توجد بعض التحديات التي تواجه التسويق الالكتروني بوجه عام وبجميع فروعه. فمثلاً الخصوصية وعدم وجود ضمان مع الشركات التي تتعاون معها قد يسبب لك الكثير من التوتر والخوف. كما أن وسائل الدفع الإلكترونية قد لا تكون موثوقة ويخلو بك العملاء ولا تتمكن من الحصول على مستحقاتك. لذلك أهم شيئ في هذا النوع من التسويق هو الشفافية والمصداقية والتعامل مع مؤسسة تسويقية تسير وفق شروط معينة ويجود لديها عقود تضمن حق جميع الأطراف.