Fatti: A. A.a. Nella primavera 2015 la A._SA ha concluso, quale franchisor, con la B._Sagl, quale franchisee, un contratto di franchising avente quale oggetto l'apertura di un punto vendita a Lugano di prodotti caratteristici della rete di affiliazione C._. Questo accordo prevede all'art. 8, per il caso in cui i suoi effetti terminino, l'obbligo dell'affiliato di " rimuovere immediatamente gli elementi rappresentativi della rete C._ al fine di rendere alla clientela la cessazione del rapporto di franchising ". Fra le parti sono sorte divergenze e nell'autunno del medesimo anno entrambe hanno disdetto il contratto. A.b. Con decisione cautelare intermedia del 12 aprile 2016 il Pretore del distretto di Lugano ha, in parziale accoglimento della domanda della A._SA, ordinato alla B._Sagl di sospendere la vendita dei prodotti C._, di restituire il software e il manuale operativo C._, nonché di togliere dal negozio tutti i segni distintivi e rappresentativi della rete C._ specificati nel giudizio. B. Il 22 aprile 2016 la B._Sagl è insorta contro la predetta decisione al Tribunale di appello del Cantone Ticino. Il Giudice delegato della II Camera civile del Tribunale di appello ha svolto il 25 maggio 2016 un sopralluogo alla presenza delle parti, durante il quale l'originale del predetto manuale è stato consegnato alla A._SA. L'8 giugno 2016 la B._Sagl gli ha trasmesso il verbale dell'incontro avvenuto il giorno precedente presso il proprio negozio in cui un informatico della C._, dopo aver constatato nel software C._ che dal 20 novembre 2015 non vi sono state più vendite, ha provveduto alla rimozione dell'applicazione dal computer del punto vendita. Con sentenza del 12 agosto 2016 la Corte cantonale ha accolto l'appello nel senso dei considerandi e ha annullato la decisione pretorile nella misura in cui questa non risulta essere stata superata dai fatti, ciò che si è verificato sia per quanto riguarda l'ordine di restituzione che quello di sospensione della vendita dei prodotti C._. Ha poi aggiunto che nemmeno il presupposto del pregiudizio difficilmente riparabile di cui all'art. 265 CPC, inteso dal Pretore come una perdita di clientela, era realizzato, atteso che nel negozio in questione non vi sono più segni caratteristici della rete C._ e prodotti di tale marca. C. Con ricorso in materia civile del 15 settembre 2016 la A._SA postula, previa concessione di misure cautelari, in via principale, la reiezione dell'appello e, in via subordinata, il rinvio della causa all'autorità inferiore per nuova decisione. La ricorrente lamenta che la Corte cantonale non ha confermato il divieto di vendere prodotti C._ e che la sentenza impugnata non menziona il ritrovamento di veline C._ in occasione del sopralluogo. Afferma che l'annullamento della decisione pretorile era arbitrario perché, fino a poco tempo prima del sopralluogo, la convenuta avrebbe ancora venduto dei prodotti C._ e perché, contrariamente a quanto ritenuto nella sentenza impugnata, chi entrava nel negozio aveva l'impressione di trovarsi in una boutique affiliata a C._. Sostiene infine che anche il requisito di un pregiudizio difficilmente riparabile era dato. Con risposta 21 novembre 2016 la B._Sagl propone la reiezione del ricorso. La Presidente della Corte adita ha respinto la domanda di misure cautelari con decreto del 13 dicembre 2016.