FE er aktuelt placeret på fem kendte lokationer i Danmark, og hertil kommer de medarbejdere, der arbejder i udlandet i kortere eller længere perioder.
Kastellet i København (hovedkvarter)
Sandagergård på Amager
Lokaler på Østerbro i København (Center for Cybersikkerhed)
Station Amager, (indhentningsstation)
Skibsbylejren nær Hjørring (indhentningsstation)