يعد الجهاز الهضمي لجميع الحيوانات موطنًا لنظام بيئي معقد لملايين الكائنات الحية و الدقيقة ، والمعروف باسم الميكروبيوم ، والذي كان يُطلق عليه سابقًا اسم الميكروفلورا. يحتوي الميكروبيوم  على مجموعة متنوعة من البكتيريا والفطريات التي يوجد منها حوالي 400 نوع مختلف من الكائنات الحية الدقيقة بإجمالي عدد كائنات يصل إلى 1014 تقريبًا على طول القناة الهضمي. هذا يعني أن هناك كائنات حية في الأمعاء أكثر من الخلايا الموجودة في باقي الجسم ، وهذا يجعل الجهاز الهضمي أكبر جهاز مناعي في الجسم. يزداد عدد الكائنات الحية الدقيقة عدديًا من المعدة إلى الأمعاء الغليظة ، حيث يكون التنوع الميكروبي أعلى بسبب بطء تدفق الطعام وزيادة الوقت وتوافر العناصر الغذائية لاستخدام الميكروبيوم.