Eine Analvenenthrombose bildet sich häufig innerhalb weniger Tage oder Wochen selbst zurück. Möglicherweise bildet sich der Thrombus auch spontan zurück, was meist mit einer Blutung am After einhergeht. Selten wird eine Analthrombose operativ entfernt, wonach der Thrombus sofort beseitigt ist. Grundsätzlich entstehen Analthrombosen jedoch in 15 Prozent der Fälle erneut (Rezidivrate).