Der Upstream-Ansatz des ETS II besagt, dass Inverkehrbringer bzw. Lieferanten von Kraft- und Brennstoffen für den Straßenverkehr, Haushalte sowie Gewerbe, Handel und Dienstleistungssektor Emissionshandelszertifikate erwerben müssen. Die Ausgestaltung ähnelt der Funktionsweise des deutschen Brennstoffemissionshandelsgesetz (BEHG). Nationale Emissionshandelssysteme wie das BEHG in Deutschland oder die geplante ökosoziale Steuerreform in Österreich sollen schrittweise in das neue ETS überführt werden.
Die potenziellen finanziellen Auswirkungen für den Endkonsument*innen sollen durch den errichteten Klima-Sozialfonds abgefedert werden. Dieser soll diejenigen finanziell unterstützen, die am stärksten von der Reform betroffen sind, also vor allem einkommensschwache Haushalte.