Matratzenschoner und -auflagen haben ähnliche Funktionen, aber können sich auch gut gegenseitig ergänzen und in Kombination verwendet werden. Einige Matratzenauflagen besitzen aber bereits die Eigenschaften, die ein Matratzenschoner mit sich bringen kann. Während ein Matratzenschoner hauptsächlich zum Schutz der darunterliegenden Matratze anzusehen ist, und zum Beispiel wasserdicht oder saugfähig ist, bietet die Matratzenauflage oft die Eigenschaft zu kühlen/wärmen oder die Härte/Weiche auszugleichen.