Journaling je funkce kontroly integrity dat, která zaznamenává operace, ještě předtím, než jsou provedeny v souborovém systému. Pokud dojde k selhání během operace, systém může použít journal pro obnovení konzistentního stavu. exFAT tuto funkci nemá, což může ztížit záchranu dat v případě vážnějšího poškození.