Bio Kaffee unterscheidet sich von konventionell angebautem Kaffee besonders durch die Art des Pflanzenschutzes und der verwendeten Düngemittel. Während in der konventionellen Landwirtschaft oft Pestizide zum Einsatz kommen, wird Bio Kaffee mit vorrangig organischen Substanzen gedüngt. Dies kommt besonders der umliegenden Flora und Fauna zugute, da diese durch den Einsatz von Pestiziden stark beeinträchtigt wird. Im ökologischen Landbau können durch verschiedenste Agrartechniken langfristig ähnliche Erträge erzielt werden, nur ohne die Zuhilfenahme von chemischen Dünge- und Spritzmitteln. Dadurch bleibt die Biodiversität erhalten die Böden gesünder und die Erntehelfer sind keinen gesundheitsschädlichen Stoffen ausgesetzt.