Der Schutz der persönlichen Gesundheitsdaten hat höchste Priorität. Die gesetzlichen Anforderungen an Datenschutz und Datensicherheit sind sehr hoch. Daher sind die Inhalte der medizinischen Dokumente Ende-zu-Ende verschlüsselt. So können die Dokumente nur von den Versicherten selbst oder von Personen, die sie ausdrücklich dazu berechtigt haben, gelesen werden.
Die Daten liegen sicher und verschlüsselt in den ePA-Aktensystemen des jeweiligen Krankenkasse. Die Krankenkassen haben keinen lesenden Zugriff auf die Inhalte der ePA. Sie können jedoch Daten wie z. B. Patientenquittungen oder Verordnungen in die ePA einstellen. Der sichere Zugriff auf die ePA wird über die Telematik-Infrastruktur ermöglicht. Die Server mit den ePA-Aktensystemen befinden sich in Deutschland und unterliegen der europäischen Datenschutz-Grundverordnung. Unabhängige Gutachterinnen und Gutachter haben die sicherheitstechnische Eignung der ePA-Anbieter geprüft. Das war eine der Voraussetzungen, um die Zulassung von der gematik zu erhalten.