Zur Diagnose einer Bakerzyste führt der Arzt eine körperliche Untersuchung durch. Am besten ist die Bakerzyste bei gestreckten Bein sichtbar. So kann der Arzt oder die Ärztin, die Flüssigkeitseinlagerung an der Kniekehle erkennen und ertasten. Bildgebende Verfahren wie Ultraschall oder MRT können verwendet werden, um die Diagnose zu bestätigen und andere mögliche Ursachen für die Symptome auszuschließen.