Fatti: A. Il 17 dicembre 2012 il Consiglio comunale di X._ ha adottato una variante del piano regolatore approvato nel 1997, che prevede l'istituzione di una nuova zona artigianale in località Y._, attribuita attualmente al territorio senza destinazione specifica. La nuova zona, composta di pochi fondi, è staccata dal comprensorio edificabile e ha una superficie di 3'650 m2. Essa comprende un isolato triangolare occupato prevalentemente da A._SA (2'264 m2). Scopo della variante è di permettere il trasferimento della carrozzeria A._SA nel comparto, liberando i terreni da essa occupati in zona residenziale e di consolidare le attività che vi vengono già svolte. B. Con risoluzione del 30 aprile 2014 il Consiglio di Stato ha negato l'approvazione della variante. Adito da A._SA e dal Comune di X._, con giudizio del 12 ottobre 2016 il Tribunale cantonale amministrativo ne ha respinto i ricorsi, ritenendo che nuovi azzonamenti possono essere approvati soltanto se viene dezonata almeno la stessa superficie, ciò che non è avvenuto in concreto. C. Avverso questa decisione A._SA presenta un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiede di annullarla e di rinviare l'incarto alla Corte cantonale per nuovo giudizio nel senso dei considerandi, subordinatamente di approvare la variante di piano regolatore. Non sono state chieste osservazioni al gravame, ma è stato richiamato l'incarto cantonale.