Die Ionenchromatographie (IC) ist eine Variante der HPLC, bei der die Wechselwirkung der stationären Phase auf dem Ionenaustausch beruht. Sie wird daher zur Trennung von Ionen oder geladenen Spezies eingesetzt. Anionen und Kationen werden auf separaten Säulen getrennt. Im Gegensatz zur HPLC, bei der der Schwerpunkt auf der Trennung ähnlicher Verbindungen liegt, sind die Trennungen bei der IC eher standardisiert und der Schwerpunkt liegt auf Genauigkeit und Empfindlichkeit. Aufgrund der unterschiedlichen Eigenschaften von Ionen werden häufig Leitfähigkeitsdetektoren verwendet. Um die Empfindlichkeit zu verbessern, wird die Hintergrundleitfähigkeit des Eluenten vor der Detektion der Ionen entfernt. Um eine wesentlich höhere Empfindlichkeit zu erreichen, können die Ionen auf einer kurzen Ionenaustauschersäule vorkonzentriert und dann zur Trennung in den Eluentenstrom eluiert werden. Auf diese Weise lassen sich viele Anionen im Spurenbereich sehr effektiv bestimmen. Die IC wird häufig zur Ergänzung der ICP-MS-Bestimmung von Metallen in einer Probe eingesetzt.