Fatti: A. A.a V._ è impiegato presso l'Amministrazione federale delle dogane (AFD) dal 1986 quale guardia di confine presso diversi valichi del Canton Ticino. Dal dicembre 2001 ha assunto la funzione di capogruppo presso la Centrale d'intervento di X._. A.b In seguito alla riorganizzazione denominata "innova", nel cui ambito le funzioni di capogruppo e operatore presso la Centrale d'intervento, per cui aveva postulato nel corso del mese di luglio 2006, erano state riattribuite ad altri pretendenti, V._ è stato riassegnato al Posto internazionale di X._ in qualità di guardia di confine con effetto dal 1° gennaio 2007, in base al contratto sottoscritto il 23 novembre 2006. A.c In occasione del colloquio intervenuto il 2 novembre 2006 V._ aveva nel frattempo informato il datore di lavoro di essere affetto, sin dal 1999, da vasocostrizione da freddo, e meglio da disturbi circolatori provocati dall'esposizione al freddo, che gli precludevano lo svolgimento di attività lavorativa all'esterno (statica e mobile). Per contro il medico curante aveva attestato una capacità lavorativa del 100% in attività da svolgere all'interno. Gli accertamenti esperiti da "MedicalService", su richiesta del datore di lavoro, hanno confermato la diagnosi e attestato l'incapacità di svolgere integralmente la funzione di guardia di confine armata. A.d Per i motivi suddetti in data 31 gennaio 2007 l'interessato ha chiesto il trasferimento al Posto guardie di confine di A._ rispettivamente alla Centrale d'impiego, che è stato respinto, in quanto ritenuto inadeguato al suo stato di salute. In occasione del colloquio intervenuto il 2 maggio 2007, il datore di lavoro ha quindi proposto a V._ di effettuare una prova di lavoro consistente in attività all'esterno durante il periodo caldo (servizio statico) e all'interno durante quello freddo, alfine di verificarne la compatibilità con lo stato di salute. Il datore di lavoro si è pure impegnato ad informarsi sulla possibilità di trasferirlo presso il Servizio civile. La relativa richiesta è stata tuttavia respinta. In data 1° giugno 2007 V._ ha contestato il provvedimento pronunciato in data 25 maggio 2007 dalla Regione guardie di confine IV tendente all'esecuzione della preannunciata prova di lavoro durante i mesi da giugno ad agosto, ritenuto inammissibile un servizio statico, che avrebbe accentuato i dolori alle estremità. Con certificato del 6 giugno 2007 pure il medico curante ha ribadito che il servizio esterno non era più adeguato sia d'estate che d'inverno. Ritenuto l'interessato non più idoneo per il servizio di sorveglianza armato quale guardia di confine, il datore di lavoro ha quindi ulteriormente verificato, in seguito ad un colloquio intervenuto il 9 novembre 2007, in cui l'assicurato aveva chiesto di essere attribuito quale sovvrannumerario alla Centrale di intervento, invano, la possibilità di impiegarlo presso il Servizio civile rispettivamente, con compiti alternativi, nel Corpo guardie di confine presso la regione Y._ o presso il Posto internazionale. Pure i concorsi interni inoltrati nel corso del 2007 (collaboratore della Sezione esercizio, nella funzione di capocancelleria, rispettivamente di impiegato amministrativo, operatore e segretario), non hanno prodotto l'esito sperato. A.e Ritenuta l'impossibilità di reintegrare V._ in un'attività confacente, in data 18 settembre 2008 il Comando regione guardie di confine IV lo ha informato dell'intenzione di sciogliere il rapporto di lavoro, accordandogli il diritto di audizione. Con decisione formale del 9 ottobre 2008 il Comando Regione Y._ ha quindi disdetto, con effetto dal 30 aprile 2009, il rapporto di lavoro concluso con V._. Dal canto suo in data 4 novembre 2008 l'interessato ha interposto opposizione tramite l'avv. Rosemarie Weibel. L'incarto è poi stato trasmesso alla Direzione generale delle dogane (DGD), la quale, con decisione del 24 aprile 2009, ha confermato il provvedimento amministrativo impugnato, togliendo l'effetto sospensivo ad un eventuale ricorso. B. Avverso la citata decisione V._, sempre rappresentato dall'avv. Weibel, ha interposto ricorso di diritto amministrativo al Tribunale amministrativo federale con domanda di provvedimento supercautelare, postulando in ordine il conferimento dell'effetto sospensivo al ricorso e nel merito l'annullamento della decisione di scioglimento del rapporto di lavoro del 9 ottobre 2008. Con giudizio del 26 agosto 2009 il Tribunale amministrativo federale (TAF) ha respinto il ricorso, non ritenendo né arbitraria né inadeguata la decisione amministrativa impugnata. C. Contro quest'ultima pronuncia, ancora rappresentato dall'avv. Weibel, V._ insorge con ricorso in materia di diritto pubblico con domanda supercautelare al Tribunale federale, chiedendo in ordine il conferimento dell'effetto sospensivo al ricorso, e nel merito, l'accoglimento, con conseguente annullamento della decisione di scioglimento del rapporto di lavoro del 9 ottobre 2008. Dei motivi si dirà, se necessario, nei considerandi di diritto. Chiamati a pronunciarsi, il TAF ha rinunciato ad esprimersi, mentre l'Amministrazione federale delle dogane ha proposto di respingere il ricorso. Con decreto del 5 novembre 2009 il giudice delegato ha accolto la richiesta di attribuire effetto sospensivo al ricorso.