الإجراء نفسه آمن للغاية وله نفس مخاطر التلقيح الاصطناعي المنتظم، ولكن غالبًا ما تثار أسئلة بخصوص سلامة الحقن المجهري للذرية الناتجة عن استخدامه. تنص الجمعية الأمريكية للطب التناسلي على أنه “إذا حملت المرأة بشكل طبيعي، فهناك احتمال بنسبة 1.5٪ إلى 3٪ أن يكون الطفل مصابًا بعيب خلقي كبير. نادرًا ما يحدث تشوهات خلقية عقب الحقن المجهري. يُعتقد أن بعض الحالات التي ارتبطت باستخدام الحقن المجهري (متلازمة بيكويث ويدمان، أو متلازمة أنجلمان، أو المبال التحتي، أو تشوهات الكروموسومات الجنسية) تحدث في أقل بكثير من 1٪ من الأطفال الذين تم حملهم باستخدام هذه التقنية. قد تكون بعض المشكلات التي تسبب عقم المريض وراثية (يعاني آباؤهم من عقم عامل ذكوري)؛ لذلك، فإن الأولاد (من الرجال الذين يعانون من عامل الخصوبة الذكوري) الذين تم حملهم باستخدام الحقن المجهري قد يعانون من مشاكل العقم كبالغين.