بالرغم من المميزات التي يملكها التطبيق الا انه يحتوي علي بعض العيوب القاتلة اهم تلك العيوب انه غير متاح علي متجر جوجل بلاي وبعض العيوب الاخري مثل التوقف المفاجئ عند استخدام العديد من المميزات في نفس الوقت وهي مشكلة لا يمكن حلها حيث تعتمد علي نوع المعالج في هاتفك وكم ميزة سيسمح باستخدامها دون حدوث اي عطل او توقف.
في الاصدارات الاقدم من واتساب كانت هناك العديد من العيوب مثل حظر الحساب بسبب خطأ في التطبيق او عدم امكانية تسجيل حسابك في التطبيق ولكن تم حل هذه المشاكل في الاصدارات الاخيرة حيث يعتمد واتساب في كل اصدار جديد علي تحسين وحل الاخطاء السابقة لذا اصبح الان شبه خالي من العيوب خاصة عيوب البطء والتوقف المفاجئ.