Faits : A. Le 11 février 2015, H.X._ (ci-après: le demandeur ou le requérant) a requis, auprès du Tribunal régional Jura bernois-Seeland, l'inscription provisoire en sa faveur d'une hypothèque légale des artisans et entrepreneurs sur un immeuble propriété de B._ (ci-après: le défendeur), pour un montant de 113'352 fr.70, intérêts en sus. A la même date, le demandeur a requis l'assistance judiciaire totale. Par décision du 9 mars 2015, le Tribunal régional a ordonné l'inscription provisoire d'une hypothèque légale sur cet immeuble pour le montant requis et il a imparti au demandeur un délai de trois mois pour introduire une action au fond, soit jusqu'au 10 juin 2015. Par décision du 1er juin 2015, le Tribunal régional a accordé au demandeur l'assistance judiciaire pour la procédure d'inscription provisoire, ainsi que pour l'action au fond. Le 10 juin 2015, le demandeur a déposé auprès de la même autorité une demande d'inscription définitive d'une hypothèque légale des artisans et entrepreneurs contre le défendeur, ainsi qu'une demande en paiement des honoraires et du prix de l'ouvrage contre A._ SA (ci-après: la défenderesse). Par décision du 27 août 2015, le Tribunal régional s'est déclaré incompétent et il lui a retiré l'assistance judiciaire pour l'action au fond. Il a invité le demandeur à déposer sa demande devant le tribunal compétent dans les trente jours, sous peine de perdre la litispendance. B. Par demande du 28 septembre 2015, le demandeur s'est adressé au Tribunal de commerce du canton de Berne, en reprenant ses conclusions du 10 juin 2015. Il a requis l'assistance judiciaire totale. Par ordonnance du 9 décembre 2015, le Juge instructeur du Tribunal de commerce a admis partiellement la requête d'assistance judiciaire et imparti un délai de 20 jours au demandeur pour qu'il verse une avance de frais de 3'500 fr. En substance, le juge cantonal a indiqué que la condition matérielle de l'assistance judiciaire (chances de succès) semblait, sur la base d'un examen sommaire du dossier, remplie. Pour établir la situation financière du demandeur, le juge cantonal s'est fondé sur les charges établies par le Tribunal régional dans sa décision du 1er juin 2015, cette décision ayant été produite par le demandeur. Il y a ajouté les primes de l'assurance-maladie (qui n'avaient pas été documentées en première instance par le demandeur). Le total des charges se monte à 7'580 fr. Le magistrat cantonal a également repris le revenu (du demandeur) établi par le Tribunal régional (soit un montant de 6'694 fr.70) en précisant toutefois - en se référant à la circulaire cantonale relative à l'indigence au sens de l'art. 117 let. a CPC - qu'il convenait d'y ajouter le revenu perçu par l'épouse du demandeur (F.X._), ainsi que les allocations familiales touchées par les époux, " dès lors que pour les couples vivant en ménage commun avec des enfants communs, l'indigence de la personne requérante sera examinée sur la base d'un calcul global ". Selon le juge cantonal, l'épouse du demandeur " réalise [en 2014] un revenu annuel de 19'440 fr., soit un revenu mensuel de 1'620 fr. ". Avec les allocations familiales (460 fr. par mois), le montant total des revenus s'élève à 8'774 fr.70. Déduction faite des charges, il en résulte un surplus de 1'194 fr.70 par mois (8'774 fr.70 - 7'580 fr.). Le juge cantonal a ensuite estimé les frais judiciaires à 15'000 fr. et les honoraires de l'avocat du demandeur à 21'500 fr (au plus) et il a jugé que le demandeur pouvait, avec un surplus mensuel de 1'194 fr.70 par mois, économiser 28'000 fr. sur deux ans (période déterminante selon la circulaire susmentionnée). Ayant ramené ce montant à 25'000 fr. pour tenir compte des imprévus, il a considéré que le demandeur pouvait assumer les honoraires de son avocat, ainsi qu'une partie (3'500 fr.) des frais judiciaires, l'autre partie (11'500 fr.) étant prise en charge par l'Etat (assistance judiciaire partielle). C. Contre l'ordonnance cantonale du 9 décembre 2015, le demandeur exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Il conclut, sous suite de frais et dépens, à son annulation et à sa réforme en ce sens que l'assistance judiciaire totale lui soit octroyée pour la procédure devant le Tribunal de commerce; subsidiairement, il conclut au renvoi de l'affaire devant l'autorité précédente. Par ordonnance du 5 juillet 2016, la Cour de céans, considérant que les conditions de l'art. 64 al. 1 LTF étaient remplies, a octroyé l'assistance judiciaire totale sollicitée par le recourant pour la procédure fédérale. Le 26 juillet 2016, le Président e.r. du Tribunal de commerce du canton de Berne (ci-après également: le juge précédent) a pris position sur le recours. Le 29 août 2016, le recourant a encore fait des observations.