Hartplastik- und Silikon-Mousepads sind am einfachsten zu reinigen. Meist genügt es, sie mit einem Lappen, heißem Wasser und Spülmittel abzuwischen. Sind die Vermutzungen dafür zu stark, können die meisten Mousepads auch in die Spülmaschine. Ob das Mousepad in die Spülmaschine darf ist meist der Produktbeschreibung zu entnehmen.
Stoff-Mousepads sind oft stärker verschmutzt und auch schwerer zu reinigen. Hat das Mousepad keine Beleuchtung etc. sollte es in heißem Wasser eingeweicht werden um danach mit Lappen/weicher Bürste und Spül-/Handwaschmittel vorsichtig geputzt zu werden. Teilweise können die Mousepads auch in die Waschmaschine.