يحدث شق الشفة وشق الحنك بسبب عوامل وراثية وعوامل أخرى، لذلك له جانب وراثي وجوانب أخرى تتعلق على سبيل المثال بتدخين الأم أثناء الحمل أو التعرض لأشعة إكس أو شرب الكحول في فترة الحمل، وقد تؤدي هذه العوامل إلى شق الشفة والحنك. قد يؤدي استعمال الأدوية في فترة الحمل إلى شق الشفة والحنك.