Bei Cayennepfeffer handelt es sich nicht um Pfeffer, sondern um die Chilisorte Cayenne. Die Cayenne Chilischote wird pur zu Pulver gemahlen. Hier werden also keine anderen Gewürze zugemischt und stellt damit auch den größten Unterschied dar. Chili Flocken dagegen sind sortenreine, geschrotete Chilischoten. Häufig noch mit ihren Kernen. Dadurch unterscheiden sie sich wenig zu frisch gemahlenen Chilischoten aus der heimischen Mühle. Im Vergleich zu Chilipulver entfalten Flocken häufig ihre Schärfe erst nach und nach.