FreeFileSync bietet vier verschiedene Modi: Zwei Wege, bei denen Quelle und Ziel in beide Richtungen synchronisiert werden; Spiegeln, bei dem eine Kopie des Quellordners im Zielordner erstellt wird; Aktualisieren, bei dem nur neue und aktualisierte Dateien übertragen werden; sowie individuelle Synchronisationsregeln mit Filteroptionen.