Wie bei vielen Dingen, gibt es auch bei Start-Stopp-Systemen Vor- und Nachteile. Wenn die Vorteile auch ganz klar überwiegen, so lassen sich dennoch einige wenige Nachteile feststellen. Die Verwendung von Start-Stopp-Automatik kann speziell zur Abnutzung von bestimmten Autoteilen führen. Neben dem schnellen Ausschalten des Motors und einer verzögerten Anfahrt im Anschluss, kann die Start-Stopp-Automatik vor allem zu einer Abnutzung des Anlassers, des Schwungrades sowie der Batterie führen. Darüber hinaus kann das ständige Ausschalten und Anlassen des Motors zu einem vermehrten Verbrauch von Motoröl führen. Jedoch sollten Motoröle qualitativ hochwertig sein und diese sind bekanntlich relativ kostspielig.