Поради естествената си среда някои риби може да съдържат по-високи нива на живак, (полихлорирани бифенили), диоксини и други замърсители на околната среда в сравнение с добавките, съдържащи рибено масло. Ползите от консумацията на риба далеч надвишават потенциалните рискове, когато следвате установените насоки за количеството и вида риба. Някои риби, като дивата сьомга, имат по-малки количества замърсители в сравнение с риба меч.
Що се отнася до омега-3 хранителните добавки, производителите пречистват маслото, за да намалят нивото на замърсители от околната среда в крайния продукт. Преди добавките да бъдат пуснати на пазара, рибеното масло се тества, за да се гарантира, че отговаря на индустриалния стандарт GOED за ниво на замърсяване.