Anfangs ist das Tragen einer Schnarchschiene für viele Anwender ungewohnt. Daher kann es insbesondere anfänglich zu einem Fremdkörpergefühl im Mund, zu Kieferverspannungen, zu einem trockenen Mund oder zu vermehrtem Speichelfluss kommen. Nach spätestens drei bis vier Wochen sollten die Nebenwirkungen aufgrund des Gewöhnungseffekts abgeklungen sein.
Das Tragen einer Schnarchschiene hat zudem den positiven Nebeneffekt, Bruxismus („Zähneknirschen“) zu verhindern.