Herausforderungen umfassen die Kompatibilität unterschiedlicher Systeme, die Sicherstellung der Datenintegrität über Anwendungen hinweg und die Gewährleistung der Systemsicherheit. Zudem erfordert die Integration oft signifikante Investitionen in Zeit und Ressourcen, um bestehende Prozesse neu zu gestalten und Mitarbeiter zu schulen.