In den meisten Fällen verläuft das Pfeiffersche Drüsenfieber mild. Jedoch kann es vorkommen, dass im Krankheitsverlauf die Milz oder die Leber anschwellen. Die Milz schwillt häufiger an, nämlich bei jedem zweiten Infizierten, wobei dann in seltenen Fällen die Milz bei akuten Bewegungen wie beim Sport reißen kann (Milzruptur).
In ca. 1% der Fälle kann das Gehirn angegriffen werden und es entwickelt sich eine Meningoencephalitis (Entzündung der Hirnhäute).
Außerdem ist das Epstein-Barr Virus nachgewiesenermaßen an der Ausbildung von zwei [Tumorarten](https://dermanostic.com/blog/hautkrebs) beteiligt: Dem Burkitt-Lymphom und dem Nasopharyngeal-Karzinom.