Das FSJ hat einige Nachteile. Zum einen ist es nur für ein Jahr, was bedeutet, dass man sich nach dem Abschluss des FSJ neu orientieren und umorientieren muss. Zum anderen zahlt man während des FSJ kein Gehalt, sondern erhält nur eine Aufwandsentschädigung, die oft nicht ausreicht, um die Kosten des Lebensunterhalts zu decken.