Въпреки че мелатонинът се произвежда естествено от тялото, в някои случаи може да се окаже, че секрецията му е нарушена. Най-често наблюдаваме нарушение в секрецията на Melatonin след неподходящо излагане на интензивна светлина. Например излагането на светлина или използването на екрани през вечерта може да забави секрецията на Melatonin и да създаде трудности при заспиването. Напротив, липсата на правилна светлинна стимулация през деня може да забави спирането на секрецията на мелатонин и да усложни събуждането. Това е особено вярно в случаите на недостатъчно излагане на светлина сутрин. Други ситуации могат да бъдат проблематични, като пътуване през различни часови зони, нощни работни смени, както и загуба на зрение (трудност при разграничаване на различните степени на светлина). И накрая, трябва да се отбележи, че секрецията на Melatonin се развива по време на нашия живот и че епифизната жлеза ще секретира все по-малко мелатонин.