In den allermeisten Fällen ist Caprylsäure sehr gut verträglich und es treten keine Nebenwirkungen auf. Ausnahmen stellen die sogenannte Herxheimer Reaktion und anfängliche Überempfindlichkeiten dar. Wird der Wirkstoff zu Beginn der Behandlung zu hoch dosiert, kann es zu Magen-Darm-Beschwerden kommen. Diese lassen sich vermeiden, wenn eine schrittweise Höherdosierung erfolgt.