Faits : A. B._ SA a déposé plaintes pénales les 12 juin, 10 septembre 2014 et 21 janvier 2015 contre C._, son ancien employé. Elle lui reprochait en substance d'avoir, depuis février 2010, utilisé abusivement et à des fins personnelles les cartes bancaires et de crédit mises à sa disposition pour un montant s'élevant à 277'118 fr. 60. Une instruction pour escroquerie, vol et utilisation abusive d'un ordinateur pour des faits commis entre janvier 2012 et février 2014 a été ouverte contre C._ et, depuis août 2014, celui-ci a été entendu à différentes reprises par les autorités pénales. Le 23 février 2016, le Ministère public de la République et canton de Genève a auditionné A._, l'ex-épouse du prévenu depuis mars 2015. Celle-ci était l'ancienne propriétaire de l'appartement situé à la rue E._, à Genève - domicile un temps des époux -, bien immobilier acquis en février 2005 et revendu en février 2015. Il ressort de l'instruction, qu'en lien avec cette vente, un montant de 727'387 fr. 30 a été versé le 18 février 2015 sur le compte ouvert par A._ auprès de la banque D._ AG; trois retraits ont été effectués par la suite, à savoir 90'000 fr. le 18 février 2015, 70'000 fr. le 23 mars 2015 et 70'000 fr. le 28 mai 2015. Par ordonnance du 23 février 2016, le Procureur a ordonné le séquestre du compte bancaire de A._ à hauteur de 363'693 fr., en vue de garantir le prononcé d'une créance compensatrice à l'encontre de C._. Selon le magistrat, il était à tout le moins vraisemblable que le prévenu puisse être, dans les faits, également le bénéficiaire économique de ce compte, eu égard à l'acquisition du bien immobilier peu après leur mariage en 2004, sa participation partielle au paiement des fonds propres, le remboursement par ses soins des intérêts hypothécaires et le versement vraisemblablement en sa faveur des trois retraits de 2015. Le 17 juillet 2016, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice de la République et canton de Genève a rejeté le recours intenté par A._ contre cette décision. B. Par acte du 8 août 2016, A._ forme un recours en matière pénale contre cet arrêt, concluant à son annulation et à la levée du séquestre portant sur son compte bancaire IBAN xxx auprès de la banque D._ AG. A titre subsidiaire, elle requiert le renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision. Le Ministère public a conclu au rejet du recours. Quant à l'autorité précédente, elle s'est référée aux considérants de sa décision.