يكمن الاختلاف عند إجراء كل منهما لعلاج آثار حب الشباب العميقة وإزالة أثار الندوب، حيث يعد الفراكشنال ليزر أكثر سطحية من الليزر الكربوني التقليدي، لذا فإنه أفضل في علاج التصبغات البقعية والخطوط الدقيقة، بينما يعد الليزر الكربوني أفضل في علاج الخطوط والتجاعيد العميقة وشد الجلد وازالة الندبات.