Nebenwirkungen, Überdosierungen oder Vergiftungen für Vitamin B12 aus Lebensmitteln sind unbekannt. Aus einem einfachen Grund: Anstatt nicht benötigte Mengen zu resorbieren, scheidet der Körper überflüssiges Vitamin B12 aus. Nutzer von Vitamin-B12-Präparaten sollten sich an die Einnahmeempfehlungen halten. Diese orientieren sich an der von der Deutschen Gesellschaft für Ernährung (DGE) empfohlenen Tageszufuhr. In seltenen Fällen kann eine ärztliche verordnete Vitamin-B12-Injektion einen allergischen Schock auslösen. Obwohl der Körper nicht zu viel Vitamin B12 aufnehmen kann, ist ein erhöhter Vitamin-B12-Spiegel möglich. Dieser ist mit verschiedenen, meist schwerwiegenden Krankheiten assoziiert. Insbesondere akute und chronische Lebererkrankungen wie Hepatitis, Lebertumore, Nierenerkrankungen, Leukämie und Polyzythaemia vera (krankhafte Vermehrung der roten Blutkörperchen).