يقوم من أنشأ الفيروس ببرمجة الفيروس و توجيه الأوامر له حيث يقوم بتحديد الزمان و متى و كيف يبدأ الفيروس بالنشاط و عادة ما تعطى فرصة كافية من الوقت للفيروس حتى يضمن حرية الانتشار دون أن يلفت الانتباه ليتمكن من إصابة أكبر عدد ممكن من المستخدمين، و تختلف الفيروسات من حيث بدأ النشاط فهنالك من يبدأ بتاريخ أو وقت محدد و هنالك من يبدأ بالعمل بعد تنفيذ أمر معين في البرنامج المصاب و هناك من الفيروسات من يبدأ بالنشاط بعد التكاثر و الوصول الى رقم معين من النسخ. و بعد أن ينشط الفيروس يقوم الفيروس بعدة أنشطة تخريبية حسب الغرض من إنشاء ذلك الفيروس فهنالك من يقوم بعرض رسالة تستخف بالمستخدم أو تقوم بعرض رسالة تحذيرية عن طريق امتلاء الذاكرة و هناك أنواع أخرى تقوم بحذف أو تعديل بعض الملفات و هناك من يقوم بتكرار و نسخ نفسه حتى يشل جهازك تماماً و هناك أنواع أشد فتكاً فتقوم بمسح كل المعلومات من القرص الصلب .