Fatti: A. In seguito a una denuncia del 10 novembre 2006, il Procuratore pubblico del Cantone Ticino (PP) ha aperto un procedimento penale a carico di A._, che è stato arrestato il 23 aprile 2007 ed è rimasto in detenzione preventiva fino al 26 settembre 2007. Il procedimento è sfociato in un atto di accusa del 18 novembre 2009 per i titoli di truffa aggravata, infrazione aggravata alla legge federale sugli stupefacenti, falsità in certificati, ripetuta disobbedienza a decisioni dell'autorità, violazione della legge federale sugli agenti terapeutici e della legge federale sulla protezione dell'ambiente. All'accusato, che non avrebbe una formazione in medicina, è in sostanza rimproverato di avere esercitato abusivamente la professione di medico, praticando terapie invasive quali ozonoterapia e terapia neurale in condizioni igieniche precarie, ingannando i pazienti e mettendone in pericolo la salute. Il dibattimento dinanzi al Tribunale penale cantonale non è ancora stato svolto. B. Il 24 febbraio 2010 il PP ha aperto un ulteriore procedimento penale a carico di A._ in relazione a un suo "intervento medico" eseguito nel mese di novembre del 2009 su una paziente che avrebbe in seguito contratto una grave infezione, tale da esporla a pericolo della salute. Risultando che l'interessato aveva continuato a svolgere un'attività medica abusiva, egli è stato nuovamente arrestato il 6 aprile 2011. Un'istanza di carcerazione preventiva del PP è stata evasa l'8 aprile 2011 dal giudice dei provvedimenti coercitivi: in luogo della carcerazione sono state ordinate, quali misure sostitutive, il blocco dei documenti di identità e di legittimazione svizzeri e serbi, l'obbligo di non abbandonare il territorio ticinese, quello di annunciarsi giornalmente presso un posto di polizia stabilito dal PP, il divieto di avere contatti con pazienti "storici" e "potenziali", nonché i divieti di esercitare qualsiasi tipo di arte medica, tra cui l'ozonoterapia e la terapia neuronale, e di praticare iniezioni di ogni genere. Un reclamo presentato dal PP contro la decisione del giudice dei provvedimenti coercitivi è stato respinto dal Presidente della Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello (CRP) con decisione del 13 aprile 2011. A seguito di un'ulteriore istanza di carcerazione preventiva presentata dal PP e dopo una serie di atti che non occorre qui evocare, con decisione del 27 febbraio 2012 la CRP ha confermato le predette misure sostitutive e, quale misura sostitutiva aggiuntiva, ha vietato all'imputato di possedere, direttamente o indirettamente per il tramite di terzi, ogni e qualsiasi materiale sanitario in senso lato, ossia farmaci, strumenti medici o altri oggetti utilizzati per praticare l'arte medica. C. Con ordine di perquisizione e sequestro del 9 febbraio 2012, il PP ha disposto la perquisizione del domicilio dell'imputato, compresi tutti i locali a lui accessibili, in particolare i veicoli intestati ed in uso all'imputato, non presenti in occasione della perquisizione del 5 dicembre 2011. Ha contestualmente ordinato il sequestro di tutti gli oggetti rinvenuti che potessero avere importanza per l'istruzione del processo come mezzi di prova, quale garanzia dei costi del procedimento, da restituire ai danneggiati o soggetti a confisca. Il PP ha specificato che il provvedimento verteva su ogni oggetto e documentazione attestante l'esercizio di terapie invasive a danno di persone che lo credono un medico, quali materiale sanitario, strumenti per le terapie, attività di vendita di pastiglie dimagranti e documentazione bancaria relativa a conti su cui avrebbe occultato il provento dei reati. Il magistrato inquirente ha altresì precisato che occorreva sequestrare due autovetture appartenenti all'imputato, in considerazione dell'elevato rischio di recidiva e del fatto che il 7 febbraio 2012 la Sezione della circolazione gli aveva revocato la licenza di condurre a tempo indeterminato con effetto immediato. D. Contro l'ordine di perquisizione e di sequestro, l'imputato ha adito la CRP che, con sentenza del 27 marzo 2012, ha accolto in quanto ricevibile il reclamo. Ha annullato il provvedimento ed ha disposto l'immediato dissequestro delle due autovetture che frattanto, in esecuzione dell'ordine litigioso, erano state requisite dalla polizia cantonale. La Corte cantonale ha ritenuto abusivo il provvedimento siccome in realtà fondato sul fatto che l'autorità amministrativa aveva revocato all'interessato la licenza di condurre per la sua inidoneità alla guida. E. Il PP impugna il giudizio della CRP con un ricorso in materia penale al Tribunale federale, chiedendo di modificarlo nel senso di confermare l'ordine del 9 febbraio 2012 e di mantenere sotto sequestro i due veicoli. Il ricorrente fa valere la violazione del diritto federale. F. Invitati ad esprimersi sul ricorso, la CRP si rimette al giudizio del Tribunale federale, mentre l'imputato chiede di respingere il gravame.