Bei oraler Aufnahme von DMT, beispielsweise durch das in Südamerika populäre Ayahuasca, kann es beim Konsumenten zu Übelkeit, Erbrechen und Durchfall führen. Bei gerauchtem DMT sind Hustenanfälle wahrscheinlich. Weitere bekannte körperliche Nebenwirkungen sind eine beschleunigte Atmung, erhöhter Blutdruck, Zittern, Kopfschmerzen sowie Störungen im Bewegungsablauf.