Fatti: A. La A._SA è proprietaria del fondo part. n. 247 di Mendrisio, di complessivi 4'457 m2, situato in località Prà da Fond, confinante a monte con la strada cantonale che conduce a Capolago e a valle con il tracciato della ferrovia. Sulla particella sorge un edificio articolato in più corpi di fabbrica di due, rispettivamente tre piani, che ospita un distributore di carburanti, alcuni spazi commerciali, due appartamenti ed un'officina attiva nel campo delle metal costruzioni. B. Con risoluzione del 2 novembre 2000 il Consiglio di Stato del Cantone Ticino ha approvato la revisione generale del piano regolatore comunale, negando tuttavia l'approvazione alle zone senza destinazione specifica, in cui era tra le altre inclusa anche la particella n. 247. Il Governo ha rinviato gli atti al Comune, affinché attribuisse le superfici interessate a una zona di utilizzazione specifica mediante una variante di piano regolatore. C. Dando seguito alla risoluzione governativa, nella seduta del 24 settembre 2007 il Consiglio comunale di Mendrisio ha in particolare adottato una variante di piano regolatore con cui il fondo part. n. 247 è stato attribuito alla zona agricola. La A._SA è insorta al Consiglio di Stato, chiedendo di attribuire il suo fondo alla zona edificabile. Con risoluzione del 21 ottobre 2008, il Governo ha approvato la variante respingendo nel contempo il ricorso della proprietaria. D. Quest'ultima ha quindi adito il Tribunale cantonale amministrativo che, dopo avere esperito un sopralluogo, ha respinto in quanto ricevibile il gravame con sentenza dell'11 novembre 2010. La Corte cantonale ha negato l'adempimento dei requisiti posti dall'art. 15 LPT ed ha per contro ritenuto che il terreno soddisfava i presupposti della zona agricola. Ha inoltre negato una violazione del principio della parità di trattamento. E. La A._SA impugna questo giudizio con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo in via principale di annullarlo e di riformarlo nel senso di attribuire il suo fondo alla zona artigianato e commerci (AC). In via subordinata, chiede di mantenere il fondo in una zona senza destinazione specifica o, in via ancor più subordinata, di attribuirlo a una zona specifica da designare. La ricorrente fa valere la violazione del diritto federale e l'accertamento inesatto dei fatti. F. La Corte cantonale si riconferma nella sua sentenza. Il Consiglio di Stato condivide il giudizio impugnato e rinuncia a formulare ulteriori osservazioni. Il Comune di Mendrisio chiede di respingere il gravame. Con decreto presidenziale del 2 febbraio 2011 è stata respinta la domanda di conferimento dell'effetto sospensivo contenuta nel gravame.