Die Genese oder Krankheitsursache des Morbus Crohn ist bisher nicht vollständig geklärt multifaktoriell. D.h. mehrere Faktoren führen zum Auftreten eines Morbus Crohn, wobei die Krankheitsentstehung ist. Ein Faktor in der Krankheitsentstehung ist aber auch die Genetik, und diese wird vererbt.