Die Kosten für die Leistungen eines SiGeKo entstehen in Form eines Honorars. Das Honorar für den SiGe-Koordinator sind nicht in der HOAI beschrieben. Vielmehr werden die Kosten der SiGeKo-Leistung von den einzelnen Aufgaben während der Planung- und Ausführungsphase des Bauprojekts gemäß der Baustellenverordnung beeinflusst.