Fatti: A. Il 7 luglio 2011 è stato rinvenuto al suo domicilio di Bellinzona il cadavere di B._. Il sostituto magistrato dei minorenni ha aperto un procedimento penale contro un minore, figlio della moglie della vittima, accusato per titolo di assassinio, subordinatamente omicidio intenzionale. Nel corso dello stesso mese, il Procuratore pubblico (PP) ha avviato un procedimento penale nei confronti di alcuni maggiorenni, coinvolti a vario titolo nell'uccisione. Nel relativo ambito, il 9 maggio 2012 il PP ha sentito il giornalista A._, in qualità di testimone, in relazione a un suo articolo apparso il 30 marzo 2012 su un quotidiano ticinese, che riferiva di un presunto piano di uccisione della vittima in un altro luogo e di un progetto di fuga da parte dell'accusato minorenne. Il magistrato inquirente intende conoscere il nominativo della fonte del giornalista. B. Nell'ambito dell'interrogatorio, il giornalista si è avvalso della facoltà di non deporre a tutela delle fonti. Trattandosi di un omicidio il PP ha insistito (art. 172 cpv. 2 lett. b CPP) e di fronte a un ulteriore rifiuto gli ha inflitto una multa disciplinare di fr. 1'000.--, aprendo nei suoi confronti un procedimento penale per violazione dell'art. 292 CP e disponendo l'obbligo, sotto comminatoria di questa norma, di serbare il segreto sull'interrogatorio e sul suo oggetto, allo scopo di evitare un contatto tra l'interessato e la fonte. C. Adita dal giornalista, con giudizio del 4 settembre 2012, la Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino (CRP) ha dichiarato irricevibile il reclamo per carenza di competenza per quanto attiene all'apertura di un procedimento per titolo di disobbedienza a decisioni dell'autorità: lo ha per contro parzialmente accolto annullando la multa disciplinare, accertando nondimeno l'obbligo del reclamante di deporre e di serbare il segreto sul suo interrogatorio. D. A._ impugna questa decisione con un ricorso in materia penale al Tribunale federale. Chiede, in via principale, di annullarla e di non essere obbligato a testimoniare sulle fonti delle sue informazioni; in via subordinata, di rinviare la causa per nuovo giudizio alla CRP. La CRP, rinunciando a presentare osservazioni, si rimette al giudizio del Tribunale federale, il PP chiede semplicemente di confermare la decisione impugnata, osservando che nel corso del dibattimento il minore ha dichiarato che la morte di B._ è da attribuirsi a terze persone, al momento ancora sconosciute. La CRP ha rinunciato a esprimersi anche al riguardo. Il 4 marzo 2013 il ricorrente, rilevato che il minore ha ritirato il ricorso in appello, ammettendo di essere il solo colpevole, ha chiesto di poter replicare alle osservazioni del PP, non facendo in seguito uso di questa facoltà.