Cyproheptadin dient zur Behandlung von Niesen, Schnupfen, Juckreiz, roten oder wässrigen Augen und anderen Symptomen von saisonalen Allergien (Heuschnupfen). Cyproheptadin wird auch zur Behandlung anderer Erkrankungen wie Ekzeme oder Hautreaktionen bei Insektenstichen angewendet.