Tokyo har et af verdens mest smidige og effektive offentlige transportsystemer, som gør det nemt at komme fra A til B. Metroen er den hurtigste løsning, men der kan også benyttes bus og tog, hvis du skal længere ud af bymidten. I nogle af byområderne, som eksempelvis Minato, er det også nemt at komme rundt til fods. Du kan med fordel købe en såkaldt Tokyo Tour Ticket, der giver fri transport i 24 timer til en pris på ca. 90 DKK.