تتمثل أبرز دواعي فحص pcr في الكشف عن الخلايا السرطانية والإصابة بداء السل والإصابة بالتهاب الكبد c والإصابة بالإنفلونزا وكذلك الإصابة بعدد من الفيروسات مثل فيروس الإيبولا وفيروس نقص المناعة البشرية وفيروس كورونا، إلى جانب إثبات النسب وتحديد البصمة ونسخ الجينات الوراثية وغير ذلك.