Muttermilch kann sofort nach der Gewinnung verwendet werden. Alternativ kann sie auch für längere Zeit aufbewahrt werden. Wichtig sind eine hygienische Verpackung und eine sicher eingehaltene Kühlkette, um eine Verkeimung zu vermeiden. Aufbewahrung der Muttermilch: Bei Zimmertemperatur (16 °C bis 29 °C) optimal 4 Stunden, maximal bis zu 8 Stunden unter sehr sauberen Bedingungen. Im hinteren, unteren Kühlschrankfach (4 °C) optimal 3 Tage bis zu maximal 8 Tagen unter sehr sauberen Bedingungen. Im Tiefkühlfach (unter -18 °C) optimal 6 Monate, maximal 1 Jahr unter sehr sauberen Bedingungen. Als Gefäße eignen sich BPA-freie Behältnisse, insbesondere Muttermilchbeutel oder Muttermilchbehälter. Erstere lassen sich platzsparend flach im Tiefkühler stapeln. Muttermilchbehälter und Muttermilchbeutel können oft direkt an die Pumpe geschraubt werden, sodass das Umfüllen und damit ein potenzieller Keimeintrag entfallen.