Manden i tre dele omhandler fundet af et lig på den sønderjyske Smøl Vold. Liget er nøgent men dækket fra underlivet og ned af en presenning. En spade findes ved siden af liget, og tværs over ligets bryst er navnet på en magtfuld familie indridset. Spaden ses som et tegn på, at jorden på Smøl Vold skal graves op. Under mulden findes flere lig. To specialagenter fra den københavnske Task Force 14 tilkaldes. Sammen forsøger de at opklare sagen, der stadig vokser sig større og større. Det bliver nemlig hurtigt tydeliggjort, at denne morder stadig er på spil.