Die künstlich erzeugten E-Fuels sind bislang noch deutlich teurer als vergleichbaren Treibstoffe aus fossilen Rohstoffen. So werden die Herstellungskosten auf etwa 4,50 Euro pro Liter geschätzt. Durch die Optimierung der Prozesse und eine Produktion in großem Umfang könnten sich die Kosten aber deutlich senken lassen.