Die präsynaptischen Endknöpfchen enthalten membranumschlossene Vesikel, in denen die Neurotransmitter eingelagert sind. In jedem Endknöpfchen befinden sich durchschnittlich mehrere hundert synaptische Vesikel. Die Anzahl an Vesikeln kann bei bestimmten Formen von Synapsen noch deutlich höher sein. Zum Beispiel enthalten die Synapsen am Übergang vom Neuron zur Muskelzelle mehrere Tausend Vesikel.