Am Anfang der MSM-Einnahme kann es mitunter zu Nebenwirkungen kommen. Diese äussern sich in folgenden Symptomen: Hautausschlag, Durchfall, Kopfschmerzen und Müdigkeit. Nach rund einer Woche verschwinden die Symptome jedoch wieder. Grundsätzlich scheiden wir überschüssigen Schwefel ohnehin aus, weshalb von Methylsulfonylmethan kein Risiko auszugehen scheint. Gegebenenfalls empfiehlt es sich, die Dosis zu reduzieren. Die US-amerikanische Behörde für Lebens- und Arzneimittel FDA stufte ein MSM-Produkt, das eine Tagesdosis von 4,8 g aufwies, 2007 als sicher ein. Kinder und schwangere sowie stillende Frauen sollten jedoch auf eine MSM-Einnahme verzichten.