Fatti: A. La A._ SA è proprietaria del fondo part. xxx di Stabio, situato in località "Lüvee", in prossimità della rotonda di Segeno, tra via Ligornetto e via dei Pioppi, censito quale superficie inedificata di 41'041 m2. In base al piano regolatore approvato dal Consiglio di Stato il 5 ottobre 1976, una parte di circa 32'400 m2 del fondo (allora di complessivi 41'249 m2) era inserita in una zona per edifici pubblici (EP) destinata alla costruzione di abitazioni economiche, mentre un settore di 8'850 m2era attribuito alla zona edificabile mista residenziale artigianale RAr4. B. Il 7 ottobre 1994 il Municipio di Stabio ha sospeso per due anni una domanda di costruzione presentata dalla A._ SA per edificare quattro abitazioni plurifamiliari sulla parte del fondo assegnata alla zona RAr4. La decisione sospensiva era motivata con l'incompatibilità del progetto con gli studi relativi alla revisione generale del piano regolatore, che prevedevano l'inserimento dell'intero fondo in una zona d'interesse pubblico. In seguito, prima della scadenza del periodo di sospensione, il 29 febbraio 1996 il Municipio ha adottato una zona di pianificazione volta a salvaguardare l'istituzione di un vincolo d'interesse pubblico (AP-EP) su tutta la superficie del fondo, per accogliere un nuovo centro sportivo comunale e una scuola dell'infanzia. C. Il 20 febbraio 2000 il Consiglio comunale ha adottato il nuovo piano regolatore, confermando l'istituzione del prospettato vincolo AP-EP sul fondo. La proprietaria l'ha impugnato dinanzi al Consiglio di Stato, chiedendo che fosse stralciato e che tutta la particella fosse assegnata alla zona edificabile. Con risoluzione del 7 maggio 2002 il Consiglio di Stato ha approvato la revisione generale del piano regolatore, abrogando formalmente quello precedente del 1976. In accoglimento del gravame della proprietaria, il Governo ha ritenuto sovradimensionato il campo sportivo ed eccessivamente periferica l'ubicazione della scuola dell'infanzia, invitando il Municipio ad elaborare una variante per verificare tali destinazioni. Dopo una serie di atti che non occorre qui evocare, l'11 novembre 2009 il Consiglio di Stato ha approvato delle varianti del piano regolatore, che prevedevano in particolare l'imposizione di un vincolo AP-EP sul fondo part. xxx per la realizzazione di un centro sportivo intercomunale. D. Con istanza del 22 settembre 2011, la proprietaria ha promosso una procedura di espropriazione materiale contro il Comune di Stabio dinanzi al Tribunale di espropriazione, relativamente alla superficie di 8'850 m2 del fondo precedentemente inserita in zona edificabile RAr4 ed ora assegnata alla zona AP-EP. Ha chiesto un'indennità di fr. 520.-- al m2 oltre interessi. E. Con sentenza del 23 settembre 2014 il Tribunale di espropriazione ha respinto l'istanza. Ha ritenuto che l'inserimento della superficie in questione in zona AP-EP configurava un rifiuto di attribuzione alla zona edificabile, che in concreto non realizzava gli estremi di un'espropriazione materiale. F. Con sentenza del 27 maggio 2016 il Tribunale cantonale amministrativo ha respinto un ricorso della proprietaria contro il giudizio di primo grado, che ha sostanzialmente confermato. G. La A._ SA e la B._, con la quale sarebbe stata avviata una fusione, impugnano questa sentenza con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendone l'annullamento. Le ricorrenti fanno valere la violazione degli art. 26 cpv. 2 Cost. e 5 cpv. 2 LPT, nonché l'accertamento manifestamente inesatto dei fatti. Non sono state chieste osservazioni sul ricorso, ma è stato richiamato l'incarto cantonale.