المضاعفات الأكثر شيوعاً لجراحة الثقب البقعي هي تشكّل الساد، ولذلك ينبغي إخبار المريض باحتمال ضرورة استخراج الساد خلال فترة بين السنة والسنتين بعد العملية. لهذا السبب، بدءاً من عمر الخمسين، يُنصح المرضى بإجراء عملية مركبة تقتضي علاج الثقب البقعي واستخراج الساد معاً في نفس التدخل الجراحي.
توجد مضاعفات أخرى أقل شيوعياً ويمكن مقارنتها بتلك التي تحدث عند إجراء قَطع للزجاجي لغاية علاجية مختلفة، ومنها على سبيل المثال: حدوث تمزّقات، أو انفصال في الشبكية، أو التهابات داخل العين.