تشمل المضادات الحيوية التي توصف عادة لخراج اللثة الأموكسيسيلين والبنسلين. وتعالج هذه المضادات الحيوية أيضًا العديد من الالتهابات العامة والتهابات الأسنان الأخرى. وقد يصف طبيب أسنانك الميترونيدازول والبنسلين لعلاج الالتهابات البكتيرية. لكن من المهم معرفة أن المضادات الحيوية وحدها لا تستطيع منع الخراج. بدلاً من ذلك يتم استخدامها بعد علاج قناة الجذر أو بعد قلع الأسنان للمساعدة في إزالة العدوى.