من ضمن مساوئ و سلبيات نظام جامعة الملك خالد بلاك صعوبة و تعسر استخدام النظام من قِبل الطلاب في القرى و المناطق النائية بالمملكة لعدم وجود شبكة إنترنت جيدة, بالإضافة إلى غياب الاتصال المباشر و الافتقار إلى عنصر التفاعل وجهاً لوجه.