Die Ursachen von Aphthen sind derzeit noch ungeklärt. Bakterien oder andere Erreger scheinen an der Entstehung nicht unmittelbar beteiligt zu sein, entsprechend sind Aphthen auch nicht ansteckend. Als begünstigende Faktoren für die Bildung der schmerzhaften Bläschen kommen in Frage:
erbliche Veranlagung
lokale Verletzungen der Schleimhaut
Mangelzustände, in erster Linie von Eisen, Folsäure und Vitamin B12
Stress
chemische Irritation der Mundschleimhaut, zum Beispiel durch Natriumlaurylsulfat in Zahnpasta, saure Lebensmittel oder starke Gewürze
bestimmte Grunderkrankungen: entzündliche Erkrankungen des Verdauungssystems (Morbus Crohn, Colitis ulcerosa, Zöliakie), Erkrankungen des Blutes (chronische Anämie, Neutropenie) und Autoimmunerkrankungen (Morbus Behçet)