Bei einer Glutenunverträglichkeit entzündet sich die Dünndarmschleimhaut und kann mit der Zeit auch stark beschädigt werden. Dadurch verringert sich die Oberfläche der Darmschleimhaut und es können weniger Nährstoffe aus der Nahrung aufgenommen werden. Dem Körper ist es bei schweren Verläufen nicht mehr möglich, Nahrungsbestandteile wie Eiweiß, Fette, Milchzucker sowie lebenswichtige Vitamine, Eisen und Kalzium ausreichend zu verwerten. Dies kann unter anderem zu Mangelerscheinungen wie Knochenschwund oder Blutarmut führen.