Fatti: A. A.a. La A._SA ha assunto B._ con contratto di lavoro del 21 giugno 2013 quale " operatore della pietra ", impiegato nel settore "l avorazione dello gneiss ", inserito nella " categoria salariale C " con un salario orario di fr. 20.--. Il contratto menzionava pure che " vigenti sono le normative secondo l'attuale C.C.L. del granito TI e il codice delle obbligazioni svizzero ". Il contratto collettivo cantonale era tuttavia scaduto senza rinnovo alla fine del 2011. In seguito alla disdetta emessa dalla menzionata società il rapporto di lavoro è terminato il 30 settembre 2014. A.b. Dopo un infruttuoso tentativo di conciliazione, B._ ha convenuto in giudizio il 22 luglio 2015 innanzi alla Pretura del distretto di Vallemaggia la A._SA, chiedendo che fosse condannata a pagargli fr. 19'856.85, oltre interessi, quale conguaglio fra il salario ricevuto e quello previsto dal Contratto nazionale mantello dell'edilizia e del genio civile 2012-2015 (in seguito: CNM). La convenuta si è integralmente opposta alla pretesa del suo ex dipendente. Con sentenza 11 novembre 2016 il Pretore ha respinto l'azione, perché in ogni caso l'art. 45 CNM avrebbe consentito alle parti di pattuire un salario inferiore a quello previsto da tale contratto collettivo di lavoro (CCL). B. Con sentenza 18 giugno 2018 la II Camera civile del Tribunale di appello del Cantone Ticino ha, in accoglimento dell'appello di B._, riformato il giudizio di primo grado nel senso che la petizione è accolta e la convenuta condannata a pagare all'attore fr. 19'856.85, oltre interessi al 5 %, e a rifondergli fr. 1'000.-- a titolo di ripetibili. La Corte cantonale ha considerato che al contratto di lavoro era applicabile il CNM, dichiarato obbligatorio dal Consiglio federale e ha ritenuto che nemmeno l'art. 45 CNM permetteva di corrispondere al dipendente una retribuzione inferiore a quella prevista dal CCL. C. Con ricorso in materia civile del 20 agosto 2018 la A._SA postula l'annullamento della sentenza di appello e la conferma del giudizio pretorile. Dopo aver narrato e completato i fatti, afferma che la Corte cantonale avrebbe violato l'art. 55 cpv. 1 CPC e l'art. 8 CC nonché accertato in maniera arbitraria i fatti. Asserisce poi di non sottostare al CNM poiché, occupandosi unicamente dell'estrazione e della lavorazione dello gneiss e del granito, fa parte del settore del marmo e del granito che sarebbe escluso dall'obbligatorietà generale e svolgerebbe un'attività di tipo industriale e non edile. Sostiene quindi che le parti sono unicamente vincolate dal contratto di lavoro individuale da loro sottoscritto. Termina il gravame aggiungendo che in ogni caso il salario convenuto sarebbe stato giustificato dall'applicazione dell'art. 45 CNM. Con riposta 15 ottobre 2018 B._ propone la reiezione del ricorso e la conferma della sentenza impugnata. Il 29 ottobre 2018 la A._SA ha inoltrato spontaneamente una replica, che l'opponente ha interamente contestato con scritto 14 novembre 2018.