen, beispielsweise automatische Mahnungen, lassen sich nur in höheren Tarifen oder mit kostenpflichtigen Erweiterungen nutzen. Darüber hinaus schwächelt die Android-App von sevDesk, denn im Gegensatz zur iOS-Variante können Sie damit unterwegs keine Rechnungen erstellen.