Bagetiden for muffins afhænger af størrelsen og opskriften. En standard størrelse muffin tager typisk mellem 15-20 minutter at bage ved 180 grader Celsius. Det er dog vigtigt at kontrollere muffinsene ved at indsætte en tandstik eller en bagepind i midten af en muffin. Hvis den kommer ud ren og tør, er muffinsene færdige. Hvis der stadig hænger dej ved, skal de bage længere.