Obwohl beide Fachgebiete miteinander verwandt sind, gibt es dennoch Unterschiede. Unter dem Begriff Pharmakologie kann die Wechselwirkung von körperfremden Substanzen (z. B. Arzneistoffen) und dem Organismus verstanden werden. Der Begriff Pharmazie beschreibt jene Wissenschaft, die sich mit der Herstellung und der Wirkung von Arzneistoffen befasst. Im Gegensatz zum/-r Pharmakologe/-in sind Pharmazeuten/-innen keine Fachärzte/-innen.