TMB forma part del Registre d’Empreses amb Risc d’Amiant (RERA) des del 1987, abans de la seva prohibició. Des de llavors, es fa un seguiment de la presència d’amiant en instal·lacions de Metro en virtut del qual es coneix que aquesta presència es dóna principalment en forma de planxes de fibrociment utilitzades com a cobertura en la construcció d’edificis i dependències. Si esta en bon estat i no es manipula, aquest material no desprèn fibres i, per tant, no comporta cap perill per als treballadors i usuaris.
Fruit d’aquest coneixement, s’han retirat de manera segura i controlada elements de construcció amb algun contingut d’amiant, per exemple amb motiu d’obres de reforma de dependències (en diferents obres s’han retirat cap a 3.000 metres quadrats de material amb fibres d’amiant).
Actualment, es continuen desamiantant cambres tècniques i altres instal·lacions i durant els dies de la Setmana Santa del 2019 s’ha previst la retirada total del sostre fals de l’estació de Verneda.
Entre els anys 2001 i 2003, Metro de Barcelona va substituir, dels trens de les sèries 2000, 3000 i 4000, els components del sistema elèctric que se sabia que contenien amiant, amb les condicions adequades de prevenció i seguretat laboral.