Fatti: A. B._ è entrato alle dipendenze di A._SA il 1° aprile 2006, quale direttore centro studi e direttore investimenti. A.a Nel maggio 2006 la Commissione federale delle banche (CFB) ha nominato e iscritto a registro di commercio gli avv. C._ e D._ quali incaricati delle inchieste su A._SA ai sensi dell'art. 23quater della legge federale sulle banche e casse di risparmio (LBCR; RS 952.0). A.b Nelle more dell'inchiesta, il 31 luglio 2006 B._ si è licenziato. L'8 agosto 2006 egli ha convenuto A._SA dinanzi alla Pretura del Distretto di Lugano, sezione 1, onde ottenere il pagamento di fr. 13'500.--, oltre interessi, pari allo stipendio per il mese di agosto 2006 e al saldo delle vacanze maturate e non godute. A.c A seguito della decisione della CFB (art. 33 LBCR), il 25 agosto 2006 è stato dichiarato il fallimento di A._SA. Il 29 agosto 2006 la CFB ha informato verbalmente il pretore del fallimento della società, che è poi stato pubblicato il 1° settembre 2006 sul sito della Commissione federale delle banche e il 6 settembre 2006 sul FUSC. A.d Il 30 agosto 2006 ha avuto luogo l'udienza di discussione nella causa intentata da B._, alla quale ha partecipato solo l'attore. Con sentenza del 1° settembre 2006, notificata anche alla CFB, il pretore, premesso che la procedura non andava sospesa giusta l'art. 207 LEF trattandosi di un "procedimento connotato da celerità", ha ritenuto di poter accogliere la pretesa avanzata da B._, siccome risultante dai documenti di causa e non contestata dalla controparte, che non si era presentata all'udienza svoltasi il giorno precedente. La A._SA in fallimento è stata quindi condannata al pagamento di fr. 13'500.-- oltre interessi al 5 % dal 24 luglio 2006. B. L'appello tempestivamente interposto contro questa decisione da A._SA in liquidazione - rappresentata dalla sua liquidatrice, la CFB - è stato respinto il 14 settembre 2006. La II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino ha innanzitutto precisato che nel caso di specie la questione di sapere se il procedimento sia di carattere urgente può rimanere indecisa. In effetti, quand'anche si volesse ritenere che lo stesso non abbia carattere urgente e sia quindi soggetto alla sospensione ex art. 207 LEF, la giurisprudenza ha già stabilito che la sentenza di merito emanata dal Pretore durante il periodo di obbligatoria sospensione del processo per fallimento non è in ogni caso nulla né annullabile, poiché non vi è pregiudizio irreparabile. I giudici della suprema Corte cantonale hanno proseguito dichiarando manifestamente infondata la censura di violazione del diritto di essere sentito sollevata dall'appellante, tramite la sua liquidatrice, per non essersi potuta esprimere all'udienza rispettivamente per non aver beneficiato di un termine per decidere se continuare la procedura in suo nome, cederne la prosecuzione ai creditori o ammettere la pretesa. In sede di appello - hanno osservato i giudici ticinesi - essa ha infatti spiegato di aver informato verbalmente il pretore del fallimento della società, ma non ha preteso di aver instato per la sospensione della procedura ai sensi dell'art. 207 LEF oppure ex art. 107 CPC/TI, di aver comunicato la revoca del mandato di incaricato delle inchieste affidato ai due avvocati ticinesi, né infine, di aver domandato il rinvio dell'udienza indetta per il giorno dopo. In queste circostanze - hanno concluso i giudici cantonali - il pretore poteva legittimamente ritenere che la convenuta avrebbe partecipato all'udienza tramite i due avvocati ticinesi o tramite la CFB e che in quell'occasione essa, oltre ad esprimersi sul merito della lite, avrebbe formulato le sue eventuali obiezioni d'ordine circa la continuazione della procedura, ciò che invece, non presentandosi all'udienza, ha rinunciato a fare. C. Contro questa sentenza la soccombente è tempestivamente insorta dinanzi al Tribunale federale con un ricorso per riforma fondato sulla violazione dell'art. 207 LEF e dell'art. 26 dell'ordinanza della Commis-sione federale delle banche sul fallimento bancario (OFB; RS 952.812.32). In via principale essa postula la modifica della sentenza impugnata nel senso di accogliere l'appello e annullare quindi la sentenza del pretore per sospensione della procedura; in via subordinata chiede che la sentenza venga riformata nel senso di stabilire che "il termine per opporre appello alla sentenza del Pretore del Distretto di Lugano inizierà a decorrere solo dopo decisione della liquidatrice del fallimento sulla necessità di continuare essa stessa la procedura o ad avvenuta cessione del diritto ai sensi dell'art. 260 LEF e dell'art. 26 OFB". Con risposta del 12 ottobre 2006 B._ ha proposto la reiezione del gravame e la conferma della pronunzia cantonale.