Clover wurde für Restaurants entwickelt, Shopify für Einzelhandelsunternehmen. Deshalb beinhaltet Clover viele Funktionen nicht, die Einzelhandelsgeschäfte benötigen – etwa unbegrenzte SKUs, vollständige Synchronisierung von Online- und Offline-Inventar, lokale Abholung und Zustellung. Shopify wurde für den Einzelhandel konzipiert und bietet die Funktionen, die Einzelhandelsgeschäfte online wie offline benötigen.