WooCommerce ist eins der sichersten Plugins für WordPress und wird stetig erweitert. Davon abgesehen werden bei WooCommerce nur externe Zahlungsdienstleister wie Stripe, PayPal oder ähnliche integriert, sodass das Sicherheitsrisiko fast ausschließlich bei den Zahlungsanbietern selbst liegt.
In der Theorie sind geschlossene Systeme wie Shopify zwar sicherer, allerdings ist man hier insbesondere bei der Gestaltung und Anpassung der Checkout-Schritte stark eingeschränkt.