لا تعتبر إزالة الكبسولة الذكية إجراءً صعبًا، حيث يمكن إزالة الكبسولة بسهولة عبر التنظير الهضمي للمعدة، كما أن الأنواع الحديثة من الكبسولة الذكية تطرح خارج الجسم بشكل تلقائي بعد انتهاء فترة العلاج.