Fatti: A. Il 13 maggio 2011 il Municipio di X._ ha indetto un pubblico concorso, retto dalla legge sulle commesse pubbliche del 20 febbraio 2001 (LCPubb; RL/TI 7.1.4.1) e impostato secondo la procedura libera, per aggiudicare i lavori di sostituzione dei contatori dell'acqua potabile. Entro il termine fissato gli sono pervenute le offerte di sei ditte e il 19 agosto 2011 i lavori sono stati deliberati alla B._Sagl, classificatasi prima in graduatoria. La A._Sagl, seconda in classifica, si è allora aggravata al Tribunale cantonale amministrativo. Il 3 ottobre 2011 il gravame è stato stralciato dai ruoli dato che, in seguito alla rinuncia della B._Sagl al mandato, l'autorità comunale e l'insorgente sono giunti ad un accordo in base al quale la delibera contestata andava considerata annullata in vista di un'ulteriore aggiudicazione. L'11 ottobre 2011, dopo avere rivalutato le offerte ricevute, il Municipio di X._ ha aggiudicato i lavori alla C._SA, prima classificata. La decisione è cresciuta in giudicato incontestata. L'aggiudicataria, sovraccarica di lavoro, ha tuttavia rinunciato a stipulare il contratto oggetto della commessa. Vista la situazione, il 9 dicembre 2011 il Municipio di X._ ha aperto un nuovo concorso, sempre riferito ai medesimi lavori. B. Il 19 dicembre 2011 la A._Sagl ha impugnato il nuovo bando di concorso dinanzi al Tribunale cantonale amministrativo, chiedendo che sia annullato e che l'assegnazione della commessa avvenisse in base alle offerte inoltrate nel concorso precedente. Con sentenza del 7 febbraio 2012 la Corte cantonale ha respinto il gravame. Ha osservato, in sintesi, che l'operato del committente non prestava fianco a critiche, rispettivamente che nella pubblicazione del nuovo bando di concorso non era ravvisabile alcuna violazione del diritto. C. Il 13 marzo 2012 la A._Sagl ha esperito dinanzi al Tribunale federale un ricorso sussidiario in materia costituzionale con chiede che la sentenza cantonale e il bando di concorso del 9 dicembre 2011 siano annullati e che venga ordinato al committente di deliberare l'aggiudicazione delle opere sulla scorta del precedente bando di concorso indetto il 13 maggio 2011. Adduce, in sintesi, la violazione di diversi principi costituzionali. Chiamati ad esprimersi il Municipio di X._, alle cui determinazioni l'Ufficio dei lavori sussidiati e degli appalti del Dipartimento del territorio si è rimesso, ha chiesto la reiezione dell'impugnativa, mentre il Tribunale cantonale amministrativo ha rinunciato a formulare osservazioni. D. Con decreto presidenziale del 16 marzo 2012 è stato concesso effetto sospensivo in via supercautelare al ricorso. E. Il 2 aprile 2012 la ricorrente ha informato questa Corte che, dopo aver proceduto all'apertura pubblica delle offerte il 2 marzo 2012, il Municipio di X._, con risoluzione del 12 marzo 2012, aveva deciso di non aggiudicare l'appalto, poiché tutti i concorrenti avevano superato il limite di credito ivi prescritto. Precisa inoltre di avere impugnato detta risoluzione dinanzi al Tribunale cantonale amministrativo. Adduce poi che, ciononostante, il suo ricorso del 13 marzo 2012 non è diventato privo d'oggetto dato che, oltre ad impugnare il nuovo bando di concorso, aveva anche chiesto che l'aggiudicazione avvenga in base al precedente bando de 13 maggio 2011. F. Reagendo alle osservazioni del Municipio di X._, la ricorrente, con scritto dell'8 maggio 2012, spiega perché la sua domanda di conferimento dell'effetto sospensivo non è diventata priva d'oggetto.