Fatti: A. A.a Con contratto 1° settembre 1999, che annulla quello precedente stipulato dalla locatrice con C._ il 26 ottobre 1995, la A._SA ha locato alla B._SA diverse parti di uno stabile a Lugano adibite a centro fitness e wellness, fissando l'inizio della locazione retroattivamente al 1° gennaio 1998. Con riferimento alle spese accessorie il contratto di locazione prevede unicamente quanto segue: "spese accessorie: CHF 5'000.- (cinquemila) mensili quale acconto a partire dal 01.01.1998 da pagarsi contemporaneamente al canone d'affitto. Il relativo conguaglio sarà da versare entro 30 (trenta) giorni dalla presentazione del conteggio definitivo." A.b Il 9 maggio 2008 la locatrice ha invano chiesto alla conduttrice il versamento di fr. 115'371.80 a titolo di conguaglio delle spese accessorie per l'anno 2007. Dopo aver adito il competente Ufficio di conciliazione in materia di locazione, la A._SA si è rivolta al Pretore del distretto di Lugano per ottenere la condanna della B._SA al pagamento di fr. 108'843.07. Il Pretore ha respinto l'azione. B. Con sentenza 14 novembre 2011 la II Camera civile del Tribunale di appello del Cantone Ticino ha respinto un appello dell'attrice. La Corte cantonale ha innanzi tutto richiamato l'art. 257a cpv. 2 CO e ha indicato che le spese accessorie sono a carico del conduttore unicamente se le parti lo hanno concordato in maniera chiara e precisa, dettagliando le poste effettive. Dopo aver rilevato che dal versamento regolare di acconti non può essere dedotta una pattuizione secondo cui le spese accessorie sono a carico della convenuta, ha considerato infondate o inammissibili le argomentazioni del rimedio cantonale avanzate dall'attrice per ottenere il pagamento delle spese accessorie, perché da tali censure non risultavano né un'espressa pattuizione, né motivi idonei a rimediare alla sua assenza. C. Con ricorso in materia civile del 13 gennaio 2012 la A._SA postula, previa concessione dell'effetto sospensivo al rimedio, l'annullamento della sentenza di appello e la sua riforma nel senso che la convenuta sia condannata a versarle fr. 108'843.07, oltre interessi, e che l'opposizione interposta da quest'ultima al relativo precetto esecutivo sia rigettata. La ricorrente narra una propria versione della fattispecie, lamenta segnatamente una violazione dell'art. 18 CO e afferma che le parti avrebbero concordato che le spese accessorie devono essere assunte dalla conduttrice. Sostiene poi che la Corte cantonale non avrebbe tenuto conto di una presunzione secondo cui nei rapporti commerciali le spese di consumo andrebbero a carico del conduttore e ritiene che il comportamento dell'inquilina sia abusivo. La Presidente della Corte adita ha respinto, con decreto del 3 febbraio 2012, la domanda di conferimento dell'effetto sospensivo al rimedio. Con risposta 16 febbraio 2012 la B._SA propone la reiezione del ricorso nella misura in cui è ricevibile.