Trotz der Anwendung eines lokalen Betäubungsmittels kann der Eingriff von einigen Patienten als unangenehm oder leicht schmerzhaft empfunden werden. Das ist jedoch eher die Ausnahme. Dank der modernen Instrumente mit ihren dünnen und beweglichen Schläuchen verläuft die Blasenspiegelung in den meisten Fällen schmerzfrei.