Während die therapeutischen Vorteile von Ciloxan enorm und unbestreitbar sind, werden wir im Bereich der Pharmazeutika unweigerlich mit der Vorstellung möglicher unerwünschter Ergebnisse vertraut gemacht. Zu den gemeldeten Nebenwirkungen gehören unter anderem leichte Augenreizungen, vorübergehende oberflächliche Keratitis punctata und das äußerst seltene Auftreten schwerwiegenderer allergischer Reaktionen.