Je nach Ausmaß, Art und Ausprägung der Fehlbildung können verschiedene Funktionsstörungen auftreten. Vor allem Spaltbildungen im Gaumen gehen mit vielzähligen Beeinträchtigungen einher. Zu diesen zählen Atembehinderungen, Probleme bei der Nahrungsaufnahme, Belüftungsstörungen des Mittelohres, Störungen der Lautbildung sowie Anomalien der Zähne und Wachstumsbehinderungen im Oberkiefer.