Fatti: A. Il 23 ottobre 2006 B._, architetto, ha avviato un'azione davanti alla Pretura di Lugano chiedendo che la A._AG (in precedenza A._SA) fosse condannata a pagargli fr. 145'986.65, con interessi al 5% dal 20 aprile 2006, e che fosse rigettata l'opposizione dichiarata dalla convenuta al precetto esecutivo che le era stato notificato per quell'importo. Il credito consisteva del saldo d'onorario per prestazioni di progettazione di una palazzina a Origlio, maggiorato di un'indennità per interruzione anticipata del contratto (in tutto fr. 124'243.95), e degli interessi di mora (fr. 21'742.70). La convenuta si è opposta interamente alla petizione. Ha eccepito l'assenza di legittimazione attiva poiché a suo parere la relazione contrat tuale non si era istaurata con l'attore ma con la società in nome collettivo ch'egli formava con la moglie; ha contestato l'applicabilità della norma SIA 102 per il calcolo dell'onorario; e ha sostenuto che tutte le prestazioni erano già state pagate. Con sentenza del 21 novembre 2014 la Pretora aggiunta di Lugano ha accolto la petizione limitatamente a fr. 102'755.55 con interessi del 5% dal 28 giugno 2006 su fr. 86'978.60. B. Entrambe le parti hanno proposto appello, ribadendo le rispettive domande. Con l'appello principale la convenuta ha chiesto la reiezione della petizione, mentre l'attore, con l'appello incidentale, ha chiesto che la controparte fosse condannata a pagargli fr. 145'986.65, oltre agli interessi, e che fosse nel contempo rigettata l'opposizione al precetto esecutivo. La II Camera civile del Tribunale d'appello ticinese si è pronunciata con sentenza del 23 settembre 2016. Essa ha respinto entrambe le impugnative con seguito di spese e ripetibili. C. La A._AG insorge davanti al Tribunale federale con ricorso in materia civile del 27 ottobre 2016. Chiede che la sentenza d'appello sia riformata e che la petizione di B._ sia respinta. Questi, con risposta del 22 novembre 2016, propone di respingere il ricorso nella misura in cui fosse ammissibile. L'autorità cantonale non si è pronunciata.