Maximální výše doplňkových (režijních) nákladů je 20% z částky celkových uznaných nákladů projektu požadovaných od MZ bez nákladů na pořízení dlouhodobého majetku (investic). V aplikaci ISVP je výpočet pro doplňkové náklady nastaven na 20% z celkových neinvestičních nákladů požadovaných od MZ.