Fatti: A. A.a. B._S.p.A., C._S.p.A., D._S.r.l., E._S.p.A., F._S.c.a.r.l., G._S.r.l., H._S.p.A. e I._S.p.A. hanno escusso con precetto esecutivo 27 gennaio 2016 dell'Ufficio esecuzione (UE) di Lugano A._ per l'incasso di fr. 127'155'000.-- oltre a interessi. Titoli di credito sono l'ordinanza 20 febbraio 2015 del Tribunale ordinario di Milano e la decisione di exequatur 22 maggio 2015 della Pretura di Lugano. A.b. Avendo l'escusso omesso di interporre opposizione, le società escutenti hanno chiesto la prosecuzione dell'esecuzione. In data 3 marzo 2016 l'UE ha emesso l'avviso di pignoramento per il 5 aprile successivo. Un primo ricorso 14 marzo 2016 di A._ contro l'avviso di pignoramento è stato respinto dalla Camera di esecuzione e fallimenti del Tribunale di appello del Cantone Ticino con sentenza 15 giugno 2016. B. Venuto a conoscenza, nella parallela procedura di accertamento dell'inesistenza del credito posto in esecuzione da lui promossa avanti alla Pretura di Lugano, che le società escutenti avevano in realtà chiesto all'UE di emettere un precetto esecutivo per prestazione di garanzia e non a scopo d'incasso, con ricorso 10 agosto 2016 alla Camera di esecuzione e fallimenti del Tribunale di appello, quale autorità di vigilanza, A._ ha chiesto la restituzione del termine di ricorso contro il precetto esecutivo e l'annullamento dell'esecuzione. Il Tribunale di appello ha respinto la domanda di restituzione del termine e dichiarato irricevibile il ricorso, siccome tardivo, con la qui impugnata sentenza 6 settembre 2016. C. Con allegato 16 settembre 2016, A._ insorge contro la pronuncia cantonale con ricorso in materia civile avanti al Tribunale federale. Chiede, in accoglimento del ricorso, l'annullamento della sentenza impugnata e, di conseguenza, l'annullamento del precetto esecutivo e della relativa procedura esecutiva. Con decreto 17 ottobre 2016, al gravame è stato concesso l'effetto sospensivo. Non sono state chieste determinazioni nel merito.