قد يؤثر الصيام المتقطع أيضًا على الدورة الشهرية للمرأة، ذلك لأن الصيام لفترات طويلة يمكن أن يؤثر على منطقة الوطاء في الدماغ المتوسط وهو القسم المسؤول عن تنظيم الهرمونات الجنسية مثل الإستروجين والتي تلعب دورًا مهمًا في الطمث والوظيفة الجنسية.