Möglich ist zum Beispiel der äußere Betriebsvergleich. Dabei vergleicht das Finanzamt wichtige Kennziffern wie Umsatz oder Gewinn mit anderen Betrieben in vergleichbarer Branche und Umsatz.
Wenn vorhanden, ist ein innerer Betriebsvergleich eine bewährte Methode. Dabei werden die vom Steuerpflichtigen übermittelten Zahlen auf Schlüssigkeit geprüft und in einem Prüfzeitraum verglichen. Weiterführend gibt es noch Unterarten, wie zum Beispiel die Nachkalkulation. Dabei wird der Wareneinsatz eines Unternehmens mit einem branchenüblichen Aufschlagsatz in Verbindung mit den Warenbestandsveränderungen berechnet. Diese Methode ist oftmals sehr realitätsnah, dabei jedoch auch sehr aufwendig.
Ein Zeitreihenvergleich oder eine Vermögenszuwachsrechnung finden ebenso je nach Einzelfall Anwendung.