Da verschiedene Bakterien infrage kommen, die eine Prostatitis hervorrufen können, muss zunächst der Erreger bekannt sein. Mithilfe einer angelegten Kultur werden die Bakterien identifiziert. Bei einer nicht-bakteriellen Prostataentzündung sind Antibiotika nicht wirksam. Stattdessen kommen entzündungshemmende Medikamente oder sogenannte Alphablocker zum Einsatz.