Bei einer Fructosemalabsorption (FM) kann die Fructose nur schlecht, oder gar nicht über den Darm in den Körper aufgenommen werden. Bei einer Malabsorption zeigen Betroffene keine Symptome. Bei einer Fructoseintoleranz (FI) kommt es durch die malabsorbierte Fructose zu Symptomen, da der Körper auf den schlecht, oder nicht richtig aufgenommenen Stoff, reagiert. Die Ursache für die intestinale Fruktoseintoleranz (IFI) ist demnach das gemeinsame Auftreten von Fruktosemalabsorption und einer zusätzlichen funktionellen Darmstörung. Bei einer Fruktosemalabsorption wird dem Speisebrei im Dünndarm nicht genug Fructose entzogen, sodass ein größerer Teil dieser Fructose in den Dickdarm gelangt. Die funktionelle Darmstörung führt dann dazu, dass die in den Dickdarm gelangende Fructose unangenehme Symptome wie Durchfall, Blähungen oder Schmerzen verursacht, d. h. diesen Teil der Fructose unverträglich macht.