Най-изследваните и използвани щамове пробиотици са Lactobacillus  и  Bifidobacterium. Пробиотичните добавки обаче са специфични за щама и заболяването, така че най-ефективният щам ще зависи от състоянието или проблема, който добавката е предназначена да подобри.