V obou případech se jedná o protiepidemické opatření, které má za cíl minimalizovat riziko dalšího šíření infekční nemoci. Izolace může být nařízena osobám s potvrzeným infekčním onemocněním (např. pozitivní výsledek testu).
Karanténa může být nařízena osobám, které byly během inkubační doby onemocnění ve styku s nakaženou osobou (v tzv. „blízkém kontaktu“) nebo pobývaly v ohnisku nákazy, s cílem zabránit přenosu infekčního onemocnění.
Základním rozdílem tak je, že izolace se nařizuje nemocným osobám, karanténa pak jejich „blízkým kontaktům“.