Obwohl der JC-NCE-Score viele Vorteile bietet, könnten bei seiner Verwendung auch potenzielle Nachteile auftreten. Ein mögliches Problem könnte die Empfindlichkeit gegenüber Hyperparametern sein, insbesondere bei der Einstellung des Parameters λ, der die Gewichtung zwischen Sample-Distanz und Label-Distanz bestimmt. Eine falsche Einstellung dieses Parameters könnte die Leistung des JC-NCE-Scores beeinträchtigen. Ein weiterer potenzieller Nachteil könnte die Notwendigkeit von ausreichend Trainingsdaten sein, um genaue Schätzungen der Transferabilität zu erhalten. Wenn die Datenmenge begrenzt ist, könnte dies die Zuverlässigkeit des JC-NCE-Scores beeinträchtigen.