Faits : A. Par jugement du 15 octobre 2014, le Tribunal correctionnel de la République et canton de Genève a notamment reconnu X._ coupable de tentative d'assassinat (art. 22 cum 112 CP) et d'infraction à l'art. 115 al. 1 let. b de la loi fédérale sur les étrangers du 16 décembre 2005 (LEtr; RS 142.20) et l'a condamné à une peine privative de liberté de six ans, sous déduction de 638 jours de détention avant jugement. Son maintien en détention pour des motifs de sûreté lui a été signifié par décision séparée. Le 18 mai 2015, la Chambre pénale d'appel et de révision de la Cour de justice de la République et canton de Genève (ci-après: CPAR) a rejeté l'appel de X._ et a confirmé le jugement de première instance. Elle a examiné les conditions de détention relatives à la période du 7 octobre 2014 au 15 mars 2015 et a conclu qu'elles n'étaient pas illicites. Par arrêt 6B_688/2015 du 19 mai 2016, le Tribunal fédéral a rejeté le recours formé par X._ en ce qui concerne le verdict de culpabilité et les critères de fixation de la peine. Elle l'a en revanche admis s'agissant du volet lié aux conditions de détention. Elle a ainsi constaté que X._ avait subi 84 jours de détention dans des conditions illicites (entre le 7 octobre 2014 et le 15 mars 2015) et renvoyé la cause à la cour cantonale pour qu'elle statue sur les conséquences des violations constatées. B. Dans une procédure parallèle à celle au fond, le Tribunal des mesures de contrainte de la République et canton de Genève a constaté, par ordonnance du 6 octobre 2014, que les conditions dans lesquelles s'était déroulée la détention provisoire et pour des motifs de sûreté entre le 20 janvier 2013 et le 6 octobre 2014, n'avaient pas respecté les exigences légales en la matière durant deux périodes de 105 jours (du 24 avril au 7 août 2013) et 329 jours (du 12 novembre 2013 au 6 octobre 2014). Par arrêt du 10 mars 2015, la Chambre pénale de recours de la République et canton de Genève (ci-après: CPR) a confirmé cette ordonnance. Par arrêt 1B_152/2015 du 29 septembre 2015, le Tribunal fédéral a partiellement admis le recours interjeté par le recourant contre l'arrêt cantonal du 10 mars 2015 et a constaté que ses conditions de détention avaient été illicites pendant 507 jours (entre le 24 avril 2013 et le 6 octobre 2014). C. Par ordonnance du 25 juillet 2016, la CPAR a rejeté la demande de libération formée par X._ le 15 juillet 2016. Une nouvelle demande de libération, déposée le 1er septembre 2016, a été rejetée le 7 septembre 2016. D. Par arrêt du 26 septembre 2016, statuant sur renvoi du Tribunal fédéral (cf. arrêts 1B_152/2015 du 29 septembre 2015 et 6B_688/2015 du 19 mai 2016 consid. 8.7) sur la seule question des conséquences à tirer des conditions de détention illicites constatées (pendant 507 et 84 jours), la CPAR a réduit la peine privative de liberté de sept mois, portant ainsi cette peine à cinq ans et cinq mois, sous déduction de 1349 jours de détention subie. E. X._ forme un recours en matière pénale auprès du Tribunal fédéral contre la décision du 26 septembre 2016 et conclut, avec suite de frais et dépens, à sa réforme en ce sens que sa peine est réduite de 276 jours et qu'il est indemnisé à hauteur de 93'600 fr. avec intérêts pour les 315 jours restants. En outre, il sollicite le bénéfice de l'assistance judiciaire.