Faits : A. A.a. Le 6 août 1993, sept personnes, à savoir (1) A._ SA (ci-après: A._), (2) E._, (3) B._, société en commandite (ci-après: B._), (4) C._ (auquel ont succédé ultérieurement ses héritiers (4a) C.M._ et (4b) C.N._) et (5) D._, ainsi que (6) E._ SA et (7) F._ ont constitué une société simple dans le but d'acheter la parcelle sur laquelle la société entendait construire un bâtiment de 19 appartements, pour lequel les propriétaires avaient déjà obtenu une autorisation de construire le 21 avril 1992, et ensuite de le vendre en bloc ou par appartement. Ils sont devenus propriétaires de cette parcelle (art. 105 al. 2 LTF) et titulaires de l'autorisation de construire. A.b. Le 9 novembre 2004, les associés simples n° s 1 à 5 ont formé une nouvelle société simple dans le but de détenir 7 appartements et 7 boxes invendus dans le cadre de la promotion immobilière ayant fait l'objet du contrat de société simple du 6 août 1993, lesquels étaient destinés à la location et, ultérieurement, à la vente. Deux des appartements, encore en mains des associés de la première société simple (sic) ont fait l'objet de deux autorisations d'aliénation de la part du Département de l'urbanisme les 14 novembre 2011 et 6 février 2012. Les 2 janvier et 12 mars 2012, X._ a recouru contre ces autorisations, soutenant en substance que la vente de ces deux appartements violait l'art. 39 de la loi genevoise sur les démolitions, transformations et rénovations de maisons d'habitation du 25 janvier 1996 (LDTR; L 5 20). Les deux recours ont été rejetés par jugement du 15 mai 2012, lequel a été confirmé par la Cour de justice le 30 avril 2013. Il a été retenu en procédure que, dans l'intervalle, à savoir le 28 juin 2012, l'associé n° 3 (B._) a cédé ses droits sur les deux appartements litigieux à G._ SA (ci-après: G._) et que G._ lui a ainsi succédé au sein de la seconde société simple. B. B.a. Par requête de conciliation du 27 février 2014, les associés n° s 1, 2, 3 (B._), 4a, 4b et 5 ont ouvert contre X._ une action en responsabilité civile, concluant au paiement de 370'758 fr. 05 avec intérêts à 5% l'an dès le 8 juin 2013, montant réduit finalement à 360'980 fr. 86 avec les mêmes intérêts (art. 105 al. 2 LTF). La conciliation ayant échoué et une autorisation de procéder leur ayant été délivrée, les demandeurs ont déposé leur demande devant le Tribunal de première instance de Genève le 18 août 2014. Ils ont fait valoir que les recours déposés par X._ contre les autorisations d'aliéner étaient abusifs et qu'ils avaient subi un dommage du fait que les appartements étaient restés vides et invendables jusqu'à l'entrée en force des autorisations d'aliéner le 8 juin 2013. X._ a conclu au rejet de la demande, notamment au motif que l'associé n° 3 (B._) avait cédé ses droits sur les deux appartements litigieux à G._ pour un montant de 17'860'937 fr., que G._ avait donc succédé à B._ dans la propriété commune des deux appartements et qu'elle était seule légitimée à agir aux côtés des quatre autres associés simples. A l'audience du 13 mai 2015, les demandeurs ont conclu à ce que " G._ se substitue à B._ " dans la procédure. La défenderesse s'est expressément opposée à l'entrée en procédure de G._. Il a en outre été retenu que les demandeurs n'ont pas allégué, ni prouvé que G._ aurait cédé sa créance aux autres associés et à B._ avant le dépôt de la " demande " (sic). La procédure a été limitée à la question de la consorité nécessaire des demandeurs. Le Tribunal de première instance a rejeté la demande par jugement du 11 août 2015. Il a considéré que, depuis le 28 juin 2012, G._ avait succédé à B._ de sorte que c'est G._ qui formait désormais la société simple avec les autres associés; dès lors, faute pour G._ d'avoir introduit la requête de conciliation aux côtés des autres associés, l'action devait être rejetée, faute de légitimation active. Statuant le 22 avril 2016, la Chambre civile de la Cour de justice de Genève a rejeté le recours et confirmé le jugement entrepris. B.b. Le 2 juin 2015, les cinq demandeurs, ainsi que G._ ont déposé une nouvelle requête de conciliation contre X._. C. Contre l'arrêt du 22 avril 2016, les cinq demandeurs (comprenant B._) interjettent un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Ils concluent à sa réforme en ce sens que B._ soit autorisée à se substituer G._ à la procédure et au renvoi de la cause au tribunal de première instance à charge pour lui d'opérer la substitution (sic) et de procéder à l'instruction et au jugement au fond. L'intimée conclut au rejet du recours et à la confirmation de l'arrêt attaqué, subsidiairement, en cas de renvoi à l'instance précédente, qu'un troisième voire quatrième échange d'écritures soit autorisé. La Cour de justice se réfère aux considérants de son arrêt. Les parties n'ont pas déposé d'observations supplémentaires.