Aktiv gemanagte Investmentfonds sind häufig mit hohen Kosten verbunden – so auch Garantiefonds. Die laufenden Gebühren umfassen circa 2,00 % der Anlagesumme pro Jahr. Dazu kommt einmalig ein Ausgabeaufschlag, der sich in der Regel zwischen 2,00 % und 5,00 % der Anlagesumme bewegt. Dies gilt sowohl für Garantiefonds als auch für Wertsicherungsfonds. Bei den tatsächlichen Garantiefonds kann das Fondsmanagement zusätzlich eine weitere Gebühr verlangen, wenn sich die Anlegerin oder der Anleger dazu entscheidet, die Anteile am Fonds vor Laufzeitende zu verkaufen. Das sogenannte Disagio – der Abschlag vom Nennwert des Fonds – beträgt meist 1,00 % der Anlagesumme. Garantiefonds sind demnach ähnlich teuer wie Mischfonds, erzielen jedoch durch die defensive Anlagestrategie weniger Rendite. Möglicherweise bleibt am Ende von der Rendite, die durch die Garantie der Zinsen und die Sicherheit des Kapitals eher gering ausfällt, abzüglich der Kosten nicht mehr viel übrig.