Fatti: A. A._ e B._ sono comproprietari della particella yyy di X._, ubicata sulla riva del lago Ceresio, in località Z._. Il fondo di 2051 m2, dei quali 1745 inedificabili, ospita un ristorante. Il 12 gennaio 2012 il Consiglio comunale ha adottato la revisione del piano regolatore, assegnando, per quanto qui interessa, la citata particella alla zona residenziale a lago RL, alla quale si sovrappone quella della protezione della riva, gravandola inoltre da linee di arretramento di 5 m dal demanio e dall'area pubblica. L'art. 21 delle norme di attuazione del piano regolatore precisa che la distanza minima dalla riva del lago dev'essere rispettata per qualsiasi intervento. B. L'11 dicembre 2013 il Consiglio di Stato ha approvato la revisione del piano regolatore e la zona RL. In applicazione della legislazione federale concernente lo spazio per le acque stagnanti, l'ha tuttavia rifiutata riguardo alla linea di arretramento dal lago in corrispondenza della particella yyy, ritenendo che non si è in presenza di una zona densamente edificata. Ha quindi ordinato al Comune di elaborare una variante che determini lo spazio riservato alle acque stagnanti, ricordando che in attesa della sua adozione valgono le specifiche disposizioni transitorie, che prevedono uno spazio di 20 m. Adito dai comproprietari, con giudizio del 9 dicembre 2015 il Tribunale cantonale amministrativo, stabilito che qualora il Comune intenda riproporre una distanza ridotta da dette acque dovrà motivare tale scelta, ne ha respinto il ricorso. C. Avverso questa decisione A._ e B._ presentano un ricorso al Tribunale federale. Chiedono di annullarla e di inserire il loro fondo in zona residenziale a lago, conformemente alla decisione del 12 gennaio 2012 del Consiglio comunale. Non sono state chieste osservazioni al gravame.