Die Enzianwurzel gehört zu den reinen Bittermitteln und enthält kaum Gerbstoffe. Für den bitteren Geschmack ist vor allem die Substanz Amarogentin verantwortlich. Dieser Stoff hat in Reinform einen Bitterwert von 58 Millionen, das bedeutet, dass ein Gramm davon ca. 58.000 Liter Wasser einen bitteren Geschmack verleihen kann. Der Gehalt an Bitterstoffen ist von der Jahreszeit abhängig, in der die Wurzel geerntet wird, und von der Höhenlage, in der die Pflanze wächst. Bitterstoffe regen die Geschmacksrezeptoren auf der Zunge an und bewirken durch einen Reflex die vermehrte Bildung von Speichel. Im Magen fördern Bitterstoffe eine vermehrte Bildung des Verdauungshormons Gastrin, das die Produktion von Magen- und Gallensaft steigert und die Bauchspeicheldrüse anregt. Die verstärkte Bildung von Verdauungssäften wirkt appetitsteigernd und verdauungsfördernd. Außerdem kann Enzian die Darmperistaltik (die wellenförmigen Darmbewegungen, die für den Weitertransport des Futterbreis sorgen) verbessern. Die Wurzel enthält vergärbare Kohlehydrate, Glukose sowie Fruktose und ist daher für die Herstellung von hochprozentigem Alkohol geeignet. Das Destillat enthält zwar noch die ätherischen Öle des Enzians, die Bitterstoffe gehen aber verloren.