Der gravierendste Nachteil ist wohl der Kostenfaktor. Aktuell ist es noch sehr teuer, Brennstoffzellen herzustellen. Dazu fehlt heutzutage noch die Infrastruktur. Es gibt fast keine Brennstoff Zellentankstellen auf der Welt. Hier werden die Brennstoffzellenunternehmen aber aktiv. So will beispielsweise Nel Asa noch dieses Jahr in Norwegen 20 Brennstoff Tankstellen aufstellen.