Faits : A. Par jugement du 25 juin 2013, le Tribunal pénal de l'arrondissement de la Broye a condamné X._ à une peine privative de liberté ferme de cinq ans pour actes d'ordre sexuel avec des enfants, actes d'ordre sexuel avec des enfants commis à réitérées reprises et avec la circonstance aggravante de la commission en commun, contrainte sexuelle, contraintes sexuelles commises à réitérées reprises et avec la circonstance aggravante de la commission en commun, viols commis à réitérées reprises et avec la circonstance de la commission en commun, séquestration et remise à des enfants de substances nocives. B. B.a. Par arrêt du 13 juin 2014, la Cour d'appel pénal du Tribunal cantonal fribourgeois a partiellement admis l'appel formé par X._. Elle l'a reconnu coupable d'actes d'ordre sexuel avec des enfants et de remise à des enfants de substances nocives, mais l'a acquitté des chefs d'accusation de viol, de contrainte sexuelle et de séquestration. Elle a fixé la peine privative de liberté à trois ans, dont dix-huit mois ferme, sous déduction de la détention subie avant jugement, et dix-huit mois avec sursis, le délai d'épreuve étant de deux ans. B.b. Sur recours du Ministère public fribourgeois et de la victime A._, la Cour de droit pénal du Tribunal fédéral a annulé, par arrêt du 22 mai 2015 (6B_774/2014), l'arrêt cantonal et renvoyé la cause à la cour cantonale pour nouveau jugement. Elle a considéré que la cour cantonale avait versé dans l'arbitraire en ne tenant pas compte de l'audition du 12 mars 2009 de la victime dont la fiabilité était établie par une expertise de crédibilité et une expertise pédopsychiatre et d'où il ressortait que la victime avait clairement montré son opposition à tout acte sexuel et d'ordre sexuel. B.c. Par arrêt du 18 janvier 2016, la Cour d'appel pénal du Tribunal cantonal fribourgeois a partiellement admis l'appel de X._. Elle a reconnu l'intéressé coupable de viol, de contrainte sexuelle et d'actes d'ordre sexuel avec des enfants pour les faits du 3 septembre 2008, et de contrainte sexuelle et d'actes d'ordre sexuel avec des enfants, ainsi que de remise à des enfants de substances nocives pour les faits du 13 au 14 septembre 2008, mais l'a acquitté du chef d'accusation de séquestration pour les faits du 3 septembre 2008. Elle l'a condamné à une peine privative de liberté de 48 mois, sous déduction de la détention avant jugement et de la détention en exécution anticipée de peine. En résumé, la cour cantonale a retenu les faits suivants: Le 3 septembre 2008, A._, Y._ et X._ se sont rendus ensemble à M._, au moyen de la voiture de ce dernier, pour rencontrer la meilleure amie de A._. Arrivés en retard, à savoir vers 18 heures, ils ne l'ont pas vue et se sont rendus à O._ au domicile de X._. Y._ et X._ ont contraint la jeune fille à entretenir des relations sexuelles avec eux, d'abord avec X._, puis avec Y._, puis les trois ensemble, impliquant des fellations, pénétrations vaginales et anales, le tout sur une durée de 1h à 1h30. Le week-end du 13 au 14 septembre 2008, A._ a fêté son 15ème anniversaire au domicile de sa maman, à N._, avec des amis, dont Y._ et X._. La mère de A._ a quitté le domicile entre 23h30 et 2h du matin. X._ est alors sorti et a ramené deux bouteilles de vodka. Il a ensuite contraint A._ à lui faire une fellation. C. Contre ce dernier arrêt, X._ dépose un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral. Il conclut, principalement, que l'arrêt attaqué soit réformé en se cens qu'il est libéré des accusations de viol et de contrainte sexuelle et condamné à une peine privative de liberté n'excédant pas trois ans, dont dix-huit mois ferme, sous déduction de la détention préventive, et dix-huit mois avec sursis, le délai d'épreuve étant fixé à deux ans, subsidiairement à une peine de trois ans dont dix-huit mois ferme, sous déduction de la préventive, et dix-huit mois avec sursis, le délai d'épreuve étant fixé à deux ans. Subsidiairement, il requiert que l'arrêt attaqué soit annulé et la cause renvoyée à la cour cantonale pour nouveau jugement. En outre, il sollicite l'assistance judiciaire et l'effet suspensif.