Die Kontroll- bzw. Vergleichsfragenmethode in Anlehnung an die Zonenvergleichstechnik nach Backster besteht aus einer Fragenreihe von meist 10 Fragen. Davon sind in der Regel drei Fragen verdachtsbezogen, vier sind persönliche Vergleichsfragen und drei sind Einleitungsfragen zu dem Lügendetektortest. Drei Fragen müssen von dem zu Untersuchenden mit "Ja" oder "Nein" beantwortet werden. Nach wissenschaftlich festgelegten Regeln werden die Reaktionsstärken der Biosignale auf die verdachtsbezogenen Fragen mit den Reaktionsstärken auf die persönlichen Vergleichsfragen verglichen und zahlenmäßig bewertet.