أرتجاع المرئ قد يسبب صعود بعض العصارة المعدية بالجهاز التنفسى وخاصة أثناء النوم وهذا قد يسبب ضيق بالتنفس وبعض الالام الصدر. ويتوجب علاج الأرتجاع عن طريق الأدوية لفترة لا تقل عن 3 شهور قبل التفكير فى العلاج الجراحى.
يجب ايضا استبعاد الأصابة بالميكروب الحلزونى للمعدة.