Faits : A. Par demande du 29 novembre 2012, A._ Sàrl, a requis, "en validation de la mesure prononcée par le Tribunal de Sion, sur mesures provisoires, le 29 juin 2012", l'inscription définitive d'une hypothèque légale des artisans et entrepreneurs grevant à concurrence de 607'825 fr. 20 la parcelle n o xxxx, plan yy, nom local " X._ ", de la Commune de U._, propriété de B._. Par jugement du 31 octobre 2014, le Juge I du district de Sion a ordonné au Registre foncier de U._ de procéder à l'inscription définitive de l'hypothèque à concurrence de 178'319 fr. 40. Par jugement du 7 avril 2016, la Cour civile II du Tribunal cantonal du canton du Valais (ci-après: la Cour civile II) a admis l'appel formé par B._ et ordonné la radiation de " l'annotation " provisoire de l'hypothèque légale. B. Par acte du 19 mai 2016, A._ Sàrl exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle conclut, avec suite de frais et dépens, à l'annulation du jugement rendu par la Cour civile II le 7 avril 2016 et à la confirmation du jugement rendu le 31 octobre 2014 par le Juge I du district de Sion; subsidiairement, elle conclut au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision. Invités à se déterminer sur la requête d'effet suspensif assortissant le recours, l'intimé a conclu à son rejet et l'autorité cantonale a déclaré ne pas avoir d'observations à formuler à ce sujet. C. Par ordonnance du 20 juin 2016, le Président de la II e Cour civile du Tribunal fédéral a admis la requête d'effet suspensif. Des déterminations sur le fond n'ont pas été requises.