Fatti: A. La società B._SA gestisce l'aeroporto di Lugano-Agno e le relative infrastrutture, di cui è concessionaria la Città di Lugano. Nel settembre del 2014 ha presentato al Dipartimento federale dell'ambiente, dei trasporti, dell'energia e delle comunicazioni (DATEC) una domanda di approvazione dei piani per la costruzione presso l'aeroporto di uno stabile con due nuovi hangar, un terminal per l'aviazione generale e spazi destinati ai servizi dei pompieri, agli uffici doganali e all'impresa C._. Il progetto è previsto sul fondo part. n. 1047 di Agno, di complessivi 10'417 m2, di proprietà del Comune di Lugano. Il complesso è destinato allo stazionamento dei velivoli al coperto e comporta la demolizione di strutture attualmente esistenti per i pompieri e le altre attività, di cui è previsto il trasferimento nei nuovi spazi. La sua realizzazione implica inoltre lo spostamento di 20 posteggi. B. Nel periodo di pubblicazione della domanda, tra altre, è stata presentata un'opposizione del 22 ottobre 2014 di A._, proprietario di un fondo confinante con quello dedotto in edificazione. Egli ha, tra le altre critiche, contestato la compatibilità del progetto con il piano settoriale dell'infrastruttura aeronautica (PSIA). C. Con decisione del 30 dicembre 2015 il DATEC ha approvato i piani del progetto, respingendo contestualmente le opposizioni, tra cui quella di A._. D. Con sentenza del 23 novembre 2017 la Corte I del Tribunale amministrativo federale (TAF), dopo avere esperito un sopralluogo, ha segnatamente respinto un ricorso di A._ contro la decisione di approvazione dei piani. Ha ritenuto il progetto conforme al PSIA ed ha respinto le censure relative alla sua sostenibilità economica, alla sufficienza dell'accesso, alle dimensioni di alcuni locali ed all'impatto ambientale, in particolare per quanto concerne lo smaltimento delle acque meteoriche. Ha inoltre negato una violazione del principio della parità di trattamento. E. A._ impugna questa sentenza con un ricorso del 9 gennaio 2018 al Tribunale federale, chiedendo in via principale di annullarla e di negare l'approvazione al progetto. In via subordinata, chiede di rinviare gli atti all'autorità inferiore per una nuova decisione. Il ricorrente fa valere la violazione del diritto federale. F. Il TAF comunica di rinviare integralmente alla sua sentenza. L'autorità federale e B._SA chiedono di respingere il ricorso. Il Comune di Agno non ha presentato una risposta al gravame. L'opponente ha comunicato il 5 luglio 2018 di non avere ulteriori osservazioni da formulare e di confermarsi nella propria risposta. G. Con decreto presidenziale del 14 febbraio 2018 è stata respinta la domanda di conferimento dell'effetto sospensivo contenuta nel ricorso.