Faits : A. Entre mars 2009 et août 2010, B._ (ci-après également: le lésé) a fait construire une villa sur son bien-fonds situé sur la commune de Plan-les-Ouates (Genève). Il a mandaté, par son architecte, la société C._ SA pour la pose de nombreux vitrages, laquelle a procédé aux travaux d'un coût total de 706'925 fr. 45. En juillet 2010, D._ SA, société dont l'administrateur unique est B._, a confié à A._ SA (ci-après: la société de nettoyage) le nettoyage des baies vitrées et des vitres de la villa appartenant à B._, pour un prix forfaitaire de 3'200 fr., hors taxes. Le nettoyage a été effectué les 9, 10, 11, 12 et 17 août 2010. B._, par son représentant, a alors constaté la présence d'importantes rayures sur les vitres de sa villa. La société de nettoyage contestant sa responsabilité, un constat d'huissier a été effectué, pour un coût de 7'868 fr.39, les 4 et 8 novembre 2010. Selon ce constat, 89 vitrages sur 109 comportaient des rayures plus ou moins importantes, présentes sur la face externe des vitres. Elles étaient si nombreuses qu'il n'était pas possible d'en faire un inventaire exhaustif. Elles étaient visibles et même manifestes par temps ensoleillé et pouvaient être ressenties au toucher. Le 19 novembre 2010, C._ SA a établi une offre concernant le remplacement de 78 fenêtres pour un montant total de 411'010 fr. Les rayures ont été examinées par un expert, en la personne de E._, docteur en sciences de l'EPFZ. Selon lui, les rayures, qui résultent d'un nettoyage inadapté, n'avaient pas de conséquences sur la charge utile des vitres, lesquelles pouvaient toujours supporter la force du vent et leur propre poids, mais elles constituaient un point faible en cas d'apparition de futures fissures. Elles engendraient au surplus une forte détérioration de l'aspect de l'édifice, exposé au rayonnement solaire, ainsi que de la transparence des vitrages de l'intérieur vers l'extérieur. Les honoraires de l'expert se sont élevés à 9'019 fr.45. Le 27 janvier 2011, le lésé a invité la société de nettoyage à l'indemniser à concurrence de 411'010 fr., montant auquel s'ajoutent les frais d'huissier et d'expert. Le 7 mars 2011, un commandement de payer a été notifié, sur réquisition du lésé, à la société de nettoyage. Celle-ci a formé opposition. B. Le 29 décembre 2011, B._ a ouvert une action, devant le Tribunal de première instance de Genève, contre la société de nettoyage, concluant au paiement de 411'010 fr., 9'019 fr.45 et de 7'868 fr.39 avec intérêts à 5% l'an dès le 7 février 2011, ainsi qu'à la mainlevée de l'opposition à la hauteur de ces montants. Par jugement du 21 novembre 2013, le Tribunal de première instance a débouté le demandeur de toutes ses conclusions. Par arrêt du 17 décembre 2014, la Chambre civile de la Cour de justice de Genève, sur appel du demandeur, a annulé le jugement entrepris et condamné la société de nettoyage à verser au lésé les montants de 411'010 fr., 9'019 fr.45 et de 7'868 fr.39 avec intérêts à 5% l'an dès le 7 février 2011. Elle a prononcé la mainlevée de l'opposition. C. La société de nettoyage exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt cantonal du 17 décembre 2014. Sous suite de frais et dépens, elle conclut principalement à son annulation, à ce que l'action en paiement soit rejetée, à ce que la poursuite correspondante n'aille pas sa voie et, subsidiairement, à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale. Elle invoque une violation des art. 41, 42 et 55 CO. L'intimé conclut, sous suite de frais et dépens, à ce que la recourante soit déboutée de toutes ses conclusions et que l'arrêt cantonal soit confirmé. Les parties ont encore chacune déposé des observations. La requête d'effet suspensif présentée par la recourante a été rejetée par ordonnance présidentielle du 19 mars 2015.