Nach dem heutigen Stand der Wissenschaft ist die MRT in der Schwangerschaft unbedenklich. Sie wird in bestimmten Zentren sogar zur Diagnostik des Embryos in der Gebärmutter angewendet. Durch die hohe Lärmbelastung während der Untersuchung (die Mutter bekommt einen Hörschutz) kann das Kind während der Untersuchung erwachen. Da beispielsweise über eventuelle Hörschäden durch eine Untersuchung noch keine Berichte vorliegen, sollte eine MRT-Untersuchung in der Schwangerschaft genau abgewogen werden. Muss aber bei akuten schwerwiegenden Erkrankungen der werdenden Mutter (z.B. akute sehr starke Kopfschmerzen) eine bildgebende Diagnostik erfolgen, ist die MRT auf jeden Fall einer Röntgenuntersuchung vorzuziehen.