Faits : A. Par jugement du 25 octobre 2012, la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral a reconnu X._ coupable de faux dans les titres (art. 251 ch. 1 CP) et l'a acquitté des chefs d'accusation de soutien à une organisation criminelle (art. 260 ter CP), d'infraction grave à la loi sur les stupéfiants (art. 19 ch. 1, ch. 2 let. a et b et ch. 4 aLStup) et de blanchiment d'argent aggravé (art. 305 bis CP). X._ a été condamné à une peine pécuniaire de 45 jours-amende, le montant du jour-amende étant fixé à 165 fr., avec sursis à l'exécution de la peine durant un délai d'épreuve de deux ans. S'agissant des frais de procédure, la Cour des affaires pénales a procédé à une pondération entre la condamnation de X._ pour l'infraction de faux dans les titres et son acquittement des autres chefs d'accusation. Les faits ayant conduit à la condamnation étant nettement moins graves, elle a condamné X._ à supporter un vingtième des frais, à savoir 4'000 fr., en application de l'art. 426 al. 1 CPP, le solde - à savoir 19/20 - étant à la charge de la Confédération. Par jugement complémentaire du 13 juin 2013, la Cour des affaires pénales a partiellement admis la requête d'indemnisation formée par X._ le 26 novembre 2012 et complétée par ses soins le 9 avril 2013. Elle lui a alloué, à la charge de la Confédération, un montant de 165'996 fr.10 avec intérêts à 5 % l'an dès le 15 novembre 2008 pour les dépenses occasionnées par l'exercice raisonnable de ses droits de procédure et un montant de 18'802 fr. pour le dommage économique subi au titre de sa participation obligatoire à la procédure pénale. Elle a rejeté les autres conclusions prises par X._ dans la mesure de leur recevabilité. B. Par arrêt du 1er octobre 2013, le Tribunal fédéral a joint les recours qui lui avaient été adressés contre le jugement du 25 octobre 2012 et celui complémentaire du 13 juin 2013. Il a partiellement admis le recours du Ministère public de la Confédération (ci-après : MPC) contre le jugement du 25 octobre 2012 et a annulé les chiffres III (frais) et IV (indemnités) de son dispositif, tout en rejetant pour le surplus le recours du MPC. Par le même arrêt, il a aussi admis le recours du MPC contre le jugement complémentaire du 13 juin 2013 et a annulé ce dernier dans son intégralité. En substance, il a constaté que la Cour des affaires pénales n'avait pas établi les faits permettant d'évaluer si X._, en qualité d'intermédiaire financier, avait violé ses obligations découlant de la loi fédérale concernant la lutte contre le blanchiment d'argent et le financement du terrorisme dans le secteur financier (LBA; RS 955.0), entrée en vigueur le 1er avril 1998, notamment celles prévues à l'art. 6 LBA, et qu'elle n'avait pas exposé pour quel motif elle n'avait pas fait application de l'art. 426 al. 2 CPP. Par conséquent, le Tribunal fédéral a renvoyé la cause à la Cour des affaires pénales pour qu'elle détermine, d'une part, si X._ avait adopté un comportement fautif et contraire à une règle juridique qui permettrait de mettre à sa charge tout ou partie des frais de procédure (art. 426 al. 2 CPP) et, d'autre part, si une indemnité ou une réparation du tort moral pouvaient lui être octroyées (art. 430 al. 1 let. a CPP), celles-ci devant, le cas échéant, être fixées en proportion des frais mis à sa charge. C. Par jugement du 19 août 2014, la Cour des affaires pénales a fixé les frais de procédure de la cause principale à 81'824 fr.35, mis ceux-ci à la charge de X._ à concurrence de 4'000 fr. (art. 426 al. 1 CPP), les autres frais étant mis à la charge de la Confédération (art. 423 al. 1 CPP). Elle a partiellement admis la requête d'indemnisation formée par X._. Elle a condamné la Confédération à lui verser un montant de 165'996 fr.10 avec intérêts à 5 % l'an dès le 15 novembre 2008 pour les dépenses occasionnées par l'exercice raisonnable de ses droits de procédure (art. 429 al. 1 let. a CPP) et un montant de 19'134 fr. 50 avec intérêts à 5 % l'an dès le 25 octobre 2012 pour le dommage économique subi au titre de sa participation obligatoire à la procédure pénale (art. 429 al. 1 let. b CPP). Elle a rejeté les autres conclusions prises par X._ dans la mesure de leur recevabilité. D. Contre ce dernier jugement, X._ dépose un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral. Il conclut à l'annulation du jugement attaqué et à sa réforme en ce sens que la Confédération soit condamnée à lui verser : - au titre de l'indemnité prévue à l'art. 429 al. 1 let. a CPP, la somme de 417'457 fr. 80 avec intérêts à 5 % l'an dès le 15 novembre 2008; - au titre de l'indemnité prévue à l'art. 429 al. 1 let. b CPP, les sommes suivantes: - 967 fr. 70 au titre de déplacements rendus nécessaires par la procédure; - 33'125 fr. au titre de gain manqué (journées d'audience); - 165'625 fr. au titre de gain manqué (examen du dossier); - 2'350'000 fr. au titre de perte de revenu relative à A._ Sàrl; - 1'950'000 fr. au titre de lucrum cessans; - 425'000 fr. relative à la perte de valeur de la société B._ SA; - 65'325 fr. avec intérêts à 5,25 % dès le 22 juin 2006 puis à 2,46 % dès le 15 avril 2010 au titre de perte de revenu lié à la société B._ SA; - 490'162 fr. 85 au titre de perte de change USD (compte C._); - 66'620 fr. (55'517 EUR) au titre de perte sur les titres D._ (compte C._); - 30'000 fr. (32'800 USD) au titre de perte sur les titres E._ (compte C._); - 64'700 USD au titre de perte sur les titres F._ (compte C._); - 19'680 fr. (16'400 EUR) au titre de perte sur les titres G._ (compte C._); - 26'000 fr. (29'550 USD) au titre de perte sur les titres H._ (compte C._); - 47'250 fr. (39'375 EUR) au titre de perte sur la gestion du compte...; - 190'000 fr. (209'660 USD) au titre de perte sur la gestion du compte...; le tout avec intérêts à 5 % l'an dès le 25 octobre 2012; - au titre de l'indemnité prévue à l'art. 429 al. 1 let. c CPP, la somme de 300'000 fr. avec intérêts à 5 % l'an dès le 25 octobre 2012. X._ conclut à ce que la Confédération soit condamnée à lui verser 20'000 fr., à titre de dépens pour la procédure d'indemnisation. A titre subsidiaire, il conclut au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour instruction sur le fond, par le biais, notamment, d'une expertise financière et médicale. Invités à se déterminer sur le recours, la Cour des affaires pénale du Tribunal pénal fédéral et le Ministère public de la Confédération y ont renoncé. E. Le 10 mars 2016, la Cour de céans a délibéré sur le recours en séance publique.