Fatti: A. A.a L._ - cittadino italiano residente in Italia, nato nel 1963 -, dopo avere lavorato per diversi anni in Svizzera in qualità di operaio in vari settori, dall'aprile 2000 è entrato alle dipendenze della ditta X._ SA quale addetto all'imballaggio. Dopo un periodo di totale inabilità lavorativa (dal novembre 2001), riconducibile a "infezione sintomatica da HIV, epatite cronica attiva da virus C in trattamento con interferone e esiti da intervento per ernia lombare nel 1999", nel maggio 2002 e fino a febbraio 2005 ha ripreso il lavoro nella misura del 50%. Il 19 luglio 2002 l'assicurato ha presentato all'Ufficio assicurazione per l'invalidità del Cantone Ticino (UAI) una domanda volta all'ottenimento di prestazioni dell'assicurazione invalidità (AI) svizzera. Con decisione 12 maggio 2003 l'Ufficio AI per gli assicurati residenti all'estero (UAIE), competente per notificare la decisione agli assicurati non residenti in Svizzera, ha erogato una mezza rendita d'invalidità a L._, con rendite completive per la moglie e i due figli, con effetto dal 1° novembre 2002. A.b L'assicurato, per il tramite dell'INPS, il 19 luglio 2004 ha inoltrato una prima domanda di revisione della rendita che però è stata respinta non essendo stato riscontrato un cambiamento idoneo a modificare il diritto alla mezza rendita d'invalidità (comunicazione dell'8 aprile 2005). In data 2 giugno 2005 l'interessato ha inoltrato una seconda domanda di revisione annunciando un peggioramento del suo status valetudinario e una incapacità lavorativa totale dal maggio 2005. Esperiti gli accertamenti di rito, l'UAIE ha riconosciuto all'interessato il diritto a una rendita intera dal 1° giugno 2005, con le completive per i familiari (decisione del 12 dicembre 2005). A.c Avviata una revisione d'ufficio nel luglio 2006, l'amministrazione ha fatto esperire una perizia medica pluridisciplinare al Servizio accertamento medico dell'AI (SAM) che ha attestato, dal mese di agosto 2006, un grado di capacità lavorativa dell'interessato del 30% nell'attività abituale di operaio non qualificato addetto all'imballaggio di bobine e del 50% in attività adeguate (leggere) confacenti al suo stato di salute. Con decisione 10 dicembre 2008, l'UAIE ha sostituito la rendita intera d'invalidità con una mezza rendita con effetto dal 1° febbraio 2009. L'amministrazione ha infatti accertato un grado d'invalidità del 55% sulla base di un reddito senza invalidità di fr. 53'974.-- (anno di riferimento: 2008) e di un reddito da invalido di fr. 24'058.-- calcolato secondo i valori dell'inchiesta svizzera sulla struttura dei salari (ISS) edita dall'Ufficio federale di statistica (Tabella TA1; reddito base di fr. 60'144) e dopo avere applicato una riduzione del 20% per tener conto delle circostanze specifiche del caso e del 50% per l'incapacità lavorativa residua. B. Adito dall'interessato che chiedeva il mantenimento della prestazione intera, il Tribunale amministrativo federale ne ha parzialmente accolto il ricorso, riconoscendogli tre quarti di rendita d'invalidità dal 1° febbraio 2009 (pronuncia del 1° novembre 2010). Accertata una differenza del 15.2% tra il salario percepito dall'assicurato e il salario medio nazionale ottenibile da un operaio nel settore della produzione secondo l'ISS (TA1), i primi giudici hanno infatti proceduto a un parallelismo dei redditi di riferimento e hanno ulteriormente dedotto dal reddito base da invalido la quota percentuale del 10.2% (pari alla parte eccedente la soglia del 5% riconosciuta in questi casi dalla giurisprudenza in materia) ottenendo così un reddito da invalido complessivo di fr. 21'604.--. Contrapposto questo importo al reddito senza invalidità di fr. 53'974.--, il Tribunale amministrativo federale ha accertato un grado d'invalidità arrotondato del 60% ([53'974 - 21'604] : 53'974 x 100). Donde il diritto a tre quarti di rendita. C. L'UAIE è insorto al Tribunale federale, al quale, in via principale, chiede di annullare il giudizio di prima istanza e di rinviare l'incarto all'amministrazione per complemento istruttorio, mentre in via subordinata domanda di annullare il giudizio e di confermare la propria decisione del 10 dicembre 2008. L._ propone la reiezione del gravame, mentre l'Ufficio federale delle assicurazioni sociali non si è determinato. D. Con decreto del 31 gennaio 2011 è stata accolta la domanda di conferimento dell'effetto sospensivo formulata nel gravame.