Nogle udfordringer ved at sikre bæredygtig udvikling i Ægæerhavet omfatter overbelastning af turister, miljøforurening, beskyttelse af sårbare økosystemer, bæredygtig forvaltning af fiskeressourcer og bevarelse af den traditionelle ø-kultur. Det er vigtigt at finde en balance mellem økonomisk vækst og bevarelse af Ægæerhavets unikke miljø og kulturelle arv.