Die mit der Kardioversion einhergehenden Risiken werden gering eingestuft. Entstehen Komplikationen während des Eingriffs, so handelt es sich hierbei meistens um Nebenwirkungen des Narkosemittels wie Blutdruckabfall oder Atemdepression. Fällen, bei 0,5 bis 1 Prozent aller Behandlungen, kann es durch eine Embolie eines Blutgerinnsels zu einem Schlaganfall kommen. Durch die mehrwöchige Therapie mit einem Medikament zur Blutverdünnung vor der Behandlung ist dieses Risiko jedoch sehr gering. Zusätzlich werden durch die ergänzende Schluckultraschalluntersuchung mögliche Gerinnsel aufgedeckt und das Risiko eines Schlaganfalles nochmals auf ein Minimun reduziert.