Prodejny Trefa se nachází především v Jihočeském kraji, kde jsou oblíbené mezi místními obyvateli pro svůj široký sortiment a kvalitní služby. Nejčastěji se nacházejí v menších městech a obcích, například v Českých Budějovicích, Třeboni a Jindřichově Hradci. Kompletní seznam poboček se nachází na internetových stránkách společnosti.