Bei der Umsetzung des HACCP Konzepts gibt es einige kantonale Besonderheiten. Der Grossteil der Richtlinien gleicht sich, doch einige Kantone haben zusätzlich eigene Richtlinien. Bei Unsicherheiten können sich Betriebe jederzeit an ihre Kantone wenden und eine Beratung anfordern. Hierfür ist das Lebensmittelinspektorat zuständig.