Fatti: A. B._ ha cominciato a lavorare per il Gruppo A._ nel giugno 1997; dal 1° giugno 2003 è stato assunto da A._SA come... in base a un contratto di lavoro a tempo indeterminato che prevedeva una retribuzione annua Iorda di..., aumentata nel 2007 a.... Il contratto firmato dalle parti il 15 maggio 2003 prevedeva 20 giorni di vacanza all'anno, un orario di lavoro flessibile di 40 ore settimanali (da lunedì a venerdì), il divieto di accumulare ore supplementari e la compensazione col tempo libero delle eventuali ore straordinarie; il contratto datato 14 luglio 2004, mai ritornato sottoscritto dal lavoratore, prevedeva invece 23 giorni di vacanza all'anno e che il 25 % dell'importo salariale convenuto comprendeva la retribuzione delle eventuali ore straordinarie e supplementari, sabati compresi. Il 3 gennaio 2011 A._SA ha invitato B._ a prendersi un periodo di vacanza dal 10 al 21 gennaio successivo al fine di ridurre il numero dei giorni di vacanza arretrati, ai quali si sarebbero poi aggiunti quelli maturati nel 2011. In risposta a una richiesta in tal senso, il 26 gennaio 2011 A._SA ha comunicato a B._ che il suo saldo vacanze ammontava a 35 giorni, precisando che le ore straordinarie e i sabati non erano compensabili. Un giorno più tardi, A._SA ha intimato a B._ la disdetta del contratto di lavoro con effetto al 30 aprile successivo, indicando che la stessa era dovuta a una ristrutturazione; contemporaneamente, Io ha dispensato dall'obbligo di presenza sul luogo di lavoro, precisando che durante il termine di disdetta avrebbe usufruito delle vacanze arretrate. B. Tentata la conciliazione, il 16 febbraio 2012 B._ ha inoltrato alla Pretura competente una petizione, con cui postulava la condanna della datrice di lavoro - alla quale durante la causa è subentrata la A.A._SA con ripresa di attivi e passivi - a pagargli una somma di fr. 296'032.80 oltre a interessi, così composta: fr. 62'500.-- quale indennità per licenziamento abusivo (pari a sei mesi di salario); fr. 36'843.20 quale retribuzione di 64 sabati; fr. 68'071.80 quale retribuzione di 98,5 giorni festivi e/o domeniche; fr. 128'617.80 per 1'790 ore straordinarie effettuate fuori ufficio. Il 14 ottobre 2015, il Giudice di prime cure ha parzialmente accolto la petizione: concedendo all'attore un'indennità per licenziamento abusivo pari a quasi 6 salari mensili (fr. 60'000.--) e riconoscendogli il diritto al pagamento di 593 ore supplementari (comprese quelle svolte di sabato) effettuate dal 18 aprile 2006 (fr. 44'160.50), nonché di 637,5 ore straordinarie effettuate dal giugno 2003 (fr. 45'991.05). La A.A._SA si è allora rivolta alla II Camera civile del Tribunale d'appello ticinese la quale, il 20 febbraio 2017, ha parzialmente accolto l'impugnativa decidendo: che l'appellante deve corrispondere a B._ fr. 69'823.20 (19'823.20 quale retribuzione per ore effettuate di sabato e fr. 50'000.-- a titolo di indennità per licenziamento abusivo), di cui fr. 50'000.-- (indennità per licenziamento abusivo) non soggetti ai contributi paritetici, oltre a interessi; che l'appellante deve regolarizzare gli oneri sociali di pertinenza di B._, versando agli enti preposti i contributi sociali su fr. 19'823.20 (retribuzione delle ore effettuate di sabato); che le spese giudiziarie davanti all'istanza precedente e le spese della conciliazione devono essere poste per 3⁄4 a carico dell'attore e per 1⁄4 a carico della convenuta, alla quale l'attore rifonderà fr. 10'000.-- per ripetibili; che le spese giudiziarie d'appello sono a carico delle parti in ragione di 1⁄2 ciascuno. C. Con ricorso in materia civile del 24 marzo 2017, protestando spese e ripetibili, la A.A._SA domanda: "I. L'appello 16 novembre 2015 di A._SA, ora A.A._SA, è parzialmente accolto. Di conseguenza la sentenza 14 ottobre 2015 del Pretore di... è riformata come segue: 1. La petizione del 16 febbraio 2012 di B._ è parzialmente accolta. 1.1. A._SA, ora A.A._SA, è condannata a pagare a B._ l'importo di fr. 19'823.20 oltre a interessi al 5% da maggio 2011. 1.2. A A._SA, ora A.A._SAè fatto ordine di regolarizzare gli oneri sociali di pertinenza di B._ versando agli enti preposti i contributi sociali dovuti su fr. 19'823.20. 2. Le spese giudiziarie di CHF 6'300.-- e le spese della conciliazione di CHF 1'500.00 sono poste a carico della parte attrice in ragione di 9/10, la quale rifonde alla parte convenuta ripetibili di primo grado per un importo di CHF 18'000.00. II. Le spese processuali di fr. 8'000.00 sono poste a carico della parte attrice in ragione di 9/10 e in ragione di 1/10 a carico della parte appellante. La parte attrice rifonde alla parte appellante l'importo di CHF 12'000.00 a titolo di ripetibili di secondo grado". La Corte cantonale non ha presentato osservazioni. Il 30 maggio 2017 l'opponente ha chiesto che il ricorso sia respinto.