إن المضاعفات تختلف من مريض لآخر بسبب مكان الكيس الدهني بالدماغ ومدى صعوبة استئصاله. ولكن عموماً إذا كان الكيس غير متصل بالدماغ لا يجب أن يكون هناك أي مضاعفات.