Faits : A. L'association B._ est propriétaire de la parcelle n° 4'152, feuille 7 de la commune de Genève-Cité. Sur ce terrain a été édifiée, entre 1862 et 1866, l'église orthodoxe russe de Genève. Ce monument historique a été classé par le Conseil d'Etat du canton de Genève le 24 janvier 1979. Le 17 janvier 2013, l'association B._ a requis du Département de l'aménagement, du logement et de l'énergie (ci-après: le DALE) une autorisation de construire portant sur la restauration complète du bâtiment. Les travaux projetés visent, à l'extérieur de l'église, la réfection complète de son enveloppe, à savoir, la restauration des bulbes, le remplacement complet de la couverture, la réparation éventuelle d'éléments de charpente, le nettoyage complet et la réfection des façades, ainsi que la révision des cloches. A l'intérieur, la restauration porte sur les fresques murales. Dans le cadre de l'instruction de cette demande, les services cantonaux concernés ont émis des préavis favorables ou favorables sous condition. Le 7 juin 2013, le DALE a délivré l'autorisation sollicitée. Cette décision a fait l'objet d'un recours au Tribunal administratif de première instance (ci-après: le TAPI) formé notamment par la A._ (ci-après: la fondation). Cette fondation, inscrite au Registre du commerce de Genève depuis le 5 août 2004, a pour but de contribuer, soutenir et participer à tous projets visant à sauvegarder, conserver ou mettre en valeur le patrimoine culturel russe et orthodoxe, qu'il soit matériel ou immatériel, dans le monde entier et, en particulier, en Suisse ainsi que de contribuer, soutenir et participer, financièrement ou d'une autre manière, à l'entretien et la restauration de l'église orthodoxe russe de Genève, ainsi que plus généralement au développement de la communauté orthodoxe russe. Dans son jugement du 16 avril 2014, le TAPI a déclaré irrecevable le recours de la fondation, considérant que cette dernière ne revêtait pas la qualité pour agir. Par arrêt du 25 novembre 2014, la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève (ci-après: la Cour de justice ou la Chambre administrative) a confirmé cette décision. En substance, elle a d'une part retenu que, faute d'être directement touchée par l'autorisation litigieuse, la fondation ne pouvait se voir reconnaître la qualité pour agir au sens de l'art. 60 de la loi cantonale sur la procédure administrative du 12 septembre 1985 (LPA; RSG E 5 10). D'autre part, la Cour de justice a estimé que le but de préservation du patrimoine de la fondation ne revêtait pas l'intérêt général que doivent représenter les associations de sauvegarde du patrimoine au sens de l'art. 145 al. 3 de la loi cantonale sur les constructions et les installations diverses du 14 avril 1988 (LCI; RSG L 5 05) et lui a, sous cet angle également, dénié la qualité pour recourir. B. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la fondation demande au Tribunal fédéral de reconnaître sa qualité pour agir, d'annuler l'arrêt attaqué ainsi que le jugement du TAPI et de renvoyer la cause à la Cour de justice pour nouvelle décision sur le fond. Elle conclut également à ce que la portée de l'autorisation de construire litigieuse soit limitée aux seuls travaux urgents nécessaires au remplacement de la toiture de l'édifice. La fondation a par ailleurs sollicité l'effet suspensif ainsi que des mesures provisionnelles tendant à l'interruption des travaux. La Chambre administrative s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'association B._ et le DALE s'en remettent aussi à justice s'agissant de la recevabilité du recours et concluent, sur le fond, à son rejet. La fondation a confirmé ses conclusions dans d'ultimes observations. Par ordonnance du 9 février 2015, le Président de la Ire Cour de droit public a partiellement admis la requête de mesures provisionnelles en interdisant la poursuite des travaux ne revêtant pas de caractère d'urgence. Le 30 avril 2015, le Juge instructeur a rejeté la requête de mesures provisionnelles complémentaires déposée par la fondation et a confirmé l'ordonnance du 9 février 2015.