Die Fadendrainage ist mit einem gewissen Stuhlinkontinenzrisiko verbunden. Direkt nach dem Setzen einer Fadendrainage kann die Fistel vorübergehend gereizt sein. Darüber hinaus ist die Fadendrainage einer Fistel mit einem gewissen Risiko der Stuhlinkontinenz verbunden. In der Literatur wird die Häufigkeit von Inkontinenz​ nach einer 'offenen' Fadendrainage von 0 bis 62 % angegeben.