Obwohl Deep Sensitivity Analysis ein leistungsstarkes Werkzeug zur Optimierung von kombinatorischen Problemen ist, könnten einige Gegenargumente gegen seine Verwendung vorgebracht werden. Ein mögliches Argument könnte die Komplexität und Rechenintensität des Ansatzes sein. Da Deep Sensitivity Analysis auf neuronalen Netzwerken basiert, erfordert sie eine umfangreiche Rechenleistung und Ressourcen, was möglicherweise nicht für alle Anwendungen oder Organisationen praktikabel ist. Ein weiteres Gegenargument könnte die Interpretierbarkeit der Ergebnisse sein. Da neuronale Netzwerke oft als "Black Box" angesehen werden, könnten die erzeugten Erklärungen möglicherweise nicht ausreichend sein, um den Entscheidungsprozess vollständig zu verstehen und zu vertrauen.