Fatti: A. Nei confronti dell'avv. dott. A._ nel 2002 è stato aperto un procedimento penale per ipotesi di violazione di domicilio (art. 186 CP). Per quanto qui interessa, l'11 febbraio 2009, il Procuratore pubblico (PP) ha poi emanato un decreto di accusa, proponendone la condanna a quindici aliquote giornaliere da fr. 2'160.-- ciascuna, sospese condizionalmente per un periodo di prova di due anni, e al pagamento di una multa. B. In seguito all'opposizione presentata dall'interessato, il 23 febbraio 2009 l'incarto è stato trasmesso alla Pretura penale. Il presidente della Pretura penale (in seguito: Presidente), respinte diverse richieste di sospensione e di posticipazione del dibattimento formulate dall'accusato, lo ha poi fissato, in accoglimento di una domanda di posticipazione del PP, per il 22 settembre 2009 alle ore 9.00. C. Il 21 settembre 2009, un nuovo, terzo patrocinatore dell'accusato ha comunicato d'averne assunto il mandato unitamente alla collega di studio, sorella del Presidente: quest'ultima, contattata telefonicamente dal fratello, il giorno seguente ha annunciato per fax un'eventuale revoca del suo mandato. Preso atto di queste comunicazioni, il 22 settembre il Presidente, prima di aprire il dibattimento, ne ha comunicato la posticipazione alle ore 14.00 del pomeriggio, precisando che il processo sarebbe stato presieduto dal pretore C._. Con fax delle ore 13.39, il difensore ha eccepito la nullità del predetto verbale, sostenendo che il Presidente avrebbe dovuto escludersi già il giorno precedente e non avrebbe potuto citare le parti al dibattimento per il pomeriggio del giorno seguente. Adduceva una violazione dell'art. 42 CPP/TI, secondo cui il giudice deve notificare la sua esclusione alla Camera dei ricorsi penali del Tribunale d'appello (CRP), la quale, verificatane la causa, provvede alla sostituzione. Il pomeriggio del 22 settembre 2009, il pretore C._, procedendo in via contumaciale, ha ritenuto A._ colpevole di violazione di domicilio, condannandolo alla pena proposta nel decreto d'accusa. D. Contro la mancata esclusione, il 28 settembre 2009 il condannato ha presentato alla CRP un ricorso e un'istanza di ricusa nei confronti del Presidente, perché questi, invece di escludersi, aveva rinviato il dibattimento, provveduto a farsi sostituire da un altro pretore e citato le parti per il pomeriggio: ha pure proposto un ricorso per cassazione. Con giudizio del 26 agosto 2010, la CRP ha ritenuto l'istanza di ricusa irricevibile, poiché tardiva e respinto il ricorso in quanto ricevibile. Avverso questo giudizio A._ ha presentato un ricorso in materia penale al Tribunale federale, che con sentenza 1B_333/2010 del 14 ottobre 2011 ha accolto il ricorso, annullato la decisione 26 agosto 2010 della CRP e rinviato la causa per nuovo giudizio, poiché essa aveva ritenuto a torto tardiva la domanda di ricusa. Con decisione del 10 aprile 2012 la Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello (CRP) ha poi respinto l'istanza di ricusa e il ricorso. E. Nel frattempo, il 14 ottobre 2009, ha avuto luogo il dibattimento per lo spurgo della contumacia, conclusosi con la condanna del ricorrente. Con giudizio del 26 aprile 2011 (impugnato dinanzi al Tribunale federale, cause 6B_411-419-420/2011), la Corte di appello e di revisione penale del Cantone Ticino ha respinto il ricorso proposto da A._ contro il giudizio contumaciale del 22 settembre 2009, mentre ha accolto quello contro la sentenza del 14 ottobre 2009 di revoca della sentenza contumaciale, prosciogliendolo. F. A._ impugna il giudizio del 10 aprile 2012 della CRP con un ricorso in materia penale al Tribunale federale. Riguardo all'istanza di ricusa, chiede, in via principale, di annullarlo e di accertare che a partire dal 21 settembre 2009 nei confronti del Presidente sussiste un motivo di esclusione, e, in via subordinata, di rinviare gli atti alla CRP per nuovo giudizio; nel merito, postula di accertare la nullità degli atti compiuti dal Presidente e del giudizio contumaciale, subordinatamente di accertare l'incompetenza della CRP riguardo alla decisione di rinvio e l'illiceità di quella di nomina del giudice C._. G. La CRP e il Presidente non presentano osservazioni e si rimettono al giudizio del Tribunale federale, il pretore C._ non si è espresso, mentre D._ con osservazioni del 5 luglio 2012 propone di respingere il ricorso in quanto ammissibile.