قد تحدث بعض المضاعفات الناجمة عن الشق الشرجي منها حدوث شق للعضلات المحيطة ، بالإضافة إلى عدم التئام الجرح و صعوبة إخراج البراز مع تكرار الإصابة بالشق الشرجي مرة أخرى.