عادةً ما يحدث عيب القلب الخلقي أثناء نمو الطفل في الرحم. فهو يحدث مع تكوُّن قلب الطفل، بعد شهر تقريبًا من بدء الحمل. تُسبب عيوب القلب الخلقية حدوث تغير في تدفق الدم في القلب. ويمكن أن تزيد بعض الحالات المرضية والأدوية والجينات من خطر حدوث عيوب خلقية في القلب