Die Aalmutter kommt hauptsächlich in den Meeres- und Brackwassergebieten des Nordostatlantiks, der Nord- und Ostsee sowie der westlichen Ostsee vor. Sie bevorzugt felsige oder steinige Untergründe in Küstennähe und ist in Tiefen von etwa 1 bis 60 Metern zu finden. Die Aalmutter toleriert eine große Bandbreite an Salzgehalten und Temperaturen, was sie zu einer euryhalinen und eurythermen Art macht.