Wie bei jeder Operation können Begleiterscheinungen wie Schmerzen, Blutungen, Schwellungen und Infektionen auch nach einer Wurzelspitzenresektion auftreten. Um Infektionen vorzubeugen, verschreibt der Zahnarzt oft präventiv ein Antibiotikum. Beim Eingriff kann es auch zu folgenden Komplikationen kommen:
Liegen die Zähne sehr nahe nebeneinander, können umliegende Zahnwurzeln beim Eingriff beschädigt werden.
Eventuell zurückbleibende Entzündungsherde können zu einer erneuten Entzündung führen. Dann muss der Zahn trotz der Behandlung gezogen werden.
Die Kieferhöhle kann verletzt werden. Kommt es während des Eingriffs zu einer ungewollten Kieferhöhleneröffnung, wird die Wunde fest vernäht. Sie dürfen anschließend mehrere Wochen nicht durch die Nase schnäuzen. Sonst kann es zu Nasenbluten nach der Wurzelspitzenresektion kommen.
Im Unterkiefer können Nerven wie der Zungennerv oder der Trigeminus verletzt werden. Dabei können Gefühlsstörungen im Gesicht zurückbleiben. Bei einem Eingriff an den Backenzähnen kann ein Nerv so gereizt werden, dass ein Taubheitsgefühl an der Unterlippe auftritt. Dies klingt in den meisten Fällen nach kurzer Zeit jedoch wieder ab.