Fatti: A. La comunione ereditaria composta di A._ e B._ è proprietaria dei fondi prativi contermini ppp, qqq, rrr, sss, ttt e uuu del Comune di Agno, ubicati in località V._, nonché delle particelle vvv, www, xxx, yyy e zzz, anch'essi prativi, ubicati in località W._. Il 21 novembre 1977 il Consiglio comunale aveva adottato il piano regolatore, approvato il 20 gennaio 1981 dal Consiglio di Stato, che attribuiva i fondi delle comproprietarie, in quanto non boschivi, al territorio senza destinazione specifica, ricompresi poi in gran parte nel perimetro della zona di pianificazione riva al lago. B. Il 20 marzo 2000 il Consiglio comunale ha adottato la revisione generale del piano regolatore, approvata il 17 dicembre 2002 dal Governo cantonale. I citati fondi sono stati inclusi, assieme ad altri terreni, nel perimetro riservato all'allestimento del piano regolatore particolareggiato PRP3, denominato "comprensorio riva del lago", disciplinato dall'art. 46 delle norme di attuazione del piano regolatore (NAPR), comparto nel quale gli insediamenti esistenti possono essere riattati e trasformati, ma non ampliati. C. Il 14 agosto 2009 le comproprietarie sono insorte con un'istanza per denegata giustizia al Consiglio di Stato, ritenendo ingiustificato il ritardo del Comune nel pianificare i loro fondi, chiedendo quindi un risarcimento di fr. 16'650'000.-- e un'indennità annua di fr. 950'000.-- per l'immobilizzazione dei terreni a partire dall'inoltro dell'istanza: richieste poi abbandonate nel contenzioso in esame. Il 23 giugno 2010 il Consiglio di Stato ha respinto in quanto ammissibile l'istanza, poiché la pianificazione comunale era vincolata a quella di ordine superiore relativa all'ampliamento della pista dell'aeroporto di Lugano-Agno e al progetto di circonvallazione Agno-Bioggio. Con giudizio del 10 giugno 2011 il Tribunale cantonale amministrativo ha respinto un ricorso delle comproprietarie. D. Avverso questa decisione A._ e B._ presentano un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale (causa 1C_352/2011). Chiedono, in via principale, di annullarla, di accertare la denegata/ritardata giustizia da parte del Comune, di comminare a quest'ultimo un termine di un mese per dare avvio al processo pianificatorio dei loro fondi e di un anno per sottoporre al Dipartimento del territorio una proposta d'indirizzo del piano regolatore per una verifica generale; in via subordinata, di rinviare gli atti alla Corte cantonale per nuovo giudizio. E. Con sentenza 1C_352/2011 del 18 ottobre 2011, il Tribunale federale ha dichiarato inammissibile il ricorso per mancato versamento tempestivo dell'anticipo richiesto. Mediante sentenza 1F_34/2011 del 17 gennaio 2012, ha poi accolto una domanda di revisione delle ricorrenti e annullato la predetta sentenza, riprendendo l'istruzione della causa sotto il nuovo numero 1C_44/2012. F. Il Comune di Agno propone di respingere il ricorso, la Corte cantonale si riconferma nel giudizio impugnato, mentre il Consiglio di Stato ha inoltrato osservazioni tardive. Nella replica le ricorrenti si riconfermano nelle loro conclusioni. Il Consiglio di Stato ha duplicato tardivamente, mentre le altre parti non si sono espresse.