Wie bereits erwähnt, unterscheidet sich Samsung Pay von anderen Bezahldiensten, da es neben der Near Field Communication (NFC) auf die Magnetic Secure Transmission-Technik (MST) setzt. Über die Technik können Nutzer von Samsung Pay an Kassenterminals kontaktlos zahlen, die nur mit Karten mit Magnetstreifen funktionieren und über keinen NFC-Chip verfügen.
Nach Aussage von Samsung lässt sich der Zahlungsservice, durch die Kombination von NFC und MST, an jedem Kassenterminal nutzen, an dem Kunden die hinterlegte Zahlungskarte einsetzen können. Eine Umrüstung der Kassenterminals durch Händler ist nicht nötig. Die Zahlung läuft über die Samsung Pay App ab. Möchten Nutzer mit Samsung Pay bezahlen, so müssen sie von der Starttaste am unteren Bildschirmrand nach oben streichen. Mit dem Scannen des Fingerabdrucks oder der Iris autorisieren sie die Transaktion. Anschließend müssen Nutzer nur noch die Rückseite des Smartphones an das Kartenlesegerät halten – fertig.