Fatti: A. A.A._ è proprietario dei fondi part. sss e ttt di Lugano, sezione di Breganzona, mentre B.A._ è proprietario del fondo confinante part. uuu. Le particelle, inedificate, fanno parte di un vasto pianoro situato in località Povrò, tra via Bioggio e via Guisan, nei pressi di una rotonda situata nelle vicinanze dell'uscita autostradale di Lugano-Nord. Vi si accede tramite una strada (fondo part. vvv) di proprietà del Comune di Lugano, che parte dalla rotonda, costeggia via Bioggio e si collega in seguito al fondo part. www, che è proprietà coattiva dei fondi part. uuu, ttt e xxx, quest'ultimo di proprietà del Comune di Lugano. B. Il piano regolatore in vigore, approvato dal Consiglio di Stato nel giugno del 1993, assegna i fondi part. sss, uuu e ttt (con altre particelle) alla zona edificabile a destinazione vincolata S5, in cui sono ammessi esclusivamente insediamenti amministrativi o di servizio, centri commerciali e attività artigianali con depositi, purché il loro carattere risulti poco molesto. Un'area vicina al comparto S5, corrispondente ai fondi part. xxx e yyy, è inserita in una zona per attrezzature di interesse pubblico AP destinata allo svago ricreativo, in cui è vietata l'edificazione. La parte rimanente del pianoro è attribuita alla zona agricola. Il piano regolatore vigente non contempla una specifica pianificazione dell'accesso stradale ai fondi di proprietà Foglia. C. Dopo una serie di atti che non occorre qui evocare, il 15 novembre 2010 il Consiglio comunale di Lugano ha adottato una variante di piano regolatore, che prevedeva l'istituzione di una zona di 4'000 m2 per edifici d'interesse pubblico (EP 12) destinata alla nuova sede della C._. La superficie interessata gravava una porzione del fondo part. xxx e una parte del fondo part. vvv. La variante comportava inoltre una modifica dell'estensione della confinante zona per attrezzature di interesse pubblico, indicata ora quale "area sportiva e di svago" (AP 1). Prevedeva altresì una strada di servizio dalla rotonda di via Bioggio limitata all'accesso alle zone EP 12 e AP 1, nonché a una masseria esistente nel comparto agricolo. La zona edificabile S5, situata a sud delle aree d'interesse pubblico, avrebbe dovuto essere raggiungibile unicamente da via Guisan. D. Contro la variante di piano regolatore A.A._ e B.A._ hanno adito il Consiglio di Stato, chiedendo tra l'altro che l'accesso ai loro fondi fosse garantito dalla rotonda di via Bioggio attraverso la particella vvv. Con risoluzione del 23 agosto 2011 il Governo ha approvato la variante, respingendo nel contempo i ricorsi dei proprietari. Con sentenza del 19 giugno 2015 il Tribunale cantonale amministrativo ha respinto i loro gravami contro la risoluzione governativa. Adito da A.A._ e B.A._ con un ricorso in materia di diritto pubblico, il Tribunale federale lo ha accolto con sentenza 1C_386/2015 dell'8 dicembre 2015, annullando la sentenza dell'ultima istanza cantonale e rinviandole la causa per un nuovo giudizio. Il Tribunale federale ha rilevato che il nuovo azzonamento non era stato esaminato sotto il profilo del diritto transitorio (art. 38a cpv. 2 LPT) e che il requisito del sufficiente accesso veicolare ai fondi dei ricorrenti avrebbe dovuto essere previsto mediante la pianificazione territoriale: la decisione della Corte cantonale che imponeva loro di farsi carico personalmente dell'accesso mediante l'ottenimento di diritti di passo necessari violava quindi l'art. 19 LPT (sentenza 1C_386/2015, citata, consid. 3). E. Statuendo nuovamente sulla causa, con sentenza del 16 gennaio 2017 il Tribunale cantonale amministrativo ha accolto i ricorsi di A.A._ e di B.A._, annullando sia la risoluzione governativa del 23 agosto 2011 sia la decisione del 15 novembre 2010 con cui il Consiglio comunale di Lugano aveva adottato la variante pianificatoria. La Corte cantonale ha ravvisato nel nuovo azzonamento un ampliamento della zona edificabile contrario all'art. 38a cpv. 2 LPT, rilevando che la decisione comunale doveva essere annullata già per questo motivo, senza che fosse necessario addentrarsi nella questione dell'accesso alle proprietà Foglia e più in generale dell'urbanizzazione della zona S5. Ha precisato che spetterà al Comune trattare questa tematica nell'ambito di una variante di piano regolatore. F. Frattanto, il 19 dicembre 2012, A.A._ e B.A._ hanno presentato al Municipio di Lugano una domanda di costruzione per uno stabile amministrativo, commerciale e di servizio sui fondi part. sss, uuu e ttt. Il progetto prevede di realizzare un edificio di cinque piani fuori terra e di un piano interrato nel quale è in particolare prevista un'autorimessa con 55 posteggi. All'esterno dello stabile, verrebbero realizzati ulteriori 42 parcheggi, di cui 34 situati parallelamente a via Bioggio e 8 lungo il confine con la particella www, da cui si dipartirebbe inoltre la rampa di accesso all'autorimessa. I parcheggi sono raggiungibili dalla rotonda, rispettivamente da via Guisan, attraverso il fondo part. vvv. Alla domanda si sono opposti il limitrofo Comune di Massagno e la proprietaria di un fondo confinante. Il 9 marzo 2015 l'Autorità cantonale ha presentato un'opposizione preavvisando negativamente il progetto sotto il profilo degli accessi, della sistemazione esterna e del suo inserimento nel paesaggio. Preso atto dell'opposizione cantonale, il 3 settembre 2015 il Municipio di Lugano ha negato il rilascio della licenza edilizia. La decisione municipale è stata confermata l'11 ottobre 2017 dal Consiglio di Stato, adito su ricorso dai proprietari Foglia. G. Con sentenza del 6 dicembre 2018 il Tribunale cantonale amministrativo ha respinto un ricorso dei proprietari contro la decisione governativa. La Corte cantonale ha ritenuto che i fondi dedotti in edificazione difettavano di un accesso sufficiente, siccome lo stesso non era giuridicamente garantito. H. A.A._ e B.A._ impugnano questa sentenza con un ricorso in materia di diritto pubblico del 21 gennaio 2019 al Tribunale federale, chiedendo in via principale di annullarla, di annullare la decisione governativa e di rilasciare loro la licenza edilizia richiesta. In via subordinata, chiedono che la licenza edilizia sia rilasciata previa iscrizione di una servitù di passo a carico del fondo part. vvv "qualora fosse ritenuta necessaria". In via ulteriormente subordinata, postulano l'annullamento delle decisioni delle precedenti istanze cantonali e il rinvio degli atti alla Corte cantonale, affinché statuisca nuovamente dopo avere completato gli accertamenti. I ricorrenti fanno valere l'accertamento arbitrario dei fatti e la violazione dell'art. 19 LPT. I. Non sono state chieste osservazioni sul ricorso, ma è stato richiamato l'incarto cantonale.