Fatti: A. A.a. Il 10 luglio 2012 l'Ufficio di esecuzione e fallimenti di Bellinzona (UEF) ha depositato l'elenco oneri riferito alle PPP da xxx a yyy del fondo base zzz RFD di Y._, allestito nel quadro delle esecuzioni in via di realizzazione del pegno immobiliare promosse da B._ AG nei confronti di A._ e di C._. Per quanto di rilevanza nella presente fattispecie tale elenco oneri prevedeva, alle voci 2.A.1 e 2.A.2 alla rubrica ipoteche convenzionali, due crediti a favore di B._ AG: un prestito (fr. 1'418'097.45, più fr. 236'802.85 pari agli interessi di mora legali al 5 % su fr. 1'418'097.45 dal 3 giugno 2009 al 4 ottobre 2012) ed un conto corrente costruzione (fr. 2'120'699.35, più fr. 354'127.74 pari agli interessi di mora legali al 5 % su fr. 2'120'699.35 dal 3 giugno 2009 al 4 ottobre 2012). A.b. Con scritto 23 luglio 2012 indirizzato all'UEF, A._ ha, per quanto qui di rilievo, contestato gli interessi di mora legali indicati nell'elenco oneri alle voci 2.A.1 e 2.A.2 alla rubrica ipoteche convenzionali, argomentando che tali interessi avrebbero dovuto essere calcolati per il prestito su fr. 850'000.-- (e non su fr. 1'418'097.45) e per il conto corrente costruzione su fr. 1'150'000.-- (e non su fr. 2'120'699.35). L'UEF ha trasmesso lo scritto alla Camera di esecuzione e fallimenti del Tribunale d'appello del Cantone Ticino, quale autorità di vigilanza. Mediante sentenza 27 agosto 2012 quest'ultima ha parzialmente accolto il ricorso di A._ e ha modificato l'elenco oneri tenendo conto della parziale acquiescenza della banca, che ha accettato di conteggiare gli interessi di mora legali al 5 % dal 3 giugno 2009 al 4 ottobre 2012 su fr. 850'000.-- per il prestito e su fr. 1'150'000.-- per il conto corrente costruzione. Ritenendo che l'autorità di vigilanza non fosse tuttavia competente a statuire sulla contestazione degli interessi di mora legali, con sentenza 5A_653/2012 del 15 luglio 2013 il Tribunale federale ha annullato la sentenza 27 agosto 2012 nella misura in cui ha modificato l'elenco oneri, e ha trasmesso lo scritto 23 luglio 2012 all'UEF per esame. Preso atto della contestazione di A._, in data 3 settembre 2013 l'UEF gli ha assegnato un termine di venti giorni per promuovere l'azione volta a contestare la pretesa di B._ AG. Con petizione 25 settembre 2013 A._ ha così chiesto alla Pretura del Distretto di Bellinzona di stralciare dall'elenco oneri tutte le posizioni i scritte a favore di B._ AG. Con decisione 11 febbraio 2016 il Pretore aggiunto ha parzialmente accolto tale petizione e ha modificato l'elenco oneri tenendo conto della parziale acquiescenza della banca, che ha accettato di conteggiare gli interessi di mora legali al 5 % dal 3 giugno 2009 al 4 ottobre 2012 su fr. 850'000.-- per il prestito e su fr. 1'150'000.-- per il conto corrente costruzione. B. Con sentenza 28 settembre 2016 la Camera di esecuzione e fallimenti del Tribunale d'appello del Cantone Ticino ha respinto, nella misura della sua ricevibilità, l'appello introdotto da A._ contro la sentenza pretorile 11 febbraio 2016. C. Con ricorso in materia civile 3 novembre 2016, A._ ha impugnato la sentenza cantonale dinanzi al Tribunale federale, postulando in via principale di stralciare dall'elenco oneri le posizioni di B._ AG, in via subordinata di rinviare la causa in primo grado per nuova decisione. Il ricorrente chiede inoltre di essere posto al beneficio dell'assistenza giudiziaria. Non sono state chieste determinazioni.