In der Remissionsphase liegt der Schwerpunkt der Ernährungstherapie darauf, die beschwerdefreie Zeit zu verlängern und eine genussvolle, bedarfsdeckende Ernährung zu erreichen. Wichtig zu wissen: Die Ernährungsempfehlungen bei Morbus Crohn schränken nichts ein und verbieten ebenso wenig. Allerdings gibt es üblicherweise Lebensmittel, die besser, und Lebensmittel, die weniger gut vertragen werden. Deshalb sollte die Aufbauphase durch das Führen eines Beschwerdetagebuchs begleitet werden. Darin wird notiert, wann was gegessen worden ist und welche Beschwerden aufgetreten sind.
Empfehlenswert ist eine leichte Vollkost, bei der der Fokus auf einer ballaststoffreichen Ernährung liegen sollte. Auch entzündungshemmende Lebensmittel mit Omega-3-Fettsäuren wie beispielsweise Fisch und anthocyanhaltige Beeren wie Heidelbeeren können helfen. Außerdem kann eine pro- und präbiotikareiche Ernährung in Betracht gezogen werden. Probiotische Lebensmittel sind fermentiert und beinhalten Mikroorganismen, die die Darmflora verbessern sollen, wie zum Beispiel Sauerkraut. Präbiotika sind Bestandteile aus der Nahrung, die nicht richtig verdaut werden und dadurch die Probiotika unterstützen. Beispiele dafür sind Zwiebeln, Artischocken, Chicorée, Hafer.