Една от основните разлики между L-карнитин и ацетил L-карнитин е свързана с въздействие върху нервната система. За разлика от Л-карнитин, ALC е с доказана защита на нервната система, отчасти защото по-лесно се транспортира в нервната система. Последните проучвания с хора показват, че много от разстройствата, свързани с възрастта, свързани с нервната система, като депресия, нарушения в познавателната способност и намалена концентрация на вниманието, са в резултат частично на недостиг на ALC. Когато добавите прием на ацетил л-карнитин, част от тези проблеми изчезват или намаляват. ALC защитава митохондриите.