Die Entzündung wird durch das eigene Immunsystem verursacht. Ähnlich wie bei anderen Autoimmunerkrankungen greifen die Abwehrzellen "versehentlich" körpereigenes Gewebe, in diesem Fall Schilddrüsengewebe an und zerstören es. Der Hashimoto wird deshalb auch als "Autoimmunthyreoiditis" bezeichnet. Wieso der Körper sich auf diese Weise selbst angreift und schädigt, ist nach wie vor nicht geklärt.