Fatti: A. A.a Dal 1° settembre 2010, X._ è stato assunto alle dipendenze delle Ferrrovie federali svizzere (FFS) con livello di funzione 7 e con una retribuzione annuale lorda pari a fr. 65'635.-. A.b Dopo i primi tre mesi di lavoro, egli ha asserito che, nel corso del colloquio di assunzione, gli era stato promesso un aumento di salario al superamento del periodo di prova, circostanza contestata dalla Divisione del personale. Malgrado ciò, in seguito a successivi colloqui durante i quali X._ ha più volte affermato di aver rinunciato ad un posto di lavoro molto meglio remunerato rispetto all'impiego presso le FFS, la Divisione del personale si è dichiarata disponibile a trovare un accordo con il dipendente per porre rimedio all'equivoco venutosi a creare. A.c Nel gennaio 2011, le FFS hanno dunque sottoposto al dipendente un nuovo contratto di lavoro che prevedeva un livello di funzione 9 ed un salario annuale lordo pari a fr. 69'007.-; X._ non lo ha però sottoscritto. Malgrado ciò, lo Shared Service Center ha convalidato il nuovo salario più elevato nel contesto dell'approvazione dell'attribuzione di un nuovo livello di funzione dell'intero team. A.d Il 16 febbraio 2011, non pago dell'aumento proposto, X._ ha ribadito le rivendicazioni di cui sopra durante un colloquio con il responsabile delle Officine di Y._. Quest'ultimo ha allora chiesto di poter visionare il certificato relativo all'ultimo impiego del dipendente. Rilevando delle incongurenze fra il documento ed il curriculum vitae di X._, le FFS si sono poi rivolte al precedente datore di lavoro di quest'ultimo accorgendosi, una volta confrontato il certificato prodotto dal dipendente all'originale, che fra i due documenti vi erano differenze sostanziali. Durante un ulteriore colloquio, il dipendente ha ammesso poi di aver falsificato il documento. A.e Il 13 maggio 2011, X._ si è visto recapitare dalla Divisione Viaggiatori, Operating (P-OP), una minaccia di licenziamento che lo invitava a non reiterare un simile riprovevole comportamento e preannunciava futuri provvedimenti relativi al diritto del lavoro. Lo stesso giorno, le FFS hanno comunicato al dipendente il suo trasferimento con livello di funzione 5 e salario lordo annuo di fr. 65'000.-. Contro tale decisione, formalizzata il 25 maggio, X._ ha interposto reclamo il 22 giugno 2011. A.f Con decisione del 12 ottobre 2011, le FFS hanno respinto il reclamo di X._ confermando la decisione del 25 maggio 2011. B. Avverso il citato esposto, il 10 novembre 2011, X._ ha interposto ricorso di diritto amministrativo dinnanzi al Tribunale amministrativo federale (TAF) postulandone l'annullamento. Con pronuncia del 25 aprile 2012, il TAF ha respinto il ricorso. C. Patrocinato dall'avv. Curzio Fontana, l'interessato è insorto al Tribunale federale, al quale chiede l'annullamento della pronuncia del TAF e di conseguenza il ripristino della funzione Z._ con livello di funzione 9 ed un salario annuo lordo pari a fr. 69'007.-. Dei motivi si dirà, per quanto occorra, nei considerandi. Le FFS propongono la reiezione del gravame, mentre il TAF ha rinunciato a determinarsi.