Fatti: A. Il Procuratore pubblico (PP) Valentina Tuoni, dopo aver interrogato il 10 settembre 2012 B._, ha aperto un procedimento penale a carico di A._, per titolo di atti sessuali con fanciulli, violenza carnale, coazione sessuale e lesioni semplici in relazione a fatti risalenti al 2002/2003. L'interessato ha ammesso parzialmente i fatti. Nell'ambito dell'audizione di C._, del 29 novembre 2012, il PP Marisa Alfier ha aperto un secondo procedimento penale a carico dell'imputato, per titolo di lesioni semplici, vie di fatto, minaccia, coazione, coazione sessuale e violenza carnale per fatti avvenuti nella notte tra il 27 e il 28 novembre 2012 a X._. L'interessato ha contestato le accuse a carattere sessuale. Il 4 dicembre 2012 detta PP ha proposto al Giudice dei provvedimenti coercitivi (GPC) la carcerazione preventiva dell'interessato fino al 1° febbraio 2013. Con decisione del 6 dicembre 2012 il GPC ha accolto l'istanza. B. La Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino (CRP), adita dall'interessato, ne ha respinto il reclamo con giudizio del 10 gennaio 2013. Con sentenza del 15 marzo 2013 il Tribunale federale ha respinto, in quanto ammissibile, un ricorso sottopostogli dall'imputato (causa 1B_63/2013). C. Nel frattempo, il 25 gennaio 2013 il PP aveva chiesto la proroga della carcerazione preventiva dell'imputato. Con decisione del 5 febbraio 2013 il GPC, accertato un pericolo di recidiva, ha poi prorogato la carcerazione fino al 1° aprile 2013. Con decisione del 1° marzo 2013 la CRP, rilevato che il reclamante non aveva replicato alle osservazioni del PP e del GPC, ne ha respinto il reclamo. D. Avverso questa decisione, il 13 marzo 2013 A._ presenta un ricorso in materia penale al Tribunale federale. Chiede, concessogli il beneficio del gratuito patrocinio, di porlo in libertà, subordinatamente di concedergli gli arresti domiciliari con il sistema del braccialetto elettronico e, in via ancor più subordinata, di trasferirlo in un carcere senza isolamento. Non sono state chieste osservazioni al gravame.