Dysbiose ist der Fachbegriff für eine Schieflage im mikrobiellen Ökosystem. In einer gesunden Lunge oder einem gesunden Darm siedeln zahlenmäßig wenige, aber vielfältige Bakterienarten. Bei bestimmten Erkrankungen lassen sich oft deutlich mehr Bakterien nachweisen. Allerdings sind es dann Mikroben einiger weniger Arten, welche sich in dem Organ ausbreiten. Die mikrobielle Dichte nimmt zwar zu, die Vielfalt jedoch ab. Das gilt nicht nur für akute Infektionen, sondern auch für chronische Lungenkrankheiten.