Die Prüfungsfeststellungen bespricht der Prüfer meist im Rahmen einer Schlussbesprechung. Diese stellt grundsätzlich eine Verhandlung dar, in der sämtliche Befunde mit dem Steuerpflichtigen diskutiert werden und über die Aufnahme dieser in den Prüfungsbericht entschieden wird. Nach Absprache mit dem Steuerberater ist es stets empfehlenswert, die Schlussbesprechung wahrzunehmen. Jedoch gilt es, sich intensiv vorzubereiten, damit die Schlussbesprechung zu Gunsten des Steuerpflichtigen ausfällt und keine Nachteile entstehen. Beweist der Steuerprüfer nach einer Betriebsprüfung fehlende Steuerbeiträge, dann ist in den meisten Fällen eine Nachzahlung fällig. Diese enthält neben dem eigentlichen Fehlbetrag der Prüfungsfeststellung ebenfalls Zinsen. Der Zinslauf beginnt in der Regel 15 Monate nach der entstandenen Steuerschuld und der Zinssatz beträgt 0,5 Prozent pro Kalendermonat. Ist die Buchführung des geprüften Unternehmens oder Freiberuflers massiv fehlerhaft oder zeigt die Prüfungsfeststellung einen Steuerbetrug, dann droht eine Geld- oder in schweren Fällen sogar eine Freiheitsstrafe. Die Strafen richten sich dabei nach dem Ausmaß des Schadens.