SEO və SEM arasındakı əsas fərq SEO-nun orqanik axtarış nəticələrinə əsaslanması və uzunmüddətli strategiya olmasıdır. SEM isə reklam vasitəsilə hədəf auditoriyaya daha tez zamanda çatmağı hədəfləyir. Şirkətlər həm orqanik, həm də reklam vasitəsilə trafik əldə etmək üçün çox vaxt həm SEO, həm də SEM-dən istifadə edirlər.