Fatti: A. A.a Il 20 dicembre 2002 A._ SA ha chiesto a Swissmedic, Istituto svizzero per gli agenti terapeutici, la registrazione del prodotto B._, anestetico locale che viene somministrato per via intratecale. La domanda si basava sull'art. 95 cpv. 3 della legge federale del 15 dicembre 2000 sui medicamenti e i dispositivi medici (LATer; RS 812.21), norma di diritto transitorio concernente i medicamenti già in commercio al momento dell'entrata in vigore della LATer e che riconosce il diritto di mantenere in commercio gli stessi fino alla decisione sull'omologazione medesima. A.b Il 27 giugno 2006 Swissmedic ha emanato una decisione di rifiuto dell'omologazione, confermata con giudizio dell'8 luglio 2008 del Tribunale amministrativo federale. Impugnata davanti al Tribunale federale, detta decisione è stata in seguito annullata e l'incarto rinviato all'istanza precedente (sentenza 2C_646/2008 del 18 giugno 2010). Riconoscendo una violazione del diritto di essere sentito, il Tribunale federale ha osservato che il Tribunale amministrativo federale avrebbe dovuto tenere conto di tutta la documentazione versata agli atti fino alla data della sua sentenza e quindi sottoporla a Swissmedic rispettivamente al "Medicines Expert Committee" (MEC). A.c Ricevuto l'incarto di ritorno, il Tribunale amministrativo federale ha invitato l'autorità inferiore a presentare le sue osservazioni dopo avere interpellato il MEC. Parallelamente, A._ SA ha comunicato che il 13 marzo 2009 si era conclusa la procedura decentralizzata di omologazione del prodotto B._ nell'Unione europea, che il 26 aprile 2010 il Bundesinstitut für Arzneimittel und Medizinprodukte, aveva in questo contesto rilasciato l'autorizzazione nazionale per la vendita del farmaco sotto il nome di D._ in Germania (Stato referente), che l'8 luglio 2010 anche il Bundesamt für Sicherheit im Gesundheitswesen ne aveva autorizzato la vendita sul territorio austriaco e che diverse richieste di autorizzazione erano pendenti in altri Paesi dell'Unione europea. A.d Nel rapporto del 17 agosto 2010, il MEC ha proposto nuovamente di negare l'omologazione del preparato, perché i dubbi sui rischi di una sua tossicità neurologica non erano stati fugati e inoltre poiché sul mercato esiste un medicamento equivalente come E._, i cui vantaggi non sono inferiori. Riferendovisi, il 15 settembre successivo Swissmedic ha rilevato l'assenza di uno studio di coorte con un tempo di monitoraggio di 6 mesi e una portata di 1'000 pazienti per braccio di studio, e sottolineato come già il MEC avesse denunciato l'assenza di uno studio di "non inferiorità" relativo ai danni neurologici transitori, che paragonasse B._ ed E._, di cui vi è già in Svizzera un preparato omologato. Il 15 dicembre 2010, A._ SA ha da parte sua osservato che, alla luce dell'omologazione nell'Unione europea di un preparato identico, l'omologazione avrebbe dovuto essere concessa anche in Svizzera e che se Swissmedic avesse continuato a nutrire dubbi sulla sicurezza del preparato, avrebbe dovuto provare quanto affermava con una propria perizia; circa lo studio richiesto, ha nel contempo sostenuto che lo stesso non sarebbe fattibile; ha infine criticato la valutazione del MEC rilevando, tra l'altro, che tra i periti non figurava un anestesista. A.e Swissmedic ha allora interpellato ulteriormente il MEC che, per stilare il suo rapporto del 15 febbraio 2011, si è avvalso delle competenze di un anestesista. Quest'ultimo ha esaminato la tossicità del medicamento, ha condiviso le conclusioni del rapporto del 17 agosto 2010 riguardo ai rischi ed ha sottolineato l'assenza di uno studio clinico sulla tossicità del preparato, col quale vengano indagati gli effetti di B._ rispetto a E._. Prendendo posizione al riguardo così come sulle osservazioni di Swissmedic del 25 marzo 2011, A._ SA ha tra l'altro sostenuto che l'anestesista non avesse avuto accesso a tutta la documentazione agli atti, ribadito la richiesta di incaricare un esperto di anestesiologia di allestire una perizia e prodotto una perizia del dott. F._, che giungerebbe alle medesime conclusioni cui era giunto il prof. G._ in precedenza. A fronte della conferma di una posizione negativa da parte di Swissmedic, il 31 ottobre 2011 A._ SA ha poi chiesto al Tribunale amministrativo federale di ordinare esso stesso una perizia complementare sul preparato, commercializzato nel frattempo anche in Gran Bretagna e in Italia. Il 5 aprile 2012 ha infine trasmesso al Tribunale amministrativo federale i risultati di uno studio del 2 aprile 2012 del prof. H._, dai quali non risulterebbe nessun problema di sicurezza circa l'uso di B._. A.f Le parti hanno successivamente riconfermato le proprie posizioni nel corso di alcuni ulteriori scambi di scritti. In tale contesto, A._ SA ha fatto pervenire una nuova presa di posizione del prof. H._, che ribadiva la sicurezza del preparato, e ha inoltre trasmesso un articolo che riassumeva uno studio sul confronto tra I._ e B._. Swissmedic ha da parte sua fatto notare come lo studio del prof. H._ non poteva essere comunque preso in considerazione, poiché non gli era stato notificato prima dell'esecuzione, e come il raffronto tra I._ e B._ non fosse di alcun pregio, in quanto la prima sostanza non è omologata in Svizzera. Con sentenza del 26 settembre 2012, il Tribunale amministrativo federale ha infine respinto il ricorso di A._ SA, confermando l'originaria decisione di diniego dell'omologazione (incarto C-4687/2010). B. Parallelamente alla domanda relativa a B._, il 20 dicembre 2002 A._ SA ha chiesto a Swissmedic la registrazione di C._, 0,5 %, 1 % e 2 %. Swissmedic ha in questo caso risposto affermativamente alla richiesta di A._ SA, dapprima escludendo l'applicazione intratecale (decisione del 22 settembre 2006); esso ha poi deciso di omologare il C._ anche per uso intratecale (decisione del 16 giugno 2009). Con atto del 10 luglio 2009 (da cui risulta che A._ SA aveva in precedenza rinunciato all'uso intratecale del preparato allo 0,5 % e all'1 %), Swissmedic ha tuttavia revocato la propria decisione del 16 giugno 2009 osservando che la domanda di registrazione del 20 dicembre 2002 concernente C._ per uso intratecale dovesse essere sospesa fino alla conclusione della vertenza relativa al preparato B._. Anche detta decisione è stata successivamente oggetto di un ricorso al Tribunale amministrativo federale. Congiunta la procedura con quella di cui si è detto nel consid. A, sempre con sentenza del 26 settembre 2012 il Tribunale amministrativo federale ha infine respinto anche il ricorso contro la decisione di revoca del 10 luglio 2009 (incarto C-4853/2009). C. A._ SA ha impugnato il giudizio del Tribunale amministrativo federale, concernente le due procedure menzionate, con ricorso in materia di diritto pubblico del 31 ottobre 2012 davanti al Tribunale federale. Per quanto attiene alla causa C-4687/2010, in riforma dello stesso, chiede che la richiesta di omologazione di B._ sia accolta o, in subordine, che l'incarto sia rinviato all'autorità inferiore per completare l'istruttoria. Circa la causa C-4853/2009, sempre in riforma del giudizio impugnato, domanda invece che la decisione di revoca dell'omologazione di C._ del 10 luglio 2009 di Swissmedic sia annullata. Il Tribunale amministrativo federale e il Dipartimento federale dell'interno hanno rinunciato a presentare osservazioni mentre Swissmedic ha postulato che, nella misura in cui sia ammissibile, il ricorso sia respinto. All'11 gennaio 2013 risalgono ulteriori osservazioni depositate dalla ricorrente, di cui verrà detto, per quanto necessario, più oltre.