Fatti: A. Fondata nel 1974, la A._SA, con sede a Savosa, ha quale scopo la gestione di un centro bioanalitico. Il suo capitale sociale, interamente liberato, ammonta a fr. 200'000.-- ed è suddiviso in 200 azioni da fr. 1'000.--. Queste sono state integralmente detenute dalla famiglia B._ fino al 6 aprile 2000, quando i fratelli B.B._ e C.B._ hanno venduto il 70 % del pacchetto azionario alla D._AG di Düdingen per l'importo di fr. 2'800'000.--. B. Nella dichiarazione d'imposta per il periodo fiscale 2002 (1° luglio 2001 - 30 giugno 2002), la A._SA ha indicato di aver subito una perdita di fr. 58'270.-- ed esposto un capitale imponibile di fr. 385'053.--. Fondandosi su un rapporto dell'Ispettorato fiscale, con decisione del 13 aprile 2006 l'Ufficio di tassazione delle persone giuridiche ha invece tenuto conto di un utile imponibile di fr. 2'145'000.-- e di un capitale di fr. 200'000.--. A questi importi è giunto aggiungendo in particolare al risultato d'esercizio dichiarato una prestazione valutabile in denaro di fr. 2'950'000.-- relativa alla cessione alla D._AG, senza contropartita, di una parte del goodwill. Per il capitale ha invece tenuto conto solo del capitale azionario liberato, considerato quale fattore d'imposizione minimo. Per calcolare il goodwill ceduto, l'autorità di tassazione si è basata innanzitutto sul prezzo pagato per la vendita del 70 % delle azioni, da cui ha ricavato il valore complessivo della società (fr. 2'800'000.-- : 70 x 100 = fr. 4'000'000.--). Ha poi quantificato l'importo totale del goodwill nella differenza tra il valore dell'azienda ed il capitale proprio alla fine del 1999 (fr. 4'000'000.-- - fr. 491'847.-- = fr. 3'508'847.--). Infine ha determinato la parte di goodwill ceduta riducendo il goodwill complessivo nella stessa proporzione in cui era diminuita la cifra d'affari dopo la cessione (cifra d'affari media tra il 1997 e il 2001: fr. 4'077'028.--; cifra d'affari media tra il 2002 e il 2004: fr. 643'653.--; differenza di fr. 3'433'375.--, ovvero dell'84,21 %. Goodwill ceduto: fr. 3'508'847.-- x 84,21 % = fr. 2'954'800.--, arrotondato a fr. 2'950'000.--). C. Su reclamo, la suddetta notifica d'imposta è stata sostanzialmente confermata dall'Ufficio di tassazione delle persone giuridiche il 5 luglio 2007. Detta autorità si è infatti limitata a tralasciare una ripresa di fr. 18'813.-- per spese non riconosciute. La contribuente si è allora aggravata dinanzi alla Camera di diritto tributario del Tribunale d'appello del Cantone Ticino che, con sentenza del 25 marzo 2008, ha parzialmente accolto il ricorso, riducendo a fr. 2'352'477.-- (con relativo adeguamento della riserva negativa per imposte) la prestazione valutabile in denaro in relazione alla cessione parziale del goodwill. La Corte cantonale ha in pratica ripreso il metodo di calcolo dell'autorità di prima cure, ma ha escluso dalla cifra d'affari ceduta il fatturato di E._, venuto meno a partire dal 1° maggio 2001 a seguito della rescissione del contratto di collaborazione tra le parti. I giudici cantonali hanno in effetti considerato che la disdetta di tale contratto, notificata il 26 ottobre 2000, era sostanzialmente imprevedibile al momento della vendita della partecipazione azionaria. D. Il 30 aprile 2008 la A._SA ha inoltrato un ricorso in materia di diritto pubblico dinanzi al Tribunale federale, con cui chiede di annullare la sentenza della Camera di diritto tributario ed eventualmente di rinviare la causa alla stessa per nuovo giudizio. Critica l'accertamento dei fatti operato dall'istanza precedente e lamenta la violazione, in relazione all'imposta federale diretta, degli art. 58 e 124 LIFD (RS 642.11) e, in relazione all'imposta cantonale e comunale, degli art. 8 e 127 cpv. 3 Cost., nonché dell'art. 1 cpv. 1 LAID (RS 642.14). Chiamate ad esprimersi, la Divisione delle contribuzioni del Cantone Ticino e l'Amministrazione federale delle contribuzioni (Divisione principale imposta federale diretta, imposta preventiva, tasse di bollo) propongono di respingere il gravame, mentre la Camera di diritto tributario del Tribunale d'appello non presenta formali richieste di giudizio.