Generell können Zimmerbrunnen fast überall in der Wohnung platziert werden. Jedoch sollte man genügend Abstand zu empfindlichen Möbeln und Wänden halten. Durch gelegentliche Wasserspritzer können diese beschädigt werden oder zu Schimmelbildung führen. Ebenfalls sollte man die Luftfeuchte im Auge behalten. Der ideale Wert liegt zwischen 40 und 60 Prozent.
Besonders wichtig ist die Standortwahl bei Zimmerbrunnen mit Verneblern. Diese geben feinen Wassernebel ab, der sich auf allen umliegenden Oberflächen anhaftet. Alternativ kann man eine wasserfeste Unterlage verwenden und den Zimmerbrunnen darauf stellen.