Den hemmelighed, som Half-Blood Prince gemmer, er noget, som Harry opdager i sit sjette år på Hogwarts. Dette kan være alt fra trylleformularer og magiske teknikker til vigtige oplysninger om Lord Voldemort eller Harrys egen fortid. Hemmeligheden kan have betydelige konsekvenser for Harrys fremtid og for løsningen af konflikten mellem mørkets kræfter og lysets side.