Mange undersøgelser viser, at børn, der er født ved kejsersnit, har brug for mere tid til at kolonisere tarmen med visse bakteriestammer, der anses for at være gode for helbredet; de positive bakterier, vi alle har i tarmen, og som bidrager til en sund tarmflora . Som en konsekvens heraf kan dette påvirke udviklingen af ​​immunsystemet, da man har set, at børn født med kejsersnit har større risiko for at udvikle eksem og visse fødevareallergier. I livmoderen er fosterets tarme sterile, men så snart barnet er født, begynder tarmene at blive koloniseret med bakterier. Bakterierne fra fødslen og fra moderens hud under amning har en vigtig funktion i opbygningen af ​​tarmfloraen, men også andre miljøfaktorer har betydning. Ved kejsersnit kommer barnet i kontakt med færre bakterier. Amning er den bedste beskyttelse for det lille barn, da modermælk indeholder stoffer, der er med til at skabe en sund tarmflora.