Fatti: A. La tratta a cielo aperto Biasca campagna - Nodo della giustizia fa parte del progetto relativo alla nuova linea ferroviaria transalpina del San Gottardo ed è disciplinata dal decreto federale del 4 ottobre 1991 sul transito alpino (RS 742.104; cfr. art. 5bis lett. a di tale decreto). Con decisione dell'8 maggio 2001 il Dipartimento federale dell'ambiente, dei trasporti, dell'energia e delle comunicazioni (DATEC) ha approvato i piani relativi alla citata tratta, presentati dalla società AlpTransit San Gottardo SA (in seguito: AlpTransit), cui spetta l'attuazione dell'opera. B. Il 9 settembre 2005 AlpTransit ha sottoposto per approvazione all'Ufficio federale dei trasporti, quale autorità con facoltà d'istruzione, la modifica del progetto "Piazza della tecnica ferroviaria", pubblicato nel Foglio ufficiale del Cantone Ticino. Al progetto si sono opposti il Comune di Biasca e A._. Il Patriziato di Biasca ha notificato pretese d'indennità. Mediante decisione del 1° giugno 2006 il DATEC, dopo aver dichiarato irricevibile per carenza di legittimazione l'opposizione di A._, ha approvato il menzionato progetto imponendo ad AlpTransit una serie di oneri. C. A._ impugna con un ricorso di diritto amministrativo al Tribunale federale la decisione di approvazione dei piani, nella misura in cui gli è stata negata, quale cittadino patrizio, la legittimazione. Chiede, in via principale, di annullare la decisione del DATEC invitandolo a esaminare nel merito la sua opposizione e, in via cautelare, di concedere effetto sospensivo al gravame. Non sono state chieste osservazioni.