بالطبع توجد عوامل وعادات تزيد من خطر أمراض المناعة الذاتية، ومنها:
الوراثة
الوزن الزائد: تزيد من فرص مرض التهاب المفاصل الروماتويدي.
التدخين: يزيد من فرص الإصابة بأمراض كثيرة منها الذئبة والتصلب المتعدد.
مضادات الالتهاب: تزيد من احتمال الإصابة بالذئبة.