Microsoft Teams har sikkerhedsindstillinger aktiveret som standard. Microsoft Teams overholder en række regulatoriske sikkerhedsstandarder, herunder ISO 27001, ISO 27018 og HIPAA Business.
Teams bruger en række sikkerhedsfunktioner for at kunne overholde disse sikkerhedsstandarder, herunder gruppe-omfattende og organisationsomfattende to-faktor-autentificering og single sign-on, som administratorer kan aktivere gennem Active Directory.
Dette betyder, at kontosikkerhed ikke er bundet til en adgangskode eller enhedssikkerhed, hvilket er særligt vigtigt for virksomheder med medarbejdere, der bruger Microsoft Teams på deres egne personlige enheder.