Bei der Kalthopfung können verschiedene Herausforderungen auftreten, darunter mögliche Auswirkungen auf die Stabilität und Haltbarkeit des Biers aufgrund chemischer Veränderungen durch den Hopfen. Die dabei freigesetzten Verbindungen können als natürliche Konservierungsstoffe wirken und das Wachstum bestimmter Verderbnismikroorganismen hemmen. Zudem müssen Brauer die Konsistenz des Hopfencharakters über verschiedene Chargen hinweg sicherstellen, was durch Variationen in der Verfügbarkeit und Qualität der Hopfensorten erschwert werden kann. Ein weiteres Risiko ist die Oxidation des Bieres während der Kalthopfung, was zu Geschmacksveränderungen führen kann. Auch die richtige Balance bei der Menge und Dauer der Hopfenzugabe ist entscheidend, um unerwünschte Geschmacksnoten zu vermeiden.