Malgrat els diferents tipus de malalties autoimmunes, moltes comparteixen símptomes similars. Els símptomes més comuns de les malalties autoimmunes són Fatiga Dolor i inflor de les articulacions Problemes a la pell Dolor abdominal o problemes digestius Febre recurrent Inflamació dels ganglis Hi ha diferents graus de malaltia autoimmune. Els símptomes de la malaltia autoimmune poden ser greus en algunes persones i lleus en altres. La gravetat està probablement relacionada amb múltiples factors que inclouen la genètica, l’entorn i la salut personal.