Selvom mange mennesker har haft succes med keto kostplanen, kan der være udfordringer. Det kan tage tid for kroppen at vænne sig til brugen af ketoner som brændstof, og nogle mennesker oplever bivirkninger som træthed, hovedpine og gastrointestinal ubehag. Konsultering af en sundhedsperson inden start af en keto kostplan anbefales.