Po příchodu do SPC se klienti ohlásí v kanceláři nebo příslušnému odbornému pracovníkovi. Uvedou své jméno a jméno pracovníka, se kterým mají domluvenou konzultaci, případně účel konzultace (anamnéza, psychologické či speciálně pedagogické vyšetření, konzultace atd.). Součástí psychologického vyšetření je zpravidla zjišťování kognitivních schopností žáka a následný rozhovor s rodiči. Testování probíhá obvykle bez přítomnosti rodičů, pokud to klientův stav dovolí. Vyšetření probíhá buď ambulantně, nebo v terénu (ve škole, ve výjimečných případech v domácím prostředí). Doba trvání vyšetření je závislá na schopnosti klienta spolupracovat – nejčastěji se doba vyšetření pohybuje v rozmezí 45-90 minut přímé práce. Následuje rozhovor se zákonnými zástupci. Výsledky vyšetření jsou uvedeny ve Zprávě ŠPZ určené zákonným zástupcům žáka či zletilému žákovi. Speciálně pedagogické vyšetření probíhá obdobným způsobem, zákonní zástupci mohou být po domluvě s odborným pracovníkem přítomni vyšetření. Ke konci vyšetření jsou se zákonnými zástupci probrány výsledky vyšetření a z nich vyplývající doporučení pro vzdělávání žáka. Při každém vyšetření je nezbytné písemně potvrdit Informované souhlasy s poskytnutím poradenské služby, se zpracováním a uchováním osobních údajů a se závěry vyšetření.