Faits : A. A.X._ SA (d'avril 2005 à janvier 2007: B.X._ SA, actuellement: X._ SA) est une société anonyme ayant son siège à Genève et inscrite au registre du commerce de ce canton depuis le 3 avril 1996. Son but statutaire est la gestion de fortune et conseils financiers; transactions financières; toutes activités en qualité de trustee, cotrustee, exécuteur testamentaire, fiduciaire et mandataire général; acquisition, vente et gestion de participations dans d'autres sociétés. Jusqu'en juillet 2011, Y._ a successivement été administrateur délégué puis, dès octobre 2004, administrateur président de la société, avec signature collective à deux. Il a en particulier cosigné les déclarations fiscales des années 2006 à 2009 de la société. Cette dernière est une filiale à 100% du groupe C._ AG, société anonyme ayant depuis février 2007 son siège à H._, dans le canton de Zoug. Auparavant, depuis août 1998, C._ AG avait son siège dans le canton de Schwyz, sous la raison sociale Z._ AG. Cette société a quant à elle pour but l'achat, la vente ainsi que l'administration de participations suisses et étrangères. Elle peut acquérir, grever et aliéner des biens immobiliers. Depuis une augmentation de capital survenue en décembre 2005, elle détient des actions de plusieurs sociétés, qui ont leur siège à Genève, à Tortola dans les Iles Vierges Britanniques, ainsi qu'au Luxembourg. La société D._ Limited est également une filiale à 100% du groupe C._ AG. Elle a son siège à Tortola où elle ne dispose pas de personnel. En décembre 2009, cette société a absorbé la société E._ Limited, dont le siège était aussi à Tortola. Cette dernière était, entre 2006 et 2009, une filiale à 100% du groupe C._ AG et ne disposait pas non plus de personnel à son siège. L'activité des sociétés D._ Limited et E._ Limited était exercée dans leurs succursales de Moscou et de Saint-Pétersbourg. Le groupe C._ AG détient également à 100% une autre filiale, la société F._ AG, dont le siège principal est à Zurich (société radiée du registre du commerce du canton de Zurich en 2014, suite à sa fusion avec la G._ SA avec siège à Genève). Y._ a été, entre décembre 2005 et mai 2007, administrateur de F._ AG, avec signature collective à deux, et ensuite jusqu'en septembre 2007, vice-président du conseil d'administration, avec signature collective à deux. Entre septembre 2007 et octobre 2011, il a été gérant de F._ AG avec signature collective à deux. B. En février 2009, l'Administration fédérale des contributions (ci-après: l'Administration fédérale) a procédé à une révision des comptes de A.X._ SA en relation avec l'impôt anticipé. Dans le cadre de cette révision, elle a appris que C._ AG exerçait, depuis la Suisse, notamment par l'intermédiaire de A.X._ SA, une haute surveillance sur les activités déployées par les sociétés apparentées offshore D._ Limited et E._ Limited et leurs succursales. A.X._ SA exerçait également, au besoin, des activités de controlling en matière financière et offrait son support dans les domaines de la comptabilité et de la gestion des ressources humaines. L'Administration fédérale a constaté que les prix de transfert pour les services intragroupe faisaient défaut. Elle a chiffré l'absence de rémunération pour les services rendus par A.X._ SA à D._ Limited et E._ Limited, pour les années 2006 à 2008, à un montant total de 6'811'091 fr. Le 29 janvier 2010 A.X._ SA a conclu un accord avec l'Administration fédérale (ruling) tendant à fixer une rémunération adéquate des services qu'elle fournissait à ses sociétés soeurs dès le 1er janvier 2009. Suite à une communication de l'Administration fédérale, l'Administration fiscale cantonal de la République et canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale cantonale) a procédé à un rappel d'impôts et ouvert une procédure pénale en soustraction fiscale pour l'impôt fédéral direct (ci-après: l'IFD) ainsi que pour les impôts cantonal et communal (ci-après: l'ICC) des années 2006, 2007 et 2009. Les reprises sur le bénéfice pour les années 2006 à 2008 s'élevaient à respectivement 1'054'592 fr., 3'014'742 fr. et 2'741'757 fr. (cette dernière reprise ayant également une incidence sur la taxation 2009, en ce qu'elle diminuait la perte reportée et augmentait le bénéfice). Le 14 avril 2011 A.X._ SA a admis les montants des reprises sur le bénéfice et accepté l'émission des bordereaux rectificatifs y relatifs. Ceux-ci ont été émis le 18 mai 2011. C. Dans son courrier du 14 avril 2011 adressé à l'Administration fiscale cantonale, A.X._ SA a toutefois contesté avoir commis une soustraction fiscale. Le 18 mai 2011, l'Administration fiscale cantonale a établi deux bordereaux "amende". L'amende relative à l'IFD 2006, 2007 et 2009 s'élevait à 428'417 fr. et celle relative à l'ICC 2006, 2007 et 2009 à 1'163'477 fr. Ces deux montants correspondaient à une fois la somme totale des suppléments d'impôt dus pour ces trois années. A.X._ SA a élevé réclamation contre ces amendes. Par décision sur réclamation du 16 avril 2012, l'Administration fiscale cantonale a confirmé les amendes sur leur principe, mais réduit leur quotité à 0,75 fois le montant des impôts soustraits, prenant en compte la bonne collaboration et la régulation des opérations intragroupe. La société a interjeté recours contre ce prononcé. Le Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif de première instance) a rejeté le recours par jugement du 22 avril 2013. A.X._ SA a contesté cette décision le 29 mai 2013 auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève (ci-après: la Cour de justice). Dans un arrêt du 1er avril 2014, la Cour de justice a rejeté le recours de la société A.X._ SA. Elle a jugé que la différence entre le montant d'impôt des taxations définitives et le montant qui aurait dû être effectivement perçu constituait une soustraction. En outre, en n'annonçant pas les rémunérations pour les services rendus, la société avait violé son obligation de déclarer tous les éléments du bénéfice imposable. La Cour de justice a considéré que les organes dirigeants de A.X._ SA, et en particulier Y._, avaient envisagé et accepté qu'une soustraction fiscale se réalise, agissant ainsi à tout le moins par dol éventuel. Elle a finalement confirmé la quotité de l'amende et exclu que celle-ci viole le principe ne bis in idem, la procédure conduisant à la perception de l'impôt anticipé n'ayant pas le même objet que celle relative aux amendes fiscales. D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A.X._ SA demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt de la Cour de justice du 1er avril 2014 et de constater qu'elle n'a commis aucune soustraction fiscale en relation avec les périodes fiscales 2006, 2007, 2008 et 2009. Elle se plaint en particulier de violation du droit fédéral et du principe de l'interdiction de la double peine. La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale concluent au rejet du recours. Dans des observations finales, A.X._ SA persiste dans ses conclusions.