Fatti: A. Il dr. med. A._, medico specializzato in chirurgia e ginecologia ostetricia, è al beneficio dell'autorizzazione al libero esercizio dell'attività di medico nel Cantone Ticino dal 1991. L'8 luglio 2014, nel corso di un intervento chirurgico presso la clinica B._, egli ha effettuato, in seguito ad uno scambio di persona avvenuto in sala operatoria, una mastectomia totale di entrambi i seni di una paziente, invece di asportarle, come previsto, un piccolo carcinoma localizzato dietro al capezzolo del seno sinistro. Il dr. med. A._ ha quindi steso un rapporto operatorio e un rapporto d'uscita che non corrispondevano alla realtà di quanto accaduto. Inoltre, la paziente non è stata informata dell'errore né in occasione del colloquio postoperatorio né nelle settimane successive all'operazione. B. Il 21 ottobre 2014 la paziente si è rivolta alla Commissione di vigilanza sanitaria (di seguito: CVSan), lamentandosi del fatto che, entrata in clinica per un piccolo intervento al seno, aveva subito invece una mastectomia totale di entrambi i seni, senza avervi consentito e senza che le fosse mai stato prospettato un simile intervento. Nel corso di un incontro svoltosi il 20 novembre 2014 con il dr. med. A._ ella è stata informata di quanto era realmente accaduto l'8 luglio precedente, in particolare dell'errore nel quale era incorso il medico. Il 5 gennaio 2015 l'avvocato della paziente ha segnalato questi fatti alla CVSan la quale, il 23 marzo 2015, ha informato il dr. med. A._ dell'apertura nei suoi confronti di una procedura di accertamento, poi sospesa in seguito all'avvio di un'inchiesta penale nei confronti del medico. C. Il 24 giugno 2015 il Dipartimento della sanità e della socialità del Canton Ticino (di seguito: DSS) ha aperto nei confronti del dr. med. A._ un procedimento amministrativo e disciplinare ai sensi degli art. 38 e 43 della legge federale del 23 giugno 2006 sulle professioni mediche universitarie (LPMed; RS 811.11.) nonché dell'art. 59 della legge ticinese del 18 aprile 1989 sulla promozione della salute e il coordinamento sanitario (LSan; RL/TI 6.1.1.1), affidandone l'istruttoria alla CVSan. Il 16 settembre 2015 il DSS, facendo proprie le conclusioni stese il 28 agosto 2015 dalla CVSan, ha risolto di revocare a tempo indeterminato l'autorizzazione al libero esercizio e all'esercizio dipendente della professione di medico rilasciata al dr. med. A._, precisando che una nuova istanza di rilascio dell'autorizzazione avrebbe potuto essere presentata solo dopo la completa decorrenza del divieto di esercizio a livello disciplinare, nonché gli ha inflitto una sanzione disciplinare consistente in un divieto di libero esercizio della professione per la durata di 24 mesi, rispettivamente nella revoca dell'autorizzazione a esercitare a titolo dipendente per 24 mesi. Il DSS ha inoltre riservato l'esito del procedimento penale in quanto dovessero emergere fatti nuovi non contemplati. Infine, ha precisato che veniva tolto l'effetto sospensivo al ricorso, da esperire entro 15 giorni, contro la revoca a tempo indeterminato, mentre le questioni di merito potevano essere contestate entro 30 giorni. D. Il 24 settembre 2015 il dr. med. A._ ha impugnato la decisione dipartimentale limitatamente alla questione della revoca dell'effetto sospensivo ad un eventuale ricorso contro la medesima, mentre con successivo gravame del 16 ottobre 2015 egli ne ha contestato il merito, chiedendone l'annullamento e, in via subordinata, la sospensione del procedimento amministrativo fino alla conclusione di quello penale. Con giudizio del 4 dicembre 2015 il Presidente del Consiglio di Stato ha rifiutato di restituire l'effetto sospensivo al gravame presentato dal dr. med. A._. Il successivo ricorso depositato contro quest'ultima risoluzione è stato dichiarato inammissibile, poiché tardivo, dal Giudice delegato del Tribunale cantonale amministrativo (di seguito: Giudice delegato) il 20 gennaio 2016. Il 1° marzo 2016 il Consiglio di Stato ha respinto il gravame 16 ottobre 2015 e confermato di riflesso la risoluzione dipartimentale del 16 settembre 2015. E. L'8 aprile 2016 il dr. med. A._ si è rivolto al Tribunale cantonale amministrativo, chiedendo che la decisione governativa sia annullata e che egli sia riammesso al libero esercizio e all'esercizio dipendente della medicina; in via subordinata, ha chiesto che gli fosse inflitto un ammonimento. Ha poi domandato che venisse accertato che il suo gravame esplicava effetto sospensivo, e, in caso negativo, che lo stesso venisse conferito. F. Con decisione del 6 giugno 2016 il Giudice delegato, premesso che oggetto di disamina era unicamente la questione dell'immediata esecutività della revoca amministrativa dell'autorizzazione cantonale per il libero esercizio e l'esercizio dipendente della professione di medico (la sanzione disciplinare beneficiando per legge della misura cautelare), ha constatato in primo luogo che, in mancanza di esplicite disposizioni prescritte dal Consiglio di Stato nel proprio giudizio di merito, il gravame esperito contro il medesimo fruiva dell'effetto sospensivo (art. 71 della legge ticinese sulla procedura amministrativa del 24 settembre 2013, LPAmm [RL/TI 3.3.1.1]), motivo per cui la domanda di conferimento presentata dall'insorgente risultava priva d'oggetto. Egli si è poi pronunciato sulla richiesta di revoca dell'effetto sospensivo formulata dal DSS (art. 37 LPAmm). Dopo avere spiegato a quali condizioni la stessa entrava in considerazione ed avere proceduto ad una ponderazione degli interessi pubblici e privati contrapposti, il Giudice delegato è giunto alla conclusione che si giustificava di revocare l'effetto sospensivo al gravame esperito l'8 aprile 2016. A sostegno della propria decisione ha osservato che non si poteva a priori escludere l'eventualità che non erano più adempiute tutte le condizioni legali esatte per potere esercitare la professione di medico, segnatamente l'essere degno di fiducia e il godere della necessaria buona reputazione (art. 36 cpv. 1 lett. b LPMed e art. 56 lett. b e c LSan). Ha poi ricordato il ruolo centrale ricoperto dalla figura del medico nel nostro sistema sanitario e gli importantissimi beni di polizia che da questi operatori sanitari dovevano essere tutelati (salute delle persone - interesse pubblico alla tutela dei pazienti - interesse pubblico a potersi completamente affidare nel corpo medico). Infine, ha precisato che il fatto che l'insorgente era incensurato e che dopo gli eventi in questione aveva svolto un'attività medica irreprensibile non appariva tale da sovvertire le proprie conclusioni. G. Il 4 luglio 2016 il dr. med. A._ ha presentato dinanzi al Tribunale federale un ricorso in materia di diritto pubblico, con cui chiede che la citata decisione sia annullata e riformata nel senso che la domanda di revoca dell'effetto sospensivo formulata dal DSS venga respinta. Censura in sintesi una restrizione grave della propria libertà economica, un difetto di base legale, una violazione del diritto all'uguaglianza, del principio della buona fede, del diritto alle vie giudiziarie, dell'obbligo di motivazione, del divieto dell'arbitrio e, infine, del principio della proporzionalità. Domanda inoltre che sia conferito l'effetto sospensivo al proprio ricorso. H. Con decreto presidenziale del 12 luglio 2016 è stato conferito in via supercautelare l'effetto sospensivo al ricorso ed è stato specificato che fino alla decisione sulla richiesta di conferimento dell'effetto sospensivo non poteva essere adottata alcuna misura di esecuzione del giudizio impugnato. I. Invitati a determinarsi il Giudice delegato si è limitato a riconfermasi nelle conclusioni e motivazioni contenute nel decreto impugnato. Il Consiglio di Stato e il Dipartimento della sanità e della socialità si sono opposti al conferimento dell'effetto sospensivo. Dette autorità hanno anche chiesto la reiezione del gravame nel merito, l'autorità dipartimentale nella misura in cui detto rimedio fosse ricevibile. J. Con lettera del 23 agosto 2016 il ricorrente ha rinunciato a replicare. Il Consiglio di Stato ha presentato una duplica spontanea.