Fatti: A. Il 2 novembre 2009, l'Aziende Industriali di Lugano (AIL) SA ha sottoposto al Municipio del Comune di Morcote una "Convenzione di esclusiva distribuzione di gas", riguardante la concessione del diritto esclusivo di distribuire e vendere gas naturale per qualsiasi uso (pubblico, casalingo ed industriale) all'interno del territorio comunale. Con risoluzione del 21 dicembre 2009, il Consiglio comunale di Morcote ha approvato all'unanimità tale convenzione. Contro la stessa non sono stati interposti ricorsi e nemmeno sono state depositate domande di referendum. Nel seguito, con istanza del 22 febbraio 2010, il Municipio di Morcote ha chiesto alla Sezione degli enti locali della Divisione degli interni del Dipartimento delle istituzioni del Canton Ticino di approvare la convenzione in parola, secondo quanto previsto dall'art. 35 della legge ticinese sulla municipalizzazione dei servizi pubblici del 12 dicembre 1907 (LMSP; RL/TI 2.1.3.1). B. Ritenuto che la convenzione ricadesse effettivamente sotto il campo d'applicazione della LMSP, con risoluzione dell'11 maggio 2010 il Consiglio di Stato ha approvato la medesima, disponendo tuttavia alcune sue modifiche d'ufficio. Adito dall'AIL SA, con un'impugnativa in cui veniva sostenuto in via principale che detta legge non fosse applicabile alla fattispecie e con cui venivano in subordine contestate le modifiche attuate dal Governo ticinese, il Tribunale amministrativo ha confermato la risoluzione del Consiglio di Stato con sentenza del 3 agosto 2012. Chiamata ad esprimersi sull'applicabilità della LMSP al caso in esame, la Corte cantonale ha in effetti anch'essa risposto affermativamente alla questione; chiarito questo aspetto, si è inoltre pure pronunciata sulle varie modifiche decise d'ufficio dal Consiglio di Stato, confermando la legittimità delle stesse. C. L'AIL SA ha impugnato detto giudizio con ricorso in materia di diritto pubblico del 14 settembre 2012 al Tribunale federale, chiedendone l'annullamento. Anche in questa sede, afferma innanzitutto che la fattispecie non ricade nel campo di applicazione della LMSP; in via eventuale, in relazione alle modifiche decise dal Governo, fa invece valere un'applicazione arbitraria dell'art. 35 LMSP ed una violazione della garanzia della libertà economica. In corso di procedura, il Tribunale amministrativo ha rinunciato a presentare osservazioni mentre il Consiglio di Stato ha chiesto che, per quanto ammissibile, il gravame sia respinto. Il Comune di Morcote non ha da parte sua fatto pervenire nessuna presa di posizione.