Əsas fərq, sistemin işlədiyi mühitdir. Linux VPS tamamilə təcrid olunmuş bir proqram mühitidir və ƏS nüvəsinin parametrlərini müstəqil şəkildə idarə etməyə imkan verir, yəni istifadəçi ƏS nüvəsinin öz nüsxəsini əldə edir. Konteyner seçərkən istifadəçi nüvənin əsas resurslarını bölüşür, sistem isə konteyner əsasında işə salınır. Konteyner VPS tez-tez proqram təminatının hazırlanmasında istifadə olunur, çünki bu sistem tətbiqetmənin hazırlandığı əməliyyat mühitində işləməsinə imkan verir.