يؤثر الإجهاد على الميكروبيوم المعوي عن طريق تقليل تركيز بكتيريا البروبيوتيك. تؤدي جميع المواقف العصيبة التي يتعرض لها الحيوان إلى زيادة درجة الحموضة المعوية. عندما يحدث هذا ، من المرجح أن يفضل الجهاز الهضمي تطور الأنواع المسببة للأمراض ( البكتيريا السيئة) ، على حساب الأنواع المفيدة      (البكتيريا الجيدة).