Die WIPO verwaltet das Madrider Protokoll und das Madrider Abkommen (die zusammen das sogenannte Madrider System bilden) über ihr Internationales Büro. Wenn eine internationale Anmeldung von einem Ursprungsamt eingereicht wird, prüft das Internationale Büro vor allem, ob alle Anmeldungsanforderungen erfüllt und die Waren und Dienstleistungen richtig klassifiziert sind. Ist dies der Fall, trägt sie die Marke in das internationale Register ein und veröffentlicht sie in der International Gazette. Daraufhin setzt das Internationale Büro die Ämter der benannten Länder von der internationalen Registrierung in Kenntnis.
Das Internationale Büro prüft nicht, ob die Marke schutzfähig ist oder ob eine identische oder ähnliche Marke bereits registriert wurde. Diese Prüfungen sind Aufgabe der benannten Länder.