تنظيف الخزانات الأرضية يتطلب تفريغه من الماء باستخدام أجهزة شفط قوية. ثم النزول لداخل الخزان والقيام بتنظيفه بالكامل من الداخل، وإزالة كافة العوالق من أتربة وطحالب. غسل الخزان بالماء النظيف ومواد التنظيف التي لا تتفاعل مع هيكله والتخلص من الماء. إعادة ملء الخزان وتعقيمه بالكلور حسب النسبة المقررة من خلال فني محترف. غلق الخزان من اعلى بطريقة محكمة للحيلولة دون دخول الماء أو الأتربة للداخل.