Fatti: A. Con pubblicazione sul foglio ufficiale del Cantone Ticino n. 27/2013 rispettivamente n. 31/2013, il Dipartimento del territorio ticinese ha indetto un concorso, retto dalla legge cantonale sulle commesse pubbliche del 20 febbraio 2001 (LCPubb; RL/TI 7.1.4.1) ed impostato secondo la procedura libera, concernente l'aggiudicazione del servizio di sgombero neve per i tratti delle strade nazionali di competenza dell'Unità territoriale IV, lotto UT-SISN, per il periodo 2013-2018. Il bando di concorso, contro gli elementi del quale non è stato inoltrato nessun ricorso, specificava che i lavori venivano suddivisi in 7 settori e indicava, per ognuno di essi, il numero e il tipo di veicoli che sarebbe stato deliberato. L'elenco prezzi e le disposizioni particolari "CPN 102", parte degli atti di appalto, erano anch'essi redatti in maniera identica per tutti i 7 settori messi a concorso. B. Per il settore 4.1 (Tratto 60, Varenzo-Airolo, 2 veicoli Unimog), ed entro il termine impartito del 21 maggio 2013, sono giunte al committente 8 offerte da parte di 5 distinte ditte: B._ SA veicolo TI ... veicolo TI xxx 104'857.20 CHF 107'125.20 CHF A._ Sagl veicolo Fendt vario 724 veicolo yyy 162'007.55 CHF 139'079.70 CHF ... veicolo Unimog U400 152'852.85 CHF ... veicolo Unimog U300 veicolo TI ... 155'125.15 CHF 157'462.90 CHF ... veicolo TI ... 163'173.55 CHF Proceduto al loro esame, in applicazione delle prescrizioni di gara, con risoluzione del 2 ottobre 2013 il Consiglio di Stato ha escluso tutte le offerte presentate, ad eccezione di quella della B._ SA concernente il veicolo TI xxx, alla quale è stata aggiudicata la commessa. Non concordando sul sussistere degli estremi per scartare la sua offerta concernente il veicolo yyy - esclusa poiché difforme a quanto prescritto dalla posizione n. 142.100 delle disposizioni particolari - così come sul sussistere delle condizioni per procedere alla delibera della commessa alla B._ SA, la A._ Sagl ha quindi adito il Tribunale amministrativo cantonale, il quale ha parzialmente accolto il suo ricorso con sentenza del 22 gennaio 2014. Se da un lato ha infatti confermato la liceità dell'esclusione dell'offerta della A._ Sagl concernente il veicolo yyy, dall'altro ha però annullato la delibera alla B._ SA, in quanto l'offerta riguardante il veicolo TI xxx era stata compilata in maniera incompleta. C. Con ricorso sussidiario in materia costituzionale del 28 febbraio 2014, la A._ Sagl ha impugnato quest'ultimo giudizio davanti al Tribunale federale, chiedendone la riforma. Il Tribunale cantonale amministrativo si è riconfermato nelle motivazioni e nelle conclusioni della propria sentenza. La conferma di tale pronuncia è stata domandata anche dal Consiglio di Stato del Cantone Ticino, per il tramite della Divisione delle costruzioni. La B._ SA non si è per contro determinata sulle richieste della ricorrente, limitandosi a osservare che l'originaria decisione di aggiudicazione era a suo avviso corretta.