Biokraftstoffe ersetzen herkömmliche Kraftstoffe wie Benzin und Diesel und tragen zu einer umweltverträglicheren Mobilität bei. Ihr Anteil am Kraftstoffverbrauch beträgt in Deutschland aktuell etwa sieben Prozent. Dabei wird zwischen Biokraftstoffen der ersten Generation – reines Pflanzenöl, Biodiesel und Bioethanol - und der zweiten Generation -  BtL und Biomethan - unterschieden. Letztere sind am Markt noch nicht oder nur sehr eingeschränkt verfügbar.
Bioethanol wird als Ottokraftstoffe in Benzinmotoren eingesetzt. In Deutschland wird Ethanol überwiegend aus Weizen, Roggen und Zuckerrüben gewonnen. Bioethanol kann normalem Ottokraftstoff bis zu fünf Prozent beigemischt werden, ohne dass technische Anpassungen erforderlich sind.
Biodiesel wird in Deutschland hauptsächlich aus Rapsöl produziert. Es kann in Reinform genutzt werden, sofern der Motor hierfür vom Hersteller freigegeben ist. Wird Biodiesel normalem Dieselkraftstoff beigemischt, ist er in Mischungen bis fünf Prozent ohne Anpassung des Motors einsetzbar.
BtL steht für Biomass-to-Liquid und ist ein synthetischer Kraftstoff. Für die Herstellung von BtL-Kraftstoffen können verschiedenste Biorohstoffe – von anfallenden Reststoffen bis zu ganzen Pflanzen – genutzt werden. Dadurch ist der Ertrag pro Hektar Anbaufläche deutlich höher als bei Ethanol und Biodiesel.
Für Erdgasfahrzeuge kann ohne weitere technische Anpassung Biomethan (auch Bioerdgas genannt) aus Biogasanlagen eingesetzt werden. Entsprechende Aufbereitungsverfahren für Biogas auf Erdgasqualität sind bereits realisiert. Reines Bioerdgas an der Tankstelle ist allerdings noch ein Einzelfall.