يتم نقل البضائع في المستودعات الجمركية في مصر بعد وصولها إلى المستودعات وتفريغها من الحاويات أو العبوات التي تم استخدامها في التعبئة والتغليف. ويتم نقل البضائع داخل المستودعات الجمركية بواسطة العاملين في المستودعات باستخدام معدات النقل المختلفة، مثل الرافعات الشوكية والعربات اليدوية والمنصات النقالة.