HUAWEI Nova9 bude používat EMUI 12, což je nový operační systém, který následuje po EMUI 11. Aby EMUI 12 poskytl lepší uživatelské prostředí, je vybaven ovládacím panelem a využívá distribuovanou technologii Huawei k usnadnění chytré spolupráce napříč různými zařízeními.