V současné době rozlišujeme zhruba 360–550 různých druhů pelyňků, což se liší v závislosti na taxonomickém pojetí. Na území České republiky roste 5–7 původních druhů a zdomácnělých archeofytů, ale i několik zplaňujících neofytů. K nejznámějším zástupcům se řadí pelyněk pravý, pelyněk černobýl, pelyněk estragon, pelyněk roční nebo pelyněk brotan.