Fatti: A. La A._SA è titolare dell'autorizzazione a gestire il motel B._ di X._, situato a lato della strada cantonale, nella zona a carattere turistico del piano regolatore, che l'art. 34 delle norme di attuazione (NAPR) attribuisce esclusivamente a uno sfruttamento turistico-alberghiero. B. Nel 2007 e nel 2008 il distaccamento speciale della Polizia cantonale preposto alla prevenzione della tratta e dello sfruttamento degli esseri umani ha effettuato quattro controlli presso detto motel, accertando ch'era frequentato solo da giovani donne, non accompagnate, originarie di luoghi noti per la provenienza di prostitute. Alcune ragazze, straniere, erano state denunciate per l'esercizio non autorizzato della prostituzione, mentre altre si erano annunciate per svolgerla regolarmente nel motel, pubblicizzato su Internet come sito a luci rosse. Il 12 febbraio 2009 il Municipio ha ordinato alla proprietaria, alla A._SA e al gerente di sospendere immediatamente l'esercizio della prostituzione e di ripristinarne l'uso a scopo alberghiero, conformemente alla destinazione approvata con le licenze edilizie rilasciate tra il 1965 e il 1981. La decisione è stata dichiarata immediatamente esecutiva e a un eventuale ricorso è stato tolto preventivamente l'effetto sospensivo. Contro la decisione municipale la A._SA è insorta al Consiglio di Stato. C. Il 6 luglio 2009 la Sezione dei permessi e dell'immigrazione (SPI), ritenendo che con la decisione municipale sarebbero decadute le condizioni giustificanti la gestione del motel, ha revocato alla A._SA l'autorizzazione, ordinandone la chiusura immediata mediante l'apposizione di sigilli. La A._SA ha impugnato anche questa decisione dinanzi al Governo cantonale, chiedendo anche in questa causa la restituzione dell'effetto sospensivo al gravame. D. Con decisione del 30 giugno, rispettivamente del 24 luglio 2009, il Presidente del Consiglio di Stato ha respinto le domande di conferimento dell'effetto sospensivo ai ricorsi. La A._SA ha impugnato le decisioni governative davanti al Tribunale cantonale amministrativo, che con giudizio del 7 settembre 2009 ha respinto il gravame diretto contro l'ordine municipale (dispositivo n. 1.1) e accolto quello diretto contro la decisione della SPI. E. Avverso questo giudizio la A._SA presenta un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiede di annullarla limitatamente al dispositivo n. 1.1 e di concedere l'effetto sospensivo al gravame diretto contro l'ordine municipale. Non sono state chieste osservazioni al ricorso.