API 3.0 je výchozí verze API a doporučujeme, abyste při vytváření nových integrací používali tuto verzi. V dohledné budoucnosti budeme i nadále podporovat API 2.0 a 2.1 a před vypnutím těchto verzí poskytneme upozornění nejméně 12 měsíců.
Během přechodu z API 1.2 na API 2 jsme se toho hodně naučili. Tentokrát jsme upgrade výrazně zjednodušili. API 3.0 přidává nové funkce, zatímco stávající funkce upravuje pouze tehdy, je-li to nezbytně nutné. To znamená, že integrátoři by měli být schopni přejít na nové API s minimem starostí. Znamená to také, že ačkoli vám doporučujeme začít plánovat upgrade co nejdříve, aby vaše organizace a výzkumní pracovníci mohli těžit z nových funkcí, máte velkou flexibilitu při rozhodování, kdy aktualizovat na 3.0.
Malý seznam potenciálně zlomových změn je v našich poznámkách k vydání API zde  a  zde. Kolem volitelných / povinných polí existuje několik změn, výčty JSON byly mírně upraveny a máme také malou refaktoring našich schémat XML, přidáním některých nových polí, která obsahují metadata požadovaná pro novou funkčnost.