Fatti: A. La C._ GmbH ha ottenuto con sentenza 4 dicembre 2014 dal Pretore del distretto di Lugano il rigetto provvisorio dell'opposizione interposta dalla A._ SA al precetto esecutivo fattole notificare per l'incasso di complessivi fr. 1'161'339.04. L'escussa ha ritirato la decisione il 9 dicembre 2014. B. L'8 gennaio 2015 la A._ SA ha inoltrato alla Pretura di Lugano un'azione di disconoscimento del predetto debito. Dopo che la creditrice ha eccepito la tardività dell'azione, il Pretore ha emanato il 9 settembre 2015 una decisione incidentale con cui ha respinto l'eccezione. C. Con sentenza 1° febbraio 2016 la II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino ha accolto l'appello inoltrato dalla C._ GmbH e ha riformato la decisione pretorile nel senso che ha accolto l'eccezione di tardività e ha dichiarato la petizione irricevibile. Essa ha dapprima ritenuto, come già indicato nel giudizio di primo grado, che il termine di 20 giorni dell'art. 83 cpv. 2 LEF inizia a decorrere dalla notifica della sentenza di rigetto dell'opposizione. Contrariamente al Pretore, la Corte cantonale ha però considerato che all'azione di accertamento dell'inesistenza del debito non sono applicabili le ferie giudiziarie dell'art. 145 cpv. 1 CPC, ma le ferie esecutive giusta gli art. 56 e 63 LEF. Ha quindi indicato che la petizione presentata l'8 gennaio 2015 era tardiva, perché il termine per l'inoltro dell'azione di disconoscimento del debito ha iniziato a decorrere il 10 dicembre 2014 ed è scaduto, in virtù degli art. 56 e 63 LEF, mercoledì 7 gennaio 2015. D. Con ricorso in materia civile del 4 marzo 2016 la A._ SA postula, previo conferimento dell'effetto sospensivo al gravame, la modifica della sentenza impugnata nel senso che il giudizio pretorile sia confermato. Afferma che la petizione è tempestiva, perché il termine di cui all'art. 83 cpv. 2 LEF inizia a decorrere unicamente dopo la scadenza del termine per impugnare la decisione con cui è stata rigettata l'opposizione e sostiene che, in ogni caso, all'azione di disconoscimento del debito è applicabile il regime delle ferie previsto dal CPC, trattandosi di un'azione di puro diritto materiale. Il 9 marzo 2016 l'autorità inferiore ha comunicato la rinuncia a formulare osservazioni, mentre con risposta 29 marzo 2016 la C._ GmbH propone di rigettare sia la domanda di misure d'urgenza che il ricorso e chiede che le venga accordata un'indennità per ripetibili di fr. 17'500.--. La Presidente della Camera adita ha respinto con decreto del 31 marzo 2016 la domanda di conferimento dell'effetto sospensivo al ricorso. Le parti hanno proceduto spontaneamente a un secondo scambio di scritti. Il 27 ottobre 2016 l'opponente ha comunicato al Tribunale federale il cambiamento della propria ragione sociale in B._ GmbH. ll 18 novembre 2016 la ricorrente ha nuovamente postulato il conferimento dell'effetto sospensivo al ricorso. Con scritto 23 novembre 2016 l'op ponente propone la reiezione della domanda.