Fatti: A. A.a. A._ era assicurato contro la perdita di guadagno in caso di malattia presso Swica Assicurazione malattia SA (di seguito: Swica) per il tramite del proprio datore di lavoro, Consorzio E._. A partire dall'8 aprile 2015 è stato inabile al lavoro ed è deceduto per le conseguenze della sua malattia (neoplasia del retto) il 19 aprile 2016. A.b. Con decisione del 13 agosto 2015, confermata su opposizione il 25 novembre seguente, l'assicuratore malattia ha negato a A._ il diritto a prestazioni per il motivo che si era recato in Italia senza il suo accordo. B. Mediante ricorso del 28 dicembre 2015 A._ ha chiesto al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino di annullare la decisione su opposizione e di riconoscergli il diritto a un'indennità giornaliera del 100 % a partire dall'8 aprile 2015. Con giudizio del 22 marzo 2016 il Tribunale cantonale ha accolto il ricorso come postulato dall'assicurato. C. Swica inoltra un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale in data 3 maggio 2016, chiedendo di annullare il giudizio del 22 marzo 2016. Gli eredi di A._ hanno proposto di respingere il ricorso con risposta del 30 agosto 2016, mentre il Tribunale cantonale ha rinunciato a prendere posizione.