Jako každá investice, i ETF s sebou nesou riziko. Míra rizika závisí na konkrétních aktivech, která ETF drží. Například ETF, které sleduje široký tržní index, je obecně považováno za méně rizikové než ETF, které sleduje konkrétní odvětví nebo komoditu. Před investováním je důležité porozumět podkladovým aktivům v jakémkoli ETF.