Faits : A. A.a. La Société coopérative de concessionnaires indépendants de taxis (ci-après: la Société), inscrite au registre du commerce de Genève, regroupe des chauffeurs de taxi détenteurs du permis de service public et a pour but de favoriser les intérêts économiques de ses membres, améliorer les services à la clientèle, ainsi que les conditions de travail des sociétaires. X._, domicilié à Genève, est chauffeur de taxi professionnel. En 2005, la société Y._ Sàrl, dont le but est la location de taxis et de permis permettant d'exercer le métier avec un usage accru du domaine public, a repris l'entreprise individuelle et l'autorisation d'exploiter une entreprise de taxis de service public de X._ qui dispose, depuis le 6 mars 2008, d'une carte professionnelle de dirigeant d'entreprise; celui-ci est devenu l'associé-gérant de Y._ Sàrl en 2014. A.b. La loi cantonale genevoise sur les taxis et limousines du 21 janvier 2005 (LTaxis/GE; RS/GE H 1 30) limite le nombre de permis de service public accordés aux titulaires des autorisations d'exploiter un taxi ou une entreprise de taxis de service public en vue d'assurer une utilisation optimale du domaine public (cf. art. 20 al. 1 LTaxis/GE). Le permis de service public est délivré contre paiement d'une taxe unique affectée à un fonds constitué pour améliorer les conditions sociales de la profession de chauffeur de taxi et réguler le nombre de permis (ci-après: le Fonds; cf. art. 21 al. 4 LTaxis/GE). Le Conseil d'Etat de la République et canton de Genève (ci-après: le Conseil d'Etat) s'est vu déléguer la compétence, notamment, de fixer le montant de la taxe de manière à ce que, en fonction de la rotation des permis, les détenteurs cessant leur activité perçoivent un montant compensatoire au moins égal à 40'000 fr., la taxe étant égale ou supérieure au montant compensatoire (cf. art. 21 al. 6 et 22 al. 4 LTaxis/GE). Sur la base de ces dispositions, le Conseil d'Etat a, le 19 mai 2010, arrêté la taxe unique ainsi que le montant compensatoire perçu pour l'octroi, respectivement l'annulation d'un permis de service public, à 82'500 fr. Saisi d'un recours en matière de droit public contre l'Arrêté du 19 mai 2010, le Tribunal fédéral a annulé celui-ci par arrêt 2C_609/2010 du 18 juin 2011, au motif que les critères de fixation de la taxe ne reposaient pas sur une base légale suffisante; le principe de sa perception pouvait se fonder uniquement sur l'art. 21 al. 6 LTaxis/GE, qui fixait son montant à 40'000 fr. A.c. A la suite de l'arrêt 2C_609/2010 annulant l'Arrêté, la Chambre administrative de la Cour de Justice de la République et canton de Genève (ci-après: la Cour de Justice) a, par des arrêts entrés en force rendus en 2012, admis deux recours et prononcé la réduction du montant de la taxe unique à 40'000 fr. et le remboursement du trop-perçu de 42'500 fr. sur la taxe précédemment fixée à 82'500 fr. Le Département cantonal des affaires régionales, de l'économie et de la santé, devenu entretemps le Département de la sécurité et de l'économie (ci-après: le Département cantonal), a ensuite décidé de rembourser à tous les titulaires d'un permis de service public qui avaient obtenu ce dernier sous l'égide de l'Arrêté du 19 mai 2010 le trop-perçu, par prélèvement effectué sur le Fonds. B. La Société et X._ qui, dans le cadre de consultations préalables avec le Département cantonal, s'étaient opposés au remboursement des taxes pour l'acquisition des permis de service public par le biais du Fonds, se sont adressés aux autorités cantonales le 21 janvier 2014, d'une part, pour solliciter des renseignements sur l'état du Fonds et les remboursements du trop-perçu effectués et, d'autre part, pour que le caractère illicite de l'utilisation du Fonds à des fins de remboursement du trop-perçu, traitée comme un acte matériel, soit constaté et pour que les conséquences du remboursement soient éliminées. Par courrier du 17 mars 2014 adressé à la Société et à X._, le Département cantonal a nié leur intérêt digne de protection à obtenir une décision constatatoire. Tout en refusant pour ce motif de rendre une décision formelle, le Département cantonal a néanmoins fourni des indications matérielles aux intéressés. Il a ainsi contesté le caractère illicite du remboursement du trop-perçu au moyen du Fonds, dont le capital restait selon lui largement suffisant. Il a en outre indiqué que 58 chauffeurs de taxis avaient été remboursés pour un total de 2'465'000 fr., si bien que le montant du Fonds s'élevait au 31 décembre 2013 à 1'554'513 fr. 50. Le 30 avril 2014, la Société et X._ ont interjeté recours contre le courrier du 17 mars 2014 auprès de la Cour de Justice, se plaignant en premier lieu du refus du Département cantonal de rendre une décision. Niant leur qualité pour recourir, celle-ci a déclaré irrecevable leur recours par arrêt du 25 novembre 2014. C. La Société et X._ forment un recours en matière de droit public contre l'arrêt du 25 novembre 2014 devant le Tribunal fédéral. Ils concluent, sous suite de frais et dépens, principalement, à l'annulation dudit arrêt, au constat de leur qualité pour agir et de la recevabilité du recours introduit le 30 avril 2014 auprès de la Cour de Justice, cela fait, au renvoi de la cause à l'instance inférieure pour qu'elle rende une nouvelle décision au sens des considérants; subsidiairement, ils demandent à prouver les faits allégués dans leur recours. La Cour de Justice se réfère à l'arrêt attaqué et renonce à former des observations. Le Département cantonal conclut, principalement, à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement, au rejet du recours en tant qu'il est recevable. Contestant les arguments de l'autorité intimée, les recourants ont persisté dans leurs conclusions.