Fatti: A. Con sentenza del 12 dicembre 2016, il Tribunale amministrativo ticinese ha annullato il bando di concorso indetto dai Comuni di W._ e X._ per l'aggiudicazione del servizio di raccolta rifiuti. Il 21 aprile 2017, gli stessi Comuni hanno avviato una nuova gara, impostata secondo la procedura libera e sottoposta al concordato intercantonale sugli appalti pubblici del 25 novembre 1994/15 marzo 2001 (CIAP; RL/TI 730.500), relativa al servizio di raccolta rifiuti per il periodo 2018-2021. Il capitolato d'appalto, contro il quale non è stato interposto nessun ricorso, indicava tra l'altro quanto segue: 7. Disposizioni generali per il servizio raccolta rifiuti 7.1 Per la raccolta dei rifiuti solidi urbani dovranno essere impiegati automezzi muniti di benna a compressione del tipo ermetico per impedire la fuoriuscita di liquame; lo chassis deve avere la necessaria garanzia di portata per poter eseguire un servizio rapido senza troppi discarichi. Gli automezzi devono essere sempre disposti al servizio richiesto. 7.2 Per la raccolta di tutti i generi di rifiuti nella variante 1 (intercomunale W._ e X._) dovranno essere impiegati automezzi muniti di pesa automatica per per- mettere la suddivisione dei quantitativi raccolti per singolo Comune per tramite di bollettino elettronico. Nella variante 2 (raccolta individuale per Comune) in assenza di tale apparecchiatura dovrà essere garantita in ogni modo la suddivisione dei quantitativi raccolti per ogni genere e giro di rifiuti. 7.3 Nell'operazione di raccolta, gli operai addetti al servizio dovranno rimettere ordinatamente i contenitori al loro posto. Essi dovranno altresì provvedere alla raccolta di sacchi e rifiuti di ogni genere sparsi per terra e segnalare tempestivamente all'Ufficio tecnico eventuali rotture o danni dei contenitori comunali o delle infrastrutture fisse nei quali sono ubicati. Sacchi non ufficiali non devono essere raccolti ma lasciati in loco e segnalati al rispettivo Ufficio tecnico. 7.4 Durante la raccolta, per quanto possibile, deve essere agevolato il transito degli altri autoveicoli. 7.5 L'Assuntore deve rispettare i limiti di carico vigenti sulle strade comunali v. planimetria allegata, adeguando il tipo di veicolo a seconda della situazione. La pianificazione del giro di raccolta dovrà tenere conto di questa particolarità. Per Via yyy a X._ valgono le disposizioni dell'Ufficio tecnico. 7.6 L'Assuntore è l'unico responsabile di ogni danno provocato a terzi, come ad altri autoveicoli o a proprietà private o pubbliche comprese le pavimentazioni, i manufatti, la segnaletica stradale e le barriere di protezione. 7.7 L'Assuntore deve rispondere in tal senso, tacitando i danneggiati e tenendo sollevato i Comuni da qualsiasi responsabilità. La velocità di lavoro degli automezzi deve essere adattata alle condizioni stradali. 7.8 L'Assuntore deve intervenire a prestare il servizio appaltato secondo le condizioni del presente capitolato e il programma definitivo degli interventi. Quest'ultimo verrà allestito dall'assuntore congiuntamente con i rispettivi Comuni entro inizio settembre di ogni anno, e conterrà l'elenco esatto delle diverse raccolte e delle relative giornate per l'anno seguente, in modo da redigere il relativo calendario informativo a favore degli utenti. 7.9 L'Assuntore deve garantire in ogni momento un veicolo sostitutivo in caso di guasti, incidenti, ecc. 7.10 Deroghe sugli orari di smaltimento dei rispettivi rifiuti sono di specifica competenza dell'assuntore, in tal senso è responsabile l'Assuntore per la richiesta delle necessarie concessioni c/o i rispettivi enti di smaltimento. B. Entro il termine impartito, il committente ha ricevuto due offerte: quella della A._SA e quella di B._, titolare di una ditta individuale di autotrasporti, a quel momento già assuntori del servizio di raccolta rifiuti a W._ rispettivamente a X._. Esaminate le stesse, i committenti hanno deciso di deliberare la commessa a B._, la cui offerta ha ottenuto la nota 5.42. Seconda in graduatoria, l'offerta della A._SA ha invece ottenuto la nota 5.19. Adito su ricorso di quest'ultima, con sentenza del 5 febbraio 2018 il Tribunale cantonale amministrativo ha respinto il gravame, confermando la liceità della delibera e ritenendo a quel punto superfluo esaminare se l'offerta della A._SA andasse esclusa, come chiesto da B._ in risposta. C. Con ricorso sussidiario in materia costituzionale dell'8 marzo 2018, la A._SA ha impugnato quest'ultimo giudizio davanti al Tribunale federale, chiedendo l'annullamento dello stesso e il rinvio dell'incarto all'istanza inferiore, affinché si pronunci di nuovo. Chiamato ad esprimersi, il Tribunale cantonale amministrativo si è riconfermato nelle motivazioni e nelle conclusioni della propria sentenza. La conferma di tale pronuncia è stata domandata anche da B._ e dal Comune di X._.