Ngawang Gyatso, erbt zunächst die Schwierigkeiten seines Vorgängers. Bedroht durch den König von Tsang, aber auch durch die wiedererstarkten Bönpos, ruft den Mongolenfürsten Guschri-Khan zu Hilfe. Der unterwirft zunächst die Bönpos und besiegt wenig später den König von Tsang. Er fügt aber Tibet jetzt nicht seinem Machtbereich zu, sondern legt die Herrschaft feierlich in die Hände Ngawang Gyatsos. Damit ist der Dalai Lama auch der weltliche Herrscher Tibets.
Nicht zuletzt unter dem Einfluss seines Lehrers, Lobsang Chökyi Gyaltsen, wird seine Regierungszeit zu einem Höhepunkt der Tibetischen Geschichte. Er tritt dem Kaiser Fulin in Peking, der ihm seine völlige Unabhängigkeit bestätigt, als Gleichberechtigter gegenüber. Zeichen der Machtfülle des Dalai Lama wird der Bau de Potala, der nun auf dem Mapori-Hügel heranwächst. Die geistige Größe Ngawang Gyatsos schlägt sich in zahlreichen literarischen Werken nieder. Er zieht sich immer mehr zurück und überlässt die Regierung Desi Sanggye Gyatso, seinem Regenten.
Die Institution des Pantschen Lama hat ihre Wurzel in der Dankbarkeit Ngawang Gyatsos. Der verleiht seinem Lehrer den Titel „Panchen Rimpoche“, verbunden mit einer eigenen Inkarnationslinie.
Mit dem Tod Ngawang Gyatsos beginnt ein spannendes Versteckspiel. Desi Sanggye, der Regent, dem die Vollendung des Potala am Herzen liegt, fürchtet um sein Bauprojekt. Er verheimlicht geschickt den Tod des Dalai Lama. Erst nach der Vollendung des Bauwerks gibt er den Tod bekannt und lässt Ngawang Gyatso feierlich beisetzen.