Neben dem klaren Vorteil gibt es einige Nachteile, die im Entscheidungsprozess starke Berücksichtigung finden sollten. Diese sind verbunden mit:
Verlangsamung der internen Arbeitsabläufe: Auch wenn eine starke und andauernde Arbeitsmonotonie für Mitarbeiter äußerst schädlich ist, ist die Vermeidung von Routine um jeden Preis genauso schlecht. In der Tat brauchen Arbeitnehmer eine Routine, denn sie hilft ihnen dabei, die zugewiesenen Aufgaben schneller zu erledigen. Eine zu inflationär eingesetzte Job Rotation kann nicht nur den Workflow verlangsamen, sondern auch eine negative Belastung und Überforderung darstellen.
Aufwand für die Vorbereitung und Umsetzung: Job Rotation entsteht nicht von alleine. Diese Form der Arbeitsorganisation erfordert somit viel Zeit und ausreichende Personalressourcen, die oft in einem Unternehmen fehlen. In der Regel sind Führungskräfte für die Planung, Vorbereitung und Durchführung von Job Rotation in verschiedenen Abteilungen zuständig. Auch die regelmäßige Evaluation ist notwendig. Fehlt ein Organisationstalent auf der Führungsebene, kann die Maßnahme zur Arbeitsorganisation folglich schnell ins Chaos stürzen.