Die Unsicherheiten beim BEHG bestehen darin, dass die Verordnungen, die die Ausnahmetatbestände definieren, noch nicht erlassen sind. Hierzu zählen die Regelungen zur Ausnahme für die Teilnehmer am europäischen Emissionshandel, für abwanderungsgefährdete Industrien (Carbon Leakage) und zur Vermeidung unzumutbarer Härte. Ziel ist zwar, eine Doppelbelastung durch den nationalen und den europäischen Emissionshandel zu vermeiden,  derzeit sieht es aber eher danach aus, dass zumindest 2021 eine Doppelbelastung erfolgt und diese dann 2022 und analog in den Folgejahren in Form eines Erstattungsverfahrens ausgeglichen wird. Hierdurch entsteht jedoch ein nicht unerheblicher Verlust an Liquidität.