Grundsätzlich kannst du das machen. Hast du allerdings Änderungen an den Template-Dateien vorgenommen oder am CSS, wirst du diese Änderungen verlieren. Es kann auch sein, dass eines deiner Plugins noch nicht für die Template-Version 3 verfügbar ist. Mache vor dem Umstellen auf jeden Fall ein Backup, oder spiele vorher alles auf einer Staging-Seite durch. Sowohl mit Raidboxes und HostPress kannst du einfach eine Staging-Seite erstellen.