تعتبر العلاقة بينهما علاقة عامٍّ بخاصّ، فالعلاج الطبيعي يركّز على المهارات الحركية الكبرى والأوضح وعلى القدرة الجسدية العامّة. بينما يدقّق العلاج الوظيفي مهمّته بتركيز على إحدى المهارات الوظيفية الدقيقة الجسدية أو حتّى الإدراكية (في حالات العلاج الوظيفي للأطفال وللمتعافين من الإصابات الدماغية) كمهارات الكتابة، القراءة، الذاكرة، الانتباه، الإدراك المكاني والزماني.