Ja, es gibt mehrere Schutzgebiete, die die einzigartige Flora und Fauna des Flusses bewahren sollen. Dazu gehören zum Beispiel das Naturschutzgebiet Isarauen südlich von München und das Europareservat Unterer Inn, das auch Teile der Isar umfasst. Diese Schutzgebiete dienen dem Erhalt der natürlichen Umgebung und bieten Lebensraum für viele Tier- und Pflanzenarten.