Fatti: A. Con pubblicazione sul foglio ufficiale del Cantone Ticino xxx, il Comune di X._ ha indetto un pubblico concorso, retto dalla legge sulle commesse pubbliche del 20 febbraio 2001 (LCPubb; RL 7.1.4.1) ed impostato secondo la procedura libera, per aggiudicare le opere da impresario costruttore relative al collegamento dell'acquedotto di Y._ con quello di Z._. Il capitolato d'appalto non prevedeva particolari criteri di idoneità, limitandosi a dichiarare applicabile l'art. 34 del regolamento di applicazione della legge sulle commesse pubbliche e del concordato intercantonale sugli appalti pubblici del 12 settembre 2016 (RLCPubb/CIAP; RL 7.1.4.1.6). Specificava che la commessa sarebbe stata attribuita al miglior offerente, tenendo conto dei seguenti criteri e fattori di ponderazione: 1. Prezzo: 50 %; 2. Attendibilità dei prezzi dell'offerta: 20 %; 3. Programma lavori - termini proposti: 12.5 %; 4. Attendibilità programma lavori: 12,5 %; 5. Formazione apprendisti: 5 %. Le disposizioni particolari CPN 102, parte integrante degli atti d'appalto, precisavano nel dettaglio tutti i documenti e le informazioni che i concorrenti erano tenuti ad inoltrare con la loro offerta, fra i quali figuravano espressamente (pos. 252.120 lett. g CPN 102) la relazione tecnica ed il programma dei lavori. Quest'ultima posizione avvertiva i concorrenti che la compilazione carente o l'allestimento incompleto di uno o più documenti richiesti sarebbero stati considerati come una mancata consegna del documento stesso, con la conseguente estromissione dell'offerta dalla procedura di aggiudicazione. Non vi sono state impugnazioni del bando né delle disposizioni particolari CPN 102. B. Entro il termine impartito, sono giunte al committente quattro offerte. Esperite le necessarie verifiche, il 31 maggio 2016 il Municipio di X._ ha risolto di assegnare la commessa alla ditta A._ SA, che con la sua offerta per un importo complessivo di fr. 494'353.50, era giunta prima in graduatoria con 567.65 punti. Contro tale decisione, la ditta B._ SA, classificatasi seconda con 558.88 punti, è insorta davanti al Tribunale cantonale amministrativo. Con sentenza del 13 ottobre 2016, la Corte cantonale ha accolto il ricorso, annullato la decisione impugnata e, non avendo la ditta ricorrente chiesto che la commessa le fosse aggiudicata, ritornato gli atti al committente per nuova decisione. C. Con "ricorso di diritto costituzionale" del 18 novembre 2016, la ditta A._ SA ha impugnato quest'ultimo giudizio davanti al Tribunale federale chiedendo che, in riforma dello stesso, la risoluzione del 31 maggio/1 giugno 2016 del Municipio del Comune di X._ venga confermata. Il Tribunale cantonale amministrativo si è riconfermato nelle motivazioni e nelle conclusioni della propria sentenza. L'opponente ha chiesto che il ricorso sia respinto, mentre il Comune ha ribadito la validità della propria decisione di aggiudicazione e si è rimesso al giudizio di questo Tribunale. Con decreto presidenziale del 15 dicembre 2016, è stato rifiutato l'effetto sospensivo al gravame.