Fatti: A. In data 10 gennaio 2005, S._, nata nel 1969, all'epoca dei fatti alle dipendenze della ditta X._ SA in qualità di operaia a tempo pieno e della ditta Y._ SA quale addetta alle pulizie a tempo parziale (15 ore settimanali), e in quanto tale assicurata d'obbligo contro gli infortuni presso l'Istituto nazionale svizzero di assicurazione contro gli infortuni (INSAI), è rimasta coinvolta in un incidente della circolazione a seguito del quale ha riportato in particolare una contusione cervicale e toracica. L'INSAI ha assunto il caso e corrisposto le prestazioni di legge. S._ ha ripreso l'attività secondaria presso la Y._ SA il 5 aprile 2005 e l'attività principale presso la X._ SA al 100% il 15 aprile successivo. Dopo avere, il 14 marzo 2006, dichiarato voler chiudere il caso, misura cui l'assicurata si è opposta trasmettendo, in data 17 aprile 2007, il rapporto medico di un esperto consultato privatamente e chiedendo il riconoscimento di ulteriori prestazioni, con decisione del 17 settembre 2007, confermata il 9 giugno 2008 anche in seguito all'opposizione dell'interessata, l'INSAI, preso atto delle conclusioni espresse dal proprio medico di circondario e dalla Divisione medica di Lucerna, ha negato ogni ulteriore obbligo contributivo a dipendenza dell'infortunio in oggetto ritenendo non sussistere il necessario nesso di causalità con i disturbi ancora accusati. In ogni caso, anche qualora si avesse voluto, per ipotesi, ammettere l'esistenza di un rapporto causale naturale, avrebbe comunque fatto difetto il nesso di causalità adeguata con l'evento in parola. B. Patrocinata dall'avv. Marco Cereghetti, S._ si è aggravata al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino chiedendo il riconoscimento del nesso causale tra l'evento del 10 gennaio 2005 e i disturbi accusati, con conseguente assegnazione di ulteriori prestazioni. Rilevata l'assenza, alla data di chiusura del caso da parte dell'INSAI, di postumi organici oggettivabili e negata per il resto l'esistenza di un nesso di causalità adeguata tra i sintomi lamentati e l'evento in oggetto, classificato, come dall'assicuratore resistente, nella categoria degli infortuni di media gravità al limite di quelli leggeri, la Corte cantonale, statuendo per giudice unico, ha respinto il gravame per pronuncia del 2 aprile 2009. C. Sempre rappresentata dall'avv. Marco Cereghetti, l'assicurata ha interposto ricorso al Tribunale federale, al quale, protestate spese e ripetibili, ribadisce le proprie richieste di sede cantonale; in via subordinata, domanda il rinvio degli atti all'istanza precedente, rispettivamente all'INSAI, per complemento istruttorio e nuova decisione. L'INSAI propone la reiezione del gravame, mentre l'Ufficio federale della sanità pubblica ha rinunciato a determinarsi.