Som en miljøbevidst virksomhed er Scandlines forpligtet til at reducere deres påvirkning af miljøet. De har implementeret forskellige initiativer for at forbedre deres drift og fremme bæredygtig transport. Dette inkluderer brugen af mere brændstofeffektive færger, håndtering af affald og spildevand om bord på deres færger, reduktion af CO2-emissioner og støtte til forskning og udvikling inden for grøn teknologi. Scandlines stræber også efter at være en pioner inden for elektrisk og hybridfærgeteknologi på Østersøen.