يقرر الطبيب وحده استخدام الحقنة الشرجية لعلاج حالات الإمساك المزمنة ، وذلك بعد استخدام أساليب كثيرة لعلاجه، ولم تنجح مع انتفاخ فى البطن وغازات، وهنا من الممكن استخدامها، فهى تعطى راحة سريعة نتيجة تفريغ محتويات القولون من البراز والغازات المتراكمة.
ولكن يجب التحذير من الاستخدام المفرط أو المستمر للحقنة الشرجية، لأنه يضر بشدة، ويعطى نتيجة عكسية، ويؤدى إلى الإصابة بالإمساك، فكثرة استعمالها يؤدى إلى أن الأمعاء تفقد قدرتها الطبيعية على تفريغ محتوياتها، ولذلك يجب تقنين المسألة تحت إشراف الطبيب.