Der nächstgelegene Flughafen zu Zipolite ist der Flughafen Huatulco (HUX), der 30,1 Kilometer entfernt liegt. Allerdings gibt es keine Direktflüge nach Oaxaca-Stadt, so dass die Anreise mit dem Flugzeug keine besonders bequeme Option ist, da sie keine Zeitersparnis mit sich bringt.