‏هناك فرق بين القولون العصبي والقولون الهضمي، والفرق يعتمد بشكل رئيسي على تأثير كل منهما على القناة الهضمية، فعند فحص القناة الهضمية في حالة القولون الهضمي يمكننا أن نرى تاثير الضرر الناتج عن التهاب القناة الهضمية، أما في حالة القولون العصبي فلن يفيد فحص القناة الهضمية، حيث لا يوجد ضرر ملموس، ولكن يتم تشخيص القولون العصبي من خلال الأعراض فقط.