Faits : A. A.a. Le 3 décembre 2014, X._, conducteur de taxi, a fait l'objet d'un contrôle de son activité professionnelle alors qu'il était en attente de clients à la station officielle des taxis sise à Lausanne. Les disques du tachygraphe, pour la période de ses activités comprises entre le 1er novembre et le 3 décembre 2014, ont été saisis. La police a établi le 22 avril 2015 un rapport circonstancié sur les constatations effectuées le 3 décembre 2014, ainsi que sur les résultats provenant de l'analyse des enregistrements mécaniques de l'appareil tachygraphe. A.b. Le 12 mai 2015, le Service des automobiles et de la navigation du canton de Vaud (SAN) a informé X._ qu'il entendait prononcer à son encontre une mesure de retrait du permis de conduire au vu des événements constatés le 3 décembre 2014; il envisageait notamment de retenir l'infraction de "conduite en état de fatigue". La procédure a été suspendue le 4 juin 2015 jusqu'à droit connu sur l'issue de la cause pénale, étant précisé par les autorités administratives que l'état de fait serait établi par le juge pénal et que X._ était invité à faire valoir ses moyens devant celui-ci. A.c. Par ordonnance pénale du 14 septembre 2015, le Préfet de Lausanne a reconnu le prévenu coupable d'infraction simple à la loi fédérale du 19 décembre 1958 sur la circulation routière (LCR; RS 741.01; art. 29 LCR, 3 al. 4 let. a, 57 al. 1 [dans sa teneur jusqu'au 31 décembre 2015 (RO 1962 1409; 2015 2451)] de l'ordonnance du 13 novembre 1962 sur les règles de la circulation routière [OCR; RS 741.11], 100 al. 1 let. b de l'ordonnance du 19 juin 1995 concernant les exigences techniques requises pour les véhicules routiers [OETV; RS 741.41], 14 al. 1 et 2, 21 al. 2 let. d de l'ordonnance du 19 juin 1995 sur la durée du travail et du repos des conducteurs professionnels de véhicules automobiles [OTR 1; RS 822.221], 6 al. 1, 7 al. 1, 8 al. 2 et 4, 9 al. 1 de l'ordonnance du 6 mai 1981 sur la durée du travail et du repos des conducteurs professionnels de véhicules légers affectés au transport de personnes et de voitures de tourisme lourdes [OTR 2; RS 822.222] et 46 du règlement intercommunal du 1er novembre 1964 sur le service des taxis de l'arrondissement de Lausanne [RIT; version en vigueur au 1er février 2013]). En application des art. 106 CP, 352 ss CPP, 93 al. 2 LCR, 96 OCR, 21 al. 2 OTR 1, 28 al. 1 OTR 2 et 97 RIT, il l'a condamné au paiement d'une amende de 1'000 francs. Cette ordonnance n'a pas été contestée. A.d. Par décision du 15 octobre 2015, le SAN a ordonné le retrait du permis de conduire de X._ pour une durée de douze mois en raison de la commission d'une infraction grave (art. 16c al. 1 let. c LCR) et du retrait du permis de conduire pour infraction grave de trois mois entre le 12 février et le 11 mai 2011 (art. 16c al. 2 let. c LCR). L'autorité a retenu "la conduite en état de fatigue (utilisation incorrecte de l'appareil tachygraphe analogique, inscriptions manuscrites erronées sur le disque tachygraphe, dépassement du temps de travail hebdomadaire, dépassement du temps de conduire journalier, pauses de travail non-respectées) " pour les faits commis le 3 décembre 2014, tels qu'exposés dans l'ordonnance pénale. A la suite de la réclamation formée par l'intéressé, le SAN a confirmé sa décision le 26 novembre 2015. B. Par arrêt du 28 avril 2016, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal vaudois a rejeté le recours intenté par X._ contre cette décision. C. Par acte du 30 mai 2016, X._ forme un recours en matière de droit public contre cet arrêt, concluant à sa réforme dans ce sens qu'aucune mesure administrative ne soit rendue à son encontre et, à titre subsidiaire, au prononcé d'un avertissement. Encore plus subsidiairement, il demande son annulation et le renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle instruction et nouvelle décision dans le sens des considérants. Il sollicite également l'octroi de l'effet suspensif. L'autorité précédente a conclu au rejet du recours, renonçant à se déterminer sur l'effet suspensif. Le SAN ne s'y est pas opposé. L'Office fédéral des routes a conclu au rejet du recours. La cour cantonale et le SAN ont produit leur dossier respectif, le second contenant une copie du dossier pénal. Par décision présidentielle du 13 juin 2016, le Président de la Ire Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif.