Es gibt Wirkstoffe in Flächendesinfektionsmitteln, die gesundheitsschädlich sein können. Diese Produkte sind allerdings nicht für den häuslichen Gebrauch zu empfehlen. Flächendesinfektionsmittel, die im häuslichen Gebrauch verwendet werden, sind alkoholbasiert und enthalten die Wirkstoffe Ethanol oder Propanol.
Generell unterliegen Flächendesinfektionsmittel und deren Inhaltsstoffe einer strengen Regulierung, zum Beispiel durch die Europäische Chemikalienagentur (ECHA). Hierbei wird unter anderem untersucht, ob es mögliche gesundheitliche Gefährdungen geben könnte.