Es gibt auch Faktoren, die die Aufnahme von Magnesium beeinträchtigen können. Zum Beispiel hemmen Oxalate (v. a. in Rhabarber, Spinat, Krautstiel), Phosphate (z. B. in Schmelzkäse, Wurstwaren), Phytinsäure (z. B. in Hülsenfrüchten, Vollkornprodukten) und Nahrungsfasern die Aufnahme von Magnesium.
Aber auch ein hoher Alkoholkonsum, eine sehr fett- oder eiweißhaltige Ernährung, ein Mangel an Vitamin B1 und B6, sowie eine Magen-Darm-Krankheit kann Magnesium nicht mehr ohne Probleme von Körper aufgenommen werden oder wird zu schnell wieder ausgeschieden.