Fatti: A. B.A._ e A.A._ sono proprietari, dal 2013, di alcuni fondi siti nel Comune di Faido, attribuiti alla zona edificabile intensiva, che verso valle confinano con la strada cantonale, a monte con quella comunale. Il 18 dicembre 2012, il Municipio aveva rilasciato al precedente proprietario la licenza edilizia per la costruzione di tre case unifamiliari secondarie contigue di tre piani, con terrazze rivolte verso la strada cantonale e tre posteggi scoperti. B. Per quanto qui interessa, dopo l'inizio dei lavori, il 28 aprile 2015 A.A._ ha inoltrato una variante in corso d'opera: al posto dei locali deposito/disponibile, al pianterreno sono state realizzate tre autorimesse. Le terrazze sono state ampliate e a tale scopo è stata chiesta una deroga al rispetto della distanza dalla strada cantonale. Al progetto si è opposto il vicino C._. Dopo che il sedime stradale è stato allargato, l'istante ha presentato una seconda variante concernente l'accesso alle autorimesse e l'area esterna, varianti preavvisate favorevolmente dai Servizi generali del Dipartimento del territorio. C. Il 21 dicembre 2015 il Municipio ha rilasciato la licenza edilizia, concedendo una deroga alla distanza minima dalla strada per le terrazze. Con decisione del 31 agosto 2016 il Consiglio di Stato, in accoglimento di un ricorso del vicino, ha annullato la licenza edilizia, non essendo ravvisabili gli estremi per la concessione di una deroga. Adito dagli istanti, con giudizio del 6 aprile 2018 il Tribunale cantonale amministrativo ha parzialmente accolto il ricorso sottopostogli dai proprietari e annullato la decisione governativa nonché la licenza edilizia del 21 dicembre 2015 nella misura in cui rilascia una deroga per l'ampliamento delle terrazze degli edifici A e B e per l'autorimessa dell'edificio A, confermandola per il resto. D. Avverso questa sentenza B.A._ e A.A._ presentano un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo di annullarla. Non è stato ordinato uno scambio di scritti, ma è stato richiamato l'incarto cantonale.