Fatti: A. A._ SA è proprietaria di un vasto terreno situato a Grancia (fondo xxx), in località X._, attribuito alla zona per l'attività lavorativa intensiva, sul quale sorge un capannone industriale occupato da aziende di vario genere. Verso ovest la particella confina con la fascia di rispetto della roggia Scairolo, di proprietà del Consorzio Roggia Pian Scairolo (fondo yyy). L'area compresa tra la facciata ovest del capannone e l'antistante confine del fondo degradava verso il corso d'acqua, non era sistemata e in parte era occupata da materiali di risulta, depositati abusivamente, coperti da vegetazione spontanea. Anni fa A._ SA, senza chiedere alcun permesso, ha eretto lungo il confine ovest del suo fondo un muro alto circa 3 m, formato da elementi prefabbricati (verduro, vasche pronte a fungere da recipienti per piante varie) posati su un basamento in cemento, allo scopo di sostenere il terrapieno sistemato senza permesso a piazzale asfaltato. B. Sollecitata dal Municipio, il 31 ottobre 2013 A._ SA ha inoltrato una domanda di costruzione, parzialmente in sanatoria, per il terrapieno sistemato abusivamente in piazzale. I Servizi generali del Dipartimento del territorio si sono opposti, ritenendo che l'opera è sita al di fuori della zona edificabile ed è inclusa nella fascia di rispetto del corso d'acqua, larga 12.50 m dal suo asse. Il 17 aprile 2014 il Municipio ha negato la licenza edilizia, diniego confermato il 14 gennaio 2015 dal Consiglio di Stato. Adito dall'interessata, con giudizio del 20 gennaio 2017 il Tribunale cantonale amministrativo ne ha respinto il ricorso. C. Avverso questa decisione A._ SA presenta un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiede di annullarla e di rinviare gli atti al Municipio, affinché rilasci la licenza edilizia. Non è stato ordinato uno scambio di scritti.