Stejně jako u jiných preparátů, také u probiotik platí, že je nutné užívat je s mírou. Příliš vysoké dávky probiotik mohou být i na škodu. Vysoké dávky probiotik narušují stabilitu a rozmanitost střevní mikroflóry. Mohou způsobovat nadýmání, zácpu i větší pocit žízně. Více informací zde.