Faits : A. A.a. B._ AG (ci-après: B._ ou la locataire), société dont le siège se trouve à U._, est active dans le formage superplastique de pièces en aluminium et en magnésium, qui ne sont pas réalisables en fabrication conventionnelle. Elle a repris ce domaine de C._ SA (dont la raison sociale a été modifiée en D._ SA en 2011), qui est une filiale à 100% de E._ AG. Depuis 2001, elle occupe la halle industrielle érigée sur la parcelle n°... de la commune de V._, immeuble appartenant à E._ AG depuis 2001, après avoir appartenu à différentes sociétés actives dans l'aluminium. Aucun contrat de bail écrit n'a été produit en procédure. Jusqu'en 2003, la locataire s'est acquittée d'un loyer annuel de 101'460 fr. par an. A.b. Le sous-sol de l'immeuble sur lequel se trouve la halle étant contaminé, ce dont B._ n'a pu avoir connaissance, au mieux, qu'entre 2002 et 2004, des mesures d'assainissement ont été prévues. Entre 2003 et 2007, des discussions ont eu lieu entre B._ et E._ au sujet de l'assainissement du sous-sol et d'autres défauts affectant la halle elle-même. Le rachat de la halle par la locataire a été l'objet de pourparlers contractuels. Par appréciation des nombreux témoignages administrés par le tribunal, dont elle a exposé la teneur sur cinq pages, la cour cantonale a retenu, comme le tribunal, l'accord suivant: " la bailleresse et la locataire sont convenues, dès le début de l'année 2004, de suspendre le paiement du loyer pour la mise à disposition de la halle à V._, jusqu'à ce que les défauts affectant celle-ci (cf. supra, consid. 2.6.4) soient éliminés, l'idée étant de fixer un nouveau loyer une fois la situation assainie, voire d'imputer, en cas d'aliénation de l'immeuble, tout ou partie des arriérés de loyers sur le prix de vente " (p. 19 consid. 2.7.5). Les défauts visés, tels qu'énumérés au consid. 2.6.4, sont, outre les déchets industriels dans le sous-sol de 70 à 80% de la partie nord de la halle, des fissures du sol et des différences de niveau entravant l'usage de fourches élévatrices, ainsi que des traces sur les parois liées à de précédents problèmes d'étanchéité. Lors de l'inspection des lieux par le tribunal le 10 avril 2014, il a été constaté qu'entre 70 à 80% du terrain de la partie nord de la halle renferme toujours des déchets industriels. A.c. A._ AG (ci-après: A._ ou la nouvelle propriétaire ou bailleresse), dont le siège se trouve à W._, a acheté l'immeuble sur lequel est érigée la halle par acte du 5 novembre 2010 et a été inscrite comme propriétaire au registre foncier le 20 décembre 2010. Au moment de l'achat, A._ ne pouvait qu'être consciente de l'existence de ces défauts dans la mesure où l'acte de vente stipule qu'elle a visité et examiné en détail le bien-fonds, que celui-ci figure à l'inventaire des sites pollués et que les obligations environnementales lui ont été transférées. Le 20 mai 2011, A._ a informé la locataire qu'elle avait acquis divers actifs de E._, notamment la parcelle sur laquelle se trouve la halle et avait été surprise de constater qu'elle n'avait plus payé ses loyers depuis le mois de janvier 2004. Elle a également fait valoir différents montants pour des travaux effectués par la précédente bailleresse et des factures de métal impayées. Elle a mis la locataire en demeure de lui payer la somme de 871'649 fr. 30 jusqu'au 31 octobre 2001, sous menace de résiliation de son bail en vertu de l'art. 257d CO. Elle a renouvelé cette sommation le 20 septembre 2011. Le vendredi 2 novembre 2011, la bailleresse a notifié, sur formule officielle, la résiliation du contrat de bail pour le 31 janvier 2012. B. La locataire a saisi la Commission de conciliation en matière de bail à loyer d'une action en contestation du congé le 5 décembre 2011. L'autorisation de procéder lui ayant été délivrée le 26 janvier 2012, la locataire a déposé sa demande en justice contre la bailleresse A._ devant le Tribunal de district de Sierre le 24 février 2012, concluant, selon son écriture finale, à l'annulation du congé. Dans son écriture finale, la défenderesse a conclu simplement au rejet de la demande. Elle a retiré ses conclusions reconventionnelles en paiement du montant de 219'830 fr. avec intérêts échelonnés sur différents montants, et la demanderesse a retiré son chef de conclusions en prolongation du bail. Les parties sont en litige au sujet de la validité de la résiliation pour défaut de paiement du loyer au sens de l'art. 257d CO. La nouvelle bailleresse invoque que la locataire utilise la halle, qu'elle a poursuivi sans interruption sa production sur le site et souhaite pouvoir y rester, mais qu'elle ne paie aucun loyer. Le juge de district a admis la demande de la locataire et a annulé le congé signifié le 2 novembre 2011, par jugement du 10 juin 2014. Statuant par arrêt du 11 décembre 2015, le Tribunal cantonal du canton du Valais a rejeté l'appel de la bailleresse et confirmé le jugement attaqué. Après une longue motivation au cours de laquelle il a examiné notamment s'il y avait eu fusion entre E._ et A._, ce qu'il a nié, examiné si le nouveau propriétaire au sens de l'art. 261 CO pouvait notifier une résiliation pour défaut de paiement des loyers antérieurs, qui lui auraient été cédés par le précédent propriétaire, question qu'elle a laissée ouverte, la cour cantonale a retenu que la résiliation n'était pas valable puisque la précédente propriétaire et la locataire étaient convenues d'une suspension du paiement du loyer à compter du 1 er janvier 2004 et jusqu'à l'élimination des défauts. C. Contre cet arrêt, la bailleresse a interjeté un recours en matière civile le 29 janvier 2016, concluant à sa réforme en ce sens qu'il soit dit que la résiliation du bail du 2 novembre 2011 est valable. Elle maintient à titre principal que le congé notifié pour demeure dans le paiement des loyer est valable. L'intimée conclut au rejet du recours. Chaque partie a encore déposé des observations.