Wie auch beim normalen Kaffee sind es die dunklen Pigmente, die für eine Verfärbung der Zähne verantwortlich sind. Genauer gesagt sind es das im Lupinenkaffee enthaltenen Tannin mit brauner Färbung (Gerbsäuren), die sich mit der Zeit als brauner Schleier auf den Zähnen ablagern. Doch es gibt mittlerweile wissenschaftliche Untersuchungen das zum Beispiel Milchkaffee die Zähne weniger stark verfärbt, als schwarzer Kaffee. Auch die Zubereitungsart und die Stärke des Kaffees sind hierbei ein wichtiger Faktor. Je stärker und intensiver der Kaffee zubereitet wird, desto stärker sind letztendlich die entstehenden Verfärbungen.