نعم قد يؤدي استخدام زيت الزعتر للشعر إلى حساسية الجلد وتحديدا فروة الرأس، حيث يؤدي الاستعمال المنفرد لزيت الزعتر عليها إلى الاحمرار والشعور بحكات متفرقة
الأشخاص الذين يعانون من حساسية ضد نباتات الخزامى والريحان وإكليل الجبل قد يعانون على الأغلب من حساسية ضد الزعتر، لذا يجب عليهم الحذر قبل وضع الزيت على فروة الرأس
للتغلب على الحساسية يجب تخفيف زيت الزعتر، عن طريق إضافة زيت الأفوكادو أو زيت اللوز أو زيت الجوجوبا أو زيت الزيتون، وكلها زيوت ناقلة تخفف حدة زيت الزعتر وتقيك حساسية فروة الرأس.