Fatti: A. A._ è proprietaria del fondo yyy di X._, situato in pendio a valle di via Z._, nella zona residenziale semi-estensiva R3. Negli anni attorno al 1955, la parte alta del fondo è stata sistemata con due terrazzamenti sorretti da muri in pietra. Sul terrazzamento a monte è stata costruita una villa per la quale è stata rilasciata una licenza edilizia il 28 aprile 1955. B. Il 20 giugno 2011 la proprietaria ha presentato una domanda di costruzione per demolire la villa e realizzare un nuovo complesso residenziale formato da due edifici disposti a gradoni, uniti da un corpo di collegamento. Il gradone superiore verrebbe costruito sul terrazzamento a monte, al posto della villa esistente. C._ e B._, proprietari di fondi confinanti verso ovest, rispettivamente est, della particella dedotta in edificazione, si sono opposti alla domanda. Acquisito il preavviso favorevole dell'autorità cantonale, il 27 settembre 2011 il Municipio ha rilasciato la licenza edilizia, respingendo contestualmente le opposizioni dei vicini. C. Con decisione del 13 marzo 2012 il Consiglio di Stato del Cantone Ticino ha parzialmente accolto i ricorsi presentati dagli opponenti contro la risoluzione municipale, confermando la licenza edilizia alla condizione che il corpo tra i due gradoni adibito a terrazza e piscina per il gradone a monte e il locale tecnico sottostante non fossero costruiti e che l'altezza massima dell'edificio superiore non superasse 13,23 m. D. Contro la decisione governativa, sia la proprietaria sia gli opponenti hanno adito il Tribunale cantonale amministrativo, che, dopo avere esperito un sopralluogo, con sentenza del 13 novembre 2012 ha respinto il ricorso della prima e accolto i gravami dei secondi. La Corte cantonale ha annullato la licenza edilizia e la decisione governativa, ritenendo in particolare che il progetto non rispettava l'indice di occupazione massima e le norme sull'altezza massima con riferimento all'edificio a monte e ai muri di cinta. E. A._ impugna questa sentenza con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo in via principale di annullarla e di rilasciarle la licenza edilizia con le modifiche imposte dal Governo. In via subordinata, chiede l'annullamento del giudizio impugnato e la conferma delle decisioni rese dalle istanze inferiori riguardo alla nozione di terreno naturale, nel senso di riconoscere come tale il livello indicato dal geometra sui piani. Non sono state chieste osservazioni sul ricorso.