Fatti: A. Allievo della scuola dell'infanzia di Montagnola, A._ il 24 luglio 2008 ha formulato attraverso sua madre una richiesta di intervento logopedico e di copertura delle relative spese. Inoltrata tramite la logopedista B._, la richiesta verteva sue due sedute settimanali di 60 minuti l'una per il periodo compreso tra il 21 luglio 2008 e il 31 dicembre 2009. Con decisione del 27 agosto 2008, l'Incaricato per la logopedia dell'Ufficio delle scuole comunali del Cantone Ticino ha accolto parzialmente l'istanza, limitando la durata delle singole sedute a 45 minuti. Su reclamo, il 10 settembre 2008 l'Ufficio delle scuole comunali ha confermato detta restrizione nei tempi di terapia. B. In rappresentanza del paziente, la logopedista è allora insorta dinanzi al Consiglio di Stato, lamentando in particolare la carenza di motivazione della decisione di base così come di quella su reclamo. Con pronuncia del 9 dicembre 2008 il Governo cantonale ha tuttavia respinto il gravame. Esso ha in sostanza rilevato che la durata di 45 minuti per seduta di terapia è stabilita quale regola sia da una circolare emessa dall'Ufficio delle scuole comunali all'indirizzo delle logopediste attive privatamente sia da una convenzione conclusa tra il Dipartimento dell'educazione, della cultura e dello sport (DECS) e l'Associazione dei logopedisti della Svizzera italiana (ALOSI). Ai beneficiari delle misure che intendono ottenere tempi di terapia più lunghi incomberebbe pertanto l'onere di motivare adeguatamente la richiesta di deroga. Nel caso concreto, dalla domanda di intervento non emergevano per contro motivi per distanziarsi dalla regola. C. Il 14 gennaio 2009 A._ ha presentato un ricorso al Tribunale federale con cui postula in particolare l'annullamento della decisione governativa ed il riconoscimento dell'intervento logopedico in ragione di due sedute settimanali di 60 minuti l'una. Chiamati ad esprimersi, il Consiglio di Stato si rimette al giudizio del Tribunale federale, il Dipartimento cantonale dell'educazione, della cultura e dello sport propone la reiezione dell'impugnativa, mentre il Dipartimento federale dell'interno non presenta richieste di giudizio.