Bei einem reduzierenden oder denaturierenden Western Blot werden die Proteine analysiert, nachdem sie denaturiert und reduziert wurden, um ihre Disulfidbindungen aufzubrechen. Das Ergebnis ist eine Proteinprobe, die sich nicht mehr in ihrem nativen Zustand befindet, sondern den Nachweis einzelner Untereinheiten oder Monomere ermöglicht. Der Elektrophoresepuffer enthält in der Regel SDS, um die denaturierten Proteine gleichmäßig zu beschichten und sie linearisiert zu halten, so dass sie nach ihrem Molekulargewicht getrennt werden. Ein nativer Western Blot wird verwendet, um Proteine in ihrem nativen Zustand zu analysieren, ohne ihre Struktur oder Wechselwirkungen zu stören. Er wird in der Regel unter nicht reduzierenden Bedingungen durchgeführt, was bedeutet, dass die Disulfidbindungen zwischen Cysteinresten nicht reduziert werden. Ihre Struktur und möglicherweise Wechselwirkungen mit anderen Proteinen bleiben intakt und beeinflussen die Migration während der Elektrophorese. Reduzierende Western Blots werden in der Regel zum Nachweis eines bestimmten Proteins oder einer Untereinheit eines Proteinkomplexes verwendet. Native Western Blots werden verwendet, um intakte Proteine oder Protein-Protein-Wechselwirkungen zu analysieren.