Faits : A. Le litige opposant, depuis de nombreuses années, C._ et son frère D._ porte sur la propriété de l'immeuble sis au 15 rue xxx à Genève. En substance, C._ a été inscrit en 1984 comme seul propriétaire de cet immeuble au registre foncier et a repris à son seul nom l'hypothèque grevant ce bien; D._ prétend en être le propriétaire et assure la gestion de cet immeuble depuis 1996. Dans ce contexte, D._ a conclu, le 1 er mai 2001, en qualité de bailleur, avec la société B._ SA, en qualité de locataire, un contrat portant notamment sur la location de l'immeuble précité pour une durée de 10 ans renouvelable. A._, épouse de D._, est actionnaire et administratrice unique de B._ SA. En 2009, le Parquet du Procureur général du canton de Genève a classé la procédure pénale ouverte à l'encontre de D._ pour abus de confiance, gestion déloyale et insoumission à une décision de l'autorité, sur plainte de son frère C._. Après que le Tribunal des baux et loyers du canton de Genève s'est déclaré incompétent ratione materiae pour connaître du litige entre les deux frères (par jugement du 22 mars 2013), C._ a renouvelé sa plainte pénale. La procédure pénale a été reprise à l'encontre de D._, lequel a été mis en prévention pour gestion déloyale aggravée, subsidiairement abus de confiance et faux dans les titres. Par ordonnance du 17 décembre 2013, le Ministère public cantonal a ordonné notamment le séquestre de deux comptes ouverts auprès de la banque E._ SA au nom de A._ - sur lesquels D._ bénéficiait d'un pouvoir illimité de représentation -, ainsi que sur un compte dont B._ SA était titulaire. Le 7 avril 2014, le Ministère public a levé les séquestres sur un des deux comptes précités de A._ et sur le compte de B._ SA. Ces décisions ont été annulées sur recours de C._, par arrêts de la Chambre pénale de recours de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) du 11 novembre 2014. Le 1 er juin 2014, le Procureur Philippe Knupfer a repris la conduite de cette procédure. Le 26 mars 2015, il a entendu A._ en qualité de personne appelée à donner des renseignements. Elle a proposé de faire verser le produit des sous-locations de l'immeuble litigieux sur un compte distinct qui serait bloqué, en échange de la levée du séquestre sur le compte de B._ SA. Le 22 avril 2015, C._ a rejeté la proposition de A._. Après avoir relancé les intéressés le 20 mai 2015, le Procureur Knupfer a exigé, par courrier du 5 juin 2015, l'ouverture d'un compte séparé où les loyers devaient être versés, sous 10 jours; ce compte serait ensuite séquestré; la levée du séquestre sur le compte de B._ SA n'a pas été mentionnée. Le magistrat a relancé les intéressés, par courrier du 16 juin 2015. Le 17 juin 2015, A._ et B._ SA ont précisé ne concevoir un versement sur un compte séparé qu'en échange de la levée des séquestres les frappant; elles ont exposé que les établissements bancaires refusaient d'ouvrir un compte aussitôt qu'ils entendaient parler de l'éventualité d'un séquestre pénal. Le 18 juin 2015, le Procureur Knupfer a téléphoné à l'étude de l'avocat de A._ et de B._ SA. L'avocat étant absent, le Procureur a alors laissé le message suivant qui est retranscrit dans un témoignage écrit de la secrétaire dudit avocat: "le Procureur Knupfer m'a alors indiqué que le courrier que Maître Alexandre Böhler lui avait adressé ne lui convenait pas du tout et qu'il lui laissait jusqu'à demain - vendredi 19 juin 2015 - à 17h00 pour le rappeler pour clarifier la situation, sinon il mettrait A._ en prévention". B. Le 19 juin 2015, A._ et B._ SA ont demandé la récusation de Philippe Knupfer. Le même jour, le Procureur a rejeté cette demande. Il a en outre adressé un mandat de comparution à A._ en vue de sa mise en prévention, au motif qu'elle continuait à s'approprier les loyers revendiqués par un tiers. Le même jour, A._ et B._ SA ont saisi la Cour de justice d'une demande de récusation visant le Procureur Philippe Knupfer. Le 3 juillet 2015, A._ a été mise en prévention pour gestion déloyale aggravée, subsidiairement abus de confiance, faux et usage de faux dans les titres. En substance, les faits reprochés à A._ consistent à avoir fictivement conclu un bail, au nom de B._ SA, avec D._, alors qu'elle savait que C._ était le propriétaire de l'immeuble, à avoir confié à son mari la position de directeur au sein de B._ SA, à avoir profité du prix très avantageux des loyers fixés dans le bail susmentionné et joui du produit des revenus locatifs, à avoir, d'entente avec son mari, empêché C._ de disposer de son immeuble et, enfin, à avoir refusé de consigner les loyers perçus des sous-locataires. Par arrêt du 23 décembre 2015, la Cour de justice a rejeté la requête de récusation. Elle a considéré en substance que l'appel téléphonique du 18 juin 2015 était un événement isolé qui ne pouvait à lui seul fonder objectivement un soupçon de prévention. C. Agissant par la voie du recours en matière pénale, A._ et B._ SA demandent au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du 23 décembre 2015 et d'admettre la demande de récusation du Procureur Knupfer. La Cour de justice renonce à se déterminer. Le Procureur intimé conclut au rejet du recours. Les recourantes ont répliqué par courrier du 14 mars 2016.