Fatti: A. A.a. A._ SA è una società anonima avente per scopo, fra l'altro, lo svolgimento di ogni attività nell'ambito delle risorse umane, in particolare nel reclutamento, nella selezione e nel piazzamento del personale stabile o nella messa a disposizione di personale temporaneo. Il 28 agosto 2007 l'INSAI ha svolto una revisione della documentazione relativa ai salari dichiarati da A._ SA e con decisioni passate in giudicato del 5 settembre 2007, del 3 ottobre 2008, del 16 luglio 2009, dell'11 agosto 2010, del 19 agosto 2011 e del 27 agosto 2012, a decorrere dal 1° gennaio dell'anno successivo, ha fissato i tassi di premio netto per la parte A (prestito di personale di esercizio) e per la parte B (personale d'ufficio a prestito e proprio). A.b. Il 6 dicembre 2012 l'INSAI, nell'ambito della revisione della documentazione riguardante i salari dal 2008 al 2011, ha constatato che A._ SA ha dichiarato le somme salariali dei dipendenti prestati a B._ SA per attività di produzione nella parte d'impresa B riguardante il personale d'ufficio. Nel rapporto del 27 dicembre 2012 l'INSAI ha corretto i salari attribuiti alla parte A e alla parte B di A._ SA per gli anni dal 2008 al 2011. Con decisione del 19 dicembre 2012, confermata su opposizione il 1° maggio 2013, L'INSAI ha ricalcolato i premi per gli infortuni professionali dal 1° gennaio 2010, 1° gennaio 2011, 1° gennaio 2012 e 1° gennaio 2013 per le parti di impresa A e B. Non vi sono stati cambiamenti di premio per il 2008 e il 2009. I premi per gli infortuni non professionali sono rimasti invariati. B. Il Tribunale amministrativo federale con giudizio dell'11 gennaio 2018 ha respinto il ricorso di A._ SA contro la decisione su opposizione. C. A._ SA presenta un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale con cui chiede in via preliminare la concessione dell'effetto sospensivo, in via principale l'annullamento delle decisioni dell'INSAI del 19 dicembre 2012 e del 4 febbraio 2012, in via subordinata il rinvio all'INSAI per nuovo giudizio. L'INSAI postula la reiezione del ricorso, senza aver nulla in contrario alla concessione dell'effetto sospensivo riguardante gli arretrati, mentre il Tribunale amministrativo federale rinuncia a presentare osservazioni.