Fatti: A. Il 20 maggio 2012 il Ministero pubblico della Confederazione (MPC) ha emanato un ordine di perquisizione e sequestro ai sensi dell'art. 241 segg. CPP nei confronti di A._ e B._, indagati per il reato di riciclaggio di denaro (art. 305bis CP) nell'ambito di un procedimento penale aperto anche contro altre persone pure per il titolo di organizzazione criminale (art. 260ter CP). Scopo del provvedimento era la requisizione e il relativo sequestro "delle prove o tracce dei reati: segnatamente di documenti di qualsivoglia tipo e su qualsiasi supporto essi si trovino (cartaceo, informatico, ecc.) e di oggetti e di valori patrimoniali, da porre in relazione con le indagini in corso rispettivamente con persone fisiche e/o giuridiche ad esse collegate". B. Il provvedimento è stato eseguito il 25 maggio 2012. Intervenuto in una seconda fase della perquisizione, anche in rappresentanza dell'altro indagato, il patrocinatore di A._ ha chiesto l'apposizione dei sigilli su una parte degli oggetti sequestrati. Il 14 giugno seguente il MPC ha presentato una domanda di dissigillamento al Giudice dei provvedimenti coercitivi (GPC). Con giudizio del 14 agosto 2012 questi ha respinto l'istanza, siccome l'ordine di perquisizione non presentava una sufficiente motivazione riguardo agli indizi di reato. C. Il MPC ha impugnato il 27 agosto 2012 questa sentenza con un reclamo alla Corte dei reclami penali del Tribunale penale federale (TPF), che l'ha trasmesso per competenza al Tribunale federale. Il 10 settembre 2012 il MPC ha poi presentato un analogo ricorso in materia penale al Tribunale federale, chiedendo la concessione dell'effetto sospensivo. Nel merito, ha chiesto in via principale di annullare la decisione del GPC e di ordinare il postulato dissigillamento. In via subordinata, ha chiesto di invitare il GPC ad eseguire la cernita degli oggetti sotto sigillo. Il ricorrente fa valere la violazione del diritto federale e l'accertamento manifestamente inesatto dei fatti. D. Il GPC chiede di respingere il gravame. A._ e B._ chiedono di respingerlo nella misura della sua ammissibilità. Il MPC ha replicato il 12 novembre 2012, confermandosi nel proprio gravame. Gli opponenti hanno ribadito le loro richieste il 17 dicembre 2012. Con decreto presidenziale del 10 ottobre 2012 è stato conferito effetto sospensivo al gravame.