Lactobazillen können auf zwei Wegen in die Scheide gelangen. Werden die Kapseln eingenommen, dann reichern sich die Bakterien in der Darmflora an. Die Bakterien von Darm und Scheide stehen über dem „Damm“, der Verbindung zwischen Vaginaeingang und After, in enger räumlicher Verbindung. Dadurch kommt es zu einem Austausch von Mikroorganismen. Ein gesundes Darmmikrobiom unterstützt auf diese Weise auch ein gesundes Vaginalmikrobiom und bietet sogar einen gewissen Schutz vor Blasenentzündungen.
Der vagiflora komplex kann aber auch lokal angewendet werden. Führt man die Kapseln in die Scheide ein, dann sind die nützlichen Milchsäurebakterien gleich in höherer Dosierung dort, wo sie benötigt werden und können die Scheidenschleimhäute besiedeln. Eine gesunde Vaginalflora kann die Ausbreitung unerwünschter Mikroorganismen verhindern und trägt somit zur Gesundheit bei.