Menys de l’1% de les espècies identificades a la microbiota oral estan implicades en el desenvolupament de càries i periodontitis. Un desequilibri a les poblacions microbianes normals de la cavitat oral pot afavorir el sobrecreixement d’aquest petit grup de microorganismes acidúrics i acidogènics amb potencial patogènic. A la patogènesi de la càries estan implicats els següents agents microbians: Streptococcus mutans, Lactobacillus spp. i Actinomyces spp. D’aquests microorganismes Streptococcus mutans és el de més potencial cariogènic. La patogènesi de la periodontitis es deu a altres microorganismes classificats en dos complexos, segons el grau de patogenicitat. El complex vermell inclou tres dels bacteris periodontals més patògens: Tannerella forsythia, Treponema denticola i Porphyromonas gingivalis. El segon grup d’espècies patògenes periodontals es coneix com a complex taronja i està integrat per Prevotella intermèdia, Fusobacterium nucleatum i Parvimonas micra. Un altre microorganisme amb gran potencial periodontopatogènic és Aggregatibacter actinomycetemcomitans, que actua com un agent immunosupressor del sistema de defensa periodontal de l’hospedador i l’homeòstasi de l’os alveolar.