Unerwünschte Wirkungen sind bei schwarzem Knoblauch nicht bekannt. Nur gelegentlich tritt eine Allergie gegen den Wirkstoff auf. Wechselwirkungen von weißem Knoblauch, Gerinnungshemmern und anderen Arzneien sind beschrieben. Es ist aber wenig wahrscheinlich, dass schwarzer Knoblauch Wechselwirkungen mit Medikamenten eingeht.