Wenn auch ein Teichfilter in der Regel sehr wartungsarm ist, sammelt sich insbesondere bei einem intensiven Einsatz schnell starker Schmutz an. Daher sollten Sie einen Teichfilter nach Möglichkeit im Herbst sorgfältig reinigen, sodass dieser nach der Winterzeit wieder verwendet werden kann. Vorteilhaft sind an dieser Stelle praktische Mechanismen, mit denen man Schmutzwasser und andere Rückstände beseitigen kann. So verfügen viele Modelle über eine sogenannte Rückspulfunktion sowie die Möglichkeit, die Filtermedien mittels eines Hebelsystems auszudrücken. Bei der Reinigung des Teichfilters sollten nach Möglichkeit weder chemische Mittel noch heißes Wasser genutzt werden, da andernfalls die Bakterienkultur auf dem Filtermaterial deutliche Schäden davontragen kann.
Auch sollte das Filtermaterial nur dann gesäubert werden, wenn der Durchfluss sich merklich verschlechtert. Spülen Sie daher den Teichfilter mit kaltem Wasser aus, um ihn von Schmutzresten zu befreien. Je größer der Teichfilter dimensioniert ist, desto seltener ist eine Reinigung notwendig. Ein idealer Zeitpunkt für eine Reinigung ist unmittelbar nach der Algenblüte, da hier der Verschmutzungsgrad am höchsten ist.