Fatti: A. A.a S._, nata nel 1985, al momento dei fatti impiegata quale apprendista pittore e, come tale, assicurata d'obbligo contro gli infortuni presso la Zurigo Assicurazioni (Zurigo), in data 4 settembre 2004 è rimasta vittima di un incidente della circolazione, in cui ha riportato una frattura/lussazione dell'anca destra, una frattura della patella del ginocchio destro e una ferita lacero-contusa al gomito sinistro. Il caso è stato assunto dall'assicuratore infortuni, che ha corrisposto le prestazioni previste dalla LAINF. Nel corso del mese di giugno 2005 l'assicurata ha pure manifestato dolori al rachide lombare irradianti in entrambe le gambe. A.b Dopo aver esperito i necessari accertamenti medici, con decisione del 7 aprile 2004, confermata il 3 ottobre 2006 in seguito all'opposizione presentata sia dall'interessata, patrocinata dal padre, che dalla CSS Assicurazione, la Zurigo ha negato la propria responsabilità per carenza di nesso causale naturale, per quanto concerneva le cure erogate in relazione alla spondilolistesi con spondilolisi istmica bilaterale rispettivamente a decorrere dal 30 settembre 2006, in ordine ai disturbi psichici. B. Patrocinata dall'avvocato Pier Carlo Blotti, S._ si è aggravata al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino, chiedendo la condanna della Zurigo all'assunzione dei costi di cura in relazione alla spondilolisi con spondilolistesi, così come di quelli relativi ai disturbi psichici. Per giudizio del 2 marzo 2007 il Presidente del Tribunale delle assicurazioni ha parzialmente accolto il gravame, annullato la decisione su opposizione impugnata nella misura in cui la Zurigo aveva negato il diritto a prestazioni in relazione ai disturbi psichici a far tempo dal 1° ottobre 2006 e retrocesso la causa all'assicuratore infortuni affinché procedesse conformemente ai considerandi e pronunciasse una nuova decisione. C. S._, ancora rappresentata dall'avvocato Blotti, interpone ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale delle assicurazioni (dal 1° gennaio 2007 Tribunale federale), al quale chiede l'annullamento della pronuncia cantonale, nella misura in cui nega il diritto a prestazioni in relazione alla spondilolisi con spondilolistesi L5-S1. Delle motivazioni si dirà, se necessario, nei considerandi di diritto. Chiamati a pronunciarsi sul gravame, l'intimata ne ha proposto la reiezione, mentre l'Ufficio federale della sanità pubblica ha rinunciato a determinarsi.