Fatti: A. B._, cittadino italiano titolare di un permesso di dimora e residente a Lugano, nel 2005 ha lavorato come venditore per la A._SA di Barbengo. Dal suo salario lordo di fr. 86'180.-- la datrice di lavoro ha trattenuto l'imposta alla fonte in base ad un'aliquota del 16,311 %, corrispondente ad un importo fr. 14'057.20, che ha poi riversato alle competenti autorità fiscali. B. Con scritto del 25 luglio 2006 la A._SA ha segnalato all'Ufficio cantonale delle imposte alla fonte che nel calcolo dell'imposta dovuta da B._ l'aliquota del 16,311 % era stata applicata per errore, in quanto il tasso doveva in realtà essere del 13,70 %. Essa ha pertanto chiesto la restituzione della somma versata in eccesso, pari a fr. 2'250.55 (14'057.20 - 11'806.65). Il 27 luglio seguente l'Ufficio delle imposte alla fonte ha tuttavia respinto l'istanza. La società ha allora interposto reclamo, nel quale ha tra l'altro sostenuto che l'aliquota corretta era del 12,9 % e quindi l'importo da restituire di fr. 2'940.-- (fr. 14'057.20 - 11'117.20). Con decisione del 24 ottobre 2006 l'autorità di tassazione ha però confermato la sua precedente pronuncia. A suo giudizio gli interessati avrebbero potuto chiedere una decisione sull'estensione dell'assoggettamento soltanto entro la fine di marzo del 2006. Considerata la decorrenza di questo termine di perenzione, una modifica della tassazione poteva intervenire soltanto in presenza di motivi di revisione, che in concreto non erano tuttavia dati. C. Contro la decisione su reclamo, la A._SA è insorta dinanzi alla Camera di diritto tributario del Tribunale d'appello. Con sentenza dell'11 agosto 2008 questa autorità ha accolto il ricorso e rinviato gli atti per nuova decisione all'Ufficio delle imposte alla fonte. In sostanza la Corte cantonale ha ritenuto che in assenza di una decisione formale la tassazione alla fonte non era ancora cresciuta in giudicato e che l'importo versato in eccesso poteva e doveva quindi venir restituito. D. Il 15 settembre 2008 la Divisione delle contribuzioni del Cantone Ticino ha presentato un ricorso in materia di diritto pubblico dinanzi al Tribunale federale con cui, lamentando la violazione del diritto federale, chiede di annullare la sentenza della Camera di diritto tributario e di confermare la decisione su reclamo. E. Chiamate ad esprimersi, l'opponente domanda implicitamente la reiezione del gravame, l'Amministrazione federale delle contribuzioni postula al contrario il suo accoglimento e la Camera di diritto tributario non presenta formali richieste di giudizio.