Faits : A. Par jugement du 31 octobre 2013, le Tribunal correctionnel du canton de Genève a condamné X._ pour contrainte sexuelle (art. 189 CP) à une peine privative de liberté de trente mois, dont quinze mois ferme, sous déduction de la détention avant jugement, et quinze mois avec sursis, avec un délai d'épreuve de trois ans. Il a suspendu l'exécution de la peine privative de liberté au profit d'un traitement institutionnel en milieu ouvert (art. 59 al. 2 CP). Le temps que la mesure puisse être mise en place, il a ordonné le maintien de l'intéressé en détention pour des motifs de sûreté. En substance, ce jugement repose sur les faits suivants: A.a. Il était reproché à X._ d'avoir immobilisé une patiente de la Clinique B._, où il était soigné, de lui avoir introduit la main dans le slip, puis ses doigts dans le sexe, et de l'avoir forcée à lui prodiguer une fellation. A.b. Dans un rapport d'expertise, daté du 12 juillet 2013, l'expert posait un diagnostic de schizophrénie paranoïde, de traits de la personnalité dyssociale et d'utilisation nocive pour la santé de cannabis. Il constatait que l'expertisé présentait une certaine dangerosité et un risque de récidive réel et important. Pour diminuer ce risque, il préconisait un traitement psychiatrique visant à la stabilisation de la symptomatologie psychotique, en milieu hospitalier spécialisé ouvert, d'une durée suffisamment longue. Selon l'expert, une hospitalisation en milieu fermé ne paraissait pas adaptée, car, lors de son incarcération, l'expertisé avait présenté un épisode de décompensation aiguë. B. B.a. Le 28 novembre 2013, X._ a été transféré de C._ vers la Clinique B._. B.b. Dans un rapport du 24 février 2014, deux médecins de la Clinique B._ ont informé le Service d'application des peines et mesures (ci-après: SAPEM) que X._ ne respectait pas le cadre mis en place par l'établissement et qu'il fumait du cannabis dans l'unité et dans sa chambre. Lorsqu'il était confronté à ses comportements, X._ devenait agressif verbalement. L'adhésion aux soins était médiocre, et aucune évolution positive ne pouvait être observée. Selon un second rapport du 21 juillet 2014, X._ présentait des troubles du comportement inquiétants. Il avait annoncé qu'il lui semblait légitime de prendre la vie d'un soignant, puisqu'on lui avait pris trente ans de la sienne. Cela était d'autant plus préoccupant qu'il avait menacé un infirmier avec un couteau, peu avant la commission de l'infraction de contrainte sexuelle, objet du jugement du 31 octobre 2013 du Tribunal correctionnel. En outre, quelques jours auparavant, il en était venu aux mains avec un autre patient pour une question d'argent. Il continuait à fumer du cannabis et fuguait régulièrement. Le rôle thérapeutique de l'équipe infirmière n'était plus possible en raison du risque d'agression manifeste. X._ présentait un risque hétéro-agressif majeur. C. C.a. Par décision du 24 juillet 2014, le SAPEM a ordonné la réintégration de X._ en milieu pénitentiaire fermé dans l'attente de la décision du Tribunal d'application des peines et des mesures (ci-après: TAPEM) au sens de l'art. 59 al. 2 CP. Il est indiqué que la décision est exécutoire nonobstant recours, aucune voie de droit n'étant mentionnée. C.b. Le 25 juillet 2014, X._ a été incarcéré à C._. C.c. Dans un rapport du 18 novembre 2014, le Service de médecine et de psychiatrie pénitentiaires de C._ a constaté que X._ poursuivait un traitement psychiatrique et psychothérapeutique au sein de la prison et que son adhésion était satisfaisante, même s'il se montrait des fois oppositionnel et qu'il avait dû être hospitalisé à deux reprises pour cette raison. Il ajoutait que le patient demeurait dans le déni face aux infractions commises et minimisait les faits à l'origine de son incarcération et de son retour en milieu fermé. D. D.a. Lors de l'examen annuel de la mesure de X._ (art. 62 d CP), le TAPEM a considéré, par jugement du 19 mars 2015, qu'il n'était pas compétent pour constater l'illicéité des conditions de détention à C._ avec indemnisation. Il a admis que le SAPEM était compétent pour rendre la décision du 24 juillet 2014 et que la rétention de X._ à C._ du 18 au 29 novembre 2013 et depuis le 24 juillet 2014 était licite. Comme la situation de crise était résolue, il a ordonné la réintégration de X._ dans un établissement ouvert. D.b. Le 22 avril 2015, X._ a été transféré en milieu ouvert. E. E.a. Le 27 mars 2015, X._ a déposé un recours contre la décision du 24 juillet 2014 du SAPEM. E.b. Par arrêt du 3 septembre 2015, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice genevoise a rejeté le recours formé par X._. En résumé, elle a considéré que le SAPEM était compétent pour rendre la décision attaquée, elle a écarté les griefs de nature formelle (violation du droit d'être entendu, absence de notification, de motivation, d'indication des voies de recours et de défenseur d'office) et a jugé que les conditions de l'art. 59 al. 3 CP étaient réalisées. F. F.a. Le 27 mars 2015, X._ a également formé un recours contre le jugement rendu le 19 mars 2015 par le TAPEM. F.b. Par arrêt du 3 septembre 2015, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice genevoise a admis partiellement le recours déposé par X._, dans la mesure de sa recevabilité, et a annulé le jugement attaqué en tant que le TAPEM avait décliné sa compétence pour examiner les conditions d'exécution de la mesure subie par X._. G. Contre l'arrêt du 3 septembre 2015 rendu sur recours contre la décision du SAPEM, X._ dépose un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral. Il conclut à la réforme de l'arrêt attaqué en ce sens qu'il soit constaté la nullité de la décision du SAPEM, l'illicéité de la détention subie en milieu fermé du 31 octobre 2013 au 28 novembre 2013 et du 25 juillet 2014 au 22 avril 2015, ainsi que la violation des art. 3, 5, 6 et 13 CEDH. A titre subsidiaire, il requiert l'annulation de l'arrêt attaqué et le renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouveau jugement. En outre, il sollicite l'assistance judiciaire. Parallèlement, il dépose un recours en matière pénale contre l'arrêt du 3 septembre 2015 rendu sur recours contre le jugement du 19 mars 2015 du TAPEM (6B_1041/2015).