GPG hat den Vorteil, dass es kostenlos und Open-Source ist, was die Überprüfbarkeit der Technologie erleichtert. Außerdem kann GPG plattformübergreifend eingesetzt werden. Ein Nachteil ist jedoch, dass es von vielen E-Mail-Programmen nicht nativ unterstützt wird und die Verwendung von Drittanbieter-Plugins erfordert. S/MIME hingegen wird von vielen E-Mail-Programmen nativ unterstützt, ist aber in der Regel kostenpflichtig und proprietär.