Velmi často je na vině nějaké autoimunitní onemocnění (například autoimunitní tyreoiditida alias Hashimotoova tyreoiditida nebo Gravesova choroba, kdy imunitní systém těla napadá štítnou žlázu a ovlivňuje její funkci). Svou roli však může sehrát i nedostatek jódu (způsobuje hypotyreózu alias sníženou funkci štítné žlázy) či naopak jeho nadměrný příjem(ten vede k hypertyreóze čili zvýšené funkci štítné žlázy). Svou roli mohou sehrát i některé léky, stres a věk (zatímco hypotyreóza je častější u starších lidí, zatímco hypotyreóza postihuje spíše mladší ročníky).