Gruppen kennzeichnen in pepito die Qualifikation von Mitarbeitern. Dies können Mitarbeiter mit einer ähnlichen beruflichen Bildung sein (etwa kaufmännische Angestellte vs. medizinische Angestellte in einer Gesundheitseinrichtung). Dies können aber auch Mitarbeiter sein, die bestimmte Weiterbildungen absolviert haben und daher über spezifische Berechtigungen verfügen (etwa Mitarbeiter mit LKW-Führerschein). Relevant sind diese Gruppen überall dort, wo es von der Qualifikation der Mitarbeiter abhängt, in welchen Bereichen sie eingesetzt werden. Gibt es in einer Gesundheitseinrichtung beispielsweise kaufmännisch und medizinisch ausgebildete Mitarbeiter, dann sollte in der Planung beim Abdecken der Betriebszeiten auch berücksichtigt werden, ob ein Mitarbeiter aufgrund seiner Ausbildung in einem gegebenen Bereich eingesetzt werden kann. Gruppen vereinfachen diese Planungsprozesse und vermeiden fehlerhafte Zuweisungen von Mitarbeiter zu Dienstzeiten und Aufgaben. Die Gruppen können in pepito im Menü "Einstellungen" unter "Gruppen" verwaltet werden. Hier erstellen Entscheider neue Gruppen, benennen diese und weisen den Gruppen Mitarbeiter zu.