Behandlingen efter en cistoskopi afhænger af de opdagelser, der er gjort under proceduren. Hvis der f.eks. blev fundet tumorer eller læsioner, kan disse være blevet fjernet eller taget prøver af til yderligere test. Der kan også være behov for yderligere behandlinger som kirurgi, strålebehandling eller kemoterapi, afhængigt af den underliggende tilstand.