Wir raten von dieser Möglichkeit ab: Die interessierende DNA liegt zu diesem Zeitpunkt in einem Komplex aus der DNA, dem Antigen, dem entsprechenden Antikörper und der pAG-MNase vor. Durch das Kochen dieses Komplexes wird die DNA wahrscheinlich zusammen mit denaturiertem Protein ausgefällt. Dies betrifft auch in erster Linie die kurzen CUT&RUN-Produkte und nicht die größeren DNA-Moleküle, was zu einem geringeren Signal-Rausch-Verhältnis in Ihrer Bibliothek führt und möglicherweise auch die Komplexität der Bibliothek verringert. Dieser Effekt wird durch die niedrigere Schmelztemperatur dieser kurzen Moleküle im Vergleich zu den längeren kontaminierenden DNA-Molekülen noch verschärft.