Faits : A. Un immeuble de six étages (plus un attique) a été construit sur la parcelle n o 2'683 du registre foncier de la commune de Genève, au 5 chemin des Crêts-de-Champel, en 1966. Le 23 août 1983, un géomètre officiel a dressé le cahier de répartition des locaux de la propriété par étages (PPE) de cet immeuble et a inscrit que le 6ème étage comportait deux appartements de quatre pièces, chacun de 106,70 m2 et avec un balcon. Ledit cahier de répartition a été visé par le registre foncier, le cadastre et la centrale des autorisations de construire. Le 21 février 1985, une réquisition d'inscription de mise en PPE de l'immeuble concerné a été déposée au registre foncier par le notaire mandaté par la société immobilière propriétaire de l'immeuble. Cette réquisition indiquait notamment que deux appartements de quatre pièces avec balcon se trouvaient au 6ème étage, sous les lots n° 9.01 et 9.02. Un nouveau cahier de répartition des locaux relatif à la PPE de l'immeuble érigé sur la parcelle n° 2'683, remplaçant celui déposé au registre foncier en 1985, a été établi par un géomètre officiel, signé le 28 novembre 2005 et enregistré au registre foncier le 22 décembre 2005. Le plan et le tableau de répartition des locaux rectifiés prévoyaient désormais, pour le 6ème étage, un seul appartement de huit pièces d'une surface de 213 m2 avec balcon valant 142 o/oo, sous lot n° 9.02, le n° 9.01 correspondant à l'escalier et à la partie de l'étage extérieure à l'appartement. Par décision du 4 décembre 2009, le Département des constructions et des technologies de l'information du canton de Genève (devenu le Département de l'urbanisme, puis le Département de l'aménagement, du logement et de l'énergie [ci-après : le Département]), a donné une suite favorable à une demande définitive d'autorisation de construire portant sur la surélévation de deux étages en attique de l'immeuble précité, déposée le 23 septembre 2009 par la PPE B._, représentée par C._ SA. Le 17 février 2011, A._ SA est devenue propriétaire de l'appartement de huit pièces du 6ème étage susmentionné, pour la somme de 2'450'000 francs. B. Le 27 mars 2012, le Département a écrit à A._ SA que, à la suite du dépôt de la demande d'autorisation de construire précitée et après vérification sur place, il avait constaté que l'appartement propriété de A._ SA résultait de la réunion de deux appartements, soit les lots n° 9.01 et 9.02; une telle réunion en un seul logement n'était autorisable que si elle était destinée au propriétaire ayant l'intention de l'occuper au titre d'habitation principale; n'ayant été saisi d'aucune requête en autorisation concernant la réunion litigieuse, A._ SA devait lui fournir, dans un délai de quinze jours dès réception dudit courrier, toutes les explications utiles, précisant que "toutes mesures et/ou sanction restaient réservées". Par courrier du 5 avril 2012, A._ SA a répondu qu'elle n'avait pas procédé à la réunification des lots n° 9.01 et 9.02; cette société avait acquis l'appartement en question en un seul lot, le n° 9.02; depuis plus de vingt-cinq ans, il n'y avait qu'un appartement de huit pièces au 6ème étage de l'immeuble en cause. Par décision du 7 mai 2012, le Département a ordonné à A._ SA de rétablir une situation conforme au droit en procédant à la remise en état des deux appartements de quatre pièces situés au 6ème étage de l'immeuble, au motif que la situation constituait une infraction aux art. 1 de la loi genevoise sur les constructions et les installations diverses du 14 avril 1988 (LCI; RSG L 5 05) et 1 à 4 de la loi genevoise sur les démolitions, transformations et rénovations de maisons d'habitation (mesures de soutien en faveur des locataires et de l'emploi) du 25 janvier 1996 (LDTR; RSG L 5 20); cette mesure ferait l'objet de l'inscription d'une restriction du droit de propriété, par voie de mention, au registre foncier conformément à l'art. 153 de la loi sur les constructions et les installations diverses du 14 avril 1988 (LCI; RSG L 5 05); lors de la mise en PPE de l'immeuble concerné en février 1985, il y avait deux logements de quatre pièces au 6ème étage, soit les lots n° 9.01 et 9.02, comme mentionné sur le cahier de répartition des locaux enregistré au registre foncier; or, le Département n'avait été saisi d'aucune requête en autorisation pour la réunion de ces deux appartements. A._ SA a interjeté un recours contre cette décision auprès du Tribunal administratif de première instance du canton de Genève. Après avoir procédé à une inspection locale le 9 octobre 2012, celui-ci a rejeté le recours, par jugement du 29 octobre 2012. Par arrêt du 11 novembre 2014, la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) a rejeté le recours déposé par A._ SA contre ce jugement. Elle a considéré en substance que le délai de trente ans de péremption n'était pas échu au jour du prononcé de la décision du Département du 7 mai 2012, que l'ordre de remise en état ne violait pas le principe de la bonne foi et respectait le principe de la proportionnalité. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ SA demande principalement au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt attaqué et la décision du 7 mai 2012, de constater que le 6 ème étage de l'immeuble sis au chemin des Crêts-de-Champel 5 à Genève distribue un unique appartement de huit pièces, que la remise en état des deux appartements de quatre pièces ne peut pas être ordonnée, que l'inscription de la mention ordonnée au sens de l'art. 153 LCI est sans objet et qu'aucune infraction à la LDTR et à la LCI n'a été commise par A._ SA. Elle conclut subsidiairement au renvoi de la cause à l'instance précédente pour nouvelle décision au sens des considérants. Elle se réfère notamment à un jugement du Tribunal administratif de première instance du 10 octobre 2013, dans lequel il a été admis que la réunion de deux appartements au 3 ème étage du même immeuble remontait à plus de trente ans, alors que le cahier de répartition des locaux de 1983 et la réquisition d'inscription au registre foncier de 1985 indiquaient deux appartements de quatre pièces. Invitée à se déterminer, la Cour de justice s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Le Département de l'aménagement, du logement et de l'énergie conclut au rejet du recours. La recourante a renoncé à répliquer par courrier du 2 mars 2015.