Faits : A. Le 8 juillet 2014, le Ministère public du parquet régional de Neuchâtel a ouvert une instruction pénale contre B._ pour infractions à l'art. 19 al. 1 et 2 de la loi fédérale du 3 octobre 1951 sur les stupéfiants et les substances psychotropes (LStup; RS 812.121); il lui était reproché d'avoir déployé ou participé, durant les douze derniers mois, notamment à Boudry, à un trafic international de stupéfiants dépassant vraisemblablement le cas grave. L'instruction a été étendue le 29 novembre 2015 à l'infraction de blanchiment d'argent (art. 305bis CP). Le 16 avril 2015, A._ a été mis en prévention pour ces mêmes chefs d'infractions. Sur mandat du Procureur, B._ et A._ ont été appréhendés le 3 septembre 2015 dans le café tenu par le second. Le premier détenait 18'000 fr. et un dénommé Sacha - dont il sera établi plus tard qu'il était un agent infiltré - se trouvait en possession de 3 kg de cocaïne. Une perquisition au domicile de B._ a également permis de découvrir 110 g de ce qui pourrait être aussi de la cocaïne. Le 7 septembre 2015, le Tribunal des mesures de contrainte (Tmc) a ordonné la détention provisoire de A._, à compter du 3 septembre 2015, en raison d'un risque de collusion. Le 4 septembre 2015, A._ a été entendu par la police, puis par le Ministère public, contestant en substance avoir joué un rôle plus important dans le trafic de stupéfiants que celui qu'il avait avoué; le prévenu a été encore entendu à plusieurs reprises par la police. Au cours de l'instruction, les deux prévenus ont requis l'accès au dossier à plusieurs reprises et différents recours portant sur cette question ont été portés devant l'Autorité de recours en matière pénale du Tribunal cantonal de la République et canton de Neuchâtel. Il semble finalement que le mandataire de A._ ait eu accès au dossier de B._ le 25 janvier 2016. B. Selon le dossier, B._ a fait l'objet, depuis le mois de juillet 2014, de mesures de surveillance téléphonique, puis de sa correspondance postale. Le 29 novembre 2014, le Ministère public a ordonné, respectivement requis auprès du Tmc, la mise en oeuvre d'une investigation secrète avec comme cible B._; cette mesure a été autorisée le 3 décembre 2014 jusqu'au 30 juin 2015. Au cours de ces opérations d'infiltration, il apparut que A._ semblait jouer le rôle d'intermédiaire entre B._ et l'agent infiltré. Le 16 avril 2015, le Ministère public a donc ordonné une investigation secrète contre A._. Ce même jour, le Procureur a déposé une requête d'autorisation d'exploiter une découverte fortuite, ainsi que de procéder à l'investigation secrète susmentionnée. Par ordonnances du 21 avril 2015, le Tmc a approuvé ces deux mesures, l'investigation étant autorisée jusqu'au 30 juin 2015. Le 29 juin 2015, l'autorisation d'investigation secrète a été prolongée jusqu'au 22 septembre 2015. L'adresse électronique de A._ a également fait l'objet d'une mesure de surveillance à partir du 23 avril 2015, vu sa mention dans la surveillance téléphonique de B._ alors en cours. Cette nouvelle mesure a été autorisée par le Tmc le 24 avril 2015, à titre rétroactif pour les six mois précédents et en temps réel jusqu'au 23 juillet 2015; elle a été prolongée jusqu'au 22 septembre 2015. Le 26 octobre 2015, le Ministère public a communiqué à A._ l'existence de l'investigation secrète et les décisions y relatives, notamment celle permettant ladite mesure à l'encontre de B._. Le recours alors intenté par A._ a été déclaré irrecevable en raison de sa tardiveté, décision ensuite confirmée par le Tribunal fédéral le 12 avril 2016 (cause 1B_40/2016). C. Le 21 mars 2016, l'Autorité de recours en matière pénale a joint les recours formés par A._ contre les ordonnances du Tmc du 21 avril 2015 permettant l'exploitation d'une découverte fortuite et du 24 avril 2015 autorisant la surveillance de son adresse électronique. Relevant l'absence de communication formelle de ces deux décisions, elle a estimé que les recours déposés le 2 février 2016 étaient dès lors recevables. La juridiction précédente les a ensuite rejetés. La cour cantonale a en substance considéré qu'il ressortait de la mesure de surveillance secrète téléphonique portant sur B._ des éléments - découvertes fortuites - permettant de mettre également en cause A._ (le trafic de stupéfiants reproché à B._, l'éventuelle implication en tant qu'auteur principal de son frère en Équateur, les liens entre A._ et les deux frères, la volonté de A._ de communiquer avec le frère à l'étranger par le biais d'une adresse électronique); cela justifiait dès lors la procédure entreprise par le Ministère public en application de l'art. 278 al. 2 CPP. La juridiction précédente a ensuite examiné si les conditions d'une surveillance secrète de l'adresse électronique de A._ étaient réunies, notamment celle des graves soupçons de la commission d'une infraction; tel était le cas au regard de l'important trafic de cocaïne sur lequel portait l'enquête et du soupçon avéré que A._ entendait y participer. Elle a ensuite relevé que les soupçons de la commission d'infractions graves par ce dernier étaient antérieurs à la mise en oeuvre des mesures à son encontre (cf. en particulier la chronologie des décisions, l'évolution du comportement de A._ telle que constatée dans le rapport de la police et les éléments ressortant de la mesure parallèle de surveillance téléphonique portant sur B._). D. Par acte du 11 avril 2016, A._ forme un recours en matière pénale contre cet arrêt, concluant à son annulation. Il demande (1) la constatation de l'illicéité des documents et enregistrements collectés dans le cadre des surveillances téléphoniques et leur caractère inexploitable, puis leur destruction immédiate; (2) la constatation de l'illicéité de l'autorisation d'exploitation à son encontre de toutes les informations recueillies à ce jour dans le cadre des surveillances téléphoniques en temps réel menées dans l'instruction séparée dirigée contre B._; (3) l'impossibilité en conséquence d'utiliser lesdits documents et enregistrements à titre de découvertes fortuites à son encontre et leur conservation séparée, puis leur destruction après la clôture de la procédure; et (4) la constatation du caractère illicite et inexploitable de toutes les preuves dérivées, puis ordonner leur destruction immédiate. A titre subsidiaire, il demande le renvoi de la cause à l'autorité précédente ou à toute autre autorité que le Tribunal fédéral désignera. Le recourant sollicite également l'octroi de l'assistance judiciaire. L'autorité précédente n'a pas formulé d'observations. Quant au Ministère public, il a conclu au rejet du recours, se référant aux déterminations du 15 février 2016 déposées au cours de la procédure cantonale.