Stomata werden danach unterschieden, welches Organ sie unterstützen. Urostoma sind beispielsweise operative Blasenausgänge. Es gibt Stomata die operativ am Dickdarm angesetzt werden, diese heißen Kolostoma. Bei Dünndarm-Stomata spricht man vom Ileostoma.
Zudem unterscheidet man zwischen endständigen und doppelläufigen Stomata. Bei ersteren wird ein Teil des Darms komplett abgetrennt, z. B. wegen eines Tumors. In der Regel sind endständige Stomata nicht rückverlegbar. Bei der doppelläufigen Stomaanlage bleiben alle Darmteile erhalten und werden nicht durchtrennt, sondern vernäht.