Fatti: A. B._ e A._, secondo il loro esposto ricorsuale, sono comproprietari in particolare di un fondo di 3'246 m2 attribuito dal piano regolatore del Comune di X._ alla zona residenziale a 2 piani collinare. Con decisione del 17 giugno 2015 il Consiglio di Stato ha approvato la revisione del piano regolatore, istituendo d'ufficio la protezione di un edificio sito su una particella limitrofa quale bene protetto di interesse cantonale, unitamente a un importante perimetro di rispetto che comprende anche il citato fondo. B. Contro questa decisione i proprietari sono insorti dinanzi al Tribunale cantonale amministrativo. Con decisione del 15 settembre 2015 il giudice delegato ha invitato gli insorgenti a versare entro il 1° ottobre 2015 un anticipo di fr. 2'000.-- per le presunte spese processuali, precisando che in caso di mancato pagamento nel termine assegnato il ricorso sarebbe stato dichiarato irricevibile e le spese processuali poste a loro carico. La decisione è firmata dalla segretaria, "p.o. del giudice delegato", quest'ultimo non indicato nominativamente. Nei rimedi di diritto è indicata la facoltà di impugnarla dinanzi al Tribunale federale con ricorso in materia di diritto pubblico entro 30 giorni dalla sua notificazione. C. Con decisione del 9 ottobre 2015 il giudice delegato Raffaello Balerna, presidente del Tribunale amministrativo cantonale, ha dichiarato irricevibile il ricorso, poiché gli insorgenti non hanno versato l'anticipo richiesto entro il termine stabilito. Con sentenza del 10 novembre 2015 la Corte cantonale ha poi respinto in quanto ammissibile un'istanza di revisione presentata dagli interessati, trattata quale richiesta di restituzione in intero contro il lasso dei termini. D. A._ e B._ impugnano la decisione incidentale del 15 settembre 2015 e quella del 9 ottobre seguente con un ricorso in materia di diritto pubblico e un ricorso sussidiario in materia costituzionale al Tribunale federale. Chiedono di accertare la nullità della decisione del 15 settembre 2015, sussidiariamente di annullarla, di annullare quella del 9 ottobre 2015 e di rinviare gli atti alla Corte cantonale, affinché assegni loro un congruo termine per il versamento dell'anticipo. Nelle sue osservazioni, la Corte cantonale, precisata la prassi in materia, si rimette al giudizio del Tribunale federale, mentre il Municipio di X._, rilevato che il ricorso non verte su questioni di competenza comunale, non presenta ulteriori osservazioni. I ricorrenti non hanno replicato.