Durch die Einbindung einer dritten Partei tritt bei synthetischen ETFs ein sogenanntes Kontrahentenrisiko – auch Gegenparteirisiko genannt – auf. Die synthetischen ETFs sind demnach davon abhängig, dass die Tauschpartner ihren Verpflichtungen nachkommen.
Auch wenn der Swap nicht zum Sondervermögen zählt, werden die Risiken für Anlegerinnen und Anleger begrenzt. Laut europäischen Vorschriften zur Regulierung von Investmentfonds darf der Wert des Swaps höchstens 10,00 % des Fondsvermögens ausmachen. Um das Kontrahentenrisiko zu minimieren, werden zudem seitens der Anbieter Sicherheiten verlangt. Außerdem findet ein täglicher Ausgleich der Sicherheiten – der sogenannte Swap-Reset – statt. Die Zusammensetzung der Sicherheiten kann beim ETF–Anbieter eingesehen werden.