Fatti: A. Il 18 febbraio 2009 il Consiglio consortile del Consorzio per il piano regolatore dei Comuni del Gambarogno ha adottato la revisione del piano regolatore. Nella frazione di X._, la località Y._, insieme a parte dei suoi dintorni, è stata attribuita alla zona residenziale estensiva. Anche il fondo xxx appartenente a A.A._, B.A._ e C.A._ è stato assegnato a tale zona di utilizzazione. B. Con risoluzione del 21 luglio 2011, pubblicata in via edittale, il Consiglio di Stato ha approvato il piano regolatore, ma non l'attribuzione alla zona edificabile della Iocalità Y._ e dintorni, vista la contenibilità eccessiva del piano, attribuendo d'ufficio detto territorio alla zona agricola: decisione confermata dal Tribunale cantonale amministrativo, adito dal Comune, con sentenza del 28 giugno 2013. C. Con ricorso dell'11 novembre 2014 i citati proprietari hanno impugnato la decisione governativa dinanzi al Tribunale cantonale amministrativo, adducendo di averne avuto conoscenza solo tramite uno scritto dell'8 ottobre 2014 del Comune, in quanto la risoluzione non è stata comunicata personalmente ai proprietari la cui situazione è stata modificata dalla stessa. Con giudizio del 13 luglio 2015 il ricorso è stato dichiarato irricevibile, siccome tardivo. D. Avverso questa decisione A.A._, B.A._ e C.A._ presentano un ricorso al Tribunale federale. Chiedono di annullarla e di riformarla nel senso di accertare la nullità della decisione governativa, subordinatamente di rinviare la causa alla Corte cantonale, affinché esamini nel merito il ricorso. Non sono state chieste osservazioni al gravame, ma è stato richiamato l'incarto cantonale.