الانتظار لفترة طويلة جدًا للحصول على علاج قناة الجذر يمكن أن يؤدي في كثير من الأحيان إلى فقدان الأسنان، يحدث هذا عمومًا عندما يكون جذر السن المصاب قد بقى دون علاج لفترة طويلة؛ مما يؤدي إلى فقدان العظام.
في كثير من الأحيان مع التشقق الشديد، قد يكون الوقت متأخرًا جدًا لعلاج قناة الجذر وسنلجأ إلى خلع السن.