Allgemein bringt ein Verfahren wie die Colon Hydrotherapie wenige Risiken mit sich, wenn sie mit reinem Wasser, ohne Druck und nicht bei Patienten mit bestimmten Vorerkrankungen von einem geschulten Therapeuten durchgeführt wird. Wenn zugesetzte Stoffe ins Spiel kommen oder die Colon Hydrotherapie sehr häufig angewandt wird, besteht möglicherweise das Risiko, dass die Darmflora eher beschädigt als unterstützt wird. Schliesslich herrscht besonders im Darm ein ausgewogenes Gleichgewicht zahlreicher Bakterien und anderer Mikroorganismen, die eine körpereigene ausleitende Funktion des Darms sicherstellen. Wenn über ein Verfahren wie die Colon Hydrotherapie zu häufig von aussen in dieses System eingegriffen wird und Fremdsubstanzen eingebracht werden, kann die Darmflora langfristig aus dem Gleichgewicht gebracht werden.