تشمل كل الجراحات على اثنين من المخاطر الرئيسية: العدوى والنزيف. ولكن هذه المضاعفات هي غير اعتيادية في عمليات المياه الزرقاء.
إنما التحدي الأكبر فهو التندب والتئام الجروح بعد العملية.