Fatti: A. A._ SA è proprietaria del fondo part. n. 1094 di X._, situato all'intersezione tra via Y._ e via Z._. Il terreno, su cui sorgono tre costruzioni, è in pendio ed è inserito nella zona residenziale R5 del piano regolatore comunale, che prevede un'altezza massima di 16.70 m. B. Il 4 febbraio 2012 A._ SA ha presentato al Municipio di X._ una domanda di costruzione per demolire gli edifici esistenti e realizzare un nuovo stabile residenziale, costituito da due corpi contigui, uno di cinque piani lungo via Z._ sovrastante un altro di tre piani, parallelo a via Y._, tra loro collegati in modo da formare un angolo acuto (di 52° circa). C. Alla domanda si sono opposti B._ e la C._ SA, proprietari di un fondo confinante, rispettivamente di una particella immediatamente vicina a quella dedotta in edificazione. Il 22 maggio 2012 i Servizi generali del Dipartimento del territorio hanno emanato un preavviso favorevole al progetto, sottoponendolo a una serie di condizioni. L'istante lo ha in seguito modificato con varianti del 24 luglio 2012 e del 28 settembre 2012, presentando il 12 dicembre 2012 al Municipio dei piani riportanti la seconda variante. D. Il 15 gennaio 2013 il Municipio ha rilasciato la licenza edilizia secondo le modifiche di cui alle varianti inoltrate nel luglio e nel settembre del 2012, subordinandola a una serie di condizioni. L'Esecutivo comunale ha nel contempo respinto le opposizioni dei vicini. Dopo una serie di atti che non occorre qui evocare, con un'unica decisione del 15 dicembre 2015 il Consiglio di Stato ha respinto i ricorsi degli opponenti contro la risoluzione municipale, confermandola. E. Con un'unica sentenza del 6 luglio 2017, il Tribunale cantonale amministrativo ha accolto due distinti ricorsi presentati dagli opponenti contro la decisione governativa, annullandola. La Corte cantonale ha pure annullato la licenza edilizia rilasciata dal Municipio. Ha rilevato che l'ingombro verticale complessivo dello stabile progettato, superiore ai 20 m, oltrepassava l'altezza massima prevista per la zona di situazione. F. A._ SA impugna questa sentenza con un ricorso in materia di diritto pubblico dell'11 settembre 2017 al Tribunale federale, chiedendo di annullarla e di rinviare gli atti alla Corte cantonale per pronunciarsi sulle censure rimanenti. La ricorrente fa valere l'applicazione arbitraria del diritto cantonale in materia di altezza degli edifici. G. La Corte cantonale contesta le tesi ricorsuali, confermandosi nel suo giudizio. Il Consiglio di Stato e l'Ufficio delle domande di costruzione del Dipartimento del territorio si rimettono al giudizio del Tribunale federale. Anche il Municipio di X._, pur riconfermandosi nella decisione di rilasciare la licenza edilizia, si rimette al giudizio di questa Corte. La C._ SA postula la reiezione del ricorso. B._ chiede di respingerlo nella misura della sua ammissibilità. Con osservazioni del 12 dicembre 2017 la ricorrente si è confermata nelle sue conclusioni.