Fatti: A. A.A._ e B.A._ sono comproprietari di un appartamento sito in un condominio ubicato nella zona residenziale semi-estensiva di Lugano, sezione Pregassona. Nel 1996 essi hanno chiuso il balcone (m 7.70 x 1.50) del loro appartamento con ampie finestre in alluminio, in modo da ricavarne una veranda. Sollecitati dal Municipio di Lugano, subentrato a quello di Pregassona in seguito alla fusione dei due Comuni, con notifica del 18 agosto 2005 essi hanno presentato un permesso in sanatoria per la chiusura del balcone, domanda avversata da alcuni vicini e respinta dal Municipio il 30 novembre 2005. Il 26 aprile 2006, il Consiglio di Stato del Cantone Ticino, adito dagli istanti, ha confermato la risoluzione municipale, ritenendo anch'esso dato un superamento dell'indice di sfruttamento e l'ininfluenza di un asserito permesso verbale rilasciato da un non meglio indicato funzionario comunale. B. Con giudizio del 27 gennaio 2010, il Tribunale cantonale amministrativo, in applicazione del principio di proporzionalità, ha annullato nel senso dei considerandi sia la decisione governativa sia quella municipale nella misura in cui negano, ordinandone la rimozione, la licenza edilizia in sanatoria per le finestre in alluminio posate sul lato sud-ovest (m 1.50) del balcone: ha quindi rinviato gli atti al Municipio, affinché rilasci la relativa licenza. C. Avverso questa pronunzia A.A._ e B.A._ presentano un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiedono di annullarla e di accertare che la posa della veranda sul loro balcone è legale, in subordine di rilasciare la licenza edilizia in sanatoria. In un secondo tempo, hanno chiesto di concedere al gravame l'effetto sospensivo. Non sono state chieste osservazioni.