Obwohl PUFs als eine effektive Methode zur Geräteauthentifizierung gelten, gibt es einige Gegenargumente, die gegen ihre Verwendung vorgebracht werden könnten. Ein mögliches Gegenargument ist die Komplexität der Implementierung von PUFs, insbesondere bei der Skalierung auf große Systeme. Die Integration von PUFs in bestehende Systeme kann technische Herausforderungen und Kosten mit sich bringen. Ein weiteres Gegenargument könnte die potenzielle Anfälligkeit von PUFs gegenüber bestimmten Angriffen sein, insbesondere gegenüber fortgeschrittenen Modellierungsangriffen, die ihre Sicherheit beeinträchtigen könnten. Darüber hinaus könnten Datenschutzbedenken hinsichtlich der Verwendung von PUFs aufkommen, da sie auf einzigartigen physikalischen Eigenschaften basieren, die möglicherweise sensible Informationen preisgeben könnten.