Epoxygulve har adskillige ulemper. Nogle ulemper er på grund af revner i gulvet eller andre faktorer, der ikke er taget i betragtning på tidspunktet i forbindelse med påføringen af epoxy. Tykkelsen af et epoxygulv er, i de fleste tilfælde, grunden til, at overfladen ikke har en lang levetid i henhold til producentens specifikationer. På grund af de høje omkostninger ved selve epoxyen, respekteres minimumtykkelsen ikke altid. Dårlig preparation af betongulvet Gulvforberedelse er en dyr opgave. Det finder sted, hver gang et epoxygulv skal lægges. Den gamle epoxybelægning skal fjernes med en slibemaskine, ved slyngrensning eller ved fræsning. Dette skal altid gøres før et nyt gulv kan lægges. Denne process er meget dyr og kræver meget arbejde og hvis det ikke er gjort godt vil det skabe problemer med vedhæftningen når gulvet skal males påny. Denne procedure genererer en betydelig mængde giftigt affald. Fugt i betonoverfladen Epoxy er fremragende som vandtætningsmiddel mod næsten enhver væske, der kan spildes på gulvoverfladen. På trods af dette, er fugtighed en stor fjende. Fugt, der findes i en betonplade, kan ikke fordampe gennem overfladen. Af denne grund lokaliserer det steder med mindst modstand dvs. samlinger og revner i gulvet. Dette er områder, hvor epoxy normalt begynder at revne, fordi den understøtning, som den klæbes til, er våd. Indeholder farlige stoffer Epoxy maling består af en kombination af en epoxyharpiks og en hærder (eller hærdemiddel). Når de to blandes sammen, starter en kemisk reaktion, der fører til hærdning af epoxysammensætningen. I denne proces og under påføring kan epoxy malinger udsende skadelige dampe og stoffer: Bisphenol A (BPA): Mange epoxyharpikser er baseret på BPA, som kan frigives som damp under påføring eller hærdning. BPA har været forbundet med en række sundhedsproblemer, herunder hormonelle forstyrrelser. Flygtige organiske forbindelser (VOC’er): Epoxy malinger kan indeholde og afgive VOC’er under påføring, som kan irritere øjnene, næsen og halsen, forårsage hovedpine og andre neurologiske effekter samt skade leveren, nyrerne og centralnervesystemet. Aminer: Bruges ofte som hærdemidler i epoxyprodukter. De kan forårsage luftvejsgener og allergiske reaktioner hos nogle mennesker. Isocyanater: Nogle epoxyhærdere indeholder isocyanater, som er kendt for at være potente sensibiliseringsmidler, hvilket betyder, at de kan forårsage allergiske reaktioner. Opløsningsmidler: Bruges ofte til at gøre epoxy mere anvendelig eller til at rense værktøjer. Indånding af opløsningsmidler kan forårsage hovedpine, svimmelhed og i alvorlige tilfælde skade på centralnervesystemet. Ikke-hærdede monomerer: Enhver epoxy, der ikke fuldt ud hærder, kan fortsætte med at afgive monomerer, som kan være skadelige ved indånding eller ved direkte kontakt. For at beskytte sig mod potentielle risici forbundet med epoxy malinger, er det vigtigt altid at arbejde i et godt ventileret område, bære passende beskyttelsesudstyr (som handsker, åndedrætsværn og beskyttelsesbriller) og nøje følge producentens instruktioner og sikkerhedsdatablade. De er vanskelige at rengøre I lagerhaller til industri og logistik er epoxygulve ikke den rigtige løsnning.  Generelt hvor der er meget trafik, bliver rengørings- og vedligeholdelsesopgaver vanskelige at udføre med meget utilfredsstillende resultater. Dæk fra trucks efterlader mærker på epoxygulvet og kan ikke fjernes. Derudover kan små reparationer lamme aktiviteter i det påvirkede område i flere dage.