Faits : A. Dans le cadre d'une enquête pénale dirigée notamment contre Y._, le Ministère public de la Confédération a ordonné, le 9 juin 2011, le séquestre d'un compte bancaire détenu par la société X._ AG, dont le prévenu était l'administrateur, auprès de la Banque Z._ SA, à O._; cette mesure a été confirmée dans son principe, mais limitée dans son montant par décision du 12 octobre 2011 de la Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral. Par courriers des 23 septembre, 2 octobre et 3 novembre 2015, A._ Limited a requis la levée du séquestre portant sur les avoirs détenus sur ce compte dont elle avait revendiqué la propriété dans la procédure de faillite de X._ AG. Le 2 décembre 2015, le Ministère public de la Confédération a refusé de faire droit à cette requête. Le 19 septembre 2016, la Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral a déclaré irrecevable le recours formé contre cette décision par A._ Limited. B. Agissant par la voie du recours en matière pénale, A._ Limited demande au Tribunal fédéral de réformer la décision de la Cour des plaintes en ce sens que le séquestre du compte de X._ AG en liquidation auprès de la Banque Z._ SA est levé. Elle conclut subsidiairement à l'annulation de la décision attaquée et au renvoi de l'affaire à l'autorité précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Les intimées concluent au rejet du recours. La Cour des plaintes et le Ministère public de la Confédération se réfèrent à la décision attaquée.