Хипербарната терапия е безопасен метод на лечение при спазване на правилата за употреба. Всеки желаещ да практикува баротерапия се оценява самостоятелно от медицинско лице, за да е сигурно, че е подходящ за такъв вид лечение, както и за да се изключат някои противопоказания. Най-често срещаният страничен ефект е т.нар. „баротравма“ на различни органи, която се причинява от промяната в налягането при неспазване на техническите показания на употреба и/или при пренебрегване на противопоказанията за употребата на барокамера. Друг страничен ефект е кислородната токсичност, поради което нивото на кислород в камерата се следи в хода на целия сеанс от оператора на барокамерата и при покачването му над определени граници се извършва вентилация. Всяко нетипично усещане по време на лечение трябва да бъде моментално съобщено на оператора. Осигурени са всички предпазни мерки за осигуряване на безопасността по време на престоя в барокамерата. Преди началото на всеки сеанс се прави инструктаж по безопасност при използване на камерата.