Obwohl die EU-Programme für Energieversorger thematisch extrem relevant sind, bestehen manchmal Herausforderungen bei der Antragerstellung und der Projektumsetzung. Nur wenige Förderprogramme bieten eine Förderung für Infrastruktur und ihrer Betriebskosten: EU-Förderungen decken meist die Abschreibungsraten. Da sie in einem regulierten Umfeld arbeiten, ist es vor allem für Netzbetreiber manchmal schwierig, Förderung zu erhalten. Andere Probleme wie die Voraussetzung von grenzüberschreitenden Projekten, riesige Projektkonsortien, geringe Erfolgsraten und geringe Förderbeträge für kommunale Unternehmen sowie kurze Einreichungsfristen können Energieunternehmen von einer Antragstellung abhalten.
Einige Möglichkeiten zur Überwindung dieser Herausforderungen sind beispielsweise die Einstellung von Mitarbeiter*innen mit EU-Fördererfahrung oder die Beauftragung einer Beratung für die Erstellung von Förderanträgen und der Verwaltung der Projekte, eine Priorisierung von EU-Förderprogrammen mit wiederkehrenden Ausschreibungen wie dem EU-LIFE-Programm oder dem EU-Innovationsfonds, sodass man Projektanträge manchmal zwei Jahre im Voraus planen kann und Gespräche mit erfolgreichen und nicht erfolgreichen Projektantragsteller*innen, um ein Gefühl für ein Förderprogramm zu bekommen. Für einige Programme können Energieunternehmen allein Anträge einreichen. Dabei ist zu bedenken, dass die Erfolgsquoten von Jahr zu Jahr und von Thema zu Thema variieren können.