Um neue Pokemon zu seinem Team hinzuzufügen muss der Trainer in der Wildnis frei herumlaufende Pokemon, die keinem anderen Trainer gehören, im Kampf besiegen. Der Spieler kann dazu mit seinem Trainer-Avatar im Kampf gegen diese sogenannten wilden Pokemon einen Pokeball werfen, der das Pokemon einschließt. Je mehr Trefferpunkte dem Pokemon im vorherigen Kampf abgezogen wurden, desto schwächer ist es, und dadurch steigt die Wahrscheinlichkeit, dass es nicht mehr aus dem Pokeball ausbrechen kann. Dadurch gilt das wilde Pokemon als eingefangen und befinden sich jetzt im Team des Spielers, kann also jederzeit aus seinem Ball gerufen werden. Einige Pokemon mit starken Fähigkeiten müssen mit dem ersten Pokeball-Wurf eingefangen werden, da sie nur einmal im Spiel vorhanden sind. Wenn ein Team die maximale Anzahl an Pokemon ( immer 6) enthält, werden die weiteren Pokemon in eine Art Speicher verschoben, auf den über das Pokemon-Center zugegriffen werden kann. Der Kampf gegen die wilden Pokemon untescheidet sich nicht von einem Kampf gegen einen anderen Trainer, wobei der Gegner hier natürlich meistens nur aus einem Pokemon besteht. Seit den Editionen Rubin und Saphir gibt es auch Kämpfe, in denen man gegen zwei Pokemon gleichzeitig antreten kann. Diese Neuerung der Doppelkämpfe gibt es seit den Spielen Schwarz und Weiß auch gegen wilde Pokemon. Dabei muss erst eines der Beiden besiegt werden, um den Ball werfen zu können.