Fatti: A. Dopo averle riconosciuto, per le conseguenze invalidanti di un incidente stradale avvenuto in data 11 maggio 1992, prestazioni per un trattamento riabilitativo, sussidi per l'istruzione scolastica speciale e una formazione empirica quale ausiliaria d'ufficio presso l'Ospedale Z._, mediante decisione del 13 settembre 2001 l'Ufficio AI del Cantone Ticino (UAI) ha assegnato a P._, nata il 14 giugno 1981, una rendita intera d'invalidità con effetto dal 1° luglio 2001, stante un reddito senza invalidità di fr. 46'550.-, un reddito da invalida di fr. 15'613.-, e un grado d'invalidità del 67%. Nell'ambito di una prima revisione avviata d'ufficio nel febbraio 2003, con comunicazione del 4 luglio 2003 l'amministrazione, non avendo constatato alcuna modifica atta ad influenzare la rendita, ha informato che avrebbe continuato a versare la rendita intera sulla base di un grado d'invalidità del 67%. Una seconda procedura di revisione è stata avviata nel febbraio 2004. L'assicurata faceva valere un peggioramento dello stato di salute intervenuto in corso di gravidanza. Preso atto che, dopo la nascita del figlio e senza il danno alla salute, l'assicurata avrebbe verosimilmente continuato a svolgere la propria attività lucrativa in misura del 50% (almeno), l'UAI ha ordinato l'esecuzione di un'inchiesta economica per le persone che si occupano dell'economia domestica. Esperiti gli accertamenti del caso, l'amministrazione ha ridotto, con effetto dal 1° novembre 2005, la prestazione a un quarto di rendita (decisione del 13 settembre 2005). Posta una ripartizione a metà del tempo giornaliero per l'attività lucrativa e per l'attività domestica, l'amministrazione ha accertato un grado d'invalidità del 43% applicando il metodo misto di valutazione (limitazione del 63% per la parte salariata, ponderata al 50% [grado d'invalidità parziale: 31.5%] e del 22.5% per l'ambito domestico ugualmente ponderato al 50% [grado d'invalidità parziale: 11.25%]). Nel contempo ha tolto l'effetto sospensivo ad un'eventuale opposizione. Statuendo il 21 marzo 2006 sull'opposizione dell'assicurata, l'UAI, dopo avere tolto nuovamente a un eventuale ricorso l'effetto sospensivo, ha sostanzialmente confermato il proprio provvedimento, stabilendo tuttavia un grado d'invalidità complessivo del 40.75% (limitazione del 35% per la parte salariata, ponderata al 50% [grado d'invalidità parziale: 17.5%], e del 46.50% per l'ambito domestico ugualmente ponderato al 50% [grado d'invalidità parziale: 23.25%]). B. Patrocinata dall'avv. Sergio Sciuchetti, l'assicurata si è aggravata al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino, il quale ha riformato la decisione su opposizione nel senso che ha riconosciuto all'interessata il diritto a una mezza rendita d'invalidità dal 1° novembre 2005 (pronuncia del 16 aprile 2007). La Corte cantonale, statuendo per giudice unico, ha accertato un grado d'invalidità oscillante tra il 56.90% e il 54.75% (limitazione del 67.30% [al massimo], rispettivamente del 63% [al minimo] in ambito lucrativo ponderato al 50% [grado d'invalidità parziale: 33.65%, al massimo, rispettivamente 31.50% al minimo] e del 46.50% in ambito domestico ugualmente ponderato al 50% [grado d'invalidità parziale: 23.25%]). C. L'UAI ha interposto un ricorso in materia di diritto pubblico con il quale chiede al Tribunale federale di annullare il giudizio cantonale e di confermare la propria decisione su opposizione. Sempre rappresentata dall'avv. Sciuchetti, l'assicurata propone la reiezione del gravame, mentre l'Ufficio federale delle assicurazioni sociali non si è determinato.