Faits : A. Par contrat de travail signé les 6 et 13 juin 2006, X._ (ci-après: l'employée) a été engagée par Banque A._ SA, devenue ensuite Z._ Banque SA (ci-après: l'employeuse ou la banque), en qualité de gestionnaire responsable du marché..., avec le titre de directrice, à compter du 1er novembre 2006. A.a. La rémunération de l'employée se composait comme suit: a) Premièrement, sur la base du contrat de travail de juin 2006, l'employée percevait un salaire fixe de 300'000 fr. Ce point n'est pas discuté par les parties. b) Deuxièmement, aux termes de la même convention, elle recevait, toujours à titre de salaire, une part variable consistant en une participation aux résultats. Selon le contrat, la participation était de " 25% des revenus nets à partager ", sauf pour le client BBA (soit un client important attribué à l'employée lorsqu'elle a intégré la banque), qui était soumis, selon l'accord signé par les parties le 6 décembre 2006, à un pourcentage plus faible (12,5%). Il est établi que, dans un document du 20 novembre 2009 qui ne mentionnait pas le régime d'exception du client BBA, les parties ont convenu que le pourcentage passait de 25% à 30% à compter de 2010. Les " revenus nets à partager " étaient calculés en fonction des revenus générés sur les actifs déposés par les clients apportés par l'employée et acceptés par la banque, moins les coûts. Il était précisé que les " revenus générés par les Clients [étaient] déterminés selon les chiffres du " Management Information System " [du] logiciel bancaire S2i [de la banque] ". Il résulte des constatations cantonales que le système " Management Information System " (ou IMIS) est une fonctionnalité du logiciel S2i visant (notamment) à obtenir des informations sur les actifs des clients de la banque. Le système IMIS permettait de calculer les revenus résultant des comptes des clients. En revanche, les revenus générés par les parts (détenues par les clients) des fonds de placement (ou: fonds internes) n'étaient, quant à eux, pas calculés dans le système IMIS, mais à l'aide d'un tableau séparé; ils étaient pris en considération dans le calcul des bonus accordés aux employés (cf. infra let. c). c) Troisièmement, l'employée a reçu des bonus extraordinaires et des bonus discrétionnaires. Au début de chaque année, des discussions avaient lieu entre les parties à ce sujet; lors de certains exercices, des bonus discrétionnaires ont été décidés. Pour 2010, le bonus discrétionnaire équivalait à 30% du revenu des fonds de placement. La participation des collaborateurs n'était pas basée uniquement sur les revenus, mais également sur le résultat global de la banque. Les parties sont en litige au sujet des revenus générés par les fonds de placement (ou: fonds internes) pour les années 2011 et 2012. L'employée, qui tire argument du contrat de juin 2006, soutient avoir droit à une participation calculée sur ces revenus, à titre de salaire variable. L'employeuse estime au contraire que, en lien avec les fonds de placement, elle versait des bonus, qui dépendaient de son bon vouloir. d) Quatrièmement, l'employée percevait, selon une convention du 20 novembre 2009, une part à la plus-value de la banque, son attribution étant faite de manière échelonnée. A ce titre, le montant de 216'662 fr. lui a été versé le 31 décembre 2009, puis une somme de 264'665 fr. le 28 février 2011. Cette part de la rémunération de l'employée n'est plus litigieuse devant la Cour de céans. A.b. A partir de l'été 2011, l'employée a reçu deux avertissements de la banque, à la suite de plaintes émises par le département juridique et compliance, qui reprochait principalement à l'employée de ne pas fournir une documentation (ouverture de comptes, entrée de fonds, entretien avec les clients, aspects juridiques,...) appropriée, ce qui avait notamment pour conséquence de compliquer la défense de la banque impliquée dans un litige l'opposant à l'époque à deux clients importants. Le 6 octobre 2011, l'employée a reçu 200'000 fr. à titre " d'avance sur bonus ". Le 28 mars 2012, la banque a proposé à l'employée la conclusion d'un contrat de travail à de nouvelles conditions. Par lettre du 30 avril 2012, l'employée a déclaré démissionner, ce à quoi la banque a consenti, avec effet au 31 mai 2012. B. B.a. Le 20 décembre 2012, la conciliation sollicitée par l'employée ayant échoué, celle-ci a actionné la banque devant le Tribunal des prud'hommes du canton de Genève, concluant à ce que sa partie adverse soit condamnée à lui verser le montant de 1'923'267 fr.20 au titre de salaire variable pour 2011 et 2012, et de remboursement de frais. La banque a conclu au rejet intégral de la demande et, par demande reconventionnelle, elle a conclu à ce que sa partie adverse soit condamnée à lui verser le montant de 265'464 fr., au titre de remboursement d'avances sur bonus (200'000 fr.), de divers paiements effectués, et de frais avancés. L'employée a conclu au rejet de la demande reconventionnelle et elle a amplifié ses propres conclusions à 2'786'578 fr. 983, soit 1'609'440 fr. 338 au titre de salaire variable 2011, 647'808 fr. 645 au titre de salaire variable 2012, et deux fois le montant de 264'665 fr. au titre de paiement de montants complémentaires selon la convention du 20 novembre 2009. La banque a conclu au déboutement de la demanderesse de toutes ses conclusions et persisté dans les siennes. Par jugement du 5 novembre 2014, le Tribunal des prud'hommes du canton de Genève a condamné la banque à verser à l'employée les montants bruts de 1'591'920 fr.10, intérêts en sus (salaire variable 2011), et 213'888 fr.80, intérêts en sus (salaire variable 2012), ainsi que le montant net de 5'231 fr.20 (remboursement de frais), invité la partie qui en avait la charge à opérer les déductions sociales et débouté les parties de toutes autres conclusions. B.b. Par arrêt du 28 août 2015, la Cour de justice du canton de Genève, admettant partiellement l'appel formé par la banque, a annulé ce jugement sur les deux points visant le salaire variable (2011 et 2012) et, réformant ceux-ci, elle a abaissé les montants dus par la banque à 156'730 fr. (salaire variable 2011), et à 45'469 fr. (salaire variable 2012). Elle a confirmé le jugement attaqué pour le surplus. C. L'employée exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt cantonal du 28 août 2015. Elle conclut à son annulation et à sa réforme en ce sens que la banque soit condamnée à lui verser le montant brut de 1'591'920 fr.10, intérêts en sus, et le montant brut de 213'888 fr.80, intérêts en sus, sous suite de frais et dépens. La banque intimée conclut, sous suite de frais et dépens, au rejet du recours. La recourante a encore déposé de brèves observations.