Die Quantifizierung von Proteinen mittels Western Blot ist semi-quantitativ. Aufgrund seiner oberen und unteren Nachweisgrenze ist der Western Blot in erster Linie eine qualitative Methode. Die Proteinmenge kann beim Western Blot durch Messung der Intensität des Proteinsignals auf der Membran mittels Densitometrie geschätzt werden. Dazu wird ein spezielles Gerät wie ein Scanner oder ein Bildgebungssystem verwendet, um die Signalintensität der Proteinbanden auf der Membran zu erfassen, in der Regel als digitales Bild. Das Bild kann dann mit einer Software analysiert werden, die die Signalintensität jeder Bande misst, und dieser Wert kann mit einer Standardkurve oder Kontrollprobe verglichen werden, um die Proteinmenge zu quantifizieren. Alternativ dazu verwenden einige Western-Blotting-Systeme eine vorgefärbte Molekulargewichtsleiter oder ein Referenzprotein in der Probe als interne Kontrolle, um die Proteinmenge anhand ihrer relativen Intensität im Vergleich zur Kontrolle zu schätzen.