هناك مناطق في الدماغ مسؤولة غن الجنس، وتتأثر بالهرمونات الجنسية، والشعور بالجندرية هو نتيجة تفاعلاترجسدية هرمونية واجتماعية بالدرجة الأولى، ، وسبب اضطراب الهوية الجنسية له أيضاً أسباب وراثية هرمونية واجتماعية.