Die Durchführung und Einhaltung des HACCP-Systems muss dokumentiert und bei Kontrollen des Gesundheitsamtes vorgelegt werden. Wird das HACCP-Konzept nicht ordnungsgemäß durchgeführt und dokumentiert, wird dies als Hygienemangel gewertet. Alle möglichen Gefahren, die vermieden, gelöst oder verringert werden müssen, müssen identifiziert werden.