Faits : A. A.a. Le 18 octobre 2010, X._ SA (ci-après: la créancière ou la prêteuse), d'une part, et A.Z._ et B.Z._ (ci-après: les débitrices ou les emprunteuses), d'autre part, ont conclu un contrat de prêt hypothécaire d'un montant de 1'600'000 fr. grevant un immeuble propriété des emprunteuses sur la commune de V._ (Genève). Pour la première tranche de ce prêt (1'400'000 fr.), convenue pour dix ans (du 1er novembre 2010 au 2 novembre 2020), les parties sont convenues d'un taux d'intérêt fixe de 2.28% net par année. La deuxième tranche (200'000 fr.) est soumise à un taux variable. L'art. 8 al. 1 des conditions générales pour prêts hypothécaires (ci-après: CG) applicables au contrat prévoit que " dans le cas d'un transfert de propriétaire (...), toutes les créances découlant du présent contrat [cf. infra l'art. 11 CG] deviennent exigibles le jour du transfert de la propriété (...), pour autant que la créancière ne trouve pas d'accord avec le nouveau propriétaire quant à la reprise de la relation de crédit ". L'art. 8 al. 2 CG oblige alors les venderesses à livrer à la créancière, si celle-ci le demande, des " indications précises sur l'acquéreur, le prix de vente et les autres informations de ce type ". L'art. 9 CG prévoit que les tranches d'un prêt " à durée fixe peuvent être résiliées moyennant un préavis de cinq jours ouvrables avec effet à la date d'échéance prévue ". En vertu de l'art. 11 CG, si les débitrices ne respectent pas le délai ordinaire de résiliation (" dissolution anticipée du contrat "), notamment dans le cas d'un transfert de propriété, elles doivent payer en plus du capital et des intérêts courants, un montant, calculé selon des critères précis fixés dans les CG, destiné à indemniser la créancière de la totalité des intérêts qui lui seraient encore dus jusqu'à l'échéance du contrat. Enfin, une indemnité à titre de frais administratifs revient aussi à la créancière. A.b. Fin décembre 2010, la direction de la société prêteuse a décidé de ne plus accorder de prêts hypothécaires aux personnes morales. Ce changement de stratégie n'a été intégré ni dans le contrat conclu avec les emprunteuses ni dans les CG, mais il a fait l'objet d'une simple directive adressée au département " hypothèque " de la prêteuse. Seules les personnes morales liées contractuellement avec elle ont été informées personnellement qu'elles ne pourraient plus conclure ou renouveler des contrats de prêts hypothécaires. A.c. Par courrier du 16 octobre 2012, les emprunteuses, qui n'avaient pas connaissance du changement de politique, ont informé la société créancière qu'elles envisageaient de vendre leur immeuble le 1er novembre 2012 à une fondation de droit public garantie par l'Etat de Genève. Elles lui ont demandé de leur confirmer la possibilité de rembourser, à la date de la vente, la part de l'hypothèque à taux variable, ainsi que de leur faire part de son acceptation quant au transfert du prêt à taux fixe au nouveau propriétaire. Le 17 octobre 2012, la créancière leur a répondu que le transfert du prêt à une fondation de droit public (soit une personne morale) était dorénavant exclu. Elle les a averties que si la vente devait néanmoins se faire, la tranche hypothécaire variable résiduelle (alors de 160'000 fr.) pourrait être remboursée, au 1er novembre 2012, sans aucune pénalité, mais qu'une pénalité serait due pour la tranche de 1'400'000 fr., d'un montant de 178'211 fr. 70. Le remboursement de la première tranche (200'000 fr.) n'est plus litigieuse. Le 22 octobre 2012, les débitrices ont informé leur créancière qu'elles avaient pris la décision de vendre l'immeuble le 30 octobre 2012 à la Fondation W._ et qu'elles avaient obtenu la confirmation de l'acheteuse qu'elle était disposée à reprendre l'emprunt hypothécaire de 1'400'000 fr. au taux de 2.28% échéant le 2 novembre 2020. Elles ont relevé que le changement d'orientation de la prêteuse, dont elles n'avaient pas eu connaissance, ne pouvait leur être opposé et que si elle refusait le transfert exclusivement pour ce motif, les dispositions des CG sur la résiliation anticipée ne pourraient être appliquées et qu'aucune pénalité ne serait due. La société créancière a maintenu sa position et, le 7 novembre 2012, elle a transmis aux débitrices un décompte de pénalités qui laissait apparaître un montant de 181'419 fr. en sa faveur, des frais de traitement de 300 fr. devant être payés en sus. A.d. Après avoir vendu l'immeuble à la fondation de droit public, les emprunteuses ont remboursé à leur créancière le capital de 1'400'000 fr. et les intérêts fixes dus au taux de 2.28% au 20 novembre 2012 lui ont été versés. Les parties ne s'étant pas entendues sur la question des éventuelles pénalités, les débitrices ont demandé à leur notaire de consigner la somme de 181'419 fr. qui avait été retenue sur le prix de vente de l'immeuble, ce montant devant rester en ses mains jusqu'à droit jugé ou accord entre les parties. B. Les parties n'étant pas parvenues à trouver un accord lors de l'audience de conciliation, la prêteuse (ci-après également: la demanderesse) a ouvert action devant le Tribunal de première instance de Genève le 24 février 2014, concluant notamment à ce que les débitrices (ci-après également: les défenderesses), prises conjointement et solidairement, soient condamnées à lui payer 181'419 fr., intérêts en sus, à titre de pénalités, et 350 fr. à titre de frais de traitement. Les défenderesses ont conclu au déboutement de leur partie adverse, à ce que celle-ci soit condamnée à leur verser 5% d'intérêts sur la somme de 181'419 fr. dès le 20 novembre 2012 et à ce qu'il soit dit que cette somme, bloquée auprès du notaire, pouvait leur être remise. Par jugement du 25 juin 2015, le Tribunal de première instance a débouté la demanderesse de toutes ses conclusions, dit que la somme de 181'419 fr. retenue sur le prix de vente et bloquée chez le notaire devait être remise aux défenderesses, condamné la demanderesse à verser aux défenderesses 5% d'intérêts sur ce montant depuis le 15 février 2013. Par arrêt du 22 avril 2016, la Cour de justice du canton de Genève a rejeté l'appel formé par la demanderesse et confirmé le jugement entrepris. C. Contre cet arrêt cantonal, la demanderesse exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle conclut, sous suite de frais et dépens, à sa réforme en ce sens que les défenderesses, conjointement et solidairement, soient condamnées à lui verser la somme de 181'419 fr., intérêts en sus, ainsi que le montant de 350 fr., intérêts en sus. Subsidiairement, la recourante conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision. Elle invoque une violation de l'art. 156 CO, en lien avec diverses dispositions des CG pour prêts hypothécaires. Les intimées concluent, sous suite de frais et dépens, au rejet du recours et à la confirmation de l'arrêt attaqué. La recourante n'a pas déposé d'observations.