Fatti: A. Il 6 settembre 2009, in qualità di rivenditore al dettaglio di cibi e bevande, A._ ha chiesto al Municipio di X._ una deroga al divieto di esercitare un'attività di vendita al minuto tra le 00.00 e le 06.00, previsto dal regolamento organico comunale. Scopo della domanda era in sostanza quello di poter esercitare la sua attività su suolo pubblico in prossimità di una discoteca, durante gli orari di apertura notturna della stessa. Il 9 settembre 2009, l'autorità adita ha ritenuto che gli estremi per la concessione di una deroga "nella fascia oraria del divieto di vendita al minuto, durante i giorni di sabato e festivi per 16 ore mensili" non fossero dati ed ha quindi negato l'autorizzazione richiesta. La decisione di diniego è stata confermata su ricorso sia dal Consiglio di Stato, con decisione del 28 ottobre 2009, che dal Tribunale cantonale amministrativo, il quale si è pronunciato in merito con sentenza del 25 novembre 2010. B. Con ricorso in materia di diritto pubblico del 24 dicembre 2010, A._ ha impugnato quest'ultimo giudizio davanti al Tribunale federale, postulandone l'annullamento. Così come davanti alla Corte cantonale, egli sostiene innanzitutto che il Comune non avesse la competenza per emanare la norma su cui basa il diniego della deroga. Denuncia quindi un'illecita restrizione della sua libertà economica. Chiamati ad esprimersi, il Comune di X._ e il Tribunale cantonale amministrativo hanno chiesto che il ricorso venga respinto. Il Consiglio di Stato e l'Ufficio dell'ispettorato del lavoro del Cantone Ticino, anch'esso interpellato, si sono per contro rimessi al giudizio di questa Corte. Preso atto dell'oggetto del contendere, con decreto presidenziale del 28 gennaio 2011, la domanda di conferimento dell'effetto sospensivo al gravame è stata respinta.