Da ein Hängeorganizer meist frei in der Wohnung oder am Arbeitsplatz im Raum an einer Wand oder einer Türe hängt, ist es manchmal notwendig, ihn zu reinigen. Um etwas Staub zu beseitigen, reicht oft schon ein Staubwedel. Wer es etwas gründlicher mag, kann hierzu auch einen Staubsauger mit einem weichen Bürstenaufsatz benutzen.
Ist ein Hängeorganizer beispielsweise durch längere Nutzung aber schon etwas stärker verschmutzt, sollte er, sofern das Material es verträgt, mit einem weichen feuchten Tuch abgewischt werden. Einige Hängeorganizer aus Stoff können sogar in der Waschmaschine gewaschen werden.