Fatti: A. L'Ente Ospedaliero Cantonale (EOC), firmatario di un contratto collettivo di lavoro (CCL) denominato " Regolamento organico per il personale occupato presso gli Istituti dell'EOC del Cantone Ticino " (ROC/EOC), ha assunto alla fine del 2009 A._ quale " addetto di produzione sterilizzazione ". Con lettere del dicembre 2011 e dell'aprile 2013 il direttore dei servizi centrali ha accordato al dipendente, nel frattempo designato coordinatore di turni nella sterilizzazione, riconoscimenti per l'impegno dimostrato. Nel maggio 2013, dopo aver aperto un'inchiesta ai sensi del ROC/EOC per " commenti inopportuni riguardanti il posto di lavoro, pubblicati su Facebook e condivisi con i collaboratori diretti ", la direzione dei servizi centrali ha invece formalmente ammonito A._ nel senso dell'art. 19 ROC/EOC e gli ha tolto l'incarico di coordinatore di turni. Il 24 ottobre 2014 il datore di lavoro ha aperto una nuova inchiesta contro A._, rimproverandogli di aver esternato minacce contro la direzione e i capiturno ed istigato colleghi ad attuare comportamenti provocatori e nocivi all'ambiente di lavoro, come ad esempio l'invio di lettere anonime. Dopo averlo sentito, la direzione ha interrotto con lettera del 26 novembre 2014 il rapporto di lavoro a partire dal 1° marzo 2015. A._ ha invano contestato tale decisione alla Commissione paritetica cantonale degli Istituti dell'EOC. B. Con lodo 22 settembre 2015 la Commissione speciale di ricorso in materia di controversie derivanti dall'applicazione del ROC/EOC ha respinto sia la richiesta di sospendere la procedura sia il rimedio di diritto con cui il dipendente aveva chiesto, in via principale, di annullare il licenziamento e, in via subordinata, di dichiararlo ingiustificato e di condannare il datore di lavoro a versargli cinque salari mensili a titolo d'indennità. Essa ha rifiutato di sospendere la procedura arbitrale in attesa della definizione dei procedimenti penali sorti in seguito alle denunce presentate a titolo personale dal direttore per lesione dell'onore, perché ha reputato che la prima segue una propria via non influenzata dalle seconde. Nel merito ha ritenuto che dalle prove agli atti risulta che il lavoratore ha gravemente violato i suoi obblighi di servizio e che quindi, in ragione della definitiva rottura del rapporto di fiducia, il licenziamento risultava legittimo. C. Con ricorso in materia civile del 26 ottobre 2015 A._ postula l'annullamento del lodo, invocando una violazione del diritto di essere sentito e del divieto dell'arbitrio (art. 393 lett. d ed e CPC). Lamenta l'impossibilità d'interrogare due persone che hanno reso dichiarazioni figuranti nei documenti agli atti e ritiene il lodo arbitrario perché la Commissione speciale di ricorso non ha sospeso la procedura in attesa dell'esito delle procedure penali. Con osservazioni 27 novembre 2015 il Tribunale arbitrale propone la conferma del lodo e con risposta 2 dicembre 2015 l'EOC postula la reiezione del ricorso.