Samotný Minecraft je bezpečný a neobsahuje viry ani malware. Existují však skiny, mody a další obsah generovaný uživateli, který si mohou uživatelé stahovat k vylepšování světa v Minecraftu, a tyto mohou být napadeny malwarem. Důrazně doporučuji použít ke kontrole těchto souborů před jejich stažením do počítače antivirový program.