Betaling på Apollo kan udføres hurtigt ved hjælp af en række metoder, herunder Dankort, Visa, MasterCard/Eurocard og Mobilepay. Derudover kan du betale med et gavekort, personligt, over telefonen eller via bankoverførsel. Hjemmesiden samarbejder også med Klarna for yderligere at forenkle processen med at betale for rejser.