Fatti: A. Con decisione del 16 maggio 2008 la Cassa di compensazione AVS/AI/IPG del Cantone Ticino ha chiesto al Comune X._ la restituzione delle indennità versate a torto negli anni 2004 e 2005 (per un totale di fr. 4'392.35) per i giorni di servizio effettuati dal seguente suo milite - al tempo stesso dipendente dell'organizzazione - ed erroneamente conteggiati a carico dell'ordinamento sulle indennità di perdita di guadagno per chi presta servizio e in caso di maternità (LIPG): - A._ (30 giorni di servizio [2004: 17; 2005: 13] chiesti in restituzione a fronte di 58 giorni attestati e indennizzati). Con decisione su opposizione del 7 aprile 2009 la Cassa cantonale di compensazione ha confermato il contenuto del provvedimento. B. Per pronuncia del 5 maggio 2010 il Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino ha accolto il ricorso del Comune X._ e ha annullato la decisione amministrativa, dichiarando perenta la richiesta di restituzione. C. La Cassa cantonale di compensazione ha presentato ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale al quale chiede, in via principale, l'annullamento della pronuncia cantonale e la conferma della decisione amministrativa e, in via subordinata, l'annullamento di detto giudizio nonché il rinvio della causa all'istanza precedente per complemento istruttorio. Il Comune X._ ha proposto la reiezione del gravame, mentre l'Ufficio federale delle assicurazioni sociali (UFAS) ne ha chiesto l'accoglimento.