Fatti: A. Il 14 settembre 1993 il Municipio di Pura ha autorizzato A._ a realizzare una pista di cantiere sui fondi part. n. 1162 e 1166 di sua proprietà, situati fuori della zona edificabile, allo scopo di realizzare alcuni muri di sostegno e di riattare dei manufatti annessi alla sua casa di abitazione. L'autorizzazione era subordinata alla condizione di ripristinare la situazione preesistente a lavori conclusi. Terminati gli stessi, la proprietaria ha presentato l'8 settembre 1994 al Municipio una domanda di costruzione per trasformare la pista di cantiere in una strada carrozzabile. Preso atto del preavviso negativo dell'autorità cantonale, che ha ritenuto non adempiute le condizioni di un'autorizzazione eccezionale, con decisione del 23 luglio 1999 l'Esecutivo comunale ha negato all'istante il rilascio della licenza edilizia. Il Municipio ha contestualmente accolto le opposizioni della vicina B._ e delle Ferrovie Luganesi SA (FLP), la cui linea ferroviaria Lugano-Ponte Tresa costeggia le suddette particelle. Il diniego della licenza edilizia è stato confermato dal Consiglio di Stato del Cantone Ticino con decisione del 2 febbraio 2000 e, su ricorso dell'istante, dal Tribunale cantonale amministrativo con sentenza del 25 aprile 2000. Una domanda di revisione presentata dall'istante contro tale giudizio è stata respinta il 10 novembre 2003 dalla Corte cantonale. B. Il 3 marzo 2001 il Municipio di Pura ha quindi ordinato a A._ di ripristinare lo stato primitivo dei fondi. Contro l'ordine di ripristino, di cui la vicina opponente non è stata informata, la proprietaria ha adito il Consiglio di Stato, chiedendone l'annullamento. Dopo un sopralluogo tenutosi il 14 gennaio 2004, al quale l'opponente non è stata convocata, il 10 febbraio 2004 il Dipartimento del territorio, il Municipio e la proprietaria hanno stipulato una convenzione che prevedeva di sanare l'abuso con una sanzione pecuniaria di fr. 4'000.--. Con decisione del 22 ottobre 2004, non notificata all'opponente, il Servizio dei ricorsi del Consiglio di Stato ha quindi stralciato dai ruoli il gravame interposto da A._ contro l'ordine di ripristino. Venuta a conoscenza di tale convenzione, la vicina ha adito dapprima il Municipio e quindi il Governo, che, dopo una serie di atti che non occorre qui evocare, dando seguito a un giudizio della Corte cantonale ha annullato con decisione del 28 marzo 2006 il decreto di stralcio e ripristinato la procedura ricorsuale nello stato istruttorio in cui si trovava precedentemente. Dopo avere raccolto le osservazioni degli opponenti, il Consiglio di Stato ha per finire respinto il gravame di A._, confermando l'ordine di ripristino municipale. C. L'interessata ha quindi adito il Tribunale cantonale amministrativo, che ha respinto il ricorso con sentenza del 10 dicembre 2007. La Corte cantonale ha ritenuto che l'ordine di ripristino non fosse impossibile né sproporzionato, sicché non erano date le condizioni per sostituirlo con una sanzione pecuniaria. D. A._ impugna con un ricorso in materia di diritto pubblico, e subordinatamente con un ricorso sussidiario in materia costituzionale, questa sentenza al Tribunale federale, chiedendo di annullarla e di dichiarare nullo l'ordine di ripristino emanato dal Municipio. In via subordinata chiede di confermare la decisione del 22 ottobre 2004 del Servizio dei ricorsi del Consiglio di Stato. La ricorrente lamenta l'accertamento arbitrario dei fatti e la violazione dei principi della proporzionalità e della buona fede. E. La Corte cantonale si conferma nella sua sentenza. Il Consiglio di Stato e l'Ufficio delle domande di costruzione si rimettono al giudizio del Tribunale federale. Il Municipio di Pura ribadisce essenzialmente le sue prese di posizione addotte dinanzi alle autorità cantonali. Le Ferrovie Luganesi SA chiedono la reiezione del gravame, mentre B._ formula alcune precisazioni e ricorda in particolare l'esistenza fra lei e la ricorrente di una causa civile. Con decreto presidenziale del 28 febbraio 2008 al gravame è stato conferito l'effetto sospensivo.