Unternehmen und Organisationen, die gegen die Richtlinie verstoßen, haben mit Sanktionen in Form von empfindlichen Strafzahlungen zu rechnen. Die Höhe der Strafzahlungen ist noch nicht bekannt, da eine Umsetzung in Deutschland noch nicht abgeschlossen ist. Denkbare Verstöße sind die Missachtung der Pflicht zur Implementierung des Hinweisgebersystems, die Behinderung von Meldungen an eine zuständige Stelle, die Nicht-Einhaltung der Vertraulichkeit betreffender Personen oder deren Einschüchterung sowie das Überschreiten von Fristen bei der Verarbeitung von eingegangenen Meldungen.