رغم المميزات الكثيرة لنظام البلاك بورد الا ان هناك بعض العيوب أيضا، وتتمثل في وجود القيود على بعض المواد الدراسية، بالإضافة إلى تعامل الطلاب مع نظام جديد فقد يواجهون بعض الصعوبات في بداية الأمر.