Sí, ja que s'analitzen els cromosomes sexuals a la recerca d'alguna alteració, és possible saber si l'embrió és de sexe masculí o femení. Això és de gran utilitat en cas que la parella presenti alguna malaltia genètica lligada al sexe, ja que es podrien triar per a la transferència solament aquells embrions d'un dels sexes, aquells que siguin sans.
A Espanya, la legislació vigent només permet seleccionar el sexe del bebè si és per a evitar el desenvolupament d'alguna malaltia greu, però no per a triar el sexe del bebè pel desig dels seus pares.