Fatti: A. La A._Srl, con sede a V._ (Italia), si è vista appaltare nel 2011 diversi lavori edili sul cantiere "B._ SA" a W._. La copertura in legno della costruzione è stata poi subappaltata alla C._ Srl, con sede a X._ (Italia). Quest'ultima società ha notificato all'autorità competente ticinese nove lavoratori distaccati dal 1° giugno al 1° luglio 2011. B. Nell'ambito di un controllo effettuato il 15 giugno 2011 sul cantiere da un ispettore della divisione sicurezza sul lavoro della SUVA, è apparso che le dovute misure di sicurezza a tutela dei lavoratori non erano state attuate. Con "decisione preventiva" pronunciata il 16 giugno 2011 nei confronti della A._ Srl, cresciuta in giudicato incontestata, la SUVA ha ordinato all'impresa di ripristinare la sicurezza sul cantiere, rilevando che malgrado precedenti scritti concernenti l'obbligo d'installare misure di sicurezza collettive sui cantieri affidatile e poi da lei subappaltati, ancora una volta essa non vi aveva provveduto, segnatamente non era stato montato un ponteggio con relativo sporto da lattoniere. Le ha poi rimproverato di non avere preventivamente informato il subappaltatore in merito alle misure di sicurezza a suo tempo comunicatele e l'ha resa attenta a quanto prescritto dall'art. 3 dell'ordinanza sulla sicurezza e la protezione della salute dei lavoratori nei lavori di costruzione del 29 giugno 2005 (Ordinanza sui lavori di costruzione, OLCostr; RS 832.311.141), da lei ampiamente disatteso. Con "decisione in seguito a pericolo grave e imminente" di medesima data e anche lei cresciuta in giudicato incontestata, la SUVA ha parimente ordinato alla C._ Srl di sospendere i lavori e di ripristinare la sicurezza sul cantiere, segnatamente: a) di montare un ponte da lattoniere ai sensi dell'art. 47 OLCostr, la cui protezione laterale, a dipendenza della pendenza del tetto, doveva essere installata come parete di protezione da copritetto (art. 48 OLCostr); b) di montare ai bordi dei tetti le protezioni laterali, formate da correnti superiori e da correnti intermedi (art. 28 e 29 cpv. 5 OLCostr); c) di montare le necessarie reti di sicurezza e/o i ponteggi di ritenuta (impalcati; art. 19 OLCostr). Osservando, in entrambe le decisioni, che le costatazioni dell'ispettore e le misure ordinate erano state discusse per telefono, rispettivamente a voce con un responsabile della ditta e i lavoratori interessati, la SUVA, vista la situazione di pericolo accertata, ha deciso che era vietato lavorare nelle zone esposte a rischio, salvo per quanto riguardava la struttura portante (per la C._ Srl), fintantoché le carenze riscontrate non venissero eliminate. Il medesimo giorno la sicurezza sul cantiere è stata ristabilita. C. Il 13 luglio 2011 l'Ufficio dell'ispettorato del lavoro del Dipartimento ticinese delle finanze e dell'economia (di seguito: Ufficio dell'ispettorato del lavoro) ha intimato alla A._ Srl un rapporto di contravvenzione, prospettandole l'adozione di una sanzione amministrativa ai sensi dell'art. 9 cpv. 2 della legge federale concernente le misure collaterali per i lavoratori distaccati e il controllo dei salari minimi previsti nei contratti normali di lavoro dell'8 ottobre 1999 (Legge sui lavoratori distaccati, LDist; RS 823.20), per mancato rispetto delle disposizioni in materia di sicurezza e protezione della salute (assenza del ponteggio con relativo supporto da lattoniere) e mancata preventiva informazione del subappaltatore circa la necessità di adottare le dovute misure di sicurezza. La ditta non si è determinata. Il 21 settembre 2011, l'Ufficio dell'ispettorato del lavoro ha vietato alla A._ Srl, e per essa al suo direttore E.Z. nonché ai dipendenti della ditta, di prestare servizi in Svizzera per un periodo di 4 anni a decorrere dalla crescita in giudicato della decisione. La stessa è stata presa in applicazione degli artt. 82 e 112 della legge federale sull'assicurazione contro gli infortuni del 20 marzo 1981 (LAINF; RS 832.20), 49 dell'ordinanza sulla prevenzione degli infortuni e delle malattie professionali del 19 dicembre 1983 (OPI; RS 832.30), 2 cpv. 1 lett. d, 5, 7, 9 cpv. 2 lett. b LDist e, infine, dell'ordinanza federale sui lavoratori distaccati in Svizzera del 21 maggio 2003 (ODist; 823.201). La medesima sanzione è stata pronunciata lo stesso giorno nei confronti della C._ Srl, la quale come subappaltatrice si era resa direttamente protagonista delle infrazioni constatate. La decisione è stata confermata su ricorso dal Consiglio di Stato ticinese il 1° febbraio 2012. D. Adito tempestivamente, il Tribunale cantonale amministrativo ha parzialmente accolto il gravame della A._ Srl il 26 novembre 2012 e ha riformato la risoluzione governativa nel senso che il divieto di prestare servizi in Svizzera è stato limitato a 2 anni e 6 mesi. Innanzitutto, i giudici cantonali hanno ricordato che secondo la LDist devono essere garantite, tra l'altro, ai lavoratori distaccati le condizioni lavorative prescritte nelle leggi federali (art. 2 cpv. 1 lett. d LDist), ciò che implica l'attuazione di specifiche misure di sicurezza sui cantieri (artt. 3 cpv. 1 e 3, 18, 19 cpv. 1, 28 cpv. 1, 29 nonché 48 cpv. 3 e 5 OLCostr) e il loro rispetto da parte dei datori di lavoro (art. 1 cpv. 1 OPI); in caso di subappalto, l'aggiudicatario deve assicurarsi che il subappaltatore le esegua (art. 3 cpv. 4 OLCostr). In seguito hanno elencato le sanzioni legali previste, ossia la multa amministrativa fino a fr. 5'000.-- in caso di lievi infrazioni e il divieto fatto al datore di lavoro di offrire i suoi servizi in Svizzera per un periodo da uno a cinque anni per gravi infrazioni (art. 9 cpv. 2 lett. a e b LDist). Valutando il caso concreto e dopo avere brevemente riepilogato la fattispecie, il Tribunale cantonale amministrativo, dopo avere negato che fossero stati disattesi l'art. 2 dell'Accordo del 21 giugno 1999 tra la Confederazione Svizzera, da una parte, e la Comunità europea e i suoi Stati membri, dall'altra, sulla libera circolazione delle persone (ALC; RS 0.142.112.681) e la libertà economica garantita dall'art. 27 Cost., è giunto alla conclusione che il provvedimento querelato, di per sé giustificato, risultava tuttavia sproporzionato nella sua durata dato che l'infrazione effettivamente contestata all'impresa insorgente era in concreto una sola, cioè la mancata installazione di un ponteggio con relativo sporto da lattoniere. E. Il 18 gennaio 2013 la A._ Srl ha presentato dinanzi al Tribunale federale un ricorso in materia di diritto pubblico, con il quale chiede che la sentenza cantonale sia annullata e riformata nel senso che la decisione 21 settembre 2011 dell'Ufficio dell'ispettorato del lavoro venga annullata; in via subordinata domanda che la causa sia rinviata all'autorità precedente affinché assuma le prove da lei chieste ed emani un nuovo giudizio. Fa valere, in sintesi, una violazione degli artt. 8, 27, 29 e 36 Cost. nonché 2 ALC. Chiamati ad esprimersi il Consiglio di Stato si è rimesso al giudizio di questa Corte, mentre l'Ufficio dell'ispettorato del lavoro ha chiesto la reiezione del ricorso. Il Tribunale cantonale amministrativo, senza formulare osservazioni, si è riconfermato nelle conclusioni della propria sentenza, mentre la Segreteria di Stato all'economia (SECO) non si è espressa. F. Con decreto presidenziale del 26 febbraio 2013 è stata respinta l'istanza di conferimento dell'effetto sospensivo contenuta nel ricorso.