Fatti: A. A._ SA è proprietaria della particella www di 2'280 m2 ubicata nella zona industriale del Comune di San Vittore. Il fondo è parzialmente edificato con un laboratorio, per l'attività di antiquario della citata società, e relativi magazzini. Nell'edificio principale si trova anche un ufficio di collocamento di badanti. Il 22 ottobre 2014 la società ha inoltrato una domanda di costruzione per realizzare una nuova pavimentazione in asfalto, di circa 485 m2, nello spazio sito fra l'edificio principale e la tettoia (www-A) e per pavimentare con asfalto riciclato la parte rimanente della particella, di circa 585 m2. B. Realizzati prima del rilascio della licenza edilizia, il 10 dicembre 2014 il Comune ha notificato alla ditta il fermo dei lavori. Accertato che sui piazzali si era insediata una ditta di pavimentazione stradale (B._ SA), che li utilizzava come magazzino e deposito per macchinari e attrezzi, il Comune ha invitato A._ SA a inoltrare una domanda di costruzione concernente il cambiamento di destinazione, decretando il 17 giugno 2015 di nuovo la sospensione dei lavori. C. Con decisione del 18 giugno 2015 il Comune ha approvato parzialmente la domanda riguardo alla pavimentazione di 485 m2, rifiutando quella di 585 m2. Ha inoltre stabilito che l'installazione di B._ SA presuppone il cambiamento di destinazione per l'attività esercitata negli edifici, nonché per l'utilizzazione degli spazi esterni quali piazzali di deposito e per la pavimentazione di 585 m2. Contro il fermo lavori del 17 giugno 2015 e la decisione del 18 giugno 2015 A._ SA è insorta al Tribunale amministrativo del Cantone dei Grigioni, che con giudizio dell'8 giugno 2016 ha respinto il ricorso. D. Avverso questa sentenza A._ SA presenta un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiede, concesso al gravame l'effetto sospensivo, di annullarla, subordinatamente di rinviare la causa alla Corte cantonale per un "complemento del diritto di essere sentito" e per nuovo giudizio. Non sono state chieste osservazioni al ricorso, ma è stato richiamato l'incarto cantonale.