In der Regel hält die Fissurenversiegelung 10 Jahre. Sie vorzeitig zu entfernen, macht eigentlich keinen Sinn. In sehr seltenen Fällen kann das Versiegelungsmaterial eine allergische Reaktion hervorrufen oder, wenn unsauber gearbeitet wurde, Karies unter der Versiegelung entstehen.
In diesen Fällen muss die Versiegelung entfernt werden. Dafür muss ein Bohrer verwendet werden, der nicht nur die Versiegelung, sondern auch den darunterliegenden Zahnschmelz angreift. Auch wenn der Zahnschmelz lediglich leicht angegriffen und im Normalfall nicht ernsthaft beschädigt wird, sollten Versiegelungen nur im Notfall wieder entfernt werden.