قد يتسائل البعض عن الآثار الجانبية لأشعة الايكو على القلب، وعادة ليس هناك آثار جانبية لإجراء فحص الايكو على القلب عبر الصدر، ولكن قد يكون هناك خطرًا منخفضًا جدًا من الآثار الجانبية أو المضاعفات عند: إجراء فحص الايكو بالمنظار عبر المريء مثل التهاب الحلق بعد الاختبار، وفي حالات نادرة جدًا يمكن أن تحدث مضاعفات خطيرة مثل تلف الحلق، أو الحبال الصوتية، أو المريء. قد يؤدي استخدام التخدير الموضعي، والمهدئات، والأصباغ المتباينة أثناء الاختبار إلى حدوث تفاعل تحسسي لدى بعض الأشخاص. يمكن أن تُسبب الأصباغ المتباينة بعض الآثار الجانبية مثل الصداع، والغثيان، والقلق، ومشاكل في البصر أو السمع. قد يعاني بعض الأشخاص من تغيرات في ضغط الدم أو انخفاض في إمداد القلب بالأكسجين أثناء اختبار الإجهاد.