عندما يتم استخدام المضادات الحيوية ، وخاصة عن طريق الفم ، يتم إزعاج السكان الطبيعيين للنباتات المعوية وعندما يطول العلاج بالمضادات الحيوية ، يمكن أن يكون التأثير على الأمعاء عميقًا. ستساعد البروبيوتيك بالطبع على استعادة التجمعات الطبيعية للبكتيريا المعوية وهذا هو أحد المؤشرات الأساسية لاستخدامها.