Fatti: A. Fino al 23 febbraio 2015, la Comunione ereditaria fu D.A._, composta di A.A._, B.A._ e C._, era proprietaria del fondo xxx di X._, attribuito alla zona artigianale-commerciale. Il 28 gennaio 2013 i Consigli comunali di X._ e di Y._ hanno adottato il piano regolatore intercomunale (PRI), interessante anche il citato fondo posto a cavallo dei due comuni, con lo scopo tra l'altro di decongestionare la rete viaria locale. Il piano prevede la realizzazione in due fasi di un nuovo accesso al territorio di X._, ossia la costruzione di una strada di servizio interna (fase 1) e in seguito la realizzazione di una nuova di servizio, che taglia in diagonale il fondo xxx e si congiunge con un'altra via tramite la creazione di una rotonda (fase 2). Anche quest'opera invade parzialmente la proprietà dei ricorrenti, il cui fondo è stato attribuito alla zona industria/servizi. B. Con risoluzione 30 aprile 2014, in parziale accoglimento del ricorso presentato da E._ SA, proprietaria del fondo contermine yyy nonché conduttrice di quello xxx, il Consiglio di Stato ha approvato il piano: non ha tuttavia avallato gli interventi previsti per la fase 2, stralciandoli d'ufficio, ritenendo che il sistema predisposto per la prima fase è in grado di assicurare la gestione del traffico secondo i quantitativi ammessi dal PRI. Il Tribunale cantonale amministrativo, adito dai proprietari del fondo xxx, i quali adducevano che con la mancata approvazione della rotonda e della nuova strada di servizio la particella non sarà più espropriata, né indennizzatae che l'attribuzione alla zona industria/servizi limiterebbe l'esercizio delle attività commerciali presenti sul loro fondo, con giudizio del 9 ottobre 2015, ne ha dichiarato il ricorso irricevibile, perché non erano previamente insorti dinanzi al Governo. C. Avverso questa decisione A.A._, B.A._ e C._ presentano un ricorso in materia di diritto pubblico e un ricorso sussidiario in materia costituzionale al Tribunale federale. Chiedono di annullare il giudizio impugnato e di rinviare gli atti alla Corte cantonale per nuovo giudizio. Non sono state chieste osservazioni al gravame.