Die geschlechtsspezifischen Unterschiede wurden bisher wenig erforscht. Bei Studien, in denen das Geschlecht eine Nebenrolle spielte, wurden kaum Unterschiede zwischen Männer und Frauen in Bezug auf die Symptome von AIDS entdeckt.
Frauen leiden häufiger an starker Müdigkeit als Männer. Auch chronische Schmerzen kommen bei Frauen, sowie bei älteren Betroffenen häufiger vor. Jedoch kann man bisher keine klaren Unterschiede benennen. (3)