من الممكن أن نقوم بتخزين الكتان في وعاء داكن ومحكم الغلق في درجة حرارة الغرفة لمدة تصل على عشرة أشهر، كما أنه يمكن الحفاظ عليها في الثلاجة، ولكن من الضروري طحنها قبل تخزينها، وهذا من أجل الحفاظ على الأحماض الدهنية الموجودة فيها.