CCleaner Professional odemkne několik funkcí, které nemůžete použít s licencí freemium. Poskytuje hloubkové čištění a nabízí další nástroje, jako jsou automatické aktualizace softwaru, odebrání ad trackerů a další. K dispozici je i možnost zakoupit celou sadu produktů CCleaner, které zahrnují defragger a program pro obnovu souborů.