Fatti: A. A._, nato nel 1968, ha lavorato in Svizzera in qualità di frontaliere dal 1987, da ultimo presso la B._ SA a Novazzano fino al 10 aprile 2014, quando ha dovuto interrompere il suo lavoro per motivi di salute. Il suo salario ammontava nel 2014 a fr. 20.29 all'ora, pari a fr. 46'422.10 annui. Con decisione del 25 gennaio 2017 l'Ufficio dell'assicurazione per l'invalidità per gli assicurati residenti all'estero (UAIE) ha posto l'interessato al beneficio di una rendita intera d'invalidità limitata nel tempo dal 1° aprile al 31 dicembre 2015, stabilendo a partire da questa data una perdita di guadagno del 36%, insufficiente per avere diritto a una rendita d'invalidità. B. Su ricorso dell'assicurato, il Tribunale amministrativo federale, mediante giudizio del 7 gennaio 2019, lo ha accolto rinviando la causa all'UAIE per nuova decisione ai sensi dei considerandi. Il Tribunale di prima istanza ha in particolare ritenuto che il calcolo della perdita di guadagno subita dall'interessato dopo il 31 dicembre 2015 come effettuato dall'UAIE non era corretto. Tenuto conto del fatto che il salario da valido dell'interessato era sensibilmente inferiore alla media dei salari erogati nel suo settore di attività, il salario da invalido doveva essere anch'esso ridotto nella stessa misura (sulla base del cosiddetto "parallelismo dei redditi", sulla nozione si rinvia alla parte in diritto). Non potendo tuttavia stabilire a quale settore di attività si poteva attribuire la B._ SA (settore della metallurgia, fabbricazione di prodotti in metallo o a quello della fabbricazione di macchinari e apparecchiature), un complemento istruttorio si rendeva necessario, da cui il rinvio della causa all'UAIE per nuova decisione. Infatti, a seconda del settore di attività, l'interessato poteva avere diritto dopo il 31 dicembre 2015 a un quarto di rendita oppure a una mezza rendita d'invalidità. C. L'UAIE inoltra un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale cui chiede di annullare il suddetto giudizio e di confermare la decisione del 25 gennaio 2017. Invitato a pronunciarsi sul ricorso, l'opponente ha chiesto di respingere il ricorso.