Fatti: A. Il 20 febbraio 2014 A._ ha domandato al Municipio di X._ di trasmettergli l'elenco delle persone cui era stato richiesto il pagamento delle tasse arretrate relative al rinnovo delle sepolture nel cimitero, comprensiva dei rispettivi importi e delle indicazioni relative al pagamento o meno degli stessi. La domanda di accesso ai documenti era fondata sulla legge cantonale sull'informazione e sulla trasparenza dello Stato, del 15 marzo 2011 (LIT; RL 162.100). B. Il 17 marzo 2014 il Municipio, tramite il proprio patrocinatore, ha negato al richiedente l'accesso ai documenti sollecitati. Preso atto di questo rifiuto, A._ ha ripresentato la domanda il 24 marzo 2014, limitandola alla lista dei nominativi con i relativi indirizzi, rinunciando a chiedere l'accesso ai dati riguardanti i pagamenti. Con decisione del 15 maggio 2014 l'Esecutivo comunale ha nuovamente respinto la domanda. C. Dopo una serie di atti che non occorre qui evocare, con decisione del 21 settembre 2015 la Commissione cantonale per la protezione dei dati ha accolto un ricorso di A._ contro la risoluzione municipale, annullandola e rinviando gli atti all'Esecutivo comunale per l'emanazione di una nuova decisione motivata, dopo avere svolto una corretta procedura secondo gli art. 13 segg. LIT e in particolare concedendo alle persone interessate la possibilità di esprimersi sulla domanda di accesso. D. Con sentenza del 12 dicembre 2017 il Tribunale cantonale amministrativo ha accolto un ricorso del Comune di X._ contro la decisione della Commissione cantonale per la protezione dei dati, annullandola. La Corte cantonale ha contestualmente confermato la risoluzione municipale di diniego dell'accesso all'elenco dei nomi e degli indirizzi delle persone cui era stato richiesto il pagamento della tassa arretrata per il rinnovo delle sepolture nel cimitero. E. A._ impugna questa sentenza con un ricorso in materia di diritto pubblico del 1° febbraio 2018 al Tribunale federale, chiedendo in via principale di annullarla, di concedergli l'accesso ai dati richiesti e di ordinare al Municipio la loro trasmissione. In via subordinata, postula il rinvio degli atti alla precedente istanza, rispettivamente al Municipio, per una nuova decisione nel senso dei considerandi, dopo avere consultato le persone interessate dalla domanda di accesso. Il ricorrente fa valere l'accertamento manifestamente inesatto dei fatti, l'applicazione arbitraria del diritto cantonale e la violazione del diritto di essere sentito. F. La Corte cantonale si conferma nella sua sentenza. La Commissione cantonale per la protezione dei dati si rimette al giudizio del Tribunale federale. Il Comune di X._ chiede in via principale di dichiarare inammissibile il ricorso e in via subordinata di respingerlo. Il ricorrente si è espresso il 7 maggio 2018 sulla risposta dell'autorità comunale.