Seit CapiCall 5.13 vom September 2012 wird ein Betrieb als Windows-Dienst nativ unterstützt, einen entsprechenden Menüpunkt gibt es im Konfigurations-Menü.   Der Nachteil bei einem Betrieb als Dienst ist insbesondere während der anfänglichen Testphase, dass das Starten und Beenden im laufenden Betrieb relativ umständlich ist. Bei Windows 2000, XP, 2003 und Vista gibt es alternativ die Möglichkeit, in der Benutzer-Verwaltung der Systemsteuerung ein Auto-Login zu konfigurieren. Der Rechner bootet dann ohne Passwort-Eingabe. Als Name genügt ein Standard-Benutzer (Hauptbenutzer), Administrator-Rechte sind für den Betrieb nicht erforderlich.