Fatti: A. La A._ SA è una società attiva nella consulenza e messa a disposizione di servizi relativi all'organizzazione e alla gestione di imprese in particolare nel settore bancario. B._ è stato alle sue dipendenze a partire dal 1° marzo 2012 in qualità di vice direttore, capo del back office, con un salario annuo lordo di fr. 130'000.-- per 42 ore settimanali. Il contratto di lavoro prevedeva che le ore supplementari sarebbero state compensate soltanto in determinati casi. B. Il 21 febbraio 2014 B._ è stato licenziato con effetto al 30 aprile 2014 ed è stato esonerato dal prestare lavoro. Il 22 giugno 2014 ha chiesto alla datrice di lavoro il pagamento di un numero importante di ore di lavoro supplementari e straordinarie. Poiché la società non ha dato seguito alla richiesta, con petizione dell'8 dicembre 2014 ha avviato contro la stessa una causa civile dinanzi alla Pretura di Lugano, per un importo complessivo di fr. 67'667.--, oltre interessi. La pretesa era basata sulle registrazioni delle ore lavorative nel programma "time-sheet" aziendale, compilato elettronicamente dallo stesso lavoratore e da lui prodotto in causa. Dopo una serie di atti che non occorre qui evocare, con sentenza del 10 novembre 2016 il Pretore ha parzialmente accolto la petizione, condannando la datrice di lavoro a pagare al dipendente fr. 64'414.40, oltre interessi. C. Il 18 novembre 2016 la A._ SA ha presentato una denuncia penale nei confronti di B._, per i titoli di truffa e di falsità in documenti, con riferimento alle registrazioni da lui effettuate sul "time-sheet" prodotto nella causa civile. Secondo la denunciante, il lavoratore avrebbe modificato determinate registrazioni dopo la notifica della disdetta del rapporto di lavoro, aggiungendovi delle ore lavorative in realtà non eseguite. D. Il 12 dicembre 2016 la datrice di lavoro ha impugnato la sentenza del Pretore dinanzi alla seconda Camera civile del Tribunale d'appello, che con decisione del 21 febbraio 2017 in accoglimento di una domanda processuale dell'appellante, ha sospeso la procedura di appello in attesa dell'esito del procedimento penale. E. Dopo avere richiamato l'incarto della causa civile, con decisione del 6 marzo 2017 il Procuratore pubblico (PP) ha decretato il non luogo a procedere, ritenendo non adempiuti gli elementi costitutivi di reato. F. Contro il decreto di non luogo a procedere la A._ SA ha presentato un reclamo alla Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello (CRP), che lo ha respinto con sentenza del 23 giugno 2017. La Corte cantonale, giustificando la rinuncia del PP ad assumere ulteriori prove, ha ritenuto che "ci siano state delle ore di lavoro supplementari / straordinarie e dei problemi di registrazione delle stesse; circostanza, questa, che conferma più la tesi del denunciato". Ha di conseguenza confermato il decreto di non luogo a procedere. G. La A._ SA impugna questa sentenza con un ricorso in materia penale del 4 settembre 2017 al Tribunale federale, chiedendo di annullarla. Postula inoltre di annullare il decreto di non luogo a procedere e di ordinare al PP di aprire l'istruzione penale. La ricorrente fa valere la violazione del principio "in dubio pro duriore" e degli art. 309 e 310 CPP. H. La Corte cantonale si rimette al giudizio del Tribunale federale, mentre il Ministero pubblico e l'opponente chiedono di respingere il ricorso.