Die Keimbelastung im Wasser lässt sich anhand von zahlreichen Methoden messen und gemäß den USP-Vorschriften werden besondere Verfahren für Messungen in Pharmawasser empfohlen. Die traditionelle Plattenzählmethode zur Freigabe von Wasser ist zwar weit verbreitet, sie ist jedoch fehleranfällig und kann fünf bis sieben Tage Zeit in Anspruch nehmen. Des Weiteren erfordert die Plattenzählung die Bildung einer Bakterienkolonie auf einer Platte, weshalb man von einer «koloniebildenden Einheit» bzw. KBE spricht, die eine Schätzung der Gesamtbakterienzahl auf der Probenplatte darstellt. Eine weitere Methode zur Messung der Keimbelastung von Wasser besteht in der laserinduzierten Fluoreszenz, die mit einem Analyzer zur Keimzahlbestimmung durchgeführt wird. Diese Analysatoren arbeiten mit laserinduzierter Fluoreszenz-Technologie, um die Gesamtzahl der im Probenwasser vorhandenen Zellen zu messen. Systeme mit dieser Technologie ermöglichen anhand der Erkennung von als Autofluoreszenz-Einheiten (AFU) angegebenen Zellen im Probenwasser eine Echtzeit-Überwachung der Keimbelastung in Pharmawasser an der Fertigungslinie.