Fatti: A. La A._ AG è proprietaria di Villa X._, un edificio in stile liberty situato sul fondo part. xxx di Y._, a valle di via Z._, nella zona residenziale intensiva RI del piano regolatore comunale, in un comprensorio definito paesaggio pittoresco. L'immobile è strutturato su due piani abitabili e presenta, in prossimità dell'angolo nord-est, una torretta di tre livelli, sporgente dalla facciata nord. B. Il 16 maggio 2011 la proprietaria ha presentato al Municipio di Y._ una domanda di costruzione per ristrutturare ed ampliare la villa, in particolare sopraelevandola in modo da formare due piani abitabili supplementari. Alla domanda si sono opposte B._ e C._, proprietarie dei fondi part. yyy e zzz, situati a monte, sul lato opposto di via Z._. Acquisito il preavviso dell'autorità cantonale, favorevole per quanto riguarda la sopraelevazione dell'edificio, con decisione del 18 novembre 2011 il Municipio di Y._ ha rilasciato la licenza edilizia per l'intervento sulla villa, respingendo nel contempo l'opposizione delle vicine. C. Contro la risoluzione municipale, le opponenti hanno adito il Consiglio di Stato, che ha accolto il ricorso ed annullato la licenza edilizia con decisione del 2 maggio 2012. Il Governo ha ritenuto che l'edificio disattendeva l'altezza massima ammissibile. D. Con sentenza del 20 settembre 2013 il Tribunale cantonale amministrativo ha respinto un ricorso presentato dalla A._ AG contro la decisione governativa. La Corte cantonale ha ritenuto che, prevedendo un innalzamento dell'edificio di 5.25 m, il progetto oltrepassava lo sviluppo verticale di un unico piano consentito dall'art. 12 n. 3 delle norme di attuazione del piano regolatore (NAPR). Con riferimento alla sopraelevazione della torretta, ha inoltre considerato disattesa l'altezza massima prescritta. E. La A._ AG impugna questa sentenza con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo di annullarla e di confermare la decisione municipale che le rilascia la licenza edilizia. La ricorrente fa valere l'accertamento arbitrario dei fatti, la violazione dell'autonomia comunale e dei principi della buona fede, della legalità e della proporzionalità. Non sono state chieste osservazioni sul gravame, ma è stato richiamato l'incarto cantonale.