Es gibt verschiedene Ursachen für eine Analfissur. Meist besteht ein erhöhter Spannungszustand des Schließmuskels (Sphinkter), dies könnte aber auch die Folge der Fissur sein. Harter Stuhl bei Verstopfung (Obstipation) und starkes Pressen kann eine Fissur verursachen. In der Folge kann sich der Schließmuskel lokal sehr schmerzhaft entzünden. Eine ballaststoffarme Ernährung und starkes Übergewicht gelten u.a. als Risikofaktoren. So entstehende Risse im Analkanal werden in der Medizin als primäre Analfissur bezeichnet.
Im Unterschied dazu tritt eine sekundäre Analfissur als Folge einer anderen Erkrankung auf. Mögliche Ursachen sind Infekte oder entzündliche und immunologische Erkrankungen (z.B.Morbus Crohn). Auch nach einer Operation (postoperativ) oder nach Geburten kann eine Analfissur entstehen.