Fatti: A. La B._SA è proprietaria a W._, in località X._, del fondo part. yyy, situato fuori della zona edificabile, a lato della strada che conduce al valico doganale di Z._. Sulla particella sorgono uno stabile di due piani e una stazione di rifornimento di carburante con negozio, edificati prima del 1970. Dopo avere acquisito l'avviso favorevole dell'autorità cantonale, il 29 settembre 2008 il Municipio di W._ ha rilasciato a B._SA la licenza per la ristrutturazione della stazione di servizio e per la demolizione dell'edificio adiacente. Il progetto prevede la realizzazione di due colonne di distribuzione del carburante coperte da una pensilina, nell'ubicazione dell'edificio che verrebbe demolito, e lo smantellamento di quelle esistenti, ove troverebbe spazio l'ampliamento del negozio. La licenza edilizia è stata rinnovata il 12 aprile 2011 e il 7 dicembre 2012. B. Con una domanda di costruzione in variante del 23 gennaio 2012, la B._SA ha parzialmente modificato il progetto approvato, chiedendo al Municipio il permesso per l'installazione di un nuovo serbatoio interrato per il gas GPL e per il parziale cambiamento di destinazione del negozio annesso alla stazione di servizio in esercizio pubblico. La variante prevede di utilizzare una superficie di circa 36 m2 del negozio (di complessivi 112.20 m2 ) per realizzare un bar con sette posti a sedere ai tavoli e sei al bancone. Rispetto ai piani approvati, è inoltre prevista la ridistribuzione degli spazi interni tra atrio, servizi igienici e magazzino, con l'aggiunta di un locale "office". Alla domanda di costruzione si è opposta la A._SA, proprietaria di un fondo confinante. Acquisito il preavviso favorevole dell'autorità cantonale, con decisione dell'8 agosto 2012 il Municipio di W._ ha rilasciato alla B._SA la licenza edilizia in variante, respingendo nel contempo l'opposizione della vicina. Adito da quest'ultima, con decisione del 19 giugno 2013 il Consiglio di Stato ne ha accolto il ricorso ed ha annullato la licenza edilizia in variante. C. Con sentenza del 27 gennaio 2015 il Tribunale cantonale amministrativo ha accolto un ricorso presentato da B._SA contro la decisione governativa, annullandola e confermando la licenza edilizia in variante rilasciata dal Municipio. La Corte cantonale ha ritenuto che il parziale cambiamento di destinazione in bar del negozio annesso alla stazione di servizio era conforme agli art. 37a LPT e 43 OPT. D. La A._SA impugna questa sentenza con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo in via principale di annullarla e di confermare la decisione governativa di diniego della licenza edilizia. In via subordinata, chiede di rinviare gli atti all'autorità cantonale per l'emanazione di un nuovo giudizio. La ricorrente fa valere la violazione del divieto dell'arbitrio e dell'art. 43 cpv. 1 lett. b OPT. Non sono state chieste osservazioni al ricorso, ma è stato richiamato l'incarto cantonale.