Wacholderbeeren können bei übermäßigem Verzehr oder längerer Anwendung Nebenwirkungen wie Magen-Darm-Beschwerden, Nierenreizungen und allergische Reaktionen hervorrufen. Schwangere, stillende Frauen und Menschen mit Nierenproblemen sollten auf den Konsum verzichten. Es ist ratsam, Wacholderbeeren in Maßen zu verwenden.