Fatti: A. Con pubblicazione sul foglio ufficiale del Canton Ticino yyy il Comune di X._ ha indetto un concorso, retto dal concordato intercantonale sugli appalti pubblici del 25 novembre 1994/15 marzo 2001 (CIAP; RL 7.1.4.1.3) ed impostato secondo la procedura libera, concernente la realizzazione e l'installazione di tre frangiflutti occorrenti al nuovo porto comunale a Z._. Le disposizioni particolari del capitolato (CPN 102), parte integrante degli atti d'appalto, che non sono stati oggetto di nessuna impugnazione, elencavano i documenti che gli offerenti erano tenuti ad allegare; tra questi figurava il programma dei lavori, che doveva comprendere un diagramma della manodopera (subappaltatori compresi) e indicare le fasi di lavoro, dalle quali dovevano essere a loro volta riconoscibili il percorso critico e le eventuali riserve (posizione n. 252.130). La prescrizione in questione attirava l'attenzione sul fatto che la compilazione carente o l'allestimento incompleto di uno o più documenti richiesti sarebbero stati considerati come una mancata consegna del documento stesso, che avrebbe avuto come conseguenza l'estromissione dell'offerta dalla procedura di aggiudicazione. B. Nel termine impartito, sono giunte alla committente le offerte di quattro ditte, per importi compresi tra fr.... e fr.... Fra queste, c'erano quella del consorzio A._S.p.A. - B._S.r.l., formato dalle due omonime ditte, di fr...., e quella della C._SA, di fr.... Vagliata la situazione, il 21 luglio 2016 il committente ha risolto di assegnare la commessa al consorzio A._S.p.A. - B._S.r.l., primo in graduatoria con 5.73 punti. Contro tale decisione, la C._SA, classificatasi seconda con 5 punti, è insorta davanti al Tribunale cantonale amministrativo il quale, con sentenza del 7 febbraio 2017, ha parzialmente accolto il suo ricorso. Constatato che l'offerta del consorzio aggiudicatario avrebbe dovuto essere esclusa, poiché il programma lavori da esso presentato non conteneva nessuna indicazione sul numero delle maestranze, ha infatti annullato la decisione di aggiudicazione e rinviato l'incarto al committente, affinché decidesse se attribuire la commessa alla C._SA, unica rimasta in gara. Dato che l'offerta della ricorrente superava di circa il 25 % il preventivo del committente, ha infatti considerato di non avere gli elementi necessari per deliberare direttamente le opere alla ricorrente. C. Con ricorso sussidiario in materia costituzionale del 14 marzo 2017 al Tribunale federale, la A._S.p.A. e la B._S.r.l., componenti l'omonimo consorzio, hanno impugnato quest'ultimo giudizio chiedendo che, in riforma dello stesso, la risoluzione del 21 luglio 2016 del Comune di X._ venga convalidata. Nel merito, censurano l'interpretazione data alla posizione n. 252.130 delle CPN 102, che ritengono arbitraria, e sostengono nel contempo che la Corte cantonale abbia travalicato i limiti del potere discrezionale riservatole, ledendo così anche l'art. 16 CIAP. Il Tribunale cantonale amministrativo si è riconfermato nelle motivazioni e nelle conclusioni della propria sentenza. L'opponente ha chiesto che il ricorso sia respinto, mentre il Comune ha ribadito la validità della propria decisione di aggiudicazione, rimettendosi al giudizio di questo Tribunale. Nell'ambito di un ulteriore scambio di scritti, le parti si sono riconfermate le proprie posizioni. In aggiunta alle critiche sollevate con il ricorso, le insorgenti hanno sostenuto che il giudizio impugnato ledesse il vieto del formalismo eccessivo.