غالباً لا ترتبط قسطرة القلب بمخاطر كبيرة ولكن من الطبيعي أن هناك بعض عوامل الخطر خاصة لأن هذا الإجراء يتم في القلب، إلا أن عوامل الخطر الخاصة بهذه القسطرة نادرة جداً وتحدث في حالات محددة مثل معاناة المريض من السكر أو أن يكون المصاب تجاوز 75 عاماً. وتشتمل عوامل خطر هذه القسطرة على ما يلي: إمكانية حدوث نزيف. امكانية انخفاض ضغط الدم. أنسجة القلب قد تتعرض للتمزق. ردود أفعال تحسسية نتيجة المواد المستخدمة في العملية. عدم انتظام ضرات القلب. إمكانية الإصابة بالنوبات القلبية.