PDF hat im Gegensatz zu vielen anderen Dateiformaten den Vorteil, dass im Dateiformat ein Platz für eine eingebaute Signatur vorhanden ist; im Gegensatz zu einer sogenannten abgesetzten Signatur. Damit wird der Transport der Signatur mit der signierten Datei einfacher und sicherer. Die eineindeutige Zusammengehörigkeit von Signatur und Datei wird durch eine verschlüsselte Prüfsumme sichergestellt. Nachträgliche Änderungen sind dann nicht mehr signiert, können aber wenigstens durch inkrementelle Änderungen der Datei beigefügt werden. Mittels Mehrfachsignatur kann man aber auch diese Änderung noch nachträglich signieren.