Zusätzlich zu den Treiber-Mutationen (JAK2V617F, CALR und MPL) können bei allen MPN zusätzliche, sogenannte „passenger mutations“ (Passagier-Mutationen) eine Rolle spielen, die nicht die MPN-Erkrankung auslösen, aber deren Verlauf beeinflussen können. Sie werden oft bei anderen Knochenmarkerkrankungen gefunden. Einzelne solche Mutationen, wie eine ASXL1-Mutation, haben einen ungünstigen Einfluss auf die Prognose, unabhängig davon, welche Grunderkrankung vorliegt. Andere Mutationen, die den Verlauf der ET negativ beeinflussen können, sind SH2B3, SRSF2, U2AF1, TP53, IDH2 und EZH2.