Die Nutzung der Shopify kostenpflichtig. Die Preise starten bei 9 Dollar pro Monat für den Starter Lite Plan und gehen in den einzelnen Preisstufen bis auf 299 Dollar pro Monat. Die Shopify Plus Preise für Großkunden beginnen grundsätzlich ab 2.000 Dollar pro Monat. Die zweite große Säule des Geschäftsmodells ist Shopify Payments.