Motorenhersteller fordern für den Betrieb ihrer Netzersatzanlagen in der Regel die Verwendung Dieselkraftstoff nach DIN EN 590, dem heute marktüblich zur Erfüllung des Biokraftstoffquotengesetzes bis zu 7 % Biodiesel zugemischt werden. Diese Kraftstoffqualität ist mit ihren besonderen Eigenschaften auf den Verkehrsbereich und eine Verwendung innerhalb von 90 Tagen ausgelegt, nicht aber für die Langzeitlagerung. Bei längerer Lagerdauer von Dieselvorräten steigt im Fall biogener Beimischungen das Risiko brennstoffbedingter Störungen der Netzersatzanlage aufgrund von Degradation und mikrobiologischem Befall.
Alternativ dazu ist auch die Verwendung von schwefelarmem Heizöl nach DIN 51603-1 möglich. Es hat die gleichen physikalisch-chemischen Eigenschaften wie Diesel, enthält aber keinen Biodieselanteil. Da es sich bei Netzersatzanlagen um stationäre Motoren handelt, ist der Einsatz von Heizöl gesetzlich erlaubt. Ein weiterer Vorteil des Einsatzes von Heizöl sind die geringeren Kosten durch die niedrigere Energiesteuer in Höhe von 6,14 Cent pro Kilogramm im Gegensatz zu 47,04 Cent je Liter bei Dieselkraftstoff. Vor der Entscheidung für Heizöl ist unbedingt zu prüfen, ob vom Hersteller des Anlagenmotors eine Freigabe für die Verwendung vorliegt.