Fatti: A. A.a X._ SA è una società anonima avente quale scopo l'esecuzione di opere edilizie, civili, industriali, di sopra e sotto struttura di ogni genere. Il 15 aprile 1992 essa ha stipulato con la V._ (Fondazione di previdenza del 2° pilastro del C._) un contratto di adesione, valido a partire dal 1° gennaio 1992, per l'attuazione della previdenza professionale dei suoi dipendenti. In seguito alle cessioni operate dal C._, X._ SA si è affiliata alla Winterthur-Columna Fondazione collettiva 2° pilastro, Zurigo. A.b Dopo vari richiami, Winterthur-Columna Fondazione collettiva 2° pilastro, nel maggio 2000 ha fatto spiccare nei confronti di X._ SA un precetto esecutivo (esecuzione n. ...) di fr. 1'103'136.- per il mancato pagamento di contributi del 2° pilastro dal 1999. Il 20 dicembre 2000 le parti hanno sottoscritto una convenzione di pagamento in base alla quale X._ SA riconosceva di essere debitrice per il periodo dal 28 luglio 1999 al 31 dicembre 2000 di fr. 1'086'367.19 più interessi al 5.5% e si impegnava a saldare l'importo con pagamenti rateali.