هناك عدة مضاعفات يمكن أن تحدث إذا ترك كيس بيكر دون علاج ، بما في ذلك ازدياد الألم سوءًا، وزيادة حجم الكيس حتى ينفجر. ومع انفجار كيس بيكر قد يؤدي تسرب السائل من الكيس إلى حدوث التهاب في الأنسجة المحيطة، بالإضافة إلى ألم وتورم واحمرار في ربلة الساق (السمانة) وخدر وتنميل خلف الساق. تتشابه أعراض انفجار كيسة بيكر تجلط الدم في ربلة الساق (التهاب الوريد الخثاري) ولذلك يجب التوجه على الفور إلى الطبيب في حال ملاحظة هذه الأعراض لعلاج السبب الرئيسي ولتجنب إعادة انتفاخ كيس بيكر وامتلاءه بالسائل الزلالي.