Jede Code-Signatur wird auf Grundlage des Inhalts der zu signierenden Datei erzeugt. Dazu berechnet ein Signaturwerkzeug eine komprimierte Version der Datei –  den Hash – und signiert diesen unter Verwendung des bereitgestellten digitalen Code Signing-Zertifikats. Der signierte Hash wird dann in die Datei an der Stelle eingebettet, die für digitale Signaturen vorgesehen ist.
Sobald die Distribution der signierten Datei bzw. Anwendung oder Software anläuft, erkennen alle gängigen Betriebssysteme sowie die entsprechenden Anwendungen, die digitalen Signatur der Datei. Dazu berechnen sie automatisch einen Hash der Datei (ohne dabei den signierten Hash in die Berechnung einzubeziehen) und vergleichen das Ergebnis mit dem in der Datei eingebetteten signierten Hash. Sind beide identisch, ist die Überprüfung erfolgreich und die Echtheit gilt als verifiziert. Wenn sich der berechnete Hash von dem signierten Hash unterscheidet, schlägt die Überprüfung fehl. Eine fehlgeschlagene Überprüfung bedeutet, dass der Inhalt der Datei nach der Durchführung der digitalen Signierung  nochmal geändert wurde (aufgrund eines Fehlers oder durch böswillige Absicht).
Die Zuverlässigkeit dieses Mechanismus hängt von der Stärke des Algorithmus ab, der zur Berechnung des Hash verwendet wird – je länger der Hash, desto besser. Einer der derzeit verwendeten Standards ist SHA-256, ein Algorithmus, der 256-Bit-Hashes erzeugt.