Die Evangelisch-methodistische Kirche hat eine demokratische Struktur. In den Konferenzen (Synoden) werden Beschlüsse gemeinsam von Laiinnen und Laien und Pastorinnen und Pastoren gefasst, und Bischöfinnen und Bischöfe gewählt. Die Rolle der Bischöfinnen und Bischöfe besteht darin, die kirchenleitenden Gremien in den Entscheidungsprozessen anzuleiten und die Kirche in der Erfüllung ihrer Aufgaben zu beaufsichtigen. Die Evangelisch-methodistische Kirche in Österreich gehört zusammen mit anderen europäischen Ländern zum Amtsbereich von Bischof Dr. Stefan Zürcher, der seinen Sitz in Zürich hat.