Selvom autonomi har mange fordele, kan for meget af det føre til problemer som mangel på koordination, især i store organisationer. Derudover kan nogle medarbejdere føle sig usikre eller overvældede, hvis de gives for meget autonomi uden klare retningslinjer, støtte eller ressourcer. Desuden kan der opstå autonome initiativer, som ikke stemmer overens med virksomhedens værdisæt eller mål.