Fatti: A. A._ è proprietaria dei fondi n. 49 (9'405 m2) e 4758 (13'121 m2) di Bellinzona; B.B._AG di quello n. 5644 (11'275 m2), percorso da via dei Gaggini che corre perpendicolarmente a via Pierino Tatti. Secondo il piano regolatore comunale (PR) approvato dal Consiglio di Stato il 18 maggio 1977, poi integrato da diverse varianti, tra cui una del 3 novembre 1987, che attribuiva il fondo n. 5644 alla zona AP/EP - magazzini per materiale linea, le particelle erano attribuite alla zona residenziale. Nel quadro della revisione generale del PR, il 6 luglio 1999 il Consiglio comunale ha inserito il fondo n. 4758 nella zona C - residenziale semi-intensiva, come la parte a ovest di via dei Gaggini del fondo n. 5644, mentre quella a est, unitamente al fondo n. 49, è stata inserita nella zona EP n. 671 Swisscom. B. In seguito a varie procedure, di cui si dirà, e dopo aver sospeso il previsto azzonamento dei tre fondi in particolare per il superamento dei valori limite d'immissione, con risoluzione del 23 dicembre 2015 il Governo, adito da tre cittadini, ha negato l'approvazione di una variante adottata il 14 ottobre 2013 dal Consiglio comunale, che prevedeva l'attribuzione dei fondi n. 49 e n. 5644 alla zona amministrativa, rispettivamente a quella residenziale Tatti e la fascia non azzonata di quello n. 4758 alla zona residenziale semi-intensiva C. Ha ritenuto che il comparto fosse privo di destinazione pianificatoria e completamente esterno al territorio già largamente edificato: si trattava inoltre di un ampliamento della zona edificabile di circa 22'500 m2, non compensato da una equivalente riduzione di superficie fabbricabile in conformità a quanto prescritto dagli art. 38a LPT (RS 700) e 52a della relativa ordinanza (OPT; RS 700.1). Adito dal Comune di Bellinzona e da A._, che chiedevano di approvare la variante, confermata in seguito a un referendum anche in votazione popolare, il Tribunale cantonale amministrativo ne ha respinto i ricorsi. C. Avverso questa decisione il Comune di Bellinzona presenta un ricorso in materia di diritto pubblico e un ricorso sussidiario in materia costituzionale al Tribunale federale. Chiede di annullarla e di approvare la citata variante del PR, subordinatamente di rinviare gli atti alla Corte cantonale, eventualmente al Governo, per nuovo giudizio. Non è stato ordinato uno scambio di scritti, ma è stato richiamato l'incarto cantonale.