Mit Hilfe von Gentests ist es möglich, die HLA-B27-Allele in verschiedene Subtypen einzuteilen. Bis heute sind mehr als 160 verschiedene Subtypen beschrieben worden. Es ist noch nicht bekannt, wie sich die einzelnen Subtypen auf die Wahrscheinlichkeit auswirken, eine Autoimmunerkrankung zu entwickeln.