Antikörper sind Eiweißmoleküle, die dem Körper eigentlich helfen sollen, sich gegen unerwünschte Eindringlinge (z. B. Bakterien, Viren) zur Wehr zu setzen. Schilddrüsenantikörper sind fälschlicherweise produzierte Antikörper gegen bestimmte Strukturen der eigenen Schilddrüse. Das führt dann häufig zu einer Autoimmunerkrankung der Schilddrüse. An der Schilddrüse sind die häufigsten Vertreter der M. Basedow und die Hashimoto-Thyreoiditis. Die verschiedenen Antikörper kann man im Blut genau bestimmen. Für den M. Basedow ist vor allem der Thyroidea-Rezeptor-Antikörper (TRAK), für die Hashimoto-Thyreoiditis der Thyreoperoxidase-Antikörper (TPO-AK) typisch. Es gibt aber auch Überschneidungen und Mischformen, und es gibt Menschen, die nur Schilddrüsenantikörper im Blut, aber keine Schilddrüsenerkrankung haben.