Faits : A. X._ SA est une société inscrite au registre du commerce du canton de Vaud dont le siège est à Lausanne et le but consiste en l'exploitation de salons de coiffure pour dames et le commerce d'articles relatifs à la coiffure et aux soins capillaires. A.Y._ et B.Y._ sont tous deux administrateurs de la société et bénéficient de la signature individuelle. C.Y._ en est l'unique actionnaire. La société X._ SA était propriétaire de la parcelle n° **** de la Commune du Mont-sur-Lausanne, acquise en 1978 pour un montant de 101'890 fr. A son acquisition, sa valeur fiscale était de 50'000 fr., montant ajusté à 143'000 fr. lors de la révision générale de 1994. Cette parcelle de 1'145 m 2est située en zone villas et n'est pas construite. Elle est attenante à la parcelle n° ****, propriété de C.Y._, qui est construite et présente une surface de 1'004 m 2. Par acte notarié du 23 avril 2008, X._ SA a vendu son immeuble à C.Y._ pour un montant de 250'000 fr., correspondant à la valeur pour laquelle cette parcelle était inscrite au bilan de la société au 30 septembre 2007. Le 18 juin 2008, l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud (ci-après: l'Administration fiscale) a arrêté à 343'500 fr. l'assiette du droit de mutation dû par l'acquéreur. Le 25 août 2008, la Commission d'estimation fiscale des immeubles du district de Lausanne a maintenu à 143'000 fr. l'estimation fiscale de la parcelle. Suite à la réclamation de l'acquéreur, l'Administration fiscale a réformé la taxation du 18 juin 2008 au détriment de celui-ci, en portant à 572'500 fr. l'assiette du droit de mutation (soit à 500 fr. le mètre carré). Cette décision a ensuite été confirmée par le Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal) ainsi que par le Tribunal fédéral (arrêt 2C_753/2010 du 23 mars 2011). B. Le 10 octobre 2009, X._ SA a déposé sa déclaration d'impôt pour la période fiscale 2008. Elle a annoncé une perte de 66'934 fr. et un capital imposable de 50'000 fr. Le 10 février 2010, l'Office d'impôt des personnes morales du canton de Vaud a notifié à la société intéressée la taxation définitive pour la période 2008. A cette occasion, il a repris la différence entre le prix de vente de l'immeuble (250'000 fr.) et l'assiette du droit de mutation prélevé auprès de C.Y._ (572'500 fr.), c'est-à-dire 322'500 fr., et arrêté le bénéfice imposable à 217'900 fr. Il a ainsi fixé les impôts cantonal et communal (ci-après: ICC) de la société à 44'497 fr. 15 et l'impôt fédéral direct (ci-après: IFD) à 18'521 fr. 50. La réclamation de l'intéressée a été rejetée par l'Administration fiscale le 2 octobre 2013. Saisi d'un recours, le Tribunal cantonal a rejeté celui-ci par arrêt du 20 mai 2014. Par arrêt du 15 janvier 2015 (2C_594/2014 et 2C_597/2014), le Tribunal fédéral a admis le recours de X._ SA et annulé l'arrêt du 20 mai 2014 du Tribunal cantonal. Il a jugé en substance qu'en omettant de tenir compte, dans les considérants de son arrêt, d'une expertise privée portant sur le caractère comparable des parcelles prises en considération pour fixer la valeur vénale de l'immeuble aliéné par la société à son actionnaire, produite lors du second échange d'écritures, le Tribunal cantonal avait violé le droit d'être entendu de l'intéressée. Il a également considéré que rien ne s'opposait à ce que le dossier établi par l'Administration fiscale en matière de droits d'enregistrement perçus auprès de l'actionnaire de X._ SA soit utilisé en matière d'IFD et d'ICC dans le chapitre de la société, relevant cependant que si, avant de rendre une nouvelle décision, le Tribunal cantonal devait verser au dossier fiscal de l'intéressée les pièces du dossier de l'actionnaire relatives à la fixation de la valeur vénale de l'immeuble aliéné, plutôt que de s'en tenir au contenu des arrêts publiés du Tribunal cantonal du 31 août 2010 et du Tribunal fédéral du 23 mars 2011 (2C_753/2010), il devait faire en sorte que le droit d'être entendu de la société soit respecté. C. Par arrêt du 3 septembre 2015, le Tribunal cantonal, après avoir procédé à une audience d'instruction le 27 mai 2015 et avoir en particulier entendu l'expert de la société intéressée, a rejeté le recours. Il a d'abord confirmé le montant de la valeur vénale de la parcelle n° **** à 572'500 fr., c'est-à-dire à 500 fr. le mètre carré. Il a ensuite jugé que toutes les conditions d'une distribution dissimulée de bénéfice étaient réunies et que c'était à juste titre qu'une reprise de 322'500 fr. avait été opérée au compte de pertes et profits de la société pour l'année 2008. D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ SA demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du Tribunal cantonal du 3 septembre 2015 ou, subsidiairement, d'annuler l'arrêt précité et de renvoyer la cause à celui-ci pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Elle se plaint de violation de son droit d'être entendue ainsi que de violation du droit fédéral et cantonal. Le Tribunal cantonal, l'Administration fiscale et l'Administration fédérale des contributions concluent tous trois au rejet du recours. Dans des observations finales, X._ SA a confirmé ses conclusions, faisant en plus référence à l'arrêt 2C_662/2014 du 25 avril 2015 et demandant, en cas de rejet de son recours, à ce que la cause soit renvoyée " à l'autorité cantonale ou à l'autorité intimée " aux fins " de correction du bénéfice et constitution de la provision pour impôt appropriée ".