Die größten Herausforderungen beim Support von Mainframe-Anwendungen sind die Kompatibilität mit neuerer Software oder Betriebssystemen, die Integration mit modernen Anwendungen und der Mangel an qualifiziertem Personal, das sich mit Legacy-Systemen auskennt. Eine weitere Herausforderung ist die Einhaltung von Sicherheitsstandards und -vorschriften dar.