Wie andere Sauropoden, insbesondere sein Cousin Brontosaurus, wäre auch der Brachiosaurus groß genug gewesen, um die meisten Raubtiere abzuwehren: Selbst die größten Fleischfresser der damaligen Zeit, wie der Allosaurus, waren kaum halb so groß wie er. Sollte der Brachiosaurus auf Bedrohungen stoßen, wäre seine primäre Verteidigungswaffe sein langer Schwanz, den er ähnlich wie der Brontosaurus wie eine Peitsche eingesetzt hätte. Allerdings war sein Schwanz im Vergleich zu anderen Sauropoden kürzer und hatte eine geringere Reichweite.