قد تؤدي المضاعفات الناتجة عن عيب الحاجز البطيني إلي ما يلي: مشاكل في الرئتين و احتمال الإصابة بالسكتة القلبية و عدم انتظام ضربات القلب و مشكلة في صمام القلب و ضعف عام في حركة النمو.