Sobald der Dünger im Bokashi Eimer fertig ist und Anwender diesen aufgebraucht haben, wollen sie den Behälter in der Regel erneut zum Einsatz bringen. Für diese Zwecke waschen sie diesen am besten mit etwas heißem Wasser und, nach Bedarf, unter der Zugabe von etwas Essig aus. Wichtig ist, dass Anwender auch darauf achte, wirklich alle Rückstände vollständig aus dem Inneren des Eimers zu entfernen, um zu verhindern, dass sich unter der Zugabe neuer Essensreste Schimmel bildet. Zu der Reinigung des Bokashi Eimers gehört dabei auch die Reinigung der einzelnen Zubehörteile. Vor dem erneuten Einsatz lassen Menschen den Eimer und auch die anderen Utensilien aber erst gründlich an der Luft trocknen.