Der Verwaltungsrat besteht aus neun Mitgliedern. Das Ministerium für Klimaschutz, Landwirtschaft, ländliche Räume und Umwelt (Ministerium) beruft
drei beitragspflichtige Tierhalter als Mitglieder auf Vorschlag der Landräte der Landkreise und Oberbürgermeister der kreisfreien Städte,
drei Mitglieder auf Vorschlag des Bauernverbandes Mecklenburg-Vorpommern e.V. und
drei approbierte Tierärztinnen oder Tierärzte des öffentlichen Veterinärwesens des Landes Mecklenburg-Vorpommern, davon je ein Mitglied aus dem Ministerium, dem Landesamt für Landwirtschaft, Lebensmittelsicherheit und Fischerei und einem Landkreis.
Für jedes Mitglied ist ein stellvertretendes Mitglied zu berufen. Dieses muss die unter Absatz 1 Satz 2 genannten Voraussetzungen erfüllen, wie das jeweils von ihm vertretene Mitglied.
Das Ministerium kann die Mitglieder des Verwaltungsrates vor Ablauf der Amtsperiode abberufen, wenn dafür ein wichtiger Grund vorliegt. Ein wichtiger Grund ist insbesondere dann gegeben, wenn die Mitglieder des Verwaltungsrates die Interessen der Tierseuchenkasse nicht gewissenhaft wahrnehmen und wenn hierdurch ein materieller oder immaterieller Schaden entsteht bzw. entstehen könnte. Vor Abberufung eines Mitglieds ist die Stelle anzuhören, die das Mitglied vorgeschlagen hatte.