Du solltest Dir am besten schon vor dem Kauf Gedanken über das passende Brennmittel machen. Am häufigsten wird Brennpaste verwendet. Sie hat gegenüber dem Spiritus den Vorteil, dass die Brandgefahr deutlich geringer ist. Auch wenn die Brennpaste umkippt, kann sie nicht auslaufen, während Spiritus dabei schnell zu einem Großbrand führen können.
Wichtig zu wissen ist, dass der Untersatz eines Fonduetopfs entweder nur für die Brennpaste, oder nur für Spiritus geeignet ist. Entweder gibt es einen Pasten-Brenner, welcher einen Schwamm besitzt, in den Du auf keinen fall Spiritus kippen darfst. Oder es gibt einen Spiritusbrenner mit einem Schutzgitter in den Du keine Paste einfüllen kannst. Du solltest also schon vorher wissen, wie Du die Wärme erzeugen möchtest.
Sowohl die Brennpaste, als auch den Spiritus löschst Du am Ende, indem Du die Flamme erstickst. Dafür gibt es im Fondue-Set meistens einen Deckel, den Du über die Flamme schiebst und so die Luftzufuhr verhinderst.