Fatti: A. Il 26 febbraio 2010 è stato celebrato in Brasile il matrimonio tra A._, cittadina brasiliana, e B._, cittadino svizzero. Dopo avere ottenuto il 17 maggio successivo l'annullamento di un divieto d'entrata pendente nei suoi confronti A._ è entrata in Svizzera il 1° giugno 2010 per ricongiungersi con il marito. Per tal motivo è stata posta al beneficio di un permesso di dimora annuale, rinnovato l'ultima volta fino al 31 maggio 2012. B. In seguito all'inoltro, il 13 febbraio 2012, di un'istanza volta ad ottenere la modifica dell'indirizzo sul permesso di dimora, in quanto aveva locato, dal 1° gennaio precedente, un appartamento ad uso personale, A._ è stata interrogata dalla Polizia cantonale il 10 marzo 2012 in merito alla sua situazione coniugale. Dopo avere spiegato che il matrimonio si era svolto in assenza del marito, l'interessata ha dichiarato di lavorare a Berna e di vivere da sola, precisando al riguardo che la convivenza con il marito era durata dal 1° giugno 2010 al 4 giugno 2011, poi dall'agosto al novembre 2011 e, infine, dal dicembre 2011 al marzo 2012. Sentito a sua volta il 7 maggio 2012 il marito ha confermato che non era presente alle proprie nozze, puntualizzando che la coppia era separata dal 1° giugno 2011 e che era intenzionato a divorziare. Il 16 maggio 2012 il Pretore del Distretto di Lugano ha autorizzato i coniugi a vivere separati con effetto dal 31 agosto 2011. C. Nel frattempo, cioè il 9 maggio 2012, la Sezione della popolazione del Dipartimento delle istituzioni del Cantone Ticino ha respinto l'istanza sottopostale il 13 febbraio precedente da A._ e le ha fissato un termine scadente il 30 giugno 2012 per lasciare la Svizzera, negandole di fatto il rinnovo dell'autorizzazione di soggiorno. A sostegno della propria decisione l'autorità ha osservato che lo scopo per il quale il permesso era stato accordato era venuto a mancare con la cessazione della vita coniugale. Detta decisione, intimata per raccomandata l'11 maggio 2012 e recapitata il giorno successivo presso la casella postale dell'interessata, è stata da quest'ultima ritirata il 5 giugno 2012. D. Adito il 19 giugno 2012 da A._, il Consiglio di Stato ticinese ne ha dichiarato il gravame inammissibile poiché tardivo. A titolo abbondanziale ha osservato che anche se fosse stato tempestivo, il ricorso sarebbe comunque stato respinto nel merito. Questa decisione è stata confermata su ricorso dal Giudice delegato del Tribunale cantonale amministrativo con sentenza del 29 gennaio 2013. E. Il 6 marzo 2013 A._ ha presentato dinanzi al Tribunale federale un ricorso in materia di diritto pubblico, da trattare eventualmente quale ricorso sussidiario in materia costituzionale. Chiede l'annullamento della sentenza cantonale, con susseguente rinvio degli atti al Consiglio di Stato affinché proceda all'esame di merito, nonché postula il conferimento dell'effetto sospensivo al proprio gravame. Il Tribunale federale non ha ordinato uno scambio di allegati scritti.