Vanilleschoten können nur schwer verderben, solange sie gut verschlossen in einem Glasröhrchen gelagert werden. Es gibt aber verschiedene Einflussfaktoren, welche die Haltbarkeit beeinträchtigen können. Diese sind hohe Luftfeuchtigkeit, hohe Temperaturen, viel Sonnenlicht und eine feuchte Lagerung.
Eine gute Vanilleschote erkennt man, wenn sie noch weich und ölig ist anstatt trocken und hart ist. Nur so behält sie ihr intensives Aroma.