Menschen mit einer Allergie gegen Krebstiere wie Garnelen, Hummer oder Krabben sollten Krillöl nur nach Rücksprache mit einem Arzt einnehmen. Obwohl Krillöl in der Regel gut verträglich ist und durch den Herstellungsprozess viele allergene Proteine entfernt werden, kann eine Kreuzreaktivität nicht vollständig ausgeschlossen werden.