Valget af en encoder afhænger af flere faktorer, herunder den nødvendige opløsning, som bestemmer, hvor præcist bevægelse eller position kan måles.
Miljøforhold som temperatur, støv og fugtighed spiller også en væsentlig rolle, da encoderen skal kunne fungere pålideligt under de givne betingelser. Den fysiske størrelse og monteringskravene er vigtige, da encoderen skal passe ind i den tilgængelige plads og kunne monteres sikkert.
Desuden er det afgørende at vælge en encoder med den rigtige kommunikationsprotokol for at sikre kompatibilitet med eksisterende systemer. Endelig skal strømforbrug og strømforsyningskrav overvejes for at sikre, at encoderen kan fungere effektivt og stabilt i den påtænkte applikation.