Fatti: A. Durante un'esposizione tenutasi a Lugano nell'aprile del 2008, un'ispettrice del Laboratorio cantonale ticinese ha constatato che presso lo stand della ditta "Y._" venivano commercializzati quali integratori alimentari in capsule i prodotti Boswellia, Ginkgo Biloba ed Eleuterococco. A seguito dell'ispezione condotta, il 21 aprile successivo il Laboratorio cantonale ha notificato a A._, titolare della ditta in questione, una contestazione ai sensi dell'art. 27 della legge federale del 9 ottobre 1992 sulle derrate alimentari e gli oggetti d'uso (LDerr; RS 817.0). Con tali atti, il Laboratorio cantonale ticinese ha segnatamente deciso che: i prodotti menzionati, contenenti estratto secco di resina di Boswellia serrata Roxb, foglie di Ginkgo biloba e radice di Eleuterococcus Senticosus, non potevano essere messi in vendita come derrate alimentari in quanto dette sostanze non erano contemplate nell'ordinanza federale del 23 novembre 2005 sulle derrate alimentari e gli oggetti d'uso (ODerr; RS 817.02); l'ulteriore commercializzazione di questi prodotti non era permessa fino ad un'eventuale approvazione da parte delle autorità farmaceutiche competenti. Le opposizioni interposte contro le predette contestazioni sono state respinte il 16 giugno 2008; la decisione resa su opposizione dal Laboratorio cantonale è stata a sua volta confermata sia dal Consiglio di Stato, il 5 novembre 2008, sia dal Tribunale cantonale amministrativo, che si è espresso in merito con sentenza del 17 febbraio 2012. B. ll 23 marzo 2012, A._ ha impugnato il giudizio del Tribunale cantonale amministrativo con un ricorso in materia di diritto pubblico davanti al Tribunale federale, chiedendone l'annullamento, non da ultimo perché la Corte cantonale non sarebbe stata competente ad esprimersi sulla vertenza sorta. Da parte loro, il Laboratorio Cantonale, l'Ufficio federale della sanità pubblica e il Tribunale amministrativo domandano di respingere il ricorso. Il Consiglio di Stato si rimette invece al giudizio di questa Corte. Come davanti alle istanze precedenti, l'Ufficio federale della sanità pubblica ribadisce in particolare che l'impiego delle sostanze menzionate, nei prodotti commercializzati dalla ricorrente, non soddisfa ai requisiti previsti dalla legislazione sulle derrate alimentari, poiché le stesse producono effetti farmacologici e possono pertanto mettere in pericolo la salute di chi le usa.