Verwechslungsgefahr besteht unter Umständen mit anderen Adler-Arten, hauptsächlich Fischadler (Pandion haliaetus) und Steinadler (Aquila chrysaetos). Durch seine hellere Unterseite ist der Fischadler aber relativ einfach vom Seeadler zu unterscheiden. Zudem ist er schlanker und wirkt nicht so kantig. Junge Seeadler werden gelegentlich mit jungen Steinadlern verwechselt. Dennoch lässt sich auch hier aufgrund unterschiedlicher Körperproportionen und den helleren Flügelfelder der Steinadler relativ sicher eine Abgrenzung treffen.