Fatti: A. B._ e C._, rispettivamente quest'ultimo e A._, sono comproprietari di due quote di proprietà per piani, corrispondenti a due monolocali contigui situati al piano terreno del condominio "Residenza D._" che sorge sul fondo base part. yyy di X._. Il piano regolatore attualmente in vigore assegna il fondo alla zona residenziale estensiva R2. B. Nel corso del 2008, a seguito di forti temporali, i suddetti proprietari hanno completamente chiuso mediante delle vetrate i portici situati sul fronte sud davanti ai loro appartamenti. Constatato tale intervento e la mancanza di un'autorizzazione, con decisione del 1° settembre 2009 notificata a A._, il Municipio di X._ ha ordinato ai proprietari di presentare una domanda di costruzione a posteriori, come pure il calcolo dell'indice di sfruttamento e l'accordo della comunione dei comproprietari del condominio. Dopo avere ribadito vanamente a due riprese l'ordine, il 21 maggio 2010 il Municipio ha ordinato ai proprietari di rimuovere le vetrate, nel frattempo non approvate dall'assemblea dei comproprietari. C. Dopo una serie di atti che non occorre qui evocare, rilevato che i proprietari non avevano dato seguito alle disposizioni municipali, con decisione del 14 ottobre 2011 l'Esecutivo comunale ha ingiunto loro di rimuovere entro 60 giorni le vetrate in contestazione. Il provvedimento è stato confermato con risoluzione del 29 febbraio 2012 dal Consiglio di Stato, adito su ricorso degli interessati. D. Con sentenza del 13 giugno 2013 il Tribunale cantonale amministrativo ha respinto un ricorso dei proprietari contro la decisione governativa. Ha rilevato che l'intervento edilizio comportava un superamento dell'indice di sfruttamento massimo consentito e non poteva pertanto beneficiare di un permesso di costruzione. Ha quindi ritenuto giustificato e proporzionato il provvedimento di ripristino. E. I proprietari impugnano questa sentenza con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo, in via principale, di annullarla e di imporre al Municipio di X._ l'avvio di una procedura edilizia in sanatoria. In via subordinata, chiedono che la causa sia rinviata alla Corte cantonale perché statuisca nuovamente dopo avere eseguito un sopralluogo ed assunto ulteriore documentazione del Comune. I ricorrenti fanno valere la violazione del diritto di essere sentiti, del divieto dell'arbitrio e del principio della proporzionalità. F. Non sono state chieste osservazioni sul merito del gravame, al quale il Giudice presidente ha conferito effetto sospensivo con decreto del 12 settembre 2013.