Die Kosten sind von Untersuchung zu Untersuchung unterschiedlich. Bei einer medizinischen Indikation, etwa durch einen auffälligen Befund bei den gesetzlichen Schwangerschaftsvorsorgeuntersuchungen, werden weiterführende Untersuchungen häufig von der Krankenkasse übernommen. Findet die Pränataldiagnostik auf eigenen Wunsch statt, müssen die Kosten dafür privat übernommen werden.