Fatti: A. X._ è entrato alle dipendenze del Consorzio Protezione Civile Z._ nel 1985. Nel corso degli anni ha fatto carriera fino ad assumere la funzione di capo istruttore e di sostituto comandante. Il 23 settembre 2009, il patrocinatore di X._ si è rivolto alla delegazione consortile - l'organo esecutivo del consorzio - per lamentarsi del fatto che il personal computer del suo assistito era stato preso in consegna da terze persone per non meglio precisate verifiche. Nel contempo preannunciava che non avrebbe riconosciuto le risultanze del controllo. Durante un incontro del 23 novembre seguente, la delegazione consortile ha informato X._ di avere riscontrato delle irregolarità nell'adempimento dei suoi doveri professionali e più precisamente di avere accertato un uso improprio nell'impiego - per fini privati o comunque estranei alla sua funzione - dei mezzi informatici messigli a disposizione. Il consorzio aveva fatto installare di nascosto un rilevatore automatico di dati (Spector Pro) nel personal computer dell'interessato dal 15 giugno al 22 settembre 2009. Da tale verifica era emerso che il funzionario, su un totale di 8'297 minuti, aveva dedicato 5'863 minuti (pari al 70,6% del tempo passato al computer, rispettivamente al 22,76% del tempo totale di lavoro che, oltre alle attività in ufficio, non solo al computer, comprendeva anche interventi all'esterno) ad attività private o comunque estranee alla sua funzione, quali lettura di quotidiani online, consultazione di social networks, visione di programmi televisivi e altri filmati online (in parte anche a carattere pornografico), esecuzione di giochi e di operazioni di e-banking, prenotazione di viaggi, invio di messaggi personali di posta elettronica e allestimento di documenti privati per le sue attività politiche e ricreative (cfr. conclusioni della perizia A._ del 29 ottobre 2009). Il 1° dicembre 2009 la delegazione consortile ha aperto nei confronti di X._ un'inchiesta amministrativa per violazione intenzionale e ripetuta dei propri doveri professionali e per ripetuta infrazione alla direttiva interna del 5 marzo 2009 concernente l'uso degli strumenti informatici e di telecomunicazione. Confrontato con queste accuse, l'interessato ha contestato le modalità di assunzione della prova peritale e ha contrapposto un proprio conteggio del tempo di utilizzo del personal computer. Chiusa l'inchiesta amministrativa, la delegazione consortile ha licenziato con effetto immediato X._ privandolo del diritto allo stipendio (decisione del 22 febbraio 2010). Adito su ricorso dell'interessato, il Consiglio di Stato del Cantone Ticino ha confermato il provvedimento (decisione del 5 ottobre 2010). L'esecutivo cantonale ha ritenuto che la perizia informatica poteva essere presa in considerazione anche qualora fosse stata assunta in violazione delle norme sulla protezione dei dati e della personalità siccome l'interesse all'accertamento della verità materiale doveva prevalere su quello dell'interessato alla tutela della sua sfera privata. Ha inoltre concluso che per la gravità delle infrazioni rimproverategli come pure per il ruolo ricoperto dall'interessato, il quale già nel 2003 era stato oggetto di un ammonimento (per altre mancanze minori: mancato intervento nei confronti di alcuni addetti alla sicurezza del carnevale che portavano abusivamente l'uniforme della protezione civile, dispensa inopportuna di un milite della protezione civile da un corso di ripetizione e uso del cellulare di servizio durante le assenze per malattia o per vacanze), la fiducia riposta dal datore di lavoro nel proprio funzionario era irrimediabilmente venuta a mancare. B. X._ si è aggravato al Tribunale cantonale amministrativo, il quale per pronuncia del 23 aprile 2012 ne ha accolto il ricorso annullando la decisione 5 ottobre 2010 del Consiglio di Stato e il provvedimento di licenziamento 22 febbraio 2010 della delegazione consortile del Consorzio Protezione Civile Z._. In sintesi, i giudici di prime cure hanno in primo luogo ritenuto che l'accertamento effettuato dal datore di lavoro mediante l'inserimento di un dispositivo di registrazione (spyware) nel personal computer del proprio dipendente fosse illecito. Essi hanno in seguito stabilito che il mezzo di prova acquisito illecitamente non poteva nemmeno essere utilizzato ai fini processuali poiché - contrariamente a quanto sostenuto dal Consiglio di Stato - l'interesse all'accertamento della verità materiale non prevaleva su quello del dipendente X._ alla tutela della sua personalità. Esclusa la possibilità di fare uso delle registrazioni illecite, per il Tribunale cantonale amministrativo veniva logicamente a cadere il fondamento stesso del licenziamento disciplinare. In ogni caso, anche volendo ritenerla dimostrata, la violazione dei doveri di servizio addebitata all'interessato non poteva costituire un motivo di gravità tale da giustificare un licenziamento immediato perché, per fondare una destituzione, X._ avrebbe dovuto agire in spregio di espliciti richiami all'ordine - non avvenuti - del datore di lavoro. Non essendo intervenuto per avvertire e correggere il proprio dipendente, il datore di lavoro avrebbe inoltre agito contrariamente al principio della buona fede. Infine, anche il precedente ammonimento del 2003, per violazioni di tutt'altra natura, non giustificava per i giudici cantonali la sanzione, ritenuta sproporzionata, del licenziamento immediato poiché nei 24 anni di anzianità di servizio non risultavano altri momenti di demerito. C. Il Consorzio Protezione Civile Regione Z._ ha interposto ricorso in materia di diritto pubblico con il quale, previa concessione dell'effetto sospensivo, chiede al Tribunale federale di annullare il giudizio cantonale e di confermare il licenziamento disciplinare. Dei motivi si dirà, per quanto occorra, nei considerandi. X._ propone la reiezione del gravame, mentre il Tribunale cantonale amministrativo si riconferma nelle conclusioni del suo giudizio. D. Con decreto del 27 settembre 2012 il Presidente della I Corte di diritto sociale ha accolto la richiesta d'effetto sospensivo contenuta nel gravame.