Das am häufigsten verwendete PET-Radiopharmakon ist FDG (18FluorDesoxyGlukose). Mit FDG wird der Glukose-Metabolismus untersucht, der beispielsweise bei Tumorerkrankungen oder auch bei Entzündungen erhöht sein kann. Bei der FDG-PET-Untersuchung des Gehirns interessieren wiederum besonders Areale mit einem verminderten Glukose-Stoffwechsel, z.B. im Rahmen der Epilepsie- und Demenz-Diagnostik.
Davon abgesehen gibt es weitere Radiopharmaka, durch die ganz bestimmte Ziele im Körper erfasst und dargestellt werden können. Wegen der notwendigen Sonder-Lieferung und Kurzlebigkeit der verwendeten PET-Radiopharmaka ist eine zeitgerechte Terminvereinbarung und pünktliche Einhaltung des Termins wichtig.