Hvis du holder dig til producentens anbefalinger for indtagelse af proteinpulver, er der ingen bivirkninger ved kosttilskuddet. Dog kan et alt for højt forbrug af proteinpulver medfører en række bivirkninger, der bl.a. tæller dehydrering, nyreskader og fordøjelsesproblemer. Du kan også risikere at få en allergisk reaktion – dette gælder især proteinpulver med valleprotein, da det er fremstillet af komælk.