Fatti: A. Il 9 marzo 2012 è stata presentata l'iniziativa popolare costituzionale elaborata "Avanti con le nuove città di Locarno e Bellinzona", volta a introdurre nella Costituzione ticinese un nuovo art. 20a del seguente tenore: " Art. 20a: Aggregazione poli urbani del Sopraceneri 1. I Comuni di Ascona, Brione s/Minusio, Brissago, Cavigliano, Centovalli, Cugnasco-Gerra, Gordola, Lavertezzo, Locarno, Losone, Mergoscia, Minusio, Muralto, Orselina, Ronco s/Ascona, Tegna, Tenero-Contra e Verscio sono aggregati al più tardi entro il 31 dicembre 2017 in un unico Comune denominato Comune di Locarno, a far tempo dalla costituzione del Municipio. 2. I Comuni di Arbedo-Castione, Bellinzona, Cadenazzo, Camorino, Claro, Giubiasco, Gnosca, Gorduno, Gudo, Lumino, Moleno, Monte Carasso, Pianezzo, Preonzo, Sant'Antonio, Sant'Antonino e Sementina sono aggregati al più tardi entro il 31 dicembre 2017 in un unico Comune denominato Comune di Bellinzona, a far tempo dalla costituzione del Municipio. 3. Nella prima legislatura il Municipio dei due nuovi Comuni sarà composto di 7 membri e 4 supplenti, mentre il Consiglio comunale sarà composto di 60 membri. 4. Il Cantone verserà un contributo di 24 milioni di franchi al nuovo Comune di Locarno e di 30 milioni di franchi al nuovo Comune di Bellinzona. 5. Sono riservati aggregazioni più estese e contributi più elevati. 6. La legge ne disciplina le condizioni e le modalità." B. L'iniziativa ha raccolto 11'558 firme valide ed è quindi riuscita. Essa è stata trasmessa al Gran Consiglio, che ha licenziato due rapporti, uno di maggioranza del 5 settembre 2013, volto a farla dichiarare irricevibile, l'altro di minoranza di stessa data, tendente ad accertarne la ricevibilità. Con decreto del 14 ottobre 2013 (pubblicato nel Bollettino ufficiale delle leggi e degli atti esecutivi del Cantone Ticino n. 53/2013 del 18 ottobre 2013 pag. 419 seg.), il Gran Consiglio, aderendo al rapporto di maggioranza, ha dichiarato irricevibile l'iniziativa. Ha ritenuto che, oltre ad opporvisi insuperabili problemi relativi al diritto costituzionale di essere sentito (art. 29 cpv. 2 Cost.), al principio dell'uguaglianza giuridica e alla libertà di voto, perché ai cittadini è preclusa la possibilità di accettare soltanto una o l'altra delle aggregazioni proposte, essa viola l'art. 4 cpv. 6 e l'art. 5 della Carta europea dell'autonomia locale, conclusa a Strasburgo il 15 ottobre 1985, approvata dall'Assemblea federale il 15 dicembre 2004, ratificata dalla Svizzera il 17 febbraio 2005 ed entrata in vigore per il nostro Paese il 1° giugno seguente (in seguito: la Carta; RS 0.102). C. Avverso questo decreto Giorgio Ghiringhelli, Giuseppe Cotti, Filippo Gianoni, Giorgio Giudici, Remo Lardi, Luigi Pedrazzini, Mauro Minotti, Giancarlo Seitz e Pietro Vanetti, promotori dell'iniziativa, presentano un ricorso di diritto pubblico al Tribunale federale per violazione del diritto di voto dei cittadini. Chiedono, in via principale, di riformare l'impugnato decreto nel senso di dichiarare valida e ricevibile l'iniziativa e di demandarla alla Commissione speciale Costituzione e diritti politici per l'esame di merito; in via subordinata, di annullarlo e di rinviare la causa al Gran Consiglio per nuovo giudizio e, in via ulteriormente subordinata, di annullarlo. Nella risposta il Consiglio di Stato, per sé e in rappresentanza del Gran Consiglio, propone di respingere il ricorso in quanto ammissibile. In replica i ricorrenti si riconfermano nelle loro motivazioni e conclusioni, completando queste ultime. In duplica il Governo cantonale si riconferma nelle proprie conclusioni. Con scritto dell'8 maggio 2014 i ricorrenti si sono espressi al riguardo. La I Corte di diritto pubblico del Tribunale federale ha trattato la causa nella seduta pubblica del 3 giugno 2016.