Fatti: A. A._ SA è proprietaria della particella xxx di X._, ubicata in zona nucleo di tamponamento. Sul fondo si trova un edificio articolato su quattro piani, di cui tre sotto il livello della strada. Al pianterreno e al piano sottostante vi è un ristorante, da tempo non più in attività, al seminterrato una piccola abitazione e al piano interrato una cantina. Con domanda di costruzione dell'11 luglio 2011 A._ SA ha chiesto il permesso di trasformare l'edificio in un'abitazione adibita a residenza secondaria. Al progetto si sono opposti, tra altri D.D._, E.D._ e F.D._, nonché B.B._ e C.B._, comproprietari di fondi limitrofi, che hanno contestato l'intervento sotto il profilo della completezza della domanda, del rispetto dell'indice di sfruttamento, delle distanze dal confine e dalla strada, dell'altezza dei locali e dell'inserimento estetico paesaggistico e, infine, delle norme comunali sulle residenze secondarie. Preso atto dell'avviso favorevole del Dipartimento del territorio, il 3 febbraio 2012 il Municipio ha nondimeno negato il richiesto cambiamento di destinazione, ritenendo che la norma comunale sulla promozione della residenza primaria imporrebbe di destinare l'edificio a tale destinazione. Con risoluzione del 2 maggio 2012 il Consiglio di Stato, adito dall'istante, ha annullato la decisione municipale per carenza di motivazione. B. Con decisione del 31 agosto 2012 il Municipio ha nuovamente negato la licenza edilizia. Il 18 dicembre 2012 il Governo cantonale ha respinto un ricorso della società proprietaria del fondo. Adito da quest'ultima, con giudizio del 26 giugno 2014 il Tribunale cantonale amministrativo ne ha parzialmente accolto il ricorso, annullando la decisione governativa e quella municipale (dispositivo n. 1.1); ha quindi rinviato gli atti al Municipio affinché, in applicazione dell'art. 75b Cost., rilasci il permesso per la trasformazione dell'edificio, purché destinato ad abitazione primaria (dispositivo n. 1.2). C. Avverso questa decisione A._ SA presenta un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiede, in via principale, di riformare la decisione impugnata nel senso di autorizzare la destinazione secondaria dell'edificio litigioso senza alcuna condizione, in via subordinata, di rinviare gli atti per nuovo giudizio alla Corte cantonale per rilasciare una siffatta licenza. La Corte cantonale si riconferma nella contestata decisione, il Consiglio di Stato si rimette al giudizio del Tribunale federale, il Municipio di X._ propone di respingere il ricorso, mentre D.D._, E.D._ e F.D._ non si sono espressi sul gravame, precisando poi di essersi già ritirati dalla causa. B.B._ e C.B._, comunicato di non essere più parte nella causa in esame, criticano nondimeno l'accollamento di spese e ripetibili nella sede cantonale, chiedendone l'annullamento; postulano di non porre a loro carico spese e ripetibili della sede federale. La ricorrente ha poi trasmesso al Tribunale federale la decisione del 10 ottobre 2014, con la quale il giudice delegato della Corte cantonale ha dichiarato irricevibile una domanda di revisione sulle citate spese presentata da B.B._ e C.B._. L'Ufficio federale dello sviluppo territoriale rileva che le domande di costruzione decise in prima istanza prima dell'11 marzo 2012 e che non hanno subito modifiche sostanziali in sede di ricorso, devono essere esaminate secondo il diritto anteriore. Il Comune si riconferma nelle proprie osservazioni.