Fatti: A. Con decisione del 28 ottobre 2005 il Dipartimento federale dell'ambiente, dei trasporti, dell'energia e delle comunicazioni (DATEC) ha approvato i piani della galleria di base del Monte Ceneri, lunga 15,4 km, che rientra nel progetto della nuova linea ferroviaria transalpina (NFTA), disciplinato dalla legge sul transito alpino, del 4 ottobre 1991 (LTAlp; RS 742.104). Il progetto prevede in particolare, nel Comune di Camorino, presso il portale nord della galleria, la realizzazione di un edificio di tecnica ferroviaria e delle infrastrutture necessarie alla radiocomunicazione dell'esercizio ferroviario. B. A seguito di nuove esigenze tecniche e delle esperienze fatte in altri edifici di tecnica ferroviaria a Erstfeld e a Bodio, relativi alla galleria di base del San Gottardo, si sono rese necessarie modifiche del progetto approvato. Il 30 gennaio 2013, AlpTransit San Gottardo SA ha quindi presentato all'autorità federale una domanda di approvazione dei piani per la modifica del progetto relativo all'edificio della tecnica ferroviaria. La costruzione, destinata ad ospitare le installazioni tecniche per l'esercizio della galleria del Monte Ceneri, verrebbe ampliata, passando dai 90 m per 12 m previsti originariamente a 100 m per 20 m. L'opera verrebbe strutturata su tre livelli, di cui uno interrato, ed avrebbe un'altezza massima di 8.90 m. Il nuovo progetto prevede inoltre di realizzare un piazzale con 8 parcheggi, antistante all'edificio, e di scorporare dallo stabile la fondazione dell'antenna per le radiocomunicazioni, collegandola allo stesso mediante un cunicolo. Con un'ulteriore domanda del 4 giugno 2013, AlpTransit ha chiesto l'approvazione della modifica di progetto concernente la radiocomunicazione ferroviaria GSM-R/Polycom. C. Entrambe le domande hanno suscitato le opposizioni del Comune di Camorino. Dopo una serie di atti che non occorre qui evocare, l'11 aprile 2014 AlpTransit ha chiesto all'autorità federale di sospendere la procedura per quanto concerne la parte relativa alla radiocomunicazione ferroviaria. Il Comune di Camorino ha rilevato che le modifiche di progetto erano connesse, sicché nell'ambito della procedura di approvazione dei piani relativi alle modifiche dell'edificio della tecnica ferroviaria sarebbe comunque occorso esaminare le contestazioni riguardanti le parti della costruzione strettamente legate con l'impianto di radiocomunicazione. D. Con decisione del 4 febbraio 2015 il DATEC ha approvato i piani concernenti la modifica del progetto dell'edificio della tecnica ferroviaria, ad eccezione della fondazione del palo per le antenne GSM-R/Polycom e il dimensionamento del cunicolo tra il palo e il suddetto edificio. L'autorità federale ha contestualmente imposto una serie di oneri e di condizioni a carico di AlpTransit. E. Il Comune di Camorino ha impugnato questa decisione con un ricorso al Tribunale amministrativo federale, da questi trasmesso per competenza al Tribunale federale. Il ricorrente fa valere la violazione del diritto federale e chiede che la decisione di approvazione dei piani sia annullata. F. Il DATEC e AlpTransit chiedono di respingere il ricorso nella misura della sua ricevibilità. Il Consiglio di Stato del Cantone Ticino rileva che l'autorità federale ha accolto le sue richieste, stabilendo gli oneri corrispondenti, e comunica di non avere osservazioni sul gravame.