Den farmakologiske behandling af migræne opdeles i anfaldsmedicin og forebyggende medicin.
Triptaner er en fællesbetegnelse for en række lægemidler, der bruges som anfaldsmedicin mod migræneanfald. Triptaner anbefales til personer, der ikke har tilstrækkelig effekt af smertestillende lægemidler fra håndkøb. Triptaner får man på recept hos lægen.
Flere lægemidler, der anvendes til forebyggende behandling, er oprindeligt udviklet til andre lidelser, men har vist sig at virke forebyggende mod migræne. Det er blandt andet visse lægemidler til behandling af forhøjet blodtryk og medicin, der ellers bruges til behandling af epilepsi og nogle typer antidepressiv medicin.