تختلف الطبقات الحاوية للمياه الجوفية من منطقة إلى أخرى، وتتأثر بالتضاريس ونوعية التربة والصخور والتغيرات المناخية والجيولوجية. ومن بين الطبقات الشائعة التي تحوي المياه الجوفية يمكن ذكر:
• الطبقات الرملية: تتميز بامتصاصها للمياه بشكل جيد، وتوفر تدفقًا سريعًا للمياه الجوفية، وتتأثر كمية المياه المتاحة في هذه الطبقات بعاملين رئيسيين: الأول هو حجم وشكل حبيبات الرمال، والثاني هو عمق الطبقة.
• الطبقات الصخرية الكارستية: تتشكل هذه الطبقات من الصخور القابلة للذوبان مثل الحجر الجيري والدولوميت والجبس، وتحوي المياه الجوفية في الكهوف والأنفاق والفجوات الموجودة داخل هذه الصخور، وهذه الطبقات تعتبر أحد أهم مصادر المياه الجوفية.
• الطبقات الحصوية: تتميز بتكونها من الصخور الحصوية الصغيرة التي تميل إلى الاحتفاظ بالمياه، وتعتبر هذه الطبقات مصادر رئيسية للمياه الجوفية، خاصة في المناطق الجافة.
• الطبقات الطينية: تتكون من التربة والطين، وتعتبر هذه الطبقات مصادر جيدة للمياه الجوفية، وتحتفظ بالمياه بشكل جيد، ويمكن الحصول على المياه من هذه الطبقات بسهولة.
• الطبقات الأحفورية: تحوي بعض الطبقات الأحفورية المياه الجوفية في الفجوات التي تتواجد بين الصخور الأحفورية.
• الطبقات البركانية: تتكون من الصخور البركانية وتحتوي على العديد من المجاري والفجوات التي تحوي المياه الجوفية.