Fatti: A. Il 28 febbraio 2013 A.A._ ha presentato al Municipio di Faido una domanda di costruzione per edificare un tunnel per il deposito di foraggio sul fondo part. n. 231 di Faido, sezione di Chiggiogna, situato nella zona agricola. L'opera è costituita da una costruzione metallica amovibile coperta da un telone, dalle dimensioni di 14 m per 7 m e alta 3 m, destinata allo stoccaggio di balle di fieno (rotoballe) per il foraggio degli animali allevati dall'azienda agricola A._. La costruzione è prevista a confine con il fondo part. n. 233, pure situato in zona agricola, e di proprietà di B._. Quest'ultimo si è opposto alla domanda, lamentando in particolare il mancato rispetto della distanza minima dal confine. B. Acquisito il preavviso favorevole dell'autorità cantonale, con decisione del 3 giugno 2013 il Municipio di Faido ha rilasciato all'istante la licenza edilizia, respingendo nel contempo l'opposizione del vicino. La risoluzione municipale è stata confermata il 20 agosto 2013 dal Consiglio di Stato, adito dall'opponente. C. Con sentenza dell'11 novembre 2014 il Tribunale cantonale amministrativo ha accolto un ricorso dell'opponente contro la decisione governativa, annullandola. La Corte cantonale ha contestualmente annullato la licenza edilizia, rilevando che l'opera progettata non rispettava la distanza di 4 m dal confine, prevista dalle norme di attuazione del piano regolatore comunale per la zona artigianale, applicabile per analogia anche nella zona agricola. D. A.A._ impugna questa sentenza con un ricorso in materia di diritto pubblico del 5 gennaio 2015 al Tribunale federale, chiedendo di annullarla. Postula inoltre di confermare la decisione governativa e la licenza edilizia rilasciatagli dal Municipio. Il ricorrente fa valere la violazione del diritto federale; censura inoltre l'arbitrarietà della decisione impugnata per avere assimilato la zona agricola a quella artigianale e invoca la violazione del principio della separazione dei poteri. E. La Corte cantonale formula alcune precisazioni confermandosi per il resto nella propria sentenza. Il Consiglio di Stato si rimette al giudizio del Tribunale federale. L'opponente postula la reiezione del gravame, mentre il Municipio non formula osservazioni. È stato invitato ad esprimersi sul gravame anche l'Ufficio federale dello sviluppo territoriale (USTE), secondo cui, qualora il rispetto della distanza dal confine non dovesse ostare al progetto, occorrerebbe ancora verificare l'adempimento dei requisiti dell'art. 34 cpv. 4 OPT (RS 700.1). Il ricorrente e l'opponente hanno presentato osservazioni sulle risposte il 21 maggio 2015, rispettivamente il 25 giugno 2015. La I Corte di diritto pubblico del Tribunale federale ha trattato la causa nella seduta pubblica del 13 giugno 2018.