Fatti: A. Nell'ambito di una procedura in materia edilizia che oppone A._ Sagl e B._ SA al Municipio di Melano, concernente tra l'altro un richiesto cambiamento di destinazione di locali da affittacamere a postribolo, il Consiglio di Stato del Cantone Ticino ha respinto i ricorsi delle citate società. Queste intendono impugnare la decisione governativa dinanzi al Tribunale cantonale amministrativo. Con istanze del 5 giugno e 7 settembre 2009, le insorgenti hanno chiesto la ricusa di tutti i giudici del Tribunale d'appello del Cantone Ticino. Adducevano che il patrocinatore del Municipio, quale membro del Gran Consiglio, aveva partecipato alla loro elezione, per cui essi, essendo la controparte rappresentata da chi li ha eletti, non sarebbero oggettivamente imparziali. B. Con risoluzione del 24 novembre 2009, il Consiglio di Stato ha proceduto in seduta pubblica, scegliendo tra nove persone aventi i requisiti richiesti, al sorteggio di una Camera straordinaria del Tribunale d'appello composta di tre giudici, designando anche un giudice straordinario supplente. Ha inoltre trasmesso a detta Camera, per giudizio, le istanze di ricusa. C. Avverso questa decisione A._ Sagl e B._ SA presentano un ricorso in materia di diritto pubblico e in subordine un ricorso sussidiario in materia costituzionale al Tribunale federale. Chiedono, in via principale, di annullare la decisione impugnata e di ordinare un nuovo sorteggio; in via subordinata, di accertare la carenza di indipendenza e imparzialità oggettiva del giudice straordinario avv. C._, che esercitava la professione d'avvocato anche quando era membro del Gran Consiglio. C._ si rimette al giudizio del Tribunale federale, mentre il Consiglio di Stato propone di respingere, in quanto ammissibile, il ricorso.