Eine Interkalation beschreibt die Einlagerung von ganzen Molekülen oder Ionen. Diese werden jedoch nicht gebunden, sodass die Struktur selbst nicht verändert wird. Eine Friedel-Crafts-Alkylierung hingegen geht mit einer kovalenten Bindung einher. Die Struktur des Moleküls wird verändert, häufig erfolgen dadurch auch sterische Konformationsänderungen.