Fatti: A. Nel corso del 1997 A._SA ha deciso l'ampliamento dello stabile di identica denominazione sito in Morbio Inferiore. Essa ha deliberato alla società italiana B._Snc i lavori di fornitura e posa della carpenteria metallica, delle facciate e delle pareti per la realizzazione di due corpi aggiuntivi. Per la posa dei vetri l'impresa italiana ha fatto capo a due altre ditte; ha invece curato direttamente i lavori di carpenteria metallica. I lavori sono terminati a fine febbraio 1998. B. Il 2 marzo 2000, B._Snc ha convenuto A._SA avanti al Pretore della Giurisdizione di Mendrisio-Sud con un'azione volta a ottenere il pagamento di fr. 130'132.--, oltre interessi, così come il rigetto in via definitiva dell'opposizione interposta contro il corrispondente precetto esecutivo. L'importo dedotto in giudizio, poi aumentato in replica a fr. 135'999.50, corrisponde al saldo insoluto per i lavori eseguiti, maggiorato delle spese esecutive e di quelle legali legate alla vertenza nata di riflesso fra B._Snc e la ditta incaricata della posa dei vetri C._Snc. Adducendo la grave difettosità dell'opera, soprattutto dei vetri, delle tapparelle inserite nei medesimi e dei loro motori, A._SA si è opposta alla petizione ed ha anzi postulato, in via riconvenzionale, la condanna di B._Snc al pagamento dell'importo di fr. 390'400.--, corrispondente al risarcimento dei costi di sostituzione di tutte le 88 vetrate posate e di altri danni scaturenti dai difetti menzionati, fra cui una perdita di introiti da locazione. Con sentenza 20 novembre 2006 il Pretore, in applicazione delle norme del diritto italiano sul contratto d'appalto, ha accolto la petizione limitatamente all'importo di fr. 130'977.50, oltre interessi, mentre ha respinto la domanda riconvenzionale. C. Adita dalla soccombente, il 7 gennaio 2008 la II Camera civile del Tribunale di appello del Cantone Ticino ha modificato il giudizio pretorile sulla domanda riconvenzionale e condannato B._Snc al pagamento di fr. 42'290.--, oltre interessi. In breve, la massima istanza ticinese ha parzialmente accolto la pretesa volta al rimborso dei costi di sostituzione delle vetrate e dei motori delle tapparelle ivi inserite, mentre ha respinto quella tendente al risarcimento per gli interventi necessari al risanamento globale delle vetrate (fr. 55'000.--) e quella di rifusione del danno corrispondente al minor valor locativo ottenibile dalla palestra. D. L'11 febbraio 2008 A._SA ha presentato ricorso al Tribunale federale, postulando l'annullamento e la modifica della pronunzia cantonale nel senso dell'accoglimento integrale del suo appello e, di conseguenza, della condanna di B._Snc al pagamento di fr. 111'104.--, oltre interessi al 5 % dal 1° marzo 1999, così come al versamento di fr. 1'500.--, oltre interessi al 5 % dalla scadenza di ogni singola mensilità dal 1° aprile 1998 ad oggi; chiede inoltre l'adattamento delle spese di appello al nuovo esito della procedura. Con risposta 7 aprile 2008 B._Snc ha proposto la reiezione in ordine e nel merito del ricorso, mentre il Tribunale d'appello ha rinunciato a presentare osservazioni.