Meist heilt das West-Nil-Virus folgenlos ab. Bei etwa 20% der Betroffenen treten grippale Symptome auf, die meisten Betroffenen sind sogar symptomfrei. Selten (bei etwa jedem 100. Infizierten) kommt es zu einer Beteiligung des Zentralnervensystems mit neurologischen Symptomen und möglichen Spätfolgen.