Fatti: A. Nelle sedute del 2/3 giugno e 13 ottobre 2003 il Consiglio comunale di Y._ ha adottato la revisione generale del piano regolatore. In quell'ambito il vasto comparto residenziale in località Z._, che si estende lungo il tracciato ferroviario con una fascia profonda circa 40 m, è stato ampliato di quasi il doppio della sua superficie. Dall'ampliamento sono stati interessati, tra altri, anche i fondi sss (di 550 m2) di B._ e ttt (di 547 m2) di A._, che presentano una superficie prativa. B. Il 20 giugno 2006 il Consiglio di Stato del Cantone Ticino ha parzialmente approvato il piano regolatore, sospendendo su determinati punti la propria decisione. Dopo aver offerto agli interessati la possibilità di esprimersi sull'intenzione di non approvare l'estensione della citata zona residenziale, il Governo cantonale, accertato un abbondante sovradimensionamento di detta zona e un conflitto con la conservazione del territorio agricolo, con risoluzione del 19 settembre 2007 non l'ha approvata. Adito dai citati proprietari, con giudizio del 7 settembre 2009 il Tribunale cantonale amministrativo ne ha respinto il ricorso. C. A._ e B._ impugnano questa decisione con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiedono di annullarla e di attribuire i loro fondi alla zona edificabile. La Corte cantonale e il Consiglio di Stato si riconfermano nelle rispettive decisioni, il Comune si limita a rinviare alle osservazioni presentate nell'ambito della citata sospensione della procedura di approvazione.