Eine Hashimoto-Thyreoiditis geht normalerweise mit einer Schilddrüsenunterfunktion einher, da die Schilddrüse langsam zerstört wird. Es gibt jedoch akute Entzündungsphasen, in denen die Erkrankung die Aktivität anregt und zwischenzeitlich eine Überfunktion vorliegt. Ebenso kann man grundsätzlich davon ausgehen, dass die Krankheit die Schilddrüse immer mehr verkleinert, bis sie im Endstadium kaum noch vorhanden ist. Je nach Erkrankungsstadium kann es aber auch zwischenzeitlich zu einer Vergrößerung kommen. Zudem kann ein Szintigramm in der Anfangsphase unauffällig wirken. Doch bei späteren Krankheitsverläufen zeigt sich dann eine verringerte Aufnahme des Radiopharmakons.