তিন মাসের বেশি সময় ধরে ওমিপ্রাজল সেবন করলে রক্তে ম্যাগনেসিয়াম নামক মিনারেলের পরিমাণ কমে যায়। এক বছরের বেশি সময় ধরে ওমিপ্রাজল সেবন করলে নির্দিষ্ট কিছু পার্শ্বপ্রতিক্রিয়ার সম্ভাবনা বেড়ে যায়। যেমন: হাড় ভাঙা, পেটের ইনফেকশন, ভিটামিন বি১২ এর অভাব। উল্লেখ্য, দীর্ঘ সময় ধরে ওমিপ্রাজল সেবন করলে ওমিপ্রাজলের কার্যকারিতা কমে যায় কি না সেটি এখনো জানা যায়নি। যদি মনে হয় যে ওমিপ্রাজল আর কাজ করছে না, তাহলে ডাক্তারের কাছ থেকে এই ব্যাপারে পরামর্শ নিতে হবে।