Fatti: A. A._, viticoltore di professione, coltiva a Croglio, nella frazione di Beride, una superficie viticola di circa 1,5 ettari ed è in particolare proprietario del fondo part. n. 1426, un terreno incolto di complessivi 2'118 m2 parzialmente confinante con dei vigneti. La particella, inserita nel catasto viticolo, è attribuita alla zona agricola del piano regolatore quale superficie per l'avvicendamento delle colture (SAC). B. Nel febbraio del 2005 il proprietario ha presentato al Municipio di Croglio una domanda di costruzione per realizzare sulla particella n. 1426 un nuovo vigneto, costituito da circa 1'100 ceppi di vite sostenuti da pali in legno alti 1,40 m, per una superficie vignata effettiva di 1'800 m2. I Servizi generali del Dipartimento del territorio del Cantone Ticino si sono opposti alla domanda siccome l'impianto di un vigneto non sarebbe conforme alla zona SAC. Preso atto del preavviso negativo dell'autorità cantonale, con decisione del 9 agosto 2005 il Municipio di Croglio ha negato al proprietario la licenza edilizia. Adito dall'interessato, con risoluzione del 29 novembre 2005 il Consiglio di Stato ha confermato la decisione municipale. C. Con sentenza del 2 marzo 2007 il Tribunale cantonale amministrativo ha respinto un ricorso del proprietario contro la risoluzione governativa. Ha rilevato che l'estensione totale minima delle SAC stabilita dalla Confederazione nel piano settoriale per l'avvicendamento delle colture, dell'8 aprile 1992, non comprendeva in realtà i terreni inclusi nel catasto viticolo. L'attribuzione della particella n. 1426 alla zona agricola SAC non era dunque conforme al diritto federale, tuttavia non poteva essere rimessa in discussione in quella sede ma avrebbe dovuto essere contestata nell'ambito dell'adozione del piano regolatore. La Corte cantonale ha poi ritenuto il previsto vigneto non conforme alla zona agricola SAC del piano regolatore comunale poiché verrebbero utilizzati prodotti fitosanitari a base di rame che provocherebbero un deterioramento del suolo. D. A._ impugna questa sentenza con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo di annullare la decisione municipale e di rinviare gli atti al Comune perché sia rilasciata la licenza edilizia richiesta. Il ricorrente fa valere la violazione del diritto federale, in particolare degli art. 16 LPT e 26 OPT. E. La Corte cantonale si conferma nella sua sentenza. Il Consiglio di Stato si rimette al giudizio del Tribunale federale, mentre il Municipio di Croglio chiede di accogliere il ricorso. Invitati ad esprimersi sul gravame, né l'Ufficio federale dello sviluppo territoriale (USTE), né l'Ufficio federale dell'ambiente, né l'Ufficio federale dell'agricoltura hanno presentato una risposta alle argomentazioni ricorsuali.