Beim Lotto 6aus49 kann man auch so genannte Systemscheine abgeben. Auch mit diesen Systemscheinen nimmt man an der normalen Lottoziehung teil. Das Systemlotto gibt es in zwei Varianten: als Vollsystem und als so genanntes VEW-System. Beiden gemeinsam ist, dass man mehr als die üblichen 6 Zahlen in einem Lottofeld ankreuzen kann.