Die im Folgenden genannten Zeiten sind immer ungefähre Angaben und können variieren:
Der Tag beginnt im Naikan Zentrum Bayerischer Wald um 6:30 Uhr mit einem Gong. Gegen 8:00 Uhr findet das erste Naikan Gespräch statt, danach wird das Frühstück serviert. Zwischen 9:00 und 10:00 Uhr findet nach einem Gespräch eine kurze Arbeitsmeditation statt. Gegen 12:00 Uhr wird - wieder nach einem Gespräch - das Mittagessen serviert. Um ca. 18:00 Uhr wird - meist nach einem Gespräch - das Abendessen serviert. Zwischen 21:00 und 22:00 Uhr ertönt der "Gute-Nacht-Gong"
Zwischen den genannten Unterbrechungen übt jede(r) Teilnehmer(in) alleine im Zimmer, in dem auch geschlafen wird.