Fatti: A. La A2._, è una fondazione creata nel 1978 con sede a X._ (VD) al fine di assicurare i suoi assicurati contro le conseguenze economiche della malattia, degli infortuni e della maternità. Con contratto del 20 marzo 2013 e secondo decisione dell'autorità di vigilanza del 12 aprile 2013 (art. 105 cpv. 2 LTF; cfr. estratti internet con radiazioni del Registro di commercio concernenti le società in www.rc.vd.ch nonché ricorso pag. 2), essa ha trasferito, senza controprestazione, parte dei suoi attivi e passivi ad A3._ SA, società creata nel luglio 2012, anche essa con sede a X._ (VD), il cui scopo è di esercitare l'assicurazione obbligatoria delle cure medico-sanitarie, l'assicurazione d'indennità giornaliere facoltativa, tutte le attività nell'ambito dell'assicurazione contro gli infortuni e la riassicurazione ai sensi della legge federale del 18 marzo 1994 sull'assicurazione malattie (LAMal; RS 832.10). Dello stesso gruppo fa parte anche la A1._ SA, sempre con sede a X._ (VD), società che dal giugno 2000 si occupa delle assicurazioni complementari ai sensi della legge federale del 2 aprile 1908 sul contratto d'assicurazione (LCA; RS 221.229.1). B. Il 20 dicembre 2006 A1._ SA ha comunicato all'Ufficio tassazione delle persone giuridiche del Dipartimento delle finanze e dell'economia del Cantone Ticino che A2._, le aveva trasferito la gestione delle assicurazioni complementari secondo la LCA a partire dal 1° gennaio 2001. Precisava poi che, diversamente da A2._, essa aveva assunto personale proprio solo nei Cantoni di Vaud e di Berna, motivo per cui nel futuro avrebbe trasmesso la dichiarazione d'imposta unicamente alle autorità fiscali dei Cantoni nei quali aveva uno stabilimento d'impresa. C. Con lettera del 30 ottobre 2007 l'Ufficio tassazione delle persone giuridiche ha rivendicato un'imposizione parziale di A1._ SA a partire dal 1° gennaio 2001, adducendo che il gruppo era ben presente nel Cantone Ticino "con una propria non irrilevante struttura (uffici e personale propri) prima a Y._ e dal 1.4.2004 a Z._". L'autorità fiscale ha in particolare contestato la tesi di A1._ SA di non essere imponibile perché "ad occuparsi anche delle assicurazioni complementari (unico settore fiscalmente imponibile) è il personale che (per motivi che non ci interessano) risulta essere alle dipendenze della società che gestisce il settore dell'assicurazione obbligatoria (fiscalmente esente) ". D. Vi fu in seguito uno scambio di corrispondenza tra l'Ufficio tassazione delle persone giuridiche del Cantone Ticino e quello del Canton Vaud (cfr. lettera del fisco vodese del 2 novembre 2007 che nega l'esistenza di uno stabilimento d'impresa in Ticino e scritto del 9 novembre 2007 dell'autorità fiscale ticinese che ribadisce la sua volontà d'imporre A1._ SA) e il 21 giugno 2011 ebbe luogo un incontro tra le parti. In tale occasione l'autorità fiscale ticinese ha contestato l'interpretazione fatta da A1._ SA dei criteri di cui alla Circolare n. 23 del 21 novembre 2006 della Conferenza fiscale svizzera (recte: Conferenza svizzera delle imposte [CSI], di seguito Circolare CSI 23) per ammettere l'esistenza di uno stabilimento d'impresa e ha precisato che se l'Amministrazione fiscale del Canton Vaud continuava a negare la presenza di uno stabilimento d'impresa e, di riflesso, a rifiutare di effettuare un riparto intercantonale, essa avrebbe allora rivendicato l'assoggettamento fiscale e creato di fatto una doppia imposizione intercantonale. E. Con lettera del 3 agosto 2011 l'Ufficio tassazione delle persone giuridiche del Canton Vaud ha respinto le pretese fiscali ticinesi. Da parte sua, facendo seguito ad una richiesta dell'autorità fiscale ticinese di documentare il tempo impiegato dai collaboratori nei due settori di attività (LAMal-LCA), A1._ SA, con scritto del 14 settembre 2011, rispondeva di non disporre di un'analisi che descrivesse la ripartizione del tempo degli impiegati fra i due tipi di attività e ribadiva di applicare una chiave di ripartizione basata sull'ammontare lordo dei premi assicurativi, ispirata alla Circolare CSI 23. F. Con sei decisioni del 7 ottobre 2011 l'Ufficio tassazione delle persone giuridiche ticinese ha notificato ad A1._ SA le tassazioni concernenti l'imposta cantonale per i periodi fiscali dal 2001 al 2006, fissando per ogni anno l'utile e il capitale imponibili. A sostegno delle proprie decisioni ha osservato che il Gruppo A._ era presente nel Canton Ticino con un numero di collaboratori da quattro a sette, motivo per cui erano "rispettate le condizioni indicate nella circolare della Conferenza Svizzera delle imposte (CSI) per ottenere uno stabilimento d'impresa". Esso ha quindi attribuito al Canton Ticino una quota dell'utile e del capitale complessivi. G. Il 10 novembre 2011, A1._ SA ha depositato un reclamo contro le citate tassazioni, nel quale contestava l'assoggettamento nel Canton Ticino e censurava una doppia imposizione intercantonale. Faceva valere in particolare di non avere né dipendenti né un'agenzia in Ticino. Con sei decisioni del 9 dicembre 2011 l'Ufficio tassazione delle persone giuridiche ha respinto i reclami con una motivazione pressoché identica e confermato la posizione sostenuta in precedenza, ossia la presenza di uno stabilimento d'impresa in Ticino. H. Il 9 gennaio 2012 A1._ SA ha impugnato le sei decisioni su reclamo con un unico atto dinanzi alla Camera di diritto tributario del Tribunale di appello del Cantone Ticino, adducendo, da un lato, che secondo la Circolare CSI 23 uno stabilimento d'impresa presuppone tre dipendenti a tempo pieno, ciò che non era manifestamente il caso in Ticino, e, dall'altro, che l'unico criterio logico, sensato e coerente per determinare l'attività svolta dai dipendenti nel settore di attività che non beneficiava dell'esenzione fiscale era di stabilire la proporzione tra premi lordi totali e premi LCA generati nel Canton Ticino. I. La Camera di diritto tributario ne ha respinto il gravame con sentenza del 27 gennaio 2014. In primo luogo ha osservato che giusta l'art. 61 cpv. 1 lett. b della legge tributaria del 21 giugno 1994 (LT; RL/TI 10.2.1.1), di tenore conforme all'art. 21 cpv. 1 lett. b della legge federale sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni del 14 dicembre 1990 (LAID; RS 642.14), le persone giuridiche con sede e amministrazione effettiva fuori Cantone erano assoggettate all'imposta se vi tenevano uno stabilimento d'impresa, ricordandone poi la definizione datane dalla giurisprudenza federale. Ha poi spiegato come era strutturato il gruppo a cui apparteneva la ricorrente (due società distinte, la prima attiva in materia di assicurazione obbligatoria delle cure medico-sanitarie [LAMal, attività esente da imposta] con una succursale in Ticino, la seconda occupata nell'ambito delle assicurazioni complementari [LCA, attività fiscalmente imponibile], settore gestito in Ticino dalla succursale della prima, con rifatturazione di una quota parte delle spese generali). Ha poi esposto le ragioni per le quali non condivideva la tesi della ricorrente e respingeva di riflesso la soluzione consistente a considerare che nel periodo in esame quest'ultima aveva avuto fra lo 0,58 e lo 0,79 dipendenti all'anno in Ticino. Ha anche illustrato perché, secondo lei, la Circolare CSI 23 non era determinante (non aveva portata vincolante; si applicava solo a partire dal 2005; si riferiva alle compagnie di assicurazione, che agiscono tramite agenti generali, ciò che non era il caso in concreto; non indicava come definire il numero dei collaboratori (tre) quando la stessa unità organizzativa gestiva sia le assicurazioni sociali sia quelle complementari). Infine, dopo avere rilevato che da uno studio di Santésuisse emergeva che i costi amministrativi nell'ambito delle assicurazioni complementari erano circa tre volte superiori a quelli del settore dell'assicurazione obbligatoria delle cure medico-sanitarie, motivo per cui non si poteva ritenere che il carico di lavoro per i due settori era identico e che i dati forniti dall'insorgente potevano portare a risultati del tutto diversi, la Corte cantonale ha giudicato che era poco verosimile che tutte le polizze LCA potessero essere gestite con meno di tre collaboratori. Ha quindi concluso che, tenuto conto dell'organizzazione del Gruppo A._ nonché delle strutture e delle risorse di cui disponeva in Ticino, vi veniva esercitata un'attività in misura qualitativamente e quantitativamente rilevante, motivo per cui si poteva ritenere che vi era uno stabilimento d'impresa. Non ha poi esaminato il criterio di ripartizione dell'utile, l'interessata avendo esplicitamente rinunciato a contestarlo. J. Il 28 febbraio 2014 A1._ SA ha presentato dinanzi al Tribunale federale un ricorso in materia di diritto pubblico, con cui chiede che la sentenza cantonale sia annullata e, di riflesso, anche le tassazioni emesse per gli anni 2001 a 2006 dal fisco ticinese. In via sussidiaria domanda che le tassazioni emesse dal Canton Vaud per gli anni 2001 a 2006 siano annullate e nuovamente emesse tenendo conto dell'esenzione dei redditi allocati alla stabile organizzazione ticinese. La ricorrente censura, in sintesi, una violazione dell'art. 21 cpv. 1 lett. b LAID, non essendo manifestamente dati i presupposti esatti dalla giurisprudenza per ammettere l'esistenza di uno stabilimento d'impresa nonché del divieto della doppia imposizione intercantonale, proibito dall'art. 127 cpv. 3 Cost. Chiamate ad esprimersi la Divisione delle contribuzioni del Cantone Ticino ha rinunciato ad esprimersi e si è limitata a chiedere la conferma della sentenza impugnata. L'Amministrazione delle contribuzioni del Canton Vaud da parte sua ha proposto di accogliere il gravame in quanto rivolto contro il Canton Ticino e di respingerlo per quanto riferito al Canton Vaud. In via sussidiaria, ha domandato di accogliere parzialmente, nella misura in cui è ammissibile, l'impugnativa in quanto rivolta contro il Canton Ticino e il Canton Vaud, di riformare la sentenza impugnata nel senso che i diritti del Canton Ticino sono considerati prescritti per quanto concernono i periodi fiscali dal 2001 al 2004 e di giudicare che dal 2006 l'attribuzione dell'utile imponibile residuale proveniente dallo stabilimento d'impresa del Canton Ticino sia eseguita in base agli stipendi che sono attributi ad ogni Cantone. La Camera di diritto tributario, senza formulare osservazioni, ha chiesto la reiezione del gravame. K. Con decreto presidenziale del 4 marzo 2014 è stata respinta l'istanza di conferimento dell'effetto sospensivo contenuta nel ricorso.