وجود الأميبا في البراز يحتاج إلى أنواع خاصة من الأدوية للتخلص من هذا الطور من دورة حياة الأميبا؛ لأن هذا الطور المتكيس قد يكون الإنسان حاملا له ويسبب العدوى لغيره؛ وقد تسبب إمساكاً أو آلاماً في البطن بين الحين والآخر أو حتى الشعور بالانتفاخ؛ مما يعتقد المريض معه أنه عسر في الهضم؛
العلاج يعتمد على حجم الاصابة وعادة يستعمل مترونيدازول لمدة 10 ايام بواسطة الفم اما اذا كان هناك استفراغ فيجب عبر المصل وبعد انتهاء العلاج يجب تناول بارومومايسين او ديلوكسانيد كل ذلك تحت اشراف طبيب
بعد العلاج يجب فحص البراز