FUT- und FUE-Methode unterscheiden sich vor allem in der Entnahme und Gewinnung der Spender-Haare. Bei der Streifentechnik entnimmt der Haarchirurg die zu verpflanzenden Haarfollikel mitsamt der umliegenden Haut. Die daraus entstehende Narbe ist in den meisten Fällen wesentlich auffälliger als die kleinen punktförmigen Wunden nach Entnahme mittels FUE-Methode. Hier setzt der Operateur statt eines Skalpells einen speziellen Hohlbohrer oder eine Stanze ein, um gezielt einzelne Haarfollikel zu lösen. Im Gegensatz zur Entnahme bei der FUT-Methode, die auch bei längerem Haar durchgeführt werden kann, müssen die Haare für Transplantation mittels FUE allerdings auf eine Länge von etwa 3 mm rasiert werden.Durch die Unterschiede im Entnahme-Prozess gestaltet sich auch die Heilung des Entnahmebereichs bei beiden Transplantations-Methoden unterschiedlich. Nach einer Entnahme mittels FUT-Methode benötigen die meisten Patienten länger für Heilung und Regeneration als nach einer Haartransplantation mittels FUE- Methode. In der Regel kann z.B. die sportliche Aktivität bei der Streifenmethode erst nach 4-6 Wochen erfolgen. Dies ist nach FUE Vorgehen bereits nach 2 Wochen möglich. Die Selektion der einzelnen Spender-Haare unter dem Mikroskop und das Einpflanzen verlaufen bei beiden Methoden in der Regel gleich.Der entscheidende Unterschied zwischen der klassischen FUE- und der neuen I-FUE-Methode liegt in der Lagerungszeit der entnommenen Haare. Außerhalb der Kopfhaut müssen die Haarwurzeln in einer speziellen Lösung liegen. Bei der I-FUE-Methode minimiert der Haarchirurg die Lagerungszeit durch häufigen Wechsel zwischen Haar-Entnahme und Einsetzung. Dadurch verbessert sich die Anwachsrate und die Regenerationsdauer nach der Haartransplantation fällt kürzer aus.