Bereits kleinste Verunreinigungen von Düse, Prüfkanal oder Prüfkolben können zu erheblichen Abweichungen bei der Melt Flow Index Messung führen. Verunreinigungen verändern zum Beispiel die Gleiteigenschaften des Polymers an der Wandung von Prüfkanal und Düse, verringern den Spalt zwischen Prüfkolben und Prüfkanal oder verringern den Querschnitt der Bohrung in der Düse. Sie bestehen zumeist aus Resten des zuvor geprüften Polymers, das sich in die Rauheit der Wandung setzt und dort möglicherweise immer weiter degradiert bis es eine rußartige Schicht bildet. Besonders kritisch ist die Situation wenn verschiedene Polymere nacheinander gemessen werden und dies mit einem Wechsel der Prüftemperatur verbunden ist. Auch Ablagerungen von Reinigungsmitteln können problematisch werden. Deswegen wird der Prüfkanal üblicherweise mit einem ungewachsten sauberen Baumwolllappen gereinigt. In hartnäckigen Fällen kann eine Reinigung mit einer Messingbürste oder auch ein Ausbrennen der kritischen Komponenten erforderlich sein.