Hochwasser und auch Starkregenereignisse gefährden das LoK nicht. Entsprechende Berechnungen hat der renommierte Hochwasserexperte Professor Jürgen Jensen von der Universität Siegen in einem Gutachten vorgelegt. Vom Gesetzgeber vorgeschrieben ist, dass der Scheitel eines statistisch alle 100 Jahre wiederkehrenden Hochwassers das LoK nicht erreicht. Dies ist am Standort Würgassen ohne Probleme möglich: Ein solches Hochwasser würde den Pegel der Weser auf 99,5 Meter ü. NN ansteigen lassen – die Sohle des ehemaligen Atomkraftwerks Würgassen liegt bei 100,75 Metern , also noch deutlich darüber. Bauwerke wie Talsperren, Chemiebetriebe oder das LoK müssen jedoch noch eine weitere Anforderung erfüllen: Im Fall eines rechnerisch alle 10.000 Jahre wiederkehrenden Hochwassers muss eine Überflutung mit technischen Mitteln verhindert werden können. In Würgassen würde dies einen Pegel von 100,9 Meter ü. NN bedeuten – also 15 Zentimeter über der Geländeoberkante. Grundsätzlich wäre dies für die verschlossenen Behälter kein Problem – das Wasser kann nicht an den Atommüll gelangen. Dennoch hat sich die BGZ entschlossen, das Baugelände so weit aufzuschütten, dass auch bei einer 10.000-jährlichen Flut kein Wasser in das LoK eindringen kann. Nach den durch Starkregen ausgelösten Hochwassern in Rheinland-Pfalz und Nordrhein-Westfalen im Sommer 2021 hatte die BGZ Professor Jensen gebeten, das von ihm vorgelegte Gutachten noch einmal um die Frage, welche Folgen Starkregenereignisse am LoK haben können, zu ergänzen. Dabei kam Jensen zu dem Schluss, dass solche Ereignisse bereits durch die konservativen Berechnungen aus seiner Studie abgedeckt sind.