Bei der Zoely können Nebenwirkungen etwas häufiger als z.B. bei Minipillen auftreten. Dennoch gibt es zahlreiche Frauen, die nach der Einnahme des Präparates keine Symptome feststellen. Falls es zu Beschwerden kommt, handelt es sich dabei oftmals um Stimmungsschwankungen oder Libidoverlust. Ebenfalls auftreten können Kopfschmerzen, eine depressive Verstimmung oder eine leichte Gewichtszunahme. Meistens ist es allerdings so, dass diese Nebenwirkungen bereits nach wenigen Wochen wieder verschwinden, weil sich der Körper dann an das Medikament gewöhnt hat.