Eine Single-End-Sequenzierung anstelle einer Paired-End-Sequenzierung ist möglich. Sie hat jedoch Nachteile gegenüber der Paired-End-Sequenzierung: (i) Bei häufig vorkommenden Zielmolekülen wie Histonmarkern oder Transkriptionsfaktoren wird eine große Anzahl von Bindungsstellen erwartet. Die Paired-End-Sequenzierung erleichtert die eindeutige Zuordnung zur richtigen genomischen Position. Diese zusätzliche Information verringert die erforderliche Sequenzierungstiefe. (ii) MNase verdaut die Ziel-DNA bis zu dem Abschnitt, der von dem interessierenden Protein bedeckt wird. Bei der Paired-End-Sequenzierung wird dieser Fußabdruck sichtbar, während die Information bei der Single-End-Sequenzierung verloren geht.