Fatti: A. Con risoluzione del 7 marzo 2006 il Consiglio di Stato del Cantone Ticino ha adottato il decreto di protezione della Legiuna, elaborato sulla base della legge cantonale sulla protezione della natura, del 12 dicembre 2001 (LCPN). L'area tutelata è una zona di protezione della natura ai sensi dell'art. 12 della legge federale sulla protezione della natura e del paesaggio, del 1° luglio 1966 (LPN; RS 451). Il decreto si prefigge di conservare e di valorizzare i contenuti naturalistici della Legiuna per il tramite di regole di comportamento e l'adozione di interventi volti a tutelarne e incrementarne la diversità biologica. B. L'unione Contadini Ticinesi (UCT) ha impugnato questa risoluzione dinanzi al Tribunale cantonale amministrativo. Riguardo alla legittimazione a ricorrere, l'insorgente ha addotto che al momento dell'approvazione del capoverso 4 dell'art. 46 LCPN, in vigore dal 14 luglio 2006, il legislatore cantonale sarebbe stato determinato a conferirle il diritto di ricorso, come risulterebbe dal verbale della seduta granconsigliare del 12 dicembre 2001. Con decisione del 4 novembre 2006 la Corte cantonale ha dichiarato il ricorso irricevibile per carenza di legittimazione ritenuto che, secondo il suo statuto, l'UCT non persegue lo scopo di tutelare la natura e il paesaggio. C. Avverso questo giudizio l'UCT presenta un ricorso di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo di annullarlo. Incentra il gravame sulla volontà del Gran Consiglio, in sede di dibattito, di estendere la legittimazione a ricorrere delle associazioni. Non sono state chieste osservazioni, ma è stato richiamato l'incarto cantonale, trasmesso con scritto accompagnatorio e con ulteriori atti non richiesti, comunicati per conoscenza alle parti.