Fatti: A. Con messaggio del 20 giugno 2005 il Municipio di Lugano ha chiesto al Consiglio comunale un credito di fr. 690'000.-- per la realizzazione di interventi a favore della viabilità ciclabile. Dopo l'approvazione del credito da parte del Consiglio comunale durante la seduta del 4 ottobre 2005, il Municipio ha pubblicato il 1° settembre 2006 le prescrizioni locali concernenti il traffico volte alla realizzazione di un percorso ciclabile tra Davesco/Soragno e Pian Scairolo. Il progetto prevede in particolare nel centro cittadino, segnatamente per via Nassa e via Canova, la sostituzione degli attuali segnali di zona pedonale e di divieto di accesso con segnali corrispondenti ma che consentono, quale eccezione, la circolazione delle biciclette. Contro tali prescrizioni, A._ e B._SA si sono tra altri aggravati dinanzi al Consiglio di Stato del Cantone Ticino che, con risoluzione del 16 gennaio 2007, ha respinto i ricorsi. Il Governo ha contestualmente approvato la segnaletica stradale in particolare per quanto riguarda il centro città. B. Con sentenza del 30 ottobre 2008 il Tribunale cantonale amministrativo ha respinto un ricorso presentato da A._ e da B._SA contro la risoluzione governativa. Ha negato che la parziale apertura del centro ai velocipedi fosse in contrasto con la zona pedonale prevista dal piano regolatore comunale ed ha ritenuto le nuove prescrizioni sorrette dall'interesse pubblico e rispettose del principio della proporzionalità. C. A._ e B._SA impugnano questo giudizio con un ricorso in materia di diritto pubblico e un ricorso sussidiario in materia costituzionale al Tribunale federale, chiedendo di annullarlo e di rinviare gli atti all'autorità cantonale per una nuova decisione. I ricorrenti fanno valere la violazione del diritto federale e l'accertamento arbitrario dei fatti. D. La Corte cantonale si riconferma nella sua sentenza. Il Consiglio di Stato si rimette al giudizio del Tribunale federale, mentre il Municipio di Lugano chiede di respingere il ricorso in materia di diritto pubblico e di dichiarare inammissibile quello sussidiario in materia costituzionale.