Fatti: A. L'associazione "A._" è proprietaria del fondo part. xxx di W._, un terreno di 22'262 m2 che si affaccia sul lago di Lugano. Sulla particella sorge un centro di vacanza, costituito da diversi edifici, destinato in particolare ad anziani, a disabili, a giovani e a famiglie bisognose. B. Nella seduta del 24 ottobre 2005 il Consiglio comunale di W._ ha adottato la revisione generale del piano regolatore, che prevedeva in particolare di gravare il fondo part. xxx con un vincolo per la realizzazione di un sentiero di carattere naturalistico, costeggiante il lago. Il percorso pedonale rientra nel tracciato lungo la riva del lago, che collega il Comune di Y._ con quello di Z._. La proprietaria si è aggravata contro il vincolo. Con risoluzione del 21 agosto 2007 il Consiglio di Stato ha approvato la revisione del piano regolatore, negando tuttavia l'approvazione al sentiero di carattere naturalistico, pur condividendolo nel principio. Il Governo ha sostanzialmente imposto al Comune di eseguire ulteriori approfondimenti e di adottare in seguito una variante pianificatoria relativa al percorso pedonale. Adito dalla proprietaria, con sentenza del 21 maggio 2009 il Tribunale cantonale amministrativo ha dichiarato irricevibile la domanda di stralcio del vincolo di sentiero naturalistico lungo la riva del lago, vista la sua mancata approvazione da parte del Consiglio di Stato. C. Il 12 luglio 2010 il Consiglio comunale di W._ ha adottato delle varianti di piano regolatore, che prevedono in particolare l'aggiornamento del tracciato del sentiero di carattere naturalistico, da realizzarsi mediante un diritto di passo pedonale pubblico. Il percorso segue la riva del lago, posizionandosi ove possibile entro il limite del demanio pubblico, altrimenti sui terreni privati, tra i quali una parte del fondo part. xxx. Contro il provvedimento pianificatorio, la proprietaria ha adito il Consiglio di Stato, chiedendo in via principale lo stralcio del vincolo e, in via subordinata, la riconsiderazione del tracciato o l'imposizione al Comune di adottare una regolamentazione volta a limitare l'apertura del percorso pedonale al periodo di chiusura del centro di vacanza (da ottobre a marzo). D. Con risoluzione del 9 novembre 2011 il Consiglio di Stato ha approvato le varianti, segnatamente il vincolo di sentiero naturalistico a lago. Quale modifica d'ufficio, ha tuttavia aggiunto all'art. 46 delle norme di attuazione del piano regolatore (NAPR), disciplinante i percorsi pedonali e le ciclopiste, un nuovo capoverso 5 dal seguente tenore: "5. Il sentiero naturalistico a lago in corrispondenza del fmn xxx è aperto al pubblico accesso unicamente nei periodi di chiusura del centro di cura e vacanze gestito dalla Società cooperativa B._ in W._. Tale restrizione è strettamente attinente alla funzione pubblica ed alle attività svolte sul fmn xxx da parte di tale Società." E. Contro la decisione governativa, il Comune di W._ si è aggravato al Tribunale cantonale amministrativo, che con sentenza del 4 dicembre 2014 ha accolto il ricorso, annullando l'art. 46 cpv. 5 NAPR introdotto dal Consiglio di Stato. La Corte cantonale ha essenzialmente ritenuto che la modalità di esercizio del percorso pedonale riguarda la fase di attuazione del provvedimento pianificatorio e dovrà essere valutata dal Comune in quella sede. F. La proprietaria del fondo part. xxx impugna questa sentenza con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo di annullarla e di rinviare gli atti alla Corte cantonale, affinché statuisca nuovamente sulla causa. In via subordinata, chiede di confermare la decisione governativa di approvazione della variante con l'aggiunta dell'art. 46 cpv. 5 NAPR. La ricorrente chiede inoltre di concedere al gravame l'effetto sospensivo. Non sono state chieste osservazioni sul ricorso, ma è stato richiamato l'incarto cantonale.