Fatti: A. A.a. Il 14 giugno 2009 A._, nato nel 1940, già agente generale dell'Allianz, assicurato facoltativamente contro gli infortuni da Allianz Suisse Società di Assicurazioni SA (di seguito: l'Allianz), stava pescando al largo del Molo di U._, quando la barca di legno su cui si trovava è stata investita da un veliero, che ne ha completamente distrutto lo scafo. Egli è stato scaraventato in acqua. A.b. L'Allianz ha negato con decisione del 15 giugno 2015, confermata su opposizione il 5 gennaio 2016, la propria responsabilità in relazione ai disturbi psichici presentati da A._, ritenuti non costituire una conseguenza dell'evento del 14 giugno 2009. A.c. Adito da A._, il Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino con giudizio del 5 ottobre 2016 ha annullato la decisione su opposizione e rinviato gli atti all'Allianz per approfondimento istruttorio, segnatamente per precisare la perizia amministrativa. Il ricorso in materia di diritto pubblico dell'Allianz è stato respinto dal Tribunale federale con sentenza 8C_740/2016 del 30 marzo 2017. B. B.a. Il 28 aprile 2017 l'Allianz ha ricevuto di nuovo l'intero fascicolo dalla Corte cantonale. Dopo alcuni solleciti dell'opponente, l'Allianz il 30 giugno 2017 ha provveduto a interpellare nuovamente il Servizio di accertamento medico (SAM). Il 12 luglio 2017 il SAM ha reso la sua valutazione. Il 10 agosto 2017 l'Allianz ha comunicato all'assicurato e al SAM la mancata risposta al quesito posto e la necessità di un colloquio con la Dr. med. B._. Nei giorni seguenti è seguito uno scambio di messaggi di posta elettronica tra l'Allianz e il SAM. Il 25 agosto 2017 il SAM ha invitato A._ per un incontro il 25 settembre 2017. L'Allianz con messaggio di posta elettronica del 29 agosto 2017 ha precisato ulteriormente il mandato al SAM. Il 6 ottobre 2017 A._ è stato infine visitato dalla Dr. med. B._, che ha provveduto a rendere il suo referto il 16 novembre 2017. Il 17 gennaio 2018 l'Allianz ha chiesto al patrocinatore di A._ una copia della sentenza penale di condanna del conducente responsabile dell'infortunio. B.b. Il 16 febbraio 2018 l'Allianz ha comunicato per posta elettronica al patrocinatore di A._ di vedersi costretta a provvedere all'esperimento di una perizia esterna. Il medesimo giorno l'Allianz ha incaricato la Dr. med. C._. B.c. Il 21 febbraio 2018 A._ ha presentato un ricorso al Tribunale cantonale delle assicurazioni per "denegata-ritardata giustizia" con la seguente conclusione: 1. È accertata l'esistenza del nesso di causa naturale tra le problematiche di natura psicologica di cui soffre il signor A._ e l'evento infortunistico. Tenuto conto dell'incapacità lavorativa risultante dalla perizia SAM 24.07.2014, Allianz deve riconoscere le conseguenti prestazioni. 1. È accertata l'esistenza del nesso di causa naturale tra le problematiche di natura psicologica di cui soffre il signor A._ e l'evento infortunistico. Tenuto conto dell'incapacità lavorativa risultante dalla perizia SAM 24.07.2014, Allianz deve riconoscere le conseguenti prestazioni. 2. È intimato ad Allianz Suisse di pronunciarsi senza alcun nuovo ritardo in merito ad ogni argomento di cui all'opposizione interposta nei confronti della decisione 25.02.2016. 2. È intimato ad Allianz Suisse di pronunciarsi senza alcun nuovo ritardo in merito ad ogni argomento di cui all'opposizione interposta nei confronti della decisione 25.02.2016. 3. Sulle prestazioni arretrate, vanno riconosciuti gli interessi di mora di cui diritto ex art. 26 cpv. 2 LPGA è stato fatto valere con lettera raccomandata 13.03.2015. B.d. Il 9 maggio 2018 il Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino ha emesso il seguente giudizio: 1. Nella misura in cui è teso ad accertare l'esistenza di una denegata/ritardata giustizia, il ricorso è accolto. §. All'Allianz Suisse Assicurazioni è fatto ordine di emanare - senza indugio - la decisione formale richiesta dall'assicurato. §. All'Allianz Suisse Assicurazioni è fatto ordine di emanare - senza indugio - la decisione formale richiesta dall'assicurato. 2. Non si percepisce tassa di giustizia, mentre le spese sono poste a carico dello Stato. L'Allianz verserà l'importo di fr. 800 (IVA inclusa) a titolo d'indennità per ripetibili. L'Allianz verserà l'importo di fr. 800 (IVA inclusa) a titolo d'indennità per ripetibili. 3. (...; comunicazione e indicazione dei rimedi giuridici) C. L'Allianz presenta un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale con cui chiede l'annullamento del giudizio cantonale. A._, senza presentare osservazioni, propone sonstanzialmente la reiezione del ricorso, mentre la Corte cantonale ha rinunciato a esprimersi.