Ein wichtiger standortabhängiger Faktor ist die Verschattung, welcher in seiner Bedeutung häufig unterschätzt wird. Sind regelmäßig große Schattenwürfe zu erwarten, zum Beispiel durch Bäume, Schornsteine, Antennen oder auch Gebäude in der näheren Nachbarschaft, muss die Anlage sehr genau geplant werden. Da ein Schatten auf einem Teil der PV-Anlage die gesamte Leistung des entsprechenden Strings mindert, kann es durchaus sinnvoll sein, auf bestimmten Bereichen des Daches keine Module zu installieren. Eine andere Möglichkeit ist der Einsatz von Optimierern, die vor jedes verschattete Modul geschaltet werden. Hierfür erhöhen sich jedoch die Investitionskosten, daher ist eine Abwägung der Mehrkosten zum Ertragsnutzen notwendig. Ebenso kann das Überwachsen einer extensiven Dachbegrünung die PV-Module teilverschatten.