هناك عدد من ما هي مضار الأرجنين المحتملة أهمها: عسر الهضم، الغثيان، الانتفاخ، الصداع، الإسهال. كما يوجد بعض الأضرار الأكثر حدة ذكرناها بالمقال مثل: الحساسية وانخفاض ضغط الدم، وبالطبع في حالة تناول جرعات عالية من مكملات الأرجنين تزداد الخطورة. لذلك، فالطبيب المختص هو من يحدد لك الجرعة المناسبة للمنع من مضار الأرجنين.