En cistoskopi udføres normalt, når der er mistanke om blæreproblemer, som f.eks. gentagne urinvejsinfektioner, blod i urinen, vedvarende smerte eller tryk i underlivet, hyppig vandladning eller vanskeligheder med at tømme blæren. Den kan også være nødvendig for at overvåge behandlingen af tidligere diagnosticerede tilstande, såsom blæretumorer eller obstruktioner.