كما هو الحال مع أي عملية جراحية، تنطوي جراحة تعديل الحاجز الأنفي على مخاطر معينة، مثل النزيف والعدوى ورد الفعل العكسي للتخدير. كما تشمل استمرار الأعراض، مثل انسداد الأنف، والنزيف المفرط، وما إلى ذلك.