تقع مدينة سان فرانسيسكو في شمال ولاية كاليفورنيا. تقع على الطرف الشمالي من جزيرة سان فرانسيسكو. وهي تطل على المحيط الهادي من الغرب وخليج سان فرانسيسكو من الشرق.