Fatti: A. Il 14 settembre 1993 il Municipio di X._ ha autorizzato A._ a realizzare una pista di cantiere sui fondi uuu e vvv (ora www e yyy) di sua proprietà, situati fuori della zona edificabile, allo scopo di realizzare alcuni muri di sostegno e di riattare dei manufatti annessi alla sua casa di abitazione. L'autorizzazione era subordinata alla condizione di ripristinare la situazione preesistente a lavori conclusi. Terminati gli stessi, la proprietaria ha presentato l'8 settembre 1994 al Municipio una domanda di costruzione per trasformare la pista di cantiere in una strada carrozzabile. Preso atto del preavviso negativo dell'autorità cantonale, che ha ritenuto non adempiute le condizioni di un'autorizzazione eccezionale, con decisione del 23 luglio 1999 l'Esecutivo comunale ha negato all'istante il rilascio della licenza edilizia. Il Municipio ha contestualmente accolto le opposizioni della vicina B._ e delle C._SA, la cui linea ferroviaria zzz costeggia le suddette particelle. Il diniego della licenza edilizia è stato confermato dal Consiglio di Stato del Cantone Ticino con decisione del 2 febbraio 2000 e, su ricorso dell'istante, dal Tribunale cantonale amministrativo con sentenza del 25 aprile 2000. Una domanda di revisione presentata dall'istante contro tale giudizio è stata respinta il 10 novembre 2003 dalla Corte cantonale. B. Il 3 marzo 2001 il Municipio di X._ ha quindi ordinato a A._ di ripristinare lo stato primitivo dei fondi. Contro l'ordine di ripristino la proprietaria ha adito il Consiglio di Stato, chiedendone l'annullamento. Dopo una serie di atti che non occorre qui evocare, con decisione del 15 maggio 2007 il Governo ha respinto il gravame, confermando il provvedimento municipale. Con sentenza del 10 dicembre 2007 il Tribunale cantonale amministrativo ha respinto un ricorso della proprietaria contro la risoluzione governativa. Adita da A._, con giudizio del 30 maggio 2008 questa Corte ha respinto, in quanto ammissibile, un gravame contro la sentenza della Corte cantonale (causa 1C_49/2008). Il 13 novembre 2008 ha inoltre respinto, sempre in quanto ammissibile, una domanda di revisione della sentenza del 30 maggio 2008 (causa 1F_21/2008). C. Il 13 marzo 2009 la proprietaria ha comunicato al Municipio che avrebbe dato seguito all'ordine di ripristino, nel senso che si sarebbe limitata a ripristinare il tracciato di una strada preesistente mediante alcuni interventi sullo stesso. L'Ufficio delle domande di costruzione del Dipartimento del territorio non ha condiviso la proposta, ritenendo sufficientemente chiaro l'ordine di ripristino. La proprietaria ha formalizzato la proposta presentando il 16 settembre 2009 al Municipio di X._ una domanda di costruzione per il "ripristino della strada preesistente ed eliminazione della pista di cantiere". Il progetto prevede in particolare di sbarrare l'ultimo tratto della pista e di restringerne il calibro, soprattutto in corrispondenza dei tornanti. All'altezza del primo tornante è inoltre previsto il consolidamento della scarpata con un ulteriore muro. Alla domanda si sono opposti B._, C._SA e l'autorità cantonale. Con decisione del 10 dicembre 2010, il Municipio ha quindi negato il rilascio della licenza edilizia. Adito dall'istante, il Consiglio di Stato ha respinto il ricorso il 17 agosto 2011, confermando la risoluzione municipale. D. Con sentenza del 25 settembre 2012 il Tribunale cantonale amministrativo ha respinto un ricorso presentato dalla proprietaria contro la decisione governativa. Ha sostanzialmente ritenuto che l'opera costituiva una nuova costruzione che non poteva beneficiare di un'autorizzazione eccezionale in applicazione degli art. 24 e 24c LPT. E. A._ impugna questa sentenza con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo di annullarla, di accertare che una licenza edilizia non è necessaria per dare seguito all'ordine municipale del 3 marzo 2001 e di prendere atto della proposta di ripristino del 13 marzo 2009. In via subordinata, chiede di rinviare gli atti alle istanze inferiori affinché si esprimano sulla proposta dopo l'esperimento di un sopralluogo e un accertamento completo dei fatti. Postula inoltre il conferimento dell'effetto sospensivo al gravame. La ricorrente fa valere l'accertamento arbitrario dei fatti e la violazione dei principi della buona fede, della legalità e della parità di trattamento. Non sono state chieste osservazioni al ricorso.