Das Mausoleum ist die Grabstätte von Kaiser Ferdinand II. (gest. 1637) und Erzherzogin Maria Anna von Bayern (gest. 1616), der ersten Gattin Ferdinands II. Diese Grabstätten sind durch Inschrifttafeln gekennzeichnet. Außerdem befindet sich im Mausoleum ein sogenanntes Herzgrüftl mit den Herzen Ferdinands II., seiner Mutter Maria von Bayern, seiner zweiten Gemahlin Eleonore von Gonzaga und von anderen erzherzoglichen Familienmitgliedern.
Der Rotmarmor-Sarkophag im Gruftraum mit den vollplastischen Liegefiguren der Eltern Ferdinands II. (Erzherzog Karls II. und seiner Gattin Erzherzogin Maria Anna von Bayern), in dem aber nur seine Mutter bestattet ist, stammt aus dem ehemaligen Grazer Klarissinnenkloster und dürfte um 1608 von Sebastian Carlone verfertigt worden sein.