Bei manchen Menschen kann es zu Beginn der Einnahme zu Übelkeit, Durchfall, Blähungen, Müdigkeit, Kopfschmerzen oder Schlafstörungen kommen. Auch bei einer Überdosierung können das auftreten. Aus dem Grund ist es wichtig, nur langsam die Dosierung zu steigern, damit der Körper sich an MSM gewöhnt. Schwere Nebenwirkungen sind allerdings nicht bekannt.