Ein Thermodesinfektor kann mit Leitungswasser betrieben werden. Empfohlen wird allerdings der Anschluss an eine Wasseraufbereitungsanlage zur Nutzung von demineralisiertem Wasser. Dadurch wird das Gerät vor Verkalkungen und die Instrumente vor Wasserflecken geschützt und somit die Lebensdauer erhöht.