Ein operativer Eingriff ist notwendig, wenn Medikamente nicht ausreichend wirken oder Komplikationen auftreten. Dazu gehören Darmverengungen, Fisteln oder ein Darmdurchbruch. Besonders bei chronischen Erkrankungen wie Morbus Crohn kann es manchmal erforderlich sein, entzündete Darmabschnitte chirurgisch zu entfernen.