Efter bagning skal du først afkøle muffinsene i formen i 5-10 minutter. Derefter kan du forsigtigt fjerne dem og placere dem på en bagerist for at afkøle helt. Når de er fuldt afkølet, bør du opbevare dem i en lufttæt beholder eller en plastikpose ved stuetemperatur i 1-2 dage. Hvis du ønsker at opbevare dem længere, kan du fryse dem.