Fatti: A. Il 28 gennaio 2014, il Municipio di X._ ha chiesto a cinque studi della regione di formulare un'offerta per il "servizio di controlli di cantiere e supporto delle domande di costruzione"; il capitolato trasmesso agli invitati indicava che il concorso era retto dalla legge ticinese sulle commesse pubbliche del 20 febbraio 2001 (LCPubb; RL/TI 7.1.4.1) e che le offerte sarebbero state valutate secondo i seguenti criteri e fattori di ponderazione: 1. Economicità 60 % 1.1. Costo del servizio 50 % 1.2. Attendibilità dei prezzi 50 % 2. Referenze 35 % 2.1. Referenze di lavori analoghi 50 % 2.2. Referenze del gruppo di lavoro 50 % 3. Apprendisti 5 % Il capitolato menzionava inoltre i parametri che sarebbero stati utilizzati per valutare ogni singolo criterio di aggiudicazione; in particolare, specificava che l'attendibilità dei prezzi sarebbe stata apprezzata applicando una formula matematica coniata dal Centro cantonale di consulenza LCPubb, con il fattore F (fattore d'importanza del preventivo del committente) fissato allo 0.5. Nel contempo, includeva una clausola con la quale il committente si riservava la facoltà di non procedere all'aggiudicazione dell'appalto qualora la migliore fra le offerte valide presentate avesse avuto un prezzo superiore al 10 % dell'importo di preventivo depositato (CPN 239.100). B. Entro il termine impartito del 21 febbraio 2014, sono giunte al Comune committente offerte dalle ditte B._ (tariffa di fr. 90.--/h), C._ (tariffa di fr. 150.--/h), D._ (tariffa di fr. 99.--/h), A._ (tariffa di fr. 75.--/h). Proceduto al loro esame, in applicazione delle prescrizioni di gara e partendo da un preventivo di riferimento di fr. 80.--/h, il Municipio di X._ ha deliberato la commessa alla A._ (5.43 punti su 6; importo complessivo di fr. 44'250.-- IVA esclusa); appurato di essere incorso in un errore di calcolo in merito al criterio dell'attendibilità dei prezzi, che lo aveva portato a stabilire i punti della A._ in 5.43 invece che in 5.09, ha poi però revocato l'aggiudicazione alla A._, deliberando la commessa alla B._ (5.30 punti su 6; importo complessivo di fr. 53'100.-- IVA esclusa). Adito dalla A._, il Tribunale cantonale amministrativo ha confermato la delibera alla B._, pronunciandosi con sentenza del 3 luglio 2014. C. Con ricorso sussidiario in materia costituzionale del 13 agosto 2014, la A._ ha impugnato quest'ultimo giudizio davanti al Tribunale federale, chiedendone l'annullamento sia in via principale che subordinata. Il Tribunale cantonale amministrativo si è riconfermato nelle motivazioni e nelle conclusioni della propria sentenza. La conferma di tale pronuncia è stata domandata anche dal Municipio di X._, dall'Ufficio dei lavori sussidiati e degli appalti e dalla B._. Con decreto presidenziale del 5 settembre 2014, è stato concesso l'effetto sospensivo al gravame.