Bei der Anlage einer Pilzkultur auf Stroh in geschlossenen Räumen muß besonders darauf geachtet werden das der Raum gut belüftet wird. Schon leicht erhöhte Co2 Konzentrationen führen aufgrund des unsterilen Impfverfahrens schnell zum Auftreten von Schimmelpilzen. Hinzu kommt das die niedrigere Luftfeuchte in Räumen im Vergleich zum Freiland zur Austrocknung der Strohballen führt. Deshalb sollte öfter gewässert werden. Von zu luftdichten Abdecken der Strohballen zum Schutz gegen Austrocknung sollte insbesondere in Räumen auch abgesehen werden, da dies schnell durch den damit verbundenen Luftstau zu Schimmelbildung führen kann.
Zusammengefasst es ist möglich aber mit Nachteilen verbunden.