Die Mesotherapie verläuft im Normalfall weitgehend schmerzfrei. Die Wirkstoffe werden in die mittlere Hautschicht injiziert und erreichen bei einer professionell durchgeführten Behandlung nicht die Fettschicht. Dadurch entstehen dem Patienten keine Schmerzen. Um möglichen Beschwerden zusätzlich vorzubeugen, werden die betreffenden Hautareale vor der Behandlung örtlich betäubt.