Zu den Nebenwirkungen von Spirulina lässt sich sagen, dass die Alge generell gut verträglich ist. Allerdings sollte auf die empfohlene Dosierung geachtet werden. Manche Verbraucher berichten, dass es bei einer übermäßig hohen Dosierung zu Durchfall, Übelkeit, Erbrechen oder Schwindelgefühl, manchmal auch Kopfschmerzen, kommen kann.