Shoptet nabízí široké možnosti integrace s dalšími službami a aplikacemi. Například umožňuje integraci s platby online platebními bránami jako je PayPal, GoPay nebo Stripe. Dále lze propojit Shoptet s marketingovými nástroji jako je Google Analytics, Facebook nebo Sklik. Také nabízí integraci s různými dopravními společnostmi jako je PPL, DPD nebo Česká pošta. Další integrace jsou například s ERP systémy, skladovými aplikacemi nebo s nástroji pro zákaznický servis. Celkově lze říct, že Shoptet umožňuje integraci s mnoha dalšími službami a aplikacemi, což z něj činí velmi flexibilní a rozšiřitelnou platformu pro e-commerce.