Sobald die erforderlichen medizinischen Untersuchungen des Spenders vorgenommen wurden, werden die zur Spende freigegebenen Organe entnommen. Die Entnahme wird durch regionale Operationsteams, die sogenannten Entnahme-Teams, durchgeführt.
Das Entnahme-Team kommt aus einem Transplantationszentrum (TPZ) in der Nähe des Entnahme-Krankenhauses. Es ist berechtigt, alle Organe des Bauchraums – Nieren, Leber, Bauchspeicheldrüse, Darm (auch viszerale Organe genannt) - zu entnehmen. Koordiniert werden die Entnahme-Teams durch die Deutsche Stiftung Organtransplantation (DSO).
Herz und Lunge (thorakale Organe genannt) werden von den Ärzten des TPZ entnommen, das die entsprechenden Organe vermittelt bekommen hat. Das heißt der Arzt, der das Herz entnimmt, ist der gleiche, der es wieder einsetzt.
Des Weiteren nimmt auch der Koordinator und Perfusionsdienstmitarbeiter der DSO an der Operation teil. Durch das Krankenhaus werden das Anästhesieteam und OP-Pflegekräfte gestellt.