Fatti: A. La legge federale del 10 ottobre 1997 relativa alla lotta contro il riciclaggio di denaro nel settore finanziario (legge sul riciclaggio di denaro, LRD; RS 955.0) prevede che per le decisioni rese ed i servizi forniti l'autorità di controllo per la lotta contro il riciclaggio di denaro (autorità di controllo LRD) riscuote degli emolumenti. Gli organismi di autodisciplina (OAD; art. 24 segg. LRD) e gli intermediari finanziari direttamente sottoposti alla vigilanza di tale autorità (IFDS; art. 18 cpv. 1 lett. b LRD) sono inoltre tenuti a versare ogni anno una tassa di sorveglianza per i costi di vigilanza non coperti dal ricavo degli emolumenti (art. 22 LRD, nel tenore giusta il n. I 17 della legge federale del 19 dicembre 2003 sul programma di sgravio 2003, in vigore dal 1° gennaio 2006 [RU 2004 1946]). Il Consiglio federale ha disciplinato i particolari di questi tributi nell'ordinanza del 26 ottobre 2005 sulla tassa di sorveglianza e sugli emolumenti dell'autorità di controllo per la lotta contro il riciclaggio di denaro (di seguito: OT-AdC; RS 955.033.2). B. Il 7 settembre 2006 l'autorità di controllo LRD ha stabilito in fr. XXX la tassa di sorveglianza dovuta dall'Organismo di autodisciplina dei fiduciari del Cantone Ticino (OAD-FCT) per l'anno 2006. L'importo richiesto risultava composto da una tassa di base uguale per tutti gli OAD di fr. 41'038.-- e da una tassa aggiuntiva calcolata in funzione del ricavo lordo e del numero degli intermediari finanziari affiliati. Nel caso dell'OAD-FCT tale tassa aggiuntiva ammontava a fr. XXX (ricavo lordo: fr. XXX; intermediari finanziari affiliati: XXX). C. Con sentenza del 3 settembre 2007, il Tribunale amministrativo federale ha parzialmente accolto il ricorso interposto dall'OAD-FCT contro la decisione dell'autorità di controllo LRD, riducendo la tassa dovuta a fr. XXX. L'autorità ricorsuale ha tenuto conto di importi inferiori per quanto concerne i ricavi lordi e i costi di sorveglianza ed ha calcolato il tributo fondandosi esclusivamente sui criteri validi per la fissazione della tassa aggiuntiva, senza considerare la tassa di base prevista dall'art. 7 OT-AdC. L'istanza di ricorso ha ritenuto che con l'adozione di quest'ultima norma il Consiglio federale abbia oltrepassato i limiti del potere d'apprezzamento conferitogli dall'art. 22 cpv. 4 LRD, leso il principio di legalità e posto in essere un'inammissibile disparità di trattamento tra i differenti organismi di autodisciplina. D. Il 14 dicembre 2007 l'Amministrazione federale delle finanze è insorta dinanzi al Tribunale federale mediante un ricorso in materia di diritto pubblico con cui chiede di annullare la sentenza del Tribunale amministrativo federale, di constatare che la riscossione della tassa di base secondo l'art. 7 OT-AdC è conforme alla legge e di stabilire la tassa di sorveglianza 2006 dell'OAD-FCT in fr. XXX (fr. 43'899.-- di tassa di base e fr. XXX di tassa aggiuntiva). La ricorrente sostiene che la suddivisione della tassa di sorveglianza in una tassa di base di importo fisso e in una tassa aggiuntiva variabile appare giustificata da ragioni oggettive e non conduce ad alcuna disparità di trattamento. Rileva inoltre che l'autorità precedente ha in ogni caso calcolato in modo errato la tassa dovuta in quanto ha sì dedotto dai costi totali l'importo di fr. XXX già pagato da un OAD che non ha ricorso, ma ha omesso di porre in deduzione, dai parametri complessivi, anche il numero dei membri di detto organismo (XXX) e il suo ricavo lordo (fr. XXX). Ne deriverebbe che i costi complessivi da coprire rimarrebbero in realtà impagati in ragione di fr. 11'527.--. Invitati ad esprimersi, il Tribunale amministrativo federale rinuncia a prendere posizione, rinviando alle motivazioni ed al dispositivo della propria sentenza, mentre l'Organismo di autodisciplina dei fiduciari del Cantone Ticino postula la conferma del giudizio impugnato.