Die Hauptunterschiede der beiden Ofenarten betreffen den Betrieb und die Lagerung des Brennstoffs. Während andere Öfen oftmals eine starke Geruchs- und Geräuschentwicklung haben, fällt dies beim Pellet-betriebenen Ofen nahezu weg. Da die meisten Pelletöfen (halb-) automatisch arbeiten, muss der Betrieb nicht mehr per Hand übernommen werden. Das typische Nachlegen von Holzscheiten entfällt. Bei Pelletöfen mit WLAN Unterstützung geschieht dies sogar per Mobiltelefon. Zudem treffen bei dem Pelletofen ein Wirkungsgrad von durchschnittlich 87 % auf einen Wirkungsgrad von etwa 70 % bei klassischen Kaminöfen. Der Hauptbrennstoff anderer Öfen ist Scheitholz. Pelletöfen heizen allerdings mit Pellets, die als Schütt- oder Sackware zugänglich sind. Während Holz am besten überdacht im Freien gelagert werden sollte, eignet sich für Pellets ein ausreichend großer und vor allem trockener Lagerraum.