Fatti: A. Con decisione del 17 gennaio 2012, sostanzialmente confermata il 26 aprile 2012 anche in seguito all'opposizione dell'interessato, la Cassa di disoccupazione UNIA ha chiesto a G._ la restituzione dell'importo relativo alle indennità di disoccupazione versategli di troppo nei mesi di aprile, maggio, giugno, agosto e novembre 2010, cioè fr. 4'203.30. B. Adito dall'interessato con il patrocinio dell'Organizzazione Cristiano-Sociale Ticinese (OCST), il Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino, statuendo per giudice unico, ha parzialmente accolto il ricorso, annullato la decisione su opposizione e rinviato gli atti all'amministrazione per nuovo computo dell'importo relativo alle indennità versate di troppo all'insorgente nei soli mesi di maggio, giugno, agosto e novembre 2010. Per il resto ha fatto obbligo all'amministrazione di rifondere all'assicurato fr. 500.- a titolo di ripetibili parziali (pronuncia del 15 ottobre 2012). C. La Segreteria di Stato dell'economia (SECO) ha presentato ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale al quale, protestate spese e ripetibili, chiede, in accoglimento del gravame, di annullare il giudizio cantonale. Sempre patrocinato dall'OCST, G._ propone la reiezione del gravame, mentre la Cassa di disoccupazione UNIA ha rinunciato a determinarsi.