Fatti: A. Il 15 maggio 1997 l'Autorità di I.a Istanza del Distretto di Lugano per l'applicazione della legge federale del 16 dicembre 1983 sull'acquisto di fondi da parte di persone all'estero (LAFE) ha autorizzato la B._SA, con sede a Lugano, ad acquistare per scopi commerciali - cioè la produzione e la vendita di gioielli - il mappale xxx di Lugano, sul quale sorge uno stabile di sei piani. Il trapasso di proprietà è stato iscritto a registro fondiario il 28 luglio 1997. Alla proprietaria sono stati imposti diversi oneri: destinare il fondo allo svolgimento della sua attività commerciale; non venderlo per la durata di dieci anni; notificare la disdetta per la prima scadenza possibile dei contratti di locazione per i primi tre piani entro dieci giorni dall'iscrizione del trapasso; iniziare l'attività commerciale entro sei mesi dall'uscita degli inquilini. Il 3 dicembre 2001 la B._SA ha chiesto la revoca di questi oneri, assicurando la continuazione dell'utilizzazione per scopi economico-commerciali e impegnandosi a comunicare preventivamente eventuali cambiamenti di destinazione. Il 17 dicembre 2001 l'Autorità di I.a istanza ha accertato che la proprietaria non era assoggettata ad autorizzazione e ha ordinato la cancellazione degli oneri posti al momento dell'acquisto, imponendo però nel contempo il nuovo onere di usare o fare usare ogni parte del fondo xxx per scopi commerciali-amministrativi, con esclusione di qualsiasi destinazione abitativa diretta o indiretta. La decisione poggiava sulla revisione della LAFE entrata in vigore il 1° ottobre 1997, segnatamente sul nuovo art. 2 cpv. 2 lett. a, il quale esclude dall'obbligo autorizzativo l'acquisto di un fondo destinato a uso commerciale. B. Il 7 marzo 2006 l'Autorità di I.a istanza ha accertato che parte dell'immobile era vuota e ha ordinato alla proprietaria di rimetterla "in uso" entro sei mesi. Con scritto del 30 marzo successivo, la B._SA ha ammesso che i piani alti erano vuoti, perché la vetustà dello stabile rendeva difficile trovare inquilini, e ha spiegato di avere l'intenzione di effettuare una ristrutturazione. A seguito di tali osservazioni l'Autorità di I.a istanza ha confermato il 28 aprile 2006 la diffida e ha impartito alla proprietaria le seguenti scadenze: il 31 luglio 2006 per presentare la domanda di costruzione, due mesi dal rilascio della licenza per avviare il cantiere e otto mesi dall'inizio per ultimare i lavori. Questa decisione non è stata impugnata. C. Il 19 dicembre 2006 l'Autorità di I.a istanza ha constatato che la B._SA non aveva rispettato le scadenze impartitele e le ha notificato una decisione il cui dispositivo aveva il seguente tenore: "1. È accertato l'obbligo dell'autorizzazione all'acquisto della parte dal secondo piano al tetto della part. xxx di Lugano, sezione di Lugano. 2. L'autorizzazione è negata, non essendovi motivo di autorizzazione e pertanto 2.1 La decisione 14102 del 17 dicembre 2001 di non-assoggettamento è revocata relativamente ai piani dal secondo al tetto. 3. Tosto cresciuta in giudicata la presente decisione, l'incarto completo sarà trasmesso all'Autorità cantonale di sorveglianza per l'avvio dell'azione di rimozione dello stato illecito ai sensi dell'art. 27 LAFE. 4. È ordinato il blocco della part. xxx di Lugano, sezione Lugano. 4.1 Il blocco è immediatamente esecutivo." Il 13 giugno 2007 la Commissione cantonale di ricorso per l'applicazione della LAFE del Cantone Ticino ha respinto il gravame esperito dalla B._SA, la quale nel frattempo ha mutato la ragione sociale in A._SA. D. Il 10 agosto 2007 la A._SA ha presentato dinanzi al Tribunale federale un ricorso in materia di diritto pubblico, con cui chiede che le decisioni delle due istanze cantonali siano annullate. Adduce, in sostanza, la violazione degli art. 5 cpv. 2, 26 cpv. 1 e 36 cpv. 3 Cost. nonché dell'art. 25 cpv. 1 e cpv. 1bis LAFE. Chiamate ad esprimersi l'Autorità di I.a istanza, senza formulare osservazioni, e la Commissione cantonale di ricorso propongono la reiezione del gravame. L'Ufficio federale di giustizia si è limitato a condividere sia la decisione contestata sia la risposta dell'autorità cantonale di ricorso.