Wie bei vielen Rassehunde sind auch beim Shar Pei seit den 80er Jahren vermehrt genetische Erkrankungen aufgetreten. Allergien treten dabei auch sehr häufig auf. Neben der speziellen CNV Situation des Shar Pei gibt es noch weitere Gründe für diese allgemeine Verschlechterung. Als Hauptgrund wird von Wissenschaftlern das Reinrassigkeitsdogma in der modernen Rassehundezucht angesehen. Vor allem in Hinblick darauf, das die genetische Varianz beim westlichen Shar Pei sehr gering is, da die moderne westliche Shar Pei Zucht schon mit einer sehr engen genetischen Flaschenhalssituation anfing. Die Population konnte zwar von einer sehr kleinen Anzahl an Tieren auf heute viele Tausende erhöht werden, die genetische Varianz kann so aber niemals erhöht werden.
Beim chinesischen Shar Pei sind Allergien unbekannt, wobei es natürlich Hunde geben wird, die eine Allergie haben. Die Ursachen mögen vielleicht daran liegen, dass die genetische Varianz der Shar Pei Population in China viel grösser ist als bei uns im Westen, und auch daran, dass Züchter dort gerne auf dem Land nach Hunden Ausshau halten, mit denen der Genpool erweitert werden kann. Und auch wenn in China sehr grosser Wert auf Reinrassigkeit gelegt wird, so kommen immer wieder neue genetische Varianzen hinzu.