Faits : A. A.a. Le 22 décembre 1997, A._ (1958) et B._ (1962) ont acquis en copropriété, à raison d'une demie chacune, la parcelle n° xx sise chemin..., U._ (ci-après: parcelle n° xx), pour un prix de 610'000 fr. Sur cette parcelle est érigée la villa qui a constitué leur domicile commun. Pour financer l'achat de la villa et les travaux ultérieurs de rénovation et d'embellissement, les parties ont contracté solidairement unemprunt hypothécaire auprès de la Banque D._ pour un montant de 615'000 fr. et ont toutes deux investi une partie de leur 2 ème pilier, à raison de 92'871 fr. pour B._ et de 78'750 fr. pour A._. La première a financé les travaux de rénovation à hauteur de 10'000 fr. La seconde a financé les travaux de rénovation pour un montant de 126'609 fr. et s'est acquittée des droits de mutation et des frais de notaire à concurrence de 9'800 fr. et de 20'130 fr. Chaque partie a également contracté une assurance-vie auprès de E._ SA, B._ en février 1998 et A._ en juin 1999. Elles étaient convenues que chacune payerait la prime mensuelle de l'autre, ce qu'elles ont effectivement fait jusqu'au 30 août 2011. B._ s'est ainsi acquittée d'un montant de 21'843 fr. et A._ de 68'327 fr. 50. A.b. A._ et B._ ont conclu un partenariat enregistré le 12 janvier 2007 à V._. A.c. Les parties sont séparées depuis le 24 juin 2012. B. B.a. Par convention ratifiée le 29 novembre 2012 par le Président du Tribunal d'arrondissement de La Côte (ci-après: Président), les parties sont notamment convenues d'attribuer la jouissance du logement commun à A._, à charge pour elle d'en acquitter les intérêts hypothécaires et les charges courantes jusqu'au 30 novembre 2012, étant précisé que la situation serait revue pour la période ultérieure. B.b. Par avenant ratifié le 6 février 2013 par le Président, les parties ont complété leur convention en ce sens que la jouissance du logement demeurait attribuée à A._, à charge pour elle d'en acquitter les intérêts hypothécaires et les charges courantes jusqu'à la vente de la maison. C. C.a. Par demande du 5 novembre 2013, B._ a conclu notamment à la dissolution du partenariat enregistré et à l'attribution de la parcelle n° xx en pleine propriété à A._, à charge pour elle de la désintéresser à concurrence d'un montant qui serait précisé en cours d'instance, subsidiairement à la dissolution de la copropriété sur cet immeuble. C.b. Par réponse et demande reconventionnelle du 1 er mai 2014, A._ a conclu à l'admission de la conclusion en dissolution du partenariat enregistré et au rejet des autres conclusions prises par B._. Elle a conclu, notamment, au partage de la copropriété sur la parcelle n° xx, à ce que la propriété exclusive sur cette parcelle lui soit attribuée, à ce qu'elle reprenne à sa charge, comme débitrice exclusive, les dettes hypothécaires grevant l'immeuble susmentionné et qu'elle assume désormais seule toutes les charges relatives à ce bien, et à ce que B._ soit condamnée à lui verser la somme de 190'046 fr. 95, avec intérêts à 5% l'an dès le 25 juin 2012. Par déterminations du 18 août 2014, B._ a conclu au rejet des conclusions prises par A._ et a confirmé ses conclusions prises dans sa demande du 5 novembre 2013. Lors de l'audience de jugement du 15 janvier 2016, elle a toutefois déposé des conclusions écrites tendant à préciser ses conclusions du 5 novembre 2013 en ce sens que l'immeuble sis sur la parcelle n° xx devait être attribué en pleine copropriété (sic) à A._, à charge pour elle de la désintéresser par le versement d'une somme de 126'291 fr. qui serait payée à raison de 92'871 fr. en mains de la Caisse de prévoyance F._ (n° d'assuré xxxx) et de 33'420 fr. en ses mains, dès jugement de dissolution du partenariat enregistré définitif et exécutoire et en ce sens que A._ doive accomplir le nécessaire pour reprendre seule à sa charge la dette hypothécaire grevant l'immeuble précité et, qu'à défaut, celle-ci soit reconnue être débitrice à son égard de tout montant qu'elle aurait été amenée à payer de ce chef. A._ a conclu à l'irrecevabilité de ces conclusions. D. D.a. Par jugement du 10 juin 2015, le Tribunal civil de l'arrondissement de La Côte (ci-après: Tribunal d'arrondissement) a prononcé la dissolution du partenariat enregistré (ch. I du dispositif), attribué la propriété exclusive de la parcelle n° xx à A._ (II), dit que A._ est débitrice de B._ et doit lui verser, dans les trente jours dès jugement de divorce (sic) définitif et exécutoire, la somme de 123'200 fr. 10, dont 92'871 fr. devront être versés en mains de la Caisse de prévoyance F._ (n° d'assuré xxxx), au titre de la liquidation des rapports patrimoniaux entre les partenaires enregistrés (III), constaté que, moyennant bonne exécution des chiffres II et III ci-dessus, les rapports entre partenaires enregistrés sont dissous, chaque partie étant pour le surplus reconnue propriétaire des biens, meubles et objets actuellement en sa possession et responsable de ses propres dettes (IV), ratifié, pour faire partie intégrante du dispositif, le chiffre I de la convention partielle sur les effets de la dissolution du partenariat enregistré signée à l'audience du 15 janvier 2015 par les parties, ainsi libellé : «I. Parties renoncent au partage des avoirs de prévoyance professionnelle accumulés durant le partenariat enregistré.» (V), dit qu'aucune contribution d'entretien n'est due entre les partenaires après la dissolution du partenariat (VI), ratifié, pour faire partie intégrante du dispositif, les chiffres I à IV de la convention transactionnelle signée par les parties les 2 et 3 février 2015, dont une copie est annexée au jugement (VII), mis les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., à la charge de B._ (VIII), dit que A._ doit restituer à B._ l'avance de frais que celle-ci a fournie à concurrence de 3'000 fr. (IX), dit qu'il n'est pas alloué de dépens (X), et rejeté toutes autres ou plus amples conclusions (XI). D.b. Par acte du 13 juillet 2015, A._ a interjeté appel contre le jugement précité. Elle a conclu à sa réforme en ce sens que le chiffre III du dispositif est modifié de manière à ce que B._ soit condamnée à lui payer la somme de 186'956 fr. 05, avec intérêts à 5% l'an dès le 25 juin 2012, au titre de la liquidation des rapports patrimoniaux entre les partenaires enregistrés, le jugement étant maintenu pour le surplus. Subsidiairement, A._ a conclu à l'annulation du jugement et au renvoi de la cause à l'autorité de première instance pour nouveau jugement dans le sens des considérants. D.c. Par arrêt du 11 novembre 2015, notifié en expédition complète le 2 février 2016, la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: Cour d'appel) a rejeté l'appel et confirmé le jugement entrepris. E. Par acte du 4 mars 2016, A._ interjette un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre cet arrêt. Elle conclut principalement à son annulation en tant qu'il confirme le jugement du Tribunal d'arrondissement du 10 juin 2015 la condamnant à verser à B._ la somme de 123'200 fr. 10 au titre de la liquidation des rapports patrimoniaux entre partenaires enregistrés et à sa réforme en ce sens que B._ est condamnée à lui payer 186'956 fr. 05 avec intérêts à 5% l'an dès le 25 juin 2012 au même titre. Subsidiairement, elle conclut à l'annulation de l'arrêt du 11 novembre 2015 en tant qu'il confirme le jugement du Tribunal d'arrondissement du 10 juin 2015 la condamnant à verser à B._ la somme de 123'200 fr. 10 au titre de la liquidation des rapports patrimoniaux entre partenaires enregistrés et au renvoi de l'affaire à l'autorité précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Des déterminations sur le fond n'ont pas été requises.