Fatti: A. Nell'ambito di una domanda di assistenza giudiziaria internazionale in materia penale presentata dalla Procura presso il Tribunale di Milano nel quadro di un procedimento penale aperto nei confronti di B._, C._ e altre persone legate al gruppo D._ per i reati di appropriazione indebita, frode fiscale, falso in bilancio, ricettazione e riciclaggio, sono stati presentati numerosi complementi. Tra questi figura quello del 13 ottobre 2005 inerente alle società H._ Ltd., J._ Ltd., K._ Ltd. e L._ Ltd., titolari di conti sequestrati presso UBS SA di Lugano dal Ministero pubblico della Confederazione (MPC; vedi al riguardo sentenze 1A.286/2005 del 14 novembre 2005 e 1A.153/2006 del 29 ottobre 2007). Queste società hanno adito più volte il Tribunale penale federale per ottenere il dissequestro dei loro conti. B. Mediante sentenza del 4 aprile 2013 la Corte dei reclami penali del Tribunale penale federale (TPF) ha parzialmente accolto un ricorso delle citate società contro un diniego del MPC di dissequestrare i conti. Il TPF ha rinviato la causa al MPC affinché, prima di sbloccarli, desse la possibilità all'autorità rogante di esporre i motivi a favore del mantenimento delle misure. Il 15 maggio 2013 l'autorità estera si è opposta al dissequestro. C. Con decisione di chiusura del 7 giugno 2013 il MPC ha confermato il sequestro. Con giudizio del 6 dicembre 2013 il TPF ha respinto un ricorso delle quattro società, poiché l'autorità rogante nel frattempo aveva ricevuto per via rogatoriale nuova documentazione da autorità giudiziarie di Hong Kong, atti utili per valutare la provenienza criminale dei valori patrimoniali sequestrati. Il TPF ha ordinato al MPC di fissare all'autorità rogante un termine di sei mesi per fornire nuovi elementi a sostegno dei sequestri. D. Le società interessate, adducendo che l'autorità rogante non li avrebbe forniti tempestivamente, richiamata una sentenza dell'8 luglio 2014 con la quale il Tribunale di Milano ha assolto gli imputati nel processo estero, hanno presentato al MPC un'istanza di riesame e di revoca del sequestro, respinta il 15 luglio 2014. Con decisione del 17 settembre 2014 (RR.2014.210-213) il TPF ha poi parzialmente accolto un ricorso delle menzionate società e ordinato lo sblocco del conto intestato a L._ Ltd. e il dissequestro, nel senso dei considerandi, dei tre conti intestati alle altre tre società, a concorrenza della somma eccedente l'importo di USD 87'686'000. E. Avverso questa decisione l'Ufficio federale di giustizia (UFG) presenta un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiede, concesso al gravame effetto sospensivo, di annullarla limitatamente alla pronuncia del dissequestro dei conti bancari a concorrenza della somma eccedente l'importo di USD 87'686'000 e di confermare quella del MPC di mantenimento del sequestro. F. Il TPF rinuncia a formulare osservazioni, rinviando ai motivi esposti nella decisione impugnata, le opponenti chiedono di dichiarare irricevibile il ricorso, subordinatamente di respingerlo, mentre il MPC chiede di accoglierlo. Il ricorrente si riconferma nelle proprie allegazioni. Nella duplica, le opponenti ribadiscono le loro motivazioni e conclusioni.