Die Colon Hydrotherapie findet heutzutage vor allem in der Naturheilkunde Anwendung und ist im Grunde ein klassischer Einlauf, bei dem der Darm gespült wird. Das Besondere an der Colon Hydrotherapie ist das geschlossene System, über das abwechselnd temperiertes Wasser in den Dickdarm geleitet und wieder abgeführt wird. Der Therapeut unterstützt die Behandlung in der Regel durch eine sanfte Massage der Bauchdecke, damit sich Verhärtungen und Kotreste lösen können, die nicht über die normale Darmtätigkeit ihren Weg nach draussen finden. Das geschlossene System ermöglicht eine geruchsfreie Behandlung, bei der der Patient in Seiten- oder Rückenlage liegen kann. Eine Behandlung dauert dabei meist eine Stunde und wird in mehreren Sitzungen wiederholt. Durch die Ableitung des Wassers müssen die Patienten die Colon Hydrotherapie nicht durch einen Toilettengang unterbrechen, jedoch wird aufgrund des stärkeren Toilettendrangs nach der Sitzung empfohlen, neben der reinen Behandlungsdauer noch einige Wartezeit einzuplanen.