Um den Käfig zu putzen, solltest Du Deine Mäuse samt ihrem Nest aus dem Käfig nehmen. Dann kannst Du mit dem Putzen beginnen. Falls Du einen großen Käfig besitzt, ist es sinnvoll immer nur einen Teil des Käfigs zu putzen, da die Mäuse überall kleine Duftspuren hinterlassen und sich an diesen orientieren. Auch Reviermarkierungen werden durch den Urin gesetzt und werden diese vollständig entfernt, kann es unter Deinen Mäusen zu Stress und erneuten Revierkämpfen kommen.
Der komplette Käfig sollte in etwa alle vier Wochen gereinigt werden, Wasser- und Futterschale jeden Tag. Diese müssen sowieso jeden Tag frisch befüllt werden, ein kurzes Säubern sollte also kein Problem darstellen. Beim Reinigen solltest Du auf chemische Reiniger verzichten und zu Essig-, Seifen oder Zitronenwasser greifen. Wenn Der Käfig sauber ist, wird er neu eingestreut und genauso eingeräumt, wie er vor der Reinigung war. Dies erleichtert Deinen Mäusen die Orientierung im sauberen, nun anders riechenden Heim. Außerdem hilft es dabei, dass sich dein Mäuse schnell wieder beruhigen.
Bist Du fertig mit dem Säubern und Platzieren des Zubehörs, kannst Du die Mäuse mit ihren Nestern wieder in den Käfig setzen. Die Nester sollten sich ebenfalls wieder an der Stelle befinden, an der Du sie entnommen hast.
Möchten Sie neue Käfigeinrichtungsgegenstände anbieten, dann sollten Sie das in der Zeit zwischen den Reinigungen machen um die Tiere nicht zu überfordern. Verteilen Sie frisches Futter und Nistmaterial im Käfig und lassen Sie dann die Tiere wieder zurück. Die Mäuse werden sehr aufgeregt ihre Wohnung inspizieren, es werden neue Duftspuren gesetzt und es wird eine Weile dauern, bis sie sich von diesem Stress erholt haben. Zu häufiges Reinigen sorgt sogar für vermehrten Geruch, da die Mäuse immer wieder neue Duftmarken legen müssen.