Fatti: A. B._, titolare della ditta individuale A._, loca dal 1° luglio 2010 uno stabile con terreno annesso situato a Magadino e di proprietà della C._ SA. La pigione mensile è stata pattuita in fr. 4'200.--, pagabili anticipatamente, entro la fine del mese precedente. La prima pigione è stata pagata il 1° luglio, quelle di agosto e settembre in anticipo, come da contratto. Da ottobre 2010 in poi l'inquilina, facendo valere difetti, ha depositato le pigioni intere presso l'Ufficio di conciliazione in materia di locazione; i versamenti sono stati effettuati all'inizio di ogni mese corrente di locazione, non entro la fine del mese precedente. Il 29 aprile 2011 la conduttrice ha avviato un'azione di riduzione della pigione davanti alla Pretura di Locarno-Campagna. Nell'ambito di quella causa, con istanza cautelare del 1° luglio 2011, la locatrice ha chiesto la liberazione a suo favore di tutte le pigioni depositate in ritardo. Il 21 luglio 2011 le parti hanno concordato in contraddittorio di liberarle in ragione di fr. 2'500.-- al mese e di mantenere il deposito per i restanti fr. 1'700.--, importo corrispondente alla riduzione per difetti chiesta dalla conduttrice. B. La medesima ripartizione è stata concordata per le pigioni a venire. Come in precedenza, l'inquilina ha effettuato i pagamenti - ovvero fr. 1'700.-- all'Ufficio di conciliazione e fr. 2'500.-- alla proprietaria - i primi giorni di ogni mese di locazione, non anticipatamente. Prevalendosi del ritardo dei versamenti, il 3 febbraio 2012 la locatrice ha assegnato alla conduttrice un termine di 30 giorni per il pagamento di fr. 28'900.--, l'intera somma depositata fino a quel momento presso l'Ufficio di conciliazione. Non avendo ricevuto riscontro, il 13 marzo 2012 ha disdetto il contratto di locazione. La conduttrice ha contestato la disdetta davanti all'Ufficio di conciliazione, il quale, costatata la mancata comparsa della locatrice, ha rilasciato l'autorizzazione ad agire. La conduttrice ha continuato a pagare le pigioni, versando anticipatamente fr. 1'700.-- all'Ufficio di conciliazione e fr. 2'500.-- alla proprietaria per i mesi da aprile 2012 in poi. C. Con petizione del 21 giugno 2012 la conduttrice ha chiesto alla Pretura di Locarno-Campagna di annullare la disdetta e, in via subordinata, di prorogare la durata del contratto di locazione di tre anni. Il Pretore aggiunto ha accolto l'azione il 3 giugno 2013, ritenendo la disdetta abusiva. La II Camera civile del Tribunale di appello ticinese, adita dalla locatrice, ha sovvertito il giudizio di primo grado con sentenza del 16 dicembre 2013: ha respinto la petizione dell'inquilina e adeguato di conseguenza il giudizio su spese e ripetibili. D. La conduttrice insorge davanti al Tribunale federale con ricorso in materia civile del 3 febbraio 2014. Chiede l'annullamento della sentenza cantonale e la conferma di quella del Pretore aggiunto. La locatrice propone di dichiarare il ricorso irricevibile, subordinatamente di respingerlo. L'autorità cantonale non ha preso posizione. La domanda di concessione dell'effetto sospensivo presentata dalla conduttrice contestualmente al ricorso è stata respinta con decreto presidenziale del 28 febbraio 2014.