Einige Laufwerke können nicht mit BitLocker verschlüsselt werden. Gründe, warum ein Laufwerk nicht verschlüsselt werden kann, sind unzureichende Datenträgergröße, ein inkompatibles Dateisystem, wenn es sich bei dem Laufwerk um einen dynamischen Datenträger handelt oder ein Laufwerk als Systempartition festgelegt ist. Standardmäßig wird das Systemlaufwerk (oder die Systempartition) aus der Anzeige ausgeblendet. Wenn es jedoch nicht als ausgeblendetes Laufwerk erstellt wird, wenn das Betriebssystem aufgrund eines benutzerdefinierten Installationsvorgangs installiert wurde, wird dieses Laufwerk möglicherweise angezeigt, kann aber nicht verschlüsselt werden.