Soja hat einige Nachteile. Soja ist ein häufiges Allergen und kann bei Menschen mit Soja-Allergie zu gesundheitlichen Problemen führen. Soja enthält auch Phytoöstrogene, die hormonelle Veränderungen im Körper verursachen können. Phytoöstrogene können bei Frauen Brustkrebs, Gebärmutterhalskrebs und andere weibliche Krebsarten fördern. Soja ist auch eine häufige Kontaminante von Schadstoffen wie Schwermetallen und Pestiziden.