Ein Pelletkessel verfügt in der Regel über automatische Reinigungssysteme, die Asche und Rückstände aus dem Brennraum entfernen. Diese Systeme arbeiten mit mechanischen oder pneumatischen Reinigungsmechanismen, die die Asche in einen speziellen Behälter transportieren. Dieser Behälter muss je nach Nutzungsintensität und Kesseltyp nur selten manuell geleert werden. Moderne Pelletkessel minimieren so den Wartungsaufwand und gewährleisten eine hohe Effizienz.