Fatti: A. Il 9 dicembre 2008 l'avv. B._ ha segnalato alla Presidente dell'Ordine degli avvocati del Cantone Ticino il comportamento, secondo lui scorretto, dell'avv. A._. Nella segnalazione rilevava che il 27 giugno 2008 il collega aveva, in veste di notaio, rogato una convenzione di separazione dei beni tra i coniugi C.D._ e C.E._, che regolava anche i reciproci rapporti di dare e avere al momento dello scioglimento dell'unione coniugale, nonché perfezionato l'atto di compravendita dell'abitazione coniugale, di proprietà della moglie. Osservava poi che inizio settembre 2008 era stato contattato da C.E._ per rappresentarlo nell'ambito di una causa di separazione e/o divorzio dalla moglie, la cui richiesta di stipulare la convenzione di separazione dei beni con conseguente liquidazione dei reciproci rapporti finanziari tra coniugi costituiva il primo passo in tal senso. Affermava poi che nel corso dell'unico colloquio avuto con C.D._, per verificare se era possibile giungere ad un accordo sugli aspetti economici della separazione, aveva da lei appreso che era rappresentata dall'avv. A._. Per concludere adduceva di avere inoltrato il 24 novembre 2008 un'istanza di misure a protezione dell'unione coniugale, che doveva essere discussa in Pretura il 18 dicembre successivo. B. Ricevute le osservazioni dell'avv. A._, la Presidente dell'Ordine degli avvocati ha trasmesso la segnalazione alla Commissione di disciplina dell'Ordine degli avvocati del Cantone Ticino. Detta autorità, dopo avere notificato all'interessato l'apertura di un procedimento disciplinare e avergli dato la possibilità di esprimersi, ciò che ha fatto il 14 gennaio 2009, lo ha condannato il 5 marzo 2009 al pagamento di una multa disciplinare di fr. 800.-- per violazione dei propri doveri professionali, segnatamente per aver contravvenuto al divieto di doppio patrocinio. Il successivo ricorso interposto contro tale provvedimento è stato respinto dalla Camera per l'avvocatura e il notariato del Tribunale d'appello ticinese il 19 maggio 2009. C. Il 25 giugno 2009 l'avv. A._ ha presentato dinanzi al Tribunale federale un ricorso in materia di diritto pubblico con cui chiede che la sentenza cantonale sia annullata, subordinatamente che la sanzione disciplinare sia limitata ad un avvertimento. Censura l'erronea applicazione dell'art. 12 lett. c della legge federale del 23 giugno 2000 sulla libera circolazione degli avvocati (LLCA; RS 935.61). Chiamati ad esprimersi, la Commissione di disciplina, la Camera per l'avvocatura e il notariato e l'Ufficio federale di giustizia hanno rinunciato a presentare osservazioni.