توجد فروقات باثولوجية طفيفة بين القرحتين وهي لا تهم القاريء، لكننا سنشرح الفروق المهمة من حيث الأعراض والتي تهم المريض أكثر.
النقطة الأهم هي أن ألم القرحة المعدية والحرقان يظهر بعد مرور 10-15 دقيقة فقط من تناول الطعام، أي بمجرد إفراز عصارة المعدة الحمضية، بينما ألم قرحة الإثنى عشر يظهر متأخراً بعد مرور حوالي 2-3 ساعات من تناول الطعام وهو الوقت الذي يستغرقه وصول الطعام مع العصارة.