Jobløn må ikke forveksles med funktionsløn, som er en terminologi der bruges, hvis en medarbejder pålægges nye opgaver, eller får et nyt ansvarsområde, som ikke forventes af andre medarbejdere i samme stillingstype eller jobfunktion. Funktionsløn er et løntillæg og er ofte knyttet op på overenskomsterne. Når jobløn og funktionsløn nogle gange forveksles eller blandes sammen, skyldes det nok, at funktionsløn også indebærer, at der som udgangspunkt ikke gives betaling for overarbejde eller for eksempel tillæg for aftenarbejde. Det er indeholdt i funktionslønnen (tillægget). Funktionsløn vil oftere have en mere midlertidig karakter end jobløn.