Metakognitiv terapibehandling er manualiseret, hvilket betyder, at terapeuten følger en specifik guide til at lede sessionerne. Behandleren tilstræber dog altid at skræddersy behandlingen til patientens særlige behov.Her er de generelle MCT-behandlingstrin. (Kombinationen af ​​teknikkerne vil variere afhængigt af klienten og dennes problemstilling) Første trin i et metakognitivt forløb: Her vil terapeuten forklare, hvordan klientens specifikke strategier som bekymring og grublerier opretholder hans/hendes psykiske tilstand. Her vil terapeuten typisk lave en personlig sagsformulering af klientens udfordringer og uhensigtsmæssige tanke og bekymringsstrategier.   Andet trin i et metakognitivt forløb: Her vil terapeuten hjælpe klienten med at indse, at hans/hendes mestringsstrategier er ineffektive til at løse problemer, og faktisk er med til at vedligeholde den psykiske tilstand (for eksempel depression, generaliseret angst (GAD), PTSD, socialangst og helbredsangst).  Tredje trin i et metakognitivt forløb: At få identificeret klientens metakognitive overbevisninger og udfordre dem gennem eksperimenter. For eksempel har næsten alle klienter metakognitive overbevisninger om ikke at være i stand til at kontrollere bekymringer og grublerier. Dette kaldes en ukontrollerbar tro, og så længe denne er fremtrædende, vil klienten ikke forsøge at stoppe med at bekymre sig på trods af den angst, som bekymringen skaber.  Eksempler på metakognitive overbevisninger kan være: -Jeg kan ikke styre mine tanker, og derfor kan jeg ikke stoppe bekymringerne Jeg bliver sindssyg/får et nervøst sammenbrud, hvis jeg fortsætter med at bekymre mig. Hvis jeg bekymrer mig om X, så er jeg på forkant, og kan bedre tackle X  hvis det sker. Hvis jeg bekymrer mig, så kan jeg måske afværge katastrofen og undgå at det sker.  Metakognitive overbevisninger testes og udfordres i næsten hver session, så de ændres gradvist gennem hele terapien.Uændrede metakognitive overbevisninger er i et metakognitivt perspektiv grunden til, at folk falder tilbage i psykisk sygdom efter terapi, på trods af at de har reduceret deres symptomer. Derfor er metakognitioner ekstremt vigtige at tage fat på i metakognitiv terapi.  Fjerde trin i et metakognitivt forløb: Klienten lærer at udskyde bekymring og grubleri i terapien og til hjemmearbejde. Dette vil hjælpe klienten med at indse, at bekymring og grublerier er ufarlige og ikke har nogen fordele. Dette vil ligeledes øge følelsen af kontrol. Fordi jeg har en tanke, så behøver jeg faktisk ikke forholde mig til den.   Femte trin i et metakognitivt forløb: Klienten lærer opmærksomhedstræningsteknikker og løsrevet mindfulness (attached mindfulness) for at opnå fleksibel opmærksomhed. Fleksibel opmærksomhed vil hjælpe med at fokusere klientens opmærksomhed væk fra negative tanker og hen imod meningsfulde aktiviteter.I løsrevet mindfulness lærer klienten at blive opmærksom på negative tanker og løsrive sig fra dem ved at tage et skridt tilbage og afbryde bekymringer og grublerier. Klienten praktiserer endvidere løsrevet mindfulness mellem sessionerne. Dette styrker patientens evne til at stoppe bekymringer og grublerier og styrker troen på, at bekymringer og grublerier er kontrollerbare.Mod slutningen af ​​terapien er fokus på at vende eventuelle resterende mestringsstrategier som undgåelse, tryghedssøgning og positiv tænkning og forebygge tilbagefald af deres psykisk tilstand.