POP3 und IMAP sind zwei unterschiedliche Protokolle über die E-Mail Clients (Outlook, Thunderbird etc.) Mails von Mailservern abholen können. Je nach Verbindungsart baut POP3 eine Verbindung über Port 110 oder 995 (bei SSL-Verschlüsselung) und IMAP über Port 143 oder 993 (bei SSL-Verschlüsselung) auf.
Bei POP3 werden die Mails vom Server abgeholt, wobei sie danach nicht mehr auf dem Server verfügbar sind. Sie werden sozusagen vom Mailserver abgeholt und danach vom Server gelöscht. Sie sind dann nur noch lokal auf dem Client vorhanden mit dem Sie abgerufen wurden. Man kann das Postfach so konfigurieren, dass die Mails als Kopie auf dem Server behalten werden.
Der grundlegende Unterschied zu IMAP besteht darin, dass beim Abrufen über das IMAP-Protokoll die Mails zunächst auf dem Server bleiben, bis der Anwender sie von dort herunterlädt und löscht. Titel und Inhalt der Mail lassen sich online betrachten und Mails können direkt auf dem Mailserver in Ordnern verwaltet werden. Die Ordnerstruktur kann auf jeden Client der sich mittels IMAP zu diesem Postfach verbindet synchronisiert werden. Dies ist z.B. dann nützlich, wenn das Postfach von verschiedenen Rechnern aus oder von unterwegs verwaltet wird.