Zurzeit liegen keine ausreichenden Daten vor, um eine allgemeine Aussage über die Verträglichkeit von Aciclovir treffen zu können. In klinischen Studien wurde jedoch berichtet, dass das Medikament gut verträglich ist. Die meisten Nebenwirkungen sind mild und vorübergehend und treten in der Regel nur während der ersten Tage der Behandlung auf. Die häufigsten Nebenwirkungen von Aciclovir sind Kopfschmerzen, Übelkeit, Erbrechen, Durchfall und Juckreiz.