Jednou velkou nevýhodou MP4 je, že není snadné jej upravovat nebo aktualizovat. Soubor MP4 nemůžete snadno upravit ve svém editoru. A co víc, nemáte povoleno přímo kontrolovat a upravovat různá data v souboru MP4. Také někteří lidé nemají rádi MP4 kvůli kvalitě výstupu.