Faits : A. Par jugement du 19 novembre 2014, le Tribunal de police de l'arrondissement de La Côte, statuant sur opposition à l'ordonnance pénale du 12 mars 2014, a notamment condamné A._ pour voies de fait, injure et violation grave des règles de la circulation routière et libéré ce dernier des chefs de menaces et menaces qualifiées. Il a également libéré X._ des chefs de menaces et de menaces qualifiées à l'endroit de A._, rejeté les conclusions de X._ tendant à l'allocation d'une indemnité selon l'art. 429 al. 1 let. a CPP et mis les frais de procédure, arrêtés à 5'575 fr., à raison de 2'000 fr. à la charge de A._ et de 500 fr. à la charge de X._, le solde étant laissé à la charge de l'Etat. B. Saisie d'un appel de X._ portant sur la seule question des frais et de l'indemnité, la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal vaudois l'a rejeté par jugement du 20 janvier 2015 et a confirmé la décision de première instance, mettant les frais d'appel de 770 fr. à la charge de la recourante. C. X._ forme un recours en matière pénale auprès du Tribunal fédéral contre la décision cantonale et conclut à sa réforme en ce sens que l'Etat de Vaud lui verse un montant de 2'600 fr. au titre d'indemnité selon l'art. 429 al. 1 let. a CPP pour la procédure de première instance et une indemnité de 1'323 fr. pour la procédure cantonale d'appel, les frais étant laissés à la charge de l'Etat. Elle sollicite en outre l'octroi de l'assistance judiciaire. Tant le Ministère public que la cour cantonale ont renoncé à se déterminer, se référant à la décision entreprise.