على الرغم من احتواء القهوة الخضراء على كمية أقل من الكافيين مقارنة بتلك الموجودة في القهوة العادية، إلا أنها يمكن أن تسبب آثاراً جانبية مرتبطة بالكافيين مشابهة للقهوة العادية، ومن الأعراض الجانبية المصاحبة لتناول الكافيين: - الأرق والتهيج. - الشعور بالغثيان. - اضطراب المعدة. - زيادة معدل ضربات القلب.