Fatti: A. A.a Il 20 luglio 2007 la B._SA aveva trasmesso in veste di ufficio di revisione della A._SA al Pretore del distretto di Lugano la copia di un proprio scritto del giorno precedente, indirizzato al consiglio di amministrazione di tale società, in cui veniva segnalato che quest'ultima si trovava in una "situazione di timore di eccedenza di debiti a norma dell'art. 725 cpv. 2 CO" e ciò in base al conto annuale 2006 che veniva allegato. In precedenza la B._SA aveva già comunicato al predetto consiglio di amministrazione almeno due volte "una situazione finanziaria, patrimoniale ed economica" pessima e molto preoccupante. L'ufficio di revisione aveva in particolare osservato che il patrimonio netto al 31 dicembre 2006 era pari a fr. 23'000.-- e che il conto annuale 2006, pur essendo stato redatto a valori di continuazione, non considerava alcuni accantonamenti e ammortamenti necessari che porterebbero a una situazione di perdita di capitale a valori di continuazione, senza che la società disponesse di dichiarazioni di postergazione sufficienti a coprire la perdita di capitale. Esso aveva altresì reiteratamente invano chiesto al consiglio di amministrazione la consegna di una serie di documenti, quali segnatamente un piano di risanamento concordato con le banche e un bilancio intermedio. All'udienza del 24 ottobre 2007 la segnalante aveva confermato di aver constatato che, effettuata la revisione a valore di continuazione al 31 dicembre 2006, la società versava in una situazione di eccedenza di debiti. Tuttavia, dopo aver visto un bilancio intermedio al 30 settembre 2007 allestito dal consiglio di amministrazione con la supervisione della C._SA - la quale non rivestiva alcuna carica all'interno della società, ma agiva su mandato degli amministratori -, la B._SA ha ritirato la propria segnalazione e il Pretore ha immediatamente stralciato dai ruoli la causa. A.b Il 6 novembre 2007 la B._SA ha avviato una nuova analoga procedura, ha comunicato al Pretore che non aveva potuto effettuare adeguati controlli dei documenti prodotti dalla A._SA né durante la predetta udienza né dopo lo stralcio della procedura e ha riconfermato il timore che la società si trovi in una situazione di eccedenza di debiti. Poiché il giorno prima l'assemblea degli azionisti della A._SA aveva destituito la segnalante, il Pretore ha convocato ad un'udienza del 13 febbraio 2008 il nuovo ufficio di revisione. Quest'ultimo non vi si è però presentato, perché aveva nel frattempo disdetto il mandato. Con sentenza 15 febbraio 2008 il Pretore ha pronunciato il fallimento, non ritenendo neppure dati i presupposti formali per un differimento. B. Con sentenza 1° aprile 2008 la Camera di esecuzione e fallimenti del Tribunale d'appello del Cantone Ticino ha respinto un rimedio della A._SA e ne ha nuovamente pronunciato il fallimento. I Giudici cantonali hanno ritenuto che di fronte ai ripetuti avvisi dell'ufficio di revisione al giudice e agli amministratori spettava a quest'ultimi presentare un bilancio intermedio soggetto alla verifica dell'ufficio di revisione o di un revisore abilitato per dimostrare che la situazione denunciata non corrispondesse alla realtà. I rappresentanti della società hanno invece unicamente prodotto un bilancio intermedio al 30 settembre 2007, privo della verifica di un organo di revisione e quindi inadatto ad attestare l'affermata assenza di una situazione di sovraindebitamento. La Corte cantonale ha altresì considerato giustificata la reiezione della domanda di differimento del fallimento, perché manca una verifica indipendente dei documenti prodotti, atteso che l'attività svolta dalla C._SA (che ha segnatamente supervisionato l'allestimento dei bilanci intermedi) non costituisce un rapporto di revisione. C. C.a Con ricorso in materia civile dell'8 aprile 2008 la A._SA postula, previa concessione dell'effetto sospensivo, in via principale la revoca del fallimento e in via subordinata il rinvio degli atti all'autorità cantonale per esame della domanda di "differimento/moratoria fallimentare". Sostiene che la lettera 6 novembre 2007 trasmessa al giudice dal suo ex organo di revisione non poteva essere considerata un avviso di una situazione di manifesta eccedenza di debiti e che una tale situazione non sarebbe nemmeno stata documentata. Afferma poi che il fallimento non può essere pronunciato sulla base della notifica di un mero sospetto e che la parte segnalata non deve apportare la prova dell'infondatezza del sospetto. Lamenta pure un'erronea applicazione degli art. 729b e 725a CO, perché quest'ultima norma disciplinerebbe unicamente il caso in cui il consiglio di amministrazione ha notificato l'eccedenza di debiti, ma non potrebbe essere applicata quando la segnalazione è partita dall'organo di revisione. Ritiene infine che il giudice avrebbe dovuto entrare nel merito della domanda subordinata di differimento del fallimento. C.b Con decreto del 30 aprile 2008 il Presidente della Corte adita ha conferito effetto sospensivo al ricorso nel senso che per la durata della procedura innanzi al Tribunale federale non possono essere adottate misure d'esecuzione forzata. C.c Né l'autorità cantonale né l'opponente hanno presentato osservazioni al ricorso.