Fatti: A. E._, nato nel 1962, è stato alle dipendenze, in qualità di responsabile del Bar F._, della M._ Sagl dal 20 novembre 2001 al 30 luglio 2003. Egli era socio gerente della società con diritto di firma individuale e quota sociale di fr. 10'000.- (a fronte di un capitale sociale di fr. 20'000.-). La M._ Sagl è stata dichiarata fallita il 6 maggio 2004 e radiata dal registro di commercio il 21 ottobre 2004. Nell'ottobre 2003 l'interessato si è iscritto all'assicurazione contro la disoccupazione, rivendicando l'erogazione delle relative indennità con effetto dallo stesso mese. Con decisione del 15 aprile 2004, sostanzialmente confermata il 29 settembre seguente anche in seguito all'opposizione interposta dal richiedente, la Cassa di disoccupazione del Cantone Ticino ha respinto la domanda di prestazioni dal 17 ottobre 2003 in quanto da quest'ultima data al 6 maggio 2004 l'interessato risultava essere ancora gerente della M._ Sagl, mentre per quanto concerne il diritto a indennità per il periodo successivo, lo stesso diritto gli andava negato per il fatto che egli non avrebbe comprovato, con il grado di verosimiglianza richiesto, l'avvenuto versamento di un salario nel termine quadro di contribuzione (dal 17 ottobre 2001 al 16 ottobre 2003). B. Patrocinato dall'avv. Fulvio Biancardi, l'assicurato si è aggravato al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino, il quale, esperiti i propri accertamenti e stabilito aver l'insorgente adempiuto il necessario periodo di contribuzione, per pronuncia del 24 ottobre 2005 ha accolto il gravame, annullato il provvedimento querelato e rinviato gli atti all'amministrazione per procedere, se dati gli ulteriori presupposti, al versamento delle indennità di disoccupazione richieste. C. La Cassa di disoccupazione ha interposto ricorso di diritto amministrativo al Tribunale federale delle assicurazioni (dal 1° gennaio 2007: Tribunale federale), al quale chiede l'annullamento del giudizio cantonale e la conferma della sua decisione su opposizione del 29 settembre 2004. Dei motivi si dirà, per quanto occorra, nei considerandi. Sempre patrocinato dall'avv. Biancardi, l'assicurato propone la reiezione del gravame, mentre il Segretariato di Stato dell'economia (seco) ha rinunciato a determinarsi.