Die Kosten der Medizinisch-Psychologischen Untersuchung sind in der § 1 GebOSt in Verbindung mit Anlage zu § 1 Nr. 451 ff. GebOST  geregelt. Sie richten sich nach dem durchschnittlichen Aufwand der unterschiedlichen Fragestellungen. Sie betragen für Alkohol- und Drogenuntersuchungen ca. 338,00 Euro netto. Bei kombinierten Fragestellungen erhöht sich die Untersuchungsgebühr um die Hälfte der jeweils höchsten Teilgebühr. Drogenuntersuchungen sind deshalb am teuersten, weil ein Drogenscreening mit einer zusätzlichen Gebühr von ca. 128,00 Euro abgerechnet wird. Hinzu kommen unter anderem Kosten für Zweitschriften und Gutachtenversand. Vielfach liegen die gesamten Gebühren für die MPU über ca. 500,00 Euro.