Es wird vermutet, dass ein unausge­glichener Steroid­hormon­haushalt bei der Entstehung von Autoimmun­erkrankungen wie rheumatoider Arthritis (RA), systemischem Lupus erythematodes (SLE) oder Multipler Sklerose (MS) mitbeteiligt ist. Beispielsweise sind die Progesteron- und die DHEA-Spiegel bei RA- und SLE-Patienten häufig signifikant niedriger als bei Patienten, die nicht an diesen Krankheiten leiden. Es wird vermutet, dass verschiedene Progesteron- und Androgen-Moleküle die Überreaktion des Immun­systems bei RA und SLE verringern. Daher ist die Gabe von Pregnenolon als Vorstufe für die (fehlenden) Steroid­hormone naheliegend. Im Rahmen von tier­experimentellen MS-Studien führte die Zufuhr von Progesteron zu weniger Verletzungen des Zentralen Nerven­systems und zur Reparatur beschädigter Nerven­scheiden. Seit Ende der 80er-Jahre wurde das antientzündlich wirkende Pregnenolon immer häufiger durch das künstliche Cortison ersetzt.
Leider ist die Langzeittherapie mit Cortison­präparaten – im Gegensatz zum natürlichen Pregnenolon – mit erheblichen Neben­wirkungen verbunden. Pregnenolon ist zwar viel besser verträglich als Cortison, aber nicht patentierbar und somit von geringem wirtschaftlichem Interesse für große Pharmaunternehmen.