Auch bei einer Fissurenversiegelung werden Einkerbungen in den Zähnen aufgefüllt. Allerdings ist das Ziel eher, die Zähne zu versiegeln und so vor Karies zu schützen.
Füllungen kommen in der Regel zum Einsatz, wenn Karies bereits da ist und Schaden angerichtet hat. Die Fissurenversiegelung gilt als Profilaxe. Sie wird eingesetzt, bevor Karies entsteht oder wenn der Karies gerade erst anfängt, sich zu entwickeln.