Com el seu nom indica, es tracta de malalties poc comunes els quadres clínics de les quals solen ser poc coneguts. És per això que davant de l’aparició de símptomes que puguin indicar la presència d’una malaltia rara es procedeixi a la realització de les proves diagnòstiques pertinents per poder començar amb la cura i la teràpia òptims. Els avenços en diferents camps científics, especialment en genètica, permeten identificar la causa d’un nombre cada vegada més gran d’aquestes malalties i fer-ne el diagnòstic correcte. Entre els estudis genètics per diagnosticar les malalties rares trobem: Anàlisi d’un sol gen: En cas que hi hagi la sospita d’una malaltia rara específica, ja sigui per la simptomatologia, els trets i/o l’arbre genealògic, es pot analitzar mutacions concretes en determinats gens dels quals es coneix associació amb la malaltia en qüestió. Exoma o genoma: En els casos en què la simptomatologia, els trets i l’arbre genealògic no es puguin associar a una malaltia rara concreta, és aconsellable fer una anàlisi de l’exoma o del genoma. Són estudis genètics que permeten analitzar tots els gens d’un individu (exoma) o tot l’ADN nuclear d’un individu (genoma). D’aquesta manera, s’incrementa de manera molt significativa la probabilitat d’identificar la mutació o mutacions que puguin ser causants de la malaltia rara.