Fatti: A. Il 7 novembre 2018 la Corte penale del Tribunale penale federale ha condannato A._ a una pena pecuniaria sospesa di 240 aliquote giornaliere di fr. 30.-- ciascuna per ripetuta rappresentazione di atti di cruda violenza e violazione della legge federale che vieta i gruppi "Al-Qaïda" e "Stato islamico". Il medesimo giorno A._ ha chiesto la motivazione scritta della sentenza, annunciando di voler fare appello contro la medesima. B. La sentenza motivata è stata notificata a A._ il 28 dicembre 2018. In data 11 gennaio 2019 A._ ha presentato una dichiarazione d'appello alla Corte d'appello del Tribunale penale federale, che l'ha trasmessa al Tribunale federale per competenza. Il 1° febbraio 2019 A._ ha chiesto che la dichiarazione d'appello fosse ritornata alla Corte d'appello del Tribunale penale federale, affinché questa emani una formale decisione sulla propria competenza. Al contempo A._ ha presentato un ricorso in materia penale avverso la sentenza del 7 novembre 2018 della Corte penale del Tribunale penale federale, chiedendo la sospensione della relativa procedura fintanto che la Corte d'appello del Tribunale penale federale non si sia pronunciata sulla propria competenza. Con decreto del 4 febbraio 2019 il Presidente della Corte di diritto penale del Tribunale federale ha dato seguito a tale richiesta di sospensione (incarto 6B_56/2019). C. Il 20 marzo 2019 la Corte d'appello del Tribunale penale federale ha dichiarato inammissibile l'appello. Avverso tale sentenza A._ insorge al Tribunale federale con un ricorso in materia penale, chiedendo che l'appello da lui presentato sia dichiarato ammissibile e trattato nel merito dalla Corte d'appello del Tribunale penale federale. Egli domanda inoltre di essere posto al beneficio dell'assistenza giudiziaria per la procedura dinnanzi al Tribunale federale (incarto 6B_523/2019).