Fatti: A. Il 27 gennaio 2009 agenti del distaccamento speciale della polizia cantonale preposto alla prevenzione della tratta e dello sfruttamento degli esseri umani (TESEU), coadiuvati da tre agenti della gendarmeria territoriale e da cinque agenti delle polizie comunali del Piano del Vedeggio, hanno ispezionato l'osteria con alloggio B._ a Y._, sospettata di fungere, in realtà, da postribolo. Gli agenti hanno scattato fotografie dei luoghi, ispezionato i locali dell'esercizio pubblico e proceduto all'identificazione di sette donne, tutte cittadine straniere, una delle quali, di nazionalità brasiliana, in possesso di un regolare permesso di dimora per l'esercizio della prostituzione. B. Con decisione del 27 maggio 2009 il Consiglio di Stato del Cantone Ticino ha dichiarato irricevibile un ricorso sottopostogli dalla A._SA, società che gestisce l'osteria con l'alloggio, nonché da tre persone residenti presso l'esercizio pubblico, ritenendo che il gravame non concerneva una decisione impugnabile, bensì un atto materiale di polizia. Adito dalla citata società, con giudizio del 12 ottobre 2010 il Tribunale cantonale amministrativo, ammessa la sua competenza, ha respinto il ricorso, confermando che il criticato controllo di polizia non costituisce una decisione formale ai sensi dell'art. 5 PA (RS 172.021), bensì un atto materiale di polizia. Ha nondimeno ritenuto che non spetta a lui designare l'autorità cantonale in grado di offrire un'adeguata protezione giuridica, limitandosi ad "immaginare" possibili autorità alle quali l'insorgente potrebbe rivolgersi allo scopo di provocare una decisione formale di accertamento, concludendo che altre soluzioni appaiono ugualmente "percorribili". C. Avverso questo giudizio la A._SA presenta un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiede di annullarla e di accertare in particolare la violazione degli art. 29a Cost., 6 e 8 CEDU, in via subordinata, di rinviare la causa al Tribunale cantonale amministrativo per nuovo giudizio. Il Consiglio di Stato, senza formulare osservazioni, si rimette al giudizio del Tribunale federale, mentre la Corte cantonale, anch'essa senza formulare osservazioni, si riconferma nella decisione impugnata.