Bis heute sind die genauen Ursachen für Asperger unbekannt. Experten gehen jedoch von einer vorrangig genetischen Veranlagung aus. Allerdings ist diese weit über das Genom gestreut und kann sehr unterschiedliche Ausprägungen annehmen. Aus dieser Vielfalt des genetischen „Defekts“ geht vermutlich die enorme Bandbreite an Varianten innerhalb des autistischen Spektrums hervor. Sicher ist, dass die Gehirnaktivitäten von Asperger- und anderen Autisten nachweislich von der Norm abweichen.