Fatti: A. C.C._, suo figlio D.C._ ed E._, già direttore della filiale A._ di X._, nonché altri sono oggetto di un procedimento penale, imputati di aver, tra l'altro, ingannato con astuzia gli organi e i funzionari di A._ nell'ambito della concessione di finanziamenti per operazioni immobiliari, cagionando alla banca un danno patrimoniale di circa fr. 27 milioni. In particolare le operazioni inerenti i mappali xxx e yyy RFD Y._ e il mappale zzz RFD Z._ avrebbero causato ad A._ un danno superiore a fr. 3 milioni. Sulla scorta delle risultanze di tale procedimento, il 18 ottobre 2016 A._ ha richiesto l'estensione dell'istruzione anche a B._, subordinatamente l'apertura di un procedimento penale nei suoi confronti, per aver egli partecipato consapevolmente alle ingannevoli operazioni immobiliari "Y._ xxx-yyy" e "Z._ zzz", nonché per aver truffato la banca mediante l'emissione di fatture, parzialmente incassate per il tramite della società F._ SA a lui riconducibile, per complessivi fr. 700'000.-- quale corrispettivo per una direzione lavori, mai eseguita, sui cantieri "Y._ xxx-yyy" e "Z._ zzz". La denuncia di A._ esponeva quanto segue: A.a. Operazione "Y._ xxx-yyy" Con rogiti del 15 novembre 2013, G._ ha accordato a H._ e a I._ un diritto di compera sui mappali xxx e yyy RFD Y._: il costo del primo era di fr. 1.4 milioni, mentre quello del secondo di fr. 3.2 milioni. Il 9 gennaio seguente A._ ha concesso a H._ e a I._, quali soci della società semplice J._, un credito di costruzione di fr. 10.8 milioni e di fr. 1 milione per l'esercizio del diritto di compera. Esercitato tale diritto sul mappale xxx RFD Y._, il 26 maggio 2014 H._ e K._, a cui I._ aveva ceduto la metà del diritto di compera sul fondo yyy RFD Y._ e la metà della proprietà dell'immobile xxx RFD Y._, hanno concluso un contratto d'appalto con L._ SA, società riconducibile a C.C._ e D.C._, per fr. 8.55 milioni, di cui fr. 2.7 quale acconto iniziale. Il giorno seguente, ossia il 27 maggio 2014, H._ e K._ hanno stipulato due distinti contratti: il primo relativo alla cessione dei fondi xxx e yyy RFD Y._ (previo esercizio del diritto di compera) e del connesso progetto di costruzione a C.C._ e D.C._ nonché a B._ per un prezzo di fr. 8.8 milioni; il secondo subordinava la validità del primo a determinate condizioni, il cui mancato rispetto avrebbe comportato, tra l'altro, la restituzione da parte di C.C._ e D.C._ e B._, personalmente e in solido, dell'acconto di fr. 2.7 milioni pattuito per l'appalto stipulato con L._ SA. L'11 giugno 2014 l'acconto è stato versato a favore di quest'ultima dalla società semplice J._, attingendo dal conto costruzione. A fine luglio 2014 A._ ha trasferito il credito di costruzione alla società semplice Y._ yyy, per metà di B._ e per 1⁄4 ciascuno dei C._. Parte dei fondi propri impiegati nell'operazione proverebbero dall'acconto versato a L._ SA per il contratto d'appalto del 26 maggio 2014. L'operazione "Y._ xxx-yyy" risulterebbe quindi autofinanziata da A._. A.b. Operazione "Z._ zzz" A._ ha finanziato questa operazione a favore della società semplice Y._ yyy. La richiesta di credito di costruzione prevedeva un apporto di capitale proprio dei soci di complessivi fr. 2'142'390.75, di cui fr. 1 milione a titolo di capitale proprio, fr. 1 milione a titolo di lavori propri e fr. 142'390.75 attraverso prevendite. Nel corso dell'inchiesta penale condotta nei confronti di C.C._ e D.C._ è emerso che una porzione del capitale proprio, ossia fr. 300'000.--, proveniva dal credito di costruzione dell'operazione "Y._ xxx-yyy", precisamente dall'importo di fr. 2.7 milioni corrisposto a L._ SA a titolo di acconto sulla mercede di appalto. A.c. F._ SA Attraverso la società F._ SA, anche facente capo a B._, questi avrebbe emesso fatture a carico di L._ SA per complessivi fr. 700'000.--, importo attinto dai crediti di costruzione delle precitate operazioni immobiliari, come corrispettivo per una direzione lavori, mai eseguita, sui cantieri di "Y._ xxx-yyy" e di "Z._ zzz". B.