Fatti: A. A._ è proprietario di un giardino terrazzato di circa 200 m2 situato nel Comune di X._, in zona agricola. Il fondo, sorretto a valle da un muro con scala in sasso, è in gran parte coperto da prato: una porzione più piccola, circa un terzo, è adibita a orto. Nel giardino si trova una baracca con pareti in lamiera. Con licenza edilizia del 19 maggio 2003, previa semplice procedura di notifica, il Municipio ha permesso al proprietario di posare una recinzione metallica, con rete e pali zincati aventi un'altezza da 1.50 m a oltre 2.00 m. La recinzione sconfina parzialmente sul fondo del vicino, consenziente. B. Nel 2007, a seguito di una decisione del Consiglio di Stato del Cantone Ticino, quale autorità di vigilanza sui comuni, per l'opera di cinta in questione è stata avviata una procedura ordinaria di rilascio di un permesso in sanatoria. Fatto proprio il preavviso negativo vincolante del Dipartimento del territorio, con decisione dell'11 giugno 2007 il Municipio ha respinto la domanda di costruzione. La decisione è cresciuta in giudicato. Il 26 febbraio 2008 il Municipio, preso atto dell'avviso favorevole del citato Dipartimento, ha ordinato al proprietario di rimuovere la recinzione entro il 30 giugno 2008. C. Adito dall'interessato, il Consiglio di Stato ne ha respinto il ricorso con decisione del 13 maggio 2008, ritenendo che, di fronte a una licenza edilizia nulla, l'insorgente non poteva prevalersi dei principi della sicurezza del diritto e della buona fede. Anche il Tribunale cantonale amministrativo, statuendo il 30 luglio 2008, ha respinto il relativo ricorso del proprietario. D. Avverso questo giudizio A._ presenta un ricorso ("Beschwerde") al Tribunale federale. Chiede di concedere l'effetto sospensivo al gravame, di annullare la decisione impugnata, di addossare le spese della procedura federale e di quella cantonale allo Stato del Cantone Ticino, di porlo al beneficio dell'assistenza giudiziaria e di riconoscergli un'indennità di fr. 2'500.-- a titolo di ripetibili. Non sono state chieste osservazioni al gravame.