Die gesetzliche Zulassung von Enzymen in Bio-Brot ist in der Bio-Verordnung verankert. Bei Bio Suisse sind im Brot nur solche Enzyme zugelassen, die auch im Getreide natürlicherweise vorkommen – zum Beispiel Amylasen, die Stärke spalten. Jede Brotrezeptur wird vor der Vergabe der Bio Suisse Knospe umfassend geprüft. Ob die Zugabe von Zusatzstoffen oder Verarbeitungshilfsstoffen notwendig ist, wird so individuell von Fachpersonen bestimmt. Dass bei Bio-Broten ohne Knospe oder konventionellen Broten selten Enzyme auf der Zutatenliste zu finden sind, hat eine einfache Begründung: Diese Hilfsstoffe müssen von Gesetzes wegen nicht deklariert werden, da sie im Endprodukt nicht mehr spezifisch wirksam sind. Bio Suisse hat sich aber dafür entschieden, die Enzyme immer in der Zutatenliste von Bio-Produkten mit der Bio Suisse Knospe aufzuführen – für eine möglichst grosse Transparenz.