Fatti: A. Nel mese di maggio 2000, la B._ Sagl, nel frattempo fallita, ha chiesto all'allora Municipio di Claro di rilasciarle la licenza edilizia per la formazione di un deposito per materiale per un'impresa di costruzioni sul fondo n. 1658, attribuito dal previgente piano regolatore del 1975 alla zona industriale J2. Il progetto prevedeva la posa di una recinzione in rete metallica lungo il perimetro del fondo e di collocare, senza indicarne il numero, l'ubicazione e il dimensionamento, alcune baracche al suo interno e una sosta per il macchinario. Il 6 ottobre 2000, il Municipio ha rilasciato la licenza per la recinzione. In seguito, sul fondo sono state realizzate alcune baracche e depositati in maniera disordinata macchinari, materiali per l'edilizia e container, poi sostituiti da una struttura unica (magazzino). B. Esprimendosi sul progetto di revisione del piano regolatore del 2003, approvato parzialmente, il Consiglio di Stato ha stabilito che quello vigente aveva perso la sua validità poiché contrario alla LPT e che, fino all'approvazione della revisione, la zona edificabile sarebbe stata costituita dal territorio già largamente edificato. Il 18 marzo 2008 il Governo non ha approvato l'attribuzione di quest'area alla zona R3, invitando il Comune a elaborare una variante, suggerendone l'assegnazione alla zona agricola. Nell'ottobre/dicembre 2014, il Consiglio comunale ha adottato la variante, tuttora in via di approvazione, che inserisce il fondo n. 1658, acquistato nel marzo 2011 da A._, nelle superfici per l'avvicendamento colturale (SAC). C. L'8 settembre 2011 il Municipio ha intimato al nuovo proprietario un ordine di sospensione dei lavori volti a realizzare una struttura metallica a uso capannone. Dopo aver chiesto nel 2012 un permesso parzialmente in sanatoria per le istallazioni realizzate e per due nuove tettoie, domanda poi ritirata, il 26 giugno 2013 il proprietario ha chiesto il permesso di poter costruire un magazzino di circa 100 m2, destinato a sostituire i vecchi fabbricati. Alla domanda si è opposto un vicino. Il 19 dicembre 2013 il Municipio ha rilasciato il permesso, licenza annullata il 29 aprile 2014 dal Governo cantonale, decisione confermata il 12 novembre 2014 dal Tribunale cantonale amministrativo. Il 6 novembre 2014 il Municipio ha inflitto al proprietario una multa di fr. 2'250.-- per la posa senza permesso di un capannone; l'11 novembre 2014 ha ordinato inoltre la sospensione dei lavori volti all'edificazione di un magazzino, provvedimenti tutelati dal Consiglio di Stato. D. L'8 ottobre 2015 il Municipio, accertata la realizzazione di un deposito per impresa di costruzione, ha ordinato al proprietario di demolire tutte le opere esistenti sul fondo. Adito da quest'ultimo, con decisione del 22 giugno 2016 il Consiglio di Stato ha annullato il provvedimento e rinviato gli atti al Municipio affinché esiga l'inoltro di una domanda di costruzione in sanatoria, adottando se del caso un nuovo ordine di ripristino. Con giudizio del 20 dicembre 2018 il Tribunale cantonale amministrativo ha accolto un ricorso del Comune di Claro, al quale è subentrato quello di Bellinzona in seguito alla loro aggregazione, e annullato la decisione governativa, confermando l'ordine di demolizione municipale. E. Avverso questa sentenza A._ inoltra un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiede, concesso al gravame l'effetto sospensivo in via supercautelare e cautelare, in via principale, di accertare la nullità della decisione impugnata, subordinatamente di riformularla nel senso di accertare la legalità materiale delle costruzioni e di non ordinarne la demolizione, in via ancor più subordinata, di annullare la decisione impugnata e di rinviare la causa a una istanza inferiore per nuovo accertamento dei fatti. Non è stato ordinato uno scambio di scritti, ma è stato richiamato l'incarto cantonale. Al ricorso è stato conferito l'effetto sospensivo in via supercautelare.