Die Varroamilbe ist ein Parasit, der den Bienen sehr schadet und ganze Bienenvölker vernichten kann. Heute muss dieser Parasit ständig bekämpft werden. Auch in der Bienenkugel ist die Varroamilbe vorhanden. Im direkten Vergleich mit eckigen Beutensystemen stellten einige Imker allerdings fest, dass der Befall in der Bienenkugel geringer ist, als in der eckigen Beute. Bedingt durch die Form, das Totholz und die Konstruktion wird bei der Bienenkugel die Luftfeuchtigkeit aktiv reguliert. Messungen zeigen, dass die Luftfeuchtigkeit wesentlich geringer ist, als in eckigen Beutensystemen. Dadurch fällt das Risiko eines Varroa-Befalls in der Bienenkugel geringer aus.