In der Schwangerschaft darf die CT wegen der Strahlenbelastung nicht durchgeführt werden. Andere Ausschlüsse betreffen nur die Vergabe des jodhaltigen Kontrastmittels: Bei den meisten Formen der Schilddrüsenüberfunktion, bei schweren Kontrastmittelunverträglichkeiten in der Vorgeschichte, bei schweren Herz-Kreislauferkrankungen, bei schweren Nierenfunktionsstörungen und bei der Knochenmarkerkrankung „Plasmozytom“ darf kein Kontrastmittel gegeben werden.