Einige mögliche Herausforderungen bei der Verwendung von E-Mail-Zertifikaten können darin bestehen, dass der Empfänger das Zertifikat des Absenders nicht erkennt oder nicht in der Lage ist, es zu verifizieren. Ein weiteres Problem ist, dass die Verwendung von E-Mail-Zertifikaten nicht immer standardisiert ist und es möglicherweise nicht einfach ist, Zertifikate von verschiedenen Anbietern miteinander zu vergleichen oder zu kombinieren. Schließlich kann auch der Prozess der Erstellung und Verwaltung von E-Mail-Zertifikaten für einige Nutzer kompliziert sein, was zu einer geringeren Akzeptanz und Verwendung führen kann.