Bislang wurden keine schwerwiegenden Nebenwirkungen im Zusammenhang mit einer MSM-Nahrungsergänzung festgestellt. Die am häufigsten auftretenden Nebenwirkungen hängen mit dem Margen-Darm-Trakt zusammen (Durchfall, Blähungen und Magenschmerzen). Diese können durch eine verminderte MSM-Dosis verringert werden, bis der Körper eine gewisse Toleranz gegenüber den Wirkungen des Präparats entwickelt hat.
Eine übermäßige MSM-Dosis kann allerdings schwerwiegende Effekte auf unsere Gesundheit haben. Daher wird empfohlen eine Tagesdosis von 3.000-4.000 mg nicht zu überschreiten. Zudem sollte während der Einnahme des Präparats auf einen verantwortungsbewussten Alkoholkonsum geachtet werden, da diese Nahrungsergänzung die Empfindlichkeit gegenüber Alkohol erhöhen kann.