تظهر مشاكل الجرد في الشركات الكبيرة عند الاعتماد على الجرد اليدوي وذلك بسبب وجود منتجات ومواد بأعداد كبيرة، مما يترتب عليه حدوث أخطاء من قبل أعضاء اللجنة أثناء حصر المخزون وتحديد المنتجات السليمة والتالفة.
كما أن الاستعانة بموظفين غير مؤهلين لتنفيذ جرد المخزون بطريقة سليمة، مما يؤدي لنتائج غير صحيحة مما يضر بمصلحة الشركة، خاصة عند الاحتياج لمواد خام لاستكمال عملية الإنتاج.
الجرد اليدوي يؤثر على كافة العمليات الأخرى من إنتاج أو توريد، وذلك بسبب استغراقه وقت طويل في لإنهاء الجرد، بالإضافة الى عدم التمكن من اكتشاف أي سرقات أو نقص بالمخزون عند الاعتماد على الجرد اليدوي.