تختلف مصاريف الماجستير في جامعة الإسكندرية حسب التخصص الذي يستهدف الطالب الحصول عليه، ففي بعض التخصصات الطبية تصل التكلفة إلى 6000$، أو تقل إلى 5000$، لكن البرامج النظرية التي منها مثلا الاقتصاد أو إدارة الأعمال، تنخفض التكلفة إلى 4500$، بالتالي فإن المصروفات الدراسية التي يلتزم الطالب بسدادها تتحدد حسب البرنامج والتخصص الدقيق.