V rámci Podprogramu 1 a 2 lze hradit z prostředků poskytovatele (z účelových výdajů MZ) mimořádné odměny (u osobních nákladů specifikovaných v písm. a) a b) bodu (2), článku 5.4.1. zadávací dokumentace), pokud jsou mzdy, ke kterým jsou mimořádné odměny vztaženy, hrazeny z jiných zdrojů než účelových prostředků poskytovatele a zároveň jsou tyto jiné zdroje v návrhu projektu uvedeny.
Celkové náklady projektu pak budou o tyto mzdy vyšší než náklady hrazené z účelových prostředků poskytovatele i u projektů řešených výlučně výzkumnými organizacemi. Uvést v návrhu projektu jen mimořádné odměny, bez mzdy (úvazku), není možné. Výši mimořádných odměn poskytovatel limituje maximálně částkou 100 tis. Kč/pracovník/rok za všechny jím řešené projekty podporované poskytovatelem.
Ilustrativní příklad: p. Novák má dostat mimořádnou odměnu 10.000 Kč/rok z účelových prostředků poskytovatele, proto musí být v návrhu projektu ještě uvedeny prostředky na jeho mzdu/plat – hrazené z jiných zdrojů, včetně výše úvazku na daném projektu.