Der Filsø beherbergt mehrere seltene Vogelarten. Im Jahr 2014 wurde auf dem Filsø zum ersten Mal in Dänemark eine Dünnschnabelmöwe gesichtet. Außerdem leben mehrere seltene Arten in der Gegend – darunter die Lachseeschwalbe, der Kuhreiher und das Odinshühnchen. Der Filsø ist auch dafür bekannt, Revier eines Seeadlerpaares zu sein, welches jedes Jahr zum Brüten in die Gegend kommt.