Bei der Lagerung in Tanks in geschlossenen Räumen ist in der Regel ein Eintrag von Sauerstoff aus der Umgebungsluft relevant. Chemisch betrachtet entstehen dabei Radikale, die die Molekülstruktur des Kraftstoffes verändern. Man spricht hier von einem Abbau beziehungsweise einer Degradation des Kraftstoffs. Der Eintrag von Wärme oder Metallionen aus Kupferleitungen in den Kraftstoff katalysiert, das heißt beschleunigt den Alterungsprozess. Darüber hinaus kann es durch die Oxidation auch zur Bildung von Säuren im Kraftstoff kommen, was wiederum zur Korrosion von kraftstoffführenden Bauteilen des Motorsystems führen kann.
Bei Diesel mit einem Anteil von Biodiesel (handelsüblich werden mineralölbasiertem Diesel bis zu 7 % Biodiesel beigemischt) kann es durch äußere Einflüsse außerdem zu einer Polymerisation des Kraftstoffs kommen. Auch bei der Polymerisation können sich Molekülstrukturen und die Eigenschaften des Kraftstoffs verändern. Ab einer gewissen Molekülgröße fallen die Polymere aus dem Kraftstoff aus und bilden klebrige Ablagerungen am Boden des Tanks.
Ein ähnliches Bild ergibt sich bei einem mikrobiologischen Befall von Biodiesel. Dies wird gemeinhin als „Dieselpest“ bezeichnet, ist aber genau betrachtet kein typischer Alterungsprozess. Mikroben aus der Umgebung (gegebenenfalls auch dem Bioanteil des Dieselkraftstoffs) gelangen in den Kraftstoff, vermehren sich und bilden einen Biofilm, der sich zwischen einer Wasserphase und der Kraftstoffphase absetzt.