Faits : A. A._ SA (ci-après: la Société), sise à U._ (GE) et inscrite au registre du commerce depuis 1994, a pour but les fabrication, assemblage, vente et commercialisation de produits horlogers, ainsi que l'application des techniques et des matériaux du domaine aéronautique pour l'industrie horlogère. Depuis le 1 er octobre 2005, elle est immatriculée au registre des assujettis à la taxe sur la valeur ajoutée (ci-après: la TVA) tenu par l'Administration fédérale des contributions (ci-après: l'Administration fédérale). Les 9 et 10 février 2012, l'Administration fédérale a procédé à un contrôle portant sur les périodes de décompte allant du 1 er trimestre 2007 au 4 ème trimestre 2009. Constatant que la Société avait omis de déclarer un chiffre d'affaires de 40'000 fr. et exonéré des prestations sans preuve de leur exportation vers l'étranger (à savoir les chiffres d'affaires comptabilisés sur le compte 3000 "ventes montres hors taxe" pour l'année 2007, ceux du compte 3400 "refacturation R&D" pour l'année 2008 et ceux du compte 3211 "ventes montres et accessoires (non soumis TVA) " pour l'année 2009), l'Administration fédérale, par courrier du 14 février 2012, a invité la Société à lui faire parvenir des preuves de l'exportation ainsi que des documents relatifs au chiffre d'affaires non déclaré. Dans sa lettre du 17 avril 2012, la Société n'a fourni aucune preuve et n'a donné aucune explication. B. Le 8 août 2012, l'Administration fédérale a adressé à la Société une notification d'estimation valant, selon elle, décision et confirmant les montants de la créance fiscale pour les périodes 2007 à 2009 pour un montant total de 61'285 fr. et de la correction d'impôt en sa faveur de 138'776 fr. La Société a déposé réclamation contre cette notification d'estimation (concluant à son annulation partielle) par courrier du 13 septembre 2012. L'Administration fédérale a rejeté la réclamation le 10 décembre 2012, fixant la créance fiscale à 138'776 fr., plus intérêt moratoire. La Société a recouru contre la décision sur réclamation du 10 décembre 2012 auprès du Tribunal administratif fédéral, qui a rejeté le recours par arrêt du 23 juillet 2014. C. Contre l'arrêt du 23 juillet 2014, la Société interjette un "recours de droit public" [recte: un recours en matière de droit public] au Tribunal fédéral. Elle conclut, sous suite de dépens, principalement, à ce que l'arrêt entrepris soit annulé et déclaré nul et de nul effet, et que l'Administration fédérale soit déboutée de ses prétentions à hauteur de 133'278 fr. sur un total de 138'776 fr. "pour violation des règles procédurales fédérales relatives au fardeau de la preuve". Subsidiairement, elle demande que l'arrêt soit déclaré nul pour incompétence du Tribunal administratif fédéral. Le Tribunal administratif fédéral a renoncé à prendre position. Dans sa réponse du 20 octobre 2014, à laquelle étaient jointes quatre pièces, l'Administration fédérale a conclu au rejet du recours.