Jednou z nevýhod kapslových kávovarů je fakt, že používání kapslí není vůbec ekologické. Kapsle jsou plastové nebo vyrobené z několika materiálů, ale usazenina v nich je organická. Likvidace takového odpadu je komplikovanější a před vyhozením do tříděného odpadu byste usazeninu měli odstranit a vyhodit do smíšeného či organického odpadu. Cena šálku kávy je individuální. Připravit si kvalitní espresso vás nestojí víc než káva z kavárny. Ve srovnání s klasickou instantní kávou, kterou si uvaříte doma, jde o dražší záležitost. Samotné kapsle jsou rovněž pravidelným výdajem.