كثيرة هي الجراثيم التي تسبب الإسهال وتسبب أشكال مختلفة من التهابات المعدة والأمعاء ، وبعضه تخترق أنسجة الأمعاء وتنتشر في الدم والجهاز اللمفي والأجهزة الداخلية مسببة مجموعة من الأمراض الهامة
وأهم الأنواع هي: الإشريكية القولونية والكلبسيللا والمتحولات والسالمونيللا، والشيغيللا والكوليرا واليرسينيا وغيرها.