هناك العَديد من السلبيات التي تُسببها الحناء للشعر و هى: من الصعب إزالة الحناء عن الَشعر، لأنّ الحناء تُغلف كامل الشَعرة الواحدة ولا يُمكن أن تزول إلا عندما ينمو الشَعر. قد تُعطي الحناء لونًا غير مرغوبٍ به وغير متوقع للشعر. لا يُمكن صبغ الشَعر بعد الحناء باستخَدام الصبغات العادية، حيث إنّ المواد الكيميائيّة الموجودة في الصبغة لا يُمكنها تغيير اللون إلا بعد مُضيّ خمسة أشهرٍ على الأقل. تُسبب الحناء جفاف الشَعر خاصة إن كان الشَعر من النوع العادي أو الجاف، ولهذا يجب ترطيب الشَعر يوميًا إن تم استخدام الحناء، ويُفضل استخدام زيت خاص بالشَعر بعد استَخدام الحناء. تُسبب الحناء المقلدة حساسية لفروة الرأس وبعض الأمراض الجلديّة، كما أنّها تُسبب تساقط الشَعر