Fatti: A. Con decreto d'accusa del 14 febbraio 2012, il Ministero pubblico della Confederazione (MPC) ha riconosciuto I._ autore colpevole di falsità in documenti e di riciclaggio di denaro aggravato in relazione a ingenti somme di denaro distratte illecitamente in parte da A._ a danno di società di un gruppo agroalimentare. Parallelamente alla pena irrogatagli, il MPC ha ordinato la confisca della totalità degli averi (capitale e interessi) su un conto bancario intestato allo stesso I._ presso un istituto del Liechtenstein, per un importo superiore ai 21 milioni di dollari. B. L'11 dicembre 2012 la Corte penale del Tribunale penale federale ha dichiarato non valida l'opposizione interposta da A._ in punto alla confisca dei valori patrimoniali di cui sarebbe l'avente diritto economico. Adita con reclamo di A._, con decisione del 18 marzo 2013 la Corte dei reclami penali del Tribunale penale federale (TPF) lo ha respinto, per quanto ricevibile. Essa ha ritenuto tardiva la censura volta a contestare la mancata emanazione o notifica da parte del MPC di una formale e pregressa decisione di disgiunzione dal procedimento originario, in cui A._ sarebbe stato il coimputato, e gli ha inoltre negato la legittimazione a opporsi al decreto d'accusa, non riconoscendo a suo favore un interesse giuridicamente protetto. C. A._ si aggrava al Tribunale federale con ricorso in materia penale, postulando, oltre al conferimento dell'effetto sospensivo, principalmente l'accoglimento del suo reclamo e subordinatamente l'annullamento della decisione del TPF, nonché il rinvio della causa all'autorità precedente per lo svolgimento di una procedura dibattimentale giusta l'art. 356 CPP. Invitati a esprimersi sul gravame, il TPF ha comunicato di non avere particolari osservazioni da formulare, mentre il MPC chiede che il ricorso sia respinto. Il ricorrente ha replicato alle osservazioni del MPC, riconfermandosi nelle proprie conclusioni. Con decreto del 19 giugno 2013 il Giudice dell'istruzione ha conferito effetto sospensivo all'impugnativa.