Let's Encrypt сертификатите отговарят на същите стандарти за сигурност и предлагат същото ниво на криптография като комерсиалните сертификати. За разлика от комерсиалните сертификати, обаче, Let's Encrypt сертификатите имат значително по-кратък срок на валидност (три месеца вместо година). Това би могло да представлява проблем при липса на автоматизация за подновяването им, каквато има при нас. Също така Let's Encrypt не предоставят парична гаранция в случай на финансова загуба в следствие от успешно декриптиране на данни, които би следвало да са защитени от сертификата.