مشكلة ارتجاع المرئ تعود الى ضعف عضلة بوابة الفؤاد التى بين المرئ والمعدة والذى يؤدى لرجوع محتويات المعدة للمرئ وأحيانا للحلق .. أما زيادة الحمض فهو عامل مساعد ويؤدى لزيادة حدة الأعراض المصاحبة للارتجاع.. اما بالنسبة لقياس مستوى حموضة المعدة فهذا الفحص لا نلجأ اليه عادة الا اذا كانت اعراض ارتجاع المرئ موجودة ولكن المنظار لم يبين وجود علامات الارتجاع على المرئ.