Die Kosten einer Praxissoftware fallen je nach Anbieter sehr unterschiedlich aus und hängen von verschiedenen Faktoren ab (z. B. der Praxisgröße). In den meisten Fällen ist es möglich, eine Software zu kaufen, bei der einmalige Anschaffungskosten und zusätzliche (monatliche oder jährliche) laufende Kosten anfallen. Des Weiteren ist auch ein Mietmodell möglich. Hierbei wird die Praxissoftware nicht gekauft, sondern für einen monatlichen Beitrag gemietet.