Wie jede Droge birgt auch 5-MeO-DMT die Gefahr von Nebenwirkungen. Insbesondere die enorme Intensität und Dosierung kann zu Panikschüben und paranoider Angst führen. Psychedelische Stoffe schränken das Reaktionsvermögen erheblich ein, bis hin zu starker Orientierungslosigkeit oder gar zu Bewusstlosigkeit.
Vom „Ablecken“ der Kröten wird dringend abgeraten, weil dadurch noch andere Giftstoffe in den Körper gelangen und extreme Nebenwirkungen auftreten können.
In körperlicher Hinsicht führt der Konsum zu Übelkeit und Brechanfällen. Durch die starken Wirkstoffe kann es neben Muskelzuckungen und Krämpfen auch zu Bluthochdruck und Herzrhythmusstörungen kommen.
Besonders nachhaltig kann 5-MeO-DMT jedoch die psychische Verfasstheit angreifen. Übliche Folge eines Missbrauchs sind neben den Angstzuständen auch Schlafstörungen, seelische Belastungen durch das im Rausch gesehene bzw. erlebte (posttraumatischer Stress) sowie Depressionen. Aufgrund der sehr fordernden Wirkungen macht die Substanz nicht abhängig.