Whey Protein Isolat enthält hochkonzentrierte Molkenproteine in besonders reiner Form. Fette und Kohlenhydrate (Laktose) sind in diesen Produkten, wenn überhaupt, nur in sehr geringen Mengen vertreten. Es ist die reinste Form der Molkenproteine. Whey Protein Konzentrat ist weniger stark gefiltert als das Isolat. Ein Gramm Konzentrat enthält im Schnitt 15 Prozent weniger Proteine als ein Isolat. Außerdem ist bei Konzentraten der Gehalt an Fetten und Kohlenhydraten höher. Auch bei hochwertigen Whey Protein Konzentraten handelt es sich jedoch um Qualitätsprodukte. Ihr Aminosäuren-Gehalt liegt bei mindestens 60 Prozent, jedoch sind auch deutlich höhere Konzentrationen möglich. Die geringere Protein-Konzentration kann durch eine höhere Dosierung ausgeglichen werden. Im Handel werden außerdem Mischungen aus Whey-Protein-Konzentrat und -Isolat angeboten. Sie besitzen ebenfalls ein ausgezeichnetes Aminosäuren-Profil. Ihr Gehalt an Fetten und Laktose ist geringer als bei Konzentraten.