قد يتواجد لدى الأشخاص الأسوياء، أو الطبيعيين صعوبة في الفهم لمدى المصاعب التي يكون الراغبين في التحول الجنسي ممن لديهم اضطرابات بالهوية الجنسية قد يواجهونها، ولكن هؤلاء الأشخاص المضطربين لديهم معاناة، وبدرجات متفاوتة أو متباينة وذلك يكون على حسب طبيعة المجتمع الذي يعيش فيه الشخص المصاب بالاضطراب في الهوية الجنسية.
هؤلاء الأشخاص تكون لديهم في المقام الأول مشكلات كبيرة مع عائلاتهم، وذويهم فقد يتبرأون بالفعل منهم، وتمتد المشكلات إلى مقار العمل، وأماكن الإقامة، فقد يحرمون من أعمالهم، ومساكنهم، والبعض منهم يتعثر في الدراسة، بل وقد ينقطع عنها، وقد لا يتخذ القرار بشأن علاج مرض اضطراب الهوية الجنسية وتكون تلك هي المشكلة الرئيسية والأساسية لمن يعانون ذلك الاضطراب.