Ke znečištění vody může dojít řadou způsobů. Časté je zastaralé potrubí, kde se během špiček rozviřují usazené nečistoty a dochází k zákalu vody. V případě vody z vlastního zdroje mohou do studny prosakovat nečistoty jako je jíl, písek apod. Voda z vrtu může mít díky železitému podloží vyšší obsah železných rud, což může opět způsobit zákal. Vlivem blízkých polí a splachem dešťové vody se do studny mohou dostat například dusičnany.