Fatti: A. Con decisione del 26 ottobre 2012, non ravvisando fatti di rilevanza penale, il Procuratore pubblico ha decretato il non luogo a procedere in ordine alla denuncia presentata il 18 ottobre 2012 da A._ nei confronti di due minori, della loro madre e del loro nonno, per diversi reati contro l'onore ed altro. B. A._ ha reagito con uno scritto intitolato "istanza di ricusa", trasmesso dal Procuratore pubblico per competenza alla Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino (CRP), unitamente a una sua presa di posizione. La CRP ha invitato A._ a indicare se il suo memoriale fosse da considerare come un reclamo contro il decreto di non luogo a procedere e, se del caso, a emendarlo, in quanto non adempiva le esigenze legali di motivazione. Gli ha inoltre dato la possibilità di esprimersi sullo scritto del Procuratore pubblico, in merito al quale A._ ha in seguito presentato le proprie osservazioni. Di fronte alla persistente difficoltà di capire i reali propositi di A._, la CRP ha esaminato il suo scritto nella doppia ottica di reclamo contro il decreto di non luogo a procedere e di istanza di ricusa nei confronti del Procuratore pubblico che l'ha emanato. Con un'unica sentenza del 30 novembre 2012, la CRP ha dichiarato irricevibile il reclamo e respinto, per quanto ricevibile, l'istanza di ricusa, ponendo la tassa di giustizia e le spese di fr. 500.-- a carico di A._. C. Avverso questo giudizio A._ insorge al Tribunale federale, postulando la ricusa dei giudici della CRP e l'accoglimento della sua istanza di ricusa del Procuratore pubblico. Domanda inoltre di essere posto a beneficio dell'assistenza giudiziaria.