Chlor wirkt durch die Zerstörung der Schimmelpilzzellwände. Es ist eine wirksame meist nur kurzfristige Methode, hat allerdings auch einige gravierende Nachteile: Chlor kann als Gas (vor allem dann, wenn chlorhaltige Mittel in Kontakt mit Säure kommen) sehr reizend wirken. Augenbrennen, Hautausschläge (Chlorakne), Kratzen im Hals und Husten können die Folgen sein. Des Weiteren hält sich der strenge Geruch chlorhaltiger Produkte rel. lange in Wohnräumen und können oftmals bis zum vollständigen „ausdampfen“ nicht bewohnt werden.