Základní funkce CCleaner jsou dostatečně jednoduché a skenování může provádět kdokoli bez ohledu na své technické znalosti. V programu jsou však i pokročilejší funkce, jako je například nástroj Cleaner Registry, který může při nesprávném použití způsobit poškození počítače. Před provedením této akce se proto zobrazí vyskakovací okno s upozorněním. Než tyto pokročilé funkce spustíte, ujistěte se, že víte, co děláte.