Die Migros Bank setzt auf ein sogenanntes Zwei-Faktoren-Authentisierungssystem. Einerseits gibt es eine abgesicherte App auf dem Smartphone, Tablet, Mac oder PC des Nutzers, die für jedes Gerät erstmalig speziell freigeschaltet werden muss. Andererseits besteht eine Systemkomponente in der Bank, welche erst nach einer Sicherheitsprüfung den Zugang zur Bankenanwendung öffnet.
Bei der Erfassung einer Zahlung an einen unbekannten Zahlungsempfänger ist zudem eine Bestätigung auf Ihrem Zweitgerät nötig. Diese kann nur aus dem Migros Bank E-Banking getätigt werden. Damit ist sichergestellt, dass die Zahlung sicher von Ihnen stammt.
Nebst dem sicheren Identifikationssystem hat die Migros Bank Anti-Betrugsmassnahmen zur Erkennung von Anomalien in Zahlungsaufträgen etabliert, welche unsichtbar im Hintergrund durchgeführt werden.