Ligesom med alle kosttilskud, kan CLA potentielt forårsage bivirkninger hos nogle mennesker. De mest almindelige bivirkninger inkluderer fordøjelsesproblemer som oppustethed, diarré eller forstoppelse. I sjældne tilfælde kan det også påvirke blodsukkerniveauerne og kan derfor være problematisk for personer med diabetes. Hvis du oplever ubehagelige bivirkninger fra at tage CLA, bør du stoppe med at tage det og tale med din læge.