يصل عدد سنوات دراسة ماجستير الطب في جامعة عين شمس إلى 3 سنوات على الأقل حسب تخصص الطالب الوافد، ويدرس الطالب بواسطة خطة دراسية معتمدة معترف بها، كما تعتمد الدراسة على نظام الساعات المعتمدة.