تاريخياً القصر العيني بعد قام شهاب الدين أحمد العيني بإنشاء القصر بعام واحد أمر السلطان قايتباي بالقبض عليه وبعد عام تمكن شهاب العيني من الهرب الى المدينة المنورة وتوفي هناك عام 1504 م وبذلك تحول القصر الى الملكية العامة الدولة. نقلت المدرسة الى القصر العيني بعد موافقة محمد على باشا وذلك عام 1837م، ومن ذلك الوقت أصبح القصر العيني صرح طبي بل وأقدم مدرسة للطب في الوطن العربي.