Die Funktionsweise der Regeneration ist der herkömmlichen Beladung der Austauscher entgegengesetzt. Die aus dem Wasser entfernten Kationen und Anionen werden über eine simple Verdrängung von den Ionenaustauschern entfernt. Dabei muss mit einem großen Überschuss an Säure (für H+) bzw. Lauge (für OH-) gearbeitet werden, um Ionen wie Chrom oder Sulfat vom Austauscher zu entfernen. Das entstehende Regenerat ist stark sauer bzw. alkalisch und mit den gelösten Ionen belastet und muss daher behandelt werden. Die Austauscher müssen anschließend noch gespült werden um eventuelle Reste an Chemikalien zu entfernen. Dann ist der Regenerationsvorgang abgeschlossen und die frischen Austauscher sind bereit für eine erneute Verwendung.