Når man arbejder med projektleder teknikker, er der altid fordele og ulemper ved dem. Det er der også med Phase Gate teknikken. Netop fordi Phase Gate metoden har nogle kriterier, der skal opfyldes for at kunne gå videre, så kan det nogle gange give udfordringer. Det kan være sværere at se de muligheder, der ligger i metoden, fordi kriterierne er så høje. Desuden er der ofte mange personer involverede, når man har med Phase Gate metoden at gøre, hvilket kan skabe konflikter på grund af forskellige meninger.