برغم تشابه استخدام كليهما كعلاج لقرح الجهاز الهضمي إلا أنهما يختلفان في طريقة عملهم.
إذ يعمل سكرالفيت عن طريق تبطين الغشاء الداخلى للجهاز الهضمي. بينما يعمل الأوميبرازول على منع تكون حمض المعدة من الأساس لأنه يتبع فئة مثبطات لإفراز الحموض في المعدة (PPI).