Fatti: A. A._ è proprietario del fondo xxx di Comano di una superficie di mq 1423. Il 25 giugno 2007 il Municipio gli ha notificato la tassa d'uso delle canalizzazioni per il 2007 ammontante a fr. 2'166.60. La stessa è stata calcolata in applicazione dell'art. 33 cpv. 3 e 6 del regolamento comunale delle canalizzazioni del 15 novembre 1999 (RCC) e della tariffa prevista dall'ordinanza municipale sulla tassa d'uso delle canalizzazioni, cioè fr. 0.60 per metro cubo di acqua potabile consumata nel 2006, in concreto 3611 mc. Gli anni precedenti il suo consumo d'acqua è stato sensibilmente inferiore (tra 600 e 1'000 mc). L'ammontare della tassa d'uso è stata confermata su reclamo dal Municipio il 3 agosto 2007 il quale ha ritenuto che anche se, come sostenuto dal proprietario, il consumo eccezionalmente elevato derivava da un guasto all'impianto, ciò non gli permetteva di scostarsi dal criterio di calcolo sulla base dei consumi accertati dalla lettura del contatore. B. La risoluzione municipale è stata a sua volta confermata dal Consiglio di Stato il 6 novembre 2007, il quale ha giudicato che il Municipio, calcolando la tassa litigiosa sulla base del consumo dell'anno precedente rilevato dall'apposito contatore che era stato verificato da tecnici specializzati, aveva agito correttamente. Al riguardo ha poi constatato che non sussisteva una manifesta divergenza tra la tassa così stabilita e l'intensità d'uso dell'impianto delle canalizzazioni. C. La decisione governativa è stata avvallata dal Tribunale cantonale amministrativo il 15 dicembre 2008. Richiamati i disposti di legge determinanti e rammentati la natura e lo scopo della tassa litigiosa, la Corte cantonale ha osservato, in sintesi, che incombeva a chi intendeva ottenere una riduzione della tassa calcolata, tra l'altro, in base al consumo d'acqua, provare o rendere verosimile che vi era una sproporzione tra il quantitativo d'acqua fornita e quello effettivamente immesso nelle canalizzazioni, ciò che in concreto il proprietario ricorrente non aveva fatto. Infine ha rilevato che non le spettava rimediare alle omissioni dell'insorgente nell'addurre i fatti o le prove a lui favorevoli. D. Il 27 gennaio 2009 A._ ha presentato dinanzi al Tribunale federale un ricorso sussidiario in materia costituzionale con cui chiede che la sentenza cantonale sia annullata. Adduce, in sostanza, che il giudizio impugnato sarebbe inficiato d'arbitrio. Chiamati ad esprimersi il Tribunale cantonale amministrativo, senza formulare osservazioni, si riconferma nelle motivazioni e nelle conclusioni della propria decisione, mentre il Consiglio di Stato si è rimesso al giudizio della Corte. Il Comune di Comano propone che il gravame, in quanto ammissibile, sia respinto.