In den meisten Fällen ist eine Hiatushernie nicht gefährlich. Jedoch sind mitunter auch Komplikationen möglich, etwa durch einen andauernden Säurerückfluss in die Speiseröhre. Dazu zählen Entzündungen der Speiseröhrenschleimhaut oder Geschwüre. Durch Verlagerungen von Organen sind zudem Einklemmungen und Verlagerungen anderer Organe möglich. Sind Herz oder Lunge betroffen oder kommt es zu Blutungen aus dem Magen, liegt ein medizinischer Notfall vor.