Schimmel kann nur entstehen, wenn unsauber gearbeitet wird. Denn wenn fremde Substanzen in den Behälter gelangen, können sich Schimmelpilze bilden. (Vergleichbar mit dem Buttermesser, welches in die Marmelade getaucht wird. Auch hier kann anschließend Schimmel wachsen.)
Es ist nicht ausreichend geklärt, ob sich Schimmel negativ auf die Pflanzen auswirkt. Daher wird allgemein von einer Düngung abgeraten. Auf dem Kompost kann die Jauche entsorgt werden, da sie dort keinen Schaden anrichten kann.