Fatti: A. La A._ SA, con sede a X._, è una società attiva nell'ambito dei trasporti e delle spedizioni internazionali di ogni genere. Il 10 febbraio 2015, essa ha dichiarato, quale spedizioniera, presso l'Ufficio doganale di Chiasso-Strada, l'esportazione di acetato di etile per conto della B._ SA con sede a X._. La dichiarazione doganale è stata presentata elettronicamente nel sistema informatico "NCTS" (nuovo sistema di transito computerizzato) ed aveva il seguente tenore: Dichiarazione d'esportazione xxx: 1 serbatoio, acetato di etile tecnico, acetato di etile 99/100 %, massa netta 17'280 kg, valore fr. 8'939.--, codice di sdoganamento 21 [ "altre merci, senza rimborso"], voce di tariffa 2915.3100. B. Il 16 febbraio 2015 l'Ufficio doganale ha allestito il corrispondente certificato doganale di esportazione xxx, inviato il giorno stesso alla A._ SA, che l'ha ricevuto il 17 febbraio 2015. C. Con scritto del 12 maggio 2015, consegnato brevi manu all'Ufficio doganale, la A._ SA, su segnalazione della B._ SA, ha comunicato di avere commesso un errore nella compilazione della suddetta dichiarazione doganale riguardo al quantitativo di composti organici volatili (COV) della sostanza esportata (che avrebbe dovuto essere precisato in: COV 100 %) e di avere pertanto indicato erroneamente il codice di sdoganamento, che avrebbe dovuto essere il codice n. 25 ( "con domanda di restituzione della tassa d'incentivazione sui COV"). La società ha quindi chiesto all'autorità doganale di volere rettificare in tal senso il certificato doganale, al fine di ottenere il rimborso della tassa d'incentivazione sui composti organici volatili. D. Con decisione del 17 luglio 2015 la Direzione del circondario delle dogane di Lugano ha considerato la richiesta di rettifica quale ricorso contro la decisione dell'Ufficio doganale concernente lo sdoganamento definitivo della merce nel regime di esportazione e non è entrata nel merito del gravame, siccome lo ha ritenuto tardivo. E. Con sentenza dell'11 settembre 2018 la Corte I del Tribunale amministrativo federale (TAF) ha respinto un ricorso della A._ SA contro la decisione della Direzione del circondario delle dogane. Il TAF ha ritenuto che l'istanza del 12 maggio 2015 era tardiva sia che fosse considerata quale domanda di rettifica del certificato doganale sia che fosse trattata alla stregua di un ricorso contro lo stesso. Ha quindi confermato la decisione dell'autorità inferiore. F. La A._ SA impugna questa sentenza con un ricorso in materia di diritto pubblico del 22 ottobre 2018 al Tribunale federale, chiedendo in via principale di annullarla, di annullare contestualmente sia la decisione della Direzione del circondario delle dogane di Lugano sia il certificato doganale, e di ordinare all'Ufficio doganale di Chiasso-Strada di emettere un nuovo certificato doganale recante il codice n. 25, attestante quindi il rimborso della tassa d'incentivazione sui composti organici volatili per l'intero quantitativo della merce esportata. In via subordinata, chiede l'annullamento delle decisioni emanate dalle precedenti istanze e il rinvio degli atti all'Ufficio doganale, affinché accerti la quantità di composti organici volatili dell'acetato di etile indicato nella dichiarazione doganale. In via ulteriormente subordinata, chiede che le sia concessa la restituzione del termine di ricorso contro il contestato certificato doganale. La ricorrente fa valere l'accertamento manifestamente inesatto dei fatti e la violazione del diritto federale. G. Il TAF rinvia ai considerandi della sua sentenza e comunica di non avere ulteriori osservazioni da formulare. La Direzione generale delle dogane chiede di respingere il ricorso. Con osservazioni del 10 gennaio 2019 la ricorrente si è confermata nelle sue conclusioni.