Fatti: A. Il 10 ottobre 2008 l'ing. B._ ha presentato al Municipio di Collina d'Oro una domanda di costruzione per edificare uno stabile di sette appartamenti sul fondo part. n. 888 situato a Montagnola nella zona residenziale. A._, proprietaria di un fondo confinante, si è opposta alla domanda, contestando il progetto in particolare per quanto concerne l'altezza dell'edificio e la superficie utile lorda (SUL). Acquisito il preavviso favorevole dell'autorità cantonale, il 3 aprile 2009 il Municipio ha rilasciato la licenza edilizia, respingendo nel contempo l'opposizione della vicina. B. L'opponente ha allora impugnato la risoluzione municipale dinanzi al Consiglio di Stato del Cantone Ticino, che con decisione del 1° luglio 2009 ha parzialmente accolto il ricorso, confermando la licenza edilizia alle condizioni che fosse eliminato il servizio igienico situato a pianterreno e che la SUL dell'appartamento monolocale previsto a quello stesso livello fosse ridotta di un metro quadrato. Ciò allo scopo di fare rientrare l'indice di sfruttamento entro il limite prescritto. C. Con sentenza del 3 febbraio 2010, il Tribunale cantonale amministrativo ha parzialmente accolto un ricorso dell'opponente contro la decisione governativa, subordinando la licenza edilizia ad ulteriori condizioni. La Corte cantonale ha imposto in aggiunta la soppressione del parapetto previsto sul tetto, con l'obbligo di permetterne l'accessibilità solo per i lavori di manutenzione, e la riduzione a m 0,60 x 0,30, rispettivamente m 0,90 x 0,30, delle dimensioni delle finestre della cantina prevista nell'angolo nord-est a pianterreno, escludendovi inoltre qualsiasi impianto di riscaldamento. D. A._ impugna con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale questo giudizio, chiedendo in via principale di annullare la licenza edilizia e, in via subordinata, di rinviare la causa alla Corte cantonale affinché pronunci una nuova decisione nel senso dei considerandi. La ricorrente fa valere la violazione del divieto dell'arbitrio, lamentando essenzialmente il mancato rispetto dell'indice di sfruttamento, riferito al mancato computo nella SUL della citata cantina e di un locale hobby-fitness che potrebbero essere resi abitabili con pochi accorgimenti. E. La Corte cantonale si riconferma nella sua sentenza. Il Consiglio di Stato si rimette al giudizio del Tribunale federale, mentre il Municipio di Collina d'Oro e B._ chiedono di respingere il gravame. Con decreto presidenziale del 30 aprile 2010 è stata respinta la domanda di effetto sospensivo contenuta nel ricorso.