Faits : A. A._ est propriétaire d'une entreprise agricole qu'il exploite personnellement et dont le centre d'exploitation se trouve au lieu-dit " W._ ", immeuble feuillet xxx du ban de X._. Le 31 janvier 2013, il a acquis lors d'une vente aux enchères publiques l'immeuble feuillet yyy du ban de Y._, d'une surface de 50'299 m 2, pour le montant de 400'000 fr. Après avoir requis une expertise du Service de l'économie rurale de la République et canton du Jura (ci-après: le Service de l'économie rurale), afin de déterminer si la distance entre le centre de l'entreprise agricole de A._ et la parcelle convoitée était usuelle dans la localité, la Commission foncière rurale du même canton (ci-après: la Commission foncière) a, par décision du 26 mars 2013, confirmée par décision sur opposition du 7 juin 2013, rejeté la requête d'autorisation d'acquérir de A._ au motif que l'immeuble en cause était situé hors du rayon d'exploitation usuel de son entreprise. B. Par arrêt du 2 avril 2015, le Tribunal cantonal de la République et canton du Jura (ci-après: le Tribunal cantonal) a rejeté le recours de A._, après avoir demandé deux compléments d'expertise au service susmentionné. Il a jugé en substance que la parcelle yyy du ban de Y._, distante d'environ 7.5 km du centre d'exploitation de l'intéressé, ne se situait pas dans le rayon d'exploitation usuel pour la localité de X._ et sa couronne, qui était inférieur à 6 km. Même en faisant abstraction de ce rayon, l'autorisation d'acquérir ne pouvait pas être délivrée, car les frais de transport par rapport au rendement net étaient de l'ordre de 27.5 % à 29 %; or, la jurisprudence considérait que les frais de transport n'étaient plus raisonnables lorsqu'ils représentaient 25 à 30 % du rendement net. Finalement, après avoir comparé la situation de A._ avec celles d'autres paysans, le Tribunal cantonal a considéré que les conditions d'un éventuel droit à l'égalité dans l'illégalité n'étaient pas réunies. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du 2 avril 2015 du Tribunal cantonal et de l'autoriser à acquérir l'immeuble feuillet yyy du ban de Y._, de renvoyer la cause à cette autorité afin qu'elle statue sur le sort des frais et dépens de la procédure cantonale; subsidiairement, de renvoyer la cause au Tribunal cantonal pour qu'il statue sur la cause après une nouvelle expertise au sens des considérants. La Commission foncière rurale et le Tribunal cantonal concluent au rejet du recours. L'Office fédéral de la justice a déclaré ne pas avoir d'observations particulières à formuler. A._ s'est encore prononcé par écriture du 17 août 2015.