Je nach Härtegrad des Wassers, das man einfüllt, wird es früher oder später vorkommen, dass sich Kalkablagerungen an den Teilen des Trinkbrunnens absetzen. Um diese Flecken wieder los zu werden, darf man keine chemischen Reiniger verwenden, da diese bei Aufnahme in den Körper hochgiftig und ätzend sind.
Von den Herstellern wird eine Lösung aus Essig empfohlen, die man selbst anrührt. Dies sollte ca. im Verhältnis 1:4 geschehen, also 20 % Essig und 80 % Wasser. Damit dann die betroffenen Stellen am Brunnen einreiben und einwirken lassen. Wer eine Zitrone übrig hat, kann auch den Saft dieser auf den verkalkten Stellen am Katzenbrunnen ausdrücken, das wirkt genauso gut.
Anschließend mit heißem Wasser abspülen und dabei ordentlich bürsten. Sind noch nicht alle Flecken verschwunden, diesen Vorgang wiederholen. Da Katzen weder den Geruch von Essig, noch den einer Zitrone mögen, ist es besonders wichtig, die Teile nach dem Entkalken wieder gründlich mit ausreichend heißem Wasser abzuspülen, damit die empfindlichen Nasen davon nichts mehr riechen können, da sie den Trinkbrunnen sonst womöglich meiden werden.