Faits : A. Le 13 mai 2013, le Département des affaires régionales, de l'économie et de la santé du canton de Genève (DAES, devenu par la suite DEAS) a accordé à B._ SA l'autorisation d'exploiter une pharmacie à Onex. Cette autorisation se fonde notamment sur un rapport du Service du Pharmacien cantonal (SPhC) du 3 avril 2013 rendu après une inspection des lieux, et un préavis favorable sous conditions. L'entreprise concurrente A._ SA a recouru en vain contre l'autorisation d'exploiter. Par arrêt du 8 décembre 2015, la Chambre administrative de la Cour de justice genevoise a déclaré son recours irrecevable. Le Tribunal fédéral a confirmé ce prononcé par arrêt du 2 août 2016 (2C_90/2016). Dès le mois d'août 2013, A._ SA a tenté d'avoir accès au rapport d'inspection du 3 avril 2013. Le 16 octobre 2013, le Préposé cantonal à la protection des données et à la transparence (PPDT) a recommandé au DEAS d'accorder l'accès au document, après caviardage des données personnelles. Le 30 octobre 2013, le DEAS a refusé l'accès au rapport d'inspection, considérant que la procédure de recours était alors pendante contre l'autorisation d'exploiter, de sorte que la loi genevoise sur l'information du public, l'accès aux documents et la protection des données personnelles (LIPAD, RS/GE A 2 08) n'était pas applicable. B. Par arrêt du 21 juin 2016, la Chambre administrative a admis le recours de A._ SA et ordonné au DEAS de donner accès au rapport d'inspection, dûment caviardé de toutes données personnelles. Le droit d'accès garanti par la LIPAD pouvait être exercé indépendamment de la procédure concernant l'autorisation d'exploiter. Le rapport d'inspection était en principe accessible en vertu de l'art. 25 al. 1 et 2 LIPAD. Il ne contenait aucune information couverte par le secret médical ou le secret des affaires ou de fabrication, et ne procurerait aucun avantage indu à la requérante. Les données personnelles pouvaient aisément être caviardées. C. Par acte du 26 juillet 2016, le canton de Genève, soit pour lui son Conseil d'Etat représenté par le DEAS, forme un recours en matière de droit public par lequel il demande l'annulation de l'arrêt de la Chambre administrative et la confirmation de la décision du DEAS du 30 octobre 2013. Il requiert l'effet suspensif, qui a été accordé par ordonnance du 31 août 2016. La cour cantonale a renoncé à présenter des observations. A._ SA (ci-après: l'intimée requérante) conclut à l'irrecevabilité, subsidiairement au rejet du recours. B._ SA s'en rapporte à justice, tout en se prononçant sur certains points. Dans ses dernières observations, le canton recourant persiste dans ses conclusions, contestant les conclusions d'irrecevabilité prises par A._ SA. Cette dernière conteste les conclusions et observations de B._ SA.