কিশোর ফাইব্রোমায়ালজিয়ার সঠিক কারণ অজানা। যাইহোক, জেনেটিক্সের মতো একসাথে কাজ করে এমন বিভিন্ন কারণের কারণে এটি ঘটেছে বলে সন্দেহ করা হচ্ছে। জেনেটিক্স সন্দেহ করা হয় কারণ এই রোগটি পরিবারে চলতে থাকে, তাই কিছু জেনেটিক মিউটেশন থাকতে পারে যা একজন ব্যক্তিকে এই ব্যাধির বিকাশের জন্য আরও সংবেদনশীল করে তুলতে পারে।