ETFs streben einen möglichst exakten Gleichlauf mit dem Referenzindex an, allerdings erreichen nicht alle dieses Ziel gleich gut. Der Tracking Error zeigt an, wie stark die Wertentwicklung eines ETFs von der Wertentwicklung des abzubildenden Index abweicht. Ist die Abweichung hoch, nimmt der Anleger möglicherweise in geringerem Umfang an Kursgewinnen des Index teil. Der Tracking Error wird von unterschiedlichen Faktoren beeinflusst, etwa von der Höhe der Verwaltungsgebühren (werden täglich anteilig vom ETF-Wert abgezogen) oder der Handelbarkeit (Liquidität) der Wertpapiere im Indexfonds. Abweichungen können sich auch aus der Art des Index ergeben, dem der ETF folgt. Handelt es sich dabei um einen Performance-Index, bei dem Dividenden der Indexmitglieder eingerechnet werden, bei dem ETF aber um einen ausschüttenden Fonds, wird dieser ETF dem Index zwangsläufig um die Erträge hinterherhinken.