تضم جامعة الفارابي ١٦ كلية مختلفة بداخلها، والتي تتنوع بين الطب العام، وطب الأسنان، وطب الأطفال، والصيدلة، والتمريض، والهندسة، بالإضافة إلى عدد من التخصصات الأخرى مثل الإدارة، وعلوم الحاسب، والكيمياء، والسياحة، فضلًا عن التاريخ وعلم الآثار وغيرهم.