Da es sich um ein Küchenkraut handelt, das auch zum Verzehr gedacht ist, sollten nach Möglichkeit keine Insektizide zum Einsatz kommen. Schädlinge wie Läuse und Wanzen, Käfer und Zikaden können bei erster Sichtung eingesammelt und entfernt werden. Wenn man alle erwischt, ist das Problem gelöst. Pilzerkrankungen werden bei der Zitronenmelisse durch radikalen Rückschnitt besiegt. Befallene Blätter dürfen nicht mehr in der Küche verwendet werden. Außer beim Echten Mehltau dürfen die befallenen Pflanzenteile nicht kompostiert werden, weil sich die Pilze auch über abgestorbene Pflanzenteile verbreiten können.