Es wird nicht empfohlen, den master Startdatensatz auf Computern zu ändern, deren Betriebssystemlaufwerke aus verschiedenen Gründen aus Sicherheits-, Zuverlässigkeits- und Produktsupportgründen durch BitLocker geschützt sind. Änderungen am master Startdatensatz (MBR) können die Sicherheitsumgebung ändern und verhindern, dass der Computer normal gestartet wird, und die Wiederherstellung nach einem beschädigten MBR erschweren. Änderungen, die am MBR von einem anderen Programm als Windows vorgenommen wurden, können dazu führen, dass der Computer in den Wiederherstellungsmodus wechselt oder verhindern, dass er vollständig gestartet wird.