Weniger als 1 % der in der oralen Mikrobiota identifizierten Arten sind an der Entstehung von Karies und Parodontitis beteiligt. Ein Ungleichgewicht in der normalen mikrobiellen Population der Mundhöhle kann das Überwachsen dieser kleinen Gruppe von säurebildenden und säureerzeugenden Mikroorganismen mit pathogenem Potenzial begünstigen. Die folgenden mikrobiellen Erreger sind an der Pathogenese von Karies beteiligt: Streptococcus mutans, Lactobacillus spp. und Actinomyces spp. Von diesen Mikroorganismen hat Streptococcus mutans das höchste kariogene Potenzial. Die Pathogenese der Parodontitis ist auf andere Mikroorganismen zurückzuführen, die je nach Grad ihrer Pathogenität in zwei Komplexe eingeteilt werden. Der rote Komplex umfasst drei der am meisten pathogenen Parodontalbakterien: Tannerella forsythia, Treponema denticola und Porphyromonas gingivalis. Die zweite Gruppe der parodontalpathogenen Spezies wird als der orange Komplex bezeichnet und umfasst Prevotella intermedia, Fusobacterium nucleatum und Parvimonas micra. Ein weiterer Mikroorganismus mit großem parodontopathogenem Potenzial ist Aggregatibacter actinomycetemcomitans, der als Immunsuppressivum des parodontalen Abwehrsystems des Wirts und der Homöostase des Alveolarknochens wirkt.