Fatti: A. A._ è proprietario del fondo part. vvv sito a Y._. Nel 1998 questa particella è stata abusivamente invasa in parte da un muro di sostegno eretto sul fondo sovrastante (www) dall'allora proprietaria. Con sentenza 30 marzo 2004 la prima Camera civile del Tribunale d'appello aveva ordinato a quest'ultima di rimuovere le parti del muro che occupavano abusivamente una superficie di 6.47 m2 del sottostante fondo. Il 19 luglio 2006 il nuovo proprietario B._ ha chiesto al perito distrettuale di X._ di rettificare il confine tra le particelle, allo scopo di acquisire la superficie abusivamente occupata dal citato muro: A._ si è opposto alla richiesta. B. Con decisione 19 gennaio 2007 il perito ha accolto l'istanza, indicando che contro la sua decisione era dato ricorso al Tribunale cantonale amministrativo entro 30 giorni dalla notifica. Accortosi che il termine ricorsuale era soltanto di 15 giorni, il 22 febbraio seguente egli ha emanato una nuova decisione, sostitutiva della precedente, di contenuto identico eccetto che per il termine corretto d'impugnazione. Mediante istanza 27 febbraio 2007 A._ ha chiesto alla Corte cantonale la restituzione del termine per impugnare la prima decisione peritale. Con ricorsi di stessa data, egli ha chiesto poi l'annullamento di entrambe le decisioni. Il 29 maggio 2008 il Tribunale cantonale amministrativo ha respinto l'istanza di restituzione in intero, dichiarato irricevibile siccome tardivo il ricorso diretto contro la prima decisione peritale e accolto quello presentato contro la seconda, dichiarata nulla. C. Avverso questa pronunzia A._ presenta un ricorso sussidiario in materia costituzionale al Tribunale federale. Chiede di concedere l'effetto sospensivo al gravame di annullare la decisione impugnata, di conseguenza di accogliere l'istanza di restituzione in intero e di rinviare la causa alla Corte cantonale affinché esamini nel merito i ricorsi 27 febbraio 2007. Dei motivi si dirà nei considerandi.