Fatti: A. B._ è stato alle dipendenze di A._ come direttore e segretario generale dal 1° ottobre 1999 all'11 dicembre 2006, quando, al termine di una seduta del consiglio di amministrazione, ha sottoscritto una dichiarazione di disdetta immediata. Egli ha in seguito contestato la validità di tale atto e, non avendo potuto trovare un accordo con il datore di lavoro, il 10 agosto 2007 ha avviato una causa davanti alla Pretura di Lugano, contestando appunto la validità della disdetta e rivendicando il pagamento del salario fino alla scadenza contrattuale; in sede conclusiva ha quantificato tali pretese in fr. 76'361.10. La convenuta si è opposta alla petizione e ha proposto un'azione riconvenzionale di fr. 152'000.--: addossava all'attore la responsabilità della mancata locazione di parte di uno stabile di sua proprietà. Il Pretore ha accolto parzialmente la petizione con sentenza del 24 gennaio 2011 e condannato la convenuta a pagare all'attore fr. 50'228.70. Ha invece respinto interamente la domanda riconvenzionale. B. Con sentenza dell'8 febbraio 2012 la II Camera civile del Tribunale di appello del Cantone Ticino ha confermato la sentenza pretorile, respingendo un appello con cui la convenuta aveva postulato la reiezione della petizione avversaria e l'accoglimento della sua azione riconvenzionale. Il Tribunale di appello ha posto le spese e le ripetibili di seconda istanza a carico dell'insorgente. C. A._ insorge davanti al Tribunale federale con ricorso in materia civile del 13 marzo 2012. Si prevale della violazione del diritto federale e chiede che l'attore sia condannato a pagarle in accoglimento della domanda riconvenzionale fr. 152'000.-- e che gli oneri processuali delle istanze cantonali siano modificati di conseguenza. L'attore propone di respingere il ricorso e di confermare la sentenza cantonale con risposta dell'11 maggio 2012. L'autorità cantonale non ha preso posizione.