Im Durchschnitt liegen die Kosten eines ETFs zwischen 0,05 und 0,75 Prozent pro Jahr. Je größer der ETF, desto geringer sind meistens die Kosten. Nischen-ETFs gehören aufgrund der hohen Konzentration auf eine bestimmte Branche beispielsweise zu den teuren Indexfonds. ETFs werden im Vergleich zu  Fonds nicht aktiv verwaltet. Deshalb sind sie deutlich kosteneffizienter als Fonds, da keine hohen Managementkosten anfallen. Die Kostenersparnis kann an den Anleger weitergegeben werden. Transaktionskosten fallen nur einmalig beim Kauf bzw. Verkauf der ETFs an.