لعل أهم السلبيات تقتصر على أن التعلم الذاتي لا يحقق الفاعلية المطلوبة لبعض التخصصات، كما أنه لا يتناسب مع بعض المواد الدراسية، مثل الألعاب الرياضية والمشاركة الفاعلة في المحادثة داخل الغرف الصفية، إضافة إلى عدم المواصلة التي لا وجود لموجبات تستحثها على المتابعة سوى الإرادة الذاتية.