Opbygningen og vedligeholdelsen af et fungarium kræver omhyggelig planlægning og nøje overholdelse af bestemte parametre. Et fungarium skal have kontrollerede forhold med hensyn til temperatur, fugtighed og ventilation for at sikre, at svampene trives og bevares korrekt. Der bør være passende opbevaringsfaciliteter såsom specielle svampebeholdere, krukker eller plastikposer, der kan holde svampeprøverne intakte og forhindre kontaminering. Det er også vigtigt at have en nøjagtig dokumentationssystem og organisere svampeprøverne efter art og oprindelse for let adgang og studier. Regelmæssig inspektion og vedligeholdelse af fungariet er afgørende for at undgå svampeinfektioner og bevare svampenes levedygtighed.