إجراء عملية نظافة شاملة من فترة لأخرى للخزان مهمة حتى تظل المياه بحالة صحية يمكن استخدامها فيها، يبدأ تنظيف الخزان بتفريغ المياه، ثم التنظيف والتعقيم من الداخل، وفي النهاية إعادة ملئه بمياه نظيفة، كما يجب الحرص على تغطيته؛ حتى لا تصله الحشرات، وتعيش بداخله وتتكاثر..