Årsagerne til skolevægring kan være mange. Nogle af de mest almindelige årsager til skolevægring kan omfatte:
Problemer i familien, såsom konflikter mellem forældre eller vold i hjemmet
Mobning eller konflikter med jævnaldrende
Dårlig trivsel i skolen
Psykiske sundhedsproblemer, såsom angst eller depression
Ubehagelige oplevelser på skolen som f.eks. diskrimination
Traumatiske oplevelser
Generel manglende engagement og interesse i skole eller læring
Det er vigtigt at få afdækket, hvad årsagen er til barnet/den unges fravær, da der kan være mere end én årsag, ligesom årsagerne varierer fra elev til elev. I afdækningen af årsagen til skolevægringen er det essentielt at inddrage eleven, så han/hun selv bliver hørt.