Les ZEPA són zones especials de protecció d'aus i formen part de la Xarxa Natura 2000.  Natura 2000 és una xarxa europea d’espais naturals que té com a objectiu fer compatible la protecció de les espècies i els hàbitats naturals i seminaturals amb l'activitat humana que s'hi desenvolupa, fent que es mantingui un bon estat de conservació dels hàbitats i espècies i evitar-ne el seu deteriorament.
Dins del Sistema Segarra Garrigues hi ha ZEPA que protegeixen aus estepàries: Plans de Sió , Bellmunt - Almenara, Anglesola - Vilagrassa, Secans de Belianes - Preixana, Secans de Mas de Melons - Alfés i Secans de Segrià - Utxesa. En canvi les ZEPA de Valls de Sió  - Llobregós i Granyena protegeixen altres tipus d'aus.
Aquests espais afecten al projecte Segarra Garrigues ja que condicionen les àrees regables i la dotació de reg.
En general les ZEPA del Segarra Garrigues no són àmbit regable però n'hi ha que es poden arribar a regar amb una dotació de 3.500 m3/ha any condicionat a una prova pilot. Quan la ZEPA no protegeix aus estepàries es pot regar a 6.500 m3/ha any amb algun condicionant agronòmic.