Faits : A. A.a. B._ a été engagé par la banque C._ SA (ci-après: C._), dont le siège était à Bâle, à compter du 1er novembre 1997. Il a travaillé pour la succursale de Genève, dont il est devenu directeur le 1er juillet 2003. La totalité des actions de C._ appartenait à la banque D._ (ci-après: D._), qui a cherché à les vendre dès la fin 2008. Le 4 mars 2009, afin de fidéliser ses employés pour qu'ils restent au service du futur acheteur, E._, président directeur de C._, et F._, membre de la direction de C._, ont conclu avec D._ une convention de " retention pool ", en vertu de laquelle une partie du produit de la vente qui reviendrait à D._ serait mise à la disposition des membres de la direction et d'autres collaborateurs-clés de C._, dont B._ faisait partie. Cette convention a fait l'objet d'un addendum du 20 mai 2009; elle aurait encore été complétée le 31 août 2009. Le 20 juillet 2009, D._ a vendu la totalité des actions de C._ à la banque A._ (ci-après: A._), à Bâle, le transfert effectif des actions ayant eu lieu le 31 août 2009. Le 20 avril 2010, A._ a repris l'intégralité des actifs et passifs de C._, suite à une fusion avec effet au 27 avril 2010. A.b. Les rapports de travail ayant passé avec tous les droits et obligations à A._ en vertu de l'art. 333 al. 1 CO, B._ est devenu le responsable de la succursale genevoise de A._. Parallèlement, ayant appris le 4 novembre 2009 que C._ cherchait à vendre sa succursale genevoise, B._ a proposé de la racheter et a fondé dans ce but G._ SA (ci-après: G._), qui a été inscrite au registre du commerce de Genève le 27 juillet 2010. C._ et G._ en formation ont conclu un contrat d'achat et de vente le 17 mars 2010. B._ allègue avoir requis de A._, aux fins de financer l'acquisition de la succursale, une avance sur le solde du montant lui revenant en exécution de la convention de " retention pool ", ce qui lui aurait été refusé, A._ lui proposant de solliciter, en lieu et place, un prêt. Ainsi, un prêt de 150'000 fr. lui a été consenti par A._ le 26 mai 2010, pour lequel il a cédé à la banque la totalité de ses prétentions découlant de la convention de " retention pool " du 4 mars 2009 et des conventions complémentaires des 20/25 mai et 31 août 2009. A.c. A._ et B._ ont conclu une convention mettant fin aux rapports de travail à la date du 31 juillet 2010. Une clause de cette convention indiquait que les parties déclaraient ne plus avoir de prétentions à faire valoir l'une contre l'autre. B._ n'aurait toutefois pas renoncé à la part du " retention pool " qui lui revenait encore. B. B._ a été informé du plan de fidélisation des employés-clés par E._, lequel lui a indiqué qu'il recevrait une rémunération extraordinaire de 450'000 fr. Il a aussi participé à une réunion ultérieure, rassemblant les bénéficiaires de la convention de " retention pool ", au cours de laquelle cette rémunération a été confirmée. B._ a reçu de A._: - un versement de 139'290 fr. nets (157'500 bruts) le 9 septembre 2009; - un deuxième versement de 97'670 fr. 10 nets le 10 mars 2011, le décompte (Lohnabrechnung) indiquant " Retention Plan, 2. Tranche 103'227.00; Bruttolohn 103'227.00 ... Nettolohn 97'670.10 " et précisant, dans un courrier annexe, que ce versement était effectué à bien plaire et sans créer aucun droit. Ce montant a été porté en déduction du prêt de 150'000 fr. que la banque avait accordé à son employé; - un troisième versement, final, de 28'933 fr. 65, en mai 2012, (intitulé " Lohnabrechnung "), qui indiquait " Retention Plan, Schlusszahlung 30'519.15; Bruttolohn 30'519.15 ... Nettolohn 28'933.65 " et qui a fait l'objet d'un certificat de salaire. Ce montant a également été porté en déduction du prêt. C. C.a. Le 28 septembre 2012, B._ a ouvert action en paiement contre A._ par requête adressée à l'Autorité de conciliation du Tribunal des prud'hommes du canton de Genève. Ensuite de l'échec de la conciliation et de la délivrance de l'autorisation de procéder, B._ a déposé sa demande le 7 novembre 2012 devant le Tribunal des prud'hommes de Genève, concluant au versement du montant total net de 857'043 fr. 20 avec intérêts à 5% l'an dès le 28 février 2011. Ce total se décomposait en deux postes: le premier, par 185'976 fr. 85, résultait de la différence entre le montant de 450'000 fr. qui lui était dû au regard de la convention de " retention pool " et les deux acomptes reçus en septembre 2009 et mars 2011, déduction étant encore faite du solde du prêt qu'il devait rembourser; le second, par 671'066 fr. 35, correspondait au montant de 700'000 fr. - représentant pour le demandeur le " deuxième tour " de distribution entraîné par le fait que de nombreux bénéficiaires démissionnaires n'avaient pas touché l'entier de leurs parts, qui devaient être dévolues aux bénéficiaires restants - dont devait être déduite la portion du " deuxième tour " de distribution encaissée en mai 2012, par 28'933 fr.65. Dans sa demande, B._ a notamment allégué " en fait " qu'en vue du rachat de C._ par A._, D._ et C._ étaient convenues de mettre en place un système de fidélisation des cadres supérieurs (dont il faisait partie). Ceux-ci devaient recevoir une rémunération extraordinaire (fixée pour lui à 450'000 fr.) pour autant qu'ils demeurassent au service de la nouvelle entité pendant un certain temps après la reprise par A._. Le demandeur a également fait valoir que le fonds de fidélisation s'était matérialisé par une convention de " retention pool ", signée le 4 mars 2009 et complétée par des conventions additionnelles, tous documents dont il a requis production par la partie adverse. B._ a allégué que les trois versements opérés en sa faveur entre septembre 2009 et mai 2012 l'avaient été sous forme de salaires, après déduction des cotisations sociales légales et usuelles, comme l'attestaient les décomptes envoyés par A._. " En droit ", le demandeur a invoqué qu'il a conclu oralement avec C._ (qui a fusionné avec la défenderesse) une convention d'après laquelle une " prime de fidélité " lui était octroyée à certaines conditions. Cet accord ad hoc venu s'ajouter au contrat de travail, s'il était calqué sur la convention de " retention pool ", ne se confondait pas avec celle-ci. Les prétentions qu'il déduit en justice découlent donc de l'accord oral passé avec son employeur C._ (devenue A._). La défenderesse a requis la limitation de la réponse à la question de la compétence (art. 222 al. 3 CPC). Elle a contesté la compétence du Tribunal des prud'hommes de Genève, affirmant qu'étaient compétents les tribunaux de Liestal, dans le canton de Bâle-Campagne. Bien qu'il ait refusé de limiter la réponse et les débats à la question de la compétence, le Tribunal des prud'hommes a finalement rendu, le 7 avril 2014, un jugement d'irrecevabilité en raison de son incompétence pour trancher le litige. Se basant sur l'art. 1 al. 1 let. a de la loi genevoise du 11 février 2010 sur le Tribunal des prud'hommes (LTPH/GE; RSG E 3 10), donc sur la compétence matérielle, et après administration des preuves, il a nié l'existence d'un contrat de travail. C.b. Statuant sur appel de B._ par arrêt du 11 décembre 2014, la Chambre des prud'hommes de la Cour de justice du canton de Genève a annulé le jugement de première instance, déclaré la demande recevable et retourné la cause au Tribunal des prud'hommes pour éventuelle instruction complémentaire et nouvelle décision. Elle a admis qu'un accord était intervenu dans le cadre des rapports de travail et que la compétence à raison de la matière était donnée, tout en précisant que " la compétence à raison du lieu n'est pas litigieuse, l'appelant ayant travaillé à Genève ". D. A._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral, concluant principalement à la réforme de l'arrêt cantonal en ce sens que la demande est déclarée irrecevable et, subsidiairement, pour le cas où la demande serait jugée recevable, au rejet de celle-ci, la cause étant, selon elle, en état d'être jugée. Elle invoque la violation de l'art. 34 al. 1 CPC et fait valoir que la prétention invoquée par le demandeur découle de la convention de " retention pool ", laquelle prévoit un for à Liestal, au siège de D._. L'intimé conclut au rejet du recours. Les parties ont encore chacune déposé des observations. Par ordonnance présidentielle du 18 février 2015, l'effet suspensif a été accordé au recours.