Die Cajon verfügt über eine vergleichsweise simple, jedoch charakteristische Funktionsweise: Mit dem Schlag auf die Holzplatte, kommt es zur Schwingung, was wiederum die Metallelemente der Cajon mitklingen lässt. Durch den kistenartigen Resonanzraum und die kreisrunde Öffnung auf der Rückseite kommt es zu einem satten Basssound. Je nach Belieben lässt sich das Schnarren der Metallelemente, wie z.B. des Snare-Teppichs, mithilfe eines Schaumstoffstückes dämpfen.
Durch den Anschlag am oberen Kistenrand wird ein höherer Snare-Ton erzeugt, während der Basston tiefer auf dem Deckel entsteht. Im Vergleich zu anderen trommelartigen Instrumenten mit beispielsweise Fellbespannung hat die Cajon einen eher trockenen Klang.
Einen häufigen Einsatz erfährt die Cajon im Bereich Unplugged-Musik, indem sie die Bass Drum bzw. Snare eines Schlagzeuges ersetzt.  Außerdem wird sie ebenfalls im Rock und Pop sowie Folk-Rock-Bereich verwendet.