Wie bereits erwähnt produziert der Körper nicht genügend von dem Enzym Lastase und der unverdaute Milchzucker (Laktose) gelangt in den Dickdarm.
Als Säugling produziert der Körper mehr Lastase, da der Mensch in diesem Alter hauptsächlich von Muttermilch lebt. Danach stellt sich der Körper darauf ein, andere Nahrungsmittel zu sich zu nehmen und produziert daher weniger Lastase.
Genetisch bedingt, produziert der Körper genügend Lastase oder auch zu wenig, wodurch dann Laktoseintoleranz entsteht.
Auch verschiedene Darmerkrankungen können dazu führen. Dann spricht man von einer sekundären Laktoseintoleranz.