Fatti: A. Il 14 aprile 2016 il Procuratore generale ha promosso l'accusa davanti alla Pretura penale di Bellinzona nei confronti dell'Ente ospedaliero cantonale (EOC), per lesioni colpose gravi, subordinatamente lesioni colpose semplici. Ha ritenuto che il 19 dicembre 2013 presso il Servizio di Radiologia dell'Ospedale Regionale di Lugano, Sede Ospedale Civico, a causa di un'errata manipolazione effettuata da un operatore sanitario, la cui identità non ha potuto essere determinata, sono stati contagiati dei pazienti, poi costituitisi accusatori privati, con il virus dell'epatite C, come indicato nella perizia giudiziaria dell'8 febbraio 2016. B. Il dibattimento, iniziato il 20 settembre 2016 presso la Pretura penale, poi sospeso, è stato riaperto il 3 ottobre seguente. In tale ambito è stato sentito il perito dr. med. A._, che, unitamente a tre altri periti, aveva redatto il rapporto peritale su mandato del magistrato inquirente, volto ad accertare, oltre allo stato di salute dei pazienti infettati, se presso il citato Servizio fossero presenti carenze organizzative interne, tra l'altro riguardo all'identificazione degli operatori sanitari autori di determinate prestazioni. Lo stesso giorno il processo è di nuovo stato sospeso in seguito a prove notificate dalla difesa. C. Il 7 ottobre 2016 l'EOC ha chiesto la ricusazione dei periti giudiziari, in particolare del dr. med. A._, la cui audizione nell'ambito del dibattimento avrebbe evidenziato una serie di imprecisioni e informazioni false, fantasiose e contraddittorie. D. Con giudizio del 10 novembre 2016 la Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello (CRP) ha respinto, in quanto ricevibile, l'istanza, poiché tali questioni dovevano essere vagliate dal giudice di merito. Nel frattempo, con citazione del 27 ottobre 2016, il Giudice della Pretura penale aveva riattivato il procedimento, fissandone la continuazione per il 21 novembre seguente: il processo si è concluso lo stesso giorno con la condanna dell'EOC, che ha annunciato di voler ricorrere in appello. E. Avverso la decisione della CRP, il 16 novembre 2016 l'EOC presenta un ricorso in materia penale al Tribunale federale. Chiede, concesso al gravame l'effetto sospensivo, di ordinare la sospensione del procedimento penale pendente presso la Procura penale, subordinatamente di ordinarla quale misura cautelare ai sensi dell'art. 104 LTF; nel merito postula l'annullamento della sentenza impugnata e di accogliere la domanda di ricusazione dei periti giudiziari. Con decreto del 18 novembre 2016 la domanda tendente a ordinare la sospensione del procedimento penale è stata respinta in via superprovvisionale. Non sono state chieste osservazioni al gravame.