Die Hauptprobleme oder -folgen, die sich aus der ICSI ergeben können, sind auf die Stimulation der Eierstöcke zurückzuführen. Diese Behandlung, wenn sie nicht richtig reguliert ist, kann zu dem sogenannten ovariellen Hyperstimulationssyndrom führen.
Ein weiteres Problem ist die Mehrlingsschwangerschaft, deren Wahrscheinlichkeit steigt, wenn der Transfer von mehr als einem Embryo erfolgt. Die Zwillingsschwangerschaft ist riskanter als die Einlingsschwangerschaft, daher wird empfohlen, die Anzahl der zu wählenden Embryonen verantwortungsbewusst zu wählen und immer den Rat des Spezialisten zu befolgen.
Schließlich ist auch das Risiko von Fehlgeburten und Eileiterschwangerschaften bei der Anwendung von ICSI etwas höher als bei der natürlichen Empfängnis.