Fatti: A. A._ ha acquistato nel 1991 i fondi part. n. 216 e 220, nonché 1/3 della comproprietà coattiva sul fondo part. n. 218 RFD di Paradiso annessa alla particella n. 220. Il fondo part. n. 216, di 1'355 m2, è inedificato, mentre gli altri due, rispettivamente di 853 m2 e di 122 m2, sono edificati. Le proprietà fanno parte del complesso colonico di Morchino, caratterizzato da un nucleo di costruzioni rustiche, situato su un terrazzamento sulle pendici del Monte San Salvatore. Il piano regolatore approvato dal Consiglio di Stato del Cantone Ticino il 21 febbraio 1979 inseriva questi fondi nella zona edificabile R2. Il 25 marzo 1996 il Consiglio comunale di Paradiso ha adottato una revisione del piano regolatore, che prevedeva l'assegnazione dei fondi in questione alla zona agricola con un vincolo di protezione paesaggistica. Contro tale decisione A._ è insorto al Consiglio di Stato, che con risoluzione del 27 agosto 1997 ha respinto il gravame e approvato la revisione del piano regolatore. Il proprietario ha quindi adito dapprima il Tribunale della pianificazione del territorio (TPT) e in seguito il Tribunale federale, che hanno confermato la risoluzione governativa con rispettive sentenze del 3 maggio 1999 e dell'8 novembre 2000 (causa 1P.346/1999). B. A seguito del provvedimento pianificatorio, il 3 agosto 2000 A._ ha inoltrato al Tribunale di espropriazione una richiesta d'indennità per espropriazione materiale nei confronti del Comune di Paradiso di complessivi fr. 1'055'150.--, oltre interessi. Nelle conclusioni, la pretesa è stata ridotta a fr. 907'805.--, siccome l'interessato aveva nel frattempo venduto il fondo part. n. 220 e la relativa quota di comproprietà coattiva: la procedura è quindi rimasta limitata al fondo part. n. 216. Con sentenza del 12 ottobre 2007 il Tribunale di espropriazione ha respinto la pretesa d'indennità. C. A._ ha allora adito il Tribunale cantonale amministrativo che, con giudizio del 25 agosto 2008, ha confermato la decisione di primo grado. La Corte cantonale ha ribadito che l'inclusione del fondo part. n. 216 nella zona agricola, nell'agosto del 1997, costituiva un rifiuto di attribuirlo alla zona edificabile e non, come sostenuto dall'interessato, un dezonamento. Ha poi negato che il provvedimento adempisse gli estremi di un'espropriazione materiale. D. A._ impugna questa sentenza con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo di annullarla. Postula inoltre il contestuale annullamento della decisione di primo grado e l'accoglimento delle pretese d'indennità notificate. In via subordinata, chiede il rinvio degli atti alla precedente istanza per un nuovo giudizio. Il ricorrente fa valere la violazione degli art. 9, 26 cpv. 2 e 29 Cost. e dell'art. 5 cpv. 2 LPT. E. La Corte cantonale si conferma nella sua sentenza. Il Comune di Paradiso postula la reiezione del ricorso.