Einer der Faktoren die bei der Krankheitsentstehung eine Rolle spielen dürften, ist wahrscheinlich auch die Ernährung. Da Ernährungsstudien, aufgrund der Langzeiteffekte, sehr schwierig durchzuführen sind, gibt es dazu wenige harte Daten und daher auch keine strikten Ernährungsempfehlungen. Es wird aber empfohlen bei Morbus Crohn v.a. industriell verarbeitete Nahrung und Fertignahrung („processed food“) zu meiden. Stattdessen sollten v.a. frische und „gesunde“ Lebensmittel zubereitet und konsumiert werden.