Fatti: A. A.a K._, nato nel 1927, all'epoca direttore dell'Ufficio X._, il 3 ottobre 1985 subì una prima crisi epilettica ("erster Grand-mal-Anfall") durante un corso di ripetizione. Gli accertamenti che seguirono permisero di rilevare l'esistenza di un ascesso cerebrale parieto-occipitale. Dopo avere accusato ulteriori crisi epilettiche, nel febbraio 1996 l'interessato rimase vittima di un attacco ischemico cerebrovascolare a destra con emisindrome sensomotoria a sinistra. Il trattamento messo successivamente in atto presso il centro di riabilitazione di B._ venne interrotto il 7 giugno 1996 su richiesta della moglie, U._, la quale da allora, fatti salvi alcuni brevi periodi di ospedalizzazione/riabilitazione e di soggiorno in case di cura, si è sempre occupata personalmente, con l'aiuto di personale esterno, dell'assistenza domiciliare del marito. A causa delle pesanti ripercussioni (segnatamente: compromissione dell'indipendenza motoria, delle capacità intellettive [neuropsicologiche], della deglutizione e delle capacità visive) sul suo stato valetudinario, K._ non è più stato in grado di intraprendere un'attività lucrativa ed è totalmente dipendente dall'assistenza di terze persone per il compimento degli atti ordinari della vita. L'Assicurazione militare ha riconosciuto la piena responsabilità della Confederazione. A.b Mediante decisione del 7 febbraio 1997, sostanzialmente confermata il 27 giugno seguente in seguito all'opposizione interposta dall'interessato, l'Ufficio federale dell'assicurazione militare (UFAM), dopo avere fino a quella data assunto le spese effettive di cura domiciliare, gli ha riconosciuto, per il periodo dal 1° gennaio 1997 al 31 dicembre 1998, un'indennità per cura di fr. 9'293.- mensili, corrispondente all'importo necessario al trattamento, in camera singola di una struttura adeguata, di un paziente fortemente bisognoso di cure. Nell'autunno del 1998 i coniugi K._ hanno trasferito il loro domicilio da W._ a N._. Per giudizio del 14 dicembre 1998, il Tribunale delle assicurazioni del Cantone Zurigo, accogliendo il gravame dell'assicurato, ha annullato la decisione su opposizione querelata e ha retrocesso la causa all'amministrazione perché statuisse nuovamente, previo complemento istruttorio, sull'indennità di cura spettante all'interessato a partire dal 1° gennaio 1997. Dando seguito alla pronuncia di rinvio, l'UFAM, con separati provvedimenti del 3 agosto 1999, ha riconosciuto a titolo di indennità per cura a domicilio, gli importi mensili di fr. 16'000.- per il periodo 1° gennaio 1997 - 31 dicembre 1998, di fr. 19'000.- (al massimo e dietro presentazione delle relative fatture) dal 1° gennaio 1999 al 31 ottobre 1999, e di fr. 6'814.- (corrispondente alla somma che avrebbe determinato un ricovero in una casa per anziani medicalizzata) dal 1° novembre 1999 al 31 dicembre 2000. A seguito della nuova opposizione interposta dall'interessato, l'UFAM, pur mantenendo l'autorizzazione di cura a domicilio fino al 31 dicembre 2000 e riservandosi il diritto di pronunciarsi a tempo debito sui presupposti di una nuova autorizzazione a partire dal 1° gennaio 2001, per atto del 9 novembre 1999, cresciuto incontestato in giudicato, ha aumentato a fr. 19'000.- mensili l'importo massimo pagabile per le cure a domicilio, sempre dietro presentazione delle relative fatture. A.c Mediante decisione del 20 settembre 2000, sostanzialmente confermata il 15 novembre successivo anche in seguito all'opposizione interposta dall'interessato, l'UFAM ha quindi comunicato a K._ che non gli avrebbe più rilasciato, a fare tempo dal 1° gennaio 2001, una nuova autorizzazione per la cura a domicilio, quest'ultima risultando in particolare inappropriata ed ineconomica. Di conseguenza, a partire da tale data l'assicurazione militare gli avrebbe unicamente riconosciuto i costi relativi al ricovero in una casa per anziani medicalizzata della regione. B. B.a K._, patrocinato dall'avv. Marco Probst, si è aggravato al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino, chiedendo, in via cautelare, a decorrere dal 1° gennaio 2000 (recte: 2001) l'erogazione pendente lite di un'indennità mensile per cure a domicilio di fr. 16'000.- e, dietro presentazione delle relative fatture, fino a un importo massimo di fr. 19'000.-, nonché, nel merito, il versamento di tali importi con protesta di spese e ripetibili. B.b Con decreto supercautelare del 23 gennaio 2001 l'allora Vicepresidente del Tribunale cantonale delle assicurazioni ha accolto, inaudita altera parte, l'istanza volta alla concessione di misure provvisionali, e ha fatto ordine all'UFAM di autorizzare, a far tempo dal 1° gennaio 2001 e pendente causa, le cure a domicilio, con corresponsione di un'indennità mensile massima di fr. 19'000.-. Per parte sua, l'UFAM, con scritto del 2 febbraio 2001, pur non condividendo tale valutazione, ha comunicato di non fare uso della facoltà di chiedere il contraddittorio e la revoca del provvedimento cautelare. B.c Esperiti i propri accertamenti e preso in particolare atto delle risultanze della perizia giudiziaria affidata al dott. C._, specialista in neurologia nonché primario della Clinica di riabilitazione H._, la Corte cantonale, dopo avere accertato la maggior efficacia e appropriatezza come pure l'economicità delle cure prestate a domicilio in favore dell'assicurato, per pronuncia del 27 settembre 2004 ha annullato la decisione su opposizione querelata e ha fatto ordine all'UFAM di rilasciare una nuova autorizzazione a contare dal 1° gennaio 2001 (cifra 1 del dispositivo). Per contro, i giudici cantonali non si sono pronunciati sull'esatta entità dell'indennità spettante all'assicurato, litigioso essendo stato ritenuto unicamente il mancato rilascio dell'autorizzazione a farsi curare a domicilio. Per il resto, nel medesimo giudizio, previa congiunzione delle cause, essi hanno pure (parzialmente) accolto due ulteriori gravami dell'interessato, riconoscendo l'assunzione, a carico dell'assicurazione militare, da una parte, delle spese di tre sedute (anziché delle due concesse) settimanali di fisioterapia per il periodo settembre 2000-settembre 2001, e di acquisto di una sedia di cure su ruote (cifra 2 del dispositivo), nonché, dall'altra parte, dei costi per l'acquisto di un apparecchio terapeutico "Giger MD" (cifra 3 del dispositivo). La Corte cantonale ha infine assegnato all'assicurato un importo di fr. 9'000.- a titolo di ripetibili (cifra 4 del dispositivo). C. L'UFAM, patrocinato dall'avv. Alberto Agustoni, interpone ricorso di diritto amministrativo al Tribunale federale delle assicurazioni, al quale chiede, in accoglimento del gravame, l'annullamento, rispettivamente la modifica, del giudizio cantonale limitatamente alle cifre 1 e 4 del dispositivo nonché la conferma della decisione su opposizione del 15 novembre 2000. Dei motivi si dirà, per quanto occorra nei considerandi. K._, sempre rappresentato dall'avv. Probst, propone la reiezione del gravame e produce ulteriore documentazione, in parte già in atti, sulla cui ammissibilità si oppone per contro l'UFAM.