Die Kontrolle der Deutschen Stiftung Organtransplantation (DSO) erfolgt durch die Bundesärztekammer, die Deutsche Krankenhausgesellschaft und den GKV-Spitzenverband. Diese sind als Auftraggeber gesetzlich verpflichtet, hierfür eine Überwachungskommission einzusetzen, die die DSO kontinuierlich überwacht (§ 11 Transplantationsgesetz). Diese Überwachungskommission prüft die Einhaltung der gesetzlichen Verpflichtungen der Koordinierungsstelle. Zur Verbesserung der Transparenz ist im Transplantationsgesetz ausdrücklich geregelt, dass die DSO der Kommission alle grundsätzlichen finanziellen und organisatorischen Entscheidungen vorlegen muss. Ebenso ist die DSO verpflichtet, jährlich ihren Geschäftsbericht zu veröffentlichen.