Fatti: A. Il 23 settembre 2014 l'Istituto nazionale svizzero di assicurazione contro gli infortuni (INSAI) ha spiccato una "decisione preventiva ponteggio" nei confronti di A._ SA, società anonima avente per scopo fra l'altro la gestione di una ditta di carpenteria, copertura tetti, e lattoneria. Con questo provvedimento l'assicuratore ha vietato alla società l'uso di alcune impalcature di cantiere fino all'eliminazione delle carenze riscontrate. B. B.a. A._ SA ha presentato ricorso al Tribunale amministrativo federale contro la decisione dell'INSAI, chiedendone l'annullamento. A._ SA ha precisato che "per motivi cautelativi la ricorrente ha ritenuto di nondimeno introdurre il presente ricorso. Sarà tuttavia ben disposta a ritirarlo, qualora la SUVA dovesse confermare che la querelata decisione non può essere considerata per eventuali aumenti di premio ai sensi dell'art. 66 OPI". B.b. Il 4 febbraio 2015 l'INSAI, nel quadro della risposta al ricorso dinanzi al Tribunale amministrativo federale, ha confermato che la decisione impugnata non sarebbe stata considerata per eventuali aumenti di premio a norma dell'art. 66 OPI. L'assicuratore, rinviando a precedente corrispondenza con A._ SA, ha tuttavia sottolineato che quest'ultima sapeva come fosse bastato mettere in atto i provvedimenti richiesti al fine di scongiurare aumenti di premio. A._ SA ha ritirato il ricorso, ma ha ribadito per contro che essa è stata obbligata a presentarlo, perché l'INSAI non aveva chiarito l'aspetto dell'aumento dei premi. B.c. Il Tribunale amministrativo federale con decisione del 17 febbraio 2015 ha preso atto del ritiro del ricorso e ha stralciato dai ruoli la causa. Non ha riscosso spese processuali, ma ha condannato l'INSAI a rifondere fr. 1'000.- ad A._ SA a titolo di spese ripetibili. C. L'INSAI contro la sua condanna alla rifusione ad A._ SA di fr. 1'000.- a titolo di spese ripetibili presenta un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo che il giudizio precedente sia annullato su tale aspetto. Pretende inoltre che A._ SA si faccia carico delle spese e delle ripetibili per la procedura dinanzi al Tribunale federale. L'opponente chiede di respingere il ricorso, mentre il Tribunale amministrativo federale rinuncia a presentare osservazioni.