Grundsätzlich können gesundheitliche Risiken sowohl von den Wirkstoffen selbst wie von Zusatz- und Hilfsstoffen ausgehen. So können z.B. einige Zäpfchen Laktose enthalten und bei einer Frau mit Laktoseunverträglichkeit Probleme verursachen (z.B. Unwohlsein, Durchfall).
Wichtig ist auch ein behutsames Einführen des Vaginalzäpfchens. Sonst kann es unter Umständen zu Verletzungen an der Schleimhaut der Vagina kommen.