وجه الخلاف بين البوطي والسلفية هو أن البوطي يؤيد المذاهب الأربعة ويرى أن السلفية مرحلة زمنية وليست مذهباً إسلامياً فيما يرى السلفيون أن السلفية مذهباً، وقد اتفق البوطي والشعراوي في هذا الاعتقاد.