Die häufigste Nebenwirkung ist eine vorübergehende Müdigkeit nach einer Axomera Therapie im Bereich des Kopfes – z.B. bei Migräne und Clusterkopfschmerz. In seltenen Fällen kann für einige Tage eine vorübergehende Überreizung der Beschwerden eintreten. Mit über 12.000 Behandlungen / Jahr ist die Axomeratherapie besonders gut erprobt. Das Nebenwikrungsprofil entspricht dem der Akupunktur, welche als äußerst sichere Therapie eingestuft ist.