يتمكن المضاد الحيوي من قتل الميكروب الذي أدى لتكوين الصديد في الناسور، ولكن لا يمكن علاج الناسور من خلال المضادات الحيوية فقط، ولكن يتم علاج الناسور الشرجي من خلال العلاج الجراحي أو العلاج بالليزر وذلك على حسب الحالة.