Genau wie bei allen anderen Medikamenten kann es auch bei der Einnahme von Pantoprazol zu Nebenwirkungen kommen. Zu den häufigsten Nebenwirkungen zählen Magen-Darm-Beschwerden wie Durchfall, Verstopfung oder Blähungen.  Auch Kopfschmerzen und Schwindel können auftreten. Grundsätzlich ist Pantoprazol jedoch gut verträglich. Weiters kann es zu Müdigkeit, Schwindel, allgemeiner Schwäche, Magnesiummangel, Juckreiz, Hautausschlag und einem Anstieg der Leberwerte kommen.