Čištění vaporizéru je důležité pro jeho dlouhou životnost i co nejlepší chuť páry. Někdy s vaporizérem základní pomůcky pro čištění dostanete přímo v balení, případně si lze vypomoci třeba vatovými tyčinkami. K čištění lze použít vodu, oblíbený a velmi efektivní je isopropylalkohol (ale pozor, neměl by přijít do styku s dřevěnými a silikonovými částmi) a k dostání jsou i některé organické čisticí prostředky.
Základní údržbu je ideální provádět denně. Při ní vyčistěte komoru, náustek a případně i sítko. V závislosti na četnosti používání pak po několika týdnech přistupte ke kompletnímu čištění. Jak na něj, by vám měl napovědět návod ke konkrétnímu modelu, postup se totiž může u různých přístrojů lišit.