Fatti: A. A._, nato nel 1956, è autista di professione. Con scritto del 17 gennaio 2011 il medico cantonale, sulla base dell'art. 14 cpv. 4 LCStr, ha indicato alla Sezione della circolazione che nei confronti del citato autista erano state sollevate importanti riserve in merito alla sua capacità di condurre con sicurezza veicoli a motore. Aveva infatti ricevuto segnalazioni da operatori sanitari circa la presenza di pesanti indizi che farebbero temere un elevato rischio di calo della vigilanza, forse anche di addormentamento, durante la guida. Il 21 gennaio 2011 la menzionata Sezione, condiviso il suggerimento del medico sulla necessità di effettuare opportuni accertamenti per determinare preventivamente il grado di idoneità alla guida, ha invitato l'interessato a sottoporsi a un test del mantenimento della vigilanza presso il Neurocentro dell'ospedale Civico di Lugano e a presentare il relativo rapporto medico specialistico entro 30 giorni, pena il ritiro cautelare della licenza di condurre. B. Il 3 febbraio 2011 l'interessato ha trasmesso all'autorità copia del certificato 27 gennaio 2011 del dr. B._, medico generico, attestante la scomparsa della sonnolenza, una volta sospesa l'assunzione del farmaco Citalopram. Il medico cantonale ha nondimeno ribadito la necessità di effettuare l'esame specialistico. Con decisione del 3 marzo 2011 la Sezione della circolazione ha imposto all'interessato di sottoporvisi e di presentare il relativo referto medico, negando a un eventuale ricorso l'effetto sospensivo. C. Il 18 marzo 2011 l'autista è insorto dinanzi al Consiglio di Stato, adducendo che, nonostante i certificati medici prodotti, il gravame manteneva il suo interesse attuale in vista di un'eventuale causa di risarcimento per i costi legali e medici. Il 29 aprile 2011 egli si è poi sottoposto a un esame presso il Centro di pneumologia dell'Ospedale universitario di Zurigo. Il 4 maggio seguente il Presidente del Governo ha negato la restituzione dell'effetto sospensivo all'impugnativa. Il 20 settembre 2011 il Governo ha stralciato il ricorso dai ruoli, siccome divenuto privo di oggetto. Con giudizio del 13 marzo 2012 il Tribunale cantonale amministrativo ha respinto un ricorso dell'interessato. D. A._ impugna questa decisione con un ricorso in materia costituzionale al Tribunale federale. Chiede di annullarla e di rinviare l'incarto alla Corte cantonale per nuova decisione dopo aver assunto le prove da lui proposte e avere esaminato nel merito le sue censure. Non sono state chieste osservazioni al gravame, ma è stato richiamato l'incarto cantonale.