Faits : A. X._ SA, qui deviendra, par suite de modifications de sa raison sociale, B._ SA (ci-après: B._, la locataire ou la défenderesse), a pris à bail de la société en nom collectif C._, qui deviendra, après plusieurs modifications, A._ SA (ci-après: la bailleresse ou la demanderesse), l'hôtel des bains à xxx, par contrat de bail du 18 juin 1990. Le bail était d'une durée ferme de 20 ans, à compter de la fin des travaux de construction intervenue le 1er mai 1992, durée qui a été réduite par la suite au 31 décembre 2011. Le loyer initial était de 900'000 fr. par an et a été progressivement indexé pour atteindre 983'341 fr. 45 du 1er octobre 2003 au 31 décembre 2007 et 1'031'550 fr. en 2008. B. B.a. Le 31 mai 2005, la bailleresse a ouvert action en paiement contre B._ devant le juge de district de Martigny et St-Maurice, concluant à ce que sa locataire soit condamnée à lui payer le montant de 13'266 fr. 95 avec intérêts à 5% l'an dès le 23 janvier 2005. B._ a conclu au rejet de la demande et, reconventionnellement, notamment à la réduction du loyer et au remboursement des loyers payés en trop, en raison des défauts affectant la chose louée. Sont encore litigieuses les réductions de loyer pour la période du 17 avril 2007 au 31 décembre 2008. B.b. La bailleresse fait valoir qu'elle était prête à entreprendre des travaux de rénovation dès le mois de mars 2007, mais qu'elle n'a pas pu y procéder en raison de l'opposition de la locataire, qui a demandé que des experts déterminent l'état actuel de l'hôtel avant qu'il ne soit procédé aux travaux. L'expert judiciaire D._ désigné par le juge de district a constaté différents défauts le 13 juin 2008. L'expert judiciaire E._ SA, qui s'est adjoint F._ SA, a constaté de son côté que l'hôtel n'ayant pas été rénové depuis sa construction, d'importants travaux étaient nécessaires. Selon ces experts, avec un coût de construction arrêté à 12'300'000 fr., la bailleresse aurait dû consacrer 246'000 fr. par an pour maintenir la chose louée dans l'état approprié à l'usage commercial convenu, voire la moitié de ce montant du fait que l'entretien était à la charge de la locataire, ce qui n'avait pas été le cas. B.c. Le 16 mars 2011, B._ a remis l'exploitation de l'hôtel à un tiers, la société G._ SA, mais il a été convenu que la procédure - qui concernait une période antérieure - continuerait entre les parties au procès. B.d. Par jugement du 31 janvier 2013, le juge de district a admis la demande et condamné la locataire à payer à la bailleresse le montant de 13'266 fr. 95 avec intérêts à 5% l'an dès le 23 janvier 2005 (ch. 1). Il a admis partiellement la reconvention, condamné la bailleresse à payer à la locataire le montant de 429'402 fr. 86 avec intérêts à 5% l'an dès le 1er juin 2006 (ch. 2), ce qui après compensation donne un montant (arrondi) de 415'240 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 1er juin 2006 en faveur de la locataire (ch. 3) et rejeté toutes autres ou plus amples prétentions (ch. 4). Statuant sur appel de la locataire le 24 septembre 2014, la Cour civile I du Tribunal cantonal valaisan a constaté l'entrée en force des ch. 1, 2 et 3 du premier jugement et réformé le ch. 4 en condamnant la bailleresse à payer à la locataire deux montants supplémentaires de 457'253 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 1er juin 2006 et 480'681 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 22 août 2012, lesquels correspondent à des réductions de loyer, le premier pour la période du 1er octobre 2003 au 26 avril 2006 et le second à raison de 295'002 fr. pour la période du 27 avril 2006 au 31 décembre 2007 et à raison de 185'679 fr. pour l'année 2008. C. Contre cet arrêt, la bailleresse a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral le 28 octobre 2014. Elle ne remet pas en cause le premier montant de 457'253 fr. avec intérêts, mais partiellement le second de 480'681 fr. avec intérêts, concluant en réalité à ce qu'elle ne soit condamnée à ce titre que pour le montant de 170'611 fr. avec intérêts, montant correspondant à une réduction de loyer pour la période du 27 avril 2006 au 16 avril 2007. A titre subsidiaire, elle prend les mêmes conclusions, la cause étant renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure cantonale. A titre plus subsidiaire encore, elle demande l'annulation de l'arrêt attaqué et le renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants. La recourante conteste devoir des réductions de loyer pour la période postérieure au 16 avril 2007, soit le montant de 124'391 fr. avec intérêts pour la période du 17 avril 2007 au 31 décembre 2007 et celui de 185'679 fr. avec intérêts pour l'année 2008. Elle invoque la violation des art. 259d CO et de l'art. 2 al. 2 CC, ainsi que l'arbitraire (art. 9 Cst.). Les parties ont encore chacune déposé des observations. La requête d'effet suspensif de la recourante a été rejetée par ordonnance présidentielle du 23 janvier 2015