Selv om en rodbehandling er en almindelig og generelt sikker procedure, er der nogle potentielle bivirkninger, som patienterne bør være opmærksomme på. Den mest almindelige bivirkning er midlertidig smerte og ømhed i den behandlede tand. Dette kan normalt håndteres med smertestillende medicin i håndkøb og bør aftage i løbet af få dage. Det er også muligt, at området omkring tanden bliver hævet eller får blå mærker. I nogle tilfælde kan den behandlede tand blive lidt mørkere end de omkringliggende tænder. Selv om denne ændring normalt er mindre og ikke permanent, kan den være mere udtalt hos personer med tynd tandemalje. I sjældne tilfælde kan patienterne udvikle en infektion efter en rodbehandling.
Derudover skal man huske på at en rodbehandlet tand er mere skrøbelig end en sund og rask tand. Dette skyldes, at man under behandlingen fjerner nerver og blodforsyning til tanden. Derfor kan det i nogle tilfælde være en god idé at få en krone på den rodbehandlede tand for at forebygge, at den knækker eller revner.