Fatti: A. Nella seduta del 14 marzo 2011, il Gran Consiglio del Cantone Ticino ha adottato il decreto legislativo concernente il rilascio alla costituenda B._ SA della concessione per l'utilizzazione delle acque del fiume Verzasca in località Y._, l'approvazione della variante del piano regolatore di X._ per la definizione della zona AP-EP Microcentrale elettrica Y._ e l'autorizzazione al dissodamento. Il progetto di microcentrale elettrica prevede di derivare le acque del fiume Verzasca a una quota di 721 m.s.m., nei pressi dell'abitato di X._ (in località Z._, 50 m a valle della passerella pedonale), e di restituirle a una quota di 654 m.s.m., a Y._, all'altezza del ponte della strada cantonale, dove verrebbe pure situata la centrale di produzione. La condotta forzata, lunga 615 m, sarebbe posta sulla sponda sinistra della Verzasca, per circa 365 m in un cunicolo e per i restanti 250 m interrata sotto un sentiero esistente. È inoltre prevista la realizzazione di un dissabbiatore sotterraneo e di una rampa di risalita per i pesci. Il dimensionamento massimo della captazione delle acque è fissato in 2'700 l/s. Il deflusso residuale minimo è stabilito in 500 l/s durante tutto l'anno, incrementato a 1'500 l/s dal 1° al 30 aprile e dal 1° luglio al 31 ottobre, ed a 2'500 l/s dal 1° maggio al 30 giugno. La potenza lorda media è stata calcolata in 1'070 kWh, mentre la produzione annua media è stata valutata in 6.6 mio kWh. Per la realizzazione della microcentrale elettrica è inoltre stata definita un'apposita zona per attrezzature d'interesse pubblico ed è stato autorizzato il dissodamento di una superficie boschiva di 310 m2. Trascorso inutilizzato il termine di referendum, il Consiglio di Stato ha fissato l'entrata in vigore del decreto legislativo per il 1° giugno 2011 (cfr. BU 25/2011, pag. 317 segg.). B. Con sentenza del 23 luglio 2012 il Tribunale cantonale amministrativo ha accolto, in quanto ricevibile, un ricorso presentato contro il decreto legislativo da D._ e C._, F._ e E._, G._, H._ e I._. Ha quindi annullato il decreto legislativo. La Corte cantonale ha rilevato che la Valle Verzasca è iscritta nell'inventario federale dei paesaggi, siti e monumenti naturali d'importanza nazionale (IFP) ed ha ritenuto rilevante l'impatto della progettata microcentrale elettrica sull'oggetto IFP. Ha negato un interesse di importanza nazionale alla realizzazione dell'impianto e lo ha quindi giudicato in contrasto con l'obbligo di conservare intatto l'oggetto IFP. C. Il Comune di X._ e la costituenda B._ SA impugnano con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale questa sentenza, chiedendo di annullarla. Fanno valere l'accertamento inesatto dei fatti e la violazione del divieto dell'arbitrio e dell'art. 6 della legge federale sulla protezione della natura e del paesaggio, del 1° luglio 1966 (LPN; RS 451). Non sono state chieste osservazioni al ricorso, ma è stato richiamato l'incarto cantonale.