Fatti: A. R._, nato nel 1963, è affetto da una patologia bipolare (psicosi maniaco-depressiva) ed è stato fino al 31 dicembre 2006 assicurato contro le malattie presso la Cassa malati Supra. In occasione di un suo ricovero presso la Clinica S._, avvenuto dal 6 settembre al 30 novembre 2002, i responsabili della Clinica gli hanno prescritto per la cura della malattia il farmaco Topamax. Dopo avere per oltre tre anni assunto i costi del farmaco, la Supra nell'aprile del 2006 gli ha comunicato che non li avrebbe più presi a carico per il motivo che il medicamento era unicamente omologato per disturbi epilettici ed emicranici (decisione del 23 agosto 2006 e decisione su opposizione del 27 novembre 2006). B. Patrocinato dalla DAS Protezione Giuridica SA, R._ si è aggravato al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino, il quale, esperiti i propri accertamenti, ha accolto il ricorso e ha annullato la decisione amministrativa, condannando l'assicuratore malattia ad assumersi i costi del medicamento Topamax (pronuncia del 17 settembre 2007). Dopo avere interpellato lo psichiatra curante, dott. F._, e il personale medico della Clinica S._, i primi giudici hanno infatti stabilito che erano realizzate le condizioni poste dalla giurisprudenza per assumere, eccezionalmente, i costi di un farmaco che veniva utilizzato per altre indicazioni rispetto a quelle per le quali era stato omologato. C. La Cassa malati Supra interpone ricorso in materia di diritto pubblico con cui domanda, in via principale, l'annullamento del giudizio cantonale e la conferma della sua decisione amministrativa; in via subordinata chiede di annullare la pronuncia impugnata e di rinviare gli atti all'istanza precedente per complemento istruttorio e nuovo giudizio. Dei motivi si dirà, per quanto occorra, nei considerandi. Chiamati ad esprimersi, R._, sempre assistito dalla DAS, e l'Ufficio federale della sanità pubblica propongono la reiezione del gravame.