Du solltest so früh wie möglich einen SEO-Spezialisten an Bord holen. Der beste Zeitpunkt ist, wenn es an das grundsätzliche Design geht und Du Dir bereits die Kategorien für Deinen Shop überlegt hast. Ein grundsätzliches Design sollte (als Skizze) schon stehen, das kann der SEO dann unter Umständen aus Usability-Gründen aber wieder stark verändern. Auch die Kategorien kann er hinterfragen, nachdem er eine Keyword-Analyse durchgeführt hat. Eine andere Möglichkeit ist, dass Du den Shop erstellst und vor Livegang dann einen SEO darübersehen lässt. Hier ist aber die Gefahr recht hoch, dass Du dann vieles umwerfen musst. Ich persönlich würde es nach der Auswahl des Shopsystems machen, einen Dummy erstellen ohne Design und zusätzlich eine Skizze des Shops - und dann warten was der SEO dazu sagt.