Faits : A. Le 20 février 2015, A._ a déposé auprès du Secrétariat d'Etat à la formation, à la recherche et à l'innovation (ci-après: le Secrétariat d'Etat) une demande d'obtention a posteriori d'un titre d'une haute école spécialisée (ci-après: HES) de la filière " soins infirmiers " du domaine d'études santé (ci-après: un titre HES en soins infirmiers). A l'appui de cette demande, elle a produit différents titres, à savoir un diplôme d'infirmière en hygiène maternelle et en pédiatrie " Kinderkrankenpflege, Wochen- und Säuglingspflege " obtenu le 15 avril 1981, un diplôme intitulé " Höhere Fachausbildung in Krankenpflege Stufe I " reconnu le 28 décembre 1999 par l'Association suisse des infirmières et infirmiers (ASI), ainsi qu'un " Certificate of Advanced Studies in Leadership Advanced (IAP) " (ci-après : le CAS en Leadership) obtenu le 10 avril 2015 auprès de l' " Institut für Angewandte Psychologie " de la " Zürcher Hochschule für Angewandte Wissenschaften ". Par décision du 9 juin 2015, le Secrétariat d'Etat a rejeté la demande de A._ au motif que le CAS en Leadership ne constituait pas une formation du domaine d'études de la santé comme exigé par l'art. 1 al. 4 let. d de l'ordonnance du 4 juillet 2000 du Département fédéral de l'économie, de la formation et de la recherche sur l'obtention a posteriori du titre d'une haute école spécialisée (ci-après: l'ordonnance sur l'obtention a posteriori du titre d'une HES ou OPT-HES; RS 414.711.5), entrée en vigueur le 1er octobre 2000. B. Par arrêt du 14 mars 2016, le Tribunal administratif fédéral a rejeté le recours de A._ pour la même raison. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, principalement, d'annuler l'arrêt du 14 mars 2016 du Tribunal administratif fédéral, ainsi que la décision du 9 juin 2015 du Secrétariat d'Etat, et de modifier cette décision en ce sens qu'elle obtient a posteriori le titre HES en soins infirmiers; subsidiairement, de renvoyer la cause au Tribunal administratif fédéral pour une nouvelle décision dans le sens des considérants. Le Secrétariat d'Etat conclut au rejet du recours et le Tribunal administratif fédéral a renoncé à prendre position. A._ s'est encore prononcée par écriture du 11 juillet 2016.