Fatti: A. A._, medico dentista, è assicurato contro la perdita di guadagno in caso di malattia presso l'assicurazione B._SA. A.a Essendo egli divenuto inabile al lavoro, tra il 24 dicembre 2004 e il 23 dicembre 2006 (scadenza della durata contrattuale) l'assicurazione gli ha corrisposto fr. 329'870.--, ammettendo tuttavia il suo diritto a un'indennità di complessivi fr. 466'935.--. A.b L'attuale controversia verte sui rimanenti fr. 137'065.--, che l'assicurazione B._SA ha rifiutato di versare integralmente a causa della rendita d'invalidità percepita da A._ durante il medesimo periodo, di fr. 68'644.90. Il 29 febbraio 2008 essa gli ha infatti pagato, a saldo di ogni debito, la somma di fr. 68'420.10. B. Contestando la decurtazione effettuata dall'assicurazione, il 18 marzo 2008 A._ ha adito il Tribunale Cantonale delle Assicurazioni onde ottenere il pagamento di fr. 68'644.90, nonché di interessi al 5 % su fr. 137'065.-- dal 24 dicembre 2006 al 29 febbraio 2008 e su fr. 68'644.90 dal 1° marzo 2008 al termine della vertenza. A sostegno della propria pretesa egli ha adotto, in sostanza, di avere stipulato un'assicurazione di somma, ciò che impedirebbe la deduzione delle prestazioni ricevute dall'assicurazione sociale. L'assicurazione B._SA si è opposta alla domanda attorea precisando che la possibilità di procedere alla deduzione è prevista dalle condizioni generali. Statuendo il 17 settembre 2008 il Tribunale cantonale delle assicurazioni ha respinto la domanda principale tendente al pagamento del capitale trattenuto mentre ha parzialmente accolto quella relativa agli interessi di mora, riconosciuti al tasso del 5 % dall'8 al 29 febbraio 2008 sulla somma di fr. 68'420.10. C. Il 16 ottobre 2008 A._ è insorto davanti al Tribunale federale con un ricorso in materia civile tendente all'annullamento della sentenza cantonale e alla condanna dell'assicurazione B._SA a pagargli, d'un canto, fr. 68'644.90, e, dall'altro, gli interessi al 5 % dal 24 dicembre 2006 al 29 febbraio 2008 su fr. 137'065.-- e dal 1 ° marzo 2008 in poi su fr. 68'644.90. Con scritto deI 3 novembre 2008 l'assicurazione B._SA ha comunicato di rinunciare a presentare osservazioni e di condividere le considerazioni di fatto e di diritto del giudizio impugnato. Anche l'autorità cantonale ha rinunciato a una presa di posizione.