Fatti: A. La A._AG è proprietaria del fondo part. n. 313 di Gambarogno (Vira), situato sulla riva del lago Maggiore e adiacente alla foce del fiume Vadina. La particella, di complessivi 6'624 m2 sostanzialmente inedificati, confina con il fondo part. n. 318 di proprietà dello Stato del Cantone Ticino, che la separa dallo specchio lacustre, costituendone la riva. Dopo una serie di atti che non occorre qui evocare, il 18 dicembre 2006 il Consiglio comunale di Vira Gambarogno ha adottato una variante di piano regolatore che assegnava la maggior parte del fondo part. n. 313 alla zona agricola e la parte rimanente, così come la particella n. 318, a quella forestale. Entrambi i fondi sono inoltre stati gravati da un vincolo di protezione del paesaggio e inseriti nella zona di pericolo di esondazione del lago, posta alla quota di 198 m.s.m. B. Con risoluzione del 17 marzo 2009 il Consiglio di Stato del Cantone Ticino ha approvato la variante, respingendo nel contempo un ricorso della A._AG, che si era aggravata contro il provvedimento pianificatorio, chiedendo essenzialmente l'attribuzione del suo fondo alla zona edificabile. C. La proprietaria ha impugnato la risoluzione governativa dinanzi al Tribunale cantonale amministrativo che, dopo avere esperito un sopralluogo, con sentenza del 23 maggio 2011 ha respinto l'impugnativa nella misura della sua ricevibilità. La Corte cantonale, rilevata innanzitutto l'infondatezza delle censure di natura formale, ha negato l'adempimento dei presupposti dell'art. 15 LPT ed ha ritenuto che il terreno soddisfava i requisiti della zona agricola. Ha inoltre negato una violazione del principio della buona fede. D. La A._AG impugna questa sentenza con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo in via principale di annullarla, di annullare pure la decisione governativa e di inserire il suo fondo nella zona edificabile di tipo R3, con bonus per la realizzazione di infrastrutture alberghiere e grandi superfici. In via subordinata, chiede di rinviare gli atti alla Corte cantonale affinché inserisca la proprietà nella citata zona edificabile o statuisca nuovamente nel senso dei considerandi. La ricorrente fa essenzialmente valere la violazione del diritto federale e l'accertamento arbitrario dei fatti. E. La Corte cantonale si riconferma nella sua sentenza. Il Consiglio di Stato condivide il giudizio impugnato e rinuncia a presentare ulteriori osservazioni. Il Comune del Gambarogno chiede di respingere il gravame. Invitato ad esprimersi sul ricorso, l'Ufficio federale dello sviluppo territoriale ha comunicato di rinunciarvi. La ricorrente ha sostanzialmente ribadito le sue conclusioni con osservazioni del 24 ottobre 2011.