لا يختلف سبب الثالول التناسلي عند الرجال عن سببه لدى النساء، ففي الحالتين يعزى سبب الإصابة إلى انتقال العدوى الجنسية الناتجة عن إحدى سلالات فيروس الورم الحليمي البشري.