Plíseň se může objevit ve dvou podobách – bílá a černá. Bílá plíseň může znamenat, že Bokashi nádobu plníte pomalu a je v ní hodně vzduchu. Tato plíseň je prospěšná a podporuje proces rozkládání. Pokud vás ale její přítomnost trápí, můžete na vrchní vrstvu směsi Bokashi položit kus silného papíru, který zabrání jejímu šíření. Tmavá plíseň se obvykle objeví, když se při Bokashi metodě něco nedělá správně. Možná, že Bokashi nádoba nebyla dostatečně uzavřená, přidávali jste málo nebo nepravidelně směs Bokashi, anebo jste třeba zapomněli odčerpávat fermentační tekutinu. V takovém případě obsah kompostéru vyprázdněte, ideálně do nějaké náhradní nádoby s víkem, a přidejte stejné množství směsi Bokashi, aby pomohla zpracovat vaše organické zbytky. Navíc se doporučuje tento materiál zasypat půdou a nechat 4 týdny stát. Pak jej můžete použít při hnojení na zahradě.