Fatti: A. Nel marzo 2015 il Comune di X._ ha messo a pubblico concorso le opere da capomastro per il risanamento della strada [...]. Giusta le condizioni poste dal capitolato d'appalto (posizioni 100-113.110), le basi contrattuali erano il contratto nazionale mantello (CNM) per il settore principale della costruzione e il contratto collettivo di lavoro (CCL) valido per la Società Svizzera degli Impresari Costruttori (SSIC), sezione Grigioni. Alla scadenza del concorso, [...], la situazione si presentava come segue: offerente prezzo differenza Consorzio D._ fr. 1'099'592.80 0.00% Consorzio A._ fr. 1'407'698.20 28.02% _ fr. 1'465'171.20 33.25% _ fr. 1'653'498.35 50.37% _ fr. 1'657'854.00 50.77% B. Su esplicita richiesta del Comune di X._, che aveva rilevato come la loro offerta facesse riferimento a salari orari differenti da quelli validi nel Moesano, la E._ SA, con sede nei Grigioni e succursale in Ticino e nei Grigioni, e la F._ SA, con sede e succursale in Ticino, hanno indicato testualmente che: L'impresa F._ SA, con sede in Ticino, dichiara di applicare e rispettare i salari minimi contrattuali presentati in fase d'offerta (vedi pagina 23/24 del capitolato), secondo le regolamentazioni della Commissione Paritetica Cantonale del Ticino a cui fanno capo. L'impresa E._ SA, la quale ha parte del personale soggetta alle disposizioni della Commissione paritetica Cantonale del Ticino, dichiara di rispettare i salari minimi contrattuali presentati in fase d'offerta (vedi pagina 23/24 del capitolato); mentre per il resto dei suoi dipendenti dichiara di applicare e rispettare i salari base del Cantone dei Grigioni, secondo l'articolo 41 del Contratto Nazionale Mantello 2012/2015. I salari base, validi nel Canton Grigioni, per ogni classe salariale espressi in franchi all'ora attualmente in vigore sono: V Q A B C 34.55 31.55 30.40 28.30 25.45 C. Dopo avere valutato le singole offerte così come le delucidazioni ottenute dalla E._ SA e dalla F._ SA in merito alle indicazioni relative ai salari fornite nel capitolato rispettivamente con l'autocertificazione acclusa all'offerta, con risoluzione del 22 maggio 2015 il Comune di X._ ha deliberato i lavori al Consorzio B._ per fr. 1'099'592.80.