Faits : A. A.a. A.A._, né en 1954, et B.B._ née en 1964, se sont mariés à Cologny (Genève) le 7 août 1998. Les époux n'ayant pas conclu de contrat de mariage, ils sont soumis au régime matrimonial de la participation aux acquêts. A.b. Le 22 mars 2002, les époux ont acquis un appartement en triplex de 300 m 2 habitables, avec un jardin de 180 m 2, ainsi que deux places de parc intérieures, sis dans une copropriété de la commune de X._ (Genève), pour un prix de 1'100'000 fr. Il résulte de l'acte notarié et de la facture du notaire que ce prix de vente ne comprend pas les plus-values convenues entre les parties, soit des travaux supplémentaires de 61'000 fr., le rachat d'une cédule hypothécaire de 850'000 fr. moyennant le remboursement des frais de constitution de 10'200 fr., ainsi que les frais et honoraires du notaire de 50'243 fr. 80. Les époux sont inscrits au Registre foncier en tant que copropriétaires du bien immobilier à raison de la moitié chacun. Cette acquisition a été financée par un emprunt hypothécaire de 910'000 fr., dont les époux sont codébiteurs solidaires, lequel a été porté par la suite à 1'010'000 fr., sans toutefois que l'affectation du crédit supplémentaire ait été établie, et par un versement anticipé de 310'950 fr. de l'institution de prévoyance professionnelle de l'époux. Il est admis que, sur ce montant, seuls 69'589 fr. 80 ont été accumulés après le mariage, de sorte qu'un montant de 241'360 fr. correspond à des avoirs constitués avant le mariage. L'amortissement est assuré de manière indirecte par deux polices d'assurance-vie conclues par A.A._ et une police d'assurance-vie contractée par B.A._ auprès d'une compagnie d'assurance, nanties en faveur de cette dernière. A.A._ a été libéré du paiement des primes concernant l'une des assurances qu'il a conclues. A.A._ s'acquitte des charges relatives à l'appartement, lesquelles s'élèvent à 4'647 fr. 60 par mois (soit 2'525 fr. d'intérêts hypothécaires, 1'157 fr. 80 de charges de copropriété, et 964 fr. 80 de primes d'assurance-vie liées payées à titre d'amortissement indirect). Les parties ont convenu que la valeur actuelle de cet appartement est de 2'600'000 fr. B. B.a. Par jugement du 30 janvier 2013, le Tribunal de première instance du canton de Genève a notamment dissous par le divorce le mariage contracté par A.A._ et B.A._, attribué à l'époux la propriété exclusive de l'appartement sis à X._, ordonné la modification des inscriptions du Registre foncier en conséquence, et condamné le mari à verser à l'épouse, à titre de liquidation du régime matrimonial, la somme de 696'939 fr. Le Tribunal de première instance a attribué l'appartement de X._ à A.A._ pour la valeur de 2'600'000 fr. convenue entre les parties, dont à déduire le versement anticipé de sa caisse de prévoyance professionnelle en 310'950 fr. et l'emprunt hypothécaire de 1'010'000 fr. Le solde de 1'279'050 fr. devait être partagé par moitié, soit 639'525 fr. par époux, montant à intégrer dans les différentes masses des conjoints. B.b. A.A._ a appelé de ce jugement devant la Cour de justice du canton de Genève, concluant notamment à ce qu'il lui soit donné acte de son engagement de verser 138'609 fr. 75 à B.A._ à titre de liquidation du régime matrimonial. Statuant par arrêt du 13 février 2014, expédié le 4 mars 2014, la Cour de justice a réformé le jugement entrepris en ce sens que A.A._ est condamné à verser à B.A._, à titre de liquidation du régime matrimonial, la somme de 680'926 fr. C. Par acte du 4 avril 2014, A.A._ exerce un recours en matière civile contre cet arrêt. Il conclut principalement à sa réforme en ce sens qu'il est condamné à verser à B.A._, à titre de liquidation du régime matrimonial, la somme de 400'302 fr. 40. Subsidiairement, il sollicite le renvoi de la cause à la juridiction précédente ou de première instance pour nouvelle décision. Il se plaint de la violation des art. 206 et 209 CC. B.A._, qui s'est déterminée spontanément sur le fond de la cause, conclut au rejet du recours. La Cour de justice se réfère aux considérants de son arrêt. D. Par ordonnance du 3 juin 2014, le Président de la Cour de céans a accordé l'effet suspensif au recours. E. Le 29 janvier 2015, le Tribunal fédéral a délibéré sur le recours en séance publique. Le dispositif du présent arrêt a été lu à l'issue de la séance.