Før protonterapi vil patienten gennemgå forskellige forberedelsesprocedurer. Dette kan omfatte planlægningssessioner, hvor læger og dosimetriste bruger CT-scanninger og andre billedteknikker til at identificere og planlægge behandlingen. Patienten kan også modtage instruktioner om faste og specifikke medicinske forholdsregler, der skal følges før behandlingen.