Fatti: A. I fatti da cui trae spunto la presente causa giudiziaria possono essere riassunti come segue. A.a Nel marzo 1997 i comproprietari della part. xxx RFD - vale a dire le società C._ AG, D._ AG, E._ AG, F._ AG, G._ AG, H._ AG, I._ AG e J._ AG nonché K.A._ - hanno affidato a M.A._ AG, in qualità di impresa generale, l'incarico di procedere all'edificazione, sul fondo di loro proprietà, del condominio denominato "Y._", costituito da dieci appartamenti e undici autorimesse. Il prezzo per ogni appartamento con autorimessa era di fr. 450'000.--, pagabili per fr. 90'000.-- con prestazioni proprie dei comproprietari, e per il resto in quattro rate esigibili a dipendenza dell'avanzamento dei lavori, la prima di fr. 100'000.-- e le altre tre di fr. 70'000.-- ciascuna, mentre la rimanenza sarebbe stata versata una volta presentata la liquidazione finale. A.b Il 4 novembre 1997 G._ AG ha venduto a B._, per fr. 450'000.--, la sua quota PPP del condominio Y._, costituita dall'appartamento n. 7 (con posto auto), a quel momento ancora in costruzione. Le modalità di pagamento erano simili a quelle dell'appalto generale appena descritte, tranne che per l'ammontare delle prestazioni proprie, aumentato a fr. 100'000.--, e della quarta rata, ridotto a fr. 60'000.--. A.c G._ AG è fallita con effetto al 25 maggio 1999. B. Il 24 maggio 2000 M.A._ AG - nel frattempo divenuta A.A._ AG - ha convenuto B._ dinanzi alla Pretura del Distretto di Lugano, onde incassare fr. 96'145.20 oltre interessi e accessori. Questo importo si componeva del saldo della mercede per i lavori di edificazione dell'appartamento (fr. 90'711.45) e delle spese da lei anticipate per il convenuto, ovvero quella relativa al versamento effettuato a chi si era occupato di fargli ottenere il finanziamento necessario per procedere all'acquisto dell'appartamento, di fr. 3'993.75, e quella relativa agli interessi ipotecari da lui dovuti al 31 dicembre 1997, di fr. 1'440.--. B._ si è opposto a ogni richiesta. Egli ha eccepito sia la carenza di legittimazione attiva della società sia la propria carenza di legittimazione passiva, non esistendo a suo modo di vedere nessuna relazione contrattuale fra lui e M.A._ AG. Da ultimo, ha posto in compensazione un danno di almeno fr. 150'000.--. Statuendo il 22 settembre 2008, la Pretora ha disatteso gli argomenti di B._ e ha accolto la petizione, modificando unicamente la decorrenza degli interessi moratori, stabilita dal 1° luglio 1999. La giudice ha infatti considerato che con l'acquisto della quota PPP egli era divenuto comproprietario del condominio Y._, assumendosi anche i costi di costruzione a quel momento ancora scoperti. C. Adita dal soccombente, con sentenza del 18 marzo 2010 la II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino ha riformato la pronunzia pretorile, accogliendo la petizione limitatamente a fr. 5'433.75 oltre interessi al 5 % dal 1° luglio 1999. A differenza della giudice di primo grado, la massima istanza cantonale ha escluso che B._ sia subentrato nelle obbligazioni assunte da G._ AG. D. Prevalendosi di un accertamento dei fatti manifestamente inesatto e della violazione del diritto federale, il 10 maggio 2010 A.A._ AG è insorta dinanzi al Tribunale federale con un ricorso in materia civile volto in sostanza a ottenere la modifica della sentenza impugnata nel senso della reiezione dell'appello della controparte e, di conseguenza, della conferma della petizione. Con risposta del 21 giugno 2010 B._ ha proposto di respingere il gravame, mentre il Tribunale d'appello non ha presentato osservazioni, riconfermandosi nelle motivazioni e nelle conclusioni esposte nel giudizio criticato.