Faits : A. Par jugement du 3 février 2016, le Tribunal des mineurs du canton de Vaud a constaté que X._, né le *** 1997, s'était rendu coupable de lésions corporelles simples qualifiées, vol, dommages à la propriété, faux dans les certificats, mutinerie de détenus et contravention à la LStup. Il l'a condamné à 5 mois de privation de liberté, sous déduction de 12 jours de détention avant jugement. B. Par jugement du 12 mai 2016, la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal vaudois a rejeté l'appel formé par X._, confirmant, en particulier, la peine de 5 mois de privation de liberté sous déduction de 12 jours de détention avant jugement, soit 5 jours de détention provisoire et 7 jours en consignation stricte effectués dans le cadre du placement provisionnel. La cour cantonale n'a, en revanche, pas imputé 359 jours (366 de placement total moins la déduction de 7 jours) de placement provisionnel en milieu fermé, dont 32 jours d'évasion. C. X._ recourt en matière pénale au Tribunal fédéral contre ce jugement, concluant avec suite de frais, principalement, à sa réforme en ce sens que 339 jours de détention avant jugement (366 jours de placement moins 32 jours d'évasion, ajoutés à 5 jours de détention provisoire) sont imputés sur sa peine privative de liberté, qui a ainsi déjà été entièrement exécutée. A titre subsidiaire, il demande le renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision au sens des considérants. X._ requiert, par ailleurs, le bénéfice de l'assistance judiciaire. D. Invités à se déterminer sur le recours, la Cour d'appel pénale y a renoncé, se référant aux considérants du jugement entrepris, et le Ministère public a conclu au rejet du recours. Le recourant a répliqué.