Faits : A. Le 26 mai 2014, X._ et Y._ (ci-après: les propriétaires) ont notamment acquis la parcelle ***** à A._ (commune de B._, Vaud) pour un prix de 2'130'000 fr. Le 5 janvier 2015, la Commission d'estimation fiscale des immeubles du district de Lavaux (ci-après: la Commission) a informé les propriétaires qu'elle estimait cette parcelle (ci-après: le bien ou l'appartement) à 1'596'000 fr. Les propriétaires ont formé, le 29 janvier 2015, une réclamation contre cette décision. Par courrier du 2 février 2015, la Commission leur a indiqué que l'estimation fiscale représentait la moyenne entre la valeur vénale (2'130'000 fr.) et celle de rendement, arrêtée à 1'062'000 fr. sur la base d'un rendement locatif annuel estimatif de 74'400 fr., soit 380 fr./m2 pour une surface de 194 m2, capitalisé au taux de 7%. Les propriétaires se sont déterminés en exposant que le rendement locatif annuel de 74'400 fr. retenu était excessif. Ils ont produit une estimation, établie par la société de courtage D._ SA le 4 mars 2015, évaluant le rendement locatif annuel de leur bien à 53'400 fr., correspondant à un prix au m2 de 300 fr. (surface de l'appartement de 178 m2). B. Le 22 juillet 2015, la Commission a rendu une décision sur réclamation, réduisant l'estimation fiscale litigieuse à 1'548'000 fr. Cette réduction était fondée sur une nouvelle valeur de rendement de 966'000 fr., fixée sur la base d'un rendement locatif annuel de 67'640 fr., lequel a été calculé sur un prix au m2 de 380 fr. pour une surface de 178 m2. Les propriétaires ont déclaré maintenir leur réclamation par courrier du 17 août 2015, que la Commission a transmis à la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal) en tant que recours. Ils ont produit devant le Tribunal cantonal une expertise, réalisée par E._ SA le 2 septembre 2015, estimant à 300 fr. le prix au m2 pour le bien litigieux. Cette expertise a été complétée par un rapport du 9 novembre 2015. Le 18 janvier 2016, le Tribunal cantonal a procédé à une inspection locale, en présence des parties et de l'auteur du rapport d'expertise du 2 septembre 2015. La Commission a par la suite transmis au Tribunal cantonal un tableau contenant un aperçu des loyers pratiqués à B._ et C._ pour des biens similaires; les propriétaires ont produit une estimation établie par la société F._ SA le 29 janvier 2016, dont il résulte que le rendement locatif de l'appartement ne pourrait excéder 4'250 fr./mois plus les charges. Par arrêt du 25 avril 2016, le Tribunal cantonal a rejeté le recours des propriétaires et confirmé la décision de la Commission du 22 juillet 2015. C. Contre l'arrêt du 25 avril 2016, X._ et Y._ forment un recours en matière de droit public auprès du Tribunal fédéral. Ils concluent, sous suite de frais et dépens, à l'annulation de l'arrêt attaqué et à ce que l'estimation fiscale de l'immeuble ***** du registre foncier de B._ soit arrêtée à 1'446'428 fr. Le Tribunal cantonal s'en remet à l'appréciation de la Cour de céans quant à la recevabilité du recours et conclut, sur le fond, au rejet de celui-ci en se référant aux considérants de son arrêt. La Commission ne formule pas de commentaires. L'Administration fédérale des contributions estime que le litige relève du droit cantonal et renonce à déposer des observations. Par ordonnance du 27 mai 2016, le Président de la IIe Cour de droit public du Tribunal fédéral a rejeté la demande d'effet suspensif contenue dans le recours.