Fatti: A. Il 15 ottobre 2014 le ditte F._ SA, E._ SA e H._, al quale è subentrato la G._ Sagl, hanno chiesto al Municipio di Stabio il permesso per costruire tre palazzine residenziali, composte da un piano interrato e da quattro piani fuori terra, ubicate su tre fondi contermini di un comparto disciplinato dal piano particolareggiato Falcette (PPF), site in un settore di protezione delle acque sotterranee (Au). Al piano interrato è prevista anche un'autorimessa con 48 posteggi, che unisce i tre stabili. I fondi figurano nell'Inventario degli insediamenti svizzeri da proteggere d'importanza nazionale (ISOS). B. Alla domanda si sono opposti A.A._, C._ e D._, proprietari di fondi confinanti o vicini, nonché B.A._, titolare di un diritto di abitazione. Il 5 maggio 2015 gli istanti hanno inoltrato una variante riduttiva concernente la sistemazione esterna, che non è stata oggetto di alcuna formalità. Raccolto l'avviso favorevole dei Servizi generali del Dipartimento del territorio e respinte le opposizioni, il 29 maggio 2015 il Municipio ha rilasciato la licenza edilizia a determinate condizioni e a titolo di precario riguardo a certe opere site nell'area interessata dal nuovo piano viario. Con decisione del 22 marzo 2016 il Consiglio di Stato ha respinto i ricorsi inoltrati dai vicini. Adito da questi ultimi, con giudizio del 7 settembre 2017 il Tribunale cantonale amministrativo ne ha respinto il ricorso ai sensi dei considerandi, ritenendo, segnatamente riguardo alla protezione delle acque sotterranee, che se del caso spetta ai beneficiari della licenza edilizia effettuare ulteriori approfondimenti, richiedendo all'occorrenza, prima dell'inizio dei lavori, l'autorizzazione di natura temporanea, fornendo all'autorità le necessarie informazioni. C. Avverso questa decisione i vicini presentano un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiedono, concesso al gravame l'effetto sospensivo, di annullare la decisione impugnata, nonché quella governativa e municipale; in via subordinata postulano di rinviare gli atti alla Corte cantonale per nuovo giudizio dopo aver esperito ulteriori accertamenti. Il Consiglio di Stato e il Municipio si rimettono al giudizio del Tribunale federale, l'Ufficio delle domande di costruzione propone di respingere il ricorso, adducendo che le lacune segnalate dai ricorrenti sarebbero state sanate dinanzi alla Corte cantonale. Quest'ultima rileva che se i ricorrenti avessero fornito prima un documento prodotto solo dinanzi al Tribunale federale, avrebbe deciso diversamente, rimettendosi quindi al giudizio del Tribunale federale. Le opponenti concludono per la reiezione del gravame. Con decreto presidenziale del 14 novembre 2017 al ricorso è stato conferito effetto sospensivo.