التصوير بالرنين المغناطيسي هو إجراء غير مؤلم وآمن. قد يجد البعض أن الأمر غير مريح إذا كانوا يعانون من رهاب الأماكن المغلقة، لكن معظم الناس قادرون على التحكم في الأمر بدعم من اختصاصي الأشعة. تحتوي معظم ماسحات التصوير بالرنين المغناطيسي الحديثة على نفق أوسع، ما قد يساعد في تقليل رهاب الأماكن المغلقة.