يعمل كل من مثبطات مضخة البروتون ومحصرات الهيستامين على وقف افراز حمض المعدة ولكن يختلف العلاجين بطريقة العمل بحيث تقوم مثبطات البروتون باغلاق المضخات الخلوية وبذلك يحافظ على حموضة المعدة اما محصرات الهيستامين قتعمل على منع تشكل الاشارات المسؤوله عن افراز الحمض بالمعدة والتي يتم انتاجها من مستقبلات الهيستامين الموجوده على الخلايا وبالنسبة لمثبطات مضخة البروتون فهي تحتاج لوقت لتبدأ بالعمل ولكنها تعمل لفترة أطول من الزمن (قد يستمر اثرها ل 24 ساعة) في حين تبدأ حاصرات H2 العمل في غضون ساعة ولكنها تعمل لمدة 12 ساعة