Bei Kindern heilt Pfeiffersches Drüsenfieber in den allermeisten Fällen rasch aus und ist nicht gefährlich. Sehr selten kommt es jedoch zu Komplikationen. Es kann zu Schwellungen von Milz und Leber kommen. Auch ein Milzriss oder eine Leberentzündung mit begleitender Gelbfärbung der Haut kann auftreten.