Fatti: A. Con decreto legislativo del 25 settembre 1990, il Gran Consiglio del Cantone Ticino ha stanziato un sussidio di fr. 500'000.-- a favore di B._ per la realizzazione di un'azienda agricola nel Comune di Bosco Gurin, del costo preventivato di fr. 1'314'000.--. Per la medesima opera, il 3 gennaio 1991 l'Ufficio federale delle bonifiche fondiarie ha concesso un sussidio federale di fr. 412'500.--. A garanzia del buon uso dei contributi, il 15 dicembre 1994 B._ e sua moglie A._ hanno sottoscritto una convenzione con la Sezione cantonale delle bonifiche fondiarie e del catasto. L'atto prevedeva in particolare l'obbligo di destinazione esclusiva ad uso agricolo degli stabili e dei fondi per vent'anni a far tempo dal versamento dei sussidi cantonali e federali, pena la restituzione integrale degli stessi. B. Con scritto del 29 marzo 2005 B._ ha segnalato alla Sezione dell'agricoltura del Cantone Ticino di aver affittato ad un terzo l'azienda agricola ed i terreni annessi. Il 12 settembre 2005 l'autorità l'ha informato che non era necessaria l'approvazione del canone d'affitto, in quanto il contratto, datato 2 aprile 2005 e concluso per il periodo dal 1° giugno 2004 al 10 novembre 2012, riguardava singoli fondi non costituenti un'azienda agricola. Con decisione del 6 dicembre 2005 la Sezione dell'agricoltura ha però preso atto che A._ e B._ avevano dato in affitto la stalla, ma continuavano ad usare l'abitazione, ed ha quindi intimato loro di ripristinare la destinazione agricola per tutte le opere sussidiate oppure di restituire fr. 149'265.--. Annullata dalla Divisione cantonale dell'economia, la decisione della Sezione dell'agricoltura è stata riformulata l'8 febbraio 2006. Questa seconda decisione è stata impugnata dagli interessati dinanzi al Tribunale cantonale amministrativo, che ha tuttavia giudicato il ricorso irricevibile ed ha trasmesso gli atti al Consiglio di Stato affinché statuisse nel merito. C. Dopo aver dichiarato nulla per difetto di competenza la decisione emanata il 6 dicembre 2005 dalla Sezione dell'agricoltura, con risoluzione del 17 ottobre 2006 il Consiglio di Stato ha assegnato ad A._ e B._ un termine di trenta giorni per ripristinare la destinazione agricola, in ossequio alla convenzione del 15 dicembre 1994. In caso di inadempimento, ha ordinato il rimborso parziale dei sussidi, per complessivi fr. 194'702.--. Gli interessati si sono nuovamente aggravati dinanzi al Tribunale amministrativo, rilevando in particolare che la cessazione dell'attività agricola era dovuta ad un problema di salute del marito e che l'affitto a terzi costituiva una soluzione transitoria fino alla ripresa dell'azienda da parte di uno dei tre figli. Con sentenza del 24 aprile 2007, la Corte cantonale ha tuttavia respinto il ricorso. D. Il 1° giugno 2007 A._ e B._ hanno adito il Tribunale federale mediante un ricorso in materia di diritto pubblico ed un ricorso sussidiario in materia costituzionale. Dando seguito ad un decreto del Presidente della II Corte di diritto pubblico, l'11 giugno seguente i due gravami sono stati riuniti in un unico allegato, con cui i ricorrenti chiedono di annullare sia la decisione del Tribunale amministrativo sia quella del Consiglio di Stato. Con il ricorso in materia costituzionale essi lamentano la violazione del diritto di essere sentiti e del diritto alla protezione della buona fede, mentre con il ricorso in materia di diritto pubblico sollevano altre critiche, riferite indistintamente alla restituzione dei sussidi federali e di quelli cantonali. Chiamati ad esprimersi, il Consiglio di Stato chiede la reiezione dei gravami, mentre il Tribunale cantonale amministrativo si riconferma nelle motivazioni e nelle conclusioni della sentenza impugnata. Alla stessa si allinea anche l'Ufficio federale dell'agricoltura. E. Con decreto presidenziale del 4 luglio 2007 è stata accolta l'istanza di conferimento dell'effetto sospensivo presentata assieme ai gravami.