Fatti: A. A._ SA è proprietaria di uno stabile situato all'estremità sud della zona residenziale semi-intensiva di X._. A pianterreno si trova il bar B._, mentre al primo piano vi sono otto camere da affittare, che formano un esercizio pubblico a sé stante, autorizzato dal Municipio con licenza edilizia del 6 novembre 2003. In seguito a controlli esperiti dalla polizia cantonale, il 18 giugno 2008 il Municipio ha ordinato alla citata società di sospendere immediatamente l'esercizio della prostituzione nelle menzionate camere, decisione confermata dal Tribunale cantonale amministrativo il 6 marzo 2009. B. Parallelamente a quel ricorso, la proprietaria ha chiesto al Municipio il permesso di trasformare in un bordello quattro delle otto camere. La domanda non ha comportato opposizioni ed è stata preavvisata favorevolmente dal Dipartimento del territorio. Il 5 giugno 2009 il Municipio ha nondimeno respinto la domanda, ritenendo che le immissioni moleste derivanti dall'immobile contrasterebbero con la funzione residenziale della zona. Il 18 agosto 2009 il Consiglio di Stato, ammessa la presenza di immissioni foniche e immateriali, ha confermato il diniego. La citata società è allora insorta dinanzi al Tribunale cantonale amministrativo, criticando il rifiuto governativo di procedere a un contraddittorio orale e di esperire un sopralluogo. Con giudizio del 7 settembre 2011 la Corte cantonale, rifiutata la richiesta di contraddittorio orale poiché il ricorso sarebbe manifestamente infondato, ha respinto il gravame nel merito. C. Avverso questa decisione A._ SA presenta un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo di annullarla. Dei motivi si dirà, in quanto necessario, nei considerandi. Il Consiglio di Stato si rimette al giudizio del Tribunale federale. La Corte cantonale, apportate alcune precisazioni, si riconferma nella decisione impugnata. Il Comune di X._ propone di respingere il ricorso. Nella replica la ricorrente si riconferma nelle proprie allegazioni e conclusioni.