Neben den Rechten haben direkte Teilnehmer des SEPA Systems eine Reihe von Pflichten. Z.B. müssen Daten für Statistiken der EZB übermittelt werden oder auch Verdachtsmeldungen für Mehrwertsteuerbetrug (CESOP). Auch sind verschiedene Maßnahmen bzgl. des Geldwäschegesetztes erforderlich.