Ved en transit bipartition udføres en rør formet gastrisk kirurgi, og en stor del af maven adskilles. Derefter tilvejebringes en forbindelse mellem den nedre del af tyndtarmen og den nedre del af maven uden at skære nogen del af tarmen. Maden har nu to forskellige måder. Denne procedure udføres ikke kun af overvægt, men også af patienter med type 2 diabetes.