Die gesetzlichen Krankenversicherungen bezahlen die Wurzelbehandlung mit vorgeschriebenen Methoden unter bestimmten Bedingungen. Leider lassen sich mit der Therapie, die der Gesetzgeber vorsieht, weniger gute Ergebnisse erzielen als mit den Möglichkeiten der modernen Medizin. Die Erfolgsquoten bei der kassenfinanzierten Therapie liegen bei relativ niedrigen Werten von 40 bis 50 Prozent. Die gesetzlichen Krankenkassen übernehmen die Kosten für eine Wurzelbehandlung lediglich, wenn der Zahn sich als „erhaltungswürdig“ einstufen lässt. Bei den hinteren Backenzähnen etwa wird eine Wurzelbehandlung nur dann von der Krankenkasse übernommen, wenn sich der Zahn innerhalb einer vollständigen Zahnreihe ohne Lücke befindet. Auch wenn vorhandener Zahnersatz durch die Behandlung erhalten wird, werden die Kosten für eine Wurzelbehandlung erstattet. Sind die Erfolgsaussichten unklar, bezahlen die gesetzlichen Krankenversicherungen die Behandlung nicht. Genauso wenig werden die Kosten bei speziellen Behandlungstechniken getragen. Die mikroskopgestützte Wurzelbehandlung beispielsweise ist mit einem großen Zeitaufwand und höheren Kosten verbunden. Diese werden nicht komplett von den gesetzlichen Krankenversicherungen bezahlt. Zusatzversicherungen und private Krankenversicherungen übernehmen in der Regel diese Kosten. Lehnt die gesetzliche Krankenkasse die Erstattung für eine Wurzelbehandlung ab, besteht allerdings die Möglichkeit, die Therapie privat zu bezahlen.