يُحدد الطبيب المختص نوع الفحوصات اللازمة للتشخيص، حتّى وإن لم تظهر الأعراض، لأن بعض الأمراض المنقولة جنسيا لا تظهر أعراضها في البدايات. ويتمكن الأطباء من تشخيص الأمراض بالاعتماد على فحص البول أو الدم. أو بأخذ مسحة من تقرحات الأعضاء التناسلية.