IOTA verwendet aktuell noch den sogenannten Coordinator. Viele Leute sagen, IOTA sei durch den Coordinator zentralisiert. Rein technisch kann dieser nicht als zentrale Instanz angesehen werden. Der Coordinator bestätigt zwar die Transaktionen im noch jungen Netzwerk, aber er kann die Konsensregeln nicht brechen. Das ist in jedem Knoten so festgelegt. Der Coordinator kann also keine neuen Token erschaffen oder Bestehende einfach entwenden, da er von jedem anderen Knoten überwacht wird, und somit sein Einflussspektrum über das Netzwerk eingeschränkt ist.
Der Coordinator soll bald abgeschafft werden, so dass das IOTA-Netzwerk als absolut dezentral bezeichnet werden kann.