Fatti: A. L'avvocato A._ è proprietario di due fondi siti nel Comune di X._: uno sopraedificato ubicato nella zona nucleo, l'altro in quella residenziale R2, sul quale sorge una rudimentale costruzione costituita di quattro pali in legno portanti un tetto in lamiera. Nel 2007, il proprietario ha presentato una domanda di costruzione volta alla demolizione e alla ricostruzione della citata tettoia. Il 24 maggio 2007 l'autorità comunale approvava il progetto limitatamente alla sua demolizione; decisione confermata, dopo l'esperimento di un sopralluogo, il 31 agosto 2007 dal Tribunale amministrativo del Cantone dei Grigioni. B. Con notifica del 20 luglio 2008, il proprietario ha chiesto di poter sostituire il tetto in lamiera e rafforzare i pali di sostegno, procedendo a lavori di riparazione e manutenzione. Dopo uno scritto interlocutorio del 22 agosto, il 14 ottobre 2008 il Comune, ritenendo un ampliamento della tettoia che non rispettava la distanza di 3 m dalla strada, ha negato la licenza edilizia. Con giudizio del 20 gennaio 2009 il Tribunale amministrativo dei Grigioni ha respinto un ricorso dell'istante. C. Avverso questa decisione A._ presenta un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiede di annullarla e di rinviare gli atti di causa alla Corte cantonale per nuovo giudizio. Il Tribunale amministrativo e il Comune propongono la reiezione del gravame in quanto ammissibile. A sua richiesta, al ricorrente sono stati trasmessi il protocollo e le fotografie del sopralluogo esperito nel 2007.