قد يسبب نقص فيتامين د اضطرابات في الغدة الدرقية المناعية الذاتية ، و من الأسباب الأكثر انتشارَا مرض التهاب الغدة الدرقية هاشيموتو ، و مرض جريف و الذي يتمثل بفرط نشاط الغدة الدرقية .