Oftest er der ingen reaktion i huden efter peeling udover let rødme. Efter en glykolsyrepeeling kan huden blive rød og let skællende, hvilket aftager i løbet af 1-2 dage. I sjældne tilfælde dannes små knopper eller væskeblærer, som heler på 3-6 dage. Ovenfor anførte bivirkninger vil være forbigående. En meget sjælden bivirkning er øget pigmentering efter behandlingen, hvilket oftest ses hos personer med mørk hud og ved behandling om sommeren. En yderst sjælden bivirkning, som er beskrevet i litteraturen, er infektion og ardannelse, som i yderste konsekvens kan være permanent.