Fatti: A. Prima delle operazioni di ricomposizione particellare attuate nell'allora Comune di X._, zona Y._, A._ al 28 luglio 2011 era proprietario di numerosi fondi, segnatamente di 107'194 m2 per un'interessenza complessiva di fr. 16'964.90, siti in diverse zone, tra le quali Z._. In seguito a tali operazioni, all'interessato sono stati assegnati terreni in varie località, tra le quali anche in Z._, per un totale di 154'454 m2, pari a un'interessenza di fr. 22'477.25, con un conguaglio positivo da pagare di fr. 5'512.35. B. Il 27 settembre 2011 il Consiglio di Stato ha approvato gli atti del progetto di nuovo riparto, pubblicandoli dal 17 ottobre al 16 novembre 2011. A._ è insorto dinanzi alla Commissione di ricorso di I istanza (Commissione I) censurando, per quanto qui interessa, una rettifica di confini in località Z._. Con decisione del 10 luglio 2013 la Commissione I ha confermato la rettifica dei confini, attuata in corso di pubblicazione, tra il fondo xxx dell'insorgente e quello yyy di B._. Adito dall'interessato, con giudizio del 14 dicembre 2016 il Tribunale cantonale amministrativo ne ha parzialmente accolto il gravame, rinviando gli atti alla Commissione I per nuovo giudizio nel senso dei considerandi 3.1, 3.3 e 3.5, mentre l'ha respinto riguardo alla citata modifica dei confini (consid. 3.2). C.