Fatti: A. A._ SA, azienda attiva nel ramo della lavorazione degli inerti e della produzione di calcestruzzo, è proprietaria del fondo xxx di X._, ubicato fuori della zona edificabile. Senza chiedere alcun permesso, durante il 1998 l'azienda aveva consolidato il muro di sostegno di una pista utilizzata da autocarri, sopraelevandolo inoltre di 1.30 m. Sollecitata dal Municipio, il 15 maggio 1999 aveva chiesto di rilasciarle un permesso in sanatoria. Respinte alcune opposizioni, il Municipio l'aveva rilasciato il 28 luglio seguente. Il 14 gennaio 2000, il Consiglio di Stato, accogliendo i ricorsi proposti da opponenti, aveva ritenuto che il Municipio era vincolato dal preavviso negativo espresso dal Dipartimento del territorio. Aveva quindi accertato la nullità della licenza e rinviato gli atti al Municipio, affinché negasse il permesso; decisione confermata il 9 maggio 2000 dal Tribunale cantonale amministrativo. B. Il 17 maggio 2000 il Municipio ha quindi respinto la domanda di costruzione in sanatoria. Adito dall'azienda, il Consiglio di Stato, dopo aver ordinato una perizia e preso atto che l'insorgente aveva ritirato il ricorso in seguito a un accordo concluso con il Municipio, che prevedeva l'irrogazione di una sanzione pecuniaria in caso di ritiro del ricorso, lo ha stralciato dai ruoli. Il 28 gennaio 2002 il Municipio ha inflitto all'interessata una sanzione pecuniaria di fr. 3'000.--. C. Per quanto qui interessa, contro questo provvedimento municipale, il 10 aprile 2014 B._, C.C._ e D.C._ sono insorti dinanzi al Governo. Con decisione del 9 settembre 2014, l'Esecutivo cantonale si è pronunciato contro la postulata nullità dell'impugnato provvedimento municipale. Mediante giudizio del 15 giugno 2015, il Tribunale cantonale amministrativo ha annullato la risoluzione governativa e accertato la nullità della decisione municipale. D. Avverso questa sentenza A._ SA presenta un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiede di annullarla, subordinatamente di rinviare gli atti alla Corte cantonale per nuovo giudizio, dopo l'esperimento di un sopralluogo. Non sono state chieste osservazioni al gravame.