Bei einem Verstoß gegen das Hinweisgeberschutzgesetz können Unternehmen mit Sanktionen, Bußgeldern und Schadenersatzansprüchen drohen. Bei Verstößen gegen die Pflicht zur Einrichtung einer internen Meldestelle können Bußgelder bis 50.000,00 € verhangen werden. Aufgrund eines Verweises der Bußgeldvorschriften auf § 30 Abs. S. 3 OWiG ist in bestimmten Fällen auch ein Verzehnfachung der Bußgelder für juristische Personen, also bis zu 500.000,00 € möglich.
Bei Verstößen gegen das Repressalienverbot können daraus entstehende Schäden zu ersetzen sein. Mögliche weitere Nachteile sind zudem Reputationsschäden, rechtliche Konsequenzen, finanzielle Verluste und ein Vertrauensverlust bei Mitarbeitern und Kunden.