Fiskeoliepiller og flydende fiskeolie virker ikke med det samme ligesom for eksempel koffeinpiller eller hovedpinepiller. For at få en stabil og varig virkning skal man tage kosttilskud indeholdende omega-3-fedtsyrer kontinuerligt. Det er ikke muligt at give et nøjagtigt svar på, hvor hurtigt det virker, da det blandt andet afhænger af den enkeltes kost og tilskud.
En af måderne, hvorpå virkningen af fiskeolie kan måles, er ved brug af et omega-3-index. Dette indeks er et mål for mængden af EPA og DHA i blodet. Ved indtagelse af fiskeolie vil mængden af netop disse essentielle fedtsyrer i blodet stige, men det sker ikke fra den ene dag til den anden. De fleste kliniske studier, hvor man bruger dette indeks, strækker sig over minimum fire uger.