Faits : A. A.a. Depuis février 2008, Z._ (ci-après: l'employé), maçon spécialisé dans les travaux acrobatiques, a travaillé pour X._ Sàrl (ci-après: l'employeuse), société inscrite au registre du commerce genevois et dont l'un des associés gérants est A._. La majeure partie de l'activité de cette société consiste en des travaux de maçonnerie, soit une activité visant le gros oeuvre. En 2012, l'employé, qui avait déjà travaillé pour l'employeuse de 2008 à 2010, puis en 2011, a signé un nouveau contrat de travail avec celle-ci, établi sur une formule de la Convention collective de travail romande du second oeuvre (CCT SOR) et dans lequel il était indiqué que l'employé percevait un salaire horaire de 45 fr. L'employé a été en incapacité de travail depuis le 14 décembre 2012. Le 18 janvier 2013, la Commission paritaire des métiers du bâtiment second oeuvre a indiqué à l'employé que l'activité de la société employeuse ne relevait pas du second oeuvre. B. B.a. Estimant, sur la base de la CCT SOR, qu'il avait droit à des prestations supérieures à celles qu'il avait reçues, l'employé (ci-après également: le demandeur), au bénéfice d'une autorisation de procéder, a conclu, le 27 mars 2013, à ce que A._ et X._ Sàrl soient condamnés, conjointement et solidairement, au paiement avec intérêts à 5% l'an dès le 1er août 2010 des montants de 33'151 fr. 52 à titre d'indemnité pour vacances non prises, 15'394 fr. 50 à titre d'indemnité pour jours fériés, 25'954 fr. 15 à titre de 13e salaire, 12'400 fr. à titre d'indemnité forfaitaire de frais, 6'231 fr. 49 à titre de contribution à la retraite anticipée, 117'362 fr. 67 à titre de salaires, vacances, 13e salaire et participation à la retraite anticipée durant les périodes de demeure de l'employeuse, et 744 fr. 60 à titre de salaire maladie en décembre 2012. Il a encore conclu à la condamnation de ses parties adverses à lui fournir un certificat de travail conforme aux exigences légales et une attestation LACI conforme à ses revenus. Considérant que la CCT SOR ne s'applique pas, A._ et X._ Sàrl ont conclu au déboutement de l'employé et au constat que le premier d'entre eux n'avait pas la qualité pour défendre. Le 18 novembre 2013, l'employé a déposé un projet de certificat de travail intermédiaire que les deux parties adverses ont accepté. B.b. Par décision du 15 mai 2014, le Tribunal des prud'hommes du canton de Genève a déclaré la demande recevable (ch. 1 du dispositif) et dit que A._ n'avait pas la qualité pour défendre (ch. 2). Admettant que la CCT SOR était applicable, il a condamné X._ Sàrl à payer à l'employé les sommes brutes de 32'211 fr.05, 11'814 fr.38, 25'620 fr., 9'223 fr.75 et 5'973 fr.56, intérêts en sus (ch. 3 à 7), invité les parties qui en avaient la charge à opérer les déductions sociales, légales et usuelles (ch. 8), à délivrer un certificat de travail conforme au projet de l'employé (ch. 9), ainsi qu'une attestation LACI conforme à ses revenus (ch. 10), et il a débouté les parties de toutes autres conclusions (ch. 11). L'employeuse et l'employé ont chacun formé appel de cette décision. Par arrêt du 2 avril 2015, la Chambre des prud'hommes de la Cour de justice du canton de Genève a annulé les chiffres 2 à 8 du jugement entrepris, rejeté (sur le fond) les conclusions prises par l'employé contre A._ (celui-ci n'ayant pas la qualité pour défendre), et, retenant que la CCT Construction était applicable, elle a débouté l'employé de ses conclusions en paiement dirigées contre la société employeuse au motif que les montants qu'il avait déjà perçus étaient largement supérieurs à ceux dus sur la base de la CCT Construction; elle a confirmé le jugement entrepris en tant qu'il concernait les parties du dispositif visant le certificat de travail (ch. 9) et l'attestation LACI (ch. 10), et débouté les parties de toutes autres conclusions. B.c. Le Tribunal fédéral, par arrêt du 9 septembre 2015 (cause 4A_252/2015), a partiellement admis le recours formé par l'employé, annulé l'arrêt cantonal attaqué en tant qu'il concernait la société employeuse et renvoyé la cause à l'instance précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants. L'arrêt attaqué a été confirmé en tant qu'il concernait A._. En substance, le Tribunal fédéral a relevé que si la cour cantonale avait jugé que la CCT Construction était applicable entre les parties, elle avait éludé la question centrale de l'existence valable d'un accord des parties prévoyant que le salaire convenu englobait les vacances, les jours fériés et les autres prestations accessoires (cette question ayant été tranchée de façon négative par les premiers juges). Ce point faisait pourtant précisément l'objet des conclusions de l'employé. La Cour de céans a toutefois laissé indécise la question de savoir si la cour cantonale avait refusé de statuer ou violé son devoir de motiver. B.d. Les parties ont été invitées à se déterminer à la suite de l'arrêt rendu par le Tribunal fédéral. S'agissant des points encore litigieux, l'employé a conclu à la condamnation de l'employeuse à lui verser 32'211 fr.05, intérêts en sus (salaire afférent aux vacances), 14'692 fr.92, intérêts en sus (indemnité pour les jours fériés) et 25'608 fr.92, intérêts en sus (treizième salaire). L'employeuse a conclu au rejet de la demande. Par arrêt sur renvoi du 19 février 2016, la cour cantonale, procédant à l'interprétation de l'accord conclu entre les parties, est arrivée à la conclusion que le salaire convenu n'incluait pas l'indemnité pour jours fériés, le treizième salaire et le salaire afférent aux vacances (ci-après également: les prétentions litigieuses). Elle a alors condamné l'employeuse à verser à l'employé les montants bruts de 10'502 fr.45, intérêts en sus (indemnité pour jours fériés), de 32'211 fr.05, intérêts en sus (salaire afférent aux vacances) et de 25'608 fr.92, intérêts en sus (treizième salaire). C. L'employeuse exerce un recours en matière civile contre l'arrêt cantonal du 19 février 2016. Elle conclut, sous suite de frais et dépens, à son annulation et à ce que l'employé soit débouté de toutes ses conclusions, subsidiairement, à ce que la cause soit renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision. La recourante invoque une violation des art. 1 et 18 CO, ainsi qu'une appréciation arbitraire des preuves (art. 9 Cst.). La recourante a également requis que l'effet suspensif soit accordé à son recours. L'employé (intimé) conclut au rejet de la requête d'effet suspensif et, sur le fond, à la confirmation de l'arrêt attaqué, sous suite de frais et dépens. La recourante a encore déposé des observations.