يوجد برنامجان دكتوراه في الجامعة الافتراضية، الأول هو الدكتوراه في المعلوماتية والثاني الدكتوراه في الإدارة (تقنية /جودة/ أعمال)، ويشترط أن يكون الطالب حاصل على معدل جيد جدا على الأقل في برامج الماجستير الأكاديمي.