Der Müslispender sollte regelmäßig gereinigt werden, damit das aufbewahrte Müsli frisch und schmackhaft bleibt. Am besten reinigt man den Müslispender jedes Mal, wenn das Müsli aufgebraucht ist. Im privaten Gebrauch zum Beispiel alle zwei bis drei Wochen. Deshalb sollte der Behälter, wenn er nur noch halbvoll ist, nicht direkt wieder aufgefüllt werden. Wenn Sie das Müsli darin länger aufbewahren, sollten Sie den Müslispender allerspätestens nach circa zwei Monaten reinigen. Bevor der Müslispender neu befüllt wird, sollte er unbedingt gut trocken sein, damit das neue Müsli möglichst lange hält. Außerdem empfiehlt es sich, das Gerät direkt nach dem Kauf und bevor es zum ersten Mal benutzt wird, gründlich zu reinigen.
Gereinigt wird ein Müslispender am besten von Hand, denn die meisten Hersteller empfehlen nicht, den Müslispender in der Spülmaschine zu reinigen.