Fatti: A. Il 24 dicembre 2004 il Capo del Dipartimento federale delle finanze ha autorizzato l'Amministrazione federale delle contribuzioni (AFC) ad aprire un'inchiesta fiscale speciale nei confronti degli avvocati A.A._ e B.A._, quest'ultima titolare di uno studio legale e notarile a Lugano. Il legale è sospettato d'aver commesso gravi infrazioni fiscali ai sensi dell'art. 190 della legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD; RS 642.11), per aver sottaciuto al fisco federale una parte importante della sua sostanza e dei suoi redditi imponibili. Egli avrebbe inoltre partecipato a reati fiscali commessi da C._, mentre B.A._ avrebbe partecipato a quelli commessi dal marito. B. Il 2/3 febbraio 2005 la Divisione delle inchieste speciali dell'AFC ha perquisito lo studio legale e sequestrato numerosi documenti cartacei e informatici, posti sotto suggello. L'8 agosto 2005 la Corte dei reclami penali del Tribunale penale federale ha accolto una richiesta di levata dei sigilli presentata dall'AFC, stabilendo per la cernita, da effettuare dalla Corte medesima, una procedura in tre fasi, confermata dal Tribunale federale (vedi DTF 132 IV 63). C. Il 20 febbraio 2007, la I Corte dei reclami penali (I CRP), ritenendo impossibile distinguere i clienti protetti dal segreto professionale dell'avvocato da quelli non protetti e rilevato che l'anonimizzazione degli atti le imporrebbe un lavoro considerevole, ha accolto la richiesta di versare agli atti tutti i documenti ancora in sospeso. Con sentenza 1B_47/2007 del 28 giugno 2007 il Tribunale federale ha accolto, in quanto ammissibile, un ricorso degli opponenti e, considerata sbrigativa e superficiale la predetta tesi, ha annullato l'impugnata decisione. In seguito i legali hanno prodotto listati contenenti i nomi dei clienti da loro ritenuti protetti dal segreto professionale. D. La I CRP, comunicata alle parti la sua volontà di procedere a tappe, con decisione del 12 novembre 2007 ha statuito su una parte degli incarti: ritenuto che l'individuazione di relazioni attinenti all'attività tipica dell'avvocato e la relativa anonimizzazione avrebbe implicato un investimento sproporzionato di tempo, ha versato agli atti solo determinati atti, anonimizzandoli senza la verifica effettiva dell'esistenza di un segreto da proteggere. Con sentenza 1B_288/2007 del 30 settembre 2008 il Tribunale federale l'ha annullata. E. La I CRP, con decisione del 3 dicembre 2007, si è pronunciata sui dati informatici sequestrati dall'AFC nello studio legale degli indagati, registrati su due CD (S4 e S5). I supporti informatici contengono centinaia di documenti, nei quali figurano in gran numero nomi di terzi. L'istanza precedente, richiamati i motivi addotti nella sentenza del 12 novembre 2007, ha ribadito che la cernita e l'anonimizzazione dei nomi rappresenterebbe un lavoro totalmente sproporzionato, decidendo quanto segue: "1. Gli incarti S4 (parziale) e S5 devono essere restituiti, ai sensi dei considerandi, agli indagati. 2. L'incarto S4 (parziale) deve essere versato agli atti ai sensi dei considerandi. 3. (spese)". F. L'AFC impugna questo giudizio con un ricorso in materia penale al Tribunale federale. Chiede, in via cautelare, di concedere l'effetto sospensivo al gravame e di congiungere i ricorsi già inoltrati; in via principale, di annullare la decisione impugnata e ordinare alla I CRP di versare agli atti dell'incarto penale in forma integrale, non anonimizzata e con il divieto di utilizzare per altri procedimenti le informazioni riguardanti terzi: i messaggi di posta elettronica, la lista dei siti più frequentemente visitati, la corrispondenza, la documentazione contabile, le fatture e tutta la restante documentazione contenuta nei due CD; quindi la corrispondenza riguardante la gestione societaria ad opera degli opponenti, con l'ausilio di persone di riferimento all'estero, documenti per i quali il versamento degli atti è già stato stabilito con la sentenza impugnata al dispositivo n. 2; in via subordinata, chiede di versare agli atti la citata lista e la menzionata corrispondenza in forma integrale, il resto in forma anonimizzata. La I CRP propone la reiezione, in quanto ammissibile, del ricorso. Gli opponenti chiedono, in via principale, di dichiarare irricevibile il ricorso e, in via subordinata, di respingerlo. Al ricorso è stato conferito effetto sospensivo in via superprovvisionale.