Ob sich Bäckereien für Bio-Mehl oder konventionelles Mehl entscheiden, hängt davon ab, ob sie ihr Brot als Bio vermarkten wollen oder nicht. Bio-Bäckereien setzen daher auf Mehl, das aus dem Getreide von Biobauernhöfen gewonnen wird. Diese verzichten auf den Einsatz chemisch-synthetischer Pflanzenschutzmittel sowie auf leicht lösliche Düngemittel. Bäckereien, die ihr Gebäck nicht explizit als Bio ausweisen verwenden Mehl von konventionellen Höfen. Bäckereien müssen sich aber nicht zwingend für oder gegen Bio entscheiden, sondern können auch Brot und Gebäck aus Bio- und aus konventionellem Mehl anbieten. Bio-Brot oder Bio-Gebäck müssen sie aber auch als solches kennzeichnen, wenn sie als Betrieb BIO-AUSTRIA zertifiziert sind und das Brot oder Gebäck verpackt ist.