Wer sich nach KTQ zertifizieren lassen möchte, erstellt im ersten Schritt eine ausführliche schriftliche, softwarebasierte Selbstbewertung und einen Qualitätsbericht. Die Selbstbewertung gibt Aufschluss über Stärken und Verbesserungspotentiale und zeigt auf, ob die Zertifizierungsreife gegeben ist. Im Rahmen der Fremdbewertung (=Zertifizierung) werden alle Kritieren von der Visitorin /dem Visitoren überprüft und ebenso bewertet. Ist die Fremdbewertung erfolgreich, wird der von der Praxis erstellte und vom Visitoren freigegebene Qualitätsbericht auf der KTQ-Homepage veröffentlicht. Das aktuell gültige Manual liegt in der Version 3.0 vor. Es wurde im Jahr 2018 entwickelt. In diesem Kriterien-Katalog sind alle aktuellen Anforderungen der Qualitätsmanagement-Richtlinie des Gemeinsamen Bundesausschusses berücksichtigt. Das Zertifikat wird von der beauftragten Zertifizierungsstelle ausgestellt und ist drei Jahre gültig. Danach erfolgt eine erneute Visitation bzw. Re-Zertifizierung.