Faits : A. Le 2 juin 1986, le Conseil d'Etat du canton de Genève a adopté le plan localisé de quartier n° 27770-540 (ci-après: le PLQ) couvrant un périmètre traversé par le chemin de Blandonnet, situé entre les routes de Pré-Bois et de Meyrin et les voies de chemin de fer Genève-Aéroport et Genève-La Plaine, dans la commune de Vernier. Situé en zone de développement 3, à proximité des citernes de stockage d'hydrocarbures de la société C._ SA, le PLQ prévoyait la réalisation successive de plusieurs bâtiments destinés à des activités de services avec un hôtel, un centre commercial et un parking souterrain. La réalisation de ce PLQ a donné lieu à la construction, entre 1995 et 2010, de trois immeubles par la société A._ SA. Le premier (immeuble DEF), propriété de D._; le second (immeuble ABC), propriété de B._ SA; le troisième (immeuble GHI) a fait l'objet de plusieurs autorisations. Le 2 juillet 2004, l'Etat de Genève et A._ SA ont passé une convention permettant de transférer, en faveur des deux parcelles concernées par l'immeuble GHI, une partie (soit 8'500 à 10'500 m2) des droits à bâtir des parcelles n° 3600 et 4618, situées à l'extrémité sud-est du secteur. Le 1er mars 2011, A._ SA a déposé une demande préalable d'autorisation de construire un immeuble (ci-après: l'immeuble J) comprenant des locaux administratifs, une zone d'activité, un parking souterrain, une halte CFF, la couverture des voies ainsi qu'un hôtel sur les parcelles n° 3600 et 4618. Le projet, qui constitue la dernière phase de réalisation du PLQ, a par la suite été modifié notamment par la suppression de l'hôtel et de la halte CFF et la modification de l'accès au parking. Il comprend onze étages sur rez et rez supérieur. Le 27 avril 2012, le Département de l'aménagement, du logement et de l'énergie du canton de Genève (ci-après: le DALE) a accordé l'autorisation préalable. B. Cette autorisation a fait l'objet de recours de la part de D._, de B._ SA et de C._ SA. Par jugement du 30 janvier 2014, le Tribunal administratif de première instance (TAPI) a admis les recours et annulé l'autorisation de construire. Sous déduction de l'ensemble des surfaces brutes de plancher (SBP) déjà réalisées dans le PLQ, il restait un solde de 5'030 m2 sur les deux parcelles en cause, augmenté de 10% de bonus Minergie pour le bâtiment prévu et pour le bâtiment GHI (bonus non pris en compte lors de sa réalisation), soit 8'486 m2 au total alors que le bâtiment prévu était de 10'552 m2. En outre, l'affectation (commerciale au lieu d'hôtelière) et l'implantation différaient de celles prévues par le PLQ. Le projet ne pourrait être réalisé qu'après modification du PLQ, en tenant compte des exigences de l'ordonnance sur les accidents majeurs (OPAM, RS 814.012) et des directives du Conseil d'Etat sur les distances de sécurité avec les réserves d'hydrocarbures de C._ SA. C. Par arrêt du 16 décembre 2014, la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève a rejeté le recours formé par A._ SA. Le projet présenté était suffisamment précis pour déterminer les SBP utilisées; cette question, qui concernait la conformité du projet au PLQ, devait donc être examinée au stade de la demande préalable. Considérant que la notion de SBP devait être définie par référence à la norme ORL 514 420 de l'Institut pour la planification locale, régionale et nationale de l'Ecole polytechnique fédérale de Zurich, la cour cantonale a considéré que les façades "double peau" devaient être prises en compte, de même que l'ensemble des locaux affectés à l'habitation ou au travail. Contrairement au TAPI, la cour cantonale n'a pas pris en compte l'ensemble des droits à bâtir sur le périmètre, mais seuls ceux qui demeuraient après les transferts affectant les deux parcelles en cause. Lors de la réalisation de l'immeuble GHI, 11'449 m2 avaient été transférés de ces deux parcelles, de sorte que, sur les 16'300 m2 disponibles à l'origine, il ne restait que 4'851 m2. Le bonus Minergie permettait une augmentation de 10%, limitée aux parcelles en cause (le bonus relatif à l'immeuble GHI ne pouvait être transféré après coup), ce qui portait le total disponible à 5'336 m2. Le bâtiment prévu comptait 10552 m2, soit un dépassement de près de 100% qui ne pouvait être qualifié de modification mineure. Un nouveau projet devait donc être établi; si l'abandon de l'affectation hôtelière prévue dans le PLQ était admissible au regard des changements de circonstances, le nouveau projet devrait respecter les dispositions de l'OPAM et tenir compte du périmètre de sécurité de 100 m autour des dépôts pétroliers de C._ SA, ce qui pourrait nécessiter une révision du PLQ. D. Par acte du 30 janvier 2015, A._ SA forme un recours en matière de droit public. Elle demande l'annulation de l'arrêt cantonal et du jugement du TAPI et le rétablissement de l'autorisation de construire du 27 avril 2012. La Chambre administrative se réfère à son arrêt, tout en contestant le grief de composition incorrecte soulevé à son égard. C._ SA, D._ et B._ SA concluent au rejet du recours. Le DALE conclut à l'admission du recours en considérant que la question des surfaces brutes de plancher n'avait pas à être examinée dans le cadre d'une demande préalable. Se prononçant sur l'application de la loi fédérale sur la protection de l'environnement (LPE, RS 814.01) et de l'OPAM, l'Office fédéral de l'environnement relève que l'arrêt cantonal n'est pas fondé sur ces dispositions, le considérant rendu à ce propos étant de nature subsidiaire. Les parties ayant été invitées à déposer des observations complémentaires, la recourante a persisté dans ses conclusions. C._ SA, D._ et le DALE en ont fait de même. La recourante s'est encore référée à un arrêt du Tribunal fédéral relatif à l'application de l'OPAM.