Fatti: A. Il 24 dicembre 2004 il Capo del Dipartimento federale delle finanze ha autorizzato l'Amministrazione federale delle contribuzioni (AFC) ad aprire un'inchiesta fiscale speciale nei confronti degli avvocati A.A._ e B.A._, quest'ultima titolare di uno studio legale e notarile a Lugano. Il legale è sospettato d'aver commesso gravi infrazioni fiscali ai sensi dell'art. 190 della legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD; RS 642.11), per aver sottaciuto al fisco federale una parte importante della sua sostanza e dei suoi redditi imponibili. Egli avrebbe inoltre partecipato a reati fiscali commessi da C._, mentre B.A._ avrebbe partecipato a quelli commessi dal marito. B. Il 2/3 febbraio 2005 la Divisione delle inchieste speciali dell'AFC ha perquisito lo studio legale e sequestrato numerosi documenti cartacei e informatici, posti sotto suggello. L'8 agosto 2005 la Corte dei reclami penali del Tribunale penale federale ha accolto una richiesta di levata dei sigilli presentata dall'AFC, stabilendo per la cernita, da effettuare dalla Corte medesima, una procedura in tre fasi, confermata dal Tribunale federale (vedi DTF 132 IV 63). L'8 giugno 2006, considerata la voluminosa documentazione sequestrata e le divergenze sull'utilità o no della documentazione, il giudice delegato ha comunicato alle parti, le quali hanno aderito alla proposta, che la Corte avrebbe statuito autonomamente su tutti gli incarti sequestrati, rinunciando alla procedura in contraddittorio. C. Con decisione del 20 febbraio 2007, la I Corte dei reclami penali (I CRP), ritenendo impossibile distinguere i clienti protetti dal segreto professionale dell'avvocato da quelli non protetti, ha accolto la richiesta di versare agli atti tutti i documenti ancora in sospeso concernenti la contabilità dello studio legale. Mediante sentenza 1B_47/2007 del 28 giugno 2007 il Tribunale federale, ritenuta sbrigativa e superficiale detta tesi, ha accolto, in quanto ammissibile, un ricorso dei coniugi A._ e ha annullato questa decisione. In seguito i legali hanno prodotto listati contenenti i nomi dei clienti da loro ritenuti protetti dal segreto professionale. D. Il 16 ottobre 2007 la I CRP, comunicata alle parti la sua volontà di procedere a tappe, ha restituito agli indagati una ventina di incarti ritenuti inutili per l'inchiesta. Con giudizio del 12 novembre 2007 essa ha statuito sugli incarti bancari restanti. Ritenuto che l'individuazione di relazioni attinenti all'attività tipica dell'avvocato e l'anonimizzazione dei relativi documenti avrebbe implicato un investimento sproporzionato di tempo, essa ha versato agli atti solo determinati atti bancari, anonimizzandoli senza la verifica effettiva dell'esistenza di un segreto da proteggere, vietando all'AFC di utilizzarli o di trasmetterli a terzi per altre procedure senza il consenso della Corte. Con sentenza 1B_288/2007 del 30 settembre 2008 il Tribunale federale l'ha annullata. E. La I CRP, con decisione del 20 novembre 2007, si è pronunciata sugli incarti non considerati nell'esame di periodi contabili speciali. Rilevato che si tratta di migliaia di atti, in gran parte contenenti nomi di terzi, richiamati i motivi addotti nella sentenza del 12 novembre 2007, ha ribadito che la cernita e l'anonimizzazione dei nomi rappresenterebbe un lavoro totalmente sproporzionato. Essa ha quindi deciso quanto segue: "1. I seguenti incarti devono essere restituiti, ai sensi dei considerandi, agli indagati: S1, S24 (parziale), S30 (parziale), S32 (parziale), S269 (parziale), S364 (parziale), S441 (parziale). 2. I seguenti incarti devono essere versati agli atti ai sensi dei considerandi: S23 (parziale), S24 (parziale), S30 (parziale), S32 (parziale), S364 (parziale), S269 (parziale), S441 (parziale), S440 (parziale). 3. L'utilizzo o la trasmissione a terzi, per altre procedure, di documenti o informazioni concernenti clienti degli indagati provenienti dagli incarti S23 e S24 di cui al punto 2 del presente dispositivo è proibito in assenza di nuove decisioni da parte della I Corte dei reclami penali. 4. (spese)". F. Avverso questo giudizio l'AFC presenta un ricorso in materia penale al Tribunale federale. Chiede, in via cautelare, di concedere l'effetto sospensivo al gravame e di congiungere i susseguenti ricorsi che saranno inoltrati; in via principale, di annullare la decisione impugnata e, in sostanza, di versare agli atti del procedimento penale in forma integrale e non anonimizzata i libri base (cassa, posta, banca, debitori e creditori) per verificare la completezza e la correttezza delle registrazioni contabili, il libro mastro delle relative registrazioni, le liste delle corrispondenti registrazioni di ogni singolo conto e le pezze giustificative, con il divieto di utilizzare le informazioni riguardanti terzi in altri procedimenti, salvo autorizzazione della I CRP; postula inoltre di versare agli atti tutte le fatture concernenti l'attività tipica e atipica dei legali in forma integrale; in via subordinata, chiede di versarli in maniera anonimizzata. La I CRP chiede la reiezione, in quanto ammissibile, del ricorso. I coniugi A._ postulano, proceduralmente, di stralciare dall'incarto gli allegati n. da 2 a 19 prodotti dalla ricorrente, in via principale, di dichiarare inammissibile il ricorso e, in via subordinata, di respingerlo. Al ricorso è stato conferito effetto sospensivo in via superprovvisionale. La decisione in esame è stata impugnata anche dagli avvocati A.A._ e B.A._ (1B_287/2007 decisa in data odierna).