الأسباب الشائعة المستخدمة لإجراء الحقن المجهري: العقم الشديد عند الذكور الذي لا يحتاج إلى تلقيح الحيوانات المنوية من متبرع. الأزواج الذين يعانون من العقم مع: تركيز الحيوانات المنوية أقل من 15-20 مليون لكل مليلتر. ضعف حركة الحيوانات المنوية – أقل من 35٪. مورفولوجيا الحيوانات المنوية سيئة للغاية (قيمة القطع الذاتية المحددة قابلة للنقاش). وجود أطفال أنابيب سابق بدون إخصاب – أو معدل إخصاب منخفض (نسبة منخفضة من البويضات الناضجة التي تم تخصيبها بشكل طبيعي). في بعض الأحيان يتم استخدامه للأزواج الذين لديهم إنتاجية منخفضة من البيض عند استخراج البويضات؛ في هذا السيناريو، يتم استخدام الحقن المجهري في محاولة الحصول على نسبة أعلى من البويضات المخصبة مقارنة بالتلقيح التقليدي للبويضات (خلط البويضات والحيوانات المنوية معًا).