Опитайте с вмъкване на външни обекти в този файл или отваряне на други файлове. Пробвайте да смените оцветяването и вижте дали пак се получава така.
За да не се запълват квадратите, би трябвало кривите им да не са затворени, което обаче няма как да стане, ако са изчертани с Rectangle tool. По възможност качете тук снимка на екрана със селектиран някой от проблемните квадрати и отворен Object manager.