Behandelt wird eine durch Hashimoto verursachte Schilddrüsenunterfunktion durch einen synthetischen Ersatz des Schilddrüsenhormons T4, das den Schilddrüsenhormonhaushalt wieder ins Gleichgewicht bringen kann. Ein Heilmittel gibt es bislang nicht, durch eine lebenslange Hormonersatztherapie können durch Hashimoto verursachte körperliche Symptome aber dauerhaft reduziert und kontrolliert werden.