FTFa's Sekretariat varetager, udover betjening af direktion og hovedbestyrelse, det tætte samarbejde med de 58 organisationer, FTFa samarbejder med. Det er også Sekretariatet, der sørger for at detaljerne er på plads i forbindelse med delegeretmøder og –valg. Derudover driver Sekretariatet FTFa’s projektkontor, som har ansvaret for at sikre overblik og styring af projektporteføljen på de større strategiske og tværorganisatoriske projekter, ligesom arbejdet med forbedringskultur (lean) og samfundsansvar også er forankret i Sekretariatet. Sekretariatschef Anders Lorenzen er i spidsen for Sekretariatet.