Ein äußerst wichtiger Aspekt bei der Verwendung von Tischwasserfiltern ist deren Reinigung. Sie darf keinesfalls vernachlässigt werden, da sich sonst leicht gesundheitsschädliche Keime bilden. Die Filterkannen solltest Du nach jedem Gebrauch sorgfältig mit heißem Wasser ausspülen. In den meisten Fällen bestehen sie aus Kunststoff oder Glas und dürfen in die Spülmaschine. Wie gut oder wie schlecht ein Tischwasserfilter das Wasser filtert, hängt maßgeblich von der Pflege und Wartung der Kannen ab.
Grundsätzlich ist die Filterpatrone der Luft und damit dem Sauerstoff sowie schwankenden, meistens eher warmen Temperaturen ausgesetzt. Dies schafft die Grundlage dafür, dass sich Keime und Bakterien im Filtermaterial ansammeln und vermehren. Es ist daher nicht nur wichtig, den Wasserfilter regelmäßig zu reinigen, sondern Dich auch akribisch genau an die Austauschinterwalle der Kartusche zu halten. Das darin befindliche Material ist irgendwann gesättigt und kann keine weiteren Schadstoffe mehr aufnehmen. Um Keimbildung zu verhindern, solltest Du die Filterpatronen daher rechtzeitig austauschen.