Der Hauptunterschied zwischen den beiden Tests ist ihre Auflösung. Die Auflösung der herkömmlichen Karyotypisierung oder zytogenetischen Analyse ist begrenzt und kann nur Veränderungen in der Anzahl und/oder Struktur von Chromosomen erkennen, die größer als 5-10 Millionen Basenpaare (Mb) sind. Die Auflösung der Array-CGH oder molekularen Karyotypisierung ist viel höher, da sie den gleichzeitigen Nachweis sehr kleiner Veränderungen (Zugewinne oder Verluste von DNA-Fragmenten) ermöglicht, die für mehr als 300 genetische Syndrome verantwortlich sind, die mit geistiger Behinderung, Autismus, Herzkrankheiten und anderen Pathologien in Verbindung gebracht werden und von denen die meisten mit der herkömmlichen Karyotypisierung nicht nachweisbar sind.