Faits : A. Par ordonnance du 10 avril 2013, le Ministère public du canton de Vaud a classé la procédure instruite sur plainte de X._ pour lésions corporelles simples et abus d'autorité. Statuant sur le recours interjeté par X._, la Chambre des recours pénale du Tribunal cantonal vaudois l'a rejeté par arrêt du 29 avril 2013. Par arrêt 6B_769/2013 du 16 janvier 2014, la Cour de céans a annulé l'arrêt du 29 avril 2013 et renvoyé la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle instruction et nouvelle décision. B. Par jugement du 24 juin 2015, le Tribunal de police de l'arrondissement de Lausanne a rejeté la requête tendant à la réouverture de l'instruction déposée par X._, dans la mesure de sa recevabilité (I), a libéré A._ et B._ des chefs d'accusation de lésions corporelles simples et d'abus d'autorité (II et III), a constaté que X._ s'est rendue coupable de dommages à la propriété et de violence ou menace contre les autorités et les fonctionnaires et l'a condamnée à une peine pécuniaire ferme de 90 jours-amende, le montant du jour-amende étant fixé à 30 fr., peine additionnelle à celle prononcée le 31 mars 2014 par le Ministère public de l'arrondissement de Lausanne et cumulative à celle prononcée le 11 décembre 2013 par le Tribunal de police de l'arrondissement de Lausanne (IV et V). X._ a été condamnée à verser une indemnité de 668 fr. à B._ pour le dommage subi (VI). Ses conclusions civiles ainsi que sa requête en indemnité pour ses frais de défense ont été rejetées (VII et X). C. Statuant sur l'appel formé par X._ contre la décision de première instance, la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal vaudois l'a très partiellement admis par jugement du 11 novembre 2015, en ce sens qu'elle a assorti la peine pécuniaire de 90 jours-amende du sursis et fixé le délai d'épreuve à 5 ans (V et V bis). Pour le surplus, elle a entièrement confirmé le jugement de première instance. Les frais d'appel ont été mis par quatre cinquièmes à la charge de X._, le solde étant laissé à la charge de l'Etat. En substance, le jugement entrepris repose sur les faits suivants. C.a. Le 10 janvier 2012, la police lausannoise est intervenue, sur mandat du Ministère public de l'arrondissement de Lausanne, dans un immeuble occupé par des squatters. L'ordre de mission portait sur une perquisition des locaux et sur la notification de plusieurs mandats de comparution à des occupants présumés des lieux. Les squatters ont refusé aux inspecteurs l'accès aux locaux en érigeant des barricades aux deux entrées du bâtiment, notamment au moyen de meubles, de palettes CFF et de matelas. Les inspecteurs ont dès lors fait appel au groupe d'intervention pour investir les lieux et procéder aux actes requis par le magistrat instructeur. Une fois entrés dans l'immeuble, les policiers ont été entravés dans leur progression par certains des occupants qui ont jeté des objets divers dans leur direction (planches, chaises, portes d'armoires et boules de pétanque). X._ se trouvait alors dans une chambre située à l'étage supérieur, juchée sur une mezzanine aménagée en hauteur. Devant son refus de descendre malgré plusieurs injonctions verbales, deux policiers du groupe d'intervention, C._ et D._, se sont saisis de sa personne alors que X._ se débattait, tentant de leur donner des coups de pied et d'attraper leur casque et leur uniforme. Une fois acheminée en dehors de l'immeuble, X._ a été menottée et prise en charge par les agents B._ et E._ afin de la conduire à l'Hôtel de police. Elle a, en hurlant, demandé à voir les autorisations et obtenir les matricules des intervenants, puis a uriné sur le trottoir à la vue de tous. Amenée dans le fourgon de transfert de la police, X._ a résisté en gesticulant et en s'opposant physiquement. Ensuite, elle a commencé à respirer rapidement et bruyamment, comme dans une situation d'hyperventilation. L'inspecteur F._ a dès lors décidé de l'emmener auprès des ambulanciers pour s'assurer qu'elle puisse être transférée sans danger au poste de police; ceux-ci n'ont, au terme de leur contrôle, pas estimé qu'un traitement spécifique était nécessaire. Il a toutefois été décidé que le transfert de X._ serait opéré au moyen d'un véhicule banalisé. Arrivée au véhicule de service banalisé, X._ a refusé d'y monter en manifestant son opposition par des gesticulations et des cris. Au vu de sa résistance, B._et E._ ne sont pas parvenus à la faire entrer dans le véhicule par eux-mêmes. L'agent F._, alerté par les cris de la jeune femme, les a rejoints pour leur prêter main forte. B._ et F._ sont parvenus à introduire X._ sur le siège arrière du véhicule. Cette dernière, qui se débattait toujours et refusait de s'asseoir dans le véhicule, s'est allongée sur la banquette et a continué à gesticuler et crier dans l'habitacle. Alors que F._ la ceinturait par le haut du corps depuis la portière arrière droite, B._ s'est rendu du côté arrière gauche du véhicule afin de la maîtriser et s'asseoir à ses côtés. Lorsqu'il a ouvert la porte, les pieds de X._ dépassaient et celle-ci essayait de donner des coups avec ses jambes. Pour parvenir à maîtriser ses jambes, B._ a donné deux coups ou atémis (geste d'art martial consistant à faire pression sur des points précis, utilisé par la police afin de faire lâcher prise et détendre une personne crispée) sur la cuisse de la jeune femme avec le poing fermé. Cette mesure n'a pas eu d'effet, de sorte que B._, ne parvenant toujours pas à entrer dans le véhicule, a exercé des points de compression sur l'un des tibias de X._ au moyen de son bâton tactique, tandis que celle-ci se débattait toujours et crachait dans sa direction. A ce moment, X._ l'a atteint au moyen d'un coup de pied au niveau du visage, ce qui a eu pour effet de propulser hors du véhicule ses lunettes médicales, qui se sont brisées. A._, interpellé par les cris de X._ et la situation qu'il pouvait observer, s'est approché de ses collègues pour les aider. B._ s'est alors retiré et A._ a pris sa place. La jeune femme était toujours agitée et donnait des coups de jambe et de pied. A._ a donné deux coups ou atémis sur la cuisse de la prénommée avec le poing fermé et est ainsi parvenu à la repousser dans le véhicule, puis à s'asseoir à sa gauche. F._ a quant à lui pris place à sa droite. Une fois à l'intérieur du véhicule, X._ a continué à se débattre et à cracher sur les policiers qui ont dû lui maintenir les membres inférieurs durant le trajet, effectué en urgence, jusqu'à l'Hôtel de police. Une fois sur place, X._ a été prise en charge par deux autres agents et placée en cellule de maintien en attendant son audition. Un test à l'éthylomètre a révélé une alcoolémie de 1,6 g o/oo. Elle a été entendue par les policiers et a refusé, dans une large mesure, de répondre à leurs questions, avant de quitter l'Hôtel de police vers 15h30. Le lendemain des faits, X._ a consulté l'Unité de médecine des violences du CHUV (ci-après : UMV) qui a établi un cahier photographique et un rapport dont il ressort qu'elle a présenté de nombreuses ecchymoses et des griffures sur diverses parties du corps, en particulier sur les bras et les jambes. C.b. Le casier judiciaire suisse de X._ comporte deux inscriptions. Elle a été condamnée le 11 décembre 2013 pour violence ou menace contre les autorités et les fonctionnaires et opposition aux actes de l'autorité à 120 heures de travail d'intérêt général avec sursis et à une amende de 100 francs. Le 31 mars 2014, elle a été condamnée pour violation de domicile à une peine pécuniaire de 60 jours-amende à 30 fr. avec sursis et à une amende de 300 fr., peine partiellement complémentaire à celle prononcée le 11 décembre 2013. D. X._ forme un recours en matière pénale auprès du Tribunal fédéral contre le jugement cantonal et conclut à sa réforme en ce sens que A._ et B._ sont condamnés des chefs d'accusation de lésions corporelles simples et d'abus d'autorité, qu'elle est acquittée des chefs de dommages à la propriété et de violence ou menace contre les fonctionnaires, que ses conclusions civiles sont admises et qu'une indemnité au sens des art. 429 et 433 CPP lui est versée, le tout, avec suite de frais et dépens. Subsidiairement, elle conclut au renvoi de la cause à l'autorité cantonale, plus subsidiairement, au renvoi de la cause avec ordre de réouverture de l'instruction. Elle sollicite en outre le bénéfice de l'assistance judiciaire.