Faits : A. Par jugement du 17 novembre 2015, rectifié le 3 décembre 2015, le Tribunal de police de l'arrondissement de la Broye et du Nord vaudois a reconnu X._ coupable de dénonciation calomnieuse, l'a condamnée à une peine pécuniaire de 40 jours-amende à 10 francs le jour avec sursis pendant deux ans ainsi qu'aux frais et dépens de la procédure, sous réserve de l'assistance judiciaire dont elle bénéficiait. B. Par jugement du 10 mars 2016, la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du Canton de Vaud a confirmé le jugement du Tribunal d'arrondissement et a mis les frais et dépens de la procédure d'appel à la charge de X._. Elle a retenu les faits suivants: Le 7 juin 2014, X._ s'est rendue au poste de police de Cernier (NE) pour déposer une plainte contre A._ en raison d'une altercation qui avait eu lieu le jour précédent au domicile de ce dernier à B._. Lors de son audition, elle a faussement déclaré que A._ lui avait entaillé le bras gauche à plusieurs endroits, au moyen d'un couteau de cuisine. C. X._ interjette un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre le jugement du 10 mars 2016. Elle conclut, avec suite de frais et dépens, à l'annulation du jugement. Principalement, elle demande son acquittement de la prévention de dénonciation calomnieuse et sa libération du paiement des frais de justice des deux instances cantonales. Eventuellement, elle conclut au renvoi de l'affaire à la juridiction précédente pour que celle-ci prononce son acquittement et mette les frais des procédures à la charge de l'Etat. Simultanément, elle sollicite l'octroi de l'effet suspensif à son recours et le bénéfice de l'assistance judiciaire. Elle requiert l'octroi d'une indemnité au sens de l'art. 429 al. 1 CPP en cas de refus de l'assistance judiciaire.