Fatti: A. Sposatasi una prima volta nel gennaio 2004 con un cittadino svizzero di cui ha divorziato nel 2006, A.A._, cittadina della Bosnia ed Erzegovina, si è risposata il 7 settembre 2006 nel proprio paese d'origine con B.A._, cittadino macedone domiciliato in Svizzera. Ella è quindi entrata nel nostro Paese e il 6 dicembre 2006 è stata posta al beneficio di un permesso di dimora annuale, rinnovato l'ultima volta fino al 5 dicembre 2010. L'11 maggio 2009, il marito è diventato cittadino svizzero per naturalizzazione. Il 16 dicembre 2009 il Tribunale di Strumica (Macedonia) ha pronunciato il divorzio dei coniugi A._. B. Il 27 gennaio 2010 A.A._ ha chiesto alla Sezione della popolazione del Dipartimento delle istituzioni del Cantone Ticino la modifica di alcuni dati nel proprio permesso di dimora. La citata autorità ha allora chiesto alla Polizia cantonale di sentire gli ex coniugi riguardo alla loro situazione famigliare, ciò che è stato fatto l'8 e il 17 giugno 2010. Il 1° luglio 2010, l'istanza di modifica è stata respinta e all'interessata è stato intimato un termine con scadenza al 31 agosto 2010 per lasciare la Svizzera. A sostegno della propria decisione, la Sezione della popolazione ha ritenuto che lo scopo per il quale l'autorizzazione di soggiorno era stata concessa era venuto a mancare in seguito alla cessazione della vita comune. C. Su ricorso, detta decisione è stata confermata dapprima dal Consiglio di Stato ticinese il 21 dicembre 2010, il quale ha considerato che l'autorizzazione di soggiorno poteva essere revocata per i motivi addotti dall'autorità di prime cure e che la misura era proporzionata, poi dal Tribunale cantonale amministrativo, con sentenza del 6 giugno 2011. La Corte cantonale ha giudicato che, in quanto rivolto contro la decisione di revoca, il gravame era oramai privo d'oggetto poiché esperito dopo la scadenza del permesso di dimora. In quanto era invece diretto contro il rifiuto implicito di rinnovarlo, andava respinto. D. Il 22 agosto 2011 A.A._ ha presentato dinanzi al Tribunale federale un ricorso in materia di diritto pubblico con cui chiede che la sentenza cantonale sia annullata e che le venga rilasciato un permesso di dimora. Censura, in sintesi, una violazione del suo diritto di essere sentita e degli artt. 50 cpv. 1 lett. a e 51 della legge federale del 16 dicembre 2005 sugli stranieri (LStr; RS 142.20). Chiamato ad esprimersi, il Tribunale cantonale amministrativo si è riconfermato nelle conclusioni della propria sentenza. Ad essa fa rinvio anche l'Ufficio federale della migrazione. La Sezione della popolazione propone la reiezione del ricorso mentre il Consiglio di Stato si è rimesso al giudizio di questa Corte.