Schließlich sind in der Lohnbuchhaltung die Buchungsbelege für die Finanzbuchhaltung zu erstellen, damit der Lohn bzw. das Gehalt nach der Abrechnung auch den richtigen Arbeitnehmer erreicht. Die Buchungsbelege sind Voraussetzung dafür, dass die entsprechenden Beträge im Rechnungswesen angewiesen und auf das Konto des Arbeitnehmers überwiesen werden können. Zudem muss jedes Unternehmen, das mindestens zehn Arbeitnehmer beschäftigt, am Ende des Jahres einen Lohnsteuer-Jahresausgleich über seine Lohnbuchhaltung durchführen. Mit dem Lohnsteuer-Jahresausgleich soll die monatlich einbehaltene Lohnsteuer anhand der Jahreslohnsteuertabelle am Ende des Jahres noch einmal überprüft werden. Dazu werden von der Lohnbuchhaltung die Summen der abgeschlossenen Lohnkonten an die Finanzverwaltung übermittelt. Sofern sich dabei Differenzen zwischen der Jahreslohnsteuer und der tatsächlich abgeführten Lohnsteuer ergeben, werden diese ausgeglichen. Beschäftigt das Unternehmen dagegen weniger als zehn Mitarbeiter, hat der Arbeitgeber ein Wahlrecht, ob er einen solchen Ausgleich vornimmt oder nicht. Darüber hinaus ist das beitragspflichtige Jahresentgelt jedes Mitarbeiters für die Sozialversicherungsträger von der Lohnbuchhaltung an die Krankenkasse zu übermitteln. Von allen Arbeitnehmern sind außerdem das Jahresarbeitsentgelt und die geleisteten Arbeitsstunden an die Berufsgenossenschaften zu melden, damit diese die Beiträge zur gesetzlichen Unfallversicherung berechnen können.