Eine weitere Möglichkeit für die Aufbewahrung von Kaffeebohnen ist die Gefriertruhe beziehungsweise der Gefrierschrank. Allerdings kann das Einfrieren eine negative Wirkung auf die Aromen der Kaffeebohnen haben, während die Konsistenz gleich bleibt.
Wer die Bohnen einfrieren möchte, sollte sie nicht in der originalen Verpackung belassen. Stattdessen ist es ratsam, die Bohnen in luftdichte Behälter umzufüllen. Sinnvoll ist außerdem, die Bohnen in kleinere Mengen aufzuteilen. Außerdem ist es sinnvoll, die Bohnen zu vakuumieren. Vor der Nutzung der eingefrorenen Bohnen ist es ratsam, die entsprechende Menge langsam auftauen zu lassen. Das sollte in dem Behälter erfolgen. Erst wenn die Bohnen Zimmertemperatur erreicht haben, sollte der Behälter geöffnet werden.