Das aus der Tiefe gewonnene Thermalwasser wird nach der Wärmeübertragung direkt wieder zurück in die unterirdischen Gesteinsschichten gepumpt. Um den Kontakt mit darüber liegenden wasserführenden Schichten zu verhindern, findet dieses immer innerhalb eines Schutzrohres statt. Dieses wird bis unter die letzte grundwasserführende Schicht in die Erde gedreht, dort riegelt es das Bohrloch vom Grundwasser und von möglicherweise quellenden Gesteinsschichten ab. Diese Bohrtechnik ist nicht nur in der Tiefengeothermie etabliert, sondern wurde auch bei Erdgas- und Erdölbohrungen angewandt. Ein Ausstoß von Schadstoffen wäre nur vorhanden, wenn der für die Pumpen benötigte Strom aus fossilen Energiequellen erzeugt werden würde. Um auch diese Emissionen deutlich zu reduzieren kann der Strom von regenerativen Energiequellen wie Photovoltaik oder Windkraft kommen.