Da beide Krankheiten ähnliche Symptome aufweisen, werden diese oft gleichgesetzt. Besonderes Merkmal beider Krankheitsbilder sind die unklaren Ursachen für die auftretenden Schmerzen.
Im Unterschied zu den somatoformen Schmerzstörungen jedoch beschreibt die Fibromyalgie ein chronisches Schmerzsyndrom, welches sich vorrangig auf Muskeln, Sehnen und Bänder bezieht.