Wenn jemand ausschließlich eine MRSA-Infektion hat und ansonsten gesund ist, lässt sich diese in der Regel innerhalb von einer bis zwei Wochen gut behandeln. Entscheidend ist, dass die behandelnde Praxis mit einem mikrobiologischen Labor zusammen mindestens ein Reserve-Antibiotikum findet, das die Keime abtöten kann. Zusammen mit anti-bakteriellen Salben und erhöhter Hygiene sind die Patienten dann nach kurzer Zeit meist wieder MRSA-frei. Als vollständig genesen gelten sie allerdings erst nach zwölf Monaten ohne erneute Infektion.
Schwieriger wird es, wenn bereits Grund-Erkrankungen vorliegen, wenn Patienten zu chronischen Wunden neigen oder künstliche Körperöffnungen wie ein Katheter vorliegen. Dann haben es die resistenten Keime leichter, immer wieder in den Körper einzudringen und sich dort anzusiedeln. Eine Behandlung kann dann mehrere Monate dauern. In manchen Fällen werden Patienten die MRSA nie wieder vollständig los. Das ist aber eher selten.