Moosgummi und Zellkautschuk werden in der Regel aus gleichen Rohstoffen hergestellt, häufig aus EPDM, NBR, CR, NR oder SBR. Durch unterschiedliche Herstellungsverfahren unterscheidet sich die Materialstruktur von Moosgummi und Zellkautschuk aber wesentlich.
Moosgummi ist aus getriebenem Gummi, hat offene Zellen und eine dichte und robuste Außenhaut. Im Bereich der Moosgummiprofile unterscheidet man zwischen formgefertigte und extrudierte Moosgummiprofile. Für beide Methoden gilt, dass die Oberfläche von Moosgummi-Profilen und Dichtungen durch die dichte, robuste und elastische Außenhaut vor Fremdeinwirkungen besser geschützt ist als bei Zellkautschuk. Wird die Oberfläche aber beschädigt, dann kann sich die Moosgummidichtung mit der offenzelligen Struktur, durch die Kapillarwirkung mit wässerigem Medium vollsaugen.
Zellkautschuk hat keine Außenhaut, damit ist die Oberfläche empfindlicher und leichter zu beschädigen. Durch die poröse aber geschlossenzellige Struktur ist das Eindringen von wässerigem Medium hingegen nicht möglich. Zellkautschukdichtungen sind damit praktisch Wasser- und Luftdicht.