تشمل بعض التحديات الرئيسية في إدارة المشاريع عبر الإنترنت ما يلي:
تنظيم الوقت الجديد : استخدام الأدوات والتقنيات المبتكرة للوقت والهام.
التعامل مع العملاء عن بعد : طوّر طرق الاتصال والتواصل مع العملاء.
إدارة لا تحتوي على الاستدامة المالية : نوّع مصادر الدخل وتحوّط ضد العديد من الأضرار الأخرى.