العديد من السيدات يتساءلن هل عملية الحقن المجهري مؤلمه ؟ من خلال تجربتي مع الحقن المجهرى بالتفصيل لا تشعر الزوجة بأي ألم أثناء قيام الطبيب بعملية الحقن الحقن المجهري، نظراً لأن العملية يتم إجراؤها تحت تأثير البنج، سواء كان كلي أو موضعي، وبعد إنتهاء العملية يقوم الطبيب باعطاء ادوية الحقن المجهرى بالتفصيل التي تعمل على تحفيز عملية الإباضة، ومن الممكن أن تسبب هذه الأدوية شعور بعدم الارتياح يتخلله بعض الألم للزوجة.