Fatti: A. A.a Con contratto 1° settembre 1999, che annulla quello precedente stipulato dalla locatrice con C._ il 26 ottobre 1995, la A._SA ha locato alla B._SA diverse parti di uno stabile a Lugano adibite a centro fitness e wellness, fissando l'inizio della locazione retroattivamente al 1° gennaio 1998. Il contratto prevede per i primi due anni una pigione annua di fr. 350'000.--, da pagare in rate mensili anticipate, poi indicizzata una volta l'anno per il 1° gennaio sulla base dell'indice nazionale dei prezzi al consumo del 1° gennaio 1998. Le parti hanno convenuto, con riferimento alla manutenzione, che quella ordinaria usuale degli impianti legata all'accresciuto uso dell'ente spetta alla conduttrice, mentre quella straordinaria o per vetustà rimane a carico della locatrice. A.b Con modulo ufficiale 3 agosto 2005 la locatrice ha comunicato alla conduttrice un aumento del canone di locazione a fr. 30'868.25 mensili dal 1° gennaio 2006, motivato con la clausola di indicizzazione contenuta nel contratto. Il 20 ottobre 2005 il competente Ufficio di conciliazione, presso il quale la conduttrice aveva contestato l'aumento, ha dichiarato non conciliata la vertenza. A.c Il 18 novembre 2005 la A._SA ha chiesto al Pretore del distretto di Lugano di aumentare il canone di locazione come indicato nel menzionato modulo, mentre con istanza 21 novembre 2005 la B._SA ha domandato la riduzione della pigione a fr. 210'000.-- annui dal 1° gennaio 2000 e la condanna della locatrice a restituirle fr. 770'000.-- pagati in eccesso. Con sentenza 7 dicembre 2010 il giudice di prime cure ha respinto l'istanza di riduzione della pigione, mentre ha accolto la domanda della locatrice limitatamente a fr. 370'300.--, pari a fr. 30'858.25 mensili. B. La II Camera civile del Tribunale di appello del Cantone Ticino ha, in parziale accoglimento di un appello della B._SA, ridotto la pigione di fr. 350'000.-- annui come segue: del 5 % per spifferi provenienti dalla vetrata della piscina dal 15 settembre 2003 fino all'eliminazione del difetto, del 5 % per assenza di pulizia nel piazzale antistante l'ente locato dal 9 novembre 2000 fino all'eliminazione del difetto e del 10 % per infiltrazioni d'acqua dal tetto nella grande sala di aerobica dal 18 marzo 2005 fino all'eliminazione del difetto. La locatrice è pure stata condannata a versare alla conduttrice fr. 210'667.--, importo corrispondente alle pigioni pagate in eccesso, a causa dei menzionati difetti, fino al mese di giugno 2005. La sentenza pretorile è per contro rimasta immutata per quanto attiene alla determinazione della pigione annua a partire dal 1° gennaio 2006. C. Con ricorso in materia civile del 23 dicembre 2011 la A._SA chiede, previo conferimento dell'effetto sospensivo al gravame, la riforma della sentenza di appello nel senso che la domanda di riduzione della pigione sia integralmente respinta e che il corrispettivo sia stabilito a partire dal 1° gennaio 2007 in fr. 375'002.80. Dopo aver narrato e completato i fatti, lamenta che la Corte cantonale avrebbe negato in modo arbitrario la continuità fra il contratto del 26 ottobre 1995 e quello del 1° settembre 1999 e avrebbe ignorato che le parti si sarebbero accordate nel senso che i difetti sarebbero stati eliminati dalla conduttrice. Sostiene poi che la Corte cantonale non avrebbe considerato l'effetto che gli asseriti difetti avevano sull'attività svolta nel bene locato né le "omissioni/inerzie/acquiescenze/latitanze" della conduttrice nell'esercizio dei suoi diritti. Asserisce che i Giudici cantonali avrebbero violato l'art. 259d CO, perché hanno trascurato che le anomalie riscontrate non hanno conseguenze sulla fruibilità dell'ente locato e perché l'avrebbero addirittura resa responsabile della manutenzione delle strutture realizzate dalla conduttrice. Afferma pure che quest'ultima non avrebbe provato l'esistenza né la permanenza dei difetti, che in ogni caso dovevano essere considerati lievi e quindi inidonei a giustificare una riduzione della pigione. La B._SA propone con risposta 1° febbraio 2012 la reiezione del ricorso. La Presidente della Corte adita ha conferito effetto sospensivo al ricorso con decreto del 16 febbraio 2012.