Nicht alle Rootkits funktionieren auf dieselbe Weise. Viele Rootkits ändern jedoch Dateien im Kernel Ihres Betriebssystems – einem Programm im Kern Ihres Computers, das die Kontrolle über alle anderen Teile hat –, um deren Vorhandensein vor einer Standard-Systeminspektion zu verbergen. Beispielsweise kann ein Rootkit die Fähigkeit Ihres Computers deaktivieren, Ereignisse zu protokollieren, sodass keine Aufzeichnung des Angriffs mehr vorhanden ist.