Fatti: A. Il 30 giugno 2015 il Consiglio comunale di Lugano ha approvato lo stanziamento di un credito di fr. 102'040'000.--, corrispondente alla quota parte del 47,24 % dell'importo a carico dei Comuni del comprensorio, destinato alla realizzazione della seconda fase del Piano dei tra-sporti del Luganese (PTL 2) e del Programma di agglomerato del Luganese (PAL 2). Contro il credito è stato lanciato un referendum. Accertata la validità di 3'302 firme raccolte, il 4 settembre 2015 il Municipio di Lugano ha dichiarato regolare e ricevibile la domanda di referendum, fissando al 3 dicembre 2015 la data della votazione popolare. B. Contro questa risoluzione il 5 ottobre 2015 Paolo Sanvido, cittadino attivo di Lugano, è insorto dinanzi al Consiglio di Stato, che con decisione del 2 dicembre 2015 ha accolto il ricorso e annullato la risoluzione municipale. Ha ritenuto che si tratta di una spesa vincolata e quindi non referendabile, poiché la quota globale e la relativa chiave di riparto dei costi era stata stabilita in maniera vincolante nella risoluzione governativa n. 4603 del 14 ottobre 2014. Adito da Raoul Ghisletta, Chiara Lepori Abaecherli, Stefano Nicola Baragiola, Mattias Schmidt, Marco Jermini, Ennio Caroli e Carlo Zoppi, con sentenza del 4 maggio 2018 il Tribunale cantonale amministrativo ne ha respinto il ricorso. C. Avverso questa decisione Stefano Nicola Baragiola, Giorgio Zürcher, Chiara Lepori Abaecherli, Giorgio Bellini, Ennio Caroli e Marco Morganti presentano un ricorso in materia di diritto pubblico per violazione dei diritti politici al Tribunale federale. Chiedono di annullarla e di dichiarare valida la domanda di referendum. Non è stato ordinato uno scambio di scritti.