Gegen die Verwendung von hereditary stratigraphy könnten verschiedene Gegenargumente vorgebracht werden, insbesondere in Bezug auf die Genauigkeit und Präzision der Ergebnisse. Da hereditary stratigraphy auf einem dezentralisierten Ansatz basiert und auf speziellen Genomannotationen beruht, könnte die Methode anfällig für Fehler und Ungenauigkeiten sein. Die Verwendung von zufälligen Datenpaketen und die Abhängigkeit von Stichproben könnten zu Verzerrungen in den phylogenetischen Beziehungen führen und die Genauigkeit der Rekonstruktion beeinträchtigen.
Ein weiteres Gegenargument könnte die Komplexität und den zusätzlichen Aufwand bei der Implementierung von hereditary stratigraphy sein. Im Vergleich zu traditionellen Phylogenie-Tracking-Algorithmen, die auf direkter Linienverfolgung basieren, erfordert hereditary stratigraphy möglicherweise mehr Ressourcen und Fachwissen, um effektiv angewendet zu werden. Die Einführung neuer Konzepte wie "diﬀerentia" und "stratum retention policy" könnte die Implementierung und Interpretation der Ergebnisse erschweren.