Някои производители на пробиотици препоръчват да се приема на празен стомах, докато други препоръчват да е с храна. Целта е да преминат през стомашната киселина възможно най-бързо. В идеалния случай на празен стомах (т.е. 2-3 часа след хранене и 30 минути преди хранене).