Faits : A. Par jugement du 25 juin 2013, le Tribunal pénal de l'arrondissement de la Broye a condamné Y._ à une peine privative de liberté ferme de quatre ans et demi et à une amende de 100 fr. pour actes d'ordre sexuel avec des enfants commis à réitérées reprises et avec la circonstance aggravante de la commission en commun, contraintes sexuelles commises à réitérées reprises et avec la circonstance aggravante de la commission en commun, viols commis à réitérées reprises et avec la circonstance aggravante de la commission en commun, séquestration et contravention à la loi fédérale sur les stupéfiants pour les infractions postérieures au 24 juin 2010 (la prescription de l'action pénale étant atteinte pour les infractions antérieures). B. B.a. Par arrêt du 13 juin 2014, la Cour d'appel pénal du Tribunal cantonal fribourgeois a partiellement admis l'appel formé par Y._. Elle l'a reconnu coupable d'actes d'ordre sexuel avec des enfants et de contravention à la loi fédérale sur les stupéfiants, mais l'a acquitté des chefs d'accusation de viol, de contrainte sexuelle et de séquestration. Elle lui a infligé une peine privative de liberté de vingt-huit mois, dont quatorze mois ferme, sous déduction de la détention avant jugement, et quatorze mois avec sursis, le délai d'épreuve étant de deux ans, ainsi qu'une amende de 100 fr., la peine de substitution en cas de non paiement de l'amende étant de un jour de peine privative de liberté. B.b. Sur recours du Ministère public fribourgeois et de la victime A._, la Cour de droit pénal du Tribunal fédéral a annulé, par arrêt du 22 mai 2015 (6B_774/2014), l'arrêt cantonal et renvoyé la cause à la cour cantonale pour nouveau jugement. Elle a considéré que la cour cantonale avait versé dans l'arbitraire en ne tenant pas compte de l'audition du 12 mars 2009 de la victime dont la fiabilité était établie par une expertise de crédibilité et une expertise pédopsychiatre et d'où il ressortait que la victime avait clairement montré son opposition à tout acte sexuel et d'ordre sexuel. B.c. Par arrêt du 18 janvier 2016, la Cour d'appel pénal du Tribunal cantonal fribourgeois a partiellement admis l'appel de Y._. Elle a reconnu l'intéressé coupable de viol, de contrainte sexuelle et d'actes d'ordre sexuel avec des enfants pour les faits du 3 septembre 2008, et de contravention à la loi fédérale sur les stupéfiants pour les faits du 25 juin au 29 juillet 2010, mais l'a acquitté du chef d'accusation de séquestration pour les faits du 3 septembre 2008. Elle l'a condamné à une peine privative de liberté de 42 mois, sous déduction de la détention avant jugement et de la détention en exécution anticipée de peine, ainsi qu'au paiement d'une amende de 100 fr., la peine privative de liberté de substitution en l'absence de paiement étant de un jour. En résumé, la cour cantonale a retenu les faits suivants: Le 3 septembre 2008, A._, Y._ et X._ se sont rendus ensemble à M._, au moyen de la voiture de ce dernier, pour rencontrer la meilleure amie de A._. Arrivés en retard, à savoir vers 18 heures, ils ne l'ont pas vue et se sont rendus à O._ au domicile de X._. Y._ et X._ ont contraint la jeune fille à entretenir des relations sexuelles avec eux, d'abord avec X._, puis avec Y._, puis les trois ensemble, impliquant des fellations, pénétrations vaginales et anales, le tout sur une durée de 1h à 1h30. C. Contre ce dernier arrêt, Y._ dépose un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral. Il conclut, principalement, que l'arrêt attaqué soit réformé en ce sens qu'il est libéré des accusations de contrainte sexuelle et condamné à une peine privative de liberté de trente-six mois, dont quatorze mois ferme, sous déduction de la détention préventive, et de vingt-deux mois avec sursis, le délai d'épreuve étant fixé à deux ans. Subsidiairement, il requiert que l'arrêt attaqué soit annulé et la cause renvoyée à la cour cantonale pour nouveau jugement. En outre, il sollicite l'assistance judiciaire et l'effet suspensif.