Aufzeichnungen über das Phänomen gibt es seit der ersten Hälfte des 18. Jahrhunderts. Der Name El Niño ist spätestens seit 1892 überliefert. Im Nachhinein haben Wissenschaftler bekannte historische Ereignisse, die teilweise noch weiter zurückliegen, als Hinweise auf El-Niño-Ereignisse interpretiert. So gibt es die Vermutung, dass eine Reihe von starken El Niños zum Untergang der altamerikanischen Moche-Kultur im 7. Jahrhundert geführt hat. Auch die Missernten in Europa zwischen 1789 und 1793, die manchmal als Mitursache für den Erfolg der Französischen Revolution genannt werden, könnten mit einem El Niño zusammenhängen.