Durch einen Eiweißabschäumer (engl. Protein Skimmer) werden dem Meerwasser organische Abfallstoffe entzogen. In einem Aquarium mit Fischen ist der Betrieb eines Abschäumers deswegen unausweichlich.
Die Funktion ist recht simpel. Durch ein Rohr werden Luftbläschen geschickt, an denen sich durch Adhäsion Moleküle anlagern. Ganz oben im Rohr bildet sich Schaum welcher immer fester wird und im Topf oberhalb des Rohr abgeschieden wird. Den Topf kann man einfach abnehmen und muss diesen regelmäßig reinigen.
Über die Menge der Luftblasen, die hinzugefügt werden, kann man einstellen, ob der Abschäumer eher "trocken" oder "nasser" abschäumt. Hier muss jeder Aquarianer die für sich und sein System beste Variante finden.
Durch den Eiweißabschäumer wird vor allem eine Reduktion von Eiweißstoffen im Wasser erreicht, bevor diese Stoffe durch den Zersetzungsprozess gehen. Hierdurch wird das Aquarienwasser unter anderem weniger mit Nitrat (NO3) belastet. Wenn man beispielsweise einen zu hohen Nitratwert in seinem Becken feststellt, kann man den Abschäumer entsprechend stärker stellen, um die Belastung schneller zu verringern. Durch Zugabe von Ozon durch einen Ozongenerator kann die Leistungsfähigkeit bzw. Effizienz eines Eiweißabschäumers noch erhöht werden. Da Ozon auch Nachteile hat, verzichten die meisten Aquarianer auf die Zugabe von Ozon.
Ein Eiweißabschäumer entzieht dem Wasser aber auch Spurenelemente und beispielsweise Phytoplankton. Deswegen wird bei Hinzugabe von Phytoplankton meist empfohlen, den Abschäumer mind. 1 Stunde ausser Betrieb zu lassen, bis sich das Plankton im Becken verteilen konnte.