Fatti: A. A.a Il 15 gennaio 2002 B._, in qualità di locatore, e A._Srl in qualità di conduttrice, hanno stipulato un contratto di locazione per il locale commerciale xxx del 2° livello dello stabile denominato Y._, nel Canton Ticino. Le parti hanno convenuto un corrispettivo pari al 10 % della cifra d'affari netta annua, IVA esclusa, oltre alle spese accessorie, ai contributi al budget pubblicitario e al rimborso sull'avviamento sostenuto dal precedente conduttore. La locazione è stata pattuita per un periodo di 5 anni a partire dal 1° aprile 2002 con scadenza al 31 marzo 2007 e possibilità - in assenza di disdetta con preavviso di 6 mesi - di rinnovo tacito del contratto per ulteriori 5 anni. L'11 marzo 2002 le medesime parti hanno stipulato un secondo contratto di locazione, di durata determinata (dal 15 maggio 2002 al 14 maggio 2007), con riferimento al locale commerciale zzz del livello 0 dello stabile denominato Y._, nel Canton Vaud. A.b Il 10 maggio 2006 A._Srl ha disdetto il contratto di locazione avente per oggetto il vano locato presso il centro commerciale vodese; la disdetta è stata accettata dal locatore per il 14 maggio 2007. A.c Dal canto suo, il 15 settembre 2006 B._ ha notificato a A._Srl la disdetta del contratto di locazione avente per oggetto il locale commerciale situato nel centro commerciale ticinese, con effetto a decorrere dal 31 marzo 2007. Questa è la disdetta che ha dato luogo all'attuale causa. B. B.a Adito dalla conduttrice, l'11 dicembre 2006 il competente Ufficio di conciliazione in materia di locazione ha ammesso la validità della disdetta e concesso una protrazione unica della locazione fino al 31 marzo 2009. B.b In accoglimento dell'istanza presentata da A._Srl Omegna - ora in Milano - per sé e per la Succursale, il 21 febbraio 2008 la Segretaria assessora della Pretura di Mendrisio-Nord ha invece annullato la disdetta notificata il 15 settembre 2006, siccome data in ritorsione alla disdetta del contratto di locazione notificata dalla conduttrice il 10 maggio 2006 e alle sue richieste di riduzione della pigione per lo spazio locato in Ticino. B.c Di diverso avviso la II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino, che con sentenza del 20 febbraio 2009 ha accolto l'appello di B._ e riformato la pronunzia di primo grado. In breve, la suprema corte ticinese ha negato il carattere abusivo della disdetta, della quale ha accertato la validità, e ha concesso alla conduttrice "una proroga unica e definitiva di due anni, fino al 31 marzo 2009, nel corso della quale il canone di locazione ammonterà al 10 % della cifra d'affari netta annua esclusa IVA, con un minimo garantito di fr. 60'000.-- annui, oltre alle spese contrattuali." C. Prevalendosi della violazione del diritto federale e dell'arbitraria valutazione dei fatti di causa, in particolare per quanto riguarda i motivi all'origine della disdetta, il 27 marzo 2009 A._Srl è insorta dinanzi al Tribunale federale con un ricorso in materia civile volto a ottenere, previa concessione dell'effetto sospensivo al gravame, la modifica della sentenza impugnata nel senso della reiezione dell'appello di B._ e dell'annullamento della disdetta da lui notificata il 15 settembre 2006. In via subordinata ha postulato il rinvio della causa per nuovo giudizio sulla disdetta, rispettivamente, nell'eventualità in cui il Tribunale federale dovesse confermarne la validità, la concessione di una protrazione della locazione fino al 31 marzo 2012 alle stesse condizioni indicate nella sentenza criticata. L'istanza di conferimento dell'effetto sospensivo al ricorso è stata accolta con decreto del 12 maggio 2009. Con risposta del 18 maggio 2009 B._ ha proposto di respingere il ricorso e confermare la sentenza impugnata, mentre l'autorità cantonale ha rinunciato a presentare osservazioni.