Hormonbehandling kan have forskellige bivirkninger, afhængigt af den specifikke behandling og den enkelte persons karakteristika. Nogle af de mulige bivirkninger inkluderer vægtændring, humørsvingninger, hovedpine, brystømhed, kvalme og øget risiko for visse sygdomme som f.eks. blodpropper. En nøje overvågning og justering af behandlingen er vigtig for at minimere risiko og optimere effektiviteten.