Booking.com byl založen v roce 1996 v Amsterdamu jako malá startupová firma pod názvem Bookings.nl. Jeho zakladateli byli nizozemští podnikatelé Geert-Jan Bruinsma a Alec Behrens. Mezinárodní jméno získal v roce 2000, kdy byl přejmenován na Booking.com a stal se jednou z prvních online rezervačních platforem na světě.