Soichiro Honda, der Gründer des Unternehmens, hat sich immer dafür eingesetzt, dass Honda ein unabhängiges Unternehmen bleibt. Dies ist bis heute der Fall und Honda ist einer der wenigen verbliebenen unabhängigen Automobil- und Motorradhersteller in Japan. Es befindet sich im Besitz von mehreren Aktionären. Darunter sind institutionelle Anleger wie Investmentfonds und Versicherungen, private Anleger und Mitarbeiter des Unternehmens. Die Honda Motor Co., Ltd. ist an der Tokioter Börse notiert und gehört zum Nikkei 225 Index.