Fatti: A. Con la risoluzione 1267 (1999) del 15 ottobre 1999 il Consiglio di sicurezza delle Nazioni Unite ha adottato delle sanzioni contro i Taliban, costituendo nel contempo un Comitato delle sanzioni, in cui sono rappresentati tutti i membri del Consiglio di sicurezza, incaricato di sorvegliare l'attuazione dei provvedimenti. Con risoluzione 1333 (2000) del 19 dicembre 2000 il Consiglio di sicurezza ha esteso le sanzioni a Osama bin Laden e al gruppo "Al-Qaïda", chiedendo al Comitato delle sanzioni di tenere, sulla base delle informazioni fornite dagli Stati e dalle organizzazioni regionali, una lista aggiornata delle persone e degli enti associati ad Osama bin Laden e all'organizzazione "Al-Qaïda", soggetti alle sanzioni. B. Il 2 ottobre 2000 il Consiglio federale ha emanato l'Ordinanza che istituisce provvedimenti nei confronti delle persone e delle organizzazioni legate a Osama bin Laden, al gruppo "Al-Qaïda" o ai Taliban (RS 946.203; ordinanza sui Taliban). Questa normativa prevede in particolare che gli averi e le risorse economiche appartenenti alle persone fisiche e giuridiche, ai gruppi o alle organizzazioni menzionati nell'allegato 2 o controllati da questi ultimi siano bloccati e che sia vietato trasferire loro fondi o mettere, direttamente o indirettamente, fondi o risorse economiche a loro disposizione (art. 3 cpv. 1 e 2). L'entrata in Svizzera e il transito attraverso la Svizzera sono vietati alle persone fisiche menzionate nell'allegato 2 (art. 4a cpv. 1). C. Il 9 novembre 2001 A._ è stato iscritto nella lista del Comitato delle sanzioni e il 30 novembre 2001 l'allegato 2 dell'ordinanza sui Taliban è stato completato con l'inserimento del suo nome. D. Con istanza del 7 dicembre 2005 l'interessato ha chiesto al Consiglio federale di stralciare il suo nome dall'allegato 2 della citata ordinanza. Ha essenzialmente addotto che le indagini di polizia giudiziaria per il finanziamento del terrorismo, avviate nei suoi confronti il 24 ottobre 2001, erano state sospese dal Ministero pubblico della Confederazione con decisione del 31 maggio 2005. Con decisione del 18 gennaio 2006 la Segreteria di Stato dell'economia (SECO) ha respinto la richiesta, adducendo sostanzialmente che la Svizzera non può radiare nominativi dall'allegato 2 dell'ordinanza sui Taliban fintanto che gli stessi figurano sulla lista emanata dal Comitato delle sanzioni del Consiglio di sicurezza. E. Contro la decisione del SECO, A._ ha presentato un ricorso amministrativo al Dipartimento federale dell'economia (DFE). L'autorità federale ha respinto con decisione del 15 giugno 2006 il gravame, rilevando essenzialmente che uno stralcio dall'allegato 2 dell'ordinanza sui Taliban può entrare in considerazione solo dopo la radiazione del ricorrente dalla lista del Comitato delle sanzioni: al riguardo è prevista una cosiddetta procedura di delisting a livello dell'ONU, che può essere avviata dallo Stato di nazionalità o di domicilio dell'interessato. Poiché la Svizzera non costituisce né lo Stato di nazionalità né quello di domicilio del ricorrente, la competenza delle autorità elvetiche per l'avvio di una simile procedura non sarebbe data. F. Con ricorso del 13 luglio 2006, A._ ha impugnato dinanzi al Consiglio federale la decisione del DFE, chiedendone l'annullamento. Ha altresì postulato di annullare la decisione del 18 gennaio 2006 del SECO e di ordinare a quest'ultima autorità la cancellazione del suo nominativo dall'allegato 2 dell'ordinanza sui Taliban. G. Dopo uno scambio di opinioni con il Tribunale federale, eseguito nell'ambito della causa connessa 1A.45/2007, oggetto della sentenza del 14 novembre 2007 di questa Corte (pubblicata in: DTF 133 II 450 e EuGRZ 2008, pag. 66 segg.), il Consiglio federale, con decisione del 30 maggio 2007, ha dichiarato irricevibile il ricorso e lo ha trasmesso al Tribunale federale. Il Consiglio federale ha ritenuto che, per le limitazioni dirette e di carattere espropriativo provocate dall'ordinanza sui Taliban per il ricorrente, la richiesta di stralcio dall'allegato 2 dell'ordinanza concerne diritti di carattere civile ai sensi dell'art. 6 n. 1 CEDU. L'eccezione prevista dall'art. 100 cpv. 1 lett. a OG non poteva entrare in considerazione, dovendosi invece trasmettere la causa al Tribunale federale per garantire l'esame da parte di un tribunale indipendente ed imparziale. H. Nella risposta dell'11 luglio 2007, il DFE ha chiesto la reiezione del gravame, segnalando inoltre che un cambiamento è nel frattempo intervenuto riguardo alla procedura di delisting a livello ONU: in base alla risoluzione 1730 (2006) del Consiglio di sicurezza, le persone e gli enti inseriti nella lista possono ora inoltrare autonomamente una richiesta di stralcio senza che sia necessario il sostegno dello Stato di residenza o di nazionalità. Non risulta che l'interessato abbia fatto capo a questa possibilità. I. Il ricorrente si è espresso il 10 agosto 2007 sulla risposta del DFE, riconfermandosi sostanzialmente nel suo ricorso.