Interaktive PDFs lassen sich durch die Verwendung von Passwörtern und digitalen Signaturen schützen. Weitere Möglichkeiten zum Schutz sind die Verwendung von Verschlüsselungssoftware, die Einschränkungen für die Bearbeitung und Anzeige von Dateien festlegt und die Einstellung von Zugriffsbeschränkungen.