Faits : A. Le 10 décembre 2008, l'Office fédéral de l'environnement (ci-après: l'Office fédéral) a exempté les sociétés anonymes de droit privé X._ SA et Y._ SA de la taxe sur le dioxyde de carbone (ci-après: la taxe sur le CO2) pour la période du 1er janvier 2008 au 21 décembre 2012, en contrepartie de l'engagement formel pris par X._ SA de limiter ses émissions de CO2. B. Le 18 juillet 2012, X._ SA a envoyé neuf demandes de remboursement de la taxe sur le CO2 d'un montant total de 1'631'836 fr., dont une en faveur de Y._ SA, à l'Administration fédérale des douanes, Direction générale des douanes (ci-après: l'Administration fédérale), pour la période du 1er janvier au 31 décembre 2011. Par décision du 15 août 2012, l'Administration fédérale a refusé d'entrer en matière sur les neuf demandes de remboursement, au motif qu'elles n'avaient pas respecté le délai fixé au 30 juin 2012 pour les taxes versées l'année précédente. La réclamation formée par les deux sociétés à l'encontre de la décision d'irrecevabilité du 15 août 2012 a été rejetée par l'Administration fédérale le 27 février 2013. Saisi d'un recours contre cette décision sur réclamation, le Tribunal administratif fédéral a, par arrêt du 27 août 2014, rejeté le recours. C. Contre l'arrêt du 27 août 2014, X._ SA et Y._ SA forment un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral. Elles concluent, sous suite de frais et dépens, à l'annulation de l'arrêt précité et au renvoi de la cause à l'Administration fédérale afin qu'elle entre en matière sur les demandes de remboursement de la taxe sur le CO2 déposées pour la période de 2011. Le Tribunal administratif fédéral renonce à se déterminer. Tardive, la détermination de l'Administration fédérale est écart ée.