Shopify tilbyder sin egen betalingsgateway kaldet Betalinger, som også kan acceptere kreditkortbetalinger. Det håndterer de fleste valutaer i de fleste regioner og fungerer inden for systemet. Hvis du ikke ønsker at bruge denne metode eller også vil tilbyde andre betalingsmetoder, skal du bruge en tredjeparts betalingsbehandler. Disse kan omfatte PayPal, Amazon Pay, Stripe og andre. De bolter på din onlinebutik og håndterer den økonomiske side af tingene for dig. Shopify opkræver dog gebyrer for brug af tredjeparts betalingsprocessorer.