In Untersuchungen wurden bis zu 75 verschiedene Bakterienstämme in wurzelbehandelten Zähnen nachgewiesen, besonders häufig finden sich in und um die toten Zähne folgende Bakterien wieder: enterococus faecalis, capnocytophaga ochracea, fusobacterium nucleatum, leptotrichia buccalis, gemella morbillorum und porphyromonas gingivalis. Vier dieser genannten Bakterien können das Herz, drei das Nervensystem, zwei Nieren und Gehirn, eine die Kiefernhöhle befallen. Eine vitale, gesunde Zahnpulpa spielt im Zusammenhang mit dem Immunsystem eine entscheidende Rolle bei der Abwehr dieser Keime. Häufig kann sich aus der Besiedelung oben genannter Bakterien eine chronische Infektion und daraus eine chronische Entzündung auch des umgebenden Knochengewebes entwickeln. Falls auf einem Röntgenbild eine Entzündung der Wurzelspitze erkennbar ist, kann auf eine erhöhte Misserfolgsquote einer Wurzelbehandlung auf Grund einer chronischen Infektion geschlossen werden.