In Europa gibt es die HPV-Impfung seit etwa der Mitte der 2000er Jahre und es wurden weltweit bereits mehr als 734 Mio. Impfungen ausgeliefert. Das Sicherheitsprofil der HPV-Impfstoffe wird laufend von nationalen und internationalen Gesundheitsbehörden überwacht. Die HPV-Impfstoffe, die derzeit auf dem Markt sind, gelten in der Regel als gut verträglich. Die WHO empfiehlt die Einführung der HPV-Impfung in jedem Land der Welt.
In den Tagen nach der HPV-Impfung können eine Rötung oder Schwellung oder Schmerzen an der Einstichstelle auftreten. Manchmal kann es auch zu einer Temperaturerhöhung, Übelkeit, Kopfschmerzen oder Abgeschlagenheit kommen. Diese Nebenwirkungen sind für eine Impfung ganz normal. Vermehrt wurden Kreislaufreaktionen wie Schwindel oder „Schwarz werden vor den Augen“ beschrieben. Diese kurzfristigen Kreislaufreaktionen – wie auch die lokalen Reaktionen an der Einstichstelle – lassen sich bei Jugendlichen in vergleichbarem Maße auch bei anderen Impfungen beobachten (z. B. Auffrischimpfung für Tetanus-Diphtherie-Pertussis-Polio), daher sollte die Impfung nicht im Stehen durchgeführt werden. Die Kreislaufreaktion ist meist Ausdruck von Angst bzw. Stress im Zusammenhang mit der Impfung.