Der kan være fordele og ulemper ved begge strategier.
Den største forskel i forhold til SEO er, at et subdirectory opfattes af søgemaskinerne, som en del af det eksisterende website (hvilket det jo også er) og nedarver således også en del af den generelle popularitet hele domænet har. Et subdomæne er på den anden side et helt selvstændigt domæne, der skal have tilstrækkelige mængder af sine egne links for at blive ordentligt indekseret og ranket.
Som et godt eksempel på de to strategier kan du kigge på TV2 og DR. TV2.dk benytter sig af en struktur med subdomæner. DR.dk bruger en subdirectory struktur.
Man kan godt argumentere for, at en subdomæne struktur teoretisk set giver nogle bedre muligheder for en aggressiv søgemaskinestrategi og dermed bedre resultater. Men det kommer ikke af sig selv. Det viser ovenstående eksempel meget godt. De fleste kan sikkert være enig i, at DR generelt er mere fremtrædende i Google. DR.dk er i øvrigt også pagerank 8, hvor TV2.dk kun er pagerank 6. Det kunne skyldes, at links til TV2 fordeler sig over flere domæner hvor alle links til DR, går til sider på DR.dk
En subdomæne strategi kræver flere links end en subdirectory struktur, men har du mulighed for at skaffe tilstrækkeligt med links, så kan en subdomæne struktur godt give nogle fordele. Men kan du ikke skaffe nok links, så vil jeg anbefale, at du holder dig til et enkelt domæne med en sub-directory struktur – på samme måde som DR.dk.