Fatti: A. Con atto di accusa del 22 gennaio 2015 il Ministero pubblico della Confederazione (MPC) ha promosso l'accusa dinanzi alla Corte penale del Tribunale penale federale (TPF) nei confronti, tra gli altri, di B._, per i titoli di ripetuto riciclaggio di denaro aggravato, usura, conseguimento fraudolento di una falsa attestazione e ripetuta infrazione aggravata alla legge federale sugli stupefacenti. B. Dopo lo svolgimento del pubblico dibattimento, con sentenza del 29 agosto 2016, intimata alle parti il 26 luglio 2017, la Corte penale del TPF ha disposto l'abbandono del procedimento penale per il titolo di ripetuto riciclaggio di denaro aggravato e per una fattispecie concernente l'imputazione di usura, prosciogliendolo poi da tutti i restanti capi di accusa. La Corte penale del TPF ha posto le spese procedurali a carico della Confederazione ed ha fissato in fr. 191'682.60 la retribuzione del difensore d'ufficio, importo pure a carico della Confederazione. Ha infine riconosciuto all'imputato prosciolto un indennizzo di fr. 98'572.--, oltre interessi del 5 % dal 19 maggio 2016, per le spese legali precedenti la nomina del difensore d'ufficio e di fr. 130'000.--, oltre interessi del 5 % dal 10 aprile 2009, a titolo di riparazione del torto morale. C. B._ impugna questa sentenza con un ricorso in materia penale del 14 settembre 2017 al Tribunale federale, chiedendo di annullare il dispositivo sull'indennità e di riconoscergli un importo di fr. 213'600.--, oltre interessi del 5 % dal 5 gennaio 2006, a titolo di riparazione del torto morale per la carcerazione preventiva subita, di fr. 13'200.--, oltre interessi del 5 % dal 18 maggio 2008, quale riparazione del torto morale per le misure sostitutive della carcerazione e di fr. 153'231.17, oltre interessi del 5 % dal 14 febbraio 2007, per il risarcimento delle spese di patrocinio prima della nomina del difensore d'ufficio. In via subordinata chiede l'annullamento del dispositivo impugnato e il rinvio degli atti alla precedente istanza per un nuovo giudizio sull'ammontare dell'indennizzo e della riparazione del torto morale. Il ricorrente fa valere la violazione del diritto di essere sentito, del divieto dell'arbitrio e dell'art. 429 CPP. D. La Corte penale del TPF si riconferma nella propria sentenza e si rimette al giudizio del Tribunale federale. Il MPC comunica di rinunciare a presentare osservazioni al ricorso.