تستقر جرثومة المعدة في بطانة المعدة وتضعفها وتسبب التهابًا، مما يسمح للأحماض المعدية بالتسبب في ضرر بأنسجة المعدة. هذا قد يؤدي إلى حدوث تقرحات، والتهابات، وقد يزيد من خطر الإصابة بسرطان المعدة على المدى الطويل.