Fatti: A. A._ è nato il 9 giugno 1988 ed ha conseguito l'8 gennaio 2007 la licenza di condurre, rilasciata in prova, per le categorie B e B1. Nei suoi confronti non risultano registrate precedenti misure amministrative. B. Il 23 maggio 2008, verso le 19.30, A._ circolava alla guida della propria autovettura sulla semiautostrada in territorio di Donat (GR) ad una velocità superiore al limite massimo consentito di 100 km/h. La polizia ha accertato mediante un apparecchio radar, dedotto il margine di tolleranza, una velocità punibile di 132 km/h. Con mandato penale del 24 luglio 2008, il presidente del Circolo di Schams lo ha riconosciuto colpevole di grave violazione delle norme della circolazione e lo ha condannato a una pena pecuniaria di 10 aliquote giornaliere di fr. 90.-- ciascuna, sospesa condizionalmente per due anni, e al pagamento di una multa di fr. 800.--. C. Dopo avere comunicato all'interessato l'apertura di un procedimento amministrativo e concessagli la facoltà di esprimersi, con decisione del 24 luglio 2008 la Sezione della circolazione del Dipartimento delle istituzioni del Cantone Ticino gli ha revocato la licenza di condurre per la durata di tre mesi ed ha prorogato di un anno il periodo di prova. L'autorità cantonale lo ha comunque autorizzato a condurre veicoli delle categorie speciali G e M. Questo provvedimento è stato confermato, su ricorso del conducente, dal Consiglio di Stato con risoluzione del 17 settembre 2008. D. Con sentenza del 4 novembre 2008 il Tribunale cantonale amministrativo ha respinto un ricorso di A._ contro la risoluzione governativa. La Corte cantonale ha ritenuto giustificato il provvedimento, siccome l'entità del superamento di velocità era tale da costituire un'infrazione grave ai sensi dell'art. 16c cpv. 1 lett. a LCStr. La durata della revoca rispettava d'altra parte il principio della proporzionalità, corrispondendo al minimo previsto dalla legge nel caso di una simile infrazione. E. A._ impugna questa sentenza con un ricorso in materia di diritto pubblico e un ricorso sussidiario in materia costituzionale al Tribunale federale, chiedendo di annullarla. Sostiene essenzialmente, che nella fattispecie occorrerebbe riconoscere la commissione di un'infrazione medio grave, ritenuto che, quale principale deterrente, sarebbe comunque mantenuta la possibilità di annullare la licenza di condurre in prova, nel caso di un'eventuale ulteriore infrazione comportante la revoca della licenza. F. La Corte cantonale si riconferma nella sua sentenza. Il Consiglio di Stato si rimette al giudizio del Tribunale federale, mentre la Sezione della circolazione non presenta osservazioni nel merito del gravame. Invitato ad esprimersi, l'Ufficio federale delle strade ne postula la reiezione. Con decreto presidenziale dell'8 gennaio 2009 è stato conferito l'effetto sospensivo al gravame.