Fatti: A. A.a Mediante decisione del 20 febbraio 2004, sostanzialmente confermata il 12 luglio seguente in seguito all'opposizione interposta dall'interessato, la Sezione del lavoro del Cantone Ticino (di seguito: Sezione del lavoro) ha dichiarato N._, in disoccupazione dal 1° aprile 2003, inidoneo al collocamento a far tempo dal 1° settembre 2003 per avere intrapreso a partire dal 1° settembre 2003 una formazione triennale di tecnico in radiologia a tempo pieno che gli avrebbe impedito di garantire la sufficiente disponibilità sul mercato del lavoro. Tale decisione è stata impugnata senza successo fino al Tribunale federale delle assicurazioni (sentenza C 126/05 del 10 ottobre 2005). A.b Il 10 marzo 2009 la Sezione del lavoro, con decisione su opposizione, dopo che un primo provvedimento era stato annullato dal Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino, ha negato a N._ il condono di fr. 23'274.75 percepiti indebitamente quale prestazioni dell'assicurazione disoccupazione a partire dal settembre 2003. B. Adito su ricorso, il 22 giugno 2009 il Tribunale cantonale delle assicurazioni lo ha respinto, confermando l'operato dell'amministrazione. C. N._, patrocinato dal Centro per i diritti del cittadino (CO.DI.CI.), ha interposto ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, al quale, protestate spese e ripetibili, chiede di annullare la pronuncia impugnata e di rinviare la causa al Tribunale cantonale delle assicurazioni per nuovo esame. Postula altresì la concessione dell'effetto sospensivo al ricorso. La Sezione del lavoro, che non si oppone alla concessione dell'effetto sospensivo, propone la reiezione del gravame, mentre la Segreteria di Stato dell'economia ha rinunciato a determinarsi.