أمراض المناعة الذاتية هي الأمراض اللي بتحصل نتيجة فرط نشاط الجهاز المناعي ومهاجمته لخلايا وأنسجة الجسم السليمة، وبتنهي عليها بالخطأ؛ ومن أنواعها: إلتهاب الغُدَّة الدرقية، والسكَّري من النوع الأول، إلتهاب الأوعية الدموية،التهاب المفاصل الروماتويدي ، الصدفية . .