يقع الأكواريوم في الجزء الأمامي من قلعة قايتباي من الأسفل وعلى بُعد 73 كم، مما يُسهل على الزائرين الذهاب إليه، بالإضافة إلى مكتبة الإسكندرية العريقة والتي تبُعد فقط 3.95 كم.