Eine ESWL kann bei Nieren- und Harnleitersteinen ohne Narkose durchgeführt werden. Deshalb eignet sie sich beispielsweise als Methode für Patienten, die ein hohes Narkoserisiko aufweisen. Allerdings birgt die ESWL auch einige Einschränkungen. So sind häufig mehrere Sitzungen erforderlich, was die Therapie langwierig gestaltet. Zudem verbleiben oft kleine Resttrümmer in der Niere, die zu einer schnellen Bildung neuer Steine führen können. Bei Resttrümmern im Harnleiter kann ein schmerzhafter Harnstau resultieren, der eine operative Steinentfernung erforderlich macht. Bei bestimmten Steinarten kann keine ESWL durchgeführt werden, da diese nicht auf Stoßwellen reagieren.
Eine ESWL sollte unter Einnahme von Blutverdünnern nicht durchgeführt werden, da durch die Stoßwellen eine Nierenblutung verursacht werden kann.