Fatti: A. Nell'ambito della revisione parziale della pianificazione locale, accettata dall'Assemblea comunale il 12 marzo 2012, il Comune di U._ ha proposto al Governo del Cantone dei Grigioni, tra l'altro, l'azzonamento in zona V._ di circa un ettaro (ha) di terreno edificabile, di cui 0,3 ha da assegnare alla zona ampliamento del nucleo 2 (AN2) e 0,7 ha alla zona residenziale 2 (R2C). Questo azzonamento, già proposto nell'ambito della revisione del 1995, era stato rifiutato dall'Esecutivo cantonale, poiché le zone edilizie erano già troppo estese. In occasione della revisione del 1998, il Comune lo riproponeva nuovamente: il Governo aveva sospeso la procedura di approvazione per motivi legati all'inquinamento fonico generato dallo stand di tiro, infrastruttura che cessava l'attività otto anni dopo. B. Con decreto del 17 dicembre 2013 il Governo cantonale, accertato il sovradimensionamento delle zone edificabili, non ha approvato l'ampliamento delle zone AN2 e R2C, stabilendo che finché il Comune non avrà deciso un nuovo piano delle zone, quelle litigiose dovevano essere attribuite all'altro territorio comunale. C. Il 31 gennaio 2014 D._, proprietario del fondo yyy (210 m2 ) sito in zona AN2, è insorto dinanzi al Tribunale amministrativo del Cantone dei Grigioni. Con giudizio del 26 agosto 2014 (R 14 12) la Corte cantonale ha parzialmente accolto il gravame e modificato il decreto governativo nel senso che nella zona nucleo di V._ viene inclusa anche una parte della particella yyy. D. Contro questa decisione l'Ufficio federale dello sviluppo territoriale presenta un ricorso al Tribunale federale. Chiede di annullarla e di confermare il decreto governativo. D._ non ha presentato osservazioni. Il Dipartimento cantonale rinuncia a formulare conclusioni concrete, mentre la Corte cantonale propone di respingere il gravame, in quanto ammissibile.