Es liegen auch verschiedene Gegenanzeigen gegen die Anwendung von Antibiotika vor. Sie hängen von dem jeweiligen Präparat, das verabreicht wird, ab. Zu den häufigsten Kontraindikationen zählt eine Überempfindlichkeit gegen den Wirkstoff, die auch verwandte Substanzen betreffen kann. Manche Antibiotika eignen sich außerdem nicht für Jugendliche und Kinder, andere sind wiederum nicht während der Schwangerschaft und Stillzeit anwendbar.