Das Online-Geschäftskonto von N26 bietet umfassende Sicherheit durch mehrere Maßnahmen. Das Feature 3D Secure der Mastercard schützt vor Betrug bei Online-Einkäufen. N26 nutzt außerdem die Zwei-Faktor-Authentifizierung, wodurch der Login und auch getätigte Transaktionen extra abgesichert sind. Beim Login kann man sich entweder mit Nutzername und Passwort oder per Fingerabdruck/Gesichtserkennung einloggen. Die Rechtmäßigkeit jeder Transaktion muss außerdem noch einmal mithilfe einer Bestätigungs-PIN über die App bestätigt werden. Außerdem unterliegt die Bank der Europäischen Richtlinie zur gesetzlichen Einlagensicherung, sodass die Einlagen bei der Bank bis zu 100.000 Euro abgesichert sind.