Faits : A. En 2008, la Commission agricole A._ (ci-après: la Commission agricole), qui regroupe les communes de B._, E._ et C._, a été fondée afin de conduire des projets agricoles régionaux. Constatant une forte dégradation de la situation des producteurs de lait, elle a établi un projet de développement régional pour E._ (ci-après: le projet de développement) destiné à valoriser la filière du lait de cette région. Ce projet est composé de 46 projets partiels (promotion et marketing, transformation des locaux des fromageries, places et installations de traite, etc.). Après avoir obtenu le préavis positif du canton du Valais à l'intention de l'Office fédéral de l'agriculture (ci-après: l'Office fédéral) le 14 juillet 2011, l'approbation de l'étude préliminaire par cet office le 29 septembre 2011 et l'accord de principe de celui-ci à poursuivre le projet dans sa phase de documentation, la décision du Conseil d'Etat du canton du Valais (ci-après : le Conseil d'Etat) le 25 avril 2012 et les décisions des trois communes partenaires au projet de développement octroyant des contributions financières en faveur de l'étude de planification, ainsi que la décision de la Confédération du 5 octobre 2012 accordant une participation comparable (art. 105 al. 2 LTF), la Commission agricole a élaboré la planification dudit projet qui a été mise en consultation publique dans le Bulletin officiel du 22 juillet 2013. X._ SA, sise à D._, s'est opposée à deux des projets partiels de promotion et de marketing. Ils concernent la Société coopérative Y._ respectivement la société coopérative Z._ exploitant un point de vente directe de produits régionaux à B._. X._ SA estimait que l'octroi de subventions pour ces deux projets engendrerait une atteinte à la neutralité concurrentielle, neutralité imposée par l'art. 89a de la loi fédérale du 29 avril 1998 sur l'agriculture (loi sur l'agriculture, LAgr; RS 910.1). Par décision du 18 juin 2014, le Conseil d'Etat a estimé que l'opposition de X._ SA était irrecevable, celle-ci n'ayant pas qualité pour former opposition car elle ne pouvait être qualifiée de société artisanale au sens des art. 89a LAgr et 13 al. 4 de l'ordonnance fédérale du 7 décembre 1998 sur les améliorations structurelles dans l'agriculture (ordonnance sur les améliorations structurelles, OAS; RS 913.1), compte tenu de son chiffre d'affaires (78.5 millions de fr. en 2012) et de la taille de ses effectifs (salaires comptabilisés de plus de 7.27 millions de fr. en 2012). Le Conseil d'Etat a alors adopté les objectifs du projet de développement contesté et autorisé la poursuite de l'étude des projets partiels contestés. B. Le Tribunal cantonal du canton du Valais (ci-après : le Tribunal cantonal) a rejeté, le 6 février 2015, le recours de X._ SA, estimant que la décision d'irrecevabilité attaquée était justifiée. Après avoir procédé à l'interprétation des art. 89a LAgr et 13 OAS et de la notion d'entreprise artisanale, il a confirmé que la taille et les effectifs de X._ SA étaient éloignés de ceux que l'on pouvait attendre d'une entreprise artisanale. Il a néanmoins estimé que ces deux éléments ne suffisaient pas à définir l'entreprise artisanale et qu'il fallait tenir compte de l'interprétation téléologique des normes topiques: le principe de neutralité concurrentielle avait pour but d'empêcher le développement d'une concurrence déloyale entre les bénéficiaires des mesures d'aide au financement dans l'agriculture et les "entreprises artisanales directement concernées" (selon les termes de ces deux dispositions); il a dès lors estimé que, pour pouvoir invoquer une distorsion de la concurrence par rapport à un projet, il fallait que l'entreprise artisanale concurrencée réalise une part importante de son chiffre d'affaires dans le domaine affecté par la mesure. Or, si X._ SA déployait ses activités commerciales dans la région visée par le projet de développement pour des produits fromagers semblables, les projets partiels contestés n'auraient qu'une influence minime sur les activités commerciales de cette société: la filière de commercialisation de fromage valaisan au lait cru représentait, en 2012, 16% du chiffre d'affaires de X._ SA; sur les 3'853 tonnes de fromage commercialisé cette année-là, 20% étaient des fromages valaisans au lait cru, soit environ 770 tonnes; le projet de développement concernait un volume potentiel de fromage au lait cru de 120 tonnes, c'est-à-dire un volume six fois moins important que la production réalisée par X._ SA et équivalent à 2.6% de son chiffre d'affaires. Partant, celle-ci n'était pas habilitée à invoquer une violation du principe de neutralité concurrentiel. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ SA demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler la décision du 6 février 2015 du Tribunal cantonal, de lui reconnaître la qualité pour faire opposition au projet de développement contesté publié dans le bulletin officiel en juillet 2013 du canton du Valais, puis principalement de renvoyer la cause au Conseil d'Etat afin qu'il statue sur le fond de la cause, subsidiairement de renvoyer la cause au Tribunal cantonal afin qu'il statue au sens des considérants. Elle invoque une violation des art. 89a LAgr et 13 OAS, ainsi que des principe de la liberté économique (art. 27 Cst.) et de l'interdiction de l'arbitraire (art. 9 Cst.). Le Service de l'agriculture du canton du Valais conclut au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité. La Commission agricole a renoncé à se déterminer, tout en précisant qu'elle estimait correct l'arrêt attaqué. Le Tribunal cantonal a également renoncé à déposer des observations. L'Office fédéral a souligné que la procédure de constatation de neutralité concurrentielle était de la compétence des cantons. X._ SA a persisté dans ses conclusions par écriture du 18 août 2015.