Fatti: A. A._ è assicurato contro la perdita di guadagno presso la B._SA tramite un'assicurazione collettiva sottoscritta da un suo datore di lavoro per il quale era attivo a un tasso di occupazione del 50%. Il 1° luglio 2014 la B._SA ha deciso di interrompere il versamento delle indennità giornaliere corrisposte dal 14 marzo 2014 in seguito a un'incapacità lavorativa. B. A._ ha convenuto in giudizio la predetta compagnia di assicurazione innanzi al Pretore di Mendrisio-Nord per ottenerne la condanna al pagamento di fr. 47'480.--, importo aumentato con la replica a fr. 64'629.59. La convenuta si è opposta alla domanda. Il 20 settembre 2016 il Gran Consiglio ticinese ha modificato la legge di applicazione della legge federale sull'assicurazione malattie (LCAMal), cambiando l'art. 75 nel senso che " le contestazioni degli assicuratori tra loro, con i loro membri o con terzi concernenti le assicurazioni complementari all'assicurazione sociale contro le malattie o altri rami d'assicurazione sono decise dal Tribunale cantonale delle assicurazioni " e prevedendo all'art. 83d che " le procedure pendenti inoltrate dopo il 31 dicembre 2010 sono trasmesse d'ufficio al Tribunale cantonale delle assicurazioni ". La modifica legislativa è entrata in vigore il 1° gennaio 2017 (Bollettino ufficiale delle leggi del Cantone Ticino n. 54/2016, pag. 511). Il 12 giugno 2017 la perita giudiziaria ha consegnato il proprio referto al Pretore,il quale ha trasmesso il 20 giugno 2017 la causa al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino. Il 27 giugno 2017 quest'ultimo ha assegnato alle parti un termine per presentare osservazioni scritte alla perizia. La convenuta si è determinata il 5 luglio 2017, mentre il 24 luglio 2017 l'attore ha depositato uno scritto contenente segnatamente un'istanza di completamento e delucidazione peritale ai sensi dell'art. 187 cpv. 4 CPC. Il Tribunale delle assicurazioni ha respinto la petizione con sentenza 28 agosto 2017. C. A._ è insorto al Tribunale federale con ricorso in materia civile del 29 settembre 2017 con cui postula l'annullamento della decisione cantonale e il rinvio della causa all'autorità inferiore per nuova decisione dopo aver provveduto a far completare/delucidare la perizia e dato modo alle parti di determinarsi sulle risultanze istruttorie. Si duole del fatto che la causa, iniziata nella procedura ordinaria, sia terminata nella procedura semplificata. Sostiene poi che l'autorità inferiore ha violato sia il suo diritto di essere sentito, in particolare l'art. 53 CPC, che l'art. 187 cpv. 4 CPC. Invitato a determinarsi il Tribunale cantonale delle assicurazioni si è limitato a comunicare, il 4 ottobre 2017, di avere sospeso la trattazione della parallela causa incoata dal ricorrente contro l'assicuratore dell'al tro suo datore di lavoro in attesa del giudizio sul presente ricorso. Con risposta 24 ottobre 2017 la B._SA propone invece la reiezione dell'impugnativa.