Der Berner Sennenhund neigt wie viele große Hunderassen zu Gelenkproblemen. Zudem wirkt sich die teils starke Inzucht und künstliche Fixierung auf Dreifarbigkeit negativ auf die Lebenserwartung aus. Der Berner Sennenhund weist mit sieben bis zehn Jahren eine unterdurchschnittliche Lebenserwartung auf.