এন্ডোস্কোপি পরীক্ষা অপেক্ষাকৃত কম ঝুঁকিপূর্ণ একটি পদ্ধতি। খুব কম জটিলতা দেখা যায় যেমন, অ্যালার্জির সমস্যা, পরিপাকতন্ত্রের রক্তপাত বা সংক্রমণ।