Един от ключовите аспекти на сигурността е използването на сигурни протоколи за комуникация и криптиране на данни в NinjaTrader VPS. Това гарантира, че всички предавани и съхранявани данни на сървърите на платформата остават недостъпни за неоторизиран достъп. Подобен подход осигурява високо ниво на защита на поверителността на личната информация и стратегиите за търговия на всеки търговец. Освен това NinjaTrader предоставя възможност за запазване на важна аналитична информация и за нейното възстановяване в случай на непредвидени повреди.