En af de største udfordringer ved håndtering af Issis-data er korrektheden og fuldstændigheden af registreringerne. Det er vigtigt, at sygehusene og laboratorierne korrekt registrerer alle relevante infektionstilfælde for at sikre nøjagtige og pålidelige data. En anden udfordring er at sikre en kontinuerlig indsamling og opdatering af data for at opretholde en pålidelig overvågning og analyse af infektionssygdomme.