Faits : A. A.a. X._, propriétaire d'une parcelle à Genève, a conclu un contrat d'entreprise générale avec Z._ SA, devenue en 2013 A._ SA, pour la réalisation sur son bien-fonds d'un bâtiment comportant seize appartements; le prix forfaitaire de l'ouvrage était de 5'230'000 fr. Le 17 décembre 2009, Z._ SA a ouvert contre X._ devant les autorités genevoises une action en paiement du solde du prix de l'ouvrage. La demanderesse a conclu à ce que la défenderesse soit condamnée à lui verser le montant de 79'885 fr. 95 avec intérêts à 5% l'an dès le 4 août 2009 et à ce que soit ordonnée l'inscription définitive d'une hypothèque légale des artisans et entrepreneurs à concurrence de ce montant. Dans ses réponse et demande reconventionnelle du 14 mai 2010, la défenderesse a admis devoir le solde du prix de l'ouvrage, par 79'885 fr. 95 avec intérêts, réclamé par la demanderesse et a fait valoir une créance " reconventionnelle " de 112'529 fr. à titre de préjudice subi en raison de la livraison tardive de l'immeuble et de divers défauts. Seules sont encore litigieuses les contre-créances représentant un total de 41'000 fr., soit 16'000 fr. en raison de l'absence d'armoires intérieures et 25'000 fr. pour le non-crépissage du socle en béton de l'immeuble. Par jugement du 23 février 2012, le Tribunal de première instance de Genève a admis la demande, condamné la défenderesse à verser à la demanderesse le montant de 79'885 fr. 95 avec intérêts à 5% l'an dès le 24 septembre 2009 et ordonné l'inscription définitive d'une hypothèque légale de ce montant. Il a déclaré irrecevable, respectivement rejeté la demande "reconventionnelle". Par arrêt du 31 août 2012, la Cour de justice du canton de Genève a déclaré irrecevable l'appel de la défenderesse. La défenderesse a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral le 3 octobre 2012. A.b. Quelques jours plus tôt, le 26 septembre 2012, la défenderesse a payé le montant auquel elle avait été condamnée, soit 79'885 fr. 95 en capital et 11'982 fr. 90 en intérêts, ainsi que les frais et dépens mis à sa charge, par 18'799 fr. La question de savoir si ce paiement était conditionnel (faute d'effet suspensif du recours en matière civile au Tribunal fédéral) ou non est litigieuse. A.c. Par arrêt du 9 janvier 2013 (cause 4A_587/2012), le Tribunal fédéral a admis le recours de la défenderesse dans la mesure où il était recevable, annulé l'arrêt cantonal du 31 août 2012 et renvoyé la cause à la Cour de justice pour nouvelle décision. Le Tribunal fédéral a jugé que l'appel de la défenderesse était recevable, car ses conclusions permettaient de reconnaître ce qu'elle voulait (ne pas être condamnée à payer 79'885 fr.95 à sa partie adverse et ne pas tolérer l'inscription d'une hypothèque légale). En revanche, la défenderesse n'avait pas réclamé en appel de manière recevable un paiement à la demanderesse, si bien que seule l'action principale demeurait litigieuse. La cause devait donc être retournée à la Cour de justice pour qu'elle examine si la motivation de l'appel était suffisante et si les autres conditions de recevabilité étaient satisfaites et, dans l'affirmative, pour qu'elle se saisisse de l'appel et contrôle le jugement rendu sur l'action principale. A.d. Statuant après renvoi, la Cour de justice, par arrêt du 30 août 2013, a considéré que le Tribunal fédéral a définitivement rejeté ( recte : déclaré irrecevable) l'appel sur l'action reconventionnelle et que seules restaient litigieuses l'action principale et les prétentions invoquées en compensation par la défenderesse. En ce qui concerne ces dernières, la cour cantonale a considéré que la défenderesse ne disposait d'aucune contre-créance en indemnisation d'un prétendu préjudice consécutif à une éventuelle livraison tardive de l'ouvrage, mais qu'elle devait être autorisée à prouver l'existence des défauts allégués et les moins-values correspondantes, notamment par expertise, de sorte qu'il se justifiait de renvoyer la cause au Tribunal de première instance pour instruction complémentaire et nouvelle décision. B. B.a. Reprenant la cause, le Tribunal de première instance a tenu une audience de comparution des mandataires des parties le 26 novembre 2013, au cours de laquelle le mandataire de la demanderesse a indiqué que la prétention de celle-ci avait été éteinte par le paiement effectué par la défenderesse le 26 septembre 2012 et qu'elle n'avait donc plus de créance à faire valoir à l'encontre de celle-ci, ce qu'elle a confirmé dans ses écritures finales. La défenderesse n'a rien objecté sur ce point (art. 105 al. 2 LTF). Par jugement du 20 février 2015, le Tribunal de première instance a constaté le retrait avec désistement d'action de la demande principale, devenue sans objet (sic). B.b. Par arrêt du 11 septembre 2015, la Cour de justice a rejeté l'appel de la défenderesse et confirmé ce jugement. C. La défenderesse exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt précité. Elle conclut principalement à son annulation en tant qu'il a prononcé l'irrecevabilité des conclusions qu'elle avait prises et à sa réforme en ce sens que sa créance compensatoire est admise à concurrence de 41'000 fr., somme qui doit lui être remboursée avec intérêts dès le 24 septembre 2012; subsidiairement, elle conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à la cour cantonale, avec pour instruction de juger au fond les créances compensatoires (armoires et socle). L'intimée conclut principalement à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet, l'arrêt attaqué étant confirmé.