Mindestens einmal jährlich werden alle Produzent:innen, Bio-Verarbeiter:innen und Händler:innen von Bio-Produkten auf die Einhaltung der Vorschriften vor Ort kontrolliert. Die Zertifizierungsstelle muss bei mindestens 10 Prozent der Betriebe eine Zusatzkontrolle machen. Mindestens 10 Prozent aller Kontrollen müssen unangekündigt sein. Die Zertifizierungsstelle nimmt zudem bei 5 Prozent der Unternehmen Rückstandsproben und lässt diese untersuchen.