Fatti: A. A._ è proprietario di un edificio, censito come stalla, sito nel nucleo di Intragna (particelle www e xxx). La facciata sud, che presenta un'apertura, è posta sul confine con il fondo yyy appartenente a B._ e C._. Su quest'ultimo fondo (lato nord), a una distanza di 40 cm dalla citata facciata, sorge un muro in pietra, lungo circa 9.00 m e alto circa 5.00 m. Con petizione del 23 dicembre 1985 A._ aveva chiesto alla Pretura di Locarno-Campagna di ingiungere al precedente proprietario del fondo confinante di abbattere questo muro, siccome ricostruito "ex novo", salvo una piccola parte centrale. Con sentenza del 30 novembre 1988 il Pretore ha respinto la petizione, giudizio confermato dalla I Camera civile del Tribunale d'appello con sentenza del 2 giugno 1989, la quale ha accertato che il muro, come stabilito dal perito, era stato interamente rifatto, ad eccezione di una ridotta parte centrale in basso, in due fasi distinte, ossia dal 1973-1974, rispettivamente nel 1979. B. Il 6 dicembre 1998 A._ ha chiesto al Municipio di ordinare la demolizione del muro, siccome ricostruito abusivamente negli anni '70. Il 15 giugno 2000, accertato che il manufatto non era stato oggetto di un permesso edilizio, l'Esecutivo comunale ne ha ordinato la demolizione, ordine annullato il 5 settembre 2000 dal Consiglio di Stato. Il 24 novembre 2011 il Municipio ha rilasciato alle vicine una licenza edilizia, parzialmente in sanatoria, per la demolizione di un altro muro in mattoni, costruito sul lato est del loro fondo nel 1979-1980, a confine con la sottostante particella zzz. Il 28 marzo 2012 il Governo ha confermato la decisione municipale, ritenendo tuttavia che la demolizione del muro realizzato sul lato nord dalla facciata dell'immobile dell'insorgente esulasse dal procedimento. C.