Probiotika sollten von Personen mit Magen-Darm-Erkrankungen wie Morbus Crohn, Reizdarmsyndrom (IBS), bakterieller Überbesiedelung des Dünndarms (SIBO), entzündlichen Darmerkrankungen (IBD) und Colitis ulcerosa gemieden werden, da es keine ausreichenden Beweise für ihre Verwendung bei diesen Erkrankungen gibt.