يمكن أن تواجه عدد من المشكلات أثناء تحديث ايفون والحصول على iOS 16 والتي من أهمها ما يلي: يمكنك أن تواجه مشكلة أثناء تثبيت التطبيق وتظهر لك رسالة تعذر التثبيت أو حدث خطأ أثناء التثبيت. يحدث في بعض الأحيان أن تثبت الشاشة على التحقق من تثبيت التطبيق. تمتلئ المساحة التخزينية لهواتف ايفون ذات 32و 64 جيجا بسرعة والتي تعمل بنظام تحديث الايفون iOS 16. تعاني من مشكلة إفراغ البطارية بسرعة وقد عالجت أبل هذا الأمر بإضافة ميزة الشحن المحسن للبطارية.