Faits : A. X._ SA est sise à A._, dans le canton de Vaud, et a pour but statutaire d'effectuer des opérations immobilières. Le 2 octobre 2008, elle a acquis un immeuble, situé à Bienne, pour un montant de Fr. 4'550'000 fr. Elle a revendu ce bien en date du 20 décembre 2010 pour le prix de Fr. 6'300'000 fr. Par décision de taxation par appréciation du 10 octobre 2011, le contribuable n'ayant pas remis sa déclaration d'impôt, l'Intendance des impôts du canton de Berne (ci-après: l'Intendance des impôts) a fixé le gain immobilier imposable à 1'750'000 fr. et l'impôt sur le gain immobilier à 906'201 fr. 65, y compris une majoration de 35% pour une durée de possession inférieure à trois ans. Admettant partiellement la réclamation de X._ SA, le 7 juin 2012, l'autorité de taxation a réduit le gain immobilier imposable à 1'157'300 fr. et a fixé l'impôt sur le gain immobilier à 593'359 fr. 05, tout en confirmant la majoration de 35%. La Commission des recours en matière fiscale du canton de Berne a confirmé cette décision sur réclamation en date du 23 septembre 2014. B. Par arrêt du 20 avril 2015, le Tribunal administratif du canton de Berne (ci-après: le Tribunal administratif) a rejeté le recours de X._ SA. Il a conclu que l'art. 147 de la loi bernoise du 21 mai 2000 sur les impôts (LI; RS/BE 661.11) n'avait pas été violé, la société n'ayant pas prouvé une absence d'intention spéculative, même accessoire, au moment de l'acquisition de l'immeuble, condition nécessaire pour renoncer à la majoration de l'impôt de 35%. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ SA demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, principalement, d'admettre que l'application de l'art. 147 LI par le Tribunal administratif viole l'art. 12 al. 5 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID ou la loi sur l'harmonisation fiscale; RS 642.14), ainsi que le droit fédéral, subsidiairement, de retenir que l'arrêt du 20 avril 2015 du Tribunal administratif est arbitraire selon l'art. 9 Cst. et d'annuler ledit arrêt. L'Intendance des impôts conclut au rejet du recours sous suite de frais. Le Tribunal administratif fait de même implicitement. L'Administration fédérale des contributions a indiqué qu'elle ne se prononçait pas sur les questions relevant uniquement du droit cantonal, à l'instar de l'impôt sur les gains immobiliers. X._ SA a fait savoir, par écriture du 28 septembre 2015, qu'elle n'avait pas d'observations supplémentaires à déposer.