Werden nach Anwendung aller konservativen Behandlungsmethoden immer noch tiefe Zahnfleischtaschen festgestellt, sollte eine operative Therapie erfolgen. Hiebei wird die Wurzeloberfläche unter Sicht gereinigt und somit von hartnäckigen Keimen befreit. Der Einsatz des Lasers ist auch hier vom enormen Vorteil. Mit der modernen GBR (Guided Bone Regeneration) bzw. GTR (Guided Tissue Regeneration) ist es erstmals möglich, nicht nur die Parodontitis zu stoppen, sondern auch verloren gegangenen Knochen wieder aufzubauen. Die Knochenkrater werden dabei mit Eigenknochen gefüllt und mit einer Membran abgedeckt, unter deren Schutz die fehlende Substanz vollständig aufgebaut werden kann. Durch diese Behandlung können die ästhetischen Nachteile einer Parodontitiserkrankung häufig korrigiert werden. Die Rot-Weiss-Ästhetik, das Verhältnis zwischen Zahn und Zahnfleisch, kann mithilfe von Transplantaten aus Bindegewebe, Schleimhautgewebe oder Knochen wiederhergestellt werden.