Fatti: A. Con risoluzione del 16 maggio 1990 il Consiglio di Stato del Cantone Ticino ha approvato il piano regolatore del Comune di Locarno-Territorio sul Piano di Magadino (PR-PdM). Il piano degli edifici e delle attrezzature pubbliche e private d'interesse pubblico prevedeva, ad ovest della strada cantonale, un comparto formato dai fondi part. n. 4104, 4105 e 4109, allora di proprietà del Consorzio incenerimento rifiuti di Riazzino (CIR), destinato all'impianto di incenerimento (comparto CIR). Di fronte a questo comparto, sul lato opposto della strada cantonale, era prevista una zona industriale d'interesse cantonale (ZIIC), che si estendeva lungo la linea ferroviaria Locarno-Bellinzona. Vi erano in particolare inseriti anche i fondi part. n. 4298 e 4297, quest'ultimo di proprietà della A._SA, attiva nel campo della produzione cinematografica e televisiva (comparto A._SA). B. A seguito della cessazione dell'attività dell'impianto di incenerimento, il il Consiglio comunale di Locarno ha adottato il 17 novembre 2003 una variante di piano regolatore, che assegnava i fondi del comparto CIR a una nuova zona d'attività e di servizi speciale (ASs), disciplinata da un nuovo art. 38bis delle norme di attuazione del piano regolatore (NAPR). Con risoluzione del 14 dicembre 2004, parzialmente rettificata il 26 aprile 2005, il Consiglio di Stato ha approvato la variante, apportando alcune modifiche all'art. 38bis NAPR. C. Il 12 febbraio 2007 il Consiglio comunale ha adottato un'ulteriore variante di piano regolatore, che prevedeva di scorporare i fondi part. n. 4297 e 4298 (comparto A._SA) dalla zona ZIIC, per inserirle nella zona ASs situata oltre la strada cantonale. La variante era destinata a permettere la formazione di un posteggio Park and Rail (P+R) al servizio della nuova stazione ferroviaria di Riazzino e la realizzazione di un centro multimediale nel comparto A._SA. Il provvedimento pianificatorio comprendeva inoltre alcune modifiche dell'art. 38bis NAPR. D. Contro la variante sono insorti al Consiglio di Stato due titolari di un diritto di compera sui fondi del vicino comparto CIR e un privato cittadino. Con risoluzione del 19 dicembre 2007 il Governo ha approvato la variante, apportando alcune modifiche d'ufficio alla norma di attuazione del piano regolatore ed accogliendo nel contempo parzialmente i gravami. E. I già ricorrenti in prima istanza hanno impugnato la risoluzione governativa con distinti ricorsi dinanzi al Tribunale cantonale amministrativo. Nel corso della procedura, due gravami sono stati stralciati dai ruoli, mentre la B._ è subentrata a una ricorrente nella causa ancora pendente. Con sentenza del 27 dicembre 2012 la Corte cantonale ha accolto il ricorso ed ha annullato sia la decisione del 12 febbraio 2007 del Consiglio comunale di adozione della variante sia quella governativa del 19 dicembre 2007 di approvazione. La Corte cantonale ha ritenuto lesive del diritto, segnatamente dell'autonomia comunale, le modifiche apportate d'ufficio dal Governo all'art. 38bis NAPR e ha ritenuto la variante pianificatoria in contrasto con l'art. 21 cpv. 2 LPT. F. La A._SA impugna questa sentenza con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo in via principale di annullarla e di rinviare gli atti al Consiglio di Stato affinché approvi la variante così come adottata dal Consiglio comunale. In via subordinata, chiede di accertare una violazione del principio di celerità da parte della Corte cantonale per il ritardo nello statuire sul gravame. La ricorrente fa valere la violazione dell'art. 21 cpv. 2 LPT, l'accertamento arbitrario dei fatti, l'abuso del potere di apprezzamento, oltre alla violazione dell'autonomia comunale, della parità di trattamento e della garanzia della proprietà. G. La Corte cantonale si conferma nella sua sentenza. La Divisione dello sviluppo territoriale e della mobilità, in rappresentanza del Consiglio di Stato, chiede di respingere il ricorso. Il Municipio di Locarno si rimette al giudizio del Tribunale federale. La B._ chiede di respingere il gravame nella misura della sua ammissibilità. La ricorrente ha replicato il 10 maggio 2013 alle risposte presentate dall'opponente e dall'autorità cantonale.