In freier Natur fressen Kaninchen Gräser, Kräuter und Blätter von Gemüsepflanzen und nehmen Wasser überwiegend in Form von Tautropfen in ihrer dämmerungsaktiven Zeit auf, in der sowohl am Morgen als auch am Abend die Pflanzen jeweils vom Tau angefeuchtet sind. Nicht zum Nahrungsspektrum von Kaninchen in freier Wildbahn gehören hingegen Körner von Weizen, Roggen, Hafer oder Gerste, da diese Körner nur für eine kurze Periode verfügbar und dann in einer Höhe von ca. 1 Meter für die Kaninchen ohnehin gar nicht erreichbar sind. Nur wenn vom Wind verwehte Körner auf den Boden fallen, könnten Kaninchen überhaupt an dieses sehr stärkereiche, aber zellulosearme Futtermittel herankommen – dann allerdings zu einer Jahreszeit, in der dieses energiereiche Futter gar keinen Sinn machen würde, da erst kurz vor dem Winter eine entsprechende Energiereserve erforderlich ist. Ansonsten fressen Kaninchen in freier Natur keine Körner.
Snacks für Kaninchen und Meerschweinchen beinhalten gemäß der Packungsdeklarationen: Zucker, Mehl, Maiskleie, Hartbiskuit, Zuckerrohrmelasse, Bäckerei-nebenerzeugnisse, aufgepoppte Getreidesorten, Saaten, gehackte Nüsse, Honig, pflanzliche Nebenerzeugnisse, tierisches Eiweiß, tierische Nebenerzeugnisse, frische Eier, Milch- und Molkereierzeugnisse, Joghurtpulver …
Weizen- und Haferkörner sind auf den Weltmärkten billige Futtermittel, die ansehnlich bearbeitet und attraktiv verpackt als Futter für Kaninchen und Meerschweinchen angeboten werden. Kaninchen und Meerschweinchen sind mit sehr effizienten Kompensationsmechanismen ausgerüstet, mit denen zellulosehaltige Partikel aus dem Dickdarm retrograd ins Caecum zurücktransportiert werden können. Auf diese Weise kann diese viel zu energiereiche Stärkefütterung zunächst – äußerlich betrachtet – unbeschadet ausgeglichen werden. Die Folgen werden jedoch mit der Zeit offensichtlich und reichen von chronischen Durchfällen, Fliegenbefall in der Sommerzeit, Trommelsucht als Folge von Fehlgärungen bis hin zu massiven Zahnproblemen.
Alle Zähne des Kaninchens und des Meerschweinchens sind wurzeloffene Zähne, d. h. sie wachsen lebenslang, Unterkieferzähne schneller als Oberkieferzähne. Eine regelmäßige Abnutzung der Zähne durch das Vermahlen grobstrukturierter Rohfaser steht physiologischerweise im Gleichgewicht zu einem dauerhaften Zahnwachstum. Wenn dieses Gleichgewicht gestört ist, kommt es zu unzureichender Zahnabnutzung und infolgedessen zu Zahnüberlängen. Eine ausreichende Zahnabnutzung ist nur gewährleistet, wenn eine sehr rohfaserreiche Fütterung geboten wird, die ein intensives Mahlen der Backenzähne notwendig macht, d. h. Heu oder Gras ist Grundfutter und sollte durch abwechslungsreiches Frischfutter (Blätter, Kräuter, Gemüse, Obst) ergänzt werden.
Der Magen des Kaninchens bzw. des Meerschweinchens ist einhöhlig und weist eine sehr dünne Magenwand auf, weshalb eine retrograde Entleerung und somit ein Erbrechen nicht möglich ist. Das einmal aufgenommene Futter muss den Verdauungskanal passieren. Kaninchen und Meerschweinchen fressen häufig und in kleinen Mengen – bis ca. 80 x am Tag. Der Weitertransport des Mageninhalts ist nur durch erneute Futteraufnahme und Nachschub möglich. Bei zu großen Fütterungsabständen können sich die Tiere überfressen. Bei überwiegender Gabe von Pellets besteht beispielsweise die Gefahr, dass im Falle zu großer Fütterungsintervalle die Tiere nach der Pelletaufnahme relativ viel Wasser trinken, so dass der Magen überladen wird. Die Folge kann eine Ruptur der Magenwand mit schweren Folgen sein.
Der Blinddarm ist bei Kaninchen und Meerschweinchen eine relativ große Gärkammer. Die spezielle Bakterienflora (vor allem Laktobazillen) ist in der Lage, Zellulose aufzuspalten, wodurch freie Fettsäuren entstehen, die resorbiert werden können und dem Kaninchen bzw. Meerschweinchen als Energie zur Verfügung stehen. Damit diese physiologische Darmflora funktioniert, bedarf es eines deutlich basischen Darm- pH-Wertes. Bei der Fütterung rohfaserreicher Futtermittel ist dies gewährleistet, bei der Verfütterung von zucker- und stärkereichen Futtermitteln sinkt der pH-Wert von zwischen 8 und 9 auf zwischen 5 und 6 ab. Die Folge ist ein Absterben der physiologischen Darmflora und ein Überwuchern mit unerwünschten Keimen wie E. coli, die normalerweise nur in geringen Keimzahlen den Darm passieren.
Außerdem wird in diesem Darmabschnitt ein sogenannter Blinddarmkot gebildet. Dabei handelt es sich um schleimüberzogene,trauben-bis    wurstförmige, glänzende Gebilde. Dieser spezielle Weichkot, dessen Anteil am Gesamtkot bei über 30 % liegt, passiert die weiteren Abschnitte des Dickdarms weitgehend unverändert, wird von den Tieren direkt vom Enddarm abgenommen und unzerkaut geschluckt, was meist als „Putzbewegung“ zu beobachten ist. Blinddarmkot besteht aus Bakterien, Mukoproteinen und Vitaminen, verweilt bis zu 6 Stunden im Magen und bleibt durch die Schleimhülle lange erhalten.
Auf diese Weise sind diese Tierarten in der Lage, aus zellulosereichen Futtermitteln – die keinerlei sonstige Inhaltstoffe wie Proteine, Fette, Kohlenhydrate oder Vitamine beinhalten müssen – alle für sie essentiellen Nährstoffe selbst zu synthetisieren.
Das Meerschweinchen ist lediglich auf die Zufuhr von Vitamin C angewiesen, welches reichlich vorhanden ist in frischem Obst wie z.B. Erdbeeren, Paprika, Tomaten.