Fatti: A. A.a S._, cittadina italiana residente in Italia, nata nel 1968, ha lavorato in Svizzera dal 1994 solvendo regolari contributi all'AVS/AI. Dal 1° luglio 2002 è stata alle dipendenze della X._ in qualità di venditrice, dove ha svolto la propria attività fino al 16 settembre 2005, data alla quale ha interrotto il lavoro per motivi di salute (episodio di scompenso psicotico). Licenziata con effetto al 1° marzo 2007, l'interessata ha formulato una domanda di prestazioni AI il 20 settembre 2006. A.b Mediante decisione del 27 agosto 2007 l'Ufficio AI per gli assicurati residenti all'estero (UAIE) ha respinto la domanda poiché l'assicurata, ritenuta interamente abile al lavoro dal 1° giugno 2006 al 30 giugno 2007 (dopo essere stata dichiarata inabile al 100% dal 17 settembre 2005 al 14 maggio 2006, al 50% dal 15 al 31 maggio 2006 e poi di nuovo [sempre al 50%] dal 1° luglio 2007) dalla perita incaricata del Centro peritale per le assicurazioni sociali (dott.ssa Z._), non adempiva la condizione di legge di un'incapacità al lavoro di almeno un anno senza interruzioni di rilievo. Per pronuncia dell'11 dicembre 2008 il Tribunale amministrativo federale, giudicando inattendibile l'accertamento relativo alla situazione tra il 15 maggio 2006 e il 30 giugno 2007, ha rinviato gli atti all'amministrazione affinché riesaminasse lo stato di salute e la capacità lavorativa dell'assicurata dopo il 14 maggio 2006 e rendesse una nuova decisione. A.c Dando seguito alla decisione di rinvio, l'amministrazione ha incaricato nuovamente il Centro peritale per le assicurazioni sociali di rendere una valutazione specialistica per il periodo in esame. Posta la diagnosi di sindrome schizoaffettiva, tipo depressiva (ICD 10 F25.1), l'esperto incaricato, dott. Q._, ripercorsa l'anamnesi (personale e clinica), esaminata la situazione soggettiva e oggettiva e confrontatosi con i pareri in parte divergenti degli altri specialisti fin lì intervenuti, ha ritenuto giustificata una abilità lavorativa del 50% (quattro ore al giorno) per qualsiasi attività dal 15 maggio 2006. Di conseguenza, accertato un grado d'invalidità del 46% (reddito senza invalidità: fr. 44'980.-; reddito da invalida: fr. 24'209.-), l'UAIE ha erogato un quarto di rendita AI con effetto dal 1° settembre 2006 (decisione del 4 ottobre 2010). B. Nuovamente adito dall'interessata che chiedeva l'assegnazione di una rendita intera dal mese di settembre 2005 come pure la rifusione di spese e ripetibili per fr. 4'420.45, il Tribunale amministrativo federale ha parzialmente accolto il ricorso e riformato la decisione impugnata nel senso che ha riconosciuto a S._ il diritto a una rendita intera dal 1° settembre 2006 al 30 settembre 2007 e a un quarto di rendita dal 1° ottobre 2007 oltre ad assegnarle fr. 1'500.- a titolo di indennità di parte (ridotte). Per il resto i primi giudici hanno ritornato l'incarto all'UAIE per procedere al calcolo delle prestazioni (pronuncia del 21 settembre 2011). In sostanza, essi hanno rilevato che per il periodo dal 15 maggio 2006 al 30 giugno 2007 (ossia precedente alle visite peritali del 10 e 17 luglio 2007 della dott.ssa Z._) le conclusioni del dott. Q._, formulate in termini meramente ipotetici e senza essere confermate dalle altre evidenze processuali, non permettevano di constatare con il necessario grado di verosimiglianza preponderante un miglioramento dello stato di salute dell'interessata, contrariamente a quanto si poteva invece affermare per il periodo successivo sulla base degli accertamenti convergenti e sovrapponibili della dott.ssa Z._, a proposito dei quali (limitatamente a questo periodo) il Tribunale amministrativo federale non aveva motivo di esprimere riserve particolari. C. S._ si è aggravata al Tribunale federale al quale ribadisce sostanzialmente le richieste di prima sede. Dei motivi si dirà, per quanto occorra, nei considerandi. Non sono state chieste osservazioni al gravame.