Fatti: A. Tramite il proprio datore di lavoro, P._ SA, M._ è stata assicurata presso Helsana Assicurazioni SA (in seguito: Helsana) per un'indennità giornaliera per perdita di guadagno in caso di malattia. Il 30 settembre 2011 P._ SA ha sciolto il rapporto di lavoro che la legava all'interessata con effetto al 31 ottobre 2011. M._ è quindi stata dichiarata (totalmente) inabile al lavoro dal 6 ottobre 2011 a seguito di una malattia (depressione post partum, episodio depressivo F32.2) che si è protratta fino al 30 giugno 2012. Non avendo l'assicurata comprovato l'esistenza di un ulteriore danno dopo il 31 marzo 2012, data alla quale il licenziamento sarebbe diventato effettivo in virtù delle speciali disposizioni a protezione dei lavoratori, Helsana ha stabilito che dal 1° aprile al 30 giugno 2012 (fine dell'incapacità lavorativa) le indennità di malattia sarebbero state corrisposte in base a quanto l'assicurata avrebbe potuto percepire (50% del salario) in Italia secondo il trattamento speciale previsto per i lavoratori frontalieri italiani in Svizzera caduti in disoccupazione (decisione 5 luglio 2012 e decisione su opposizione 27 luglio 2012). B. M._ si è aggravata al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino al quale ha chiesto in sostanza di annullare la decisione su opposizione e di riconoscerle indennità giornaliere piene dal 1° aprile al 30 giugno 2012. Con risposta di causa Helsana ha proposto di accogliere parzialmente il ricorso nel senso di attribuire a controparte piene indennità giornaliere fino al 30 aprile 2012, data alla quale è stata corretta l'effettività del licenziamento in ragione del periodo di protezione di cui all'art. 336c cpv. 2 CO. Per il resto ha chiesto di confermare il proprio provvedimento. Per pronuncia del 23 novembre 2012 la Corte cantonale ha integralmente accolto il ricorso, annullando la decisione su opposizione e riconoscendo all'assicurata piene indennità giornaliere, da calcolare in base all'ultimo salario percepito prima dell'inizio del caso di assicurazione, anche per i mesi di maggio e giugno 2012. Il giudice di prime cure pure ha attribuito all'assicurata fr. 1'200.- a titolo di ripetibili. C. Helsana ha interposto ricorso al Tribunale federale al quale, protestate spese e ripetibili, domanda in sostanza di riformare il giudizio cantonale e di riconoscere all'assicurata per il periodo 1° maggio - 30 giugno 2012 indennità giornaliere di malattia ridotte in base al trattamento speciale di disoccupazione (50% del salario) stabilito dall'art. 3 cpv. 2 della legge italiana n. 147 del 5 giugno 1997 in favore dei lavoratori frontalieri italiani in Svizzera rimasti disoccupati a seguito della cessazione del rapporto di lavoro. M._ propone la reiezione del gravame, mentre l'Ufficio federale della sanità pubblica non si è determinato.