Fatti: A. La A._SA è proprietaria del fondo part. n. 97 di Genestrerio, di complessivi 1'822 m2, situato nella zona agricola del piano regolatore comunale, lungo la strada cantonale che conduce ai valichi doganali di Brusata e Novazzano. Sulla particella sorge una stazione di rifornimento di carburante con negozio, la cui edificazione è stata autorizzata il 2 maggio 1972. B. Il 16 dicembre 2004 la proprietaria ha presentato al Municipio di Genestrerio una domanda di costruzione per un parziale cambiamento di destinazione del negozio in esercizio pubblico. Il progetto prevede l'utilizzazione di una superficie di 40 m2 dell'attuale negozio (di complessivi 125 m2 circa) per realizzare un bar-caffetteria-paninoteca con un'entrata separata e una capienza di sei tavoli per un totale di ventiquattro posti a sedere. Dopo una serie di atti procedurali che non occorre qui evocare e preso atto dell'opposizione dei Servizi generali del Dipartimento del territorio del Cantone Ticino, con decisione del 31 gennaio 2007 il Municipio ha negato la licenza edilizia. Questa decisione è stata confermata il 12 febbraio 2008 dal Consiglio di Stato su ricorso della proprietaria. C. Con sentenza del 7 luglio 2008 il Tribunale cantonale amministrativo ha respinto un ricorso della A._SA contro la risoluzione governativa. La Corte cantonale ha ritenuto l'intervento prospettato incompatibile con 43 cpv. 1 lett. b OPT siccome comportava nuove implicazioni rilevanti sul territorio e l'ambiente. D. La proprietaria impugna con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale questo giudizio, chiedendo in via principale di annullarlo e di rilasciarle la licenza edilizia richiesta. In via subordinata, postula il rinvio degli atti all'autorità cantonale per una nuova decisione. Fa valere la violazione dell'art. 43 OPT e degli art. 9, 27, 29 e 94 Cost., contestando essenzialmente la rilevanza delle implicazioni del progetto sull'ambiente. Non sono state chieste osservazioni al ricorso.