Trotz der vielen Vorteile gibt es auch Herausforderungen bei der Nutzung von unterirdischen Kavernenspeichern für die Wasserstoffspeicherung. Zum Beispiel erfordert der Bau solcher Speicheranlagen erhebliche Investitionen und technisches Know-how. Darüber hinaus müssen geeignete Standorte identifiziert werden, die über die notwendigen geologischen Eigenschaften für die sichere Speicherung von Wasserstoff verfügen.