Fatti: A. Il 14 aprile 2016 il Procuratore generale (PG) ha promosso davanti alla Pretura penale di Bellinzona l'accusa nei confronti dell'Ente ospedaliero cantonale (EOC) per lesioni colpose gravi, subordinatamente lesioni colpose semplici (art. 125 cpv. 2 sub. 125 cpv. 1 CP nonché art. 102 cpv. 1 CP relativo alla responsabilità dell'impresa). Ha ritenuto che, il 19 dicembre 2013, presso il Servizio di Radiologia dell'Ospedale Regionale di Lugano, Sede Ospedale Civico, a causa di un'errata manipolazione effettuata da un operatore sanitario, la cui identità non ha potuto essere determinata, sono stati contagiati con il virus dell'epatite C dei pazienti, poi costituitisi accusatori privati. B. Dopo l'apertura del dibattimento del 20 settembre 2016, l'EOC ha chiesto la ricusazione dei periti giudiziari, domanda respinta in ultima istanza dal Tribunale federale con sentenza 1B_433/2016 del 17 gennaio 2017. Con giudizio del 21 novembre 2016, il Giudice della Pretura penale Siro Quadri, in applicazione dell'art. 102 cpv. 1 CP, ha dichiarato l'EOC autore colpevole di lesioni colpose gravi, condannandolo a una multa di fr. 60'000.-- e al pagamento delle spese giudiziarie, riconoscendo indennizzi a favore degli accusatori privati. C. Con giudizio del 10 novembre 2017, la Corte di appello e di revisione penale (CARP), adita dall'EOC, ne ha accolto l'appello, annullando la decisione impugnata e rinviando la causa alla Pretura penale, affinché proceda ai sensi dei considerandi. Ha ritenuto che l'atto di accusa descrive il deficit organizzativo come una violazione della norma ISO 9001:2000, senza specificare tuttavia in cosa consisterebbe il dovere di diligente organizzazione da essa previsto, ciò che comporterebbe una lesione dell'art. 325 cpv. 1 lett. f CPP e del principio accusatorio (art. 9 CPP). Sussisterebbe quindi un'arbitraria contraddizione, lesiva dell'obbligo di motivazione, fra la condanna e la sua motivazione. Con sentenza 1B_467/2017 del 20 dicembre 2017 il Tribunale federale ha dichiarato inammissibile un ricorso presentato dall'EOC contro questa decisione di rinvio. D. Con decreto dell'8 marzo 2018 il giudice Siro Quadri ha rinviato l'atto di accusa al pubblico ministero affinché lo rettificasse e lo completasse. Il 23 aprile 2018, il PG ha riproposto l'accusa davanti alla Pretura penale. Con decisione del 29 novembre 2018 il giudice Siro Quadri ha respinto un'istanza dell'EOC volta all'assunzione di prove. Il 9 luglio 2019 ha aperto il dibattimento. Dopo ch'egli ha respinto alcune questioni pregiudiziali sollevate dall'EOC, in particolare quelle volte a invalidare il nuovo atto di accusa e all'accertamento della pretesa intervenuta prescrizione dell'azione penale, l'EOC ha chiesto la ricusazione del pretore, il quale l'ha trasmessa, per competenza, alla Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello (CRP). Terminato il contraddittorio e chiuso il dibattimento, con decisione del 31 luglio 2019 il giudice ha dichiarato l'EOC autore colpevole di lesioni colpose gravi, condannandolo a una multa di fr. 60'000.-- e a indennizzi ai danneggiati. L'EOC ha annunciato appello. Con sentenza del 14 ottobre 2019, la CRP ha accolto l'istanza di ricusazione. E. Avverso quest'ultima sentenza il PP presenta un ricorso in materia penale al Tribunale federale, chiedendo di annullarla. Il giudice ricusato e la CRP non presentano osservazioni al gravame e si rimettono al giudizio del Tribunale federale. C._ non si è espresso, A._, senza formulare particolari osservazioni, aderisce al ricorso, B._ propone di accoglierlo, mentre l'EOC conclude per la sua reiezione.