Wertpapiertransaktionen sind bei Flatex an allen deutschen und zahlreichen ausländischen Börsen möglich. Für den außerbörslichen Handel arbeitet der Anbieter mit insgesamt sieben Premiumpartnern zusammen. Gehandelt werden können auf der Plattform alle Arten von Wertpapieren sowie Währungen inklusive Bitcoin. Vom Handel ausgenommen sind lediglich Futures und Optionen. Zum Flatex-Produktportfolio gehören außerdem zahlreiche Fonds- und ETF-Sparpläne – der Mindestanlagebetrag pro Monat liegt hier bei 25 Euro.