Während sowohl die Magenspiegelung als auch die Koloskopie endoskopische Verfahren sind, dienen sie zur Untersuchung verschiedener Teile des Verdauungstraktes. Eine Magenspiegelung konzentriert sich auf die Untersuchung der Speiseröhre, des Magens und des oberen Teils des Dünndarms, während eine Koloskopie die Untersuchung des Dickdarms (des Kolons) ermöglicht. Beide Verfahren können zur Diagnose und Behandlung einer Vielzahl von Bedingungen verwendet werden.