يجب أن تكون قناة الجذر ذات المخدر الذي يدار بشكل صحيح غير مؤلمة على الإطلاق. معظم قصص الرعب التي تسمع عن قنوات الجذر عادة ما تكون بسبب مخدر غير صحيح أو غير كاف. عادة ما تكون هناك كمية خفيفة من الانزعاج لمدة 24 ساعة تقريبا بعد علاج قناة الجذر والتي يمكن السيطرة عليها بسهولة كبيرة مع بعض مسكنات الألم مثل البروفين أو الأسبرين.