Filsø er ejet af Aage V. Jensen Naturfond, som købte 2.320 hektar af området omkring Filsø tilbage i 2010 med en mission om at genskabe den udtørrede sø og det tabte fugleliv. Aage V. Jensen Naturfond er en fond, hvis generelle formål er at støtte naturen og udbrede viden om naturen blandt den almene befolkning.