Fatti: A. Nel febbraio 2009 l'Autorità federale di sorveglianza dei revisori (ASR) ha rilasciato a A._ l'abilitazione a esercitare la funzione di revisore, iscrivendolo nell'apposito registro. Durante accertamenti eseguiti nel 2015, I'ASR ha constatato che A._ era amministratore unico e membro unico della direzione di B._SA, società di revisione appartenente a C._SA insieme alle società D._SA, E._SA, F._SA, G._SA e H._SA. In questo quadro I'ASR ha evidenziato che egli aveva svolto dal 2008, e almeno fino al 2013, senza fatturare le sue prestazioni, la revisione limitata dei conti annuali di G._SA e H._SA, e che un membro della direzione di D._SA, con diritto di firma individuale, operava pure come collaboratore di revisione di B._SA, occupandosi del controllo di qualità delle revisioni eseguite da A._. B. Ritenuto il mancato adempimento del requisito dell'indipendenza e, di conseguenza, della buona reputazione necessari per poter svolgere l'attività di revisore in modo ineccepibile, il 24 settembre 2015 l'ASR ha revocato l'abilitazione accordata a A._ per la durata di tre anni, cancellando l'iscrizione nel registro. Con sentenza del 27 aprile 2016, il Tribunale amministrativo federale ha confermato la decisione di prima istanza. C. Con ricorso del 7 giugno 2016, A._ sostiene che il giudizio del Tribunale di prima istanza violi a vario titolo il diritto federale e quindi domanda: in via principale, che la decisione dell'ASR del 24 settembre 2015 e la sentenza del 27 aprile 2016 del Tribunale amministrativo federale siano annullate; in via eventuale, che la revoca pronunciata per una durata di tre anni venga sostituita: (a) con un ammonimento, oppure (b) con una multa di fr. 1'000.---, oppure (c) con una revoca per una durata massima di un anno. Durante la procedura, il Tribunale amministrativo federale ha rinunciato a presentare osservazioni, mentre l'Autorità federale di sorveglianza dei revisori ha chiesto che il ricorso sia respinto.