Filtrační systém recirkulačních digestoří se skládá ze tří částí. Základem je kovový filtr umístění na viditelné místě vespod starající se o největší částice. Tukový filtr vzduch zbaví částic tukový a uhlíkový zase pohlcuje nepříjemné pachy. Jeho přítomnost bohužel snižuje výkon přístroje až o 20 %, proto si před nákupem dobře promyslete, zda jej nutně potřebujete.