Um während des Probentransports keine Beschädigungen am entnommenen Material zu verursachen, müssen bestimmte Vorkehrungen getroffen werden. Geeignete Rohrpostbehälter oder Sekundarverpackungen ermöglichen, Proben sicher und unbeschädigt zu transportieren. Eine entsprechende Verpackung und Kennzeichnung sind wichtig, da so die schnelle und korrekte Identifikation sichergestellt wird.
Auch das Transportmittel selbst sollte regelmäßig gewartet und gereinigt werden, um die ordnungsgemäße Funktion und Sicherheit zu gewährleisten. Dabei helfen regelmäßige Messungen des Rohrverlaufs, Störungen frühzeitig zu erkennen. Für Krankenhäuser ist das besonders wichtig, da durch Gebäudeerweiterungen oder -erneuerungen schnell Rohre beschädigt werden können, wodurch es zu erhöhten Erschütterungen der Büchsen kommt.