يمكن تشخيص الإصابة بشق الشفة ببدء التصوير بالأمواج فوق الصوتية في الأسبوع 13 من الحمل. مع استمرار نمو الجنين، يصبح من السهل أكثر تشخيص شق الشفة بدقة. عندما يحدث شق الحنك لوحده، يمكن تشخيصه باستعمال الأجهزة الحديثة والعصرية للتصوير بالأمواج فوق الصوتية.