Die Therapie einer Endokarditis mittels Antibiotika erfolgt über einen längeren Zeitraum von mindestens zwei bis sechs Wochen. Im Falle einer künstlichen Herzklappe ist dieser Zeitraum weitaus länger und beträgt mindestens sechs Wochen. Die Antibiotika werden hierbei nicht in Tablettenform, sondern über die Vene verabreicht. Treten nach diesem Zeitraum keine Komplikationen auf, kann man von einer Heilung ausgehen. Bei Auftreten von Komplikationen kann sich die Dauer der Therapie um einige Wochen verzögern.