حبوب الكبتاجون لها آثار خطيرة على المدى البعيد خاصةً عند تناولها بكثرة، فهي تسبب مشاكل في الجهاز العصبي وضمور في المخ كما أن احتمالية الإصابة بالسكتات الدماغية والالتهاب الكبدي الوبائي تزيد مما قد يؤدي إلى الوفاة.