Skolevægring kan have alvorlige konsekvenser. Når en elev undgår skolen, kan det føre til isolation fra jævnaldrende og kan gøre det svært for eleven at udvikle og vedligeholde sociale relationer. Det kan også føre til et tab af selvværd og selvtillid, da eleven kan føle sig anderledes og ikke-accepteret af sine kammerater.
På læringsområdet kan skolevægring føre til faldende karakterer og vanskeligheder ved at følge med i undervisningen. Hvis ikke der bliver fundet en god løsning på skolefraværet, kan det få negative konsekvenser for den enkelte langt ind i livet, da fraværet kan få indvirkning på uddannelsesmuligheder og -niveau og dermed også økonomi.
Skolevægring kan i det hele taget have langvarige konsekvenser både socialt, mentalt. fagligt og udviklingsmæssigt for eleverne, og det er vigtigt at handle for at minimere de negative konsekvenser.