يتساءل البعض كيف توفي الشيخ البوطي والإجابة هي أنه قُتل غدراً في تفجير انتحاري خلال إعطائه أحد الدروس الدينية في مسجد الإيمان بحي المزرعة في مدينة دمشق يوم الحادي والعشرين من شهر مارس عام 2013 م.