Viele Vertreterinnen und Vertreter der Komplementärmedizin sehen Gesundheit nicht als Fehlen von Krankheit, sondern als Gleichgewicht miteinander wirkender interner oder externer Kräfte. Kommt es zu einem Ungleichgewicht zwischen Körper, Geist und Umwelt, manifestiert sich dies in Krankheit. Die komplementärmedizinische Therapie besteht insbesondere in der Stärkung (selbst)heilender Kräfte. Patientinnen und Patienten wird eine aktive Rolle bei der Wiedererlangung der eigenen Gesundheit zugeschrieben.
Ein ganzheitlicher Ansatz in Diagnose und Behandlung ist für die meisten komplementärmedizinischen Methoden zentral. Was als ganzheitlich betrachtet wird, ist verschieden. Damit kann gemeint sein, dass neben den körperlichen auch die psychischen Aspekte einer Erkrankung mit einbezogen werden. Darüber hinaus können auch soziale Probleme berücksichtigt werden. Spiritualität als Teil einer ganzheitlichen Auffassung von Gesundheit spielt ebenfalls häufig eine Rolle. Ein weiterer Aspekt komplementärmedizinischen Denkens ist die Gesunderhaltung.
Grundsätzlich sind jedoch diese Ansätze kein charakteristisches Merkmal der Komplementärmedizin, da diese Aspekte auch in der schulmedizinischen Behandlung über die Anwendung evidenzbasierten Wissens hinaus wesentliche Bedeutung für den Behandlungserfolg haben.