Melatonin i midler mod søvnløshed kan forårsage bivirkninger hos nogle mennesker. Det kan forårsage svimmelhed og hovedpine samt irritabilitet og kortvarige humørsvingninger. Nogle mennesker oplever også hudirritation, og andre udtaler, at de får mareridt. Disse bivirkninger forsvinder normalt af sig selv i løbet af få dage [popover id=ref7].
Folk kan også blive afhængige af melatonin som en måde at falde i søvn på og dermed miste evnen til at sove uden brug af dem. Af denne grund er Circadin kun godkendt som behandling af primær søvnløshed hos personer over 55 år.