Faits : A. Par contrat du 22 juin 2015, X._, Y._ et Z._ ont pris à bail un appartement de 3 pièces dans un immeuble à Nyon, appartenant à A._ SA. Le bail a été conclu pour une durée limitée de 5 ans du 16 septembre 2015 au 15 septembre 2020. Le loyer mensuel net a été fixé à 1'770 fr., un acompte de chauffage et d'eau chaude de 130 fr. et un acompte de frais d'exploitation de 170 fr. étant dus en sus. La formule officielle de notification de loyer lors de la conclusion d'un nouveau bail, faisant état d'un loyer net payé par le précédent locataire de 1'331 fr., a été remise aux locataires (art. 105 al. 2 LTF). B. Par requête du 21 septembre 2015 adressée à la Commission de conciliation en matière de baux et loyers, Préfecture de Nyon, les locataires ont ouvert action en contestation du loyer initial, en remboursement du trop-perçu et en requalification du bail de durée déterminée en bail de durée indéterminée (art. 105 al. 2 LTF). La conciliation ayant échoué et une autorisation de procéder leur ayant été délivrée (art. 105 al. 2 LTF), les locataires ont déposé leur demande devant le Tribunal des baux du canton de Vaud le 27 novembre 2015, concluant en substance d'une part, en ce qui concerne la durée du bail, à ce que la clause limitant la durée du bail à 5 ans soit déclarée nulle (I), que le bail soit requalifié en contrat de durée indéterminée, se renouvelant de trois mois en trois mois, aux échéances légales, sauf avis de résiliation donné par l'une ou l'autre des parties trois mois avant la date d'échéance (II) et, d'autre part, en ce qui concerne le montant du loyer, à ce que le loyer net soit déclaré excessif au sens des art. 269 à 269a CO (III), qu'il soit réduit de 770 fr. (IV) et fixé à 1'000 fr. par mois à partir du 16 septembre 2015 (IV). La défenderesse a conclu à l'irrecevabilité de la demande, au motif qu'il n'était pas possible de joindre des conclusions en contestation du loyer initial soumises à la procédure simplifiée et des conclusions en requalification du contrat (en durée indéterminée) soumises à la procédure ordinaire dans une même demande. Elle a conclu à ce que le Tribunal des baux rende une décision préjudicielle sur la recevabilité des conclusions des demandeurs. Le 29 avril 2016, le Tribunal a communiqué à la défenderesse qu'il n'entendait pas statuer à titre préjudiciel sur la recevabilité des conclusions, toutes celles-ci relevant de la procédure simplifiée. La bailleresse ayant requis une décision formelle attaquable, le Tribunal des baux a, par décision du 3 juin 2016, décidé de ne pas statuer à titre préjudiciel sur la question de la recevabilité des conclusions de la demande, considérant que tant les conclusions 1 et 2 que les conclusions 3 à 5 relèvent de la procédure simplifiée; il a refusé d'appliquer l'art. 125 let. a CPC. Statuant le 25 juillet 2016, la Chambre des recours civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud a admis le recours de la bailleresse et réformé la décision attaquée en ce sens que les conclusions III à V sont soumises à la procédure simplifiée et que les conclusions I et II de la demande, soumises à la procédure ordinaire, sont disjointes. Elle a considéré que ces dernières conclusions, qui concernent la requalification d'un contrat de bail de durée déterminée en un contrat de durée indéterminée, ne portent pas sur une résiliation de bail et donc sur " la protection contre les congés ou la prolongation du bail " au sens de l'art. 243 al. 2 let. c CPC. C. Contre cet arrêt, les locataires ont interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral le 23 septembre 2016, concluant en substance à sa réforme dans le sens jugé par le Tribunal des baux le 3 juin 2016. Ils invoquent en particulier que la requalification du contrat de durée déterminée en contrat de durée indéterminée entre dans le champ d'application de l'art. 243 al. 2 let. c CPC. Après avoir demandé une prolongation de délai pour répondre, la bailleresse a renoncé à déposer une réponse et s'en est remise à justice. La cour cantonale s'est référée aux considérants de son arrêt.