عادة مرض القولون التقرحي ليس خطير وعادة علاجه سهل. ولكن في بعض الاحيان ممكن ظهور مشاكل او مضاعفات. من ناحية السرطان فقد يحدث في بعض الناس فقط ولذلك يجب المتابعة المستمرة. وفي بعض الاحيان يجب استئصال القولون لتجنب خطر السرطان