Obwohl Personio eine beliebte HR-Softwarelösung ist, gibt es auch einige potenzielle Schwächen. Die Implementierung ist komplex und kann gewisse Zeit und Ressourcen in Anspruch nehmen. Die Funktionen sind nur begrenzt anpassungsfähig. Auch wenn Personio international genutzt werden kann, könnten Unternehmen mit multinationaler Präsenz oder HR-Anforderungen in anderen Regionen auf Herausforderungen stoßen.