Efterretningstjenesten har tidligere været ramt af flere problematiske sager, men særligt to skiller sig ud, ifølge Peer Henrik Hansen, efterretningsforsker og ph.d. i koldkrigs- og efterretningshistorie.
Kejsergadesagen så dagens lys i 1969, da det blev afsløret, at FE havde en aflytningscentral i en af Københavns Universitets ejendomme i Kejsergade i København, som muligvis blev brugt til aflytning af udenlandske ambassaders telekommunikation. Sagen medførte stærk kritik af universitetet, FE og den siddende regering.
Hetler-sagen har navn efter Hans Hetler, der i 1970'erne var ansat af FE for at spionere mod den danske venstrefløj. Det var i strid med regeringserklæringen fra 1968, der forbød efterretningstjenesten at registrere danske statsborgeres lovlige politiske aktiviteter, og da sagen blev oprullet i medierne, nedsatte regeringen en kommissionsdomstol, og justits- og forsvarsministeren gik af.