Faits : A. A._ SA est une entreprise inscrite au registre du commerce du canton de Vaud. Le 23 novembre 1994, elle s'est vue octroyer une autorisation d'exploitation pour la fabrique de médicaments par l'autorité cantonale compétente. Cette autorisation a été renouvelée à plusieurs reprises. Le 6 juin 2006, Swissmedic, Institut suisse des produits thérapeutiques (ci-après: Swissmedic) a "transformé (renouvelé) " l'autorisation délivrée jusqu'alors par le canton de Vaud, et octroyé à A._ SA une autorisation d'exploitation, valable jusqu'au 5 juin 2011. Cette autorisation portait sur la fabrication de médicaments, c'est-à-dire sur les activités de conditionnement primaire et secondaire de médicaments non prêts à l'emploi, d'origine végétale, et sur la fabrication de médicaments selon une formule magistrale ou selon une formule propre, sur mandat d'un détenteur d'une autorisation cantonale pour le commerce de détail, ainsi que sur le commerce de gros de médicaments, c'est-à-dire le commerce en gros de médicaments non prêts à l'emploi, à l'exception des médicaments immunologiques et des produits sanguins. B. Le 14 avril 2011, A._ SA a déposé une demande de renouvellement de son autorisation d'exploitation. Afin de se prononcer sur cette demande, Swissmedic a mandaté l'Inspectorat de Suisse Occidentale des Produits Thérapeutiques (ci-après: l'Inspectorat) pour vérifier si les conditions pour le maintien de l'autorisation d'exploitation étaient toujours remplies. Swissmedic a en outre accordé à l'intéressée une prolongation d'exploitation jusqu'au 15 mai 2012. Cette autorisation a été prolongée le 20 avril 2012 pour le 15 mai 2013, puis le 8 mai 2013 pour le 31 décembre 2013, et enfin le 30 décembre 2013 pour le 31 juillet 2014. Le 22 avril 2013, A._ SA, à la demande de Swissmedic, a à nouveau envoyé une demande de renouvellement de son autorisation d'exploitation pour confirmer sa demande du 14 avril 2011. Dans des rapports d'inspection des 7 juin 2012 et 22 novembre 2013, faisant suite à des inspections réalisées les 21 mai 2012 et 11 novembre 2013, l'Inspectorat a relevé des déviations aux règles en matière de fabrication et de contrôle ainsi qu'en matière de commerce de gros. Deux de ces déviations, relatives au système d'assurance de la qualité et aux responsabilités du responsable technique de l'entreprise, ont été classées critiques. Sur la base de ces rapports et de la recommandation de l'Inspectorat, Swissmedic, par décision du 26 août 2014, a rejeté les demandes de renouvellement de l'autorisation d'exploitation déposées par A._ SA les 14 avril 2011 et 22 avril 2013. Il a par ailleurs mis les frais de procédure à la charge de cette dernière. A._ SA a contesté cette décision auprès du Tribunal administratif fédéral le 26 septembre 2014, relevant en particulier que son recours était assorti de l'effet suspensif. Durant l'échange d'écritures devant cette instance, elle a encore déposé une requête de mesures provisionnelles tendant à ce qu'elle soit autorisée, pour toute la durée de la procédure de recours, à poursuivre, respectivement reprendre, la fabrication, ainsi que la commercialisation de médicaments non prêts à l'emploi d'origine végétale, selon ce qui est prévu dans l'autorisation d'exploitation délivrée le 6 juin 2006. Dans une décision incidente du 2 juin 2015, le Tribunal administratif fédéral a partiellement admis la demande de l'intéressée tendant à ce qu'il soit constaté que le recours avait effet suspensif, en ce sens qu'il a confirmé l'effet suspensif du recours s'agissant des émoluments de procédure mis à la charge de A._ SA. Il a pour le surplus rejeté la requête de mesures provisionnelles. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ SA, sans formuler de conclusions, semble demander l'annulation de la décision incidente du 2 juin 2015 rendue par le Tribunal administratif fédéral et de pouvoir continuer la fabrication et la commercialisation des médicaments. Elle se plaint de ce que la décision contestée est arbitraire et viole le principe de la proportionnalité. Swissmedic conclut au rejet du recours. Le Tribunal administratif fédéral a renoncé à prendre position.