تواجه عملية كشف المياه السطحية العديد من التحديات التي تؤثر على دقة الكشف وفعاليته، ومن أهم هذه التحديات:
• يؤثر تغير المناخ على توزيع المياه السطحية، ويجعل من الصعب التنبؤ بمواقع وكميات المياه السطحية في المستقبل.
• تختلف التضاريس والجغرافيا في المناطق المائية والصحراوية، وهذا يجعل من الصعب تحديد مواقع وجود المياه السطحية وكميتها.
• تتعرض العديد من المصادر المائية للتلوث بسبب الأنشطة الصناعية والزراعية والبشرية، مما يجعل من الصعب استخدام هذه المصادر لأغراض مختلفة.
• يعاني العديد من البلدان من نقص في الموارد المالية والتقنية اللازمة للكشف عن المياه السطحية بشكل فعال.