Eine regelmäßige Reinigung ist wichtig, da die Bohne Fette enthält, die zur Verunreinigung der Mühle führen können. Das ist zwar nicht gesundheitsschädlich, dennoch werden es passionierte Kaffeetrinker herausschmecken, wenn ältere Fette der Bohne oder auch alte Bohnenreste mitgemahlen werden. Elektrische Mühlen sollten im Bereich der Oberflächen mit einem feuchten Tuch gereinigt werden. Ein Scheiben- und Kegelmahlwerk lässt sich unter fließendem Wasser säubern. Im Lieferumfang der meisten elektrischen Mühlen sind in der Regel Bürste oder Pinsel enthalten. Auch sie eignen sich zur Reinigung besonders empfindlicher Teile des Mahlwerks. Abnehmbare Bohnen- oder Kaffeemehlbehälter sind in der Regel spülmaschinenfest.