Els medicaments utilitzats en reproducció assistida poden produir diversos efectes secundaris com a maldecaps, canvis d'humor, dolor abdominal, fogots i distensió abdominal. A vegades, poden produir la síndrome de hiperestimulació ovàrica.
Amb l'estimulació ovàrica es desenvolupen més òvuls que en un cicle natural, però això no provocarà que arribi abans la menopausa. Les dones ja naixem amb un nombre d'òvuls finit i la maduració no té cap efecte ni farà que s'acabi abans l'etapa reproductiva.