Bei der konventionell hergestellten Hefe wird in der Regel Zuckerrüben-Melasse, Stickstoff und Phosphor als Nährlösung verwendet. Zur Regulierung des pH-Wertes wird Schwefelsäure und Natronlauge eingesetzt. Bei der Herstellung von Hefe entsteht Schaum der das Wachstum der Hefekulturen einschränkt. Um diesen Schaum zu entfernen, werden synthetische Mittel eingesetzt, die am Ende mit viel Wasser aus der fertigen Hefe gewaschen werden müssen und schwer abbaubares Abwasser zurücklassen.  Bio-Hefe wird hauptsächlich aus Weizen hergestellt. Das Getreide enthält natürlichen Stickstoff und Phosphor. Die pH-Regulierung darf nur mit Natriumkarbonat, Zitronen- oder Milchsäure erfolgen. Allerdings müssen diese Stoffe nur selten eingesetzt werden. Der Schaum wird bei Bio-Hefe mit pflanzlichen Bio-Ölen wie zum Beispiel Sonnenblumenöl entfernt. Die Herstellung ist insgesamt besser für die Umwelt, es wird weniger Wasser verbraucht und das Abwasser kann weiterverwendet werden.