Betriebe müssen das gesamte System einschliesslich der Gefahrenanalyse dokumentieren. Das schliesst die Kontrollmassnahmen und eventuelle Korrekturen der Massnahmen mit ein. Die umfassende Dokumentation ist aufgrund der Sorgfaltspflicht notwendig. Bei Schadensfällen können die Daten der Lebensmittelüberwachung eine wichtige Rolle spielen. Zu der Dokumentation gehören die Daten der Kontrollpunkte, die Grenzwerte, die Massnahmen zur Überprüfung und das Vorgehen bei Abweichungen. Es gibt keine genauen Vorgaben, wie die Unternehmen ihre Dokumentation vorzunehmen haben. Allerdings ist es im Eigeninteresse des Betriebes, die Dokumentation sauber und transparent zu pflegen. Bei Schadensfällen ist das Unternehmen zur Klärung des Sachverhaltes verpflichtet, die Dokumentation an Dritte zu geben.