Es sind verschiedene Untersuchungen notwendig, um Morbus Crohn zu diagnostizieren. Zuerst wird sich der zuständige Facharzt für diesen medizinischen Bereich (ein Gastroenterologe) nach der Krankengeschichte (Anamnese) und den bestehenden Symptomen erkundigen. Da die Krankheit in Zusammenhang mit der genetischen Veranlagung steht, wird auch die Krankengeschichte der Familienmitglieder abgefragt. Danach folgt eine körperliche Untersuchung, ggf. Bluttests und Kontrollen (Magen- und Darmspiegelung) des Magen-Darm-Trakts. Zudem können Untersuchungen mit Ultraschall, CT und MRT vorgenommen werden, um eine endgültige Diagnose zu stellen.