Bio-Mehl kann aus jedem Getreide hergestellt werden. Der Mahlprozess selbst unterscheidet sich bei Bio-Mehlen nicht von konventionellen Mehlen, aber der Getreideanbau. Bio-Getreide-Bauern verzichten auf den Einsatz chemisch-synthetischer Pflanzenschutzmittel sowie auf leicht lösliche Düngemittel. Dennoch sind für den Biolandbau eigene Pflanzenschutzmittel zugelassen, die jedoch in der praktischen Anwendung nur wenig Bedeutung haben. Daher legt der Bio-Bauer seinen Fokus schon bei der Auswahl der Saat auf Gesundheit, Widerstandsfähigkeit und Standortanpassung. Wie beim Anbau und der Feldbearbeitung sind auch in der Mühle im Rahmen der Mehlbehandlung weniger bzw. andere Mehlbehandlungsmittel zugelassen. Der Bio-Anteil im Supermarkt liegt aktuell bei 20 Prozent.