في كتابه "معضلة المبتكر"، يركز كلايتون كريستنسن على العقبات الداخلية التي قد تواجه الشركات عند محاولة الابتكار. تأتي هذه العقبات في شكل المقاومة الثقافية والتحديات التنظيمية، وقد تمنع الشركات من اعتماد التقنيات الجديدة والابتكار. المقاومة الثقافية غالباً ما تكون أحد العوائق الرئيسية. الشركات القائمة غالباً ما تكون لديها ثقافة متأصلة تحدد كيف يتم القيام بالأعمال، وهذه الثقافة قد تكون مقاومة للتغيير. قد يجد العاملون صعوبة في التكيف مع الأفكار الجديدة أو التقنيات، ويمكن أن يكون لديهم مخاوف بشأن كيفية تأثير التغييرات على وظائفهم أو وضعهم في الشركة. التحديات التنظيمية تكون أيضاً مشكلة رئيسية. تعتمد الشركات الكبيرة على هيكل تنظيمي معقد للتشغيل بفعالية، وهذا الهيكل قد يكون صعب التغيير. يمكن أن تكون العمليات والأنظمة التي كانت فعالة في الماضي عائقاً أمام الابتكار، حيث يمكن أن تجعل من الصعب تبني الأفكار الجديدة أو التقنيات. للتغلب على هذه التحديات، يقترح كريستنسن في كتاب "معضلة المبتكر " بعض الاستراتيجيات. بالنسبة للتحديات الثقافية، يشدد على أهمية تطوير ثقافة تقبل الفشل كجزء من عملية الابتكار. بالنسبة للتحديات التنظيمية، يوصي بتبني بنى تنظيمية مرنة ومتكيفة تتيح للأفكار الجديدة أن تزدهر. تطوير ثقافة تقبل الفشل يمكن أن يكون عملية صعبة، لكنها مهمة للغاية. كما يفسر كريستنسن في كتاب "معضلة المبتكر "، الابتكار يتطلب محاولة أشياء جديدة، وهذا يعني أن بعض الأفكار لن تعمل. يجب على الشركات أن تعتبر الفشل كفرصة للتعلم، وليس كعقبة. ومن ناحية أخرى، تطوير بنى تنظيمية مرنة تتطلب رؤية استراتيجية وتغييرات عميقة في كيفية تشغيل الشركة. هذا قد يعني تبني نماذج تنظيمية مختلفة، مثل الفرق المتعددة الوظائف أو الهياكل التنظيمية المسطحة، التي تمكن الأفراد من التعاون بشكل أكثر فعالية وتحسين سرعة اتخاذ القرارات. على الرغم من التحديات، يوضح كريستنسن أن التغلب على هذه العقبات الثقافية والتنظيمية أمر حيوي لنجاح الابتكار. الشركات التي تستطيع القيام بذلك بنجاح غالباً ما تجد نفسها أكثر قدرة على التكيف مع التقنيات الجديدة وتقود التغيير بدلاً من مجرد الاستجابة له.