Der Betrieb des Ozongenerators hängt eng mit der Zirkulationspumpe und den Filterzyklen zusammen. Wenn diese läuft, produziert auch der Ozongenerator Ozon.
Die Filterzyklen und Reinigungsdauer orientiert sich daran, wie oft man den Whirlpool benutzt, zusätzlich zu der Anzahl der Personen, die sich im Whirlpool aufhalten. Günstig ist es, die Zirkulationspumpe etwa vier bis sechs Stunden pro Tag laufen zu lassen, um das Wasser effektiv zu reinigen.
Am besten auf zwei Filterzyklen, morgens und abends, verteilt. Wenn der Whirlpool dagegen häufig mit einer großen Anzahl von Badenden benutzt wird, sollte die Reinigungsdauer hochgesetzt werden.