Fatti: A. Il 24 dicembre 2004 il Capo del Dipartimento federale delle finanze ha autorizzato l'Amministrazione federale delle contribuzioni (AFC) ad aprire un'inchiesta fiscale speciale nei confronti degli avvocati A.A._ e B.A._, quest'ultima titolare di uno studio legale e notarile a Lugano. Il legale è sospettato d'aver commesso gravi infrazioni fiscali ai sensi dell'art. 190 della legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD; RS 642.11), per aver sottaciuto al fisco federale una parte importante della sua sostanza e dei suoi redditi imponibili, ricorrendo in particolare a conti bancari non dichiarati intestati a società di tipo "off-shore". Egli avrebbe inoltre partecipato a reati fiscali commessi da C._, mentre B.A._ avrebbe partecipato a quelli commessi dal marito. B. Il 2/3 febbraio 2005 la Divisione delle inchieste speciali dell'AFC ha perquisito lo studio legale e sequestrato numerosi documenti cartacei e informatici, posti sotto suggello. Con sentenza dell'8 agosto 2005 la Corte dei reclami penali del Tribunale penale federale ha accolto una richiesta di levata dei sigilli presentata dall'AFC, stabilendo per la cernita, da effettuare dalla Corte medesima, una procedura in tre fasi, confermata il 6 febbraio 2006 dal Tribunale federale (DTF 132 IV 63). Questa procedura prevede dapprima la separazione dei documenti utili all'inchiesta da quelli che non lo sono, la distinzione in seguito di quelli coperti dal segreto professionale dell'avvocato da quelli che non lo sono e, infine, per i documenti restanti e utili all'inchiesta, a protezione dei clienti, la depennazione o la codificazione, se del caso, dei loro nomi, facendo capo, se necessario, alla collaborazione di un esperto. C. Durante la riunione dell'8 giugno 2006, considerata la voluminosa documentazione sequestrata (126 cartoni) e le insormontabili divergenze sull'utilità o no della documentazione, il giudice delegato ha comunicato alle parti che la Corte avrebbe statuito autonomamente su tutti gli incarti sequestrati. Le parti hanno dichiarato il loro accordo al proposito, rinunciando alla procedura in contraddittorio. Con decisioni del 14, 28 settembre e 31 ottobre 2006 la Corte ha statuito sulla maggior parte della documentazione dissuggellata, decidendo quali incarti erano necessari ai fini dell'inchiesta e quali dovevano essere restituiti, poiché inutili, ai proprietari. D. Con giudizio del 20 febbraio 2007, la I Corte dei reclami penali (I CRP), ritenendo impossibile distinguere i clienti protetti dal segreto professionale dell'avvocato da quelli non protetti, ha accolto la richiesta di versare agli atti tutti i documenti ancora in sospeso concernenti la contabilità dello studio legale. Mediante sentenza 1B_47/2007 del 28 giugno 2007 il Tribunale federale ha accolto, in quanto ammissibile, un ricorso dei coniugi A._ e ha annullato questa decisione, rilevando che l'istanza inferiore doveva procedere, in applicazione della procedura in tre fasi da essa proposta, alla necessaria cernita. In seguito la Corte ha invitato l'AFC a esprimersi sui documenti ancora in sospeso: i legali hanno prodotto listati contenenti i nomi dei clienti da loro ritenuti protetti dal segreto professionale. E. Il 12 novembre 2007 la I CRP ha statuito su tutti gli incarti bancari restanti. Essa, ritenuti poco precisi i listati prodotti dai legali, ha sostenuto che l'individuazione di relazioni attinenti all'attività tipica dell'avvocato e l'anonimizzazione dei relativi documenti implicherebbe un considerevole investimento di tempo, che non potrebbe esserle imposto, mentre il ricorso a un esperto esterno, trattandosi peraltro di una questione di diritto, comporterebbe onorari sproporzionati. Rilevato che l'anonimizzazione non poteva quindi essere pretesa, essa ha suddiviso gli incarti in due categorie: quelli inerenti ai conti propri degli indagati (conti privati o dello studio legale) sono stati versati agli atti, ma limitatamente agli estratti bancari trimestrali o semestrali, e anonimizzati sulla base dei citati listati, senza la verifica effettiva dell'esistenza di un segreto da proteggere; gli altri atti e quelli antecedenti al 1993 sono stati restituiti agli inquisiti. Gli incarti concernenti i conti clienti sono stati versati agli atti in forma non anonimizzata, poiché il contrario avrebbe costituito una misura troppo dispendiosa e sproporzionata: è stato nondimeno vietato all'AFC di utilizzarli o di trasmetterli a terzi per altre procedure senza il consenso della Corte. L'incarto S344, concernente operazioni immobiliari, è stato versato agli atti. Il dispositivo del giudizio impugnato ha il seguente tenore: "1. I seguenti incarti devono essere restituiti, ai sensi dei considerandi, agli indagati: S337, S352, S329, S396 (parziale), S317 (parziale), S319, S384, S368, S373 (parziale), S406, S407, S327, S28 (parziale), S21 (parziale), S308, S312 (parziale), S19 (parziale), S417 (parziale). 2. I seguenti incarti unitamente agli estratti bancari riassuntivi relativi agli incarti di cui al punto 1 del dispositivo, devono essere versati agli atti, ai sensi dei considerandi: S336, S19 (parziale), S14, S331, S330, S335, S396 (parziale), S400, S388, S373 (parziale), S404, S362, S354 S355, S323, S326, S324, S389, S28 (parziale), S26, S415 S416, S314, S313, S312 (parziale), S363, S344. 3. L'utilizzo o la trasmissione a terzi, per altre procedure, di documenti o informazioni concernenti clienti degli indagati provenienti dagli atti di cui al punto 2 del presente dispositivo è proibito in assenza di nuove decisioni da parte della I Corte dei reclami penali. 4. (spese)". F. Avverso questo giudizio l'AFC presenta un ricorso in materia penale al Tribunale federale. Chiede, in via cautelare, di concedere l'effetto sospensivo al gravame e di congiungere i susseguenti ricorsi che saranno inoltrati; in via principale, di annullare la decisione impugnata e, in sostanza, di versare agli atti del procedimento penale in forma integrale e non anonimizzata tutti i documenti bancari, in particolare gli estratti e gli avvisi di accredito e di addebito dei conti di cui lo studio legale e gli imputati erano personalmente titolari, con il citato divieto di utilizzarli in altri procedimenti; in via subordinata, postula di versarli in maniera anonimizzata. La I CRP chiede la reiezione, in quanto ammissibile, del ricorso. I coniugi A._ postulano, proceduralmente, di stralciare dall'incarto gli allegati n. 2 a 6 prodotti dalla ricorrente, in via principale, di dichiarare inammissibile il ricorso e, in via subordinata, di respingerlo. Al ricorso è stato conferito effetto sospensivo in via superprovvisionale. La citata decisione è stata impugnata anche dagli avvocati A.A._ e B.A._ (causa 1B_286/2007 decisa in data odierna).