Bezüglich der Formatierung lassen sich bei SSHDs im Vergleich zu anderen Festplattentypen keine Unterschiede feststellen. Auch hier wird von der Partitionierungssoftware oder dem Formatierungstool der komplette Speicherplatz erkannt. Daher ist es wie gewohnt möglich, die Festplatte zu formatieren und mit dem gewünschten Dateisystem zu versehen. Gängig sind vor allem FAT32, NTFS sowie ext4. Seit Windows 7 gibt es sogar eine Sicherungs- und Wiederherstellungsfunktion, welche vom Betriebssystem bereitgestellt wird.
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