Както повечето медицински процедури, и при хипербарната оксигенация има ограничения при някои медицински състояния. Процедурите в барокамера са противопоказни при наличието на пневмоторакс (състояние с „колабиране“ на част от белия дроб и изпълване на гръдната клетка с въздух), ХОББ, емфизем, възпалителни заболявания на белия дроб, астма, дихателна недостатъчност, преживяна в миналото гръдна хирургия, епилепсия, възпалителни заболявания на синусите и горния дихателен тракт, висока температура, наскоро преживени очни операции, пациенти с пейсмейкър и други медицински устройства, които няма да издържат на повишеното налягане, тежка сърдечна недостатъчност, неконтролиран диабет.