Nimmt man Pantoprazol unmittelbar vor, zum oder nach dem Essen ein, beeinflusst dies die Wirksamkeit des Arzneimittels. Dies liegt daran, dass der pH-Wert im Magen bei der Aufnahme von Nahrung steigt. Der gestiegene pH-Wert kann wiederum dazu führen, dass sich die eingenommene Tablette bereits im Magen auflöst. Eigentlich soll der Wirkstoff aber erst im Dünndarm freigesetzt werden, denn ansonsten wird er durch die Magensäure zerstört.
Das bedeutet konkret, dass Pantoprazol immer mindestens eine Stunde vor und/oder zwei bis drei Stunden nach einer Mahlzeit eingenommen werden sollte.