সাধারণত আমলকি ব্যবহারে কোন পার্শ্বপ্রতিক্রিয়া পরিলক্ষিত হয় না, তবে এর অতিরিক্ত সেবন এবং বিভিন্ন রোগে কোন আয়ুর্বেদিক চিকিৎসকের পরামর্শ ছাড়া অপরিমিত সেবন ক্ষতির কারন হতে পারে।