Der wichtigste Unterschied zwischen einer qualifizierten und einer fortgeschrittenen elektronischen Signatur (wie in der eIDAS-Verordnung definiert) zeigt sich bei Rechtsstreitigkeiten oder bei einer Anfechtung der Gültigkeit einer elektronischen Signatur durch eine Vertragspartei.
Eine qualifizierte Signatur genießt in allen EU-Mitgliedsstaaten rechtliche Anerkennung und Akzeptanz. Nur diese Art der Signatur ist einer eigenhändigen Unterschrift gleichgestellt. Dies bedeutet, dass der Richter im Streitfall die qualifizierte elektronische Signatur als gleichwertig mit einer eigenhändigen Unterschrift ansieht. Darüber hinaus wird ihre Gültigkeit vorausgesetzt und es gilt das Prinzip der umgekehrten Beweislast. Es obliegt daher der Partei, die die Unterschrift anficht, nachzuweisen, dass die qualifizierte elektronische Signatur ungültig ist.
Wenn die elektronische Signatur hingegen fortgeschritten ist, obliegt es der Partei, die sich auf die Gültigkeit der elektronischen Signatur beruft, dem Gericht nachzuweisen, dass die fortgeschrittene elektronische Signatur tatsächlich gültig ist.