Fatti: A. In data 15 novembre 1995 C._ assicurazioni, Zurigo, ed C._ assicurazioni sulla vita, Ginevra, da una parte, e B._, dall'altra, hanno concluso un contratto di agenzia, in virtù del quale quest'ultimo ha assunto la gestione dell'agenzia generale C._ di Chiasso. B._ ha svolto l'attività di agente generale dal 1° gennaio 1996 al 31 dicembre 1997. In data 10 marzo 1998, egli ha sottoscritto una conferma secondo la quale al 31 dicembre 1997 il conto corrente dell'agenzia di Chiasso aveva un saldo negativo di fr. 300'916.25, corrispondente essenzialmente agli anticipi a lui versati, maggiori del dovuto. Quest'importo è stato in seguito ridotto a fr. 140'670.30. B. Con petizione 24 luglio 2001 C._ assicurazioni, Zurigo, ha chiesto la condanna di B._ al pagamento della predetta somma, oltre a interessi al 5 % dal 31 dicembre 1997, ed il rigetto dell'opposizione da lui interposta contro il relativo precetto esecutivo n. 542964 dell'Ufficio esecuzioni di Mendrisio. B.a Nelle more di causa la parte attrice ha modificato la sua ragione sociale in A._ assicurazioni, Zurigo. B.b Con sentenza 14 febbraio 2007 il Pretore della Giurisdizione di Mendrisio-Sud ha accolto la petizione, salvo far decorrere gli interessi dal 10 luglio 2000. Il giudice ha infatti ritenuto provata la stipulazione dell'asseverato contratto di conto corrente così come l'esistenza e l'ammontare del debito di B._. C. Adita dal soccombente, il 22 febbraio 2008 la II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino ha accolto il rimedio e ha respinto la petizione per carenza di legittimazione attiva della parte attrice, con conseguenza di tassa e spese a carico di quest'ultima. D. Insorta, il 7 aprile 2008, dinanzi al Tribunale federale con un ricorso in materia civile fondato sulla violazione del diritto federale e sull'accertamento manifestamente arbitrario dei fatti, A._ assicurazioni postula la modifica della sentenza cantonale nel senso della reiezione dell'appello e, di conseguenza, della conferma della pronunzia pretorile; in via subordinata chiede il rinvio dell'incarto al Tribunale d'appello per nuovo giudizio. Nella risposta del 19 maggio 2008 B._ ha proposto di respingere integralmente il ricorso, mentre l'autorità cantonale ha rinunciato a presentare osservazioni.