Fatti: A. A._ SA è locataria di un vasto terreno di proprietà del Comune del X._, situato in una zona AP-EP, sul quale sorge un centro commerciale. Con decisione del 25 aprile 2013 il Municipio, accertato che sul terreno annesso al centro commerciale erano depositati numerosi veicoli a motore in parte privi di targhe, posteggiati anche fuori dagli appositi stalli destinati ai clienti, ha ordinato alla società di allontanare quelli non targati, vietandole altresì di utilizzare il terreno non adibito a posteggio per parcheggiare i veicoli dei clienti del centro. Il provvedimento è stato annullato dal Consiglio di Stato il 12 giugno 2013. Contemporaneamente il Municipio aveva disdetto il contratto di locazione e richiesto lo sfratto immediato, decisioni dichiarate per finire inammissibili dalla Seconda Camera civile del Tribunale d'appello. B. Constatato che il terreno annesso al centro commerciale era ulteriormente utilizzato da sublocatari di A._ SA per posteggiarvi automobili non targate e che uno degli spazi interni era stato trasformato senza permesso in garage-carrozzeria, con decisione del 13 marzo 2014 il Municipio ha ordinato alla società di sospendere o far sospendere immediatamente tali attività, indicando che contro il provvedimento era dato ricorso al Consiglio di Stato nel termine di trenta giorni. La decisione è stata notificata il 17 marzo 2014 direttamente alla società, che l'ha poi trasmessa al suo legale. Questi, avutane conoscenza il 31 marzo dopo essere stato dimesso dall'ospedale dov'era stato ricoverato il 24 marzo, l'ha impugnata con ricorso del 9 aprile 2014. Il 29 aprile 2014 il Consiglio di Stato ha dichiarato irricevibile siccome tardivo il gravame, poiché, trattandosi di un provvedimento cautelare, avrebbe dovuto essere impugnato entro 15 giorni. Con giudizio del 17 marzo 2015 il Tribunale cantonale amministrativo ha respinto un ricorso della società. C. Avverso questa decisione A._ SA presenta un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiede di annullare il provvedimento municipale, la decisione governativa, nonché quella della Corte cantonale: subordinatamente di rinviare l'incarto alle autorità amministrative cantonali per nuovo giudizio e di considerare tempestiva la procedura ricorsuale. Non sono state chieste osservazioni al gravame.