Faits : A. Dans le cadre de la débâcle du groupe B._ et des entités qui y étaient rattachées, le Ministère public de la Confédération (MPC) a ouvert, le 4 août 2014, une instruction contre C.B._ pour blanchiment d'argent aggravé (art. 305bis ch. 1 et 2 CP); cette procédure a été étendue à D._ également pour blanchiment d'argent aggravé (art. 305bis ch. 1 et 2 CP), ainsi que faux dans les titres (art. 251 CP). Au cours de cette instruction, il est apparu que des sociétés affiliées au groupe A._ (alors A._ Holding SA) auraient rendu d'importants services financiers aux principaux dirigeants du groupe B._, dont C.B._. Le 16 septembre 2014, une perquisition a donc été effectuée dans les locaux lausannois de A._ et les éléments saisis ont permis d'identifier des nombreuses structures gérées pour le compte de la famille B._. La gestion administrative de A._ était effectuée par le biais du logiciel F._, conçu par E._. Selon l'entretien téléphonique du MPC avec le directeur de cette société, ce logiciel permettrait notamment d'avoir un accès à distance pour les employés, y compris depuis l'étranger, mais ne garantirait la conservation des données - dont l'identifiant de l'utilisateur - que de la première et ultime saisie, à l'exception des modifications intervenues dans l'intervalle. Afin d'éviter une éventuelle altération des données, le magistrat fédéral a par conséquent mandaté E._ pour procéder, chez A._, à une sauvegarde des données et extraire diverses listes qui permettraient à terme de procéder au tri. Invoquant notamment le secret des affaires, le défaut d'utilisation dudit logiciel depuis 2013 et l'utilisation à distance uniquement en lecture seule, A._ s'était opposée à cette opération. Le 5 août 2015, le MPC a donc ordonné une seconde perquisition des locaux de A._, afin d'effectuer une copie de sauvegarde de la base de données et des programmes du logiciel F._, d'extraire - sous forme de liste - les entités gérées au moyen de ce logiciel et de produire une liste actuelle des personnes l'utilisant. Par l'intermédiaire de son conseil, A._ s'est à nouveau opposée à cette mesure. Les originaux des données informatiques saisies étant restées en mains de la détentrice, les scellés ont été apposés sur les copies forensiques de ces éléments; un inventaire a été établi. B. Le 24 août 2015, le MPC a demandé la levée des scellés sur les données informatiques portant les numéros de scellés xxx et yyy; il a également conclu à ce que le tri des données soit effectué en présence des autorités et de A._. Dans le délai dûment prolongé au 19 octobre 2015, A._ a conclu, préalablement, à la nomination d'un expert pour établir un inventaire précis des données contenues dans le logiciel. A titre principal, elle a requis la constatation du défaut des conditions légales permettant la perquisition du 5 août 2015 et le maintien des scellés (1) sur les éléments concernant les entités et/ou personnes mentionnées dans les pièces - confidentielles - de ses annexes 3 à 10 (y compris celles relatives aux personnes ayant assumé des fonctions d'organes, ayants droit économiques, représentants et/ou fondés de procuration) et (2) sur toutes les données relatives à la "Messagerie" contenues dans la base de données F._; pour le surplus, les scellés pouvaient être levés. Subsidiairement, elle a demandé le tri des données en sa présence ainsi que celle des autorités. Le 8 juillet 2016, le Tribunal des mesures de contrainte du canton de Vaud (Tmc) a levé les scellés portant sur la copie forensique du logiciel F._, relevant que cette mesure ne serait effective qu'une fois sa décision devenue définitive et exécutoire. C. Par acte du 9 août 2016, A._ forme un recours en matière pénale contre cette ordonnance, concluant au maintien des scellés apposés le 5 août 2015 et à la restitution immédiate des données la concernant. A titre subsidiaire, elle requiert le renvoi de la cause à l'autorité précédente. La recourante demande également que le MPC ne puisse pas avoir accès aux pièces nos 3 à 10 du bordereau produit en annexe à ses déterminations du 19 octobre 2015. Elle sollicite enfin l'effet suspensif du recours. Le MPC a relevé qu'au regard du dispositif du Tmc, la requête d'effet suspensif était sans objet et a conclu au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité. Quant à la cour cantonale, elle s'en est remise à justice s'agissant de l'effet suspensif et s'est référée aux considérants de sa décision. Le 12 octobre 2016, la recourante a persisté dans ses conclusions. Par ordonnance présidentielle du 26 août 2016, le Président de la Ire Cour de droit public a constaté qu'au vu du dispositif de l'ordonnance attaquée, la demande d'effet suspensif était sans objet.