Mykorrhiza (mykes=Pilz, rhiza=Wurzel) ist eine Partnerschaft (Symbiose) zwischen Pilzen und den Wurzeln von Pflanzen. Die meisten Bonsai leben in Symbiose mit z.T. mehreren Mykorrhizapilzen (Ektomykorrhiza, Endomykorrhiza, VA-Mykorrhiza). Für viele Bonsaiarten ist eine solche Symbiose überlebenswichtig.
Der Mykorrhizapilz versorgt den Bonsaibaum besser mit Nährstoffen und Wasser und stärkt seine Abwehrkraft gegen holzzerstörende Pilze. Im Gegenzug versorgt der Baum den Pilz mit Zucker.
Die Mykorrhiza entwickelt sich nach dem Umtopfen eines Bonsai in eine mineralische Bonsaierde wie Akadama, Kanuma oder Kiryu von alleine. Durch Beimischung kann dieser Prozeß deutlich beschleunigt werden. Das kann den Umtopfstress vermindern. Mykorrhiza kann auch beim Anwachsen von Garten- und Straßenbäumen helfen.