Generelt er ProTreatment en sikker behandlingsmetode med meget få rapporterede bivirkninger. Enkelte personer kan opleve midlertidig ømhed eller ubehag efter behandlingen, men dette er normalt og bør forsvinde inden for kort tid. Det er dog vigtigt at informere terapeuten om eventuelle tidligere skader eller medicinske tilstande, da personer med visse forhold muligvis skal undgå visse teknikker i behandlingen.