Mezi způsobilé náklady lze zahrnout doplňkové (režijní) náklady vzniklé v přímé časové a věcné souvislosti při řešení projektu (např. administrativní náklady, náklady na pomocný personál a infrastrukturu). Maximální výše takových nákladů je 20 % z částky celkových uznaných nákladů projektu požadovaných od MZČR bez nákladů na pořízení dlouhodobého majetku, tj. pouze z neinvestičních nákladů. Doplňkové (režijní) náklady plánované v návrhu projektu nelze překročit ani žádat o jejich navýšení v průběhu řešení projektu. Nejsou-li tyto náklady požadovány v návrhu projektu, nelze je zahrnout mezi uznané náklady.
Čerpané režijní náklady nesmí za celou dobu řešení projektu 1) překročit původní plánovanou částku ve schváleném návrhu projektu a za 2) nesmí překročit 20 % celkových čerpaných neinvestičních účelových prostředků od MZ ČR v rámci daného projektu.