Die aufbewahrungspflichtigen Unterlagen müssen geordnet aufbewahrt werden, und zwar in der Form, in der sie eingegangen sind bzw. erstellt wurden. Ein bestimmtes Ordnungssystem ist nicht vorgeschrieben. Die Ablage kann zum Beispiel nach Zeitfolge, Sachgruppen, Kontenklassen, Belegnummern oder alphabetisch erfolgen. Bei elektronischen Unterlagen müssen Eingang, Archivierung und ggf. Konvertierung und die weitere Verarbeitung protokolliert werden. Dabei muss sichergestellt sein, dass ein sachverständiger Dritter die Unterlagen innerhalb angemessener Zeit prüfen kann.
Sind aufzeichnungs- und aufbewahrungspflichtige Daten, Datensätze, elektronische Dokumente und elektronische Unterlagen im Unternehmen entstanden oder dort eingegangen, sind sie auch in dieser Form aufzubewahren und dürfen vor Ablauf der Aufbewahrungsfrist nicht gelöscht werden. Sie dürfen daher nicht mehr ausschließlich in ausgedruckter Form aufbewahrt werden und müssen für die Dauer der Aufbewahrungsfrist unveränderbar erhalten bleiben (zum Beispiel per E-Mail eingegangene Rechnungen im PDF-Format oder eingescannte Papierbelege).
in Papierform sind grundsätzlich in Papierform aufbewahrungspflichtig, können aber auch gescannt und elektronisch erfasst werden. Nach dem Scannen darf eine weitere Bearbeitung nur noch im elektronischen Dokument erfolgen. Grundsätzlich soll der Papierbeleg dem Bearbeitungsvorgang entzogen werden. Wird er dennoch bearbeitet, muss der Beleg nach Abschluss der Bearbeitung erneut eingescannt und ein Bezug zum ersten Scanobjekt hergestellt werden, etwa durch einen gemeinsamen Index. Nach dem Scannen darf der Papierbeleg vernichtet werden. Bestimmte Dokumente, zum Beispiel Zollpapiere mit fluoreszierendem Original-Stempel, sind weiterhin im Original aufzubewahren.