Fatti: A. Mediante decisione dell'11 gennaio 2010 l'allora Ufficio dell'assicurazione malattia del Cantone Ticino (UAM; ormai parzialmente integrato nell'Ufficio dei contributi dell'Istituto cantonale delle assicurazioni sociali) ha dichiarato irricevibile, in quanto tardivo, il reclamo presentato il 24 novembre 2009 (timbro postale) da P._, frontaliere italiano, contro la decisione con cui l'amministrazione l'aveva, con atto del 1° ottobre 2009, affiliato d'ufficio all'assicurazione obbligatoria svizzera contro le malattie per non avere esercitato per tempo, neppure nel termine supplementare di sanatoria concesso dalle autorità elvetiche, il suo diritto d'opzione in favore del sistema sanitario italiano. B. Adito dall'interessato, il Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino ne ha respinto il gravame per pronuncia del 13 aprile 2011. Accertata l'avvenuta intimazione, il 5 ottobre 2009, della decisione di affiliazione d'ufficio, i giudici cantonali hanno confermato la tardività del reclamo. C. P._ ha interposto ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale al quale chiede di annullare il giudizio cantonale e con esso l'affiliazione d'ufficio all'assicurazione svizzera contro le malattie. In via subordinata domanda di rinviare la causa al Tribunale cantonale oppure all'amministrazione per nuova decisione. Non sono state chieste osservazioni al gravame.