Fatti: A. Lo Stato del Cantone Ticino è proprietario nel Comune di Agno del fondo part. n. 648, di 25'057 m2 di superficie, su cui sorge un complesso immobiliare che ospita una scuola media. Il 20 marzo 2000 il Consiglio comunale di Agno ha adottato il progetto di revisione generale del piano regolatore, che prevedeva tra l'altro l'attribuzione della particella alla zona industriale. Il piano regolatore previgente, del 1981, la inseriva per contro nella zona per attrezzature ed edifici di interesse pubblico (AP-EP).