Fatti: A. A.a. A._, nato nel 1970, attivo dal 2001 principalmente quale tecnico edile presso la ditta B._ SA, nel maggio 2005 ha presentato una domanda di prestazioni, lamentando "cisti perianali con fistole recidive". Con decisione del 14 dicembre 2006, rispettivamente del 14 maggio 2007, l'Ufficio AI del Cantone Ticino (di seguito UAI), preso atto che l'abituale professione da un punto di vista medico era la più idonea e poteva essere svolta nella misura del 50 %, gli ha riconosciuto una mezza rendita d'invalidità con effetto dal 1° maggio 2005, in applicazione del metodo di confronto percentuale ("Prozentvergleich"). In seguito a una procedura di revisione avviata d'ufficio nell'ottobre 2007, la mezza rendita d'invalidità è stata confermata con comunicazione del 20 marzo 2009. A.b. Nel febbraio 2010 l'UAI ha intrapreso un'ulteriore revisione d'ufficio. Esperiti gli accertamenti medico-amministrativi, con decisione del 2 marzo 2011, l'UAI, in via di riconsiderazione, ha soppresso la rendita d'invalidità in assenza di un grado d'invalidità pensionabile, calcolato in applicazione del metodo ordinario di confronto dei redditi. A._ si è aggravato il 1° aprile 2011 al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino, che con giudizio del 22 giugno 2011 ha annullato la decisione dell'UAI, con rinvio degli atti per accertamenti sia di natura medica che economica.