Pro skladování koňského hnoje platí přísné předpisy, kterými se lidé musí řídit. Jelikož tento materiál zapáchá, vylučuje odpadní látky a během zrání z něj uniká hnojůvka, mohl by kontaminovat propustné podloží i podzemní vody. Proto je vhodné koňský hnůj zakompostovat, uložit u stájí nebo ho odvézt na polní úložiště. Aby si uchoval cenné látky, vrství se do výšky, čímž se vytěsní přebytečný vzduch. Pokud je uložen v pevném hnojišti, musí být nepropustné a musí mít půlroční kapacitu produkce hnoje.