Bislang konnten Mediziner leider nicht klären, warum manche Menschen an Morbus Crohn erkranken und andere wiederum nicht. Es ist aber bekannt, dass die Entstehung der Krankheit durch Faktoren wie das Immunsystem, Umwelt, Genetik und die Darmflora beeinflusst werden. Zudem haben Raucher ein höheres Risiko an Morbus Crohn zu erkranken.