Die Bewegung von Substanzen zwischen dem Soma und dem Axon bezeichnet man als axonaler Transport. Die benötigten Moleküle werden vor allem im Soma der Zelle synthetisiert und müssen dann an ihre Wirkorte transportiert werden. Man unterscheidet zwischen zwei Transportformen:
- Der anterograde Transport (Vorwärtstransport): Erfolgt vom Zellkörper in die Peripherie des Axons und weist eine langsame (1-5 mm/Tag) und eine schnelle Komponente (bis 400 mm/Tag) auf.
- Der retrograde Transport (Rückwärtstransport): Substanzen werden zum Soma zurückführt.
Die genannten Transportsysteme erfolgen unter Beteiligung verschiedener Motorproteine. Beide Mechanismen basieren auf dem polar strukturierten Zellskelett des Axons.