Zásadní rozdíl je v použití kapslí a celých kávových zrn. Možnosti nastavení obou typů kávovarů jsou však rovnocenné. Mletí kávy přímo v automatickém kávovaru navíc znamená složitější údržbu a nutnost sledování, kolik kávy ještě v kávovaru je, zatímco v kapslovém kávovaru dáváte do kávovaru vždy kapsli přímo pro danou kávu.