Faits : A. A.a. Le 29 août 2014, S._ SA, organe de révision de A._ SA, a saisi le Tribunal de première instance de Genève (ci-après: tribunal) d'un avis au juge en application des art. 725 al. 2 et 729c CO. A l'appui de sa demande, elle a expliqué que la société se trouvait dans une situation financière difficile, voire de surendettement au cas où les revendications en responsabilité dont elle faisait l'objet aboutissaient à des engagements enregistrés dépassant ses fonds propres. A.b. Le 4 septembre 2014, B._ (intimée n° 1) a saisi le tribunal d'une requête de sursis concordataire provisoire à l'égard de la société A._ SA, subsidiairement de faillite sans poursuite préalable et plus subsidiairement de nomination d'un commissaire. Deux requêtes analogues ont été présentées par C._ (intimée n° 2), respectivement par quatorze caisses de prévoyance (intimées nos 3 - 16). Par jugement du 30 septembre 2014, le tribunal a suspendu la cause d'avis au juge au sens de l'art. 725 CO introduite par l'organe de révision, ce jusqu'à droit connu sur la procédure de sursis concordataire. Par jugement du 17 décembre 2014, le tribunal a notamment ordonné un sursis concordataire provisoire de quatre mois jusqu'au 17 avril 2015 en faveur de A._ SA (ch. 2), désigné en qualité de commissaire provisoire au sursis R._ (ch. 3), subordonné à l'approbation formelle et préalable du commissaire la validité de toutes les décisions du conseil d'administration de la société jusqu'à son jugement final dans la procédure (ch. 4), confié au commissaire, notamment, la mission de faire établir un bilan audité aux valeurs de continuation et de liquidation pour 2014 ainsi qu'un état financier intermédiaire au 28 février 2015 (ch. 5), invité la société à verser une avance de frais de 40'000 fr. pour la couverture des frais et honoraires du commissaire (ch. 7), autorisé celui-ci à attendre le versement de cette avance avant de commencer ses travaux (ch. 8), et invité celui-ci à déposer, le 18 mars 2015 au plus tard, un rapport de son activité et de ses constatations, y compris son pronostic et ses conclusions sur les modalités concrètes d'un éventuel assainissement de la société dans la perspective d'un sursis définitif mais aussi, à terme, d'une sortie du surendettement, ainsi que le cas échéant un plan d'assainissement détaillé ou une proposition de concordat (ch. 10). S'agissant de la légitimation des requérantes à introduire la procédure concordataire selon l'art. 293 let. b LP, le tribunal a considéré que celle-ci était donnée en tant que les conditions de l'art. 190 LP étaient réalisées. A ce sujet, il a exposé que les requérantes avaient démontré qu'elles avaient subi des pertes considérables en raison de la violation du mandat de gestion confié à A._ SA et qu'elles en étaient donc les créancières; selon lui, la faillite sans poursuite préalable pouvait être déclarée non seulement si le débiteur avait suspendu ses paiements mais aussi lorsqu'il était en état de surendettement au sens de l'art. 725 al. 2 CO. Or cet état ressortait de la situation entre fin 2013 et octobre 2014 ainsi que de l'avis au juge déposé le 20 août 2014 par l'organe de révision. A.c. Par acte du 20 février 2015, A._ SA a interjeté un recours en matière civile contre cette décision, concluant à son annulation et au déboutement des intimées des conclusions de leurs requêtes. Par arrêt du 16 mars 2015 (5A_22/2015, publié aux ATF 141 III 188), le Tribunal fédéral a déclaré ce recours irrecevable, faute d'être dirigé contre une décision prise par une autorité cantonale de dernière instance statuant sur recours (art. 75 LTF). A.d. Par courrier du 11 mars 2015 adressé au tribunal, le commissaire a relevé une situation de blocage fort dommageable pour la société. Il a affirmé ne pouvoir en conséquence apporter aucun élément en faveur d'un sursis concordataire définitif. Il a ajouté qu'il lui était désormais impossible de répondre à la mission que le tribunal lui avait confiée, raison pour laquelle il concluait à la révocation du sursis concordataire provisoire. B. B.a. Par jugement du 4 mai 2015, le tribunal a ordonné, à titre de mesures conservatoires au sens de l'art. 170 LP, le blocage immédiat de tous les avoirs bancaires au nom de A._ SA, ainsi que la saisie conservatoire immédiate des cédules hypothécaires, valeurs mobilières ou immobilières, autres actifs de celle-ci ainsi que de l'intégralité de sa comptabilité et de ses pièces comptables justificatives, en possession de celle-ci ou de tiers, et dit que l'intégralité de ces actifs et documents devait être placée sans délai sous la garde de l'Office des faillites (ch. 1). Il a par ailleurs révoqué le sursis concordataire provisoire accordé le 17 décembre 2014 (ch. 2), dit qu'il n'y avait pas lieu d'octroyer un sursis définitif (ch. 3), prononcé la faillite de A._ SA le jour même à 14 heures (ch. 4) et ordonné la publication des chiffres 2 à 4 du dispositif dans la FAO et la FOSC aux frais de celle-ci (ch. 5). Il a arrêté les frais judiciaires de la procédure concordataire à 4'800 fr. (ch. 6), qu'il a mis à la charge de A._ SA (ch. 7), dit que ces frais étaient compensés à due concurrence par les avances opérées à ces fins par les requérantes (ch. 8), condamné en conséquence A._ SA à rembourser les sommes de 1'600 fr. à B._, 1'600 fr. aux caisses de prévoyance, celles-ci étant créancières solidaires entre elles à due concurrence, et 1'600 fr. à C._ (ch. 9). Le Tribunal a en outre arrêté les frais et honoraires du commissaire à 14'200 fr. (ch. 10), qu'il a mis à la charge de A._ SA (ch. 11), dit que ces frais étaient couverts à due concurrence avec le solde créditeur des avances de frais opérées en mains du Tribunal une fois les frais judiciaires déduits, soit 2'400 fr., ordonné aux Services financiers du Pouvoir judiciaire de libérer cette somme en faveur du commissaire à débiter du solde créditeur des frais des causes C/...., C/.... et C/.... (ch. 13), condamné en conséquence A._ SA à payer au commissaire la somme de 12'200 fr. au titre du paiement des honoraires (ch. 14) ainsi qu'à rembourser à chaque groupe de parties requérantes, en sus des montants alloués en vertu du chiffre 9, la somme de 800 fr. (ch. 15). Enfin, il a condamné A._ SA à verser au titre de dépens à chaque groupe de parties requérantes, solidairement entre chaque requérante au sein du même groupe, la somme de 5'400 fr. (ch. 16), débouté les parties de toutes autres conclusions (ch. 17) et ordonné la communication du jugement aux parties, au commissaire, à l'Office des poursuites et à l'Office des faillites (ch. 18). B.b. Par arrêt du 30 octobre 2015, la Cour de justice du canton de Genève a rejeté le recours de A._ SA contre les chiffres 4 à 18 du jugement du 4 mai 2015. C. Par acte du 30 novembre 2015, A._ SA exerce un recours en matière civile contre cet arrêt. Elle conclut principalement à son annulation et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision conforme aux considérants, et, subsidiairement, à sa réforme en ce sens que les intimées sont déboutées de leurs conclusions en faillite et en sursis provisoire. Elle se plaint tant d'arbitraire (art. 9 Cst.) que de la violation de l'art. 255 let. a CPC dans l'établissement des faits, de déni de justice formel (art. 29 al. 1 Cst.) et de la violation de l'art. 294 LP. Invitées à déposer leurs observations, l'intimée n° 1 a, par mémoire du 24 juin 2016, conclu à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet, et les autres intimées ont conclu, par mémoire du 24 juin 2016 pour l'intimée n° 2, et du 3 juin 2016 pour les autres, au rejet du recours. L'autorité cantonale s'est pour sa part référée aux considérants de son arrêt par courrier du 18 mai 2016. D. A l'exception de l'intimée n° 2, les intimées ont toutes requis des sûretés en garantie des dépens. Ces requêtes ont été rejetées par ordonnance présidentielle du 30 juin 2016.