Fatti: A. In data 2 luglio 2005, F._, nato nel 1958, all'epoca dei fatti alle dipendenze della T._ SA in qualità di autista, e in quanto tale assicurato d'obbligo contro gli infortuni presso l'Istituto nazionale svizzero di assicurazione contro gli infortuni (INSAI), è stato vittima di un'aggressione durante il servizio da parte di un ragazzo, a seguito della quale ha riportato una frattura lussazione dell'articolazione interfalangea prossimale del quarto dito della mano destra. L'INSAI ha assunto il caso e corrisposto le prestazioni di legge. Con decisione del 23 marzo 2006, l'assicuratore infortuni ha dichiarato F._ totalmente abile al lavoro a partire dall'8 novembre 2005 e ha negato, eccezion fatta per le spese delle cure ergoterapiche in corso, la corresponsione di ogni ulteriore prestazione. In merito ai disturbi di natura psichica lamentati dall'interessato in seguito all'infortunio, l'INSAI ha in particolare respinto un suo obbligo prestativo per difetto del necessario nesso di causalità con l'evento in esame. Tale posizione è stata sostanzialmente confermata il 30 maggio 2006 anche in seguito all'opposizione interposta dall'interessato. B. F._ si è aggravato al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino, il quale, disposti i propri accertamenti, tra i quali l'allestimento di una perizia medica giudiziaria affidata alla dott.ssa V._, e accertata la piena incapacità dell'assicurato a riprendere l'esercizio della professione di autista di bus di linea, per pronuncia del 21 maggio 2008 ha accolto il gravame, annullato il provvedimento su opposizione querelato e rinviato gli atti all'INSAI per nuova decisione in merito alle prestazioni spettanti all'interessato a contare dall'8 novembre 2005. C. Contestando il contenuto e l'attendibilità del referto peritale giudiziario, che non risponderebbe ai requisiti posti dalla giurisprudenza in materia, e allegando nuova documentazione medica, l'INSAI ha interposto ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, al quale chiede, in accoglimento del gravame, l'annullamento del giudizio cantonale e la conferma della decisione su opposizione impugnata. F._, patrocinato dal Sindacato del personale dei trasporti, propone la reiezione del ricorso.