Fatti: A. L'art. 30 cpv. 4 del "Regolamento Organico cantonale per il personale occupato presso le Case per anziani" (ROCA), edizione 2008, prevede che le indennità notturne e festive non sono riconosciute in caso di malattia, infortunio e vacanze. L'11 febbraio 2009 due sindacati si sono rivolti alla Commissione paritetica cantonale delle Case per anziani (qui di seguito: Commissione paritetica), affinché questa verifichi se il predetto contratto collettivo di lavoro (CCL) sia conforme alla DTF 132 III 172 concernente il salario (da pagare durante le vacanze) determinante ai sensi dell'art. 329d cpv. 1 CO. Il 16 marzo 2009 la Commissione paritetica ha deciso "di far applicare" dal 1° gennaio 2008 la menzionata sentenza del Tribunale federale in merito al pagamento delle indennità per lavoro festivo e notturno durante le assenze pagate del dipendente, precisando che l'applicazione viene finanziata nel quadro del contratto di prestazione (punto n. 1), di subordinare il pagamento di tali indennità arretrate nel periodo 2003-2007 all'approvazione da parte del Cantone Ticino di un credito supplementare per il sussidiamento delle case per anziani, specificando che in caso di mancata o parziale approvazione il tema verrà ridiscusso (punto n. 2). Nel punto 3 della sua decisione, la Commissione paritetica ha precisato che quanto precede vale per il personale ancora in servizio presso le case per anziani, mentre il personale nel frattempo partito deve avanzare una richiesta di rimborso e ha indicato che l'importo annuale supplementare da versare al dipendente va calcolato con la seguente formula: indennità festive e notturne versate durante l'anno in franchi moltiplicate con le ore di assenza giustificate annuali divise dalle ore di presenza annuali. B. A._, B._, C._ e D._ - case per anziani che hanno firmato individualmente il ROCA - sono insorte contro la summenzionata decisione alla Commissione speciale di ricorso ai sensi degli art. 68 cpv. 3 e 72 del ROCA (qui di seguito: Commissione speciale). Questa ha, quale tribunale arbitrale, parzialmente accolto i rimedi nel senso che ai dipendenti delle Case per anziani aderenti al ROCA è riconosciuto il pagamento del salario anche in caso di assenze pagate per vacanze, malattie e infortunio con effetto dall'11 febbraio 2009, che sono riconosciute indennità arretrate per il periodo 12.2.2004 - 10.2.2009 alle medesime condizioni già stabilite al punto n. 2 della decisione della Commissione paritetica e ha lasciato sostanzialmente invariato il dispositivo n. 3 di tale decisione. Il Tribunale arbitrale ha reputato che, alla luce della citata DTF, l'art. 30 cpv. 4 ROCA si rivela contrario all'art. 329d cpv. 1 CO con riferimento alla retribuzione delle vacanze e quindi nullo. Esso ha poi indicato che nell'art. 43 ROCA era stato introdotto il diritto al salario completo nel caso di malattia e infortunio, motivo per cui ha ritenuto che la Commissione paritetica - considerata competente per pronunciarsi sull'interpretazione e applicazione del CCL in caso di contrasti fra le varie disposizioni - ha correttamente risolto il conflitto con l'art. 30 cpv. 4 ROCA. C. Con ricorso in materia civile del 16 agosto 2011 le predette case per anziani chiedono al Tribunale federale di annullare il summenzionato lodo arbitrale pronunciato dalla Commissione speciale. Le ricorrenti invocano l'art. 393 lett. e CPC (RS 272) e affermano che le menzionate Commissioni non hanno la competenza di annullare, rispettivamente di cambiare una norma del ROCA. Una modifica di quest'ultimo, trattandosi di un contratto collettivo di lavoro, richiederebbe invece la firma di tutti i contraenti. Le ricorrenti sostengono che la decisione impugnata si appalesa arbitraria e viola in modo manifesto non solo l'art. 356c CO, ma pure l'art. 329d cpv. 1 CO. La Commissione speciale postula, con osservazioni 16 settembre 2011, la reiezione del ricorso e la conferma del lodo. Con risposta 3 ottobre 2011 pure la Commissione paritetica propone la reiezione del ricorso. Afferma di aver avuto la competenza di emanare la propria decisione, perché questa attiene alla "corretta applicazione del ROCA, conformemente al diritto imperativo del CO" e assevera che la natura del lavoro svolto dal personale delle case per anziani impone a questo di effettuare in ampia misura e con regolarità lavoro straordinario, notturno, festivo e di picchetto.