Fatti: A. A._Sagl è affittuaria del fondo yyy sito a X._, attribuito alla zona agricola (superficie per l'avvicendamento delle colture), sul quale si trovano alcune serre. Il 20 giugno 2018 essa ha notificato alla Polizia cantonale l'avvio di una coltivazione di canapa. Invitato a preavvisare la notifica, il 10 luglio 2018 il Municipio ha osservato che le serre si trovano in una zona di protezione S2 dei pozzi di captazione dell'acquedotto intercomunale di Z._. Interpellato al riguardo, l'Ufficio della protezione delle acque e dell'approvvigionamento idrico (UPAAI) ha indicato che il "ripristino delle serre" potrebbe essere autorizzato in deroga alle norme in materia di protezione delle acque, riservandosi di esprimersi a "livello costruttivo" nel quadro di una notifica di costruzione. Il 3 agosto seguente la Polizia cantonale ha confermato la conformità della notifica, riservata l'applicazione di altre norme, quali la legge edilizia cantonale. B. Il 14 agosto 2018 il Municipio ha comunicato alla A._Sagl che prima dell'inizio dell'attività essa doveva presentare una domanda di costruzione. Il 27 agosto seguente l'interessata ha osservato che l'intervento sulle serre sarebbe di mera manutenzione ordinaria, precisando d'avervi già piantato le talee. Con comunicato del 26 settembre 2018 il Municipio ha informato la popolazione dell'avviata coltivazione di canapa. Durante il mese di ottobre numerosi vicini e cittadini si sono lamentati delle esalazioni maleodoranti derivanti dalle piante in fiore. Con decisione del 4 aprile 2019, ritenuto un cambiamento di destinazione e prevalente l'interesse dei vicini a non sopportare le immissioni moleste, l'Esecutivo comunale ha ordinato alla A._Sagl e alla proprietaria del fondo di inoltrare una domanda di costruzione a posteriori per la coltivazione di canapa nelle serre, vietando loro di utilizzarle fino al rilascio della licenza edilizia. C. Contro questo provvedimento, A._Sagl è insorta al Consiglio di Stato, postulando, in via cautelare, limitatamente al divieto d'uso dichiarato immediatamente esecutivo, la restituzione dell'effetto sospensivo al ricorso. Il 9 maggio 2019 il Presidente dell'Esecutivo cantonale ha respinto quest'ultima domanda. Adito dall'interessata, con giudizio del 27 agosto 2019 il Tribunale cantonale amministrativo ne ha respinto il gravame. D. Avverso questa sentenza A._Sagl presenta un ricorso in materia di diritto pubblico e, subordinatamente, un ricorso sussidiario in materia costituzionale. Chiede di annullare la decisione impugnata e di riformarla nel senso di annullare quella governativa e di riconcedere l'effetto sospensivo al gravame. Non è stato ordinato uno scambio di scritti.