Magento 2 leveres med en række indbyggede sikkerhedsfunktioner, herunder beskyttelse mod almindelige webtrusler, kryptering af data og understøttelse af sikre betalingsgateways. Det er også vigtigt at holde Magento-software og alle installerede udvidelser opdateret for at sikre den højeste sikkerhedsstandard. Magento-communityet og udviklerholdet udgiver regelmæssigt sikkerhedsopdateringer og patches.