نجد أن مساحة إندونيسيا ومساحتها يساعدان على أن يصبح بها تنوع بيولوجي كبير إن النباتات التي توجد بها والحيوانات تعتبر خليط من الأنواع الأسترالاسية والآسيوية يوجد ثروة هائلة من الحيوانات الآسيوية وذلك لأن إندونيسيا  كانت تتصل بالقارة الآسيوية في وقت سابق نجد أن إندونيسيا يوجد بها غابات تغطي حوالي 60 % من البلاد وأغلبها من الأنواع الآسيوية نرى أنه على الرغم من انتشار الغابات في إندونيسيا إلا أن الغابات في جاوة صغيرة وكثافتها السكانية كبيرة وقد تم إزالة الغابات لحد كبير للمساكن والزراعة إن الزهرة الوطنية في إندونيسيا هي زهرة الفل مع أوركيدة الشهر السحلبية وزهرة رافليسيا أرنولدية