Stress beeinflusst die Darm-Mikroflora durch die Verringerung der Konzentration von probiotischen Bakterien. Alle stressigen Situationen, denen ein Tier ausgesetzt ist, verursachen zudem einen erhöhten Darm-pH-Wert. Wenn dies geschieht, begünstigen die Bedingungen im Magen-Darm-Trakt die Entwicklung von pathogenen Spezies (schlechte Bakterien) auf Kosten von nützlichen Spezies (gute Bakterien).