Fatti: A. Il 24 dicembre 2004 l'Amministrazione federale delle contribuzioni (AFC) è stata autorizzata ad aprire un'inchiesta fiscale speciale nei confronti degli avvocati A.A._ e B.A._, quest'ultima titolare di uno studio legale e notarile a Lugano. Il legale è sospettato d'aver commesso gravi infrazioni fiscali ai sensi dell'art. 190 della legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD; RS 642.11), per aver sottaciuto al fisco federale una parte importante della sua sostanza e dei suoi redditi imponibili. Egli avrebbe inoltre partecipato a reati fiscali commessi da C._, mentre B.A._ avrebbe partecipato a quelli commessi dal marito. B. Il 2/3 febbraio 2005 la Divisione delle inchieste speciali dell'AFC ha perquisito lo studio legale e sequestrato numerosi documenti, posti sotto suggello. L'8 agosto 2005 la Corte dei reclami penali del Tribunale penale federale ha accolto una richiesta di levata dei sigilli presentata dall'AFC, stabilendo per la cernita, da effettuare dalla Corte medesima, una procedura in tre fasi, confermata dal Tribunale federale (vedi DTF 132 IV 63). C. Il 20 febbraio 2007, la I Corte dei reclami penali (I CRP), ritenendo impossibile distinguere i clienti protetti dal segreto professionale dell'avvocato da quelli non protetti, sostenendo che l'anonimizzazione degli atti le imporrebbe un lavoro considerevole, ha accolto la richiesta di versare agli atti tutti i documenti ancora in sospeso. Con sentenza 1B_47/2007 del 28 giugno 2007 il Tribunale federale, ritenuta sbrigativa e superficiale detta tesi, ha accolto, in quanto ammissibile, un ricorso dei coniugi A._ e ha annullato questa decisione. In seguito i legali hanno prodotto listati contenenti i nomi dei clienti da loro ritenuti protetti dal segreto professionale. D. La I CRP ha poi comunicato alle parti la sua volontà di procedere a tappe. Il 12 novembre 2007, statuendo su una parte degli incarti, essa ritenuto che l'individuazione di relazioni attinenti all'attività tipica dell'avvocato e la relativa anonimizzazione avrebbe implicato un investimento sproporzionato di tempo, ha versato agli atti solo determinati atti, anonimizzandoli senza la verifica effettiva dell'esistenza di un segreto da proteggere. Con sentenza 1B_288/2007 del 30 settembre 2008 il Tribunale federale l'ha annullata. E. La I CRP, con decisione del 28 novembre 2007, si è pronunciata sui documenti concernenti il 1999. Rilevato che si tratta di un gran numero di atti, in gran parte contenenti nomi di terzi, e richiamati i motivi addotti nella sentenza del 12 novembre 2007, essa ha ribadito che la cernita e l'anonimizzazione dei nomi rappresenterebbe un lavoro totalmente sproporzionato, decidendo quanto segue: "1. I seguenti incarti devono essere restituiti, ai sensi dei considerandi, agli indagati: S374 (parziale), S375 (parziale), S382, S383, S385 (parziale), S386 (parziale), S387 (parziale). 2. I seguenti incarti devono essere versati agli atti ai sensi dei considerandi: S374 (parziale), S375 (parziale), S385 (parziale), S386 (parziale), S387 (parziale). 3. L'utilizzo o la trasmissione a terzi, per altre procedure, di documenti o informazioni concernenti clienti degli indagati provenienti dall'incarto S375 di cui al punto 2 del presente dispositivo è proibito in assenza di nuove decisioni da parte della I Corte dei reclami penali. 4. (spese)". F. Avverso questo giudizio l'AFC presenta un ricorso in materia penale al Tribunale federale. Chiede, in via cautelare, di concedere l'effetto sospensivo al gravame e di congiungere i susseguenti ricorsi che saranno inoltrati; in via principale, di annullare la decisione impugnata e, in sostanza, di versare agli atti del procedimento penale in forma integrale e non anonimizzata i libri base (cassa, posta, banca, debitori e creditori) per verificare la completezza e la correttezza delle registrazioni contabili, il libro mastro delle relative registrazioni, le liste delle corrispondenti registrazioni di ogni singolo conto e le pezze giustificative, con il divieto di utilizzare le informazioni riguardanti terzi in altri procedimenti, salvo autorizzazione della I CRP; postula inoltre di versare agli atti tutte le fatture concernenti l'attività tipica e atipica dei legali in forma integrale; in via subordinata, chiede di versarli in maniera anonimizzata. La I CRP chiede la reiezione, in quanto ammissibile, del ricorso. I coniugi A._ postulano, proceduralmente, di stralciare dall'incarto gli allegati n. da 2 a 19 prodotti dalla ricorrente, in via principale, di dichiarare irricevibile il ricorso e, in via subordinata, di respingerlo. Al ricorso è stato conferito effetto sospensivo in via superprovvisionale.