Fatti: A. Il 16 settembre 2009, la cittadina rumena A._ (1986), ha ottenuto un permesso di dimora CE/AELS per svolgere a titolo indipen-dente l'attività di assistente (prostituta) presso un Motel di X._. Secondo quanto indicato sulla decisione di rilascio del permesso, trascorso il cosiddetto periodo di installazione, di una durata di sei mesi, avrebbe però dovuto dimostrare di svolgere un'attività indipendente, effettiva e durevole. B. Il 26 febbraio 2010, al termine del periodo di istallazione, A._ ha chiesto alla Sezione della popolazione del Dipartimento delle istituzioni del Cantone Ticino il rilascio di un nuovo permesso di dimora CE/AELS sempre ancora per lavorare come assistente (prostituta) indipendente, comunicando che avrebbe alloggiato e svolto la sua attività in via Y._ a Z._, dove pure ha sede un esercizio pubblico. Il 9 aprile 2010, la Sezione della popolazione ha respinto detta domanda. Preso atto del fatto che la richiedente intendeva continuare a svolgere la propria attività presso un esercizio pubblico, l'autorità menzionata ha infatti richiamato una recente giurisprudenza del Tribunale cantonale amministrativo, secondo cui l'esercizio non occasionale della prostituzione in un hotel, un motel o una pensione risultava essere in contrasto con l'art. 12 della legge ticinese sugli esercizi pubblici del 21 dicembre 1994. Osservando di non rilasciare più permessi per lo svolgimento dell'attività di prostituta (assistente) indipendente a coloro che indicavano un esercizio pubblico quale luogo di lavoro, le ha quindi negato il permesso di dimora, ponendo a carico di A._ una tassa di decisione di fr. 250.--. C. Su ricorso, la decisione della Sezione della popolazione è stata confermata sia dal Consiglio di Stato, il 25 agosto 2010, che dal Tribunale cantonale amministrativo, pronunciatosi in merito con sentenza del 10 febbraio 2011. Per quanto qui di rilievo, la Corte cantonale ha dapprima considerato che A._ non aveva diritto a nessuna udienza pubblica. Nel merito - precisato che la decisione del 9 aprile 2010 della Sezione della popolazione non costituiva affatto la revoca di un permesso già ottenuto in precedenza, poiché il permesso d'installazione rilasciatole il 16 settembre 2009 era valido solo per un periodo di sei mesi - ha quindi confermato l'applicazione dell'art. 12 della legge ticinese sugli esercizi pubblici del 21 dicembre 1994 alla fattispecie, rilevando che per poter ricevere un permesso di soggiorno per svolgere un'attività indipendente e durevole bisogna disporre di un luogo dove sia legale esercitarla. Il Tribunale cantonale amministrativo ha infine considerato lecita anche la riscossione da parte della Sezione della popolazione di una tassa di decisione di fr. 250.--. D. Il 16 marzo 2011, A._ ha inoltrato dinanzi al Tribunale federale un ricorso in materia di diritto pubblico con cui postula: in via principale, l'annullamento del giudizio impugnato, con conseguente concessione del permesso di dimora in discussione; in via subordinata, l'annullamento del giudizio impugnato e il rinvio dell'incarto all'autorità inferiore, affinché proceda ad una corretta valutazione delle prove, rispettosa dei diritti di parte e della parità di trattamento. Così come davanti alla Corte cantonale, sostiene che le condizioni per la fissazione di un'udienza (contraddittorio orale) giusta l'art. 6 CEDU fossero in concreto date. Censurando la violazione di una serie di norme di rango costituzionale e dell'ALC, ritiene inoltre che il permesso rilasciatole il 16 settembre 2009 le concedesse un diritto a soggiornare in Svizzera, che non poteva lecitamente venir rimesso in discussione. Contesta infine a vario titolo anche il diritto da parte della Sezione della popolazione di porle a carico una tassa di decisione di fr. 250.--. Chiamato ad esprimersi, il Tribunale cantonale amministrativo si è riconfermato nelle motivazioni e nelle conclusioni della propria sentenza. Ad essa hanno fatto rinvio anche la Sezione della popolazione e l'Ufficio federale della migrazione (UFM). Il Consiglio di Stato si è invece rimesso al giudizio di questa Corte. Al 6 settembre 2011 risalgono le ultime osservazioni depositate dalla ricorrente, con cui la stessa, ritenendo stereotipata la risposta fornita dall'UFM, chiede la verifica delle effettive conoscenze d'italiano della funzionaria che l'ha sottoscritta e postula che venga raccolto anche un parere presso l'Ufficio federale dell'integrazione europea.