Eine strukturierte Rechnung weist ein maschinenlesbares Format auf und kann somit automatisch von Rechnungssystemen verarbeitet werden. Als strukturierte Formate gelten zum Beispiel XML, UBL, iDoc und EDIFACT. Die Systemkernelemente der strukturierten E-Rechnung müssen mit den jeweils geltenden gesetzlichen Richtlinien verschiedener Länder entsprechen. Nur so kann eine Interoperabilität auch über Ländergrenzen hinweg geschaffen werden.
Eine unstrukturierte Rechnung bzw. nicht-strukturierte Rechnung ist zum Beispiel eine Rechnung in Papierform, via E-Mail oder als PDF-, DOC- oder JPG-Datei. Eine Rechnung in dieser Form kann lediglich vom Menschen gelesen werden und die Rechnungsdaten müssen zunächst in das Rechnungssystem eingepflegt werden.