Skagen har i dag én kommunalskole, Skagen Skolen og én privat skole, Brovandeskolen. Tidligere nu lukkede folkeskoler: Kappelborgskolen (nedlagt 2005) og Hedeboskolen (nedlagt 2012). Kappelborgskolen huser nu byens kulturhus. Hedeboskolen er revet ned, og der bygges nu boligprojektet Lille Skagen.