Fatti: A. II 10 ottobre 2012 la A._ si è rivolta al Dipartimento delle finanze e dell'economia del Cantone Ticino (DFE) per ottenere la concessione di una deroga degli orari di apertura dei negozi. In particolare, essa chiedeva che durante il periodo invernale 2012-2013, ovvero dalla seconda domenica di ottobre sino al sabato Santo, i negozi della piccola e della grande distribuzione presenti in Ticino potessero tenere aperto il sabato fino alle 18.00 invece che fino alle 17.00. Il 12 ottobre successivo, l'allora Direttrice del DFE ha preso posizione su tale domanda, osservando come, malgrado il Consiglio di Stato avesse da tempo licenziato un messaggio per modificare la regolamentazione in materia, la legislazione cantonale in vigore non permetteva di concedere le deroghe richieste. B. Dopo avere ricevuto la risposta della Direttrice del DFE, la A._ ha chiesto al Consiglio di Stato ticinese di emanare una decisione impugnabile. Con atto del 6 novembre 2012, il Governo cantonale ha quindi formalmente respinto l'istanza di deroga. Adito su ricorso dalla A._, il Tribunale amministrativo ticinese non è entrato nel merito del gravame, dichiarandone l'irricevibilità. Secondo i Giudici cantonali quest'ultima non aveva infatti dimostrato di disporre della legittimazione ad insorgere, né direttamente né in qualità di associazione che agisce "in rappresentanza" dei suoi membri. A titolo abbondanziale ha poi aggiunto che il ricorso sarebbe stato infondato anche nel merito, spiegandone le ragioni. C. Con ricorso in materia di diritto pubblico del 28 aprile 2016, la A._ insorge ora davanti al Tribunale federale, chiedendo: "1. Il ricorso è accolto. a) La decisione del Tribunale cantonale amministrativo dell'11 marzo 2016 è annullata. b)è accertata l'incostituzionalità degli art. 21 e 17 LCL e quindi è ammessa l'apertura dei negozi della piccola e della grande distribuzione in tutto il Ticino senza limiti di orario se non quelli imposti dalla legge federale sul lavoro. c) In tale ambito è in particolare accertata l'illiceità della decisione del Consiglio di Stato di data 6 novembre 2012 con cui è stata negata l'istanza chiedente l'estensione dell'apertura dei negozi il sabato fino alle 18 durante il periodo invernale 2012-2013. 2. Protestate spese e ripetibili." Chiamati ad esprimersi, il Consiglio di Stato e il Tribunale cantonale amministrativo del Cantone Ticino hanno chiesto che il ricorso venga respinto. Quest'ultimo ha pure attirato l'attenzione sul fatto che "sarà compito del Tribunale federale esaminare, al momento dell'emanazione del giudizio, se, alla luce delle modifiche legislative intervenute a livello cantonale, la ricorrente è ancora in possesso di un interesse attuale e concreto che la legittimi a insorgere". Con replica del 19 agosto 2016, la ricorrente ha ribadito integralmente le sue richieste. Riguardo alla questione sollevata dalla Corte cantonale, ha osservato che l'entrata in vigore delle citate modifiche legislative dipende "dall'adozione di un contratto collettivo di lavoro, che deve essere decretato di obbligatorietà generale dal Consiglio di Stato, e la cui promulgazione non va certo data per imminente".