Faits : A. Par jugement du 5 mars 2015, le Tribunal de police de l'arrondissement de Lausanne a libéré B._ AG ainsi que A._, qui en est l'administrateur, de l'accusation d'infraction à la loi fédérale sur la protection des marques et des indications de provenance et d'infraction à la loi fédérale sur la concurrence déloyale. Il a donné acte de ses réserves civiles à X._ SA, a alloué à A._ une indemnité au sens de l'art. 429 al. 1 let. a CPP de 6'000 fr. et laissé les frais à la charge de l'Etat. Le Tribunal de police avait été saisi de la cause par un acte d'accusation rendu le 29 juillet 2014 par le Ministère public consécutivement à une plainte déposée le 3 octobre 2012 par X._ SA contre B._ AG, à qui elle reprochait une pratique déloyale au motif que le nom de " xxx " utilisé pour sa nouvelle école créait un risque de confusion. B. Le 6 novembre 2015, la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal vaudois a admis l'appel formé par le Ministère public contre ce jugement et admis partiellement, en tant qu'il était recevable, l'appel joint de A._ et de D._ AG (qui est le nouveau nom de B._ AG). Elle a modifié le jugement du Tribunal de police en ce sens qu'elle a fixé à 12'295 fr. 80 le montant de l'indemnité allouée à A._, indemnité qu'elle a mise, comme les frais de la cause, à la charge de X._ SA. C. X._ SA forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre cette décision. Elle conclut, avec suite de frais et dépens, à titre principal à ce que le jugement attaqué soit réformé en ce sens que les frais de procédure de première et de deuxième instance sont mis à la charge du canton de Vaud et que l'indemnité en faveur de A._ est réduite à 6'000 fr. et mise à la charge du canton. A titre subsidiaire, elle conclut au renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision. D. La cour cantonale a renoncé à présenter des observations. Par ailleurs, le Ministère public central ayant été invité à présenter des observations, le Procureur général a renoncé à se déterminer alors que le Ministère public de l'arrondissement de Lausanne a conclu au rejet du recours, les frais étant mis à la charge du recourant. Enfin, l'intimé a conclu, avec suite de frais et dépens, au rejet du recours.