Fatti: A. Con decisione del 18 gennaio 2012 il Consiglio di Stato del Cantone Ticino, per il tramite della Sezione amministrativa del Dipartimento dell'educazione, della cultura e dello sport, ha aperto nei confronti di L._, un procedimento amministrativo, immediatamente sospeso nell'attesa delle risultanze del procedimento penale avviato a carico di un suo collega docente e allenatore di nuoto per l'ipotesi di molestie e abusi sessuali commessi negli anni ottanta su ex allievi e nuotatori. B. L._ si è aggravato al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino chiedendo in sostanza l'annullamento della risoluzione governativa. Con pronuncia del 26 luglio 2012 la Corte cantonale ha dichiarato inammissibile il ricorso, poiché il provvedimento litigioso doveva essere qualificato quale decisione incidentale non suscettibile di causare all'insorgente un pregiudizio irreparabile sia per quanto concerneva l'apertura del procedimento amministrativo, sia per quanto riguardava la sospensione dello stesso. C. Patrocinato dall'avv. Mario Branda, L._ ha presentato ricorso in materia costituzionale al Tribunale federale, al quale, protestate spese e ripetibili, chiede di annullare il giudizio cantonale e di rinviare gli atti alla precedente istanza affinché si pronunci sul merito del gravame interposto contro la risoluzione governativa. Dei motivi si dirà, per quanto occorra, nei considerandi. Il Consiglio di Stato propone la reiezione del gravame, mentre il Tribunale cantonale amministrativo si riconferma nelle conclusioni del suo giudizio. D. Con decreto dell'11 dicembre 2012 il Tribunale federale ha sospeso la procedura in corso fino ad evasione, da parte del Tribunale cantonale amministrativo, di una domanda di revisione parallelamente presentata dal ricorrente contro la pronuncia del 26 luglio 2012. La procedura è stata riattivata con decreto del 25 gennaio 2013, dopo che la Corte cantonale ha comunicato al Tribunale federale di aver respinto l'istanza. E. Il 7 febbraio 2013 il Ministero pubblico ha emanato nei confronti del ricorrente un decreto di non luogo a procedere per titolo di favoreggiamento e complicità in atti sessuali con fanciulli. Su richiesta del Tribunale federale, il Consiglio di Stato ha comunicato di avere riattivato il 12 febbraio 2013 il procedimento controverso. Con scritto 8 aprile 2013, il ricorrente ha informato questa Corte di intendere mantenere il proprio ricorso, rivolto pure avverso l'apertura del procedimento amministrativo nei suoi confronti.