Azure Virtual Desktop nabízí několik možností pro zpracování zálohování. Na úrovni výpočetních prostředků se zálohování doporučuje pouze pro fondy osobních hostitelů prostřednictvím Azure Backup. Na úrovni úložiště se doporučené řešení zálohování liší v závislosti na back-endovém úložišti použitém k ukládání profilů uživatelů. Pokud se používá Azure Files Sdílená složka, doporučujeme Azure Backup pro sdílenou složku. Pokud Azure NetApp Files použijete, jsou k dispozici nástroje Snaphots/Policies nebo Azure NetApp Files Backup.