Existuje několik kontraindikací, které užívání Furolinu přímo zapovídají. Samozřejmostí je alergie na nitrofurantoin a kteroukoli další složku tohoto přípravku. Jeho užívání není doporučeno ani v poslední fázi těhotenství, při porfyrii (porucha krve), při nedostatku enzymu G6PD (glukózo-6-fosfát dehydrogenáza) a během kojení dítěte mladšího než tři měsíce 2 nebo dítěte s podezřením nebo známým nedostatkem enzymu G6PD.