Dosud nebyly hlášeny žádné významné vedlejší účinky spojené s používáním Biotrohn. Je však možné zažít hojivé krize nebo Herxheimerovy reakce během procesu detoxikace nebo boje s infekcí. Tyto reakce se mohou projevit jako horečka, příznaky podobné chřipce, bolest hlavy, svalů nebo kloubů, bolest v krku, malátnost, pocení, zimnice, nevolnost, vyrážka, otoky uzlin, mírná horečka, otok, průjem nebo zácpa, bušení srdce, mírné zvýšení krevního tlaku, kožní příznaky, vytékající hnis nebo jiné příznaky, jako je pohoda nebo štěstí. Tyto reakce naznačují, že toxiny, paraziti, plísně, viry, bakterie nebo jiné patogeny jsou eliminovány rychleji, než je tělo schopno zvládnout samo. Hlavním problémem Herxheimerovy reakce je to, že lidé často ukončují léčbu, která reakci vyvolala. Není však důvod se znepokojovat. Doporučuje se kúru na 1-2 dny přerušit a po zotavení organismu pokračovat v programech, které způsobily léčebnou krizi, dokud příznaky nezmizí.