Det er forskelligt fra afspiller til afspiller. Mange MP3-afspillere tilsluttes via USB til en computer. Derefter overføres musikken enten ved hjælp af specifik software, der installeres på computeren eller ved blot at trække og slippe filer, på samme måde som man normalt administrerer mapper. Nogle MP3-afspillere gør det også muligt at overføre filer via trådløse protokoller som Wi-Fi eller Bluetooth.