تقوم المفوضية باستخدام الصدقات التي تتلقاها عبر صندوق الزكاة للاجئين لتنفيذ برامج المساعدات النقدية والعينية والخدماتية، كالتعليم والمأوى والصحة وتأمين مصادر الرزق وما إلى ذلك. المساهمات المحددة على أنها صدقة جارية مخصصة عادة لبرامج تأمين مصادر المياه، بما في ذلك حفر وإعادة تأهيل الآبار.