Peníze investorů jsou chráněny proti krachu Fondee. Ze zákona má Fondee za povinnost držet peníze investorů oddělené od svých peněz. Veškeré prostředky jsou přiřazeny ke konkrétnímu jménu a vy byste k nim měli i po případném krachu Fondee stále přístup. Vaše investice zároveň spadají pod tzv. Garanční fond obchodníků s cennými papíry. Ten garantuje jejich pojištění až do výše 90% objemu a maximální výše 20 000 eur.