Wenn eine Obduktion auf Anordnung des Arztes erfolgt, trägt das Krankenhaus die Kosten. Bei einer gerichtlich angeordneten Leichenschau in der Rechtsmedizin wird die Obduktion von der öffentlichen Hand bezahlt. Die durchführenden Ärzte erhalten eine Sachverständigenvergütung von je etwa 850 €.
Nur wenn man selbst eine Obduktion in Auftrag gibt, muss man die Kosten dafür tragen. Dies kann zum Beispiel der Fall sein, wenn man sich letzte Gewissheit über die Todesursache eines Angehörigen verschaffen will. Je nachdem, wie viel Aufwand die Obduktion bereitet und wie viele Pathologen und Sektionsassistenten daran beteiligt sind, können die Kosten bis zu 2.000 € betragen.