Fatti: A. Nell'ambito del progetto della nuova linea ferroviaria transalpina concernente l'asse del San Gottardo, il Dipartimento federale dell'ambiente, dei trasporti, dell'energia e delle comunicazioni (DATEC) ha approvato nel 2003 i piani relativi alla gestione del materiale riguardante la zona del portale di Bodio della galleria di base. Il progetto contemplava in particolare la formazione di un deposito intermedio per il materiale grezzo denominato "Pollegio 1". B. A seguito delle aumentate esigenze di deposito di materiale, nel 2004 AlpTransit San Gottardo SA (AlpTransit) ha sottoposto per approvazione all'autorità federale la modifica del progetto "Deposito intermedio Pollegio 2", che prevedeva la realizzazione di un'ulteriore area di stoccaggio di 215'000 t sui fondi part. www, xxx e yyy di Pollegio. C. Entro il termine di pubblicazione dei piani, B.C._ e D.C._, comproprietari del vicino fondo part. zzz di Pollegio su cui la loro società in nome collettivo (A._) gestisce un'agenzia regionale di automobili, hanno notificato pretese per complessivi fr. 156'000.--, oltre interessi, a titolo di indennità per immissioni eccessive. Con decisione del 7 marzo 2006, il DATEC ha approvato il progetto, imponendo all'impresa ferroviaria una serie di oneri. L'autorità federale ha in seguito trasmesso la notifica di pretese per competenza alla Commissione federale di stima (CFS). D. Dopo una serie di atti che non occorre qui evocare, con decisione del 17 giugno 2011 la CFS ha riconosciuto a B.C._ e D.C._ un'indennità di fr. 112'160.--, oltre interessi, per le immissioni eccessive provocate dal cantiere di Bodio sul fondo part. zzz di Pollegio dal 1° gennaio 2005 al 31 dicembre 2010. Ha inoltre riconosciuto loro un indennizzo di fr. 27'388.-- per le future immissioni eccessive per il periodo dal 1° gennaio 2011 al 31 dicembre 2012. E. Con sentenza del 23 maggio 2013, la Corte I del Tribunale amministrativo federale (TAF) ha respinto un ricorso presentato da AlpTransit contro la decisione della CFS, confermando sia il carattere eccessivo delle immissioni, e quindi il riconoscimento di principio di un'indennità, sia l'ammontare di quest'ultima. F. AlpTransit impugna questa sentenza con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo in via principale di riformarla nel senso di negare ai proprietari un'indennità espropriativa. In via subordinata, chiede che l'ammontare dell'indennità sia stabilito dal Tribunale federale secondo il suo libero apprezzamento, rispettivamente che la causa sia rinviata all'istanza inferiore per un nuovo giudizio. La ricorrente fa valere la violazione degli art. 8 cpv. 1, 9 e 29 cpv. 2 Cost. G. Il TAF comunica di rinunciare a presentare osservazioni. Pure la CFS comunica di non presentare una risposta, osservando nondimeno, con riferimento alla censura di violazione del principio della parità di trattamento, che in materia di immissioni di cantiere confronti con altri casi sarebbero problematici. L'opponente postula la reiezione del gravame nella misura in cui lo stesso non sia dichiarato inammissibile già per carenza di motivazione.