Für einen Robo-Advisor fallen unterschiedliche Kosten an. Nicht immer sind diese ganz transparent, da manche Anbieter die Kosten zusammenlegen und dem Kunden die Gesamtsumme nennen. Dabei können Service- und Verwaltungsgebühren, Depotkonto-Gebühren, Transaktionskosten und auch Gewinnbeteiligungen anfallen. In einigen Fällen sind die Gebühren abhängig von der Höhe des Guthabens im Depot. Unterschieden werden können Gebühren für die Leistung des Robo-Advisors und die Gebühren für die Depots/Fonds. ETF sind hierbei günstiger als aktiv gemanagte Fonds. Grundsätzlich können Anleger von jährlichen Kosten zwischen 0,6 und 1,87 Prozent der Anlagesumme ausgehen.