Det er især på ledelse, specialisering og arbejdsdeling, en mekanisk og organisk organisationsstruktur adskiller sig fra hinanden.
I en virksomhed med en mekanisk struktur er magten og placeringen af viden centraliseret i toppen, og den overordnede koordinere og styrer arbejdet med instrukser. Som regel er der tale om meget veldefinerede og specialiserede arbejdsopgaver.
En organisk organisationsstruktur er kendetegnet ved teamstrukturer og et projektorienteret virke. Den er typisk meget flad, og prestigen ligger i den personlige viden og erfaring. Arbejdsopgaverne er mere varierede, og der er plads til kreativitet og innovation.