Fatti: A. La A._SA è una società attiva nella consulenza e messa a disposizione di servizi relativi all'organizzazione e alla gestione di imprese, in particolare nel settore bancario. B._ è stato alle sue dipendenze a partire dal 1° marzo 2012 in qualità di vice direttore, capo del back office, con un salario annuo lordo di fr. 130'000.-- per 42 ore settimanali. Il contratto di lavoro prevedeva che le ore supplementari sarebbero state compensate soltanto in determinati casi. B. Il 21 febbraio 2014 B._ è stato licenziato con effetto al 30 aprile 2014 ed è stato esonerato dal prestare lavoro. Il 22 giugno 2014 ha chiesto alla datrice di lavoro il pagamento di un numero importante di ore di lavoro supplementari e straordinarie. Poiché la società non ha dato seguito alla richiesta, con petizione dell'8 dicembre 2014 ha avviato contro la stessa una causa civile dinanzi alla Pretura di Lugano, per un importo complessivo di fr. 67'667.--, oltre interessi. La pretesa era basata sulle registrazioni delle ore lavorative nel programma "time-sheet" aziendale, compilato elettronicamente dallo stesso lavoratore e da lui prodotto in causa. Dopo una serie di atti che non occorre qui evocare, con sentenza del 10 novembre 2016 il Pretore ha parzialmente accolto la petizione, condannando la datrice di lavoro a pagare al dipendente fr. 64'414.40, oltre interessi. C. Il 18 novembre 2016 la A._SA ha presentato una denuncia penale nei confronti di B._, per i titoli di truffa e di falsità in documenti, con riferimento alle registrazioni da lui effettuate nel "time-sheet" prodotto nella causa civile. Secondo la denunciante, il lavoratore avrebbe modificato determinate registrazioni dopo la notifica della disdetta del rapporto di lavoro, aggiungendovi delle ore lavorative in realtà non eseguite. D. Il 12 dicembre 2016 la datrice di lavoro ha impugnato la sentenza del Pretore dinanzi alla seconda Camera civile del Tribunale d'appello, che, con decisione del 21 febbraio 2017, in accoglimento di una domanda processuale dell'appellante, ha sospeso la procedura di appello in attesa dell'esito del procedimento penale. E. Dopo avere richiamato l'incarto della causa civile, con decisione del 6 marzo 2017 il Procuratore pubblico (PP) ha decretato il non luogo a procedere, ritenendo non adempiuti gli elementi costitutivi di reato. F. Contro il decreto di non luogo a procedere, la A._SA ha presentato un reclamo alla Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello (CRP), che lo ha respinto con sentenza del 23 giugno 2017. Con sentenza 6B_950/2017 del 18 gennaio 2018, il Tribunale federale ha accolto un ricorso della A._SA contro la sentenza della CRP, annullandola e rinviando gli atti alla precedente istanza per un nuovo giudizio. Questa Corte ha rilevato che l'autorità cantonale non si era confrontata con le puntuali contestazioni sollevate dalla ricorrente riguardo alle specifiche registrazioni sospette di ore lavorative nel programma "time-sheet". Ha concluso che l'emanazione di un decreto di non luogo a procedere a quello stadio del procedimento penale violava l'art. 310 CPP e il principio "in dubio pro duriore", non essendo ancora del tutto chiaro che i fatti non erano punibili o che le condizioni per il perseguimento penale non erano adempiute. G. Statuendo nuovamente sulla causa, con sentenza del 6 febbraio 2018 la CRP ha annullato il decreto di non luogo a procedere del 6 marzo 2017 ed ha rinviato l'incarto al Ministero pubblico per l'apertura dell'istruzione penale. Dopo avere terminato lo svolgimento degli atti istruttori, il 28 settembre 2018 il magistrato inquirente ha comunicato alle parti la chiusura dell'istruzione, prospettando l'emanazione di un decreto di abbandono. Le parti non hanno presentato istanze probatorie. Con decisione del 28 febbraio 2019, il PP ha decretato l'abbandono del procedimento penale. Ha negato l'esistenza di sufficienti indizi di reato con riferimento alle prospettate imputazioni di truffa e di falsità in documenti. H. Con sentenza del 3 luglio 2019 la CRP ha respinto un reclamo presentato dalla A._SA contro il decreto di abbandono. La Corte cantonale ha confermato le conclusioni del PP. I. La A._SA impugna questa sentenza con un ricorso in materia penale del 16 settembre 2019 al Tribunale federale, chiedendo di annullarla. Postula inoltre di annullare il decreto di abbandono e di ordinare al PP di promuovere l'accusa nei confronti di B._ per i titoli di truffa e di falsità in documenti. La ricorrente fa valere la violazione del principio "in dubio pro duriore" e degli art. 309 e 310 CPP. J. Non sono state chieste osservazioni sul gravame, ma è stato richiamato l'incarto cantonale.