في حال كان السبب في تشوهات الحيوان المنوي الإصابة ببعض المشاكل الوراثية أو التعرض للعلاج الكيميائي أو الشعاعي أو بعض أمراض الخصية فهو غير قابل للعلاج. أما في الحالات الأخرى، فيمكن علاج تشوهات الحيوان المنوي من خلال تناول الفيتامينات واعتماد نظام غذائي صحي وغير ذلك. كما يمكن القيام بعملية الحقن المجهري لعلاج تشوه الحيوانات عند الرجل والإنجاب.