Obwohl die Ziele von Lean und Six Sigma die gleichen sind, unterscheiden sich ihre Prozesse und Methoden. Lean Sigma zielt darauf ab, Verschwendung zu beseitigen, indem Prozesse identifiziert werden, die dem Kunden nicht mehr dienen und keinen Mehrwert in der gesamten Lieferkette schaffen. Six Sigma beseitigt Verschwendung durch die Ermittlung von Abweichungen in den Prozessen und Funktionen. Während Six Sigma auf die Prozesse eines hierarchischen Systems abzielt, eignet sich Lean hervorragend für die abteilungsübergreifende Zusammenarbeit und den Nutzen für die gesamte Belegschaft. Lean, das von Agile abgeleitet ist, wird in allen Bereichen einer Organisation angewandt, während Six Sigma nicht in jedem Bereich oder jeder Organisation angewendet werden kann. Es gibt auch einen Unterschied bei der Aufteilung der Verantwortlichkeiten und der Eigenverantwortung. Während spezielle Teams gebildet werden, die sich um den Six-Sigma-Prozess kümmern, ermutigt Lean Six Sigma jedes einzelne Mitglied, Verantwortung zu übernehmen und so die Verbesserung in die Hand zu nehmen.