Die Glutenunverträglichkeit vereint sowohl Elemente einer Autoimmunerkrankung als auch einer Allergie. So gibt der Körper eines Menschen, der unter Zöliakie leidet, auf das eigentlich unschädliche Gluten eine überschießende Immunantwort. Da der Körper aber gleichzeitig auch Antikörper gegen das körpereigene Gewebetransglutaminase-Enzym bildet, kann die Glutenunverträglichkeit auch als eine Autoimmunerkrankung bezeichnet werden.