Fatti: A. A.a Con giudizio del 28 febbraio 2007 il Pretore della giurisdizione di X._ ha pronunciato il divorzio tra S._ e A._, nata F._. Nel liquidare il regime matrimoniale, il Pretore ha fatto ordine a A._ di versare all'ex coniuge l'importo di fr. 92'890.--, di cui fr. 600.-- per la liquidazione dell'automobile e fr. 92'290.-- per la liquidazione della particella n. .., di comproprietà delle parti (dispositivo n. 4). Quest'ultimo importo è stato stabilito deducendo dalla somma investita dall'ex marito nella quota di comproprietà della ex moglie (fr. 122'333.--) la metà (fr. 30'042.50) dell'importo previdenziale (fr. 60'085.--) prelevato durante il matrimonio da S._ a riduzione del debito ipotecario sull'abitazione primaria. Nel contempo, il Pretore ha quantificato in fr. 10'464.50 l'importo che l'istituto di previdenza del marito (Pax Fondazione collettiva LPP) avrebbe dovuto trasferire su un conto (vincolato) di libero passaggio intestato alla moglie (dispositivo n. 6). La somma da trasferire rappresentava la quota (50%) della prestazione d'uscita accumulata da S._ in costanza di matrimonio e calcolata senza tenere conto del prelievo anticipato. Il giudice di prime cure non ha per contro riscontrato l'esistenza di corrispondenti averi di previdenza di A._. A.b Lo scioglimento del matrimonio per divorzio è divenuto definitivo il 22 marzo 2007 con la crescita in giudicato, su questo punto, della sentenza pretorile. Per contro le parti hanno impugnato il giudizio di primo grado relativamente ad alcuni effetti accessori del divorzio. In parziale accoglimento dell'appello di S._, la I Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino con giudizio del 18 dicembre 2010, rilevando segnatamente che il prelievo anticipato (fr. 60'085.--) era stato nel frattempo (nel novembre 2009, a seguito della vendita dell'abitazione) rimborsato all'istituto di previdenza e non giustificava più la deduzione operata dal primo giudice, ha tra le altre cose riformato il dispositivo n. 4 della sentenza pretorile, condannando A._ a versare all'ex marito fr. 122'933.-- a titolo di liquidazione del regime matrimoniale (fr. 600.-- + fr. 122'333.--). La Corte cantonale ha inoltre pure riformato il dispositivo n. 6 del giudizio di primo grado accertando il diritto di quest'ultima alla metà della prestazione d'uscita maturata dall'ex coniuge dal 23 giugno 1995 (data del matrimonio) al 22 marzo 2007 (crescita in giudicato del divorzio). A.c Il 4 aprile 2011 la I Camera civile del Tribunale d'appello ha trasmesso al Tribunale cantonale delle assicurazioni l'incarto per determinare l'importo esatto da trasferire. B. Esperiti i propri accertamenti, il Tribunale cantonale delle assicurazioni per pronuncia del 6 ottobre 2011 ha stabilito che l'avere di previdenza di S._ soggetto a divisione ammontava a fr. 83'746.85 e ha di conseguenza fatto ordine alla Fondazione collettiva LPP Swiss Life (contratto ...), presso la quale si trovavano detti averi previdenziali, di versare sul conto di libero passaggio n. ... intestato a A._ presso la Fondazione di libero passaggio la somma di fr. 41'873.45 oltre interessi compensativi dal 22 marzo 2007. C. S._ ha presentato ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale al quale chiede, in via principale, di annullare il giudizio cantonale del 6 ottobre 2011 e di rinviare la causa all'istanza precedente affinché verifichi anche gli averi previdenziali acquisiti dalla ex moglie durante il matrimonio; in via subordinata chiede di riformare il giudizio impugnato nel senso di ordinare il trasferimento a favore del conto di libero passaggio della ex moglie secondo quanto originariamente stabilito dal Pretore. A._ propone la reiezione del gravame nei limiti della sua ammissibilità, mentre né la Fondazione collettiva LPP Swiss Life né l'Ufficio federale delle assicurazioni sociali si sono determinati.