Faits : A. A la suite de la plainte pénale déposée par B._ le 19 avril 2016, le Ministère public, Parquet régional de Neuchâtel, a ouvert une instruction le 27 avril 2016 contre A._ pour soustraction de données personnelles (art. 179novies CP), subsidiairement pour accès indu à un système informatique (art. 143bis CP). Il lui est en substance reproché d'avoir accédé indûment à la boîte de réception électronique de la plaignante, son ex-épouse, afin de soustraire des données personnelles dont il aurait notamment fait usage dans le cadre d'une procédure civile en modification du jugement de divorce. Le prévenu conteste les faits, soutenant avoir eu connaissance desdites informations par deux personnes tierces, dont il souhaite taire les noms. Dans ce cadre, une perquisition a été opérée le 21 juin 2016 au domicile de A._; ont en particulier été saisis l'ordinateur portable du prévenu, celui appartenant à C._, un disque dur noir dans un étui noir, un NAS disque dur réseau et un téléphone portable IPhone. La mandataire de A._ a sollicité la mise sous scellés de l'ensemble du matériel informatique et, le 29 juin 2016, le Ministère public a demandé leur levée, sous réserve de la correspondance échangée entre le prévenu et son avocate. Par ordonnance du 8 juillet 2016, le Tribunal des mesures de contrainte du Tribunal régional du Littoral et du Val-de-Travers de la République et canton de Neuchâtel (Tmc) a ordonné la levée des scellés apposés sur le matériel informatique séquestré, la correspondance échangée entre le prévenu et son avocate étant exclue. B. Par acte du 14 juillet 2016, A._ forme un recours en matière pénale contre cette décision, concluant à son annulation et au maintien des scellés sur toutes les données informatiques saisies. A titre subsidiaire, il demande que le Tmc procède, le cas échéant avec l'aide d'un expert, au tri de l'ensemble des données, y compris la correspondance, et ne transmette à l'autorité de poursuite pénale que les données nécessaires à la procédure. Encore plus subsidiairement, il requiert le renvoi de la cause à l'autorité précédente. Le recourant sollicite l'effet suspensif au recours et l'octroi de l'assistance judiciaire. S'en remettant à justice s'agissant de l'effet suspensif, le Ministère public a conclu au rejet du recours; il a en particulier relevé que, le 21 juin 2016, la mandataire du recourant avait limité la demande de mise sous scellés à la correspondance concernant ses relations avec le prévenu et n'avait requis l'extension de cette mesure que le 23 juin 2016, soit notamment après que le service informatique de la police neuchâteloise avait commencé ses recherches par mots-clés. Quant à l'autorité précédente, elle a renoncé à se déterminer. Le 24 août 2016, le recourant a notamment produit une requête d'assistance judiciaire et les pièces y relatives. Par ordonnance présidentielle du 4 août 2016, la requête d'effet suspensif a été admise.