Wie die überwiegende Mehrheit der Analyseverfahren weist auch die PID eine geringe Fehlerquote auf, was zu Fehlalarmen und Negativen führen kann.
Dies hängt vor allem von der Technik der genetischen Analyse ab. So erlaubt beispielsweise die FISH-Technik nur die Analyse von maximal 12 Chromosomen, während mit den neuesten Massensequenzierungstechniken alle Chromosomen analysiert werden können und eine Zuverlässigkeit von 96-98% erreicht wird.
Andererseits ist es auch notwendig, den möglichen Mosaizismus (zwei verschiedene Arten von Zelllinien) zu berücksichtigen, der durch einen sehr frühen Fehler in der Embryonalentwicklung verursacht wird. Heute ist es dank der Biopsie mehrerer Zellen in der Blastozyste möglich, diesen Mosaizismus zu erkennen und die Wahrscheinlichkeit eines PID-Fehlers zu reduzieren.