Fatti: A. A.a. B.B._ è stato impiegato presso la D._ AG fino al 31 maggio 1999. Dall'8 maggio 1998 era in istanza di divorzio dall'allora moglie B.A._. Il 31 maggio 1999 B.B._ ha chiesto alla A._, presso la quale il suo datore di lavoro era affiliato, il versamento integrale dell'avere di cassa pensione. Tale richiesta, sottoscritta dall'allora moglie B.A._, era accompagnata da una dichiarazione di partenza dalla Svizzera per la Turchia valida per il solo marito. L'istituto di previdenza ha effettuato il versamento richiesto in data 30 giugno 1999 per un importo pari a fr. 54'015.04. Con petizione del 18 dicembre 2000 B.A._ si è rivolta alla Pretura di U._ chiedendo alla convenuta A._ di versare l'avere di cassa pensione presso la Pretura stessa per poterne tenere conto nell'ambito della liquidazione del regime matrimoniale. A.b. Con sentenza dell'8 aprile 2004, passata in giudicato il 10 maggio 2004, la Pretura di U._ ha sciolto per divorzio il matrimonio contratto dai coniugi B._, statuendo a titolo di liquidazione del regime matrimoniale che l'ex marito era tenuto a versare alla moglie la metà dell'avere di cassa pensione, previa deduzione dell'eventuale capitale che dovrebbe essere riconosciuto alla moglie nell'ambito della procedura avviata contro la cassa pensione. A.c. Dopo un lungo iter processuale, con decisione del 28 dicembre 2012, il Pretore di U._ ha accolto la petizione del 18 dicembre 2000 condannando la cassa pensioni al pagamento di fr. 27'007.80 più interessi in favore di B.A._. Adita su ricorso della A._, la seconda Camera civile del Tribunale d'appello ha accertato la nullità della sentenza pretorile con sentenza del 9 aprile 2015. A.d. In data 21 maggio 2015 B.A._ ha inoltrato una petizione nei confronti della A._ volta ad ottenere il versamento di fr. 27'007.80, più interessi, a suo favore o, a titolo sussidiario, su un conto di libero passaggio intestato a suo nome presso un istituto previdenziale. B. Con giudizio del 4 maggio 2016 il Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino ha accolto la petizione del 21 maggio 2015 e ha condannato la A._ a versare su un conto di libero passaggio presso la Fondazione Istituto collettore LPP a favore di B.A._ la somma di fr. 32'258.10, più interessi a datare dal 10 maggio 2004. C. La A._ inoltra un ricorso in materia di diritto pubblico contro il giudizio cantonale concludendo al suo annullamento.