Fatti: A. La B._ SA è proprietaria della particella xxx di Lugano, Sezione Castagnola, confinante con il fondo yyy, di proprietà di A._. Raccolto l'avviso favorevole dei Servizi generali del Dipartimento del territorio, il 19 febbraio 2014 il Municipio di Lugano ha rilasciato alla B._ SA la licenza edilizia per demolire gli edifici esistenti e ricostruire uno stabile residenziale composto di due costruzioni principali, collegate da un corpo centrale, articolate su sette piani fuori terra e su un piano interrato comune destinato a ospitare un'autorimessa per 34 veicoli. L'autorità comunale ha subordinato il rilascio dell'autorizzazione a una serie di condizioni, in particolare alla presentazione di alcuni progetti in variante almeno trenta giorni prima dell'inizio dei lavori, concernenti tra l'altro le camere, l'accesso veicolare e le canalizzazioni. La licenza non è stata impugnata ed è cresciuta in giudicato. B. Il 23 maggio 2014 l'istante ha chiesto il rilascio di un permesso in variante, domandando poi di annullare l'avvenuta pubblicazione e postulando di proseguirne l'esame secondo la procedura di notifica, trattandosi secondo lui di una mera completazione della domanda originale, in seguito ritirata. Il 9 settembre 2014 il Municipio ha rilasciato la licenza edilizia in variante secondo la procedura di notifica, subordinandola a un'ulteriore serie di condizioni. Nel frattempo, il 1° settembre 2014 A._, adducendo che la variante dovrebbe soggiacere alla procedura ordinaria, ha chiesto al Municipio di accertare che sino all'approvazione dei progetti la licenza edilizia non è operativa e che i lavori di costruzione non possono iniziare. Il Municipio ha confermato che l'ottenimento del permesso d'inizio lavori è subordinato all'adempimento delle condizioni poste nella licenza del 19 febbraio 2014, rispettivamente in quella del 9 settembre 2014. C. Adito dalla vicina, con decisione del 10 novembre 2015 il Consiglio di Stato ne ha accolto il ricorso, annullando la licenza edilizia in variante e rinviando gli atti al Municipio, affinché completi e pubblichi la domanda di costruzione e statuisca sull'istanza di accertamento. Contro la decisione governativa B._ SA è insorta dinanzi al Tribunale cantonale amministrativo. Nel frattempo, il 9 luglio 2015 il Municipio ha approvato il nuovo progetto delle canalizzazioni e del sistema di prosciugamento della fossa di scavo durante la fase di cantiere. In adempimento delle condizioni poste alla licenza del 19 febbraio 2014, la B._ SA ha inoltrato all'Esecutivo comunale nuovi piani, datati 21 settembre 2015. Il 30 settembre 2015 il Dicastero edilizia privata della Città di Lugano ha poi comunicato alla vicina che sono state rilasciate due licenze edilizie, il 19 febbraio 2014 e il 9 settembre 2014, e che per la prima erano stati inoltrati i documenti necessari per l'avvio dei lavori, mentre per la seconda, oggetto di ricorso, non erano ancora state ottemperate le condizioni richieste. Il 10 novembre 2015 il Municipio, accertato l'adempimento delle condizioni poste con la licenza del 19 febbraio 2014 e l'approvazione del nuovo sistema di canalizzazione, ha rilasciato l'autorizzazione a iniziare i lavori. D. Frattanto, l'8 ottobre 2015, la vicina è insorta dinanzi al Consiglio di Stato contro la presa di posizione del Dicastero edilizia privata, chiedendone l'annullamento e, in via cautelare, di ordinare al Municipio di non autorizzare l'avvio dei lavori. L'11 novembre 2015 il Presidente del Consiglio di Stato ha dichiarato irricevibile l'istanza di misure provvisionali. Con decisione del 2 dicembre 2015 il Governo cantonale ha poi dichiarato irricevibile il ricorso per assenza di una decisione impugnabile, rinviando nondimeno gli atti al Municipio affinché statuisca sull'istanza di accertamento. E. La vicina ha impugnato sia la decisione del Presidente del Governo sia quella governativa davanti al Tribunale cantonale amministrativo. Prima della conclusione di queste procedure, visto che nel frattempo erano iniziati i lavori di scavo, ella ha inoltrato due istanze concernenti i citati procedimenti chiedendo l'immediato blocco degli interventi edilizi non sorretti da permesso. Il giudice delegato del Tribunale cantonale amministrativo, sospesi dapprima in via supercautelare i lavori, con giudizio del 9 marzo 2016 ha poi evaso le istanze cautelari ai sensi dei considerandi, autorizzando la B._ SA a continuare solo i lavori di costruzione al beneficio della licenza del 19 febbraio 2014 alle condizioni ivi poste e risultanti dai piani del 21 settembre 2015 e dall'approvazione municipale del 9 luglio 2015 (canalizzazione e smaltimento acque). F. Avverso questa decisione A._ presenta un ricorso al Tribunale federale chiedendo, in via provvisionale, di concedere al gravame l'effetto sospensivo e, in via subordinata, di ordinare il blocco di qualsiasi lavoro con la comminatoria dell'art. 292 CP; nel merito, postula di annullare la decisione impugnata e di confermare il divieto di avviare/proseguire i lavori. Non sono state chieste osservazioni al ricorso.