Zu den sogenannten Treiber-Mutationen (JAK2, CALR und MPL) können bei MPN eine ganze Reihe von zusätzlichen epigenetischen oder sogenannten Passagier-Mutationen eine Rolle spielen. Diese lassen sich allerdings nicht spezifisch der PV oder überhaupt einer MPN zuordnen, sondern werden auch bei anderen Knochenmarkerkrankungen gefunden. Manche davon (z.B. eine ASXL1-Mutation) können, unabhängig von der Art der Grunderkrankung, einen ungünstigen Einfluss auf die Prognose haben. Eine höhere Zahl JAK2 mutierter Stammzellen in Kombination mit einer hohen oder steigenden Anzahl nicht spezifischer Mutationen kann mit einem ungünstigeren Verlauf der PV einhergehen.