Bei MERFISH (Multiplexed Error Robust Fluorescence In Situ Hybridization) werden ebenfalls Antikörper eingesetzt, um ein hyperaktives Tn5-Fusionsprotein zu epigenetischen Markierungen zu führen. Die erzeugten DNA-Fragmente werden jedoch anschließend in RNA umgeschrieben, die dann durch Fluoreszenz nachgewiesen oder sequenziert werden kann.