Hvis en afdragsbetaling ikke foretages via Afterpay, opkræves brugerne en forsinkelsesgebyr. Gebyrstrukturen kan variere, men typisk opkræves et indledende gebyr på $8, og hvis betalingen stadig ikke er foretaget inden for syv dage, opkræves yderligere $8. Især vil forsinkelsesgebyrer ikke overstige 25% af den oprindelige ordreværdi.