Fatti: A. Dopo aver stanziato un credito di fr. 1'150'000.-- per l'adozione di misure di moderazione del traffico e di riassetto urbanistico-viario in viale San Salvatore, il 25 settembre 2000 il Comune di Paradiso ha inoltrato il relativo incarto alla Sezione dei trasporti del Dipartimento cantonale del territorio al fine di richiedere i sussidi federali previsti per questo genere di interventi. Il 31 gennaio 2001 l'autorità cantonale ha informato il Comune che l'Ufficio federale delle strade (USTRA) le aveva notificato il preavviso favorevole dell'Ufficio federale dell'ambiente, delle foreste e del paesaggio ed aveva autorizzato l'inizio dei lavori. Dopo un incontro tra le parti, con lettera del 5 aprile 2001 l'USTRA ha confermato che i lavori potevano essere iniziati e che, ad eccezione degli interventi sull'illuminazione pubblica, il progetto era sovvenzionabile. B. Il 14 luglio 2003 il Dipartimento del territorio ha segnalato a tutti i comuni che in base alle misure di sgravio 2003 delle finanze della Confederazione non sarebbe di principio più stato concesso alcun sussidio federale per le misure di moderazione del traffico. Il Comune di Paradiso si è allora rivolto dapprima alla Sezione cantonale dei trasporti ed in seguito direttamente all'USTRA, rilevando che a suo giudizio il sussidio per i lavori in viale San Salvatore, iniziati il 12 maggio 2003, doveva comunque essere garantito. Esso ha quindi preannunciato che avrebbe richiesto il versamento della partecipazione della Confederazione. Ribattendo ad una prima lettera del Comune, il 5 novembre 2003 l'autorità federale gli ha tuttavia confermato che il progetto in questione non avrebbe beneficiato di alcun sussidio. C. Con scritto del 6 febbraio 2004 l'USTRA ha comunicato alla Sezione cantonale dei trasporti che in virtù della legge federale sulle misure urgenti del programma di sgravio 2003, adottata il 19 dicembre 2003 (RU 2003 5203), non sarebbe effettivamente più stato possibile finanziare i progetti previsti in una serie di comuni, debitamente elencati. Lo scritto si soffermava inoltre in modo particolare sulla situazione di Paradiso, rilevando che le misure di risparmio concernevano anche le opere di moderazione del traffico in detto Comune. Il 13 febbraio seguente la Sezione dei trasporti ha trasmesso la comunicazione dell'USTRA ai comuni interessati, ribadendone il contenuto. D. Terminati gli interventi in viale San Salvatore, il 2 agosto 2004 il Comune di Paradiso ha inviato alla Sezione dei trasporti la liquidazione finale dei lavori, costati (senza l'illuminazione) fr. 1'321'777.--, con l'invito a trasmetterla all'USTRA affinché erogasse un sussidio pari al 55 % di detti costi. Il 6 settembre 2004 l'autorità cantonale ha dato seguito all'invito. Sollecitato dal Comune il 19 aprile 2005, l'8 luglio seguente l'USTRA ha ribadito alla Sezione dei trasporti che il progetto di viale San Salvatore non poteva essere finanziato. E. Venuto a conoscenza di questa presa di posizione, con atto del 16 agosto 2005 il Comune di Paradiso si è rivolto tra gli altri all'USTRA, chiedendogli di riesaminare la decisione implicita insita nella comunicazione dell'8 luglio precedente, rispettivamente di emanare una decisione formale di diniego del sussidio. Con decisione del 24 ottobre 2005 l'USTRA ha tuttavia statuito di non entrare nel merito della richiesta di assegnazione di un contributo federale. A giudizio di detta autorità il rifiuto di qualsiasi sussidio era infatti già stato sancito nel proprio scritto del 6 febbraio 2004, che costituiva una decisione formale, ma contro il quale il Comune non era insorto tempestivamente. Ad ogni modo l'istanza sarebbe comunque stata da respingere in quanto non riguardava l'inammissibile revoca di un sussidio già garantito. Nessuna decisione di sussidiamento era infatti mai stata emessa. F. Con sentenza del 25 giugno 2008 il Tribunale amministrativo federale, subentrato nelle competenze ricorsuali del Dipartimento federale dell'ambiente, dei trasporti, dell'energia e delle comunicazioni, ha respinto, per quanto ricevibile, il ricorso presentato dal Comune di Paradiso a tale Dipartimento contro la pronuncia dell'USTRA. L'autorità di ricorso ha in sostanza ritenuto legittima la decisione di non entrare in materia poiché l'istanza del Comune costituiva un tentativo tardivo di rimettere in discussione la decisione già comunicata il 6 febbraio 2004. G. Il 25 agosto 2008 il Comune di Paradiso ha interposto un ricorso in materia di diritto pubblico dinanzi al Tribunale federale con cui domanda l'annullamento della sentenza del Tribunale amministrativo federale ed il rinvio degli atti all'USTRA. Dei motivi si dirà, per quanto necessario, nei considerandi. Chiamati ad esprimersi, l'USTRA propone che il ricorso, nella misura in cui sia ammissibile, venga respinto, mentre il Tribunale amministrativo federale ha comunicato di rinunciare a pronunciarsi.