وعلى النقيض من طرق الختم التقليدية، والتي غالبًا ما تشكل طبقة واقية مرئية، فإن الختم النانوي يعمل على المستوى الجزيئي. تخترق الجسيمات النانوية مسام السطح وتشكل مركبًا كيميائيًا يخلق طبقة واقية غير مرئية تقريبًا وطويلة الأمد. تتيح هذه التقنية للسطح أن يصبح طاردًا للماء والأوساخ دون تغيير شكله أو ملمسه.