Fatti: A. A.a. A._, nato nel 1979, attivo quale plafonatore, ha inoltrato nel gennaio 2010 una domanda di prestazioni AI per adulti in relazione a una discopatia L2/3 + L5/S1. Con decisione del 10 marzo 2011, passata incontestata in giudicato, l'Ufficio AI del Cantone Ticino (di seguito: UAI), gli ha concesso una rendita d'invalidità intera dal 1° settembre 2010 al 31 gennaio 2011). A.b. A._, che successivamente ha esercitato l'attività di magazziniere a tempo pieno, ha inoltrato nel gennaio 2013 un'ulteriore domanda di prestazioni AI indicando soffrire di lombalgie con radiculopatie L4-L5 dx e vertigini e menzionando come causale l'infortunio del 20 febbraio 2012 e la malattia dal 28 novembre 2012. L'UAI, esperiti gli accertamenti medico amministrativi del caso, con decisione del 27 novembre 2015 ha riconosciuto a A._ una rendita d'invalidità intera dal 1° luglio 2013 al 30 aprile 2015 e un quarto di rendita dal 1° maggio 2015. B. L'8 gennaio 2016 A._ si è aggravato al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino, cui ha chiesto in via principale l'erogazione di una rendita intera d'invalidità anche per il periodo posteriore al 30 aprile 2015 mentre in subordine l'esecuzione di nuovi accertamenti medici. Con giudizio del 22 dicembre 2016 il Tribunale cantonale ha parzialmente accolto il gravame, la decisione del 27 novembre 2015 dell'UAI è modificata nel senso di riconoscere la rendita d'invalidità intera dal 1° febbraio 2012 al 30 aprile 2015, il quarto di rendita dal 1° maggio 2015 è stato confermato. C. L'UAI presenta ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale il 23 gennaio 2017 (timbro postale) chiedendo, previa concessione dell'effetto sospensivo, l'annullamento dei punti 1 e 2 del dispositivo del giudizio cantonale del 22 dicembre 2016 e la conferma della decisione dell'UAI del 27 novembre 2015. Invitato ad esprimersi sul ricorso e sulla domanda di conferimento dell'effetto sospensivo, il 3 febbraio 2017 A._ non si oppone all'effetto sospensivo mentre conclude per la conferma del giudizio cantonale. Il Tribunale cantonale ha rinunciato ad esprimersi e l'Ufficio federale delle assicurazioni sociali non ha presentato osservazioni.