Die Behandlung erfolgt ausschließlich durch chirurgische Entfernung der Zyste, ist jedoch nicht zwangsläufig bei jedem Atherom notwendig. Durchgeführt wird er nur, wenn es zu wiederholten Entzündungen kommt oder die Entfernung aus kosmetischen Gründen gewünscht wird. Nach der Entfernung besteht immer ein gewisses Risiko, dass sich das Atherom nachbildet. Der Eingriff wird ambulant und in Lokalanästhesie durchgeführt, ein stationärer Aufenthalt oder längerer Krankenstand ist in der Regel nicht notwendig.