Faits : A. A.X._ est la mère des enfants B.X._ (10 avril 2006) et C.X._ (22 août 2012) nés hors mariage de pères différents. Le 4 octobre 2013, le Service de protection des mineurs (ci-après : SPMi) a signalé au Tribunal de protection de l'adulte et de l'enfant (ci-après : TPAE), la situation fragile et préoccupante des enfants X._, faisant état notamment de maltraitances (coups) sur la fille, d'absentéisme très important, de suivi pédiatrique inconstant, de conditions de vie insalubres et de problèmes d'hygiène. Le 25 juin 2014, le SPMi a rendu un préavis de retrait de la garde de la fille à sa mère et le déplacement de la mineure chez son père, vu la mise en danger de la santé psychologique et matérielle de la fille, les services d'aide et de protection des mineurs étant empêchés d'accomplir leur mission du fait de l'attitude obstructive et insultante de la mère et la police ayant interpellé la mineure, qui avait commis un petit vol et ne voulait plus rentrer chez sa mère, étant livrée à elle-même. Les craintes se portaient également sur le fils. Par courrier du 28 juillet 2014, le SPMi a réitéré ses inquiétudes et a adressé au TPAE, le 31 juillet 2014, un complément de rapport concernant le fils, concluant notamment à l'instauration d'une curatelle d'assistance éducative. Le 1 er août 2014, à la suite du non-respect du droit de visite du père de la fille, une patrouille de la police judiciaire s'est rendue au domicile de la mère. Son rapport relève que les enfants vivaient dans l'insalubrité, que des poubelles jonchaient le sol et que le chien faisait ses besoins dans l'appartement, le fils (2 ans) marchant dedans. Le 13 août 2014, un rapport de la brigade des mineurs a confirmé l'état " désastreux " des conditions de vie des enfants. B. Le 13 août 2014, le SPMi a prononcé deux "clauses-péril" concernant les deux mineurs. B.a. Par ordonnances des 21 août et 4 septembre 2014, le TPAE a notamment ratifié les "clauses-péril" prises par le SPMI, retiré sur mesures provisionnelles la garde et le droit de fixer le lieu de résidence des deux mineurs à la mère, placé la fille auprès de son père et le fils dans un foyer, instauré plusieurs curatelles et limité l'autorité parentale de la mère dans la mesure de ces curatelles. Au fond, le TPAE a ordonné une expertise familiale. La mère a recouru contre ces deux ordonnances concluant à leur annulation et à l'instauration de " mesures de protection proportionnées ". Le TPAE a maintenu sa position et le SPMi a indiqué qu'une mesure superprovisionnelle de curatelle en faveur de la mère avait été prononcée le 17 octobre 2014. Le 14 novembre 2014, la mère a transmis à la cour cantonale une copie d'un rapport établi par le foyer dans lequel est placé le fils, à teneur duquel le maintien du placement dans ce lieu d'accueil d'urgence se poserait, la période de crise étant passée, et un retour au domicile familial en attendant l'expertise semblerait plus adéquat. Invité à prendre position sur ce rapport, le SPMi a conclu à la confirmation de l'ordonnance attaquée, dès lors que l'évolution positive du mineur l'était précisément parce que des mesures avaient été prises, et qu'un retour au domicile familial n'était pas envisageable. B.b. Statuant par décision du 9 décembre 2014, communiquée aux parties le 10 décembre 2014, la Chambre de surveillance de la Cour de justice a déclaré recevable le recours en tant qu'il concerne la ratification de la "clause-péril", irrecevable pour le surplus, et a confirmé l'ordonnance attaquée. C. Par acte du 12 janvier 2015, A.X._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle conclut à l'annulation de la décision entreprise et principalement au renvoi de la cause à l'autorité précédente, subsidiairement à sa réforme en ce sens que le retour immédiat de l'enfant C._ auprès d'elle est ordonné. Au préalable, la recourante sollicite le bénéfice de l'assistance judiciaire pour la procédure fédérale. Invités à se déterminer sur le recours, le TPAE a déclaré ne pas avoir d'observations à formuler, le SPMi a confirmé la nécessité du prononcé de "clauses-péril", puis de mesures de protection par le TPAE, et l'autorité précédente s'est référée aux considérants de sa décision. Le TPAE et le SPMi ont tous deux transmis à la cour de céans une copie du dernier rapport établi par le second.