Fatti: A. A._ Sagl è titolare dell'autorizzazione a gestire il ristorante B._ di X._. L'esercizio pubblico, situato nella zona residenziale semi-estensiva, dispone di 62 posti interni e di 12 camere, dotate di 20 posti letto. Con rapporto del 29 luglio 2009, il distaccamento speciale della Polizia cantonale proposto alla prevenzione della tratta e dello sfruttamento degli esseri umani (TESEU) ha segnalato al Municipio d'aver accertato che nelle camere annesse all'esercizio pubblico veniva sistematicamente praticata la prostituzione. Nel quadro di un controllo effettuato il 6 giugno 2007, era stata rilevata la presenza di nove donne straniere non accompagnate. Il 6 novembre 2009, il Municipio ha ordinato a A._ Sagl di sospendere immediatamente l'esercizio della prostituzione nello stabile e di ripristinare l'uso autorizzato con la licenza edilizia, ritenendo che l'attività praticata abusivamente costituisse un cambiamento di destinazione inconciliabile con la destinazione della zona, nella quale sono vietate le attività moleste. B. A._ Sagl è insorta dinanzi al Consiglio di Stato del Cantone Ticino, contestando l'esistenza di un cambiamento di destinazione. Nel frattempo, il 14 gennaio 2010, il distaccamento TESEU ha effettuato un'ulteriore ispezione, accertando la presenza di dieci cittadine straniere, nove delle quali provenienti dal Brasile. Il 27 aprile 2010 il Governo cantonale, ritenuta sufficientemente provata l'esistenza di un cambiamento di destinazione, ha respinto il gravame, escludendo a priori la possibilità di rilasciare una licenza edilizia in sanatoria. Con giudizio del 24 gennaio 2011, il Tribunale cantonale amministrativo ha respinto un ricorso dell'insorgente. C. Avverso questa decisione A._ Sagl presenta un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiede, in via principale, di annullarla, e, in via subordinata, di invitare le autorità inferiori a procedere a una nuova valutazione delle prove. Non sono state chieste osservazioni, ma è stato richiamato l'incarto cantonale.