Fatti: A. L'8 marzo 2013, una società, alla quale infine è succeduta A._SA, ha chiesto al Municipio del Gambarogno il permesso per il cambiamento di destinazione, da stabile industriale a postribolo, di un edificio ubicato a Quartino Est nella zona industriale, artigianale e commerciale (zona ZIAC). Il progetto oltre a 29 posteggi scoperti prevede un modesto ampliamento del fabbricato e l'allestimento a pianterreno di una zona d'incontro tra clienti e prostitute, quattro camere per disabili, una cucina, un locale fumatori, una terrazza coperta e una zona benessere: al 1° piano sono previste 19 camere, servizi igienici e spazi destinati all'amministrazione. B. I servizi generali del Dipartimento del territorio hanno preavvisato favorevolmente la domanda, subordinandola a una serie di condizioni. Con decisione del 22 settembre 2014 l'Esecutivo comunale ha negato il rilascio della licenza edilizia. Adito dall'istante, il 17 giugno 2015 il Consiglio di Stato ne ha accolto il ricorso e rinviato gli atti al Comune affinché rilasci la licenza richiesta, visto che l'esercizio della prostituzione costituisce un'attività di indole prevalentemente commerciale, o comunque di servizio, compatibile con le funzioni assegnate alla zona. Con giudizio del 16 marzo 2017 il Tribunale cantonale amministrativo ha respinto un ricorso del Comune. C. Avverso questa sentenza il Comune del Gambarogno presenta un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiede di annullarla e di confermare il diniego della licenza edilizia. Non è stato ordinato uno scambio di scritti, ma è stato richiamato l'incarto cantonale.