Für E2EE wird im Internet normalerweise TLS/SSL eingesetzt. Dieses Verschlüsselungstechnik funktioniert aber nur, wenn sie auch der Webserver unterstützt. SSL ermöglicht eine sichere Datenübertragung, verbirgt den Standort des Nutzers jedoch nicht. Zudem ist trotz SSL eine Metadatenspeicherung durch den Provider möglich, da nur der Inhalt der Datenpakete verschlüsselt wird, aber nicht ihr Ziel.
Sobald eine Website aufgerufen wird, wandern die Daten auch mit VPN auf der Strecke zwischen VPN-Server und dem Webserver der angefragten Seite über das offene Internet. Daher ersetzt ein VPN keine Verschlüsselung für die ganze Übertragungsstrecke (E2EE, also End-to-End Encryption). Dass E2EE in Form von TLS/SSL aktiv ist, erkennt der Internet-User daran, dass die URL mit „Fehler! Linkreferenz ungültig.“ Beginnt, beziehungsweise am geschlossenen, grünen Vorhängeschloss in der Adresszeile des Browsers. Im Gegensatz zu E2EE verhindert ein VPN, dass der Internet-Provider das Onlineverhalten seiner Kunden beobachten, aufzeichnen und weitergeben kann. Da es die IP-Adresse des Nutzers verschleiert, macht es Websites schwer, Zugriffe einem bestimmten Herkunftsort oder gar einem einzelnen User zuzuordnen. Dieser Vorteil verschwindet allerdings, wenn sich der User sozusagen selbst verrät und beispielsweise auf einer Seite mit seinem persönlichen Account einloggt. Auch gegen andere Methoden der Nutzer-Identifizierung wie Tracking-Cookies oder digitale Fingerabdrücke sind VPNs wirkungslos.