Fatti: A. A.a In data 13 ottobre 2000, L._, nata nel 1964, al momento dei fatti impiegata quale assistente di cura presso la Casa B._ e, come tale, assicurata d'obbligo contro gli infortuni presso la Zurigo Assicurazioni, è rimasta vittima di un tamponamento, in seguito al quale è stato diagnosticato un trauma distorsivo della colonna cervicale. Il caso è stato assunto dalla Zurigo, la quale ha corrisposto le prestazioni di legge. Mediante decisione dell'8 marzo 2002, sostanzialmente confermata in data 24 maggio 2002 anche in seguito all'opposizione interposta dall'assicurata, l'assicuratore infortuni ha negato ogni ulteriore obbligo contributivo a far tempo dal 13 ottobre 2001, reputando non più dato, a partire da tale data, il necessario nesso di causalità naturale fra l'infortunio in oggetto e i disturbi accusati da L._. Quest'ultima si è aggravata al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino, il quale, per pronuncia del 28 luglio 2003, cresciuta in giudicato, ha accolto il gravame. Accertata l'esistenza di un nesso di causalità naturale e adeguata tra l'infortunio e le alterazioni presenti a livello del rachide cervicale, il giudice cantonale ha rinviato gli atti all'assicuratore infortuni per definire il diritto alle prestazioni dell'interessata dal profilo materiale e temporale. A.b Mediante decisione del 9 febbraio 2004, sostanzialmente confermata il 15 aprile seguente anche in seguito all'opposizione interposta dall'interessata, la Zurigo le ha assegnato una rendita d'invalidità del 10%, con effetto dal 1° gennaio 2002, e un'indennità per menomazione dell'integrità del 5%. Il 7 febbraio 2005 la Corte cantonale ha parzialmente accolto un ulteriore ricorso dell'assicurata nel senso che ha annullato la decisione su opposizione, nella misura in cui quest'ultima riconosceva il diritto a una rendita d'invalidità del 10%, e ha rinviato gli atti alla Zurigo per complemento istruttorio di natura economica e nuova decisione. Anche questa pronuncia è rimasta incontestata. A.c Esperiti gli accertamenti del caso, la Zurigo ha negato all'assicurata il diritto a una rendita per difetto di un pregiudizio economico, rinunciando tuttavia a pretendere la restituzione delle prestazioni indebitamente versate dal 1° gennaio 2002 al 31 marzo 2006 (decisione del 10 marzo 2006). Tale posizione è stata confermata il 18 settembre 2006 anche in seguito all'opposizione interposta dall'avv. Willy Pedrioli per conto dell'interessata. B. Patrocinata dall'avv. Pedrioli, l'assicurata si è nuovamente aggravata al Tribunale cantonale delle assicurazioni, il quale, dopo aver accertato una violazione del diritto di essere sentito da parte della Zurigo in relazione all'assunzione di alcune prove, ha accolto il gravame, annullato il provvedimento impugnato e rinviato gli atti all'assicuratore infortuni affinché procedesse conformemente ai considerandi (giudizio del 31 maggio 2007). C. La Zurigo, patrocinata dall'avv. Mattia A. Ferrari, interpone ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, al quale chiede l'annullamento del giudizio cantonale e la conferma della decisione su opposizione del 18 settembre 2006. Dei motivi si dirà, in quanto necessario, nei considerandi. L._, sempre rappresentata dall'avv. Pedrioli, propone la reiezione del gravame, mentre l'Ufficio federale della sanità pubblica ha rinunciato a determinarsi.