Fatti: A. La vertenza trae origine dal contratto di appalto sottoscritto il 25 febbraio 2005 dall'impresa B._ SA (appaltatrice) e da A._ (committente), rappresentata per l'occasione dall'architetto C._, responsabile della Direzione Lavori (DL). A.a Il contratto, su modulo SIA, aveva per oggetto le opere da gessatore (intonaci interni e opere speciali) da eseguire nella erigenda casa di abitazione sul fondo xxx RFD di X._ appartenente alla committente, per un prezzo di fr. 25'309.68, già comprensivo dell'IVA e di un ribasso del 3 %. Un ulteriore sconto del 2 % sarebbe stato effettuato in caso di pagamento entro 30 giorni dalla richiesta. Su domanda della DL, il 1° settembre 2005 l'appaltatrice ha presentato anche un'offerta per l'esecuzione di opere supplementari al piano cantina, per fr. 6'633.55, che però non è stata accettata. A.b I lavori sono terminati il 25 dicembre 2005. A.c Tutte le opere pattuite contrattualmente sono state eseguite, così come quelle contemplate dall'offerta non approvata; inoltre, alcune opere sono state eseguite più volte. Per i lavori supplementari l'appaltatrice ha allestito bollettini a regia, che la DL ha tuttavia riconosciuto solo parzialmente. A.d Il 7 marzo 2006 l'appaltatrice ha trasmesso alla committente la liquidazione finale, per un importo complessivo di fr. 57'084.55, così composto: fr. 27'537.73 per intonaci interni e opere speciali da gessatore come da contratto; fr. 6'108.83 per i lavori al piano cantina; fr. 22'163.-- per opere a regia. Avendo la DL contestato la fattura, il 17 marzo 2006 B._ SA ha chiesto l'iscrizione in via supercautelare di un'ipoteca legale degli artigiani e imprenditori per la cifra ancora scoperta di fr. 38'701.55 oltre interessi. Ammessa in via supercautelare il 20 marzo seguente, l'iscrizione è stata confermata in via provvisoria con decreto del 19 giugno 2006. B. B.a Preso atto dell'impossibilità di raggiungere un'intesa, il 19 dicembre 2006 B._ SA ha convenuto A._ dinanzi alla Pretura del Distretto di Lugano onde ottenere il pagamento di fr. 38'701.55 oltre interessi (poi ridotti a fr. 37'027.26) quale mercede per tutti i lavori eseguiti, nonché di fr. 400.-- e fr. 2'400.-- per ripetibili relative al procedimento d'iscrizione dell'ipoteca legale. B.b A._ si è opposta a questa richiesta contestando sia l'aumento dei costi, raddoppiati rispetto al contratto nel quale era stato pattuito un prezzo fisso di fr. 25'309.68, sia la remunerazione richiesta per i lavori supplementari, in realtà di poca entità. Ha inoltre evocato l'esistenza di difetti in alcune parti dell'edificio. B.c Statuendo il 30 dicembre 2008, il pretore ha accolto la petizione limitatamente a fr. 27'218.70 oltre interessi al 5 % dal 17 marzo 2006; in questa stessa misura ha confermato in via definitiva l'ipoteca legale già iscritta in via provvisoria, con conseguente ripartizione proporzionale fra le parti delle spese e ripetibili di questa procedura.