Filtr musí vodu zbavit mechanických nečistot, to funguje na klasickém principu “síta” - nečistoty přes mechanickou filtrační vrstvu neprojdou. Dále musí fungovat na rovině chemické a biologické, kde je nutné s pomocí bakterií odbourat škodlivé látky. Konkrétních filtračních hmot je již spousta a mnoho majitelů akvária si již našlo vlastní “recept” na nejlepší kombinaci.