تختلف تكلفة برنامج فوترة الوقت حسب عدة عوامل مثل: الميزات المقدمة، وعدد المستخدمين، ومدى الاحتياجات المطلوبة في البرنامج.
تقدم بعض البرامج خيارات أكثر بتكلفة معقولة مستهدفةً الأفراد أو الشركات الصغيرة، وبرامج أخرى تستهدف المؤسسات والشركات الكبرى بتكلفة أعلى مع ميزات متقدمة، في حين يوجد هنا بعض البرامج التي تقدم خططًا مجانيةً إلى الأبد، ولعدد غير محدود من المستخدمين، مثل تطبيق جِبل لفوترة الوقت.