Fatti: A. La A._ SA prevede, allo scopo di sfruttare la forza idrica del fiume Calancasca per la produzione di energia, di realizzare una piccola centrale idroelettrica sul territorio del Comune di Buseno. Il progetto prevede di captare le acque ad una quota di circa 758 m.s.m e di rilasciarle ad una quota di circa 692 m.s.m., a monte del lago artificiale di Buseno. L'impianto avrebbe una portata massima normale di 4,5 m3 /s e una potenza installata di 2,34 MW. La produzione annua media è stata valutata tra 7,33 e 9,03 GWh. I costi d'investimento preventivati per la sua costruzione ammontano a circa 13,5 milioni di franchi. B. Il 12 dicembre 2007 l'Assemblea comunale di Buseno ha accettato il rilascio della concessione per lo sfruttamento della forza idrica del fiume Calancasca nel tratto in questione. Con istanza del 28 dicembre 2011 il Comune di Buseno ha presentato all'Ufficio dell'energia e dei trasporti, all'attenzione del Governo del Cantone dei Grigioni, la domanda di avviare la procedura di approvazione della concessione. Entro il termine di esposizione pubblica della domanda sono state presentate diverse opposizioni, tra cui quella di WWF e di Pro Natura. C. Dopo una serie di atti che non occorre qui evocare, con decisione del 6 settembre 2016 il Governo del Cantone dei Grigioni ha approvato la concessione dei diritti d'acqua e il progetto dell'impianto, disponendo una serie di condizioni in materia di protezione dell'ambiente e delle acque. Il Governo ha contestualmente respinto, nella misura in cui non era diventata priva di oggetto, l'opposizione di WWF e di Pro Natura. D. Con sentenza del 25 ottobre 2017, comunicata il 16 novembre 2017, il Tribunale amministrativo dei Grigioni ha respinto un ricorso delle opponenti contro la decisione governativa. E. WWF e Pro Natura impugnano questa sentenza con un ricorso in materia di diritto pubblico del 3 gennaio 2018 al Tribunale federale, chiedendo di annullarla e di negare l'approvazione della concessione e del progetto dell'impianto idroelettrico. Le ricorrenti fanno valere la violazione del diritto federale e l'accertamento inesatto dei fatti. F. Il Governo postula la reiezione del ricorso mentre la Corte cantonale, il Comune di Buseno e la concessionaria chiedono di respingerlo nella misura della sua ammissibilità. Invitato ad esprimersi sul gravame, l'Ufficio federale dell'ambiente (UFAM), ha presentato osservazioni sulle censure in tema di coordinamento, di protezione delle acque e dei pesci nonché di protezione della natura e del paesaggio, senza tuttavia formulare richieste esplicite. Con osservazioni del 10 settembre 2018 la concessionaria e il Comune di Buseno si sono confermati nelle loro conclusioni. Con prese di posizione del 25 settembre 2018, rispettivamente del 10 ottobre 2018, pure il Governo e le ricorrenti si sono confermati nelle loro precedenti domande. G. Con decreto presidenziale del 5 febbraio 2018 al ricorso è stato conferito l'effetto sospensivo limitatamente all'inizio dei lavori di costruzione del progetto litigioso.