Da die Erkrankung in einigen Familien gehäuft vorkommt, vermutet man, dass es für den Hashimoto eine gewisse erbliche Veranlagung gibt. Außerdem tritt die Erkrankung häufig während (oder unmittelbar nach) hormonellen Umstellungsphasen (z.B. in der Pubertät, während der Schwangerschaft oder in den Wechseljahren) und in akuten Belastungssituationen auf. Außerdem scheint auch eine zu hohe Jodzufuhr (Jodexzesse) die Schilddrüsenentzündung auslösen zu können.