تستنِدُ المُعالجة إلى السبب،وهناك مُعالجات نوعيَّة لبعض أمراض سُوء الامتصاص،فعلى سبيل المثال، تجري مُعالجة الذرب المداري وداء ويبل بالمضادَّات الحيوية.