Die Arbeitsassistenz wird von den Rentenkassen, der Agentur für Arbeit bzw. von den Integrationsämtern finanziert. Alternativ besteht auch die Möglichkeit, Arbeitsassistenten über das persönliche Budget zu bezahlen. Die Finanzierung der Arbeitsassistenz als Reintegrationsmaßnahme wird über die Rentenkassen oder die Agentur für Arbeit bezahlt. In der Regel geht es hierbei um eine Zeitspanne von drei Jahren. Handelt es sich bei der Arbeitsassistenz um eine dauerhafte Unterstützung am Arbeitsplatz, ist für die Finanzierung das Integrationsamt am Wohnort der Assistenznehmer:innen zuständig. Die finanziellen Mittel stammen im Übrigen aus den Ausgleichszahlungen der Wirtschaft: Unternehmen, die keine oder prozentual zu wenige Menschen mit Behinderung anstellen, sind verpflichtet einen Ausgleichsbetrag zu zahlen. Die Finanzierung über die Ausgleichszahlungen der Unternehmen bedeutet allerdings auch, dass die Integrationsämter keine Arbeitsassistenz genehmigen können, wenn diese Mittel erschöpft sind. Assistenznehmer:innen, die sich für das Arbeitgebermodell entschieden haben, können die Arbeitsassistenz auch aus ihrem persönlichen Budget bezahlen. Das Integrationsamt übernimmt hierbei in der Regel die Koordination der einzelnen Kostenträger.