Bilstøvsugere kan være udstyret med forskellige filtertyper. Nogle har standardfiltre, der fanger større støvpartikler, mens andre har HEPA-filtre, der effektivt fjerner små partikler og allergener fra luften. Hvis du eller dine passagerer lider af allergi, kan en bilstøvsuger med HEPA-filter være en fordel, da den forbedrer luftkvaliteten inde i bilen.