Fatti: A. La Procura della Repubblica presso il Tribunale di Varese ha presentato alla Svizzera, il 28 ottobre 2003, una richiesta di assistenza giudiziaria nell'ambito di un procedimento avviato nei confronti di B._, A._ - sospettato d'aver riciclato tramite le società zurighesi P._AG e Q._GmbH i proventi delle attività criminose - e altre persone per riciclaggio di denaro, traffico illecito di sostanze stupefacenti e altri reati. Secondo la domanda, a partire dal 1994 gli indagati sarebbero stati autori di diversi episodi criminali nelle Province di Varese e di Milano e pure in Svizzera. Con complemento del 2 dicembre 2004 la citata Procura ha chiesto di procedere, in sua presenza, all'audizione degli indagati. B. Il 23 agosto 2004 A._ è stato arrestato all'aeroporto di Zurigo nell'ambito di un'inchiesta aperta nei confronti suoi e di altre persone dalla polizia giudiziaria federale per infrazione alla legge federale sugli stupefacenti (art. 19 n. 1 e 2 LStup), per partecipazione a un'organizzazione criminale (art. 260ter CP) e per riciclaggio (art. 305bis CP); è stato posto in detenzione preventiva. Ritenuta l'esistenza di gravi indizi di colpevolezza e dei pericoli di collusione e di fuga, l'arresto è stato confermato più volte dalla Corte dei reclami penali del Tribunale penale federale e, in ultima istanza, anche dal Tribunale federale (sentenza 1S.3/2006 del 2 marzo 2006). C. Con decisione di entrata nel merito e incidentale del 17 dicembre 2004, il Ministero pubblico della Confederazione (MPC) ha accolto la domanda rogatoriale e ha ordinato l'audizione dell'imputato A._ alla presenza di rappresentanti dell'autorità estera. Allo scopo di garantire una maggiore fedefacenza delle dichiarazioni rese e considerate le esigenze avanzate dall'autorità estera, il MPC ha proceduto alla registrazione fonica dell'audizione del 17 gennaio 2005. In seguito è stato allestito un verbale riassuntivo dell'interrogatorio e successivamente, visto il rifiuto dell'interessato di trasmettere in via semplificata le cassette fonoregistrate, l'audizione è stata integralmente trascritta: una copia del verbale è stata trasmessa all'interrogato, concedendogli la facoltà di esprimersi al riguardo. Mediante decisione di chiusura del 2 giugno 2005, il MPC ha ordinato la trasmissione del verbale di interrogatorio, unitamente alle cassette fonoregistrate e alla loro trascrizione. D. A._ impugna questa decisione con un ricorso di diritto amministrativo al Tribunale federale. Chiede di annullarla e di rifiutare la domanda di assistenza, in via eventuale di invitare il MPC a indicare in maniera adeguata nel verbale di interrogatorio le affermazioni delle parti riguardo all'asserita richiesta, negata secondo il ricorrente, della partecipazione all'audizione di un legale italiano. Postula inoltre di essere posto al beneficio dell'assistenza giudiziaria e del gratuito patrocinio. E. L'Ufficio federale di giustizia, sollevati alcuni dubbi riguardo al rispetto del diritto di essere sentito relativamente alla consultazione degli atti da parte del ricorrente, si rimette al giudizio del Tribunale federale. Il MPC chiede di respingere il ricorso in quanto ammissibile. F. Il 25 luglio 2005 il ricorrente ha prodotto uno scritto del suo difensore italiano, secondo cui le indagini e le misure rogatoriali effettuate dopo la scadenza di determinati termini, sarebbero inutilizzabili.