CUT&RUN und CUT&Tag werden mit geringen Zellzahlen durchgeführt, und das Hintergrundsignal ist deutlich geringer als z. B. bei ChIP. Dies kann zuverlässige Messungen der DNA-Konzentration mit einem fluorometrischen Assay oder durch Kapillarelektrophorese schwierig machen. Um den Erfolg der CUT&RUN- und CUT&Tag-Methoden zu beurteilen, wird empfohlen, eine Reaktion mit einem Antikörper gegen eine häufige Histonmodifikation wie h4K27me (ABIN6923144) oder h4K4me3 (ABIN2668472) als Positivkontrolle durchzuführen. DNA-Fragmente, die mit einem solchen Antikörper präpariert wurden, können durch Kapillarelektrophorese auf einem Bioanalyzer oder Tapestation oder fluorometrisch auf einem Qubit- oder Nanodrop-Fluorometer gemessen werden.