Seit seiner Gründung hat sich Nutanix auf den Kerngedanken der Flexibilität fokussiert. Nutanix unterstützt mehrere Hardwarekonfigurationen, mehrere Virtualisierungs-Hypervisoren und mehrere Clouds. So lässt sich beispielsweise die Nutanix HCI-Software nahtlos in die branchenführenden Hypervisoren integrieren – VMware ESXi, Microsoft Hyper-V und den Nutanix AHV-Hypervisor, in Letzteren ohne zusätzliche Kosten.