En typisk MTS-behandlingssession indebærer, at patienten sidder i en behagelig stol, mens en behandler placerer en magnetisk puls generator på patientens hoved. Pulsene, der genereres af apparatet, går gennem patientens hoved og stimulerer specifikke områder af hjernen. En session varer normalt omkring 20-30 minutter, og patienten kan føle en let prikkende eller dunkende fornemmelse på det punkt, hvor pulserne påvirker hjernen.