Die medikamentöse Therapie erfolgt am häufigsten mit dem Zellgift Methotrexat, das auf das Wachstum und die Vermehrung der Zellen, die den Embryo umgeben, wirkt und sie zugrunde gehen lässt.
Das führt auch zum Absterben des embryonalen Gewebes, das in der Folge vom Körper abgebaut wird. Methotrexat wird intravenös oder intramuskulär verabreicht bzw. direkt in das Schwangerschaftsgewebe gespritzt und kann grundsätzlich nur dann gegeben werden, wenn die Eileiterschwangerschaft vor dem Auftreten von Beschwerden entdeckt wurde, der Embryo kleiner als vier Zentimeter ist und die Konzentration des Schwangerschaftshormons HCG unterhalb eines bestimmten Schwellenwerts liegt.