CCleaner Professional låser op for adskillige funktioner, som du ikke kan bruge med den gode gratisversion. Det indeholder en dybdegående oprydningsfunktion samt ekstra værktøjer som softwareopdateringer, fjernelse af adtrackere m.m. Der er mulighed for at købe hele CCleaner-programpakken, som inkluderer en defragmentering og et filgendannelsesprogram.