Falls es bei einer Kontrolle zu Beanstandungen kommt, werden Sanktionen vergeben und teils weitere, unangemeldete Nachkontrollen vorgenommen. Bio-Lebensmittel sind die am besten kontrollierten Lebensmittel. Wo viel kontrolliert wird, werden auch Abweichungen entdeckt. Nicht jeder Verstoss führt jedoch zu einer Aberkennung. In einem Reglement sind die Sanktionen festgelegt, die nach Schweregrad des Verstosses abgestuft sind. Nur bei schweren und vorsätzlichen Verstössen sowie Betrug wird bekommt der Betrieb den Status als Bio-Betrieb aberkannt. Wenn für ein bestimmtes Bio-Produkt die Bio Suisse Richtlinien nicht eingehalten wurden oder ein Verdacht darauf besteht, kann Bio Suisse auch die Vermarktung der betroffenen Chargen sperren oder verbieten.