Forskellen på hypoxisk terapi og eksempelvis at holde vejret er at man ikke får ilt til blodet og man udånder ikke kuldioxiden som kroppens celler har produceret. Derved ophober man kuldioxid i blodet, og det vil hos raske mennesker vil dette hurtigt give ubehag og pres for at trække vejret. Dette er en naturlig mekanisme, der er indbygget i kroppen. Desuden opfører kuldioxid sig som en syre når den er opløst i blodet. Derfor kan man ikke ophobe uanede mængder af det. Det betyder samlet set, at man ikke kan opnå samme stress-niveau og dermed effekt på kroppens væv, da man som en forsvarsmekanisme vil begynde at trække vejret for tidligt. Dette kan naturligvis trænes, så man bliver bedre til at holde vejret og derved kan man muligvis over lang tid opnå en del af den effekt man får ved hypoxisk terapi.