Fatti: A. Nel quadro della revisione parziale della pianificazione locale, accettata dall'Assemblea comunale il 12 marzo 2012, il Comune di U._ ha proposto al Governo del Cantone dei Grigioni, tra l'altro, l'azzonamento in zona V._ di circa un ettaro (ha) di terreno edificabile, di cui 0,3 ha da assegnare alla zona ampliamento del nucleo 2 (AN2) e 0,7 ha alla zona residenziale 2 (R2C). Questo azzonamento, già proposto nell'ambito della revisione del 1995, era stato rifiutato dall'Esecutivo cantonale, poiché le zone edilizie erano già troppo estese. In occasione della revisione del 1998, il Comune lo riproponeva nuovamente: il Governo aveva sospeso la procedura di approvazione per motivi legati all'inquinamento fonico generato dallo stand di tiro, infrastruttura che cessava l'attività otto anni dopo. B. Con decreto del 17 dicembre 2013 il Governo cantonale, accertato il sovradimensionamento delle zone edificabili, non ha approvato l'ampliamento delle zone AN2 e R2C, stabilendo che finché il Comune non avrà deciso un nuovo piano delle zone, quelle litigiose dovevano essere attribuite all'altro territorio comunale. C. Il 31 gennaio 2014 A.A._, B.A._ ed C.A._, proprietari delle particelle www (167 m2 ) e xxx (94 m2 ) site in zona AN2 e di due fondi siti in zona R2C, sono insorti dinanzi al Tribunale amministrativo del Cantone dei Grigioni. Con giudizio del 26 agosto 2014 (R 14 11), la Corte cantonale ha accolto il gravame, per quanto non divenuto privo di oggetto in seguito alla rinuncia degli insorgenti a chiedere l'azzonamento dei fondi in zona R2C e modificato il decreto governativo nel senso che le particelle www e xxx venivano incluse nella zona nucleo di V._. D. Avverso questa decisione l'Ufficio federale dello sviluppo territoriale presenta un ricorso al Tribunale federale. Chiede di annullarla e di confermare il decreto governativo. A.A._, B.A._ ed C.A._ comunicano di rinunciare a inoltrare osservazioni e a partecipare alla procedura, per evitare ulteriori spese. Il Dipartimento cantonale rinuncia a formulare conclusioni concrete. La Corte cantonale propone di respingere il gravame, in quanto ammissibile.