Ein großer Teil des EU-Haushalts fließt in Landwirtschaftsausgaben. „Kernziele der GAP [Gemeinsame Agrarpolitik] sind eine marktorientierte Förderung der Landwirtschaft sowie eine innovative und wachstumsorientierte Politik zur ländlichen Entwicklung unter Berücksichtigung der Ziele des Umwelt-, Ressourcen- und Klimaschutzes. Die Förderung erfolgt aus zwei EU-Agrarfonds, dem Europäischen Garantiefonds für Landwirtschaft (EGFL, auch als 1. Säule der GAP bezeichnet) und dem Europäischen Landwirtschaftsfonds für die Entwicklung des ländlichen Raums (ELER, auch als 2. Säule der GAP bezeichnet).“ https://www.agrar-fischerei-zahlungen.de/agrar_foerderung.html Die These, dass die Europäische Union mit diesen Förderungen hauptsächlich die Bio-Landwirtschaft fördern soll, stammt offenkundig aus umweltpolitischen Überlegungen. Während konventioneller Landwirtschaft immer wieder vorgeworfen wird, sie schade dem Boden, der Artenvielfalt und dem Tierwohl, wird von Bio-Landwirtschaft erwartet, dass sie eben diese Schäden auf ein Minimum reduziert. Es gibt sowohl für Zustimmung als auch für die Ablehnung einer vorrangigen Förderung von Bio-Landwirtschaft Argumente:   Pro: Es wäre ein Ansporn für Landwirte auf Bio-Produktion umzusteigen. Umwelt- und Tierfreundliche Landwirtschaft würde belohnt und der Umweltschutz dadurch gefördert. Bio-Produkte würden durch eine vorrangige Förderung günstiger, was mehr Menschen den Zugang zu ihnen ermöglicht. Contra: Kleine konventionelle Landwirtschaftsbetriebe können sich die Umstellung auf Bio-Betrieb oft nicht leisten und könnten dadurch benachteiligt bzw. in ihrer Existenz bedroht werden. Es wird immer wieder Kritik geäußert, dass die Lebensmittelversorgung durch reine Bio-Landwirtschaft nicht zu gewährleisten ist. Stimmt das, stellt sich die Frage wie sinnvoll eine vorrangige Bio-Förderung ist. Für „Bio“ gelten relativ strenge Auflagen, die nicht in allen Punkten den technischen und wissenschaftlichen Fortschritt berücksichtigen. Z.B. ist Gentechnik für die Erzeugung widerstandsfähigerer Pflanzen bei Bioprodukten generell verboten.