Faits : A. X._ Sàrl est une société inscrite le 4 novembre 2003 au registre du commerce, siégeant à Genève puis à A._, dont B._ et C._ sont associés gérants avec signature individuelle et dont ils détiennent chacun la moitié des parts. Elle a pour but la promotion, l'acquisition, le courtage et la vente de biens immobiliers, la location, la gestion de copropriétés, ainsi que toutes activités dans le domaine immobilier. Le 1er avril 2004, une promesse de vente et un droit d'emption annoté valable jusqu'au 15 avril 2005, ont été signés concernant l'acquisition par X._ ou ses nommables de la parcelle no **** de la commune de D._, d'une surface de 2'116 m2, propriété de E._, au prix de 1'269'600 fr. Ce délai a été prorogé ultérieurement au 15 avril 2006 puis au 15 juillet 2006. L'acte de vente définitif ou tous autres actes signés devaient intervenir à première demande de l'une ou l'autre des parties, pas avant le 31 janvier 2005 mais au plus tard le 31 mars 2005. Un acompte de 150'000 fr. a été versé par X._ qui demeurerait acquis à la promettant-venderesse en cas d'inexécution dans le délai prévu ou de caducité. Le 8 juillet 2005, X._ a obtenu une autorisation de construire un immeuble d'habitation sur la parcelle n° ****. Le 31 mars 2006, la parcelle n° **** a été divisée en n° ***** et n° *****. Cette dernière parcelle a été soumise à la propriété par étages et douze nouveaux feuillets, représentant chacun un immeuble au sens de l'art. 655 al. 2 ch. 4 CC, ont été ouverts en vue de la construction de maisons d'habitation. Par acte notarié, enregistré le 10 juillet 2006 au registre foncier, B._ et C._ ont acquis conjointement et solidairement le bien-fonds sur lequel les douze PPE ont été immatriculées au prix de 1'274'600 fr. de E._. Le droit d'emption inscrit au registre foncier relatif à la parcelle n° ***** a été radié. Les 10 et 21 juillet 2006, B._ et C._ ont vendu dix lots de propriété par étage sur douze de la parcelle n° *****. Les deux autres lots ont été vendus les 4 septembre et 18 décembre 2007. La plus-value réalisée sur la vente du terrain uniquement était de 804'080 fr., compte tenu d'un prix d'achat de1'274'600 fr. et d'un prix de vente total de 2'078'680 fr. B. Le 9 juin 2007, X._ a déposé une déclaration fiscale pour l'année 2006 faisant état d'une perte nette, y compris les pertes reportées de 43'956 fr. et d'un capital de 250'000 fr. Le compte de pertes et profits ne comportait qu'un seul poste intitulé «intérêts bancaires» à hauteur de 308.85. Les décisions de taxation pour l'impôt fédéral direct, cantonal et communal 2006 notifiées le 2 juillet 2007, sont entrés en force. Le 2 mai 2012, l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève a informé X._ de l'ouverture d'une procédure en rappel et en soustraction d'impôts pour l'année fiscale 2006. Le 6 juillet 2012, l'Administration fiscale cantonale a notifié à X._ une décision de taxation rectificative de rappel d'impôt fédéral direct d'un montant de 64'600.- et d'impôt cantonal et communal d'un montant de 178'346 fr. 45. Un montant de 804'000 fr. a été ajouté à son bénéfice. Compte tenu d'une perte déclarée de 2'785 fr.- et des pertes fiscales des sept exercices précédents de 41'171 fr., le bénéfice net s'élevait à 760'044 fr. Deux amendes d'impôt fédéral direct ainsi que d'impôt cantonal et communal correspondant à la moitié des suppléments d'impôt ont également été notifiées. La société avait commis une soustraction d'impôt consommée. La quotité de l'amende avait été fixée, compte tenu de la bonne collaboration de X._ durant la procédure. Le 6 août 2012, X._ a déposé une réclamation à l'encontre des bordereaux de rappel et d'amende du 6 juillet 2012. Le 21 janvier 2013, l'Administration fiscale cantonale a rendu des décisions sur réclamation et maintenu ses bordereaux de rappel d'impôts ainsi que ses amendes. Le 22 février 2013, X._ a interjeté recours auprès du Tribunal administratif de première instance du canton de Genève contre les décisions sur réclamation de l'Administration fiscale cantonale du 21 janvier 2013. Le 3 mars 2014, le Tribunal administratif de première instance a rejeté le recours. C. Par arrêt du 25 août 2015, la Cour de justice du canton de Genève a partiellement admis le recours que X._ a déposé contre le jugement rendu le 3 mars 2014 par le Tribunal administratif de première instance. La société, au bénéfice d'une promesse d'achat et d'un droit d'emption, permettant l'acquisition d'une parcelle à un prix fixé en 2004, s'en était dessaisie en 2006 au profit de ses associés gérants en consortium, permettant à ces derniers de réaliser une vente subséquente du bien-fonds avec une plus-value conjoncturelle. Pour ce transfert, la société avait reçu en paiement un montant correspondant au remboursement de l'acompte versé sur le prix de vente et des frais de notaire engagés jusque-là. Elle n'avait en revanche comptabilisé aucun profit, alors que le consortium avait réalisé un profit important, seulement quelques mois après le transfert, en vendant le terrain nu. Il fallait admettre la déduction des charges soit des frais de notaire de 7'519 fr. 40 et de 8'357 fr. directement liés à l'acquisition du droit d'emption et la prise en compte de la provision pour impôt dans les comptes 2006. Le principe et la quotité des amendes devaient être confirmés. D.