Im Falle einer Betriebsprüfung durch einen Steuerprüfer bzw. durch das Finanzamt können folgende Probleme auftreten:
Das Kassenbuch wird auf Excel-Basis geführt. In Excel können leicht bisherige Eintragungen, wie beispielsweise Bareinnahmen, wieder gelöscht werden. Der Betriebsprüfer wird diesen Umstand als "nicht ordnungsgemäße" Führung nach GoBD des Kassenbuches bewerten.
Handschriftliche Führung des Kassenbuchs: Gemäß der Einzelaufzeichnungspflicht müssen Sie sämtliche Einzelaufzeichnungen dem Prüfer zugänglich machen. Wenn Kassenbelege fehlen oder der Buchungstext von einem Umsatz nicht ersichtlich ist, wird es Probleme geben.
Das Kassenbuch wird in einer Software auf PC geführt. Diese Software darf keine Änderungen in den Eintragungen erlauben bzw. muss darauf mit entsprechenden Restriktionen reagieren. Der Betriebsprüfer wird sich die Software ansehen und entsprechend bewerten. Gelegentlich erfüllen die Software-Programme nicht die Anforderungen, die das Finanzamt an eine Kassenführung stellt. Die Folgen sind Hinzuschätzungen, zum Beispiel von Bareinnahmen, durch den Steuerprüfer.