L'endometriosi es pot donar en diferents localitzacions, com en els ovaris, les trompes de Fal·lopi, darrere de l'úter, en els lligaments uterins, en la cavitat pèlvica i, més rares vegades, en zones com la bufeta o els pulmons.
En funció d'on es desenvolupa el teixit endometrial, distingim:
Endometriosi ovàrica
Endometriosi tubàrica o de trompes
Endometriosi pèlvica
Endometriosi rectal
Endometriosi intestinal
Endometriosi peritoneal