Nejlepší doba pro návštěvu Manuel Antonio je v suché sezóně od prosince do dubna, kdy je počasí nejlepší a moře je klidné, což je ideální pro šnorchlování a plavání. Vláhká sezóna od května do listopadu nabízí méně lidí a bujnější vegetaci, ale může být doprovázena častějšími dešti.