Fatti: A. A._ è proprietaria del fondo xxx di Lugano, di 514 m2, limitrofo al complesso della Chiesa di Santa Maria di Loreto, sul quale sorge un villino, ubicato all'interno di un giardino, edificato nel 1911 su progetto dell'arch. Giuseppe Bordonzotti. L'edificio è stato ristrutturato nel 1929 a opera dell'arch. Giovanni Geiser. Durante la seduta del 12 settembre 2011, il Consiglio comunale ha adottato, con due emendamenti, la variante del piano regolatore relativa ai beni culturali delle Sezioni di Lugano, Castagnola e Bré, che annovera fra quelli d'interesse locale, elencati all'art. 34 lett. c delle norme di attuazione del piano regolatore (NAPR), l'edificio sito sulla particella xxx (L52). Il fondo è inoltre incluso nel perimetro di valorizzazione PV15 e nel perimetro di rispetto cantonale n. 12 relativo alla Chiesa di Santa Maria di Loreto. B. Avverso i citati vincoli A._ è insorta davanti al Consiglio di Stato. Riguardo a quello di bene culturale d'interesse locale, ha lamentato l'insufficienza di motivi atti a suffragarlo e l'assenza di chiare disposizioni volte a definire i contenuti e i limiti della tutela. Ha censurato inoltre una disparità di trattamento in relazione al convento di Santa Maria di Loreto e ad altre proprietà, indicate nell'Inventario federale degli insediamenti svizzeri da proteggere d'importanza nazionale (ISOS), ma escluse dalla variante. Anche riguardo all'inclusione del suo fondo nel PV15 e nel perimetro di rispetto cantonale ha sollevato le medesime censure. C. Adito dalla proprietaria, dopo aver esperito un sopralluogo, con risoluzione yyy del 12 aprile 2017 il Consiglio di Stato ha approvato la variante, apportandovi alcune modifiche, tra le quali la parziale riformulazione dell'art. 34 NAPR e, in parziale accoglimento del ricorso, lo stralcio del PV15. Ha ritenuto proporzionale e sorretto da un sufficiente interesse pubblico il vincolo di bene culturale d'interesse locale e stabilito che il perimetro di rispetto cantonale non comprometterebbe la fruizione attuale e futura dell'immobile, né una sua futura ristrutturazione o trasformazione. Con giudizio del 18 dicembre 2019 il Tribunale cantonale amministrativo ha respinto il ricorso della proprietaria. D. Avverso questa decisione A._ presenta un ricorso in materia di diritto pubblico e un ricorso sussidiario in materia costituzionale al Tribunale federale. Chiede di riformarla nel senso di non considerare il suo fondo quale bene d'interesse locale e di eliminarne la protezione istituita dalla variante di piano regolatore, nonché di estrometterlo dal perimetro di rispetto cantonale. Non è stato ordinato uno scambio di scritti, ma è stato richiamato l'incarto cantonale.