Faits : A. A._ travaillait en qualité de représentante auprès de B._ SA. Indiquant souffrir des séquelles d'un accident survenu le 25 mars 2007, elle a déposé une demande de prestations auprès de l'Office de l'assurance-invalidité pour le canton de Vaud (ci-après: l'office AI) le 28 janvier 2008. Se fondant sur les éléments recueillis au cours de l'instruction, notamment sur le dossier qui lui a été transmis par l'assurance-accidents - dont il ressort que la capacité de travail de l'assurée, dans l'activité habituelle comme dans une activité adaptée, était nulle dès le 25 mars 2007, de 60 % à partir du 1 er juin suivant et de 100 % à partir du 11 mars 2009 (date de l'examen clinique réalisé par le Centre d'expertise médicale de U._ [CEMed]) -, l'administration a rejeté la demande par décision du 5 juillet 2012. Elle a en substance constaté que le degré d'invalidité calculé (25,92 %) en application de la méthode de comparaison des revenus était insuffisant pour ouvrir le droit à une rente. B. L'assurée a recouru contre cette décision auprès de la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal du canton de Vaud. Par jugement du 2 février 2016, la juridiction cantonale a admis le recours et réformé la décision rendue le 5 juillet 2012, en ce sens que A._ a droit à un quart de rente du 1er juillet 2008 au 30 juin 2009, considérant que le degré d'invalidité (40 %) devait être calculé en application de la méthode de comparaison en pour-cent. C. L'office AI interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont il demande l'annulation. Il conclut en substance à la confirmation de sa décision du 5 juillet 2012. L'assurée a conclu de manière implicite au rejet du recours et produit un certificat médical daté du 12 décembre 2010. L'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer.