Faits : A. La Caisse de pensions A._ et la Fondation de prévoyance des sociétés du groupe A._ sont propriétaires de la parcelle n° 2'189 du cadastre de la Ville de Carouge sur laquelle est édifié un bâtiment locatif de cinq étages. De 1979 à 1999, l'appartement de cinq pièces sis au 2ème étage faisant l'objet du présent litige a été loué pour un loyer annuel initial de 8'952 fr. sans les charges. Ce loyer a été augmenté à 16'974 fr. dès le 1er janvier 2000 puis à 17'406 fr. dès les 1er janvier 2011. Par contrat de bail du 29 septembre 2011, les époux B.B._ et C.B._ sont devenus locataires de cet appartement. Les loyers fixés étaient les suivants, charges non comprises: - 26'400 fr. du 1er octobre 2011 au 30 septembre 2012, - 28'200 fr. du 1er octobre 2012 au 30 septembre 2013, - 30'000 fr. du 1er octobre 2013 au 30 septembre 2014. Dès la quatrième année de location, le loyer était réputé adapté à l'indice officiel suisse des prix à la consommation. Lors d'un contrôle effectué le 24 septembre 2013, le Département cantonal de l'aménagement, du logement et de l'énergie du canton de Genève (DALE) a constaté que tous les sols, les murs et les plafonds de l'appartement avaient été refaits; les appareils sanitaires et l'équipement de cuisine avaient été changés; l'installation électrique avait été intégralement refaite. B. Le 28 mars 2014, le DALE a ordonné à la Caisse de pensions A._ de déposer dans un délai de trente jours une requête en autorisation de construire pour les travaux réalisés dans l'appartement concerné. Le Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève a confirmé cette décision par jugement du 2 septembre 2014. Par arrêt du 15 juin 2015, la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève a rejeté le recours interjeté contre ce jugement. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la Caisse de pensions A._ recourt contre l'arrêt du 15 juin 2015 auprès du Tribunal fédéral. Elle conclut principalement à l'annulation de l'arrêt attaqué et de la décision du 28 mars 2014, subsidiairement au renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvel arrêt au sens des considérants. La Cour de justice se réfère aux considérants et au dispositif de son arrêt. Le DALE se détermine et conclut au rejet du recours. La recourante réplique et persiste dans ses conclusions.