لقد تميزت المدرسة عن المسجد ببعض خواص لا تتخلف عنها وأهمها:  الإيوان أو قاعة المحاضرات وفق التعبير الحديث، فما كانت المدرسة تخلو منه فهو أبرز مرافقها. والمساكن المعدة لسكنى الطلبة والمدرسين وكانت مجهزة بالأثاث والأدوات الضرورية للمعيشة كالأواني والموائد والمصابيح وغيرها. والمدرسون المعينون من قبل أصحاب المدرسة أو ولاة الأمر لتعليم الطلاب، خلافا للمسجد الذي كان المدرسون يقومون بواجبهم التدريسي تطوعا وبدافع ذاتي من أنفسهم. وأخيرا يُلاحظ أن أعداد تلاميذ المدارس كان أقل كثيرا من تلاميذ المساجد، وغالبا ما كانت تجري عليهم الأوقاف.