Fatti: A. Con risoluzione del 12 aprile 2005 il Consiglio di Stato del Cantone Ticino ha approvato alcune varianti del piano regolatore di Vernate, tra le quali figurava la ridefinizione della zona di edificazione di interesse comunale (ZEIC) prevista in località Mornirolo, a valle della strada cantonale che conduce a Iseo. L'estensione di tale zona è stata limitata ai fondi part. n. 217, 220 e 907 con la contestuale fissazione del tracciato della strada di servizio necessaria all'urbanizzazione del comparto. Il 22 giugno 2006 il Consiglio comunale di Vernate ha stanziato per la realizzazione della ZEIC un credito quadro di fr. 2'440'000.--, nel quale era incluso un importo di fr. 1'615'000.-- per le spese di urbanizzazione. B. Il 4 aprile 2007 il Comune ha chiesto al Municipio il permesso di realizzare la citata strada di servizio. A._, proprietaria del fondo part. n. 227 confinante con la ZEIC, si è opposta al progetto. L'Esecutivo comunale, acquisito il preavviso favorevole dell'autorità cantonale, l'ha tuttavia approvato con decisione del 31 luglio 2007, respingendo contestualmente l'opposizione della vicina. C. Con sentenza del 6 maggio 2008, il Tribunale cantonale amministrativo ha parzialmente accolto un ricorso della vicina contro la decisione municipale, escludendo dall'approvazione del progetto stradale l'area per il deposito dei container prevista in corrispondenza dell'intersezione con la strada cantonale. Per il resto, la Corte cantonale ha respinto le critiche riguardanti la procedura adottata ed ha ritenuto improponibili quelle riferite alla legittimità e alla portata della ZEIC, nonché all'insufficiente distanza dal bosco, che avrebbero dovuto essere sollevate in sede di adozione del piano regolatore. Ha parimenti ritenuto infondate le contestazioni sulla compatibilità della strada, e in particolare del suo muro di sostegno, sia con le esigenze di protezione del paesaggio sia sotto il profilo della norma che disciplina l'altezza delle costruzioni. I giudici cantonali hanno altresì disatteso le censure relative alla protezione delle acque, alla salvaguardia degli alberi protetti e alla fissazione delle linee di costruzione. D. A._ impugna con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale questo giudizio, chiedendo di annullarlo e di rinviare gli atti alla Corte cantonale per una nuova decisione. Dei motivi si dirà, per quanto necessario, nei considerandi. E. La Corte cantonale si riconferma nella sua sentenza, mentre il Consiglio di Stato conferma il preavviso favorevole rilasciato dalla Divisione delle costruzioni. Il Comune di Vernate chiede invece di respingere il ricorso nella misura della sua ammissibilità. Con decreto del 9 luglio 2008 è stata respinta la domanda di effetto sospensivo contenuta nel gravame.