Fatti: A. Il 17 maggio 2005 l'Autorità di I.a Istanza del Distretto di Lugano per l'applicazione della legge federale del 16 dicembre 1983 sull'acquisto di fondi da parte di persone all'estero (LAFE) ha deciso il non assoggettamento dell'acquisto della particella www del Comune di X._. Il proprietario, il cittadino giapponese A._, aveva dichiarato di volervi realizzare posteggi e alloggi per il personale del complesso alberghiero che intendeva ristrutturare sui fondi confinanti xxx, yyy e zzz comprati già nel 2000. Su ricorso dell'interessato, gli oneri impostigli con tale decisione sono stati modificati il 12 dicembre 2005 dalla Commissione cantonale di ricorso per l'applicazione della LAFE nel modo seguente: - obbligo di presentare entro 6 mesi dalla crescita in giudicato della presente decisione i progetti di edificazione all'Autorità di I.a istanza per approvazione; - obbligo d'inoltrare la domanda di costruzione entro 2 mesi dall'approvazione dei piani da parte dell'Autorità di I.a istanza; - divieto di modificare i piani se ne deriva totalmente o parzialmente una modifica della destinazione; - obbligo di terminare l'edificazione entro 2 anni e 6 mesi dalla crescita in giudicato della presente decisione. B. Il 20 giugno 2006 A._ ha presentato un documento intitolato "Studio per un masterplan" (di seguito: masterplan). Il 4 luglio successivo l'Autorità di I.a istanza ha considerato che detto documento non adempiva il primo degli oneri imposti e ha diffidato il proprietario a rimediarvi entro fine agosto. Il 13 novembre 2006 la Commissione cantonale di ricorso per l'applicazione della LAFE ha dichiarato irricevibile, poiché tardivo, il ricorso esperito il 24 luglio 2006 da A._ contro questa decisione. Il 24 luglio 2006 A._ ha altresì presentato all'Autorità di I.a istanza una domanda di modifica della decisione di non assoggettamento, con la quale chiedeva di potere edificare il fondo www, insieme con i xxx, yyy e zzz, in conformità del masterplan e presentare la domanda di costruzione entro sei mesi dalla crescita in giudicato di tale modifica. La richiesta è stata rigettata il 16 febbraio 2007. Il successivo ricorso è stato respinto dalla Commissione cantonale di ricorso per l'applicazione della LAFE in data 16 luglio 2007. C. Il 26 luglio 2007 A._ ha presentato dinanzi al Tribunale federale un ricorso in materia di diritto pubblico, con cui chiede che la decisione di non assoggettamento del 17 maggio 2005 sia modificata nel senso che l'edificazione del fondo www possa avvenire conformemente al masterplan, con l'allestimento del quale è da considerarsi adempiuto l'onere di presentare i piani. Domanda poi che gli sia concesso di presentare i progetti di massima entro sei mesi dalla crescita in giudicato della sentenza del Tribunale federale, di presentare la domanda di costruzione entro sei mesi dall'approvazione dei piani da parte dell'Autorità di I.a istanza, ritenuto il divieto di modificarli se ne derivasse un cambiamento della destinazione, e di terminare la costruzione entro due anni e sei mesi dalla crescita in giudicato della licenza edilizia. In via cautelare insta affinché il termine assegnatogli dall'Autorità di I.a istanza con la diffida del 4 luglio 2006 venga sospeso retroattivamente. Chiamate ad esprimersi l'Autorità di I.a istanza e la Commissione cantonale di ricorso per l'applicazione della LAFE hanno chiesto la reiezione del gravame. Da parte sua l'Ufficio federale di giustizia si è limitato a approvare e completare le argomentazioni delle autorità ticinesi. D. Con decreto presidenziale dell'11 settembre 2007 è stata respinta la domanda di conferimento dell'effetto sospensivo, rispettivamente di adozione di provvedimenti cautelari, contenuta nel ricorso.