Дефицит може да възникне поради малабсорбция. Освен естествената стомашно-чревна бариера, някои заболявания като цьолиакия, болест на Крон или други автоимунни заболявания възпрепятстват усвояването на тези витамини през стомашно-чревния тракт. Тялото абсорбира витамините от група В по-ефективно чрез доставяне чрез интравенозна инфузия, отколкото когато се приемат през устата.