كلما تم تشخيص الحالة مع بدء العلاج مبكرا، كلما كان العلاج أكثر فعالية. كما يمكن للأدوية الموصوفة من قبل الطبيب مع اتباع نظام غذائي صحي التخفيف من اعراض القولون التقرحي الخفيفة والمتوسطة والحد من تدهور الحالة. وقد يشمل العلاج في الحالات الشديدة الاستئصال الجراحي للقولون.