Продължителността на прием на синбиотик може да варира в зависимост от индивидуалните нужди и специфичната цел на приема, но в най-общи линии се приема по два начина - краткосрочно или дългосрочно. Краткосрочен е прием, при който синбиотиците се приемат за период от няколко седмици до няколко месеца, включително при прием на антибиотици. Дългосрочният прием може да продължи няколко месеца или да бъде назначен като постоянен прием.