Da bei einer Autoimmunkrankheit eine chronische Entzündung im Körper vorliegt, sind häufig die Entzündungswerte wie das C-reaktive Protein (CRP-Wert) und die Blutsenkungsgeschwindigkeit erhöht. Außerdem finden sich im Blut meist erhöhte Werte von Autoantikörpern, die sich gegen das eigene Gewebe richten.