De nuværende begrænsninger ved Microsoft 365 Archive inkluderer manglende evne til at administrere plads på et detaljeret niveau, manglende evne til at arkivere hubsider uden først at afregistrere dem, og begrænsninger i data-visning og tenant-omdøbning i arkiverede websteder. Andre begrænsninger vedrører administration af SharePoint-websteder, der er forbundet med Microsoft Teams og potentielle problemer i meget store eller multi-geo tenants.