Meist sind es Heilpraktiker, die eine Colon Hydrotherapie nach einer entsprechenden Weiterbildung in diesem Bereich durchführen. Entsprechend dürfen nur Ärzte und Therapeuten die Behandlung durchführen, die eine entsprechende Erlaubnis zur Ausübung der Heilkunde und die dazugehörige Ausbildung besitzen. Auch hygienische Standards müssen selbstverständlich erfüllt werden. Schliesslich muss der Therapeut vorher prüfen, ob es medizinische Gründe gibt, die gegen eine Colon Hydrotherapie sprechen, und schädliche Konsequenzen für den Patienten nach sich ziehen können.