Fatti: A. A._ SA, B._ SA e C._ sono proprietari di fondi ubicati nel comparto "X._" del Comune di Mendrisio. La scheda R7 del piano direttore (PD), adottata dal Consiglio di Stato del Cantone Ticino il 20 maggio 2009, elenca detto comparto con il grado di consolidamento di risultato intermedio fra i poli di sviluppo economico (PSE). B. Con decisione del 18 novembre 2015 il Consiglio di Stato ha adottato il settimo pacchetto di modifiche del PD: il PSE di X._ è stato stralciato dalla scheda R7; di conseguenza sono state adattate anche altre schede. Contro questa decisione i menzionati proprietari sono insorti dinanzi al Tribunale cantonale amministrativo, che con giudizio del 17 febbraio 2016, ritenuto che il ricorso doveva essere inoltrato al Gran Consiglio, l'ha dichiarato irricevibile, trasmettendo gli atti per competenza al Parlamento cantonale. C. Avverso questa sentenza A._ SA, B._ SA e C._ presentano un ricorso in materia di diritto pubblico, rispettivamente un ricorso sussidiario in materia costituzionale al Tribunale federale. Chiedono, in via preliminare, di sospendere la procedura in attesa della decisione del Gran Consiglio, in via provvisionale, di concedere l'effetto sospensivo al gravame e, nel merito, di annullare la sentenza della Corte cantonale restituendole gli atti affinché decida nel merito; in via subordinata, postulano l'annullamento della decisione del Consiglio di Stato. Non sono state chieste osservazioni al ricorso.