يعود سبب تسمية المدينة بهلاء بحسب الشيخ نور الدين السالمي وهو أحد العلماء العمانيين هو لأنها مشتقة من البهلول والبهلول في معجم المعاني تعني جامع الخير وقد سميت هكذا نسبة إلى الجبل الذي بني عليه حصن بهلاء إذ يقال أنه يدعو بجبل بهلول.
بالمقابل هناك من يقول أنها سميت بهذا الاسم كونه كلمة مشتقة من كلمة بهلوان الفارسية المعربة إذ كانت المنطقة يسكنها الفرس قبل دخول العرب