Fluorochrome sind Proteine, die durch die Bestrahlung mit Licht bestimmter Wellenlängen Licht abgeben und fluoreszieren. Dieses Licht kann aufgenommen werden und markiert die Position dieser Proteine, ebenso wie die Position der Zellstrukturen, an die sie gebunden sind. Ein Beispiel für ein fluoreszierendes Protein ist zum Beispiel GFP.