Die wichtigsten Unterschiede liegen im Fehlen einiger Eigenschaften. So verzichtet die Apple Watch SE auf die Möglichkeit, den Blutsauerstoff zu messen. Auch der elektrische Herzsensor, mit dem ein EKG erstellt werden kann, fehlt bei der SE. Das Gehäuse ist lediglich aus Aluminium erhältlich. Das Display der Watch SE muss durch eine Handbewegung aktiviert werden. Dafür ist die Apple Watch SE spürbar günstiger.