Faits : A. Par ordonnance pénale du 9 février 2016 du Ministère public de la République et canton de Genève, A._, gendarme, a été reconnu coupable d'abus d'autorité (art. 312 CP) et de faux dans les titres commis dans l'exercice de fonctions publiques (art. 317 ch. 1 al. 2 CP). Le prévenu a formé opposition. Le Procureur ayant maintenu sa décision, la cause a été transmise au Tribunal de police. Le 20 juillet 2016, la Présidente de cette autorité a convoqué le prévenu à l'audience du 14 septembre 2016. Par courrier du 4 août 2016, l'avocat du prévenu, Me Robert Assaël, a demandé le report de cette audience, aux motifs qu'il était convoqué à cette même date devant le Tribunal correctionnel dans une autre cause et qu'il souhaitait cependant assister personnellement A._ le moment venu. Cette requête a été rejetée le 9 août 2016 par la Présidente; elle a notamment retenu que les audiences ne pouvaient pas être déplacées en fonction des souhaits des avocats, ceux-ci pouvant, le cas échéant, se faire remplacer. B. Le 31 août 2016, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice de la République et canton de Genève a déclaré irrecevable le recours intenté par A._ contre cette décision. Elle a considéré que le prévenu ne subissait aucun préjudice irréparable dès lors que, s'il ne devait pas être satisfait du jugement sur opposition, il pourrait former appel et soulever dans ce cadre tous ses griefs. Elle a également relevé qu'il ne lui appartenait pas de déterminer quels intérêts l'avocat devait faire primer, notamment entre ceux d'un prévenu ou ceux de parties plaignantes; le mandataire avait au demeurant la possibilité de se faire remplacer, voire de "s'absenter de [l'autre audience], le temps nécessaire pour assister personnellement son client" A._. C. Par acte du 5 septembre 2016, A._ forme un recours en matière pénale contre cet arrêt, concluant à son annulation et au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision. A titre superprovisionnel, il demande en substance l'annulation de l'audience du 14 septembre 2016 et le report de toute fixation de séance jusqu'à droit connu sur le présent recours. Le 7 septembre 2016, la cour cantonale et le Ministère public ont en substance renoncé à déposer des déterminations, notamment quant à la demande de mesures provisionnelles.