Wie der Name schon andeutet, wird ein Innenfilter innerhalb des Aquariums platziert. Nur das Stromkabel führt natürlich aus dem Aquarium heraus. Das Wasser im Aquarium wird durch eine Pumpe, die meistens oben im Filter sitzt, an der Unterseite angesaugt.
Dann durchläuft das ungefilterte Wasser eine oder mehrere Filterkammern. Hierbei durchläuft das Wasser sowohl biologische, als auch mechanische Reinigungsschritte durch. Wenn das Wasser durch alle Kammern geströmt ist, gelangt es durch den Ausströmer, der sich in der Regel an der Oberseite des Filters befindet, wieder ins Becken zurück.