Krümel und Rückstände im Brottopf können natürlich irgendwann schimmeln. Daher ist es überaus wichtig, den Brottopf regelmäßig zu reinigen. Entsteht doch einmal Schimmel, ist der gesamte Brottopf mit heißem Wasser und Essig zu reinigen. Diese Mischung bekämpft Bakterien optimal. Auf aggressive Reinigungsmittel ist allerdings zu verzichten, da sie eventuell dem Material schaden könnten.