Fatti: A. A.a Preso atto delle conclusioni di una perizia medica pluridisciplinare giudiziaria affidata al Centro X._ come pure delle valutazioni del dott. A._, capo servizio di oftalmologia all'Ospedale Y._, con giudizio 29 agosto 2005, cresciuto incontestato in giudicato, il Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino, fatta eccezione per i disturbi visivi, accertava l'eziologia extra-traumatica dei danni fisici e psichici lamentati da B._, nato nel 1951, a far tempo dall'ottobre 2002. Non potendo né ammettere né escludere, con la necessaria tranquillità, l'esistenza di un nesso di causalità tra la problematica visiva e l'evento infortunistico dell'8 settembre 2001, la Corte cantonale rinviava gli atti all'assicuratore infortuni, la Allianz Suisse Società di Assicurazioni, per allestimento di una perizia neuro-oftalmologica e decisione sul diritto a prestazioni dell'interessato per il periodo successivo al 30 settembre 2002. A.b Esperiti i propri accertamenti e disposta in particolare una perizia specialistica a cura del dott. O._, responsabile del servizio di neuro-oftalmologia presso l'Ospedale Z._, la Allianz, sollecitata a statuire dal Tribunale cantonale delle assicurazioni (pronuncia dell'11 aprile 2007), con decisione dell'11 giugno 2007, sostanzialmente confermata il 30 aprile 2008 anche in seguito all'opposizione interposta dall'assicurato, ha negato il proprio obbligo di prestazioni in relazione ai disturbi visivi per carenza del necessario nesso causale con l'infortunio dell'8 settembre 2001. In ogni caso, anche nella denegata ipotesi in cui si avesse voluto ammettere l'esistenza di un rapporto causale naturale, avrebbe comunque fatto difetto il nesso di causalità adeguata con l'evento in parola, classificato nella categoria degli infortuni di media gravità, al limite di quelli leggeri. B. Nuovamente adito da B._ con il patrocinio dell'avv. C._, il Tribunale cantonale delle assicurazioni, confermando in sostanza l'operato dell'assicuratore resistente, ma senza esaminare, a differenza di quest'ultimo, il tema dell'adeguatezza, ha respinto il gravame per pronuncia 12 febbraio 2009. C. Producendo documentazione varia, B._, ora rappresentato dall'avv. Patrick Untersee, ha presentato ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale a cui, in accoglimento del gravame e in via principale, chiede l'annullamento del giudizio cantonale, il riconoscimento del necessario nesso di causalità naturale - la valutazione della relazione causale adeguata risultando prematura di fronte al prevedibile notevole miglioramento del suo stato di salute e della sua capacità di guadagno -, l'assegnazione, a decorrere dal 1° ottobre 2002, di indennità giornaliere, nonché l'assunzione delle spese per le cure esposte dal perito dott. O._. In via subordinata domanda il rinvio degli atti all'autorità giudiziaria cantonale o all'assicuratore infortuni affinché, previo complemento della perizia del dott. O._, si determini nuovamente sulla questione del nesso di causalità naturale tra l'evento dell'8 settembre 2001 e il danno alla vista; sempre subordinatamente, il ricorrente postula l'erogazione di indennità giornaliere dal 1° ottobre 2002 fino all'emanazione della nuova decisione. Il tutto con protesta di spese e ripetibili. La Allianz, protestate spese e ripetibili, propone la reiezione del gravame, mentre l'Ufficio federale della sanità pubblica ha rinunciato a determinarsi.