يستخدم الأطباء التنظير الداخلي الهضمي لتحديد ومعالجة المشاكل في المريء والمعدة والأمعاء والمستقيم غالبًا،وحتى إذا لم يكن لدى المريض أعراض، قد يستخدم الأطباء التنظير الداخلي للتحرِّي عن مشاكل خطيرة مثل سرطان القولون، والتي يمكن معالجتها إذا جرى اكتشافها.