La principal diferència entre les dues proves és la seva capacitat de resolució. La resolució del cariotip o anàlisi citogenètica convencional és limitada i només permet detectar canvis en el nombre i/o en l’estructura dels cromosomes d’una mida superior a 5-10 milions de parells de bases (Mb). La resolució de l’array CGH o cariotip molecular és molt més gran, ja que permet detectar simultàniament alteracions (guanys o pèrdues de fragments d’ADN) molt petites responsables de més de 300 síndromes genètiques associades a retard mental, autisme, cardiopaties i altres patologies, a la seva majoria no detectables mitjançant el cariotip convencional.