Das Betäubungsmittelgesetz und das Neue-psychoaktive-Stoffe-Gesetz unterscheiden sich in ihrer Struktur. Das BtMG listet in seinen Anlagen konkrete Stoffe auf, die als Betäubungsmittel in Deutschland verboten sind.
Weil mit der Zeit immer mehr neue Stoffe auf den Markt kamen, die in ihrer Wirkungsweise Betäubungsmitteln gleichen, wurde für sie mit dem NpSG ein eigenes Gesetz geschaffen, in dem nicht mehr einzelne Stoffe, sondern ganze Stoffgruppen aufgeführt werden, die verboten sind. Damit will der Gesetzgeber rechtliche Schlupflöcher aufgrund der Erfindung von immer neuen „Legal Highs“ verhindern.
Ein weiterer Unterschied besteht hinsichtlich der Strafbarkeit von zwei wichtigen Tatbeständen: Erwerb und Besitz. Während sie nach dem BtMG nicht nur verboten sind, sondern auch bestraft werden, ist das beim NpSG anders.
Schließlich kommt es beim NpSG im Gegensatz zum Betäubungsmittelgesetz nicht auf die Menge des festgestellten Stoffes an. Im BtMG sind ausdrücklich unterschiedliche Strafen für eine „geringe Menge“ und die „nicht geringe Menge“ sowie daraus folgend indirekt auch für die „Normalmenge“ vorgesehen. Diese Differenzierung gibt es im NpSG nicht. Mengenunterschiede können nur im Rahmen der Strafzumessung durch das Gericht berücksichtigt werden.