Bei der Einnahme von Microgynon ist es möglich, dass Übelkeit, Kopfschmerzen oder Schwindel auftreten. Zu den etwas selteneren Nebenwirkungen zählen beispielsweise Pilzinfektionen, Bauchschmerzen oder erhöhter Blutdruck oder veränderte Blutzuckerwerte. Bei einem gesunden Menschen klingen diese aber nach der Einnahme wieder ab. Gemeinsam mit einem Arzt kann dennoch über ein alternatives Präparat zur Verhütung beraten werden.