При електронното (онлайн) банкиране, както при всяка друга банкова услуга, се заплащат определени такси. Основните са: 1. такса за откриване и активиране на електронно(онлайн) банкиране; 2. такса за ползване на Токен устройство, както и подмяната му, при механична повреда; 3. такса за генериране на пароли за достъп (SMS авторизация); 4. месечна такса за обслужване на разплащателна сметка; 5. такси за превод към лични сметки, или сметки на трети лица. Размерът на таксите е различен, при различните банки, и е описан в Тарифата на банката. Това, което е важно да знаете е, че при много банки таксите за извършване на превод са по-ниски ако се ползва електронното банкиране, спрямо таксите, които се заплащат в офис на банката.