يمكن أن يساعد تناول منتجات البروبيوتيك خلال العلاج بالمضادات الحيوية على تخفيف مخاطر الآثار الجانبية على الفلورا في الجسم. بينما يساعد تناول منتجات البروبيوتيك بعد العلاج بالمضادات الحيوية على استعادة أعداد البكتيريا المفيدة التي تراجعت بتأثير من المضادات الحيوية.