Im Bio-Landbau werden hauptsächlich auf dem Hof anfallende Dünger wie Gülle, Mist oder Kompost eingesetzt, um die Bodenfruchtbarkeit zu erhalten und die Pflanzen zu ernähren. Auch eine geschickte Wahl des Fruchtwechsels sorgt für lebendige Böden mit vielen Bodenlebewesen. Das Futter für die Nutztiere stammt hauptsächlich vom eigenen Betrieb. Damit wird der Nährstoffkreislauf geschlossen. Im Idealfall heisst das, dass sich der Betrieb mit Futter und Nährstoffen selbst versorgt. In der Praxis werden aber auch auf Bio-Betrieben bei Bedarf Futtermittel oder einzelne Bestandteile als Ergänzung zugekauft. Zum Beispiel sind viehlose Betriebe, etwa Gemüsebetriebe, auf die Zufuhr von organischen Düngern von benachbarten Bio-Betrieben angewiesen. Auf die Zufuhr von chemisch-synthetischen Düngemitteln oder Pflanzenschutzmitteln wird aber konsequent verzichtet.