Fatti: A. Dal 1978 al 2004 A._, Lugano, è stato revisore e consulente della ditta di falegnameria B._ SA, Giubiasco, la quale ha a sua volta eseguito diverse opere per lui. Dopo la cessazione della collaborazione è iniziata la discussione sui loro rapporti di dare-avere. A._ ha inviato due fatture: una di fr. 133'638.-- per il periodo 1991 - 2003 (indicato inizialmente per errore 1990 - 2003) e una di fr. 13'900.-- per le prestazioni dal 1° gennaio al 31 maggio 2004. La B._ SA le ha contestate, comunicando di essere disposta a considerarle saldate per compensazione con le fatture da lei emesse in precedenza per un totale di fr. 82'962.--. Sono seguiti scambi di corrispondenza infruttuosi e precetti esecutivi vicendevoli, con le relative opposizioni. B. B.a Il 27 gennaio 2006 A._ ha chiesto al Pretore di Bellinzona di condannare la B._ SA a pagargli fr. 147'538.--, corrispondenti al totale delle predette due fatture. La convenuta ha riconosciuto un onorario complessivo di fr. 52'000.--, da compensare con il suo credito di fr. 82'962.--: ha perciò chiesto di respingere la petizione e formulato una domanda riconvenzionale di fr. 30'962.--. In sede di conclusioni l'attore ha ridotto la propria domanda a fr. 141'170.--. Il Pretore, con sentenza del 5 marzo 2009, ha respinto la petizione e accolto la domanda riconvenzionale, condannando l'attore a pagare alla convenuta fr. 30'962.-- con interessi al 5 % dal 1° gennaio 1995. B.b Il giudizio di prima istanza è stato riformato il 22 novembre 2011 dalla II Camera civile del Tribunale di appello ticinese, su appellazione dell'attore, il quale è stato condannato a pagare alla convenuta fr. 17'443.-- con interessi al 5 % dal 1 gennaio 2005. C. L'attore insorge davanti al Tribunale federale con ricorso in materia civile del 16 gennaio 2012. Chiede la riforma della sentenza cantonale, la reiezione della domanda riconvenzionale e l'accoglimento parziale della sua petizione con la condanna della convenuta a pagargli in via principale fr. 90'629.30, in via subordinata fr. 25'864.80, in entrambi i casi con interessi al 5 % dal 1° gennaio 2005. La convenuta propone di respingere il ricorso con risposta del 16 aprile 2012. L'autorità cantonale non ha preso posizione.