Хигиената при лечение с алайнери в действителност е същата като тази без да се лекувате, защото алайнерите се свалят по време на почистване на зъбите. Самите алайнери също се почистват с четка и вода. В комплекта за алайнери има включени специални кристали, които могат да се използват за по-щателно почистване на алайнерите.