Der wesentliche Unterschied zwischen Mikrofauna und Megafauna liegt in der Größe der Organismen. Mikrofauna umfasst sehr kleine Lebewesen wie Einzeller und Fadenwürmer, die vor allem im mikroskopischen Bereich agieren. Megafauna hingegen bezeichnet größere Bodenbewohner wie Regenwürmer, die durch ihre Aktivität die Bodenstruktur verbessern und Humus aufbauen – ein Prozess, der auch als Bioturbation bekannt ist.