Innerhalb des Nationalparks leben 33 verschiedene Haiarten, fast 150 Vogelarten sowie verschiedenste Reptilien, Fische und Landsäugetiere. Auch viele endemische Arten sind in Coiba zuhause. Das bedeutet, sie sind nur hier und nirgendwo sonst auf der Erde zu finden. Ein Beispiel ist der Coiba-Brüllaffe, der starken Einfluss auf die Geräuschkulisse der Insel nimmt.