Sensible Daten müssen ausreichend geschützt werden, gerade bei Ablage auf einer externen Festplatte. Hier gibt es zunächst Unterschiede bezüglich der Partitionen – Linux beispielsweise, also unter den Betriebssystemen Debian oder Ubuntu, ermöglicht eine relativ einfache Verschlüsselung. Über Gnome, Unity, KDE sowie XFCE lässt sich ganz einfach mittels Passwortabfrage der Zugriff auf verschlüsselte Datenträger bewerkstelligen.
Für die erstmalige Verschlüsselung jedoch, bedarf es entsprechender Userinterfaces. Bei Systemen auf Basis von Linux empfiehlt sich hier vor allem „UsbCryptFormat“. Denn dieses ist ausschließlich für externe Datenträger ausgelegt und lässt sich ohne größeren Aufwand konfigurieren. Die Alternative wäre die Nutzung der hauseigenen Mittel, allen voran „Gnome Disk Utility“.