Unerwünschte Wirkungen nach mäßigem Verzehr von Leinsamen sind selten. Im Übermaß kann es zu Verdauungsbeschwerden (Blähungen, Völlegefühl oder Krämpfe) führen. Außerdem sollten Diabetiker, die Insulin verwenden oder Insulinosensitizer (z.B. Metformin) einnehmen, Leinsamen nicht missbrauchen, um eine Unterzuckerung zu vermeiden.
Kein Nahrungsergänzungsmittel ist ohne Gegenanzeigen und Leinsamen bildet da keine Ausnahme. Während sie bei der Vorbeugung bestimmter Krankheiten sehr nützlich sein können, können sie andere Krankheiten verschlimmern. Nahrungsergänzungsmittel aus Leinsamen sind für die Allgemeinbevölkerung im Allgemeinen unbedenklich, werden aber nicht empfohlen bei
Darmerkrankung mit Durchfall, z. B. Reizdarm. Viele Jahre lang wurde Menschen mit Divertikulose (Divertikel im Dickdarm) der Verzehr von Samen untersagt, weil sie die Krankheit verschlimmern könnten, was FALSCH ist.
Divertikulitis: Wenn sich Divertikel entzünden und Blutungen auftreten, sollten ballaststoffreiche Lebensmittel, einschließlich Leinsamen, vermieden werden.
Menschen, die chronisch Medikamente einnehmen: Denn die Gele, die Leinsamen im Magen und Darm bilden, können die Aufnahme des Medikaments verringern. Eine gute Maßnahme ist es, Leinsamen 2 bis 3 Stunden nach der Einnahme von Medikamenten zu konsumieren.
Kinder, Schwangere und Säuglinge: Es gibt keine Studien, die sicherstellen, dass Leinsamenergänzungen in diesen Stadien sicher sind.
Menschen, die an Brust-, Prostata- oder anderen Krebsarten leiden. Das Lignan in Leinsamen übt eine hormonelle Wirkung aus, die den Verlauf der Krankheit und die Behandlung beeinträchtigen könnte.