Trotz der zahlreichen positiven Effekte gibt es auch Einschränkungen bei der Anwendung von Wallwurz. Schwangere, Stillende und Kinder sollten auf die Anwendung verzichten. Auch bei offenen Wunden oder stark entzündeten Hautstellen sollte man Wallwurz nur nach Rücksprache mit einem Arzt verwenden. Wegen der lebertoxischen Pyrrolizidinalkaloide sollte die äusserliche Anwendung zudem nur über einen begrenzten Zeitraum erfolgen.