Durch Prozessoptimierungen ergeben sich vor allem Herausforderungen im Bereich des Überwachens der optimierten Abläufe und dem Umgang mit auftretenden Fehlern. Nicht jede Prozessoptimierung ist eine Automatisierung. Oftmals werden Abläufe nur entlang des Wertstromes angeordnet. Diese Abläufe müssen genau aufeinander abgestimmt, analysiert, protokolliert und ggfs. optimiert werden. Mitarbeiter sollten miteingebunden und eingeschult werden. Verantwortlichkeiten und Schnittstellen müssen geklärt und festgelegt werden (z.B. DEMI-Modell). Eine veränderte Standardvorgehensweise (SOP) ist obligatorisch.