Faits : A. La société X._ SA (anciennement Y._ SA) est inscrite au registre du commerce du canton de Vaud et a pour but la fourniture de prestations de services en tout genre dans le domaine de la télécommunication en Suisse, notamment la création et l'exploitation d'un réseau de téléphonie mobile. Elle est inscrite comme assujettie à la taxe sur la valeur ajoutée (TVA) dans le registre de l'Administration fédérale des contributions (ci-après: l'Administration fédérale). Afin d'accroître son nombre d'abonnés, la société intéressée a mis en place un programme de parrainage permettant à ses clients d'obtenir une réduction de 100 fr. sur leur facture pour avoir recommandé à un tiers la conclusion d'un nouvel abonnement avec elle. L'Administration fédérale a procédé à un contrôle de la société le 15 mars 2013. A cette occasion, elle a constaté que, dans le cadre du programme précité, la société avait considéré les réductions allouées aux clients comme des diminutions de la contre-prestation et les avait portées au bilan en déduction de son chiffre d'affaires. Estimant que ces montants étaient octroyés à titre de rémunération du chiffre d'affaires imposable, l'Administration fédérale a refusé cette déduction et procédé à une correction de l'impôt pour un montant de 400'421 fr., plus intérêt moratoire, pour la période s'étendant du 1 er trimestre 2010 au 4 e trimestre 2012. La société a remis en cause le résultat du contrôle dans des courriers des 27 mai et 13 décembre 2013. B. Par décision du 10 février 2015, l'Administration fédérale a confirmé sa position selon laquelle les réductions accordées aux clients de l'intéressée ne pouvaient être déduites du chiffre d'affaires de cette dernière. Tenant compte des clients de la société assujettis à la TVA ayant participé au programme et de la possibilité pour la société de récupérer l'impôt préalable, elle a toutefois nouvellement fixé la créance fiscale à 390'472 fr., plus intérêt moratoire. Par acte du 12 mars 2015, la société X._ SA a formé réclamation contre la décision du 10 février 2015, demandant que son écriture soit transmise à titre de recours au Tribunal administratif fédéral. Ce dernier, par arrêt du 4 mars 2016, a rejeté le recours de l'intéressée. Il a jugé en bref que le client participant au programme de parrainage fournit une prestation au sens de la TVA et que la réduction de la facture qui est accordée en contrepartie constitue une charge pour la société, sans incidence sur le chiffre d'affaires, car elle n'est pas directement liée aux prestations de télécommunications fournies par la société à son client. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la société X._ SA demande en substance au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du 4 mars 2016 du Tribunal administratif fédéral et de renoncer à prélever un montant supplémentaire d'impôt de 390'472 fr., plus intérêt moratoire, pour la période allant du 1 er trimestre 2010 au 4 e trimestre 2012. Elle se plaint de violation du droit fédéral. Le Tribunal administratif fédéral renonce à se déterminer sur le recours. L'Administration fédérale conclut au rejet de celui-ci. Dans des observations finales, la société X._ SA a implicitement confirmé ses conclusions.