Faits : A. A.a. Par contrat du 27 décembre 1993, C.X._ et B.X._ ont pris à bail, à compter du 1er mars 1994, un appartement de 3,5 pièces de 79 m2 au 2e étage d'un immeuble de 20 logements, construit en 1958, à Morges. L'appartement comprend un salon, deux chambres, un hall, une cuisine avec frigo, une salle de bain/WC et un balcon; les fenêtres n'ont pas de double vitrage. Le loyer mensuel net était de 1'155 fr., auquel s'ajoutait un acompte de 70 fr. pour le chauffage et l'eau chaude. A._ a acquis la propriété de cet appartement le 28 mars 2001. A.b. La bailleresse a consenti, le 29 novembre 2002, à baisser le loyer au montant de 1'000 fr., plus l'acompte de 70 fr. pour les charges, à compter du 1er avril 2003, compte tenu de la baisse du taux hypothécaire de 4,5 à 3,75%, compensée en partie par l'évolution de l'IPC du mois de septembre 2000 (107.7) au mois d'octobre 2002 (108.7). Trois nouvelles demandes de baisse de loyer ont été présentées par les locataires en mars 2011, février 2012 et août 2012, lesquelles ont été refusées par la bailleresse, au motif que le montant actuel du loyer correspondait aux loyers pratiqués dans le quartier. B. Le 20 décembre 2012, les locataires ont présenté une nouvelle demande de baisse de loyer au montant de 870 fr. 03 à compter du 1er avril 2013, en invoquant la baisse du taux hypothécaire de 3,75% à 2,25% et la hausse de l'IPC (différence de 1,5% impliquant une baisse de loyer de 15,25%, corrigée par l'IPC de 2,32%). La bailleresse n'y a pas répondu. Le 7 février 2013, les locataires ont saisi la commission de conciliation en matière de baux à loyer, puis, la conciliation ayant échoué et une autorisation de procéder leur ayant été délivrée, ont déposé leur demande en diminution de loyer devant le Tribunal des baux du canton de Vaud le 11 avril 2013, concluant à ce que leur loyer mensuel soit fixé à 871 fr. 50, charges en sus, dès le 1er avril 2013. La bailleresse a conclu au rejet de la demande, prenant en plus des chefs de conclusions en constatation et formulant des réserves. Le 9 octobre 2013, la présidente du tribunal des baux a invité la bailleresse à fournir différents titres, notamment: " l'adresse et la désignation précise de cinq ou six appartements de comparaison de pièces situés dans la localité ou le quartier, satisfaisant aux critères de l'art. 11 al. 1 OBLF (logements comparables à la chose louée quant à l'emplacement, la dimension, l'équipement, l'état et l'année de construction) et de la jurisprudence du Tribunal fédéral " et " tous justificatifs des caractéristiques de ces appartements ". Par jugement du 16 mai 2014, le Tribunal des baux a admis la demande et fixé le loyer au montant demandé par les locataires, sur la base du taux d'intérêt hypothécaire de 2,25% et de l'indice suisse des prix à la consommation de 115.00 points (décembre 2012; base: 1993). Il a rejeté le moyen que la bailleresse avait tiré des loyers usuels du quartier. Statuant le 9 janvier 2015, la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal a rejeté l'appel de la bailleresse et confirmé le jugement de première instance, par substitution de motifs. C. Contre cet arrêt, la bailleresse a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral le 25 mars 2015, concluant principalement, sur le fond, au rejet de la demande et, subsidiairement, à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Elle prend en sus des chefs de conclusions en constatation et formule des réserves. Elle invoque la violation des art. 56 et 247 al. 2 CPC (devoir d'interpellation et établissement d'office des faits), des art. 53 al. 1 CPC, 29 al. 2 Cst., 6 par. 1 et 13 CEDH (procès équitable et droit d'être entendu), une constatation inexacte des faits sur un point (art. 97 al. 1 LTF; 9 Cst.) et la violation des art. 269a let. a CO et 11 OBLF. C.X._ est décédé le 18 avril 2015 et ses héritiers, à savoir son épouse et son fils, ont remplacé celui-ci à la procédure. Ils ont produit un certificat d'héritiers. Par ordonnance présidentielle du 18 juin 2015, il a été constaté que le recours a effet suspensif de plein droit (le jugement de diminution de loyer étant constitutif et les locataires devant, par conséquent, continuer à payer le loyer précédent). Les parties ont encore chacune déposé des observations.