Fatti: A. Il 30 maggio 2006 l'Ufficio di esecuzioni di X._ ha notificato a A._, avvocato a Z._, un precetto esecutivo con il quale B._ gli chiedeva il pagamento di fr. 2'765'000.--. Secondo le indicazioni del creditore fr. 2'750'000.-- costituivano il risarcimento dei danni materiali e morali consecutivi d'un canto a un'irruzione avvenuta nell'ottobre 2002 nella casa ch'egli occupava a Y._, di proprietà del debitore, dall'altro all'inesecuzione del mandato di amministrazione patrimoniale ch'egli aveva affidato all'avvocato; i rimanenti fr. 15'000.-- consistevano di tasse di giustizia e ripetibili stabilite in diverse sentenze. A._ ha dichiarato opposizione al precetto esecutivo e con petizione del 16 febbraio 2007 proposta davanti al foro del convenuto B._ - la Pretura di Lugano - ha chiesto di accertare ch'egli non fosse debitore del predetto importo e che l'esecuzione fosse di conseguenza dichiarata nulla e cancellata e non fosse comunicata a terzi. B._ si è opposto all'azione e in via riconvenzionale ha chiesto la condanna di A._ al pagamento di fr. 5'852'387.20 nonché il rigetto definito dell'opposizione. Tale somma si suddivideva nel risarcimento di fr. 552'387.20 per danni consecutivi all'irruzione dell'ottobre 2002 e di fr. 5'300'000.-- per danni subiti nell'ambito del mandato di gestione patrimoniale. A._ ha eccepito l'incompetenza territoriale e la prescrizione dell'azione riconvenzionale di B._. La procedura è stata limitata a queste eccezioni. B. Con sentenza del 30 luglio 2009 il Pretore ha respinto l'eccezione d'incompetenza e parzialmente quella di prescrizione, ossia limitatamente alle pretese derivanti dai fatti dell'ottobre 2002; ha invece dichiarato prescritta e respinto la riconvenzione nella misura in cui riguardava le pretese contrattuali. Entrambe le parti hanno impugnato il giudizio: B._ ha chiesto che l'eccezione di prescrizione fosse respinta interamente mentre A._ ha ribadito sia l'incompetenza territoriale, sia la prescrizione completa delle pretese riconvenzionali. La seconda Camera civile del Tribunale di appello ticinese si è pronunciata con sentenza del 18 giugno 2010. Essa ha accolto l'appello di B._, respingendo quindi l'eccezione di prescrizione per riguardo alle pretese contrattuali di B._, e ha "evaso ai sensi dei considerandi" quello di A._, confermando cioè l'infondatezza dell'eccezione d'incompetenza territoriale e annullando il dispositivo con il quale il Pretore aveva respinto l'eccezione di prescrizione delle pretese di risarcimento per i fatti dell'ottobre 2002; per quest'ultimo aspetto gli atti sono stati ritornati al Pretore "per la continuazione della procedura". C. A._ insorge davanti al Tribunale federale con ricorso in materia civile del 20 agosto 2010: chiede l'accoglimento sia dell'eccezione di prescrizione delle pretese contrattuali, a conferma del giudizio del Pretore, sia dell'eccezione d'incompetenza territoriale. Il dispositivo con il quale la Corte d'appello ha ritornato gli atti al Pretore in merito all'eccezione di prescrizione delle pretese per i fatti dell'ottobre 2002 non è impugnato. B._, con risposta 21 settembre 2010, propone che il ricorso sia respinto nella misura in cui fosse ammissibile. L'autorità cantonale non ha preso posizione. Al ricorso è stato conferito effetto sospensivo con decreto del 14 settembre 2010.