Fatti: A. La causa trae origine dalle divergenze sorte nel mese di luglio 2011 tra C._, iscritto nel registro di commercio come amministratore unico della A._ SA, e D._ e E._, che asserivano di essere azionisti di maggioranza e organi di fatto, e in quella veste pretendevano di dirigere gli affari e di accedere al conto bancario della società presso F._ SA a Lugano. Di fronte alla resistenza di C._, D._ e E._ hanno inviato una circolare ai clienti per informarli che da quel momento in poi tutti i pagamenti andavano fatti su un nuovo conto presso G._ intestato al loro avvocato a Zurigo B._, il quale ha in seguito effettuato numerosi bonifici su istruzione dei due mandanti. B. Nei mesi di novembre e dicembre 2011 D._ e E._, tramite B._, hanno denunciato C._ per truffa, appropriazione indebita e amministrazione infedele; il 1° dicembre 2011 gli hanno revocato il mandato di amministratore unico ingiungendogli di riconsegnare loro le azioni della A._ SA. C._ ha a sua volta denunciato D._ e B._ per amministrazione infedele aggravata, truffa, appropriazione indebita e riciclaggio di denaro. Nell'ambito di questi procedimenti penali, che sono tutt'ora in corso, sono state sequestrate le azioni della A._ SA rinvenute presso la H._ SA, società di cui C._ è direttore. C. Con petizione del 19 febbraio 2014 la A._ SA, rappresentata da C._, ha convenuto in giudizio B._ davanti al Pretore di Lugano, chiedendo che il convenuto fosse condannato a restituire le somme incassate con le modalità descritte sopra, quantificate in fr. 418'273.87 oltre agli interessi in sede conclusiva. In accogli-mento parziale della petizione il Pretore, con decisione del 31 agosto 2016, ha condannato il convenuto al pagamento della somma chiesta dall'attrice, correggendo però il calcolo degli interessi. Statuendo su appello del convenuto, il 29 marzo 2018 la II Camera civile del Tribunale di appello ticinese ha respinto la petizione dell'attrice nella misura in cui l'ha considerata ricevibile. D. La A._ SA insorge davanti al Tribunale federale con ricorso in materia civile dell'8 maggio 2018; chiede l'annullamento della sentenza d'appello e la conferma di quella del Pretore. Con risposta del 9 luglio 2018 B._ propone di dichiarare il ricorso inammissibile e, in via subordinata, di respingerlo. Le parti hanno presentato scritti di replica e duplica. L'autorità cantonale non ha preso posizione.