Софтуерът, който инсталирате на сървъра, трябва да се поддържа винаги обновен. Това се отнася и за всички плъгини и теми, които се използват към него. В противен случай, рискувате софтуерът да бъде компрометиран през пропуск в сигурността му, който вече е коригиран в текущата версия.Административните интерфейси на инсталираните програми трябва да са защитени със силни пароли. Можете да намерите съвети за избор на пароли в статията Избор на парола. Възможно е и да добавите защита с допълнително потребителско име и парола на административната директория на програмата  (ако има такава, и в случай, че това ще позволи на софтуера да продължи да функционира безпроблемно). Този метод е ефективен срещу автоматизирани опити за налучкване на паролата. Също така, може да предотврати някои проблеми със сигурността на скриптове, които се намират в тази директория.Добре е да потърсите конкретна информация за това как можете да подобрите сигурността на софтуера, който използвате. Трябва да внимавате и с източниците на тази информация. Например, лошо написан плъгин, който се очаква да подобри сигурността на програмата, е възможно вместо това да я направи уязвима, или да предизвика натоварване на сървъра.Уверете се, че няма изоставен (неподдържан) софтуер, който сте инсталирали на сървъра, например тестова инсталация или програма, която вече не се използва. Такъв софтуер е лесна мишена за хакерите. Програмите, които не използвате, трябва или да бъдат изтрити, или трябва да ограничите достъпа до тях, например чрез секция Защити на вашия Контролен Панел.