De fleste patienter oplever kun milde og midlertidige bivirkninger fra MTS-behandlinger, såsom hovedpine, ubehag på behandlingsstedet eller svimmelhed. Der er dog også rapporter om mere alvorlige bivirkninger som anfald eller mani hos visse patienter. Derfor er det vigtigt at vælge en pålidelig og erfaren sundhedsperson, der kan vejlede og overvåge behandlingen nøje.