Fatti: A. Dal 2008 A._ è proprietario del fondo xxx di Gambarogno, sezione di Magadino, sito in località "X._", attribuito alla zona agricola secondo il piano regolatore in vigore ed ubicato all'interno del perimetro della zona di protezione delle Bolle, grado di protezione A. Sullo stesso sorge una casa di abitazione. In seguito a un sopralluogo del 16 aprile 2012, il Municipio ha accertato la realizzazione, senza la necessaria autorizzazione, di una casetta da giardino (3.40 x 2.50 x 2.20 m) per il deposito di attrezzi, nonché di una piscina. B. Su invito del Municipio, il proprietario ha inoltrato, senza menzionare la piscina, una domanda a posteriori di riattazione/trasformazione della casetta da giardino, al suo dire esistente già prima del 1979, e ricostruita in seguito, più a monte, nel 2001 a causa di un'alluvione e sostituita in un luogo più asciutto nel 2011. Preso atto dell'avviso negativo dei servizi generali del Dipartimento del territorio, con decisione del 4 agosto 2014 il Municipio ha negato il permesso richiesto, rifiuto confermato dal Consiglio di Stato. Adito dal proprietario, con giudizio del 18 maggio 2016 il Tribunale cantonale amministrativo ne ha respinto il ricorso. C. Avverso questa decisione A._ presenta un ricorso al Tribunale federale. Chiede di annullare la sentenza impugnata, nonché la decisione municipale e di rilasciargli il permesso per costruire la baracca, subordinatamente di concedergli una deroga o un'autorizzazione a titolo precario. Non sono state chieste osservazioni al gravame.