Ein Matratzen-Topper sollte regelmäßig gereinigt und gelüftet werden. Wie oft das nötig ist, hängt vor allem davon ab, wie stark im Schlaf geschwitzt wird. Die meisten Matratzen-Topper haben einen Bezug, der sich mithilfe eines Reißverschlusses abnehmen lässt. Käufer sollten vor dem Kauf darauf achten, dass sich der Bezug möglichst heiß waschen lässt. Die meisten Topper-Bezüge dürfen bei 60 Grad Celsius in die Waschmaschine, manche nur bei 40 Grad.
Während der Bezug in der Waschmaschine ist, sollte der Kern des Toppers an der frischen Luft – am besten in der Sonne – trocknen. Besteht keine Möglichkeit, den Topper-Kern im Garten oder auf dem Balkon zu lüften, kann er zum Trocknen auch in der Nähe der Heizung platziert werden.
Besonders empfehlenswert ist es, den Topper im Winter im Freien zu lüften, denn bei Minusgraden sterben Milben ab und so wird einem Milbenbefall vorgebeugt. Überdies lässt sich der Topper-Kern in der Regel mit einem Dampfreiniger behandeln. Danach benötigt der Kern eine längere Trockenzeit.