Fatti: A. La B._ SA è proprietaria del fondo part. uuu di Collina d'Oro, ubicato nella sezione di Gentilino, al margine ovest del nucleo di Viglio, sul lato nord di via in Pasquée. Vi sorge una casa di abitazione costruita attorno al 1950. Il piano particolareggiato del nucleo di Viglio (PPNV), approvato dal Consiglio di Stato il 19 settembre 1995, consente di sopraelevare fino alla quota di gronda di 354.52 m.s.m. l'edificio, catalogato quale "casa esistente con possibilità di sopraelevazione", e di realizzare in contiguità e alla medesima quota una nuova volumetria su un'area rettangolare indicata dal PPNV quale "superficie edificabile" con allineamenti obbligatori di 3 m dal confine ovest e di 1.50 m dal confine nord. B. Il 1° settembre 2014 il Municipio di Collina d'Oro ha sottoposto per approvazione al Dipartimento del territorio una modifica di poco conto del PPNV, che prevede lo stralcio del vincolo "casa esistente con possibilità di sopraelevazione" e la ridefinizione della "superficie edificabile" in modo da completare il tessuto del nucleo mediante la realizzazione di un edificio a pianta rettangolare, più arretrato rispetto alla strada, in sostituzione di quello esistente ritenuto privo di qualità architettoniche tali da giustificarne il mantenimento. C. Contro la modifica del piano particolareggiato, approvata dall'autorità cantonale il 22 settembre 2014, A._, proprietaria del fondo confinante part. vvv ha adito il Consiglio di Stato, che ha respinto il ricorso con risoluzione del 1° marzo 2016. D. Con sentenza del 13 settembre 2016, il Tribunale cantonale amministrativo ha accolto un ricorso della vicina contro la decisione governativa, annullandola. La Corte cantonale ha ritenuto che l'arretramento di circa 10 m del volume della costruzione, previsto con la modifica, crea uno spazio libero verso via in Pasquée, che contraddice manifestamente l'obiettivo del PPNV di garantire una continuità volumetrica tra i vari edifici. Ha quindi ritenuto la contestata modifica non giustificata da un interesse pubblico sufficiente. E. Il Comune di Collina d'Oro impugna questa sentenza con un ricorso al Tribunale federale, chiedendo di annullarla. Fa valere la violazione dell'autonomia comunale e del divieto dell'arbitrio. F. La Corte cantonale ribadisce le proprie considerazioni, riconfermandosi nella sua sentenza. Il Consiglio di Stato si rimette al giudizio del Tribunale federale. L'opponente chiede di respingere il ricorso nella misura della sua ammissibilità. Il ricorrente si è espresso sulla risposta della Corte cantonale, confermandosi nelle sue conclusioni.