Fatti: A. A._, ottenuto nel 2009 un master in economia presso l'Università della Svizzera italiana (USI), si è iscritto agli studi di dottorato con l'indirizzo di specializzazione in macroeconomia, per il quale sono richiesti 30 crediti ECTS. Lo studente ha contestato tale esigenza per il motivo che l'USI non organizzava corsi adatti a soddisfarla ma si limitava a proporgli corsi equivalenti presso università svizzere o estere. Il 6 marzo 2012 egli ha chiesto formalmente una deroga all'obbligo dei 30 crediti, asserendo di non potersi recare fuori Cantone per motivi personali ed economici; per il caso che tale domanda fosse respinta, ha chiesto che l'USI stessa organizzasse i corsi idonei per conseguire il dottorato. L'istanza è stata effettivamente respinta il 30 aprile 2012 dal Consiglio della facoltà di scienze economiche dell'USI e il 26 ottobre 2012 dalla Commissione indipendente di ricorso. Il successivo gravame è stato dichiarato irricevibile con sentenza del 21 novembre 2012 del Tribunale cantonale amministrativo, il quale ha costatato che nessuna legge prevedeva la sua competenza di statuire su ricorsi volti contro le decisioni della Commissione indipendente di ricorso. B. A._ ha impugnato con ricorsi in materia di diritto pubblico al Tribunale federale sia la decisione della Commissione indipendente di ricorso, sia quella del Tribunale cantonale amministrativo. Il Tribunale federale ha statuito con sentenza congiunta del 30 dicembre 2013. Ha costatato - in breve - che la Commissione indipendente di ricorso non era un tribunale superiore nel senso dell'art. 86 cpv. 2 LTF e ha ritornato la causa al Tribunale cantonale amministrativo affinché prevedesse una regolamentazione provvisoria, se del caso in collaborazione con il Consiglio di Stato, e esaminasse il ricorso di A._. Poco prima, il 16 dicembre 2013, il Gran Consiglio del Cantone Ticino aveva adottato una novella legislativa di modifica della legge sull'Università della Svizzera italiana, sulla Scuola universitaria della Svizzera italiana e sugli Istituti di ricerca del 3 ottobre 1995 (LUSI; RL/TI 5.3.1.1). Il nuovo art. 11a, entrato in vigore il 1° marzo 2014, ammette ora il ricorso al Tribunale cantonale amministrativo "contro le decisioni relative ai rapporti con gli studenti, gli uditori e gli altri utenti emanate in ultima istanza secondo gli statuti o i regolamenti interni dagli organi o dalle autorità dell'USI o della SUPSI". La Commissione indipendente di ricorso è stata soppressa. C. Il Tribunale cantonale amministrativo si è pronunciato di nuovo il 26 giugno 2015. Ha annullato le decisioni 30 aprile 2012 del Consiglio della facoltà di scienze economiche dell'USI e 26 ottobre 2012 della Commissione indipendente di ricorso e ha retrocesso gli atti al predetto Consiglio di facoltà "affinché, posto come A._ non possa beneficiare della deroga richiesta, si adoperi ad organizzare i corsi dottorali di base necessari per l'assolvimento della formazione avanzata nell'indirizzo di specializzazione della macroeconomia oppure accerti di non poter offrire in sede il programma di dottorato nel settore prescelto dal ricorrente, pronunciandosi su di un'eventuale parziale o totale restituzione delle tasse universitarie versate da quest'ultimo a tale scopo". D. A._ insorge davanti al Tribunale federale con ricorso in materia di diritto pubblico. Chiede l'annullamento della sentenza cantonale, oltre che delle decisioni del Consiglio di facoltà e della Commissione indipendente di ricorso, e in via principale che gli sia concessa la deroga all'obbligo di conseguire 30 crediti ECTS di corsi per l'ottenimento del dottorato. In via subordinata il ricorrente domanda, nell'ordine: che sia ordinato all'USI di organizzare i corsi dottorali nei prossimi due semestri; che gli siano rifuse le tasse universitarie già pagate e finanziati i costi della formazione fuori sede; che la causa sia ritornata al Consiglio di facoltà per nuova decisione. L'USI, tramite il Consiglio di facoltà, propone di dichiarare il ricorso irricevibile con risposta del 5 ottobre 2015. Il Tribunale cantonale amministrativo non ha preso posizione.