Fatti: A. La X._ SA, già Y._ SA, è una società con sede a Lugano posta in liquidazione il 13 dicembre 2001 e fino ad allora attiva nell'intermediazione di effetti mobiliari, in particolare in operazioni di forfaiting. Iscritta dal 1° gennaio 1995 nel registro dei contribuenti assoggettati all'imposta sul valore aggiunto (IVA), nel mese di marzo del 1998 la società è stata sottoposta ad un controllo da parte dell'Amministrazione federale delle contribuzioni (AFC) in merito ai periodi fiscali dal 1° gennaio 1995 al 31 dicembre 1997. L'autorità ne ha in primo luogo concluso che la società era stata iscritta a torto, poiché la sua attività era costituita quasi integralmente da operazioni escluse dall'imposta. Per questo motivo, ha allestito un conto complementare (n. aaa) con cui ha avanzato una pretesa di fr. 21'030.--, più interessi, a rettifica della deduzione dell'imposta precedente. In secondo luogo, ha accertato che l'interessata aveva versato provvigioni e commissioni a terzi all'estero per fr. 6'567'301.--. Considerati tali pagamenti quale contropartita di prestazioni di servizi imponibili ottenute dall'estero, ha emesso un secondo conto complementare (n. bbb) per un credito di fr. 426'874.-- (6,5% di fr. 6'567'301.--), oltre ad interessi del 5% dal 30 dicembre 1996. B. Con decisioni formali del 21 gennaio 2000 l'AFC ha confermato le riprese d'imposta indicate nei conti complementari. Contro la pronuncia concernente il conto di importo più consistente l'interessata ha interposto reclamo, respinto tuttavia il 6 gennaio 2005. Essa si è allora aggravata dinanzi alla Commissione federale di ricorso in materia di contribuzioni (CRC) che, con sentenza del 29 novembre 2006, ha però a sua volta respinto l'impugnativa e confermato la decisione di imposizione. Secondo tale autorità, la contribuente non era stata in grado di dimostrare, come le incombeva, che le prestazioni ottenute dall'estero costituivano prestazioni esenti da imposta. In particolare, il semplice fatto che forniva prestazioni esenti non comprovava ancora che acquisiva pure prestazioni esenti. Irrilevante era poi un accordo fiscale concluso nel 1981, che non fondava un diritto alla protezione della buona fede. Nessun vantaggio poteva infine venir tratto dai lunghi tempi procedurali, vista la passività dell'interessata. C. Il 15 gennaio 2007 la X._ SA in liquidazione ha interposto un ricorso di diritto amministrativo dinanzi al Tribunale federale, con cui chiede di annullare la decisione della Commissione di ricorso e quindi il prelievo d'imposta di fr. 426'874.--. Dei motivi si dirà, per quanto necessario, nei considerandi. Chiamato ad esprimersi, il Tribunale amministrativo federale, subentrato alla Commissione di ricorso in materia di contribuzioni, ha rinunciato a determinarsi. Pure senza formulare osservazioni, l'Amministrazione federale delle contribuzioni propone invece di respingere il gravame.