Für ein scharfes Bild ist die Qualität der Lichtquelle entscheidend. Wird diese mit Batterien betrieben, ist die Helligkeit oft geringer und auf Dauer kostspielig. Besser sind z.B. LED’s.
Der Mikroskopfuß sollte schwer genug sein, um dem Gerät ausreichend Stabilität zu bieten. Idealerweise ist auch das Stativ robust gearbeitet. Wichtig ist, dass der Hersteller auch Ersatzteile wie Okulare oder Objektive zu moderaten Preisen anbietet.
Außerdem gehören Objektträger, Deckgläser, eine Pinzette sowie eine Rasierklinge zur Ausstattung des wissenschaftlichen Mikroskopierens, müssen aber meist separat erworben werden. Einstiegsgeräte gibt es bereits mit 20-fachen Zoom.
Sie stoßen allerdings schnell an ihre Grenzen und sind für den langfristigen Gebrauch weniger geeignet. Mit 400-facher Vergrößerung lassen sich hingegen schon einzellige Organismen betrachten. Binokularmikroskope sind in der Anschaffung zwar teurer, lohnen sich aber wenn lange Zeit an dem Gerät gearbeitet wird.