Alogliptin har normalt ikke tendens til at forårsage hypoglykæmi, især når det tages som monoterapi. Dog kan det være mere sandsynligt at opleve hypoglykæmi, hvis alogliptin tages sammen med andre blodsukkersænkende lægemidler. Det er vigtigt at overvåge blodsukkerniveauet nøje og rapportere eventuelle symptomer på hypoglykæmi til ens læge.