Faits : A. A.a. Depuis 2009, le Ministère public de la Confédération (MPC) instruit une enquête notamment contre D._ (alias E._) et B._. Dans la procédure SV.aaa, ce dernier est prévenu de blanchiment d'argent aggravé (art. 305bis ch. 2 CP), de défaut de vigilance en matière d'opérations financières (art. 305ter CP), ainsi que de faux dans les titres (art. 251 ch. 1 CP) et a été renvoyé en jugement par acte d'accusation du 19 mai 2015. Par décision du 31 août 2015, la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral a renvoyé la cause au MPC. A.b. Donnant suite à une annonce du Bureau de communication en matière de blanchiment (MROS) du 3 novembre 2015, le MPC a ordonné le séquestre, auprès de F._ SA, de relations bancaires encore inconnues dont B._ était titulaire, ayant droit économique ou fondé de procuration. Ont ainsi notamment été séquestrés la documentation bancaire et les avoirs détenus sur le compte n° bbb ouvert au nom de A._ AG, société dont B._ était alors président du conseil d'administration et pour laquelle il détenait un pouvoir de signature individuelle. A._ AG, par l'intermédiaire du susmentionné, a recouru contre cette décision (BB.eee). Les parties plaignantes - C._ Limited et consorts (ci-après : les intimées) - ont conclu au rejet du recours le 18 janvier 2016. A._ AG a persisté dans ses conclusions les 22 janvier et 4 septembre 2016. A.c. Le 30 décembre 2015, A._ AG, représentée par B._, a déposé un mémoire de recours intitulé "Beschwerde in Strafsachen mit Antrag auf superprovisorische Verfuegung gegen die Bundesanwaltschaft Lausanne wegen Verweigerung auf Rechtsgehoer und vorsaetzlicher wiederholter Verschleppung von Antraegen zur Bewilligung von faelligen und begründeten Zahlungen zulasten unseres Geschaeftskontos bei G._, Zuerich; 7jährige Vendetta der Bundesanwaltschaft gegen einen der Veraltungsraete der Beschwerdeführerin". La société a pris les conclusions suivantes : "Es sei die Verfügun[gen] des Bundesstaatsanwaltschaft vom 10./11.11.2015 in Bezug auf unsere Geschaeftskonto bei H._ (Beschwerdeführer) im Rahmen der heute faelligen Zinsen und Amortisationen, für welche die Bank das Pfandrecht geniessen, sowie für Zahlungen für die betrieblich notwendigen Kosten wie oben ausgefuehrt mittels einer superprovisorischen Verfuegung aufzuheben" (BB.ccc). A.d. Par courrier du 14 juillet 2016, A._ AG a sollicité auprès du MPC la levée partielle du séquestre portant sur le compte n° bbb, requête refusée le 22 suivant. Cette décision - adressée par envoi recommandé - n'a pas été retirée par la société et a été reçue en retour par le MPC le 8 août 2016. Le 30 suivant, A._ AG a déposé un recours contre le séquestre portant sur son compte n° bbb, concluant, à titre de mesure superprovisoire, à sa levée pour un montant de 33'405 fr. (BB.ddd). B. Le 12 septembre 2016, la Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral a joint les différentes causes. Elle a rejeté le recours du 20 novembre 2015, confirmant le séquestre portant sur le compte n° bbb de A._ AG auprès du F._ SA (BB.eee). Elle a ensuite déclaré le recours du 30 décembre 2015 sans objet s'agissant du déni de justice soulevé et l'a rejeté pour le surplus, vu les griefs similaires à ceux invoqués dans le mémoire du 20 novembre 2015 (BB.ccc). Quant au recours formé le 30 août 2016, il a été déclaré irrecevable, en raison de son dépôt tardif (BB.ddd). L'autorité précédente a enfin retenu que les requêtes de mesures superprovisoires et d'effet suspensif étaient sans objet. C. Par acte du 1er octobre 2016, A._ AG, agissant par l'intermédiaire d'un de ses deux membres du conseil d'administration - B._ -, forme un recours contre cet arrêt et prend les conclusions suivantes "Die Verfügung des BStG vom 12.9.2016 sei aufzuheben und der Rekurs der Beschwerdeführerin gegen die vorsorgliche Kontoblockierungsverfügung der Bundesanwaltschaft vom 11.11.2015 sei aufzuheben". A titre subsidiaire, la recourante demande le renvoi de la cause à l'autorité précédente. Invités à se déterminer, la Cour des plaintes et le MPC ont renoncé à déposer des observations. Les intimées ont en substance conclu au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité. Le 28 octobre 2016, la recourante a persisté dans ses conclusions.