Holzbohrer bestehen aus Metall und müssen daher vor möglichem Rostbefall geschützt werden. Nach der Verwendung sollte der Bohrer gereinigt werden, indem er von Holzspänen und Bohrstaub befreit wird. Anschließend sollten Bohrer trocken und kühl aufbewahrt werden, dafür eigenen sich auch Metallboxen.
Für mehr Ordnung eignen sich einzelnen Boxen um Holzbohrersets nicht zu verwechseln und zu verlieren. Manche haben beim Kauf passende Behälter mit dabei, falls nicht, kann man diese auch einfach selber bauen.
Die einfachste Variante ist ein Stück Holz zu nehmen, Löcher mit dem jeweiligen Bohrer zu bohren, diese zu beschriften und den Bohrer in seinem eigenen Bohrloch aufzubewahren.
Bei starker Benutzung kann es nötig sein den Bohrer nach einiger Zeit neu anzuschleifen, dies sollte von einem Fachpersonal gemacht werden.