El SEO a Shopify és molt diferent del SEO en una altra plataforma de botigues online, pel fet que tenim un accés limitat al codi de la botiga online per no ser una plataforma de codi obert. El fet que el SEO sigui molt més laboriós d'implementar i gestionar obliga al fet que el SEO s'implementi per una Agència SEO experta per obtenir bons resultats.