Eine Bakzerzyste kann sich von selbst zurückbilden, besonders wenn sie durch eine akute Verletzung verursacht wurde und die zugrundeliegende Ursache behandelt wird. Allerdings können Bakerzysten bei chronischen Gelenkerkrankungen wiederkehren. Eine regelmäßige Überwachung und Behandlung der zugrundeliegenden Ursache ist oft notwendig, um wiederkehrende Zysten zu managen.