Til dato er der ikke rapporteret om væsentlige bivirkninger forbundet med brugen af ​​Biotrohn. Det er dog muligt at opleve helbredende kriser eller Herxheimer-reaktioner under processen med afgiftning eller bekæmpelse af en infektion. Disse reaktioner kan vise sig som feber, influenzalignende symptomer, hovedpine, muskel- eller ledsmerter, ondt i halsen, utilpashed, svedtendens, kulderystelser, kvalme, udslæt, hævede kirtler, lavgradig feber, hævelse, diarré eller forstoppelse, hjertebanken, let stigning i blodtryk, hudsymptomer, sivende pus eller andre symptomer, såsom velvære eller lykke. Disse reaktioner indikerer, at toksiner, parasitter, svampe, vira, bakterier eller andre patogener bliver elimineret hurtigere, end kroppen kan håndtere på egen hånd. Den største vanskelighed ved Herxheimer-reaktionen er, at folk ofte stopper behandlingen, der forårsagede reaktionen. Der er dog ingen grund til at være bekymret. Det anbefales at stoppe behandlingen i 1-2 dage og, efter at kroppen er restitueret, fortsætte med de programmer, der forårsagede helingskrisen, indtil symptomerne forsvinder.