Odontome werden meist zufällig in der Zahnarztpraxis entdeckt, beispielsweise, wenn die Zähne asymmetrisch durchbrechen oder der Zahndurchbruch gestört ist. Dann wird radiologisch die genaue Ausdehnung und Lage der zahnähnliche Geschwulste ermittelt. Werden Odontome rechtzeitig entfernt, ist ein spontaner Zahndurchbruch oft noch möglich und die Schädigung der umliegenden Gewebe wird verhindert. Nach dem gründlichen Entfernen ist der Tumor in der Regel dauerhaft verschwunden. Odontome neigen nicht zu Rezidiven.
Die chirurgische Entfernung erfolgt meistens in einer Zahnklinik oder einer Praxis für Kieferchirurgie. Wichtig ist, dass der komplette abgegrenzte oder eingekapselte Gewebebereich herausgeschält wird. In seltenen Fällen müssen Zähne in diesem Bereich mit entfernt werden. Dann sind gegebenenfalls weitergehende chirurgische und kieferorthopädischer Massnahmen erforderlich. Mithilfe der modernen Implantologie kann auch in schwierigen Fällen ein funktionell und ästhetisch perfektes Gebiss wiederhergestellt werden.