يرأس الهيكل التنظيمي لحكومة دبي الشيخ محمد بن راشد آل مكتوم، نائب رئيس دولة الإمارات رئيس مجلس الوزراء حاكم دبي.
وتتألف حكومة دبي من عدد من الهيئات والمؤسسات الخدمية التي تعمل بالتنسيق مع المجلس التنفيذي للإمارة بقيادة الشيخ حمدان بن محمد بن راشد آل مكتوم.