Faits : A. En date du 22 janvier 2014, le Service des automobiles et de la navigation du canton de Vaud (SAN) a invité A._, né le 22 mai 1944, à se soumettre à un examen médical, joignant le questionnaire à faire remplir par le médecin traitant; ce courrier, adressé à la rue xxx, à 1530 Payerne, a été retourné à son expéditeur avec la mention "la boîte aux lettres/la case n'a plus été vidée". Une lettre identique a été envoyée le 11 février 2014 à cette même adresse et retournée avec les mêmes indications que la première. Le SAN a sollicité, par courrier du 17 février 2014, A._ de prendre contact le plus rapidement possible par téléphone avec la personne en charge de son dossier. Par lettre du 2 juillet 2014, le SAN a constaté que A._ n'avait pas apporté la preuve de son aptitude à la conduite dans le délai imparti et, par conséquent, une mesure de retrait du permis de conduire était envisagée. Sans réponse, le SAN a prononcé, le 18 juillet 2014, le retrait de sécurité du permis de conduire de A._, décision adressée à ce dernier par pli recommandé à l'adresse payernoise susmentionnée; ce courrier est revenu en retour au SAN le 11 août 2014 avec la mention indiquée ci-dessus. Le 11 septembre 2014, le SAN a rendu une nouvelle décision de retrait du permis de conduire au contenu similaire à la précédente et a fixé, à la charge de l'intéressé, les frais de procédure (200 fr.); ce courrier - envoyé par pli recommandé - a été retourné à son expéditeur le 15 septembre 2014 avec la même indication que les précédents envois. Le dispositif de cette décision a été publié dans la Feuille des avis officiels (FAO) du 7 octobre 2014. Une facture de fr. 200 a été adressée à A._ par le SAN le 1er septembre 2014; des rappels ont été envoyés les 17 juin et 13 juillet 2015. Le 13 octobre suivant, le SAN a fait adresser, par le biais de l'Office des poursuites du district de la Broye-Vully, un commandement de payer à A._, acte notifié à la Prison centrale de Fribourg où ce dernier était incarcéré; l'intéressé a formé opposition. Le 6 novembre 2015, le SAN a invité A._ à s'acquitter de 233 fr. 30, montant comprenant les frais de procédure et de poursuite; ce courrier a été adressé au lieu de détention de l'intéressé. Celui-ci a formé recours contre cette décision, alléguant n'avoir reçu aucun des courriers du SAN, notamment en raison de son placement en détention depuis le 21 août 2013. B. Par arrêt du 4 avril 2016, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal vaudois a rejeté ce recours. Elle a considéré que la décision du 11 septembre 2014 avait été valablement notifiée par voie édictale. L'autorité précédente a ensuite relevé que, vu l'absence de contestation en temps utile du retrait du permis de conduire ainsi que de la fixation à la charge de l'intéressé des frais de procédure, cette décision était entrée en force et, partant, elle ne pouvait plus être contestée. C. Le 18 avril 2016, A._ forme un recours au Tribunal fédéral contre cet arrêt et sollicite l'octroi de l'assistance judiciaire. Par mémoire du 6 mai 2016, Me Nader Ghosn, agissant au nom du recourant, a complété cette écriture, demandant l'annulation de l'arrêt du 4 avril 2016, la constatation de la nullité de la décision du SAN relative au retrait de sécurité du permis de conduire, son annulation, ainsi que celle de la décision de paiement du 6 novembre 2015; il a encore sollicité la reprise de la procédure d'examen de l'aptitude à la conduite et la fixation d'un délai approprié au recourant. Le SAN et l'autorité précédente ont conclu au rejet du recours; le premier a toutefois produit une copie des données qu'il peut consulter sur le Registre cantonal des personnes. Le 4 juillet 2016, le recourant a persisté dans ses conclusions, joignant notamment à ses déterminations une copie du questionnaire médical du SAN dûment complété le 2 juin 2016 par le docteur B._. Par ordonnance du 21 avril 2016, le Président de la Ire Cour de droit public a octroyé l'assistance judiciaire au recourant et a désigné Me Nader Ghosn en qualité de défenseur d'office.