Mit SAP Material Management ist auch die Verwaltung des Lagers möglich. Das Buchen von Warenein- und -ausgängen sowie das Kennzeichnen von verplanter Ware gibt einen Echtzeitüberblick über den Warenbestand. Die Umlagerung von Materialien wird vom System ebenfalls erfasst. SAP MM unterstützt eine statische Lagerhaltung, sodass keine lagerplatzgenaue Bestandsführung möglich ist. Das Bestandsführungsmodul eignet sich daher nur für Güter mit niedriger Schwankung des mittleren Lagerbestands. Für eine lagerplatzgenaue Bestandsführung wird das Modul SAP Warehouse Management (SAP WM) beziehungsweise dessen Nachfolger SAP Extended Warehouse Management (EWM) verwendet.