Fatti: A. Il 23 novembre 2004 il Municipio di X._ ha rilasciato una licenza edilizia per un esercizio pubblico (11 camere da affittare), denominato C._: nell'immobile si trova pure un locale notturno e un bar. L'edificio è ubicato nella zona residenziale semiestensiva, nella quale è permessa la costruzione di abitazioni, alberghi e ristoranti, stabili commerciali amministrativi e artigianali con un'attività non molesta: è per contro vietata qualsiasi forma di immissione molesta. Il 28 aprile 2008, alla proprietaria dell'immobile, è stata rilasciata la patente per l'esercizio pubblico costituito dalle camere in questione. Quale gestore figura la B._ SA, mentre la gerenza è stata assunta da A._. B. Il 27 maggio 2008 la polizia cantonale ha trasmesso al Municipio di X._ una copia del rapporto dei controlli effettuati il 7 febbraio 2006 e il 3 marzo 2008 nei citati esercizi pubblici dal distaccamento speciale preposto alla prevenzione della tratta e dello sfruttamento degli esseri umani. Dal rapporto risulta che nei primi due mesi del 2008 le camere sono state locate unicamente a giovani donne straniere sole, due delle quali erano state condannate per l'esercizio illecito della prostituzione. Richiamando questo rapporto, il 18 giugno 2008 il Municipio ha accertato la presenza di un cambiamento di destinazione non autorizzato e non autorizzabile a posteriori, poiché inconciliabile, a causa delle immissioni moleste, con la funzione essenzialmente residenziale della zona: ha quindi ordinato alla proprietaria, rispettivamente ai gerenti, di sospendere immediatamente l'esercizio della prostituzione nelle camere e di ripristinare l'uso autorizzato con la licenza del 2004. La decisione è stata dichiarata immediatamente esecutiva. Un ricorso concernente il diniego dell'effetto sospensivo a un eventuale gravame è stato dichiarato inammissibile dal Tribunale federale (sentenza 1C_449/2008 del 17 ottobre 2008). C. Il 19 novembre 2008 il Consiglio di Stato ha confermato il provvedimento municipale. Adito dai gerenti, con giudizio del 16 gennaio 2009 il Tribunale amministrativo ne ha respinto il gravame. D. Avverso questa decisione A._ e la B._ SA presentano un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiedono di annullarlo e di rinviare la causa alla Corte cantonale per nuovo giudizio. Non sono state chieste osservazioni al ricorso.