Fatti: A. Il 20 settembre 2006 X._, in seguito deceduto, aveva chiesto al Municipio di Giubiasco il permesso di modificare le aperture della facciata sud della sua stalla-fienile, sita nella zona agricola. Alla domanda si è opposto il vicino Z._. L'opponente sosteneva che i prospettati lavori perseguirebbero lo scopo di adibire la stalla, ormai in disuso, non più all'allevamento di bovini bensì a pensione per cavalli con relativo maneggio, avviando in tal modo un'attività commerciale non conforme alla zona agricola. Il Municipio, raccolto il preavviso favorevole del Dipartimento del territorio, ha respinto l'opposizione del vicino e ha rilasciato il permesso richiesto alla comunione ereditaria fu X._. B. Adito dall'opponente, il Consiglio di Stato, con decisione del 26 giugno 2007, ha confermato la decisione municipale, rilevando che la trasformazione delle finestre in porte di accesso, come pure l'allevamento futuro di cavalli al posto di bovini, non cambierebbe la destinazione agricola della stalla. Con giudizio del 28 novembre 2008, il Tribunale cantonale amministrativo ha respinto un ricorso del vicino. C. Avverso questa sentenza l'Ufficio federale dello sviluppo territoriale (ARE) del Dipartimento federale dell'Ambiente, dei trasporti, dell'energia e delle comunicazioni (DATEC) presenta un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiede, in via principale, di annullarla e di respingere la domanda di costruzione e, in via subordinata, di rinviare gli atti alla Corte cantonale per nuovo giudizio nel senso dei considerandi. La comunione ereditaria fu X._ chiede di respingere il ricorso, il Municipio di Giubiasco e il Consiglio di Stato si rimettono al giudizio del Tribunale federale, il Dipartimento del territorio non ha formulato particolari osservazioni, limitandosi a precisare che si tratterrebbe di interventi di minore importanza. La Corte cantonale si riconferma nell'impugnata decisione, rilevando che la vertenza non avrebbe quale oggetto un cambiamento di destinazione della stalla. Z._ propone l'accoglimento del ricorso.