Eine MPU gliedert sich in mehrere Abschnitte. Insgesamt dauert sie ca. 3 bis 4 Stunden.
Es findet eine medizinische Untersuchung statt, bei der es im Fall von Alkohol oder Drogen am Steuer um die Abstinenz geht, die mit Leberwerten bzw. Urin- oder Haarproben nachgewiesen wird. Zusätzlich sollte man bereits im Vorfeld einer MPU Abstinenznachweise erbringen.
Daneben sind mehrere Leistungstests zu absolvieren, bei dem die Wahrnehmungs-, Konzentrations- und Reaktionsfähigkeit überprüft werden. Anders als der umgangssprachliche Begriff „Idiotentest“ vermuten lässt, handelt es sich aber nicht um einen Intelligenztest.
Schließlich gibt es noch ein Gespräch mit einem Psychologen von mindestens einer Stunde, das von nicht ausreichend vorbereiteten Betroffenen leider oft unterschätzt wird und häufig die Ursache des Scheiterns bei der ersten MPU darstellt.
Die hier gestellten Fragen sind nicht zu unterschätzen. Sie betreffen vor allem den Umgang mit den Verstößen (z. B. das Trinkverhalten) und die Änderung der Einstellung des Betroffenen dazu. Der Gutachter muss den Eindruck gewinnen, dass der Betroffene ein Problembewusstsein für sein Fehlverhalten in der Vergangenheit entwickelt hat. Der Psychologe erstellt das MPU-Gutachten. Das Gespräch mit ihm ist deshalb das Kernstück der MPU.
Eine optimale Vorbereitung auf die MPU ist wichtig, die möglichst früh einsetzen sollte. Es gibt zahlreiche Angebote von MPU-Vorbereitungskursen, von denen aber leider eine ganze Reihe nicht zu empfehlen ist, weil sie unseriös sind. Hier sollte Zeit in die Auswahl der richtigen Vorbereitung gesteckt werden, zumal die Kosten durchaus über 1.000 Euro betragen können – wohlgemerkt zusätzlich zu den Kosten der eigentlichen MPU.
Für die MPU selbst gibt es bundeseinheitliche Gebühren, die allerdings je nach der durch die Fahrerlaubnisbehörde formulierten Begutachtungsfrage (Alkohol, zu viele Punkte in Flensburg usw.) zwischen 350 und 750 Euro schwanken. Es ist durchschnittlich mit rund 500 Euro zu rechnen, sofern keine umfangreichen zusätzlichen Tests wie etwa ein Drogenscreening durchgeführt werden müssen.