Fatti: A. Il 23 febbraio 2018 il Dipartimento del territorio del Cantone Ticino, Divisione delle costruzioni, ha indetto un pubblico concorso sottoposto al concordato intercantonale sugli appalti pubblici del 25 novembre 1994/15 marzo 2001 (CIAP; RL/TI 730.500) ed impostato secondo la procedura libera, relativo alle opere da metalcostruttore per la sistemazione del nuovo nodo intermodale della stazione FFS di Bellinzona. La gara d'appalto concerne più precisamente la fornitura e la posa delle pensiline per il nuovo terminale dei bus in vicolo Nadi, delle pensiline per le biciclette nel piazzale Stazione, nonché di barriere, ringhiere e parapetti diversi. Il capitolato d'appalto, contro il quale non sono stati interposti ricorsi, descriveva tra l'altro la sequenza di montaggio, in sei fasi distinte, per la messa in opera delle pensiline, precisando che la stessa era "vincolante al fine di garantire un risultato finale estetico ottimale soprattutto per quanto riguarda la limitazione delle deformazioni della copertura". B. Entro il termine impartito, il committente ha ricevuto tre offerte, tra cui quella del Consorzio B._, di fr. [...] e quella della A._ SA, di fr. [...]. Proceduto alle necessarie valutazioni ed esclusa la terza offerta, con risoluzione dell'11 luglio 2018 il Consiglio di Stato ha aggiudicato la commessa al Consorzio B._, giunto primo in graduatoria con 586.2 punti. C. Adito su ricorso della A._ SA, seconda classificata con 570.8 punti, il Tribunale cantonale amministrativo ha parzialmente accolto il ricorso con sentenza del 12 novembre 2018, annullando la predetta decisione di aggiudicazione. La Corte cantonale ha ritenuto che sia l'offerta del Consorzio sia quella della ricorrente avrebbero dovuto essere escluse, siccome non rispettavano la sequenza delle fasi di montaggio stabilita dagli atti del concorso e non erano quindi conformi alle prescrizioni di gara. D. La A._ SA impugna questa sentenza con un ricorso sussidiario in materia costituzionale del 13 dicembre 2018 al Tribunale federale, chiedendo di annullarla, di annullare la decisione di aggiudicazione a favore del Consorzio e di attribuirle la commessa. La ricorrente fa valere la violazione del divieto dell'arbitrio. E. La Corte cantonale si conferma nella sua sentenza. Il Consiglio di Stato e il Consorzio B._ chiedono di respingere il ricorso. L'Ufficio di vigilanza sulle commesse pubbliche non ha presentato osservazioni. La ricorrente si è espressa con osservazioni dell'8 marzo 2019 sulle risposte degli opponenti, confermandosi nelle sue conclusioni. In via subordinata ha chiesto che gli atti siano rinviati al Consiglio di Stato, affinché le sia consentito di confrontarsi con il committente e il progettista su tutti gli aspetti tecnici dell'offerta, in particolare riguardo alla sequenza di montaggio. Con decreto presidenziale del 23 gennaio 2019 è stata respinta la domanda di effetto sospensivo, rispettivamente di misure cautelari, contenuta nel gravame.