Verschiedene Zahnentwicklungsstörungen werden als Odontom-ähnliche Missbildungen betrachtet. So können Verkalkungsstörungen zu unvollständiger Ausbildung des Zahnschmelzes führen oder Kronen- und Wurzelmissbildungen ein ähnliches Erscheinungsbild aufweisen. Bisweilen ist die komplette Entwicklung eines Zahnes gestört, wenn beispielsweise ein Milchzahn bei einem Unfall in den Kiefer gedrückt wurde. Dann ist meist auch der bleibende Zahnkeim geschädigt und es entstehen häufig Fehlstellungen und Durchbruchsstörungen bei den bleibenden Zähnen. Solche Symptome sind schwer von denen eines Odontoms zu unterscheiden.