Fatti: A. Il 23 febbraio 2009 l'Ufficio federale dei trasporti (UFT) ha aperto un procedimento penale contro B._, amministratore unico della C._SA (al riguardo vedi sentenza 6B_256/2007 del 15 ottobre 2007 in RtiD 2008 I pag. 735), ricordando che gli oggetti e i beni utilizzati per commettere un'infrazione possono essere sequestrati quando ciò appaia necessario per impedire la commissione di nuove infrazioni. Il 9 marzo 2009 l'UFT ha ordinato alla Polizia cantonale ticinese di sequestrare con effetto immediato, per la durata di tre giorni, tutti i veicoli che in data 16 marzo 2009 sarebbero stati utilizzati dall'impresa C._SA per effettuare trasporti di passeggeri su una determinata tratta. Il 16 marzo seguente la polizia ha quindi sequestrato due autoveicoli adibiti a detto trasporto presso la sede della A._Sagl, sita in via X._. B. Contro il sequestro questa società è insorta dinanzi all'UFT, che con decisione del 19 marzo 2009, rilevato che il sequestro era terminato il giorno stesso, ha dichiarato irricevibile il reclamo, poiché privo d'interesse attuale e pratico. Adita dall'interessata, con giudizio del 2 aprile 2009, la I Corte dei reclami penali del Tribunale penale federale (I CRP) ha dichiarato irricevibile il reclamo per lo stesso motivo. C. Avverso questa decisione la A._Sagl presenta un ricorso in materia penale al Tribunale federale. Chiede di accertare la nullità del sequestro e, in via subordinata, di accertarne l'inadeguatezza. Non sono state chieste osservazioni al ricorso