Faits : A. Le plan localisé de quartier (ci-après : le PLQ) n° 29'270, adopté par le Conseil d'Etat de la République et canton de Genève le 27 octobre 2004, porte sur la construction de six barres d'immeubles d'habitation dans le périmètre situé le long de l'avenue Edmond-Vaucher, au niveau du chemin du Coin-de-Terre, sur la commune de Vernier; cette portion du territoire est classée en zone 5 de développement 3. Les trois premiers immeubles ont d'ores et déjà été construits et se situent aux n os 13 à 13C, 15 à 15C et 17 à 17C de l'avenue Edmond-Vaucher (ci-après: les bâtiments 13, 15, respectivement 17). B. L'Etat de Genève est propriétaire de la parcelle n° 5'357 sise dans le périmètre du PLQ précité, à l'angle de l'avenue Edmond-Vaucher et du chemin du Coin-de-Terre, à l'est du bâtiment 17, sur laquelle devrait s'ériger la quatrième barre d'immeubles. Selon le tableau de répartition des droits à bâtir du PLQ, sur cette parcelle, totalisant une superficie de 2'864,5 m 2, la surface brute de plancher (ci-après: SBP) admissible s'élève à 3'581 m 2. Ce plan prévoit par ailleurs un indice d'utilisation du sol (ci-après: IUS) de 1,25 et limite le gabarit des constructions à trois étages sur rez (R+3). Le 27 novembre 2012, la Fondation C._ (ci-après : la fondation) a déposé une demande définitive d'autorisation de construire quatre immeubles de type HBM (habitations à bon marché), avec parking souterrain, sur la parcelle n° 5'357, aux n os 19 à 19C de l'avenue Edmond-Vaucher (ci-après: le bâtiment 19). Ce projet prévoit, en dérogation au PLQ, l'édification d'un quatrième étage permettant la réalisation de treize logements supplémentaires et une réduction des coûts, par appartement, des éléments de construction fondamentaux (sous-sol, ascenseur, toiture). Dans le cadre de l'instruction de cette demande, les différents services de l'Etat appelés à se prononcer ont émis des préavis favorables, respectivement favorables sous conditions. La Commission d'architecture (CA) s'est, le 22 janvier 2013, prononcée en faveur du projet à la condition qu'il réserve les zones privatives en garantissant des dégagements de quatre mètres devant l'ensemble des locaux habitables du rez-de-chaussée et une largeur minimale des portes. Quant à la direction des plans d'affectation et requête (PAR), elle a, par préavis du 31 octobre 2013, considéré que la réalisation d'un immeuble R+4 était admissible dans la mesure où la construction de logements constituait un motif d'intérêt général justifiant une dérogation au PLQ. Le Département de l'aménagement du logement et de l'énergie (ci-après: le DALE) a, par arrêté du 15 avril 2014, autorisé l'application des normes de la troisième zone aux bâtiments à construire. Par décision du 25 avril 2014, publiée le 2 mai 2014 dans la Feuille d'avis officielle de la République et canton de Genève (FAO), le DALE a délivré l'autorisation de construire requise. C. Le 28 mai 2014, la Communauté de la copropriété par étage de l'immeuble A._ a recouru contre l'autorisation de construire devant le Tribunal administratif de première instance (ci-après : le TAPI). Ce dernier a rejeté le recours par jugement du 20 mars 2015, estimant que la réalisation d'un étage supplémentaire est admissible malgré le dépassement de la SBP et de l'IUS qui en résulte. Par arrêt du 25 août 2015, la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève a confirmé le jugement du TAPI, sous réserve de quelques erreurs de calculs, à la correction desquelles elle a procédé. La Cour de justice a en substance considéré que la réalisation d'un étage supplémentaire répond à un intérêt public à la construction de logements; elle a par ailleurs estimé que cette dérogation revêt un caractère mineur: d'une part, l'affectation à un usage d'habitation de cette extension est identique à celle de l'ensemble de l'immeuble; d'autre part, le projet respecte les hauteurs maximales des constructions pour la zone considérée. D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la Communauté des copropriétaires d'étages A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt attaqué et, cela fait, d'annuler l'autorisation de construire délivrée par le DALE le 25 avril 2014. Elle sollicite également l'octroi de l'effet suspensif partiel, limité à l'autorisation de construire un quatrième étage. La Chambre administrative s'en rapporte à justice s'agissant de la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Le département s'en remet également à justice quant à la recevabilité du recours et, au fond, demande au Tribunal fédéral de confirmer l'arrêt attaqué. L'intimée conclut principalement à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet. La recourante a répliqué. Par ordonnance du 16 octobre 2015, le Président de la Ire Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif.