Fatti: A. A._ è proprietario della particella xxx di 4'549 m2 del Comune di Bellinzona, ubicata nella fascia collinare tra il Castello di Montebello e il Castello di Sasso Corbaro, beni culturali di interesse cantonale censiti nell'inventario degli insediamenti svizzeri da proteggere (ISOS) e patrimonio dell'umanità UNESCO. Il fondo, racchiuso tra la strada comunale che risale il pendio e un sentiero, è attribuito alla "zona residenziale estensiva sottozona E" e si trova all'interno del perimetro di rispetto del nucleo storico di Bellinzona. Su di esso insistono immobili di dimensioni contenute (sub A, B e C). B. Nel novembre 2013 il proprietario ha inoltrato una domanda di costruzione preliminare a titolo informativo, concernente la costruzione di tre stabili di appartamenti collegati da un'autorimessa comune. L'Ufficio dei beni culturali (UBC) e l'Ufficio della natura e del paesaggio (UNP) hanno espresso una valutazione complessivamente positiva, sollevando alcune critiche riguardo all'inserimento paesaggistico dell'accesso veicolare. Il 18 febbraio 2014 il Municipio ha stabilito che il progetto rispettava l'ordinamento comunale, mentre l'accesso all'autorimessa doveva essere rivisto. C. Nel frattempo, con domanda del 14 febbraio 2014, l'istante ha chiesto il permesso di demolire le costruzioni esistenti e realizzare al loro posto tre stabili (A, B e C) di tre livelli fuori terra, collegati a un'autorimessa seminterrata comune. AI progetto si sono opposte, tra altri, B._ e C._, proprietarie di fondi siti nelle vicinanze. I Servizi generali del Dipartimento del territorio hanno preavvisato favorevolmente il progetto, subordinandolo a condizioni. D. Il 16 agosto 2014, l'istante ha presentato una variante. Raccolto l'avviso favorevole dei servizi dipartimentali, il 12 novembre 2014 il Municipio, respinte le opposizioni, ha rilasciato il permesso. Il 25 agosto 2015 il Consiglio di Stato ha accolto un ricorso delle opponenti e ha annullato la licenza edilizia per violazione delle norme sulle altezze. Adito dal proprietario, con giudizio del 21 novembre 2016 il Tribunale cantonale amministrativo ne ha respinto il ricorso. E. Avverso questa sentenza A._ presenta un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiede di annullarla, unitamente a quella del Consiglio di Stato. Non è stato ordinato uno scambio di scritti.