Fatti: A. La società B._ Sagl, il cui scopo è la commercializzazione e la riparazione di elettrodomestici, è proprietaria del fondo part. xxx di X._, situato fuori della zona edificabile, lungo la strada cantonale che collega X._ a Y._. Sulla particella, che fino all'agosto del 2010 apparteneva ad altri proprietari, sorgono due edifici separati da uno spiazzo: a sud il sub A, in contiguità con una casa d'abitazione (fondo part. yyy), e a nord il sub. C. Il sub A è classificato nell'inventario degli edifici situati fuori delle zone edificabili nella categoria 4, quale edificio rilevato, con l'indicazione "salone coiffure + deposito, ex falegnameria". B. Il 24 settembre 2002 il Municipio di X._ ha rilasciato all'allora proprietaria del fondo part. xxx la licenza edilizia per la ristrutturazione, la trasformazione e l'ampliamento dell'immobile di cui al sub A. Il progetto prevedeva di ristrutturare l'edificio, precedentemente occupato da un laboratorio di falegnameria e da un salone di parrucchiere con magazzino, sopraelevando il tetto di 70 cm alla gronda e di 50 cm al colmo, al fine di ricavare nel sottotetto un locale di incerta destinazione. Il laboratorio di falegnameria sarebbe inoltre stato trasformato in un locale multiuso per riunioni private, dotato di locale doccia e servizi igienici. Adito da alcuni vicini già opponenti, con decisione del 1° aprile 2003 il Consiglio di Stato ha annullato la licenza edilizia ritenendola in contrasto con gli art. 24 segg. LPT. Con sentenza del 6 febbraio 2004 il Tribunale cantonale amministrativo ha parzialmente accolto un ricorso dell'allora proprietaria contro la decisione governativa, confermando la licenza edilizia rilasciata dal Municipio limitatamente al cambiamento di destinazione del laboratorio di falegnameria in un locale multiuso per riunioni private. C. Il 10 aprile 2011 la B._ Sagl, frattanto divenuta proprietaria del fondo part. xxx, ha chiesto al Municipio il permesso di ristrutturare il sub A. Il progetto prevedeva di adibire a deposito e atelier per le riparazioni di elettrodomestici una parte artigianale e di utilizzare come residenza primaria una parte asseritamente ritenuta abitativa. Era inoltre previsto il rifacimento di due servizi igienici presenti, l'isolazione delle pareti, il rinnovamento della carpenteria del tetto e la posa di un'isolazione sul pavimento del solaio, la sostituzione del camino esistente con due stufe a pellets e l'installazione di nuove finestre. All'esterno sarebbero stati mantenuti i tre posteggi esistenti. Dopo una serie di atti che non occorre qui evocare, raccolto il preavviso favorevole dell'Autorità cantonale, il 9 luglio 2012 il Municipio ha rilasciato la licenza edilizia, che è rimasta incontestata. D. Riscontrata la difformità di alcuni interventi edilizi, l'Esecutivo comunale ha ordinato il 21 giugno 2013 alla B._ Sagl l'immediata sospensione dei lavori e l'inoltro di una domanda di costruzione a posteriori. Il 20 settembre 2013, la proprietaria ha quindi presentato una domanda di costruzione denominata "variante in corso d'opera", da cui risulta che, rispetto ai piani approvati, sono state demolite due pareti divisorie interne nella parte abitativa, compreso il loro prolungamento nel sottotetto, nonché la soletta del solaio, di cui è previsto il rifacimento con l'aggiunta di una scala interna per accedervi. La domanda contempla pure la semplificazione della falda ovest del tetto, la formazione di una parete divisoria e di un locale WC nella parte artigianale, trasformando il bagno preesistente in un locale tecnico/lavanderia, e la sostituzione dell'impianto di riscaldamento elettrico con uno a gas con distribuzione a serpentine. Nella parte abitativa sono previsti lo spostamento della cucina nell'angolo nord-est, alcune modifiche alle aperture e l'installazione di una stufa a legna in aggiunta a quelle a pellets precedentemente approvate. Il piazzale esterno rimarrebbe adibito a posteggio e verrebbe sistemato in parte a prato e in parte con mattonelle in cemento filtranti. Alla domanda si è in particolare opposto A._, proprietario di un fondo vicino. E. Il 20 dicembre 2013 l'Autorità cantonale ha presentato un'opposizione parziale al progetto, preavvisando negativamente la costruzione della scala di accesso al sottotetto. Il 13 gennaio 2014 il Municipio ha quindi rilasciato la licenza edilizia richiesta, ad eccezione della citata scala d'accesso ed ha contestualmente respinto l'opposizione del vicino. La decisione municipale è stata confermata il 24 giugno 2014 dal Consiglio di Stato, adito dal vicino opponente. F. Dopo avere esperito un sopralluogo, con sentenza del 21 aprile 2016 il Tribunale cantonale amministrativo ha parzialmente accolto, nella misura della sua ricevibilità, un ricorso presentato dall'opponente contro la decisione governativa. La Corte cantonale ha segnatamente confermato il rilascio della licenza edilizia all'ulteriore condizione che l'area del piazzale coperta da mattonelle in cemento filtranti sia limitata a 100 m2. G. A._ impugna questa sentenza con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo di annullarla e di annullare pure la decisione governativa, nonché la licenza edilizia del 13 gennaio 2014. Postula inoltre che sia revocata la licenza edilizia del 9 luglio 2012 e che il Municipio sia invitato ad ordinare il ripristino della situazione precedente il rilascio dei contestati permessi di costruzione. Il ricorrente fa sostanzialmente valere la violazione del divieto dell'arbitrio e dell'art. 43 cpv. 2 OPT (RS 700.1). H. La Corte cantonale precisa la portata della sentenza impugnata e di quella precedente, del 6 febbraio 2004, riconfermandosi nel suo giudizio. Il Consiglio di Stato si rimette al giudizio del Tribunale federale. L'Ufficio delle domande di costruzione e il Municipio di X._ comunicano di non avere particolari osservazioni da formulare. La B._ Sagl contesta la fondatezza del ricorso. Invitato ad esprimersi sul gravame, l'Ufficio federale dello sviluppo territoriale (ARE) chiede di annullare almeno la licenza edilizia del 13 gennaio 2014. Il Municipio di X._ e l'Ufficio delle domande di costruzione si sono confermati nelle loro risposte con osservazioni del 16 febbraio 2017, rispettivamente del 28 febbraio 2017. La Corte cantonale si è espressa sulla presa di posizione dell'ARE, riconfermandosi nella sua sentenza. Con osservazioni del 9 marzo 2017 sia il ricorrente sia la B._ Sagl hanno ribadito le loro conclusioni.