Faits : A. Dans le cadre d'une instruction pénale dirigée notamment contre A._ pour violation de la LStup et blanchiment d'argent, le Tribunal des mesures de contrainte du Littoral et du Val-de-Travers (Tmc) a autorisé le 21 avril 2015, puis prolongé le 29 juin 2015, une mesure d'investigation secrète avec l'engagement d'agents infiltrés, et approuvé l'anonymat garanti à ces derniers. A._ a été interpellé le 3 septembre 2015 et placé en détention provisoire. Le 9 septembre 2015, il a demandé au Ministère public l'assistance judiciaire et la nomination d'un avocat d'office. B. Le 8 décembre 2015, le Tmc a rejeté une demande de mise en liberté formée par le prévenu et prolongé la détention provisoire. Par arrêt du 8 janvier 2016, l'Autorité de recours en matière pénale a partiellement admis le recours formé par le prévenu et libéré celui-ci moyennant diverses mesures de substitution. Des frais judiciaires, réduits à 300 fr., ont été mis à la charge du prévenu, et une indemnité de dépens réduite de 500 fr. lui a été allouée. Le prévenu a aussi saisi l'autorité de recours en matière pénale d'un recours dirigé contre la mesure d'investigation secrète prise à son encontre, considérant celle-ci comme illicite et demandant que les preuves obtenues soient écartées du dossier. Par arrêt du 8 janvier 2016, l'Autorité de recours a déclaré le recours irrecevable car tardif. Les frais, soit 500 fr., ont été mis à la charge du prévenu. Un recours a été formé au Tribunal fédéral contre ce prononcé, rejeté par arrêt du 12 avril 2016 (1B_40/2016). C. Le 14 janvier 2016, le Ministère public a accordé l'assistance judiciaire au prévenu. Il a désigné Me B._ comme défenseur d'office dès le 3 septembre 2015. Fort de cette décision, l'avocat du prévenu s'est adressé à l'Autorité de recours afin qu'elle fixe son indemnité de défenseur d'office pour les deux procédures de recours et qu'elle modifie ses arrêts s'agissant des frais et dépens. Les 1er et 2 février 2016, le Vice-président de l'Autorité de recours (ci-après: le Vice-président) a répondu que l'intéressé n'avait pas requis l'assistance judiciaire en procédure de recours et que celle-ci n'avait été accordée qu'après le prononcé des arrêts. L'assistance judiciaire ne pouvait être accordée a posteriori. Par lettre du 17 février 2016, le prévenu fit remarquer qu'il avait requis l'assistance judiciaire le 9 septembre 2015 déjà et que malgré de nombreuses relances, le Ministère public ne l'avait accordée que le 14 janvier 2016 avec effet rétroactif. Le 19 février 2016, le Vice-président a maintenu sa position. D. Par actes du 2 mars 2016, A._ a recouru auprès de la Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral contre les refus de fixer l'indemnité d'avocat d'office pour les deux procédures cantonales de recours. Il demande l'annulation des décisions du Vice-président et le renvoi de la cause à cette autorité afin qu'elle rende une nouvelle décision au sens des considérants. La cause a été transmise au Tribunal fédéral. L'Autorité de recours et le Ministère public ont renoncé à formuler des observations.