Cytopatologiske farvestoffer bruges til at tydeliggøre forskellige cellulære strukturer og ændringer. Eksempler på farvestoffer inkluderer hematoxylin og eosin, der bruges til at identificere kerne- og cytoplasmatiske ændringer samt immuncytofarvning, der bruges til at identificere specifikke markører, der er forbundet med visse typer af sygdomme.