علاج الأمراض البكتيرية المنقولة جنسياً يكون بأخذ المضادات الحيوية والالتزام بها وفقًا لتعليمات الطبيب أمّا الأمراض الفيروسية المنقولة جنسيا، فلا يمكن للمضادات الحيوية علاجها، ولكن يمكن لبعضها أن يشفى من تلقاء نفسه.