Die Abfälle befinden sich in speziellen Behältern, die wiederum in Transportcontainern ins Logistikzentrum gebracht werden. Diese Transporte erfolgen bevorzugt mit Güterzügen. Straßentransporte per Lkw sind aber nicht gänzlich zu vermeiden. Die BGZ rechnet mit maximal 20 Lkw-Transporten und maximal 10 Zugfahrten pro Tag (montags bis freitags) von und zum Logistikzentrum. Leerfahrten sind dabei eingerechnet. Die Transporte aus dem Logistikzentrum zum Endlager Konrad erfolgen ausschließlich mit Güterzügen.
Die Transporte von schwach- und mittelradioaktiven Stoffen und deren Sicherheit sind gesetzlich geregelt. Dies ist Alltagsgeschäft in Deutschland: Rund 500.000 solcher Transporte finden jährlich bundesweit statt.