يعتمد تشفير WhatsApp على نفس كود المصدر لدى تطبيق Signal، وهو تطبيق للمراسلة السرية المشفرة من الطرف إلى الطرف ويحظى بتقدير كبير من قبل خبراء الأمن السيبراني. يمكن للمستلم المقصود فقط من الرسالة فك تشفير محتوياتها، لذلك لا يمكن حتى لـ Facebook أو WhatsApp الوصول إلى محادثاتك.
ومع ذلك، فإن WhatsApp يقدم بعض التنازلات الطفيفة في الأمان من أجل راحة الاستخدام. عندما تقوم بتغيير الهاتف، على سبيل المثال، يتم إعادة التفاوض على مفاتيح التشفير الخاصة بك بحيث يظل بإمكانك الوصول إلى الرسائل التي تم تخزينها على هاتفك القديم. تفتح عملية إعادة التفاوض هذه ثغرة أمنية قد تسمح لشخص ما في Facebook بقراءة رسائل المستخدم.