Die Versionen sind sehr unterschiedlich und bauen nicht aufeinander auf. MetaTrader 4 ist mehr auf den Devisenhandel ausgerichtet, während MetaTrader 5 mehr auf den Aktienhandel abzielt. Im Allgemeinen und weil er Hedging ermöglicht, ist MetaTrader 4 die weiterverbreitete der beiden Plattformen.