Durch die Verrottung des organischen Materials sackt das Material im Hochbeet nach ungefähr einem Jahr um 10 bis 20 cm zusammen. In diesem Fall wird die Füllung des Hochbeetes durch eine neue Schicht aufgefüllt. Dazu sollte grober Kompost Verwendung finden. Ist dieser nicht vorhanden kann die Schicht auch mit Gartenerde ersetzt werden. Bei intensiver Nutzung des Hochbeets ist es notwendig, die gesamte Füllung nach fünf Jahren komplett zu erneuern. Die Schichten werden dann komplett neu angelegt.