Fatti: A. A._ è domiciliato a Y._ dove ha lavorato per un decennio ed è membro del Consiglio comunale. È cresciuto nell'attuale quartiere di Z._, in cui è comproprietario di un'abitazione famigliare. Nel 2010 ha contratto un matrimonio dal quale è nato nello stesso anno un figlio. Nel 2013, a seguito della sua nomina quale vicedirettore della Divisione delle contribuzioni del Cantone Ticino, con sede a X._, ha annunciato il suo arrivo in questo Comune quale soggiornante, unitamente alla moglie ed al figlio. Il 20 novembre 2013 l'autorità comunale di X._ ha stabilito d'ufficio il domicilio di A._ e degli altri due membri della sua famiglia nel Comune di X._. In considerazione di un'impugnativa di A._ contro tale decisione, il Municipio ha deciso di rilasciare eccezionalmente alla famiglia A._ un'autorizzazione di soggiorno fino al 31 dicembre 2014. Nel corso del 2015, l'autorità comunale ha nuovamente sollecitato l'interessato a trasferire il domicilio a X._. Dopo una serie di atti che non occorre qui evocare, con decisione del 22 febbraio 2016 il Municipio ha respinto la richiesta di A._ di rinnovare l'autorizzazione di soggiorno ed ha stabilito d'ufficio il domicilio di tutti i membri della famiglia A._ a X._ con effetto al 1° luglio 2015. B. A._ si è aggravato dinanzi al Consiglio di Stato contro la decisione municipale. La moglie e il figlio non l'hanno invece impugnata. Con decisione del 7 settembre 2016 il Governo ha accolto il gravame, annullando la determinazione del suo domicilio a X._ e rinviando gli atti all'autorità comunale affinché gli fosse rilasciata l'autorizzazione di soggiorno. C. Con sentenza del 17 settembre 2018 il Tribunale cantonale amministrativo ha accolto un ricorso presentato dal Comune di X._ contro la decisione governativa, annullandola e confermando la risoluzione municipale che respingeva la richiesta di rilascio di un'autorizzazione di soggiorno e fissava il domicilio di A._ a X._ a far tempo dal 1° luglio 2015. D. A._ impugna questa sentenza con un ricorso in materia di diritto pubblico del 19 ottobre 2018 al Tribunale federale, chiedendo di annullarla e di annullare contestualmente la risoluzione municipale nella misura in cui respinge il rilascio dell'autorizzazione di soggiorno e fissa d'ufficio il suo domicilio nel Comune di X._. Il ricorrente fa valere l'accertamento manifestamente inesatto dei fatti, la violazione dell'art. 23 CC e degli art. 9, 24 e 29 cpv. 2 Cost. E. La Corte cantonale si conferma nella sua sentenza. Il Consiglio di Stato si rimette al giudizio del Tribunale federale. Il Comune di X._ chiede di respingere il ricorso nella misura della sua ammissibilità. Con osservazioni del 12 dicembre 2018 il ricorrente si è confermato nelle sue conclusioni. Con decreto presidenziale del 15 novembre 2018 è stato conferito effetto sospensivo al ricorso.