Faits : A. A._ travaille comme enseignant pour l'Etat de Vaud depuis le 1 er août 2012. A ce titre, il est assuré obligatoirement contre le risque d'accident auprès de Mutuel Assurances SA. Dans une déclaration d'accident-bagatelle LAA du 7 juin 2013, son employeur a annoncé à Mutuel Assurances SA que l'assuré avait subi une déchirure du genou droit le 25 avril 2013, décrivant en ces termes le déroulement des faits: "en voulant changer de direction, la jambe est restée droite et le genou a craqué". Le 30 avril 2013, l'assuré a consulté la doctoresse B._, spécialiste en médecine interne générale, qui a posé le diagnostic de contusion du genou droit à la suite d'un trauma du genou "en jouant au foot". Le cas a été pris en charge par l'assureur-accidents. Une imagerie par résonance magnétique (IRM) du genou a été pratiquée le 29 mai 2013 par le docteur C._, spécialiste FMH en radiologie, lequel a fait état d'une déchirure complète du ligament croisé antérieur (LCA) et de plusieurs contusions osseuses. L'assuré a informé l'assureur-accidents qu'il avait déjà subi une déchirure partielle du LCA le 8 mai 2011 également en jouant au football. Un traitement conservateur avait alors été proposé. Le 10 septembre 2013, le docteur D._, médecin adjoint au département locomoteur de l'Hôpital E._, médecin du sport, a informé Mutuel Assurances SA qu'il avait reçu l'assuré en consultation le 21 mai 2013. Il a fait état d'une re-rupture du LCA droit et indiqué qu'une intervention était prévue. L'assuré a subi une plastie du LCA droit aux tendons ischiojambiers le 6 janvier 2014 réalisée par le docteur F._, chef de clinique au service d'orthopédie et de traumatologie de l'Hôpital E._. Le 31 janvier 2014, l'Hôpital E._ a transmis à Mutuel Assurances SA un rapport du 1 er juin 2011 établi par les docteurs G._ et H._, respectivement professeur associé et médecin assistant au service de radiodiagnostic et radiologie interventionnelle de l'Hôpital E._, relatif à une IRM du genou droit de l'assuré et concluant à une déchirure en plein corps du LCA proximal et une contusion osseuse du condyle fémoral externe et du plateau externe postérieur du tibia, sans trait de fracture visible. Mutuel Assurances SA a soumis le cas à son médecin-conseil, le docteur I._, spécialiste FMH en chirurgie orthopédique, lequel a considéré que la relation de causalité naturelle entre l'événement mineur survenu le 25 avril 2013 et l'intervention chirurgicale du 6 janvier 2014 paraissait hautement, voire très hautement improbable (cf. rapport du 16 mars 2014). Par décision du 31 mars 2014, confirmée sur opposition le 10 septembre 2014, Mutuel Assurances SA a refusé de prendre en charge les conséquences des troubles de l'assuré au genou droit, postérieurement au 30 juin 2013. B. A._ a déféré cette décision sur opposition à la Chambre des assurances sociales de la Cour de justice du canton de Genève. Le 5 mai 2015, le juge instructeur a soumis un questionnaire au docteur D._, lequel a répondu le 13 mai 2015. Par arrêt du 9 novembre 2015, la juridiction cantonale a admis le recours, annulé la décision sur opposition du 10 septembre 2014 et condamné Mutuel Assurances SA à reprendre le versement des prestations dues au recourant au-delà du 30 juin 2013. C. Mutuel Assurances SA interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont il demande l'annulation. Tant A._ que l'Office fédéral de la santé publique (OFSP) ont renoncé à se déterminer.