V aplikaci Skrill se můžete setkat s nějakými poplatky. Základní vklad peněz zpoplatněný není, ale čeká na vás přirážka za převod v případě převádění měny, posílání peněz do dalšího Skrill účtu, nebo vklad na Skrill přes jiné peněženky jako Paysafecard nebo Sofort Banking.