Fatti: A. Il 18 maggio 2000 A._, cittadino svizzero, ha acquistato mediante l'esercizio di un diritto di compera la proprietà del fondo xxx di Lugano al prezzo di fr. 1'250'000.--. Il 26 settembre 2002 l'ha venduto, al medesimo prezzo, alla B._SA, della quale deteneva l'intero pacchetto azionario. Il 20 novembre 2002 l'Autorità di I.a istanza del Distretto di Lugano per l'applicazione della legge federale del 16 dicembre 1983 sull'acquisto di fondi da parte di persone all'estero (LAFE; RS 211.412.41) ha considerato che quest'ultima operazione non era assoggettata alla legislazione federale. La decisione è stata confermata il 16 dicembre 2003 dalla Commissione di ricorso del Cantone Ticino per l'applicazione della LAFE. Adito dall'Ufficio federale di giustizia il 4 marzo 2004, il Tribunale federale ha tuttavia annullato entrambe le decisioni cantonali e ha rinviato la causa all'autorità di prime cure affinché completi gli accertamenti. Al riguardo ha precisato che data l'identità delle persone, di cui si dirà, detti accertamenti dovevano anche includere il primo acquisto di A._ (sentenza 2A.510/2003 del 4 maggio 2004). B. Il 27 settembre 2004 l'Autorità di I.a istanza del Distretto di Lugano per l'applicazione della LAFE ha quindi avviato una procedura di accertamento nei confronti di A._ (cfr. art. 25 cpv. 1bis LAFE) e, il 7 febbraio 2006, dopo avere stabilito che l'acquisto del fondo xxx di Lugano era stato finanziato in modo determinante da persone all'estero - non disponendo il compratore di mezzi propri sufficienti - ha dichiarato il negozio soggetto ad autorizzazione, ha negato la medesima e ha confermato il blocco del registro fondiario ordinato in precedenza. Il 29 luglio 2008 la Commissione di ricorso del Cantone Ticino per l'applicazione della LAFE ha tuttavia annullato la citata decisione e ha stabilito che l'acquisto del fondo xxx di Lugano da parte di A._ non era soggetto ad autorizzazione. C. L'8 settembre 2008 l'Ufficio federale di giustizia ha presentato dinanzi al Tribunale federale un ricorso in materia di diritto pubblico, con cui chiede che l'acquisto in questione sia dichiarato soggetto ad autorizzazione e che questa venga rifiutata. Chiamati ad esprimersi A._ ha proposto la reiezione del gravame, mentre l'Autorità di I.a istanza del Distretto di Lugano per l'applicazione della LAFE non ha formulato osservazioni. Da parte sua la Commissione cantonale di ricorso ha confermato in sostanza il suo operato con risposta del 9 ottobre 2008.