Fatti: A. La A._SA è titolare dell'autorizzazione a gestire 11 camere da affittare annesse al night B._, locale notturno situato a X._, fuori della zona edificabile, lungo l'autostrada A2, dalla quale è separato dalla strada cantonale. Il 7 marzo 2007 e il 17 ottobre 2008, il distaccamento speciale della Polizia cantonale preposto alla prevenzione della tratta e dello sfruttamento degli esseri umani (TESEU) ha effettuato due controlli, riscontrando entrambe le volte la presenza nel night club e nelle camere da affittare di 17 donne straniere, provenienti da paesi dell'Europa dell'Est o del Sudamerica: sei ragazze, annunciate per svolgere in Ticino la professione di prostitute, hanno indicato quale posto di lavoro il night B._, mentre due ragazze sono state inoltre sorprese in compagnia di clienti, i quali hanno ammesso di essersi appartati con loro nelle camere dopo essere stati abbordati nel locale notturno. L'esercizio pubblico, pubblicizzato su Internet come locale a luci rosse, non risulterebbe inoltre essere frequentato da famiglie. B. Il 7 aprile 2009 il Municipio di X._ ha ordinato alla A._SA e al gerente dell'esercizio pubblico di far sospendere immediatamente l'esercizio della prostituzione nel B._ (affittacamere) e di ripristinare l'uso dell'immobile a scopo di esercizio pubblico, conformemente alla destinazione autorizzata con la licenza edilizia del 17 agosto 1972. Il 18 agosto 2009 il Consiglio di Stato ha confermato il provvedimento. Adito dalla A._SA e dal gerente, con giudizio del 24 gennaio 2011 il Tribunale cantonale amministrativo ne ha respinto il gravame. C. Avverso questa sentenza A._SA presenta un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiede di concedere effetto sospensivo al ricorso e, in via principale, di dichiarare nulla la decisione impugnata, nonché di accertare che l'attività svolta presso l'affittacamere B._ è conforme alla licenza edilizia, e, in via subordinata, di annullare la criticata pronunzia. Non sono state chieste osservazioni al ricorso.