Robotické čističe oken lze ovládat standardně tlačítkem, nicméně u většiny produktů na trhu je možné využít i dálkové ovládání, které bývá součástí balení a může v některých případech fungovat i na dálku 15 metrů. Některá zařízení lze navíc ovládat i pomocí chytrého telefonu přes Bluetooth. Aplikaci lze jednoduše a zdarma stáhnout na App store nebo Google Play. Tato varianta je pro mnoho (především mladších) uživatelů tou nejvhodnější.