Fatti: A. Sulla particella n. 432 del Comune di Bellinzona, sezione di Sant'Antonio, sorge la Chiesa parrocchiale dei SS. Antonio e Abbondio, bene culturale d'interesse locale. Il fondo è attribuito all'area edifici e attrezzature d'interesse pubblico AP-EP 4. Il 23 agosto 2016, Swisscom Svizzera SA ha chiesto all'allora Comune di Sant'Antonio (ora Bellinzona in seguito all'aggregazione) la licenza edilizia per installare un impianto per la telefonia mobile, costituito di due antenne a pannello collocate in corrispondenza delle aperture ad arco della torre campanaria, nonché di due apparecchiature tecniche fissate più in basso, collocate all'interno del campanile. La scelta del sito è dettata dalle difficoltà riscontrate nel trovare altri luoghi disponibili e idonei a colmare la scarsa copertura di rete della Valle Morobbia. L'istante ha poi presentato un fotomontaggio della Chiesa e alcuni disegni in 3D della torre campanaria a impianto costruito. B. Alla richiesta si sono opposte A._ e B._, proprietarie di un'abitazione sita nelle vicinanze. I Servizi generali del Dipartimento del territorio hanno preavvisato favorevolmente la domanda, come la Sezione per la protezione dell'aria, dell'acqua e del suolo riguardo al rispetto delle norme concernenti le radiazioni non ionizzanti. L'Ufficio della natura e del paesaggio ritiene che l'installazione di quattro elementi di colore grigio all'interno della torre campanaria rispetta il contesto paesaggistico. L'Ufficio dei beni culturali ha invitato il Municipio a tener conto di alcune considerazioni sulla tutela della Chiesa. Il 7 dicembre 2016, respinte le opposizioni, il Municipio di Sant'Antonio ha rilasciato la licenza edilizia, ritenendo che le antenne non sarebbero percepibili dal suolo pubblico o da spazi accessibili al pubblico, decisione confermata il 28 marzo 2018 dal Consiglio di Stato, visto l'impatto visivo irrilevante delle antenne sul territorio. Adito dalle vicine, con giudizio dell'11 novembre 2019 il Tribunale cantonale amministrativo ne ha accolto i ricorsi e annullato la decisione governativa e quella municipale. C. Avverso questa sentenza Swisscom (Svizzera) SA presenta un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiede di annullarla e di riformarla nel senso di confermare la decisione governativa e quella municipale. La Corte cantonale chiede di confermare la sentenza impugnata, l'Ufficio delle domande di costruzione e il Governo non formulano osservazioni e si rimettono al giudizio del Tribunale federale, B._ e A._ concludono per la reiezione del ricorso, mentre il Comune di Bellinzona propone di accoglierlo.