Fatti: A. Il 7 novembre 1983, il Consiglio comunale di X._ ha adottato il piano generale delle canalizzazioni (PGC), autorizzando il Municipio a prelevare dei contributi di costruzione nell'ordine del 60 % dei costi dell'opera. Il PGC è stato approvato dall'allora Dipartimento dell'ambiente del Cantone Ticino con risoluzione del 6 maggio 1985. Negli anni successivi, ha quindi avuto luogo il prelievo di una prima quota di contributi giusta la legge ticinese del 2 aprile 1975 d'applicazione alla legge federale contro l'inquinamento delle acque dell'8 ottobre 1971 (LALIA; RL/TI 9.1.1.2). Con pubblicazione del prospetto dal 30 novembre al 29 dicembre 2007 ed invio ad ogni singolo proprietario di un estratto dello stesso, il Municipio di X._ ha dato avvio alla procedura per il prelievo di una seconda quota di contributi provvisori. In questo contesto, in relazione alle particelle xxx e yyy di X._, di proprietà di A._, ha fissato l'ammontare dei contributi di costruzione a fr. 3'242.20 rispettivamente a fr. 3'019.90. Il 22 marzo 2010 l'esecutivo comunale ha respinto il reclamo interposto da A._ contro il provvedimento d'imposizione adottato nei suoi confronti. Tale atto è stato confermato dapprima dal Tribunale di espropriazione del Canton Ticino e, successivamente, anche dal Tribunale cantonale amministrativo, che si è espresso in merito con sentenza del 23 agosto 2012. B. Il 28 settembre 2012, A._ ha impugnato questo ultimo giudizio con un ricorso in materia di diritto pubblico davanti al Tribunale federale, chiedendone l'annullamento. Nel merito, fa valere una violazione delle garanzie procedurali generali riconosciute dallo Stato (art. 29 Cost.), della legge federale del 24 gennaio 1991 sulla protezione delle acque (LPAc; RS 814.20), del principio della buona fede e del divieto d'arbitrio (art. 9 Cost.). Il Tribunale cantonale amministrativo ha rinunciato ad esprimersi sulla vertenza. Il Comune di X._ ha invece richiesto che il ricorso venga respinto. Le parti hanno poi depositato ulteriori osservazioni, di cui verrà detto, per quanto necessario, più oltre.