Faits : A. A la suite de la plainte pénale déposée par la Commune de B._ contre deux de ses employés, dont A._, une instruction pénale a été ouverte à leur encontre le 15 avril 2014 pour abus de confiance qualifié (art. 138 ch. 2 CP) et faux dans les titres (art. 251 CP). Il est en particulier reproché à A._, en sa qualité de fonctionnaire communal et de concert avec son collègue, de s'être approprié, à tout le moins entre 2000 et avril 2014, des valeurs patrimoniales appartenant à la commune d'un montant de 622'000 fr., ainsi que d'avoir encaissé des chèques au nom de la commune pour les utiliser pour ses besoins personnels; pendant cette même période, les deux employés auraient également falsifié la comptabilité communale. Au cours de l'enquête, les prévenus et la plaignante ont été entendus à différentes reprises. Il ressort notamment de l'instruction que le co-prévenu a reconnu avoir ponctionné entre 400'000 fr. et 450'000 fr. Quant à A._, il a admis avoir été au courant de ces agissements; cependant, il a affirmé n'en avoir jamais profité. Il a également soutenu avoir toujours remboursé les avances de salaire qu'il s'était octroyées. B. Le 15 avril 2014, le Ministère public de la République et canton de Genève a ordonné la mise sous séquestre des avoirs bancaires des deux prévenus (initialement de 37'680 fr. s'agissant de A._). Le 5 juin 2014, le Procureur a refusé de lever les séquestres portant sur les trois comptes de A._; cette décision a été confirmée par la Chambre pénale de recours de la République et canton de Genève le 4 septembre 2014. Le 9 octobre suivant, l'assurance perte de gain de A._ - en incapacité totale de travail - a versé un capital rétroactif de 62'663 fr. 40 sur l'un des comptes bancaires placés sous séquestre. Par ordonnance du 11 février 2015, le Ministère public a rejeté la requête déposée le 9 février 2015 par A._ tendant à la levée, même partielle, des séquestres. Le recours intenté par ce dernier contre cette décision a été rejeté le 9 avril 2015 par la Chambre pénale de recours. C. Par acte du 11 mai 2015, A._ forme un recours en matière pénale contre ce jugement, concluant à son annulation et à la levée partielle, à hauteur de 3'848 fr. 15, des séquestres frappant ses comptes bancaires. A titre subsidiaire, il demande le renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision. Il sollicite l'octroi de l'assistance judiciaire. Invitée à se déterminer, la cour cantonale s'est référée à ses considérants. Quant au Ministère public, il a conclu au rejet du recours. La Commune de B._ s'en est remise à justice. Le 30 juin 2015, le recourant a persisté dans ses conclusions, produisant de nouvelles pièces. La commune s'est déterminée sur celles-ci le 8 juillet 2015, concluant à leur irrecevabilité.