Faits : A. Le 16 novembre 2012, le Département valaisan des transports, de l'équipement et de l'environnement (DTEE) a mis en consultation publique des plans relatifs à des travaux de renforcement de la digue du Rhône sur le territoire de la Commune de Collombey-Muraz. Cette mesure anticipée fait partie du projet de plan d'aménagement de la 3e correction du Rhône. Elle prévoit de consolider la digue du fleuve au moyen d'un rideau de palplanches sur une profondeur de 9 m entre les km 15,640 et 16,450, soit au niveau de la parcelle n° 2499 du cadastre communal, propriété de RSO Services SA, où se trouvent les installations de la raffinerie exploitée par Tamoil SA. Des mesures d'équilibrage écologique sont également prévues par cette planification. Il s'agit d'améliorer, de part et d'autre du site industriel, les liaisons biologiques longitudinales permettant à la petite faune de transiter entre les berges du Rhône et le canal du Bras Neuf, parallèle au fleuve. La liaison aval, au nord-ouest du n° 2499, prend place dans une forêt alluviale existante, où doivent être aménagés trois milieux humides, une lisière étagée et une prairie extensive sur les parcelles nos 3438 et 2670, propriétés respectivement de RSO Services SA et de la Bourgeoisie de Collombey-Muraz. La liaison amont, au sud-est, entre la raffinerie et les installations de Satom SA (société active dans le traitement de déchets), doit être améliorée par la création, sur le n° 3439, propriété de RSO Services SA, d'un réseau de bosquets, de haies basses et de forêts extensives, ainsi que par la mise en place d'un milieu humide et le recouvrement de conduites de vapeur semi-enterrées au moyen d'une fine couche de terre. La pérennité de ces mesures d'équilibrage écologique sera garantie au moyen de servitudes et d'une convention entre l'Etat du Valais et la propriétaire. RSO Services SA et Tamoil SA se sont opposées au projet. B. Par décision du 18 juin 2014, le Conseil d'Etat a approuvé le projet d'aménagement de la mesure anticipée "Raffinerie" de la 3e correction du Rhône. Statuant sur recours des deux opposantes, la Cour de droit public du Tribunal cantonal du Valais a confirmé cette décision par arrêt du 3 juillet 2015. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, RSO Services SA et Tamoil SA demandent au Tribunal fédéral d'annuler cet arrêt et de renvoyer la cause au Conseil d'Etat, subsidiairement au Tribunal cantonal, pour examen du dossier au fond et nouvelle décision dans le sens des considérants. La cour cantonale et la Commune de Collombey-Muraz renoncent à se déterminer. Le Conseil d'Etat conclut au rejet du recours. Consulté, l'Office fédéral de l'environnement renonce à prendre position, le recours ne mentionnant aucune violation de dispositions matérielles de la législation fédérale environnementale. Les recourantes n'ont pas fait usage de leur droit de réplique. Par ordonnance du 9 octobre 2015, le Président de la Ire Cour de droit public a accordé l'effet suspensif au recours.