Für jeden Behandlungsfall entsteht durch die individuelle Kombination aus Diagnosen- und Prozedurenschlüssel mithilfe eines zertifizierten Groupers eine Abrechnungspauschale. Tagesbezogen können je nach Leistungserbringung ergänzende Tagesentgelte den Rechnungsbetrag erhöhen. Das PEPP-System wird jährlich weiterentwickelt. Das Institut für das Entgeltsystem im Krankenhaus (InEK) kalkuliert und veröffentlicht jährlich den aktuellen Entgeltkatalog PEPP.