Fatti: A. Il 4 marzo 2005 la ditta C._ ha presentato al Municipio di Arbedo-Castione una domanda di costruzione per la riattivazione di una cava situata sui fondi part. n. 31 e 173 dello stesso Comune, chiusa nel 1996 a seguito del fallimento della precedente proprietaria. La cava, ubicata a nord dell'abitato di Castione, sul lato est della strada cantonale, è inserita nella zona delle cave per quanto concerne la parte alta in cui viene estratta la roccia (part. n. 173) e nella zona per attività produttive J2 in corrispondenza del settore su cui sorgono gli impianti per la lavorazione del materiale estratto (part. n. 31). Il progetto interessa essenzialmente quest'ultimo comparto e prevede in particolare di demolire l'impianto di frantumazione primaria esistente, costruendone uno nuovo più a nord, di risanare l'impianto di frantumazione secondaria, sostituendone i macchinari ed installando un impianto di depurazione dei fanghi derivanti dalla frantumazione degli inerti, di installare tra gli impianti di frantumazione un nastro trasportatore, costituendo un cumulo di inerti sul suo percorso, e di realizzare altre opere collaterali e di sistemazione esterna. B. Alla domanda di costruzione si sono opposti, tra gli altri, A.A._ e B.A._, proprietari di due fondi vicini. Acquisito il preavviso favorevole dei Servizi generali del Dipartimento del territorio, con decisione del 23 novembre 2005 il Municipio ha rilasciato la licenza edilizia, imponendo le condizioni stabilite dall'autorità cantonale ed evadendo l'opposizione ai sensi dei considerandi. Gli opponenti si sono allora aggravati contro la decisione municipale dinanzi al Consiglio di Stato del Cantone Ticino. Dopo una serie di atti che non occorre qui evocare, legati all'accoglimento di un'istanza di ricusa presentata dagli opponenti nei confronti dell'intero Consiglio di Stato, la causa è stata trasmessa direttamente al Tribunale cantonale amministrativo perché statuisse sul gravame (cfr. sentenza 1P.757/2006 del 30 aprile 2007, in: RtiD II-2007, n. 7, pag. 29 segg.). C. Concessa alle parti la facoltà di esprimersi ed eseguita un'udienza da parte del giudice delegato, con sentenza del 3 novembre 2008 la Corte cantonale ha accolto il gravame e annullato la licenza edilizia rilasciata dal Municipio. Ha ritenuto che gli impianti per la frantumazione della roccia estratta e per la movimentazione degli inerti non sono conformi alla destinazione della zona per attività produttive J2, ove è ammessa soltanto l'industria leggera, la quale è caratterizzata da attività che, analogamente a quelle artigianali, possono coesistere con altre attività commerciali o di servizio. Ha inoltre rilevato che l'intervento edilizio non può nemmeno essere autorizzato sulla base della protezione della situazione acquisita, siccome comporta in sostanza la realizzazione di un nuovo impianto, le cui immissioni foniche superano peraltro i valori di pianificazione. D. La società C._ impugna questa sentenza con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo di riformarla nel senso di rilasciarle la licenza edilizia richiesta. La ricorrente contesta in particolare la legittimazione degli opponenti a ricorrere in sede cantonale e sostiene che l'intervento prospettato sarebbe ammissibile, siccome si tratterebbe semplicemente della ristrutturazione di un impianto esistente, del quale verrebbe conservata l'identità. E. La Corte cantonale si conferma nella sua sentenza. Il Consiglio di Stato e i Servizi generali del Dipartimento del territorio si rimettono al giudizio del Tribunale federale. Il Municipio di Arbedo-Castione chiede di accogliere il gravame, mentre gli opponenti ne postulano la reiezione nella misura della sua ammissibilità.