تعددت الأقاويل في قصة موت سيدنا زكريا إلا أن جميعها اتفق على أنه قتل على يد أفجر بني إسرائيل, قيل إما بأمر من الملك ذاته الذي أمر بقتل ابنه يحيى و إما بسبب الشكوك المثارة حول أنه قد أوقع مريم أم عيسى في الفاحشة وذلك بعد انتشار خبر ولادتها.