Embedded Systeme funktionieren immer mittels einer speziellen Software. Diese muss so geschützt werden, dass nicht jeder auf sie zugreifen und Änderungen daran vornehmen kann. Das heißt im Zuge der IT-Security muss durch Verschlüsselung garantiert werden, dass nicht direkt auf die verschiedenen Bausteine zugegriffen werden kann.
Da Embedded Systeme mehr und mehr vernetzt werden, gibt es hier auch verschiedene Ebenen der Verschlüsselung. Zum einen die normale Kommunikation, bei der Daten verschlüsselt werden. Zum anderen die Reprogrammierung von Embedded Systemen. Im Automotive Bereich spielt vor allem Letztere eine wichtige Rolle, ebenso wie Fehlerreaktionen, zum Beispiel bei der Kommunikation mit Ampeln.