Fatti: A. A.a La B._ ha avviato due esecuzioni in via di realizzazione del pegno nei confronti della A._ SA. Il 18 settembre 2009 l'Ufficio di esecuzione e fallimenti di Leventina ha pubblicato l'avviso d'incanto di una serie di fondi dell'escussa e ha precisato che la particella n. 1588 era soggetta alla legge federale sul diritto fondiario rurale (LDFR), "che sottopone l'acquisizione a un'autorizzazione da parte della Sezione dell'agricoltura, Bellinzona, giusta i disposti dell'art. 67 LDFR". A.b Le condizioni d'asta, depositate con l'elenco oneri il 23 ottobre 2009, sono state allestite in forma di tre documenti: uno relativo al mappale n. 1588, uno attinente alle altre particelle e il terzo riguardante tutti i fondi. Ognuno dei tre documenti prevedeva un piede d'asta specifico e le due condizioni d'asta che concernevano - anche - il fondo n. 1588 contenevano pure un richiamo all'art. 67 LDFR. A.c In una lettera del 28 ottobre 2009 l'Ufficiale aveva comunicato alla legale che rappresentava l'escussa che avrebbe proceduto a un doppio turno d'asta: in una prima delibera la particella n. 1588 sarebbe stata aggiudicata provvisoriamente singolarmente e gli altri fondi in blocco; nella seconda tutti i fondi sarebbero stati aggiudicati provvisoriamente in blocco. Il maggior provento avrebbe determinato l'aggiudicazione definitiva. A.d All'inizio dell'incanto del 10 novembre 2009 un rappresentante della creditrice ha consegnato all'Ufficiale una copia di uno scritto 8 novembre 2009 in cui la Sezione dell'agricoltura confermava che la compravendita del mappale n. 1588 non necessitava dell'autorizzazione cantonale ai sensi dell'art. 2 LDFR. Dopo aver informato oralmente sul contenuto di tale scritto e vista la nuova situazione, l'Ufficiale ha proposto che tutti i fondi venissero aggiudicati in blocco, con un doppio turno d'asta limitato ad eventuali contratti di locazione. Nessuno dei presenti si è opposto a tale modo di procedere e i fondi sono stati aggiudicati per fr. 70'000.-- alla C._ SA, senza l'aggravio di eventuali contratti di locazione. B. Con sentenza 21 gennaio 2010 la Camera di esecuzione e fallimenti del Tribunale d'appello del Cantone Ticino, quale autorità di vigilanza, ha dichiarato irricevibile un ricorso della debitrice contro l'aggiudicazione. L'autorità di vigilanza ha richiamato, pur criticandone l'applicazione all'escusso, la giurisprudenza del Tribunale federale, secondo cui colui che non ha contestato le condizioni d'asta al momento della loro lettura all'incanto non può successivamente impugnarle con un ricorso. C. Con ricorso in materia civile del 4 febbraio 2010 la A._ SA postula, previo conferimento dell'effetto sospensivo al rimedio, l'annullamento della decisione dell'autorità di vigilanza e, in via principale, la sua riforma nel senso che l'aggiudicazione è annullata e la procedura d'incanto ripetuta previa pubblicazione delle nuove condizioni d'asta. In via subordinata domanda il rinvio dell'incarto all'autorità cantonale per nuova decisione nel senso dei considerandi. Indica di essersi resa conto del cambiamento della procedura d'incanto solo al momento dell'aggiudicazione e sostiene che, con la modifica delle condizioni d'incanto effettuata all'ultimo momento, l'Ufficiale non ha solo violato la LEF, ma pure l'obbligo di trattare i cittadini secondo la buona fede, perché avrebbe dovuto rendere attenti i presenti che in caso di mancata immediata contestazione del cambiamento non sarebbe più stato possibile ricorrere. Ritiene che ignorare la giurisprudenza di questo tribunale non può avere per conseguenza la soppressione di un termine di ricorso espressamente previsto dalla legge. Assevera inoltre che la fattispecie posta a fondamento della contestata giurisprudenza era diversa da quella in esame, perché nella sentenza del Tribunale federale la modifica delle condizioni d'asta sarebbe stata comunicata al ricorrente 4 giorni prima dell'incanto, e afferma che in ogni caso la decisione impugnata sarebbe priva di base legale nonché inficiata da un rigore formale fine a sé stesso. Continua il suo ricorso affermando che la decisione dell'Ufficio e la sentenza impugnata violerebbero gli art. 29 cpv. 3 Cost. e 6 n. 1 CEDU, perché la priverebbero della possibilità di sottoporre il merito della vertenza ad una giurisdizione ordinaria investita di un libero potere di cognizione in fatto e in diritto. Asserisce infine che la criticata giurisprudenza violerebbe pure il principio della separazione dei poteri, perché l'autorità giudiziaria vanificherebbe quanto previsto dalla legge. Con decreto del 3 marzo 2010 la Presidente della Corte adita ha conferito effetto sospensivo al ricorso. Non è stato ordinato uno scambio di scritti.