Faits : A. Par contrat de promesse de vente et d'achat, conclu en la forme authentique les 2 et 18 septembre 2008, X._ (ci-après: la promettante-venderesse ou la défenderesse) s'est obligée à vendre et les époux B.Y._ et A.Y._ (ci-après: les époux ou les demandeurs) à acheter une part de propriété par étages correspondant à un logement en construction à... (GE), pour le prix de 1'305'000 fr. La vente devait intervenir au plus tard le 18 décembre 2009, date prévue pour l'entrée en jouissance. La promettante-venderesse concédait aux époux un droit d'emption cessible à exercer dans un délai échéant le 18 décembre 2009, prolongé au 20 janvier 2010, qui ne ferait pas l'objet d'une annotation au registre foncier. Un acompte sur le prix de vente était payable et a été payé à raison de 50'000 fr. au jour de la signature de la promesse et de 211'000 fr. au plus tard le 30 septembre 2008. Le solde du prix de 1'044'000 fr. était payable au jour de la signature de l'acte de vente définitif. La promesse de vente notariée Z._ stipulait qu'en cas de défaillance des époux, la vente serait considérée comme résolue par leur faute et qu'ils devraient alors payer une somme de 261'000 fr. à la promettante-venderesse à titre de clause pénale au sens des art. 160 ss CO. En 2009, les époux ont également payé à la promettante-venderesse la somme de 15'950 fr. pour des travaux supplémentaires effectués à leur demande. Les époux n'ont pas pu emménager à la date prévue, ce dont ils se sont plaints. Des dissensions sont survenues au sujet d'un éventuel solde dû au titre de travaux supplémentaires. Le 18 janvier 2010, les époux ont informé la promettante-venderesse qu'ils avaient obtenu le crédit hypothécaire le 12 janvier 2010 et qu'ils étaient prêts à payer le solde du prix de vente à tout moment. Toujours le 18 janvier 2010, la promettante-venderesse a fait savoir aux époux qu'elle n'était plus disposée à leur vendre la part d'étage; les époux ont informé la notaire de la situation le 19 janvier 2010. Les époux ne se sont pas acquittés du solde du prix de vente à l'échéance prévue. Ils n'ont pas exercé leur droit d'emption. L'acte de vente n'a pas été signé. Le 26 janvier 2010, la promettante-venderesse a indiqué aux époux que leur droit d'emption avait expiré sans avoir été formellement exercé et que, puisqu'aucun accord n'avait été trouvé au sujet du paiement des travaux supplémentaires qu'ils avaient demandés, préalable nécessaire à la conclusion de la vente, elle se déclarait déliée de la promesse de vente, s'engageant à leur restituer les sommes versées dans les meilleurs délais. Les époux ont requis et obtenu une restriction du droit d'aliéner, puis ont ouvert une action tendant au transfert de la propriété en leur faveur. Par jugement du 10 novembre 2011, confirmé par arrêt de la Cour de justice du 11 juillet 2012, l'action des époux a été rejetée et la restriction du droit d'aliéner radiée. Les époux n'ayant pas pris toutes les mesures pour que le solde du prix de vente soit versé en mains de la notaire au plus tard le 20 janvier 2010, ils avaient ainsi empêché l'avènement de la vente et la promettante-venderesse avait le droit de se départir du contrat sans autres formalités. Par courrier du 30 juillet 2012, la promettante-venderesse s'est prévalue de la clause pénale et a refusé de restituer aux époux les acomptes qu'ils avaient versés. B. Le 20 novembre 2013, les époux ont ouvert action en paiement devant le Tribunal de première instance de Genève contre la promettante-venderesse et contre la notaire ayant instrumenté l'acte, concluant à ce qu'elles soient condamnées à leur payer conjointement et solidairement la somme de 261'000 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 10 septembre 2008 et à ce que la promettante-venderesse soit condamnée à leur verser en sus la somme de 15'950 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 20 novembre 2009. La promettante-venderesse a conclu au rejet de la demande, invoquant la compensation de la peine conventionnelle qui lui était due avec les prétentions en restitution d'acomptes formulées par les demandeurs (art. 105 al. 2 LTF). La notaire a également conclu au rejet de la demande. Plusieurs témoins, dont le président de la Chambre des notaires, ont été entendus. Par jugement du 8 mai 2015, le Tribunal de première instance a libéré la notaire de toute responsabilité et condamné la promettante-venderesse à payer aux demandeurs les sommes de 261'000 fr. (ch. 1) et 15'950 fr. (ch. 2), toutes deux avec intérêts à 5% l'an dès le 17 juillet 2013. Il a retenu que la clause pénale de 20% du prix de vente (correspondant à 261'000 fr.) était valable, mais que la promettante-venderesse avait renoncé à l'invoquer dans son courrier du 26 janvier 2010. Statuant par arrêt du 11 mars 2016, la Cour de justice du canton de Genève a admis partiellement l'appel de la promettante-venderesse et, réduisant la clause pénale à 10% du prix de vente (130'500 fr.), l'a condamnée à rembourser aux époux demandeurs le montant de 130'500 fr. (prix payé 261'000 fr. - clause pénale 130'500 fr.), avec intérêts à 5% l'an dès le 17 juillet 2013, et confirmé sa condamnation au remboursement de 15'950 fr., avec intérêts à 5% l'an dès le 17 juillet 2013. La cour cantonale a considéré en bref que la peine conventionnelle prévue était une peine alternative, qu'il ne pouvait y être renoncé que par remise de dette au sens de l'art. 115 CO et qu'en agissant en exécution, les époux n'avaient pas accepté l'offre de la promettante-venderesse; elle a toutefois jugé que la peine convenue était excessive et l'a réduite à 10% du prix de vente; elle a rejeté l'appel joint des époux demandeurs tendant à la condamnation solidaire de la notaire au remboursement des acomptes payés. C. La promettante-venderesse exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt cantonal, concluant principalement à son annulation en ce qu'il la condamne à payer 130'500 fr. avec intérêts aux demandeurs et, subsidiairement, à son annulation et au renvoi de la cause à la cour cantonale pour complément d'instruction et nouvelle décision dans le sens des considérants. Elle invoque la violation de l'art. 163 al. 3 CO, de la règle sur le fardeau de la preuve et de l'allégation (art. 8 CC) et de son droit d'être entendue (art. 29 al. 2 Cst. et art. 53 CPC). Elle se plaint à titre subsidiaire de la constatation manifestement inexacte des faits et d'une appréciation arbitraire des preuves (art. 97 al. 1 LTF). Les intimés concluent principalement à l'irrecevabilité du recours, au motif que la recourante n'a pris que des conclusions cassatoires, et subsidiairement à son rejet et à la confirmation de l'arrêt attaqué. Les parties n'ont pas déposé d'observations complémentaires.