Das bisherige Klassifizierungssystem mit grundsätzlich vier Klassen bleibt erhalten. Die meisten Produkte sind in der Zuordnung auch unverändert, jedoch gibt es auch einige Änderungen, bei denen Materialeigenschaften ansonsten unveränderter Produkte zu Klassifizierungsänderungen führen können, wie beispielsweise bei Nanomaterialien. Änderungen der Klassifizierung betreffen zudem auch etliche Software-Produkte (siehe Frage 9).
Darüber hinaus gibt es auch eine neue Gruppe von Klasse I Medizinprodukten, die wiederverwendbaren chirurgischen Instrumente, bei deren Konformitätsbewertung durch den Hersteller nun eine unter der MDR Benannte Stelle eingebunden werden muss. Die Klassifizierungsregeln finden sich im Anhang VIII der neuen Verordnung.
Neu ist auch, dass einige Produkte ohne medizinische Zweckbestimmung jetzt in der MDR geregelt werden. Die Liste der bisher festgelegten Produkte findet sich in MDR, Anhang XVI.