تختلف المواد التي يتم استخدامها في التعقيم حسب الغرض من التعقيم والمكان المراد تعقيمه. ومن بين المواد الشائعة التي يمكن استخدامها في التعقيم: 1- الكحول: يمكن استخدام الكحول لتعقيم الأسطح والأدوات الصغيرة والأجهزة الطبية، وذلك لقتل الجراثيم والبكتيريا. 2- المبيدات الحيوية: تستخدم المبيدات الحيوية في التعقيم الطبي للأدوات الطبية والمستشفيات والمنشآت الصحية، وذلك للحد من انتشار العدوى والأمراض المعدية. 3- المبيدات الفطرية: تستخدم المبيدات الفطرية في التعقيم للحد من نمو الفطريات والعفن على الأسطح والجدران والمفروشات وغيرها. 4- الكلور: يمكن استخدام الكلور لتعقيم المياه والأسطح والملابس، وذلك للقضاء على الجراثيم والفيروسات. 5- الأشعة فوق البنفسجية: تستخدم الأشعة فوق البنفسجية في التعقيم للحد من انتشار الجراثيم والفيروسات في الهواء وعلى الأسطح. 6- البخاخات المعقمة: تستخدم البخاخات المعقمة في التعقيم للأسطح والأدوات والأجهزة الصغيرة، وذلك للحد من انتشار الجراثيم والعدوى. يتم اختيار المادة المناسبة للتعقيم حسب الغرض من التعقيم ونوع الجراثيم أو العوامل الحيوية المراد التخلص منها. ويجب استخدام هذه المواد بشكل صحيح وفي الكمية المناسبة لتحقيق النتائج المرجوة.