Die Kosten der GOTS-Zertifizierung hängen im Wesentlichen von drei Faktoren ab:
Anzahl der beteiligten Betriebe
Größe und Art der Einrichtung
Bandbreite der Produkte
Ein grober Richtwert beläuft sich auf 1200–3000 Euro jährlich. Hinzu kommt eine jährliche Lizenzgebühr von 150 Euro pro inspiziertem Betrieb. Antragsteller*innen haben jederzeit die Möglichkeit, einen individuellen Kostenvoranschlag zu beantragen.