على الرغم من أن السبب الدقيق لمتلازمة الأمعاء المتسربة غامض ، إلا أن زيادة نفاذية الأمعاء هي أحد الأسباب. يحدث أيضًا في أمراض أخرى ، مثل مرض السكري من النوع 1 و 2 ، والتهاب المفاصل ، ومتلازمة القولون العصبي ، والفصام ، وأنواع معينة من السرطان ، والسمنة ، وما إلى ذلك.