রাসায়নিক দমন পদ্ধতিতে ফসল ধ্বংসকারী প্রাণীদের মৃত্যু খুব তাড়াতাড়ি হলেও নিম্নলিখিত নানান সমস্যা দেখা দেয়। যেমন :
(i) অনেক সময় ক্ষতিকারক প্রাণী গুলো নির্দিষ্ট একটি রাসায়নিকের বিরুদ্ধে প্রতিরোধ গড়ে তোলে।
(ii) অনেক সময় ওই রাসায়নিক পদার্থগুলো নদী বাঁধের জলে মিশে দূষণ ঘটায়।
(iii) রাসায়নিক পদার্থগুলো খাদ্যশৃঙ্খলে প্রবেশ করলে খাদ্য শৃংখল এর বিভিন্ন খাদক এর ক্ষতি করে।
(iv) রাসায়নিক পদার্থগুলো অনেক সময় উপকারী পতঙ্গদেরও (যেমন প্রজাপতি, মৌমাছি ইত্যাদি) মেরে ফেলে।
(v) রাসায়নিক পদার্থ গুলি ফলবার শাকসবজির মাধ্যমে মানুষের দেহে প্রবেশ করলে নানান সমস্যার সৃষ্টি হতে পারে।
এইসব কারণে অনেক সময় ফসল ধ্বংসকারী জীবদের দমনের জৈবিক দমন পদ্ধতির সাহায্য নেওয়া হয়।