Fatti: A. Con pubblicazione sul foglio ufficiale del Cantone Ticino n. 36/2015 rispettivamente n. 38/2015 e n. 44/2015, il Dipartimento del territorio ticinese ha indetto un concorso, retto dalla legge cantonale sulle commesse pubbliche del 20 febbraio 2001 (LCPubb; RL/TI 7.1.4.1) ed impostato secondo la procedura libera per l'aggiudicazione del servizio di sgombero neve delle strade cantonali per il periodo 2015-2020. Il bando di concorso, contro gli elementi del quale non è stato inoltrato nessun ricorso, specificava che i lavori venivano suddivisi in 46 lotti e indicava, per ognuno di essi, il numero di mezzi previsti. L'elenco prezzi e le disposizioni particolari CPN 102, parte degli atti di appalto, erano redatti in maniera identica per tutti i lotti messi a concorso. Alla posizione 223.100 CPN 102 il committente stabiliva diversi criteri di idoneità, esigendo tra l'altro che ogni concorrente avesse le risorse umane necessarie per eseguire la commessa. In proposito, indicava testualmente quanto segue: CI 3 ditta con sufficiente personale Per garantire sufficienti cambi di turno, l'offerente deve disporre nel proprio organico di almeno due persone abilitate alla guida di ogni automezzo proposto. Le stesse non possono essere già impegnate in altre attività concomitanti, ad esempio per lo sgombero neve comunale o autostradale. Per comprovare l'adempimento di questo requisito i concorrenti erano tenuti a compilare un'apposita lista, riferita al personale conducente della ditta, inserita a pagina 30 del fascicolo d'offerta. B. Per il lotto E17 (Lucomagno, suddiviso in due settori), ed entro il termine impartito, sono giunte al committente cinque offerte, ovvero: Consorzio D._ ... CHF Consorzio B._SA - C._SA ... CHF E._SA ... CHF A._ ... CHF F._Sagl ... CHF Proceduto al loro esame, in applicazione delle prescrizioni di gara, con risoluzioni del 30 settembre 2015 il Consiglio di Stato ne escluse tre, tra cui quella di A._, ed ha assegnato la commessa al Consorzio B._SA - C._SA rimasto in gara insieme al Consorzio D._. Non concordando né con la risoluzione di esclusione né con quella di aggiudicazione, A._ ha quindi adito il Tribunale amministrativo cantonale, il quale, nella misura in cui lo ha ritenuto ricevibile, ha respinto il gravame con sentenza del 26 febbraio 2016. C. Con ricorso sussidiario in materia costituzionale del 22 aprile 2016, A._ ha impugnato quest'ultimo giudizio davanti al Tribunale federale, chiedendone l'annullamento e il rinvio dell'incarto alla Corte cantonale per nuova decisione rispettivamente la riforma nel senso indicato con le conclusioni formulate in subordine. Il Tribunale cantonale amministrativo e le ditte cui è stata aggiudicata la commessa hanno rinunciato a formulare osservazioni. Il Consiglio di Stato del Cantone Ticino, per il tramite della Divisione delle costruzioni, e l'Ufficio dei lavori sussidiati e degli appalti hanno chiesto che il ricorso sia respinto.