Fatti: A. Il 5 febbraio 2015 la Procura della Repubblica presso il Tribunale di Pesaro (Italia) ha presentato alla Svizzera una domanda di assistenza giudiziaria, completata in seguito, nel quadro di un procedimento penale aperto nei confronti di B._, A.A._ e altri per titolo di associazione per delinquere al fine del trasferimento illecito all'estero di dipinti di interesse artistico e storico in assenza di attestati di libera circolazione e/o licenze di esportazione (art. 174 Decreto legislativo 22 gennaio 2004 n. 42). Si tratta in particolare di un dipinto olio su tela (61 x 46.5 cm con una cornice in legno dorato) raffigurante il "Ritratto di Isabella d'Este", attribuito secondo la rogatoria a Leonardo da Vinci e comunque opera pittorica risalente ai primi decenni del XVI secolo. L'autorità estera ha chiesto di dare seguito a due decreti di sequestro dell'opera, uno preventivo, non impugnato, e l'altro probatorio, emessi il 5 febbraio 2015 dal Giudice per le indagini preliminari del citato Tribunale. L'opera è stata sequestrata a Lugano il 9 febbraio 2015 e depositata in un luogo sicuro dalla Polizia cantonale. Il 16 giugno 2016 A.A._ e il coimputato C._ sono stati rinviati a giudizio. B. Con sentenza del 23 dicembre 2016 (RR.2016.181) la Corte dei reclami penali del Tribunale penale federale (TPF) aveva annullato l'ordinata restituzione all'Italia del dipinto fondata su una decisione emessa nei confronti di B._, non ancora passata in giudicato. Con complemento del 5 aprile 2018 la Procura estera ha poi chiesto di eseguire la sentenza n. 83 del 9 marzo 2017 del citato Tribunale nei confronti di A.A._, con la quale è stata condannata alla pena di un anno e due mesi di reclusione ed è stata disposta la confisca del dipinto, decisione divenuta irrevocabile il 30 gennaio 2018. Il 30 maggio 2018 il Ministero pubblico del Cantone Ticino (MP) ne ha ordinato la consegna all'Italia. Adito da A.A._, con decisione del 4 settembre 2018 il TPF ne ha respinto il ricorso. C. Avverso questa sentenza A.A._ presenta un ricorso al Tribunale federale. Chiede, concesso al gravame l'effetto sospensivo, di annullare la decisione impugnata e quella del MP, di rifiutare la rogatoria e i relativi complementi, di respingere la domanda di restituzione del dipinto e di revocare il sequestro. Il MP, senza produrre osservazioni, si rimette al giudizio del Tribunale federale, l'Ufficio federale di giustizia (UFG) propone di respingere il ricorso in quanto ammissibile, il TPF non formula osservazioni e si riconferma nel proprio giudizio, l'Ufficio federale della cultura (UFC) non esprime proposte di giudizio. In replica la ricorrente si conferma nelle sue conclusioni, come nella duplica l'UFG e il TPF; il MP si rimette al giudizio del Tribunale federale, l'UFC non formula proposte di giudizio. Nella duplica, la ricorrente si diffonde sull'asserita mancata dimostrazione dell'autenticità del dipinto.