Bei einer Allergie kommt es zu einer Überreaktion des Immunsystems auf bestimmte Allergene, wobei Antikörper gebildet werden. Man nennt das auch immunologische Reaktion.
Bei einer Intoleranz ist das Immunsystem hingegen unbeteiligt. Hier sind zu wenig Enzyme oder Transportproteine vorhanden um bestimmte Stoffe, wie beispielsweise Laktose abzubauen.