Stamcelledonation kan være en fysisk udfordrende proces, der kan medføre midlertidige bivirkninger. Ved blodstamcelledonation kan donorer opleve milde til moderate bivirkninger som træthed, hovedpine, muskelsmerter og kvalme. Disse symptomer forsvinder normalt efter et par dage eller uger. Ved knoglemarvstransplantationsdonation kan donorer opleve ubehag og smerter i hofteområdet, hvor knoglemarven er blevet trukket ud. Disse smerter forsvinder normalt inden for få dage. Generelt set er det vigtigt at huske, at donorer altid modtager omfattende information om bivirkninger og har mulighed for at trække sig fra donationen, hvis de vurderer, at det ikke er til deres bedste.