Bei der Durchführung einer Wurzelkanalbehandlung wird das entzündete und/oder abgestorbene Gewebe aus dem Zahn entfernt. Es erfolgt sowohl eine mechanische Reinigung mit Hilfe von speziellen Instrumenten als auch eine chemische Desinfektion mittels Spüllösungen und Medikamenten.
Eine vollständige Keimfreiheit lässt sich in der Regel nicht erreichen. Ziel ist es aber, die Keimzahl so weit zu reduzieren, dass diese keine Entzündung mehr verursachen kann.