Faits : A. A._ était l'actionnaire et le président du Conseil d'administration de X._ SA (ci-après: X._) et de X._ Fiduciaire SA (ci-après: X._ Fiduciaire), deux sociétés dont le siège social était situé à B._. Le 22 décembre 1988, X._ a acquis pour 345'000 fr. la propriété par étages n° **** (immeuble neuf) de la parcelle de base n° *** sise sur la commune de B._, portant sur un appartement et une cave, ainsi qu'une servitude de place de parc. Après avoir investi 35'000 fr. pour l'agencement et le mobilier de l'appartement, elle a loué les locaux à X._ Fiduciaire pour un loyer annuel de 30'000 fr. Le 5 juin 2003, X._ a vendu le lot de propriété par étages n° **** et la servitude de place de parc à X._ Fiduciaire pour le prix de 251'557.55 fr. La valeur comptable de l'immeuble aliéné s'élevait alors à 310'000 fr. Dans sa déclaration d'impôt pour la période fiscale 2003, X._ a annoncé un bénéfice net de 12'965 fr. Le compte de pertes et profits de l'exercice 2003 faisait état d'une "perte sur cession immeuble" de 60'000 fr., correspondant à la différence, arrondie, entre la valeur comptable de l'immeuble et son prix de vente. Le Service cantonal des contributions du canton du Valais (ci-après: le Service cantonal) a fait procéder à une estimation de la valeur vénale de l'immeuble vendu à X._ Fiduciaire, qui a abouti à une valeur de 400'000 fr. B. Par décision de taxation du 2 septembre 2005, le Service cantonal a repris le bénéfice imposable de X._ à hauteur de 60'000 fr. tant pour l'impôt cantonal et communal (ci-après: ICC) que pour l'impôt fédéral direct (ci-après: IFD), au titre de prestation à un prix de faveur. X._ a contesté le bien-fondé de cette reprise par la voie de la réclamation le 28 septembre 2005. Selon l'estimation effectuée le 25 septembre 2005 par la fiduciaire C._ SA, à D._, qu'elle avait mandatée, la valeur vénale du bien vendu s'élevait à 230'000 fr. Le prix appliqué à X._ Fiduciaire n'était donc pas infé- rieur à sa valeur vénale. La contribuable faisait également valoir qu'elle avait acquis l'immeuble à un moment correspondant au plus haut de la période de bulle spéculative des années quatre-vingts. Le 18 octobre 2005, le Service cantonal a indiqué à X._ qu'étant donné l'état de l'immeuble et sa situation, il ne pouvait accepter le coefficient de vétusté de 10% que la fiduciaire C._ SA avait appliqué dans son estimation (pour déterminer la valeur intrinsèque de l'immeuble). Par ailleurs, la différence existant entre la valeur de rendement qu'il avait obtenue et celle retenue par la fiduciaire provenait principalement du fait que cette dernière avait pris en considération un revenu locatif annuel de 13'920 fr., au lieu du revenu revenu effectif net de 26'500 fr. (soit 30'000 fr. moins 3'500 fr. de charges), qui devait s'appliquer. Le Service cantonal aboutissait désormais, sur la base de la moyenne entre la valeur intrinsèque et la valeur de rendement doublée, à une valeur vénale de 380'000 fr. Il en découlait que la prestation de la société équivalait à la différence entre la valeur vénale de 380'000 fr. et la valeur de cession immobilière du 5 juin 2003 de 251'557 fr. Par courrier du 12 décembre 2005, X._ a demandé au Service cantonal qu'il applique, aux fins de la détermination de la valeur intrinsèque de l'immeuble, un coefficient de vétusté de 10%, car l'immeuble n'avait pas été l'objet de travaux de rénovation importants depuis 1989. Concernant la valeur de rendement, elle soutenait qu'il ne fallait pas tenir compte du revenu locatif effectivement encaissé (soit 30'000 fr.), qui était supérieur aux loyers du marché dès lors qu'il avait été fixé à une époque où les taux d'intérêts hypothécaires étaient supérieurs à 7%, que ceux-ci avaient baissé depuis l'effondrement du marché immobilier dans la région et qu'il fallait prendre en considération ce fait pour déterminer un loyer conforme au marché pour l'année 2003. La contribuable suggérait encore au Service cantonal qu'il mandate un architecte pour qu'il procède à une estimation. Le 21 décembre 2005, le Service cantonal a procédé à une vision locale et à une enquête sur le marché locatif des bureaux sur la commune de B._. L'enquête a débouché sur le constat que le loyer annuel de 30'000 fr. était correct, voire inférieur aux locations perçues dans le même immeuble pour des locaux semblables. Le 18 janvier 2006, le Service cantonal a par ailleurs communiqué à X._ le rapport d'estimation effectué par la section des taxes cadastrales du Service cantonal, qui concluait à une valeur vénale de 400'000 fr. Par décision du 22 février 2006, le Service cantonal a rejeté la réclamation du 28 septembre 2005 et fixé la reprise au titre de prestation à un prix de faveur à 148'443 fr., ce montant correspondant à la différence entre la valeur vénale du bien vendu (400'000 fr.) et son prix de vente (251'557 fr.). Le bénéfice imposable qui en découlait s'élevait désormais à 161'408 fr. Le 23 mars 2006, X._ a recouru contre cette décision sur réclamation auprès de la Commission de recours en matière fiscale du canton du Valais (ci-après: la Commission de recours), concluant à l'annulation de la reprise. A titre de mesure probatoire, elle sollicitait la mise en oeuvre d'une expertise. Déférant à cette demande, la Commission de recours a mandaté, avec l'accord de la contribuable et celui du Service cantonal, l'agence immobilière E._ SA, à D._. Cet expert a estimé la valeur vénale du bien vendu à 373'000 fr. Ce montant était obtenu par la moyenne arrondie entre la valeur de rendement doublée (soit 2 x 360'400 fr.) et la valeur de réalisation (354'000 fr.), à quoi devaient s'ajouter 15'000 fr. pour la servitude de place de parc. X._ a contesté les conclusions de ce rapport, mais déclaré être prête à accepter une valeur proche de 300'000 fr. Par décision du 26 mars 2014, la Commission de recours a fixé la valeur vénale du bien vendu à 350'000 fr. en s'inspirant de l'expertise réalisée par E._ SA, mais en tenant compte des "données de l'expérience et des connaissances personnelles de ses membres". Il en découlait une reprise de 98'443 fr. dans le bénéfice imposable 2003 de X._. La Commission de recours a en conséquence partiellement admis le recours de la contribuable et fixé son bénéfice imposable 2003 à 111'408 fr. au lieu des 161'408 fr. retenus par le Service cantonal. C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, principalement, d'annuler la décision du 6 (recte: 26) mars 2014 et de fixer son bénéfice imposable 2003 à 12'965 fr.; subsidiairement, d'annuler la décision du 6 (recte: 26) mars 2014 et de renvoyer la cause à la Commission de recours pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Le Service cantonal s'est déterminé et a conclu au rejet du recours. La Commission de recours a renoncé à déposer des observations et a conclu au rejet du recours. L'Administration fédérale des contributions s'est ralliée à l'arrêt attaqué et a proposé le rejet du recours. La recourante a déposé des observations finales.