Die Vorteile von CUT&RUN und CUT&Tag im Vergleich zu ChIP-seq sind ein besseres Signal-Rausch-Verhältnis, eine höhere Empfindlichkeit, ein größerer dynamischer Bereich, ein geringerer Bedarf an Sequenzier-Reads und eine geringere Zellzahl. CUT&Tag hat den Vorteil, dass die Sequenzierprimer an die gespaltenen DNA-Fragmente angehängt werden und weniger Schritte zur Bibliotheksvorbereitung erforderlich sind als bei CUT&RUN. Ein zusätzliches Annealing ist nicht erforderlich. Die Methode eignet sich besonders gut für nukleosomale und fest gebundene Proteine. Sie wurde vom Henikoff-Labor auch zu einem Protokoll gestrafft, bei dem der gesamte Prozess in einem Röhrchen abläuft, und es sind automatisierbare Varianten mit hohem Durchsatz verfügbar. CUT&RUN hingegen ist für Transkriptionsfaktoren und andere weniger fest gebundene DNA-bindende Proteine vorzuziehen, die empfindlich auf die höhere Salzkonzentration in CUT&Tag reagieren, die notwendig ist, um eine Off-Target-Markierung von zugänglichem Chromatin durch Tn5 zu verhindern. Darüber hinaus ist die räumliche Auflösung des MNase-Verdaus höher als die der Tagmentierung, was einen deutlicheren Fußabdruck des gewünschten Proteins ermöglicht.