Das Gnadenrecht ergibt sich zunächst auf der Ebene des Bundes aus dem Grundgesetz und auf Landesebene aus den Verfassungen der einzelnen Bundesländer. Konkrete rechtliche Grundlage ist die Gnadenordnung des jeweiligen Bundeslandes. Inhaber der Gnadenbefugnis ist im Regelfall der Ministerpräsident des Bundeslandes, in dem das erstinstanzliche Urteil gefällt wurde. In einigen Bundesländern ist es der Senat bzw. die Landesregierung. Die Begnadigung bedarf der ministeriellen Gegenzeichnung durch den jeweiligen Justiminister bzw. -senator.
Sofern es sich um ein erstinstanzliches Urteil der Bundesgerichtsbarkeit handelt ist der Inhaber der Gnadenbefugnis gemäß Artikel 60 Abs. 2 des Grundgesetzes der Bundespräsident. Meistens handelt es sich dabei um Staatsschutzdelikte oder Straftaten mit terroristischem Hintergrund. Auch hier muss der Bundesjustizminister die die Gnadenentscheidung gegenzeichnen.
In der Praxis werden Gnadenanträge von den in der jeweiligen Gnadenordnung festgelegten Gnadenbehörden bearbeitet. In NRW gibt es bei jedem Landgericht eine Gnadenstelle. Sie kann bis zu einer bestimmten Strafhöhe allein über Gesuche entscheiden.