Das interne Kontrollsystem (IKS) beinhaltet Regelungen zur Steuerung der Vereinsaktivitäten. Es ist integraler Bestandteil der organisatorischen Regelungen des SOS-Kinderdorf e.V. und findet seine Ausprägung u.a. in Leitfäden, Richtlinien und Verfahrensanweisungen. Diese werden durch Stellenbeschreibungen, abgestufte Berechtigungs- und Freigabesysteme sowie prozessintegrierte Kontrollen (z.B. Funktionstrennung) ergänzt.