С клизмата се постига частично изчистване на ректума и долната част на колона(изчистват се само първите 20-30см.), докато с хидроколонтерапията се третира цялата дължина на дебелото черво. Тя е много по-ефикасна, а според д-р Норман Уокър “Една процедура хидроколонтерапия се равнява на 30 клизми”. При обикновената клизма съществува висок риск от травмиране, докато апаратурата, аксесоарите и професионализмът при хидроколонтерапията елиминират всякакъв риск.