Дълбокия кариес се лекува както и всеки друг кариес. Премахват се засегнатите зъбни тъкани и се поставя пломба. Тъй като при дълбок кариес се засяга по-голяма част от зъба и е възможно зъбният кариес да е достигнал до пулпата и да е засегнал нервите на зъба, в някои случаи се налага лечение на кореновите канали на зъба.