Рядко, но се случва по време на процедурата част от стоматологичен инструмент да се счупи и да заседне в канала. В такива случаи няма място за тревога, тъй като изваждането е напълно възможно. Процедурата се извършва много внимателно под микроскоп и с ултразвукови инструменти, за да не се получи перфорация на канала. Ваденето на инструмент от коренов канал е деликатна процедура. Трябва да се извършва от опитен ендодонтист и задължително с микроскопско увеличение.