Man unterscheidet zwischen der intrachromosomalen und der interchromosomalen Rekombination:
Interchromosomale Rekombination: In der Anaphase 1 kommt es zu einer zufälligen Verteilung der homologen Chromosomen, die von den Zugfasern des Spindelapparates an den Rand der Zelle gezogen werden. Dadurch werden die Chromosomenpaare neu kombiniert. Eine Zelle besteht nun aus einzelnen väterlichen und mütterlichen Chromosomen.
Intrachromosomale Rekombination: Während der Prophase 1 kommt es zu Crossing over. Dabei legen sich die Chromatiden übereinander und es kann dabei zu einem Bruch von Teilabschnitten kommen, welche anschließend mit Teilen des anderen Chromatids wieder geschlossen werden. Dadurch kommt es zu einem partiellen Austausch der Chromosomen von väterlichen und mütterlichen Chromosomen.