Die genaue Entstehung von Milien ist bislang nicht geklärt. Vermutlich bilden sie sich aufgrund von Störungen des Stoffwechsels oder der Struktur von Schweiß- oder Talgdrüsen in der Haut. Milien liegen häufig bereits bei Geburt vor oder entstehen spontan. Außerdem können Verletzungen der Haut, Bestrahlung, Sonnenbrand und bestimmte Erkrankungen wie Epidermolysis bullosa Milien begünstigen. Der längerfristige Einsatz von glukokortikoidhaltigen Cremes und Präparate aus der Gruppe der nichtsteroidalen antientzündlichen Medikamente rufen mitunter ebenfalls Milien hervor.