Existuje několik kmenů probiotických bakterií a kvasinek, které mají své specifické účinky. Za nejznámější a nejúčinnější jsou považovány bakterie Bifitobacterium longum, Bifidobacterium breve, Bifidum Bifidobacterium, Bifidobacterium lactis, Lactobacillus plantarum, Lactobacillus casei, Lactobacillus bulgaricus, Lactobacillus acidophilus a Lactobacillus paracasei.