Fatti: A. A.a. Il 24 giugno 2009 la A._SA e l'associazione B._ hanno sottoscritto un diritto di compera, cedibile e che poteva essere esercitato fino al 30 giugno 2012, concernente una quota di una comproprietà per piani sita a Lugano. La validità del contratto era stata sottoposta alla condizione sospensiva dell'ottenimento di una decisione di non assoggettamento nel senso dell'art. 2 cpv. 2 lett. a della legge federale sull'acquisto di fondi da parte di persone all'estero (LAFE; RS 211.412.41). Le parti hanno anche convenuto che il contratto non era condizionato dal rilascio della licenza edilizia né dal fatto, di cui la beneficiaria del diritto era consapevole, che l'amministrazione e l'assemblea condominiale non dovevano sollevare obbiezioni per quanto riguarda il previsto cambiamento di destinazione da clinica diurna a luogo di culto e centro culturale. La beneficiaria doveva pure assumersi le spese condominiali dal 1° luglio 2009 e versare acconti per complessivi fr. 540'000.--, i quali in caso di rinuncia anticipata o omesso esercizio del diritto di compera sarebbero rimasti alla concedente quale pena convenzionale. A.b. Il 30 giugno 2009 l'assemblea condominiale ha negato con il solo voto contrario della A._SA l'autorizzazione al cambiamento di destinazione, perché ha ritenuto che la nuova utilizzazione non rientrasse in quelle previste dall'atto costitutivo e dal regolamento condominiale. La A._SA ha impugnato la delibera assembleare con petizione 28 luglio 2009. Il 5 agosto 2009, adita dalla B._, l'Autorità di prima istanza del distretto di Lugano per l'applicazione della LAFE (in seguito: Autorità LAFE) ha rilasciato una decisione di non assoggettamento sottoposta a due condizioni e cioè l'ottenimento sia dell'approvazione condominiale sia della licenza edilizia, entrambe riferite al cambiamento di destinazione e cresciute in giudicato. La licenza edilizia chiesta il 21 settembre 2009 e concessa dal Comune di Lugano è stata annullata con decisione 30 novembre 2010 dal Consiglio di Stato del Cantone Ticino, che ha giudicato gli atti incompleti. La domanda non è più stata riproposta. A.c. Dopo aver pagato i previsti acconti e assunto le spese condominiali di fr. 59'329.75, il 2 luglio 2012 la B._ ha invano chiesto alla A._SA di restituire le somme versate oppure di prorogare il diritto di compera o di costituirne uno nuovo. A.d. La B._ ha quindi convenuto in giudizio innanzi al Pretore del distretto di Lugano la A._SA, chiedendo che quest'ultima fosse condannata a pagarle fr. 599'329.75, oltre interessi, e che l'opposizione interposta a un precetto esecutivo fattole in precedenza notificare fosse rigettata in via definitiva. La convenuta si è opposta alla petizione e ha postulato in via riconvenzionale la condanna dell'attrice al versamento di fr. 29'693.15 per spese condominiali e spese relative alla procedura di contestazione della decisione assembleare. Il Pretore ha, con sentenza 12 maggio 2016, integralmente accolto la petizione e respinto l'azione riconvenzionale. B. Con sentenza 23 febbraio 2018 la II Camera civile del Tribunale di appello del Cantone Ticino ha respinto, nella misura in cui era ricevibile, un appello presentato dalla A._SA. Dopo aver ritenuto insufficientemente motivata la censura concernente la mancata applicazione del principio dell'affidamento, ha indicato che la condizione sospensiva a cui soggiaceva il diritto di compera non si era verificata: la decisione dell'Autorità LAFE non poteva infatti essere considerata una decisione di non assoggettamento nel senso previsto dal rogito, poiché dipendeva da due condizioni che non si sono realizzate. Ha rilevato che tale circostanza rendeva impossibile l'iscrizione del trapasso di proprietà in caso di esercizio del diritto di compera, facendo diventare irrilevanti le argomentazioni concernenti la volontà delle parti. Ha inoltre negato che l'attrice avesse assunto una responsabilità nell'evenienza in cui l'autorizzazione LAFE non fosse stata concessa. Ha poi reputato l'appello inammissibile con riferimento all'asserita intervenuta prescrizione della pretesa di restituzione, per aggiungere a titolo abbondanziale che, in ragione della cedibilità prevista nel rogito, il termine di prescrizione ha unicamente cominciato a decorrere dopo la scadenza del diritto di compera. Ha infine ritenuto l'appello irricevibile, in ragione della sua carente motivazione, anche per quanto riguarda la domanda riconvenzionale. C. Con ricorso in materia civile del 16 aprile 2018 la A._SA postula, previo conferimento dell'effetto sospensivo al gravame, la reiezione della petizione e l'accoglimento dell'azione riconvenzionale. Narrati e completati i fatti, ne lamenta un accertamento inesatto. Si duole poi di un'errata applicazione degli art. 310 segg. CPC e lamenta una mancata applicazione del principio dell'affidamento. Afferma pure che l'attrice aveva rinunciato ad adempiere le condizioni e che, prevalendosi della nullità del contratto, sarebbe incorsa in un abuso di diritto. Invoca altresì una violazione dell'art. 8 CC con riferimento alle possibilità di ottenere tempestivamente la licenza edilizia e l'autorizzazione condominiale. Asserisce infine che l'autorità inferiore sarebbe incorsa nell'arbitrio per non aver ritenuto la pretesa di restituzione prescritta e reputa "spiccia" l'argomentazione sulla domanda riconvenzionale. Con risposta 28 maggio 2018 la B._ propone di respingere sia la domanda di conferimento dell'effetto sospensivo sia il ricorso. Le parti hanno spontaneamente proceduto a un secondo scambio di scritti. Con decreto del 9 luglio 2018 la Presidente della Corte adita ha conferito effetto sospensivo al ricorso.