يتمثل علاج تأخر الدورة الشهرية في علاج السبب المرضي - إن وجد - كخلل الغدد أو غير ذلك، بالإضافة إلى معالجة الأسباب العرضية كاضطراب الوزن أو الغذاء أو الضغط النفسي، إلى جانب ممارسة الرياضة والابتعاد عن التوتر والإكثار من شرب الماء والتقليل من الأغذية المشبعة بالدهون.