Fatti: A. E._ è proprietario della particella xxx di Magliaso. Il fondo, di 3500 m2, sul quale sorge una casa di abitazione unifamiliare eretta nel 2003, si affaccia lungo il lato est direttamente sul lago Ceresio: verso ovest, esso confina con la particella yyy, appartenente a A.A._, B.A._ e C.A._. Nel 2005, nel quadro di una procedura di rilascio di una licenza edilizia per la posa di tre pali per l'attracco di natanti, avversata dai vicini, è emerso che, durante i lavori per l'edificazione della nuova villa di E._, erano stati eseguiti, senza previo rilascio della licenza edilizia, interventi di sistemazione esterna dell'area a lago. Si trattava, in sostanza, da una parte, del ripristino di un canneto acquatico sul lago, con conseguente formazione di un canale di circolazione dell'acqua e posa di ghiaia e di grosse pietre sulla riva, e, dall'altra, della sistemazione a prato verde del terreno compreso tra l'abitazione e il lago, nonché della sistemazione del preesistente approdo per le barche, del piazzale retrostante e del muro a confine con la riva del lago. Il 23 maggio 2006 le parti hanno concordato l'inoltro di una domanda di costruzione in sanatoria e il ritiro di un ricorso introdotto da parte dei vicini. B. Il 25 settembre 2006 il Municipio di Magliaso, raccolto il preavviso favorevole del Dipartimento del territorio e respinta un'opposizione dei vicini, ha concesso a E._ il permesso edilizio richiesto. Con decisione del 13 febbraio 2007, il Consiglio di Stato ha respinto un ricorso dei vicini. Riguardo al ripristino del canneto, ai relativi lavori di consolidamento della riva e alla formazione del citato canale, il Governo cantonale ha ritenuto ch'essi erano stati eseguiti, con la partecipazione finanziaria del Cantone, conformemente alle istruzioni impartite all'istante dall'Ufficio protezione della natura e allo scopo di ricostruire e salvaguardare un importante ambiente naturale. Riguardo alla darsena, ha accertato che la stessa, realizzata dai precedenti proprietari del fondo, esisteva da lungo tempo, per cui i lavori fatti eseguire da E._, in quanto non già autorizzati con la licenza del 2003, potevano beneficiare del regime previsto dall'art. 39 del regolamento del 9 dicembre 1992 di applicazione della legge edilizia cantonale (RLE) relativo agli edifici e impianti esistenti in contrasto col nuovo diritto. Il Tribunale cantonale amministrativo, adito dai vicini, ne ha respinto il ricorso con giudizio del 30 ottobre 2007. C. Avverso questa sentenza A.A._, B.A._ e C.A._ presentano un ricorso di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo di annullarla. Dei motivi si dirà, in quanto necessario, nei considerandi. In seguito i ricorrenti hanno inoltrato ulteriori scritti. Non sono state chieste osservazioni al gravame, ma è stato richiamato l'incarto cantonale.