Hantaviren kommen nicht überall gleich häufig vor, sondern sind in räumlich abgegrenzten Gebieten, sogenannten Endemiegebieten, verbreitet. Dazu zählen unter anderem der Bayerische Wald, die Fränkische Alb, Oberschwaben, Unterfranken, Spessart, Schwäbische Alb, Münsterland und Raum Osnabrück.