Fatti: A. Il 22 giugno 2007 la A._SA ha presentato al Municipio di Ascona una domanda di costruzione per la demolizione degli edifici esistenti e l'edificazione di un complesso residenziale di 16 appartamenti sui fondi part. n. 1732 e 3138 di Ascona, situati su un terreno parzialmente in pendio. Il progetto prevede la realizzazione di cinque stabili distinti, di cui tre compatti (A, B e C), situati nella parte superiore del terreno, e due longilinei (D ed E), inseriti nel pendio a sud. La parte est della particella n. 3138 è parzialmente ricoperta da due aree boschive, l'una di 1'305 m2 e l'altra di 579 m2. Una porzione di questa superficie boschiva è toccata dal progetto, segnatamente per quanto riguarda gli edifici C e D. Contestualmente alla domanda di costruzione, allo scopo di rispettare per tutti gli edifici la distanza minima di 10 m dal bosco, la società interessata ha presentato un'istanza di dissodamento, con un progetto di rimboschimento compensativo, concernente una superficie boschiva di complessivi 467 m2. B.B._ e C.B._, proprietari di un fondo confinante, si sono opposti alla domanda. Acquisito il preavviso favorevole dell'autorità cantonale, il 29 febbraio 2008 il Municipio ha rilasciato la licenza edilizia, respingendo nel contempo l'opposizione dei vicini. Con decisione del 22 aprile 2009, il Consiglio di Stato del Cantone Ticino ha respinto un loro ricorso contro la risoluzione municipale. B. Adito dagli opponenti, il Tribunale cantonale amministrativo ne ha parzialmente accolto il ricorso con sentenza del 10 agosto 2009, annullando la decisione governativa e la licenza edilizia nella misura in cui concerneva gli edifici C e D e rinviando gli atti al Governo perché si pronunciasse nuovamente dopo avere completato gli accertamenti sull'impianto di riscaldamento. La Corte cantonale ha in particolare negato l'esistenza dei requisiti per il dissodamento, non essendo dati gravi motivi preponderanti rispetto alla conservazione della foresta, né essendo adempiuta la condizione dell'ubicazione vincolata. C. La A._SA impugna questa sentenza con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo di annullare i dispositivi sul diniego della licenza edilizia per gli edifici C e D e sulla ripartizione della tassa di giustizia e delle ripetibili. La ricorrente fa valere la violazione del diritto federale, ritenendo in particolare che in concreto sarebbero realizzati gli estremi per rilasciare l'autorizzazione di dissodamento richiesta. D. La Corte cantonale si riconferma nella sua sentenza. Il Consiglio di Stato e il Municipio di Ascona si rimettono al giudizio del Tribunale federale, mentre gli opponenti postulano la reiezione del gravame. Invitato ad esprimersi sul ricorso, l'Ufficio federale dell'ambiente comunica di ritenere conforme al diritto federale la sentenza impugnata.