Údržba fondue není nijak náročná. Samotná nahřívací nádoba bývá vyjímatelná, tudíž ji dobře opláchnete ve dřezu. O něco hůře se ale vymývají celistvé keramické sety na čokoládu. Pokud to výrobce dovoluje, můžete některé části sady vložit do myčky. Nikdy však neoplachujte elektrické základny. Mohli byste je trvale poškodit.