Wie bei jeder medizinischen Behandlung gibt es auch bei der Verwendung von Schnarchschienen mögliche Risiken und Nebenwirkungen. Diese sind meist gering und können durch regelmäßige Kontrolle und Anpassung minimiert werden. Einige Patienten klagen zu Beginn der Behandlung von Kieferbeschwerden und leichten Zahnschmerzen. Diese Symptome treten vor allem dann auf, wenn die Schnarchschiene nicht exakt an den Kiefer angepasst wurde. Nach wenigen Tagen gewöhnt sich der Kiefer an die neue Situation und die Beschwerden verschwunden.
Häufig wird über eine vermehrte Speichelproduktion berichtet, die aber ebenfalls nach der Eingewöhnungsphase abklingt. Obwohl es paradox klingt, leiden einige Patienten auch unter Mundtrockenheit. Das wird durch die Position der Schiene verursacht und lässt sich durch eine Anpassung der Schiene meist regulieren.
In sehr seltenen Fällen können minimale Verschiebungen der Zähne auftreten. Regelmäßige Kontrollen durch den Kieferorthopäden stellen sicher, dass solche Nebenwirkungen vermieden werden.