Für Veganer ist es eine Herausforderung mit Omega-3-Lebensmitteln zu einem guten Fettsäure Gleichgewicht zu gelangen. Diejenigen Lebensmittel, die reich an DHA und EPA sind, kommen in der veganen Ernährung selten vor. In der Relation werden durch den ausschließlichen Verzehr pflanzlicher Lebensmittel mit geringerem Omega-3-Gehalt häufig höhere Mengen an Omega-6-Fettsäuren aufgenommen und das Verhältnis zwischen Omega-6 zu Omega-3-Fettsäuren verschiebt sich in Richtung 14-20:1. Von dem von der Deutschen Gesellschaft für Ernährung empfohlenen Verhältnis von 5:1 ist man somit weit entfernt. Doch kann es sein, dass sich die Umwandlungsrate von Alpha-Linolensäure zu EPA und DHA bei Veganern erhöht. Zudem haben vegan und vegetarisch lebende Menschen ein kleineres Risiko für Herz-Kreislauf-Erkrankungen und von daher vielleicht einen geringeren Bedarf am Omega-3-Anteil. Für Veganer eignen sich als Omega-3-Quelle DHA-reiche und EPA-reiche Öle aus der Mikroalge Schizochytrium oder Ulkenia, die als Omega-3-Kapseln erhältlich sind. Diese Kapseln können, täglich aufgenommen, eine vegane Ernährung sinnvoll ergänzen. Vegane Omega-3-Kapseln enthalten in der Regel zusätzlich pflanzliches Omega-3 in Form von Lein- und Walnussöl und oft auch Vitamin E. Durch die Verwendung von veganem Öl in Kapseln werden die Fisch- und Krillbestände geschont.