Fatti: A. La A._ Sagl è una società a garanzia limitata che ha in particolare quale scopo lo studio, la consulenza, la realizzazione, la mediazione e il commercio di impianti ed apparecchiature nei campi dell'energia elettrica, biodiesel, bioetanolo, olio vegetale e biocarburanti. Essa persegue inoltre lo scopo di produrre e commercializzare biocarburanti, biodiesel ed energia elettrica anche da fonte rinnovabile. Il 26 febbraio 2010 ha presentato al Municipio di Bedigliora una domanda di costruzione per la realizzazione, sul fondo part. xxx di Bedigliora, situato in zona agricola ed appartenente all'azienda agricola di C.D._ e E.D._, di un impianto per la produzione di energia a partire dalla biomassa. L'impianto a biogas, integrato da un'installazione fotovoltaica collocata sulla tettoia destinata al deposito dei substrati organici, verrebbe costruito da una società che si occuperebbe della sua gestione e che beneficerebbe di un diritto di superficie sul terreno dell'azienda agricola D._, la quale apporterà i substrati agricoli e ne assumerà l'esercizio. L'impianto occuperebbe una superficie di circa 2'000 m2 e sarebbe destinato a valorizzare circa 2'000 tonnellate all'anno (t/a) di sostrati agricoli (letami, liquami e scarti vegetali) e circa 2'000 t/a di scarti vegetali, oli esausti e scarti da cucina provenienti dai comuni vicini. Esso produrrebbe energia elettrica, immessa in rete, corrispondente al consumo di 150 economie domestiche e calore, utilizzato nella misura del 30-40 % in autoconsumo per riscaldare il digestore e destinato per il resto al riscaldamento della vicina scuola media. B. B._, proprietario di un fondo edificato situato nelle vicinanze, si è opposto alla domanda di costruzione. Acquisito il preavviso favorevole dell'autorità cantonale, coordinato temporalmente con una decisione di approvazione dell'Ispettorato federale degli impianti a corrente forte, il 1° giugno 2010 il Municipio di Bedigliora ha rilasciato la licenza edilizia alle condizioni previste dall'avviso cantonale. L'esecutivo comunale ha contestualmente respinto l'opposizione del vicino. Questi ha allora adito il Consiglio di Stato del Cantone Ticino che, con decisione del 5 ottobre 2010, ha respinto il gravame e confermato la risoluzione municipale. C. Con sentenza del 19 agosto 2011 il Tribunale cantonale amministrativo ha accolto un ricorso dell'opponente contro la decisione governativa, annullandola. La Corte cantonale ha pure annullato la licenza edilizia. Ha in particolare ritenuto che l'impianto non era conforme alla zona agricola non essendo subordinato all'azienda agricola e che la sua ubicazione non scaturiva da un confronto con altre varianti sulla base di una ponderazione complessiva di tutti gli interessi toccati. D. La A._ Sagl impugna questa sentenza con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo di riformarla nel senso di confermare sia la decisione governativa sia la licenza edilizia rilasciata dal Municipio. La ricorrente fa valere la violazione del diritto federale e l'accertamento inesatto dei fatti. E. La Corte cantonale si riconferma nella sua sentenza. Il Consiglio di Stato si rimette al giudizio del Tribunale federale. Il Municipio di Bedigliora non ha risposto, mentre l'opponente chiede di respingere il gravame. È stato invitato a presentare una risposta anche l'Ufficio federale dello sviluppo territoriale, che si espresso sulla portata degli art. 16a cpv. 1bis LPT (RS 700) e 34a OPT (RS 700.1), rinviando sostanzialmente alle sue spiegazioni relative alla revisione dell'OPT del 4 luglio 2007. La ricorrente ha comunicato di rinunciare a presentare ulteriori osservazioni.