تعزى أسباب فشل تخصيب البويضات في الحقن المجهري إلى تجاوز الثلاثينات بالنسبة للمرأة وضعف بطانة الرحم والإصابة بالأورام الليفية وحدوث تمدد في قناة فالوب، بالإضافة إلى ضعف الحيوان المنوي والتعرض للعدوى والإصابة بأحد أمراض المناعة الذاتية، كما قد يفشل التخصيب نتيجة وقوع خطأ طبي أثناء إجراء الحقن المجهري.