Bach traf in Köthen von Weimar kommend ein. Der junge Fürst Leopold von Anhalt-Köthen hatte ihn engagiert. Der kunstsinnige Aristokrat spielte selbst im Orchester als Violinist mit und Bach räumte ein, dass er «eine Ahnung von Musik habe». Bach konnte in Köthen sozial Aufsteigen und trug den Titel eines Kapellmeisters und Kammermusikdirektors. Das Orchester umfasste 17 Berufsmusiker. Bachs Auftrag lag schwerpunktmässig in der Kammer- und Orchestermusik. Die sechs Köthener Jahre (1717-1723) waren sehr produktiv, hier schrieb er unter anderem seine Solo Violine Stücke, das Wohltemperierte Klavier und das Notenbüchlein. Seine Brandenburgischen Konzerte hatte er vermutlich schon in Weimar komponiert, verkaufte es aber in seiner Köthener Zeit als Auftragswerk für den brandenburgischen Regenten, den er anlässlich eines Cembalo-Kaufs in Berlin kennengelernt hatte. Privat traf ihn im Jahr 1720 eine Tragödie. Als er nach einer mehrmonatigen Reise nach Hause zurückkehrte musste er erfahren, dass seine Frau Maria Barbara gestorben war. 18 Monate später heiratete er die 16 Jahre jüngere Hofsängerin Anna Magdalena Wilcke, die 13 Kinder gebären wird, von denen sieben bereits im Kindesalter sterben. Für die neu zusammengestellte Familie begannen Bach und seine Frau das ihr gewidmete berühmte «Notenbüchlein der Anna Magdalena Bach» mit Kompositionen Bachs und seiner Kinder zusammenzustellen. 1721 heiratete Leopold und Bach musste erkennen, dass die neue Regentin kein Musikinteresse hat und das Orchester wird aufgelöst. 1723 beschloss Bach eine neue Stelle in Leipzig als Thomaskantor aufzunehmen.