Faits : A. Le 22 janvier 2015, A._ a déposé auprès du Secrétariat d'Etat à la formation, à la recherche et à l'innovation (ci-après: le Secrétariat d'Etat) une demande d'obtention a posteriori d'un titre d'une haute école spécialisée (ci-après: HES) de la filière " soins infirmiers " du domaine d'études santé (ci-après : un titre HES en soins infirmiers). A l'appui de cette demande, elle a produit différents titres, à savoir un diplôme intitulé " Gesundheits- und Krankenpflege Diplomniveau II " délivré le 22 mars 2002 par le Centre de formation thurgovien pour les professions de la santé; un certificat " Diplomierte Pflegefachfrau HöFa I " obtenu après une formation de " Höhere Fachausbildung in Krankenpflege Stufe I " et reconnu le 24 octobre 2007 par l'Association suisse des infirmières et infirmiers, ainsi qu'un " Certificate of Advanced Studies in Case Management " (ci-après: le CAS en Case Management) de la " Hochschule Luzern - Soziale Arbeit " délivré le le 16 juin 2011. Par décision du 9 juin 2015, le Secrétariat d'Etat a rejeté la demande de A._ au motif que le CAS en Case Management ne constituait pas un titre du domaine d'études de la santé comme exigé par l'art. 1 al. 4 let. d de l'ordonnance du 4 juillet 2000 du Département fédéral de l'économie, de la formation et de la recherche sur l'obtention a posteriori du titre d'une haute école spécialisée (ci-après: l'ordonnance sur l'obtention a posteriori du titre d'une HES ou OPT-HES; RS 414.711.5), entrée en vigueur le 1er octobre 2000. B. Par arrêt du 29 février 2016, le Tribunal administratif fédéral a rejeté le recours de A._ pour la même raison. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, principalement, d'annuler l'arrêt du 29 février 2016 du Tribunal administratif fédéral, ainsi que la décision du 9 juin 2015 du Secrétariat d'Etat, et de modifier cette décision en ce sens qu'elle obtient a posteriori le titre HES en soins infirmiers; subsidiairement, de renvoyer la cause au Tribunal administratif fédéral pour une nouvelle décision dans le sens des considérants; elle requiert également la suspension de la procédure jusqu'à droit jugé dans une affaire similaire pendante devant le Tribunal de céans. Le Secrétariat d'Etat conclut au rejet du recours et le Tribunal administratif fédéral a renoncé à prendre position. A._ s'est encore prononcée par écriture du 11 juillet 2016.