Kongressen er foreningens højeste myndighed i alle anliggender, for så vidt at de ikke bringes til urafstemning. Hovedbestyrelsen handler på foreningens vegne mellem kongresserne. Formandskabet udgøres af formand og næstformand. Formanden tegner foreningen. I formandens forfald tegner næstformanden foreningen. Jordemoderforeningens medlemmer er organiseret i en lederkreds og fem regionale kredse Nordjylland, Midtjylland, Syddanmark, Sjælland og Hovedstaden.