Faits : A. A._ est propriétaire de la parcelle n° 106 de la Commune de Coppet, située dans la zone de l'ancienne ville régie par le plan partiel d'affectation de l'Ancienne Ville (PPA) et son règlement (RPPA). Coppet considérée en tant que petite ville est inscrite à l'Inventaire fédéral des sites construits à protéger en Suisse (ISOS) selon l'ordonnance du 9 septembre 1981 concernant l'ISOS (OISOS; RS 451.12). La parcelle n° 106 supporte une grange. Celle-ci a reçu la note *3* au recensement architectural de la Commune de Coppet de septembre 1974. La fiche du recensement indique que la grange a été construite dans le courant du XVIIIe siècle, que ses murs sont en "crépi ciment" et que son état de conservation est "moyen". Selon les photographies de la fiche, les murs de ce bâtiment n'étaient à certains endroits plus entièrement recouverts de crépi, laissant apparaître les moellons composant leur structure. Le 16 janvier 2013, la Municipalité de Coppet (ci-après: la municipalité) a délivré à A._ un permis de transformer la grange en cabinet médical, prévoyant notamment ce qui suit: "tous matériaux apparents (couverture de la toiture, enduit de façade, couleur et type, y compris les murs extérieurs et autres éventuels aménagements...) doivent être soumis pour approbation à la Municipalité, ceci avant leur mise en oeuvre". Le Service cantonal Immeuble, Patrimoine et Logistique, Section Monuments et Sites (SIPAL-MS; ci-après: le SIPAL) avait préalablement délivré l'autorisation spéciale requise pour autant que les éléments charpentés soient sauvegardés davantage, que les percements créés adoptent une facture plus traditionnelle et que les jours soient dotés d'un double vantail avec volets. Le SIPAL précisait dans son autorisation que les constructions ou parties de constructions qui, par leur forme, leur volume, leurs proportions, les matériaux utilisés ou, d'une façon générale, leur apparence compromettaient l'harmonie des lieux n'étaient pas admises. Le 11 février 2014, l'architecte de A._ a adressé à la municipalité une lettre accompagnée d'échantillons de crépi de façade et de la couleur des chevrons en avant-toit. Il y précisait que "le crépissage se fera entre les pierres comme c'est actuellement le cas". La municipalité a répondu le 24 février 2014 avoir accepté les couleurs soumises dans sa séance du 17 février 2014; elle invitait l'architecte à retirer les échantillons auprès du Greffe municipal. Lors de la pose du crépi sur le bâtiment ECA n° 296, il est apparu que celui-ci ne couvrait pas entièrement les murs mais uniquement les interstices entre les moellons qui restaient dès lors apparents. B. Par décision du 2 mai 2014, la municipalité a exigé l'exécution de la finition des façades - à savoir un crépissage complet des surfaces - aux frais de la propriétaire. Celle-ci a formé un recours contre cette décision auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal vaudois (CDAP). La cour cantonale a rejeté ce recours et confirmé la décision attaquée par arrêt du 9 février 2015. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande au Tribunal fédéral de réformer l'arrêt cantonal en ce sens que la décision du 2 mai 2014 est annulée, les travaux de crépissage des façades déjà effectués étant maintenus sans aucune condition supplémentaire, subsidiairement d'annuler l'arrêt attaqué et de renvoyer la cause à la CDAP pour nouvelle instruction et nouveau jugement dans le sens des considérants. Le Tribunal cantonal renonce à déposer une réponse et se réfère aux considérants de son arrêt. Le SIPAL se détermine et qualifie les travaux effectués par la recourante de travaux inachevés. La Commune de Coppet se détermine et conclut au rejet du recours. Lors d'un second échange d'écritures, les parties confirment leurs conclusions.