SEO har mange fordele, men kan også være forbundet med ulemper: SEO kan være kostbart.. Det kan tage lang tid at opnå resultater. SEO kræver ofte kontinuerligt vedligehold. Google opdaterer løbende sin algoritme, og dte kan påvirke dine resultater negativt. Søgemaskinerne kan straffe dit website for 'ulovlig' SEO-praksis.